1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
4JLHA 4GW6A 2Y1IA 3EY1A 1RDBA 4DTMA 1QE1A 5HBMA 4AHSA 3O3HA 4W5TA 1EP4A 2AJQA 3I0SA 5CZ2A 4IKFA 3KK3A 4IBNA 2HNYA 3RTVA 2YKMA 4KO0A 4CCHA 4FJIA 1RNHA 2FBXA 4O0IA 5CYMA 2PYJA 3O3FA 1TK5A 2YNIA 2KZZA 4FM1A 3G0ZA 1RDAA 3NF8A 4N47A 2DFEA 2ITGA 4OLAA 3AA5X 3CFOA 3DRSA 4RW8A 3AA2A 4CF1A 5DK5A 3VQ8A 3JSMA 4DU3A 1HYZA 4CJ3A 1DTQA 4CGIA 4Y1CA 3PO4A 2D0CA 4W5NA 2Q3SA 3LANA 3T19A 5HRSA 3U3GA 3NH0A 3OYEA 1LWFA 3HP9A 2G8HA 3DOKA 3NF9A 5SWMA 3U6FA 1NK7A 4J2EA 3QERA 1KCFA 1IKXA 2YV0X 3AO5A 2P5OA 3HL8A 2BANA 3QEXA 4E7JA 1SKSA 3LP1A 4FJLA 3DLKA 3NGYA 4O55A 1LV5A 1D9DA 4F3TA 4CK1A 4HCCA 4PQUA 1ASUA 3AO2A 4CHNA 1QSLA 4DU4A 1IG9A 2YHBA 3AA4A 1RDCA 4KKOA 1VRTA 3VN5A 4E19A 4LD0A 1KVCA 3SV3A 4FJMA 4C8MA 2P5GA 1C0UA 1Z25A 1S9GA 1JLCA 1TAQA 3OS1A 4DTSA 4DFKA 4ZTFA 1KVAA 2VWKA 1BGXT 4DF4A 1Y97A 4E7KA 3U3YA 1U47A 3OVNA 3V1QA 2RPIA 1S1VA 1WSEA 1A5WA 3KLIA 4AHVA 3OYNA 1KFSA 4HCBA 4Z4EA 3FFIA 4FJXA 4JRPA 4KHYA 3SUOA 3QNNA 4RW7A 4KHNA 3G10A 1NOZA 1C1AA 3NDKA 4CEFA 4C8NA 3VQDA 4UQGA 3ULDA 4Z4GA 4KTZA 3QNOA 4KAZA 4IFYA 3QIPA 3S3MA 3D45A 1IO2A 4CGHA 4DSJA 2HW3A 1I3AA 1BIZA 1EX4A 4CJEA 4R5PA 2FBTA 3QO9A 4B8CA 1RT5A 4DSKA 2G8WA 4Q5VA 5FROA 3RRGA 1JLQA 1NJZA 1A5VA 1HNVA 1BIUA 3CG7A 4JS5A 1XC9A 3NFAA 4DS4A 2XY7A 1X9SA 4DSLA 3V81A 4DG1A 5KGXA 1JLBA 3QIOA 1B92A 3VQAA 1HMVA 5HRRA 4DLEA 2VG7A 3ISNC 3V9ZA 1NK4A 1BI4B 3RRHA 1EXQA 3SPZA 1A5XA 1HYVA 3L3VA 3IAYA 1WSGA 4RG8A 3RMBA 4BACA 1ZYQA 4DS5A 3NH2A 4NCBA 3SV4A 4L8RB 5HLFA 4KHWA 4HUEA 4OKEA 1L3VA 4CF9A 4F3OA 1DTTA 4AILC 3QETA 4DMNA 1SKWA 1TL3A 3HPHA 1RTIA 2HHSA 4I2PA 3WNEA 1UA1A 4J2DA 5HP1A 1G15A 3NAEA 1B9FA 4CF0A 3HVTA 2HNZA 2ZD1A 1HQEA 1LWCA 3SQ2A 4AHRA 1IKWA 3TAEA 1WSHA 3L2VA 1RBVA 2GV9A 1RBSA 4CJFA 3KLGA 1VSHA 3AVGA 4FLWA 3SPYA 4CEOA 3O4NA 3DLGA 3LAKA 1XI1A 1S6QA 4HVJA 4FJNA 4H8KA 