1X1P | Genus

Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	55
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0050039220800073__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0050039220800073__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1X1P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0050039220800073__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0050039220800073","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1X1P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0050039220800073__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermococcus kodakarensis
publication title	Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease HII
total genus	55
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date	2005-04-11

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.460	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Ribonuclease hii. Domain 2	1x1pA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1x1pA01

1S1WA 5HBMA 2LSNA 3SQ4A 3DLBA 4FJJA 4CJKA 1BCOA 1J53A 1KTQA 1Q8IA 3B6PA 1KLNA 3OYAA 3OYDA 4CE9A 3NGYA 4B08A 4DF4A 2BANA 3TARA 2B4JA 4HCBA 1VSLA 1LAWA 2YKMA 3AA5X 4CK1A 4CF1A 3OVNA 3WNGA 4DS4A 3RRHA 4F3TA 4ICLA 3HM9A 2Z1HA 3MECA 1EETA 2HHSA 1Z26A 1JLFA 1U04A 4EP5A 1F21A 1QS4A 2O4GA 3NBPA 3KLFA 1ZBHA 4PQUA 3O3HA 3QNOA 2KTQA 5HRNA 2D5RA 3LDSA 1U47A 4FJKA 4LH4A 3V9XA 2Y1IA 4YNQA 1IKYA 1ASUA 3PV8A 4RW6A 3U3GA 2D0CA 1TKXA 2Y1JA 1L5UA 1C0MA 3AVNA 2BDPA 1VSJA 4FM2A 4DFMA 4I9QA 3DYAA 4ZTFA 1BISA 3NE6A 4FLWA 2I5JA 3F9KA 4CF8A 1JLQA 3CQ8A 1J5OA 1YT3A 1C0TA 2JGUA 1ZYQA 2DFEA 1Q9YA 3T1AA 2EX3A 3PX0A 1N6QA 4CGIA 3MEDA 1WSGA 2W42A 4DTJA 1X9MA 3QEIA 1TAUA 4O44A 1XC9A 1YTAA 1HQUA 1J54A 4J2AA 3VQ5A 4BDYA 1RTHA 1L3SA 3KD5E 1DTTA 3KK2A 2HNZA 3OYBA 1ZBIA 3OYNA 2WOMA 2OZSA 1WSEA 4CEQA 1CZBA 1KCFA 3CYMA 3NF8A 3S3NA 1SL0A 1L3UA 4CGFA 3HO1A 3LPUA 3V9WA 3PO4A 4IFVA 4FLVA 1VSHA 3T19A 4OVLA 4C8LA 4W5OA 3AO5A 1RDBA 4Q5VA 2Q3SA 3V6DA 3PO5A 2EHGA 4DQIA 4CFBA 2KW4A 2G8KA 3V4IA 3CG7A 1HQEA 3KLHA 4HUEA 4ELVA 4AHUA 3OYGA 3SV4A 3KKRA 4KHUA 3HYFA 3M8PA 2DFHA 1SKSA 3NCIA 4C8OA 4CF9A 2B6AA 3RR8A 5HRRA 4IG0A 4FZXC 3RWUA 1JLBA 4OLBA 3DMJA 4DU3A 2XY7A 2QK9A 4FJMA 3WNEA 4M42A 2PYJA 4H4OA 1JLAA 1BI4A 3I8DA 3KK3A 1S9EA 4CFAA 2JLEA 