1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
4G1QA 5J2NA 4KRFA 4AILC 4OGEA 3CQ8A 3BDPA 4NCAA 4AHTA 4CK3A 2G8WA 2GUIA 1U04A 2BDPA 1NK9A 3EY1A 3DYAA 4FZXC 5HP1A 4NYFA 4M3WA 1KVAA 5CZ2A 2G8KA 1WSGA 2WOMA 2HHTA 3AO5A 1JLBA 1XHZA 1CLQA 3VQPA 1A5XA 4ZHRA 3K5NA 5KI6A 3ZSZA 1HNIA 3OY9A 4AHUA 3IRXA 3LDSA 3B6PA 3TR8A 4CF1A 1JLQA 3WNHA 1LV5A 5FRMA 2HW3A 4IFYA 1S6QA 4BDPA 4CGDA 1KTQA 1VK0A 1WJBA 1QQCA 1EETA 3VQDA 5E41A 1LWCA 3PX6A 4OPKA 1TAQA 3TAPA 1LW2A 4E0DA 4CHPA 1TV6A 3OYBA 3K58A 1SV5A 4DLEA 3T1AA 2DFHA 2GBZA 5I3UA 4EZ6A 2QKBA 3OYIA 4M3ZA 1RT4A 3C94A 3RMCA 1BISA 2Z1IA 1RNHA 3TAEA 1S9GA 1L3TA 4BACA 2QK9A 4CJPA 4M3YA 1L3VA 1LWFA 4CIFA 2PY5A 4O5BA 3K5OA 1W0HA 3NDKA 3IG1A 1VSKA 3V6DA 2QKKA 3C6TA 4FJMA 4C8KA 3ZSYA 3HO1A 4ELUA 3SQ4A 1S1UA 1NOYA 1S1TA 3DLGA 1RTJA 1QSSA 4PA1A 4DTSA 4KREA 3C6UA 4CGHA 3RMDA 2O4IA 4ID1A 4CJLA 1BGXT 3LP0A 3P1GA 1JLCA 5KGWA 4DTRA 1WSEA 3M8PA 3QIPA 4FLTA 4HCBA 4QCLA 2G8VA 1O1WA 3HJFA 3IAYA 1TVRA 3EYZA 1WSHA 3SI6A 1HYVA 2NUBA 3VQEA 1KRPA 1XHXA 4Z4GA 1WSFA 3VQ5A 4IFVA 4E1MA 3HP6A 2HHSA 3SV4A 3DOKA 1UA0A 1HYSA 1U45A 4C8NA 3ZT3A 3OJUA 1D9DA 4L8RB 3KKRA 4TSXA 4IDKA 3HL8A 4CF0A 2BGGA 1WLJA 4DTOA 5KTQA 1HQUA 4C8MA 4OGCA 1BCMA 2YNIA 4YFUA 1VSLA 5J1EA 3K5LA 4DTJA 1I3AA 4WE1A 1WAFA 3MEEA 1S1WA 3THVA 4E7IA 3AA4A 1L5UA 2YKMA 3D0PA 4OKEA 2VG7A 1HQEA 1U47A 3SV3A 2HNYA 4AH9A 3KLEA 1BQNA 3S3NA 5C24A 4FJXA 4LD0A 5C42A 3NBPA 4M45A 2E6LA 4W5QA 4QAGA 2PYLA 5DK5A 3O4NA 3DI6A 4N47A 3WNFA 3OYJA 3SUPA 1U49A 4OKJA 3LANA 4Q0BA 1L3UA 1Y97A 1EX4A 1BIZA 3O3HA 4Z4EA 3RMBA 1RT3A 5J2MA 1VSEA 3ZSXA 3ZT1A 1HJRA 1VSFA 2G8FA 1TKTA 3ZCMA 3VQ6A 3AO4A 1BI4B 3AVLA 3ZSOA 