1Z05A

Crystal structure of the rok family transcriptional regulator, homolog of e.coli mlc protein.
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DHIKQINAGRVYKLIDQKGPISRIDLSKESELAPASITKITRELIDAHLIHETTVQEAISRGRPAVGLQTNNLGWQFLSMRLGRGYLTIALHELGGEVLIDTKIDIHEIDQDDVLARLLFEIEEFFQTYAAQLDRVTSIAITLPGLVNSEQGIVLQMPHYNVKNLALGPEIYKATGLPVFVANDTRAWALAEKLFGHSQDVDNSVLISIHHGLGAGIVLDGRVLQGRHGNIGELGHIQIDPQGKRCHCGNYGCLETVASSQAIRDQVTARIQAGEPSCLATVEEISIEDICAAAADGDPLAVDVIQQLGRYLGAAIAIVINLFNPEKILIGGVINQAKSILYPSIEQCIREQSLPVYHQDLKLVESRFYKQATMPGAALIKQALYDGLLLMKVVEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
rcsb
molecule keywords transcriptional regulator, ROK family
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1z05A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A03
3UE5A 2OAZA 3FZMA 4F7ZA 3C3WA 1BOTO 4MQ9F 1U5TB 3H92A 4BGAA 3AARA 1YO5C 2EFWA 3CERA 1QQNA 2OBPA 3L4IA 3U9ZA 2XUBA 2EFQA 4BRPA 2ZMEA 2PJPA 3M1FA 4LLLA 1U2VB 5ILUA 3FZHA 4CZJA 3M9AA 4I02A 1CZAN 3SFZA 3I59B 5EX5A 1TUUA 2STTA 3VB2A 4CJ7A 3IWFA 1O7LA 4L5JA 3ZQ7A 3GX4X 1WI9A 4YIFA 1OKJA 1E4FT 4RB1A 4LMYA 4Z94A 2EFPA 4BC2A 1Z6RA 2NNNA 5AQIA 5BN9A 2DO7A 3KP4A 4HLXA 1MJ9A 3VEZA 3MZYA 2W57A 1X9JA 2DI3A 1FBUA 3MCPA 4ZYHA 1BWFO 2E7XA 5J6XA 3RPQA 2FMLA 2W85A 4LJZF 2VODA 3I8BA 4B1ZA 2YPRA 1EH8A 4M71A 1R7JA 1ZYRF 2Q8KA 1WRJA 1RDWX 1W4MA 4FWOA 5FLXK 2D2WA 4XLPF 4HA8A 1G3SA 2KHOA 5TKYA 1J7KA 1IRGA 1IJJA 4BRGA 2AP1A 5BPDA 5AQPA 4HX7A 2P9KA 5KQDA 1DP7P 2W40A 4NO7A 4DHYA 2WUSA 4A2UA 4LC9B 3UKRB 4RTFD 1TYQB 2VE9A 3D2FA 3LDQA 5LJWA 1LDDA 1O7FA 4LK1F 3AAQA 2KJCA 4RGXA 2L4MA 4ENMA 3ABTA 1R1TA 2HS5A 4A62A 3VF6A 2HOEA 2IPQX 3ZMVA 1WQ2A 1T6SA 3K1MA 1MDMB 2QWLA 3KZZA 5DYMA 1LNWA 1BN5A 3RKYA 1TW3A 3L0QA 1HKSA 3AAPA 4KA4A 2BYVE 5ICFA 3ZX3A 3T8TA 2QXLA 2DLLA 3GVAA 5HS7A 3FX3A 4HZFA 5L3DA 3DXKB 2A61A 2VYPA 2E8AA 2LKPA 