3MECA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with tmc125
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
552
structure length
550
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase with Etravirine (TMC125) and Rilpivirine (TMC278): Implications for Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p66 Reverse transcriptase
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 149
structure length 550
sequence length 552
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3mecA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mecA05
1JLAA 4Z4IA 2GBZA 3RR8A 2AWZA 5KFYA 4LQ3A 2O5DA 3KIOA 3UIQA 1SL0A 3BGRB 2JGUA 4CK3A 4CGHA 1UA1A 1JX4A 1LW0B 1HRHA 3HT3A 1D5AA 1REVA 1T94A 3V4IA 3UR0A 3IS9B 3CFOA 5K14A 3H5UA 4EO8A 1N48A 4OGCA 2J6TA 4QCLA 4FJXA 2HVHA 4WFZA 3KLHB 3T19A 2R8KA 4ECXA 1YVFA 5KFUA 1G15A 4C8MA 3G6VA 3ULDA 4PQUB 3BREA 5FRMA 1ZBFA 3OL9A 1B9FA 4ZVHA 3K5OA 3LP3A 3ISNC 2BANA 1IG9A 4J2BA 3LPTA 1J5OA 3KNAA 4ZHRB 3S9HA 3QERA 3QZ8A 4DL2A 4KB1A 2Z1JA 3HVWA 2HHWA 1S0MA 1QAIA 2FVPA 1FKOB 3DMJB 2XGQA 3FFIA 3DRSB 2IJNA 2W9BA 4B8CA 1VSFA 1HNIB 4NRUA 2P51A 4DFJA 3MXMA 4CHZA 2WB4A 1WN7A 3VQPA 3SPZA 3G86A 3NF9A 1RTDB 5SZTA 5KT2A 4O0JA 4E1MA 1JXEA 1S49A 2D3ZA 1RT4B 1GX5A 4R5PB 2E6LA 1HQUA 4I2PB 4C8KA 3OLAA 2IMWP 3CYMA 1X9MA 3HSTB 3SUNA 4EZ9A 4CIFA 2R8HA 4Q8FA 3GIMA 3T5KA 4I9LA 3TAGA 1FXXA 4KV8A 3D28A 1RYRA 4CE9A 3G0ZA 2IJFA 1JLAB 4ZP6A 2DTUA 3I5BA 4LQ9A 2VA2A 4CJFA 4DL6A 4BWMA 3M8PA 4K4XA 1WNEA 3BSOA 2D3UA 1REVB 4ZPDA 3V4IB 3G10A 2V9WA 5K14B 3KJVA 4E7LA 2IAJA 3VQBA 3PZPA 1TL1A 3VQ7A 4G1QA 2PYJA 4CF0A 3HVRA 1TK0A 4EBEA 2QXFA 4IFYA 4TYBA 3CVKA 5F9NA 4XIUA 4FJ9A 5L1LA 1WAJA 2B4JA 1RDCA 3KK3A 3IGVA 2OPSA 4ZPBA 1RBUA 4U6PA 1EXQA 1Q9XA 1JLQA 2XO7A 4ZPAA 4CGIA 2BANB 1MMLA 1J5OB 3KMQA 3QGIA 3PX0A 3IRXA 4RNMA 3CJ3A 3V9WA 4GMJB 3O3GA 4IG0A 4DWIA 3UPFA 4NCAA 4WYWA 4CEOA 1ASUA 3B6OA 3FFIB 4NLUA 3ICLA 4CEQA 2YNHA 5C42A 2J6SA 2W9BB 4YR3A 3CJ4A 3T5HA 3VN5A 4NYFA 4B9UA 4F8RA 4MIAA 