1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
3OVNA 1RT7A 4FW1A 1KLMA 1C0MA 3DM2A 3V4IA 4DWIA 3S3NA 3L8BA 1VSMA 2ZD1A 3ZT4A 1ASWA 4IG3A 3VQQA 3LZIA 2HNDA 1G15A 2DFEA 4CIGA 1Z26A 3O3HA 3JSMA 4CGFA 1RTDA 1B9DA 3T1AA 3KK3A 3HPHA 5DMRA 3ZSYA 5KTQA 3C94A 3QESA 4IFYA 4BDPA 1NOZA 3TI0A 3K59A 1JLFA 1RTJA 1KCFA 4J2AA 3HYFA 4M3WA 4QOZB 1FK9A 1RT6A 3QO9A 2OPRA 1Y97A 4KO0A 1JL1A 3AV9A 1VK0A 3B6OA 3HVRA 2R7YA 1W0HA 1YTAA 1TKDA 4ZTJA 3ISNC 3MEGA 1S9GA 3KLGA 3I0SA 3I0RA 3LAKA 3NF8A 4CJEA 3CYMA 1S1WA 4HVJA 1NK9A 1IKVA 1FXXA 4CJUA 4ZHRA 1JXBA 4E19A 5J2MA 5K14A 1JLGA 1HNVA 4ID1A 3OJSA 4DFJA 3KIOA 1WNSA 4M3RA 4CFCA 3WNEA 4N5SA 3OY9A 2QKBA 4J2BA 1CLQA 4Z4HA 1Q9YA 5E41A 3P5JA 4Z4IA 3DI6A 3VQAA 4AHUA 3SUPA 1I39A 1NK4A 2IC3A 3AVGA 2HHWA 1D5AA 1U04A 3UIQA 2PY5A 3RMDA 4RW9A 2HNYA 3VQ9A 2Y1JA 5CZ2A 3M8SA 1R0AA 3PY8A 2LSNA 3VQBA 4AHTA 3KD1E 1UWBA 3NGIA 1ZBIA 1VSDA 3OS0A 4NYFA 2XHBA 2HW3A 1X9SA 5CYQA 3AA4A 4CEEA 4KHSA 3V1RA 1U4BA 4ID5A 2X6SA 1SUQA 3SQ4A 4N41A 5KI6A 4CJPA 3SV3A 2KZZA 1JLCA 4LH5A 3SUQA 3PO4A 2E6MA 3QNOA 3KLEA 1DTQA 3C6TA 4DU3A 3ASMA 1WSJA 4HHTA 4N76A 2HHUA 4FLYA 4BE2A 4B9NA 4XIUA 3WNFA 1L5UA 4FK4A 4DFMA 3TAMA 3TAPA 4BWJA 3KLFA 1IG9A 2W42A 1KFSA 1UA1A 1LW0A 2WONA 3SI6A 3L2VA 3SQ2A 4OGEA 1C6VA 4GMJB 1XHZA 2IS3A 4KHNA 3SPZA 4KHYA 1IO2A 3TAEA 3AVKA 3V1OA 4DSLA 4F4KA 4KHQA 1LWFA 1ZYQA 3DMJA 3OYJA 4CIEA 5EU7A 2YKMA 1GOCA 4O0JA 3QIOA 4CFBA 1DLOA 3NCIA 1NK8A 1SL0A 2OA8A 4RW7A 2G8UA 3AVHA 1WSGA 4C8KA 2F8TA 3OYAA 4IKFA 4CK1A 1S1XA 1WN7A 4FXDA 1VSEA 3HK2A 3P83D 4IBNA 4EZ9A 4CEDA 2P5GA 3VQCA 4YFUA 4W5QA 3NBPA 1BL3A 3OYMA 4OKEA 3PUFA 1JL2A 4CE9A 3DOLA 1NK6A 4LY7A 4Z4GA 5C25A 3SJJA 4F3OA 2HHTA 4FLVA 2Z1GA 3MAQA 4HUFA 2D0AA 4RW6A 2G8FA 1RBVA 3I8DA 4AHSA 3OJUA 1NJXA 3DYAA 4CEAA 2KQ2A 2F96A 3HP9A 4W5OA 4FJXA 1QHTA 3TAGA 2NUBA 1SL1A 1J5OA 4OLBA 4CHZA 4C8MA 