3MECA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with tmc125
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
552
structure length
550
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase with Etravirine (TMC125) and Rilpivirine (TMC278): Implications for Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
molecule keywords p66 Reverse transcriptase
total genus 149
structure length 550
sequence length 552
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3mecA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mecA05
3RB0A 4BWJA 3GV5B 3AVMA 2YKMA 3DI6A 1TK5A 4KV8A 4KV8B 5KG0A 3NHGA 1TP7A 3IGVA 1LAVA 2BANB 1C1BA 1C1BB 4NLVA 1LWFA 1LWFB 3H4BA 3KLIA 4WYLA 3TAGA 3OYEA 3CM6A 5KG1A 3MFHA 4QPXA 2E6LA 2IAJA 4I2QA 2W8LA 3HP6A 3NMAA 5JS2A 3OYJA 3DLEA 3DLEB 4ZMMA 2FVRA 1IKYB 4DFKA 1XC9A 2KFNA 5J2PA 5J2PB 5KFEA 4IR1A 4NYFA 3OYBA 4Z4IA 4HHTA 3SUNA 4B9LA 3LZIA 4IG0A 4IG0B 4DEZA 1TK0A 5I42B 1X1PA 3RTVA 2WTFA 4DTMA 3LALA 3EY1A 3MXJA 4O4RA 3OYGA 1RILA 2BRLA 3HYFA 4I9LA 3AO5A 4BDPA 4W5RA 3D45A 4W5NA 3T5KA 1DTQA 1DTQB 4AHCA 3QNNA 4FJMA 3GIIA 2HWIA 5KFBA 1RDRA 4CGIA 3HJFA 2G8UA 2XI2A 5KFOA 5F8JA 4CJPA 5F8GA 1KHVA 4M3ZA 1TKZA 1TKZB 4Q0BB 3FFIA 4Q44A 5KFXA 1T7PA 4X2BA 2W9AA 3MEGB 3E51A 3DRRA 2WRMA 1JIHA 4J9MA 3RB4A 4C8LA 1C6VA 2C2EA 1RT1B 4ID5A 4CJKA 4U6PA 2IDOA 2ILYA 4TY8B 3NE6A 4IH5A 1S6PB 1SH2A 2R2SA 2E9RX 4LH4A 1UA0A 3O3FA 4AILC 5JS1A 4CJSA 1T3NA 4IKAA 1X9WA 2V0NA 3ZSXA 4TQSA 4DQIA 2O5DA 1TQLA 2C2RA 1IKWA 1IKWB 1K6YA 3OL7A 3QLHA 3QLHB 2HHSA 4RZRA 1BISA 4NRUA 3NGZA 4IFYB 5KFIA 2OZSA 1ASUA 1C0UA 1C0UB 4Q8FA 4K8ZA 4ECQA 1XR7A 2YNGA 5DQGA 1S10A 3IAYA 2HHUA 2AU0A 2GIQA 4H54A 4NLPA 2R8HA 3OS1A 4IQXA 3FDSA 4KI4A 2B6AA 2B6AB 3KLFA 3KLFB 3ZSOA 2G8VA 4IDKA 4IDKB 4O4GB 1T05A 1T05B 1VSHA 3AA5X 1XR5A 1WSFA 4E19A 3K5OA 2VA3A 3L2VA 3QEWA 4FLUA 3PHEA 3AVLA 2D0CA 4K4SA 2JEFA 2F8EX 5K14B 5KFNA 1SUQB 1S49A 3T5JA 2JLEA 2GC8A 2IM1A 3MR5A 2DFFA 4M3XA 4M3RA 3E01A 3E01B 3OLBA 2R2UA 4MK7A 2JEGA 1ZBFA 1S1TB 1RA6A 4EZ6A 3DLRA 2RDJA 1U49A 3NGIA 4ZTFA 2HAIA 1ZTWA 3UQSA 1EP4A 1EP4B 3KKSA 