1I3AA

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus with cobalt hexammine chloride
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i3aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i3aA01
3DYAA 1CZ9A 4CHOA 3ALYA 3G10A 4FJJA 2B6AA 3THVA 4N47A 5JS2A 3RRHA 4DF8A 4CF1A 1JLGA 4NYNA 5HP1A 3RWUA 4M42A 5C25A 2F8TA 1NOYA 4O0JA 5FROA 2Z1HA 3CM6A 3LP3A 4DF4A 3EY1A 4ELVA 3OJUA 3OJSA 3OYFA 3U6FA 4CEOA 4CHYA 4RW9A 4ID1A 5KTQA 2OA8A 2QK9A 4OPJA 1NK7A 4EP5A 4FLTA 1S1VA 3NGYA 3K2PA 1IKXA 3QIPA 1RBTA 2ATQA 2NUBA 4DG1A 1RTJA 2IAJA 4DTXA 4DQPA 4QOZB 1K6YA 3C95A 1U45A 4IG0A 3AV9A 4M3WA 1CXQA 1T05A 1ZBUA 4M3UA 2HHQA 1L3UA 3VQBA 4DQSA 3CQ8A 1XHXA 1DLOA 4CJ3A 4C8LA 5D3GA 4QAGA 1I39A 3SQ1A 1JXEA 1ZBFA 3K5MA 1J53A 4PQUA 2YNGA 1S1WA 3M8PA 4DMNA 3HM9A 2Y1JA 1SKRA 1BI4B 3C6UA 3ZT0A 4CGHA 3C6TA 2RKIA 4MQ3A 5DK5A 2PYJA 1JLCA 1CZBA 2EHGA 1JKHA 2FC0A 2YHAA 1EP4A 4FJHA 2OPQA 3VQAA 4O5BA 3ZSQA 4ID5A 3DOKA 1BQMA 3DM2A 3VQPA 1HQEA 5C42A 4XIUA 4FLUA 2HW3A 2VWJA 4M41A 5FRMA 4ZTJA 2OYQA 4F2SA 1WSFA 4FJGA 4I2PA 1HRHA 4O44A 4Z0UA 4DLEA 2HNYA 4CF9A 3V1RA 3V4IA 4F3TA 4FJLA 3ISNC 1X9MA 2IC3A 3OYIA 1GOCA 1FK9A 4BE2A 4OKEA 3NE6A 3HJFA 3AO2A 3L3VA 3LWLA 4KFBA 5J2MA 4C8NA 1ZYQA 1TGOA 1VSIA 2KQ2A 2OPSA 4CJEA 2PY5A 1J5OA 1SUQA 3LP0A 3VQ9A 4EZ9A 5FRNA 3V6DA 4FJIA 2HHUA 4CJ5A 1FKOA 5CZ1A 3AA4A 4FJNA 2E4LA 3DRSA 1WAJA 3M8RA 3S3NA 3F9KA 1TK5A 2DFFA 1IKVA 1BI4A 2HB5A 2HNDA 3E01A 1S9EA 1WAFA 3L3UA 3NBPA 3SV4A 1VSLA 4CEFA 3PUFA 4AHUA 4AILC 2YKMA 3HL8A 4DTPA 3NF6A 4RG8A 1XI1A 1RTDA 3QLHA 4JS5A 2XY7A 4J2AA 1JLEA 4FVMA 4KPYA 2Y1IA 4BACA 3HT3A 4OPKA 1TVRA 2IDOA 4Z4GA 3K5NA 3PX6A 3AO4A 1GOBA 2XO7A 2OZMA 1HNVA 3TABA 1A5WA 3VA3A 3QIOA 5J2NA 2A1RA 1X9WA 4GMJB 3PX0A 1RILA 2HVIA 2OPPA 3B6PA 3MEDA 1BQNA 5CY4A 3KD1E 3QEXA 2GV9A 4FJ9A 4CJFA 1NK5A 3QEPA 3NF8A 1VSDA 3NAEA 5HROA 1RT4A 4J2EA 5SWMA 4E89A 3NF7A 3OS1A 4N5SA 1RDDA 1QS4A 4CF8A 3NDKA 3V81A 4H8KA 3VQEA 4NCAA 4E1MA 3L2UA 3DI6A 4KTWA 3VQDA 4CIGA 5HRPA 4CGGA 4Y1DA 3LP2A 4CEQA 2DY4A 3O4NA 1IH7A 3RMBA 2I5JA 3L2VA 3O3FA 1RDAA 4ICLA 3SQ4A 4UQGA 3DRRA 2PYLA 