1K6YA 1OS5A 4Y1DA 3OS1A 1HQEA 3THVA 4DEZA 3H08A 4DLGA 1IKVA 1HQUB 4NLQA 2UVUA 4RNOA 4Z4EA 3H4DA 2GIQA 4YP3A 4KPYA 3KKRA 2C2DA 4KV8B 5JS1A 2Y1IA 5DLGA 4WXWA 4CEBA 3NFAA 4MIBA 4NLRA 3QETA 4BACA 3M8PB 4O3RA 4F2SA 3KHLA 4J2DA 1U04A 2G8WA 4DLEA 2HHUA 2IGIA 3OVNA 3KJVB 3TQ1A 2IAJB 3AVNA 1TL1B 4G1QB 4RUCA 5KGWA 2HWHA 3KOAA 3PO4A 4IFYB 3CJ0A 4O4RA 4KTWA 4KI4A 3KMSA 4AILC 4Z4GA 2E9ZA 3HL8A 4OPJA 4AH9A 5J2NA 5KFEA 1ASWA 3KK3B 3V6DA 2OPSB 4JV0A 4H4OA 4FJIA 3DRPA 5L1IA 2HHXA 3RR7A 3HVAA 1JLQB 2V4RA 1RBTA 4CJPA 4KI6A 1TKZA 1NK0A 1X9WA 3H5YA 4M3TA 4FYDA 1X1PA 2BQ3A 4OKKA 1WSEA 2JLEA 1TKXA 1T3NA 1NK6A 1TK5A 4IG0B 3ALYA 1W0HA 4NLYA 1U09A 2X6NA 2YNHB 5C42B 3K57A 2DY4A 3V9XA 2XGPA 4RW4A 3DLBA 1HQEB 3TARA 1JLBA 3IAYA 5EU7A 2W7OA 4FJJA 2D41A 1IKVB 2FLNA 4TQSA 4BDZA 4EP5A 2V4QA 1VRTA 2IC3A 3V6HA 4HUGA 1KFDA 1VK0A 2ZQBA 3ZT4A 3QIDA 4QW8A 4FJKA 2G8IA 4ID5A 3G6YA 2AU0A 4NLGA 3M9MB 2CKWA 1TQLA 4ZP8A 3CJ5A 3V1RA 3NGYA 1HYSA 4DTSA 1NK4A 1X9SA 4B9LA 4F50A 4TSXA 2Y1JA 4DQPA 4PUOA 1S48A 4FM2A 3I0RA 4H54A 5KG1A 4O5BA 3NHGA 2XI2A 1A5VA 2O4IA 4OL8A 2BQUA 5J2NB 2RPIA 3V6DB 4H4OB 3NAIA 3DRPB 4F4YA 3F73A 2AX1A 1VRUA 2ETJA 1NK5A 4OKEA 1TKZB 1RT5A 1T05A 2WCXA 1I3AA 2G8KA 4K8XA 1WSIA 1C0TA 4DL5A 5KT7A 3CO9A 4FVMA 3OYKA 4Z4CA 1TKXB 1DTTA 3V6JA 4HKQA 3TAQA 4LSLA 4J9PA 4YR0A 1NOZA 3GIJA 1ZYQA 3VQ8A 4E7HA 4FLYA 1D1UA 5F8MA 3LPUA 3FDSA 2ITGA 4W5RA 3PW0A 5KFIA 4RW4B 4IQXA 1UAXA 1WSHA 4YNQA 3ZSWA 1LV5A 3VQ9A 3PHEA 1JLBB 1JXLA 2KW4A 1L3SA 4F4ZA 4RZRA 2IM1A 3NGDA 3S3NA 1T03A 3QEWA 4GVMA 1VRTB 4PA1A 4F2RA 4TLRA 1R0AA 1HYZA 2IC3B 4AHRA 2UVRA 1EKEA 2EHGA 3M8SA 4DL3A 3LZIA 5CY4A 2KFZA 4DTMA 1RDBA 4ID5B 2VWJA 3H4BA 4ZVEA 4IR9A 1L3UA 1RT1A 1HYSB 1SL2A 4N5SA 3C6UA 1U48A 4WXOA 1JL1A 4PUOB 3I0RB 1HYVA 3TVKA 4NLXA 3MTKA 3VA3A 2IA6A 4CJKA 1Q9YA 4Y2AA 3IG1A 1S1TA 1VRUB 1RT5B 1T05B 1C0TB 2R2RA 3PJWA 2KQ2A 3AA3A 5KT4A 4M3RA 1FKPA 1DTTB 2KZZA 1KFSA 4LSLB 1IKYA 2YHAA 3QIOA 1CZ9A 1QAJA 3OJSA 4U7CA 2R2SA 4M3XA 5KI6A 1B92A 1WSJA 4NCGA 2E9RX 