1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
3HP6A 3V9SA 1JLAA 3AV9A 4C8KA 4FJNA 1T7PA 4DF4A 3BDPA 3OYLA 4DFJA 2HVIA 2KFZA 3SQ1A 1KRPA 4CF2A 1B9DA 4FLWA 1X9SA 3AVKA 3UIQA 2XY7A 5CY4A 1WSFA 3KKSA 1WJDA 2IC3A 2O4GA 3MEDA 1U49A 2G8HA 4DTXA 4FJHA 3NCIA 2X6SA 4OLBA 3B6OA 2P5GA 4Z4FA 4DTMA 1J54A 3NGYA 3VQPA 3CM5A 1EKEA 1S1UA 3QEVA 3QINA 3QNNA 4DQPA 1RT6A 1HQUA 1J53A 4CK2A 3KLIA 1Z26A 4FXDA 1TVRA 1KTQA 5K14A 4CF0A 4CGGA 3TR8A 3TABA 5EU7A 3RWUA 4F2RA 1S1VA 4W5TA 4JS4A 4IG3A 3VQEA 4KV8A 5KGWA 1X9MA 4M3UA 3EZ5A 4W5OA 4B3OA 1NK4A 4CEDA 1RTIA 2IS3A 4C8LA 2FC0A 3RMDA 3V1RA 1RT4A 4I7FA 1HYSA 4DU4A 3AO5A 3LPTA 3O4QA 2FBXA 4DFKA 1SUQA 3THVA 4DU1A 4DTRA 4O55A 1D8YA 1JLEA 3LDSA 4CFCA 5FRMA 2YHAA 4RW8A 4NCBA 4BE2A 4FJIA 1RBTA 1LWEA 1U48A 1C1AA 1GOCA 2GV9A 3K2PA 4CGIA 2X78A 3OJSA 4I2QA 1KVBA 4CHZA 1HYVA 4CERA 5DMRA 5C24A 4DF8A 3QETA 2OZMA 2QKBA 3RRHA 1ASUA 3AVIA 1UA0A 4B9VA 3MXMA 3HO1A 4M42A 1HNVA 1JLGA 3DM2A 4R5PA 4DS4A 3K58A 3RTVA 1WSJA 3OYAA 1HPZA 3WNGA 3HVRA 1DLOA 4E0DA 4DWIA 1L3TA 5J1EA 3PO5A 1HJRA 1HYZA 3K5OA 3SZ2A 3MEEA 3H08A 4CFAA 2HNYA 1C6VA 3VQDA 4JRQA 2FBTA 4BDPA 4EZ6A 2HVHA 2PYLA 1LAVA 1UA1A 3K5MA 1RILA 1VSEA 1S1XA 3QEPA 3RRGA 3TAPA 4W5QA 3IAYA 3KLGA 3SUOA 4Z4EA 1JL1A 3TAFA 2HB5A 1C1CA 1S6PA 1XC9A 1MW7A 4M3YA 4KTQA 3HPGA 5KTQA 1A5XA 2NUBA 1RBSA 3AA2A 4CFBA 4M41A 2XHBA 4FM1A 3U3YA 1ZBLA 2XY8A 5HBMA 4DSKA 2JLEA 2VG7A 3ISNC 1TAUA 1CLQA 4N5SA 4FJXA 2HNDA 5DK5A 5HRRA 4E19A 1NK0A 4M3ZA 2QK9A 2HHVA 2DFEA 4Z4CA 3KLHA 4QCLA 1TK0A 3V4IA 5FROA 3LP3A 3SI6A 1NJXA 4O0JA 4FJGA 4FJ8A 4CF9A 3AVAA 1D9DA 1RBVA 4CJWA 3OYBA 5JS2A 3V9XA 3C94A 4DTNA 4RW4A 1NJZA 4O4GA 3ZT2A 3KD5E 2XY6A 4YNQA 3P83D 2DFFA 3G10A 3SV4A 3PX6A 5HROA 2BANA 2HHWA 4BWMA 1S1WA 3OY9A 1REVA 4FLVA 4CJPA 3KJVA 4CEZA 3I8DA 3OS0A 2G8VA 2OPQA 3M8PA 1NJWA 2DTUA 1ASWA 2R7YA 3VN5A 3LAMA 3NF9A 1JKHA 3HT3A 1FK9A 3L2UA 