3TARA 1TL3A 1CLQA 1RBRA 3TAQA 4BDYA 3JSMA 4CK3A 3O4QA 2E6LA 3ZCMA 3T19A 1UA1A 1RT3A 1VSEA 3DLRA 1RT1A 4I9LA 1X9SA 1QSSA 4CJUA 3ZT1A 3L2RA 2A1SA 3EYZA 1D9FA 1C0MA 3AA5X 3EZ5A 4FJ8A 1VSMA 1KVBA 2FBVA 3K58A 3QEWA 3CFRA 4E7JA 4TSXA 4DU3A 3AA3A 1KVCA 4I2QA 3I0SA 4DLGA 4FK2A 5I42A 4I9QA 3NFAA 3OYLA 3SV3A 4J2BA 3ZT4A 4AHRA 3OYEA 2XHBA 5CZ2A 4LY7A 4M3RA 3AVJA 4B9TA 4L8RB 2IOCA 4CJTA 3VQQA 4LSNA 4JRPA 4W5TA 1RCHA 4BWJA 2G8WA 4Q0BA 3OS2A 3AVBA 4E7KA 4B9MA 2HHVA 1LAWA 2RN2A 4CJQA 3QINA 1LW2A 3KLIA 1Q9YA 1U49A 1ASUA 2P1JA 3D45A 2GUIA 4LD0A 3ZSWA 1J54A 1KVAA 4FLYA 2XRIA 5E41A 3AVNA 1WSHA 1ASWA 2P51A 4ELTA 2HHWA 3SUNA 3V9UA 1JL1A 2VWKA 1REVA 4E3SA 3TAFA 2IS3A 3D0PA 3QNNA 2YHBA 5HRRA 4M3ZA 4W5RA 4KO0A 1TL1A 3T3FA 4C8KA 3MAQA 4FXDA 1R0AA 4DQIA 1SL1A 3CM5A 3OYKA 3ULDA 3PV8A 1C1AA 1LW0A 3NHGA 1D8YA 1XC9A 2D5RA 4M3XA 3VQ6A 3VA0A 3DLBA 3RR7A 3ZT3A 3PO4A 1S6PA 2OZSA 4IFVA 2WOMA 2BE2A 3KLFA 1NJWA 4FZYA 3MEGA 2YNIA 3AA2A 1HYZA 3TAMA 4IG3A 1B9FA 1LWFA 4HUGA 4KB1A 4ELUA 3KK2A 1RTIA 3LPTA 4EZ6A 4NCBA 1WSGA 3UIQA 4AHTA 5CYMA 3RMDA 3SPYA 1QQCA 1G15A 2GBZA 2VG5A 4CHZA 3L2QA 3QO9A 1KRPA 2X74A 3SZ2A 1D5AA 5J1EA 2OPRA 4H4MA 2Q3SA 1N5YA 4AHCA 1RT5A 4Z4EA 1JLQA 2D0CA 4DS5A 4Z4IA 4EP4A 4KI6A 1UAXA 4CIEA 3HVTA 1WSEA 1HQUA 3DLHA 4B9LA 4IKFA 1YTUA 2XY5A 3I8DA 1YT3A 5T7BA 3CFPA 4CEEA 4FLXA 1NJXA 4KRFA 2ZD1A 4DSIA 3NF9A 1KFDA 3ZSYA 4RW8A 4CEAA 1C1BA 1S1UA 1NOZA 3CFOA 3AVHA 4E1NA 4YNQA 1Y97A 4AHVA 4FLZA 4DSKA 3OY9A 3HK2A 4J2DA 4CK2A 3HO1A 1J9AA 3IS9A 3P83D 4M45A 3HP9A 3ZT2A 1TK8A 3OYDA 1CXUA 4CFBA 1L5UA 4H4OA 4BE0A 2PZSA 3H08A 4FJKA 3AVKA 4FLVA 4CJRA 1QSYA 3QNOA 3OYAA 4DSLA 1TKZA 1BGXT 2FBXA 4CGJA 3KJVA 4CJPA 1S5JA 3SUOA 2HHXA 3RMCA 2FBYA 4Z4CA 4KHWA 3KK3A 1GOAA 1KTQA 1FXXA 3WNEA 4DWIA 2O4IA 3KIOA 3LDSA 5HRSA 3BGRA 4KV8A 3QEIA 2B5JA 3PY8A 4E7LA 1NJZA 4DTMA 4NCGA 3NGZA 2X78A 5I3UA 4FYDA 3PO5A 1B9DA 4CJWA 3VN5A 3SCXA 3KK1A 3TAPA 3C94A 5HRNA 4FZXC 1IKWA 4FJMA 2X6NA 3ZSOA 4KREA 3V9SA 2YKNA 1SKWA 2YNFA 3OYMA 3KD5E 4DTNA 1D9DA 2Z1JA 4IDKA 4W5OA 1HJRA 3ZSXA 3IG1A 2BDPA 3LZJA 1S1XA 3VQ8A 2ZE2A 1BL3A 