1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
5FROA 4DU4A 1J5OA 3AO1A 1CLQA 1RDAA 3DRSA 2B6AA 3MECA 4CK2A 3ZSVA 1LW0A 4B9NA 3IRXA 4E1MA 4CFDA 1XWLA 1LAVA 4CIGA 1B92A 4LSLA 4J2AA 1YVUA 4B8AB 4CEZA 3C94A 1CXQA 4CJ4A 3KLGA 4BACA 1JLQA 4NYNA 3ZT1A 1HYZA 3AO3A 4J2EA 3TAQA 1FXXA 4ELVA 2HVIA 2OPQA 1VRTA 2RKIA 4DU3A 4CEFA 3LWLA 3T3FA 2KZZA 1XI1A 2P51A 4DQIA 2RF2A 4CGJA 4B9MA 1TL1A 1KVCA 4OKEA 5CYQA 5HBMA 3SV4A 4FK2A 3WNHA 4KHUA 1KTQA 4FW2A 4FLZA 2KFNA 3O3FA 3SYZA 5C25A 4W5TA 4E7IA 5HRSA 2A1RA 1S1UA 3VQ7A 3G10A 5CYMA 4DTJA 1RBTA 3U6FA 1HNIA 1RT6A 3LALA 3AVLA 3PX6A 4FJXA 3AVCA 3QNNA 4W5OA 2DFFA 2IGIA 5HRPA 3EY1A 4HHTA 3IG1A 1KLMA 4ELUA 1YTAA 3AVHA 1TKXA 4I2PA 3I0SA 3TWHA 1KCFA 4KHSA 3T19A 1NKEA 3ZSWA 2HNDA 3SI6A 3WNEA 4CJUA 1VSEA 3QEWA 4OKKA 3K57A 4FJHA 1WSJA 3TAGA 2QK9A 4NCBA 1LAWA 1NK6A 3RRGA 4KI6A 2OYQA 3OS1A 3AO2A 2DY4A 2FC0A 3BGRA 3OYBA 4DTRA 1LW2A 3S3OA 2D0CA 1RT5A 3DRPA 3HVRA 4CGGA 3OYLA 4E7HA 4O4GA 1QSLA 1HQEA 1SV5A 2YNHA 5FDLA 1S6PA 2YHAA 2XY6A 3V9UA 1D8YA 1C0TA 4ZHRA 1U04A 2IOCA 4CEQA 1BISA 3LPUA 1C1CA 1RT2A 3AVGA 3DLRA 3QERA 1T8EA 2PY5A 3B6PA 4G1QA 4I2QA 2ITGA 1KVAA 2HNZA 4PA1A 4B08A 4DTSA 1WAJA 2RPIA 4DTUA 3VQPA 1BGXT 4FLVA 4I9LA 3SQ0A 4IFYA 3SQ4A 2BDPA 1WSEA 2PZSA 4AHSA 4KPYA 2G8VA 1NJYA 1GOCA 3ASMA 4F2RA 2HHQA 3LPTA 2E6LA 2VG6A 4NCGA 1T7PA 4FM2A 3K2PA 1WLJA 3KLIA 1A5XA 3V1QA 1U47A 5KRSA 1B9DA 2HMIA 3RMDA 4CJPA 2RN2A 4O55A 4M3RA 3ISNC 2YNGA 4AHRA 4CF9A 4DSIA 4FK0A 3QLHA 2P5GA 3AA4A 3HK2A 4CJRA 5J2PA 4NCAA 3TABA 3CM6A 4DF4A 3OYMA 3CG7A 1A5VA 1WN7A 4CERA 1HMVA 1L5UA 3PY8A 2P5OA 3P5JA 4F4KA 3VQ9A 3OJUA 4FVMA 4FJGA 3HJFA 4OGEA 3VQQA 5HLFA 3B6OA 4Y1CA 3AVBA 1U48A 4DFKA 1L3VA 4IDKA 1SL2A 1SKRA 1Q9YA 1KFDA 4FJ5A 4IKFA 2JGUA 4FZZA 1GOBA 1VSHA 3L8BA 3ZCMA 4FLTA 3ZSQA 3BDPA 3TARA 1HPZA 4FW1A 5HRRA 1NJXA 1SKSA 3KD1E 4OVLA 1VSJA 5SWMA 1BIUA 4E89A 1BCOA 1HYSA 3HPOA 3FFIA 3OYEA 3QIOA 2O4GA 4E1NA 3CQ8A 4B9LA 1YTUA 3EZ5A 2XHBA 3G0ZA 5J2QA 4DTPA 2ETJA 4OLAA 4CGFA 5C42A 3AVKA 3C6TA 1BQNA 1RTJA 1NK7A 1RTHA 5HROA 2OA8A 4CFAA 3QESA 