1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
3DM2A 2BE2A 1L3VA 4KHYA 3IRXA 4DQIA 1JKHA 4CFDA 4C8LA 1LWFA 1WSEA 1TK8A 4JRPA 2PYLA 1RTJA 1TL1A 3VA3A 4CIGA 3SPZA 1VSKA 2XRIA 3DRSA 4EZ9A 2KFNA 3OYFA 3V1RA 4DLGA 5D3GA 4PA1A 3AVCA 3ITHA 3PO4A 2HHTA 1D9FA 1Z26A 3AVIA 3H08A 1LAWA 3P1GA 1RBVA 4FCYA 3V6DA 3HPGA 1HYVA 3TR8A 3IS9A 1JXEA 1S5JA 3LP3A 1JLBA 3WNHA 4YFUA 3K57A 1N6QA 2BGGA 2HHWA 5KI6A 1SL2A 3ZT0A 3CFRA 3OS1A 3TAFA 1C1CA 1U47A 3MAQA 1NK6A 1A5WA 1ZBLA 4CJTA 4OKKA 1NJYA 1T7PA 4AHSA 3KLHA 4FZZA 5KTQA 3M8QA 2XY7A 4CJWA 3V9ZA 3SQ2A 3AVFA 4M3ZA 4B08A 4AHVA 4N76A 2QK9A 1L5UA 1REVA 4I9LA 4CJLA 3NCIA 3CFPA 4FJHA 4DTRA 3ISNC 1NOZA 1O1WA 2X6NA 4FLTA 4W5OA 3NGIA 2IAJA 3K58A 1UA1A 4KAZA 3V81A 3PUFA 2X78A 5KGXA 1TAUA 4ID5A 3HT3A 3NF8A 3ZT3A 1RT4A 1SKRA 3T19A 3AA5X 4R5PA 1KTQA 2OPPA 1DLOA 4LD0A 3RMAA 4FJ8A 2DFFA 3MXMA 1CZBA 2HHQA 1BI4A 1RCHA 4NYFA 3KLEA 4QAGA 4CF0A 3M8SA 4FM0A 4KTWA 1NK7A 1W9HA 4B9UA 3KKRA 4DFPA 3DLBA 5KRTA 4CHQA 4IDKA 4NCGA 4HUFA 2KZMA 2R7YA 1D8YA 3K5NA 3VQ9A 2P1JA 4LSNA 2Q3SA 4O5BA 2G8KA 4FJGA 3PX6A 1GOBA 3NF7A 4FLVA 1HQEA 1YT3A 4DMNA 3NGZA 3LWMA 2DFEA 2FC0A 3QIOA 4KHWA 4Z4FA 1BGXT 3L2QA 4FW2A 3LWLA 1SKSA 2G8UA 4Z4GA 3C94A 2DTUA 1RBTA 3AO4A 1TAQA 2Z1HA 3TAQA 4E19A 5HP1A 4IFVA 1CXUA 1EXQA 1NK5A 1BL3A 4CF2A 4DQQA 4BWMA 4CEAA 4CCHA 4HTUA 4PWDA 3DLRA 1C0UA 4OGEA 2QXFA 1VSDA 3WNEA 1JLQA 3U6FA 4J2DA 3SQ1A 1BI4B 3PO5A 1SL0A 3B6PA 1QS4A 2ATQA 5CZ1A 3S3NA 5J2QA 4O55A 1WSJA 2PY5A 4H8KA 3TI0A 3DOKA 3AO3A 2Z1IA 3LP1A 4DTSA 4IG3A 1RT3A 3VQBA 4E7HA 1T8EA 4NCBA 3HO1A 4O4GA 1F21A 1JL2A 3RRHA 2ETJA 4Z4HA 1L3UA 4HVJA 1VSFA 3RMBA 4FK4A 3K5MA 3PX0A 4KHQA 4DF4A 4XIUA 4DQRA 3CQ8A 5FRMA 2IDOA 2VG5A 2X6SA 3T3FA 3KK3A 3OYMA 1DTQA 4LSLA 5I3UA 2WOMA 1HNIA 4Y1CA 1B92A 1VSHA 4E7LA 1JLAA 2G8FA 2XHBA 3L2WA 3NH0A 3LP0A 4DSKA 1EKEA 1JLGA 1QSYA 3OYBA 3BDPA 1KVAA 3QINA 3U3YA 1S1TA 4F4KA 3QLHA 3KK2A 1UOCA 4FJ9A 2HVHA 2P5OA 3AVGA 4CIFA 4LY7A 3L8BA 4E7JA 5CY4A 1SV5A 1EP4A 5FROA 4OVLA 4CHZA 4CHPA 4CIEA 3CYMA 3HJFA 1NKBA 4B9SA 4FYDA 1TVRA 3AVMA 3MXIA 