1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
1A5XA 3SPZA 4RW9A 4HUFA 4N56A 3SV4A 2XY7A 1NK6A 3ZSXA 1REVA 2IOCA 1U4BA 1VK0A 4DMNA 4DQIA 3WNGA 1KLNA 2EHGA 1GOBA 1HJRA 3SCXA 1GOCA 4FM2A 3QERA 4F2RA 1C1BA 1KLMA 3CFRA 3NF8A 4FJMA 2HMIA 2PYLA 2X78A 4FJ8A 2P5GA 2E6MA 1TAQA 3V9ZA 3TAMA 4F2SA 1RDBA 1XI1A 4BDZA 1JLGA 3C95A 3HYFA 3QEIA 1NK7A 4IFVA 4CFAA 1TKDA 4M3WA 3C6TA 3HPHA 4CJUA 3ZSWA 1RNHA 2LSNA 1L5UA 4Z4IA 2FBYA 1WLJA 2FBVA 3OYEA 4KRFA 2FBTA 4EP4A 1I39A 1UOCA 4HHTA 4DU3A 3SQ4A 4BE2A 2G8VA 2GBZA 2FBXA 4CECA 4E89A 4OPKA 1JL2A 3DOKA 4OKEA 4RW4A 4BDYA 1KVCA 3F9KA 3ZCMA 1IKYA 4FLTA 3QEPA 4GW6A 1RDDA 5C24A 1CLQA 4W5NA 4BE1A 3L8BA 1SKWA 3K5LA 3CM6A 1VSDA 1NOZA 4CJEA 3KKSA 4OKKA 1RDCA 3PY8A 3KLEA 4CF1A 4YNQA 1SL1A 3ITHA 3PX4A 1VRTA 3KIOA 3NH1A 5I3UA 1RBSA 3TANA 4KO0A 1N6QA 3ZSQA 2KQ2A 4HUEA 1TVRA 1DLOA 4CEQA 4PUOA 2YNGA 1K6YA 1Z25A 4CHYA 1VSEA 3L2QA 3RTVA 1LAVA 4CIFA 2B5JA 5CYQA 4B8AB 3C6UA 4RW6A 1ASUA 4CJQA 2WONA 3MAQA 5HLFA 1S9EA 3OYMA 1X1PA 1KVAA 1S1UA 2YNHA 4Z4CA 1LW0A 3I8DA 5C25A 3V1RA 4E1MA 4B8CA 4CIEA 5CYMA 3LDSA 3KLGA 2D0CA 4CFBA 4DLGA 1KSPA 4LY7A 4FXDA 1U04A 4ICLA 2HNDA 4JLHA 4BE0A 3D45A 1QTMA 3LPTA 3NH0A 3JYTA 4DS4A 1WNSA 4KTQA 1C0TA 3HT3A 1QSYA 1NK0A 3AVFA 1SKSA 3AVBA 1NKEA 4KHQA 2DFFA 2PYJA 3EY1A 3LALA 4KHNA 4B9SA 4HCBA 3QO9A 2IC3A 2JGUA 1HNIA 3QIOA 4KFBA 5CZ2A 1RBTA 1RT2A 3HSTB 3I0SA 4CEFA 3L3UA 1BGXT 1RT7A 3OS1A 3CFOA 2D0AA 4J2DA 3ZT1A 3L3VA 4NCGA 5FRMA 2HHWA 3B6PA 4JS4A 5J2MA 3VQ6A 3RMDA 4Z4EA 1CZ9A 4HUGA 3G10A 3AV9A 2OPPA 3DRRA 1BISA 1ZBIA 1T8EA 1HYSA 2GV9A 1RT4A 4QAGA 3HXMA 4KHSA 4O0IA 5D3GA 1Z26A 2KTQA 1C0MA 3JSMA 1JXBA 4O44A 5EU7A 1KRPA 4G1QA 2OZMA 4ZTFA 4ELVA 3S3OA 4ZHRA 1NKBA 1YTUA 4DS5A 2ITGA 2VG5A 4DFJA 1LAWA 2OZSA 1CXQA 3PX0A 4DTNA 4Z0UA 4CJSA 5KGWA 4KI4A 1ZBHA 3DLRA 4LH4A 1EXQA 4CHQA 3SQ1A 1NJYA 4FJJA 1EX4A 3NCIA 3M8PA 3OYFA 3KK1A 1YTAA 3ULDA 4DTJA 4BWMA 1NK9A 3T3FA 2O4GA 4CEZA 1TK0A 1VSFA 4KB1A 4KI6A 4CESA 3LPUA 3AVKA 3TAQA 1LWCA 2WOMA 3LP0A 3SUOA 4Y1CA 3L2UA 3AO2A 2BE2A 3NF9A 1TV6A 4GVMA 4JRPA 4CFCA 