1I3AA

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus with cobalt hexammine chloride
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i3aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i3aA01
1N5YA 4M3XA 3NF8A 3MXIA 4CGDA 4KHNA 5CYQA 1I3AA 2IDOA 1L3UA 2O4IA 1ASWA 4CEEA 5KRSA 3JSMA 3NAEA 3KLEA 3DRRA 4I2QA 4BWJA 3VQ7A 2Y1IA 3HK2A 3DLRA 5HRPA 3HPGA 1DTQA 1LAVA 1RT5A 3VN5A 3L2WA 4EZ6A 4AHUA 3AO2A 4DTJA 3SUOA 4BDPA 3LDSA 1S1WA 4CJVA 3O4NA 4CHQA 1KLMA 3KTQA 1LWCA 3NF9A 4BDZA 1HMVA 4TSXA 4NCAA 2KZMA 1U49A 2Z1JA 3E01A 3OJUA 1ZBUA 3G10A 3QEPA 1BI4A 1BGXT 3B6OA 4W5QA 4YFUA 3HP6A 5CZ1A 3OS1A 4KI4A 4CHNA 3H08A 4AHVA 1X9MA 1ZBHA 1RBUA 1B9DA 1HYZA 2Z1GA 4Q5VA 4E19A 3KK1A 3OYNA 1UA1A 3KKSA 2BANA 2YHAA 3QNNA 4CERA 2HVHA 1JLCA 1WSIA 2BE2A 4CJEA 3OJSA 3FFIA 4O44A 4L8RB 3S9HA 1O1WA 5CY4A 1L3TA 3IG1A 1L3VA 3T3FA 3V6DA 3B6PA 4FZYA 1NOYA 4KHQA 1B9FA 2YV0X 3LALA 4E7LA 3AVGA 3MAQA 5KGWA 4DTNA 2F8SA 3UIQA 4MQ3A 3WNFA 2JLEA 3G0ZA 3KLIA 2D0AA 1IKVA 2DFFA 1NKCA 2YNIA 1JLAA 1S6QA 2X78A 3SPYA 1WNSA 4LY7A 4FYDA 4E0DA 2P51A 3M8QA 3LWLA 3K58A 4HTUA 3SUQA 3V1RA 3OYAA 4Z4FA 4ELVA 1LW2A 3K5MA 1RT2A 4DTRA 4HCBA 4CFBA 3AVKA 2HNZA 3D45A 4E7JA 4ELUA 2YHBA 1TL3A 2XO7A 1XC9A 4DF4A 3AVAA 2ZQBA 4OLAA 1Y97A 4CEBA 5CYMA 5I42A 3VQ6A 4CJQA 3OYBA 4C8MA 3OY9A 1X9WA 4FK2A 2RKIA 1RBTA 4AHRA 4AHTA 4NCBA 3VQQA 3KLHA 4HHTA 1KCFA 4DSEA 3LANA 3QERA 1S5JA 2NUBA 2RF2A 3HVTA 1YT3A 4CJRA 5HROA 1RTIA 3OYFA 1TK0A 3K2PA 1QTMA 1S9EA 2KFNA 5HRRA 3EY1A 4DTSA 4FLUA 3LP2A 2PZSA 1HPZA 1Q9XA 1UA0A 1VSKA 1C1BA 1NK5A 2G8VA 1UWBA 1RDBA 5C42A 3O3GA 4DS5A 3KKRA 4CGJA 4DU3A 3NDKA 1A5WA 2B5JA 4I2PA 1HNVA 4CF0A 4W5TA 1D9FA 1U48A 4B9TA 2GV9A 4CEZA 3ZT4A 3C95A 4N5SA 3TAGA 1TAQA 2DFEA 4FJ9A 3ISNC 3T19A 3NF6A 3VQPA 3K5LA 1RTHA 4CJKA 3CM5A 3SV4A 3OYMA 2XY8A 3ZSVA 4CJSA 1IG9A 3KK3A 2Z1HA 3S3NA 4Z4IA 3C6TA 4YNQA 4CHOA 1U47A 1XHZA 1FK9A 3HT3A 4CGFA 5J2MA 4Z4GA 1RT4A 3U3YA 3OYEA 4OKKA 2FBYA 4Z4HA 1D9DA 1JLQA 4M41A 2XY6A 2VG5A 4WE1A 4QAGA 3DOKA 3AVHA 3EZ5A 4DQIA 1QHTA 1XWLA 3AO3A 4CIFA 4DQSA 4HVJA 3OYJA 4RW4A 3M8PA 3EYZA 4J2EA 1NK0A 