5J2NA 3U6FA 2XO7A 2HHXA 3S9HA 2RKIA 1KFSA 4CEAA 3OYDA 1WSGA 4PWDA 1VK0A 2Q3SA 4ZHRA 4JRPA 2VWJA 2DFHA 4DG1A 3SYZA 4DQIA 3QIPA 1C1BA 4PUOA 1TKTA 3ZCMA 4CHPA 4DFMA 2QXFA 3AA4A 3QEIA 3KD1E 4OKKA 1O1WA 3V6DA 1W9HA 1CXQA 4H8KA 1QS4A 4CIFA 4J2BA 1LWCA 1NKBA 4HVJA 3DI6A 3LPUA 3IRXA 1S9EA 4H4MA 2B5JA 3ZSRA 4HTUA 3SQ0A 1D5AA 3AA5X 4OKEA 3OYIA 4FJ7A 2ATQA 4QAGA 3QLHA 4FK2A 3P1GA 3CQ8A 1BI4A 4DTOA 4F3QA 1WJAA 3KK1A 1KONA 3B6PA 3DMJA 4CJRA 1ZBUA 3OYKA 3JYTA 3NF6A 1RDDA 1JXBA 2YNIA 3AVNA 3DRSA 4I2PA 4CK1A 2HHSA 1S9GA 4LY7A 3RR7A 1RT1A 1T03A 3DLBA 2RPIA 4DQQA 1RDBA 4CEOA 3TAMA 3L2VA 5T7BA 1GOBA 3AVHA 1RT5A 4BDZA 5J2MA 3O4NA 1QTMA 3AVLA 4KHWA 3LZIA 4H4OA 3HJFA 4N76A 3M8SA 1BI4B 4LSLA 4DU3A 2PZSA 1XWLA 1XHXA 3SUPA 1WJFA 5I42A 3CFOA 3V9WA 4CGDA 4C8MA 3T19A 2XY5A 4I9LA 3O3GA 1F21A 3QO9A 3OS1A 3M8QA 3SPZA 1NK8A 3IS9A 1SKRA 4OVLA 2OA8A 2PYJA 2HHUA 3OYCA 3ZT0A 3HXMA 4Z4GA 3CG7A 4HUGA 3KLFA 2WONA 3PUFA 1A5WA 1UWBA 3NAEA 1UOCA 3ASMA 3OYEA 4DLGA 1K6YA 4DQSA 4M3XA 4AHTA 1EXQA 1IH7A 1DTQA 2P51A 4DMNA 1RDAA 3JSMA 4FK0A 1HMVA 1RTHA 1RTDA 2W42A 4AHCA 1WJCA 4AILC 3SQ2A 4FLXA 2YKMA 1ZYQA 3BGRA 4B08A 3RMCA 3LZJA 3SV3A 1WSIA 3VA3A 4L8RB 1WJEA 1RBRA 4OGEA 1YTUA 3I0RA 1LFPA 4FLZA 1GOAA 4PA1A 4DFPA 4M3WA 3VQBA 4KREA 4KKOA 1I39A 5HRSA 4CEBA 3ZSVA 5HRPA 4UQGA 1NKEA 4I9QA 1BGXT 4CF8A 3NH0A 1VRTA 4B8AB 2I5JA 4DTUA 1NK9A 1UAXA 2IDOA 4XIUA 3O3HA 1HRHA 1JL2A 2VG5A 1VSLA 3DYAA 3WNEA 4NYNA 1ZBHA 1YTAA 1KVCA 4AHVA 2E6MA 1Y97A 1NK6A 3ULDA 4CGHA 2KZMA 2KQ2A 1FKOA 5D3GA 4OGCA 4CESA 4EP4A 4CJ5A 4KO0A 4LD0A 4M45A 3DLEA 4K8XA 3HM9A 5CZ2A 3F73A 1QE1A 2PY5A 1X1PA 4CCHA 1WSHA 4FJKA 3VQ4A 4CK3A 3AVGA 3NDKA 4N56A 2Y1JA 2F96A 3NH2A 4OPKA 1BL3A 4NCAA 4RG8A 3TAEA 5KI6A 1LV5A 3L8BA 3TWHA 2D5RA 2HMIA 4IKFA 4W5RA 3HYFA 2F8SA 1C0MA 3HPHA 4F3OA 1JLCA 4JLHA 3ZT1A 1Q9XA 1CZ9A 4E7LA 1L3VA 1QSSA 3DRPA 2A1RA 1KLNA 4Z4IA 