4E7KA 1D9FA 1Z26A 1NKBA 2IS3A 2A1SA 3PO5A 3DLEA 4CJSA 1WAJA 4FW1A 4KPYA 1WSJA 4O0JA 4CEEA 2WONA 1KONA 4F3QA 3HK2A 4CF9A 3DLHA 4CF8A 3V4IA 1BIUA 3QLHA 2P51A 4DF4A 4FK2A 4EP5A 1NKEA 2OPPA 2DY4A 3KLGA 4BDYA 3AVHA 4OVLA 4B9TA 2HHQA 3VQ4A 2IOCA 1IH7A 1ZBIA 1RBSA 1S9EA 1ZBFA 2KW4A 3QIOA 4CEFA 3KIOA 1EXQA 3DRSA 4CIEA 4ZTJA 1XC9A 4B9UA 2KQ2A 1TK5A 2A1RA 3RR7A 4DTPA 4KFBA 3L8BA 3U6FA 4Z4FA 3OYKA 4JRQA 4DTNA 2AJQA 4LH5A 3AVBA 1Q8IA 2EHGA 4DU4A 1DTQA 4ELTA 1CXQA 3RTVA 3KTQA 4KB0A 4CHYA 5CZ1A 1NK6A 4FZYA 1QSLA 3V1RA 2RF2A 3NHGA 4F3OA 4RG8A 2ATQA 4RW6A 5C25A 3L3UA 3MECA 4YNQA 4FCYA 3PO4A 2Y1IA 4E89A 3O4QA 3SUNA 3O3FA 4DF8A 3AVMA 3CFRA 1SKSA 1VSMA 4FJ5A 3V9ZA 4JLHA 4CGFA 4DG1A 3KJVA 4IKFA 3SPZA 2HB5A 5I42A 1A5WA 2YKNA 3M8SA 1RILA 3TABA 4DQIA 3SUQA 4CJFA 4CEBA 3A2FA 4F4KA 2VWJA 3SQ1A 5FROA 3RR8A 2ZE2A 3K59A 1SL0A 2VWKA 4N56A 4MFBA 1GOAA 4CJEA 1ASWA 1WJDA 2BANA 4CJRA 3OYAA 4CEDA 3SQ0A 1RBTA 1NK5A 1N5YA 4E7LA 1BCOA 1BI4A 2Z1HA 2G8HA 4OLBA 3U3YA 1IO2A 2HVIA 4Z0UA 1T7PA 4CK1A 3QEVA 3AVKA 4CJ3A 1RBVA 4DFPA 1J5OA 1ZBUA 1HNVA 3KD1E 5D3GA 2KZMA 3LP1A 3NF8A 4BWJA 3QNOA 4KTQA 2LSNA 2HHUA 3K5MA 4B9MA 4DTMA 4I9LA 4FLXA 4M3XA 1UOCA 2X74A 4DFKA 4J2AA 1X9SA 4PUOA 2YNHA 3AO3A 2KFNA 3LP3A 1NK4A 3QEIA 4FJGA 1RDAA 5KRTA 4DSKA 3LAMA 4OJRA 1NKCA 1MU2A 4R5PA 2GV9A 3CM5A 1RTIA 4LSNA 4E7JA 3HM9A 1W9HA 4B9SA 4ELVA 2XRIA 4M42A 3SJJA 5CYQA 3OS2A 1IKVA 4HUFA 3AVIA 3NH0A 1C0TA 4KKOA 3KK1A 3M8RA 4CJWA 4CEOA 4BWMA 1QHTA 3ZT0A 5J2QA 2OYQA 2DTUA 5HRRA 1JLGA 3D45A 3LALA 3PUFA 1R0AA 2VG5A 4DS4A 3ZSVA 1WJAA 3DLRA 4CE9A 1VSDA 2QXFA 1WN7A 4AHRA 4CHOA 4Y1DA 3OYLA 3VA3A 3BGRA 3V1QA 1NK0A 4F2RA 1VSIA 3VQAA 