1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (19-25)S1 (3-9)S4 (105-112)TI1 (10-13)TIV1 (75-79)TI2 (205-208)AH6 (153-177)3H1 (27-29)AH2 (46-59)S5 (138-145)AH3 (69-75)S3 (61-65)TIV2 (102-105)TVIII1 (115-118)TIV3 (145-148)TIV4 (177-180)TII'1 (180-183)TI3 (209-212)AH4 (81-100)AH7 (188-201)AH1 (30-35)3H2 (148-150)AH5 (118-134)TIV5 (184-187)AH8 (213-222)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
4F8RA 4FJ8A 3K5MA 4YFUA 3NE6A 1R0AA 3BGRA 2G8VA 1RT4A 3T19A 1SKRA 1VSKA 4CJFA 2YNFA 1WSFA 4BE2A 4CFDA 4DFMA 3I0RA 2YNGA 1J53A 3K2PA 3KTQA 4M3ZA 4JRPA 3RR8A 1NK8A 1RILA 4M3WA 3VQDA 1LW2A 2HHUA 4CFCA 1K6YA 1ASUA 3KLFA 3L2RA 1SV5A 4E7LA 3DLHA 3P83D 4E89A 1ITGA 1HRHA 5HROA 3ZT2A 4E7HA 3TI0A 1W9HA 3SV3A 4DLEA 3SUQA 4DFKA 2BE2A 4CE9A 1C1BA 4DQPA 4OPJA 3DMJA 4AH9A 1FXXA 4CFAA 5E41A 1JXEA 3VQEA 1XWLA 3A2FA 3RRHA 4IDKA 3U6FA 4KRFA 3QETA 4FXDA 2FBVA 1YVUA 2B6AA 5CYMA 3PV8A 1WSIA 3TAGA 1RTJA 4CJUA 3S3OA 4DU1A 4FJHA 1X1PA 1Z25A 2HHSA 4ID5A 3NAEA 2ETJA 1ZBIA 1UWBA 2OPSA 3ULDA 1JLCA 1S5JA 4FLWA 5J2NA 4ELTA 5J1EA 4FJJA 1SL2A 4DTPA 2OPQA 1VSMA 3OYAA 4Z4GA 3TAFA 3ITHA 4IBNA 5CZ2A 4CJ3A 2RKIA 3L2WA 4DTSA 2P5GA 3D45A 4BDZA 4CJQA 3TAPA 1C0MA 2YHBA 3HL8A 1ZBUA 1L3UA 4CEBA 4E0DA 4FJIA 4KI6A 5I42A 1I39A 1BCMA 1RDBA 1VSIA 2ATQA 1RCHA 1XHXA 2ITGA 4ZHRA 4FJMA 4E7IA 5JS2A 3TAEA 1LW0A 3AO4A 1IKYA 4Z4HA 2XY6A 1N6QA 4E1NA 4FW2A 4ICLA 3NGYA 3CG7A 4C8MA 4CEOA 4W5OA 3V81A 1A5XA 1BHLA 2PY5A 1FK9A 4FM1A 3TABA 2DY4A 1ZBFA 4JS5A 3AA2A 1RBUA 3LALA 4DSIA 4W5RA 4RG8A 4B9UA 4RW8A 1VSHA 3V1QA 3VQ8A 4CK1A 4C8KA 3RR7A 4DSEA 4CIFA 4IFVA 5HRNA 1NKBA 3NCIA 4FLVA 4CERA 4CJKA 4B9TA 1C0TA 3V1RA 3NF8A 1DLOA 4Z4CA 1L5UA 2HNZA 1TK8A 1KFDA 3AO1A 4NCBA 2QK9A 4E7JA 1JLQA 3LPUA 3ZSYA 4B3OA 4BDYA 2B5JA 4Z0UA 4CEZA 4N5SA 3T1AA 3OYFA 3SI6A 4HUGA 1RT7A 1ZYQA 4DSKA 3HXMA 2OZSA 1HYVA 3CYMA 4M3TA 3HP6A 3PX6A 