3FFIA

Hiv-1 rt with pyridone non-nucleoside inhibitor
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
553
structure length
549
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Pyridone Diaryl Ether Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 151
structure length 549
sequence length 553
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3ffiA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ffiA05
3LALA 3LAMA 1LW2B 2JC1A 4K4TA 2ASJA 2ILZA 2W8LA 1S10A 3BR9A 1JXLA 4FZXC 5KFVA 2ILYA 1BI4A 3O3GA 1HRHA 3MF5A 4DSIA 1DLOB 1Z25A 4PY5A 4LY7A 3SUOA 3HPOA 4MIAA 4KHYA 4ZVGA 1YTAA 3KMSA 2OH2A 2B43A 3Q8RB 4KO0B 4Z4IA 3LP2B 3D5MA 1X9MA 4RNNA 2CJQA 1UWBA 4AH9A 3BSCA 3C94A 1TKTA 4IH5A 4ED8A 1BIUA 4TSXA 4PUOA 5L1LA 4KKOA 1C1BB 5D3GA 4ZVHA 4CHZA 3DDKA 2R8IA 3DLEB 1HQUA 2W9CA 2VA3A 3LP3A 3ZT1A 5T14A 1J5OB 1QSLA 4F8RA 3FQKA 4F3OA 1HQEB 1DTTA 3I5BA 1RDAA 3BQ1A 4NRTA 4DQIA 3NAEA 4CGDA 3AVBA 2HHUA 5FDLB 5DGAA 4Y2CA 5DQHA 4OJRA 1IH7A 3CFOA 2C28A 1CSJA 4WYWA 5EWFA 2XWYA 4DMNA 3VQSA 1EP4A 3M8PA 2ITGA 2I1RA 3CWJA 5EUHA 4WFXA 1KRPA 4N76A 2W9BA 1S9EA 4DQRA 4J2DA 1FKOA 1N6QB 4NYZA 4ICLA 4I7FA 3V6KA 2XRIA 2D3ZA 3QEXA 2FLLA 4NYNA 3RB3A 2O4IA 1NJWA 5SZTA 1NHUA 3HL8A 1OS5A 4MK9A 4B9TA 5DGBA 2RPIA 5F8HA 4FJXA 2F8EX 3MR6A 4AHSA 3TI0A 2ALZA 1RCHA 2Z1IA 1RTDB 3MEGB 3G6XA 2PYLA 2QV6A 1CXQA 1QHTA 1TL1A 1U47A 2GC8A 2XCAA 4N41A 3AVGA 2W7OA 1GX5A 3KHRA 4AILC 3OS0A 5KT4A 1C1AA 2G8IA 4OL8A 4QWAA 1TGOA 1BCOA 4M3TA 3M8RA 3KNAA 3NE6A 3UDLA 4KTZA 4FLTA 2IC3B 4OVLA 3M8QA 1XI1A 2HHVA 2EX3A 3KK3B 3BDPA 1QUVA 2WONB 3K2PA 2XC9A 3T3FA 5KFAA 3K5LA 1S6PA 4YR3A 2R7YA 1N5YB 4ZMMA 2Z1HA 1LWFB 1R0AB 3GV5B 4CJRA 3VQ7A 3OHBA 3BGRA 3F73A 2BQRA 3ITHB 2G8WA 4K50A 4HUEA 2ZKUA 2OPPB 4DG1A 5CYQB 1D9DA 3EZ5A 4B9VA 3RAQA 2IM2A 2KW4A 3DOLA 2CKWA 2HNDB 4W5QA 4FJMA 1DTQB 4WYLA 4TY8A 4LD0A 3S3MA 3MFHA 