1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
3OYEA 4Z4EA 3K5NA 5DMRA 4FZXC 1VRUA 4Z4FA 3QERA 3KLGA 4FLXA 5HLFA 4AH9A 1Q9YA 1JLEA 4CHPA 1NK7A 2LSNA 4CJ5A 1TVRA 2BE2A 1RTJA 3OYKA 3PUFA 1JXEA 1QE1A 1IO2A 1ASWA 3DLKA 1RBSA 5DK5A 3WNEA 1NOZA 1BI4A 1T7PA 2GUIA 2HMIA 4B9TA 1YTAA 4F4KA 2PYJA 4IBNA 3NE6A 3P1GA 4HTUA 3DLBA 4DU3A 4CK3A 1RBTA 1JLQA 1KLMA 4CHQA 4JS4A 4DSIA 5HBMA 3TI0A 4CEFA 1UAXA 1A5WA 2FBVA 1T03A 4RW4A 4FK2A 1B9FA 3CM5A 3O4QA 4CHYA 3RR8A 4KHWA 3SQ4A 2VG5A 4KTZA 4PQUA 3LANA 3QNOA 3L3UA 3NGYA 4KV8A 3VQCA 3QETA 3S3NA 4FJMA 1VSLA 3QLHA 3DM2A 2KFZA 4B9SA 1T05A 4CERA 1JLGA 2QKBA 1VRTA 3L2WA 4E1MA 4DLGA 1X1PA 4W5OA 3K5LA 4DFMA 3MEGA 3U6FA 3V81A 1TKXA 5CZ1A 2YHAA 5JS2A 3DRPA 1SL2A 1VSKA 3V9XA 4H4OA 4JRQA 4Q5VA 3JYTA 2QXFA 1S9EA 3SZ2A 1ITGA 2JGUA 3KD5E 3OJSA 4CEZA 5KI6A 1C1CA 3G0ZA 4KKOA 1C1BA 4OKEA 2R7YA 4KB1A 2FBXA 3NH0A 3AA5X 4DFPA 4DTRA 3O4NA 2ZE2A 1EKEA 1QTMA 1XC9A 3ZCMA 1RT3A 4AHSA 1ZBFA 5KRSA 1RT4A 3LZJA 4B9MA 4FZZA 1IKVA 1EX4A 2ITGA 4IDKA 4CESA 4CF1A 3LZIA 4FJ7A 4KFBA 1NJWA 3THVA 2G8VA 3SYZA 4ICLA 1JL2A 4CECA 4E89A 3QEXA 3V9SA 1S6QA 4OVLA 3OYLA 1YVUA 3AV9A 3VQEA 4CGHA 4LH4A 4DFKA 4ID1A 2ZD1A 3AVFA 1ASVA 4FK4A 3OYFA 1L3SA 1G15A 2PY5A 4MFBA 3AO5A 1X9SA 3RRHA 3LPTA 3V1QA 1BL3A 1B92A 3RR7A 1BCOA 1S9GA 3ZSOA 3EZ5A 4DTNA 2YNHA 4HUFA 3DOLA 2GV9A 5KGWA 1WLJA 3BGRA 3NF7A 4DTOA 3LALA 3NHGA 1IKWA 3S9HA 2W42A 3OS2A 3U3GA 4AHRA 2XY5A 3VQ5A 3ULDA 2HB5A 4C8MA 1XI1A 1EXQA 1DLOA 4ID5A 1WNSA 3JSMA 3SQ2A 2OZMA 1BQNA 1BHLA 1MU2A 1D5AA 3M8QA 1IKXA 1BISA 2D0CA 4DS5A 1HJRA 5I3UA 3KTQA 4C8NA 4OGCA 5C25A 4FW1A 3P5JA 4MQ3A 3VA0A 1UA0A 1HRHA 4C8LA 4B8AB 4M3WA 1ZBLA 2IDOA 1SV5A 3NH1A 4FLUA 4OJRA 3PO5A 2P5OA 4I2PA 4KRFA 1CZ9A 3KKRA 4BWMA 4JRPA 1UOCA 2KQ2A 4HUEA 4DU4A 3IRXA 2HW3A 3VQ4A 4CEOA 1J5OA 4L8RB 4M3TA 3ZSZA 3OYGA 1FKPA 3H08A 2EX3A 5CZ2A 3HM9A 3TAFA 1YT3A 