1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
3VQ5A 1LWFA 3VQDA 3DLBA 1NJZA 4F2RA 4F2SA 4AHCA 4EP4A 4W5RA 3VQPA 1BCMA 3NDKA 3VQ7A 3QEVA 1DTTA 4CERA 1YTUA 4CE9A 1LW0A 1RT3A 4FLZA 3HPGA 2FBXA 1NK0A 4MQ3A 4ELUA 2HHTA 2DTUA 3NH2A 1XI1A 1D5AA 1RDCA 4KFBA 4CFDA 1KONA 1LWCA 1RT7A 3V9WA 1TK8A 4KI4A 4OLBA 2RF2A 4FJ7A 3ZSOA 3ZT1A 1JLQA 3WNGA 4LH5A 4B9UA 4KHYA 4FVMA 3OYMA 3JYTA 3DOKA 3SYZA 4CGHA 3K5MA 4RG8A 3S3NA 1KSPA 3OYLA 3M8SA 1T03A 3K5OA 4FJHA 1ITGA 4KHWA 1W9HA 3VN5A 3C94A 4CJPA 1QHTA 3TAGA 4E0DA 1Z25A 1VSMA 2FBYA 3ZT2A 3SUPA 4CIGA 3KLEA 4HUFA 1UA1A 3L3VA 3ZT4A 4B9NA 1WSHA 1LAWA 4Y1CA 3HL8A 2RKIA 1RBRA 4CJWA 4N56A 3MEDA 4KB0A 3NF8A 2EHGA 2OPSA 1HMVA 4DSLA 4NCGA 1NJYA 3ZSXA 1VSJA 4B9LA 2VG5A 2QKKA 1KCFA 3ZSZA 2BDPA 4L8RB 4IG3A 4I9LA 4KHUA 5JS1A 3T1AA 3JSMA 3AVJA 2PZSA 2OPQA 3VA3A 4OJRA 1TV6A 2GBZA 4CK2A 1QQCA 4Y1DA 4CJTA 3NBPA 2HNZA 4DWIA 1DLOA 5HRSA 3U3YA 4ZTJA 4G1QA 3V1RA 3LP2A 4CGJA 3MXIA 2G8VA 4F8RA 3L2RA 2YNFA 1WAFA 4CGFA 2FBVA 4NYNA 4DTXA 2OYQA 4C8KA 4CEOA 4FJKA 4CEDA 3HP6A 5CY4A 1D9DA 1GOCA 1C1CA 1ZBFA 1NK8A 1HQUA 4I2PA 4WE1A 2PYLA 4F4KA 1E0EA 3LDSA 4FLWA 4FJIA 4J2DA 3SUNA 1IH7A 4M3RA 5E41A 2QKBA 4Z0UA 2HHUA 5FROA 2YKMA 3NH1A 3LANA 3RR7A 4C8NA 1ZBHA 1TGOA 3OYGA 2WONA 3OYHA 3HVRA 2Z1GA 3HYFA 1RDBA 4CJVA 4DFJA 4Z4EA 4W5OA 3BDPA 5CZ1A 3KLFA 1TAQA 2KZZA 3H08A 3KLHA 3ZSRA 4HTUA 4ELTA 3L2UA 3LWLA 1R0AA 1ZBLA 4FJJA 1C1BA 3TWHA 1KVCA 3QO9A 3DLKA 4R5PA 4IKFA 3RTVA 4B9TA 2DFEA 3PX6A 2Y1JA 3QEPA 1NJXA 1KFSA 4C8OA 4AHUA 4DSEA 3QINA 1SL0A 4AHVA 4DQSA 4C8LA 4KTZA 4M3XA 2KFNA 2BGGA 2I5JA 3VA0A 1TK5A 3VQQA 4M3TA 1BL3A 3QIOA 5HROA 1BCOA 1UAXA 2A1RA 3DRRA 4CIEA 