4MFBA 3AA3A 4CGDA 4CHQA 1HNIA 1HNIB 3PUFA 4CFBA 4ED3A 2AGPA 3SPZA 2IM2A 3KMQA 3QEVA 3H08A 5DQIA 4N76A 3PJXA 4CGGA 1RT7B 4Y3CA 2E9ZA 1Z26A 3RAQA 3KK1A 3KK1B 2E4LA 1HYVA 4HUGA 4NZ0A 3QEIA 4DS5A 2AJQA 1D5AA 4ZPAA 1U45A 1RTJA 1RTJB 5KTQA 2F8SA 4QW8A 4JRQA 4F50A 4NLGA 3M9OB 4DL3A 1Y97A 3U3YA 4O55A 3VQ6A 1N56A 5KFJA 3TAQA 1SKWA 4MKAA 3TANA 4HKQA 2O4GA 4N41A 1MU2B 4F4KA 3S3MA 4JV1A 4J9KA 5KT7A 1BHLA 4FJHA 3M8QA 3M8QB 2I1RA 3ZT1A 4CEQA 3VQEA 4CGHA 2IS3A 3I5CA 2JGUA 1VSFA 4C8OA 3TAPA 4WXOA 3BSNA 4K4VA 2BR0A 4EP4A 2W42A 1RT6A 4EYHB 2LSNA 4EBDA 3V6JA 4MIAA 2Q3SA 1KVCA 3C6TA 4WFYA 4NLRA 5EUHA 5DLFA 3BQ0A 3CJ5A 4ZVHA 4E7HA 2D41A 4FVMA 4DLEA 2XO7A 3VA0A 3BSAA 2A1SA 1D8YA 3QZ8A 3OHBA 3TI0A 2Y1JA 4GC7A 3SQ1A 1NOZA 4MIBA 2X6SA 2HNZA 2HNZB 5KG5A 3K5NA 2FJXA 3TAFA 1A5XA 2DY4A 4FYDA 4NYZA 5F9LA 3LAKA 4EBCA 3UDLA 1C0MA 3PX6A 1JLBA 1JLBB 4RW8A 4RW8B 5KFQA 2DFEA 1KRPA 4KSEB 1TVRA 2R7YA 2YHBA 4DSLA 4CJQA 4EZ9A 3V9XA 3RRHA 4CIEA 2XGPA 2O4IA 5D3GB 1T94A 3FQLA 3NF7A 4FJNA 4WYWA 4QWCA 4QCLA 4OPKA 3PX0A 3O4QA 5C5JA 1MMLA 3CQ8A 4O3PA 2V9WA 2EX3A 4CEDA 4YR2A 3DLKB 3LWLA 2YNIA 2YNIB 3HVRA 3I5AA 1HMVA 4FK4A 1C1CA 3PY8A 3ZSVA 3KD1E 4J9QA 3I5BA 2D5RA 1S48A 2XI3A 4F3OA 2BQ3A 4FJIA 1HARA 5J2QA 5J2QB 5J2MA 5J2MB 1HPZB 1ZTTA 3CFPA 4DSIA 4QAGA 4HTUA 1X9SA 1S9FA 1SKRA 3NAHA 3C6UA 2HB5A 3AA4A 1B9FA 3N6MA 4NLTA 5L1IA 2JC1A 4FJ8A 1QE1A 3FSIA 5KFKA 4EBEA 4IRDA 4OKEA 4KHSA 2WB4A 3OYFA 1T8EA 3CFRA 1DTTA 1DTTB 1UWBB 5HRRA 5E41A 1NNDA 1WAFA 1RCHA 4B9SA 2HHTA 4EYIB 3QIOA 1WAJA 3KHGA 3DOLA 2HNDA 2HNDB 4KKOA 4KKOB 1CZ9A 2VWJA 3QNOA 3K57A 4PWDA 4PWDB 4F4XA 1NHVA 4DWIA 2HHVA 3NBPA 3MXMA 4KHNA 1S1WA 5KT5A 4CJ5A 2HHWA 2C28A 1RTDA 1RTDB 1KLNA 3SQ4A 4NLQA 2JEJA 1ZBLA 2G8WA 4ECTA 1I6JA 4TYBA 4LSNA 4OPJA 2B43A 2C22A 3KLGA 3KLGB 4NLXA 4OLBA 4CCHA 4FJ5A 1VRTB 1CZBA 3PZPA 4QWDA 3BDPA 4EO6A 1JLQA 1JLQB 3KHRA 2HMIA 2HMIB 4NCBA 4ZPCA 3NGDA 1K1QA 1JLCB 3QEPA 4FZYA 1BCOA 5KG6A 2YNFA 2YNFB 1EXQA 2E9TA 4N5SA 3BQ2A 3NAIA 2BRKA 4F2RA 2B5JB 2QE5A 1D1UA 4DTRA 3UR0A 4EEYA 2IBKA 5KT4A 2J6SA 2IM0A 4KFBA 3JYTA 3AVNA 5CY4A 1QUVA 4DU4A 2D3ZA 