1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
204060801001201401601800102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
2040608010012014016018015010050
0102030405060Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (4-15)TIV1 (1-4)AH3 (30-39)TI1 (40-43)EMPTYTIV2 (67-70)S3 (83-89)TI2 (57-60)S1 (60-68)TIV3 (78-81)AH7 (172-186)S2 (71-78)3H1 (166-168)AH6 (150-164)TI3 (79-82)AH4 (94-107)O2 (108-110)S4 (112-114)TIV4 (118-121)TI4 (119-122)TI5 (120-123)AH5 (124-133)TI6 (190-193)S5 (136-137)S6 (188-189)O1 (91-93)AH2 (19-26)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
3KLHA 4C8KA 1FKOA 2BE2A 1HMVA 1UWBA 1KONA 2IAJA 3VQ9A 3V6DA 3RMBA 2WOMA 4FJJA 4FJKA 4J2DA 4NCBA 3TAGA 1L3TA 2KFZA 3HM9A 4ZHRA 1B92A 3B6PA 3OS1A 1WJBA 3RR8A 4J2AA 4AHRA 3PUFA 4CJQA 5C25A 1IKXA 1IKWA 3RR7A 3AVCA 3K5NA 1QHTA 3VQCA 1Z25A 4EZ9A 1WJEA 1J9AA 3CM6A 3DLGA 4PWDA 4BDYA 3AVIA 1UOCA 4DFKA 1JLGA 4CGDA 4CEFA 4CFDA 2XY5A 1KFSA 1MW7A 4DTNA 4BE2A 1QQCA 4CIFA 2FBYA 3DRRA 2OPSA 4CEBA 4CGIA 2VG7A 3T3FA 1TKXA 4CGHA 3OYLA 3RMAA 1C1AA 4ELVA 4E7HA 2GUIA 4JRQA 3PV8A 1TK0A 4CIGA 5JS1A 3ZT3A 4KHNA 5T7BA 2JLEA 4KKOA 5HRNA 3H08A 4CEAA 2OZMA 4H4MA 1KSPA 4M3WA 2GBZA 4CHZA 4CJ5A 3DM2A 1JLBA 5SWMA 4CJRA 3SPZA 4RW9A 2ZQBA 1NJWA 1WJDA 1MU2A 1NOYA 3QEVA 4OJRA 2JGUA 4FW1A 2AJQA 1QE1A 4BWMA 1QTMA 2KZZA 1RT3A 1TV6A 2D0CA 4BE1A 4DU1A 1NJXA 3KD5E 3OYMA 3TWHA 2A1SA 4B9SA 5FRMA 4CGJA 4YFUA 4C8LA 2WONA 3LZJA 1U49A 1N6QA 3K59A 4Q5VA 1WSGA 3MXMA 1REVA 3DLBA 4M41A 1J54A 3NGYA 3LWMA 1S1TA 1WAFA 5KI6A 1RILA 4FJ5A 4HCCA 1JLFA 3MEGA 3T1AA 3QNNA 1KVAA 3OYNA 4O55A 4FJGA 1C0TA 4OLAA 3QIOA 2OA8A 1I39A 3DI6A 3VQ8A 5KGWA 1WSJA 3VQDA 4AHVA 3P83D 3AO1A 3LP2A 1ASVA 2HHUA 2YNFA 3NE6A 4FCYA 3TR8A 1S6QA 4HVJA 1XWLA 3OYAA 1QSSA 1W0HA 1TL3A 3L2UA 3IG1A 3HJFA 3K5MA 3K5OA 4F3TA 3CQ8A 3L3VA 1WSHA 4KTZA 2HHTA 4LH5A 4ELTA 1VSKA 1KFDA 3C6TA 3HPOA 2ZD1A 4FLUA 5HROA 5HLFA 4FLXA 2G8WA 4IDKA 3LZIA 2OYQA 2XY8A 4XIUA 1VRTA 3ZT4A 