1Z05A

Crystal structure of the rok family transcriptional regulator, homolog of e.coli mlc protein.
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DHIKQINAGRVYKLIDQKGPISRIDLSKESELAPASITKITRELIDAHLIHETTVQEAISRGRPAVGLQTNNLGWQFLSMRLGRGYLTIALHELGGEVLIDTKIDIHEIDQDDVLARLLFEIEEFFQTYAAQLDRVTSIAITLPGLVNSEQGIVLQMPHYNVKNLALGPEIYKATGLPVFVANDTRAWALAEKLFGHSQDVDNSVLISIHHGLGAGIVLDGRVLQGRHGNIGELGHIQIDPQGKRCHCGNYGCLETVASSQAIRDQVTARIQAGEPSCLATVEEISIEDICAAAADGDPLAVDVIQQLGRYLGAAIAIVINLFNPEKILIGGVINQAKSILYPSIEQCIREQSLPVYHQDLKLVESRFYKQATMPGAALIKQALYDGLLLMKVVEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
publication title Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
rcsb
molecule keywords transcriptional regulator, ROK family
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1z05A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A03
2BYVE 4A5MA 4L3QA 4EGZA 3AAPA 1U6ZA 4FX4A 3KP7A 2CFXA 5KQDA 4E70A 3WQUA 3RSEB 3ATVA 4H0EA 2YPRA 2P9SA 4M63C 5ILSA 4GXOA 3HBTA 1KYZA 4IRHA 3FMQA 5K5QA 4XEIA 2IPQX 4GYGA 3C18A 1IN8A 2JPCA 3GWZA 3CJ9A 3FMSA 1A04A 2FSJA 1NMDA 4HQEA 3WXJA 4B1YB 2PG4A 2GA1A 5HS8A 4BRAA 5E17F 4BRPA 1BA1A 4YFKF 3C7NA 4I09A 3QBWA 4OIQF 1YVNA 3KP2A 1QBJA 2EFQA 2XAQA 1G3SA 1FX7A 4N0BA 2DI3A 4PDKA 2Z99A 4CZHA 4LK0F 4M74A 1U3EM 3F8NA 1T2KA 5AQSA 2FNPA 2DU9A 3T5XA 2E1ZA 3K1NA 5LRRA 1X3NA 4EJOA 3FM5A 2E1YA 4GY2B 1RDWX 1KYWA 2NAZA 2XAJA 3PFIA 1IG8A 1IJJA 4H5TA 4K42A 3EKUA 4U7DA 1P6RA 3KEQA 1J0RA 4EJTA 3TOAA 4CYDA 2I7PA 4OMZA 1IXCA 2IA1A 2QXLA 4XLPF 3K2ZA 1NGCA 5E1WA 5H6RA 1UHMA 2O3FA 2NYXA 2D45A 1YG2A 4IRGA 3M6GA 3KP6A 2VWBA 4O6JA 2Y0MA 3I53A 3FZHA 2M45A 3ELKA 3VB2A 2IJLA 2PJPA 5AQWA 1SFXA 1FZPB 4KIBA 1T98A 2FMYA 3S41A 3LDOA 2QWQA 4M6YA 1PP7U 3WGGA 4XH4A 5AQTA 3ULEB 3O08A 1UFMA 4WQ4A 4BROA 1W4MA 1DP7P 5IT9Z 4AVPA 5DCMB 1S3XA 4D0PA 3RKWA 4HW0A 3GL1A 1SD5A 1F1ZA 3TPQA 5JI6A 1I5ZA 2YX7A 2I7NA 3QP5A 1KQ8A 5BOXA 1Y0UA 3DXJF 1W7PA 4HAMA 1KU3A 4KYWA 1DUXC 1WRJA 2GIVA 3R0JA 1D8JA 1T6SA 4U88A 2ZJ2A 1YAGA 1YTYA 4GNIA 4QS9A 1ZLJA 1R58A 1B4AA 3AARA 2L02A 3FE1A 1TYQA 1FPQA 