1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
2FBTA 3HP6A 1BI4A 1ASWA 1EETA 5KGXA 4F8RA 3V1RA 4F3OA 1WNSA 4CJ4A 1UA0A 2O4IA 1JXBA 5T7BA 3TR8A 3MXIA 4C8OA 2HHTA 2WOMA 3QO9A 4CGFA 2JLEA 3C6TA 4DF8A 3QEWA 3P5JA 5I3UA 4DSKA 1RDAA 4KFBA 3KLFA 2LSNA 4Z4HA 1MU2A 2OPPA 2Y1IA 1KVCA 3LZIA 4RW4A 3QIOA 4IFVA 1LW0A 1RTDA 5C25A 4QAGA 2YHAA 5HBMA 1U47A 3VQ9A 4CEDA 5HRSA 4CGDA 1TL3A 4AHRA 4M3ZA 4Z0UA 2HHQA 2B6AA 3I0SA 3AVCA 3AVNA 3MECA 4DTOA 3PO4A 4DWIA 3AO1A 3O3GA 3ZT3A 5CYQA 3IS9A 4E19A 3SPZA 1Z25A 4DTSA 3KD1E 3ZT2A 4PA1A 3ZSZA 3PV8A 2XY8A 4BDYA 1BISA 1ZBHA 3K57A 2P5OA 1BL3A 1ZBFA 2HHUA 5C42A 3ALYA 3DLEA 3AVMA 1RBRA 3LP1A 4HUFA 1NKBA 3P1GA 4DFJA 4FJGA 1X9SA 1KRPA 3K58A 1LWCA 2OYQA 3OYAA 4CECA 2OZSA 2YKNA 4FLXA 4RW8A 1JL1A 1IH7A 4CF1A 2ITGA 1LWFA 2A1SA 4B9TA 1TKTA 4DQPA 1EX4A 1VSEA 4KV8A 2Z1JA 3ZSRA 4CF8A 4CIGA 3PO5A 1HQEA 1QE1A 4DQIA 1HYSA 4CJLA 3DMJA 4J2EA 4AHCA 3OYDA 5JS1A 3LDSA 4OKEA 2DFHA 1RILA 4OKJA 1HYZA 4DSFA 1HMVA 2EX3A 5J2MA 3OYNA 4HCCA 2GUIA 1X9MA 5C24A 4O4GA 1VSIA 4C8LA 4DLGA 3MAQA 4DSJA 4YFUA 4CJSA 3DOLA 4CESA 3L2QA 4IDKA 4EZ9A 4GW6A 1HRHA 2OPQA 4DFKA 3AVIA 3HPHA 3VQ7A 3DI6A 2YNIA 2PZSA 2HHWA 2G8IA 2ZQBA 3QIPA 3VQBA 4F2SA 3A2FA 1IG9A 1TKXA 1SKRA 1KLNA 1VSMA 4I2QA 2W42A 4FJNA 2XY7A 4CGGA 4CFAA 4CGIA 3B6PA 4Z4EA 1QQCA 2KW4A 3NGYA 2ZD1A 4W5OA 4DQQA 3ZSYA 3HYFA 1C1CA 1WSGA 3LAKA 4CJKA 2RKIA 3OYMA 1T05A 2FBYA 4AHSA 4HCBA 1NK8A 1LV5A 4CEZA 4CEAA 4O0IA 1BGXT 2KTQA 2QK9A 4B9LA 3CM5A 4Z4CA 1NJYA 2QKKA 4KB0A 1EXQA 3D45A 4AHUA 1YVUA 5HRPA 3I8DA 4DS4A 3JSMA 3ASMA 2DFFA 4CFDA 4M3WA 4FYDA 4TSXA 3D0PA 3S9HA 4FW2A 4IG3A 3KJVA 2HHXA 4CJ3A 3NCIA 1WAJA 3VQDA 5HRNA 4B8AB 3F73A 4DTMA 4OVLA 1TK5A 3RRGA 4FLVA 1RTHA 3HSTB 2G8KA 2HW3A 1JLBA 4H4MA 4DTUA 4RG8A 3ZSXA 1ITGA 4CHPA 4DF4A 3NGIA 2RN2A 3V1OA 4PY5A 4DMNA 3K59A 3SI6A 4GVMA 3KLEA 1J53A 1N5YA 3HK2A 3M8RA 3O3HA 