2Z1JA 5J2QA 2X6SA 3VQEA 4DLEA 1BIZA 3IRXA 4AHCA 3OYGA 3TABA 3PY8A 4DTUA 4E1MA 3KK3A 1NJZA 1HYSA 1VSEA 2P51A 4DFMA 3KIOA 2E4LA 4KFBA 3L2WA 4F4KA 1CLQA 1XHZA 3NF8A 3CFRA 2HVHA 4QCLA 3DLRA 1K6YA 1S5JA 2QXFA 4CGGA 1BCMA 3RMCA 4KHYA 3CG7A 4HHTA 3QETA 3SQ2A 4AHTA 4W5QA 4DTXA 4DTRA 1Z26A 4M3UA 1ASWA 3OYHA 1O1WA 4B9UA 1WJAA 1X1PA 4DWIA 4H8KA 3EYZA 4N76A 3OYCA 4KRFA 1S1WA 1W9HA 1WSEA 4CEOA 4FLTA 3S3NA 1RT1A 1ZYQA 1IG9A 3V4IA 4PUOA 5CZ2A 3KK1A 1WSIA 1N5YA 2B6AA 2E6MA 2DTUA 3V81A 2X74A 4PA1A 2G8IA 4E0DA 4FZYA 3LAMA 1NKEA 4DMNA 3HK2A 1HYZA 3CYMA 3LP1A 3G10A 4FLZA 3KLGA 3NHGA 4QAGA 3SQ1A 1JKHA 3WNGA 4CEQA 2KTQA 2Y1JA 2I5JA 1XHXA 1ZBFA 4J2BA 4O4GA 4QOZB 3O3FA 4J2EA 4W5NA 4CE9A 3AVBA 3L2VA 2VG5A 5HBMA 2P5OA 3OYKA 2YNGA 1EETA 2PYLA 4CJVA 4Z4HA 4CESA 2D0BA 3OY9A 4BE0A 3VA0A 4FYDA 3HPGA 2RN2A 3T19A 3SI6A 3RRGA 1JLQA 3U3YA 1LFPA 2E6LA 2B5JA 2NUBA 4E7IA 2OZSA 3E01A 3K5LA 4FJMA 3V1RA 4DQRA 1TK8A 3DMJA 1D9FA 1ZBHA 1DTTA 1RDCA 4ID1A 2X6NA 1LW2A 1ITGA 4DU3A 1WSFA 2KFNA 2RF2A 3LAKA 4I7FA 2IDOA 5EU7A 1RTIA 3OYDA 3QIPA 3AVFA 3PX0A 3KTQA 3AA4A 4L8RB 1C6VA 1JXBA 3MECA 4DSFA 1BL3A 1JXEA 1TL1A 1HYVA 1TGOA 4OLBA 1KVCA 2RPIA 5JS2A 2HB5A 1Q8IA 2QKBA 5SZTA 5HP1A 3DRSA 1L3UA 1JL1A 1UAXA 3D45A 4FW2A 2FBXA 1RT7A 4CJSA 3NDKA 2KQ2A 4FJNA 5J2MA 2HHVA 4CEEA 2W42A 3ASMA 1JLCA 4CFAA 2IS3A 4PY5A 1IH7A 2ITGA 3JYTA 2Q3SA 4CFCA 3OS0A 1SL0A 4W5OA 2R7YA 5HRPA 3M8RA 2EHGA 3TAQA 1X9SA 1X9WA 1T03A 3KLIA 2DY4A 1RDBA 5K14A 4ICLA 1D8YA 4CEDA 1LAWA 1RBTA 1NOZA 2VWKA 5CZ1A 3VQ6A 2BGGA 3MXJA 1GOCA 1EXQA 3IS9A 4DSKA 4CJ4A 1RTHA 1CZ9A 3CFPA 5KTQA 3L3UA 3NAEA 1RTDA 4E89A 2YV0X 3ZSVA 4KB0A 5D3GA 4I2PA 3P1GA 4UQGA 4KHQA 2YNIA 4CK2A 2VG6A 3HSTB 3LP3A 3WNEA 4AHUA 4C8MA 3NCIA 1HNIA 4M45A 1CXQA 4B8AB 2X78A 4DTJA 1C0UA 4HUGA 1A5XA 1BIUA 1RT5A 1LW0A 1RBVA 4BDZA 3AA2A 1L3VA 1EX4A 3ZSQA 4CK1A 2OPRA 3FFIA 4O0JA 1RBRA 3A2FA 4R5PA 3BGRA 2HVIA 2ETJA 2XHBA 2OPPA 1JLAA 1SV5A 4FVMA 4B9TA 3NF6A 5DK5A 3AVKA 2A1RA 3HP9A 4RW6A 1S1UA 4RW8A 