3ULDA 4CJVA 3PX4A 2EHGA 4DTPA 4NCAA 4EZ6A 3C6UA 3V9WA 4CJRA 1BIUA 5JS2A 2G8IA 4OKKA 5CYMA 4M3ZA 2QXFA 1FKOA 3AA2A 4FJ7A 4OLAA 4FW2A 1RTIA 4WE1A 2HVHA 1J9AA 2P1JA 3TR8A 2Y1IA 1UA0A 2VWKA 4E7JA 4B9VA 3ZSVA 1O1WA 4CGHA 4F8RA 4AHVA 3L2RA 3QEXA 1S6PA 4LD0A 4FM1A 1IKYA 2I5JA 3WNHA 3HM9A 5KGWA 1D9FA 4CCHA 4I9QA 3HL8A 4AHCA 3T3FA 3OS1A 4CHOA 1BI4A 4Z4FA 3ZT0A 4YNQA 5HRRA 1TK0A 1VSJA 2XRIA 3V9ZA 1ZBLA 2YNIA 4CK3A 3OYCA 4B08A 3TANA 4CEZA 3CFOA 3AO1A 3QLHA 3QNNA 4Z4EA 2OPQA 4JS5A 4CESA 4OVLA 1T8EA 3VQ5A 4NCBA 1XHXA 4LSNA 5FRMA 5FDLA 4OGCA 5DK5A 4JRPA 1RDDA 3AA5X 2ATQA 4M42A 1SL2A 4AHRA 3CFRA 1C0UA 3NH1A 1D9DA 4ICLA 4CFDA 1TK5A 3V9UA 1MU2A 1WSFA 3AO3A 2XO7A 1HNIA 3SV4A 4CGDA 4FM0A 3SPYA 1XI1A 2RKIA 1EX4A 5C42A 4FYDA 3HVTA 1JLBA 1RT3A 4DU4A 4DTXA 4C8OA 1IKXA 1FKPA 1T05A 3VQDA 4CECA 3QEIA 2ZQBA 1REVA 4JLHA 4HCCA 2OPSA 2X74A 4H4OA 2HHVA 4RG8A 1HPZA 4KTZA 3QEVA 3LALA 4CHPA 3NH0A 1NK7A 1YTUA 5CZ1A 4E89A 1HYVA 3RMBA 1RT5A 3OYNA 4KHUA 4I9LA 1RNHA 2X78A 3V6DA 1TK8A 4I7FA 4ELTA 4N56A 1U47A 1RDBA 3SCXA 3IAYA 3O3FA 3AVIA 3NGYA 3OYKA 1L3SA 4H8KA 1CXUA 4IG0A 3AO5A 4DSEA 3SNNA 3AVCA 2P5OA 2YNHA 4CJLA 2OYQA 1C1AA 1S6QA 3LANA 1RT4A 1A5VA 4I2PA 4BDZA 1BISA 3HSTB 3MXJA 1RBTA 4KREA 2FBVA 1ITGA 4FJMA 4FK0A 1CXQA 1EXQA 4DTUA 4OPJA 2VG6A 4O0IA 4DTSA 3DRRA 4AILC 3OYHA 3D0PA 2HB5A 3O4QA 2JGUA 4C8LA 1BIZA 2P51A 3NFAA 4C8NA 5T7BA 4CEOA 4CJSA 4DQSA 3OYIA 3VQ6A 2O4IA 1L3TA 2FBXA 2KTQA 1ASVA 4Z0UA 4N47A 5SZTA 1VSKA 4NYNA 4FVMA 4K8ZA 2FBYA 3VQ7A 1NK0A 2GV9A 3DLRA 5J2QA 2RN2A 3QIPA 3LP1A 1BGXT 4CJFA 3T19A 3KTQA 1I3AA 3HP6A 3VQ8A 3LPUA 4CGJA 2KFNA 3ALYA 1RTHA 5J2NA 4B8AB 1F21A 1TAQA 4KFBA 4FJNA 4ZTFA 3LP0A 5HROA 1TGOA 4B9TA 4B9UA 2HVIA 4DSFA 4PWDA 4LH4A 2B6AA 4HTUA 3SUOA 3KKSA 4CHQA 3A2FA 3AO4A 2O4GA 1HQEA 4O44A 1VSLA 4EP4A 4IDKA 4FZZA 3EY1A 3IS9A 4CIFA 4DQRA 2D5RA 3TAFA 1S9EA 4MQ3A 