1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
3AO5A 4I7FA 3QEVA 3ZSRA 2QXFA 2HHTA 5I3UA 1BL3A 3HPHA 1WSJA 3LALA 3ZSOA 2Y1IA 1U48A 3HO1A 3KTQA 1NJWA 2X74A 1KFDA 4GVMA 4DMNA 4DTJA 4OLBA 4FJ8A 1HJRA 4M3ZA 4C8NA 4DLGA 3QETA 4DU4A 1XC9A 3AVFA 5C42A 4LD0A 4DFJA 4DTXA 2YHAA 4J2BA 3JYTA 3OYEA 2XO7A 4B3OA 2F8TA 1RDBA 1WLJA 4CEQA 2Z1JA 3ZT2A 1RNHA 3M8QA 4FJGA 3PY8A 3SUNA 3V6DA 1LW2A 3PX4A 1IG9A 2OPSA 1TAQA 3SI6A 3K2PA 2YNHA 3VQBA 4CGIA 4FJKA 1TKDA 4NYFA 3HVRA 1NJYA 2D0CA 4CJQA 4BACA 3L2QA 3QO9A 1D5AA 4FZYA 1JL1A 4BDPA 2FBXA 1S1WA 4DQIA 2QK9A 3MAQA 1NK7A 1YTUA 5E41A 3HT3A 4W5QA 1BIUA 2XY5A 3OS0A 3OYCA 3S3OA 1YT3A 1BHLA 1JLAA 2X6NA 2F96A 1REVA 1L3UA 1ZBIA 4KV8A 3I8DA 1LV5A 5FDLA 1YTAA 1EKEA 3OYAA 3AVIA 2P1JA 4CEDA 4XIUA 3KD1E 4OKJA 4E0DA 4CGGA 1RTIA 5JS2A 4FJXA 4HTUA 3TAEA 1QS4A 1RTDA 3QNOA 2G8HA 4E89A 4CJPA 4CK3A 3L2VA 3ZT3A 3CFPA 1KVBA 3QINA 2HVIA 4B9LA 4FJIA 3VQ4A 3V1QA 4KTWA 3DLRA 4JRQA 1U4BA 4FLTA 3L2RA 3D0PA 4DF4A 4ELTA 4CFBA 3G10A 3QEIA 1SV5A 3G0ZA 3HP9A 4CJSA 4J2AA 3ZSYA 1U45A 3DLBA 1I3AA 4ZHRA 2G8VA 4IBNA 3M8RA 1JXBA 3LP0A 2KFNA 4OJRA 1J9AA 2Q3SA 2HNYA 3QEXA 3VQ9A 3B6OA 1RBRA 2HHVA 3OYGA 4FLXA 2YNGA 1RDAA 3O4QA 2RF2A 1RILA 2ATQA 1RBSA 3SV3A 3VA0A 2FBYA 3P5JA 3AVNA 3DI6A 2A1RA 1L3SA 1L5UA 4B9UA 4OGCA 2KTQA 4IG3A 1XWLA 1D9FA 4AHRA 1CXUA 1QHTA 3AA5X 4Z4FA 4Z4CA 1JL2A 1C0MA 2X78A 4H8KA 3O3FA 4E7KA 4LSLA 3V9XA 4HCBA 3C6UA 5C25A 3KK2A 2IGIA 4W5OA 4KKOA 4DSIA 1HPZA 3KJVA 1NOYA 3K5NA 1WAJA 2DFEA 2P51A 1WSFA 2BDPA 4CECA 4DFKA 2R7YA 1W9HA 2HMIA 2ZE2A 4E7JA 2IAJA 3NH0A 4KHNA 4M3XA 3MECA 1ZYQA 3VQ7A 1BIZA 4LSNA 2B4JA 4K8ZA 1C0UA 3SZ2A 3VA3A 2JGUA 4C8KA 4CJEA 4FLWA 3DYAA 4ICLA 1BGXT 5CYQA 1TK5A 4AH9A 4N41A 1CXQA 3DMJA 4E1NA 4CHQA 2G8KA 3SUQA 1JKHA 2QKKA 1IO2A 4DS4A 3SPYA 1BQMA 4M42A 3IS9A 3SPZA 2YNIA 3I0RA 1ASWA 4OKEA 3ZT0A 1BQNA 3VQ8A 1BCMA 