1RT6A 3TAMA 4DTPA 1SKWA 2X6NA 4Y1CA 5SWMA 3EY1A 3ITHA 4KTQA 3FFIA 5C24A 2ATQA 4E7IA 4UQGA 4E3SA 4DLEA 1ZBHA 1DTTA 1WSFA 4KB0A 3O3GA 4M42A 3V1RA 3C6TA 1RBRA 4F2RA 3BDPA 1JKHA 1NK9A 3OS1A 3ZT2A 2Y1JA 4PUOA 2HHWA 4KHSA 2DTUA 1JLAA 1RDBA 3HVTA 2Z1GA 4RG8A 2Y1IA 4E0DA 1S6PA 5FRMA 3S3MA 3HPOA 2B4JA 1XHXA 1I3AA 1TKTA 3ASMA 3ISNC 4HHTA 2YNGA 4FLZA 1U4BA 2G8FA 1WAJA 5E41A 4J2DA 3DYAA 2XY6A 3SUPA 2RF2A 3PX4A 1J9AA 3KLEA 4N41A 3V1OA 3NF8A 3SV3A 4FJJA 1T8EA 1JL1A 3A2FA 3OVNA 3LAKA 3RTVA 3I8DA 2HHTA 3HL8A 3AA4A 4OKKA 3AO2A 1VSFA 4LSNA 4RW9A 1LW0A 2ZQBA 5CY4A 3KJVA 2VWJA 1RCHA 1Y97A 2BANA 4DTXA 2HHUA 2PZSA 2VWKA 4FJHA 2BGGA 2FBYA 1F21A 1JLFA 3OS0A 3M8RA 4FJNA 2JLEA 2RKIA 4JLHA 1RILA 3DLRA 3TABA 4FW2A 1X9WA 2HVIA 3K5OA 1SL0A 1Z25A 1X9MA 3AVKA 4OPKA 3T19A 2DFEA 4Z4CA 1UA1A 1A5XA 3ZSVA 3OYHA 3LP3A 3V4IA 3SNNA 4J2BA 1TL1A 3WNFA 2HNDA 1RDAA 4DFJA 4C8KA 4CJ4A 2P5GA 4BDZA 4DTMA 3VA3A 1LV5A 1XWLA 3M8SA 3CFOA 1VSJA 2B6AA 3KKSA 4AHUA 4FCYA 3SUQA 3HO1A 4HUGA 5HRNA 3RMDA 4K8ZA 2OYQA 4QCLA 4WE1A 4F2SA 4HCBA 4FJKA 1KFSA 4NCBA 1JLBA 3NH2A 3HT3A 1QQCA 2GBZA 2IGIA 2VG6A 4YFUA 1S1WA 3QEVA 4OLBA 4E7KA 3OYMA 5FRNA 4NYNA 1RT1A 2HHQA 1KTQA 1U47A 5SZTA 1J54A 1Z26A 4CF9A 4PY5A 3VQ9A 4E7LA 1L3VA 4FM0A 4FJLA 2OPPA 3OYJA 4BACA 1KVAA 1DTQA 4CF2A 4B9UA 4BWJA 3PX6A 3KK1A 3RRGA 4BE2A 1RT7A 2HNZA 4FLVA 1WAFA 4LY7A 3RMCA 3L2QA 2QK9A 3AVHA 2KFNA 1KRPA 1BI4B 3IG1A 4EZ9A 1HNIA 1WSIA 4CFBA 1ZBUA 1WSHA 4CJPA 4EP5A 2Q3SA 4F3OA 1BIZA 1TL3A 2I5JA 3VQAA 3ZT3A 1IG9A 1HYSA 1EP4A 3SI6A 1HNVA 1QSLA 5C42A 4FJ5A 4QOZB 3K57A 2D5RA 4N56A 3NAEA 3AO1A 3D45A 3RWUA 3HYFA 2HNYA 3QINA 5D3GA 3L2RA 3T1AA 1RTIA 3VQPA 2VG7A 3C95A 2A1RA 4PWDA 2G8WA 3C94A 4KREA 2DFHA 3AA2A 4CEQA 2HVHA 4E19A 4DF8A 4NCGA 1HQEA 4Z4IA 1J53A 4DU1A 4CE9A 1BIUA 2XRIA 4FJ9A 1JLCA 2F8TA 4CJ3A 1NJZA 3L3VA 4DTUA 2G8KA 1NJYA 1REVA 4KPYA 2Z1JA 5J2MA 