2G8FA 1VSHA 1DTQA 4NCGA 4O5BA 1RTJA 4KB1A 1WNSA 5C42A 3AO2A 4C8NA 3NF7A 2BANA 2O4GA 2HW3A 1ASUA 2XRIA 3NH1A 4E7JA 4FJ9A 4YNQA 3SUQA 4DSEA 3QLHA 5J1EA 2DFEA 4JS4A 3LWLA 4EZ6A 3NF9A 4IFYA 4CJTA 2YHBA 1VRUA 4GW6A 4DLGA 4DFPA 2G8KA 4CJ3A 1YTAA 3V1QA 4M3ZA 1NK4A 4EP5A 4DSLA 2FBVA 4Z4IA 4DU4A 4C8OA 3VA3A 3F73A 3PX4A 3DOLA 1KLNA 4KHSA 2Z1IA 1WN7A 1UA1A 2Z1GA 1BISA 5DMRA 3TAFA 4NYNA 2FC0A 3ZT0A 5HRSA 3AA5X 4RW7A 3PO5A 3C95A 4IFVA 1NK7A 1FK9A 3MEEA 3SCXA 4WE1A 2PY5A 3RTVA 3JSMA 3HVRA 1NK9A 4FLVA 3V1OA 1HJRA 3AVMA 4ZTJA 3VQPA 2B4JA 1R0AA 4CJPA 1U04A 4CEZA 4BDPA 3DRPA 3HT3A 3SJJA 4ELUA 3DLEA 4DQIA 3ZT1A 4CFBA 3K58A 1RDAA 2BDPA 1T05A 4K8ZA 4DTSA 1CXUA 1B9FA 1XI1A 1NKCA 4KPYA 3TI0A 3HVTA 4HUEA 1T7PA 2P1JA 2Z1HA 4Y1CA 4N47A 5KRTA 3D0PA 2XO7A 1F21A 3RRHA 1I3AA 1RBSA 3AVHA 4CHOA 4E3SA 1RDDA 1D9DA 2O4IA 4I9QA 4CJFA 3V9SA 1IO2A 1HQEA 3M8PA 4F8RA 4NCAA 3SQ4A 4CF0A 4FK0A 3U6FA 3OYEA 4JRPA 3TAEA 1YVUA 3VN5A 3EY1A 1VSJA 3O4NA 3QEWA 1IKVA 3ZSXA 3RMDA 3VQAA 2D5RA 4KREA 4DTOA 5CY4A 2Y1IA 1NJYA 1U47A 3ZSOA 3ZSZA 4Q0BA 1J5OA 3ZSYA 4E7KA 2HMIA 4LH4A 3K57A 4F2RA 1YTUA 4N56A 3G0ZA 3OYBA 4Z4FA 1BGXT 4G1QA 1EKEA 1A5VA 3AVJA 1VSFA 3VQQA 1JL2A 4CJKA 4DQQA 3ALYA 1ZBLA 4F2SA 2G8HA 1Q9XA 3V9ZA 3SQ0A 3OYFA 1SKRA 4EP4A 3VQBA 4RW4A 4LSLA 1S6PA 4FLWA 3QEXA 3IAYA 3QESA 3CFOA 4HCBA 4KHUA 3MAQA 3B6OA 1HNVA 4FJHA 2P5GA 3ZSRA 4CF2A 1D5AA 5J2NA 1DLOA 1RNHA 1VSIA 5J2PA 1WJCA 3LDSA 5KRSA 3TAMA 1IKYA 1KTQA 4FJIA 3L2RA 4CF9A 3OVNA 3MXIA 4Z0UA 2IC3A 4K8XA 3DLKA 1KLMA 3NGZA 4FZZA 4BWJA 2YNHA 3RWUA 1BI4B 1Q9YA 1YT3A 2EX3A 4KTWA 4DS4A 3QEPA 4B08A 3L2QA 3DLHA 1TKZA 3O3HA 4M3TA 3M8QA 2PYJA 1B9DA 3AO3A 4CGFA 5E41A 2F8SA 1TVRA 4HUFA 4OPKA 3AA3A 1C0MA 2HNYA 1WJFA 4AH9A 1RT4A 3HL8A 1LWFA 1Y97A 3HO1A 4NYFA 1ZBIA 4IKFA 5I42A 2HNZA 4JLHA 4CECA 4I2QA 3S3OA 2KW4A 1FKPA 1QSLA 4JS5A 1RCHA 4FXDA 1XC9A 1NK5A 1FXXA 4FM1A 1S1XA 4Y1DA 2GV9A 3TANA 4RG8A 1KRPA 2XY7A 3ZCMA 3F9KA 1WLJA 2F96A 2IOCA 4F3OA 2F8TA 2DFFA 3ISNC 5CYMA 