1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
2Z1HA 4KHQA 3AO2A 3KD1E 1VSHA 2IDOA 5KGWA 4CHZA 4YNQA 3SUQA 4F4KA 2VG6A 3LPUA 4R5PA 3TAPA 2ETJA 1BISA 1FKOA 3IG1A 4FK4A 1NK5A 4DF4A 1VSMA 4BWMA 1UAXA 2Y1IA 4PUOA 4BE1A 1F21A 3EYZA 2P1JA 4FJJA 2IC3A 4BE0A 4DQIA 3G10A 1RBUA 4B08A 1RDDA 4DSFA 1Y97A 3TAMA 4CJLA 1RTHA 4DTJA 1KVAA 1KRPA 3PV8A 3QNNA 2E6MA 3QEXA 4BWJA 3H08A 1RCHA 3RRHA 4CHYA 5HLFA 1ZYQA 3L2WA 3SV4A 5C42A 3DRSA 3SCXA 1T8EA 1NKCA 2YV0X 2FBYA 4DSEA 2GUIA 3AVHA 1SKRA 1TGOA 4FZYA 3TAQA 3QLHA 1LAWA 4RW4A 4CIEA 1R0AA 3V9WA 1JLAA 2O4GA 1K6YA 1SL2A 2BDPA 2R7YA 1QE1A 4Y1DA 3V1QA 3NF9A 3ZSRA 4E7HA 4DSJA 4BDPA 1TAQA 1UA0A 2B5JA 3ZSWA 3T3FA 2PYJA 1A5VA 3OS1A 1L3TA 4IG0A 1FK9A 4CFCA 4FJ7A 3QIOA 2F8TA 4AHSA 1EXQA 1QS4A 3BGRA 4LD0A 3OYIA 4OLAA 1RDCA 3DLHA 4RG8A 3QEIA 1N5YA 1WNSA 3DMJA 1T03A 1WJEA 3LZIA 2KZMA 4CESA 3F73A 3LZJA 4KTZA 3OYJA 3HP9A 2FC0A 3THVA 4HHTA 1VRTA 4Z4FA 4KHNA 3M8PA 3TR8A 3ZT1A 4CK1A 4Z4EA 2HHTA 1Z26A 1JLQA 2QXFA 3M8RA 1L5UA 4W5RA 2OPQA 4DS5A 2FBTA 3KLHA 5CYQA 4FLTA 3SUPA 1ZBHA 3HJFA 4KRFA 2B4JA 4CJVA 4DMNA 5E41A 1WSEA 3K59A 4KTQA 3SQ2A 4F3TA 2F8SA 3VQ5A 4HUEA 2OA8A 4HUFA 3NBPA 4M42A 4M41A 1RBTA 1BQNA 1JL1A 5HBMA 2X74A 4DU3A 4HCCA 4CF2A 5KRSA 4OGCA 4LSNA 2BGGA 1NOZA 5EU7A 4OKJA 1HQUA 4CHNA 4KI6A 3RTVA 3LP1A 2IOCA 1X9MA 1UWBA 2DY4A 1ITGA 3SPZA 3MEGA 3SPYA 1WSIA 1WAFA 1CXUA 2OPSA 1QSSA 2XY6A 3KK1A 4E1MA 4DSKA 2A1SA 4AHUA 1ZBFA 2VWJA 4CK2A 4FLVA 2DTUA 4N56A 3QERA 5HRPA 1NK8A 5KI6A 4E7KA 4E89A 1C0UA 1EP4A 2HB5A 3AVIA 1RBVA 3LAMA 2BE2A 1NJWA 4F3OA 4F2SA 1S9GA 4FJ9A 3DOLA 2EHGA 1EX4A 4KKOA 1RNHA 3TI0A 3DYAA 2VG7A 1WAJA 2IGIA 4FLYA 4FJGA 1RT3A 