3DLEA 3SNNA 3QIPA 3VQ5A 4DQQA 3U6FA 1ZBFA 4AHTA 4J2BA 4DF8A 1T05A 3B6OA 3LAMA 3VN5A 3LWMA 1KFDA 2HVHA 3NHGA 1S1WA 3DRSA 2F96A 4DG1A 4CK3A 2G8FA 1Y97A 4ELTA 4OVLA 1S9GA 1SKRA 1HMVA 4Y1DA 3H08A 3ZT4A 3VQ7A 3HL8A 3O4QA 5FROA 2YKMA 4CERA 3TAPA 4FW2A 4DU1A 5I42A 4B9LA 1MU2A 4KB0A 3IS9A 2F8TA 3K2PA 1L3SA 4KTWA 3NAEA 3ZT0A 4DSJA 2HW3A 4EZ6A 3NBPA 4AHCA 4R5PA 4DSFA 4M42A 3TWHA 1WAJA 3M8RA 3K58A 3OS2A 3DM2A 4ELUA 3DLHA 2Y1JA 3NF6A 4W5QA 3DLKA 5E41A 3OYIA 3SV3A 1VSLA 4E19A 4FJLA 1TAUA 2F8SA 2P5OA 3TARA 3DOLA 3V4IA 1RBUA 1JLFA 1ASWA 2AJQA 1DTQA 4CJWA 1TKTA 4RG8A 4M3UA 4CGJA 4OGEA 1EETA 4J2AA 3ZSOA 3FFIA 1YVUA 2P1JA 4DSLA 1NK8A 1WSGA 1B9FA 4N5SA 2Z1GA 1NJZA 3ZSRA 3AVHA 3LP1A 4CK2A 3S9HA 3WNEA 1A5VA 1JL1A 1RT1A 2IS3A 4PA1A 4B08A 2E4LA 2G8HA 3V9SA 3V81A 2G8UA 5FRNA 2XO7A 1HPZA 3ZSYA 1NJWA 1U49A 1EP4A 3AA4A 3RR7A 3QNOA 3DLBA 3K5NA 3TI0A 2XRIA 4PY5A 5T7BA 4DTSA 1FK9A 1L3VA 4BDPA 3VQDA 1NK4A 1C0UA 4CFDA 3HPOA 3OYJA 3OYHA 4CJFA 1SL2A 2OPRA 4H4MA 2Z1IA 3V9XA 1UA0A 3U3GA 4DSKA 2VG6A 1R0AA 4DTUA 4C8OA 3KLIA 4B9NA 1BQNA 1RT3A 1LV5A 1ZBUA 3VQEA 3V1OA 4OPJA 4E0DA 4O0JA 4QOZB 4CEBA 2QK9A 4LD0A 2IGIA 1ASVA 1QS4A 3VQAA 1BCOA 3KD5E 5J1EA 1NKCA 1IO2A 1L3TA 2ETJA 4CJPA 1JLAA 3CM5A 2I5JA 2Z1HA 3HM9A 3VA3A 1GOAA 4DSEA 2FC0A 2YHBA 1ZYQA 2HHUA 2X6SA 5HP1A 4E7HA 4K8ZA 3D0PA 1S1TA 3PUFA 5HRPA 2RN2A 3LP3A 4CCHA 1N5YA 4IFYA 3OJSA 4E7LA 2DFEA 5J2NA 3SUPA 4F3TA 3EYZA 2OPSA 2HHTA 1IKWA 4IBNA 1T7PA 1A5WA 4DTMA 3VQ9A 3HVTA 3RR8A 4CEEA 4CJLA 3AVGA 4DTRA 4IKFA 4PQUA 4DSIA 5KTQA 3VQ4A 4JS5A 4K8XA 3QETA 4M3TA 3AVAA 4RW7A 4KKOA 4DF4A 2G8WA 3OYBA 1Q8IA 3KK3A 2XY5A 2RKIA 3DI6A 3MEGA 1EKEA 1WSIA 4CE9A 2VG7A 2W42A 4OGCA 4FCYA 1HRHA 4DU4A 5J2QA 4FJHA 5SZTA 3RRGA 1RT6A 3VA0A 3QESA 1RTIA 2E6LA 2X6NA 3V1QA 3QEXA 2IAJA 2B6AA 4FK2A 2KFNA 1SUQA 4I9QA 4CHOA 1UAXA 2HNZA 1SL0A 2O4IA 3O3FA 4B9TA 1XWLA 4B9MA 3P1GA 3SI6A 1NK5A 4CK1A 4M45A 2BGGA 3LP2A 4FJXA 1QQCA 3HVRA 4DLEA 1HQEA 1VRUA 1QSLA 4W5OA 3K5OA 4IDKA 1I3AA 3T19A 4FVMA 3RMBA 3ALYA 3EZ5A 1WSEA 2QKBA 2PZSA 3SUNA 1CZBA 4F4KA 3PV8A 