2YNIA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with inhibitor gsk952
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
560
structure length
560
Chain Sequence
NSPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m\:b_hxb2r
molecule keywords REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
total genus 163
structure length 560
sequence length 560
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2yniA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yniA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yniA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yniA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2yniA05
3IG1B 3SCXA 5KT4A 1FK9A 3NFAA 3VQ6A 1IKXB 1RT4B 3NH2A 1TKXA 3BR9A 2Z1IA 4KHYA 4J9LA 4DSKA 1U4BA 3VQ9A 3KIOA 5KFTA 3KMSA 3VQBA 5K14B 4MFBA 4KAZA 3TAMA 3D0PA 2WOMB 2VG6A 2R8HA 2JEFA 1KLMA 1HNVA 1U49A 2XY6A 1FKPA 4M3TA 2XRIA 1HQEA 1I3AA 3HVRA 4EZ9A 5HRNA 4YFUA 2V0NA 5F9NA 4KE5A 2UVWA 2PYLA 3LP0A 4B8CA 1LV5A 3UR0A 1T8EA 2FJWA 3MR6A 4KI6A 5KFKA 1XHZA 2FVPA 4B9VA 3DOLA 4K4WA 1TK0A 3KLVA 4O55A 3KK1A 1QAJA 4N41A 3OJUA 4OKEA 3CVKA 1S9EA 3WNGA 2HNZA 4CHYA 5KRTA 1ZTTA 4RW4A 4CGFA 4NLTA 3Q8PB 2BQRA 4CJ5A 4IDKA 1WSFA 2ASLA 4ECZA 3SV3A 3AVNA 2P1JA 4HUGA 1C1CB 1HYSA 2UVRA 4Z4HA 1Q8IA 2UUTA 5SWMA 4RUAA 3JSMA 4RUCA 1KLNA 3QESA 4CEFA 4DS4A 3B6OA 2WONB 1QE1B 4YR2A 3IRXA 1RBTA 3BGRB 3K5MA 2W9AA 2W9BB 4J9PA 1W25A 1REVB 4AILC 4MIBA 2QKBA 1IKWA 5CYMB 2B4JA 4ICLA 3QEVA 3AO5A 3DMJA 3AVLA 4ED2A 1JLAB 3SUPA 4LQ9A 4KBIA 4N76A 4Y3CA 4DL2A 3QGGA 1JXEA 4GC6A 4RW8A 2I5JB 3T3FA 2BGGA 3DLGA 3OVNA 1RT1A 3H5UA 5J1EA 4CJLA 4BDPA 1VRTA 4NLXA 3AO4A 4DU4A 1R0AB 2XY7A 4O3PA 1SV5B 4IFYB 4KI4A 4ECXA 5FRNA 4ZPAA 4F2RA 2XCPA 4MKBA 1DTQA 3ZSWA 5KFNA 4J9SA 1ZBIA 3UPFA 5CY4A 2V4RA 4O44B 3V9SA 4LD0A 4TQSA 3O4QA 1N48A 3M8QA 4FJ7A 4OL8A 4KTQA 3NCIA 4W5NA 2ZQBA 1TAUA 2IDOA 5I3UA 2FLPA 4Z4GA 4Q5VA 2BRKA 4CGDA 4YMEA 1S6PA 3TAPA 4DSLA 4ZVHA 3HP9A 3KLEA 2G8KA 2HB5A 3L2VA 4CJPA 2B6AB 3WNFA 4ZP8A 1BQNA 2OZSA 3U3GA 4KHNA 2XI3A 4ECSA 1GX5A 2E4LA 4CESA 1EETA 3RB4A 4Z4IA 3PJXA 2X6NA 4F3OA 1WNEA 1HQUB 