1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (27-29)EMPTYS1 (2-9)TVIII2 (99-102)TIV1 (10-13)AH1 (30-36)S2 (18-26)3H2 (38-40)TIV3 (40-43)AH2 (46-59)TIV4 (41-44)TII1 (72-75)TIV5 (74-77)TIV6 (77-80)TI1 (79-82)AH3 (82-93)TVIII1 (95-98)AH4 (111-121)S5 (127-132)TI3 (134-137)TIV8 (131-134)TIV9 (135-138)AH5 (139-163)TI2 (133-136)TII'1 (166-169)TIV10 (163-166)AH6 (174-186)TI4 (170-173)TI5 (191-194)TIV11 (204-207)TIV12 (205-208)TIV2 (13-16)S3 (62-68)S4 (101-106)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
2IAJA 4JLHA 4AHUA 1RDAA 2KW4A 2YKMA 1WAJA 4DTOA 2OPSA 3OS2A 1YT3A 1S1VA 2YHBA 2X78A 4NYFA 1D8YA 2QKKA 4RW9A 4CHNA 2HHSA 4CHYA 3DLGA 5JS1A 3NGZA 3SV4A 5C24A 4CJLA 3F73A 4FYDA 4FJ5A 3M8SA 5DMRA 4OGCA 3VQ8A 3WNEA 1RBVA 2OPQA 3V1RA 4CJ4A 4Z4HA 4BE0A 4DU1A 1RT1A 4C8OA 1RT7A 4DTRA 4O44A 4XIUA 1TL1A 1NK0A 1BI4A 4CCHA 4B9TA 4FW1A 3NE6A 3V9WA 4CK3A 3QERA 2OPPA 1C0UA 1U47A 1RT2A 4CECA 4HUGA 4N41A 4E89A 2KQ2A 3AV9A 4AHRA 1EKEA 1ASVA 1RILA 3AA3A 4HTUA 4I2QA 4FLZA 3ZSWA 4BE1A 4M3UA 3SQ1A 4FJXA 1WSEA 4N76A 4AHCA 4KFBA 1ZBIA 4O0IA 3CFRA 3U3YA 3CYMA 4F3TA 1R0AA 3DLEA 4DTNA 1KRPA 1A5WA 1XHXA 1LAWA 1NJZA 4I9LA 2BANA 4CEEA 3MXMA 3TI0A 4EP5A 4CJTA 3OYFA 2HVHA 1NKEA 4DS4A 2Q3SA 1LW0A 1RTHA 3P5JA 3LAMA 3ULDA 3I0SA 1NOZA 4DLGA 3OYCA 4RW4A 4YNQA 3QEXA 4Y1DA 4E7HA 4KAZA 1VSLA 3IS9A 3K5LA 3JSMA 1CZ9A 1VSFA 1WSFA 4CIGA 2PZSA 3OYEA 4PWDA 3QEPA 1ZBLA 2DY4A 1JKHA 3C94A 4JRQA 1U4BA 4DWIA 1WAFA 3VQ9A 1BL3A 4DTJA 4FJ7A 3FFIA 4AHVA 4CF1A 4MFBA 3EY1A 3PO5A 4BDPA 3A2FA 4CEAA 4KI4A 1ASUA 2BE2A 3OYGA 4FZZA 5FRMA 1D5AA 3LZIA 2IS3A 3AVJA 5HBMA 1JLQA 4CJPA 1NK4A 4LH5A 1ASWA 4N56A 3DRPA 1I39A 3V1QA 1X9WA 1HQUA 2FBVA 1XI1A 4DSIA 1HYSA 4Z0UA 3S3OA 2I5JA 4QOZB 4DF8A 4FJ9A 4W5OA 2XY5A 3HO1A 3AVCA 4OJRA 3L3UA 4RW7A 1C1CA 5T7BA 1SKSA 2Z1HA 4FJKA 3QO9A 3KK2A 1EX4A 3DLKA 4M3XA 4KRFA 1BQMA 3KJVA 4ELVA 2F96A 4IFVA 4CHOA 1IKYA 3T1AA 3ZSZA 4FM2A 3O3HA 2FBXA 2VG7A 3SUNA 