4CGIA 1Q9XA 4CHNA 2OZSA 1KSPA 3RR8A 3QERA 2D0BA 4Q0BA 3MECA 1BCMA 3CG7A 4BACA 4HCBA 4J2DA 2HHSA 1LWEA 1UOCA 3HO1A 3V81A 1S5JA 3EYZA 3QETA 3TABA 4E0DA 4LSLA 4Y1DA 2XY5A 4DMNA 3L2WA 1RDCA 1A5XA 2RPIA 4B9SA 1N5YA 1X9MA 3PX6A 1TVRA 3K5LA 5J2PA 1NOYA 3PO5A 3TAQA 1LWCA 4E7IA 4O5BA 4PA1A 1WSEA 1W9HA 3KKRA 4FJ8A 2IAJA 3M8RA 3G10A 4DTJA 4FJGA 3TARA 3U6FA 3JYTA 3HJFA 1JXEA 3L2QA 4BWMA 4M3YA 3LWLA 3NF9A 1VSHA 2BE2A 3CM5A 4FLZA 2DTUA 2Q3SA 1TAUA 4HUGA 1JKHA 2DFHA 3K5MA 3PV8A 3AVAA 3DLGA 3OYEA 1U49A 4BDYA 4H4MA 3OYBA 1JLAA 3MXIA 4B9MA 4CF1A 3ZCMA 3VQPA 1RT2A 2ETJA 4CGGA 4DU1A 4M3XA 1RT1A 2OZMA 4CF9A 4W5RA 3ZSZA 3NAEA 2WOMA 1LAWA 2Z1HA 4CJ3A 3K58A 2FC0A 1TKZA 1IKWA 1KFDA 5HRSA 1YVUA 1KVCA 1YT3A 3KK2A 4HUEA 4BE1A 3SQ1A 4DG1A 3VA3A 1QSSA 1WAJA 4KB1A 3ZT1A 4KTQA 3THVA 1EKEA 1TKTA 3DLHA 4CF8A 2HHQA 4B8CA 3NE6A 4KI4A 4KRFA 1KRPA 1VRTA 4B3OA 1HYSA 3ZT2A 3V9SA 3U3YA 3PX0A 1VRUA 3NF6A 4FCYA 4KB0A 1QSYA 3LDSA 4PQUA 4FJHA 3OYFA 2FBTA 3L3UA 2EX3A 4CJTA 3AO2A 3C95A 2AJQA 3VQEA 3K2PA 1L3VA 4KAZA 4DQIA 1WAFA 1QE1A 2PZSA 1RDAA 1BCOA 1NKEA 3U3GA 3CFPA 1ZBFA 4DF4A 3KD5E 1TL3A 3LP2A 2KZMA 2QKKA 5KRSA 4QCLA 4L8RB 1CZ9A 3ITHA 4CHYA 1RBRA 4ELVA 3HPGA 3KK1A 1JLQA 4DTMA 2XY7A 2VG5A 3LAMA 3KJVA 1T7PA 2YKNA 1TKXA 1KTQA 1K6YA 1S1VA 2Z1IA 3NF7A 4JRQA 1LV5A 3RWUA 1N6QA 2OPPA 4CJ4A 4DS5A 1XWLA 4CEQA 2BGGA 1HJRA 4KTWA 4FJKA 4RW4A 1C0TA 3AVFA 1BQMA 3EZ5A 2YV0X 2GUIA 3S3MA 3B6PA 2Z1JA 3V1QA 4E1NA 4CEBA 1SV5A 1Z25A 1QS4A 4GW6A 3VQ4A 4EP5A 4Q5VA 1J53A 2E4LA 1CZBA 3OYDA 3NDKA 3TWHA 4DTRA 4GVMA 3DRSA 4E7LA 2G8WA 1IH7A 4MFBA 4DQPA 4DSJA 4ELUA 2HMIA 3NGZA 3RMAA 3LZJA 4FLWA 5KRTA 3AVJA 2QK9A 1RILA 4CF2A 1SKRA 2E6LA 2F8SA 2VWJA 1HMVA 4G1QA 3F9KA 1D8YA 3VA0A 3F73A 4KKOA 3RR7A 4PY5A 3LPTA 3RRGA 4E3SA 3M8PA 1Q8IA 3S3OA 1LAVA 2B5JA 4K8XA 4FLTA 3G0ZA 3L3VA 1NKBA 4DSIA 3NHGA 2JLEA 3RTVA 1KVAA 