4QPXA 3DRRA 5HP1A 2G8WA 5KTQA 4RW7A 4CHQA 4L8RB 1C0UB 4DLEA 4O3NA 3NF9A 3P5JA 1UA1A 1WLJA 3U6FA 1L3SA 5C24B 2W8LA 1WSEA 5HROB 1RT5B 4BDZA 3HXMA 2B43A 1W9HA 4CJKA 2GV9A 3OS2A 1JLEB 3H2LA 3OYIA 1RA6A 3AVAA 2DPJA 3IGNA 4K4VA 5KFMA 4ZP7A 2YNFB 4Y2AA 3AA5X 1B92A 3MF5A 4N47A 1MU2A 5EU7A 4M3RA 4IKFA 4M3UA 2JEGA 3MEEB 5KFEA 3FRZA 2IAJB 4WZQA 5E41A 5L1JA 1KRPA 3MR2A 3KLFA 4BE2A 4NLPA 5JS1A 1GOBA 3CJ4A 3F73A 3V6KA 4DTXA 4HHTA 2ZD1B 1NKBA 4FLUA 1UA0A 4CJVA 3V1QA 4ZTFA 3T5HA 4FLVA 4DS5A 1S0OA 4TY9A 2JC1A 1N6QA 4LSLA 1JXLA 3CYMA 3L2QA 2EHGA 2FBXA 3SQ1A 1CZ9A 1WSJA 4F4WA 4JV1A 1WSHA 4O4RA 3HJFA 2YKNA 1TVRA 4PWDB 4BWMA 2QE5A 4NRTA 3PX0A 1JX4A 4CEAA 1G15A 4XIUA 3RMCA 1RT6B 4CFBA 1NK8A 4NYFA 2DFHA 3MXJA 4CJSA 1QSLA 1C2PA 1RTDA 3LZJA 2F8EX 4KSEB 1ZETA 2DFFA 4JS4A 4RNOA 5F8JA 3H5SA 3GV8B 3VQCA 4IOBA 3HO1A 3S3OA 2YNIB 1F21A 4Q43A 4CFAA 3OY9A 3EZUA 1KSPA 1SL2A 1RCHA 2BANA 4HCCA 2HHSA 4DQQA 2FLNA 1QTMA 1FK9B 4MIAA 3BQ0A 5KT6A 3K57A 3TAEA 5FDLA 3T5JA 1NNDA 1FXXA 3AV9A 4EP4A 2HHUA 5F9LA 5T14A 3LP1A 5KI6A 2DFEA 3I0SA 4URSA 4KO0A 2IBKA 3QGIA 4MFBB 3TAMB 4O3SA 3PW5A 4ECUA 4FZYA 4E0DA 1HPZA 3K5NA 1Z25A 1KLMB 4LH5A 2IM3A 1FKPB 1HQEB 1RTIA 2RPIA 1JLQA 4O4GA 3RAQA 2YV0X 4FJJA 4FK4A 3LP0B 1A5WA 3OYEA 4DL5A 4CF0A 3CJ5A 5C5JA 2OA8A 3DOLB 2W9CA 5HRSA 4XPCA 4I9LA 3KK1B 4GW6A 3KHGA 1NK7A 1S97A 2Z1GA 4EZ6A 4AHVA 4JLHA 1S9EB 1D1UA 4ECRA 2HNZB 3QINA 3BJYA 5J2PA 4RW4B 3NH0A 3QEPA 1NK9A 4IDKB 1TKZA 4O3OA 4G1QA 5KFJA 4E7HA 3H4BA 4LQ3A 2QKKA 1OS5A 4RNHA 1HYSB 4F4YA 3V1OA 3JSMB 1UWBB 2G8FA 3IRXB 2O4GA 4WYWA 2R7YA 3OSNA 3EZ5A 3SQ0A 2J6TA 3CFRA 1KFDA 2ZE2A 1IKWB 2VA2A 3PJWA 1ASWA 3MTKA 4ICLB 2OYQA 4NLOA 1S4FA 4PQUA 3DMJB 4FJXA 2BQUA 3LP3A 1Q9XA 3OYJA 5F8LA 1TKDA 2WCXA 4DTOA 5FRMA 4RW8B 2GIRA 3DLGB 1MMLA 4OLAA 2IM0A 4KAIA 3MAQA 3LWLA 4NLDA 5EWGA 4FW2A 5J1EB 3LWMA 3AA3A 1VRTB 1RT2A 4ZPCA 1S9GB 4F4ZA 4R0EA 4XPEA 4M3ZA 3OL7A 3DLKB 4R8UA 1RYSA 4KB0A 2XO7A 2IOCA 3NAHA 3ALYA 4ED1A 3OJSA 1DTQB 3GIJA 4EO6A 3FDSA 5KGWA 1C0MA 3O3GA 3L8BA 2R8KA 2FVRA 5KG2A 3BSOA 5KFAA 2WTFA 4B08A 3M8QB 1SH3A 3NF6A 3AO3A 3OYHA 2BR0A 1KFSA 1IO2A 4K4TA 3S3MA 5I3UB 2E9RX 