1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
1JLCA 1FKOA 4LD0A 3T1AA 4AHTA 4OPKA 3CFPA 3QNOA 2XO7A 1ZYQA 1QSYA 1RBVA 4EP5A 4KHNA 3L2WA 3M8PA 4NCBA 1S1XA 3OYJA 4FCYA 1RILA 3AO5A 4DTRA 4CIGA 1SL2A 4B9LA 4N5SA 4KKOA 4DLEA 1QSLA 1VRUA 4FJHA 3KIOA 4CK2A 1RT1A 1RTJA 4CK3A 1NKBA 4OKEA 1ZBUA 5HLFA 2HW3A 2P5GA 3NE6A 4CGJA 1NK0A 1KFSA 3VQ8A 4HCBA 4LSLA 3KK2A 1N6QA 4B9UA 3NDKA 1QTMA 3RR7A 1HMVA 3K5OA 4MFBA 4ID5A 4CJ5A 3OS0A 1IKYA 4DSKA 1KSPA 3OYBA 1DLOA 2P1JA 3DLRA 4CHNA 3QLHA 1G15A 1NK6A 4Z0UA 3EY1A 1VSLA 5CYQA 4FJ5A 4FJKA 4ZTJA 5FRMA 3QEXA 3HPHA 4FYDA 4KV8A 2FBVA 3KK1A 5I3UA 2OZMA 4KB0A 2PZSA 1CXQA 4EP4A 3P5JA 1VSIA 3L3UA 1D9FA 4O0JA 4KTQA 3G0ZA 2HVIA 3CG7A 1NK4A 2G8VA 2YV0X 4FW2A 4LSNA 3KLGA 1SKRA 4PUOA 3IS9A 1NK7A 3KD1E 1KVBA 1HPZA 3V9WA 4F8RA 2OA8A 1TL1A 3AO2A 3K2PA 4ELUA 1BHLA 4CF0A 4DFMA 4CEFA 3QINA 4FJ9A 4FJMA 3QEWA 1RTHA 3RMAA 4CJFA 3P1GA 3DM2A 4H8KA 3WNHA 1QS4A 1Q8IA 3BDPA 3OYMA 2QXFA 5KTQA 4DFPA 1I3AA 1NJXA 4B9TA 3SQ4A 4DG1A 1IKXA 1VSEA 1WSJA 1WSHA 2KQ2A 1EKEA 3VQBA 3OYNA 4RG8A 4B8AB 3VQQA 3LDSA 4DQIA 4DLGA 1EETA 1W0HA 3VA3A 2F8TA 3EYZA 2HB5A 1U4BA 3CFOA 1W9HA 1BCMA 2OPSA 1JL1A 3HP9A 5T7BA 4BDZA 3NF9A 2HVHA 2AJQA 4CGGA 1RTDA 2IC3A 4E7HA 5JS1A 3RMDA 4KHYA 3U3YA 3RMBA 4M3ZA 3LAKA 4BACA 3AVGA 3HPOA 4IDKA 4DSLA 2Q3SA 2LSNA 1SUQA 4KTWA 4XIUA 2XY5A 3KKRA 5DK5A 4W5TA 3TAGA 1UAXA 3E01A 3QO9A 4CHZA 3V9SA 1S9GA 3V1QA 4CJUA 3KLFA 3SPYA 4O5BA 2A1RA 2HHUA 1NOYA 2YHAA 1X9SA 4C8NA 4QOZB 4CHYA 3ZSRA 1RDCA 1A5VA 2VWJA 4FM1A 3UIQA 3VA0A 2ZQBA 5FDLA 1Z26A 2D5RA 4IBNA 4KTZA 4E0DA 4FJLA 4DSEA 1RDAA 1T7PA 1YTAA 4E3SA 3KTQA 3AA3A 4DU3A 4O44A 4WE1A 3V4IA 4I9QA 3LANA 4W5QA 4B9SA 4N41A 3ITHA 3OYAA 3V9ZA 3RRHA 1CLQA 3CM5A 3AV9A 3CYMA 4BWJA 2HMIA 5HRPA 2I5JA 4J2DA 2E6LA 2YNHA 3SUPA 3VQCA 3HM9A 3VN5A 3DLKA 3AVCA 3U6FA 3PX4A 4CJPA 3ZT2A 4DTXA 1NK8A 4JS4A 4B9MA 4H4MA 1IO2A 1BIUA 4J2EA 3TAEA 3S3NA 4M3YA 1U04A 4LY7A 4GVMA 3JSMA 2Z1IA 2D0CA 1TK0A 3DRSA 4OVLA 1NKEA 1JL2A 4DF4A 2Z1HA 4FZZA 1TKZA 1WLJA 3D0PA 3L3VA 3HL8A 4AHCA 1C0TA 3VQAA 3DMJA 1XHXA 