1Z05A

Crystal structure of the rok family transcriptional regulator, homolog of e.coli mlc protein.
Total Genus 137
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DHIKQINAGRVYKLIDQKGPISRIDLSKESELAPASITKITRELIDAHLIHETTVQEAISRGRPAVGLQTNNLGWQFLSMRLGRGYLTIALHELGGEVLIDTKIDIHEIDQDDVLARLLFEIEEFFQTYAAQLDRVTSIAITLPGLVNSEQGIVLQMPHYNVKNLALGPEIYKATGLPVFVANDTRAWALAEKLFGHSQDVDNSVLISIHHGLGAGIVLDGRVLQGRHGNIGELGHIQIDPQGKRCHCGNYGCLETVASSQAIRDQVTARIQAGEPSCLATVEEISIEDICAAAADGDPLAVDVIQQLGRYLGAAIAIVINLFNPEKILIGGVINQAKSILYPSIEQCIREQSLPVYHQDLKLVESRFYKQATMPGAALIKQALYDGLLLMKVVEG
50100150200250300350300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (10-27)TIV13 (378-381)AH12 (382-395)AH3 (43-56)AH2 (32-39)TIV1 (27-30)S2 (75-79)S1 (59-62)TVIII1 (57-60)EMPTYTII2 (92-95)3H1 (139-141)S14 (371-374)3H2 (158-160)TII1 (81-84)S3 (84-92)TI1 (102-105)S5 (107-114)S8 (162-165)S6 (144-152)TIV2 (166-169)S7 (155-157)TIV3 (171-174)AH6 (176-183)O1 (174-176)TIV7 (227-230)S12 (231-233)S9 (188-192)3H5 (364-366)AH7 (193-204)TIV5 (218-221)S10 (213-218)AH10 (308-332)TI2 (207-210)TVIII2 (210-213)S11 (222-228)TI3 (235-238)TI5 (255-258)TI4 (243-246)TIV8 (247-250)TIV9 (249-252)TII3 (239-242)TIV10 (265-268)3H3 (263-265)AH8 (269-282)S13 (336-340)TI6 (286-289)TI7 (288-291)TIV11 (291-294)3H4 (342-346)TI8 (367-370)TIV12 (377-380)AH4 (64-70)TIV4 (205-208)AH9 (296-305)AH11 (347-360)S4 (95-102)AH5 (120-138)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
publication title Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
rcsb
molecule keywords transcriptional regulator, ROK family
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1z05A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A03
