1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
4C8LA 1LAVA 3V1RA 4QOZB 2XY6A 1KVCA 1NK8A 1EP4A 2YHAA 3F73A 3RRHA 4L8RB 4DU3A 1U45A 5C25A 1J9AA 1KTQA 4DF4A 3AVGA 3SUQA 1WN7A 5FDLA 3U3GA 1JKHA 4CJUA 3HPHA 3PX6A 1XHZA 3O3GA 2KZZA 1CLQA 3TAEA 4E1MA 4M3TA 3MEGA 2OZSA 2HHVA 4F2RA 4CFBA 3NF7A 1CXQA 2E6MA 4KO0A 4CJVA 3P83D 3SUOA 1XHXA 1I39A 3LDSA 3V81A 2HHQA 1QTMA 1G15A 4OLBA 3QIPA 2LSNA 3I0RA 1VSKA 3VQ7A 4FLVA 1A5XA 1D9DA 3S3OA 3KD5E 4CJ3A 4CGDA 1Q9XA 1RT1A 5D3GA 4HUEA 4DQIA 2HVIA 3ZT0A 3V9SA 1S6PA 4OPJA 3WNGA 3KLHA 3LZJA 4DTUA 3AVIA 4N56A 2YV0X 4FW1A 1B9FA 4AHVA 1KFSA 4H4OA 3DRSA 4PA1A 1NOZA 5DMRA 3LZIA 3B6PA 4M41A 3L2VA 2XO7A 1BIUA 4CFCA 4Q5VA 1NJZA 2HMIA 4LD0A 4LSNA 2QKBA 5KTQA 3QEIA 3VQBA 4CECA 3SYZA 1JXEA 3NDKA 2JLEA 3O3FA 1VSJA 1D5AA 3SUPA 3I8DA 1DTQA 1W0HA 1WSFA 1KVBA 1BI4A 4B9VA 3LANA 3AO5A 1S5JA 3QIOA 4PUOA 1O1WA 4CJWA 3NBPA 1RDDA 4F2SA 3ZT3A 3DLBA 3ZSYA 3VQ8A 4JS5A 1RT7A 3VA0A 1QHTA 3OYCA 4IKFA 4BWMA 4DTRA 5CZ1A 3QNNA 2E6LA 2IGIA 1L3SA 3TARA 1U4BA 1ZBFA 3P5JA 1EX4A 2ZE2A 3HVRA 3L2RA 4C8OA 4OLAA 4Z4EA 1S1WA 3E01A 1RT4A 2OPRA 1ZBIA 4CEOA 1SL2A 3SCXA 3EY1A 2HW3A 4FLUA 3O4QA 4M3ZA 2VWJA 4E7JA 4FJNA 3OS1A 1D9FA 3LP0A 3IS9A 4HUFA 3UIQA 3NFAA 3KK2A 3TAMA 3DLKA 4IBNA 1ZBLA 5CY4A 1B92A 1GOCA 1NK9A 5KRSA 5K14A 4B9LA 3AVHA 4N5SA 3L2WA 1QSLA 1IKXA 2XRIA 1RT2A 3KLFA 3ZT2A 2KFZA 3NF8A 4OGEA 1ASWA 5EU7A 2HHXA 2HHTA 1IKWA 1JLAA 3IRXA 3G0ZA 4BE2A 1NKBA 4B9SA 3LAKA 4LY7A 3P1GA 3M8SA 2RF2A 1HQEA 4XIUA 4B8CA 4IG0A 4KPYA 4FM2A 1LW0A 3HM9A 4NCBA 3NH0A 4EP4A 3ZSRA 4DMNA 4CEDA 3I0SA 1TAQA 5KGWA 1N5YA 3IG1A 2P5GA 1FKPA 5J2PA 2DFEA 4J2DA 4FJXA 3ALYA 4B9MA 1TGOA 2G8KA 3HL8A 5HBMA 1HYZA 4Z4CA 3D0PA 3RMDA 1TL3A 2PYLA 4DG1A 4CIFA 1SKSA 1IKYA 4DSFA 4B8AB 5DK5A 3RR8A 2G8IA 3VQ4A 4BDPA 1SUQA 1KSPA 3OYKA 2YKNA 2X78A 2X6NA 1X9WA 4Y1CA 1J5OA 4CGGA 2WONA 4N76A 