3VQ8A 5CZ1A 4CJ3A 1J9AA 1TKTA 1TL3A 1JL1A 4DU1A 4KKOA 3RMCA 4N47A 2QKKA 4KAZA 1IKXA 1RT1A 3ZT2A 1QSSA 4FM1A 1FKOA 4ID1A 3TAFA 3SQ1A 4KFBA 1D9DA 3MAQA 4Z4IA 3MEEA 5KI6A 4NYFA 3QNOA 2D0BA 1Q8IA 2IAJA 4DF8A 2D0AA 3ZSZA 1O1WA 3OJSA 2E6MA 3QEPA 4KREA 3M8RA 2FBTA 4CF0A 2LSNA 3QINA 3VQAA 3MXMA 1S9EA 1SL0A 4DFMA 2DFHA 4CEDA 2HW3A 4PQUA 1XC9A 4DFJA 1C0UA 3ITHA 1UA1A 4F8RA 4OLBA 1HJRA 3ZT4A 4DFPA 2ZE2A 5CY4A 1Q9XA 4LD0A 1TKZA 4DTXA 3HVTA 2HB5A 4ICLA 4CF1A 3M8SA 3NGIA 3SV3A 4CFBA 4KHWA 2WONA 2Z1HA 3VN5A 1NKCA 2BGGA 1NJZA 4CHNA 1NOYA 4CHYA 1HRHA 1X1PA 2O4IA 2HHSA 1BI4A 3KLEA 2XY5A 1T03A 3AO4A 4CGIA 4KV8A 4CJ5A 4ZTJA 4DQQA 1WSFA 4E7JA 2G8KA 1XHZA 2JLEA 2X78A 2XRIA 4CE9A 1NK9A 1U4BA 2OZSA 4CCHA 3KKRA 3KD5E 3KJVA 3VQCA 1W0HA 3PV8A 1NK0A 1TAUA 4CJVA 2HVHA 3DM2A 4DG1A 1NK5A 1EP4A 2Y1JA 1HNVA 3LZJA 3AVNA 1YT3A 4AHTA 4CGDA 4Q0BA 2E4LA 3OY9A 5E41A 3SCXA 3O3GA 4CHOA 2P1JA 4CHPA 4AILC 1C1AA 3K5OA 4LH5A 3NF7A 3E01A 4CEAA 4CJQA 3RTVA 4EZ9A 4ID5A 1JLAA 3V81A 4CEEA 3L2QA 3HYFA 1NOZA 1Z25A 4PY5A 3L2UA 2D5RA 4EP4A 1KLNA 1TV6A 3CYMA 1JLGA 3NBPA 3SJJA 2YHBA 1BCMA 3PO4A 4I7FA 5JS2A 4Z4CA 4FYDA 1VSLA 1RT7A 2X74A 4LSNA 3F73A 2OPPA 4FLWA 3OYNA 1TK8A 3L2RA 3TAMA 5I42A 4ELTA 5EU7A 1QE1A 4MQ3A 4KO0A 4CJLA 1S1TA 1CXUA 4CIFA 3KLFA 1UWBA 1I3AA 4DTNA 3PUFA 3DLGA 4C8KA 3HO1A 5JS1A 4ZTFA 4N56A 3NF8A 3OYDA 4K8XA 1S1VA 1ASWA 3QO9A 2BANA 4AHUA 3MEDA 2IC3A 4OKJA 4YNQA 3UIQA 4DTOA 3LP0A 3HM9A 3AVFA 4HVJA 3DYAA 4XIUA 1WSGA 3AA2A 3LZIA 4C8OA 5KGXA 4FJMA 3C6UA 3HPGA 2EHGA 3P83D 1EETA 3T1AA 2Z1GA 4E7KA 1W9HA 3M8QA 4B9TA 4F3TA 2F8TA 3O4NA 3QIPA 1WAFA 5D3GA 2R7YA 3VA0A 1EXQA 3DI6A 1ASVA 1HQUA 3L3UA 2G8HA 1IH7A 5J2NA 1ZBFA 2FBVA 4RW8A 3S3NA 2A1SA 3RMAA 3AVAA 2VG5A 2OPRA 4KTZA 1L3TA 1LWCA 4HTUA 2F96A 1RBUA 1S6QA 3WNFA 4B8CA 1UAXA 4CJTA 4BDYA 2BE2A 2HHXA 4Z4FA 4CF2A 1RBVA 1EKEA 4L8RB 1A5WA 4E19A 1N6QA 4J2BA 3F9KA 4TSXA 4Z4HA 2DFEA 4CEOA 5T7BA 2KZMA 1ZBLA 3OVNA 3V9ZA 2XY7A 4CK1A 1KRPA 1UOCA 4M3YA 3ZSXA 3HL8A 1IKWA 4CECA 1J54A 1L3UA 3CFOA 1G15A 1TK5A 1LWEA 4O5BA 3LAKA 3SUQA 3TI0A 