1Z05A

Crystal structure of the rok family transcriptional regulator, homolog of e.coli mlc protein.
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DHIKQINAGRVYKLIDQKGPISRIDLSKESELAPASITKITRELIDAHLIHETTVQEAISRGRPAVGLQTNNLGWQFLSMRLGRGYLTIALHELGGEVLIDTKIDIHEIDQDDVLARLLFEIEEFFQTYAAQLDRVTSIAITLPGLVNSEQGIVLQMPHYNVKNLALGPEIYKATGLPVFVANDTRAWALAEKLFGHSQDVDNSVLISIHHGLGAGIVLDGRVLQGRHGNIGELGHIQIDPQGKRCHCGNYGCLETVASSQAIRDQVTARIQAGEPSCLATVEEISIEDICAAAADGDPLAVDVIQQLGRYLGAAIAIVINLFNPEKILIGGVINQAKSILYPSIEQCIREQSLPVYHQDLKLVESRFYKQATMPGAALIKQALYDGLLLMKVVEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
rcsb
molecule keywords transcriptional regulator, ROK family
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1z05A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A03
2QLZA 3DQVC 1ZLKA 5FPMA 2QQ9A 3LSTA 3O2PE 2RN7A 4R79A 4HV5A 1BI3A 1R1VA 2UWMA 4A5MA 2P5LC 1B4AA 3M1FA 1G3WA 3FWEA 4EHUA 1O3RA 2YX4A 2GZWA 3WTXC 1IRGA 2ZMEA 2VBZA 5CVJA 1UHMA 3J8AA 2FBIA 1KU2A 2F9TA 1KU7A 5CVIA 5D5WB 2ZMEB 4LGWA 2AS5F 3F8NA 2FSWA 5ED4A 4PGGA 1H1VA 1SMTA 4O5VA 3M1EA 3CERA 1FPQA 3ZMVA 1F4KA 2XKOA 4U0WA 2V79A 4AWXB 5K1YA 5D5UB 5J8FA 1G3SA 3WGIA 1T2KA 3PFIA 4RGSA 2BGCA 4BHCA 3COAC 3LDQA 1IRFA 2PLYA 4O5FA 1K6OA 5LGNA 2Z5UA 1TNTA 4IPAA 1TUYA 1LDKB 2FF4A 3FZMA 5CVUA 3LFKA 3VEVA 4EQQA 4WWCA 2M8EA 4O8KA 3M3ZA 4UHTA 4KT5C 3FXQA 2W25A 4M9SA 4EHTA 2RVCA 3EYYA 4B9QA 2M5WA 3P4IA 5EXWA 4IF4A 4CZFA 1ESVA 1FOKA 4IJNA 3MAJA 3V7SA 1NGDA 2YJFA 3MDQA 1E17A 1P6RA 5D5XB 3HTVA 1BA1A 1R5GA 2H09A 3I53A 4KUMA 4NQWA 2DI3A 2H6BA 3FMRA 4CBUA 3P9KA 2K02A 2VOPA 1YIOA 4LC9B 1J5YA 5D6FA 3LM2A 2GAUA 2J5PA 4FHTA 1IXRC 4KA4A 3GFJA 1K7AA 3K9TA 3U9ZA 4A62A 3R0JA 5H20A 2NLXA 3CTAA 1SD5A 3FZLA 2ZKZA 5E8IA 5FPEA 3J81K 3WTWC 1L3LA 2Z99A 5E1ZB 1RDWX 1FP1D 3JS6A 3ENHA 2DTRA 3O1WA 5AQSA 5ILSA 1IF1A 4OIRF 1DUXC 1HKSA 2FOKA 4ETSA 2CGLA 1J75A 2XAQA 4ZH4F 3CJ7A 3M6GA 3R8EA 2HF3A 1I5ZA 2O0YA 1IXSB 4UVCA 2GUPA 2ZNYA 2PBDA 2CYYA 4CYDA 1GHCA 2QVOA 3T5XA 2QWPA 5E84A 1LJ9A 4WXDA 3WQTA 2HQRA 2D1KA 4H5VA 1QGPA 3FZKA 2HGCA 1WKMA 5TJJA 1J2XA 1L0OC 2CSOA 