1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
1NK5A 3I0SA 1BQMA 2XO7A 3I8DA 2OA8A 4N47A 4F4KA 1CZ9A 4O0JA 1T8EA 1ZBIA 2HNZA 4HUFA 3TAGA 2HW3A 4DSFA 4Z4CA 1Z26A 3P83D 4KI4A 4E7HA 3WNEA 3RRGA 1IG9A 1KSPA 3SUPA 2X74A 4BDYA 4H4MA 4N76A 4CGIA 5SZTA 3VN5A 1FXXA 3P1GA 3PUFA 3LZJA 4JRPA 3LZIA 3LWLA 4KHWA 4Z4FA 1LWCA 2PY5A 3IRXA 4DFMA 3M8SA 3SCXA 1RCHA 3LP1A 3B6OA 4KHSA 4FK4A 4LH5A 1BI4A 1BL3A 3QINA 4OLBA 3VQBA 4JRQA 1I39A 1I3AA 2EX3A 3HK2A 4CFDA 1K6YA 4KB0A 1KVBA 3DLKA 2GBZA 1VK0A 2A1SA 3HPHA 3U3GA 3L2RA 2B6AA 4B08A 1NKEA 4ELTA 4FJ8A 4FLXA 4AHVA 3RWUA 3ZSRA 2HHWA 1VSMA 2O4GA 4CJ3A 2YNIA 1VSDA 4DTXA 1EETA 4CEZA 3OS1A 3C6UA 4CESA 4DTPA 4FLYA 1NK8A 4M3WA 4NCBA 3VQQA 3DM2A 3IG1A 1ZYQA 2Z1IA 1U49A 4H8KA 5HROA 5CYMA 1TK5A 1WSJA 4FJXA 5J2MA 4EZ9A 4J2DA 3WNHA 3L2QA 1S9EA 2VG7A 1SUQA 4CJKA 2KZMA 3OYJA 1B9DA 2YHAA 1S1WA 1JXBA 1S1VA 1CXQA 4F2RA 3VQ9A 1NK0A 1TGOA 3AVIA 3KK3A 4WE1A 1RDAA 3K5NA 1GOAA 1RT2A 3AA2A 3KKSA 4AHUA 3V81A 4DSKA 4QOZB 1SKWA 3NCIA 4E3SA 1VSHA 3VQDA 4EP5A 4KTQA 2D0AA 4HVJA 3NHGA 1LWEA 5K14A 3JYTA 1KFDA 4F3OA 4KB1A 2KFNA 3EZ5A 2D5RA 4OPKA 4F8RA 1C1CA 3ZSOA 4CCHA 4ID1A 5HRRA 3BGRA 4CF2A 3DOLA 4DTMA 1VSIA 4O44A 3V6DA 4W5QA 4Q5VA 2YV0X 1QS4A 2FBYA 3OYBA 3VQ5A 3SPYA 1C0MA 4HUEA 1NK9A 1BIUA 4PUOA 3MEDA 1WLJA 2OPQA 1W0HA 2QXFA 4FW1A 2NUBA 3QNNA 3RR8A 3CM6A 4DTRA 1U4BA 3G0ZA 4I2PA 4OPJA 3PV8A 2PYJA 4FJKA 4B9VA 4FXDA 2ATQA 1BGXT 4CIEA 1EXQA 3OYAA 1YT3A 2DFFA 4Q0BA 3ZSZA 3TI0A 3AVFA 1HYSA 2E6MA 4CHNA 4M42A 1NJZA 1YVUA 3LALA 3ZSVA 1TL3A 5DMRA 4DTUA 1UAXA 5C42A 3SUOA 1LV5A 4DQSA 4BACA 1JLGA 3QEVA 3RTVA 4FJ9A 1BISA 3OYCA 4FM1A 3PO4A 2Q3SA 4OKKA 3ZCMA 5J2NA 4B9MA 4PY5A 1NOZA 2PZSA 1EP4A 3AVJA 1ASUA 1HYVA 3LP2A 1U04A 3OVNA 4CFAA 5KGWA 5SWMA 4DU1A 4O4GA 4DQPA 3HO1A 3VQEA 4FLVA 4DTSA 3DMJA 3M8PA 4CEDA 3MXMA 2RKIA 3O3HA 5I3UA 1HMVA 1IKWA 1QSYA 2LSNA 1XHZA 1S9GA 1YTAA 3DRRA 3SJJA 3OYGA 1FKOA 1VSLA 3PO5A 1JLAA 1HQEA 4CEFA 3V9SA 4FJIA 2ETJA 4B8AB 3SI6A 1SKRA 3AO2A 3DYAA 3LANA 1X9WA 3HPOA 3V9UA 4JLHA 5HRPA 3QEWA 1BHLA 3MECA 1JKHA 3KLEA 