5HRSA 1T05A 3HXMA 2YNFA 3MEDA 1IG9A 2ZQBA 1HRHA 1B9DA 1S9GA 1WNSA 4AHUA 4F8RA 4KFBA 3QO9A 3OJUA 4Q0BA 2Z1JA 2GBZA 3RRGA 4CHNA 5CZ2A 4CK2A 1X9WA 3OYJA 3ZT4A 1RDBA 3NHGA 1KSPA 1QSLA 3V4IA 4DSJA 3ASMA 4DTNA 3JSMA 3ULDA 1K6YA 2XY5A 3LALA 3S9HA 1TK0A 2RPIA 3ZSOA 4CEZA 1C1AA 1YVUA 5C42A 5SWMA 3OJSA 1NK8A 1QHTA 2JLEA 1KVCA 1KVBA 4CJKA 1FK9A 3SZ2A 4K8XA 4FLXA 4Q5VA 4W5QA 4FLYA 1NJWA 4Z4IA 4FJMA 1RBRA 1G15A 4FK0A 1ASVA 1DTTA 1LW0A 1WSHA 2KW4A 2NUBA 4CEQA 1RTDA 1J5OA 2HMIA 3O3HA 3TARA 4GVMA 1RT7A 2FBVA 4Z4CA 2HW3A 4I9QA 1CLQA 1JLFA 2KTQA 1SL1A 4BWJA 3KTQA 1RT1A 4KB1A 3VQCA 3DYAA 1KLNA 3E01A 3I0SA 3M8PA 4FVMA 2ZE2A 5HRPA 4M3YA 1D5AA 3TABA 1VSMA 4E1NA 1U45A 1X9SA 1C0MA 3DRPA 4OPKA 5J2NA 1U48A 2PYJA 2OYQA 1IH7A 2IS3A 4OKEA 4FW1A 5KGWA 4ELTA 4KB0A 3LPUA 1IKXA 1WAJA 4B8AB 2EX3A 3DRRA 4DFKA 4PQUA 4QOZB 4CK3A 1EX4A 3JYTA 1D9DA 1GOCA 4B9VA 4C8OA 3OS0A 5J2MA 2KQ2A 4OPJA 4E7IA 3KLIA 3V9SA 4DTPA 2EHGA 1RILA 4F2RA 4K8ZA 1BIZA 1QE1A 4LH4A 4CGIA 1J54A 2O4IA 4B9LA 1FXXA 1RT5A 3U3GA 3SYZA 3MEGA 1BIUA 1R0AA 3VA0A 3HM9A 2F8SA 4G1QA 2AJQA 1TKTA 2QKBA 4ZTFA 2X74A 3VQAA 2OZSA 4J2EA 5DMRA 2KFZA 5C25A 4F2SA 4FJ7A 2HHUA 3RMCA 1RBUA 5KRSA 1C6VA 2HNDA 4M45A 4RW4A 3C95A 1FKOA 4RW8A 3AA3A 4Z4EA 3P5JA 3LZIA 4CHYA 3IG1A 3DMJA 3QERA 5E41A 1WAFA 4HUGA 4DG1A 3OYAA 3LAKA 1TKDA 1HJRA 1NK0A 4CJ5A 4EP4A 3TAPA 1JL1A 1S1XA 4FJIA 1ASWA 1JXBA 1X1PA 5HLFA 1TL3A 3SJJA 1VSEA 1RNHA 4CESA 4YNQA 1KFSA 3CG7A 5FDLA 3VQDA 3VQ7A 4DS5A 4DTJA 2E4LA 4BE0A 1CZ9A 1EETA 4I7FA 3AVBA 1ZBHA 4KREA 4DTXA 3I8DA 3NDKA 3QEWA 1U4BA 1L3TA 3AV9A 3V1OA 1ZBFA 1IKYA 1XWLA 4CF9A 2G8WA 3AVKA 3AVJA 3VQ4A 4FJXA 2HHVA 3AVAA 4E7KA 4DQPA 4N5SA 3NH1A 3DI6A 2OZMA 4CHOA 1SKWA 3VQ5A 1IO2A 4JS5A 1JLCA 4F3TA 2YNIA 4GW6A 5FRNA 2VWJA 3QESA 5J2PA 1HPZA 2RN2A 4MQ3A 4PUOA 2OPQA 4FLZA 1S6PA 4ZTJA 1XC9A 1TKXA 2XY8A 1KLMA 4CGHA 1UWBA 4KRFA 4RW7A 4FJKA 3A2FA 4I2PA 2IC3A 2QKKA 3DLKA 3C6TA 4CFAA 4M3XA 2YHBA 1YTUA 4CEFA 2OA8A 4DSIA 3EY1A 1ZBUA 4OGCA 3KD5E 3V9WA 1KRPA 3THVA 1I3AA 3BGRA 2FBXA 2A1RA 4CEBA 3B6OA 3DLHA 4ID1A 4DFMA 4HCBA 