3BY6A 3F23A 4BR2A 4IJNA 1FYMA 2YR2A 3GUDA 3DF8A 4UNOA 3ELKA 2IRFG 3F6VA 2FF3B 4Y15A 5HLIA 3F3XA 4FWSA 4D0PA 2ZF5O 4JNEA 3HOTA 2Z5UA 4ZYEA 3K1NA 3CO6C 1IF1A 2VOOA 3TDUC 2XAGA 5F1XA 4QLCU 1XMAA 3P9CA 5CVVA 2GZWA 5FD5A 3V8LA 4YFXF 4A0YA 3B02A 1XDUA 3SZPA 2RC4A 3IL2A 2NRHA 3F8FA 4MHGA 3GL1A 2V79A 2HWVA 1GLLO 1RUOA 3V4GA 3KP2A 5LGUA 5DCFA 2XAQA 1E17A 3BPVA 3ZMUA 1SAZA 2BGCA 2NNYA 5AQLA 1YS7A 3F72A 3L6QA 2ZMEB 1OYYA 1X3NA 3BWGA 5BS6A 4EHUA 1YLFA 2AXLA 4P96A 1FYLA 1K8KB 5AQFA 3J8AA 4L0YB 5FD6A 1BJAA 3LA7A 3WTXC 2E2PA 4B1XB 4PCQA 5LLQA 3ID8A 4PL8A 5EVZA 3E6DA 2PFBA 1S7OA 5AZJA 1H0MA 2FBHA 2W84A 5ICEA 5KPTA 2IVNA 4WK8F 4BG8A 2CSOA 3LM2A 2FNAA 4EAHD 3KE2A 1XGSA 2D1VA 4JHDB 3ZX2A 1KU2A 2FNPA 1U6GA 3FLCO 5AONA 1TQIA 3U2RA 3JSPA 2H27A 4QS7A 1Z6TA 2F2EA 1SFUA 1ZARA 4MEXF 3LAPA 5AQYA 5BRDA 2P9LA 3HTVA 4E70A 1R59O 3LQQA 4B8XA 2FRHA 4YIIA 3O80A 4CXFA 3VF2A 2ZGYA 5D5WB 3J80Z 1JE8A 2G7HA 4CZLA 1WKMA 4B1WB 2ADUA 1CGPA 3RSEB 3DXJF 4FWKA 1MDUB 2V6CA 3VEVA 2TDXA 2E20A 3E6MA 3FWEA 1HLUA 2UXXA 1XGOA 1BI0A 1O3RA 1J59A 1WOQA 3TPQA 1H9TA 1FLIA 3H6EA 4K41A 4ESBA 1JXSA 3BF1A 2ZFWA 1T6DA 3M6GA 1U6ZA 3LM9A 3O6BB 4BHBA 1XD7A 4A6EA 2NZTA 3DEUA 1F5TA 3CUQA 2CH6A 2J4RA 3CIPA 5CVJA 2E2NA 2YHYA 4ISFA 3FMQA 2XGXA 2VXZA 2YJFA 1H1VA 2LF7A 5AQHA 4LFUA 4EJUA 2EB7A 1P4WA 3KZYA 4ESFA 5AQVA 4MTDA 4HW0A 4Q5SF 5D8KB 1HX1A 1LCUA 3QICA 2EA4A 1Q18A 4MLEA 4I0AA 1XN7A 4GYIA 3VESA 3TO6A 4WQ5A 3FGUA 5F6FA 4FX0A 5AQWA 3SHFA 3F22A 2VONA 1DDNA 2EV5A 5ICCA 1KQ0A 4RAYA 4BC3A 2A07F 3EDPA 3CQXA 3C1DA 2MLKA 3DJCA 2P5VA 1HJOA 2H94A 1OYWA 4XSZF 1QPMA 3EQLF 4KIBA 5ILSA 1P4AA 2BBYA 2IVOA 5ED4A 3ATVA 4CO8A 1HKQA 1ZN2A 4N0BA 3F9MA 2FMYA 3RKXA 2VT3A 5AQGA 1R00A 1V3FA 3RI4A 4ENKA 3K9TA 3FHZA 1Q1HA 4K25A 2PG4A 5IT3A 3H1VX 3R6SA 3J7AO 4BQZA 2CGPA 4DB3A 4EJVA 2BV6A 1S6LA 1D4XA 1IXRC 2ZKZA 1IAWA 3U1DA 2P7CB 1HUXA 3CQYA 2JRTA 