3DPLC 2QW9A 1IZ1A 3KCCA 3HUGA 3FX3A 1HW2A 4B1UB 5BRHA 1R5GA 1OYWA 1L0OC 3O4WA 4EHUA 1LJ9A 4BR5A 4RWTA 2JRTA 4IHSA 4EHTA 1R1UA 2EB7A 3VESA 4A0ZA 5AIPA 4HF2A 3BY6A 1D3YA 3LFKA 2CH5A 3WODF 3KP3A 2XASA 2XKPA 3I64A 1NGIA 4MTEA 4BXUA 2M8EA 2RC4A 3LSTA 5AQGA 2FXAA 3GFLA 2F5DA 3CLOA 3QP6A 3MFKA 2YSRA 2IRFG 3FF5A 5ADXA 5AQUA 5BPNA 3WTYC 2NLXA 2A69F 2XAHA 3TO6A 3BF3A 4BHBA 1YW8A 1B59A 2IVPA 2YJFA 5EXWA 1I27A 3E6BA 5JFRA 4A2UA 4BRQA 2RDPA 3LDNA 2ZGYA 1TUYA 4YDUC 3OOPA 4EFHA 3F8BA 3ZMDA 2EFPA 4JQFA 1NBWA 3V8KA 3H3ZA 2Q36A 2DFIA 4WF2A 1P4WA 3F21A 4TV7A 2L3DA 4M9XA 2MBFA 3KETA 1HW5A 4J8FA 4IXAA 4WXHA 2VYPA 4G6QA 4EM1A 3U8XA 2H94A 1LNWA 4A6EA 1XB4A 1P2FA 2BV6A 3HRUA 1Z91A 3KZYA 1HPMA 3VGMA 4EGYA 4BGAA 2V1UA 3ERED 2OD5A 2DPUA 3EQLF 1RIOH 3KE2A 2H3GX 4FWOA 2KIUA 2J5OA 1XDSA 1EV7A 2FEZA 2ZMEB 5DUKA 1GLJO 3C1DA 1SAZA 3GXOA 4YDUA 3HSRA 4BQLA 3BPXA 3IKTA 4I01A 2Q0RA 1XGOA 3CQXA 1GLEG 4FWLA 1DPRA 4OU0A 4CZEA 3WGIA 3IWZA 4XLNF 4NB4A 2RQPA 3ENHA 3GG4A 3ECHA 4BQZA 2JSCA 1QQNA 3TQNA 3FFKB 4LLGF 4XSZF 5CJ9A 3ZEUB 4BHCA 1TBXA 3HSEA 4G7OF 4M7YA 3ZN0A 3F23A 1T6DA 3ID8A 2CO5A 2TDXA 4H0XB 3BOQA 2VXZA 3LDLA 3FR0A 4BRIA 2HF3A 3TO9A 2YCHA 3D2FB 4JD2B 3H3OB 2Q2EA 3GE1A 1U6GA 5TRDA 2NZTA 2GQQA 2Q31A 3G25A 4BG9A 3QFUA 4H0TB 5BPDA 3FM3A 1U5TB 4JNEA 4LGWA 2ZF5O 2ITMA 5JICA 2YR2A 1ZYRF 4U0YA 1FYMA 3QAHA 4PGHA 4HTLA 4L5JA 3DJCA 3N4MA 2QBYB 4G9YA 2GWRA 2YJEA 2A07F 5ILUA 3RDIA 4HLXA 5KQ8A 2EFNA 4ETSA 5D6EA 1TQMA 2VC1A 3FZMA 2EK5A 4FWRA 1I1GA 5E1XA 1U2VA 4QS7A 2M87A 3UB5A 5LRSA 1QGPA 1WWXA 2DK8A 1DDNA 5A2QZ 3CO6C 5DUIA 2GELA 3CHWA 3FXUA 3WE3A 1DKGD 4QLCU 1LCUA 3R61A 2FNAA 3WXKA 3CJAA 4ASNA 3JTGA 2FOKA 3F72A 2DO7A 3QBXA 1S7OA 3J81Z 4BC2A 3P4IA 3DQVC 1ZAOA 4RGSA 5L3CA 1SFUA 3EL2A 2KJBA 1J75A 3SMSA 1KAXA 1LB2A 3LDQA 5AFUH 5E8IA 3OV8A 5D5VB 3FHZA 4PGGA 1ONVA 1XSXA 4U0VA 1MD0A 4WX9A 5LJWA 4WXCA 2CGPA 4BRLA 5F1RA 4L18B 1H1VA 1WUAA 2ZMEA 1V4RA 2A42A 3C7JA 5CVVA 1S3JA 5BPIA 2P7VB 4M71A 1K8KB 4ZYGA 2M30A 1D5VA 1ATRA 3H46O 1U5TC 1ZARA 3GYHX 3KZZA 5HVQC 3DAWA 3VEVA 4ENMA 3EZWA 1R1TA 1BBYA 2LDUA 4ISEA 2QWRA 4HZFA 2HKXA 