2HNDA 1RT6A 1ITGA 4KKOA 4R5PA 4BE1A 5FROA 4Z4HA 2QKKA 1S1UA 4CGJA 2D0CA 2FBTA 2DFEA 3MXJA 5DK5A 3FFIA 5C25A 4FCYA 1L3SA 1TAUA 5C24A 4FJ7A 4LD0A 3T19A 3TANA 4CGGA 3NAEA 4CJRA 4F2SA 4CK3A 4B9UA 4CJFA 4GVMA 4RW8A 1NKCA 2KW4A 4BE0A 3KLGA 4JS4A 5KTQA 3AO3A 3AVCA 2HVHA 3ZT1A 2OPRA 4CGHA 4RW7A 2HHXA 1LAVA 3DRPA 4E7KA 4FJJA 1HQUA 3G10A 4N5SA 4DSLA 1QSSA 2KTQA 1IH7A 3ISNC 4OGEA 3LAMA 4CEBA 3AVNA 3LP0A 3ZT3A 3HM9A 4CK2A 4C8LA 4ELUA 4F3TA 4ID5A 1UWBA 3D0PA 3DLRA 4DQRA 3NE6A 4CHYA 2Z1JA 1DTTA 1RT3A 1RT4A 2JGUA 3B6PA 2Z1HA 1RNHA 3HSTB 3OYEA 3SYZA 4LY7A 3VA0A 4DF8A 3V1OA 4E7JA 2RF2A 4DSIA 4B8CA 2HHQA 3A2FA 1D9FA 2X6NA 4NYNA 2XRIA 1A5WA 2A1RA 1L3VA 2VG5A 3NFAA 3SUNA 3C6TA 4B9NA 4QCLA 2HHVA 4Z4EA 5J1EA 1CXUA 1X1PA 1D5AA 4FLTA 3VQ6A 1W9HA 1VRUA 3AA5X 1DLOA 1HNIA 4O55A 1WAFA 4CJEA 4CJ4A 3OYHA 1J53A 4DTNA 4K8XA 4FLZA 5D3GA 4O0IA 4DSEA 1ASVA 1RTIA 1S1XA 1KTQA 2E4LA 2Z1GA 3L3UA 4E7IA 3SQ1A 2G8UA 2HVIA 1QTMA 1RILA 1RDBA 1DTQA 4CF1A 2FC0A 4B9TA 2F8SA 3ZT0A 4L8RB 2HMIA 3K57A 4QAGA 4DMNA 3MAQA 1S6PA 4Y1DA 4CJLA 3HP9A 4W5RA 1A5XA 4DU4A 3KD1E 4IG3A 2IC3A 2KQ2A 5EU7A 3RR7A 1TKXA 5HBMA 3F9KA 4B9SA 3PY8A 2YKMA 3T3FA 2F8TA 1RT5A 4I7FA 4E1MA 3OYIA 3HVRA 2G8HA 4CJPA 1RTJA 2R7YA 1Y97A 3CQ8A 4FZXC 4M3UA 4C8MA 4K8ZA 3AO5A 3KLIA 1D8YA 1FK9A 3QIOA 4NCAA 1UOCA 3U6FA 3P5JA 1NKBA 4RG8A 3CYMA 1XWLA 1KFSA 2DTUA 1A5VA 4I9QA 3LWMA 3VQPA 3DLBA 1BIZA 4J2BA 4DS5A 2IGIA 4FJMA 3EY1A 1D9DA 4CJWA 4W5NA 4N41A 3TABA 1C1BA 1ZBFA 2ZD1A 3D45A 2OPPA 5JS2A 4E19A 5KRSA 4FZYA 1IKVA 2JLEA 4G1QA 4E89A 4CJ5A 3SUQA 1RBSA 4BDZA 1C0TA 3THVA 1IO2A 3CM5A 4CFBA 4CGFA 3AA4A 2GUIA 4FJLA 4YFUA 1ZBUA 3KLFA 4FJGA 3K5OA 3NF7A 4KO0A 3U3YA 2RPIA 2G8WA 4RW4A 4M41A 3AA3A 3ASMA 3QNOA 2W42A 4W5OA 4FYDA 4OVLA 1S6QA 1VSFA 2HB5A 1B9FA 3SV3A 1HYZA 1JLFA 3ALYA 1LW0A 4CHOA 1WSEA 1TV6A 3AV9A 3M8QA 4NCGA 1RT7A 5KGXA 2PYLA 4FJHA 4CEEA 4OKEA 4CJUA 2G8FA 4CGDA 2RN2A 3OYFA 3PX6A 1QQCA 4OJRA 3V4IA 1RDCA 4CJQA 2P5GA 3DLHA 1CLQA 5HRSA 3AO1A 2G8VA 1B92A 4AHCA 4I2QA 2XY5A 1SV5A 3OYMA 2IAJA 3O4NA 1BI4B 1ZBLA 1RT1A 1G15A 