2YNHA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with inhibitor gsk500
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
560
structure length
560
Chain Sequence
NSPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m\:b_hxb2r
molecule keywords REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
total genus 164
structure length 560
sequence length 560
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2ynhA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2ynhA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2ynhA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2ynhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ynhA05
1KLMA 2HHUA 2AQ4A 3MR6A 3IGNA 4E7JA 3M8QA 2OPQA 4X2BA 3QYYA 2Z1HA 1RT7B 4AHTA 4FK0A 1YVFA 2EHGA 1L3SA 2XY6A 3DLBA 2KW4A 4KRFA 2YHAA 3SJJA 5J2MB 3THVA 4Z4IA 1HPZA 3KKRA 1UOCA 5CYMA 2ASJA 3RTVA 4MK7A 4ED0A 4FM1A 3KK2A 3N6LA 1LW0B 5CY4A 4CK3A 1NKCA 3NGIA 2D3ZA 2R8GA 3V6DB 4QW9A 3BQ1A 2W8LA 4CHNA 1SUQA 5KFLA 4K8ZA 1JLQA 3IGVA 4EO6A 4DS4A 3PX6A 5KFNA 1S0NA 4RW7A 1RT4B 4KAZA 5EWFA 4W5RA 2W9BB 2Q3SA 4DQQA 4DTOA 1ZBIA 2IM1A 2G8VA 1NJYA 5HBMB 4NLGA 1A5VA 4ZTFA 2RDJA 3Q8PB 1HQEA 3ZSOA 4FS1A 1RTIA 3G10A 4O0IA 2J6UA 3MXIA 2VWKA 5JS2A 4CJPA 1VSKA 4QPXA 3PW7A 4CF1A 1C6VA 1EP4A 3AA4A 3DRRB 1VRUA 4CHOA 3ZSRA 3OYAA 5KG7A 1LWFA 2FJXA 5KG6A 1KFSA 1EETB 3N6NA 2HB5A 3O4NA 5DG8A 3O3GA 3HP9A 5KFFA 3DRPA 1JXLA 1L5UA 3KK3B 4K8XA 2QK9A 4DTSA 3OS0A 2B5JA 3SI8A 4CFDA 2R2RA 5KFUA 1S1VB 3L2QA 1K6YA 4B9VA 4RNMA 4DL4A 2QE5A 1D0EA 2UUWA 1IKVA 4QWEA 2DFEA 1U04A 4GW6A 4DG1A 2IAJA 4DSFA 3H5XA 3TANA 1WSEA 3VQBA 3KOAA 4OPKA 3WNGA 2I1RA 4IFYA 3LWLA 2B6AB 5KFWA 4MFBA 4OPJA 3OYCA 4HTUA 1D8YA 1C0MA 4C8NA 1HNVA 2WONA 2EC0A 4PWDA 1WSJA 4K4ZA 4FZYA 4F4YA 3AVMA 2G8FA 4N5SA 3KJVB 4URSA 3NAIA 4BDPA 2C2DA 3ZSWA 2XGQA 1JLEA 4LH4A 5KRSA 3PW4A 4TY9A 3I5BA 4ZHRB 3I5CA 3FSIA 1J5OB 1K1SA 4EP5A 1WSIA 4YP3A 1BCOA 3VA3A 3TI0A 3NAEA 4DF4A 3HPHA 2ASLA 2Z1JA 1C0UB 3LP2B 3CM6A 1TK5A 2GUIA 2IBKA 2WK4A 3QO9A 1IKXA 2HNDB 3H5YA 4QW8A 3MXMA 1U48A 1TKZB 3K5NA 1S0MA 4ECXA 4RW6A 4O3OA 4AHRA 2FBTA 5F9LA 2XGPA 