4FLUA 3ULDA 3HM9A 1HYSA 1RDDA 4K8XA 4E1MA 1NKEA 3DM2A 2VG5A 4KHUA 2XY8A 1A5XA 5HP1A 4I2QA 1WSIA 2A1SA 2IS3A 3DLHA 3E01A 1WNSA 1IKXA 2KQ2A 3HYFA 4H4OA 3V9WA 5I42A 2P5OA 3KLGA 4CFDA 4CEOA 3RTVA 5DK5A 4B9VA 4F2RA 4WE1A 1RCHA 3F9KA 1QQCA 3ITHA 3U3YA 3S3MA 4KB1A 1SL0A 1S9GA 4IFYA 2DTUA 4DFPA 5HBMA 3CYMA 1QSLA 1G15A 4B9SA 4CGDA 4CJ3A 4TSXA 1QSSA 1I39A 4DSKA 3KLFA 4W5TA 1TGOA 3ZT1A 4CF8A 1XHXA 1HMVA 4LY7A 4DTSA 4Y1CA 4B8AB 4ELVA 1ASUA 4FJMA 3NF7A 4KREA 3LDSA 4EP4A 3QNNA 1D8YA 3PX6A 1HYVA 2Z1GA 4DSEA 3V9SA 4FK2A 1X9WA 4CFCA 4CJWA 2PYJA 1SL1A 2OZSA 3ZT4A 4NCBA 1SKRA 3V4IA 5HROA 4NCAA 3O3GA 3RMCA 4B9TA 4PWDA 2O4IA 2HHQA 3CG7A 2ITGA 3RWUA 1RT7A 4E7LA 4O4GA 4B08A 2QKBA 4IKFA 3ZSQA 1ZBFA 3SUOA 3NCIA 4QAGA 3OYFA 3K58A 3MXJA 1HYZA 4EZ6A 2HVHA 3NFAA 2EX3A 3TI0A 2ZD1A 4CCHA 1GOCA 1C1BA 2NUBA 4DU1A 2OZMA 4GW6A 4RW6A 1ASVA 3OYNA 3RRHA 3OYMA 2PZSA 4OLAA 3SQ2A 4OGEA 3PO5A 3AV9A 3TAFA 1D9DA 2HHUA 2GBZA 5KTQA 5J2MA 4E3SA 4E7IA 2G8IA 4CJTA 4KTZA 1FKPA 2OPQA 3U3GA 3OVNA 1NK9A 3VQ5A 2KFZA 1WSHA 3DOLA 4FJJA 3AVJA 1O1WA 3OYKA 4FLVA 4W5NA 3VQDA 4DQRA 4DLEA 4M3YA 2PY5A 1VSJA 4ZTFA 1RT3A 1TKZA 4ZTJA 1L3TA 3CM6A 4M41A 2Z1IA 3ZCMA 3NGIA 4KI4A 2DFFA 4N47A 2ETJA 3AVHA 4PQUA 4HUEA 1DTQA 4OPKA 1NK8A 1U49A 5KRTA 4F4KA 3OJSA 3B6PA 4HUFA 4KO0A 1KRPA 4CJFA 1QTMA 3O4NA 4LH4A 1WSEA 3V1OA 3ISNC 2B5JA 3PX0A 4DQQA 1VK0A 3TAQA 3LWLA 4KHSA 1LW0A 1WSGA 1NJXA 1KTQA 3O3HA 2VWJA 4OVLA 4CHNA 1VRUA 3K5LA 5FRMA 4DTUA 3QIPA 2IOCA 4O44A 3OY9A 5KGWA 2Y1JA 1TK0A 4DSLA 3K5MA 2E4LA 4FJ5A 5HRPA 4N76A 1N6QA 4CK1A 4E19A 4QCLA 3KK1A 5J2QA 2D0AA 1HNIA 1UWBA 3WNFA 3TAGA 3S9HA 1X9MA 4FLZA 3RR8A 5C24A 2IC3A 4FYDA 2HHSA 1VSHA 1TVRA 3OYHA 3LP3A 3HPOA 4YNQA 3RR7A 4JRPA 2OYQA 1CZBA 4R5PA 3QESA 1VSLA 3K57A 1RBVA 4BE2A 4CEFA 3SNNA 4Z0UA 3QIOA 1RDCA 1TV6A 2E6LA 3KLEA 4DS5A 4B9NA 4J2DA 3AO3A 4LH5A 1UOCA 3VQAA 4RW9A 