1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
3QNNA 4Z4IA 3AO1A 1BISA 3JYTA 4IKFA 4FXDA 4FJMA 3NF9A 4ID1A 3QEVA 2ATQA 4FLVA 5HRSA 3AVFA 4FJLA 2YKNA 4CEOA 4J2BA 1QSLA 4KRFA 4W5NA 4Z4HA 1U47A 4CIFA 4FCYA 1RT5A 4DFMA 1WNSA 1TVRA 4UQGA 3SNNA 2EHGA 2GBZA 1YTAA 4Y1CA 1JXBA 1Y97A 1HQUA 4KHUA 1WAJA 2Y1JA 2OZSA 4CE9A 1ASUA 2HNYA 2VG7A 5C24A 2OYQA 2G8VA 4IG0A 3NCIA 4KPYA 3C94A 3P1GA 3KK3A 4BDZA 1L3SA 2KFZA 4OPKA 3DOLA 2BANA 4B9SA 4KHNA 4MQ3A 4CF2A 3AA5X 3NGZA 3OYGA 2YHAA 2IOCA 3WNHA 4N41A 3RMBA 1QSYA 2BE2A 4NCGA 1S6QA 3T1AA 1TGOA 1NK9A 5EU7A 5FROA 3PX6A 4HUFA 2PZSA 3QEPA 3VQQA 2HHWA 1C1AA 3OYIA 4DTOA 4FW2A 3KD5E 4RW7A 4DTRA 3TAEA 4PWDA 3ALYA 1BHLA 1A5WA 4I9LA 4FJIA 4M3TA 3B6PA 1BQNA 1X9MA 4FK4A 1WN7A 3OVNA 1RT1A 1KLNA 3QEXA 3AVHA 5K14A 4DSIA 4IG3A 3ASMA 3K59A 2OPRA 4FK0A 1RT4A 4CF8A 1WSGA 2XY7A 4CERA 3H08A 4DU4A 1C0UA 3OYFA 4CGHA 2JLEA 2O4GA 1RTDA 3G10A 3OYAA 4F2RA 4RW6A 4QAGA 1U49A 3VQBA 5HBMA 2B4JA 4OKJA 2ITGA 4PUOA 3SZ2A 1SKWA 5SWMA 4B9LA 4RG8A 4OLBA 3WNGA 4KO0A 1VSIA 3V1QA 5SZTA 1XHZA 3P5JA 2B6AA 5CY4A 3VQCA 4CK2A 1JLQA 3K5OA 2DY4A 4EP4A 3SJJA 4ZHRA 3ISNC 4E19A 1LW2A 1I3AA 2OA8A 4LD0A 1HYSA 3PX0A 2XRIA 3K5NA 1U45A 4YFUA 3HVRA 3M8SA 3PO5A 1HPZA 1CLQA 3LWLA 5CZ1A 3M8PA 3TANA 2P51A 3ZSQA 1BCOA 1NJYA 4F4KA 3KLEA 4LSLA 5CZ2A 4C8OA 1IG9A 1JLAA 4E1NA 4CFCA 1ITGA 3OYNA 1WSHA 3HPGA 4FJ8A 2XY8A 3NFAA 3NF6A 3ZT0A 3OYBA 2KTQA 4IFVA 3V6DA 3HPHA 1TKXA 3U6FA 3CFOA 4KFBA 3OY9A 3F73A 1LWCA 5FRMA 3LWMA 2A1RA 1HQEA 1KFSA 3S9HA 1W9HA 4O55A 3HP9A 2GUIA 3OYHA 4CFAA 5DMRA 3VQ8A 4BE0A 4O5BA 1SL2A 3C95A 4M42A 4KTWA 2E6LA 4EP5A 3CFRA 4FLWA 1TK0A 1KSPA 4KHQA 1IKWA 4AH9A 5KI6A 4B8AB 1K6YA 2X6NA 4ICLA 1C6VA 1WSFA 4IFYA 1NJWA 4O0JA 5HRPA 3HXMA 1BI4A 4F3OA 3OYJA 3LP2A 3LZJA 2IAJA 4DF4A 4FJJA 1VK0A 2EX3A 2G8HA 1UA0A 1KVAA 3VQDA 1S1UA 1R0AA 1X9SA 1J5OA 1D9DA 3AVNA 3PY8A 4F2SA 3LAMA 1D5AA 5KGWA 3RRGA 1ZBLA 1NJXA 2P5OA 1EXQA 3ZSOA 4CJPA 1GOAA 3CM5A 4ZTFA 4NYNA 2YKMA 1U4BA 5J2MA 3PO4A 3QNOA 1TL1A 1BCMA 4DSEA 3V81A 1HYZA 1JLCA 3VQ7A 2HHXA 4CJ4A 4CIGA 3SPYA 