4F3TA 2BDPA 3AVBA 3ZT3A 5J1EA 4DQQA 1B92A 4I2QA 1NJZA 3K5NA 1J54A 1X1PA 1WLJA 4DTOA 2ZE2A 4NCGA 1T03A 2PYLA 3D45A 3L2UA 3MXMA 3ZSRA 1HQUA 3DOKA 4DS4A 3WNGA 5I3UA 4FJ5A 1NJWA 4UQGA 3SYZA 3DRPA 4KI6A 2GBZA 4M3TA 1NJYA 3S9HA 4O4GA 4FJIA 2YNGA 2IOCA 2XY8A 4F2RA 1BQNA 4QAGA 3V9XA 4F2SA 4OKJA 2VG7A 3SZ2A 5I42A 4FZYA 4CEFA 4DLEA 4CERA 2YHBA 3ZSWA 2YHAA 3OYLA 3OYGA 5CY4A 1SKSA 1JLEA 2HHXA 4IFVA 4OJRA 1U48A 3DLBA 2DY4A 3H08A 4CJKA 3SQ0A 1X9WA 3OS2A 1TL1A 1UAXA 4FLXA 4O55A 3P1GA 5C24A 2G8VA 1U45A 1L3UA 4FJLA 3IG1A 1XC9A 1HRHA 5D3GA 1LW2A 4W5NA 3AVMA 1EETA 1VSIA 3ZSOA 5SWMA 1HYZA 3KLHA 5FRNA 4W5TA 4R5PA 3ZSQA 2DFFA 1WSIA 4DTNA 3LWMA 1ZBHA 2IDOA 1RCHA 2BANA 2HNZA 3NH2A 2A1SA 3K5OA 1S1TA 4KHWA 2G8HA 5HRPA 3KLIA 1NK5A 3E01A 4CK2A 1KVBA 5JS1A 3ZSXA 1RBUA 2X6NA 1ZBUA 3DLKA 4FK2A 1EP4A 2IGIA 1SKWA 4PUOA 1QQCA 2PYJA 3VN5A 3M8QA 4FM2A 4DSKA 4M3UA 2D0CA 4RW8A 4DFKA 4CJWA 4DLGA 1TV6A 3MEEA 3K57A 4M41A 1A5WA 4M45A 3MEDA 4E7HA 2KFZA 1B9FA 3DLEA 4E7KA 3AA3A 4DFPA 5HP1A 4B9LA 3BGRA 1BI4B 4TSXA 4OPKA 1C1CA 4DF8A 5HLFA 1QTMA 2ITGA 4CF0A 5HRNA 1ASUA 1GOBA 1NKCA 3AVLA 5HBMA 1KLNA 3QINA 3BDPA 4Z4CA 3QEPA 1RBSA 4CFAA 3HT3A 3AVNA 2XY6A 1S1UA 3O4NA 3LP3A 1DTTA 2RF2A 3HPOA 1C1BA 3RRHA 5KGXA 4FJJA 4KPYA 4J2EA 3IRXA 1WSHA 3FFIA 2KW4A 3SUNA 4FJ9A 1BHLA 5FROA 1GOAA 4CJQA 4JS4A 1VSFA 3RMCA 4FZXC 3CM6A 2A1RA 2B4JA 4E1MA 4Y1CA 2YNFA 3CQ8A 3QEWA 3O3GA 4KV8A 3HXMA 1QSLA 4BE0A 4FLUA 2G8KA 4AH9A 4CJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OVNA 4ZDOA 2DFEA 1Z26A 4BVPA 3SHFA 1R5GA 4O3MA 4EGYA 4BDPA 2PJRA 1DP3A 2OPRA 4WQ4C 5H6QA 3KLGA 1ZLKA 3I0SA 2BE5F 4YG2F 3LQQA 3EEQA 4ID1A 1HSTA 3R0JA 3KP4A 5DDGA 3LWFA 3DPUA 2DA7A 1HDDC 1R0AA 3VQBA 3OSGA 1ZGAA 3AA4A 3O1BA 2X6SA 3BWGA 4WFNL 3KLEA 4BS9A 4FLYA 3TAMA 2W42A 4KT5C 3FKIJ 3SI6A 2IS3A 1IO2A 2ZMEB 1VQON 1R23A 3CLOA 3WODF 3NCIA 2DT7B 