1A5WA 4DTNA 2VG6A 4B9VA 3P83D 1B92A 3O3FA 4BE2A 4QOZB 4IFVA 4GVMA 4Z4CA 1G15A 1T05A 1ASVA 4CHNA 4DLEA 1WJEA 4B08A 4XIUA 1U49A 4FLXA 5KGWA 4M3ZA 3ZCMA 2Y1IA 1U48A 5CYQA 3HXMA 4FJMA 1JLFA 4NYFA 1SUQA 3TARA 2DFFA 4CK3A 4FK4A 3TAQA 3QLHA 3KJVA 3G10A 1BQNA 3QEWA 4F3OA 4MFBA 2HNDA 2JGUA 3VQ9A 1UA0A 3DLHA 4DS4A 5T7BA 1HNIA 1BI4B 4N47A 3OYJA 4DFKA 2E4LA 3PX4A 1HQEA 3KK1A 1U4BA 3MXJA 4N5SA 3SJJA 4M3WA 4HHTA 1VSEA 4CGIA 4CHQA 4HVJA 3C6TA 3C95A 1LAVA 3O3HA 3AVHA 1QTMA 2RN2A 3B6PA 4LSLA 3VQ4A 4AILC 1X9WA 1HYVA 4FK0A 2HVHA 2HNYA 3G0ZA 4DSIA 1IKWA 4H4OA 5CYMA 3VQBA 4H8KA 4OPJA 3MEEA 4DQIA 1ASUA 1RT4A 3DYAA 4HCBA 1HYSA 3THVA 4AHTA 3V6DA 3AVBA 2WOMA 1VK0A 3ASMA 1JLCA 2E6LA 2OPRA 1EP4A 1EX4A 1WSJA 4CHZA 5I42A 4KPYA 2PYJA 1TVRA 3U3GA 3IRXA 3NCIA 2FBTA 4YNQA 3OYIA 1FK9A 3KLIA 1WLJA 4KTWA 4CHPA 1WSGA 2G8IA 4E3SA 4JS5A 1QSLA 3LWMA 1JLGA 3AO2A 5EU7A 3NFAA 1J53A 2HMIA 5DMRA 3DRPA 3V9XA 3SUOA 5FRNA 1J54A 3RMCA 4KHSA 3C6UA 1WSFA 1QS4A 1X1PA 1N5YA 4CEQA 4BE1A 2VWJA 1WJCA 3LPUA 4ICLA 2XY6A 4CF9A 1X9SA 4FJ9A 1KTQA 5JS2A 4B9SA 4E7KA 4O4GA 4J2AA 1TKXA 1N6QA 4Q0BA 3QNNA 5HP1A 3TAPA 3HP9A 3AVGA 4ZHRA 3A2FA 3NE6A 4EZ6A 3L2VA 2QXFA 3LAMA 1J9AA 2X6NA 3AA2A 1S9GA 4FCYA 3QETA 1HNVA 4PWDA 4CJ5A 4B8CA 4DLGA 2KZMA 4FJLA 5HRPA 4KV8A 4B9MA 3E01A 2O4GA 1WN7A 4DU4A 1TK0A 2HHQA 2RPIA 1EXQA 1XHXA 3TR8A 4IBNA 4J2BA 2YV0X 1TL1A 1NKBA 3SV4A 2OPPA 1UWBA 3V1OA 4CEBA 3TI0A 3HK2A 5SWMA 4YFUA 3L3UA 4DU3A 1VSLA 2IGIA 2IAJA 3V81A 1RILA 4AHRA 1RTIA 2G8KA 3TANA 3AV9A 1L3UA 1KVBA 1WAJA 4CJ4A 3PUFA 4E7HA 3OVNA 5CZ2A 3VQCA 3K57A 1NKEA 4FYDA 4RW8A 3SQ1A 4FZYA 4PUOA 2KTQA 5C25A 4H4MA 3KD1E 3NGYA 1VSFA 4HUGA 1SKRA 