3DRRA 3AV9A 3P5JA 3T19A 2HMIB 1S9GA 3KLGB 3LANA 2X78A 5DG9A 1NK7A 1VRTA 3V9ZA 4HCBA 4KHRA 3H98A 3G0ZA 1B9DA 5KFFA 1SL0A 3V4IA 4HVJA 3AVAA 3MECB 4DLEA 1ZTTA 4ZPBA 4Q0BB 4QWCA 1QAIA 3HHKA 1RT2B 3HSTB 4JS4A 1LAVA 3RMDA 1QE1A 2BDPA 3EPIA 2XCPA 1RT6A 4K4SA 1U48A 2P5GA 3DLKA 1CZ9A 5CZ2A 1IKYB 4WFZA 3UQSA 4CHNA 4F2RA 1TAUA 4IG3B 1S97A 3VQCA 1HARA 4CGHA 2HHSA 2JGUA 2FVPA 3TAQA 1LWEB 4DFKA 2R2UA 2XI2A 2V9WA 4KI4A 1JLQB 4PA1A 2KFZA 2AWZA 1WN7A 1NOYA 3JYTA 4ECQA 4K8ZA 1ZBUA 3BSAA 1S0NA 2DFHA 5HP1B 2B5JA 1BCMA 4WXOA 3DM2A 5DMRA 3RTVA 2NUBA 2VWJA 3KKSA 1B92A 2OPSB 3NGZA 2E6LA 4Y1DA 3PO4A 1ZBIA 4ZHRA 3VQBA 3DLRA 2ZE2A 1NK9A 2HNYA 1SKSA 4RW9A 4NCAA 4OPKA 4O5BA 3QGGA 1S1WB 2D0CA 2PZSA 5J2NB 3KLEB 1NK4A 4M3ZA 4JRPA 1RT5A 1RDBA 4OLAA 1BGXT 4J9NA 1W25A 4PWDA 5EWEA 3DOKA 3I0RB 4RW6B 3MXJA 1YTUA 3QLHB 1LWCB 4IFYA 1Q9YA 4NLPA 2UUTA 3QIOA 3HVAA 3CYMA 4NLQA 3AA3A 2D41A 3ZSWA 4CJ3A 4DSFA 3O4NA 4FYDA 3CDEA 1EKEA 3LWMA 4ZPCA 1B9FA 1BIZA 4MK7A 5KT3A 5KG5A 3PY8A 3KHLA 3SUPA 4FLWA 1RT1A 4DSJA 2IMWP 3OL8A 1T7PA 1FKPB 3KLFA 1EETA 1REVB 5KFJA 5HROA 4KB0A 3SQ0A 1JKHA 1X9WA 1RILA 3LPUA 1RTHA 1NK0A 4IG0A 3Q8PB 4K4VA 4RW4B 3D28A 2JEIA 2IAJA 1RTJB 4ED7A 4KRFA 4Z4EA 3NF7A 1K1QA 4DU4A 1WSGA 3KHGA 5DLGA 4B3OA 4YFUA 3L2RA 1TV6A 4JV0A 2BANA 4I2PB 5KFCA 5CYMA 3S3OA 4O3RA 3ZSOA 1WLJA 2FBYA 1T8EA 5KFEA 5KFSA 4JRQA 1LW2A 4KTQA 1O1WA 3D45A 3M9OB 2IGIA 4I9LA 4RW7A 1C2PA 4MFBB 4ZTFA 4FJHA 4QWBA 2IS3A 3OHAA 3ICLA 1DLOA 3OYHA 4IKAA 3A2FA 2Z1JA 5JXSA 4KO0A 2YNHA 2OPQA 2IA6A 3KLIB 2ETJA 3IG1B 4RW8B 3LP2A 4MIBA 4Q5VA 4R5PB 1L3UA 2WK4A 1VSJA 1SUQB 5KFHA 2GIRA 2W8KA 3VA0A 4EO6A 3ZT4A 1JLAB 1C1BA 3OSNA 3F9KA 3DLEA 2R2RA 1SKWA 4O0JA 2D0BA 4KAZA 1J5OA 2VG5B 2HHXA 1HQEA 1J53A 1S48A 4FJGA 4FLXA 1U4BA 3KD5E 4O3QA 2G8UA 2ZQBA 5KG1A 1CLQA 3IRXB 5FDLA 4URQU 3AVJA 3O3FA 4CEFA 1K6YA 2Y1JA 2G8KA 4HYKA 2R8KA 4U7CA 1XWLA 5I42B 