3SPYA 4H4MA 2OPPA 3K5NA 3NCIA 1BQMA 3SNNA 3QETA 1S1VA 3KKRA 3KLIA 4Z0UA 4KI6A 1S1XA 3OYJA 1HYSA 1JLEA 2P1JA 4K8ZA 1HNIA 4E7LA 3AVNA 2BDPA 1FKOA 4BACA 3NGIA 1WLJA 3QESA 4FJHA 1CZBA 4KI4A 3PY8A 5J2QA 3KJVA 4AHRA 4FJ7A 3C6TA 2OPQA 1VSIA 2Z1IA 4FLTA 3CFOA 1JL2A 3TR8A 4HTUA 3LWMA 3V9UA 1Z25A 4CIEA 4CEBA 3SPZA 4HCCA 3TWHA 1ASVA 2FBXA 4W5TA 1U48A 3PO5A 4CK2A 3VQCA 4FJ5A 3VQPA 4HUGA 1WSGA 3AVBA 4CGIA 4Q0BA 4CFAA 1X1PA 1ZYQA 3DYAA 3ZT4A 2A1RA 2HNYA 3OS0A 4NYNA 4H8KA 3CQ8A 1S6QA 2BANA 3O3HA 3SUNA 1ZBHA 4CJPA 4FJ8A 1RDBA 1I3AA 1JLGA 3KK3A 3HP9A 3MXJA 4MQ3A 4AILC 1LV5A 4DWIA 1C0TA 5HROA 1YT3A 4CHZA 2XY5A 2HHUA 3DLRA 4DS4A 5FROA 1RBSA 5J2MA 1VSFA 1WAJA 3F9KA 2FBYA 4WE1A 3OYEA 3THVA 3PX4A 1TK8A 4CJQA 4K8XA 3VQAA 5J1EA 4FK2A 2E4LA 3OS2A 1J53A 1S9GA 4W5RA 4F8RA 3LWLA 1BCMA 3AVLA 4I2PA 4DSKA 1YVUA 1Z26A 2Z1GA 1BGXT 3AVAA 3DOKA 3NH1A 3RRGA 2GV9A 5T7BA 4CHYA 4KAZA 4KB0A 4FJKA 2R7YA 3HVTA 3V9ZA 3G10A 5C42A 1VRTA 3RMBA 4ELUA 1RBUA 2IS3A 1BIZA 3KK1A 3TAQA 2HVHA 1TV6A 1Q8IA 3O4NA 1X9MA 3DM2A 4TSXA 4E89A 3MAQA 4DSEA 3QEWA 4LH4A 1EKEA 4YNQA 4CJTA 3TAFA 1U47A 4F3OA 4M3UA 1NJYA 4Z4GA 2D0CA 3NF9A 4DFJA 3HT3A 1FK9A 1TL1A 2F96A 3DRRA 2NUBA 3M8RA 3KLEA 4KREA 3AV9A 3NF6A 3AO2A 3CYMA 4E1NA 3TABA 1VSMA 3DRPA 4KKOA 1U49A 3S3MA 1X9SA 4O0IA 2D0AA 1SV5A 1J54A 1WNSA 3L3VA 3OYHA 4KV8A 2QKKA 3PO4A 1VSLA 1NJXA 4B9TA 1HMVA 1HQUA 2KZMA 1W9HA 3MEDA 4DTOA 1EETA 1L3UA 4AHCA 3QERA 4F4KA 2EX3A 3CG7A 2VWKA 3JSMA 4PY5A 1RBVA 4CFDA 1D8YA 3VQ9A 2G8WA 3MXIA 3K2PA 2QXFA 3S3NA 3ZSWA 4FW2A 3LAMA 3WNHA 3SJJA 1TK0A 4FXDA 1T05A 1S1UA 2FBTA 4HCBA 1IH7A 3ULDA 3JYTA 1K6YA 3LP1A 4OKEA 4CJSA 4JS4A 4OKJA 3U3YA 4DFMA 4FVMA 4DF8A 4FJIA 3AO4A 1ZBUA 1C0UA 3HSTB 2X6SA 3DLEA 4I7FA 3V1OA 4KB1A 3OYIA 4DFKA 2PZSA 4CE9A 4CJ5A 4J2AA 4ZHRA 4DQQA 2IOCA 3KKSA 1A5WA 4FZXC 1RTJA 3ZSOA 4E7KA 3AVCA 3L3UA 3ZCMA 2XHBA 3SV3A 