2ISYA 2VBWA 4KIGA 4UXNA 4A5NA 5LHHA 3ROUA 3RDIA 4AWXB 5JFRA 3JAMZ 3WE3A 4HF1A 2A3ZA 3ECHA 3M7GA 2X0LA 2ZGYA 3LQQA 2O0YA 5FFXA 3FE1A 2D0OA 4AIHA 5HDGA 2QLZA 1RUNA 5DEQA 3GLXA 4O5VA 2CYYA 3HRSA 3TDZC 3JTHA 3O1BA 4HDVA 1NGEA 3GBTA 3GZ5A 2CWEA 1NLVA 3IWZA 2O8XA 2Q8KA 2D4WA 3K2ZA 3MK6A 4M9ZA 4BRCA 1I1SA 4EIAA 2PBDA 4PDKA 1MDUB 1R23A 2LF7A 3GW2A 1U2VA 4WQ5C 4HTLA 3ECOA 3TQNA 4ZYDA 5ILVA 1XSXA 2E20A 4IJNA 4A62A 3L6QA 3N97A 1K78B 4C23A 3HYIA 1T98A 3HIFA 4FWQA 1SD7A 2E2PA 3CUQB 3ZQ7A 4OU0A 3C18A 1U5TB 4B1YB 5H6RA 1FSHA 5L3DA 2P9KB 4GYGA 3WGGA 4KA4A 1Z1DA 3F8CA 1JCEA 1V4TA 3EN9A 4JK1X 4EJOA 5TRDA 3KP7A 2J5PA 5LEJA 3ZEUB 3DEUA 1TQMA 2H94A 2OD5A 3BEXA 3ZMDA 3VEPA 5FO5A 1IF1A 4HZFA 4BG8A 3RIRA 4MGRA 2DK8A 2EWSA 2EA2A 1G3WA 4S04A 1T6CA 2V1UA 1OR7A 4U7DA 5E26A 2P9NB 3Q5FA 2A61A 4LB5A 1XSDA 4UHTA 4FOEA 4CHUA 2GUPA 4RS8A 1S7AA 4KDPA 3FMSA 5AQJA 3FX3A 3LQRA 3MCPA 4YFNF 3BOQA 3KEOA 4MHGA 1FT9A 5CJ9A 4FWKA 5DD4A 4B1ZA 1OYIA 4E70A 2F5FA 1ZRFA 2VOOA 3L0QA 5BRDA 2HQRA 2F9TA 3TKYA 1ZLJA 1NM1A 3V4GA 3CJNA 4FPAA 2GA2A 4JBAA 2VODA 5DCFA 1TUYA 2Z3YA 3IUCA 5LJVA 1F9NA 4L3QA 4KIFA 3FFKB 1J75A 1OKRA 5KQ8A 1KA8A 2VCPA 5AZIB 4EM0B 3UKRA 1BC8C 1S22A 4B1UB 1Z9CA 3VOVA 2A07F 4UUVA 2V52B 1WQ2A 2OQGA 3GE1A 2HZTA 1BM9A 5BPLA 3ML6A 2EV6A 2RVCA 4GGGA 3LDQA 3RKXA 1R22A 3E97A 3L7WA 2NS0A 3TOAA 1KQ8A 4I6MB 4BC5A 3ELKA 1FZPB 1MJ9A 2M45A 1ZG5A 1RDWX 1KAXA 2QQ9A 1BA1A 4JD2A 3ABTA 5AQZA 3BJAA 4IZ9A 3RTRA 2FRHA 4H0EA 2ITMA 3C3WA 4LLNA 3ISPA 2AXLA 1P4AA 4CYDA 2V6CA 3CQXA 3WTWC 4BRHA 1BI0A 3UB5A 1OYWA 3DKWA 2IVMA 3GZ6A 3ENHA 2W85A 1FYKA 1DP7P 1YQAA 3DXMA 4A6EA 1XD7A 5LHIA 2JT1A 2EV5A 3MWMA 2DQRA 2GAUA 1I6XA 3I53A 3V7SA 2XAHA 3R6SA 2ZWHA 1BG3A 5HS8A 3HM8A 3GUDA 1U2VB 4CZHA 3IKTA 5CVUA 3VPZA 2Q36A 5HLIA 2FMLA 2HWVA 3IC7A 4RGSA 5ICEA 1F1ZA 2FQ3A 3QFUA 1XGOA 2ESNA 4U88A 3WUHA 2WWYA 4OINF 2GA1A 4KFCA 2GQQA 1B6AA 4M73A 3WTTC 2HTSA 4H0VB 4WXCA 4HX8A 3BP8A 2W57A 4FT8A 3CJAA 3LDPA 3W6KB 1TYQA 1UHMA 1YG2A 3PQJA 3L00A 2FBIA 3VFZA 3VF4A 1FP1D 3R9PA 3CJBA 5I9EB 1FYLA 3T5XA 3DAWA 1TTYA 3O3KA 2NNNA 5CLSA 4BRAA 1NGCA 3DPLC 5AQMA 3IFRA 1GLDG 2E88A 1JCGA 5K5QA 4O3MA 1QNTA 2OZUA 2O3FA 4PCQA 3F21A 1BOTO 2D1HA 3DXKB 2A6EF 3P9CA 2Q2RA 1HKTA 5BPIA 4WF2A 1G4DA 1TNSA 1JE8A 2TDXA 3CIPA 1TNTA 1H1VA 4N0BA 4JHDA 1ZYRF 2IA0A 2KRFA 1JXSA 4LMYA 2NNYA 1AWCA 5FLXZ 4L9NA 5K5RA 5FD5A 3BF1A 4LK0F 