1CXQA 4ELUA 1UAXA 3KLGA 3K57A 4FVMA 3HO1A 3IS9A 4FW1A 1NK7A 2FC0A 2FBTA 3SUPA 3U3YA 1CZBA 2HMIA 4KB1A 4CJWA 2AJQA 3OJSA 4H8KA 1HRHA 3NF7A 1XWLA 4LSNA 5HRNA 3RRHA 4B9MA 3DYAA 3NGIA 2X6SA 3NBPA 5HROA 4J2AA 4W5RA 4FJXA 4FM2A 1RT2A 1SL0A 1B9DA 4FLYA 3DRSA 2FBYA 4I2QA 3NH2A 4NCAA 4DSJA 5DK5A 4CF0A 3TARA 3LP3A 4BWJA 4DS4A 2VG5A 3OYDA 1SL1A 1EETA 1IH7A 4PY5A 2PYLA 2HW3A 1VRUA 4LY7A 4Y1DA 3L2WA 2KZMA 1J54A 3SUNA 4C8LA 3TAFA 4XIUA 1QSSA 1BIUA 1KTQA 3RMAA 2HVIA 4OKEA 3DLEA 2XHBA 1JXEA 4OGCA 4B8CA 3L8BA 3V9XA 5JS2A 2A1SA 4CFBA 1UOCA 1Z26A 3C6TA 4DFKA 3CFPA 1TAQA 1KCFA 3IG1A 4K8XA 1VRTA 3ZT1A 4E7KA 1RTJA 3DLKA 2I5JA 3ZCMA 1JLEA 4RW4A 1S1WA 1LV5A 2OPSA 1Q8IA 2X74A 1S1XA 4BACA 3HSTB 4B3OA 1EP4A 4FZZA 1C0MA 3NF8A 3NH0A 3KD1E 1FKOA 4DLGA 3IRXA 3AVCA 2YNHA 1ZBFA 2ETJA 1T05A 3O3GA 4HCBA 4AHUA 1S9GA 4DG1A 1T7PA 2QK9A 4CFDA 1HJRA 3L3VA 2F96A 1WSIA 4NYFA 3SCXA 1S6PA 4CHZA 4CEQA 3SPZA 1VSDA 1RDDA 4OKKA 1NOYA 2QKKA 1VSMA 4B9NA 1BQMA 1N5YA 5FRNA 1KFDA 2Z1HA 3LAKA 1KRPA 2P5GA 4ID5A 2RF2A 4CJ3A 2DFFA 3U3GA 3HT3A 1CZ9A 1VSFA 2D0BA 2ZQBA 1XC9A 1C1BA 1VSHA 4F3TA 3DRPA 5KRSA 4OPJA 3KK1A 4AHTA 2G8IA 3QIOA 3O3HA 3K2PA 3OS0A 1RT7A 5C42A 1KVCA 3HL8A 3NGYA 3S3NA 1T8EA 4E7JA 4BE1A 3MEEA 3V4IA 4FJKA 2HHSA 3SI6A 4AILC 5HLFA 4DQIA 4FLXA 3QINA 3AA2A 3VQ5A 1D8YA 4W5QA 1DLOA 1WAFA 3O4QA 3NE6A 2Z1JA 1RBRA 1TL3A 2RPIA 3E01A 2YV0X 4M3RA 4ELTA 4CJLA 2WONA 1RDAA 4CJRA 3RTVA 4QCLA 2OPQA 4E7IA 1SUQA 1MU2A 4JLHA 3CG7A 1HMVA 4N47A 3SQ2A 4M3XA 3ZSWA 4DTJA 2JGUA 4CIEA 2E4LA 4QOZB 4CJFA 1LAWA 1VSJA 4GMJB 3CQ8A 1CXUA 3TAMA 4DLEA 1JL1A 1RBTA 1JLBA 3QEWA 2Y1IA 4KREA 4CGFA 3OS1A 4CESA 4CHNA 3ITHA 3LZIA 3AA4A 4W5OA 1BL3A 1XHXA 4GVMA 1B9FA 3KKRA 4OVLA 5HP1A 5I42A 1SKRA 4KB0A 3ZSXA 4FLZA 3SYZA 3NAEA 1C1CA 5HRRA 4L8RB 1IKVA 4Z4FA 4DTMA 3HPOA 3OYLA 4CF1A 3SQ0A 3MEDA 4Z0UA 4CEEA 3AVAA 3JSMA 1L3UA 4FJ7A 1WLJA 4FJ9A 1T03A 4FJHA 4DSLA 4K8ZA 4DQRA 3PV8A 3LP1A 4I7FA 1UA1A 4O0IA 2ZE2A 3I0SA 3OYCA 2BGGA 1EX4A 4C8MA 3HM9A 1Q9YA 2HNDA 2HVHA 4DU1A 1RNHA 3MAQA 2G8UA 1DTQA 3ZSYA 4B9UA 4I9QA 3QLHA 4CEZA 