2M5WA 3ZEUA 5K5OA 2ZWHA 3LA3A 1FT9A 4BR0A 1KU2A 4Y0WA 2E7XA 1LDKB 2DQLA 4C23A 2QWMA 2MH9A 3DFGA 2ETHA 4BRCA 1O3SA 3LAJA 3ML6A 1OPCA 2NNNA 4BYYA 2P5KA 5D4RA 1TTYA 3AY9A 3D2FA 4L9NA 1YUWA 1JCGA 1XGMA 4K25A 1ATNA 3SFZA 5E18F 2XHKA 3VF4A 5HLIA 4A62A 2GA2A 3ABUA 3SZPA 1UHWA 1YXQA 3RPQA 1U5TA 2XROA 2ZXJA 1RGIA 3KFWX 4I2OA 3V7RA 4HV5A 5HOOA 1GXQA 3LQRA 2QBYA 1S6LA 2R3SA 1FOKA 4WWCA 2R7FA 5BR9A 2RKHA 1BI2A 4BH9A 5LY3A 3JAMK 2HTSA 3BEXA 2YI1A 2VOPA 2BEOA 2KHOA 4CZFA 4H5NA 3GOIA 5AQVA 4EJWA 1W7PD 5EEGA 2G7HA 2ISYA 4RGRA 3LAPA 3QMLA 4Z2YA 5BPLA 5L3EA 1GLLO 3HIFA 3BJAA 3AAQA 2HGCA 4ZZDA 4EMSA 4CDGA 1Z05A 5F6FA 3PQJA 2E2PA 3I59B 1R1VA 2F9WA 3A8YA 4BR9A 3M8EA 2D1VA 4FHTA 2P8TA 1W5TA 4BQAA 3M1FA 3ZMZA 2V7YA 2IW5A 1P4XA 2K7LA 4CZJA 4KIFA 1FSEA 2CH6A 3FZKA 3GF2A 3LM9A 5F1XA 2GAUA 2PBIA 4CICA 4I0AA 4CD3A 5H6QA 4BR2A 1MWMA 2FBKA 3SQNA 4HBLA 2ELHA 2QQ9A 2UXNA 3QFPA 2ZNZA 1GXPA 2NRAC 4KNYA 4A5NA 2HZTA 1E2XA 5CE3A 2FBIA 4BGBA 1PP8F 3ATUA 2F5EA 4I98B 3IDHA 1BN5A 3E6MA 2LF8A 2P9LB 5D8LB 1XQSC 2WWYA 1R23A 2EWNA 4CBUA 4IJNA 3E97A 3JSOA 4I7HA 2GXBA 4P9UA 3TDZC 2W85A 4H0OA 3FZFA 5BRFA 2IP2A 4YFXF 1MKMA 2Q0OA 5HDGA 1IRGA 5AIQA 3HZ6A 4ZH4F 3KHYA 2HQNA 3EKSA 4CZKA 2OZ6A 4NQWA 5K5RA 4KMFA 2VE9A 2MD5A 5HS7A 2E88A 4IXCA 4Y15A 3HHHA 2E1CA 2HDCA 5JMVA 1NGAA 2EV0A 2Z3YA 3R60A 4KMUX 1FC3A 4O3MA 2VOOA 5ELZA 5J8CA 2HKOA 2RGVA 3WTWC 4JHDB 2D2WA 4WQ5C 1ZG5A 1G4DA 1B9MA 2LNBA 4KUMA 4AWXB 2NS0A 3JTHA 1NHAA 1BOTO 5BS6A 2NRHA 2X4HA 1NLVA 4Q5SF 5AQPA 4U7BA 1FYLA 4BAYA 3MN5A 3ECOA 4M72A 1NGFA 2HYFA 4IF4A 2OQGA 5J6XA 4RB1A 4LJZF 2UWMA 4P5OA 1REPC 1XGNA 1K6OA 4Z94A 4S04A 2GEMA 5LEKA 1T44A 4FWKA 1K79A 2JPBA 5CYVA 1YFHA 5H20A 2HOEA 2A6AA 1STZA 4JK1X 3J80Z 4O8KA 3ZMUA 4WQ5A 4BRHA 2QQBA 4ON0A 1HUXA 2PN6A 4JBAA 3VGKA 2D1HA 3OHRA 1TW3A 3CJNA 3I59A 2P9NB 4MEYF 3IRRA 4BR7A 2Q2RA 2G9WA 1VTNC 4FWPA 3G73A 1BWFO 1BDGA 1XCBA 2YHWA 4EIAA 3MQ0A 2KRFA 3B8AX 3M8FA 4FOIA 2KKOA 5BREA 1MWKA 2ZGZA 4HQMA 3BWGA 3EO3A 2VT3A 4S05A 3HM8A 3GW2A 1MJBA 1BC8C 3BJ6A 4FWMA 4XH5A 2P6TA 2QWPA 3FLCO 2A68F 5AQQA 2H27A 4GCVA 4HDVA 5AR0A 2O6GE 1KAYA 