1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
4CGFA 3DRPA 3THVA 4DSIA 1VSKA 3SZ2A 1HQUA 2F96A 1YTAA 5FDLA 3T3FA 2PY5A 4FLWA 2HHWA 3HVTA 4CE9A 4FCYA 1RT4A 1RNHA 5J2QA 4HCCA 1REVA 3AVHA 1JLBA 1TVRA 4B9UA 4K8ZA 3SUOA 2VG7A 3V6DA 5D3GA 1JL2A 3SQ0A 5CYMA 3VQ9A 3VQ4A 4CIEA 4CFAA 3PUFA 4I7FA 1K6YA 1C1CA 2XY8A 3ZT0A 4CJPA 4M3ZA 2GBZA 1XHXA 3DYAA 1WSIA 2AJQA 3NGIA 4I9LA 1RTDA 1LW2A 1RDCA 1S1VA 1S6QA 4FJIA 2ZQBA 3KD1E 5HRPA 3P83D 2OPSA 3QIPA 1HYZA 3VQBA 3SPZA 3OS0A 1QTMA 3G10A 1RDAA 4AHTA 4CHOA 2KZZA 4W5QA 4DTXA 3QO9A 3V9ZA 4DMNA 2KFNA 3ZCMA 3V9XA 1TKZA 5C25A 3OJUA 1I3AA 2OPPA 1HQEA 4BE1A 3EZ5A 1UA0A 1HRHA 4M41A 1VRTA 1A5VA 1QHTA 1F21A 4Y1CA 4CGHA 4B9NA 3K5OA 4CGDA 3TABA 4E7KA 3CG7A 4KB0A 3O4NA 3H08A 1BISA 3PX4A 2P5GA 1C0MA 1SKRA 2BGGA 2KW4A 3NFAA 5J2NA 4KPYA 1NOYA 3E01A 1TKDA 1LWFA 2XRIA 5FROA 4M3UA 1UOCA 3LZIA 3TAFA 1B9DA 1Y97A 2HHSA 2ITGA 1BQMA 4CEQA 4FJJA 4DTMA 4LD0A 4AHVA 1D9FA 2B4JA 3K2PA 4H8KA 4NYFA 1Q9XA 4EP4A 4F4KA 3MEEA 1D8YA 3PO5A 2B5JA 1WSHA 1EP4A 3ITHA 5J2MA 4NCBA 3JYTA 3VQCA 4RW6A 4KKOA 3HM9A 4CHZA 1KTQA 1UA1A 4CJKA 1XWLA 4CJLA 4W5RA 4IDKA 2HMIA 4IKFA 1QE1A 3LAKA 4CGGA 3K5NA 2KTQA 2HHUA 2Z1IA 1KVBA 4BWMA 3NHGA 3NDKA 3AO1A 5HROA 1L3TA 3MEDA 1RBRA 2D0CA 4Q5VA 4J2DA 3SNNA 1VSFA 3QEIA 2BDPA 3PY8A 1HYVA 4I2PA 5HBMA 1D5AA 4CHQA 1HPZA 4IFYA 5CY4A 3SQ2A 5CZ1A 2NUBA 4FLZA 4FJ7A 4CIFA 4DQIA 4FJXA 1WLJA 5I3UA 4B8CA 2YNGA 4F8RA 3NGZA 1WNSA 3ZT3A 3VQ5A 3AVNA 3A2FA 4BE0A 4CF8A 3S9HA 2G8HA 3AO3A 4DWIA 2DFEA 1ASUA 1FK9A 3OJSA 1CLQA 3AA3A 1RDBA 4NCAA 1BI4A 1C0UA 4CJTA 1X9MA 2Z1HA 3AO5A 3QLHA 4PA1A 3LZJA 3VQ8A 3ZSQA 1JLAA 3OYCA 3RTVA 1J5OA 2DTUA 3NF6A 3KD5E 1TV6A 3LP2A 4BE2A 2BE2A 5C24A 4DLEA 3V81A 3DLHA 2X74A 5EU7A 4E3SA 3RWUA 4F2SA 3ZT2A 4FZXC 4KB1A 3AVKA 1RBTA 4OKJA 2HHTA 2QKKA 3MECA 3DOLA 4I2QA 4Z4CA 1VSEA 3LPTA 1ZBIA 3D45A 4YFUA 4W5NA 4O55A 2WONA 4KTZA 1TKTA 3HL8A 3AO4A 3O4QA 4FJGA 3RR7A 4GW6A 4M45A 4BWJA 3NCIA 3HYFA 1XI1A 3KIOA 2YNHA 3L3VA 3VQ7A 4CJ4A 4E7HA 3RRGA 1T03A 4B08A 4DTJA 4CCHA 3HP6A 3SUPA 4FZYA 2JLEA 1QSLA 2PYJA 