4KHUA 3CFRA 4E0DA 3RMBA 2HHTA 4CIGA 3L2WA 4CK1A 1NJYA 2GV9A 3AO4A 3TAMA 4AHTA 1T03A 1L5UA 3OS2A 4J2EA 3QIPA 2OYQA 4KREA 4HTUA 1LWFA 4NYFA 3ITHA 3NF6A 4M3RA 4M3XA 4LSNA 4IFVA 3NDKA 1JLEA 4KHNA 2EHGA 2P1JA 2QK9A 2XY7A 3KD5E 2WOMA 5T7BA 1TKZA 3S3OA 2WONA 2VG6A 3HYFA 4HCCA 4OGCA 1C6VA 1KRPA 3DLEA 1BQNA 1MU2A 4CEQA 4XIUA 3IAYA 4YNQA 5FRNA 4CHQA 1O1WA 3AVAA 3K5MA 2Y1JA 1SL2A 4AHRA 1TKTA 3HXMA 4E7LA 4IFYA 4Z0UA 4E1NA 4IG0A 3F73A 4Z4IA 3S9HA 3HP6A 1WSHA 1RTHA 2VWJA 1REVA 2B4JA 4CHPA 1UA0A 1VSKA 3HPGA 1S5JA 3ZSXA 4CF8A 4DLGA 4DFKA 1TK8A 3SV4A 4O5BA 2BGGA 1LW2A 3DRSA 2BANA 4CJTA 2B5JA 2HNYA 1RBRA 3IS9A 3O3GA 3O3FA 4FJNA 4C8OA 4BDPA 4C8NA 4IBNA 4ZTJA 1Q9YA 1YTUA 3HJFA 4FLWA 3DOKA 3TAQA 4M3TA 1FKPA 4B3OA 4KHYA 4CEAA 3V9XA 2DFHA 1JXEA 3AVKA 4IDKA 3KIOA 3NGYA 4EP4A 1N5YA 4KAZA 3MXIA 1XI1A 3SQ4A 4RW9A 5I42A 1R0AA 1ZBHA 2VWKA 2YNFA 4KFBA 1Q8IA 3TARA 2YKNA 3ZSWA 3NF8A 1KVCA 3AVLA 3NF9A 4MFBA 1XC9A 2OZSA 4BWMA 3HT3A 1S1TA 3SZ2A 3RMDA 1Q9XA 4DQIA 1HJRA 2HHSA 1RBUA 3V9WA 1RBTA 4IKFA 1X9SA 2KFZA 4FJ5A 4FK2A 3OYLA 3K5LA 4BE2A 4FVMA 4ICLA 2XHBA 3QETA 4TSXA 5KRTA 3K58A 4CECA 3PX0A 4DU3A 1N6QA 1J54A 3CFPA 3ZSYA 4LSLA 5CZ2A 4CE9A 4DTOA 3SPZA 4HCBA 5CY4A 4CEOA 1JLQA 3L3VA 3VQ8A 1RDDA 1WNSA 2E6LA 3CFOA 1EKEA 5CZ1A 1TK0A 4FZZA 1QSLA 1EX4A 4CFCA 2D0BA 4M45A 4CERA 4DG1A 1IKXA 4CIFA 1Z25A 2F96A 5J2PA 2DY4A 3ZT4A 1XHXA 4KHQA 2YNHA 3OYKA 3NBPA 4DFPA 3QEXA 3HVTA 3C94A 3RRHA 4ZHRA 2G8KA 5FRMA 4LH4A 3C95A 3LPUA 1JLCA 3VQAA 3S3MA 4DQQA 1F21A 4CF9A 3JSMA 2IS3A 3PX4A 1L3TA 2P51A 3QLHA 1WN7A 4BWJA 1GOBA 4M3ZA 5HP1A 4KPYA 2X78A 3RMAA 2BDPA 4KTWA 1SL1A 3TAEA 4FM2A 4FM0A 4N56A 1SKSA 4PA1A 3VQCA 3K59A 3SNNA 3NGIA 3EYZA 2OZMA 4DS4A 2Y1IA 3L8BA 1RTDA 2O4IA 4CF0A 4KRFA 3LP3A 3KK2A 3BDPA 4DTJA 3QO9A 3AVMA 1NK6A 3LDSA 3L2UA 5HLFA 2HHUA 3OY9A 3KJVA 1GOCA 2QKBA 3RMCA 3AVBA 2IOCA 3ZT2A 4H4OA 3QERA 4B9LA 4CJVA 4OLAA 3DLGA 3SQ0A 3L2VA 4CHZA 1SL0A 4DLEA 1CZBA 4M3YA 4C8KA 3TAFA 2YNGA 4AH9A 3H08A 1UA1A 2XY8A 1NOYA 1J5OA 5CYQA 3ZSQA 4FW2A 3KK1A 3OJUA 1U47A 1KLMA 4ELVA 1LAWA 1VRTA 