3ZCMA 1DLOA 5HRSA 5FROA 2Z1IA 1W9HA 3VQDA 3L2QA 3I8DA 4PA1A 1ZBIA 1HJRA 1WJBA 4I9QA 4F8RA 4DU4A 3IS9A 3D45A 2YNHA 1IH7A 1BIZA 3O3GA 4W5QA 3ZSXA 4AH9A 3K5NA 4C8LA 3AVJA 3DLRA 4W5NA 4FZZA 1JLBA 1YTAA 2BANA 3NCIA 3QIPA 4HTUA 2B6AA 1NK0A 3HSTB 3I0RA 4IFVA 5J2QA 3KD5E 2KFNA 3C95A 1KONA 3P5JA 4ELVA 4I9LA 4CF1A 1NK4A 3AA4A 3KLFA 3SQ4A 4O0IA 4HUGA 2P5GA 4HVJA 3OYNA 2YHAA 2E6LA 1RT5A 2I5JA 3G0ZA 5KRTA 1WSHA 2D0BA 5FRNA 1ASUA 2HHUA 2ZQBA 3V81A 3OYFA 1RTIA 1WJCA 4CJEA 3DOKA 3KTQA 4KHWA 3EZ5A 4JS4A 3HXMA 2RN2A 1U04A 2EX3A 4OJRA 1N6QA 2AJQA 2HVHA 4FM1A 1HYVA 2YNGA 2HVIA 3C6UA 3AVLA 4FLWA 4FJIA 4GMJB 4DQQA 3SQ0A 1MW7A 2PYLA 1JL2A 3OYHA 3V6DA 2D5RA 3SQ1A 1RT2A 1CZBA 3ASMA 3KLGA 4CJWA 1LWFA 2OZSA 2KFZA 3PUFA 1IKYA 4XIUA 3AVAA 4KB0A 1D9DA 4BDZA 4CJ4A 3OJSA 4FLXA 4FJLA 4CJ3A 1QQCA 4CJKA 2QK9A 2HHSA 1RILA 3CFRA 2Z1GA 4QOZB 4M3YA 1SKWA 4CJ5A 3SZ2A 1X9SA 1WJFA 4TSXA 1WLJA 2NUBA 4C8MA 3WNFA 2GBZA 5SZTA 1TL1A 4LH4A 4LH5A 4J2EA 3KJVA 3OVNA 3PX6A 4I7FA 4CGHA 4O0JA 3HPHA 3RRGA 3DLKA 3NE6A 2GV9A 2HHQA 1RT1A 3A2FA 5DMRA 4W5OA 1C1AA 4CEAA 4CJQA 4N41A 4Z4IA 3ZT0A 1HYZA 3O4NA 3V4IA 3NFAA 1BL3A 4CFDA 4CEZA 5J1EA 2YKNA 3O4QA 4FM2A 2FBVA 3OYBA 4RW9A 4M3TA 4CJTA 1VSKA 4GW6A 3VQ7A 1S5JA 4ZHRA 5C25A 5HROA 3HVTA 1T7PA 3RMCA 1WSGA 4CFAA 4CJSA 5J2MA 3SUOA 4KHUA 1KSPA 3OYDA 1GOAA 1YTUA 3CFPA 1EKEA 3K58A 3T19A 3QNOA 3LWLA 4DLEA 3DM2A 3M8SA 4KB1A 4O44A 1NK6A 4FCYA 4L8RB 3K2PA 3V1OA 3AV9A 1CXQA 1BCMA 1JXEA 1FKPA 2KW4A 4BDYA 5I42A 4KAZA 4M3WA 1C0TA 3AA5X 2XY8A 1HNVA 2FBXA 4M3XA 4DTMA 3L3UA 3IAYA 4E0DA 2HW3A 4Q0BA 3VQQA 4K8XA 1WN7A 3AVNA 3MEDA 3SV3A 1KVBA 1SV5A 3IRXA 2KQ2A 1U47A 1D8YA 3HO1A 4CJPA 