1RTHA 1UA1A 1EETA 3G10A 4FYDA 3LPTA 2VG5A 4FLTA 4HVJA 3P5JA 1S9EA 1HQUA 2P1JA 1RT3A 3HM9A 3OVNA 4BE0A 3KLHA 2KW4A 4AHUA 4FCYA 1JLEA 3MXIA 1T8EA 1WNSA 1KFSA 4J2EA 1NOZA 3LAMA 1HJRA 1YTAA 1JLBA 4JRQA 1KSPA 1B9DA 2Z1HA 5EU7A 4DF8A 1S1WA 3B6OA 5CYQA 5J2MA 4LH5A 2FC0A 1X9MA 1NJXA 4H8KA 3THVA 4FM0A 5C24A 4B9NA 4CEEA 1TK0A 3AVMA 4FJ5A 1LAWA 4CFBA 2XHBA 2E6MA 3DLGA 3PO4A 4OVLA 3C6TA 4CESA 1UOCA 2WOMA 3AA5X 3VA0A 3F9KA 3SZ2A 2BGGA 1YTUA 1SL1A 4FW1A 4DSJA 2XO7A 2X6SA 4E19A 1J9AA 3M8SA 1ZBLA 3HVTA 1BQMA 3C94A 1VSDA 4RW6A 2BDPA 4CCHA 3QNOA 3IAYA 3V4IA 4W5NA 3ZSRA 4CJEA 4Z4FA 4BWMA 3MEEA 1DTQA 3SPZA 1J5OA 4CHNA 2IC3A 2IAJA 3TAMA 3I0SA 3SV4A 3S9HA 4DSLA 3L2VA 3TR8A 3V9UA 3AVJA 1C0UA 4CF1A 3LZJA 4F2SA 5FRNA 3E01A 1X9SA 4TSXA 4FVMA 1JKHA 3M8RA 1F21A 1Z26A 1TKTA 3CFOA 1L3VA 4HUEA 3ZSOA 5JS1A 4FJKA 1WAFA 3L2UA 4DTJA 3P1GA 3TAQA 1RDCA 3AVIA 2VG7A 2G8UA 1SUQA 3AVHA 1BIZA 3V1OA 3CFRA 5I3UA 3BDPA 4B9MA 4W5TA 3QEVA 3DLEA 1NOYA 4KAZA 2OPPA 1NK6A 3QESA 4DU3A 3VQ6A 4NCAA 1GOBA 1EKEA 1RT6A 3KKSA 4IKFA 2E4LA 4FJLA 3F73A 4IG3A 1RT2A 4BDPA 4E3SA 1RBVA 3ALYA 3WNHA 1IG9A 1KVBA 2A1SA 4RW4A 3MEGA 1NJZA 5SZTA 1WSEA 1SKSA 3RTVA 4WE1A 4CJSA 4DTMA 1X9WA 1NK5A 4CEDA 3OYEA 4EP5A 1QSLA 3I8DA 3KD1E 3AV9A 3LP3A 3G0ZA 1HMVA 3OYLA 1QSYA 4FLUA 4DSFA 4C8NA 4M3YA 1U45A 1O1WA 1BQNA 4R5PA 4AHCA 4AHTA 1SL0A 1TK5A 2OPRA 3ZSQA 3RWUA 4HTUA 4MQ3A 5KTQA 2XRIA 1DTTA 1KLNA 4PWDA 4CGJA 3NDKA 4O4GA 1SKWA 2YKNA 1EP4A 1MU2A 3HSTB 3QIOA 4CJ4A 4XIUA 4DS5A 4CJLA 5J2PA 4CGIA 4ELVA 4CF9A 3OYDA 1WLJA 1IKXA 3SYZA 1WSHA 3LP0A 3OYJA 3S3MA 4HCCA 4FLXA 2KFNA 4FK2A 1RBRA 4DQQA 2LSNA 3LANA 3AVNA 2YV0X 1JL1A 1IH7A 4OKJA 1G15A 1NK7A 3V9ZA 1U48A 3OYHA 2AJQA 2PZSA 3VQPA 3WNFA 4O0IA 3VQAA 3TWHA 2O4IA 4KO0A 4BWJA 1QTMA 1NK4A 3V6DA 2HMIA 2OYQA 5KGWA 4Q5VA 1BISA 3ASMA 4KFBA 4E7KA 4CEQA 2QKKA 4I9QA 3HK2A 4DQRA 4OGCA 2P5OA 4LH4A 4DLGA 5D3GA 