1KAXA 5FLXK 1E4GT 3JSOA 3LA3A 1I27A 3TO9A 3ZX3A 3GVAA 3HTSB 2V1UA 2YI1A 3MZYA 2P4WA 1ZGJA 1P4AA 1HW1A 2DQLA 3DV8A 3GZ6A 3WTTC 5BMZA 4ZYDA 3I71A 4FO0A 2E1NA 4LG0A 1WOQA 1ZG1A 2EA4A 2XKPA 1BDGA 2NAZA 4Q4ZF 4G7ZF 4DNCA 5LLQA 2C6YA 4A61A 2E2OA 3HIFA 2PQ8A 1GXPA 4IRGA 5KK1A 3IKTA 5AFUH 5HS9A 3E6DA 4G8XA 2D0PA 4CGZA 1SD6A 5EOYA 5JLHA 3HOTA 5J8CA 4KFCA 2ACJA 2V52B 4UNOA 1TYQA 5BQTA 1XGOA 5ILUA 5D6EA 3VPZA 2QM3A 1WI9A 4NB4A 5E1XA 2O3FA 1TYQB 5LHIA 4L0ZB 1S3XA 3IWFA 4BRNA 2E7WA 5BREA 1XCVA 1R7JA 5ICEA 4AM6A 1MD0A 4IO8A 1ATNA 4M73A 5KQ8A 1O3TA 2WTEA 4HX4A 3WTUC 1ZLJA 4FWMA 2HYFA 2IJLA 4BG8A 3F6VA 1IJJA 3K1PA 2YHWA 2FRHA 2Q8KA 2O61A 3RPUA 2YSRA 4KMUX 5LEJA 4MQVA 4GY2B 4I02A 3IMXA 1NM1A 4IRIA 1J59A 4FT8A 2A42A 2W85A 1R00A 2W24A 3T8RA 3ERED 4CO8A 2HDCA 5D4RA 1R1UA 4H0EA 3ATUA 2P6SA 3N4MA 1XUPO 2E1YA 3AAPA 1LB2A 4PGHA 4BG9A 2GELA 3B73A 4CHUA 3G25A 3VESA 3GDQA 2DW4A 1GLAG 2ISYA 1U5TC 1MGTA 2E20A 2QUFA 1HBXG 4L9TA 2CH6A 3IC7A 4ON0A 1P2FA 3SFZA 3EO3A 1XMKA 1F5TA 2IW5A 1GLDG 3MZHA 3EN9A 4MLEA 3WT0A 2VCPA 4QS9A 3VETA 2ZFWA 4G7OF 5K5OA 1Z1DA 2W41A 3RYRA 3WQUA 4YFNF 4BRKA 2XAJA 4BR0A 5ICGA 4IHSA 2OU2A 2M30A 5H6RA 3ZQ7A 2ZJ2A 3GXOA 4KIFA 1GLEG 5E1WA 2FF6A 4ENMA 1MJ9A 4HX7A 3HSRA 5LBQA 2K86A 4L9NA 2KKOA 2EV5A 2YU3A 1ZH5A 3CJBA 3GFIA 1JGSA 1C0WA 3M7GA 1D4XA 1ZG5A 2LF8A 1CF7A 2ADUA 4MGRA 2F5DA 4KNYA 1CF7B 4UXNA 4BRPA 4HBLA 3C7NA 4M74A 1NGEA 4ISFA 4WQ4A 1PUEE 4BR7A 4PKIA 5AQNA 3C7NB 4E70A 2QWOA 3BY6A 3B8AX 4WQ4C 3CUOA 5LHHA 4YIIA 2ZGZA 2PMHA 2ZXJA 2EWNA 3FR0A 1JHHA 3EYIA 4CZMA 1J6ZA 3QRFF 1AWCA 3UB5A 2MH2A 3WTYC 2CW0F 2P9NA 4FSVA 4BRMA 4HYEA 2DO7A 1H0MA 2OBPA 2QYOA 2P9NB 1XGSA 3KZBA 4O6JA 2BE5F 1FYLA 5EEHA 1S7AA 4CZKA 3BJOA 1XD7A 2M45A 5AQPA 2DK5A 4L9VA 3AARA 2P9LA 2RDPA 4K41A 1FBSA 3JTGA 3K1MA 2XV4S 3KP4A 2P9LB 3VF2A 3AAQA 5BPIA 2P5VA 1XN7A 3KEQA 2A41A 2ASOA 2CWEA 1TQMA 1WWXA 4GYIA 1ZC6A 3IRRA 1TNSA 2JZYA 5KPZA 4A5NA 3GL1A 3JTHA 2FSJA 3LAPA 5ELZA 1QQNA 1HX1A 4BAYA 1HXDA 3H1QA 1JCGA 3V7CA 3CIPA 2LDUA 1ZAOA 4BXUA 2EB7A 1SMYF 2B0LA 4YIFA 4PZJA 4I2OA 2FF3B 3I8BA 3H46O 1MKMA 1BI1A 2OZ6A 2AXLA 2X4HA 