1EX4A 4HHTA 4HCCA 5CZ2A 2DFHA 4H4MA 3TARA 2YNFA 1TK8A 2X6SA 5J2PA 1Q9XA 4CHZA 1TAUA 3H08A 4CEAA 3L2UA 4DFMA 1JLGA 3LZIA 3CM5A 3KKSA 3LAMA 3AA4A 4JLHA 1F21A 1TL3A 4MQ3A 3MEEA 3CQ8A 4KFBA 5CYMA 4HUGA 1IKVA 1VSEA 3AVBA 3T3FA 4KPYA 1Q8IA 4C8MA 2HW3A 3MEGA 5SWMA 4BDYA 4YFUA 1KCFA 3NF6A 3AVMA 1BI4A 4CJ4A 1K6YA 3NE6A 1LAWA 2Z1HA 2YV0X 3KD5E 4AHTA 2PYLA 4F3TA 4IG0A 4CIGA 3NAEA 1NK6A 4Z4EA 1RT1A 4CJRA 1KVCA 1UA1A 4C8OA 3CFOA 3SQ4A 1KSPA 3T19A 4QOZB 4RW4A 4CERA 3NH1A 4OKKA 4DU3A 1X9SA 1A5WA 1IKYA 3KIOA 1HQUA 1Z26A 3LP1A 4DTMA 4FJNA 4CF0A 3CFRA 2BGGA 4CGJA 4FVMA 1Z25A 2BE2A 4RW8A 2GUIA 4CJKA 1NKCA 3DRPA 4IDKA 3BGRA 1JLEA 1RBUA 3P83D 4CK2A 4CEBA 4AHSA 4DG1A 2W42A 1Q9YA 3AO4A 3LP2A 4BWMA 4W5RA 3OJUA 3TAPA 1KLNA 4CIFA 1NKBA 1MU2A 4ID1A 3I0SA 1VSFA 5HRSA 1UAXA 2YHBA 2VG7A 1S1VA 4CHYA 3OYDA 5FRNA 4M45A 1R0AA 3HPGA 3TAMA 1S1UA 2WOMA 1B92A 1JLFA 3S3NA 4OPJA 3AVAA 2AJQA 3LZJA 2G8FA 1RT5A 2VG6A 3V9ZA 1T03A 1T7PA 3OYBA 3IAYA 2ZQBA 3KKRA 3WNGA 1KLMA 4O55A 3QEWA 4ID5A 4CEZA 4BE0A 3LANA 4CIEA 1HNVA 3MXMA 1N5YA 1U47A 1T8EA 3IG1A 3ZSVA 2F8SA 3HK2A 4O5BA 3NH2A 1ZBLA 1J54A 2XY6A 4UQGA 3KK3A 2IDOA 3LPUA 3DLEA 4CJLA 3AVCA 1KVAA 4JS5A 1U04A 3L8BA 5T7BA 4FW1A 1TKXA 1HRHA 4E7HA 3PO4A 4F2SA 3C6TA 2HNZA 4AHUA 4RW7A 1B9DA 2XY7A 3NF9A 4I2PA 4DQPA 2FBVA 3JSMA 4EP5A 4F8RA 4PY5A 1YVUA 3ASMA 1DTTA 4Z4HA 3KLHA 4CF1A 3UIQA 4I9LA 5JS1A 3OS1A 1SKSA 1J53A 3NF8A 1VSDA 2E6MA 1XI1A 1W0HA 2LSNA 3LPTA 2GV9A 3K5OA 5CY4A 3DOKA 2G8WA 4O0IA 4KHYA 4CGHA 4M3TA 4CJ5A 1C6VA 2HB5A 1BISA 4Y1DA 1UA0A 4GMJB 1L3VA 3QERA 4FW2A 5DMRA 4Z4IA 4RG8A 3A2FA 1EXQA 3FFIA 1BI4B 1FKOA 1RTHA 1JLBA 3SCXA 3PUFA 3MEDA 4NYNA 1VSMA 4CESA 4HVJA 1FK9A 1WN7A 1FXXA 4B9MA 4FZXC 4CHPA 3WNHA 1RT2A 3OYJA 1BCOA 3V81A 1S5JA 4PA1A 1TL1A 2P5GA 4DWIA 4L8RB 5D3GA 4N5SA 2EHGA 4FK4A 1LWFA 4FM0A 1EETA 3VQEA 3HSTB 3P1GA 3KLIA 3RMAA 