3FQLA 1NHUA 3QETA 1I39A 1S6PB 3TVKA 3PW2A 1XR6A 4G3IA 4FXDA 3T5KA 1LWEA 4IFVA 1WNSA 1VRUB 1N5YA 3CFOA 3NGYA 4FYDA 4CHOA 3MEGA 5CZ1A 4ZMMA 4FLYA 4E7JA 3I5CA 1X9WA 3A2FA 4WXWA 4H4MA 1RBUA 1C1AA 1EETB 4MQ3A 5EDWA 2J6SA 5EUHA 3VA3A 3FSIA 4E7LA 3DRRB 5HP1B 3HKWA 4RW7B 1S1WA 1XR7A 1YVUA 2HMIA 2AU0A 4DQIA 1VSEA 2AX0A 5KFYA 2W42A 3V6DA 2VG5A 1FKOB 1VSMA 4K4YA 4CJEA 1NK4A 4U6PA 4IG3A 2IM1A 3HVWA 3M9NB 2Y1IA 3L2WA 3VQAA 1XR5A 5DGBA 2OPSB 4BE1A 3TAFA 1BQMA 4TSXA 1S1UA 1MU2B 4NCAA 4KHUA 3VQ5A 4QWCA 3SI6A 3SFGA 2GIQA 4CHPA 4KHSA 2XGPA 3ZSRA 3QEWA 4W5OA 5DQGA 1I6JA 4FM0A 4E7IA 4ED6A 3GV7B 1YT3A 4CEZA 3RRHA 1RTHB 3KLFB 1XC9A 3NGZA 2G8VA 4DL6A 1JLCA 4QW8A 3THVA 1KVBA 1Z26A 1X9MA 4CIFA 5KG0A 4FZXC 4RG8A 5HRRA 1RTJA 1B9FA 1NOZA 5D3GA 4OPJA 1N6QB 4DF8A 4LSLB 3QZ7A 3AA4A 3FFIA 2DY4A 4TN2A 1ITGA 4DWIA 3S9HA 4M3XA 1IH7A 4FJGA 2IC3A 2YKNB 4W5QA 1TVRB 1BI4A 3DLEB 4CJQA 3GYNA 4NLUA 2FJVA 4AHUA 1HARA 3HL8A 3OYLA 3OYBA 4F2SA 3OLAA 3CM6A 3SPZA 3QERA 4H8KA 3ISND 1TKTA 1TQLA 2E6LA 3GIKA 2YKMA 3NAIA 3HVTA 1JIHA 2RF2B 4EEYA 5DGAA 1S6QA 3QEIA 4B9UA 1TAQA 3TANA 2VA3A 1T03A 4H4OA 1Z4UA 3KLHA 1T3NA 3PO5A 4KTWA 3KJVA 3ZSVA 3QO9B 4IRKA 4X2BA 2BANB 4TY8A 2UVVA 4KKOA 4EBCA 2HVHA 5FDLB 4J9MA 3DDKA 2XGQA 2C2RA 4Q8FA 5KG5A 4Q8EA 2A1RA 4WFXA 5JXSA 1LW2A 4DSFA 4KV8A 3M8SA 4FM2A 4J2AA 4FLXA 4FLWA 4KO0B 2HW3A 1EP4A 5DQIA 3AVIA 1HPZB 2D3UA 4ZVFA 1HNIA 4EP5A 1D9DA 1NJZA 1RBVA 1VSHA 3HSTB 1RTIB 1ZYQA 4K4SA 1LWFA 2I1RA 2R8JA 1JLFA 3CDEA 4TYBA 4DTMA 2O4IA 2WRMA 4RNFA 4J2DA 4YR3A 4RW9A 4B9TA 2D41A 2YHAA 4BACA 3QLHA 4URQU 2W9CB 1HMVA 3UDLA 2C28A 1XHXA 2FBYA 4TLRA 5KFCA 3BSNA 2A1SA 1WSGA 1QAIA 3KK3A 4QAGA 3C6TA 1S0NA 5J2PB 3SUNA 5KFLA 4FJ5A 3MECA 3CJ0A 4G1QB 3OHBA 4DG1A 4PUOA 2XI2A 3CG7A 1U09A 3IAYA 3QYYA 4CEQA 4HKQA 1TP7A 4DL7A 1TGOA 4AHTA 5JS2A 1RT3A 4M41A 4QWAA 3VQSA 4IR1A 1NK0A 2C22A 2AQ4A 1EXQA 4Z4CA 4C8NA 4NLSA 5KFGA 2IS3A 3UIQA 3IGVA 1WAJA 1CXQA 5HBMA 4IR9A 2D5RA 1K1QA 4W5RA 1U04A 3ZT2A 4FJ9A 3PW7A 4ECYA 4I2QA 3MR5A 1SH2A 1NOYA 2X78A 3V9XA 4KHRA 1JKHA 3LP2A 3GQCA 4CHZA 4HUEA 4Y1DA 2X74A 3DI6A 4J2BA 2V9WA 4OKJA 1D8YA 3SYZA 1RDDA 4CHNA 