2AJQA 4CF9A 1U47A 4FLWA 1VSEA 3V9UA 5HBMA 3P5JA 4KSEB 3NGZA 2E9TA 2XCAA 2F96A 4O3QA 1T03B 4ELVA 2ASLA 1SH0A 2ALZA 4QWDA 2W8KA 4LH5A 1R0AB 4I2QA 4XO0A 3PW4A 3HVTA 4ED7A 4RW9A 4J9MA 2UVWA 3KK1A 3PW7A 1N4LA 1Q8IA 2WHOA 3UQSA 3K5MA 1TVRA 4ED1A 3OLBA 4H4MA 4MH8A 3K58A 1K1QA 3FSIA 3TI0A 3OHBA 3PR4A 5F8HA 4EYHB 4Z0UA 3C6UB 2X74A 4C8OA 4KTZA 3DDKA 4B08A 2WK4A 4ELUA 1XI1A 5KG6A 3DLKA 5DG8A 1S0OA 4UQGA 1O1WA 3LP0A 4JRPA 5DLFA 3AO2A 3PVXA 1J53A 3PX4A 3SNNA 5KT6A 3IG1B 2FJVA 4FLTA 1ZBHA 4HCBA 1S1TB 4CJWA 4HUFA 3OL8A 1XHXA 3ZSYA 4WFXA 1RA6A 4ECTA 3WNEA 1FKPB 4FXDA 3E01A 1IKYB 2DPJA 4IRCA 4PY5A 1S1UA 4KHNA 4QWEA 4EYIB 3WNFA 3DLEA 3QEIA 1S1VA 5J2PA 4CIGA 1MU2A 3S3OA 5JS2A 3D0PA 3Q8PB 4BDYA 2XHBA 1NJYA 4FJGA 5HBMB 2AQ4A 4Q8EA 3L3VA 4CJVA 1WSGA 1NHVA 1RDAA 4ZTFA 5FROA 1CZBA 4M95A 4NCBA 3OHAA 2V0NA 4N41A 3KK2A 4N47A 3FRZA 4I2QB 3PW2A 3HVTB 4RW9B 3KK1B 4DTJA 4JS5A 2PY5A 1IKWA 4EZ6A 1TVRB 3K2PA 2R8GA 4JS4A 2BE2A 4H4MB 5KT5A 3H40A 4GC7A 4DTNA 1SKRA 5DGBA 2DFEA 2F8SA 3NGIA 3T5JA 3V9ZA 3OS0A 1S9FA 3GIKA 3RB3A 3HP6A 3TAPA 1S9GA 1RBRA 1JIHA 2XCPA 2I5JA 3IGNA 4ZVGA 5J2MB 3DLKB 3Q8RB 3QESA 3AA4A 4KAIA 3TAFA 1IO2A 1L3VA 3LP0B 4O0IA 2F8TA 1GOCA 1I39A 1WSFA 1BI4A 4IOBA 2FBVA 3QNNA 3DLHA 3KLVA 3BSNA 2DFFA 1TKDA 2AGOA 1NHUA 1RDRA 5KRSA 1RCHA 2G8HA 2FVRA 3M9NB 2IBKA 4ED2A 3E01B 4DL4A 4CJ5A 1BCMA 3VQ5A 3ZSRA 1T8EA 1S1UB 4XPCA 3L2WA 3E51A 3DLEB 4NLTA 1S1VB 1VSIA 5J2PB 1SKSA 3OYNA 4O3OA 1MU2B 3UDLA 3H59A 4RW6A 3MAQA 5KGXA 5KFSA 4F4XA 1GOBA 3ZSXA 2D7SA 5KFOA 3PUFA 1C1BA 1LW2A 3TR8A 4FJLA 3CQ8A 3GQCA 3KK2B 3K5LA 4J9LA 4K4TA 4NLVA 3N6LA 1NK9A 1RT2A 1IKWB 4CHNA 4FM0A 3AVMA 2BE2B 1LWEA 3T1AA 3Q8SB 2A1SA 1NJWA 3ZSVA 2YNIA 2KFNA 1S4FA 3QEVA 4CK1A 1XC9A 1NKCA 1C0UA 1LAWA 1CXUA 1RTHA 4ZMMA 1S9GB 2FLLA 2O4GA 2OYQA 4FZZA 4M3UA 2I5JB 3QEXA 3QGHA 1EX4A 3AVCA 4EBDA 1ITGA 3AA2A 2BR0A 4L8RB 3HO1A 3MFHA 2HHSA 1BI4B 4JV1A 4E19A 3RWUA 3KD1E 3VQ4A 5DG9A 1QQCA 3SUOA 4DTOA 4KREA 4K50A 3BSCA 4F3TA 3L3UA 3OYHA 1J54A 3VQQA 3N6MA 2A1RA 4JLHA 