4IG3A 4GW6A 4J2AA 3AO1A 2PYLA 4CJVA 4CJKA 1Y97A 3ZT4A 2HNDA 1TL3A 4DTPA 4HUFA 5HRNA 4CE9A 4CIEA 4CJEA 5D3GA 1RT6A 3ZSYA 3VQEA 3OS2A 2KFNA 1RDBA 3NFAA 1CZ9A 4FJJA 2VWKA 3L2RA 4K8ZA 4DQRA 4DS5A 2IS3A 5FRNA 3SNNA 4E89A 4OPJA 4DTJA 2Y1JA 1UWBA 4R5PA 3ZSQA 3NHGA 4HHTA 4C8LA 2DY4A 2A1SA 2XY7A 4BDYA 3C6UA 4CEZA 1BQNA 3C95A 1S1VA 4OGCA 4DTNA 3F9KA 1LAWA 3ULDA 3QERA 2HHSA 4I7FA 2GBZA 4C8MA 4Z4EA 4FLVA 1Q9XA 1ASVA 2F8SA 1DTTA 1WSEA 3MEDA 4DFJA 1F21A 1U49A 4OKJA 1YT3A 1KFDA 1L3TA 4EZ9A 4DTSA 4N76A 4C8KA 1LWCA 4FVMA 3TWHA 1S6PA 4DTUA 2P51A 1L3SA 4CESA 4KI6A 1BIZA 3T19A 4E1NA 1KLMA 1RT4A 2FBXA 5KGXA 4Q5VA 5HROA 3VQ5A 3AVAA 1JLEA 2E6MA 5J2QA 4OGEA 5HBMA 1UA1A 4KAZA 2VG6A 4CERA 3VQDA 3CM6A 4CFAA 1JLFA 4CK1A 4CECA 1QQCA 3QNNA 4HTUA 1NJWA 1C0UA 1KLNA 3TABA 3OYIA 3WNEA 3ISNC 3MXMA 3HO1A 1FKPA 1LWFA 5CYMA 4FZYA 4FLYA 3I8DA 4KREA 5KGWA 1RCHA 3H08A 3OVNA 1SKSA 1RDDA 1UOCA 2ZD1A 2WOMA 2XY6A 3HVTA 1JKHA 3NH0A 4YNQA 4FZXC 4I9LA 2HHWA 3VQ4A 3ZSVA 4DTOA 4AHUA 1Q9YA 3A2FA 3WNFA 3ZT3A 4E7JA 1KCFA 2HHXA 3QETA 3OYCA 1B92A 4JRPA 2Z1GA 4IKFA 1K6YA 3D45A 4W5RA 2BANA 3HT3A 3NAEA 1KTQA 1EP4A 2BE2A 3AVHA 3QIPA 4HVJA 4BE2A 1SL0A 4CGDA 2QK9A 3IG1A 5HRRA 5HP1A 4IFVA 4CEEA 4CEAA 1TKTA 3IAYA 4HCCA 4KI4A 1IKVA 4CF8A 4F2RA 1MU2A 3NF7A 3SV3A 1ASUA 2B6AA 3M8QA 4YFUA 2W42A 2QKBA 3DOLA 3P83D 3L2VA 3SJJA 4CJWA 1T05A 4CJQA 3B6PA 4F3OA 2R7YA 1WNSA 4CIFA 1HNVA 3RTVA 3V1RA 3HVRA 1BQMA 3C94A 2O4IA 4FW1A 3LP3A 1LAVA 5E41A 2FC0A 5KRSA 2OPPA 1L3UA 4DSFA 2FBYA 3HJFA 3G10A 4CCHA 1TGOA 1VSFA 1TK8A 4CFCA 2X74A 2DTUA 2OPQA 2RKIA 1VSHA 2EX3A 4O4GA 1S5JA 2YKNA 4OJRA 1WAJA 1J9AA 4ZTFA 1VSJA 4W5NA 4CFDA 2OPRA 1BCOA 2YKMA 3QEVA 2DFFA 1QE1A 4TSXA 3OYEA 1XI1A 3T3FA 2HHTA 1L3VA 4CFBA 1VK0A 4DWIA 2D0AA 1YTUA 3LP0A 4CJ3A 1S9EA 3ALYA 2GUIA 4LH5A 3VQ7A 4CEBA 5J2NA 3AVKA 1R0AA 1JLQA 3HSTB 4FXDA 4RW4A 4E19A 4FLZA 3ZT0A 3V81A 3K5NA 3OYDA 2G8UA 3AVLA 1ITGA 1ASWA 2XY8A 3LZJA 3K58A 2YNGA 1D9DA 1X1PA 2DFEA 1YVUA 4OLBA 3VQPA 3HXMA 1WAFA 4FK4A 3AVBA 3LZIA 3SI6A 4B3OA 1TK5A 2HHQA 4FJIA 3O4QA 2IGIA 3ZCMA 