3MECA 1RT3A 3AVLA 1TK5A 2E4LA 3AVJA 3OYLA 5C24A 4KRFA 2HHQA 1KFDA 5HRNA 4LH4A 3P5JA 3VA3A 4DTXA 4FLTA 1A5VA 1JL1A 1B92A 4LD0A 4F2SA 4AILC 3OYKA 4JRQA 4FLXA 1DTTA 4DFKA 2DY4A 4FLZA 1RBRA 1S9GA 5C25A 3AO5A 4BDYA 4KB0A 1FXXA 4PQUA 5D3GA 3RMAA 4KHSA 3KD1E 4DF8A 3DLGA 4Z0UA 1WSGA 4OLBA 4RW6A 1S1VA 3AA4A 1R0AA 3QO9A 5E41A 3C6UA 3QNOA 4OGEA 1HYVA 1X9SA 4CHYA 2G8WA 4JLHA 3BDPA 3DYAA 4GVMA 1TKZA 4OVLA 3NE6A 4HUGA 2KZZA 3LZJA 2HNYA 4H4OA 1NJZA 3LP3A 1IKYA 1KVBA 4OKJA 3CFOA 4H4MA 3U6FA 4LH5A 4CHPA 4QCLA 3PX4A 1NOZA 4CECA 4CGGA 3KLFA 2XY5A 1KFSA 1S6PA 3ULDA 4ZTFA 4KREA 2IAJA 3V1OA 1D8YA 1VRTA 2E6LA 3DOLA 4E7HA 5J1EA 3PV8A 5JS2A 4KB1A 4J2AA 1ASVA 4E89A 2A1SA 4F3TA 4DLEA 3MEGA 4DQQA 1T05A 1EX4A 4KTQA 2KTQA 4FJ8A 1BHLA 3NF7A 3ZSRA 3I0RA 3L2VA 3QETA 4K8XA 3WNGA 3V9XA 4M45A 3MXJA 4FZZA 4FK4A 2OPPA 2DFHA 1EP4A 3OS0A 3V9ZA 1QQCA 1WAFA 1NJWA 1Q9YA 4IFVA 4FJNA 2VG6A 1T03A 1KRPA 2QKKA 3QEWA 2G8KA 1KSPA 2OYQA 1W0HA 1RDAA 1HJRA 4B8AB 4C8OA 3V81A 2ATQA 3HPHA 4CCHA 3IAYA 2HHXA 1KTQA 1ASUA 1VSDA 2ETJA 3VA0A 1QSSA 4N76A 4CJPA 1LWFA 4F3OA 5T7BA 5DMRA 1NJYA 3ALYA 3THVA 2P5OA 1IH7A 4LSLA 2HHWA 3NGYA 4ID1A 3AV9A 1RNHA 4XIUA 4DG1A 4O55A 5KI6A 3KK2A 3ZSWA 3TARA 3TABA 1L5UA 3HJFA 1SL0A 4Y1DA 4M3TA 4FXDA 1VSFA 3L2UA 4CFCA 3RWUA 3TAFA 1U4BA 3O4QA 4CJ4A 3PUFA 1UAXA 1BQNA 3NFAA 1VSIA 4DSKA 2HNDA 4F4KA 1CXUA 1TAUA 2YKNA 1S1UA 3F73A 2Q3SA 1TV6A 1J54A 1BI4B 3VQ4A 3VQ5A 1YVUA 3K5OA 1C0TA 4CK3A 2YNFA 4J2DA 1SV5A 2F8TA 4FVMA 4FJKA 4NCGA 3VQ9A 1WLJA 4OPJA 4F2RA 4DMNA 4FJMA 1HRHA 4CGIA 1SUQA 3V9UA 3V9SA 3DRPA 2GUIA 1JLEA 1A5XA 4B08A 1BIZA 1CXQA 2ITGA 4CJ3A 4CK2A 1BL3A 1FKPA 1RDCA 1LW0A 1J9AA 2O4GA 1GOCA 2FC0A 3LP0A 1HQEA 1RILA 3VQBA 2X6SA 4C8LA 2RPIA 3C94A 1WSHA 4IDKA 4CJUA 5KRTA 3CFRA 4FCYA 1C0MA 3TI0A 1UOCA 2IC3A 4O4GA 3WNEA 4B9NA 3PY8A 4JS5A 1W9HA 4CJTA 2D0CA 1NK7A 1CZ9A 4B9MA 1DLOA 1JLBA 4AHCA 3RTVA 1NKBA 2AJQA 1C6VA 1F21A 1KVCA 4CIEA 3AVCA 3LZIA 4N47A 2LSNA 4OKEA 3OYDA 4Y1CA 4IFYA 4I9QA 4RG8A 1JKHA 1RT7A 2WONA 1NJXA 1BCMA 4CE9A 4ELTA 1RBVA 1MU2A 4CESA 2HW3A 1NK4A 2D5RA 2QXFA 3ZSQA 4FJHA 4FK0A 2KW4A 