4CEEA 3V1OA 2AJQA 3D0PA 3HK2A 3TANA 3MEGA 1TL3A 4Y1DA 2IAJA 5CYMA 1ZBIA 1D9FA 2DY4A 5KGXA 3OYMA 1N5YA 4DQRA 1J5OA 4KTWA 4BACA 2IGIA 4CF1A 4CJUA 3S3NA 4DSLA 4W5NA 3OYJA 4CJ4A 4PQUA 1VSDA 3LALA 1VSFA 4CEQA 1BCOA 1HNIA 1KVAA 4CHNA 3OYFA 3P5JA 1ZBFA 2YHBA 3CFPA 1U04A 3NF8A 4KB1A 4E7KA 2O4IA 4E7HA 1JLBA 4LH5A 3VQ6A 3VQAA 4MFBA 2B6AA 1SL1A 1RT7A 2D0AA 2ZE2A 1WJBA 4FM0A 3AA3A 4CJTA 4DS5A 1TAQA 3AVBA 3KK3A 3A2FA 4B9UA 2HHQA 5HLFA 2YNGA 4FW1A 1C0TA 3ZSQA 4LSNA 3AVJA 3QEWA 1TGOA 2BDPA 3NF7A 3C95A 1KLMA 1I3AA 3HVTA 5C25A 4J2DA 4KHYA 2ITGA 1NKCA 4DTPA 1KSPA 4PY5A 1SKWA 3SQ4A 4Q0BA 4KRFA 2YNFA 3WNHA 3SUNA 4FVMA 4KB0A 1U47A 3D45A 3VQ7A 5KRTA 3OS2A 3KK2A 1EP4A 1QSLA 1WAJA 1B9FA 4FJMA 3AO1A 1NK7A 3S3MA 1VSJA 1ASVA 4KI4A 3NGIA 1BHLA 3C6UA 4DSFA 4ELTA 4FJJA 4E89A 2P5OA 1NOYA 2G8FA 1RDCA 3IG1A 3OYNA 4FLYA 3ZT3A 4IFYA 4HCCA 2E6LA 1X9WA 3L3UA 4KTZA 1WLJA 4O5BA 5E41A 4HHTA 3RMAA 3AO2A 1XHZA 2HW3A 4BWJA 3O3FA 3K5LA 3NH1A 3L2WA 3V9ZA 1IKYA 4Q5VA 1NOZA 3WNFA 4CHYA 2YNHA 1VSKA 2IOCA 1NJYA 4E1NA 4GVMA 3DOLA 1KFDA 4MQ3A 1BCMA 1KCFA 3DLGA 4FLUA 1RT3A 1RCHA 4CHOA 4F4KA 5JS1A 4G1QA 1Q9YA 4CECA 1IKXA 2VWKA 4YFUA 3PO4A 4WE1A 3TAQA 1VSIA 1TL1A 3I0SA 1XI1A 4M3TA 1HQEA 3KKRA 1WAFA 4OJRA 3L2QA 4CJEA 4FZZA 2XRIA 1S6QA 4GMJB 1BIZA 1VRUA 4IFVA 4RW7A 3U3GA 3EYZA 3ZSWA 4KI6A 1J9AA 1G15A 4JS5A 3LAKA 3CM6A 3MAQA 4KHUA 1L3UA 4CJFA 1L3SA 3FFIA 4GW6A 1RNHA 4ID5A 2ETJA 4FK4A 4F2SA 4J2EA 4E3SA 4E7JA 3AO4A 5HRNA 3VQQA 5SWMA 3F9KA 1VSHA 2GUIA 2P1JA 4FM2A 3KTQA 4AHUA 3KLEA 2OZSA 3RMBA 3PX0A 4DSJA 4ZTFA 4IDKA 5FDLA 2Z1HA 3DLHA 2Z1GA 2KFNA 3QIOA 4CGJA 4DSEA 1SV5A 4AHRA 4AH9A 3QERA 5HP1A 3MXIA 4CJ3A 1L5UA 1R0AA 4BDYA 3SJJA 3DLRA 1EETA 5CZ1A 5C42A 1S1TA 2EX3A 2VG6A 4B9NA 1CXUA 2BGGA 3ZSXA 2E4LA 4DTJA 3AO3A 2HHTA 4KFBA 1DTTA 4CIGA 4OKJA 3DLKA 3ZSOA 2QKKA 2KW4A 4FZYA 1IG9A 4KHQA 1BQMA 5J2PA 3DRRA 3LANA 3HSTB 4QOZB 