1RDDA 1TKZA 1S1WA 5J2QA 1QHTA 4J2AA 2BGGA 3SJJA 1RT3A 3MEEA 4FM0A 3M8RA 4KTQA 4FJJA 2P51A 3IG1A 3VQBA 3NH1A 4LY7A 3LWMA 2G8UA 2W42A 1L3TA 1B9DA 3TARA 1TVRA 3WNHA 4I2QA 4E1MA 4CECA 1U04A 3MECA 3HP6A 4DQRA 4FZZA 4C8OA 4AH9A 2KFZA 3M8PA 3I8DA 3PUFA 1NJYA 5KTQA 2FBYA 2XO7A 3CFRA 2QKKA 4KB1A 3HM9A 1TV6A 1UOCA 4DTJA 3DRRA 4CJQA 4DU1A 4OPKA 4OKJA 4LSNA 4F8RA 2OPRA 4KI6A 1KSPA 4FJ7A 3RMCA 4FXDA 4DSFA 4CHOA 4B9LA 1KRPA 2B4JA 4CHQA 3HO1A 4B9VA 2HHWA 3ZCMA 4FJ9A 1HYSA 2OYQA 4KRFA 1TKDA 3LZIA 1UA0A 1HJRA 3KD1E 5C24A 1ZBFA 1SUQA 4I9LA 4OGCA 4B9TA 3CYMA 1HNIA 4M45A 4B8AB 3MXIA 1U4BA 4Z4CA 1KLNA 2OPSA 3AVAA 1X9WA 4BWJA 3K2PA 1KTQA 5DMRA 4CK3A 2HHTA 1I39A 1RT1A 1GOBA 1JXBA 2D0BA 5KI6A 4FJGA 2PYLA 1WAFA 3H08A 4CHZA 2R7YA 3DMJA 3OYLA 2OPQA 3SQ1A 1RBUA 4Z4HA 4FJ5A 3S9HA 3SYZA 4DQQA 3WNGA 4HUFA 2F8SA 3LP0A 4IFVA 4YNQA 3I0RA 3LWLA 4N5SA 3QEWA 3DOLA 3QEIA 4B9SA 3SQ0A 4NCAA 3P5JA 1KLMA 2KFNA 3V6DA 3K59A 3SCXA 4CF2A 5KGWA 4W5RA 1CLQA 2FBVA 3L2UA 2E6MA 2Y1JA 1VRUA 4O5BA 3CFPA 1ZBHA 3HK2A 4I7FA 3LZJA 1S5JA 1T7PA 1C0TA 1X9MA 3T3FA 1F21A 4DTOA 3L8BA 1NK0A 2GUIA 1XHXA 4OGEA 4DFMA 2HNDA 3ZSRA 3RR8A 2PY5A 4B9MA 2E4LA 2HHQA 1WSJA 2JLEA 4Y1DA 3C94A 3ZSXA 1CXQA 5HRNA 3RMDA 3DLHA 3AV9A 4B3OA 4OPJA 3AVCA 4ID5A 4CEAA 1JLGA 1VSJA 4CJUA 3K5MA 4FVMA 5FDLA 4CEQA 3AO1A 3HVRA 3PX4A 4QCLA 2Z1GA 3E01A 3LDSA 1RTJA 4KHQA 4M3TA 1S1XA 2EHGA 5JS1A 4EZ9A 2RKIA 3VQ4A 1D8YA 2IDOA 3KTQA 3VQEA 4FLTA 4DSEA 4KI4A 1D5AA 3IRXA 3ZSQA 3AO3A 3WNFA 3EYZA 3ASMA 2HVIA 2X74A 1NK9A 3T1AA 1NJXA 1O1WA 4FYDA 1RILA 2IGIA 4FZXC 4J2BA 1IKVA 1T8EA 1N6QA 4XIUA 3QESA 3OJSA 5I3UA 1SL1A 4OLBA 2F96A 3C6UA 2QK9A 3LPUA 2B5JA 2BE2A 3AVKA 4K8ZA 1WAJA 1KVBA 4OJRA 1SL0A 4AHTA 3D0PA 4CESA 5C25A 1NOYA 3PY8A 2PZSA 5KRSA 1NKBA 4CJPA 4BDZA 4BWMA 4CFCA 2O4GA 1ZBUA 2YNFA 5EU7A 3NGIA 1CXUA 2OA8A 4CJVA 4DTRA 1NKEA 1T03A 3K5OA 3OYMA 4BE0A 