4B3OA 3OS2A 3NH2A 2RN2A 1JXBA 1TGOA 3QLHA 3HL8A 1C1AA 3TR8A 4FJ7A 1VSEA 1IKWA 2Y1JA 3LP1A 3ZT1A 5KTQA 4W5NA 1SL2A 4FJLA 1VRUA 3SYZA 4RW8A 4KI6A 2HHUA 1JXEA 2F96A 4OPKA 1L3SA 3K5NA 4JRPA 4NYFA 3LWMA 3HO1A 4O0JA 1NK9A 3ZSYA 2G8UA 4CJWA 4N56A 3TAPA 3DLBA 4FJXA 4FM1A 3VQAA 1TL1A 3QEXA 1QE1A 4W5RA 4M3YA 1RTJA 3DLKA 3SQ4A 5HRSA 1K6YA 1RTDA 4DTOA 4E7IA 2BGGA 2P1JA 4E1MA 4M3UA 3TAQA 1WSFA 2B4JA 2EHGA 4DSJA 3SJJA 4PWDA 4KFBA 4KTWA 3ZSOA 3PX0A 2XY7A 4F8RA 4CJFA 3JYTA 4PA1A 3WNHA 4AH9A 1JLFA 2X6NA 5EU7A 1KVAA 2KFZA 3HSTB 4OGCA 1KLNA 3VQDA 4RW9A 5HBMA 4N41A 4E1NA 1N6QA 4HUFA 4O0IA 4BE2A 4DWIA 1Q8IA 3IRXA 4CF9A 2A1RA 1RT6A 1G15A 4K8ZA 3VQ8A 4HCCA 1BIUA 3TANA 3MEEA 1SKWA 2I5JA 3CQ8A 1HYSA 2YNHA 3ASMA 1VK0A 3VQCA 1X1PA 3O3FA 3S3OA 4CEAA 3CM6A 3DLHA 3AA5X 1WAJA 2OZMA 4PUOA 2OA8A 3KD5E 2YNGA 4G1QA 4FLYA 4DTPA 4KKOA 1IO2A 1XHXA 4B9UA 2IGIA 1RDDA 3CYMA 2JGUA 4RW7A 4UQGA 2R7YA 2HMIA 1J53A 3I8DA 4DS4A 4PY5A 1BCOA 4ICLA 1WN7A 4CHZA 3V9WA 4IKFA 1EXQA 4O5BA 1I39A 1RT1A 3NH1A 4FJGA 4KV8A 3QESA 2P5GA 5FRNA 2YKMA 1CZBA 1TKTA 4CJ5A 3K57A 1C1CA 3D0PA 3PX6A 3QINA 3DLEA 3V1QA 4CEFA 1TKXA 4FM2A 3HYFA 4I9LA 3LAMA 3PO5A 2G8IA 1IKXA 1LWEA 4GW6A 3M8SA 3L2RA 2D0BA 1QS4A 1ITGA 4FW2A 5I3UA 3OVNA 3MEDA 3A2FA 4ID5A 3OYIA 2DTUA 4B8CA 5FRMA 3DI6A 1S1TA 3K59A 4E3SA 4W5OA 4FM0A 4DSLA 1VSMA 3RR7A 4FJ5A 2Z1IA 2KQ2A 4CFAA 2QK9A 4CF1A 4HUEA 3SV3A 1D5AA 4DLGA 5DK5A 3HM9A 1FKOA 2IS3A 1ZYQA 3ITHA 5CZ2A 4FLVA 3AO4A 4DFMA 2G8HA 4CF8A 3ZT0A 1RBSA 3NH0A 2HHVA 1JL2A 3HVRA 1JLGA 3KIOA 3AVFA 4CIGA 4M3RA 4Z4CA 3MXMA 1SKSA 3QIOA 2PYLA 3SCXA 4DQPA 4B9VA 2FBTA 4FW1A 3F9KA 4KTZA 3P83D 4OJRA 2X74A 5KGXA 4DU4A 1T8EA 1LAWA 3ZT2A 4EP5A 1GOAA 1Z25A 1HNIA 4CEOA 3NCIA 3SNNA 1NK6A 1C0UA 1EETA 4J2BA 4C8KA 3LPTA 3NBPA 4EP4A 3AA2A 1Z26A 3AO1A 1RCHA 3U3GA 3LAKA 5SZTA 4BE1A 4DFJA 4C8NA 5J2QA 5HLFA 5HP1A 1T7PA 1U45A 1WSJA 4BACA 2G8FA 1VSHA 3AVBA 4BE0A 3DMJA 3RMCA 2QKBA 1TK8A 3OYCA 4EZ9A 1J5OA 1QSLA 3SQ0A 4M42A 3RRHA 2BDPA 2VWKA 2OPQA 4BWMA 4DTUA 4LSNA 4GMJB 4CF2A 2HVIA 1YTAA 3M8RA 1SL1A 3TAMA 4CJLA 1VSLA 3DRSA 4CFDA 4CEQA 1VSJA 3KLGA 4MFBA 