3EZ5A 4M3TA 2GV9A 3NBPA 1KVCA 3C6TA 1HYZA 2KZMA 3ASMA 1BI4B 4Y1DA 3TR8A 3PX6A 4M3UA 4CGHA 4FJ7A 1B9FA 3LALA 2VG5A 3FFIA 3SUQA 1RNHA 3QESA 3PO5A 1FK9A 3KKSA 4ID1A 3U3GA 3TANA 4FLXA 2G8KA 4B08A 4K8XA 1NJYA 3KLIA 4FLUA 4DQQA 3K59A 4RW7A 1TKDA 3V1OA 3NCIA 4DQPA 1RT3A 1LV5A 4M3WA 4F3TA 2Z1JA 4L8RB 1JXEA 3AA2A 2KTQA 1ZBFA 1ZBLA 4ELVA 1WN7A 4NCAA 2EHGA 3LPUA 4AILC 4KPYA 1J54A 1HNIA 5C24A 3HK2A 2QKKA 4PWDA 4CJSA 3I0SA 3HYFA 1ZBIA 1JLBA 1J53A 5K14A 3O3GA 1JLGA 4DTMA 2IAJA 1U47A 5I42A 4QCLA 3CFRA 3V6DA 2KW4A 1NKCA 4AHVA 3TAFA 1S1WA 3CQ8A 3I0RA 1TVRA 1RBSA 2G8IA 1C6VA 4BWMA 5SWMA 3F73A 1IKWA 4ELTA 1TV6A 4DMNA 2HNYA 3THVA 1IG9A 4Z4IA 1NK5A 5SZTA 2B5JA 4E7KA 1J5OA 3OYGA 2D0BA 2ETJA 3BGRA 1WSIA 4N56A 4KFBA 4EZ6A 3LWMA 2KFZA 3S9HA 2DFHA 3LP2A 3ZSZA 1L5UA 1GOBA 3DLGA 4FK2A 3NF8A 3NH2A 3TARA 1I39A 1JXBA 4KO0A 4FLWA 4CJ4A 3QEPA 3OJUA 1RBRA 2HNZA 1A5WA 3MXIA 2NUBA 4AHSA 3NGIA 4FJ8A 1HJRA 4HUGA 2F96A 1EXQA 3TI0A 3ZSOA 3SV4A 4KRFA 3SUOA 4JLHA 2PYJA 4OLAA 3SZ2A 1S1UA 5J2PA 1FXXA 2RN2A 3AVMA 2P5OA 1RBTA 1VRTA 3S3MA 1RBUA 3K5MA 3RRGA 4NYNA 3HPGA 1U48A 1EX4A 2X6SA 3SCXA 3KK3A 4CF2A 4NCGA 3OYKA 1TAUA 4Z4FA 2RPIA 1SKWA 4FK0A 1Z25A 3DI6A 4NYFA 4CGFA 3QEIA 3ZSXA 4DF8A 2OYQA 2ZE2A 4CHPA 3V9XA 3DYAA 1XC9A 3DOKA 3SQ2A 1CZBA 3MAQA 4I2PA 1X9MA 1S1TA 4E7IA 4FM2A 3LPTA 1QSSA 1HRHA 1RT7A 3O3FA 1C1BA 3VQ6A 5KRTA 4DSJA 4AH9A 2IOCA 3SYZA 3OYLA 3SUNA 1C0MA 1ZBHA 1VSMA 3MEGA 3OS1A 4JS5A 3RWUA 4KHWA 4FM0A 4RW8A 4IG0A 1UA0A 5C42A 4O0IA 3LWLA 5J2MA 3QIOA 3PV8A 3L8BA 4KHQA 2XHBA 3TAQA 1HQUA 1JLAA 2KZZA 1XHZA 4J2BA 1BISA 4CHQA 3VQ9A 2FBTA 2O4GA 4PA1A 4RW9A 4M3RA 4CHOA 2OZSA 3OYFA 3O4NA 1T8EA 4M42A 1SV5A 4E1MA 3TAMA 4FLTA 1U45A 2G8WA 1SL1A 2G8HA 3DLHA 1VSDA 2BGGA 1HQEA 1WSGA 4JRQA 1B9DA 1QHTA 1N5YA 4MQ3A 4IFYA 4B8CA 3SQ1A 4F4KA 4PY5A 1GOCA 3M8SA 3WNGA 4CJLA 4C8OA 3MEEA 3O3HA 3AVNA 3DRPA 3KJVA 4CJRA 4M3XA 1HYVA 1LW2A 1RT2A 3AO3A 3K57A 4PQUA 1CXUA 3M8RA 4KB1A 1DTQA 3RMCA 2VG7A 2IDOA 2WONA 3B6OA 4FJXA 4BE1A 3MECA 4Y1CA 2G8FA 1C1CA 3AA4A 4B9VA 4Q0BA 1WSFA 5FROA 5JS2A 4B9NA 