1I39A 4FJNA 1TKTA 4KHSA 1UWBA 3RR7A 3AVBA 2YNGA 1VSEA 3AO4A 3LPUA 2YNFA 2PYJA 4B9TA 2FBXA 2VWJA 1NKBA 3RMCA 3KLFA 4FZXC 3LANA 1F21A 1S1TA 2Z1IA 4AHCA 2XO7A 4FLUA 1BGXT 4CJEA 4CGIA 3V9UA 2O4IA 3QIPA 4CCHA 3DLHA 4N76A 3TAGA 3VN5A 4HUGA 4AHRA 2IDOA 1D9FA 1FKPA 2IS3A 3MECA 3TR8A 1NK8A 2G8FA 4M3YA 5D3GA 4PQUA 4DQPA 3DLGA 3AVMA 4DS5A 4J2EA 5I3UA 4JS5A 3LDSA 3RR8A 2FBVA 3C6UA 4DTNA 2Q3SA 1TK5A 1BI4B 4MFBA 1KVBA 2VWKA 4CHPA 3MXMA 1L3VA 3VQAA 4H4OA 4HUEA 4OJRA 4DFJA 3RWUA 5KRTA 3S3MA 1YTUA 2XY6A 5FDLA 1RBUA 1RBVA 5KGXA 4C8NA 3SUQA 2F8SA 4CJSA 1C0TA 4CEDA 2OPPA 2KQ2A 1JLFA 4CK1A 4CF9A 3IAYA 4FYDA 3DLBA 4F8RA 1RT6A 2HNZA 3SUOA 4DQSA 2RKIA 5J2PA 1VSLA 3KLIA 1RTHA 3K58A 3UIQA 4J2DA 1TK8A 2B5JA 2KW4A 4DSKA 4DFPA 2DFHA 2KZZA 3T3FA 3SV4A 1L3TA 1LAVA 1X1PA 3VQ9A 4DMNA 1HNVA 2HHUA 2VG6A 3OYKA 4E7HA 3VQ4A 4HVJA 4CGGA 3T19A 3S3OA 3V9ZA 3HVTA 3KTQA 4DSFA 2G8WA 4IBNA 1FK9A 4DTXA 4OGEA 1HYVA 4DTUA 5CYQA 3ZT4A 2RN2A 1TKZA 3RMDA 3AVIA 1LWEA 3DM2A 3MXJA 4HHTA 1LW0A 4CJQA 3HP6A 4E0DA 1JLGA 1A5VA 2IC3A 4BDPA 4BWMA 1NOZA 2NUBA 3A2FA 4CHQA 1ZBIA 1Q9XA 2HHQA 4PA1A 5J2QA 2HB5A 1RCHA 4M3ZA 3DMJA 3L3UA 4AHVA 4CGJA 1NKCA 1A5XA 3KIOA 3CYMA 3SV3A 1U48A 3SQ4A 4ELVA 1S9EA 1WSJA 4M3WA 1JL2A 2GV9A 3K5MA 2G8KA 3DLRA 1B92A 3TABA 3QO9A 4ZTJA 1RILA 4N5SA 4G1QA 4CECA 3MXIA 1BIZA 4M41A 5C25A 2QXFA 2LSNA 3KLHA 2HHVA 1GOBA 4E7LA 3O4NA 3D0PA 3VQPA 3VA0A 3FFIA 1YVUA 4RW9A 1VSKA 3PX4A 4N56A 3AA3A 4E3SA 1JKHA 3ZSVA 2PY5A 3DOKA 2DFEA 1RDCA 1RT3A 3VQ6A 3LPTA 1QE1A 3HYFA 4CJVA 4R5PA 4DU3A 3L2RA 4FK2A 1J9AA 4Z4EA 4CEFA 2D0AA 1Z25A 2WOMA 3TAQA 4AHSA 4JS4A 1NK4A 3DRRA 4E89A 2BDPA 1QS4A 1QTMA 3P83D 1REVA 1NKEA 4KTZA 3V1RA 1TAUA 1RDBA 3QEIA 3O3FA 3QETA 2W42A 1ZBUA 4EZ6A 4Z4CA 3AV9A 4KV8A 1NK0A 1ASVA 4CJTA 3F9KA 2F8TA 4BDYA 3I0RA 5E41A 4KAZA 1W0HA 3CM6A 1NK5A 2YHBA 3NDKA 1J53A 2D5RA 3AVJA 3L2UA 3V9SA 3ZT3A 1LWFA 3TI0A 3PUFA 4CGDA 4E1MA 4JRQA 1ZBHA 1G15A 3EYZA 3KJVA 4KTQA 4B08A 1ZYQA 3OYEA 4CHOA 2IGIA 2HHTA 2QKBA 4FM1A 4KKOA 4CJKA 3B6OA 2R7YA 3LALA 4GW6A 1RTIA 3AO3A 4BE2A 3OS2A 1TV6A 3EZ5A 