2RQPA 1U78A 1LOTB 4OIOF 2V51B 4MLHA 1U5TA 4HV6A 4EVIA 1J6ZA 4LLNA 3PQJA 3ZEUA 4RS8A 3T1BA 1NGAA 4XEIA 2XAFA 1K6OA 5FPNA 2DU9A 5CVUA 1LJ9A 4HF0A 3IRRA 4NQWA 4BRFA 2QWPA 5JICA 1OKRA 3IKTA 2A3ZA 2WTEA 2HEOA 3V8JA 4KN4X 2P6SA 1YYVA 4BRAA 2XKPA 2M1BA 2WC2A 1IUYA 4KUMA 1BBYA 5E1WA 3CTAA 4CZHA 1GLDG 4UUVA 1QNTA 4A2BA 4I2OA 3KP7A 4AM6A 3QOPA 3MFKA 4IXCA 4CHUA 2DFIA 1FT9A 2IVMA 2GA2A 4IRGA 2O8XA 1RGIA 4GCVA 3QP6A 2RGVA 3F8BA 1S3XA 3T5XA 1SD7A 4XH5A 3WT0A 1YW7A 1IN7A 4H0XB 1FBQA 3AY9A 1KYWA 1ATSA 2DPNA 2FU4A 4YG2F 4UVAA 4PGHA 2DQLA 1Z05A 2FBIA 1O57A 3R0JA 3VOVA 2XV4S 1NMDA 2F5DA 2ZCWA 5LGTA 2A40A 1T98A 2FXAA 1O3SA 4B1VA 4KICA 4PKIA 1KXPA 3N4MA 2FBKA 4A0ZA 3IRQA 4B1YB 3CUQB 3FR0A 2DAOA 3V7RA 3KVGA 4AWXB 2MH9A 4B1UB 2B0LA 1YXQA 5BN8A 2XHKA 3TGNA 3VGKA 1UCRA 1NGGA 3ZN0A 3UKRA 3ENHA 3I33A 2ZO4A 1U8RA 2YCHA 4KN7X 3TU5A 3JS6A 6PAXA 4IRIA 2JPCA 4PKGA 3CJAA 1G3WA 3HTSB 3BUZB 4GY2B 1ODDA 3B73A 1XCBA 4M9XA 2IP2A 1ZHFA 3H3NO 4BRKA 4AD9A 2H6BA 4FWMA 1TQPA 4R8HA 1MDMA 4YDUA 5HS9A 2D1HA 2IIRA 2RKHA 2PQ8A 4CD3A 4M7YA 4XBFA 1LQ1A 4KDPA 2FA5A 3DXKA 4I6MA 3RYPA 4GO1A 2R7DA 2JT1A 2ETHA 5L3FA 1W7PB 2M8EA 3I5UA 4OIQF 1WUAA 2AA4A 3EKSA 2M45A 2Y48A 4U0YA 2STWA 5D4RA 1WSUA 4Q4ZF 2YJEA 4K2EA 3WGHA 1YFHA 2JPBA 2MD5A 4IZ9A 3EETA 2FEZA 3QRFF 4ISGA 2EK5A 4HX4A 2ZGZA 4RWTA 4Q47A 3EUHA 3F21A 4ISEA 2EV6A 4MGRA 5EXWA 4QS8A 4WQ4A 4KYWA 2FSKA 3SZTA 1G3YA 3LDNA 4LG0B 2VBZA 1W5SA 2FSWA 3KP3A 1BA0A 5CE3A 1I6XA 2L54A 1XSXA 3B8AX 1ATRA 2QUFA 3WTYC 3BROA 2FXUA 4CZKA 1IRFA 4HQMA 4G7OF 3MDQA 2QWQA 4A0XA 3ZEUB 5AFUH 1MKMA 2P9NA 3CO7C 3GFMA 4BVOA 5JVTA 2QQBA 3G25A 5JLFA 1ZG3A 1XDSA 1JHFA 1STZA 3MN9A 3G3ZA 4L9JA 1HXDA 1P8ZA 4ETSA 3LFKA 3JW4A 4BNCA 2IW5A 1K8KA 1PDNC 5H6QA 3SXYA 3FMRA 5J8FA 3JSOA 3GBTA 3RDIA 1MJBA 2PBDA 1USTA 1XGMA 2DBBA 5F1RA 4WXDA 1T39A 4BH9A 5KPRA 2DTRA 3I64A 1V4RA 2D0PA 4HQEA 2WWYA 4C23A 