1GLBG 1RFQA 2EFNA 1Q1HA 2D45A 1FOKA 5FPNA 1XSVA 2P5KA 1IXSB 4HF0A 3U9DA 4PL8A 4YFXF 3WXLA 3BF3A 5LHGA 3F22A 5BS6A 4FOIA 2NAZA 3J80Z 2YR2A 1YAGA 2KIUA 1LCUA 2OBPA 1SD4A 4K2EA 2M87A 1LVAA 4HLXA 1T6SA 2D1VA 3UKRB 4M72A 3VESA 1R1TA 2MA3A 2KJBA 5D8KB 3GWZA 4FX4A 3DV8A 1D4XA 1LDJA 3F9MA 3SHFA 4H0XB 1XGSA 3LA7A 3B02A 3KLNA 2NZTA 4WQ4A 3HTSB 1ZBSA 2E1ZA 4B9QA 5CVIA 1Z91A 4O5FA 2L4MA 2HYGD 4I09A 2E1CA 1K8KA 2O03A 1NBWA 3MN5A 2Z33A 1BJAA 3CLOA 2P4WA 4NO7A 1NGAA 3EYIA 4M6XA 3RSEA 2Q31A 4A0XA 2HR3A 1R5HA 1WKMA 3ZMVA 3ENOA 4TV7A 1MJBA 4JD2B 2GXGA 5LLQA 2RV8A 4OIQF 3HHGA 2A3SA 4R8HA 3SFZA 3ABUA 3MZYA 3F72A 3BY6A 1GXPA 5BQTA 3L4IA 2GIVA 1MJAA 2NLXA 4BROA 4LFUA 1BI1A 3JSOA 1YLFA 1E17A 3WU0A 2ZJ2A 3QU6A 5LBQA 1T38A 5BN9A 1XDUA 1BIAA 1ZG3A 4BRLA 2F5EA 3K0LA 2A41A 4LB6B 4UV9A 2PI0A 3GFJA 3FF5A 5D5WB 5FB2A 4CDGA 3A0IX 1HPMA 4CO8A 2A6AA 3FM3A 5DD8A 5HOOA 3J81K 4EFHA 2Q0OA 4BQAA 3M8FA 2CW0F 1LQ1A 1U3EM 3KP6A 1L0OC 4MEYF 1MKMA 5AIQA 2Y75A 1KGSA 3I71A 4RCHA 4OIPF 1S3JA 4UVCA 5L3CA 4H5RA 4BRGA 4HQMA 4R1HA 3O6BB 5AQOA 3SLCA 2M5WA 2Z99A 2Q0UA 1P6RA 5LRRA 4EGYA 1UHWA 3L2CA 4CD1A 5KPRA 1HSTA 2VC0A 1K6OA 4WX9A 1ULYA 2UXXA 5J8FA 2EWNA 1U5TA 2XRNA 3F8FA 3HOTA 2QWLA 2DPUA 2L4AA 1J59A 2HYFA 4EJTA 3ZX0A 1PUEE 3VF6A 5FPEA 2P7VB 1HKSA 4ENJA 4WCGA 1GVJA 2P8TA 2QWMA 5CVJA 1HW2A 1YIOA 4MQ9F 3G3ZA 2GZWA 1S7OA 4AIJA 3ZEUA 3MDQA 3ZX2A 1RIOH 4BR0A 1AOYA 1GHCA 4PKHA 4F7ZA 1WOQA 4HF2A 3GO5A 3ATVA 4A12A 3RKWA 4JHDB 1R58A 3I59B 1KYWA 4YFKF 2P9NA 1DPUA 1LEBA 1ZHFA 3KEQA 1O3QA 1IN5A 1HUXA 1W7PA 1B1BA 4EV0A 2QQAA 2QW9A 4KN4X 4LLLA 3G73A 3CO6C 1IW7F 3O5BA 2B0LA 2E2QA 2XKPA 2DLLA 3GFIA 2UZKA 1ZRCA 2K7LA 2ZO4A 3FZLA 3HZ6A 5EY4A 3LFKA 1JHHA 2VT3A 3MN6A 4D0PA 2CG4A 1X9JA 3MQ0A 2C6YA 1NGBA 2V1DA 3WXJA 4BREA 3DPTA 3BJOA 2VC1A 2F5DA 4IXCA 4YG2F 4BR5A 2I7NA 5LGTA 1ZN2A 2HDCA 3A5LC 4K43A 2GTDA 4YIIA 5E1XA 5EEGA 4Y13A 4M7YA 3E5XA 4HWIA 5AQTA 1NGDA 2K27A 2VN2A 4BR7A 2CGKA 3DQVC 1ZGAA 4IJAA 1MDMB 2W24A 3LA2A 4IPAA 3DWLA 5AZIA 4UVAA 4QLCU 1FSEA 4BR4A 1LEAA 4YDUC 2A5YB 3P7NA 2F5CA 5BN8A 4EJVA 