4EVIA 3I33A 5AQWA 2IVOA 3RKWA 4EMSA 3F9MA 5D8KB 4B1UB 1Z6RA 3CO6C 2XHKA 3L00A 4RGUA 2PAVA 5FPNA 4KN4X 1R5HA 3LQRA 1Q18A 2QQBA 3F3XA 3GZ5A 2OZUA 4BQZA 4BNCA 4BR4A 4KIBA 2UYTA 2L4AA 1BM9A 2DBBA 4XH1A 2V1XA 4BHPA 3T1BA 2KJCA 3FMQA 2V7YA 3FZHA 4FPAA 3OV8A 1U3EM 1KA8A 2EFOA 1TBXA 5L3FA 4JD2A 1E4FT 3EZWA 3ROUA 3V7RA 2JTVA 3W0LA 3RKXA 2BTFA 3ZEUA 1SQKA 2V7ZA 4JD2B 3REOA 2FU4A 2J4RA 3ZEUB 3P9CA 3CJNA 3Q9SA 5DUIA 3WGHA 1DP7P 3WE2A 1VTNC 4D0PA 3IUCA 5HDGA 3K69A 1P4XA 1S29A 2VT2A 2EA2A 4PKHA 1T38A 2Z9OA 3ID8A 5BPDA 2MBFA 3A5NC 1MDMA 3E6CC 4BRFA 1QNTA 5HOOA 4C23A 5AQQA 3HUGA 5FFXA 4AIHA 3QOPA 1MDMB 4BRHA 3GEZA 3FM5A 3KP5A 4BRGA 3CO7C 4FWOA 2HQNA 2FBHA 2RNJA 5CE3A 5BRFA 2A5XA 4AM7A 4I98B 3SXYA 5D5VB 4WQ5A 3U1DA 3ENOA 1X3MA 5CJ9A 4AD9A 4U0VA 4ZYHA 1OMIA 4WQ5C 2FXAA 1MZBA 3EETA 3RTRA 3D2FA 3I5UA 3T8TA 2K4BA 3V4GA 5AFUA 3D2FB 1RI7A 3VFZA 5DDGA 1ZRDA 4KMFA 2EFQA 3ZMZA 3U8XA 2XVCA 5AIPA 5JVTA 5FLXZ 3KLOA 3OHRA 3RPQA 5IT3A 1STZA 4KN7X 1HKCA 4QS8A 3VGKA 3BPXA 1FYMA 2DU9A 3J7AO 3ML6A 2E1ZA 4ZYGA 2KJBA 1OR7A 4LB5A 1FBUA 1FT9A 2Q0OA 1BC7C 3SLCA 2JSCA 3CLOA 3ELKA 1HKTA 5AQFA 3MK6A 2EV0A 3FE1A 3QAHA 3BZ6A 2Q31A 3LL3A 3MN7A 4YDUA 3IHUA 4YFKF 2ELHA 4H5TA 2ITMA 3H1VX 4HOBA 2XAFA 2RKHA 4YDUC 4K25A 1I1GA 4BRQA 3FHZA 4FWKA 2VONA 4L0YB 3JAMK 1XDUA 2H94A 1CGPA 3IKVA 4Q48A 1OKJA 1USSA 3Q9VA 1XDSA 4CICA 1BG3A 3O6BB 2UXNA 5HLIA 1YW9A 2QWLA 1XGNA 3BJAA 2OAZA 2K27A 2XAGA 4EJVA 1NWKA 2Q2RA 2VE9A 2FLOA 3GBTA 4H5RA 2CG4A 3LQQA 3O08A 1BC8C 1XCBA 2HKXA 3KP7A 4Y13A 1HKBA 4M7XA 2KHOA 1HUXA 1EH6A 4LJZF 3KETA 5JI6A 4BREA 2E2QA 1JHFA 4MTDA 1G3TA 1XSXA 3EQLF 1QQOA 2I7NA 2GXGA 5CYVA 1E2XA 3V8JA 5I9EB 3PQJA 5BRDA 2DT5A 4BVPA 5AQYA 3U9GA 3QB0A 4NHJA 1LOTB 1PDNC 1J0RA 2HFHA 2P9IA 5AQJA 1TTYA 2EV6A 4RAZA 1EV7A 1YFHA 3QICA 3BP8A 4HF0A 1T6CA 2XASA 4HDVA 2P9IB 4XEIA 2COMA 4CBWA 4KDPA 3TOAA 2CQKA 4HV6A 2FBKA 2A40A 4K2EA 3A5MC 2DAOA 3E6BA 2CGKA 4N9IA 4A6DA 2D0OA 5D4SA 1BA0A 4G6DA 1T39A 3K2ZA 4DB3A 2F9WA 3R6MA 4K43A 3W6JB 3HI0A 2FXUA 3VF4A 1WUAA 3F72A 2HTSA 1A04A 1TW2A 2QENA 1I6XA 5IT9Z 1YTYA 1OYWA 4CJ7A 2JPCA 3TU5A 3VGLA 4Q47A 