4UQGA 1RBUA 1RCHA 2D0AA 1HJRA 3OYFA 1L3SA 1L3VA 1WSIA 3CQ8A 3ALYA 4LD0A 2A1SA 1IKVA 3SPYA 2ITGA 3OYEA 2F96A 3K58A 4M41A 4CJEA 1NK5A 1NOYA 4W5NA 4CF8A 4CEZA 4CJUA 1LW2A 2HHSA 3O3GA 3SUQA 3RMBA 3DLGA 2AJQA 1WSEA 3NH0A 1D9FA 2IC3A 3AVLA 4FM1A 4DTPA 1KFDA 3DM2A 4K8ZA 4FXDA 4CF1A 2YNIA 3KD5E 1ASWA 2G8UA 5FDLA 4CJSA 3ULDA 1Y97A 3K5NA 3D45A 4ID1A 4CFAA 3T3FA 3I8DA 3S3MA 1NK7A 1WJDA 3AO1A 3TAEA 1D8YA 4DF4A 3RMAA 1Q8IA 1T7PA 2ZD1A 4BWMA 4CIFA 3DLRA 4HCCA 2P1JA 3KK3A 3PV8A 3NF6A 4OGCA 4GMJB 3OS1A 4M3UA 3I0RA 1FKOA 3LP3A 4ID5A 5SZTA 1HYZA 2BANA 3L2QA 2P5OA 3RR8A 1SL2A 4KB1A 2DY4A 4E7IA 4FZZA 3MAQA 1QSSA 3P1GA 1IG9A 3AVCA 4JLHA 4I9QA 1VSKA 2X6SA 1RDAA 4E1NA 1QSYA 3SNNA 3SI6A 2D0BA 2X74A 2XY8A 3SV3A 1T8EA 4AH9A 3IAYA 2X78A 3QERA 1A5XA 1BGXT 1CXQA 3T19A 1K6YA 3O4NA 4DTUA 5DK5A 1SL1A 2QK9A 1JLBA 4QCLA 2HVIA 4DTJA 5HRRA 5KGXA 3MEGA 1JL1A 5FRMA 4TSXA 4NCBA 4AHSA 4CCHA 4JRQA 1S6PA 2YHAA 4DMNA 3NAEA 1IKYA 1JXBA 3KKRA 1TKDA 4DSKA 4O44A 1X9MA 1KRPA 3M8QA 2LSNA 1S1WA 1ZBIA 2HHWA 2HHXA 1U47A 1S1XA 2DFHA 1S6QA 4CHYA 1TKTA 5I3UA 1CLQA 3OY9A 1UOCA 1VRUA 3ITHA 5C24A 4DSJA 2G8FA 4OVLA 3KK2A 3V9ZA 4KHQA 1RT1A 3M8PA 3KKSA 4CFCA 4E1MA 3NHGA 4CEEA 1SKSA 3RWUA 1CZ9A 3V1QA 4CJFA 2OZSA 4E89A 3QNOA 1W0HA 4CHOA 3ZT0A 3AVFA 3L8BA 4PQUA 1C0MA 3TABA 1NK9A 4FJGA 2HB5A 5J2PA 1BIUA 4O55A 3SQ2A 5J2NA 4KTQA 1S5JA 4GW6A 3AVIA 3RMDA 1WJFA 4FJXA 4CFBA 2VG7A 1JLEA 4FK2A 4FLTA 4FM0A 4CEAA 4DQRA 4Z4HA 1O1WA 3AA5X 4E19A 2E6MA 3TAFA 3AA3A 1RDDA 1TAUA 4BWJA 2P5GA 4DQQA 1NK4A 4LSNA 2EX3A 2NUBA 1S1TA 3CM5A 5KRTA 1JKHA 3K5LA 5J2MA 4PY5A 3NGZA 1C0TA 2XO7A 1RTJA 4F3QA 3CFOA 3OYNA 3SQ0A 4LY7A 4F3TA 4KKOA 5J1EA 