2HHXA 3KJVA 1QS4A 1C1BA 4N41A 3DOKA 4OKEA 1SL1A 4B8CA 3KLEA 4DTPA 3OJUA 4FZXC 3V9WA 2HHWA 3C6UA 3ULDA 4DS5A 3NFAA 4CJUA 3DYAA 1U48A 1EP4A 3VQ5A 2FBTA 3KD1E 4DFJA 3AVGA 4E1NA 1LWCA 4M3RA 3TARA 3KKRA 3HXMA 4B9VA 3VQ4A 4E7LA 3BDPA 4O44A 5FROA 1L5UA 1RT6A 2HNDA 4CHYA 5HRRA 3LANA 3QO9A 3CM5A 1S9GA 4CJWA 2QKKA 3NGIA 1ZBUA 3L8BA 4FK2A 1VK0A 2VWJA 4M42A 4AILC 3AVAA 1CZBA 1GOAA 1GOBA 1U4BA 3HP6A 4ID5A 1J53A 3ZT2A 1SKSA 1NK6A 1VSMA 4B3OA 1S9EA 3QNOA 1LAVA 4OKJA 1KCFA 2YHAA 1BQNA 1LWEA 3PO4A 4OKKA 3I0SA 1HPZA 5CYQA 4LY7A 4IG3A 4OVLA 3LALA 5FRNA 4DTMA 3QINA 1HQUA 1X9MA 4DSJA 4LD0A 3TAPA 1VSLA 1VSDA 1A5WA 1SUQA 4TSXA 1TK5A 3C94A 2IGIA 1SKWA 1TKTA 3LP0A 1G15A 1HRHA 3WNFA 4Z4CA 2HHSA 4HTUA 1BCOA 3V9XA 2HHQA 3NH0A 3NH2A 2D0AA 3SYZA 4ZTFA 2PZSA 4FM0A 3SUNA 4MFBA 1U45A 3PX6A 2XY6A 3OYIA 3KLFA 4FJ8A 4DSIA 4CK3A 3SZ2A 1RT2A 4KI6A 4DG1A 3HYFA 3LPTA 3NBPA 2KZMA 4I9LA 3HPHA 4H4OA 1TKDA 1RBUA 1TAQA 3AO4A 3KKSA 3P5JA 1KVBA 4OGCA 3V9UA 3THVA 4CCHA 4FK4A 1SL2A 1UA0A 4Z4GA 3I0RA 1BHLA 2YKMA 3SUOA 3SV4A 1S1VA 3UIQA 3KK2A 4KAZA 4KV8A 2ZE2A 4OPJA 4N5SA 4AHSA 2G8UA 4FJ7A 5I3UA 4Z4EA 3O4QA 2OPQA 4KTQA 3AO5A 4OGEA 2LSNA 4E19A 3EZ5A 4DF4A 4FLYA 1QSYA 3ZSWA 3LPUA 4IG0A 3AVNA 3VQ7A 4CIEA 3ITHA 5KGXA 3M8SA 3SV3A 4DF8A 4BACA 3QERA 4M3XA 4GMJB 4CHPA 4CHNA 3SPYA 1BI4A 4W5TA 3OJSA 4CJLA 4O0IA 3SUPA 1L3SA 4B9LA 3WNHA 4DQSA 4W5RA 1BQMA 4MQ3A 4KI4A 3OYJA 3SNNA 4B9MA 1NK8A 3AV9A 4M3YA 4FJXA 4CF1A 4KO0A 1C1CA 4KHWA 4F3QA 2DFHA 4GVMA 3OS2A 2ATQA 3S3MA 3MEDA 3K2PA 4FJLA 3AVLA 3I8DA 1TAUA 3O3GA 1NK0A 4IBNA 1LV5A 4PQUA 2G8VA 3U3GA 4CERA 5FDLA 4FM2A 4B9NA 1WAJA 5C24A 2RKIA 1T8EA 3S9HA 4CF8A 1E0EA 4LSNA 4CHQA 1JLEA 3QEIA 4DQPA 2QK9A 4CJEA 2YKNA 1NKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XUBA 3E3VA 1L3TA 2P9IA 2BYVE 3A0HC 2QWNA 1WJEA 3CM6A 3A2KA 2A40A 3AY9A 3FZFA 4CEFA 4IXAA 1BI0A 4OU0A 4B48A 3PV8A 2HSTA 1TK0A 4K25A 4CJRA 1B72B 2LDUA 2W57A 4EIAA 5F1RA 1KU3A 3HGYA 3ABKH 4FOIA 2I7NA 2Q0OA 4XLNF 