1ZRFA 1GLJO 5AQTA 3QFUA 3HSCA 1G6NA 3HOSA 5H6QA 5DEQA 1IAWA 5KQDA 3CJCA 4BH9A 1YYVA 4XBFA 4H0VB 2IPQX 2VOOA 4LLNA 4RB1A 1WSUA 4F9OA 3LAJA 1MA9B 2GA1A 4EGZA 2QWNA 3FLCO 4FWNA 4LG0B 3CUQA 2YHXA 3WUHA 3G3ZA 2DPNA 3VENA 2QWQA 4QS7A 1BJAA 2ZO4A 4HQEA 3CUQC 3CUQB 3TDZC 5F2RA 3VGMA 2JPBA 5ADXH 1ZARA 2ZGYA 3TGNA 4YFXF 1DGKN 3KP3A 1RZ4A 1OKRA 1GLFO 4A2AA 4O3MA 4LLGF 4BR2A 4FL9A 1BOTO 4KYWA 2D1VA 2HR3A 1FWZA 4UV8A 2X0LA 2QM1A 4I09A 3VEXA 1Z91A 3L9FA 4N9HA 4CDGA 1J7KA 4EV0A 2VODA 4LLLA 2R7FA 2QW9A 4RGRA 2GEMA 1V3FA 3SHFA 1QPMA 2OA4A 5E17F 3QBWA 2E2PA 2YX7A 4EJTA 2A69F 5FD6A 1KQ8A 2A07F 1O3SA 4WF2A 4ENNA 2MH9A 4RAYA 4I0BA 4EM0B 2D1HA 4ZZDA 3H45C 4OINF 3BROA 1LVAA 3FX3A 3R61A 4JQFA 2MLKA 3NQOA 1IN6A 4FWSA 2XGXA 3KVGA 2QXLA 5L3EA 3ECHA 1FX7A 4ENJA 1S22A 2LKPA 3DAWA 3QU6A 1KGSA 5BR9A 2LSOA 2LNBA 3ULQB 2YR2A 2KIMA 4FOEA 3Q5FA 4XSXF 2H3GX 2P7VB 4BC4A 4P55A 1GLBG 3ZMTA 2D45A 3U9DA 4CZHA 4BVOA 4TV7A 3F8CA 5L3GA 1EQYA 3L7WA 3V8LA 1DDNA 4HDUA 3MMVA 2QWMA 2QZ8A 2AA4A 4FPBA 1HLUA 4BRAA 5CVRA 3DJCA 5AR0A 3I0TA 2E8AA 5J6XA 2Q2EA 4G7HF 2A6EF 2ESNA 2HMPA 4U88A 5AQGA 3HHGA 1G4DA 2OQGA 4RB3C 3R9PA 3JXUA 3AAFA 1KXPA 3PQKA 3KP6A 4N0BA 1NGHA 4BGBA 1KQ0A 3A0IX 2AP1A 1BIAA 4AIKA 1C0FA 5BN8A 2KIFA 2YJEA 5AONA 2BYVE 2VE8A 2P7CB 3F22A 2W40A 3L4IA 4DQ8A 5DV5A 1DEJA 1ZRCA 2A3ZA 4HX8A 5CLSA 3F23A 4P9UA 3CDHA 1GLLO 1OYIA 5EEGA 2VT3A 1V4TA 1KU3A 2WWYA 3DXMA 2IVPA 4KICA 4MEYF 2RC4A 2DQRA 1LDDA 1F9NA 2M87A 3DXMB 3F8BA 1ATRA 2Q0UA 4HLYA 2EJRA 2GQQA 3M8FA 4FWLA 2LF7A 1IZ1A 3D0SA 5AQUA 1B59A 3C1DA 3QMLA 2HS5A 3WXIA 5FFZA 4A0YA 2P9SA 3F21A 4WX9A 3GUDA 4IHTA 2E2NA 3I59A 1LDJA 2P9SB 4LMYA 3HSEA 1FLIA 3MN5A 3KCCA 4PCQA 3SJHA 3I59B 4RTFD 2PG4A 1IN4A 4IXCA 1Z9CA 1TW3A 5CVVA 3LM9A 5DCFA 3GE1A 4M9ZA 4H0XB 2J5OA 4BRLA 4B1VA 1B1BA 5LRRA 2GTDA 3WTZA 1HQCA 4H0OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QLZ A;  3DQV C;  1ZLK A;  5FPM A;  2QQ9 A;  3LST A;  3O2P E;  2RN7 A;  4R79 A;  4HV5 A;  1BI3 A;  1R1V A;  2UWM A;  4A5M A;  2P5L C;  1B4A A;  3M1F A;  1G3W A;  3FWE A;  4EHU A;  1O3R A;  2YX4 A;  2GZW A;  3WTX C;  1IRG A;  