4Z0UA 1JXEA 2UUTA 2QV6A 4IRKA 5KFLA 4RW6A 2UVRA 2I5JB 3ICLA 4URQU 1QS4A 3MR2A 3CJ2A 3SZ2A 2G8KA 1LW2A 1LW2B 4J9RA 4IH7A 3RB6A 3PJWA 3PO4A 4GVMA 4DL5A 1FKPB 1G15A 4KO0A 1VSKA 2V4QA 3AVFA 3H98A 4E7JA 3V9SA 3Q8QB 2R8IA 4CJ3A 4I7FB 2QK9A 2X74A 3RB3A 4B9UA 5HROA 1F21A 1BI4A 3OJSA 3Q8SB 3I8DA 4F4YA 3ZT3A 4FZXC 5DGAA 1QSSA 1KHWA 5HRNA 3KLVA 1BCMA 1S1UB 1VSMA 1WNEA 5KFMA 4ZVEA 2D3UA 2BANA 3G6VA 4WZMA 1JL2A 3TVKA 1NK7A 4YQWA 5DQHA 1RBTA 3NH1A 1NKEA 4F2SA 1LWEA 1LWEB 3OYNA 1XR6A 3OS2A 1L3UA 3QGIA 1TAQA 5KG7A 4RUAA 2GBZA 4ED8A 4WFZA 3MECB 1IKYA 1R0AA 1R0AB 3SUOA 1S9GA 1S9GB 3PV8A 3VQSA 3RR8A 1S5JA 4Y2CA 1HYZA 5I42A 5KT3A 2G8FA 1NK6A 4PY5A 2W7OA 3TAEA 5J2NA 5J2NB 4W5TA 5HBMA 5HBMB 3K5LA 2R8KA 4QW9A 1IKVB 1HNVA 1HNVB 4ELVA 2W9CA 2W9CB 1NKCA 3HVWA 3QERA 2OA8A 4HCBA 4ICLA 4ICLB 5J1EA 5J1EB 1O1WA 4M3WA 4FJ7A 4BE1A 3LAMA 4Q0BA 4CFDA 4M41A 4PA1A 4OVLA 3LZJA 3MEGA 3AVGA 4FW1A 2EC0A 4H4MA 4H4MB 2Z1GA 2YHAA 1RT1A 1RDBA 4JS5A 3AVHA 1RTIA 1RTIB 3I0RB 3ASMA 3RBEA 3AVCA 1YVUA 5HRSA 2ZKUA 4TY8A 2FLNA 1ZYQA 1S6PA 3ZT0A 5F8NA 4JS4A 4CESA 1JXLA 1RTHB 2FLPA 2Z1JA 3S9HA 4L8RB 4FK2A 2YKNA 2YKNB 3HO1A 3IGNA 3KTQA 4KAIA 1RDAA 4ZHRA 4ZHRB 4IOBA 4FXDA 3OJUA 3GIKA 4XPCA 3HVAA 3MEDA 3MEDB 2IM3A 1JLAB 3TAMA 3TAMB 3OSPA 2XHBA 3T5LA 2RN2A 5DG7A 3CM5A 4IFYA 3CDEA 3O3GA 3ZT4A 1NJZA 4OKJA 2RF2A 2RF2B 3RR7A 3EYZA 3OS0A 1S0MA 3LP1A 3LP1B 4CHZA 3C95A 4Y1CA 1VSJA 3AVKA 3L3VA 2PYJA 1SH0A 4ED1A 4J9SA 1QAIA 2Y1IA 4O4GA 4M3UA 4QWAA 1GOCA 2R8GA 3PX4A 3CYMA 4CEFA 4RNFA 2XCAA 1ZBIA 4ECVA 4JV0A 4CFCA 3QYYA 4RNNA 1U48A 3G10A 5F8HA 1D9FA 3H5UA 3AO3A 4K4XA 3HSTB 5K14A 1SUQA 3DLGB 4FLVA 4HYKA 4CHPA 1GX6A 1S1TA 1D9DA 4M3TA 3QIPA 3QIPB 4DU3A 3NFAA 5EWGA 3SYZA 4QWEA 4O3SA 1C1AA 4Y1DA 5KFDA 1BIZA 2P1JA 2WONA 2WONB 5KFVA 1S0OA 4TYAA 1YT3A 5KT2A 5JUMA 1BQNB 3AO4A 1RT7A 4K4ZA 2OZMA 3RAXA 3V1RA 4KTWA 3HXMA 4HUFA 4NCGA 4NCGB 3H5YA 4E0DA 5C24A 5C24B 3BSCA 5L1LA 4DFJA 2UVVA 1QSYA 2FJVA 4KB7A 4DS4A 3OYMA 1Z25A 2JEIA 2UVUA 4O5BA 3MR6A 1MU2A 3QGGA 4KAZA 3RMBA 1NHUA 2PYLA 3V9WA 4WE1B 5DK5A 3SNNA 4E3SA 2D0BA 2XRIA 2OPQA 2OPQB 4N56A 