2F8TA 4EZ6A 1BISA 3AO5A 1ITGA 4H4MA 4LH5A 2BDPA 1C1BA 1S1WA 4CK1A 1S9EA 2E6MA 3AO1A 3DOLA 5SZTA 3HP6A 2HVIA 4CGJA 3O3GA 4DS4A 2Y1JA 3AO2A 3RR8A 3I0RA 4DTUA 4TSXA 3ZSVA 2XY6A 3QEPA 1BQNA 3OYIA 3HP9A 1RDCA 3V1QA 1VSLA 3VQPA 1BCMA 1ASUA 1LAVA 3D0PA 3AVHA 3L3VA 4N56A 4DLEA 4B9MA 1I39A 3K59A 3SPYA 1QQCA 3SQ0A 4KHNA 2D0AA 2W42A 4FK2A 3L3UA 5K14A 4CECA 1QTMA 4C8KA 1RTIA 2OPRA 1FKPA 4KPYA 4BACA 1NK9A 4BE2A 4QCLA 4W5NA 4FXDA 4HUEA 5JS1A 2VG7A 1WSFA 4UQGA 4ELUA 1XI1A 4FM1A 1YTAA 2G8HA 4DU1A 1RDDA 2ZD1A 3CFOA 3OYEA 1Q8IA 2RF2A 3AA2A 4KTQA 4DU3A 3VN5A 2G8IA 3EZ5A 4CJUA 4BDZA 1HYSA 2RKIA 4HHTA 4BE1A 4DFJA 2OPSA 3KK1A 3QETA 4KO0A 4CF8A 2DFHA 4EP5A 3O3FA 3NBPA 2XO7A 4JRQA 4ELVA 4OLAA 1SUQA 4FJJA 2HHXA 1IKWA 3OYNA 3L2RA 4M42A 4AH9A 1VSJA 3ZSXA 3PX4A 1NJZA 3ZSRA 4AHCA 4CEDA 3C6UA 1MU2A 3CM5A 1JLEA 4IFYA 3OYHA 3SCXA 1S1VA 1BQMA 3P83D 4J2AA 3OYKA 5J1EA 2JGUA 5I42A 3DLEA 4B9TA 3M8RA 2LSNA 4I2QA 3ZSQA 2G8VA 2WONA 3V9XA 4CGFA 3NAEA 4DTOA 4BDPA 4CFBA 3NF9A 3ZT1A 1WSIA 4DU4A 2YV0X 4CF1A 4E3SA 4IKFA 2B4JA 2D5RA 3AVLA 4ICLA 5C24A 4RW9A 3VQ6A 4JLHA 2VG6A 3LZJA 3SNNA 1NOYA 3G10A 4M3TA 3LDSA 4ZHRA 2YHAA 1VSIA 3UIQA 1RT2A 3FFIA 3NF6A 4KKOA 2BANA 3LP2A 1WSGA 2I5JA 3QIPA 4AILC 4O0IA 3RTVA 1J9AA 1S6QA 4CEEA 4CE9A 3KIOA 1HMVA 3OS2A 2B5JA 3KLFA 1WLJA 2HNYA 1UA0A 3QEIA 3QEXA 1HNVA 1NKEA 5HROA 4E89A 3KKSA 4C8NA 1Q9XA 1X9MA 2B6AA 3AVNA 4KI6A 3K2PA 1NK4A 1LV5A 3OVNA 4CJ3A 2P51A 1IKVA 3OYGA 2GV9A 1TGOA 3O4QA 3SI6A 4FM2A 3NFAA 1N5YA 3HSTB 1KFDA 1WN7A 3K5OA 3L2UA 3LPTA 3KLGA 3CM6A 4H4OA 1GOAA 3OYLA 3KJVA 4MFBA 3V9UA 4CEOA 4CJVA 4B9NA 4M3WA 4N47A 3MXJA 3HVRA 1QSSA 3TAMA 4AHTA 3ZSYA 4FJNA 3TAEA 1U04A 4CJSA 1S1UA 4N41A 3T1AA 2FBTA 4CJPA 1LWCA 3F73A 3WNGA 1VK0A 4KHSA 4Z0UA 1A5VA 1BCOA 1VRTA 4E1MA 3NH2A 3NE6A 3TANA 4WE1A 4C8MA 4FZXC 2HHSA 1UAXA 2DY4A 3G0ZA 2D0BA 3SV3A 4CFCA 3HPHA 2YNHA 1TV6A 4RW6A 3SQ4A 3ZSWA 1CXQA 1NJXA 1Q9YA 5HRNA 4CERA 3L2VA 2A1SA 1W0HA 2IOCA 3VQEA 3QNOA 2P5GA 4CJQA 3KD1E 5DK5A 2VWKA 1LW2A 2YKNA 4Y1DA 4W5TA 3RR7A 1VRUA 4FLUA 3PV8A 3HYFA 4M3UA 3HK2A 3AA4A 