3OYAA 3OYDA 4X2BA 4RW6B 2FJXA 4M42A 1ZTTA 3WNGA 1NJXA 1C1BB 3CIZA 3O4QA 3AVFA 1LW2B 4DQRA 4B9SA 4KHUA 2FBTA 3L8BA 2OPRA 1JLCA 1SUQA 4K4WA 5KFKA 1GOAA 1EP4A 3MR3A 4FJ7A 3L2VA 3SV4A 2R8IA 1RT2B 2OZSA 3AV9A 3C95A 4J9NA 3IRXB 4FS2A 1KVBA 1LWEB 4O3SA 3NMAA 1B9DA 3GV8B 1UA0A 2YNIB 3NAHA 4R8UA 3TANA 3DLRA 1C0UB 1BQMA 2IS3A 4ED6A 1DTQA 3ZSOA 1A5XA 1RTHB 4URSA 4E7JA 4JUZA 3CM5A 4LD0A 2HNZA 3RB4A 4O55A 2IM3A 4QOZB 2BQRA 5CYQA 3PO5A 3RMCA 4CECA 3H98A 4ZP9A 4FJ5A 4ED8A 3VQAA 1U49A 1CSJA 2NUBA 3AA5X 4FLZA 2WRMA 3EPIA 4FW1A 3OYFA 5T7BA 4CHOA 3PV8A 2FVSA 1TAQA 4PWDA 3TAEA 5CYMA 4KHRA 3L2UA 3QYYA 4O4GA 4KO0A 3K59A 3GV7B 3OYIA 3SI6A 4IBNA 4DQIA 3OYLA 4RW8A 3QZ7A 1L5UA 3U6FA 5D3GA 4O3PA 1VSKA 3BSAA 2ASDA 3SFUA 4Y34A 5C5JA 4EEYA 2KZMA 1BIZA 3LAKA 4DSJA 1W25A 5KFMA 4FLVA 3KHHA 4F4WA 3V6KA 1QUVA 2LSNA 5DK5A 5HROA 4FLUA 1JKHA 2OPRB 3ITHA 4QWAA 5KG2A 1JLCB 1SUQB 1SH3A 5KFFA 4DFPA 1EP4B 2AGQA 2B5JA 4CF8A 3AO3A 3EZUA 3F9KA 1U45A 4K8ZA 3V1OA 4AHVA 4HUEA 5KFXA 4R8UB 3CDEA 3U3GA 1BQMB 5I3UA 2FBXA 4CJRA 1YVUA 5F8LA 1DTQB 4F3OA 1S9EA 3O4NA 4TY8A 3VA0A 2HNZB 3CJ2A 3RB6A 3RB0A 4HVJA 5CYQB 4MQ3A 5KFAA 2QKKA 4CGDA 4NLPA 4HTUA 4DL7A 2ZD1A 3AO4A 4LSNA 3A2FA 4ED3A 4CK2A 4K4ZA 4OVLA 4DSKA 5C24A 3T3FA 4URGA 1HMVA 3QLHA 1RAJA 4B8AB 4HCCA 4WE1A 3SYZA 4PWDB 3KLEA 5CYMB 2UUTA 2YV0X 2YKMA 4O4GB 4KO0B 4QW9A 2VG7A 3AVAA 4O44A 1XWLA 3RMBA 4J2EA 3EPGA 1IKXA 5KFQA 2B6AA 4RW8B 5KG3A 4Q45A 5D3GB 1NK8A 3PR5B 3AVLA 1SH2A 1YTAA 3FQKA 2HAIA 3OYCA 4IRDA 3ASMA 4BE1A 3HM9A 4FBTA 3AO5A 3CM6A 3DI6A 3D5MA 3OYJA 2FBYA 3O3HA 5HROB 5EWFA 1C6VA 5JXSA 1JKHB 3ITHB 1VSJA 2DPIA 3C6TA 5KG7A 3HYFA 1UOCA 4DU1A 4CCHA 4E7IA 2JC0A 2B5JB 1LWFA 4C8LA 1RT7A 2P5GA 4OKJA 2XRIA 4F4KA 3SQ4A 1NKBA 5J1EA 1FK9A 5I3UB 1ZTWA 4I7FA 4NZ0A 4CHQA 1S9EB 3ZT3A 4CESA 3I5CA 4TY8B 4ECZA 1NOYA 4CFAA 2GV9A 5EWGA 4KB0A 5F8GA 4DTUA 2HNDA 4ECUA 4K4VA 1QS4A 3O3FA 5KFNA 2ZD1B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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