3AVJA 2DFHA 3PUFA 1C6VA 4ICLA 3OJSA 4I9LA 2VG5A 4DLEA 1YTUA 3AA2A 2D5RA 1RT5A 1VK0A 4AHSA 4E19A 1SL0A 2PYJA 2ATQA 2RKIA 4OVLA 4PWDA 2KTQA 2RN2A 4ZTFA 5I42A 1UA0A 3QO9A 3KIOA 1LWEA 1WSEA 1NJWA 4DU1A 1NK5A 2P5OA 3OYGA 1YTAA 3BDPA 4B9NA 4EP5A 2GUIA 2YNGA 3C6UA 3ZSZA 2OA8A 2X74A 4QCLA 2JGUA 3VQDA 1LW2A 2GBZA 3AA3A 4FK0A 3OYDA 1C1CA 2P51A 4AH9A 1NK4A 4C8KA 4CCHA 4DTSA 1JLCA 4DTPA 4DSLA 4ELTA 4I9QA 4CHPA 4CHQA 1DLOA 4CEQA 4E7IA 2IAJA 4J2EA 4YFUA 1MU2A 3AA4A 1GOAA 4CF2A 2O4GA 2KQ2A 1JLBA 3AA5X 4GVMA 3B6OA 1JL1A 4JLHA 4EZ6A 3AVKA 3LALA 4M45A 3WNEA 4Z4HA 1BI4B 2XY7A 4M3XA 4M3YA 3OYNA 1QSYA 2VG6A 4CF1A 1TK5A 4JRQA 3L2UA 3MEEA 4BE1A 1NK0A 1SKRA 2B4JA 4JRPA 3K5LA 1TKTA 2YNFA 1WSHA 3L8BA 4KHUA 1QSSA 3SI6A 4CGHA 3ASMA 3CFPA 1RTDA 4KRFA 1L3TA 3CM6A 2BGGA 4FLWA 5KRTA 3NAEA 4CEEA 1RBTA 4G1QA 3QNOA 4PQUA 3LPTA 4FLZA 1VRUA 3T19A 4DTNA 3KD1E 3C94A 4RG8A 4DFPA 1C1AA 4C8NA 3DOLA 4E3SA 4HVJA 1TKZA 3VQQA 3H08A 1UAXA 2KFNA 3RWUA 1RT3A 3D45A 4CJKA 3LPUA 3RTVA 1RTIA 3MXMA 5HRRA 4FJGA 3HK2A 3A2FA 2D0BA 3K59A 3DLGA 1CZ9A 4OGCA 4DU4A 4DQSA 3LP2A 4MFBA 1BL3A 1HYVA 3OYBA 4B08A 2ZQBA 5J2NA 5HRSA 5KI6A 3NE6A 4IG3A 1HRHA 4RW8A 2A1SA 1T03A 4FYDA 3AVMA 1QQCA 2HNDA 2KW4A 4CJFA 3OYFA 1KLNA 4F3TA 3DMJA 1RBRA 1JLQA 1JXBA 3ZT1A 3NGZA 3SZ2A 1BISA 3FFIA 3HXMA 4CHNA 3V9WA 3VQ6A 3AO1A 1NKEA 4NYFA 4Y1DA 4FCYA 4HHTA 3V6DA 4KTQA 3U6FA 3OYMA 3ZSXA 4B9UA 1KRPA 4J2BA 2YNIA 4FLXA 1CXUA 3ZSVA 3SQ0A 4CERA 1VSDA 5JS1A 2DFFA 1SL1A 1ITGA 5FRMA 1LWFA 4CK1A 1B9DA 4BDYA 3TAGA 2FBVA 5HRNA 4W5OA 1NK6A 4KHWA 1QE1A 3RMAA 4FZZA 2IC3A 1Y97A 2B6AA 3HYFA 3OY9A 1L3VA 5SZTA 4R5PA 5SWMA 3ISNC 2ETJA 2DY4A 4FM1A 3OYAA 2W42A 3OYLA 4C8MA 3AO3A 2IDOA 3V4IA 4B3OA 4OPKA 1A5VA 4W5QA 3EZ5A 2EHGA 3WNFA 4BE0A 1XI1A 3SQ4A 4RW7A 4O4GA 4CGFA 3QEPA 4GW6A 3KTQA 1C1BA 4IFVA 3VQ5A 1UWBA 2I5JA 1BQNA 4KHQA 1DTTA 4NCGA 2WOMA 4CGJA 