1T2KA 1KU2A 3T8RA 4IVNA 4EVIA 2GWRA 1USTA 4L5JA 1BO5O 2GWJA 3FHZA 3HBTA 4BHBA 4LC9B 3JXUA 2MH2A 2FU4A 3C0BA 1KAYA 5ICCA 2HFHA 4MTEA 4I6MA 3JSPA 2CSOA 3IRQA 4FL9A 1ODDA 5JLHA 3TO7A 3GL1A 1T39A 3LM2A 3VERA 1BN5A 2YJFA 1DPRA 3CJ9A 1NGFA 4CZMA 3EZWA 2E8AA 4ASNA 4OMYA 3VENA 2ZFWA 3P9KA 4XEIA 4EHUA 3LSTA 2O61A 3VEVA 4EHTA 1E2XA 2G7HA 2HGCA 1DUXC 3CUQC 2O6GE 2OQRA 3KETA 2YI1A 4M7XA 4FHTA 3W3DA 2E7XA 2EFOA 5FPMA 2BYVE 1O57A 3CJCA 4IXAA 1MGTA 3I0TA 4QS7A 4JAXA 3LA3A 4HOBA 1J5YA 2FEZA 1XMAA 5HS7A 4RGUA 5JHUA 2R7DA 1XGMA 3DFGA 2BEOA 2CQKA 4ON0A 5LEKA 2EB7A 2K86A 2KIMA 3DF8A 3Q9VA 3V8KA 1HKQA 5AR0A 1YS6A 1ZRDA 3D5LA 3CTAA 3JAMK 2FSWA 4L9JA 5AQIA 2A40A 1IAWA 2HTJA 5TJJA 4EJWA 3CERA 5BRFA 2DAOA 4XH5A 4K42A 2DU9A 3IL2A 1X3MA 2VBZA 5AQVA 3KP3A 1EV7A 1YFHA 4J8FA 3M1EA 1MWKA 4M9XA 3H3OB 2PN6A 2ZKZA 1FPQA 2DI3A 3ZMSA 1W7PB 4BHPA 5A2QZ 3U9ZA 4MEXF 4JQFA 2L3DA 4FWOA 4U7BA 3HTVA 5KPTA 3VEXA 4GO1A 4KT5C 1Y0UA 4CZJA 1G3SA 1UFMA 3DXKA 2RQPA 2AA4A 1BOAA 2YPRA 1CF7A 2PMUA 1S6LA 3HRMA 3GFLA 3LDNA 4B09A 4R79A 2D0PA 4U0WA 1WUAA 2ZCWA 1LJ9A 3F6VA 3R4KA 1NHAA 5ILUA 1ESVA 1MZBA 5E18F 2W41A 1XC3A 1V4SA 4OIRF 5ILSA 3EO3A 4HX7A 2ZMEB 5EX5A 4LG0B 3FXQA 3ZMUA 2D1KA 1HXDA 1OPCA 1QQNA 1WWXA 5ADXA 1ON1A 2VONA 1XQSC 1G3TA 4P96A 1HSJA 1YW7A 4PKGA 1J9IA 4MLEA 4PL7A 1JHFA 5ICGA 1C0FA 3FLCO 2ETHA 3SXYA 5A2QK 1ON2A 1QPMA 4EM2A 2P9PB 2ASOA 4I01A 1KAZA 3A8YA 1EH7A 2LDUA 4RGXA 4HV5A 2CFXA 2K02A 4HLYA 2V7YA 2RDPA 3DXJF 4FWLA 1O7LA 1I27A 2P9UA 5JR3A 5E1ZB 2QWOA 1Y64A 1J6ZA 1KYZA 4DNCA 4N9IA 3AAFA 2LKPA 4Y15A 3RYPA 3LDOA 2CGJA 2E7WA 3SMPA 4Q4ZF 1IXRC 3P4IA 4ISFA 2VOPA 4M9SA 4BR2A 2V51B 2IA1A 4IRHA 1FY7A 5F64A 1TQIA 2FMYA 4G7HF 1GLFO 1VTNC 1NWKA 3M9AA 4NHJA 4A5MA 5LRSA 3Q9SA 1LB2A 1HJOA 1R00A 1BWFO 2Y0MA 1RZ4A 2GELA 2Q1NA 4GCVA 2P9LB 3AAPA 3LDLA 3QPHA 3CETA 3PFIA 2STWA 4ISGA 6PAXA 2YU3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CXU A;  3NMU A;  1BIZ A;  4CJR A;  5GIP A;  3JAM Z;  2A3Z A;  3M7G A;  3GTJ J;  4AIH A;  3SQ0 A;  1EJ9 A;  3GLX A;  1X1D A;  1NJW A;  5KRS A;  1TWC J;  