2YNGA 5I42A 3DLKA 3OYEA 4BE0A 2FC0A 4CE9A 3OS0A 3SJJA 4F4KA 3DLBA 3SQ2A 1NK4A 3OYCA 3V9XA 3AO4A 4I9QA 1TVRA 1IO2A 4NCBA 1C0MA 3TAMA 5KRTA 1BCOA 4CHNA 3THVA 1CXUA 3IRXA 4YNQA 2YNFA 1G15A 1C1BA 2PY5A 4NCAA 4ICLA 3AVLA 3NH0A 3RR7A 1S5JA 1GOAA 4AILC 4I2PA 4Y1DA 1D9FA 2JGUA 3LP3A 2XHBA 2IGIA 3HO1A 3G10A 2PYLA 5J2PA 2BGGA 4FJLA 2PYJA 3L2UA 3BGRA 4R5PA 1SL0A 4ELUA 1D8YA 3M8SA 3RR8A 1S9GA 3AVGA 4CJVA 1JKHA 4DSIA 1ZBIA 2Q3SA 2G8WA 5D3GA 3S3MA 1FXXA 1WLJA 2ATQA 3QINA 4O5BA 3PX0A 3PY8A 3VQAA 4CF0A 4OPKA 4J2AA 3NF7A 1NJXA 1TK0A 1KCFA 1XC9A 1FKOA 3DRSA 1RBSA 1KSPA 4CK1A 4HUGA 3M8QA 5J1EA 3O4NA 4IBNA 3LPTA 2DTUA 4CJUA 3AA5X 3NDKA 3ZSVA 3P83D 1HJRA 5SZTA 3VA0A 4C8NA 4OPJA 3WNGA 3U3GA 4FXDA 2BDPA 1RDCA 1A5WA 4Q5VA 4FM1A 1NK5A 4B9MA 4E7KA 3OYKA 4FK0A 4Q0BA 4Z4IA 1S1UA 1A5XA 1QHTA 3KLIA 1F21A 3T1AA 4CGJA 1I3AA 4M45A 1J54A 3PUFA 5HP1A 2X6NA 3LANA 1X9WA 3KLHA 4CHOA 3RRHA 2QKBA 2KQ2A 3TAFA 1VSKA 3LP0A 3HJFA 4CEOA 1TKDA 4CEQA 1RBVA 4E7LA 1XHXA 3WNFA 1WSEA 3OYLA 1UOCA 2GV9A 1RT5A 4E7JA 2IAJA 3AVKA 1TL1A 1C0TA 2BE2A 2Z1HA 2RPIA 1KFDA 1TAQA 1XWLA 2GBZA 1VRTA 2HNZA 5CZ2A 2R7YA 1JLFA 3VQPA 5FRMA 3SQ1A 1NOZA 2I5JA 1YT3A 1EKEA 3MEEA 2A1RA 3HPOA 2FBXA 2VWJA 2E4LA 3SUNA 3K5NA 3SYZA 3L3VA 2HHSA 4KHSA 4XIUA 4FCYA 4MQ3A 3V6DA 1BHLA 1C1AA 2IS3A 1VK0A 4LH5A 4RW9A 4FLTA 2OA8A 2VWKA 3NF6A 1IKVA 4FK2A 3NH1A 3KD5E 4Z4GA 1SV5A 3CYMA 1S9EA 1CZBA 2HB5A 4CEEA 3QNNA 3LP2A 4F3TA 1KVBA 3V4IA 5E41A 1B9FA 3AA2A 3S3OA 4FJXA 3OYJA 2DFEA 4KHQA 1WN7A 4FJKA 1QS4A 2VG6A 4KI4A 4W5TA 4CJFA 4FZZA 1U4BA 1VSDA 4L8RB 3DLRA 1SKWA 3EY1A 4NCGA 3C95A 3CFOA 4CJPA 3HT3A 1NKEA 3RMDA 4IG0A 3E01A 4FM0A 3T3FA 3DOKA 4CJEA 4K8ZA 4N76A 1U48A 1DTQA 4IFYA 1NK9A 1VSHA 4C8MA 2EHGA 1HNVA 2VG5A 1J9AA 5HRRA 3KK2A 3V81A 4FK4A 2F96A 3ISNC 4M3XA 3VQCA 4N5SA 3I0RA 3KK3A 3SV3A 5FDLA 1I39A 5J2NA 3S3NA 4JS4A 4N41A 1RTIA 4M42A 1B9DA 