1TNTA 3K9TA 5F2RA 2G7UA 3UE5A 3L0QA 3IL2A 2P9LA 2L4MA 4A2BA 3RSEA 1TQIA 1QQOA 2FF6A 1WI9A 4ENJA 1YIOA 1TQPA 5LHGA 2XIGA 2BUPA 2CW0F 4B09A 4P9FA 1FSHA 5KPRA 4HYEA 3JXUA 4H0PA 4EV0A 4CXFA 4L9JA 1BUPA 4KDPA 5AQMA 2P5LC 2STWA 3ZETB 3L7WA 3E5UA 3GVAA 5JR3A 2FRHA 4BR4A 3GUDA 3P7NA 3CI5A 5B8HA 5CVIA 4RB3C 1BA0A 2QVOA 2ZKZA 3N97A 4CZLA 2V51B 5KVRA 5ED4A 3DXMB 1Z9CA 4N9IA 2XV4S 3MCPA 2P4WA 1K7AA 1R7JA 4JHDA 3Q9SA 3O6BB 2DAOA 4XH1A 3A0IX 1FBSA 3QPHA 4DQ8A 3O1WA 4FX0A 2VBXA 4M6XA 4BVOA 4G7HF 2OZUA 1JCFA 1YW9A 3HSCA 1SZ2A 5BQTA 1USSA 1KQ0A 3H6EA 1C0WA 4LK1F 4YIIA 3MMVA 5E84A 3WG9A 4NB5A 3BROA 3A5NC 1NGDA 3ZP5A 4HWIA 5FLXK 4YIFA 4LD5A 1R22A 1UB9A 4N9HA 3REOA 3JSPA 3GZ5A 3H1VX 2EFOA 4A12A 3NRVA 2CQKA 5FD5A 2K27A 1J7KA 4RGUA 1BG3A 3EN9A 4H5WA 4BRDA 1CF7B 1QZYA 1RZ4A 1E17A 1XSVA 3GFMA 2VC0A 2HEOA 3SHFA 1DPUA 2P9NA 2QUFA 3ULEA 2QZ8A 3U2RA 3H3UA 5FB2A 4HDUA 2V1DA 3ROUA 5DCMA 1HSJA 1P92A 1BI3A 3GFJA 2GWKA 4LC9B 4CZGA 3B02A 3PQKA 2Q0UA 1BI0A 3ZX3A 3F6OA 3BDDA 2VN2A 5ILVA 3F8MA 4IRIA 6PAXA 2FU4A 2YX4A 1O3TA 2P9IB 2FSNA 3EETA 5DCFA 2XKOA 2K4BA 3FWEA 1ZN2A 1YLFA 3LWFA 2FQ3A 2F5CA 3K1PA 5AQLA 5HDKA 2D1KA 1OYIA 1NGHA 1H0MA 2H6CA 1O7FA 1WOQA 2KIMA 2E2OA 3O5BA 2PQ8A 1GVJA 2X0LA 1JHFA 2ASPA 2E8AA 3NQOA 3KLNA 3DPTA 1XC3A 4CHUA 4G8XA 3V7CA 3L00A 3F9MA 5CVRA 1FLIA 1IF1A 2K86A 3JW4A 1XCVA 3VGLA 2HFHA 3GEZA 1USTA 2HMPA 4MO4A 1J9IA 4Q47A 1SFEA 3ZPLA 1Y64A 4EJUA 3KP4A 1SMTA 1NWKA 4GGGA 1BOAA 4HLYA 4BHPA 3TOBA 1WKMA 3DXMA 4PL8A 1QQIA 2ESHA 3P9CA 4L5IA 3A5OC 2LF7A 2BGCA 1IAWA 5AZIB 4XRFA 5BMZA 4MQVA 3P9KA 1UCRA 1G3WA 1HQCA 3Q5FA 4BRKA 3FGUA 3U1DA 1BIAA 2P9KB 2DPNA 2IVMA 3KLOA 1S29A 3S2WA 3L4IA 4MQ9F 5I9EB 4XSXF 5F0XA 4CJ7A 4ENNA 1LEAA 1SAXA 3HI0A 2JZYA 3R0AA 4M7XA 1GLCG 5EOYA 1YS7A 1ZGAA 3UKRB 3COAC 3MN7A 2E7WA 1O3QA 1BI1A 4PKHA 3TU5A 1YO5C 1RUOA 4MHGA 4B9QA 4OIRF 2C6YA 3U4LA 1S7AA 2YU3A 2WTEA 3D0SA 4I02A 3D2EB 1T0FA 3T1BA 2QWOA 4KICA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BYV E;  4A5M A;  4L3Q A;  4EGZ A;  3AAP A;  1U6Z A;  4FX4 A;  3KP7 A;  2CFX A;  5KQD A;  4E70 A;  3WQU A;  3RSE B;  