4JKA A;  3F73 A;  1NGE A;  3GBT A;  4FVU A;  3CXC M;  2O8X A;  4N47 A;  3PO2 J;  4BRC A;  1I1S A;  4DR1 K;  3GW2 A;  4WQ5 C;  3ECO A;  3TQN A;  3PNV A;  4IJN A;  3L6Q A;  4DF4 A;  3LAM A;  4OU0 A;  1G59 A;  3C18 A;  3RR7 A;  3BR5 A;  3H3V K;  5L3D A;  4GYG A;  4IEJ A;  1JCE A;  2WY8 Q;  4JK1 X;  3ABL H;  4EJO A;  3DRP A;  5TRD A;  4KV8 A;  2OD5 A;  4DR4 K;  3VEP A;  3J81 O;  3HJE A;  2ID6 A;  4MGR A;  2W82 A;  2DN0 A;  1G3W A;  2V1U A;  1R5I D;  3K70 D;  2P9N B;  5JVG F;  3I8D A;  4CHU A;  1IGN A;  5AQJ A;  5FDL A;  3MCP A;  3MX5 A;  3OYA A;  4G12 A;  3BGR A;  3KEO A;  4MHG A;  1FT9 A;  5GAD P;  4B1Z A;  4CJK A;  1ZRF A;  2BY3 A;  4JKG B;  2UUC K;  2JWL A;  1ZLJ A;  1NM1 A;  3CJN A;  2GA2 A;  5DCF A;  4AF1 A;  1TV6 A;  4G1Q A;  1F9N A;  4XNF A;  2B4J A;  4PHT X;  4PJJ A;  2NVQ J;  2CJJ A;  5KQ8 A;  1KA8 A;  5IOZ A;  1S22 A;  4B1U B;  1Z9C A;  3G1M A;  4FXD A;  2MW8 A;  3CCS I;  3WHC A;  1HQU A;  1R22 A;  1YJW N;  1FW6 A;  1G8X A;  2D0A A;  1NG9 A;  1BA1 A;  5AQZ A;  3BJA A;  4IZ9 A;  3PLA A;  4LLN A;  2FC0 A;  3WTW C;  4ABZ A;  2CW7 A;  2W85 A;  3OYD A;  5LHI A;  2JT1 A;  3VA0 A;  3V7S A;  1YJ9 N;  3R6S A;  2ELJ A;  1UA0 A;  1WBB A;  4PUS A;  2LD5 A;  3BC8 A;  1VQN I;  4FJK A;  4DR2 K;  1F1Z A;  3K5L A;  2H1L A;  3K5O A;  2WWY A;  2DMT A;  4JS4 A;  3D0P A;  4YNQ A;  1B6A A;  3WTT C;  4H0V B;  4WXC A;  1GT0 C;  1HJR A;  4C8N A;  1Z26 A;  4ANJ A;  4PK4 A;  1YG2 A;  2GX9 A;  1TK0 A;  3M8Q A;  5HRP A;  3PFY A;  1FP1 D;  4CJT A;  3CJB A;  5DM7 L;  3BT9 A;  3T5X A;  1TTY A;  4DV6 K;  3O3K A;  2NNN A;  2JWT A;  2HPI A;  5CLS A;  1X1C A;  3AVJ A;  2E2J J;  3DPL C;  4Y33 A;  2DYS H;  3V6D A;  4OX9 K;  2E88 A;  5K5Q A;  1QNT A;  1BOT O;  2D1H A;  4NC7 A;  1UAA A;  1R49 A;  3U21 A;  1Z67 A;  4A3F J;  2VQF K;  1DGW Y;  3CMM A;  1JXS A;  1AWC A;  4CIF A;  3PO3 J;  5FLX Z;  3CG7 A;  1Z3Y A;  1RFQ A;  1Q1H A;  1MBH A;  4CIG A;  1FOK A;  1NKB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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