1CXQA 3RMBA 4FJ9A 1SL1A 1CLQA 3UIQA 3PX6A 4CK3A 1GOCA 1WSJA 5JS2A 4BE1A 3NH2A 3RMAA 3K5MA 3QLHA 2XO7A 3VQ8A 3VQQA 2B4JA 4BACA 4KAZA 1VSFA 3AO3A 4KTWA 4OKKA 3T19A 3ZT4A 4AHVA 1KFSA 2OZMA 1VRUA 3OYBA 1QSYA 3CFRA 1BIUA 3MXJA 1LWEA 4KTQA 3HL8A 4N56A 4DTXA 1UAXA 1WSIA 4CF2A 3SUOA 4I7FA 3AVAA 4UQGA 2KZZA 4PWDA 4KTZA 4IKFA 3L2VA 1Z26A 3QEXA 4FZYA 4B3OA 2G8UA 3TWHA 1KTQA 2Y1JA 2KFNA 3LWLA 3OYHA 3ULDA 2G8VA 1RT3A 3NBPA 4CCHA 3V9WA 4KPYA 5FRNA 4RW6A 4Y1CA 1W9HA 1ZBUA 2BANA 2O4GA 3QETA 3VQ4A 3U3YA 1SUQA 4DFPA 1JLQA 2XRIA 4NYNA 1NOYA 4E0DA 4QCLA 3C94A 4G1QA 4M3TA 4CJWA 4DFMA 1Q9XA 4I9LA 3NE6A 4DTJA 1ASVA 3U6FA 3RWUA 4DTRA 1RTJA 4EP5A 1JLAA 4KHNA 3NF8A 3QESA 4FJMA 1S1XA 1TKZA 3CG7A 3DLHA 5HLFA 4M3YA 3QERA 4CF9A 4HTUA 1ZYQA 1O1WA 2Z1GA 4O0JA 3AV9A 1RDDA 3TANA 5DK5A 3ZSOA 1L3UA 4E1MA 2HNYA 3BDPA 4Z4FA 4ID1A 1WAFA 4W5RA 1RBTA 4CHQA 2OPRA 1RCHA 3TARA 1L5UA 4KHYA 4FLUA 2KFZA 1TGOA 4KO0A 5HROA 4FJ5A 5CYMA 3HVTA 1RT2A 2Z1IA 5KGWA 3OYFA 2YKMA 4DS5A 2B5JA 4BDPA 3OYIA 4DU4A 1RT7A 3OVNA 1GOBA 4BWJA 3RMCA 4AH9A 1L3SA 3MEGA 3V1QA 1JLGA 3HP9A 1REVA 1XHZA 3V9UA 4EP4A 3SNNA 1U49A 4LD0A 1Y97A 4E1NA 4FJ8A 1BI4B 1RT6A 3K2PA 4H8KA 4CFBA 2P51A 4M3UA 3SZ2A 3KTQA 2AJQA 1WSHA 4B9UA 4M3RA 3AVBA 2D5RA 4ELVA 1VSJA 1S1VA 4JS5A 1HNIA 4F2RA 4HVJA 5J2QA 1SKSA 2HHVA 3CFPA 1LAWA 4LH4A 4CERA 4CGHA 4MFBA 1EP4A 3LPUA 1HPZA 1RT4A 1T8EA 4JRQA 3EZ5A 2D0CA 4RW7A 3LAMA 4NYFA 3ITHA 4EZ6A 1FK9A 4JRPA 1T03A 1S6PA 3NFAA 4DU3A 5FROA 1S6QA 1TV6A 1C6VA 2HVIA 4GMJB 1Q8IA 4DSEA 3OJSA 3TABA 3AO5A 3IAYA 4KREA 3LALA 1J5OA 4DG1A 3WNHA 3NGZA 2OPSA 3DM2A 3KKSA 3LWMA 3LZJA 3AVHA 2F8SA 3B6OA 4CJ5A 2G8FA 2XY5A 4KI6A 4CIEA 4E7HA 3OS1A 3EYZA 4ZHRA 4FLYA 3ZT0A 1UA1A 3AA3A 4W5NA 4CEFA 3O3FA 4N47A 3CQ8A 1RNHA 3JYTA 1NJZA 1RDBA 4OGCA 4BE2A 3L3UA 3OYGA 4DTPA 3FFIA 2WONA 1QSSA 4PUOA 4LSNA 4ZTFA 1IKXA 3WNEA 2G8HA 2KZMA 4LY7A 