4DG1A 1JLQA 3SI6A 3AVIA 3FFIA 3K5LA 1HMVA 3TAMA 3O3FA 2XY5A 4KV8A 3CQ8A 4FJKA 3MEGA 1SL1A 4FK4A 3C95A 3QEVA 3SV4A 3QNOA 3T1AA 1QSSA 1KSPA 2ZE2A 3OYLA 3ASMA 4DSEA 2XHBA 4DLGA 1KFSA 3K58A 4B9MA 5KGWA 3ZSYA 1FXXA 4BDZA 3AVMA 2XO7A 2FBTA 3TR8A 2YKNA 4E89A 1HNIA 1NK0A 4DS4A 2YV0X 1RILA 3EY1A 4NCGA 1IKYA 1WSGA 4H4MA 2G8FA 3TAPA 4KHUA 4PY5A 4LH5A 4E1MA 4DTRA 2ZD1A 3T19A 4I9QA 1U48A 1EXQA 3AVCA 2VWJA 4EZ6A 1BL3A 2YHAA 1RTIA 1TKXA 5E41A 3SUNA 3CFRA 2X78A 4Z0UA 4ZTJA 5J1EA 4HCBA 3L2RA 3U6FA 1NKBA 4PUOA 4KHQA 2RPIA 4CEBA 4FM1A 2HVIA 1RBSA 4JS4A 2HVHA 4Z4GA 2Q3SA 4CHYA 1C1BA 1S6PA 4ID1A 3NH0A 4M42A 4QAGA 3OYGA 1BIZA 4UQGA 5CZ2A 2G8VA 1CXUA 3LWLA 5FRNA 4CJVA 4FVMA 4DU4A 3ALYA 4DTNA 1TAUA 2O4GA 4F3OA 2XY6A 4OPJA 3AVBA 3OY9A 3IAYA 1TL3A 3K5MA 4AHCA 3DLEA 4DFMA 4M3TA 4OGEA 3OYEA 3QEWA 5HRSA 2Y1JA 1VSIA 2G8WA 1GOBA 1LAVA 1X9SA 3DRRA 1U4BA 5T7BA 3BGRA 4E7LA 4DFKA 3M8PA 4AHUA 4DTSA 4ELTA 3V9WA 3IS9A 3TANA 4Z4FA 4OVLA 1WSJA 1CXQA 1WSEA 3CFOA 2GUIA 1N5YA 4C8KA 3RMDA 3I8DA 3ZT1A 2DFHA 3NF8A 1SKWA 2OYQA 2W42A 2GV9A 3G0ZA 1LW0A 3OS2A 1RCHA 1HYSA 3SV3A 2LSNA 3RMBA 4OPKA 3HO1A 1HNVA 3ZSOA 3MXMA 3RR8A 1GOCA 1LWCA 2IGIA 4KTQA 3AVAA 1FKPA 5HLFA 3AA5X 4N41A 2YNFA 5J2PA 2EX3A 1S5JA 4FW1A 1SL2A 4CJ5A 3ZT4A 1JLCA 1KFDA 4FJMA 2F8SA 3ZSXA 1RDDA 5SWMA 4CGIA 4FJ8A 4JS5A 3KK3A 3NE6A 4BDPA 2DY4A 3QERA 3F73A 3LP3A 4B3OA 4FYDA 4RW4A 1B92A 2HNDA 4KO0A 4CECA 1NK7A 4TSXA 3B6PA 4FJ5A 2E4LA 4CIGA 4W5TA 3SQ1A 3L8BA 2A1RA 4CJ3A 4DQPA 4KI6A 2P1JA 1VRUA 3HXMA 3IRXA 1S1UA 3L2VA 4BDYA 5KRTA 1TAQA 3KK1A 5JS2A 1SV5A 3AVLA 4DS5A 3VQEA 4C8NA 1BI4B 2D0AA 4CGJA 1IO2A 3U3GA 1NK8A 1NK9A 1CZBA 2IAJA 3KLIA 2F8TA 4E7JA 1NJYA 5JS1A 1C1AA 3PX0A 3DLRA 1VSLA 1Q8IA 1LWEA 3TAQA 3DM2A 3S3OA 1X9WA 2HHXA 3KLEA 4KHYA 3HPGA 3RMCA 4CF2A 4DQQA 3VN5A 4ZTFA 4J2EA 4Z4IA 4KI4A 1JKHA 3CM6A 3PO4A 1RT3A 1ZBUA 1HJRA 3P1GA 1W9HA 4ID5A 3WNHA 3V4IA 4RW8A 5KGXA 1NJXA 4FLTA 4ICLA 1ZBFA 1KVCA 4E7IA 4L8RB 1A5XA 4CK3A 1L5UA 4ZHRA 2HHVA 1Q9YA 3V1QA 1T8EA 5FRMA 3VA0A 4MFBA 4NYNA 4B9LA 3I0SA 3SYZA 3QETA 2HHQA 2OPQA 3LDSA 