4B3OA 4CGGA 2KZZA 3D45A 4CJFA 1B9FA 4W5RA 3EYZA 1RDAA 1T03A 1KCFA 1RTHA 3IAYA 5CYQA 5HBMA 4M41A 1Y97A 5HRRA 3K5LA 4DTMA 4HCCA 2FBYA 3ZCMA 4E0DA 1NKCA 1RT6A 2YKMA 5CYMA 4OKJA 4IBNA 3OYCA 4DSEA 2D0CA 4DQSA 3SUNA 4J2BA 3SV4A 3F9KA 4CGDA 4BDYA 2YNGA 4O0JA 1HYZA 1RBSA 4CJRA 2E6LA 2Z1GA 4AHRA 1J53A 2IGIA 1TK5A 3QEVA 5EU7A 3ZT2A 3SUQA 4L8RB 3S3MA 2GUIA 4OJRA 4FZYA 3OY9A 1C0TA 4GMJB 4IG0A 4FJ5A 2O4GA 5JS2A 4DF8A 4DWIA 4FLWA 1XHZA 1L3SA 4KHUA 2ITGA 3WNFA 4NCAA 4NYNA 3PY8A 3RWUA 1ZYQA 4OLBA 4CJ4A 1TKZA 2F96A 3LAMA 3SUOA 1U49A 3MEEA 1XHXA 4B8CA 3LANA 1BHLA 4JS4A 3QNNA 3DLGA 4RG8A 2HNZA 3NGYA 3ZSZA 2PZSA 3ALYA 4DSLA 1Z25A 3HVTA 1ZBIA 4KV8A 4O44A 3HL8A 4KTZA 5T7BA 1A5XA 3MECA 1LWEA 2Y1IA 4CJEA 4F3OA 3SUPA 3RMDA 3O4NA 3S3OA 3TAGA 1HQUA 4FJLA 3VQQA 3OYDA 2HB5A 3VQ8A 3TWHA 4PY5A 4DSFA 4M3RA 4KI4A 3HPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V5GA 2QKMB 2P9PB 1BI0A 2FOKA 3VA3A 5AJ3K 4DLGA 2XHKA 1YW9A 2KIQA 1EWQA 4I02A 4XKCA 1D9FA 3I56I 1VQPN 3AVIA 4DUYK 1RBVA 2UUAK 4M63C 1LDDA 2HHWA 5KI6A 3RKXA 4RLQA 1XNQK 1U5TC 1SD6A 2GELA 3MK6A 1RUNA 4B44A 1U2WA 4WXHA 3ERMA 2DO7A 1O1WA 5EGOB 2BUPA 2HU9A 2XGEA 4A6EA 1G3TA 4PGHA 3RMAA 5L3FA 2IVOA 2YSRA 3KKRA 3K5NA 1OCTC 2L9SA 3AARA 3MMVA 1TAQA 2VL8A 1VF9A 4CCHA 2P9KB 3DU5A 2WV0A 2PY5A 2NS7A 3LP1A 3QYFA 4NCBA 1D0ZA 2HBLA 3M3YJ 4DR5K 3E1SA 2NRAC 1W7PD 3F8FA 3KK3A 3OYMA 4CD1A 2F9TA 2A69F 4XKWA 3HZJA 4FWSA 4OMYA 1YLFA 3U3YA 1O7FA 3CF5F 1U5TA 2ECBA 3HOYJ 1U3EM 3N05A 3I5UA 3SK3A 4EGZA 3O8GA 4AHUA 3G4SI 1RDBA 3K4LA 3V4IA 2FBIA 4ESJA 4I6MA 3OJSA 3Q0VA 4FLXA 2NVYJ 3FKJA 4I9QA 2XGXA 1X1CA 2ISZA 3K7AJ 2JA8J 3ZEUB 4YG2F 3LSRA 2P5VA 3RYPA 5AZJA 1Z3XA 4C8OA 5J2MA 1Z1DA 4IF4A 2KQ2A 3IHUA 5L3BA 1MMGA 3H35A 2EHGA 1E0EA 4CGIA 2ZKZA 2X74A 2EA2A 5DD8A 2L9RA 2HNDA 4XLCA 2ESNA 1MNDA 2Y48A 3R6MA 1WAFA 2BHZA 3MZHA 1JJ2M 1SMTA 3WTXC 4CJ5A 3TAPA 2FNAA 1S1XA 3HBLA 2E4LA 1YJNN 3C3WA 3NDKA 1O7LA 1C0WA 3RTRA 1GLNA 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 3F9K A;  4CGD A;  4BDY A;  2YNG A;  4O0J A;  1HYZ A;  1RBS