2X6SA 1RT7A 2YNFA 1TL1A 2VG6A 4RW8A 3CFPA 5HLFA 1MW7A 1IKWA 3G0ZA 1FKPA 4JS4A 4FJLA 3T19A 2FBTA 1C1BA 3ITHA 1T05A 3HPGA 3ZT4A 4JS5A 1S6PA 3O3GA 1VRTA 3LZIA 4FVMA 3EZ5A 3SQ2A 2FC0A 1WSIA 3VQQA 3NE6A 4HCCA 1LAWA 2P1JA 1QE1A 3HSTB 4C8LA 4Q5VA 1WNSA 1JXBA 1GOBA 5SZTA 3AO1A 5KRSA 5SWMA 3VQ8A 2XY6A 5CY4A 2D0CA 2HHVA 1C0MA 3AVCA 3LWMA 3QERA 5CYMA 1C1CA 4FLVA 1RBUA 2D0BA 1U48A 4DSJA 3OYGA 3CM6A 3TWHA 3QNNA 2F8SA 4DU3A 2ZD1A 1FK9A 1KLMA 3OYFA 3HXMA 1TK8A 3TAQA 4AHSA 2KFZA 4CGJA 4ZTFA 3JYTA 3DRPA 4H4OA 4FJJA 3V9WA 3VQBA 4FLUA 1ZYQA 3K2PA 3U3GA 1RTHA 3OVNA 1KVCA 3LZJA 4HTUA 2HMIA 2DFEA 4DQSA 1TKDA 4J2EA 1TKZA 4K8XA 4PWDA 1QSYA 2X78A 4RW7A 2G8UA 2D5RA 4B9LA 3HPOA 4BE0A 3V9UA 4FM1A 2JGUA 3MXJA 4B3OA 3L2RA 5J2PA 3ASMA 4HVJA 4O4GA 2XHBA 4DQRA 4FZZA 3CYMA 3QESA 3MXMA 3S3MA 4CHZA 4LH4A 4UQGA 2IGIA 4CJTA 2IAJA 4CJ4A 1KCFA 1RDBA 4CJKA 4CCHA 4J2DA 4KO0A 4Y1CA 2P5OA 3NCIA 4CESA 4EZ9A 4CK2A 3VQ7A 3ZSQA 4N76A 4B8AB 1REVA 2YHBA 4BE2A 4MQ3A 2YV0X 3S3OA 1T03A 3B6OA 3DM2A 4FM0A 2E6MA 1C0UA 2EX3A 3CFOA 3QINA 3OS0A 4DTUA 3K57A 1RT1A 1S1VA 1YVUA 4KHYA 3OYNA 4DSEA 3PY8A 3NH2A 1C6VA 1TL3A 2E4LA 2RKIA 4E3SA 4DQPA 1WJFA 1NK7A 2OZSA 3DMJA 3L2QA 3NF9A 4CERA 1RT6A 3QO9A 3NH1A 4KAZA 1B9FA 4M3RA 4HUGA 2I5JA 4BE1A 3SYZA 1U4BA 2Q3SA 3NFAA 4CFDA 4IBNA 4DSIA 5DMRA 4H4MA 4BDZA 5HROA 1YTUA 4LY7A 4RW4A 3ZSWA 1SUQA 4CIGA 2B5JA 1K6YA 2JLEA 4FLYA 3QEPA 3V1OA 3TI0A 4KI4A 4KHSA 3TAFA 4KHWA 3AA3A 4DLGA 4K8ZA 5K14A 5HBMA 3AVFA 1LAVA 5KGXA 1IKXA 1S5JA 3TANA 1KVBA 4DU1A 3RRGA 3V9XA 3OS1A 2Z1JA 1ASUA 1RT5A 2IDOA 3MEDA 4GW6A 3NGIA 3MXIA 1YTAA 3SUOA 4NCBA 2Y1JA 2P5GA 3E01A 2YHAA 4W5RA 4HUEA 1UWBA 3OYEA 3L2UA 