4HUEA 3U3YA 1SL0A 4B9SA 2PZSA 1BCOA 1JLFA 4M3RA 3LANA 3SJJA 4J2BA 1S9EA 1SUQA 1BIUA 3VQAA 4CJSA 4HHTA 1RBUA 3QIOA 3VQPA 4DFJA 1IKVA 3HT3A 3KLGA 4HTUA 4Z4EA 1TL1A 1QQCA 3DI6A 3K59A 3S3NA 2IC3A 4CEFA 3L2UA 1LV5A 4N47A 3EYZA 2G8UA 1O1WA 3KLFA 3V1OA 3KLHA 4DF4A 1U04A 1WSFA 2A1SA 1VSMA 3WNEA 4FLYA 2XY7A 3O3HA 3TI0A 4CJQA 5C42A 3NGYA 4HVJA 3L2QA 1BGXT 1C6VA 4M3WA 4XIUA 4E19A 1RT6A 4LSLA 4FJNA 3ISNC 4CEOA 2JGUA 4IG0A 4OLBA 1BQNA 4MQ3A 4DTUA 3NF7A 3TAEA 4R5PA 3NF9A 3LWMA 4PWDA 3QESA 3KJVA 4F3TA 4G1QA 5HRNA 3OYFA 1B9FA 3TARA 2B6AA 3L2WA 1C0TA 1NKEA 4CHNA 3SQ4A 4AHRA 4CHPA 3OYBA 3V1RA 1S9GA 3OS1A 4DQSA 4FZZA 4CEAA 3HJFA 3IG1A 1U45A 1J54A 5DMRA 1X1PA 4GVMA 3K57A 2YNIA 2P5OA 4B8AB 1GOAA 3DLGA 3V9UA 2WOMA 5KRSA 1R0AA 4EZ9A 3O3GA 4AHSA 2QK9A 3KKSA 3C6TA 2VG5A 1JL1A 1W0HA 3OYIA 3VQQA 3AO2A 3D0PA 4KHSA 4IFVA 1VSDA 1YT3A 4O5BA 5KI6A 1RT7A 3CYMA 3WNFA 3JSMA 3ZSZA 3RMAA 4CEEA 3PV8A 1ZYQA 3ZSVA 1Z25A 3KK2A 1NOZA 2OZSA 2RN2A 3C94A 1J53A 4DQRA 3CFPA 1ZBHA 2HB5A 1YTUA 2IDOA 1WAJA 3L3UA 1I39A 4FJHA 3OYKA 4HUGA 3DRSA 4KTWA 4J2AA 4ELVA 4M3YA 3DLBA 3LAMA 4OKEA 3AA2A 1TGOA 4DTOA 1EETA 3NBPA 3V9SA 1UAXA 4FLXA 1L3VA 5DK5A 1U49A 4JLHA 1QS4A 1ITGA 1JXBA 3DLKA 2VG6A 4YNQA 3HPOA 2HW3A 4JRPA 2D0BA 4N5SA 1DTQA 3TAGA 3WNGA 1UWBA 3VQDA 4CEDA 4CFBA 4FJ9A 1DLOA 4KFBA 3AA4A 2Z1JA 4O0IA 3OYAA 2KQ2A 2RKIA 3NAEA 4CF9A 4O0JA 1BHLA 4H4OA 1SKSA 1ASVA 3SCXA 4OLAA 1NKCA 4DSKA 2P51A 3HSTB 3NH2A 2Y1IA 2OPRA 3QEXA 5HRRA 1WAFA 4FM2A 4FK0A 3F9KA 4RG8A 4PQUA 1RTJA 4QCLA 5SZTA 1D9DA 1ASWA 4N56A 1KRPA 2QXFA 4IBNA 3S3MA 4CFDA 4Q0BA 2KZMA 1KLMA 1KCFA 2FBVA 1S1XA 4Z4HA 4CK1A 2FC0A 4WE1A 1NK4A 1T7PA 4FLUA 4F2RA 3MAQA 4KHNA 2QKBA 1JLEA 1JLGA 3AVJA 3AVFA 4C8MA 3HP9A 2X6NA 4EP5A 3VA3A 4QOZB 4IG3A 3BDPA 1BCMA 3PX6A 2OZMA 1A5WA 4DSJA 3OYNA 2X6SA 2HNYA 1EKEA 2E6LA 2D5RA 2EHGA 4O4GA 4FM0A 4DU1A 2E6MA 4DTPA 1S1WA 3MXJA 4CFCA 1L3UA 1EX4A 1DTTA 1TK5A 2IOCA 4FW2A 4KHWA 4DU3A 5HP1A 1S1TA 4CF0A 1RT2A 2R7YA 2Z1GA 4FXDA 2YHBA 1IH7A 4AH9A 2OA8A 4JRQA 2G8KA 1NJWA 3MXIA 1VK0A 4DF8A 1G15A 3UIQA 2FBYA 