2XY5A 4FZYA 3AO5A 1WSEA 4H4MA 4I2PA 5T7BA 2ZD1A 4CHYA 3OYMA 3NHGA 3G0ZA 3TWHA 4DWIA 2KFNA 5J1EA 3M8RA 1IO2A 3L2VA 2DTUA 1EKEA 4WE1A 3V1OA 4CJUA 1L5UA 2X78A 4FJ5A 2Z1GA 3QESA 4DQQA 4IDKA 4CEBA 4W5TA 1NK6A 3SQ1A 3HK2A 3L2QA 1NJZA 4TSXA 2D0CA 1XI1A 1X9WA 1RBSA 1SV5A 1YT3A 1ASWA 1O1WA 1TKDA 3BDPA 2YNIA 3M8QA 4HCCA 4NCBA 4Q0BA 4LH5A 4JRPA 4FM0A 2OZMA 3AVKA 3MEGA 3V9WA 3AO2A 5CYMA 3WNEA 5KTQA 1DTTA 4C8KA 3TAPA 3ZSRA 3QERA 1U04A 3D45A 1FXXA 1N6QA 4OLAA 4KI4A 3AVLA 3DI6A 4FJGA 4M3UA 3OJUA 4Q5VA 4DTPA 4RW8A 3NH1A 1QHTA 3HJFA 1S5JA 3BGRA 3ZT2A 4CEAA 4CJ5A 3KK2A 1KLMA 3AVGA 3WNFA 3K5LA 3VA3A 4Z4GA 4LH4A 4FLTA 4B9VA 4KHWA 4DF8A 4DTSA 2E6MA 3THVA 4EZ9A 5JS1A 1IKXA 4YNQA 1HNIA 3KKSA 3LP0A 4M45A 4KI6A 4KHYA 1SKSA 3VQEA 3EY1A 4O44A 3I8DA 1QQCA 3ULDA 1GOCA 4CK3A 1IKYA 5J2NA 1S1VA 3ZSZA 2P1JA 4HTUA 4O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q0VA 4Z4IA 3VDXA 4ID1A 2NNYA 4FJLA 2YKNA 4OU0A 1UG2A 1LDDA 3RDIA 2G8VA 4ZH4F 3C94A 1ETOA 5AQZA 3CCSN 1E3MA 3NGZA 4BR7A 2ZKZA 4RDUA 2WC9A 2EV5A 5LL6Z 2W7NA 3AFHA 3CCVI 2O8FA 1RT1A 3PNYA 4CBUA 4S04A 4XRFA 1TUYA 3QMLA 2ITGA 3WNGA 3VWBA 4CK2A 3F8CA 1U2WA 3ML6A 2HBKA 5L3BA 2VONA 1YJNN 1YITN 1T8IA 3LA2A 1N75A 1JLAA 5CKTA 1ACIA 3EEQA 3C7JA 4LFCK 3HPHA 1IBKK 4V19K 1VZ0A 5FRMA 1HQEA 5AQKA 1KFSA 3RSNA 3HUGA 2O0YA 4M42A 3GWZA 5KI6A 3CCLN 1Y64A 4MTDA 2CQQA 3OYJA 3W2VA 2HDCA 2A69F 5GAHP 3AKZA 3VQDA 1S72I 9ANTA 1B8IB 2LLKA 4B3SK 4UHTA 1ZBLA 4YG2F 4HF1A 3QNOA 1Z7UA 1CGPA 4CJ4A 2JA2A 2CV2A 4U87A 1K9MO 1ATNA 2B9SA 2DXIA 2D1KA 4HQMA 4A6DA 1I50J 4E4HA 1JTYA 2E1CA 3S41A 3ZP5A 2RHKA 1T6DA 1NU0A 4LY7A 3H3UA 3TAFA 4U67L 4B1XB 1MH4A 3HM8A 1Z26A 1O4XA 4PSWA 2E36A 3CMYA 4HOBA 4JK1X 1W2BM 3ZCMA 5AQWA 4FZZA 3K2AA 3QFPA 1FKOA 2QCOA 1ERDA 5KK1A 2QZ8A 5IT9K 5EEGA 1TUUA 3K4LA 3TKYA 3D2EA 1C0GA 1Q18A 4H5WA 3IC7A 3D7EO 3ISPA 4N4OB 3P9KA 3CJNA 4FLXA 2VBZA 2LK2A 3BEXA 3GCMA 3QP5A 4XK4A 2IAIA 4OAYA 1SUQA 4JLHA 2BV6A 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 1NJZ A;  4TSX A;  2D0C A;  1XI1 A;  1X9W A;  1RBS A;  1SV5 A;  