3TANA 3SQ0A 4B3OA 4H4MA 4BDYA 4DSJA 3AVGA 3AVNA 3HJFA 2EHGA 1NK8A 1N6QA 1GOAA 2IC3A 3QEIA 1HQUA 4R5PA 2OPSA 4CF8A 4CJWA 4FLYA 1VSMA 1L3TA 1FKOA 3G10A 4CEDA 4N47A 3S3OA 4DWIA 4DSLA 4I9QA 2RPIA 3IAYA 3DMJA 4XIUA 3SQ1A 2OPQA 1GOCA 3VQ8A 3ALYA 2DFFA 1HPZA 1Q8IA 3OYBA 3AA3A 1TGOA 4KHQA 5J2PA 1S1XA 3I0SA 2P1JA 3OYAA 2BDPA 3ZSWA 2NUBA 1TK8A 3LWMA 3KIOA 1U49A 4BE1A 4CEEA 1C1AA 1NK5A 4FZYA 2HHXA 3T3FA 2XHBA 1R0AA 3HXMA 1LAVA 1GOBA 3HP9A 5J2QA 1WSGA 4CF0A 1S1UA 3CFRA 3QEPA 3L2UA 2Z1IA 4FXDA 4Q0BA 4DSEA 3OYDA 1RTHA 3AVJA 2IOCA 2YKMA 3LP1A 4CHNA 1KLNA 3ZSQA 1D9DA 4O44A 3TR8A 4CHOA 2WOMA 3MEDA 1U45A 1JXBA 3ZT1A 4CIGA 4DG1A 4CK1A 3QNNA 1D9FA 2RN2A 4CIFA 3I0RA 3E01A 4CFDA 5HP1A 3QIPA 4LSLA 1SUQA 3AVBA 4I7FA 2D0BA 3LWLA 4IG3A 3NBPA 3SUNA 2PYLA 4M3YA 4FK0A 3DLGA 4FJXA 3L2VA 1TKZA 2YV0X 4CJQA 3L8BA 4DQQA 4B9NA 2X78A 3VQ6A 4FYDA 3OY9A 1XHZA 3AVLA 3AVAA 4CGDA 1RT5A 3U3YA 1I39A 2YKNA 5I42A 3HPHA 4CGIA 1W0HA 5CYMA 5FDLA 1LWFA 3M8PA 1CLQA 5CYQA 3SPZA 5J2NA 3MXJA 4RW6A 1TAQA 4M45A 3OJUA 2XY7A 3NGIA 4CJUA 4B8CA 4J2AA 2KZZA 2IS3A 4DQPA 4E1NA 1KSPA 2AJQA 1TK0A 2G8HA 3C6UA 4OLAA 3NCIA 4CJSA 1ASUA 1CXUA 1QSYA 1C0MA 4CJRA 4BE0A 3WNHA 3NGZA 1HMVA 3MXMA 4ELVA 2WONA 1WSJA 1N5YA 3LAMA 3CYMA 1KFDA 1RDDA 2A1SA 4IG0A 3KLHA 4O5BA 2B5JA 3HPGA 4EZ6A 3MECA 3HK2A 4FJGA 4DQRA 3NFAA 4N76A 1VSDA 4K8XA 3HVRA 1BQMA 3RMBA 3B6OA 1S1TA 4B08A 4AHVA 3PV8A 3CM6A 3AVMA 4CJTA 3LP2A 5KTQA 1ZYQA 3TAQA 4KI4A 1B9DA 3UIQA 4QAGA 4AHTA 4DQSA 3AO4A 2YHBA 1L5UA 3ZSXA 2O4IA 1VSIA 2E6MA 3DRRA 4FVMA 3KD1E 4I9LA 4ZTFA 2G8UA 2HHSA 4HCCA 3VN5A 3MAQA 5K14A 4CEAA 2XY8A 4DSKA 3NDKA 4AHCA 4NYFA 1S5JA 1KVBA 2X6SA 4ZTJA 1KCFA 4KHUA 1VSHA 3MXIA 3V9UA 4O55A 3ZT4A 3CQ8A 4Z0UA 5KRTA 2F96A 3K5MA 4KAZA 2DY4A 4DS4A 4FLTA 4B9VA 2YNIA 5T7BA 4CGJA 3SJJA 3OYNA 1UWBA 1TV6A 1WN7A 3F9KA 5KGXA 3TAGA 1NKCA 3O3HA 4CCHA 3P83D 4HVJA 4Z4GA 