4KHNA 3NL0A 4ECWA 4E7LA 3LZIA 3B6OA 4M95A 1N6QA 3FDSA 1A5WA 1TKDA 1TKZB 2WRMA 2KTQA 4Q8EA 3FSIA 3KKRA 1UOCA 4KB7A 5KT2A 4IBNA 2B4JA 1TL3A 3PX0A 5HLFB 4XO0A 4CF2A 3PW7A 4DL4A 4FK0A 1KTQA 4YP3A 4B9UA 3K5NA 2QKKA 3ALYA 1WSFA 1RA6A 3TVKA 4DF8A 1RTDA 3MEGA 4FLYA 3OYCA 4F2SA 3V9UA 2PYJA 3FQLA 5DQGA 5KG4A 1ASUA 3HXMA 5HRNA 4DTXA 1KLMB 3OYNA 3QNNA 1Q9XA 4NCGB 5KI6A 2XY6A 4EZ9A 4M45A 4CJFA 3SQ1A 1TVRB 1WSHA 2XHBA 3NDKA 2Q3SA 4OGEA 3PW4A 2IC3A 2HAIA 3ZSXA 1RAJA 4BWJA 2YV0X 3SI6A 1U04A 1N5YA 4KFBB 4CJUA 1LWFA 3HK2A 4WFYA 4RZRA 1RT4B 3CJ0A 4ECXA 3PW0A 3QIPB 3LWLA 4E1NA 2BE2A 4CHOA 3G6YA 2UVUA 3TARA 3ITHA 4G1QB 1C0TB 2OPPA 4ECYA 4ZP6A 4GVMA 4MKAA 3GYNA 4FM2A 1NJXA 1TQLA 4Q8FA 2HNDA 1DTQA 1RT3B 1T03B 4EYHB 4ELUA 4Q44A 2HMIA 4I2QB 3KLGA 4TYAA 4DTSA 1N4LA 1YVFA 1RTIB 2FVRA 4ECTA 2D7SA 1KHWA 2G8HA 4PQUB 1WSIA 4QAGA 3MECA 4MKBA 1NJZA 4Q0BA 4FJ8A 5KFGA 1RT2A 1TAQA 3OYJA 1RYSA 2YKNB 5F8LA 3N6NA 4BACA 3T5LA 2ZD1B 3AO2A 4CGIA 3AVHA 1IKYA 3DRPB 5J2PB 3OYIA 4IG3A 2FJVA 2O4GA 2G8FA 3VQ5A 3QINA 3RRHA 3IGNA 2IM0A 3PW5A 1LWEA 1A5VA 2VA2A 1IO2A 3QETA 4NLDA 1JLQA 2WOMB 4NLXA 4J2EA 4EO8A 2WCXA 2V4QA 1J9AA 1VSKA 3NF9A 2R2SA 3MAQA 4J9MA 1NK8A 4QW9A 5KFUA 2R2TA 4DTRA 3SPZA 4F4WA 4F4XA 4EBCA 4KHUA 2F96A 3EZUA 4M3UA 3LPTA 4CHPA 1C0UA 2IJNA 2XGPA 4IR9A 4JV2A 1KVBA 4OGCA 4ED1A 3K5OA 3SV4A 4NLUA 2R8HA 3NCIA 1S1WA 3QGHA 5J2NA 3KLEA 2IDOA 5F8MA 1ASVA 4DWIA 4NYFA 3AO4A 5DG8A 4IFVB 3ZT3A 5E41A 2RKIA 5C24B 1KFDA 4FCYA 3KK2B 1JLFB 4KTWA 4QOZB 1TKXB 4LQ3A 1L5UA 3MEEB 2HVIA 1UA1A 4NLVA 3GV8B 3I0RA 4RW6A 3QLHA 3OLAA 1LWCA 3E01A 3V6HA 1D8YA 2G8VA 5KFRA 3LP1B 4W5RA 2DY4A 4FJ5A 1JXEA 4CF0A 4J9OA 4DSEA 3TQ1A 4Y1CA 2FLPA 1I39A 4N56A 1ZBLA 3NH1A 4KPYA 3UPFA 5C5JA 4YNQA 3PV8A 4ED0A 1FKPA 1JLCB 3ZCMA 1C1CA 5EU7A 4CERA 5DQIA 3L3UA 4JUZA 3ISNC 1HNVB 4LSLA 1NK6A 4RW4A 4O3SA 3OYEA 3V9XA 3CVKA 1BHLA 2YKMB 3DRSB 