4Z4GA 3HP6A 5CZ1A 4O55A 4DQSA 2ITGA 4CJTA 3NGYA 4I2QA 2BDPA 3KLEA 3MXJA 1D8YA 3NGZA 5HRSA 3PO4A 4CEOA 3TAPA 1KRPA 3L2QA 1C1AA 3SPZA 2YHBA 1HYSA 4FJNA 3ZSWA 3KLHA 1IH7A 4RW6A 2Y1IA 3LAMA 5C25A 4E7LA 1X9WA 2XRIA 4KHUA 3PY8A 1LWEA 2B4JA 2E4LA 3AVJA 3IRXA 5J1EA 4N47A 1S6QA 3NF6A 3AVFA 3DLEA 3S3OA 3PUFA 4FJGA 5EU7A 4DSIA 4F2SA 1RTIA 4BDPA 5KI6A 1NOZA 3V9UA 3DRRA 4DFKA 3AO4A 4CEQA 1REVA 1NK9A 3KD5E 5CZ2A 4CF1A 3NH1A 1D5AA 2RF2A 3K5LA 4OKKA 4AHRA 3OY9A 4DU1A 2PY5A 2ATQA 4GMJB 4ZHRA 4H4OA 4M41A 1BL3A 2JGUA 5DMRA 1TKXA 3OYHA 1T03A 1KVAA 3AVIA 3PX0A 5CY4A 3ZT1A 4CGIA 3L2UA 4M45A 1XWLA 1VSKA 1BGXT 4BE0A 4ICLA 3AA5X 4DS4A 4LH4A 3SQ0A 3RR8A 1RT5A 2X78A 2HHVA 2YNIA 4HUEA 4UQGA 4QAGA 1NJZA 4CEDA 4KHSA 3JYTA 4Z4CA 1GOAA 4Z4HA 2JLEA 1BI4A 4G1QA 4W5OA 3DLBA 2YNFA 1A5XA 3LP1A 1TAQA 3OJSA 4CF9A 1LW0A 1O1WA 2X6NA 4DU4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3TK 1B8IA 3THXA 4KHNA 1VQ8N 3DWLE 4B9LA 5HS8A 4HG2A 1O3TA 1V4SA 1BOBA 2DK8A 1YXQA 2WB1A 3KP6A 3HTUA 3RR7A 3BG7A 1IJWC 4BR2A 3F6OA 1KQ8A 4RAYA 2FX0A 3WUHA 4FJ5A 3BWGA 2ME0A 1CXQA 3L3UA 1NK4A 3DXMB 4FW2A 3E5UA 9ANTA 4KIFA 2K5CA 1VQOI 2F7TA 4FJ9A 1AKHA 1M90O 3OYMA 2EA4A 4ZDOA 3OYNA 4M7XA 3AL0C 1W0HA 4H0EA 2F8TA 2BXZA 3GFJA 1BCMA 4JK1X 5E79C 3DCFA 3NVMA 5JS1A 2VODA 3TSUA 2XDVA 3IRRA 3IKTA 1KONA 3A0BC 5AQTA 5DK5A 3EETA 3MMVA 4B8XA 1PUFA 3C6HA 5KVRA 2X0LA 3FXOA 4JYKA 1NBWA 1QGPA 5FLVA 3DLLF 2OF7A 1K6OA 3M9AA 4ESFA 3RSEB 3E5XA 3QU6A 1SAZA 2LOOA 3H1QA 2JSPA 5HRPA 4A0XA 3AVCA 3D5SC 3FXLA 2VB6A 4GVMA 3QBXA 2Y9ZA 2DCEA 2ID6A 5DCMB 5JLHA 4IEIA 4CJKA 3ZT4A 3AG3H 5AQHA 3L2RA 1VQMI 2ASMA 1R1VA 3DEEA 1BOTO 2EQRA 3C6UA 5EG0A 3JRDA 3QRFF 4I98B 5EEAA 2HVQA 2GBZA 4Z4EA 3ZXSA 1NMDA 1T3VA 3ENOA 1IF1A 4AF1A 2F5FA 2BBYA 2Q2EB 3ZPLA 3AVAA 1LVKA 3L00A 4BRFA 3HSFA 3IH4A 4CK1A 2G7HA 4P55A 2Z16A 4FLYA 1ZC6A 3O9UA 3HI0A 1KZHA 2JT1A 3JCUC 1K6YA 2QWOA 2BANA 2VYPA 2BE2A 2QK9A 2Z3YA 4MO5A 4F2RA 1A31A 4FETA 1X19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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