3TQ1A 2R8IA 1UAXA 3M8SA 4DU1A 1W0HA 3VQQA 2NUBA 3RAXA 1N56A 1RDBA 4QWAA 1TKTB 4N76A 2ATLA 2HMIA 2YKMB 4J9PA 5F8GA 4I2QA 5DLGA 3VQPA 4KREA 1W9HA 2XI2A 2OPSB 3OYLA 3DOKA 2JEGA 3V6HA 1KCFA 4L8RB 1VRTB 2FC0A 3MTKA 4FBTA 4LY7A 1QSYA 4KTQA 3AVHA 2DFFA 1RILA 3TABA 2X78A 2KFZA 1EKEA 4CGIA 4NLDA 2R2SA 4CIEA 2CJQA 1LW0A 1RT1B 3KK1A 4E0DA 3V6DA 4DL3A 3MF5A 1HQUB 4CE9A 4ZVGA 1RT5A 3Q8RB 3IAYA 3AVBA 4IH6A 3K5MA 3LZJA 3ZCMA 4WFZA 4DTMA 2XY5A 4HVJA 5HBMA 4Y1DA 4Q8EA 2OPPB 1BQNB 4FJ9A 4OKKA 2HVHA 2GBZA 3SUQA 4PA1A 1TL1B 1TVRB 3K58A 4E7KA 4R5PB 3OL6A 3CJ5A 1X9SA 1C1BB 1LWEB 3QINA 1VSEA 1JIHA 2YKNA 3LPTA 3SQ4A 2BQUA 2YNGB 2WB4A 2BANB 2BRLA 3C6TB 3M9NB 3IN5A 5L1KA 4DWIA 1T94A 3KHGA 4I2PA 4KTZA 1TQLA 2YNHA 4Z4CA 3H08A 3L3VA 3AO3A 4DTRA 4NCGA 3SUOA 3Q8QB 3CJ2A 4E1NA 1UA1A 2QKBA 2W42A 3MFIA 2J6TA 2PZSA 4NRTA 1RNHA 4YNQA 1S1VA 1ZBUA 4CEAA 2ZQBA 2IJNA 3HL8A 2JC0A 5DG7A 3QNOA 4KV8B 5HRSA 4ID5A 3LWMA 2OH2A 3ZSYA 3TVKA 1IH7A 4BACA 4QWDA 1VSJA 3O4QA 4CIFA 1NJZA 4F4ZA 4RW4B 2IS3A 4IFVB 3QEVA 4AHSA 1RBVA 3SPZA 3BDPA 4KHRA 3OYGA 3OJSA 4Y1CA 1S49A 3C94A 1JLAB 1WN7A 1KHVA 3DYAB 2HWIA 1ZBLA 5CYQA 5FDLA 4WE1A 4LSNA 3VA0A 4LH5A 2WOMA 4OVLA 1BQMA 1B92A 1O1WA 3HYFA 4FJMA 1RT3A 4YQWA 2RF2B 5L1JA 4NLQA 3V1RA 2C2EA 4EEYA 3RAQA 4ZHRA 4E19A 4HHTA 1N5YB 4DQSA 2XHBA 3DRSB 3CVKA 3EPIA 1GX5A 5HRNA 4QOZB 4NRUA 4WFXA 4GVMA 1IKYB 4DS5A 3DOLA 4Q43A 1S1XA 3LP2A 3V6JA 3GIKA 1Y97A 3WNFA 4FS2A 4CERA 3PY8A 3RB4A 1NK7A 3V81A 5C24A 2IM0A 3LALA 1S1TA 3IS9A 4XPEA 2GIQA 3OLBA 4J2EA 3SFUA 4EO8A 2FJWA 4DFKA 5HROA 1FKPB 2YKMA 4ECRA 4KTWA 1RDDA 3QIPB 5J2PB 4W5OA 3K57A 1B9FA 3OYKA 2OPSA 5C25A 4ZPBA 4JUZA 3MR3A 5EDWA 1QTMA 4F50A 1VRTA 3TAMA 3GIIA 3OYHA 3DLEA 4F3TA 4C8LA 4PUOB 4M3RA 1YVUA 4CHPA 3N6MA 1JXEA 4FJLA 1RT1A 3CJ4A 3FQKA 2XY7A 2QV6A 4IDKA 4CECA 1HYVA 2R2TA 3ZT0A 4CHQA 1HQUA 1YTUA 1GX6A 3QLHB 4ZMMA 4ECVA 3Q8SB 1RA7A 3OYBA 3B6PA 4DL5A 2IA6A 1TK8A 4IOBA 5CZ2A 4ZP8A 5KFMA 5F9NA 1QAJA 2AJQA 1WNEA 4CGJA 2OPPA 5HRRA 5KFVA 3UQSA 1I3AA 3BREA 1TL1A 1BI4A 3E51A 3VQEA 1U45A 1KFDA 1GOCA 1LWEA 4FLXA 4TYBA 4BWMA 4DF8A 4O5BA 4I9QA 4TYAA 3T5LA 4H4OB 3RB3A 2XRIA 3LPUA 