4KRFA 4BDZA 1S1XA 2Z1JA 4IBNA 5DK5A 2Q3SA 2X6SA 1JLEA 3LWMA 3NDKA 4OPJA 1U49A 1BHLA 3M8PA 2F8SA 1VSMA 3KLHA 3DRRA 5KTQA 4E3SA 4KB0A 1C0MA 1ZBUA 3A2FA 4MFBA 4DS5A 3NH1A 3O3HA 1TVRA 4CJSA 3THVA 1CZ9A 5CZ2A 1N5YA 1J53A 3ZT3A 3SZ2A 4GMJB 3AVMA 3CM5A 3AA5X 1KSPA 4B9UA 5K14A 1REVA 4M3ZA 1XHXA 4Z4EA 4CEBA 1BI4B 2YNFA 1ZYQA 1JKHA 1RBSA 4BE2A 3DLBA 1RNHA 4H4MA 3OYFA 1BIZA 3S9HA 1HYVA 3KIOA 3PX4A 3S3MA 2KW4A 2AJQA 1I39A 2HNYA 4H4OA 1JXBA 4RG8A 3SUPA 3HP6A 1R0AA 5HP1A 1ZBIA 4DQPA 4KHYA 4K8ZA 3DLKA 4PUOA 4JS5A 4DWIA 1C1BA 3V9WA 4M45A 4FJ9A 4FK4A 2VG7A 1Y97A 2ATQA 4QAGA 4DQRA 3TAPA 1LV5A 4B9SA 2Z1IA 5J1EA 4Z4GA 1JLFA 1RBRA 3HPHA 3NF9A 1JLCA 3TR8A 3VQ6A 3ZSOA 2PYJA 1VSFA 1QQCA 3QEVA 5FRNA 1KVBA 4CIEA 4QOZB 4C8NA 4CJKA 3SUOA 3QEXA 4N41A 3VQDA 1TKDA 4DLEA 3V4IA 4FJJA 4CJWA 3V9SA 1BL3A 3LP3A 1GOAA 4CHQA 3OYJA 2PYLA 1NJWA 3IAYA 4M3UA 3V6DA 3MEGA 4DSLA 4HUFA 3D45A 4KTQA 1CZBA 1VK0A 3AA3A 2IS3A 3D0PA 4JRQA 2KQ2A 5KRTA 1ASUA 3OYAA 3C95A 4EP5A 4C8LA 1BQMA 4GW6A 4M3WA 4JLHA 5C24A 4AHVA 3ALYA 3K5LA 1U45A 4CGHA 3K59A 1NK8A 4M3TA 4W5NA 4I9QA 4OPKA 4FZXC 2HHTA 2WOMA 3EYZA 3NH2A 3VQ5A 3NCIA 1B9FA 3KTQA 3CFPA 4OGCA 1K6YA 1QTMA 1WNSA 3DLEA 4IG3A 2OZMA 4CESA 3AVIA 3HT3A 4F2SA 4FJ7A 4BDPA 1D5AA 4FM0A 3NGYA 3K58A 1EX4A 1RTDA 2G8WA 1IO2A 4DTMA 3NF6A 3U3YA 3DLHA 4FLUA 1WSHA 3OS2A 2Y1IA 1ITGA 4CFCA 3OYCA 1IKVA 3MXIA 2HHWA 4KHQA 3JYTA 3LP1A 4RW4A 1NKBA 2G8UA 3ULDA 3VQEA 1F21A 1FKPA 1UA0A 1NK4A 1RT4A 1RDDA 4B3OA 4E0DA 4IG0A 3LDSA 2OPSA 3ZSYA 3KK2A 1VSIA 4LY7A 1KFSA 4O44A 2VWKA 3OYGA 3IS9A 2B4JA 4DLGA 3KKSA 2GBZA 1RTIA 4BWMA 3U3GA 2QKBA 4HUEA 5J2MA 2G8FA 5SZTA 3PO5A 4M42A 1IKYA 2FBYA 5HRNA 3OYIA 3KK3A 4FXDA 4FLYA 4GVMA 1VSKA 4DSFA 1SKWA 1IG9A 3VA3A 3JSMA 4KI4A 1S1WA 3V9XA 3RWUA 4Q5VA 1DTTA 4F3OA 3P1GA 4Z0UA 2W42A 4RW9A 4J2DA 3DMJA 2NUBA 4AHCA 1D9FA 4FJKA 3HSTB 2QXFA 3VQ4A 4M41A 1RILA 1WSIA 3DOLA 4LH4A 4BWJA 4KHNA 3L2VA 5KGWA 1SL1A 1QS4A 4FZYA 4DMNA 2KTQA 4Y1DA 3SPYA 3VQBA 4CK3A 1MU2A 3NFAA 1TGOA 1S5JA 1JL2A 1RT3A 4IFVA 1RDBA 3NH0A 1JXEA 3NGZA 4KB1A 3V1RA 4CJEA 