3ATV A;  4H0E A;  2YPR A;  2P9S A;  4M63 C;  5ILS A;  4GXO A;  3HBT A;  1KYZ A;  4IRH A;  3FMQ A;  5K5Q A;  4XEI A;  2IPQ X;  4GYG A;  3C18 A;  1IN8 A;  2JPC A;  3GWZ A;  3CJ9 A;  3FMS A;  1A04 A;  2FSJ A;  1NMD A;  4HQE A;  3WXJ A;  4B1Y B;  2PG4 A;  2GA1 A;  5HS8 A;  4BRA A;  5E17 F;  4BRP A;  1BA1 A;  4YFK F;  3C7N A;  4I09 A;  3QBW A;  4OIQ F;  1YVN A;  3KP2 A;  1QBJ A;  2EFQ A;  2XAQ A;  1G3S A;  1FX7 A;  4N0B A;  2DI3 A;  4PDK A;  2Z99 A;  4CZH A;  4LK0 F;  4M74 A;  1U3E M;  3F8N A;  1T2K A;  5AQS A;  2FNP A;  2DU9 A;  3T5X A;  2E1Z A;  3K1N A;  5LRR A;  1X3N A;  4EJO A;  3FM5 A;  2E1Y A;  4GY2 B;  1RDW X;  1KYW A;  2NAZ A;  2XAJ A;  3PFI A;  1IG8 A;  1IJJ A;  4H5T A;  4K42 A;  3EKU A;  4U7D A;  1P6R A;  3KEQ A;  1J0R A;  4EJT A;  3TOA A;  4CYD A;  2I7P A;  4OMZ A;  1IXC A;  2IA1 A;  2QXL A;  4XLP F;  3K2Z A;  1NGC A;  5E1W A;  5H6R A;  1UHM A;  2O3F A;  2NYX A;  2D45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BYV E;  4A5M A;  4L3Q A;  4EGZ A;  3AAP A;  1U6Z A;  1Q82 O;  4FX4 A;  3KP7 A;  2CFX A;  5GIP A;  1KQS M;  5KQD A;  4YOR A;  1VAZ A;  4E70 A;  3WQU A;  3RSE B;  3ATV A;  4H0E A;  1K9M O;  2YPR A;  2P9S A;  4M63 C;  5ILS A;  4GXO A;  3HBT A;  1KYZ A;  4IRH A;  3FMQ A;  5K5Q A;  4XEI A;  4WF9 L;  2IPQ X;  4GYG A;  3C18 A;  3NVM A;  1IN8 A;  2JPC A;  3GWZ A;  3CJ9 A;  3FMS A;  1A04 A;  4OPH A;  2FSJ A;  1NMD A;  4HQE A;  3WXJ A;  4B1Y B;  2PG4 A;  2GA1 A;  5HS8 A;  4BRA A;  5E17 F;  4BRP A;  1BA1 A;  4YFK F;  3C7N A;  4I09 A;  3QBW A;  3KWG A;  4OIQ F;  1YVN A;  3KP2 A;  1QBJ A;  2EFQ A;  2XAQ A;  1G3S A;  1FX7 A;  1VQL N;  4N0B A;  2DI3 A;  4PDK A;  2Z99 A;  4CZH A;  4LK0 F;  4M74 A;  1U3E M;  3F8N A;  1T2K A;  5AQS A;  2FNP A;  2DU9 A;  3T5X A;  2E1Z A;  3K1N A;  5LRR A;  1X3N A;  4EJO A;  3FM5 A;  2E1Y A;  4GY2 B;  1RDW X;  1KYW A;  2NAZ A;  2XAJ A;  3PFI A;  1IG8 A;  1IJJ A;  4H5T A;  4K42 A;  3EKU A;  3NMU A;  4U7D A;  1P6R A;  3KEQ A;  1J0R A;  4EJT A;  3TOA A;  2BH1 A;  4CYD A;  2I7P A; 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