3HPOA 2B4JA 1QE1A 2F8SA 1FXXA 4Q5VA 2XY7A 4J2EA 3UIQA 2O4IA 4DTRA 1REVA 3QIPA 4BDPA 3V4IA 3O4QA 4QAGA 4CJLA 2PY5A 2KFZA 1BISA 3V9UA 3SZ2A 2IDOA 3OS0A 4RW6A 1FKPA 4W5QA 5KRSA 5HLFA 4EP5A 1KLNA 4FLUA 5KTQA 3RRGA 1IKXA 4BACA 1LV5A 3L2WA 1L5UA 4RW7A 4KRFA 3VQEA 3DMJA 2W42A 4EZ9A 4Z4IA 3ZSQA 4JS4A 4CF2A 2Z1HA 1I39A 4IFYA 3CFRA 1NJWA 3HT3A 1Q9YA 1BQMA 2IOCA 1BHLA 3D0PA 1WJAA 3LP0A 3QESA 2VWKA 4OKKA 2G8HA 3AVMA 3V9SA 1JXEA 4OLAA 3EZ5A 1A5VA 4FW2A 3S9HA 1EKEA 4OKEA 3CM6A 3S3OA 4CJRA 1Z26A 3MXMA 1C6VA 2FC0A 4CJQA 3EYZA 3OS2A 4BE0A 1RT6A 4K8XA 1SKWA 1XWLA 4E7JA 3K59A 2D0CA 4I2QA 5K14A 1KLMA 1RT5A 3PO4A 3FFIA 4FM2A 3AO3A 1L3TA 2B6AA 4LH4A 4BDZA 3NGIA 3F9KA 3NF7A 3OYKA 4CK1A 3EY1A 3P5JA 1NOZA 3WNFA 1DTQA 1S1VA 3DLEA 3HVTA 4M3YA 3AVNA 3HO1A 4CJKA 3RRHA 2Q3SA 3ISNC 3LZIA 1SV5A 4DTSA 4CJ3A 4KHNA 4FW1A 2JLEA 2BE2A 4DFMA 4FJ8A 3MECA 2XHBA 3OYCA 2KW4A 3OJSA 4Z4FA 3HSTB 5HRNA 2YKNA 1EETA 3QEXA 3OJUA 2GV9A 3IG1A 4RW4A 3SPZA 4KI6A 1RBTA 3VQ6A 1KVAA 4CGDA 4CGGA 4O0IA 3AVAA 1JL2A 3F73A 3SQ4A 1CXUA 4KAZA 1ZBUA 4DQPA 2ZQBA 4RW9A 3AA4A 3LP1A 4M42A 1B9DA 1NKCA 4B3OA 3CFPA 4DS5A 1CZBA 3WNHA 1S9EA 3OYDA 4OPKA 4N76A 1RBSA 4ZTFA 2Z1IA 2ZE2A 2XY5A 1BI4A 4DU1A 1NK6A 3DOLA 3HPHA 4W5TA 1J5OA 3K2PA 3LPTA 1C0UA 3LAKA 4CEFA 3NF9A 1RNHA 4IDKA 4PA1A 2OZMA 1S1UA 2GUIA 4M45A 4N41A 4OKJA 5KI6A 4CESA 1XHZA 3KTQA 1HPZA 1RBVA 2HHVA 1RTDA 1WJBA 1VSDA 3CYMA 3DI6A 1C1AA 2D5RA 3CG7A 4JRPA 1XC9A 4O0JA 2OA8A 4ELVA 1U04A 3WNEA 3HM9A 3ZSYA 3ZSVA 2ATQA 3HJFA 3IS9A 1F21A 4FJNA 2B5JA 3KLGA 1YT3A 3TAMA 3B6OA 3PX0A 3VQAA 2KQ2A 4HUEA 1YTAA 2YNHA 1IO2A 3QEIA 2YNGA 3PY8A 3LALA 1LFPA 2Z1JA 1TKZA 1MW7A 3M8RA 1VRTA 