4CJUA 3HVTA 4CJVA 4FJ7A 1SUQA 1XHZA 1QE1A 4KTQA 3T1AA 4FJ9A 5KI6A 1Y97A 4FXDA 2FBTA 4FM2A 1VSIA 1RBTA 1SL2A 2OPRA 4DTOA 3RMBA 3WNEA 4KRFA 5HRRA 4DSFA 1NK0A 4AHVA 1A5VA 3SUPA 2O4GA 1LAVA 3ZSWA 4DTRA 2KZMA 4G1QA 5K14A 4AILC 3QEPA 1SKWA 5HRNA 3L3UA 1VRTA 4BDZA 2FC0A 3DRSA 3M8PA 3SV4A 4CEEA 4DQSA 4Z4GA 2HHXA 3HXMA 4J2EA 2D0BA 3TWHA 4PUOA 4CE9A 2B6AA 1KFSA 2WONA 3MXIA 1B9FA 1TKTA 1IKWA 3IRXA 5KGXA 3TANA 2BANA 1T05A 3BDPA 1C1AA 1X1PA 2KW4A 1J5OA 1ZBUA 2XRIA 3SQ1A 4CGFA 3AVKA 3VQQA 4Q5VA 1C1CA 1NOZA 4FK0A 3L3VA 5FROA 4CFAA 4EZ9A 3V1RA 1CLQA 1ZBHA 1RT6A 1C0TA 4I9QA 1LWCA 2DY4A 2G8UA 2YKMA 3LWMA 1NJZA 3HP6A 2YKNA 3DLKA 3HL8A 4DTNA 3D45A 5HLFA 1WAFA 3ALYA 3M8SA 3QLHA 3OYIA 1QSYA 4IFVA 4C8LA 2JLEA 3AO2A 3AVGA 5SZTA 3HJFA 4DTPA 3NBPA 4O0JA 1S9EA 3VN5A 3V9UA 3DLGA 1CZ9A 1S1XA 1VSKA 2RN2A 3C94A 4CF9A 5EU7A 4KHQA 4FZZA 3VQPA 2HHWA 4M3RA 3DRRA 4F3OA 4NCGA 3RMDA 1RTJA 4M3WA 4AHCA 2KZZA 4BE1A 1IH7A 3K59A 3SJJA 1S1TA 3RRGA 1JLQA 5J2NA 1HQEA 3SYZA 3VQ6A 4B8CA 4MFBA 4BWJA 4ELUA 2XHBA 3F73A 4FCYA 1DLOA 1RT4A 3NGYA 4KHWA 2I5JA 2RKIA 3AA3A 3EY1A 1S6PA 3LAKA 2OA8A 4KI6A 4JS4A 3C95A 3NHGA 3SQ0A 3TR8A 4KB0A 3EZ5A 4M3UA 4FJLA 1JXEA 1EP4A 3EYZA 4KAZA 3U6FA 4Q0BA 4N56A 4DSJA 3ZSZA 1JLCA 2HNDA 1LWEA 4CF2A 2D5RA 3AO1A 3ZSXA 4FM1A 1GOBA 4DF8A 2RPIA 2OPPA 3L2WA 3NDKA 5J1EA 4FLYA 3AVLA 5KRSA 5CZ1A 3VQCA 1GOAA 4CHOA 3PV8A 1ITGA 3TABA 3OS2A 3AA2A 1NK4A 1S6QA 3OYLA 3THVA 1NK5A 3NGZA 4FJHA 2VWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPTA 5M3MJ 1X1CA 3WTWC 4E4HA 3NQOA 4GVMA 4OLBA 1K7AA 4FJ8A 1FSEA 1KONA 5LHIA 3P9KA 4WXCA 4CEQA 1X1BA 2EB7A 1OCPA 4GDFA 5DCFA 3HVRA 4JYKA 3GYHX 2QK9A 1YTUA 4BRQA 2V79A 2IA1A 1REVA 5CR4A 2RN7A 3KD1E 5JI6A 5E18F 4CK3A 1SAZA 3R8EA 4B9LA 1VQPN 4ELTA 4I6MA 3IWFA 2LH9A 2F5FA 1KYZA 3COAC 3JRDA 2FD5A 4LLNA 3SJMA 3UR3C 5BMZA 4XLCA 1RILA 4YHHK 3P5JA 