3PZPA 1GOBA 5F8NA 2KZZA 1BL3A 4I2PA 1S1UB 4K4YA 3LP0B 3GIIA 1JLBB 4AHTA 3H5UA 5K14B 2ASDA 3U3YA 3TAGA 4FW1A 1JL1A 3VQQA 4ECVA 4XPEA 4KHWA 1S6QB 3BJYA 4CFDA 4Y3CA 4DL3A 1RBVA 1ZBHA 3N6LA 4FJ9A 3SCXA 3GIJA 3QO9A 4L8RB 2R8GA 4MFBA 2AGOA 3TANA 4C8NA 4GC7A 4Z4HA 1VSEA 4CHQA 3G86A 2XI3A 4KV8A 4RU9A 3OYFA 2XY7A 3WNHA 3KLIA 5C25B 4E7HA 3IG1A 4EP4A 1JIHA 4ID5B 4J9PA 3V1QA 4E7IA 1XC9A 4R5PA 2FBTA 4QW8A 3PO5A 1SUQA 2V0NA 5DLFA 3PR5B 5KFXA 4U6PA 5JS1A 1JLAA 4CJ5A 1RT7B 3MXMA 1JLGB 4O55A 3QNOA 3HKWA 1BI4B 3L3VA 2VG7B 2P51A 2JEFA 1X9SA 3VQ6A 4CEOA 4F4YA 4ZP9A 2VG5A 2DTUA 3KK1B 5J2MB 5KFDA 4IDKB 4CECA 4NCBA 2HNZA 4NLGA 1EX4A 4CIGA 1RYRA 1XHXA 1JX4A 3IRXA 4G3IA 3AO3A 5KG2A 4EBDA 1FK9A 2XY5A 3RB4A 4CJKA 4O3OA 3NF8A 4HKQA 4H8KA 4ED3A 2AU0A 3WNEA 2RDJA 3QEVA 1W0HA 3C6TB 4FM0A 4FZYA 5I42A 1ZETA 3SQ2A 1HQUB 2HWIA 4CEQA 5F9LA 1HYSB 3NKYA 1TKZA 3CO9A 1DTTB 1IG9A 4Z0UA 3K5MA 1HMVB 5F8IA 4N5SA 2JLEA 4B9SA 4ZPDA 2W9AA 5HLFA 4DS4A 4CFBA 4B9LA 3O3HA 2AQ4A 5HRSA 3QEIA 3FFIB 3I0SB 2QE5A 4IRKA 4CHYA 4DFMA 3CJ2A 4ECRA 4N47A 3M8PB 1QSYA 3QZ8A 5J1EB 1BQNB 3NGYA 5EDWA 1KHVA 2BQUA 3QEWA 1KLMA 1S1TB 1Q8IA 5JUMA 1HNIA 4Z4GA 2AJQA 4F4ZA 2VG6B 4NCGA 4O3PA 4RNFA 1TVRA 4Q43A 1S1VB 5KFBA 3KMQA 4CEZA 1IKVB 4FK2A 4DLGA 5F8JA 4FJLA 5HBMB 4LQ9A 4W5NA 1KVAA 3ULDA 4O4RA 3T5JA 1ASWA 4NZ0A 4KFBA 1S49A 4CEAA 4FLVA 1JLEB 3OYDA 3ZSQA 3QIPA 3I5CA 2HHQA 1T05A 3RB6A 3SYZA 4FJIA 4RNHA 1QAJA 1LW0B 4HUGA 1SKRA 3ASMA 4H54A 3PJWA 4H4MA 1C0TA 2FJWA 1HYZA 4DU3A 3D0PA 4B08A 3UR0A 1L3TA 2BRLA 3U6FA 1RT3A 4EEYA 4DTUA 2ASLA 2AX0A 4DTMA 1VSMA 4K4XA 4DS5A 3H2LA 3DYAB 4FXDA 1RTIA 3RRGA 3ZSYA 4KB1A 4ZP7A 2UVRA 5KFNA 4PQUA 5DK5A 1RBTA 5KFMA 3H59A 4TQRA 4DTJA 4YR0A 1VK0A 2FVQA 5I3UB 4KAIA 2E4LA 4DG1B 2KFNA 3AO5A 2D3UA 3OYLA 2YKNA 1U09A 1GOCA 5KRSA 3DOLB 4AHVA 4YQWA 1MMLA 3DRPA 5J2PA 1LAWA 5KFKA 2FBXA 3AVNA 2JC0A 4R8UB 2KQ2A 