1BIZA 1T7PA 3G0ZA 4FLZA 4FZXC 1Q9YA 2HVHA 4KKOA 1HYVA 3AVFA 4WE1A 1ZBLA 4JLHA 4KHUA 4CIFA 3IG1A 5KTQA 4DQRA 1KLMA 1IKYA 1NK6A 2XY6A 1RT1A 1DTTA 4OJRA 3KIOA 3MXMA 1BQNA 3KLGA 1NJWA 1TK8A 1D9DA 4KB1A 5K14A 1B92A 3DYAA 3TI0A 3OJUA 3DLGA 4OLBA 3QNOA 1YTUA 2X6SA 4ID5A 4FM2A 4FLWA 1U45A 1L3TA 1RBUA 3C6UA 1JLCA 3ZSWA 1QTMA 3MEDA 3NAEA 3H08A 4CJQA 4E89A 4CEBA 2YV0X 1KVAA 4CJTA 3NHGA 4DQSA 4DLEA 4CFCA 4DTNA 1SL2A 4B9NA 1HQUA 2FBVA 3O4QA 4HUEA 2NUBA 1S1TA 1X1PA 3DRPA 3QEIA 5EU7A 1XI1A 3V9SA 2DY4A 4FJIA 1ASUA 4CJRA 2D0BA 3L8BA 3PX4A 3AA4A 4DSLA 3DRRA 5CZ1A 3ZSQA 4KRFA 2QXFA 1VSLA 2D0AA 2YNHA 3AO2A 3VQ6A 4OGEA 3TAEA 5KI6A 3VQ5A 4B08A 1JL2A 3ZCMA 3AVJA 4B8CA 3HXMA 3HVRA 3RTVA 4OLAA 5SWMA 3TAGA 4ELTA 3HPGA 3K5OA 3K5LA 3KK1A 1JXEA 3SPYA 1BCMA 4FJJA 4W5QA 1C0UA 2HMIA 5DMRA 3SUQA 3F9KA 1S1WA 3M8PA 4DU1A 3VN5A 3SQ0A 3CM6A 2IDOA 1QSLA 4B9VA 2ETJA 4KHWA 2YHBA 4ZTJA 2E6MA 3ZT1A 4E7IA 3OY9A 1N6QA 2X78A 4AHTA 4CHZA 2E6LA 2P1JA 4CHYA 3OS2A 4J2DA 3KKRA 4FJ7A 1DLOA 2VG7A 4E3SA 3SQ4A 3L2RA 1FKPA 4LSLA 3TAQA 2IOCA 2RF2A 3SUPA 4C8KA 2IC3A 4O55A 3VA3A 1IKWA 4BDZA 5KRSA 1D5AA 1W0HA 2P5GA 3VQEA 2X74A 1LW2A 1R0AA 2HNDA 4HHTA 3QEVA 4K8XA 3NF9A 1A5VA 4H4OA 4BWMA 1BQMA 1CZ9A 2ZE2A 2F8TA 3HM9A 4PQUA 1JLEA 1K6YA 1LAVA 1YTAA 3QEPA 3V9ZA 1WSFA 3L2WA 4J2BA 4FJHA 3SCXA 1L3VA 4FVMA 5CY4A 1NKCA 1NK0A 1TAUA 4FW1A 4O44A 1NK7A 4M41A 4B9SA 4QOZB 3SV4A 3TAPA 4CK2A 1U04A 1UWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KZZA 4FOEA 2HTJA 4F3OA 4O8KA 3TR8A 3P5JA 5EOYA 3BZKA 2B9SA 4A6DA 2ASPA 2LSNA 5FLXK 1RTDA 3HKZA 4A3BJ 5BMZA 4A3JJ 4ESFA 1F36A 3BZCA 4DTOA 2IS2A 3KD1E 4JKHA 1HKBA 2A69F 3P1GA 2LFBA 2VQGA 5HLIA 1ZLJA 1ENHA 1AA7A 1LWFA 1LFBA 1RC9A 1EX4A 2BE5F 3W6KB 4CF8A 4XL9A 3OYDA 4OKEA 4C9YA 1GLDG 5J2MA 4UUSB 3VEZA 2L54A 4WXHA 3RKQA 1KYWA 4CJSA 3GTOJ 4GW6A 3C7JA 3Q7CA 2OPQA 3OBWA 4BJ5C 3KK7A 