5L3FA 2H8WA 4IX7A 3M7GA 4G6TB 3VEWA 3CCEI 5FLVA 3RI4A 2ZJPF 4C1NK 3BG5A 3CMAN 1LFUP 1HPZA 1WSFA 5CJ9A 2NRRA 2Q1ZB 2OPTA 3E5UA 4CICA 3LSKA 2L01A 5CYQA 3A01B 1IN7A 5EDNA 1VFCA 3IS9A 5J1UA 3HC7A 4A61A 1WI3A 5FPNA 5EJCA 2ZM6K 2DA2A 5E17F 1ON1A 1LEAA 2I8DA 4ZYEA 2XKOA 3ITHA 2XRNA 1UMQA 5AFUA 1WGXA 1XN7A 1PP8F 1N36K 1QZ5A 1SAXA 1N8RO 4IHSA 2F4MB 4HAMA 2F5VA 4BHBA 5C3EJ 4AM3A 4M9XA 3OV8A 2O4IA 3S15J 5BRHA 4IKFA 3K58A 3NFAA 2BHZA 2NUBA 3WU1B 1IG8A 4MEYF 4OGEA 1JGGA 3JTGA 1AKHB 3H5RA 3OVNA 1SD6A 3SBGA 1O1WA 3OYKA 5LMUK 2XAFA 2R5YA 2X4HA 1VQ6I 3SEZA 2JUCA 3TL4X 3NGIA 3CUQC 2DFFA 1HCRA 4LFUA 3T5XA 1ULYA 3BF1A 2KDOA 1WSEA 1VK0A 3TAQA 1BWFO 4NB4A 1LW0A 4CHUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KPT A;  5M3M J;  1X1C A;  3WTW C;  4E4H A;  3NQO A;  4GVM A;  4OLB A;  1K7A A;  4FJ8 A;  1FSE A;  1KON A;  5LHI A;  3P9K A;  4WXC A;  4CEQ A;  1X1B A;  2EB7 A;  1OCP A;  4GDF A;  5DCF A;  3HVR A;  4JYK A;  3GYH X;  2QK9 A;  1YTU A;  4BRQ A;  2V79 A;  2IA1 A;  1REV A;  5CR4 A;  2RN7 A;  3KD1 E;  5JI6 A;  5E18 F;  4CK3 A;  1SAZ A;  3R8E A;  4B9L A;  1VQP N;  4ELT A;  4I6M A;  3IWF A;  2LH9 A;  2F5F A;  1KYZ A;  3COA C;  3JRD A;  2FD5 A;  4LLN A;  3SJM A;  3UR3 C;  5BMZ A;  4XLC A;  1RIL A;  4YHH K;  3P5J A;  5L3F A;  2H8W A;  4IX7 A;  3M7G A;  4G6T B;  3VEW A;  3CCE I;  5FLV A;  3RI4 A;  2ZJP F;  4C1N K;  3BG5 A;  3CMA N;  1LFU P;  1HPZ A;  1WSF A;  5CJ9 A;  2NRR A;  2Q1Z B;  2OPT A;  3E5U A;  4CIC A;  3LSK A;  2L01 A;  5CYQ A;  3A01 B;  1IN7 A;  5EDN A;  1VFC A;  3IS9 A;  5J1U A;  3HC7 A;  4A61 A;  1WI3 A;  5FPN A;  5EJC A;  2ZM6 K;  2DA2 A;  5E17 F;  1ON1 A;  1LEA A;  2I8D A;  4ZYE A;  2XKO A;  3ITH A;  2XRN A;  1UMQ A;  5AFU A;  1WGX A;  1XN7 A;  1PP8 F;  1N36 K;  1QZ5 A;  1SAX A;  1N8R O; 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