4LSLA 1RTJA 4DG1A 4JS5A 3B6PA 3KLIA 3CG7A 3LALA 1RT4A 1TAUA 3MAQA 3ULDA 1XHZA 4FYDA 3AO5A 1VSFA 4FJXA 3LP2A 4DTNA 5KGXA 3O3FA 1BCOA 4I2PA 4KTWA 2HNDA 3NGIA 3SI6A 2ZD1A 5K14A 1X9WA 2OPPA 3HL8A 3LP3A 2XHBA 4CEDA 4BE2A 5CZ1A 3HK2A 4DLGA 4JLHA 3HT3A 1WSJA 4G1QA 1BHLA 3JSMA 4J2DA 4ZTJA 1GOBA 4KFBA 5FDLA 4CFBA 4DSIA 4UQGA 1XWLA 3EY1A 4ID1A 4QAGA 1A5WA 1JLFA 4CEBA 4CK3A 4B9TA 4N47A 2HHVA 1O1WA 3QEPA 1TKDA 3V1RA 4AHRA 4KREA 1KFSA 1B9DA 3AVFA 3LPTA 2YHBA 4B9VA 3HPGA 3L3VA 2LSNA 1VRUA 4CCHA 5KTQA 3CM5A 4AHVA 3VQAA 3VQ9A 4JRQA 3CQ8A 4K8ZA 4E7LA 3HVRA 4DTSA 1QSLA 1U49A 3PO4A 1ASWA 2RKIA 4HCBA 1WJDA 4CE9A 4DQPA 3BDPA 4ELUA 3SUNA 4LY7A 5SWMA 3OY9A 3D0PA 1W0HA 3VQ6A 4OLBA 3I0SA 2G8UA 1I3AA 1VSLA 4IKFA 3QO9A 4CEEA 1VSIA 1UOCA 4I2QA 2RPIA 3AO1A 2HHWA 4FM0A 3NF7A 4CGGA 2Z1JA 2YKMA 2JLEA 4WE1A 4KO0A 4DFPA 3RMDA 3RR7A 1MU2A 4DTUA 1IG9A 4FZXC 4DTPA 3ZSQA 2X6NA 1TL3A 2JGUA 2W42A 4FJ8A 3U6FA 2G8FA 3PY8A 4KHYA 1A5XA 4DFKA 3AA3A 4OGEA 1Q9YA 2RF2A 3VQCA 4DS4A 4E7IA 2PY5A 4OVLA 3RMBA 4DF8A 5HP1A 2WOMA 3TAFA 3VQPA 2HNZA 4NCGA 1XC9A 1XI1A 3OS0A 1Z25A 3DRPA 3ZSOA 3NHGA 4FW2A 2D0CA 3AVMA 3OJUA 4FK2A 4FVMA 4Q5VA 4NYFA 4BACA 4FLZA 1J54A 4DFJA 2IS3A 5JS2A 4CGJA 1FXXA 1EETA 4AHCA 3VA3A 4B9MA 3NF8A 1JLCA 4DTXA 3PX0A 4DTRA 3U3GA 4DQRA 1SKSA 1VK0A 4NYNA 3LP0A 3HP6A 3VA0A 2O4IA 3ALYA 1DTQA 4GVMA 1LFPA 3T1AA 1KVCA 4CERA 3NH0A 4CHOA 5D3GA 2ATQA 1I39A 3AO3A 1TV6A 1IO2A 3HYFA 4E1NA 3NGZA 4H4MA 1LW0A 3MXMA 4J2BA 4PQUA 4E3SA 1JKHA 3ISNC 4CF8A 4Y1CA 5C24A 1B92A 2A1RA 3F9KA 1D5AA 3OYGA 4MQ3A 4DTOA 1NJZA 1QTMA 1D9FA 4FK0A 4KHSA 3QEWA 3DRRA 4E19A 1C1CA 3MECA 1U45A 3M8QA 1RBRA 4FJ5A 1J5OA 1YVUA 4RW7A 