4O55A 2ETJA 2OPQA 3AA2A 3ALYA 2HNDA 5JS2A 3MAQA 3IS9A 1BHLA 1JLEA 2Z1GA 4Z4IA 1HYZA 1ZBHA 3HPHA 1LFPA 3NGZA 2PYJA 1J9AA 4OLAA 4O44A 3VN5A 5HRPA 4M41A 1LW0A 4CHQA 1FKOA 4DWIA 2B6AA 3VQCA 3KK2A 1CZBA 4FLWA 3PX0A 1G15A 3MEGA 4CGGA 1NJYA 1A5VA 3LPTA 4FYDA 2ZQBA 3I0RA 1NOZA 1VSJA 2B4JA 4EP4A 4KHUA 4FLZA 4AHCA 4E7HA 1SKWA 3V81A 1TAUA 1X9WA 2PZSA 4FJKA 2FBYA 1NJZA 4N41A 1FXXA 1RCHA 1JXEA 4DS5A 1SL1A 1EP4A 1NJXA 3NGYA 4JRPA 4M3TA 1GOCA 4GMJB 4KTZA 4H8KA 3PX4A 1ITGA 4CHNA 3SPYA 3KLIA 4ID5A 4CEZA 4E1NA 3PV8A 4CFBA 3AVGA 3OJSA 4I2QA 4Z4CA 3F9KA 2HNZA 3ULDA 3HVTA 4HHTA 1QTMA 1QS4A 3NF6A 4Z4HA 4FK4A 3TARA 3QEWA 5HRSA 3H08A 4B8CA 4DTXA 1NJWA 1YT3A 3LAKA 2HHXA 3ISNC 3SCXA 1JLFA 1JLAA 3C95A 3KKSA 4CEAA 4CGIA 1RDCA 1DTTA 4FJ7A 3QETA 3OYHA 2G8IA 1N6QA 3I8DA 1VSHA 3FFIA 2OPSA 3DLBA 2KTQA 1ASVA 3L2WA 3S9HA 1RTDA 1B9DA 1B92A 4I2PA 1D5AA 4B9NA 5FRNA 4CJUA 3RMAA 1T8EA 1XI1A 4FXDA 4KB1A 1TKXA 3HP9A 3WNEA 3HVRA 4I9QA 5JS1A 2X6NA 1VRUA 1WJCA 4FW2A 3TAMA 2BE2A 2OPRA 3G10A 4OKKA 4PQUA 4PY5A 5FDLA 2XY7A 3KLFA 4QOZB 1HRHA 1SKRA 4CJ5A 2YNGA 1KSPA 1RBRA 1KFDA 4RW9A 1RDDA 1L3SA 1TK0A 4CF2A 2R7YA 3KK3A 4C8OA 2KZZA 3LP2A 4FM2A 5EU7A 2XY5A 1F21A 4B9VA 4IG3A 2RN2A 2RPIA 4DFJA 1ZBLA 1JL1A 4XIUA 1UAXA 1IKYA 1CXUA 3AVJA 4CEQA 3SZ2A 3NAEA 4DSFA 3RRHA 3TAGA 4KTWA 1D8YA 2OZMA 4E19A 3OYCA 2O4GA 1IG9A 2W42A 3JSMA 4KI6A 3DRRA 4F8RA 4CJQA 4NYNA 4FJ8A 4FJNA 1RT2A 3DOLA 3CG7A 4DMNA 1BQMA 3AO2A 2F8TA 3LWLA 3V9SA 4O0IA 1Z25A 2D0AA 1X9MA 3NF7A 3VQ9A 3KLHA 4FJIA 4F3TA 4W5TA 4KV8A 1XWLA 1E0EA 4F2SA 3KD5E 3AVAA 3WNGA 4LSLA 2OA8A 1C1AA 3HYFA 3RWUA 3P5JA 1TGOA 1X1PA 5HRNA 4KHQA 2IC3A 1HMVA 4ICLA 4IG0A 1Q9YA 