2YNHA 2EX3A 3MXJA 1VRUA 4CIEA 4DTNA 1U4BA 3RRGA 4DMNA 1KVCA 4N41A 3DLBA 4BE1A 1Q8IA 2IDOA 3HPHA 4W5QA 3V9XA 1D9FA 4KB0A 3OYMA 2QXFA 3QEPA 3K5OA 4AHSA 4FJNA 1EXQA 3CM6A 1U04A 1JL2A 3HVRA 3RMCA 3JSMA 4AILC 2G8KA 4JLHA 5KGXA 3OY9A 3EYZA 2HB5A 1A5VA 1HNVA 3C95A 3SUNA 4FJGA 4ELUA 1RDAA 1S6PA 1VSJA 2JLEA 2XY8A 3IS9A 1S6QA 2HHXA 3OYNA 3H08A 3DI6A 3VQ7A 4CF2A 3DLKA 1JLGA 3QEWA 1HQEA 2DFFA 2XY5A 1BI4B 3DOKA 4KTZA 2F96A 3V9SA 1TKDA 4QCLA 2HHVA 5K14A 3O4QA 4B8CA 4FZXC 2BANA 1NK9A 1GOAA 3OS2A 3PX0A 3AVFA 4IG0A 3WNGA 4CJTA 4CK3A 3HT3A 1RTDA 4J2BA 3L3VA 4B9VA 3HJFA 4H4MA 2HVHA 1VSFA 3RMDA 1J54A 3OYCA 4ZTFA 3KD5E 3NH2A 4DG1A 3OYIA 2WONA 3QEIA 1LV5A 5HP1A 2IOCA 1T05A 4AHRA 2I5JA 3LWMA 3V9WA 3SUOA 4CJWA 1NKCA 3L8BA 2IGIA 4DQSA 4KPYA 2ZD1A 3O3GA 3NFAA 3KK1A 3NH0A 4K8XA 4J2AA 1NJYA 4N56A 4CEFA 1YT3A 1RT1A 3IRXA 3MXMA 3AVLA 1FKOA 4I2QA 1WSGA 4CHPA 1U47A 3VQCA 1JLAA 1Q9XA 4KHSA 3SQ1A 4DWIA 3K59A 1RBSA 3TANA 3AO3A 1FKPA 2FBXA 4O0JA 3PUFA 1S1XA 4PA1A 4H4OA 4KKOA 1UA0A 1QE1A 4KTWA 1RT5A 4LY7A 3O3FA 1TL1A 3ZSZA 4DU4A 4L8RB 1BL3A 1HYSA 4M3XA 2KTQA 4M42A 2Z1GA 1N5YA 1HYZA 3HPGA 4UQGA 4KV8A 4QOZB 1QS4A 3LWLA 2OA8A 3L2QA 3MAQA 3D0PA 4FM2A 3DYAA 2PYLA 4FJXA 4KHQA 2D0BA 3SQ2A 3KKRA 1L3TA 1CXQA 4F2RA 4PQUA 3OYGA 1BIUA 1VSLA 4M3UA 3QO9A 2X6NA 2ZQBA 2F8TA 4FLZA 1LWFA 4M41A 4KREA 1KCFA 3DRRA 3SQ4A 4LSNA 1VRTA 2JGUA 4O44A 2X74A 1VSEA 3AO2A 3DRSA 3S3NA 2OZMA 4PY5A 1S9GA 2YNIA 1QHTA 4RW7A 3SUPA 1Q9YA 2KZZA 4DTRA 3AVKA 3L3UA 4CGHA 1B9FA 5DMRA 4E1MA 3NGZA 4FLYA 1VK0A 2ZE2A 2A1RA 2HNDA 4BACA 2Q3SA 3LDSA 2HHWA 2P51A 4B9SA 2DFHA 4B9LA 4KB1A 1TAQA 1D9DA 3KJVA 2KFZA 3SJJA 3NHGA 4FK4A 1CZBA 4KHNA 3DRPA 4DQIA 3HYFA 3LAKA 1TGOA 3VQ9A 4KTQA 3NF7A 4CECA 3WNEA 1C6VA 1CXUA 4CIGA 3NGIA 3SNNA 1L3SA 4GVMA 3PO5A 1BGXT 3AVCA 4DTOA 2KZMA 4CHYA 2RF2A 1GOCA 3AA3A 1JLFA 3M8QA 3O4NA 4Y1CA 3VQ4A 5HLFA 5FROA 1NJWA 