4NYFA 4FM1A 3VQ8A 4YFUA 3MXIA 3OY9A 4DFMA 4I9LA 1JXEA 1WAFA 3SUQA 1G15A 3K5MA 4EZ9A 1B92A 4FZZA 4M41A 5HBMA 1WSFA 4KREA 5K14A 3ISNC 2YHAA 4I2PA 1QHTA 3U3YA 3HK2A 4FLVA 3VQBA 1JLEA 4KHUA 4RW8A 3IG1A 1XHZA 2ZE2A 2ZD1A 3NGZA 4FLXA 1NOYA 4OLAA 3AVIA 3O4NA 3KLHA 4KPYA 4OKJA 4FLWA 2KW4A 1RBRA 4CF2A 3HP6A 4CJRA 1RTDA 4C8LA 1KVBA 4FW1A 4CF8A 4DTPA 3SPYA 3DRPA 4XIUA 4MFBA 1J54A 4Q0BA 4O5BA 3KKRA 1O1WA 3L2VA 1JLBA 3NE6A 4Z4FA 5CZ1A 4C8NA 3ZT2A 3SQ2A 4CJVA 1BIUA 4DQPA 2KFZA 1J53A 3M8QA 4MQ3A 3QLHA 4NYNA 5KRTA 3OYKA 3UIQA 4CJ3A 4CGHA 1S1XA 4CGGA 4FZXC 1QE1A 4DQSA 3MXMA 4DWIA 1CXUA 1TL3A 1S5JA 3F73A 4FJNA 4LSNA 3K57A 1W0HA 3KD1E 2DTUA 2HHVA 4C8MA 3A2FA 4DTXA 4FLZA 4CEDA 3LWLA 5FDLA 1B9DA 1QSSA 3WNHA 1BIZA 1DTTA 1WSHA 3LZJA 4W5RA 2BANA 1XC9A 5CY4A 4CJKA 3CQ8A 4FK0A 4BWJA 1D5AA 4LH5A 2QKKA 1VSJA 4I2QA 3MXJA 4B9VA 4FLYA 1LWFA 4N41A 3VQPA 3TABA 1J9AA 4ID5A 3RRHA 1LW2A 1S6QA 4DQRA 1BI4A 3CG7A 4Q5VA 1KFSA 4CF0A 1X9MA 1BL3A 2G8KA 2DFHA 3DLGA 3HPGA 5DK5A 3T1AA 5HROA 5HRRA 3OYNA 2X74A 2EX3A 3LANA 3K59A 1IKXA 1C1AA 3I0RA 3WNFA 1U47A 2HHXA 4IG3A 4KAZA 4CJTA 3ZT3A 3OYAA 3NGIA 2A1SA 1FKPA 3PO5A 4AHRA 3KK2A 4N76A 1BQMA 4E3SA 3S3MA 2OYQA 1T03A 4CEOA 1VSKA 1IG9A 4I7FA 3SQ0A 4CF9A 1WN7A 1ITGA 4BACA 1C1CA 3BGRA 3VQCA 3RMCA 4C8KA 1F21A 1HNVA 2VWJA 2GUIA 2R7YA 2HHQA 2HHSA 3CFPA 1KCFA 2XY6A 4FYDA 2A1RA 3CYMA 4E7IA 1L3UA 2PY5A 4FJ7A 4KHYA 2OPQA 4FJ9A 4WE1A 1HQUA 3MEDA 4DTOA 3AVMA 4FJKA 4AHUA 3TAFA 3OYLA 5JS2A 1SV5A 2ATQA 2HB5A 4EP5A 5DMRA 3OS0A 4AHVA 3OJUA 3O3GA 1KTQA 3SZ2A 1JLQA 1IH7A 1YT3A 1TKXA 3AO4A 4F8RA 1TK8A 4KTZA 4CJ5A 3MEEA 3AA2A 3IRXA 3OYCA 2HVIA 2DY4A 3V9UA 3KTQA 5C42A 4E1NA 3KLFA 4HCCA 4CHPA 4UQGA 4NCAA 1TL1A 4KHWA 4FM0A 1D9FA 4O55A 4M3RA 3KJVA 5KI6A 5KGXA 4J2EA 2G8IA 1NJXA 4QCLA 4JRQA 2JLEA 3AVCA 1TKZA 2YNFA 3TR8A 2RF2A 1S1VA 4O4GA 3M8SA 1Q9YA 3IAYA 2QXFA 3G0ZA 3OVNA 2P51A 2Q3SA 4L8RB 4FJGA 4HTUA 3LAKA 2B4JA 1BCMA 2YNIA 3VQQA 3ZSZA 4CHZA 3L2RA 3S3NA 5KRSA 4OLBA 4ID1A 3MECA 3DMJA 4TSXA 2RPIA 2Z1JA 1VSIA 3TAGA 3PX6A 1ZBLA 1U45A 2KZZA 1D8YA 4FZYA 4OJRA 