3BT9A 5BN8A 1RILA 5F1XA 3QNNA 1C0TA 3HBTA 3TR8A 3KX2A 3SEZA 2LTPA 3MKWB 4CZFA 3QPLA 3QP6A 3L3VA 1YRNB 1YTYA 4ELTA 2XY8A 2QXLA 3CCEN 4TV7A 4RBOA 4UNOA 3CJAA 4I99C 3TDUC 5EX5A 4C3IJ 4J8FA 3OA9A 1X3MA 2HDCA 3HOZJ 2XPWA 1RRJA 3GTOJ 3RMCA 2K9MA 4B9UA 1TQPA 3OW2M 2P9LA 1BIBA 2QA4N 1N5YA 2B6AA 1FTZA 1VAZA 1CF7B 2A5YB 1MA9B 3HSCA 1QO0D 4RB0A 5GAGP 4YOUA 1JLQA 2B5JA 1OH8A 3K4MA 2EFPA 3T1BA 3ULQB 1GV5A 3LAKA 2CQKA 4QS9A 5FPNA 1RPWA 1JXEA 1HYVA 2L2OA 5E18F 3KZZA 3CETA 2YSRA 4CZHA 5KCMA 4P96A 3BC8A 4HG2A 1LPQA 4CFCA 4FPBA 2R7YA 1C0GA 5EEHA 1IUFA 4Z6YA 1EWRA 3NAEA 1RTDA 5C4XJ 4B8AB 4HUGA 4JYKA 3I0TA 2XHBA 3EKUA 1ON1A 3AGRA 3K2AA 5DM6F 1QZEA 4E7JA 3VEXA 1HNZK 1TWCJ 1XSVA 4GW6A 3JRAA 1BW6A 3JS6A 3V1QA 4M3ZA 3FXUA 3F73A 4CZEA 2HR3A 3DP7A 5CVUA 2FC0A 4RW7A 1RNLA 1NU0A 2E60A 4LLNA 2VIXA 1ZGAA 1XMOK 3ABUA 1RDAA 3JRBA 3GFJA 1FIAA 4WQ4C 4UY8I 5KRTA 3E6MA 4CI6A 1RBSA 3RRHA 1TNTA 4CJFA 1RI7A 3P4IA 3SQ4A 2ZBKA 3CMEI 4FWLA 5AQWA 2DOFA 3DKYA 2QWWA 2JTVA 1TWFJ 4HNUA 5IYDJ 5JLXA 3IL2A 3MKZA 3A5MC 2IA0A 1Y6IA 3SQ0A 3S1QJ 5BMZA 2M45A 2L9SA 4HOBA 5M1NA 3CCVI 1TTYA 4B09A 1RNHA 5J40A 3GYHX 3M3YJ 3A01B 1SD4A 1BI4B 2RE2A 2EX3A 4CXFA 2OPTA 1X1BA 3TKYA 1LKXA 4JKAA 3J7AP 3BDDA 1L0OC 3WGHA 4WF9L 4I2QA 4KT5C 1XC9A 3K69A 2ZGZA 1WKMA 3H35A 3KJVA 4N41A 4OKEA 3KLEA 2CMPA 2JMWA 3V9WA 1APLC 4BJTA 3K1MA 3H36A 1HA8A 4I76A 1BO5O 4CJWA 4FK2A 1ODDA 3C7JA 1Y8QB 3VYRB 2W7NA 2FBHA 1HKSA 3QNOA 4DR2K 2A6AA 4A59A 2HF3A 4BR9A 1TQMA 2DLLA 1D0ZA 4D7NA 1G15A 2TDXA 1VQKN 3PLAA 3O9TA 3LDNA 2MD0A 1BR1A 2A5WA 5CE3A 4DG1A 2OF7A 1UA0A 4RM3A 4F52A 5KPZA 1WOQA 5J3LA 4OPJA 2IS4A 4E19A 1Z21A 3AVNA 4BACA 2BTFA 2Q2RA 5CVJA 1P6RA 3F8FA 2DT5A 3AV9A 3L09A 3CUQC 3K2PA 1ZXOA 1GDTA 3KE2A 2R7UA 3ZX2A 3C6AA 1HBXG 2JQ7A 3CDLA 5LGUA 4IJAA 1HMVA 5EZGA 1HNWK 4BRFA 5AQMA 3D5SC 3V7CA 1B92A 1WJBA 3H92A 1W1WE 1JHHA 3RR7A 4ZYEA 1MDMB 4EZ9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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