4B9UA 4QCLA 2OA8A 5C42A 3TAPA 4KHSA 3ZSRA 3TANA 4FW2A 3V9UA 1DTTA 1S5JA 3O4NA 1J5OA 1CXUA 3QNNA 3CFPA 3S9HA 4DTMA 2BDPA 4NYNA 1S6QA 3U6FA 3HJFA 3DOKA 4OLAA 2Y1JA 1NK7A 2EHGA 4DFMA 3P83D 1L5UA 2OPRA 3SUOA 4O55A 4I7FA 3HPOA 4FK4A 4CJ5A 4BWMA 3NGIA 3PX6A 2O4GA 1LWCA 5KRTA 5DK5A 3NHGA 4KB0A 1NK5A 4CGHA 3QIPA 3ISNC 4KI6A 4CJRA 3VQQA 1B9FA 3K5MA 3PX4A 4CGDA 1C6VA 1TK5A 4HCBA 4CFAA 4Z4CA 2HVIA 1JLFA 4LSLA 1GOBA 3AO3A 1JXEA 1GOAA 1SUQA 2P1JA 1RTJA 1YVUA 3RMAA 3HP6A 4CF0A 3TWHA 3QESA 4CJWA 3MAQA 2G8VA 4PA1A 3OYMA 1B9DA 3HXMA 3L8BA 3RRHA 1HNIA 1JLEA 3T3FA 3MXIA 1IG9A 4B9SA 4B9VA 4G1QA 2OZSA 3VQ7A 4OLBA 4HHTA 2G8IA 1FK9A 4RG8A 4W5QA 3VQ4A 2F8SA 4DS5A 4Z4GA 3G10A 2YNFA 4FLYA 3TAGA 4ELTA 1A5VA 3B6PA 3NF9A 1LAVA 2ETJA 4EZ6A 4FZXC 4FK0A 1SL2A 3OYBA 1S1TA 1S9GA 4EP4A 4ICLA 4HCCA 2KTQA 5SWMA 2VG5A 1NKCA 2OZMA 1UA0A 4M3TA 4CK2A 4CHZA 3DYAA 4BDYA 3VQDA 3KKSA 1DTQA 3HM9A 3TABA 3QETA 2R7YA 1VSJA 3DM2A 5KTQA 4ZHRA 2KZZA 1J53A 4CEQA 1XC9A 3QIOA 3KLGA 3L2UA 3NDKA 3QEWA 1RDCA 1W9HA 3HYFA 2G8HA 2P5GA 4DFKA 4IG0A 2NUBA 3H08A 2ATQA 5CZ1A 4B8AB 4DQRA 1HYZA 1XHZA 2RF2A 1TK8A 3BGRA 3DRSA 3PY8A 4DQQA 3L2QA 1RT6A 3NAEA 3ZT4A 4R5PA 3RTVA 3I0RA 2JGUA 1TKDA 2D5RA 2Z1GA 3VN5A 4KO0A 2DFEA 4C8LA 1BCOA 3IRXA 4I2PA 4RW8A 3TAMA 2HHVA 1O1WA 2VWKA 1SV5A 4YFUA 3NGYA 4J2BA 3MXJA 1JXBA 1RTDA 2A1SA 2D0BA 1KLNA 4CF9A 1KFDA 1ZBHA 4C8KA 4CEFA 1UOCA 3AA5X 3AVNA 3SPYA 3ALYA 4FM1A 4DQIA 2IGIA 3KK1A 1D9DA 3AVKA 1UWBA 1KFSA 1X9MA 4FK2A 1S1XA 3HP9A 1QE1A 4DU4A 4HUEA 2QXFA 4FLWA 3HL8A 3HPHA 4H8KA 5FRNA 2HHQA 4B9LA 4B08A 1GOCA 1N6QA 3SUPA 3QEVA 3K58A 4DQSA 3M8RA 3G0ZA 3I8DA 4JRPA 3RRGA 2KFNA 5HRPA 2IC3A 2GUIA 1FXXA 3MEDA 3F9KA 4CF2A 3ZSVA 1NK6A 3HVRA 3L2WA 3KD5E 2FC0A 3LZJA 4CHPA 4KPYA 2VG6A 2HHUA 3ZT1A 2X74A 3UIQA 5CYMA 2IOCA 4FLXA 5D3GA 1QSSA 4OVLA 4O5BA 4AH9A 3RMDA 3ASMA 4FJLA 3VQEA 5CYQA 2RN2A 1QHTA 4HVJA 4ID5A 4J2DA 2X6SA 3NFAA 3C6TA 3QLHA 1BIUA 2G8FA 2WONA 3OYKA 3KLHA 1RBUA 1Z25A 