1LWFA 1T8EA 2JGUA 4F8RA 3LP2A 4CGFA 3QESA 1IKVA 1Z25A 3M8RA 1QHTA 2KZZA 1SL2A 3QEXA 4CJQA 3LP0A 4NCGA 3G0ZA 1SL0A 1C0UA 3CYMA 4EP5A 4ELVA 1W0HA 3TARA 4Y1CA 3VA0A 2B4JA 1TK8A 2GBZA 3ITHA 3EY1A 2RN2A 2RF2A 4RW9A 1BISA 2OPSA 4FJ5A 1IO2A 2YKNA 1JLQA 2Z1IA 2G8WA 2X74A 2KTQA 3ZT4A 5I3UA 3KIOA 2EHGA 4DLEA 4CE9A 3OYHA 4DTSA 3T1AA 3C6TA 3TI0A 3NFAA 3AVCA 4CJVA 5SZTA 3SUQA 1U45A 4E7IA 2G8IA 3OYGA 4EZ9A 2OPRA 4ICLA 3L3VA 1EX4A 4AHSA 1LW0A 3NHGA 1QSYA 2HNZA 3NBPA 3VQ8A 3LWLA 2YV0X 2ZQBA 2A1SA 1BIUA 2Z1JA 4OPJA 3VQCA 1RT2A 3OVNA 4C8NA 4FZXC 5J2QA 3TAGA 4KPYA 4DSIA 4E1MA 4CIEA 4O0IA 1N6QA 4B9SA 2OYQA 1RTJA 4CEFA 3HPOA 3S3OA 1CZBA 1JLFA 4FJLA 4K8ZA 5CYQA 3VQ9A 4CJSA 2F8TA 1MU2A 1LW2A 4FJ9A 3MECA 1WSEA 4LH4A 2Y1IA 3VQ5A 3NGZA 1B92A 1JXEA 1A5VA 2D0CA 3V1QA 4KAZA 3V9UA 2D0BA 3ZSYA 4F3TA 4ZTJA 4IG0A 4CFDA 3K59A 3K5NA 2ZD1A 4FLTA 4KHNA 1TKXA 1YVUA 3HP9A 3LWMA 1YT3A 1RBUA 1BQNA 4NYFA 4CHQA 1LAWA 4TSXA 4KHSA 2LSNA 3NE6A 4ID1A 4C8OA 1TV6A 3T3FA 4OLAA 1FKPA 5KRSA 3AVFA 4ELUA 4FCYA 3L2RA 3HL8A 1E0EA 3LP1A 3ZSZA 4HUFA 1WN7A 1Q8IA 4M3RA 2FBYA 2WOMA 2G8UA 3PX4A 4B8CA 1SKSA 4Z0UA 3MXJA 3SPYA 1TK5A 4FW2A 3DOKA 4O44A 3K57A 4BE0A 1IKWA 1S5JA 1T05A 4B9MA 4FYDA 2BE2A 2X6NA 3SCXA 1WNSA 4B9LA 3QNOA 1ITGA 1QQCA 3OJUA 4HUEA 1TKZA 3CFRA 1U4BA 5FRNA 3V81A 4J2AA 4Z4HA 4BE1A 4N47A 1NK5A 1VSMA 2G8KA 4CJKA 3PV8A 1FXXA 1TKDA 4RW6A 3E01A 4CJLA 4HCBA 2OPPA 3RR8A 4B9TA 2FBVA 3ALYA 3SNNA 4N41A 3AVMA 4IBNA 3PY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 4AIHA 3V9SA 2HVIA 2CW7A 3W3CA 2OANA 1RFQA 2PFBA 3WG9A 4DTMA 3NGYA 4NB5A 2VQGA 2PAVA 3TR8A 5E1WA 3PJRA 1S7EA 1WKMA 2IS3A 1X3ZB 3I4PA 2GOMA 2XAFA 2L7MP 5LRSA 2YHAA 3ZMDA 2F6CA 3BOQA 4NCBA 5GIOA 1MBEA 1JKRC 1VZ0A 2EA4A 1UB9A 4I2QA 2DXIA 4JEPA 2BV6A 4BXFA 3MXMA 4KYWA 4IHYA 4CDGA 3C0BA 1F9NA 1NWKA 2GZWA 2BY2A 1RILA 1KAYA 1BR2A 3L4IA 5LL6Z 3MD2A 3AA2A 3TDZC 