1NK7A 4Z4EA 2QKBA 5HP1A 3VQQA 1L3VA 3DRPA 5JS2A 3KLEA 4CF0A 4CJVA 3AVFA 1MU2A 1XHXA 4IG3A 1IO2A 4FLXA 4C8MA 1XI1A 3BDPA 4B9NA 1VSIA 3HL8A 4PY5A 2HNDA 3AVMA 3OY9A 4LSLA 4LY7A 1XWLA 3HPHA 4FM1A 3NF9A 4GW6A 4CFDA 4EP4A 1WAFA 2B5JA 2D0AA 1IKXA 4NCAA 1RT6A 1Y97A 4OKEA 4BACA 4KI6A 2YNHA 3LAMA 2GV9A 1RBVA 3AV9A 1LAVA 1VSKA 1IH7A 3C94A 2YHBA 3VQ4A 3C6UA 4CJTA 3QIPA 3LWMA 1JXBA 3O3GA 4N41A 3RMCA 4DSIA 1JL1A 1RTIA 2GBZA 2YNFA 4F3OA 2YHAA 5K14A 3AO2A 4Z4CA 3JSMA 3NF7A 1KVBA 2R7YA 3SI6A 3VA3A 3LP3A 1SL2A 1QSSA 4FLUA 3SJJA 2VG6A 4AH9A 1R0AA 4OKKA 1X9SA 4E0DA 3AO3A 3OYJA 4NCBA 2O4IA 2Z1IA 4E3SA 4F4KA 1VSDA 1VRUA 4KB0A 2ETJA 3K2PA 3ASMA 1NK4A 4E7HA 3PX4A 4QAGA 1T03A 4QOZB 3IS9A 4CHNA 4KHYA 4M3XA 2KZZA 5J2PA 3SQ1A 3MXIA 4DTNA 1VSEA 1EKEA 5J2NA 3RMBA 1JLCA 1CZ9A 1TKZA 1ZBUA 2ZD1A 3ITHA 1ZBFA 4CEZA 4Q0BA 4KHNA 1S5JA 4DTRA 1CXUA 4DWIA 3AA3A 3CM6A 3LALA 3L2WA 1KRPA 4OGCA 3RRGA 1TAQA 1X1PA 3RMAA 2XHBA 3V9ZA 3V9UA 4CJFA 1A5WA 4OPKA 3AVGA 4RW8A 3ZT2A 2PY5A 4CGJA 1N5YA 4FK4A 3MXMA 1C1BA 4NYNA 1C0UA 2HNYA 2KFNA 4FK0A 1REVA 4FJ8A 4W5NA 2YNIA 2P5OA 4FLTA 5J2MA 3QLHA 1TKDA 4CIFA 1IG9A 2VWJA 2G8HA 2X6SA 4CJ5A 2XY8A 2DTUA 1EXQA 4HUGA 1D9DA 1A5XA 5SWMA 4OPJA 4DMNA 3LP2A 4FW1A 2Z1GA 3DLKA 3K5MA 1NK8A 1VK0A 4DTUA 4CECA 3S3OA 4KFBA 3C6TA 3IAYA 3TABA 1NJWA 3H08A 1TL1A 2G8FA 3OYEA 4CHPA 1TK0A 1HJRA 4FK2A 3OS0A 1BIUA 3HP6A 4XIUA 2HVIA 4FVMA 3KIOA 4DSJA 3T3FA 1IKVA 4CFCA 1KFSA 5C25A 3QEXA 2D0BA 4CJRA 4KAZA 2FBXA 4CEFA 1CLQA 1LWEA 4Z4FA 2IS3A 1KLMA 1RBSA 2X78A 3AO1A 3DRSA 3VQ8A 3WNHA 3KLGA 4CHQA 4CGHA 3CFPA 3RMDA 2XY6A 4DFJA 3CFOA 1B92A 3EY1A 3B6OA 4G1QA 5FRMA 1U49A 1LW0A 1DLOA 5FDLA 1C1AA 5DK5A 5C24A 1HYZA 1U4BA 1SL1A 4KHQA 4NCGA 1NK9A 4AHCA 1L3TA 1BCMA 2P51A 2G8IA 3VQDA 3V81A 4CEBA 2KQ2A 4LH5A 1LV5A 3KKSA 2OA8A 3AA2A 4FZZA 1SKRA 1NK5A 4E1NA 5CZ1A 3HP9A 4DTSA 3G10A 1ASWA 3PX6A 4F2SA 1RDCA 1FKPA 3ZT4A 2RKIA 3SYZA 2FBVA 3QEPA 3QEVA 4CEEA 4GMJB 1T05A 4CGDA 3OYLA 4M3TA 3G0ZA 1U48A 4MFBA 2A1SA 4DFPA 1HPZA 4C8NA 4DLEA 3D0PA 4E19A 4N47A 4FCYA 3M8SA 4AILC 1YTUA 4CGGA 4QCLA 3IRXA 4DSFA 2OZMA 4DU4A 3LANA 4NYFA 4DU1A 4WE1A 1WNSA 1KFDA 3SPYA 1QSLA 3DI6A 1I3AA 4I2PA 1GOAA 3ZSYA 1JLGA 3AVIA 4PWDA 4HVJA 2AJQA 3DLRA 3K5NA 5J2QA 2E4LA 4BDZA 2PYLA 4M3YA 1QE1A 2NUBA 3OYKA 3HK2A 3V1OA 2IAJA 2XRIA 3VQEA 1GOBA 2WONA 