2Z99A 4DV5K 4F2SA 3FKIJ 4FL9A 3ZN1A 3K9TA 1FMVA 3VSKA 4CEZA 4HTLA 4W1UA 2QK9A 3CUQC 2GWKA 2DFFA 1QHHD 1JTXA 4XN3A 5HS8A 5HNFA 4WFBL 4FETA 4B8AB 5M1FA 4P5OA 3BR1A 4L5IA 2BV6A 3K59A 1RFQA 3PFIA 3MKWB 2YU3A 2CGPA 2CH0A 4YOYA 3SQ2A 3EEQA 1YW7A 3GLLA 5CQGA 3LSKA 5DCFA 1BCOA 3THVA 2PY5A 2ZMEB 4QLCU 3G10A 1W2BM 2VXZA 2ATQA 4UUTA 4YDUC 4FISA 2M34A 4FT8A 3CC2N 5LGNA 3IKVA 3U3GA 4FXDA 1JCFA 1NK5A 3KLIA 2L9NA 3D2FB 2KKZA 1U5TB 3L9FA 3RRHA 4LITA 1K79A 3J7ZO 1D1BA 5IYBJ 3WNFA 4ILHA 2LKSA 2DT7B 3JTGA 1L0OC 4IZ9A 5CZ2A 4WXDA 3Q3SA 3V7RA 3QPTA 4LF8K 3HDDA 3SXYA 1W7PB 1PP8F 3CMEI 4B3RK 4FJXA 3B73A 3L4IA 3ZQCA 2CH5A 1QS4A 4KI4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KZZ A;  4FOE A;  2HTJ A;  4F3O A;  4O8K A;  3TR8 A;  3P5J A;  5EOY A;  3BZK A;  2B9S A;  4A6D A;  2ASP A;  2LSN A;  5FLX K;  1RTD A;  3HKZ A;  4A3B J;  5BMZ A;  4A3J J;  4ESF A;  1F36 A;  3BZC A;  4DTO A;  2IS2 A;  3KD1 E;  4JKH A;  1HKB A;  2A69 F;  3P1G A;  2LFB A;  2VQG A;  5HLI A;  1ZLJ A;  1ENH A;  1AA7 A;  1LWF A;  1LFB A;  1RC9 A;  1EX4 A;  2BE5 F;  3W6K B;  4CF8 A;  4XL9 A;  3OYD A;  4OKE A;  4C9Y A;  1GLD G;  5J2M A;  4UUS B;  3VEZ A;  2L54 A;  4WXH A;  3RKQ A;  1KYW A;  4CJS A;  3GTO J;  4GW6 A;  3C7J A;  3Q7C A;  2OPQ A;  3OBW A;  4BJ5 C;  3KK7 A;  2Z99 A;  4DV5 K;  4F2S A;  3FKI J;  4FL9 A;  3ZN1 A;  3K9T A;  1FMV A;  3VSK A;  4CEZ A;  4HTL A;  4W1U A;  2QK9 A;  3CUQ C;  2GWK A;  2DFF A;  1QHH D;  1JTX A;  4XN3 A;  5HS8 A;  5HNF A;  4WFB L;  4FET A;  4B8A B;  5M1F A;  4P5O A;  3BR1 A;  4L5I A;  2BV6 A;  3K59 A;  1RFQ A;  3PFI A;  3MKW B;  2YU3 A;  2CGP A;  2CH0 A;  4YOY A;  3SQ2 A;  3EEQ A;  1YW7 A;  3GLL A;  5CQG A;  3LSK A;  5DCF A;  1BCO A;  3THV A;  2PY5 A;  2ZME B;  4QLC U; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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