4FJJA 1EKEA 1GOBA 3SZ2A 3SUPA 3OYHA 4R5PA 4KHYA 4CGHA 3O3HA 3QEIA 3TAEA 3RR8A 1XI1A 4ZHRA 4QOZB 3DM2A 3ZSXA 2W42A 3RMDA 1NKEA 2HHTA 3HXMA 3SQ1A 4KHWA 4IBNA 3OYGA 2WOMA 3LPUA 1S1XA 2ZE2A 3AVIA 3BGRA 4NYNA 3SUNA 3ZSZA 1YTUA 3AVMA 5JS1A 3L3UA 2OPRA 1HQUA 5FROA 2HHSA 2FBXA 3RRGA 3SI6A 3AVNA 1U04A 1NK8A 1BQMA 1SKRA 1ZBFA 2XRIA 3QIPA 4JS4A 3IS9A 4FJIA 3ZT3A 3T1AA 4KPYA 1ZBIA 2FBVA 2OPSA 4KO0A 5SWMA 1ZBLA 1LV5A 3HPOA 2HB5A 2PY5A 2OZSA 4Q0BA 3CG7A 5K14A 4Z4EA 1BISA 2ZD1A 4DFPA 4DSIA 1WSEA 2VG7A 3L3VA 4B9LA 4B9SA 3SQ2A 2IOCA 3RMBA 5J2NA 3HP9A 1REVA 3PO4A 3I0SA 4E7KA 3S3MA 4M3ZA 3VQEA 2PYJA 3KJVA 2EX3A 1QSYA 2GBZA 5J2PA 3SPZA 4M3WA 3NGZA 3L2QA 1TKDA 4I7FA 4H8KA 4CK1A 4FLWA 1CLQA 4IG0A 4DSFA 4KHUA 3ZCMA 3NHGA 3QEVA 3L8BA 4KAZA 4DTMA 4FZXC 4DU1A 2VWJA 2E6MA 4IG3A 4ZTJA 5FDLA 1TVRA 2XHBA 3TWHA 3NGIA 4DQRA 3P1GA 4AHSA 3CFPA 3AA3A 4CEDA 2B6AA 3V4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SEZA 3H46O 2WV0A 3FK6A 1RT5A 2P9KB 3L4IA 1N75A 4A3MJ 1ORKA 2IW5A 3NWTA 5GINA 2BGCA 3TDUC 1HW1A 4NB5A 1V5GA 3WGHA 1XMXA 1KAZA 1BGXT 3CMMA 4NDLA 5J3LA 3PO3J 2CUJA 4CERA 3A5NC 2QWMA 3OJSA 3CMAI 1Z7LA 4JKAA 4KHQA 1XCVA 2V9VA 3FXJA 3GOIA 1JLAA 4HTUA 3DQVC 4Z4FA 2NVTJ 2KZVA 4RAGA 4LJZF 4OLAA 4A6EA 4MDAA 4QS7A 2QZ8A 3V7RA 2A6AA 2HOTA 4PSXA 4JKEA 1NM1A 2BEOA 4YFKF 1MSEC 1ON1A 1LDKB 1XDSA 1VQ6I 1GVDA 2G8VA 2JRMA 2R5YA 1Y6IA 1EO1A 1K78A 2FSNA 3RKYA 4QPOA 4MLEA 1P4WA 3KK3A 5HS9A 2Y9ZA 3F9MA 1XHZA 3HT3A 5J2MA 3U4LA 4M41A 3PUBA 4XBFA 3NARA 4KRFA 3OYLA 4F52A 3JAMO 3P5JA 2AXLA 4AILC 4FLZA 4BDYA 2JQ7A 4IZZA 4S0HB 1WSGA 4M63C 1BJZA 1NLVA 1M1EB 5K5RA 3MAJA 3D5SC 4OVLA 4A5NA 3LZJA 4H4OA 1YITN 5LEJA 3QP6A 3KLFA 1HBXG 4RS8A 3U2RA 5JS2A 3F8CA 4WFAL 1UJ8A 2BOLA 4FWSA 5D8KB 2ZMEC 3OS0A 5A2QK 1T0FC 2OZ6A 3U8XA 1KSPA 1HJRA 1MNEA 3HPHA 4CJPA 2TRTA 1CZAN 3Q7CA 5DM6F 1HW5A 4DR1K 3PUFA 1BQNA 1VSIA 3DBLB 1NU0A 2L02A 2BBYA 1ZYRF 3HOYJ 3BG5A 1SVLA 1LW0A 2O4GA 1GOCA 3AAQA 5FPEA 3MKYB 4GCVA 3EN9A 4CCLA 3CFRA 5EEHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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