3NF6A 3S3MA 5HLFA 1WLJA 4FM0A 2G8KA 3OS1A 2X6NA 1NJWA 1WN7A 2YHAA 3ZT3A 3L2VA 2KFZA 1IH7A 3WNFA 3AVBA 3RWUA 3K59A 4FZYA 4JS4A 4AHTA 3WNHA 4DSEA 1VRTA 3SNNA 4H4OA 1HYVA 4KHWA 3MECA 4FLUA 1Z26A 1L3SA 4BE2A 4Z4EA 4FLVA 1KLMA 3VA0A 1X9SA 3AO5A 3K2PA 1LW2A 5KGXA 1RTIA 4CJFA 3LWMA 4CGJA 4KKOA 3V9ZA 3V4IA 4F4KA 1TV6A 2Z1IA 3HSTB 1RCHA 1S9EA 2YV0X 4CJSA 3VQAA 3DMJA 3OYLA 3V81A 1KVCA 3OJSA 3WNGA 4E1MA 2LSNA 4M3ZA 4KHYA 2BGGA 1NKBA 2RKIA 2ZE2A 3LALA 4CJUA 5KRSA 3OYDA 1WSGA 4KV8A 3HPGA 5HROA 1YTUA 1BHLA 1CXQA 2GV9A 3OY9A 4AILC 5HRRA 4C8NA 1L3VA 1KVBA 3RMBA 3M8PA 2YNHA 3NF8A 4CGGA 4CHQA 3OYIA 3SQ0A 1TK0A 1NOYA 4FJJA 3LPUA 2DFFA 1JL1A 3HVTA 4FJ8A 1B92A 3KIOA 1DLOA 2QK9A 2FBYA 3ITHA 5K14A 3BDPA 4CFBA 3U3GA 3EYZA 3OS0A 4ZTJA 4FJIA 4PUOA 3KKRA 3AVLA 3TR8A 4NCBA 4OKKA 4BWJA 3CQ8A 5JS2A 3PV8A 2YKNA 1YTAA 4F3OA 1IKVA 5FDLA 4H4MA 5SZTA 3RR8A 4OKEA 1BQNA 1JLGA 5E41A 3SPZA 3V1OA 4CIEA 3L2RA 4DLEA 4J2EA 4DFJA 2KZMA 1G15A 3AVMA 3CM6A 4F8RA 3C95A 1HMVA 2PYJA 3VQ5A 1QSLA 2F8TA 4FXDA 2HNZA 1L3UA 5J1EA 4Y1CA 1SKRA 3NH1A 3ZCMA 4PQUA 2JLEA 3OYJA 2YNGA 3ZSOA 4DG1A 3SV3A 2E6LA 4DSLA 3C6UA 1NJXA 1RDDA 1S1WA 2Z1JA 3CM5A 4LH4A 5FROA 4NCGA 3SCXA 3IAYA 4NCAA 1TAUA 3VQ6A 1FKPA 3DLRA 1HRHA 2HHWA 3AO4A 2A1RA 2XRIA 3TAEA 1TL3A 3LANA 3D45A 3M8QA 3MEGA 3LP0A 3SI6A 3SQ4A 4M3YA 4FVMA 1SL0A 4Q0BA 4KREA 1ITGA 4AHSA 4CJEA 3KTQA 2DFHA 3ZT0A 4LD0A 3NH0A 3PUFA 4E1NA 4CEZA 3HT3A 4DSJA 4E0DA 2B4JA 4CERA 1IO2A 1FKOA 1WNSA 5J2QA 2E6MA 4FCYA 3P1GA 2ZQBA 4DSFA 4FJMA 3O4QA 2HNDA 2B5JA 4CK1A 1VK0A 3LP3A 3K57A 3ZT2A 1WSJA 4KTWA 4DTSA 3EZ5A 1K6YA 3LAKA 1J9AA 3T19A 3O3FA 3RMCA 1SL1A 4W5TA 4KB1A 3LPTA 1T03A 1RT4A 1T8EA 1JLAA 4B3OA 1A5XA 1TKXA 4KHNA 1KTQA 4M3WA 1QS4A 3IG1A 1C1AA 4OKJA 1EP4A 1J54A 1S6PA 5CZ2A 4RW6A 5J2MA 1VSHA 1RNHA 3E01A 1JL2A 3AA4A 1LWFA 2OYQA 4IFYA 3LP1A 1BIZA 4CFCA 2XY6A 1KSPA 3L3VA 3LP2A 4F2SA 2DTUA 1IKWA 3QEIA 3PO4A 5J2NA 4E3SA 4LSNA 5C25A 4IDKA 3SJJA 1ZBUA 1RBRA 