4G3IA 2EHGA 4NLDA 3IS9A 3IS9B 3SPYA 2D0AA 4B8CA 3K2PA 4KTZA 3K5MA 5KFCA 3NGYA 2DPJA 3N6NA 4E7LA 3QESA 2HVIA 4NLYA 4XIUA 4B9TA 2GIRA 4DG1B 4TY9A 4B8AB 4IBNA 3BR9A 4OGCA 2JC0A 3GIMA 1QTMA 4XO0A 2IC3A 2IC3B 3OYLA 2XY5A 2FVQA 5KFGA 1S6QA 1S6QB 2Z1HA 3HKWA 4Q5VA 4CF2A 3OVNA 3JSMA 1HQEA 1HQEB 3JSMB 4KE5A 4ZPDA 3PR5B 3VQ7A 4DFPA 4NLUA 3NF8A 2ILZA 2IJFA 3TQ1A 1LAWA 3EZUA 1LW0A 1LW0B 3SUQA 3D28A 4URGA 1J5OA 1J5OB 1WSJA 3VN5A 2OYQA 1KLMB 4BE2A 1A5VA 4O0JA 1JXBA 1JLEA 1JLEB 4DL6A 2KQ2A 1U47A 3D0PA 2HHXA 1RT4B 1TGOA 3NF6A 3AV9A 1UOCA 4YR0A 2P51A 4DL7A 3EZ5A 3Q8PB 5KI6A 3THVA 5D3GA 3SQ2A 4HCCA 1NOYA 2DFHA 3CJ0A 2J6UA 4BDYA 3KHHA 5JXSA 4J2EA 1UA1A 3OL8A 3DLKA 1S97A 1VSLA 3V6DA 3V6DB 5DG9A 2GUIA 3K59A 2A1RA 1NK8A 1S4FA 3NAEA 3ZSWA 3ISNC 1B92A 3NL0A 4E7KA 1NJXA 3UIQA 3K58A 4CF1A 3QIDA 4ECYA 4R5PA 4R5PB 3CJ4A 3HPGA 4IG3A 4IG3B 1WSHA 4KRFA 5T7BA 1HPZA 3IN5A 4UQGA 3QGHA 4NLOA 1TL1A 1TL1B 3KJVA 3KJVB 3M8SA 1IO2A 4FW2A 2HVHA 2KW4A 3NKYA 3GYNA 3PVXA 1U4BA 3BREA 1K1SA 5EDWA 3HL8A 2BE2B 3KK3A 3KK3B 2FVPA 1XWLA 5CYQA 5CYQB 1UWBA 3DM2B 3DM2A 4FLXA 4FJKA 3HPHA 4ZP9A 5KFZA 4FBTA 4FLZA 4FK0A 2VA2A 2VG5A 2VG5B 4TN2A 4OLAA 1RAJA 4ID1A 5KG3A 3OYKA 3VQPA 3BSOA 4ED6A 2IMWP 4DTSA 4B9MA 3RMDA 3ULDA 4E1NA 4MK9A 5KT6A 2RDIA 2FBTA 3SQ0A 3CG7A 1EETA 1EETB 1I3AA 4BDZA 4M95A 4ED0A 5FRNA 3LANA 3KK2A 3KK2B 2ZE2A 2ZE2B 2ASJA 3F73A 5KFSA 1JLGB 4F3TA 4CJRA 3TARA 3HK2A 1W0HA 2VG7A 2VG7B 4MKBA 3RRGA 2G8HA 1VRTA 4OL8A 4NYNA 4ED2A 4EP5A 4YFUA 4DSFA 4IKFA 4FZZA 2DPIA 1BGXT 3GILA 3M8PA 3M8PB 4MQ3A 3SJJA 1JKHB 1JLCA 3MFIA 2J6TA 2YV0X 4CK1A 4KHYA 2HNYB 2ASDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5KFF A;  4ECU A;  3WNE A;  3V9Z A;  4FJL A;  2AGQ A;  1FK9 A;  4IFV A;  4IFV B;  3PR4 A;  4RW6 B;  4Q43 A;  3CWJ A;  2Z1I A;  4AHU A;  1KVA A;  3TAB A;  4CJF A;  1L3V A;  1HRH A;  4LQ3 A;  5DGB A;  2DTU A;  3AO1 A;  5KGX A;  5DMR A;  4NCA A;  4KO0 B;  3LWM A;  5DG8 A;  4J9N A;  1OS5 A;  4K4T A;  5HRO B;  1BI4 B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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