5ICGA 2P9PB 1GXQA 1BO5O 1B4AA 3GEZA 1HPMA 3U4LA 3R6MA 1NGCA 4JHDA 1H9GA 4WYBA 2A5XA 2A68F 5K5RA 4I09A 2JTVA 2CO5A 2XRNA 3H3UA 1NGEA 3CETA 3H3OB 1MWKA 5JHUA 4G6DA 5A2QZ 1HW1A 2YX4A 1YW9A 4DNCA 1RI7A 1ZH5A 3HOSA 1PP7U 1HW5A 4AIKA 1E2XA 3FZLA 5BPMA 4PL7A 4CDGA 2ISZA 4UVBA 1PP8F 2R7FA 3OOPA 2P8TA 1R22A 3LA3A 3RSEA 1HQCA 4EQQA 4Z2YA 2A6EF 5IT9K 4IHSA 2PMHA 2X4HA 2FE3A 1W7PD 3KETA 3IKVA 1GLAG 4CYDA 1NHAA 4RGRA 3SJHA 2P4WA 3LSTA 4I98B 2L4AA 3WXLA 3C7JA 4XLNF 4BRDA 2PN6A 2HFHA 2VC0A 4LK0F 1XSDA 2F5EA 3WGGA 3O8MA 1Y64A 1MD0A 1PUEE 4H5VA 4E1JA 2D45A 3WEEB 4RGSA 4H5WA 2FF6A 3NEUA 2GTDA 1TW2A 4RCHA 3MWMA 2O0YA 4IF4A 3HRTA 3GF2A 3FMSA 1L0OC 2HMPA 2CG4A 5E17F 3LA2A 1IXCA 4HF1A 3KEQA 4HBLA 1GXPA 5AQZA 4I6MB 1FNNA 1G3TA 3R60A 5KPZA 3JTHA 2VBYA 2GQQA 3W3DA 2E1ZA 5ERIA 3BJ6A 3HUGA 3VEXA 2VN2A 1KU3A 4FSVA 4BYYA 1Y0UA 1G4DA 1NBWA 5EEHA 3GZ6A 3KP6A 1T0FA 4P5OA 2CGJA 3KLOA 2D4WA 3ULQB 4FO0A 1LB2A 2KRFA 4ZYGA 5BRFA 4RB2C 1LDJA 2PEXA 4OINF 2IVPA 3WQTA 1J0RA 4CICA 2QBYA 1K79A 3T8RA 2YHWA 1B6AA 3VF4A 1GLJO 5HS8A 2CYYA 1BDGA 3LDLA 5HOOA 3V7SA 3WXKA 2Q0OA 3QP5A 4A5NA 2FSNA 2QWOA 4BRIA 3IWZA 3VOEA 4FWQA 3UKUB 2XVCA 4EGYA 4XRFA 1FZPB 2ZJ2A 5LEJA 2E7WA 1R23A 2P9NB 3QB0A 5DEQA 2HQNA 3IC7A 4RB0A 4HX8A 4FPBA 3SLCA 3DFGA 5I9EB 1EQYA 3O2PE 2EFNA 3E6BA 3L7WA 2A41A 2GXBA 2Q2EA 3HRSA 4M9ZA 4P9UA 2E2QA 3P4IA 1ON2A 5BREA 5F2RA 1S22A 2OA4A 1RFQA 4O3MA 4CZIA 3ZN1A 3WG9A 1MGTA 4IJAA 5AZIA 3RKWA 4BR4A 3GW2A 1SAXA 1KA8A 1T2KA 1EH7A 1GLEG 1XB4A 5EEGA 3L09A 3D2EA 4MQVA 4GNIA 4BR9A 4RGUA 2ITMA 4CBXA 3F8CA 1S7AA 1NWKA 4WCGA 3D7EO 3O08A 4FOIA 3OHRA 1IN8A 1UHWA 1DPRA 2VBXA 3GZ5A 3BJOA 1FX7A 3ATUA 3O5BA 3QPTA 2V7ZA 1MZBA 5FPEA 2H09A 1XQSC 1J75A 4L9VA 3L2CA 4QS9A 4UHTA 2O6GE 1YIOA 4BRCA 4KNYA 4BHCA 1ULYA 3GDQA 1U2WA 3MCZA 4YFKF 2NAZA 3I0TA 1QZ6A 4L3QA 2ASOA 3M1EA 3A0IX 1ONVA 3FZFA 2ELHA 5JFRA 2RV8A 3TQNA 