4OGCA 4FJKA 4LQ9A 1S4FA 4MK9A 3DI6B 3HVRA 3CYMA 3CM5A 2AGOA 2HNYB 3C6TA 1QS4A 3AVLA 4XIUA 3F73A 4M94A 3VN5A 4K50A 3UR0A 3G6XA 2E6LA 3TARA 1Q9XA 1JLGB 4JV1A 4BE2A 4DQPA 1U47A 3IRXB 1HNIB 4IRDA 2W9CB 1KVCA 1JKHA 3BGRB 2UUTA 4BWJA 4GMJB 2X74A 4FJIA 4R8UA 4M3XA 3A2FA 1ASUA 3L3UA 2FVCA 3BQ2A 2C22A 1ZYQA 3S3MA 5KG2A 4ECQA 4I7FB 4RNHA 3DLRA 1I6JA 3NBPB 3HVWA 3VQSA 3HVAA 4B9UA 4ZP9A 1IKWB 1QHTA 3KLFB 3T3FA 3DYAA 3VQ8A 5KG1A 3BJYA 4FW2A 2OZMA 1VSLA 4WZMA 3MECB 1S1UB 3H59A 4CHZA 1RTDB 1WLJA 5L1LA 5I3UB 5KT3A 4O55A 1NOYA 2RF2A 2IC3B 3HM9A 5JS1A 4H4MA 4O44A 5J1EA 2D41A 2V9WA 2KFNA 1N5YA 5KFBA 4DSJA 3CQ8A 3AA5X 4K4TA 3H4DA 3CDUA 4B3OA 4E3SA 1NK8A 4IG3B 1IKYA 3CWJA 5KFIA 4K4SA 4NYZA 4URQU 3ISND 3LAKA 1JLCA 4CESA 4KBIA 3V9SA 4F4XA 3BR9A 4PQUA 1S48A 2KZZA 4FJJA 2ILYA 1DLOB 4UQGA 1RT2A 4WFYA 1S9EA 1FKOB 1EX4A 2O5DA 3VQAA 4Q0BB 4Y2CA 1OS5A 1HMVA 4JRQA 4ED8A 1RYRA 4U6PA 1UWBB 1KSPA 4DLGA 2BQRA 1DTTA 4E89A 2RKIB 1SL1A 1MU2B 1FKPA 5J2QA 1X1PA 4IG0A 5J2PA 5KT6A 3M9MB 4DTJA 1S97A 1NHVA 4FK4A 2HNZB 4MH8A 3HVTA 4DEZA 3RWUA 2ASDA 1S9FA 3E01B 4F8RA 1JLBA 5F8LA 2G8WA 3UPFA 3I0SB 4EZ9A 4PUOA 1LW2A 4W5NA 2HHSA 1RT6B 1WSFA 1QAIA 2FJVA 3HP6A 2GC8A 4C8MA 4YMEA 4J9LA 5KFDA 3H4BA 5F8IA 5KFTA 1LAVA 1RBTA 2EX3A 4JRPA 1RBUA 4CFBA 5DGBA 5KT5A 4RNFA 2UVVA 4TN2A 5K14B 1W25A 3QLHA 3DM2B 3CG7A 2FLNA 3OYDA 3AO4A 3PZPA 3NL0A 3ZT3A 1NK9A 2AX1A 1HRHA 3GYNA 4C8KA 3P83D 4G1QA 1VSHA 2JEIA 1DTQB 2V4RA 3L2RA 2BGGA 2G8HA 3MEGA 3SUPA 2WRMA 1T03A 3ZT1A 3NKYA 2FVRA 3EZUA 2AU0A 3P5JA 5KRTA 4RW8A 2ZD1A 1LWCB 4J2BA 2ITGA 4CHYA 5KI6A 2QKKA 4Z4FA 2P1JA 3MR5A 1KVAA 4CEOA 4U7CA 3DLKB 3NE6A 4ECSA 3ZT4A 4J2AA 4IRKA 3RR8A 4DL2A 4J9OA 4R0EA 1HJRA 2VG7B 3RR7A 3D5MA 5KG3A 4CF8A 1JLGA 3C95A 4MKAA 1TL3A 1HYZA 1CZ9A 4CJEA 4Z4GA 2RN2A 3JYTB 4RU9A 1ASVA 3KTQA 3C6UA 1C0TB 4DQIA 2W9CA 2I5JB 4FW1A 3BGRA 3T5HA 2YNFA 5HLFA 3S9HA 5L9XA 1TV6A 4IRCA 5DGAA 1NOZA 4RW9A 1BGXT 1NK0A 2Y1JA 2VG5B 4K4UA 4LD0A 3VQDA 3RBDA 4DFMA 2IM2A 4NLRA 3LP0A 3KHHA 1Q9YA 3KLGB 3KLEA 3RB6A 3OL9A 3HHKA 3TAEA 2F96A 3ICLA 5I42A 3EY1A 1IG9A 3DLGB 2E9TA 4M3UA 3KLFA 1RA6A 4NCBA 4DFJA 3MECA 1Z25A 4ZVHA 