1C0MA 4M3RA 4E7HA 1T7PA 2HHWA 2F8TA 4GMJB 4IDKA 4CESA 3QEXA 4DSIA 3DLHA 4FJMA 3DI6A 3HJFA 3C95A 4BWJA 4ZTJA 2DTUA 2ITGA 3L2QA 4FJ9A 1FXXA 1WAFA 2Y1JA 1N6QA 1TKXA 4E0DA 3K57A 1UA1A 4AHUA 4IFYA 1RTHA 3NHGA 1RILA 2YKMA 5I3UA 5CYMA 4CF8A 4FM0A 3EYZA 1XWLA 1GOBA 1KVAA 3HPOA 4CF9A 1S9EA 4FLYA 2Y1IA 1NK7A 2HHSA 1RNHA 1VSEA 4I2QA 3TI0A 4BDZA 2O4IA 1KFDA 3BGRA 4O55A 4CHOA 1U04A 3CFRA 4NCAA 4RW9A 3VQEA 2F8SA 4RW4A 4CJLA 4CIGA 3CM5A 4ID1A 3ZSQA 4KTWA 3SQ1A 1L5UA 4CJRA 3T3FA 3KLGA 2YNHA 5KGXA 4DS5A 1XC9A 4EZ9A 4CJ4A 4N47A 5CYQA 3OVNA 1TKDA 2BE2A 1REVA 3AVFA 2OPSA 4CF0A 1LAWA 2OYQA 1LWCA 1ASUA 1RDAA 4DLGA 3QLHA 4DQPA 1VSHA 1WSJA 3K58A 3SV4A 4DQRA 2QK9A 2G8HA 4KHSA 5HRPA 1RDCA 1BHLA 2XY8A 3K5OA 3PX0A 1KCFA 1RT6A 3NGYA 1NKCA 1HPZA 2OZMA 4KHNA 4FK4A 4OKKA 2Z1HA 3RR7A 3LP3A 3K5MA 1SKWA 4ID5A 1IKVA 4CEFA 5FRNA 4DSJA 4OJRA 1IO2A 4O5BA 2G8VA 3TANA 4KTZA 3M8QA 3VA3A 4N41A 2Q3SA 1R0AA 1TAUA 1BCOA 3QINA 2VG7A 4CJEA 1JLFA 2FC0A 4DTMA 4LH5A 3S9HA 1NOYA 2AJQA 3TAPA 3PV8A 4DTJA 1UOCA 4UQGA 3V1QA 4W5NA 1F21A 5C24A 3V9XA 1QS4A 1EXQA 1HJRA 3NH2A 4KFBA 3OJUA 4FJJA 2B5JA 4O44A 1WSIA 4QAGA 2ZD1A 3HO1A 1KLMA 3HP6A 3HPGA 1Q9YA 2PY5A 4M3WA 3VN5A 4AHTA 5E41A 5JS2A 2HNZA 4O0JA 1HNVA 4CEZA 4FZYA 4CEAA 3RMCA 3M8PA 2RPIA 1RCHA 3T1AA 4Z4IA 5CZ2A 3SQ2A 2HB5A 1S1TA 3MECA 3ITHA 4FJLA 4DTXA 1IG9A 3QEVA 3IAYA 4KHYA 4LSLA 4CK3A 2G8UA 4RW6A 5HP1A 4ELVA 1TVRA 5HLFA 2G8FA 4M42A 4Z4FA 2YHBA 2Z1JA 1T8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MMDA 2ZM6K 2YHAA 3F73A 2CV2A 3RRHA 1G3SA 3B6AA 2WTEA 2A3ZA 2DBBA 4BC5A 2STWA 2O8EB 1G15A 3CF2A 3CQXA 1KQ0A 3K69A 4DQIA 1JUMA 3LWFA 4E7ZA 2YV0X 2W7NA 3CCVN 3JRDA 1YJNI 4BAYA 4BGAA 4IOAL 3C6AA 3HSFA 2NOGA 3BY6A 1W0HA 3CCUN 4H0XB 1Q1VA 3ZT3A 1FZPB 1D5VA 4JS5A 3BZCA 3GW2A 4IKFA 1W5TA 3P5JA 2ZE2A 3E01A 4M3FA 2R7RA 1BG3A 4TV7A 3SCXA 3Q9SA 1SFXA 