4B9VA 4FLVA 1MU2A 2DFFA 3LP1A 2PYLA 4DSLA 3M8SA 4C8OA 4BACA 4KREA 1FKOA 2HNZA 1VSJA 3CM5A 3DOKA 1IKXA 1NJZA 3AV9A 4M3XA 3C6UA 4LSNA 3ZSRA 2IS3A 3ULDA 1N6QA 4DSFA 2O4IA 4CJEA 1TK8A 3OYDA 4LH4A 3P5JA 3OYMA 4C8LA 4FJLA 2RF2A 3LP0A 3LALA 4OJRA 4CJRA 2I5JA 1RBVA 3LPUA 3QINA 3DMJA 3SUQA 2ATQA 4CERA 4KRFA 3NH1A 1QSYA 5CYQA 4E0DA 4RW7A 4RW9A 4GMJB 2G8IA 4W5OA 1IKWA 4CK2A 2VWKA 3I0RA 2KFZA 1Z26A 1KLNA 4B9TA 1IG9A 1XC9A 1J9AA 4OGCA 3OVNA 3QNNA 1NK6A 3M8QA 4KAZA 3HK2A 1XHZA 1YVUA 4CJFA 3RRHA 3SPYA 4Y1DA 2YKMA 2FBXA 1RT5A 1L3SA 4ELUA 1RT1A 3QEPA 4HUFA 3M8RA 3ZSWA 1JXEA 3KTQA 3HPHA 3OYHA 1T05A 3KKRA 5K14A 1TK0A 5KTQA 3OYJA 4N76A 4FK2A 4DFPA 4AILC 3TWHA 2ETJA 4LY7A 4CJUA 5I42A 1VSHA 1KVAA 3B6OA 3AVGA 4E1NA 4K8XA 4CJWA 1WN7A 1RTHA 4CESA 1U47A 1NK5A 2BANA 1CZ9A 4OKKA 3VQ6A 4CF1A 3HVRA 1LAWA 4O44A 4CEZA 1ZBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HOOA 3ABUA 4DSIA 2H8RA 1Z7LA 2LF7A 1B72B 2PY5A 4FLWA 4IPAA 3G71I 1KYWA 3CHWA 5D3GA 4XKVA 2UXNA 1C1CA 3E9PA 2H3GX 4FJIA 3HKZA 1VI0A 1G2HA 2GWRA 5ICCA 4BRKA 2PMUA 3VQBA 4DNCA 4CHOA 4BRQA 4RDUA 4KT5C 4CGDA 1SKRA 3N4MA 2QBYB 2XRIA 3BPXA 5H6RA 4LD0A 4AHVA 3S41A 2XAQA 4NYFA 2LLKA 3PNYA 4X66K 1IW7F 4B1WB 1X19A 4LIVA 1HYVA 5FPDA 3B02A 2YNGA 3U9ZA 2DT6A 2E1OA 2JWLA 3AO3A 1L0OC 2B9SA 1Z0XA 5JR3A 3VQ8A 3ERMA 4U7DA 4FL9A 2RGVA 1BA0A 1T3VA 4JX6A 1JUPA 4DLEA 2VBZA 5EX5A 2KIUA 3IKTA 3LL7A 3O9TA 2M1BA 1RBTA 3THXB 1D3YA 4IJAA 1AKHB 4DV4K 1ZBIA 1LFBA 3QFPA 2WONA 5C2DA 5LMNK 2BVMA 4P55A 4U7BA 3VTHA 3UKRB 2HQAA 3CLOA 1HUXA 2BXZA 3BR1A 4EGYA 4NB5A 4GKJK 1YIJN 3N97A 4DSEA 4BRGA 1QVTA 3S17J 5BRHA 1QRYA 5CE3A 3ZQLA 3GFMA 5EZHA 2QI2A 3MZ8A 2VWJA 2HF4A 3CFRA 4EHUA 3I0TA 3GYHX 1HBXG 5AQKA 4ELTA 1P7JA 2GA2A 5AQJA 4Y15A 2JZYA 5EEHA 5F04A 1LW0A 3G71N 3CJ1A 1SFOJ 3H5RA 4KN4X 5FPEA 5HLFA 4XN3A 2R5YB 2IVPA 4KT6A 4HRIA 4BC4A 4FW1A 4A61A 4CJ5A 1JLCA 2Y9YA 1T08B 2DY4A 5GIPA 3CERA 3F73A 1LDKB 1VZ0A 4Y52J 4M3DA 3DKWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3LAL A;  4OJR A;  4CJR A;  2I5J A;  1RBV A;  3LPU A;  3QIN