A;  4CJR A;  2E6L A;  2Z1G A;  4AHR A;  1J53 A;  2IGI A;  1TK5 A;  3QEV A;  5EU7 A;  3ZT2 A;  3SUQ A;  4L8R B;  3S3M A;  2GUI A;  4OJR A;  4FZY A;  3OY9 A;  1C0T A;  4GMJ B;  4IG0 A;  4FJ5 A;  2O4G A;  5JS2 A;  4DF8 A;  4DWI A;  4FLW A;  1XHZ A;  1L3S A;  4KHU A;  2ITG A;  3WNF A;  4NCA A;  4NYN A;  3PY8 A;  3RWU A;  1ZYQ A;  4OLB A;  4CJ4 A;  1TKZ A;  2F96 A;  3LAM A;  3SUO A;  1U49 A;  3MEE A;  1XHX A;  4B8C A;  3LAN A;  1BHL A;  4JS4 A;  3QNN A;  3DLG A;  4RG8 A;  2HNZ A;  3NGY A;  3ZSZ A;  2PZS A;  3ALY A;  4DSL A;  1Z25 A;  3HVT A;  1ZBI A;  4KV8 A;  4O44 A;  3HL8 A;  4KTZ A;  5T7B A;  1A5X A;  3MEC A;  1LWE A;  2Y1I A;  4CJE A;  4F3O A;  3SUP A;  3RMD A;  3O4N A;  3S3O A;  3TAG A;  1HQU A;  4FJL A;  3VQQ A;  3OYD A;  2HB5 A;  3VQ8 A;  3TWH A;  4PY5 A;  4DSF A;  4M3R A;  4KI4 A;  3HPO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V5G A;  2QKM B;  2P9P B;  1BI0 A;  2FOK A;  3VA3 A;  5AJ3 K;  4DLG A;  2XHK A;  1YW9 A;  2KIQ A;  1EWQ A;  4I02 A;  4XKC A;  1D9F A;  3I56 I;  1VQP N;  3AVI A;  4DUY K;  1RBV A;  2UUA K;  4M63 C;  1LDD A;  2HHW A;  5KI6 A;  3RKX A;  4RLQ A;  1XNQ K;  1U5T C;  1SD6 A;  2GEL A;  3MK6 A;  1RUN A;  4B44 A;  1U2W A;  4WXH A;  3ERM A;  2DO7 A;  1O1W A;  5EGO B;  2BUP A;  2HU9 A;  2XGE A;  4A6E A;  1G3T A;  4PGH A;  3RMA A;  5L3F A;  2IVO A;  2YSR A;  3KKR A;  3K5N A;  1OCT C;  2L9S A;  3AAR A;  3MMV A;  1TAQ A;  2VL8 A;  1VF9 A;  4CCH A;  2P9K B;  3DU5 A;  2WV0 A;  2PY5 A;  2NS7 A;  3LP1 A;  3QYF A;  4NCB A;  1D0Z A;  2HBL A;  3M3Y J;  4DR5 K;  3E1S A;  2NRA C;  1W7P D;  3F8F A;  3KK3 A;  3OYM A;  4CD1 A;  2F9T A;  2A69 F;  4XKW A;  3HZJ A;  4FWS A;  4OMY A;  1YLF A;  3U3Y A;  1O7F A;  3CF5 F;  1U5T A;  2ECB A;  3HOY J;  1U3E M;  3N05 A;  3I5U A;  3SK3 A;  4EGZ A;  3O8G A;  4AHU A;  3G4S I;  1RDB A;  3K4L A;  3V4I A;  2FBI A;  4ESJ A;  4I6M A;  3OJS A;  3Q0V A;  4FLX A;  2NVY J;  3FKJ A;  4I9Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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