4K8ZA 3K5OA 4Z4HA 3ZSXA 1TGOA 2ITGA 4AHRA 4DF8A 4I7FA 3NH1A 1ASVA 2ZE2A 1NK6A 3MAQA 4Z4IA 2HB5A 1Z25A 1RBUA 4LD0A 1TK8A 1U45A 3C95A 1W0HA 4F8RA 5J1EA 1VSFA 3ULDA 4DSEA 1RT4A 4BDPA 1EP4A 4BWMA 4OGEA 3RR7A 2BE2A 1SUQA 3EYZA 3BGRA 5E41A 3S9HA 5HRSA 5CYMA 3U3YA 4CF2A 3ZSOA 3ZSQA 5KGXA 3AA4A 3QINA 3AVCA 4ZHRA 4N5SA 4ELUA 3K57A 1S1XA 3HPGA 4HTUA 4DQRA 1VRTA 2KFZA 2OPRA 3LWLA 2VG5A 3KLIA 2YV0X 3AVHA 3NF6A 5KTQA 4ELTA 2DY4A 3OJUA 1KSPA 4B9VA 4EZ9A 3I0RA 4KO0A 3LZIA 4B9LA 1IKWA 1UA1A 1NKEA 1HNVA 3AVLA 1SKWA 4M3UA 2A1RA 4FJ7A 3QIOA 2F8TA 3OYIA 1TK5A 3D45A 3O3FA 4O4GA 3NGZA 4E1MA 1S6PA 3RTVA 2HHQA 4CHOA 4E7IA 3SQ0A 4FJHA 4E7JA 4PUOA 1A5VA 3TR8A 3QERA 1D5AA 2G8WA 1G15A 3DOKA 4I2QA 4UQGA 1WSIA 4EZ6A 4FM0A 1S1VA 4KI4A 1ZBLA 1D9FA 4Z4GA 1B9FA 1JKHA 3SUNA 3U6FA 4M3WA 3V1RA 3VQ7A 2BGGA 3NAEA 2E6MA 4IFYA 3TANA 4FZYA 1QSYA 4CJ4A 2IGIA 4O0IA 1CXQA 3NH0A 4FLYA 4CEDA 4KHSA 1EX4A 4E89A 1FXXA 2RN2A 2YKNA 3MEEA 1KVAA 5KRSA 3ZT0A 2OPPA 4FJIA 1RCHA 4B9UA 3ZT1A 4W5RA 1B9DA 3SQ2A 4CEOA 1RDDA 3QO9A 4RG8A 4CHZA 3VQAA 4J2BA 5CY4A 1HMVA 3M8QA 4O55A 4Y1DA 3VQ6A 4FJNA 1X9WA 2KZMA 3A2FA 4IBNA 1NOZA 3L8BA 5FROA 1RT2A 4DTMA 3OS2A 4JS4A 4AHTA 2FBYA 3CM5A 1GOCA 4CEAA 4KB1A 5FRNA 4JLHA 3NDKA 3TAPA 5D3GA 3VN5A 1S9GA 2P1JA 5KI6A 3WNFA 3TAGA 2YNGA 1T7PA 4CCHA 3NHGA 4KREA 4OKJA 4O5BA 1Q9XA 1QHTA 3K58A 3MXJA 5KGWA 1SV5A 3NH2A 2FBTA 4DS5A 1K6YA 3KD1E 1RBTA 1BL3A 5EU7A 2XY5A 5SZTA 1TVRA 3L2VA 2HHVA 5HRPA 2IDOA 4K8XA 4R5PA 4DSLA 4CK3A 3M8RA 1UOCA 1I39A 1KVCA 5T7BA 2VWKA 3QEWA 3AVAA 4FXDA 1BI4B 4JS5A 1YVUA 2RPIA 3P5JA 4CJEA 3OYMA 1NJXA 4B8AB 3DLHA 2Z1JA 5DMRA 3PUFA 1RNHA 4FJ5A 3KK1A 3LAKA 1RT7A 1UWBA 1VSMA 3ZCMA 3HSTB 4L8RB 4PA1A 5C42A 1RTDA 3ZSRA 4KHWA 4RW7A 4FJ9A 4FW2A 2IC3A 3SPZA 4JRPA 4LSNA 4RW4A 2XO7A 3VQPA 4M45A 3TAFA 5CZ2A 3V1QA 3S3MA 4HUFA 3LPTA 2ZQBA 1J9AA 3DLEA 3DOLA 1BQMA 4DTXA 3HVRA 1C6VA 3OS1A 2GUIA 5I42A 1QQCA 3PY8A 1FK9A 2F8SA 5KRTA 4W5QA 4KRFA 3O4QA 3JYTA 4CJLA 4F2RA 4HCCA 5JS1A 4TSXA 4KKOA 3HVTA 4HHTA 3TWHA 3SUQA 4OJRA 4CJUA 2X6NA 3TAQA 3MEGA 3LP0A 4O0JA 4E7LA 2RF2A 3SUOA 3L2RA 3OYCA 4M41A 1WLJA 4DG1A 2IOCA 4DTOA 4FJXA 1HYSA 2P5GA 1UA0A 2QKKA 2VG7A 3AVBA 1C1CA 3TAMA 3TAEA 2QXFA 4CHYA 1TKTA 1NKCA 3O4NA 4CJPA 1S1UA 4DQPA 4Y1CA 4M3ZA 4FYDA 2OPQA 4H4MA 4BWJA 3DRRA 3K5LA 3VQBA 3KJVA 3HXMA 