1J9AA 4CJSA 1KLNA 1WSGA 1HPZA 1U48A 1NK7A 4RW6A 3TAPA 3S3NA 3KLHA 3NH0A 1NJXA 1C1AA 5JS1A 4J2AA 3OJSA 3WNGA 1BCOA 3V9ZA 3I0RA 3NH2A 1NJWA 4OKJA 3CG7A 1WSFA 2AJQA 1VSJA 3VA3A 1TAQA 2P5OA 1TL1A 2ITGA 1HRHA 3QEPA 1IKYA 1X9MA 5J2QA 5HRNA 2FBXA 4HHTA 3M8RA 4DF4A 1NK4A 1RBVA 2KZZA 2BE2A 3WNFA 3OS0A 3OYDA 3K2PA 4FK0A 4GMJB 1L3UA 4KI6A 3MEEA 3O4QA 1QHTA 5FDLA 3VQ7A 3QESA 3V1RA 1TKDA 4DWIA 1C0UA 3HL8A 4AHSA 4FLUA 3MEGA 1U45A 3VQ4A 1JL2A 1ASWA 1WAJA 1WSIA 3V1QA 5E41A 3ULDA 2ZQBA 4KTZA 1BCMA 1QE1A 2I5JA 1TVRA 3NH1A 4AILC 3UIQA 3DI6A 4HUGA 4DFJA 4GW6A 3AVGA 4EZ6A 3LPTA 3TWHA 3E01A 1KCFA 4I9LA 4JS5A 4KV8A 4DSJA 1JL1A 2ZE2A 2OPSA 1KVAA 3SQ2A 3KTQA 3T1AA 1HNVA 4MQ3A 4UQGA 2XY6A 4ZTFA 3QEIA 1JLBA 1VSEA 3NGZA 3TR8A 3OYNA 2G8IA 1T7PA 3LAKA 3KKRA 4W5TA 2YHBA 1T05A 4Y1CA 4PQUA 4PWDA 4Z4GA 2FBVA 3AVHA 2IDOA 2X6SA 5KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBIA 3LM9A 3GTMJ 4AQYK 5HLGA 1FOWA 5AZIA 3LZJA 3KEOA 1WBDA 3UKRB 2VQGA 1C0WA 3MX2A 3QOPA 2A1SA 2VCPA 5E3OA 4DNCA 4AHVA 4FLYA 4PKGA 3DP7A 1IW7F 5HROA 3RJPA 4Y4RA 3SBGA 2WC9A 4XLEA 3M3ZA 2XB0X 1A6QA 2BTFA 1HBXG 3KK3A 2Y9ZA 4M6YA 4W1UA 1H1VA 4QOZB 2EFQA 2HEOA 2Y75A 4KMFA 1HJOA 1SEUA 3DXKB 4WCGA 4W5QA 3OWTA 2ICWG 4RB3C 3QRFF 1QS4A 2QSHX 3SQNA 1KAYA 3BG9A 4FL9A 1W0HA 3MN6A 3G0ZA 2ATQA 3OYAA 3TI0A 1V5EA 4XLCA 3S1NJ 1MNDA 4AC0A 5LHIA 2NVTJ 5KAFC 2WBMA 3MX5A 1Z6RA 4PY5A 5FFZA 4IX7A 2F2EA 1LDDA 2WFBA 4O4GA 4FLVA 4LF7K 2P9LB 3MXMA 5ERIA 1E3OC 4AIDA 3DRRA 1RI7A 1UHWA 3CDLA 3NWTA 5FPMA 3SI6A 3I53A 1S29A 3THXA 4JX6A 2EK5A 3CJNA 1S1UA 2VPLA 2LDUA 4FASD 4LD0A 3JRHA 1JXSA 1DU6A 3FWEA 1PUFB 2VJJA 4A5AA 3VYUB 1QNTA 4RWTA 2CV0A 4HLXA 1DP7P 2G0EA 4UY8O 2FUG2 4FJJA 1YAGA 3K4CA 1FLIA 2DDAA 3AVNA 3HM9A 1BA5A 4KBOA 5LMUK 3VSKA 2JGUA 2P9SA 3OYEA 2HBJA 3CUQC 2QWLA 3J81Z 2XRIA 2CGPA 3KP7A 1FT9A 4RA2A 5J1EA 1DLOA 3DTKA 3OYHA 1K79A 2BHYA 3L3UA 1WUAA 2L54A 1X19A 4FWOA 4CF1A 2FC0A 3D0SA 4B1ZA 2YUSA 4M3FA 1SFEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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