1NNDA 3C95A 3BSOA 3G10A 1IKXB 4IOBA 4O44B 4DL7A 4IRCA 2AX1A 2DFFA 4QWDA 1F21A 3V1RA 2WOMA 5C42B 3SPYA 4CF1A 2DPJA 4NLYA 3ZSZA 2ATQA 3SV3A 1Z26A 1RT6B 4CFAA 1SL1A 4TXSA 4DQQA 4CF9A 3DI6B 4FJ7A 4YR2A 2YNFB 1FXXA 3FRZA 2HWHA 3H5SA 4ECSA 4FJJA 4FJKA 2AGQA 4WZQA 1NK5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BE1 A;  5KT6 A;  1T05 B;  1TK8 A;  2C2D A;  3HJF A;  1JKH B;  4WZM A;  2YNI A;  4IG0 B;  3L2Q A;  3KD1 E;  3HM9 A;  2IAJ B;  3KJV A;  4H4M B;  4R0E A;  5KT5 A;  3DLG A;  5KFI A;  4RG8 A;  4DL2 A;  3V9S A;  4B3O B;  3IS9 A;  1TK0 A;  3OL6 A;  4NLO A;  2BGG A;  2BAN B;  3T1A A;  1XHZ A;  5CYM B;  4URG A;  5CZ1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CUY A;  2DTJ A;  4JI5 K;  2BKN A;  2GQ2 A;  4FJX A;  2F8E X;  3W2V B;  2JX2 A;  3TI0 A;  3AGR A;  1RCH A;  2Z1I A;  1RTD B;  4NL5 A;  3VTH A;  3MEG B;  3IM9 A;  3G6X A;  2QV6 A;  1CXQ A;  5JIC A;  1F9H A;  1F60 B;  2GC8 A;  4OV1 A;  3SSS A;  3BO3 A;  4YS2 A;  3A5O C;  4OL8 A;  1TGO A;  1NDC A;  1DAR A;  4KTZ A;  4FLT A;  1WDT A;  4DV1 K;  1D9A A;  2HHV A;  3GBT A;  1GLF O;  2QWO A;  1S6P A;  4YR3 A;  2R7Y A;  2EG1 A;  2QXL A;  2AP1 A;  7FD1 A;  2OD6 A;  3CDB A;  1TL7 A;  1FES A;  2FSN A;  1HD1 A;  4TKT A;  3LUY A;  3FMW A;  2OPP B;  5CYQ B;  1WHX A;  3RAQ A;  3VES A;  3DOL A;  4G6V B;  4KC5 A;  3TJA A;  3MFH A;  3M1F A;  3P5J A;  2HMI B;  1S9G A;  2BVZ A;  2F4V K;  2IA0 A;  3LAN A;  1AUS L;  2WVE A;  4K2X A;  2KHO A;  3G0Z A;  4HVJ A;  3I33 A;  3MM6 A;  4YDX A;  3AVA A;  5AQX A;  3MEC B;  1IXK A;  4Q0B B;  3HHK A;  2IVO A;  2VDH A;  4V19 X;  3DXK A;  2BDP A;  4KHP F;  2XCP A;  1VQK S;  3I87 A;  3MPU B;  4IG3 B;  1S97 A;  4X4V A;  8AT1 B;  2VUG A;  1YIT S;  4CGH A;  1E4G T;  2DRA A;  5AQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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