1TL3B 5J2QA 4B3OA 3OS0A 1NJYA 3Q8SB 3H40A 1IKYA 1RT2B 3LZIA 3KNAA 5KT2A 4CEBA 4R8UB 4OGCA 4KHQA 4DSEA 2HNYA 4JV2A 4TXSA 2AGOA 4CGJA 3TQ1A 4LH4A 1WN7A 4W5TA 4B8AB 2JEIA 3K59A 1IKVA 5DG7A 4DQRA 3SJJA 4B9LA 1ASVA 3WNEA 4EBEA 2AGPA 1SUQA 4WXOA 2FVQA 3PVXA 3RB6A 4IH6A 2J6UA 3E01A 4Y1CA 4CJFA 2FBVA 4Q44A 5T7BA 3JYTA 3IG1A 4FVMA 2WHOA 4K8XA 4FBUA 4IQXA 1LWEB 4IFVB 1RT4A 4QOZB 4HVJA 2YNHA 2IJFA 4BWJA 3MEGB 2HVIA 2R8IA 5KG7A 4MH8A 2R2UA 4NCGA 3MR3A 3L3UA 2RN2A 4H4MB 3ZSYA 1KHVA 1QSYA 1C1BA 5L9XA 4QWEA 4WYLA 4FJHA 4WE1A 5J2MA 3QEXA 4ZHRA 1QHTA 1KVAA 1S1WB 1VSJA 4OGEA 1RT7A 4K50A 4JUZA 4J2EA 4ZP6A 2ASDA 2VG5B 1QUVA 3VQ8A 4ID5A 1BGXT 4IG3B 4NLQA 4NLGA 2BE2B 4LSNA 3HHKA 4CIGA 3PX4A 3TABA 4KRFA 3KLIA 3AVMA 3CJ2A 1S1TA 3AVBA 3RR7A 3K58A 1NK5A 2HHWA 5F8MA 1TV6A 4EYHB 5FROA 1BQMB 3DRPA 1S48A 1S1UB 5J2NA 1BISA 4J9QA 3VQ7A 5DLGA 1NJWA 3SPYA 3M8PA 2BRLA 4ED8A 4FCYA 4CGIA 4AHSA 4ZPDA 1JXBA 2RKIA 5F8NA 2X6SA 5DMRA 4CF8A 1TKXB 4M45A 2WONA 4CJ3A 4KFBA 1JLCB 1O1WA 4DF4A 1RBSA 3DLHA 1NJXA 2VG6B 3RMDA 3H08A 3SQ2A 5CYMA 4YQWA 1HNVB 3V9UA 2FC0A 2AX1A 1RTJB 5D3GB 4F8RA 3RB0A 5KFFA 1WSIA 3LANA 4ED0A 4CJTA 3FFIB 3PUFA 5KFRA 3ZCMA 2IC3B 4CERA 5DLFA 1YTUA 2E9ZA 2ALZA 3SUOA 4Z4EA 3DRSA 4FJKA 4J9RA 5KFPA 1D9FA 2HHTA 5KFXA 4FLTA 4EYIB 3PW0A 3KLGA 4DTSA 1ASUA 5C25A 3NMAA 3NBPA 4H54A 1TKTB 3V81A 2O5DA 5F8GA 2YKMB 1KHWA 2XCAA 4F50A 4O44A 5EWEA 3Q8RB 3HVTB 4U7CA 3SFUA 1S6QB 4FJLA 1C0TA 3BREA 1T94A 2VWJA 3LALA 3DLRA 4H4OB 3NDKA 4F3TA 3KLHB 4QW9A 4DL3A 1SKWA 3ASMA 1LW0A 1CXUA 2D0BA 5KGXA 4JRQA 3KJVB 1L5UA 4MK9A 1S1VA 5L1IA 3QIOA 3VN5A 2P51A 2KZZA 4KKOB 3UQSA 3CDWA 5F8HA 3DOKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OL9 A;  2JLE A;  3MXI A;  5KG6 A;  3KHR A;  1RT6 A;  3Q8Q B;  3GII A;  4FK0 A;  2YHB A;  2CKW A;  2BE2 A;  1B9D A;  5L1K A;  3DM2 B;  4CFC A;  4DFM A;  3AVF A;  1L3U A;  4RW6 B;  4WFY A;  2YNG B;  3HPO A;  2IGI A;  4BDY A;  1RBR A;  2UVU A;  2G8H A;  2BQ3 A;  2YNI A;  3RBE A;  3I0R B;  2C2D A;  1TL1 B;  3V6H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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