1IKXA 3ZSYA 1RDBA 4CEDA 4FJNA 3KLEA 2IDOA 1VSIA 3KK3A 1NJYA 1Q9XA 2HW3A 2PY5A 1QTMA 4E7KA 1NK8A 3VA3A 4IKFA 4B8CA 2HHTA 3OVNA 1X1PA 2D0CA 3DLBA 3SUQA 3OYHA 4ZTFA 2XY7A 1ZYQA 4FJHA 3JYTA 4KTQA 2XY8A 1WSIA 1BCMA 3ZSXA 5HP1A 3LWLA 3NH2A 2P51A 4CGIA 1F21A 3SZ2A 3QNOA 1RBSA 2G8WA 4I9QA 3VQCA 4QAGA 4Z4IA 4O4GA 3AO2A 1C1BA 4PY5A 1ZBFA 1VRUA 4GMJB 4JS5A 3PX0A 3QINA 1TAQA 1Y97A 4M3RA 4M41A 4CGFA 4CF8A 1HPZA 5CY4A 5I42A 3AO1A 4CJVA 4HUFA 4L8RB 4W5NA 3KLIA 3NF7A 3D0PA 3S3NA 5HRSA 1TGOA 1UA1A 4ID1A 3RR7A 2YNIA 4FJGA 1TKTA 3TARA 5KGWA 3B6OA 2XO7A 4GW6A 1TVRA 1T05A 3ZSQA 4CEOA 3TAFA 1VSDA 3DI6A 2RPIA 4GVMA 1VSMA 4CFDA 1HQEA 1C0TA 4OGEA 4CIFA 4WE1A 1I3AA 1LV5A 2ZD1A 2WOMA 1MU2A 4BACA 4CE9A 4K8ZA 2QKBA 3KLFA 4TSXA 4FLTA 1WSHA 3NCIA 4DU3A 3K5NA 4DFPA 1CLQA 4Z4FA 1VSKA 4DTUA 1NK9A 3V9SA 1L3TA 1KVAA 4UQGA 2HMIA 1HNVA 1W0HA 4W5RA 3OJUA 5I3UA 4BDZA 1Q9YA 2Y1IA 4DSKA 5KI6A 4N5SA 3TAQA 2HNYA 3OYAA 1RT3A 1JLCA 2EX3A 3DRRA 4O0JA 1QQCA 1BGXT 1REVA 4DMNA 4CJKA 4CJQA 4B9MA 3AVHA 4DTPA 1T7PA 3VQPA 1VSEA 3SQ2A 4N47A 3O3GA 4Q5VA 3SYZA 4DTXA 4M42A 2GBZA 1C0MA 4KTZA 3DOLA 2HHXA 1SKWA 3DLHA 4DF4A 4DQPA 2E4LA 5EU7A 3V6DA 4ELUA 1BI4B 3VQBA 4K8XA 2O4IA 4E7JA 2D0AA 3AVGA 3KD1E 3AVFA 3LDSA 5HRNA 1CZBA 1EXQA 3K5OA 3NBPA 3OYNA 2PYLA 2XHBA 4CESA 1Q8IA 4KHQA 2FBTA 1TKZA 3CFOA 4OPKA 2W42A 4E7IA 1U45A 4OPJA 1U49A 3CG7A 3AA2A 2VWJA 1UAXA 4M45A 1EETA 2HB5A 4B9NA 1LWEA 1BISA 4F2RA 4KHUA 1KCFA 4C8MA 2G8UA 4IG3A 1QSYA 3V9XA 1S1UA 2B6AA 5J2PA 3MEEA 4CEBA 4E19A 1RT5A 1U48A 4IBNA 1XWLA 1U04A 4J2AA 1JLBA 1HJRA 1RBTA 4LY7A 4E7LA 2ITGA 1N5YA 1D9FA 2P5OA 4CJ3A 2AJQA 3AVIA 4MQ3A 4EZ9A 3THVA 3HK2A 3AVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XLCA 4LFAK 4FT8A 2BVLA 4CHYA 2HFHA 4AVZA 3M8SA 2VONA 5BN8A 4Z4HA 2IVPA 2DPUA 2R7TA 2ZMEB 3A03A 2WADA 4NDLA 3VTHA 4XOPA 4NUBA 1D3YA 2Y2ZA 3HUGB 5ADXA 2R3SA 1R0AA 2H6CA 1IUFA 4EIAA 4XLNF 2XDVA 2HI3A 3MZYA 4I99C 3ZR8X 3K5LA 1WJFA 4CIGA 2PZSA 