1I39A

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i39A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i39A01
1RT7A 3BGRA 1NJZA 4CF8A 4AHCA 1NK7A 1L3UA 4C8LA 1BHLA 3AVMA 4W5NA 2HHTA 1NK0A 4FJKA 2Z1HA 4AHSA 3SNNA 2G8FA 3OS0A 3MEDA 4NCBA 3ZSZA 1RBVA 2QKKA 5I3UA 3DLGA 3G10A 4NYNA 3KLEA 3TABA 3TANA 2DY4A 1Q9XA 3KLHA 3H08A 5SZTA 5CZ2A 4BE2A 4RW9A 4LSLA 3MAQA 4B9MA 1L3VA 2F96A 4O0IA 3TAGA 4DTSA 1RDCA 4ELUA 4B08A 4K8XA 4KB1A 4CEAA 3L2RA 1WSJA 4DTXA 4CESA 4E0DA 3VQ7A 1U4BA 4CFDA 4Z4CA 3VQPA 1WAFA 4FJHA 3KTQA 3PX6A 2DFEA 5HBMA 1JL1A 4B8AB 3HYFA 3TAEA 1U47A 1L3SA 4LSNA 3VQQA 3RMCA 1SL1A 1BGXT 3PO4A 3OYFA 1GOCA 4CJVA 4DF4A 4O44A 4BWMA 3VQCA 3S9HA 4Y1DA 5J1EA 3RRGA 2RF2A 4FJ9A 3O4QA 4NYFA 4CGJA 4DSIA 2G8IA 4EP5A 3L8BA 4OKEA 1QS4A 1ZYQA 3KLIA 4ZTJA 3LAMA 4RG8A 4FJJA 3C95A 4FJMA 2YHBA 3OYBA 3NE6A 4DF8A 1QE1A 3I8DA 1TKDA 4CJQA 2XHBA 1RT4A 1KVAA 3QEPA 4DSKA 2VWJA 5HROA 3B6OA 4DFMA 3V1RA 4PQUA 1TAUA 1Z26A 2QXFA 4CJTA 3U3YA 3SJJA 3D45A 2HNYA 3ZSQA 3RR8A 3V9UA 1WSEA 3VQ5A 2ETJA 2W42A 3U3GA 3DRPA 4CHZA 3C6TA 1WAJA 3DLEA 4C8MA 4LH4A 3V9SA 1R0AA 5FRMA 2KZZA 4KTZA 2Z1GA 1RT5A 2FBYA 5E41A 4FLWA 3HSTB 3M8QA 3KK1A 3VQ6A 3VA3A 1S1UA 3ZT0A 4RW6A 3E01A 3V9ZA 4ICLA 3S3MA 3KD5E 3VQAA 1NJXA 1RDBA 1HNVA 5FDLA 4BDZA 3P5JA 1NJWA 1VRUA 4CIEA 1KFSA 5HLFA 3NF6A 4CEQA 4F2RA 5KTQA 4B8CA 3LP1A 5FROA 1IO2A 3CG7A 3OYEA 1EXQA 1HQEA 4CF1A 3KK3A 1HYVA 1D8YA 4CK1A 5J2NA 1TV6A 5JS2A 2GV9A 4B9SA 2KFNA 1RDAA 4IG0A 4OJRA 3SUOA 1JXBA 3LANA 1U49A 1C1AA 4KTWA 1S1VA 3AVAA 2IC3A 5SWMA 1XC9A 4G1QA 1RT2A 1F21A 3AO4A 3ZSVA 3LZJA 4CGFA 4JS4A 4DTNA 1A5VA 1HQUA 3K5OA 1UA0A 4KI4A 3PUFA 3LPUA 3RMDA 2HHSA 1S1TA 1ITGA 1RTHA 4DWIA 4CIGA 2I5JA 1TL3A 1YVUA 4DU3A 1DLOA 3AO1A 4FW2A 3RMAA 2OPSA 3F73A 3V1QA 1NOZA 4OKJA 1DTQA 4CIFA 3PV8A 4PWDA 2KTQA 3AO3A 3I0RA 4FXDA 5JS1A 3EZ5A 4HCBA 4E1NA 4QOZB 3OYMA 2YNGA 3DRRA 4KI6A 3V6DA 2KFZA 4J2AA 2PYJA 3IAYA 4FW1A 3V4IA 4OPJA 1NJYA 3P1GA 3BDPA 1ZBIA 1EX4A 1NK5A 4KHNA 1YT3A 2X6SA 2HHXA 4DS4A 3ISNC 1VSIA 5KGXA 4FJXA 1LWEA 4DTUA 1J54A 1BQNA 2KW4A 4CERA 4N5SA 