1RT2A 4CEBA 5HRSA 3MEEA 4E7JA 3QIOA 1SKSA 4ELUA 2ETJA 3KK2A 4FJ8A 1TK5A 3HSTB 3ZSYA 4LD0A 4Z4HA 4ELTA 1CXQA 3NF6A 3AO3A 1RBUA 1RDCA 3DOKA 4ZHRA 1L3UA 4W5NA 2E4LA 2IAJA 3K59A 3KK3A 3TAPA 2OZSA 1VSEA 2OPRA 1WSEA 3LP0A 4CHZA 2D0AA 3NF9A 4CJKA 1S1VA 3VQQA 3OYCA 3CG7A 2O4GA 4O4GA 4F8RA 1D8YA 1SL1A 2KZMA 4JS5A 1QHTA 1NJXA 4CIEA 2Z1HA 3PO4A 3PX0A 1NKBA 4GMJB 2OA8A 2YNFA 3AVCA 4PA1A 1BGXT 3O3FA 1O1WA 1NKEA 4KHNA 1IKYA 1Q9XA 4B9LA 5HROA 3SPYA 2KW4A 3LPUA 2HHVA 3IS9A 1BCMA 3SCXA 4CJVA 4O0JA 3V6DA 4DSFA 1RBVA 2E6LA 4GVMA 3OYIA 1ZBIA 3PY8A 2F8SA 1FK9A 2FC0A 1C6VA 1NK0A 4KI6A 4M3XA 4F3TA 5HRPA 2KTQA 4CFCA 4CGFA 4IKFA 4M3UA 4RW7A 1LAWA 4DQIA 4H8KA 3F73A 4M3RA 1LWCA 1U48A 1HYZA 1QS4A 3VQBA 4FJIA 4CK2A 1NOYA 4CJFA 4CFAA 4C8OA 2XO7A 1EETA 4KTWA 2FBTA 3WNGA 4M3ZA 1FXXA 4DMNA 3RMAA 4BDPA 1LW2A 4NCAA 5J1EA 1VK0A 4Y1DA 4FLWA 4DF4A 3KLIA 3ZSRA 3DI6A 4TSXA 3VQDA 3AVIA 4G1QA 5FROA 1RNHA 3K2PA 4GW6A 3VQ7A 4N5SA 3HP6A 4YNQA 4I2QA 4FM2A 4E7HA 4M41A 3V9WA 3QEWA 4CJLA 5EU7A 1KVCA 1C0UA 3KLFA 3EYZA 3LDSA 3DLHA 1TAUA 1A5VA 4AILC 3CFPA 1TKDA 2P51A 4OGEA 3SUOA 1QSSA 3TAEA 3QO9A 4W5TA 1RTDA 3K58A 4DTSA 2QKKA 1W9HA 4LH5A 3DLEA 4EP4A 3V9ZA 4RW8A 4KHYA 1K6YA 1LWEA 4CJEA 4W5RA 3D0PA 3SV4A 4OPJA 2X74A 3B6PA 3TARA 1NK6A 4CGGA 3QESA 1NK4A 4DTJA 1SKRA 4IFVA 5HRRA 1IH7A 4FM1A 3DRSA 3TWHA 4J2EA 1U04A 1HYVA 4KO0A 1C0TA 3ZT0A 4O0IA 4W5QA 1YTUA 2G8IA 5JS1A 1CZBA 4IFYA 4OKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LC9B 4Z4FA 3EE8A 4BYYA 3SZTA 1JLEA 3I58A 1IDYA 3ZQIA 1RR7A 3F3XA 2WADA 1EA3A 5F1RA 3MN9A 1IZ1A 3VDXA 4CHQA 3TI0A 1OCPA 2VJ5A 1NGAA 1E0EA 3NGYA 1RETA 1YOVB 2HDWA 4O5VA 2P9IB 2VQLA 4XRSA 1SL2A 5AIQA 2QXFA 3C2HA 3CMAI 5LEKA 3J7AO 4JHDB 2D5VA 4MO4A 3ESWB 3LSTA 2ZE2A 5DYMA 3DLAA 1XTAA 3ZCMA 1A31A 5TKWA 4H0XB 4CF1A 4DV6K 1HKSA 3E9OA 2V1DA 2PY5A 1DU6A 4ANJA 4P9UA 1B92A 4LF8K 4M3EA 