3U3GA 2IGIA 3ZSVA 4M3YA 1NK6A 1SL2A 1TKTA 4OJRA 1X1PA 4KHYA 2KTQA 1VK0A 2EX3A 4CJ4A 4FW2A 5K14A 1QE1A 2ZQBA 4CGDA 1LWEA 3DLKA 4G1QA 4CEZA 4K8XA 1HYSA 2YNHA 3KLGA 1UA0A 1KSPA 1B92A 1HPZA 4CFAA 1LAVA 3TANA 3ASMA 3WNGA 3DOLA 2D0BA 4DSJA 3NH1A 3SQ0A 1I3AA 4NYFA 2KZMA 1EKEA 1W0HA 4HUEA 4DSFA 3K5OA 4CJVA 1DTTA 1BCMA 1S9GA 4BDPA 1T7PA 4DFJA 4IBNA 2X6SA 4B8AB 1TAQA 1C0UA 2JLEA 4CESA 3O3GA 1EX4A 2G8VA 2HVHA 3VQ5A 3OYCA 4JS4A 1A5VA 1TKXA 1NK0A 5KRSA 2R7YA 3KTQA 2WONA 1Q9XA 4KHUA 4CJSA 3CYMA 3K59A 3V1OA 4DU1A 3ITHA 4R5PA 1L3VA 1MU2A 3T1AA 4CK1A 5C24A 1JL2A 3HXMA 4JLHA 1VRTA 4WE1A 2G8KA 3V9XA 1QHTA 3LZIA 4DS4A 5KGWA 4HVJA 4Z4FA 3KLHA 2LSNA 1SKSA 3K5LA 1L3SA 2VG6A 4KI4A 2BANA 4DQQA 2QKBA 1A5XA 3RMAA 1SV5A 1KLNA 3QERA 4KTQA 4CECA 3OYJA 2HNZA 1ZBLA 4RW4A 3BDPA 4OVLA 1NKCA 3K57A 4K8ZA 2QKKA 1JXBA 1RTHA 5JS1A 4B8CA 4M3TA 3PX4A 2HHSA 4E7HA 4BWMA 3P5JA 1JLFA 3AO1A 3M8QA 3L8BA 1VRUA 2BGGA 3WNHA 1F21A 3AVFA 3HYFA 1XHZA 1BCOA 3HSTB 2RPIA 3TAEA 4E7IA 1HMVA 3VQ4A 3SNNA 3DRPA 2XY8A 1BHLA 4CEBA 4KHQA 4DTOA 1ASVA 4OGEA 1O1WA 1VSHA 3LWMA 1L3TA 4CERA 5FDLA 3HPHA 1TV6A 4CFDA 4I7FA 1SL0A 2G8UA 4PUOA 4N41A 3KKRA 2B4JA 5EU7A 2AJQA 4LH4A 5CYQA 1U4BA 4F4KA 4CF2A 3LPUA 3A2FA 2DTUA 4E19A 3O3HA 1WN7A 4RW6A 4CHQA 1N6QA 2Z1GA 4FJ7A 3SUQA 4HHTA 3AO3A 3RTVA 1DTQA 4GW6A 3TI0A 1BISA 3G0ZA 1T03A 3AVAA 2KFZA 1WNSA 2YV0X 3HP6A 1T8EA 4Q5VA 4FK0A 1RNHA 1VSFA 2D0AA 3M8SA 1NK8A 4FM2A 2DFHA 4O4GA 1Q8IA 1NK4A 4CJKA 1HYVA 3VQCA 3IRXA 4FLWA 4C8MA 4FW1A 4B9UA 4F8RA 4OLAA 1ZBIA 1UOCA 1FKPA 3OYGA 3V1QA 4CHPA 2FBTA 2ITGA 1WLJA 4Y1CA 3AVGA 3LP1A 4B08A 3IAYA 2O4GA 4CGIA 3ZSZA 1Z26A 2KW4A 2P5OA 4B9VA 3HVRA 3VQ7A 3SI6A 4HCBA 3AVIA 3NH2A 4AH9A 4KHSA 1IKYA 1W9HA 3OYHA 1JLAA 2G8HA 3S3MA 4CJLA 4O0IA 1XWLA 1NKBA 1Z25A 3MXMA 1RDBA 4FK4A 2KFNA 3DLGA 4DU4A 3SYZA 4ZTFA 4Z4HA 4KKOA 3SPZA 1TK0A 3L2WA 1LV5A 2F8SA 4CE9A 4YFUA 3AVMA 3QESA 4CIFA 4DTRA 5DMRA 3LALA 4OGCA 3V9ZA 1RBVA 1QTMA 4DTJA 4E0DA 1TAUA 3B6OA 1KLMA 5SZTA 1U48A 2P5GA 1WSIA 4FJXA 4CGFA 3QETA 2ETJA 3U3YA 1ZBHA 3RR8A 1RT2A 3AVCA 4PA1A 4DFKA 5J2QA 2XY6A 3MEEA 3HPOA 4KHNA 