4CJ5A 3VQ7A 4TSXA 3TR8A 3V9XA 3VQ9A 2KZMA 4W5OA 1BI4A 1VK0A 1JL1A 4DQIA 1RBTA 4EP5A 3F73A 3MEDA 2HHXA 3O3GA 4FLYA 3AVMA 1L3SA 1UWBA 4C8LA 1U48A 4N56A 4CJSA 3DM2A 4PA1A 3QEVA 2B6AA 5JS2A 4FJHA 3TAMA 1NK6A 5KRTA 2DY4A 3SUQA 1TL1A 4CHPA 1J9AA 1TK8A 1BCOA 5J2NA 4KHSA 4LH4A 2O4IA 1XHZA 4Q0BA 4RW6A 3NHGA 1FKPA 4F2RA 4F4KA 3NE6A 1WSFA 4C8KA 3P83D 4DFPA 3KKRA 4WE1A 3QINA 4GMJB 2JGUA 5J2MA 4CGJA 4FLXA 1C6VA 4FLVA 3AA3A 3ZSOA 3TAQA 3BGRA 4FW1A 2X78A 1DLOA 3KLEA 4FK4A 5J1EA 3NBPA 1X1PA 1ASWA 1REVA 4KPYA 3LP3A 3LP2A 2XY6A 1SKRA 2DFFA 4MFBA 4BE1A 3C95A 3ALYA 5K14A 4E89A 3OYKA 3TAGA 1YTUA 3AVJA 4FM2A 3P1GA 2XHBA 4KB0A 3OYBA 1BHLA 3VA0A 3HYFA 1L5UA 4M41A 4O44A 3LALA 4YFUA 4IG0A 3LPTA 3JYTA 3V9UA 1GOAA 1BCMA 4CHYA 3AVFA 3PX0A 3OYHA 1JLEA 1BISA 2RF2A 1QSSA 2DFHA 3DYAA 2VG6A 3OS2A 3VA3A 4FK0A 3S3NA 4ID1A 3KJVA 3CM6A 4DLGA 1JL2A 3ZSWA 1IH7A 4CIGA 1GOCA 4LH5A 4FLUA 2RN2A 3OYGA 3KIOA 3ZT2A 4E3SA 3SUPA 2KQ2A 3SI6A 4PY5A 3OY9A 2DTUA 3OYIA 3VQ5A 3PO5A 4JS4A 1LAWA 2GBZA 4KFBA 4KV8A 4NYFA 4OVLA 3VQCA 3ZT3A 3ZT4A 4DQSA 3RR7A 4Z4FA 4CJTA 4FZYA 4ZHRA 4CEBA 3V1OA 3V9SA 3DLBA 4HTUA 3KD5E 1T05A 1MU2A 3L2WA 4FK2A 3QEPA 4DSIA 3CM5A 4CJLA 4PWDA 1NK5A 1JKHA 4E7HA 1IKYA 1S1UA 3PX6A 5CYQA 3AO4A 4FCYA 1YVUA 2OZMA 4PUOA 4RW4A 1EKEA 3V1RA 4O4GA 3NCIA 3MEGA 1ZBIA 3ZT0A 4CGFA 2G8IA 4DQPA 1JLAA 1FK9A 1YT3A 1ITGA 3K57A 4M3XA 4E7IA 4KREA 3VQPA 4G1QA 1K6YA 1YTAA 2A1SA 1TGOA 1L3UA 4BDPA 4F2SA 5CZ1A 3K5LA 3L2QA 3TAPA 2Z1JA 3L3UA 2F8TA 1ZBLA 3C6TA 4M3YA 4CGDA 3PV8A 2QXFA 3ZT1A 4CJKA 3KK1A 1KFDA 1CZ9A 4KTWA 4Z0UA 3TANA 3THVA 4O0JA 3V9WA 3M8SA 1RCHA 2ATQA 3ZSYA 2YNHA 4CGGA 5T7BA 3HT3A 2HMIA 3NF6A 3QLHA 3ZSZA 1BQNA 3O4QA 4CERA 1QSYA 3B6PA 4QOZB 5D3GA 1VSIA 1Z26A 2XY8A 4LSLA 3KKSA 4CK2A 2QKBA 1RTDA 3V4IA 3ZSVA 4M3WA 4W5QA 4IG3A 1J54A 2KW4A 1QQCA 1WLJA 1VSFA 4CFBA 1S1TA 4HUGA 3OYJA 4CJRA 1D9FA 2G8KA 