1BHLA 2Y1IA 2D5RA 4KV8A 1HYZA 3AVNA 4FLUA 5J2PA 4PWDA 3QEVA 2XHBA 2BDPA 1HYVA 1JKHA 4IG0A 3ASMA 3O3HA 4AILC 4DFKA 1TGOA 1U48A 4M3YA 3HO1A 3AVLA 3THVA 4B3OA 1RILA 1RTJA 3NFAA 4AH9A 2KZMA 2IDOA 4CGIA 3L2WA 4F3OA 3P5JA 5JS1A 1RTHA 4H4OA 4CGDA 4CGFA 4Z4GA 3HJFA 1LWEA 4FK4A 1FKOA 3P83D 3V9WA 1TK5A 1C6VA 4H8KA 3PO4A 1FXXA 1XHXA 2NUBA 3NGYA 3V6DA 3SJJA 4HVJA 4CHNA 4GMJB 2YKNA 2YV0X 3DYAA 3QEWA 4M3ZA 2XY8A 1W9HA 1VSMA 4Z4HA 1IKVA 4N47A 3ZSVA 3OYGA 1UA1A 1RT5A 2HNYA 3HP9A 3AA3A 4AHSA 1WSJA 3NF7A 5HRNA 3LZIA 4FJIA 3AO3A 1RCHA 1J5OA 2ZQBA 4LSLA 4M3XA 1RBVA 3NDKA 3RWUA 4DFPA 5HRSA 1Q9XA 1X9SA 3BDPA 3AA5X 4CIGA 3SYZA 4B9UA 3AO1A 4CJ4A 4NCBA 4FJ5A 3AVJA 1X9WA 1RDAA 3E01A 4W5TA 3QNNA 2D0BA 5SWMA 3RMAA 3NH2A 2VWKA 3AO5A 3QINA 3TAEA 1VSHA 4E7KA 2OA8A 3C94A 3OYDA 4CEAA 4E7JA 1S6PA 1BI4B 1JLCA 1D9DA 4ZTJA 1UWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A2QK 2PLYA 1IV8A 1SMYF 2Q1ZB 3SFZA 1X3WB 2PYLA 1TLHB 4DBRA 1G3WA 3L2CA 1RDBA 2HBKA 3JXUA 2E2OA 4R79A 3L4QA 2NRXA 2XSJC 3D2FA 4CBXA 4CECA 3CCMN 4OPKA 3BWGA 4OAYA 2MSYA 2UXXA 4B1RA 4BXFA 4BE1A 3MFKA 5AZJA 2QEXN 2DJIA 2NXNB 3EETA 1J9IA 4PJ0C 4XONA 5HLTA 3FK6A 4WFBL 2O9LA 1LW0A 2XAJA 3OL4A 2FXAA 3AFHA 3LDSA 3U1DA 2HBLA 1XPXA 1GVJA 3H46O 1C0TA 2L9VA 2ASOA 3CPEA 4MQ9F 3O6BB 2F9TA 4B43A 1BGXT 3HUGA 2K86A 2IRFG 5CYVA 1DUXC 3A02A 2RE2A 2CGPA 2VOPA 5D3GA 4AIDA 1QVGM 4X0GA 4O44A 1KRPA 5BMZA 2Y0SN 3E7LA 2R7SA 4ISGA 5EZGA 2AQEA 2V7YA 3TOAA 4HWIA 1HKCA 4DR5K 2GXAA 3M8PA 4J8FA 1BU6O 2W6KA 4CCNA 3SUOA 3AO2A 1S7EA 4H5TA 3NHGA 2XUBA 2IXSA 5B8HA 1SKRA 3CCSN 2X1DA 3RSEB 4DIQA 4IRIA 2F4VK 4OO1J 3BTLA 3T8TA 1FYKA 2E34A 1HR0K 1U3EM 3ZQQA 4IHSA 1HDPA 2JTVA 1ASWA 2K4BA 2R7OA 4N4OB 1P7IA 2XKPA 1WSGA 2LKPA 3AG3H 4YDUA 5FRNA 4X64K 1HPZA 1NJWA 4Y15A 3QNOA 3DLBA 2XRIA 2Q97A 2F9WA 4BDPA 2EIKH 3OYJA 1S72I 3Q7CA 2VIXA 2HKOA 2HF3A 4E0DA 4O0JA 1ZGJA 1Y0NA 5ILSA 4YFXF 4DSEA 1V54H 2NVXJ 4CCKA 3CQYA 1Z7LA 3PJRA 4UY8I 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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