3FXOA 2WC2A 3L0QA 4PJJA 1RT2A 1QVFM 1W5SA 4K2EA 4EP4A 2HKOA 2M2EA 2LKXA 2ACJA 5GIOA 2ETHA 3CMAI 3J7AP 1HLVA 3FXUA 3F21A 3C1DA 1E0EA 3AGKA 1B72A 1IN8A 2OPPA 1BQMA 3SNNA 3CJBA 1S1XA 5F1RA 5IT9K 3BDDA 5J2QA 4FWMA 3HSEA 4IDHA 2OPQA 2PX9A 3BZ6A 3AAPA 3H5NA 3CCYA 4XRFA 4GYIA 3M07A 3V9UA 2QW9A 3TWHA 1G99A 4GKKK 2MC3A 1WSGA 3MN6A 3SUNA 2DA4A 4BRIA 1UHSA 2F9TA 4BR5A 3KK3A 1FLIA 4BC3A 3THYB 1NG7A 1QHHD 4YRVA 1LE8A 5GADJ 4U0WA 4U0VA 1RUNA 2R93J 3FLCO 3OS2A 4W5RA 1JCGA 2GA2A 3VEPA 2P0WA 3CESA 1Z3YA 3IH3A 3EKUA 4F3OA 2D0CA 4Q48A 1RTDA 2E1MB 3K9KA 4MIMA 3JRFA 3IKTA 3D5SC 2R7ZJ 2IGNA 2V9KA 5FKLA 3VQ9A 3WNHA 3KP3A 4RS8A 2PI0A 2J4RA 4OKEA 2YCHA 1YJ9I 5E1ZB 1GLLO 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1MMD A;  2ZM6 K;  2YHA A;  3F73 A;  2CV2 A;  3RRH A;  1G3S A;  3B6A A;  2WTE A;  2A3Z A;  2DBB A;  4BC5 A;  2STW A;  2O8E B;  1G15 A;  3CF2 A;  3CQX A;  1KQ0 A;  3K69 A;  4DQI A;  1JUM A;  3LWF A;  4E7Z A;  2YV0 X;  2W7N A;  3CCV N;  3JRD A;  1YJN I;  4BAY A;  4BGA A;  4IOA L;  3C6A A;  3HSF A;  2NOG A;  3BY6 A;  1W0H A;  3CCU N;  4H0X B;  1Q1V A;  3ZT3 A;  1FZP B;  1D5V A;  4JS5 A;  3BZC A;  3GW2 A;  4IKF A;  1W5T A;  3P5J A;  2ZE2 A;  3E01 A;  4M3F A;  2R7R A;  1BG3 A;  4TV7 A;  3SCX A;  3Q9S A;  1SFX A;  3FXO A;  2WC2 A;  3L0Q A;  4PJJ A;  1RT2 A;  1QVF M;  1W5S A;  4K2E A;  4EP4 A;  2HKO A;  2M2E A;  2LKX A;  2ACJ A;  5GIO A;  2ETH A;  3CMA I;  3J7A P;  1HLV A;  3FXU A;  3F21 A;  3C1D A;  1E0E A;  3AGK A;  1B72 A;  1IN8 A;  2OPP A;  1BQM A;  3SNN A;  3CJB A;  1S1X A;  5F1R A;  5IT9 K;  3BDD A;  5J2Q A;  4FWM A;  3HSE A;  4IDH A;  2OPQ A;  2PX9 A;  3BZ6 A;  3AAP A;  3H5N A;  3CCY A;  4XRF A;  4GYI A;  3M07 A;  3V9U A;  2QW9 A;  3TWH A;  1G99 A;  4GKK K;  2MC3 A;  1WSG A;  3MN6 A;  3SUN A; 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