4DQRA 1TKDA 2G8FA 4RW7A 4F3OA 4DTUA 4OLBA 1BIZA 4W5NA 3MECA 3OVNA 4FJ5A 3MXJA 4PWDA 2HHTA 3TWHA 4FM1A 4DFMA 3P1GA 4DFPA 1NK9A 2QXFA 3NH0A 3SQ2A 3F73A 3AO5A 3LAKA 1ITGA 1YVUA 1QSLA 2JGUA 3I0RA 4KAZA 4N56A 2F96A 3NGIA 4QCLA 2KZZA 1HNIA 1EXQA 3LAMA 4JRQA 1KFSA 5KGXA 4ZHRA 4B9SA 3OS0A 4FM0A 3CG7A 2RF2A 4HUFA 4DTSA 3SJJA 4HTUA 4OKJA 5HLFA 4HCCA 3KKSA 4KB0A 1C6VA 1NJYA 1NKEA 4B3OA 1RBSA 4W5QA 1C0TA 3KLEA 5HBMA 1EETA 1VSJA 1U47A 4GVMA 3TR8A 4BDZA 3HPGA 3SUPA 2HMIA 4B9NA 4C8OA 1UWBA 2G8IA 3ZSRA 1VSKA 3V9WA 3DLEA 1IO2A 5KI6A 3LANA 1U04A 3DMJA 4CFCA 3JYTA 1S1TA 1IG9A 4CEDA 1RBUA 1S6QA 4AHSA 4N76A 3AVLA 4BE1A 2E6MA 4O55A 5J2PA 4CHNA 1RT6A 1YTAA 3OYNA 3RRGA 1RDCA 2DFEA 1KCFA 3WNFA 3S3OA 4CCHA 4IFYA 4CF0A 1LWCA 4MFBA 1RT7A 4KTZA 3QEVA 3OYBA 4FZZA 4FCYA 3S9HA 1WSJA 1BIUA 3FFIA 4OKKA 3NCIA 4PY5A 5KRTA 3TAGA 1C1CA 4F2RA 3MXIA 2W42A 4LSLA 2VG7A 4LH5A 2Z1IA 4DSEA 1JLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LSHA 4CHOA 4H0VB 2B6AA 2X6XA 3HM5A 1JLGA 3D1NI 3UKUB 2YI1A 5CVJA 1QNTA 4ELVA 3OJUA 2M0CA 4CHYA 2MG4A 4OIPF 4U0YA 3D2EB 3LAPA 4XIDA 4KUMA 1RTJA 1U45A 2P9NA 1ENHA 1GV5A 1DLOA 1Z77A 3WGGA 4XRMA 2YNGA 1BI4B 3ZT0A 3K9TA 5ILUA 4FJHA 5JI6A 2ICWG 2VIXA 4CZKA 1RUNA 2OZUA 2IRFG 3H3ZA 2Q0OA 4I2PA 2E1OA 3ISPA 4QPOA 3N97A 1TGOA 2OPSA 5E3MA 1Q82O 4CJ5A 3WU2C 5ICGA 1F36A 4C2UA 3PUFA 5C4JJ 4J01A 4UUVA 2YKMA 4NC7A 4CJ7A 2FA5A 1DU0A 4KPYA 9ANTA 2XRLA 3H5AA 2IDOA 3HC7A 3F8FA 5AQSA 1JCEA 1XMKA 3K70C 1FMVA 3NF8A 5LJWA 3F8NA 1NJIO 3VQEA 3BJOA 3H3VK 3VQDA 3TTCA 4UQGA 1TT0A 3LL3A 3MN7A 4N4OB 4CVNE 4EJUA 3WHCA 2DMNA 1C0MA 1EQYA 2W25A 4G7OF 4DLGA 5I42A 1LDKB 2K4BA 4AHRA 5J8FA 4LC9B 2G8WA 2XAQA 5HNFA 1LW2A 4JHDA 4LD0A 5FKLA 1KVAA 3K9JA 1JL1A 1REVA 4FX4A 2DCEA 2FSWA 4LF6K 1EH8A 4GKJK 3RPUD 2HU9A 4IFVA 4HNUA 2L3DA 1KU3A 4QSHA 4EZ6A 1WSGA 3B73A 3C2BA 4XH4A 1DT9A 2GQQA 1N5YA 2FOKA 1RT5A 3RZOJ 2YHYA 5DEQA 1YT3A 3W3DA 5T7BA 2ELKA 4FLXA 1W5CC 1U5TC 3OYDA 5KNLA 5EDNA 4H4OA 4FLVA 3QNOA 3OYAA 2FF3B 2HHXA 1SMTA 4B8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3CG7 A;  2RF2 A;  4HUF A;  