3OYDA 4CECA 1NK8A 1SL2A 1UA1A 3OYMA 2FBVA 3SNNA 1KFSA 3LPUA 1KLNA 4I7FA 1JKHA 2DFFA 4FJ9A 1JL2A 3ZT2A 2XO7A 4CFAA 3T3FA 3M8QA 4N5SA 3QEXA 2F96A 2XY8A 1EKEA 1BL3A 1S1XA 1J54A 4DFMA 1DLOA 3AVNA 3I0SA 4CFCA 1Q9XA 4DSLA 3L2VA 5T7BA 2HHWA 3L3VA 3AA5X 4B08A 1I39A 3ZSRA 4DQQA 4J2BA 4FJHA 4M3UA 1LWEA 1WJEA 3HT3A 4W5NA 2FBXA 3DLKA 3P83D 2HVHA 1HPZA 4W5OA 4KHNA 3F73A 4NCGA 1CZ9A 4AHVA 2ITGA 1J53A 3UIQA 4FK0A 4CJVA 3AV9A 4OPJA 3VA0A 4GVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TWGJ 1CF7A 2WB1N 4OPAA 3UKUA 4G9YA 4IX7A 1Z9CA 3KEQA 2M8GX 3PX6A 2H09A 5HDNA 4E0DA 3B6AA 2HMPA 1WCMJ 2QKBA 4O3MA 2CW7A 3IAS2 3NDKA 1VQNI 3AGKA 1S1TA 4FWRA 3ZOBA 2ISYA 2EWSA 1NGHA 2RVCA 4P5OA 4KJZA 1KRPA 2WFBA 4IFVA 4HF1A 1GXPA 2VKVA 3HL8A 2NRHA 3GDQA 1KYZA 1VSLA 5EZGA 3DKYA 3FMSA 2IW5A 2VG7A 2FBIA 5J1YA 1KAYA 4FJXA 4LD0A 1HPMA 3OYJA 3E9LA 3CMMA 1Y97A 2W6LA 3ABLH 3S41A 1YLFA 5C4XJ 2IS3A 2R7OA 3PO5A 4FW1A 3F8NA 1SD5A 3HK2A 3GTQJ 2VKDA 3VGLA 1Y56A 2P51A 1FJGK 2W40A 3BZKA 4OVLA 1S9EA 3ECOA 1X1AA 2TCTA 1KU9A 1UCRA 3FXKA 3VESA 4A6DA 2IGKA 2KQRA 1NG6A 4ELTA 3NHGA 3OHRA 4AUXA 2ATQA 1JUPA 3LDQA 2IGNA 3AVMA 3JRBA 2YI1A 5AQNA 2YKNA 3SK3A 2NVYJ 3BG5A 4RB3C 1QU3A 4A5MA 1IRGA 4RGSA 2L9NA 1VQ7I 1MWMA 4CEDA 3MN2A 2FNAA 4E6KG 1WWXA 1TTYA 4DFPA 4ZDLA 2O8EB 3F6VA 4YORA 3FDYA 4M3XA 4IL6C 3CUQB 2Q0UA 2ZJQF 2HVQA 3JTHA 3GTOJ 1MU2A 4B9SA 4LSNA 5KAFC 1W9HA 1CQTA 3VEWA 4YOXA 1YS7A 3KK1A 4XLPF 5J2QA 4IOAL 3VA3A 1KC8O 5AZIA 3CIPA 1RRJA 1JKQC 1PJRA 2F5VA 1YI2N 1GOBA 3VQ8A 3GFMA 3K2AA 3JREA 1YAGA 3K70D 1KLMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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