3VQ8A 2YHBA 2IS3A 1Q9XA 4DTMA 1JLAA 4FLVA 2G8WA 3LZJA 3OYAA 1RT2A 3I0SA 3OYBA 1I3AA 1GOBA 4FLYA 2XRIA 2HW3A 4I7FA 1HRHA 3DRSA 4DTOA 1B9FA 4DG1A 2R7YA 4E7LA 4DF8A 3SCXA 3PO5A 4KO0A 2P51A 5C42A 1BIZA 1YVUA 3U6FA 1ZYQA 4FZXC 3AVKA 3AO4A 1GOAA 4DSFA 4KREA 5J2QA 1LWEA 4C8MA 4CECA 1MU2A 1RTHA 3KIOA 4B8AB 4NCAA 2F8TA 4DFPA 1WNSA 4OGEA 4BDYA 1U45A 4CF0A 4IG0A 4Z4GA 5HBMA 1VSIA 4O5BA 4FJ5A 2ETJA 5D3GA 1TL3A 3AO5A 3ZT3A 1VSHA 3ZSWA 3BGRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK0A 4YIRX 1E2XA 2LSOA 3MK6A 4CCMA 3CF5F 2R7XA 4CGHA 3THYA 3K5OA 5FLXK 4AVZA 4LFAK 4EJWA 4A69C 3TKYA 4F92B 3DXKA 3TSQA 3L1PA 1XMOK 3NF8A 4DSLA 3GTOJ 3QPTA 3BCBA 1WHUA 3CCMI 5K7ZA 4FJKA 2E1ZA 3HP6A 5E1ZB 4RMNA 3LDSA 4RBOA 3OIQA 2ETHA 2IGKA 1ZAOA 4YDUA 3DKXA 4DIQA 5EGOB 3ZSRA 1ZBLA 3J7AP 3TWHA 1T0FC 2P9KB 3GBGA 4BQNA 4HOBA 4PL7A 3WGIA 4DSEA 2E88A 4PKGA 1ZQ3P 4YOTA 1BCOA 4J19A 2EILH 2XIGA 5AJ3K 2IGMA 1AWCA 4XK4A 2EJRA 4XIUA 4ZYAA 1LPQA 1SUQA 4CK3A 1S6LA 4EJOA 1BI4B 2HR3A 2P9NB 2WAQN 2ZJPF 4LK1F 3VQ4A 3FWEA 4OPJA 3D5LA 2ZFWA 4ZDOA 1VK0A 4BJTA 1HUXA 2HNHA 1FPQA 2QUFA 3OYIA 4E3SA 1YOVB 3KEOA 1TTYA 3DU5A 4JKFA 2A6HF 3HHHA 3SJHA 5E20A 4B9SA 4IRIA 2PMZN 3VTHA 1Z77A 2IA1A 3CCSN 4DU4A 3O80A 1XHXA 4LLGF 3HBTA 1ZGWA 2I7PA 1K4SA 1LQ1A 4BUPA 3IL2A 2G8KA 3THWB 5LRRA 4MTDA 1JTYA 1V4TA 4H4MA 4CVNE 4B1WB 1X2NA 3V42A 1RCHA 1U8RA 3T8RA 1HKBA 3C18A 4W5NA 4XRMA 3AVLA 4DTPA 1UELB 2BVLA 3D45A 3S3MA 1WJDA 4DF4A 4M72A 3SMSA 4BWMA 2DPDA 2PN6A 4DCHA 2LF8A 2QM3A 2VJ5A 4E7IA 3CJRB 2QW9A 3WTXC 4EFHA 2Y0SA 2X78A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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