4DTS A;  3SJJ A;  4HTU A;  4OKJ A;  5HLF A;  4HCC A;  3KKS A;  4KB0 A;  1C6V A;  1NJY A;  1NKE A;  4B3O A;  1RBS A;  4W5Q A;  1C0T A;  3KLE A;  5HBM A;  1EET A;  1VSJ A;  1U47 A;  4GVM A;  3TR8 A;  4BDZ A;  3HPG A;  3SUP A;  2HMI A;  4B9N A;  4C8O A;  1UWB A;  2G8I A;  3ZSR A;  1VSK A;  3V9W A;  3DLE A;  1IO2 A;  5KI6 A;  3LAN A;  1U04 A;  3DMJ A;  4CFC A;  3JYT A;  1S1T A;  1IG9 A;  4CED A;  1RBU A;  1S6Q A;  4AHS A;  4N76 A;  3AVL A;  4BE1 A;  2E6M A;  4O55 A;  5J2P A;  4CHN A;  1RT6 A;  1YTA A;  3OYN A;  3RRG A;  1RDC A;  2DFE A;  1KCF A;  3WNF A;  3S3O A;  4CCH A;  4IFY A;  4CF0 A;  1LWC A;  4MFB A;  1RT7 A;  4KTZ A;  3QEV A;  3OYB A;  4FZZ A;  4FCY A;  3S9H A;  1WSJ A;  1BIU A;  3FFI A;  4OKK A;  3NCI A;  4PY5 A;  5KRT A;  3TAG A;  1C1C A;  4F2R A;  3MXI A;  2W42 A;  4LSL A;  2VG7 A;  4LH5 A;  2Z1I A;  4DSE A;  1JLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LSH A;  4CHO A;  4H0V B;  2B6A A;  2X6X A;  3HM5 A;  1JLG A;  3D1N I;  3UKU B;  2YI1 A;  5CVJ A;  1QNT A;  4ELV A;  3OJU A;  2M0C A;  4CHY A;  2MG4 A;  4OIP F;  4U0Y A;  3D2E B;  3LAP A;  4XID A;  4KUM A;  1RTJ A;  1U45 A;  2P9N A;  1ENH A;  1GV5 A;  1DLO A;  1Z77 A;  3WGG A;  4XRM A;  2YNG A;  1BI4 B;  3ZT0 A;  3K9T A;  5ILU A;  4FJH A;  5JI6 A;  2ICW G;  2VIX A;  4CZK A;  1RUN A;  2OZU A;  2IRF G;  3H3Z A;  2Q0O A;  4I2P A;  2E1O A;  3ISP A;  4QPO A;  3N97 A;  1TGO A;  2OPS A;  5E3M A;  1Q82 O;  4CJ5 A;  3WU2 C;  5ICG A;  1F36 A;  4C2U A;  3PUF A;  5C4J J;  4J01 A;  4UUV A;  2YKM A;  4NC7 A;  4CJ7 A;  2FA5 A;  1DU0 A;  4KPY A;  9ANT A;  2XRL A;  3H5A A;  2IDO A;  3HC7 A;  3F8F A;  5AQS A;  1JCE A;  1XMK A;  3K70 C;  1FMV A;  3NF8 A;  5LJW A;  3F8N A;  1NJI O;  3VQE A;  3BJO A;  3H3V K;  3VQD A;  3TTC A;  4UQG A;  1TT0 A;  3LL3 A;  3MN7 A;  4N4O B;  4CVN E;  4EJU A;  3WHC A;  2DMN A;  1C0M A;  1EQY A;  2W25 A;  4G7O F;  4DLG A;  5I42 A;  1LDK B;  2K4B A;  4AHR A;  5J8F A;  4LC9 B;  2G8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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