2HTJA 4AVPA 2R3SA 1OPCA 4EFHA 2W24A 2Z33A 2HTSA 1GVJA 1YVNA 2P5KA 3GFLA 4FHTA 2GA1A 2F9WA 2FLOA 2YI1A 3HSFA 3CI5A 2CGLA 4EGZA 5AQSA 3E5XA 4JAXA 4H5NA 2IA1A 1ZXOA 1LEBA 4AM7A 2ZWHA 3A5NC 4ENJA 4NB5A 2K4JA 2E2OA 3HSRA 3REOA 3CUOA 1JCEA 1QZ5A 2X0LA 4IPAA 2EWSA 1IZ1A 1QZYA 4EV0A 4FOEA 3ZP5A 1R5HA 3NRVA 5AQXA 2QENA 3RPUA 1F1ZA 3VENA 5AR0A 1BIBA 2KKOA 3DAWA 1JGSA 2QBYB 3KZBA 1XGNA 2HKOA 5LRRA 1W7PA 3TDZC 3H3ZA 4LGWA 2QW9A 1R1UA 4CI6A 2BE5F 2C6YA 1NGIA 3J81Z 3L00A 5FPMA 1J5YA 5FO5A 4Y0WA 5DUKA 4P9FA 2RN7A 3KFWX 3EN9A 2OU2A 2PAVA 3J80K 3KP5A 2HF3A 4M7XA 2Y75A 5E84A 3TOBA 2XKOA 2QZ8A 3ML6A 1FOKA 3QBXA 4JD2B 1P4XA 2VCPA 4CZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UE5 A;  2OAZ A;  3FZM A;  4F7Z A;  3C3W A;  1BOT O;  4MQ9 F;  1U5T B;  3H92 A;  4BGA A;  3AAR A;  1YO5 C;  2EFW A;  3CER A;  1QQN A;  2OBP A;  3L4I A;  3U9Z A;  2XUB A;  2EFQ A;  4BRP A;  2ZME A;  2PJP A;  3M1F A;  4LLL A;  1U2V B;  5ILU A;  3FZH A;  4CZJ A;  3M9A A;  4I02 A;  1CZA N;  3SFZ A;  3I59 B;  5EX5 A;  1TUU A;  2STT A;  3VB2 A;  4CJ7 A;  3IWF A;  1O7L A;  4L5J A;  3ZQ7 A;  3GX4 X;  1WI9 A;  4YIF A;  1OKJ A;  1E4F T;  4RB1 A;  4LMY A;  4Z94 A;  2EFP A;  4BC2 A;  1Z6R A;  2NNN A;  5AQI A;  5BN9 A;  2DO7 A;  3KP4 A;  4HLX A;  1MJ9 A;  3VEZ A;  3MZY A;  2W57 A;  1X9J A;  2DI3 A;  1FBU A;  3MCP A;  4ZYH A;  1BWF O;  2E7X A;  5J6X A;  3RPQ A;  2FML A;  2W85 A;  4LJZ F;  2VOD A;  3I8B A;  4B1Z A;  2YPR A;  1EH8 A;  4M71 A;  1R7J A;  1ZYR F;  2Q8K A;  1WRJ A;  1RDW X;  1W4M A;  4FWO A;  5FLX K;  2D2W A;  4XLP F;  4HA8 A;  1G3S A;  2KHO A;  5TKY A;  1J7K A;  1IRG A;  1IJJ A;  4BRG A;  2AP1 A;  5BPD A;  5AQP A;  4HX7 A;  2P9K A;  5KQD A;  1DP7 P;  2W40 A;  4NO7 A;  4DHY A;  2WUS A;  4A2U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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