5D8LB 4HPQA 1IKWA 2RQPA 4BVPA 5IP6A 1BG3A 2MABA 1Z7LA 3I59B 4RS8A 5GP9A 1IGNA 1MU2A 5KQDA 4I98B 3EO3A 1HC8A 1NGIA 5C25A 5EY4A 2XAHA 3V8KA 3CJRB 3ZMSA 4B8AB 2J4RA 3NH1A 2MC3A 3W2WA 1WBBA 2EX3A 4CCNA 5SWMA 3EY1A 2IS4A 5IWAK 3CJNA 4OIPF 4DR4K 3M4OJ 3MN5A 1APLC 4PGHA 2STWA 4B48A 1RPWA 4JK7A 1LEAA 2Y9ZA 1TUUA 4MEXF 1FT9A 4XMYA 3S1MJ 3DAWA 1RRJA 2JWLA 2YU9J 3N05A 1RCHA 4B1YB 2FBYA 1OH7A 1F9NA 5DV5A 4Z4CA 3WNFA 1DP3A 3A1YA 5HLIA 4CJ4A 1FLIA 3CFOA 4HUGA 2DOEA 4WF9L 2OYQA 4XN0A 4FJKA 1KFSA 2P8TA 4CZIA 1TW3A 3ABUA 2OTLN 3J7ZI 2P81A 4FM0A 2ASOA 1HSTA 4HV6A 1XSDA 1P4AA 3LM2A 3ZQQA 3S16J 1BI4B 3WU1B 2K85A 1HNIA 1N32K 2STTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LC9 B;  4Z4F A;  3EE8 A;  4BYY A;  3SZT A;  1JLE A;  3I58 A;  1IDY A;  3ZQI A;  1RR7 A;  3F3X A;  2WAD A;  1EA3 A;  5F1R A;  3MN9 A;  1IZ1 A;  3VDX A;  4CHQ A;  3TI0 A;  1OCP A;  2VJ5 A;  1NGA A;  1E0E A;  3NGY A;  1RET A;  1YOV B;  2HDW A;  4O5V A;  2P9I B;  2VQL A;  4XRS A;  1SL2 A;  5AIQ A;  2QXF A;  3C2H A;  3CMA I;  5LEK A;  3J7A O;  4JHD B;  2D5V A;  4MO4 A;  3ESW B;  3LST A;  2ZE2 A;  5DYM A;  3DLA A;  1XTA A;  3ZCM A;  1A31 A;  5TKW A;  4H0X B;  4CF1 A;  4DV6 K;  1HKS A;  3E9O A;  2V1D A;  2PY5 A;  1DU6 A;  4ANJ A;  4P9U A;  1B92 A;  4LF8 K;  4M3E A;  5D8L B;  4HPQ A;  1IKW A;  2RQP A;  4BVP A;  5IP6 A;  1BG3 A;  2MAB A;  1Z7L A;  3I59 B;  4RS8 A;  5GP9 A;  1IGN A;  1MU2 A;  5KQD A;  4I98 B;  3EO3 A;  1HC8 A;  1NGI A;  5C25 A;  5EY4 A;  2XAH A;  3V8K A;  3CJR B;  3ZMS A;  4B8A B;  2J4R A;  3NH1 A;  2MC3 A;  3W2W A;  1WBB A;  2EX3 A;  4CCN A;  5SWM A;  3EY1 A;  2IS4 A;  5IWA K;  3CJN A;  4OIP F;  4DR4 K;  3M4O J;  3MN5 A;  1APL C;  4PGH A;  2STW A;  4B48 A;  1RPW A;  4JK7 A;  1LEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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