1QTMA 4C8KA 2E6LA 3OYHA 3DM2A 4W5TA 1W9HA 5HLFA 4KPYA 1TL3A 4DTPA 3VQCA 3L3UA 4ID1A 3AO4A 3OJSA 1JL2A 2ATQA 4DFKA 1RDAA 4IDKA 3ZSZA 1T8EA 5I3UA 2PZSA 1WN7A 4CERA 2G8UA 3FFIA 4CESA 4N56A 3QNNA 4CJQA 3QESA 2HMIA 1WSHA 4B8CA 4DQSA 3ISNC 1RILA 1WAJA 1JLEA 4GVMA 1NJYA 4J2DA 1JXEA 2HW3A 4I9LA 4IKFA 1DTQA 2OYQA 3L2UA 1BQNA 1HRHA 3VA0A 4CIGA 3IG1A 1NJZA 3NGIA 3EZ5A 3NFAA 1O1WA 1LW2A 3SZ2A 4CJ3A 3ZSWA 4BE2A 2HHUA 3L2QA 4B9TA 1XHZA 3DLGA 2FC0A 4ZTJA 4CJWA 3SCXA 3HJFA 1BIZA 1RT5A 3V9SA 4KTQA 4B3OA 4BE1A 3LP1A 3TI0A 2HHWA 1TV6A 4J2EA 4Z0UA 2DFFA 2G8VA 4M3RA 2OPSA 1BGXT 4E7KA 3SNNA 1RT1A 3ALYA 1WSJA 1RT3A 3E01A 1FKOA 1S1TA 3SV3A 4CJSA 3QETA 4DSKA 4FJGA 4ID5A 4N76A 3KTQA 3OYFA 3HT3A 3L3VA 1NK0A 4KTZA 3ZSVA 1NKBA 3I0SA 4AHSA 3K59A 3CFRA 1HNIA 3UIQA 4DLGA 1LWFA 4CK2A 1HYVA 4KV8A 1NOYA 3SUPA 4OLAA 4JRQA 4FLZA 3F73A 4B9MA 1S6QA 3THVA 1BHLA 4MQ3A 3AVKA 4YFUA 1WSFA 1LWCA 3VQ9A 3HPOA 2HVHA 3P83D 4CIEA 3P1GA 4B9SA 4FJLA 4RW9A 4H8KA 1D8YA 3ZT3A 4DQQA 4KTWA 1UAXA 2F96A 4AHVA 1ITGA 3LZJA 4BE0A 5HROA 2HHXA 5CYQA 2HHTA 1RBRA 2X74A 1RTJA 3AVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JUC A;  3VOE A;  4IHS A;  3I59 A;  4BGD A;  4K2E A;  2D2W A;  2O4G A;  2YR2 A;  4BRP A;  3ML6 A;  1NG6 A;  3Q9V A;  4XIC A;  1ASU A;  3I55 I;  1OH5 A;  3CCV N;  4RM3 A;  3OHR A;  3F9K A;  3VEX A;  1YT3 A;  2YX6 A;  2EX3 A;  2PX9 A;  1WSG A;  2F4M B;  1TAU A;  1Y1W J;  5AQF A;  3KK2 A;  1ZBI A;  3OYN A;  3H92 A;  5D5W B;  1ZG1 A;  1Y0U A;  4ZDP A;  4D5C A;  4IFV A;  1PP7 U;  2R5Z A;  3HC7 A;  2CGJ A;  1ON2 A;  3I8D A;  1T6D A;  3ZQC A;  2V4J C;  1S22 A;  1R71 A;  5JS2 A;  1TWA J;  2HNH A;  4IG3 A;  2R7Z J;  4FLX A;  1R00 A;  3BDP A;  1U5T C;  5DV5 A;  3D7E O;  5EG0 B;  4CBU A;  4BAC A;  2GV9 A;  4XLE A;  3RKX A;  4AYB A;  3WG9 A;  4ISE A;  3RMC A;  2P5L C;  1Y56 A;  2F5F A;  2IPQ X;  1KVB A;  1QSS A;  2GBY A;  2H1K A;  2XGD A;  1NH3 A;  3VTH A;  4KHY A;  1IC8 A;  4AF1 A;  2QKM B;  3DXJ F;  3S1Q J;  1VQM I;  1JLC A;  4DWI A;  3CJR B;  4IO9 L;  2GA1 A;  2NRT A;  5B8H A;  2R92 J;  3V9U A;  3AVG A;  3CP2 A;  2IXS A;  1BR2 A;  4EGZ A;  4BS9 A;  1R5I D;  5ICF A;  1Z7U A;  1G3W A;  2Y2Z A;  1UB9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1X1PA

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