4DTXA 1IKVA 3OS0A 3VA3A 3NH1A 3DM2A 1XHZA 3VQQA 2HHTA 4EZ9A 4Z4EA 2NUBA 2DTUA 2B4JA 4KHYA 3CFPA 2EHGA 3OS1A 3LP1A 2HVIA 2VG6A 3QNNA 3SCXA 1RBTA 4CHQA 3LP2A 5HRRA 4DS4A 5T7BA 1ASVA 3EZ5A 3ZSXA 3QERA 1D5AA 1LWEA 1TAUA 2W42A 1XC9A 4KHWA 1S1UA 1CZ9A 4CGFA 3C6UA 4DTUA 3IG1A 4C8OA 3TARA 4OPKA 4DFPA 4F3TA 3MECA 3ZT1A 2HW3A 3HO1A 2IS3A 1TVRA 3K57A 2HHQA 4CHOA 4Q0BA 4NYNA 1HPZA 3AA4A 2G8IA 3VQBA 3CM5A 4N47A 4M3RA 4B8AB 4FJ7A 1W0HA 5KRTA 3QEXA 4GW6A 2VWJA 2Y1IA 3RMAA 4EZ6A 3QIPA 4J2DA 5FDLA 3VQ5A 2D0CA 4Z4IA 4CF8A 4CHZA 1T03A 1IKWA 2XY7A 1HNIA 2FBYA 4OGEA 2G8HA 3ZCMA 3M8PA 1RDDA 2HNYA 4OJRA 4CJ5A 2GUIA 5C42A 3AVGA 4HHTA 4CGDA 3QLHA 5KI6A 3U3YA 2Z1IA 1TKXA 3JYTA 2YHAA 5HBMA 4ZTJA 4FZYA 3HPOA 1ASWA 1BCOA 3KLGA 2F8SA 3AO5A 3ZT0A 3KK3A 4RW9A 1LAVA 4KHUA 5KRSA 1REVA 1JXBA 4KI4A 3KLIA 1QQCA 2D5RA 4AHVA 4DFJA 4HUFA 1LWCA 3PX4A 1D8YA 5J2QA 4CJVA 2G8FA 3O3HA 1RNHA 1TL3A 1A5WA 2E6LA 4CK2A 1QSSA 4FJ9A 4LSLA 1KTQA 3NF9A 4O55A 3EY1A 1IO2A 4LD0A 1U49A 1KRPA 4C8LA 4Y1DA 3CQ8A 3KLEA 1ZBHA 1CLQA 3NBPA 4GMJB 2FBTA 2YKMA 2RN2A 4CF0A 4F4KA 3DLRA 1Y97A 4FZZA 2VWKA 3U3GA 1NKEA 5HRPA 3DOLA 1I3AA 4PUOA 3ISNC 3MEDA 1WN7A 3UIQA 1WAJA 3ZT4A 5CZ1A 1UAXA 3SPYA 3AVAA 1NK0A 2Z1JA 4M45A 1EX4A 1RTIA 3KIOA 3ZSVA 1T7PA 2Y1JA 3AVBA 4OKKA 3B6PA 5C25A 4YNQA 1C1AA 4B08A 4OKEA 4CGGA 3NF6A 4NCGA 3VN5A 4HCBA 2QKBA 1KVAA 4OLBA 4EP4A 3OYKA 2PYJA 3HP9A 3OJUA 3K5LA 5HRSA 2R7YA 4DF4A 3OJSA 4CJRA 2GV9A 5SWMA 2GBZA 3T3FA 4JS4A 3ZT3A 4MFBA 3KK2A 4NYFA 2DFEA 4K8ZA 3QINA 4O5BA 4I9LA 1C1CA 5CY4A 3PY8A 3K58A 1BI4A 2G8WA 4CEAA 4ID1A 2KQ2A 1KLMA 3FFIA 1TKZA 3ZSWA 3SQ0A 4IFYA 3LZIA 2RPIA 1S1TA 4I7FA 4OLAA 2O4GA 4G1QA 4I2PA 2X78A 1TV6A 4N76A 4F3OA 5FRMA 2D0AA 3OYBA 3RMBA 4FK0A 4CJPA 3K5NA 5DK5A 4QAGA 1WSJA 1S1VA 1XI1A 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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