4J2BA 2Y1JA 2ZQBA 4O55A 4H8KA 3ZSYA 2R7YA 4LY7A 5K14A 4QCLA 1HNIA 2A1SA 1X9MA 2PZSA 2IDOA 3AO5A 5FRNA 4Z4EA 3K58A 3LDSA 1RTJA 2HNDA 3NBPA 3O4NA 1ASVA 4PA1A 5CY4A 4CJRA 5HRPA 3OYLA 3K5NA 4HUEA 1RT1A 1JLGA 3QESA 3L2WA 4FK2A 1HYZA 2XRIA 3M8SA 4JRPA 4C8OA 2XO7A 4DMNA 2Z1JA 1BISA 4FZZA 1I3AA 4DQIA 4CK3A 4CFCA 1IKWA 4WE1A 4B9UA 2RPIA 4BDYA 5HRSA 1BIUA 3I0SA 3K5MA 1TGOA 1HJRA 1LWCA 4B3OA 3HJFA 2DFHA 1BI4A 4NCAA 3L3UA 1TK0A 4CHPA 2B4JA 3SCXA 1KLNA 4CGDA 3SQ0A 4BDPA 2KQ2A 3LWLA 4KHQA 4RW7A 4KFBA 1TK8A 1I39A 1FXXA 3AVKA 5KRSA 1JLEA 3LP3A 4O5BA 1WLJA 3KK2A 4OKKA 3T3FA 4FJ5A 3OYJA 3SPZA 1IKVA 1SV5A 2O4GA 3O3GA 3P83D 1LAWA 2VG7A 4W5RA 4B9LA 2Y1IA 3SUPA 3JSMA 4FLYA 3JYTA 1WSIA 4OGCA 3DOKA 3LP2A 3QLHA 4KV8A 3NH1A 3ZCMA 1SL0A 1LV5A 3QETA 2X78A 1S6QA 4B9TA 3AVGA 1BIZA 3EYZA 5CYQA 3CFOA 3PX4A 1CZBA 1CZ9A 3C6UA 1K6YA 2XY8A 3IS9A 5T7BA 3KKSA 1W0HA 3U6FA 3HT3A 3AA4A 4MFBA 3DLBA 4KPYA 4BE0A 4CHNA 4N76A 4N56A 2LSNA 1WSFA 3QEXA 1S5JA 2ATQA 1UWBA 5C42A 1SKRA 1XI1A 1NK9A 4ZTFA 4BACA 1LAVA 4LH5A 3ZT2A 3V1OA 3QEIA 1C0MA 3AVJA 2HVHA 1VSFA 1B9FA 4AHVA 2RN2A 4CF9A 2QKBA 4J2EA 1VSHA 3VQ9A 3OS2A 3SI6A 1NOYA 4KAZA 2HHUA 4HUGA 4E89A 1BL3A 1WNSA 4DSEA 3V81A 1QSYA 2BE2A 4M45A 4IDKA 3C94A 4JS5A 1YTUA 4PUOA 4FJIA 4CF2A 2E6MA 4Z4FA 4I2PA 3KJVA 1JLFA 1UA1A 3OYGA 1D9FA 4M3TA 3KKRA 4B9VA 3V9WA 1VSJA 3LP0A 1WN7A 1JKHA 3SUNA 4CE9A 4H4OA 1KRPA 4IG3A 1KSPA 5EU7A 3MXIA 1KTQA 2JGUA 4GVMA 4DLEA 4B9NA 2HHWA 3L2UA 3NAEA 2BDPA 3ZT3A 3HP9A 4W5TA 3DOLA 1XHZA 3NDKA 3WNEA 3SZ2A 2YNFA 2B6AA 3LALA 1SL2A 3K57A 1KFDA 1QSSA 2X74A 1A5WA 2OZSA 3B6PA 1RCHA 4CFBA 2WOMA 2OPQA 1SKSA 4FLTA 3WNGA 3MEGA 5I42A 1B92A 2VG6A 3NFAA 3AVHA 1IH7A 4CEBA 3WNHA 3K2PA 3THVA 1N6QA 4FK4A 2KZMA 4CJLA 3CYMA 1L3TA 4CCHA 1C1CA 2E6LA 1U45A 4CEDA 1C0UA 3ZSOA 1RTDA 3UIQA 4F3OA 4FK0A 3RRHA 4ELVA 3ZSRA 1RILA 3QNOA 1RTIA 3AA2A 2YNIA 4E1MA 4HTUA 3VQEA 1D5AA 3L3VA 3V9XA 1X1PA 4FM0A 2FC0A 4CFAA 4E7HA 2B5JA 4FJLA 3OVNA 4CEEA 3QINA 1S9EA 3T19A 2HHQA 1D9DA 2ZD1A 4FJ7A 1IG9A 1J9AA 2OPPA 4TSXA 1ZBLA 4DQSA 2G8VA 4ID5A 3SQ1A 1T7PA 3AVCA 5CZ1A 