1S1UA 2B43A 2G8UA 3BSOA 2W7OA 5SZTA 3PW5A 2IOCA 4NLXA 4IR9A 3DDKA 3NF9A 4CFAA 1T05B 2HWHA 2XWYA 4J9RA 3D45A 3V9XA 1XWLA 4O4RA 1WAFA 1YTAA 3SV4A 1RT7A 4ECUA 3OVNA 3CJ3A 1SH3A 4FJ7A 5DQGA 4Q44A 5KG5A 4J9QA 3RB0A 5J2MA 5KGXA 1CZBA 2F8SA 4CJKA 3CJ0A 1ZBFA 2C28A 4B9LA 2E9ZA 4CJFA 1SL0A 1DLOA 4OLAA 4O3NA 1RDRA 1C2PA 1IO2A 4O3SA 3PX4A 1TKXB 4BE1A 4OL8A 1SL2A 4KKOB 5KT7A 3SI6A 1RTJB 4ICLB 4IQXA 2O4IA 4N56A 3MEDB 1RT4A 3V6KA 4H54A 3BSAA 1NKBA 2W9BA 4YFUA 4FM2A 3KHLA 5KFZA 1A5WA 3FFIB 5L1IA 4J9SA 1BCMA 3QERA 5KFCA 5HP1B 1REVB 1N4LA 3SQ2A 1NK6A 4O3PA 2IGIA 2BE2B 3SNNA 1JLFB 4FVMA 1L3VA 4EZ6A 4FLZA 1XR5A 2A1SA 3ITHB 3CFPA 1ZETA 3V9ZA 4DSLA 3I0SA 2ZE2B 3SQ1A 1SKSA 3MXJA 5D3GB 2Y1IA 3AVKA 4B8CA 3DRRA 2G8KA 3HT3A 2JEFA 1EETA 2DTUA 2ATQA 2XI3A 3LDSA 5K14A 3NGYA 3DM2A 3HJFA 4TY8B 3KK3A 1S5JA 3NAHA 3OL7A 3HO1A 3QEPA 3GQCA 1SH0A 1NKEA 3CIZA 4FZZA 4J9NA 1HARA 3PO5A 1DTQA 4ED6A 3S3OA 3AVAA 1S9GB 2BDPA 4RNNA 1BISA 3OL8A 3NMAA 4JS4A 3V4IB 3G86A 2W7PA 1BHLA 4O4GB 2FVPA 3QEXA 4NLYA 4QAGA 3M8PB 3QZ7A 5EU7A 2B6AA 3JSMB 1S6PB 4HKQA 4J9MA 3QGGA 1NJWA 4OLBA 4OKJA 3LP1B 4M95A 3KMQA 3VQCA 4FJXA 1RTHB 4DMNA 1GOAA 2VG7A 4MIAA 4LQ3A 1C1CB 5KFOA 2HHQA 1SH2A 4CJ5A 3OYEA 4ZPCA 2UVRA 4RUAA 3KJVA 4B9SA 1RCHA 3U3YA 1ITGA 4RUCA 2I5JA 4G3IA 1NHUA 1ZTTA 5KFEA 1XC9A 2HHVA 1KLMB 1J5OA 3DMJB 1SKRA 2E6MA 3K2PA 1J54A 4K4WA 3AVFA 2W9AA 3SZ2A 3OS1A 3PX0A 1UA0A 4K4VA 1VSDA 2FBVA 1C0UA 3M8QB 2D0CA 1XHZA 3G6VA 2HNDA 2FVSA 4CGDA 2X6SA 4Z4HA 1TKZA 4MKBA 1WSHA 4HYKA 2PY5A 3ISNC 3AVCA 3VQ5A 4ED1A 4W5QA 3HPGA 2HVIA 1R0AB 3OSNA 4WZQA 3QIOA 2YV0X 3HKWA 1U09A 4HUFA 1HPZB 3D28A 1BL3A 1VK0A 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 3QGI A;  3JSM A;  1S6P A;  3AA2 A;  4NLS A;  2YNF B;  3LP1 A;  4FJ8 A;  1RTH A;  5HLF B;  4DTP A;  1TV6 B;  1S6Q A;  4RW9 B;  4CGG A;  3ULD A;  3NCI A;  4XPC A;  4O0J A;  3LP0 B;  5T7B A;  3QO9 B;  3KLE B;  4CFC A;  4TLR A;  4QCL A;  5I42 B;  2ILZ A;  4FBU A;  4AHU A;  4RW6 B;  3NHG A;  3G6Y A;  4CEZ A;  3T19 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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