1X9MA 4WE1A 3SNNA 3OYKA 4DQSA 4E7LA 1LWFA 1DTQA 3SQ2A 4O0JA 3QETA 2VWJA 2EX3A 3MXJA 2KFZA 2HHUA 4FJLA 3DOKA 5I3UA 4FLXA 4KTWA 4CHZA 1Z26A 3AVJA 3HP9A 3WNGA 2IDOA 1X9WA 4B9VA 3TANA 4OJRA 4N5SA 4HCCA 4W5RA 3L3VA 4JS4A 4RW7A 1VRUA 4JRPA 1VSDA 4QCLA 4EZ6A 3ZT0A 3OYHA 4FJ8A 2YKNA 4BE0A 3LP2A 2B5JA 4CF8A 1JLBA 3H08A 4HCBA 2HHVA 3L2WA 1FK9A 4N76A 4O0IA 2YKMA 4DSEA 4DSKA 3I8DA 4DSJA 3O4QA 1RCHA 2YV0X 3K5MA 2ZQBA 2FBXA 4H8KA 1T05A 3RR7A 4W5QA 3RRHA 2G8IA 1SUQA 2XY8A 4CJFA 3AO5A 4HUGA 3V1OA 3NAEA 2XO7A 3NE6A 4FCYA 4BE1A 1ZBHA 4PWDA 1C6VA 3PX0A 1X9SA 2DTUA 1QSYA 3KK1A 4UQGA 3LANA 1RDCA 3K5NA 3CFRA 3SUNA 3OS0A 4M3XA 2ZD1A 4FJNA 5FRMA 1DLOA 1TK0A 3SPZA 2GV9A 2GUIA 5DMRA 4DS4A 1QHTA 1TAQA 3I0RA 3LAMA 3HXMA 2YNIA 4C8MA 4YFUA 3RMBA 4FJIA 2I5JA 4AH9A 2X6NA 4R5PA 3QEIA 3NHGA 3TAEA 1L3SA 4RW6A 1S9GA 3AV9A 3ZSRA 3RR8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU4A 1ZHFA 4J8FA 2Q2RA 2ETHA 1LAVA 4CD3A 1CXQA 1Y8RB 3FXQA 3O9TA 1HNXK 2HOEA 1VRTA 4IXCA 4DW6A 4FSVA 1Y6IA 1GDTA 2LVSA 4OKEA 5CYQA 4KHUA 3JCUC 2OZUA 1OCCH 3DXKB 5AZJA 1FSHA 2CGLA 3SI6A 1BI1A 3OS1A 4F3QA 1PUFA 2JUCA 1K8AO 1C1CA 4G1QA 2ITGA 4DTUA 3SQ4A 1AKHB 3SDGA 4F2RA 4AYBN 2BZTA 5J8CA 1MWKA 2LC2A 4OAYA 4XKBA 2O6GE 4B1VA 2GA2A 4F4KA 3FHNA 5E3NA 4QS7A 2ID3A 3PIPF 2EA4A 4CI6A 2FBIA 1VSJA 3BP8A 4E89A 3HPOA 2ZGZA 1ON2A 4P9UA 3RZDJ 3C2HA 1YW9A 3LSIA 3VOEA 1XC5A 3WXLA 4D7MA 3SQ1A 3FMQA 3OJSA 1PP7U 2QUFA 4DGWB 5E1ZB 3QINA 3BZKA 4EM1A 2AA4A 3O5BA 4DV0K 1VQ8N 3ITHA 2ZE2A 3FDYA 2GA1A 4RMNA 1D3YA 4LG0B 2HPMA 1BOTO 5F04A 1WJCA 2CFXA 2BGGA 4A2AA 4M72A 1NJZA 4BXUA 4CHYA 2HVSA 3VEPA 3CCUN 5GADJ 4CJVA 1EP4A 4AHTA 4CGDA 1MJBA 3FZLA 4CJQA 1IN4A 2EINH 3S32A 1T6CA 4BR0A 2HDCA 4FLWA 4ELTA 3TAMA 3MFKA 3MD2A 5ELZA 4EHUA 4WX9A 1ZELA 2M30A 2IGNA 4PZJA 1HCRA 4HDUA 4OAZA 3G1LA 2IGOA 1E0EA 3ZXSA 2R3SA 2NRVA 3HZ6A 3P83D 4E7KA 1ZR2A 3EZWA 1RC9A 4EEFG 4WQ5A 5HS7A 3PSFA 2H6CA 1BOAA 1MJ9A 5GIPA 1UHSA 4B8CA 1U5TB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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