4M3RA 4FZXC 3SYZA 5DMRA 1WSHA 3L2QA 3VQ8A 1U04A 1JXEA 4IFYA 4CJ3A 3OS1A 4DTJA 4FM1A 1SKWA 4KB0A 1GOAA 3IRXA 1B9DA 4AHTA 2HVIA 4Y1CA 1NKCA 2P5GA 4DG1A 1EKEA 3SV4A 4KKOA 3NH2A 4DFKA 1TVRA 3SQ2A 4FJ8A 1NK4A 4IBNA 3L2VA 4O0JA 2HNZA 2ZE2A 3AVIA 4FLUA 3RTVA 2Z1IA 4F8RA 4FJNA 3K5LA 2PYLA 3D0PA 3HVRA 4DQQA 5J2QA 4M3YA 3CFRA 4Z4IA 1S6PA 5HRRA 2BGGA 4Z4GA 4CK2A 4I9LA 2O4IA 4DFPA 4I7FA 1EETA 2XY6A 1RT3A 3AA5X 4E7KA 1YTAA 3G0ZA 4RW8A 4KRFA 4K8ZA 4CJEA 3AA3A 5C25A 4FM2A 3PY8A 4YFUA 1VRTA 1QSLA 3RWUA 1VSEA 2OYQA 3SUQA 1RBRA 1VSMA 3S3OA 3AO2A 4OGEA 4OPKA 1JLBA 2X6NA 4DSJA 3OY9A 2DTUA 1U48A 3K59A 4CEOA 3ALYA 3NCIA 3O3HA 4QAGA 2A1RA 4DQRA 1ASWA 4GW6A 5D3GA 4CJ5A 3KLFA 3TAPA 3TAMA 3QO9A 1KLMA 4CEZA 2XY7A 4KTQA 4DFJA 1HYSA 3A2FA 1FKOA 3M8PA 4CJSA 3AVNA 3RMBA 1HMVA 1Y97A 4FLVA 2ITGA 3QIPA 1C1BA 3OYDA 3IG1A 4AILC 1REVA 3T1AA 4EZ9A 1VSLA 4C8KA 3AVLA 4HHTA 2NUBA 3AVBA 4CGGA 4JLHA 1Q9YA 3PO5A 3NGIA 4M42A 3QEWA 3TI0A 2F8SA 1CLQA 3VQBA 1QHTA 2OPRA 3TARA 4N47A 1KCFA 3KIOA 4N41A 1IKYA 3ZT1A 3HPOA 5J2PA 1TK5A 4PY5A 1JL2A 3LZIA 4DTOA 3NF8A 4DQPA 1O1WA 2G8KA 4KHWA 1UOCA 4IFVA 2FBVA 4IKFA 3HXMA 2P5OA 1T05A 1ZBFA 2RKIA 3NF7A 1TKTA 1BQMA 3HK2A 1QQCA 2FBXA 3FFIA 3ULDA 4F4KA 1J5OA 3HPGA 3OYNA 2P1JA 3RR7A 4OVLA 4Z0UA 2IAJA 4CJKA 4XIUA 2BANA 3ZSWA 1CXUA 3OJSA 1NK8A 1ASUA 3DYAA 4ID1A 4DSFA 3SQ4A 3HPHA 3TAQA 4H4MA 3HVTA 3LAKA 3CQ8A 1LW2A 3TR8A 4OLAA 1NKEA 4FZYA 3CFPA 3CM5A 2HHVA 2IOCA 1QTMA 3DMJA 2YKNA 2VG5A 4KHYA 1ZBHA 3AVFA 5KI6A 1VSDA 4R5PA 3S3NA 3O3FA 1TAQA 3TWHA 1NKBA 2QK9A 2EHGA 4KHSA 3NGYA 4HVJA 4Z4HA 3LWMA 1TKZA 4E7LA 4E3SA 1X9WA 5J2MA 3DLHA 4F2SA 4GMJB 3DRSA 4MQ3A 4DSLA 3LPTA 1Z25A 4YNQA 1RBUA 3SPYA 4FLZA 2FBTA 1RBTA 3QERA 2YHAA 3MEEA 4FJGA 2DFFA 5DK5A 1GOBA 4AHUA 4CGHA 4M3UA 3MXJA 2GBZA 1VK0A 3NF9A 4CF0A 4CJWA 2PY5A 4DTMA 4BWJA 3CM6A 3QNNA 3SV3A 4RW4A 1T03A 1TKXA 4DTPA 3OYKA 1CXQA 1RNHA 1FKPA 1XWLA 3OYCA 4BE1A 4DU4A 1S9GA 2D5RA 3ITHA 1JLQA 3OYAA 3OYIA 1BCOA 3VA0A 1BI4B 4O4GA 4AHRA 3HO1A 4J2DA 1ZBUA 2D0BA 2IGIA 2YNHA 4W5OA 3F9KA 3DM2A 4W5QA 4Q5VA 2D0AA 1RBSA 2Q3SA 4E19A 4I9QA 