4CI6A 2O8XA 3TPQA 1CLQA 3HOXJ 2J4RA 2HTSA 3LM2A 1IXSB 4DJAA 1SANA 4IEJA 4RW4A 2XY6A 3O6WA 3CJNA 1IDYA 3SQNA 5K1YA 2K9SA 2DMQA 1KFSA 3QDKA 3BJAA 4IO8A 3AA4A 2V1NA 3E9PA 4RCHA 3P9IA 2ZSIB 3JREA 2HDDA 1LWCA 2V9KA 5JFRA 3SQ0A 1R58A 2ATQA 3H3ZA 4MNUA 4CK1A 3KZYA 1RDBA 4I0BA 1GOBA 5J2MA 2NVQJ 2VIXA 1TUYA 4CD1A 2DA5A 1O3QA 4H0OA 3T19A 1V4RA 2HZDA 3O3GA 3CJAA 2VKVA 3TGNA 2KFDA 2L2OA 3CCUI 5LMNK 4ANJA 3MCPA 4CHUA 2IEKA 3BZ6A 3A03A 4AHTA 4L9JA 1RDAA 3BF1A 3SQ2A 3BPVA 3KWGA 3AGRA 1ZAOA 1XPXA 3BR6A 2JVHA 1BO5O 4L8RB 2L4AA 3NWSA 3GZ5A 2HQNA 2FNAA 1BBYA 3RSNA 4NYNA 1IBMK 2KZMA 3KVGA 1R49A 3VEVA 2E2PA 5IY5H 3ID6A 2J5PA 1X1PA 1FYKA 1ZRCA 1EWRA 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1T6CA 3BJ6A 4EIAA 3F6VA 3DEUA 4ZDPA 3E01A 4CGZA 3NQOA 4IBNA 3SEQA 5F1JA 2KFZA 1B9DA 2F5EA 2OBPA 1APLC 2IC3A 2ME0A 1BI0A 2GIVA 3QINA 4O5FA 2JA8J 3RQ4A 3B8AX 2ZM6K 4TV7A 3VYSB 1U2VB 5DDGA 3KP2A 4JN4A 2R5YA 4IHSA 3LDSA 1NGJA 1T38A 2X78A 3QU3A 2R5YB 4DF8A 5DMRA 5KVRA 5AQRA 1ASUA 3VESA 3ENHA 1HOMA 3K58A 4H5WA 4DGWB 1MA9B 1PUFB 3G1MA 2NRRA 1HYZA 2K9MA 3SAGA 5JHFA 4A3MJ 4R1HA 3A01A 1S6PA 4WCGA 5K5QA 3BZCA 4LB5A 4CFBA 1X2NA 4GNIA 3A01B 3LP3A 5IP9J 2LKSA 2P81A 3CDIA 3OYBA 1K78A 1HDPA 4YNQA 3P83D 1R1VA 2DFFA 4A12A 2HHWA 3DLLF 3I8DA 3P9KA 1S29A 1K78B 2MD0A 1NMDA 4AM7A 4PWDA 2HDCA 2ZWHA 1C1BA 1JT6A 3PUBA 4DBQA 4BRPA 5DCFA 4CIFA 1ILYA 2XROA 3D5SC 4BQZA 3IRXA 1J59A 2WUSA 2L9SA 2Q1ZB 4QAGA 3KK1A 2PG4A 4LY7A 3WE2A 2IS4A 4IPAA 3HB9A 3M8SA 3GLLA 1C0FA 1XB4A 3LQRA 1K4SA 3R1XA 3EE8A 2PBIA 1WCMJ 2W85A 3CG7A 1WBDA 3OW2M 4LF7K 2K5CA 1D3YA 2LSOA 3CCVI 1GLJO 3CMEN 2O8EB 3ZLJA 2YJFA 4OIRF 1BJZA 1SEUA 1RBRA 1YTUA 3HRUA 1V3FA 2VC1A 2L01A 3O3HA 5JVGL 2XKOA 2CGLA 1Y97A 4B4CA 4BBSJ 4CO8A 2COBA 4CK3A 2G7UA 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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