2YNFA 3DLBA 4O4GA 2OZMA 4B9SA 4N76A 1HNIA 3DLGA 2OYQA 1RDAA 3V9SA 3S9HA 4C8OA 1WSFA 4KPYA 3ITHA 1BIUA 4OKKA 2D0AA 1T05A 4NCBA 4F3QA 1Q8IA 4NCAA 1KLMA 4O55A 3TAGA 3V9UA 4DWIA 1HYSA 4IBNA 2E4LA 4N5SA 3K5OA 4B9LA 1NJYA 4C8KA 1NK9A 1BI4A 3ZSYA 1LWEA 1LV5A 4FXDA 2OPRA 2KZZA 3WNEA 3AVKA 2VWKA 3C6TA 3VQ4A 2G8WA 1BGXT 3SJJA 3VN5A 3V9ZA 4CHPA 4B3OA 4YFUA 4ICLA 1NKBA 3KKRA 1L3VA 4M3UA 1G15A 2G8VA 1SUQA 2Q3SA 4M45A 4AILC 1DTTA 3QEVA 1VSJA 4DQSA 1C1BA 2Y1JA 1KFDA 3RMAA 3OYKA 1KCFA 4CF9A 1J9AA 4QCLA 3AVCA 4CIFA 4OKEA 3CFOA 4W5TA 4FJKA 5FRMA 1REVA 3PX4A 1RDBA 3MEEA 3ZT4A 2HMIA 2HNYA 3DLEA 3NF6A 3WNGA 1NOYA 4B9NA 3CM6A 1RT7A 1TVRA 3TWHA 3OYEA 4CECA 4H4OA 2DFHA 4IFYA 3ZT2A 3LWMA 3S3MA 4J2AA 1S6QA 3DI6A 3KIOA 3MXJA 4CEQA 3OYCA 1NK7A 4RW8A 3ZSVA 4AHTA 1SL1A 2VG5A 1GOCA 2DFEA 4IG3A 1NKEA 2YNIA 3C94A 1BQMA 5I3UA 3ZT3A 5CY4A 1IKVA 4Z4HA 3LAKA 4EP5A 2ZE2A 2G8IA 3AVBA 4M3ZA 4DSLA 1S1XA 1HQEA 3NH2A 4PWDA 4FW1A 1E0EA 5J2NA 1U4BA 1TKTA 2KTQA 4B8AB 3S3OA 3PO5A 1JLGA 5HRNA 4H8KA 4B9UA 3O3HA 5HRRA 4KV8A 3K5MA 3FFIA 1HPZA 2X78A 3QINA 1RT6A 1HMVA 1ZBUA 1CLQA 3TARA 1VSDA 4MFBA 2XO7A 5JS1A 1S1WA 1IKWA 1X1PA 3JYTA 1KTQA 2QKBA 1LWCA 3NDKA 3KK2A 3KK3A 4Z4GA 1ASVA 4CEFA 1C0MA 3L2VA 3HPOA 3V9XA 3K5LA 2XY7A 1TK0A 1KLNA 4ID5A 4CF0A 4CJRA 3TAEA 4O5BA 1L3UA 2P5OA 3LANA 3MXIA 2WONA 3HM9A 2HHXA 3AA2A 5DK5A 4M3RA 1HRHA 1RBSA 2F96A 4CIGA 4F2RA 4DU1A 2QKKA 4ZTFA 1JXBA 4CHQA 1CZ9A 3L2RA 1ZBLA 3VQ8A 4Z4CA 3L8BA 1SL0A 2DFFA 2ITGA 1S9EA 3E01A 4CGIA 3K57A 3QESA 1QSYA 3ZSZA 1TKZA 3CYMA 1LAVA 1S6PA 3KLEA 1VSEA 2G8HA 3OYMA 1B9FA 4JRPA 2XY5A 4E7JA 3TANA 1WJAA 1L3SA 4OPJA 2X6SA 2XRIA 4CJUA 1RTDA 5CYMA 3L2UA 