1C0TA 4LD0A 3EY1A 4DTRA 3DLRA 2EX3A 1NK6A 3QIOA 1G15A 3VQDA 1W9HA 5CYMA 3ZSXA 2IS3A 4FLXA 3HL8A 5HP1A 1Q8IA 4ELTA 1HRHA 2GUIA 1JLCA 4AH9A 1DTTA 4CJFA 2YKMA 3TAFA 3NH0A 3QEVA 2HMIA 2D0CA 3NHGA 3HP6A 4I2QA 1LWFA 5HRNA 3M8RA 4KREA 4E7JA 4KHUA 1RDDA 4ZHRA 2VWKA 1EP4A 2OZMA 1IKXA 1RT6A 4CHOA 3DLKA 2HW3A 3NGZA 1JLAA 2G8HA 1LW0A 1L5UA 2F8TA 4CHQA 4JRQA 4DLGA 1HPZA 4M3WA 1FK9A 3ZT4A 1A5XA 4HCCA 5C24A 1S1XA 1T8EA 4CECA 4CJUA 1SUQA 4M3XA 3VQ4A 1S1WA 4L8RB 4OLBA 4FCYA 1KVBA 3DI6A 4M41A 4CJPA 4EZ6A 4KO0A 4F3TA 3WNFA 2P51A 2WONA 1UAXA 4C8NA 3KLGA 1N5YA 4Q0BA 2E4LA 1WSGA 1BCMA 3VN5A 3PX0A 1MU2A 1X9SA 1VSKA 3KD1E 4NCGA 3OJUA 1XHXA 4HUFA 4DS5A 3MECA 2JLEA 2G8WA 4CJ4A 5KRTA 3ASMA 2HB5A 3HM9A 1J53A 4FYDA 4CGIA 3OYHA 4EP4A 2OA8A 2XY5A 4FVMA 1C6VA 1KVCA 4DU1A 3MXMA 4M3ZA 4CHYA 4CEFA 3AV9A 2YV0X 4UQGA 4E7IA 5KGWA 2G8UA 1TL1A 2AJQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WE3A 3OOUA 4MQ9F 5F0FA 4B09A 2A5WA 1ZN2A 3H08A 4Y52J 5D5VB 2VBWA 4B9MA 4OU0A 4DCHA 1P7JA 4ILGB 2HXOA 4X0GA 4B8AB 1XMAA 2HTJA 2RF2A 4GYGA 4G6DA 4Q4ZF 4JNEA 3K1NA 3C95A 3EUHA 3U9GA 2XHBA 3QEPA 4DFMA 2NXNB 2OUMA 2CO5A 1VQ7I 4Y7NJ 1UHMA 4QWQA 4I6MA 3KWIA 4HOBA 1GLLO 1RDBA 3OWTA 5HLFA 2LH9A 1S72I 4CGFA 5BPMA 1K8KA 1VQMN 1R49A 2PJRB 4DWIA 4FW2A 2KRCA 3F73A 3A0HC 1KQ9A 1MWMA 4YOYA 1MBJA 3LWFA 4G7OF 2KFZA 1NJYA 3BDPA 1QPIA 2HYJA 2P5KA 1VSIA 1J54A 2F48A 2STWA 3W2VA 4XLNF 2A1SA 2IDOA 4AF1A 1JLGA 2Y69H 1HYZA 3VEZA 5GIPA 3D5RC 2FQ4A 1DUXC 5ADXA 4WE1A 4WXDA 3GF2A 3K9JA 4GYIA 1W5TA 4BEHB 1ULYA 2DFHA 1W7AA 2I7PA 3WXMB 1MSFC 1TK8A 2W40A 3FK7A 2UYTA 2YU9J 1WBBA 4CBWA 4GFBA 2E2OA 1FJGK 5KQDA 3QETA 2UUZA 3QBWA 3WODF 2UV1A 1DP3A 2P6SA 4BE0A 3DJCA 2ATQA 3UE5A 1NK9A 2HVHA 3MEXA 3EPZA 3J7ZI 4FX0A 3SI6A 1YW9A 2FU4A 1NNEA 4H0VB 3LA3A 4BRHA 2IVMA 3V9WA 3LSPA 4CE9A 4CYDA 1TWAJ 1RKTA 5EU7A 4FVUA 1DEJA 3ZT3A 3NDKA 3DCFA 3SZ2A 3EETA 2L9VA 4PL8A 4P55A 1N6QA 2OAZA 1RTDA 4ELVA 1RILA 5GP9A 3KEQA 1GUUA 3S2HJ 3F8BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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