3QEPA 4MDAA 2Q2RA 1O13A 4FJ7A 3K1NA 2QI2A 4LD5A 1IDZA 2BE2A 4FZZA 2IS3A 4CJPA 5C10A 2GAUA 1ASWA 2BYVE 1R71A 2IS6A 2YHXA 1JUPA 2ZMEA 4O6JA 3FHZA 3NVMA 2EA4A 2L9NA 1EJ9A 2IT0A 1EX4A 1BQMA 5E1ZB 2E8AA 2E5LK 3HUGA 2WAEA 3FMRA 1MSEC 3PSIA 1UELB 4EMSA 1CXUA 2HDDA 3S9HA 5GINA 3TKYA 4F92B 4R79A 2PMUA 3NGIA 1E2XA 5KRTA 3K4LA 4BJ5C 4B1YB 1B9FA 1C6VA 2DA2A 2W41A 2HF4A 1YITN 4GXOA 1IXCA 3VSLA 4D9JA 1GLJO 4OLBA 4HHTA 4CZZA 3FMQA 4FLYA 4W1UA 3B6PA 3NF9A 1T0FC 3OYBA 1OYYA 3Q9VA 3LA2A 2QEXN 2M4KA 3H0GJ 3A0HC 4BDYA 2WC2A 1DTQA 2JA5J 1U2WA 3T7ZA 3BR6A 1JHFA 3GXOA 3ZEUB 2J4RA 1QA6A 2O5RA 3GZ6A 3BGRA 1RT6A 2QSHX 1E17A 4MO7A 4KT5C 3THYB 1P2FA 2ECBA 2HQNA 5D5XB 1GHCA 1IV0A 2A69F 3GWZA 4XLHA 3UKUB 3BY5A 1Z0XA 4II3A 3G0ZA 3RRGA 3QP6A 2HMPA 4IL6C 3F9KA 3ZT1A 4YOYA 3ZEUA 3DEUA 1J5EK 3S2HJ 1K78A 2RN2A 1J09A 4HVJA 2X6SA 5CYVA 3MWTA 1T33A 1OLTA 1WLJA 4RAGA 3DTIA 3LSIA 2BE5F 1GXQA 1LJ9A 1VQ6N 3K59A 2NS8A 3THYA 3DPUA 1J0RA 3WXKA 1X9SA 1BR1A 1O3QA 3LWMA 4F4KA 5J8FA 4NLCA 3OJSA 3UKUA 2LSNA 4KHYA 2JSCA 1UB9A 2ZE2A 3IMXA 3HI0A 5BRFA 3KEQA 3OR2C 4DV7K 1MKMA 3ID6A 2NNWA 4KISA 2M5WA 4XR6A 2KZMA 2FU4A 4Y1CA 5CE3A 2GWKA 5AONA 5HDGA 2V1XA 3QBWA 3R1XA 1OR7A 3DLRA 1QZ5A 3TAEA 1BI2A 2G9WA 1SL0A 1MBKA 3CCUI 4WXCA 2UXDK 1X2MA 4MTDA 4UY8O 1TQIA 4RLQA 3BF3A 4IHTA 4KA4A 1RKWA 2O8KA 1NG7A 1SL1A 1ULYA 1J9AA 4XEIA 4TV7A 5D5UB 1LWFA 3LL7A 4E3SA 1S3JA 5C25A 1IKXA 4IO8A 3PO2J 1VSIA 1YHQI 5CKTA 2HHTA 2VBZA 4WQ5C 3GE1A 4I02A 3KFWX 1F21A 3VQCA 4U0VA 2Q31A 2NRXA 3HSRA 3FM3A 3QINA 1TAQA 1Y97A 1QBJA 1VQ7N 3HOWJ 2ID6A 4FJGA 1R4NB 1IJWC 3TARA 3O9QA 1WGXA 5AQJA 3N97A 2K7LA 2STWA 2DTZA 1HUXA 1NGBA 5KAFC 2EA2A 3G71N 1MU2A 4FLTA 4A0ZA 3ISPA 4AM6A 4Y52J 1OCRH 3CCVI 5BRDA 4DSKA 1EWRA 3VQPA 2XAQA 1X3WB 3V6DA 2O8EA 2XGDA 4KN4X 4ON0A 5E3NA 1XMAA 2FMYA 1LDDA 1CZBA 2HSTA 2FBTA 2WWYA 4OPJA 2VGMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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