4FJ8A 1VSDA 3K58A 2I5JA 1LW0A 3MXJA 3DLRA 4ELVA 3NGZA 1RTHA 4BE2A 5SZTA 4CEDA 4DTXA 2OZSA 4CFDA 2P1JA 2KTQA 3OS0A 3K5NA 5HROA 1C1BA 2A1RA 1W0HA 4DF8A 3TI0A 1WN7A 2X6NA 1FKOA 3MXMA 3M8QA 2HB5A 1FXXA 4IDKA 4CF8A 1U49A 3MAQA 3KLHA 3DRPA 4CIEA 3SQ4A 3AVLA 4CE9A 5CY4A 1WNSA 1RT6A 1QTMA 1W9HA 4B9NA 2YNGA 2XY5A 4ELTA 4GVMA 1HPZA 1C0MA 1UAXA 1S9EA 1JXEA 3OJUA 3OYAA 2VWJA 1TAUA 3SZ2A 2YHAA 2Z1HA 5C42A 5HRPA 4DTPA 1BQMA 4OKKA 2D0AA 3EZ5A 1BL3A 3ITHA 4DTNA 4CEZA 4ELUA 3B6OA 3IS9A 4M3RA 4ICLA 2NUBA 4B08A 3AVIA 1Q8IA 4CJWA 1NKCA 1LAVA 2X6SA 1SV5A 2OPPA 4H4OA 3UIQA 1Q9YA 5FRMA 3HXMA 3HJFA 2YKNA 1ASVA 3KLFA 2IAJA 1VSKA 4NCGA 2EX3A 1R0AA 1TKTA 1HQUA 3TABA 4CEEA 4E1NA 1RBRA 3AVNA 3OYCA 1C1CA 1TK0A 4DWIA 4CIFA 2G8VA 4ZTJA 1RT7A 2IOCA 1QS4A 3DI6A 4E0DA 1U45A 4DFJA 2G8FA 4QAGA 1N5YA 2ZQBA 5FRNA 1LW2A 3BDPA 4B9UA 1XWLA 3S3OA 1CZBA 4FLZA 1TKXA 2ETJA 4DTUA 1NK8A 1VSEA 3LAMA 4AHUA 3SNNA 1S6PA 3NF7A 4FJKA 4M3ZA 1VSLA 3VQ6A 1WSIA 4M3UA 1J53A 4AHCA 5I42A 2FC0A 2LSNA 4NYNA 2ZE2A 3TWHA 1Q9XA 2HHUA 4HHTA 2VG5A 3L2RA 3VQQA 1J5OA 2WONA 4K8XA 4KHUA 2BDPA 3RWUA 2Z1IA 3RMAA 3OYDA 4JRQA 4FW2A 3HPOA 2D5RA 3AVBA 2HVHA 2WOMA 3KK2A 4EZ6A 4Z4IA 3HSTB 4RW9A 4N76A 3HPGA 4H4MA 1JLFA 4BDYA 2E6LA 3TAFA 1RT2A 4EP4A 4CJ4A 1VSMA 3AVHA 4E7LA 1LWEA 1HRHA 1RT4A 2XRIA 4M42A 1NJWA 3DLEA 4N41A 2IS3A 4CFAA 3OYFA 1SL2A 2HHVA 2IC3A 4MQ3A 5E41A 3SUNA 3F9KA 1EETA 4I9QA 3A2FA 5J2PA 3CQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QP5A 4RB2C 3VTIA 5HBMA 3HHGA 4AHSA 4W5TA 2O8DB 2YKMA 4C3JJ 3GLLA 4FJIA 3JSMA 4OWRB 3AA2A 3VQ8A 3HG9A 2D0CA 3KZIC 1KYZA 5KPZA 3ZQHA 4J2EA 1ZXOA 2W40A 1D9DA 2O61A 3T1BA 3T1HK 1EV7A 3BTIA 3LDOA 4D7MA 1JGGA 4C8MA 2KKOA 1YX5A 1Z25A 3GTGJ 3SZGA 4E7KA 1QQOA 1U47A 2L7ZA 4OIRF 2Y0SA 4DV2K 3CC7I 4B3RK 2OCEA 1TT5B 4M9SA 2VQCA 1M1EB 1BIZA 1RT5A 1H8AC 4B9QA 2DDAA 4NQWA 1YE9A 3LOCA 1R23A 