2ZME A;  2VBZ A;  5CVJ A;  1UHM A;  3J8A A;  2FBI A;  1KU2 A;  2F9T A;  1KU7 A;  5CVI A;  5D5W B;  2ZME B;  4LGW A;  2AS5 F;  3F8N A;  2FSW A;  5ED4 A;  4PGG A;  1H1V A;  1SMT A;  4O5V A;  3M1E A;  3CER A;  1FPQ A;  3ZMV A;  1F4K A;  2XKO A;  4U0W A;  2V79 A;  4AWX B;  5K1Y A;  5D5U B;  5J8F A;  1G3S A;  3WGI A;  1T2K A;  3PFI A;  4RGS A;  2BGC A;  4BHC A;  3COA C;  3LDQ A;  1IRF A;  2PLY A;  4O5F A;  1K6O A;  5LGN A;  2Z5U A;  1TNT A;  4IPA A;  1TUY A;  1LDK B;  2FF4 A;  3FZM A;  5CVU A;  3LFK A;  3VEV A;  4EQQ A;  4WWC A;  2M8E A;  4O8K A;  3M3Z A;  4UHT A;  4KT5 C;  3FXQ A;  2W25 A;  4M9S A;  4EHT A;  2RVC A;  3EYY A;  4B9Q A;  2M5W A;  3P4I A;  5EXW A;  4IF4 A;  4CZF A;  1ESV A;  1FOK A;  4IJN A;  3MAJ A;  3V7S A;  1NGD A;  2YJF A;  3MDQ A;  1E17 A;  1P6R A;  5D5X B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1JXS A;  4OLB A;  2VBY A;  2O8C A;  4XQF A;  5CQG A;  3CHW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 2QLZ A;  3DQV C;  1ZLK A;  5FPM A;  2QQ9 A;  3LST A;  3O2P E;  2RN7 A;  4R79 A;  4HV5 A;  1BI3 A;  1R1V A;  2UWM A;  4A5M A;  4A57 A;  2P5L C;  2HBJ A;  1B4A A;  3M1F A;  1G3W A;  3FWE A;  4EHU A;  1O3R A;  2YX4 A;  2GZW A;  3WTX C;  1IRG A;  2ZME A;  2VBZ A;  5CVJ A;  1UHM A;  3J8A A;  2FBI A;  4IDH A;  1KU2 A;  2F9T A;  1KU7 A;  5CVI A;  5D5W B;  2ZME B;  4LGW A;  2AS5 F;  3F8N A;  2FSW A;  5ED4 A;  4PGG A;  1H1V A;  1SMT A;  4O5V A;  2NRR A;  3M1E A;  3CER A;  1FPQ A;  3ZMV A;  1F4K A;  1K9M O;  2XKO A;  4U0W A;  2V79 A;  4AWX B;  5K1Y A;  5D5U B;  5J8F A;  2NNW A;  1G3S A;  3WGI A;  1T2K A;  3PFI A;  4RGS A;  1OVY A;  3O9T A;  2BGC A;  4BHC A;  3COA C;  3LDQ A;  1IRF A;  2OTL N;  2PLY A;  3CPW M;  2JWK A;  4O5F A;  1K6O A;  5LGN A;  2Z5U A;  1TNT A;  4IPA A;  1TUY A;  1LDK B;  2FF4 A;  2ZJR L;  3CF5 L;  3FZM A;  5CVU A;  3LFK A;  3VEV A;  4EQQ A;  4WWC A;  1T3V A;  2M8E A;  4O8K A;  3M3Z A;  4UHT A;  4KT5 C;  3FXQ A;  2W25 A;  4M9S A;  4EHT A;  2RVC A;  3EYY A;  4B9Q A;  2M5W A;  3P4I A; 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