A;  3DMJ A;  3SUQ A;  2ATQ A;  4CER A;  4KRF A;  3NH1 A;  1QSY A;  5CYQ A;  4E0D A;  4RW7 A;  4RW9 A;  4GMJ B;  2G8I A;  4W5O A;  1IKW A;  4CK2 A;  2VWK A;  3I0R A;  2KFZ A;  1Z26 A;  1KLN A;  4B9T A;  1IG9 A;  1XC9 A;  1J9A A;  4OGC A;  3OVN A;  3QNN A;  1NK6 A;  3M8Q A;  4KAZ A;  3HK2 A;  1XHZ A;  1YVU A;  4CJF A;  3RRH A;  3SPY A;  4Y1D A;  2YKM A;  2FBX A;  1RT5 A;  1L3S A;  4ELU A;  1RT1 A;  3QEP A;  4HUF A;  3M8R A;  3ZSW A;  1JXE A;  3KTQ A;  3HPH A;  3OYH A;  1T05 A;  3KKR A;  5K14 A;  1TK0 A;  5KTQ A;  3OYJ A;  4N76 A;  4FK2 A;  4DFP A;  4AIL C;  3TWH A;  2ETJ A;  4LY7 A;  4CJU A;  5I42 A;  1VSH A;  1KVA A;  3B6O A;  3AVG A;  4E1N A;  4K8X A;  4CJW A;  1WN7 A;  1RTH A;  4CES A;  1U47 A;  1NK5 A;  2BAN A;  1CZ9 A;  4OKK A;  3VQ6 A;  4CF1 A;  3HVR A;  1LAW A;  4O44 A;  4CEZ A;  1ZBL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HOO A;  3ABU A;  4DSI A;  2H8R A;  1Z7L A;  2LF7 A;  1B72 B;  2PY5 A;  4FLW A;  4IPA A;  3G71 I;  1KYW A;  3CHW A;  5D3G A;  4XKV A;  2UXN A;  1C1C A;  3E9P A;  2H3G X;  4FJI A;  3HKZ A;  1VI0 A;  1G2H A;  2GWR A;  5ICC A;  4BRK A;  2PMU A;  3VQB A;  4DNC A;  4CHO A;  4BRQ A;  4RDU A;  4KT5 C;  4CGD A;  1SKR A;  3N4M A;  2QBY B;  2XRI A;  3BPX A;  5H6R A;  4LD0 A;  4AHV A;  3S41 A;  2XAQ A;  4NYF A;  2LLK A;  3PNY A;  4X66 K;  1IW7 F;  4B1W B;  1X19 A;  4LIV A;  1HYV A;  5FPD A;  3B02 A;  2YNG A;  3U9Z A;  2DT6 A;  2E1O A;  2JWL A;  3AO3 A;  1L0O C;  2B9S A;  1Z0X A;  5JR3 A;  3VQ8 A;  3ERM A;  4U7D A;  4FL9 A;  2RGV A;  1BA0 A;  1T3V A;  4JX6 A;  1JUP A;  4DLE A;  2VBZ A;  5EX5 A;  2KIU A;  3IKT A;  3LL7 A;  3O9T A;  2M1B A;  1RBT A;  3THX B;  1D3Y A;  4IJA A;  1AKH B;  4DV4 K;  1ZBI A;  1LFB A;  3QFP A;  2WON A;  5C2D A;  5LMN K;  2BVM A;  4P55 A;  4U7B A;  3VTH A;  3UKR B;  2HQA A;  3CLO A;  1HUX A;  2BXZ A;  3BR1 A;  4EGY A;  4NB5 A;  4GKJ K;  1YIJ N;  3N97 A;  4DSE A;  4BRG A;  1QVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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