2OCCH 1LJ9A 1U5TA 1G99A 1FSEA 1Z05A 4XRFA 4D7NA 4KIBA 1SKWA 4KIFA 1CZAN 4BEHA 2CG4A 1WJ5A 1BOAA 3CQXA 2F4IA 1J7KA 1YIJI 3KLGA 1OYIA 2LFBA 3F8BA 2XAHA 2QKLB 3ZQFA 3FISA 2LG4A 3F0CA 2P51A 2VBZA 2VUMJ 3QU6A 2W42A 2MSYA 2CV0A 3C18A 3E1SA 3Q0UA 1ATNA 1MWKA 4B9LA 1A35A 1LOTB 1TKDA 4YOXA 2XRLA 3P4IA 4O8UA 3H92A 4B8AB 3AVAA 2O8DA 2OQGA 1UAAA 4L18B 4BQAA 3M8EA 5IP9J 3S9HA 2F8SA 3I0RA 4BHBA 2GUPA 4CZMA 1NGHA 2PN6A 1PUFB 5KGWA 4LITA 1EH8A 2KHOA 3WQUA 1NK0A 4ANJA 4IF4A 1HOMA 2MH9A 2AP1A 2KZGA 2M0CA 1V3FA 4B48A 3LDSA 5L3CA 4M7YA 3A5NC 2NVTJ 2DMUA 3J7AO 1BR4A 3GTKJ 1O1WA 5AQFA 3QESA 4OLBA 5B8HA 4XLPF 2IS6A 1HSTA 2X6WA 2HGCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QP5 A;  4RB2 C;  3VTI A;  5HBM A;  3HHG A;  4AHS A;  4W5T A;  2O8D B;  2YKM A;  4C3J J;  3GLL A;  4FJI A;  3JSM A;  4OWR B;  3AA2 A;  3VQ8 A;  3HG9 A;  2D0C A;  3KZI C;  1KYZ A;  5KPZ A;  3ZQH A;  4J2E A;  1ZXO A;  2W40 A;  1D9D A;  2O61 A;  3T1B A;  3T1H K;  1EV7 A;  3BTI A;  3LDO A;  4D7M A;  1JGG A;  4C8M A;  2KKO A;  1YX5 A;  1Z25 A;  3GTG J;  3SZG A;  4E7K A;  1QQO A;  1U47 A;  2L7Z A;  4OIR F;  2Y0S A;  4DV2 K;  3CC7 I;  4B3R K;  2OCE A;  1TT5 B;  4M9S A;  2VQC A;  1M1E B;  1BIZ A;  1RT5 A;  1H8A C;  4B9Q A;  2DDA A;  4NQW A;  1YE9 A;  3LOC A;  1R23 A;  2OCC H;  1LJ9 A;  1U5T A;  1G99 A;  1FSE A;  1Z05 A;  4XRF A;  4D7N A;  4KIB A;  1SKW A;  4KIF A;  1CZA N;  4BEH A;  2CG4 A;  1WJ5 A;  1BOA A;  3CQX A;  2F4I A;  1J7K A;  1YIJ I;  3KLG A;  1OYI A;  2LFB A;  3F8B A;  2XAH A;  2QKL B;  3ZQF A;  3FIS A;  2LG4 A;  3F0C A;  2P51 A;  2VBZ A;  2VUM J;  3QU6 A;  2W42 A;  2MSY A;  2CV0 A;  3C18 A;  3E1S A;  3Q0U A;  1ATN A;  1MWK A;  4B9L A;  1A35 A;  1LOT B;  1TKD A;  4YOX A;  2XRL A;  3P4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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