2OA8A 1RZ4A 1NK3P 3HOXJ 4FXDA 1R5ID 4NC6A 2K4BA 2EPFA 1WFXA 4PSWA 4GFBA 1JL2A 4JKHA 3CMEN 2HHTA 4CCKA 1UHWA 2HWVA 4L3QA 4W5OA 3TAGA 5KPTA 2ZO4A 2PX9A 4CD1A 4WE1A 1J9AA 4E7JA 2VQHA 4CGHA 4AHVA 1IKYA 2LY2A 1ZAOA 2QLZA 4KT6A 1IV6A 5M1PA 2XRIA 3TANA 4IHXA 1T8EA 1QQNA 4IX7A 4AHRA 2EV0A 1K8KB 2P9SB 4JAXA 1XI1A 3F0CA 1YYVA 1EX4A 5C42A 5E1XA 2HQ5A 4I7FA 1ONVA 4PL8A 3V4GA 2X51A 1MNMC 4CZIA 1RBTA 3CJ9A 2HQAA 2HPMA 2Z5UA 1RR7A 4CJSA 4DQSA 3O9UA 5FPNA 1VZ0A 4BR0A 1V4TA 3LPUA 4E4HA 3HJEA 1A5JA 2R7DA 1RFQA 1RTHA 4HTUA 2DLLA 2XF5A 4CIFA 3TAFA 1BJAA 3RR8A 3FXUA 2FSKA 2HBKA 2KPMA 2NVYJ 2XSDC 1RDCA 2RPIA 4BRIA 3IUCA 3C7NB 4FE4A 4O5BA 2JRTA 3NWSA 3KKRA 3ZYYX 4RA2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OVN A;  4ZDO A;  2DFE A;  1Z26 A;  4BVP A;  3SHF A;  1R5G A;  4O3M A;  4EGY A;  4BDP A;  2PJR A;  1DP3 A;  2OPR A;  4WQ4 C;  5H6Q A;  3KLG A;  1ZLK A;  3I0S A;  2BE5 F;  4YG2 F;  3LQQ A;  3EEQ A;  4ID1 A;  1HST A;  3R0J A;  3KP4 A;  5DDG A;  3LWF A;  3DPU A;  2DA7 A;  1HDD C;  1R0A A;  3VQB A;  3OSG A;  1ZGA A;  3AA4 A;  3O1B A;  2X6S A;  3BWG A;  4WFN L;  3KLE A;  4BS9 A;  4FLY A;  3TAM A;  2W42 A;  4KT5 C;  3FKI J;  3SI6 A;  2IS3 A;  1IO2 A;  2ZME B;  1VQO N;  1R23 A;  3CLO A;  3WOD F;  3NCI A;  2DT7 B;  2OA8 A;  1RZ4 A;  1NK3 P;  3HOX J;  4FXD A;  1R5I D;  4NC6 A;  2K4B A;  2EPF A;  1WFX A;  4PSW A;  4GFB A;  1JL2 A;  4JKH A;  3CME N;  2HHT A;  4CCK A;  1UHW A;  2HWV A;  4L3Q A;  4W5O A;  3TAG A;  5KPT A;  2ZO4 A;  2PX9 A;  4CD1 A;  4WE1 A;  1J9A A;  4E7J A;  2VQH A;  4CGH A;  4AHV A;  1IKY A;  2LY2 A;  1ZAO A;  2QLZ A;  4KT6 A;  1IV6 A;  5M1P A;  2XRI A;  3TAN A;  4IHX A;  1T8E A;  1QQN A;  4IX7 A;  4AHR A;  2EV0 A;  1K8K B;  2P9S B;  4JAX A;  1XI1 A;  3F0C A;  1YYV A;  1EX4 A;  5C42 A; 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