1YT3 A;  1ASW A;  1O1W A;  1TKD A;  3BDP A;  2YNI A;  3M8Q A;  4HCC A;  4NCB A;  4Q0B A;  4LH5 A;  4JRP A;  4FM0 A;  2OZM A;  3AVK A;  3MEG A;  3V9W A;  3AO2 A;  5CYM A;  3WNE A;  5KTQ A;  1DTT A;  4C8K A;  3TAP A;  3ZSR A;  3QER A;  1U04 A;  3D45 A;  1FXX A;  1N6Q A;  4OLA A;  4KI4 A;  3AVL A;  3DI6 A;  4FJG A;  4M3U A;  3OJU A;  4Q5V A;  4DTP A;  4RW8 A;  3NH1 A;  1QHT A;  3HJF A;  1S5J A;  3BGR A;  3ZT2 A;  4CEA A;  4CJ5 A;  3KK2 A;  1KLM A;  3AVG A;  3WNF A;  3K5L A;  3VA3 A;  4Z4G A;  4LH4 A;  4FLT A;  4B9V A;  4KHW A;  4DF8 A;  4DTS A;  2E6M A;  3THV A;  4EZ9 A;  5JS1 A;  1IKX A;  4YNQ A;  1HNI A;  3KKS A;  3LP0 A;  4M45 A;  4KI6 A;  4KHY A;  1SKS A;  3VQE A;  3EY1 A;  4O44 A;  3I8D A;  1QQC A;  3ULD A;  1GOC A;  4CK3 A;  1IKY A;  5J2N A;  1S1V A;  3ZSZ A;  2P1J A;  4HTU A;  4O4G A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3Q0V A;  4Z4I A;  3VDX A;  4ID1 A;  2NNY A;  4FJL A;  2YKN A;  4OU0 A;  1UG2 A;  1LDD A;  3RDI A;  2G8V A;  4ZH4 F;  3C94 A;  1ETO A;  5AQZ A;  3CCS N;  1E3M A;  3NGZ A;  4BR7 A;  2ZKZ A;  4RDU A;  2WC9 A;  2EV5 A;  5LL6 Z;  2W7N A;  3AFH A;  3CCV I;  2O8F A;  1RT1 A;  3PNY A;  4CBU A;  4S04 A;  4XRF A;  1TUY A;  3QML A;  2ITG A;  3WNG A;  3VWB A;  4CK2 A;  3F8C A;  1U2W A;  3ML6 A;  2HBK A;  5L3B A;  2VON A;  1YJN N;  1YIT N;  1T8I A;  3LA2 A;  1N75 A;  1JLA A;  5CKT A;  1ACI A;  3EEQ A;  3C7J A;  4LFC K;  3HPH A;  1IBK K;  4V19 K;  1VZ0 A;  5FRM A;  1HQE A;  5AQK A;  1KFS A;  3RSN A;  3HUG A;  2O0Y A;  4M42 A;  3GWZ A;  5KI6 A;  3CCL N;  1Y64 A;  4MTD A;  2CQQ A;  3OYJ A;  3W2V A;  2HDC A;  2A69 F;  5GAH P;  3AKZ A;  3VQD A;  1S72 I;  9ANT A;  1B8I B;  2LLK A;  4B3S K;  4UHT A;  1ZBL A;  4YG2 F;  4HF1 A;  3QNO A;  1Z7U A;  1CGP A;  4CJ4 A;  2JA2 A;  2CV2 A;  4U87 A;  1K9M O;  1ATN A;  2B9S A;  2DXI A;  2D1K A;  4HQM A;  4A6D A;  1I50 J;  4E4H A;  1JTY A;  2E1C A;  3S41 A;  3ZP5 A;  2RHK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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