3S3NA 3OYAA 3AVGA 4EZ6A 4FLUA 3WNHA 4DFMA 4RW6A 1QHTA 3U3YA 1U48A 4C8NA 1TK5A 3RWUA 5CZ2A 4CJFA 4ELTA 3NGYA 1NJXA 4FJHA 3RR8A 1XHXA 3B6OA 4KI4A 1S1TA 4FJMA 1S1UA 1UA1A 3KKSA 3LDSA 4PY5A 1BI4B 1J53A 4FJNA 1LW2A 4OPKA 4IDKA 4Z0UA 2P51A 3P1GA 2G8KA 3AO4A 5J2PA 3UIQA 3SYZA 1Q9XA 2IAJA 4CGFA 3NAEA 4CGDA 1YT3A 3QETA 1IKXA 3NH1A 4CEOA 1TKXA 3VQEA 5T7BA 3OS2A 3OYLA 1C6VA 2PZSA 1TK8A 1JLEA 3VQBA 3TABA 4EP4A 1S1VA 4B8CA 3P83D 3SNNA 4EZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H9JA 3SUQA 3HGGA 4JD2B 4KT6A 4WXDA 3IG1A 3LSRA 4JHDA 4BWMA 4PUOA 3BZKA 1NWKA 3ZQCA 2VJJA 1BJZA 2JN6A 3RRHA 3SCXA 1FWZA 1X1BA 2KKOA 3SZGA 2HZTA 1SL2A 2IRFG 2GWJA 4M74A 2E2PA 5M5YJ 3TTDA 4N0BA 3BGRA 4OLAA 1DP7P 1V4TA 1WNSA 1OVYA 5IT9O 3THVA 4JBAA 5LY3A 3CD6N 4W5RA 4LFCK 2FBTA 3KLHA 1D0ZA 4DMNA 2O8FB 3HC7A 3M8FA 1U5TB 1BC8C 5FKKA 4M41A 2CUZA 4DU3A 3GTQJ 4HNVA 3FM5A 3GTGJ 4KI6A 1USTA 2A5WA 2IOCA 4I7HA 2MA3A 3I56I 4DR2K 1REPC 4E1MA 3I9V2 1ZTRA 3DFGA 3QERA 4E7KA 2GAUA 3MN2A 1R5GA 1RBVA 4F2SA 3TI0A 3Q5FA 3L2QA 3I8DA 3ZSXA 2JA8J 4BR7A 2ID6A 2FMLA 4CXFA 3R1XA 3S41A 1FPQA 1HXDA 1XMAA 3L1PA 5E17F 1HNXK 2D0BA 1ASUA 2L9RA 4GYIA 3DLLL 2VIXA 4FJIA 5F64A 3C0BA 4IZ9A 2M34A 5D4SA 1ZLKA 4CYCB 1IKYA 3O8MA 1MH3A 4QOZB 4OAYA 5IT9Z 2QWWA 2BVLA 5LBQA 1VQ9I 5EVZA 3SLCA 3N97A 1OCOH 3A2FA 4XLCA 3GMEA 1W36C 2ZMEA 3R60A 1NMNA 5E84A 1QBJA 1LB2A 4QS8A 3L4QA 4EHTA 3AL0B 1Q82O 4S05A 3VOVA 2UYTA 1EV7A 2H6BA 3ZQIA 5GAGJ 3U2RA 5DYMA 4Z2YA 3LALA 3PSIA 2KHMA 4RB2C 4Y13A 4KNYA 4BC5A 3Q9VA 3VOEA 4HLYA 1IDYA 3O8HA 2DTZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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