1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
3FFIA 4ELUA 2E6LA 1L3TA 3MAQA 5SZTA 1WSHA 4FCYA 3S9HA 4ELVA 3PY8A 3KD5E 1RT6A 3ZT4A 3VA3A 1ASUA 4TSXA 3KK3A 3VQQA 2WOMA 1YTUA 2KZMA 2OPQA 4IFVA 4OJRA 4DU1A 4KO0A 1MU2A 4FK4A 4E19A 2Z1GA 3QNOA 3KIOA 4KHQA 1S1XA 4CEOA 3ZT0A 2YNIA 1IO2A 1VSKA 4OKJA 3C6UA 2QXFA 3V6DA 3DLHA 4DQQA 3DM2A 1UA0A 4KB1A 4MFBA 3ZSOA 4O55A 2Y1IA 1HMVA 1C0MA 2IDOA 2KW4A 3AO4A 4FM0A 3CQ8A 4E89A 3TR8A 3U6FA 3A2FA 3LZJA 3SNNA 4W5NA 1TAUA 1JLQA 1JL1A 3AVCA 3NDKA 3NH0A 1UA1A 4DF4A 1D5AA 4CJUA 2OPPA 1HYVA 1S5JA 3OJUA 4DQPA 1WJDA 3D45A 5HBMA 4CEAA 1Y97A 4CFDA 3M8PA 3DLBA 4FJ8A 4LSNA 4CGJA 3LZIA 4KHYA 4KREA 1VRUA 4O0IA 4FYDA 4CF1A 1WNSA 3HP6A 3HPOA 3L8BA 1KFSA 4NCGA 3RMAA 4CF2A 2YHBA 1ZBFA 2KFNA 3NBPA 1WN7A 3RMBA 3QIOA 1W9HA 1WSFA 3AVFA 1IKXA 3E01A 4BDYA 3NHGA 1BISA 4ZTFA 4E1NA 3VQ7A 3L3UA 4RW9A 4M3TA 3KLEA 2PZSA 3VQ9A 4FJHA 4CJRA 3CFPA 3QETA 4FLTA 1CZ9A 1HPZA 3S3OA 4FJIA 4BACA 4O5BA 5FDLA 4QCLA 3AVGA 3KLIA 4W5OA 3S3NA 1T05A 1T03A 4JS5A 3V1QA 4BDPA 4CJVA 4HCBA 2HHUA 1EKEA 3HPGA 1TKDA 3VQAA 4M3XA 3OY9A 1NK8A 3VQEA 2XHBA 3SV4A 4DSIA 1JXEA 3L2QA 1L5UA 4CJSA 4CK1A 4ZTJA 3OVNA 1LFPA 5KTQA 1WJCA 4N76A 1KVBA 2ETJA 3LP1A 1B9FA 4I7FA 4CF8A 1G15A 4B9UA 1KFDA 1QSSA 2Z1JA 4FJLA 4R5PA 1RDBA 4FLVA 1JLBA 3DLEA 2YV0X 4CEBA 4DS5A 4RW8A 4EZ6A 3VQ6A 3VN5A 4JRQA 1SUQA 4DF8A 1NOZA 4CFBA 1LWEA 1QS4A 4K8ZA 4FK2A 1Z26A 4EZ9A 2WONA 2O4IA 4GVMA 3VQ4A 4CHQA 1S1UA 4CE9A 4B9TA 3BDPA 5JS2A 3V9SA 3SJJA 4CK2A 3LAMA 3SZ2A 3LP2A 3KLGA 4N41A 4CJ5A 1BHLA 4M3YA 2HB5A 2IS3A 3OS0A 4IBNA 3K58A 3PX0A 2BGGA 5JS1A 4IKFA 3KKSA 3NF8A 1RTDA 4NYNA 3U3YA 1RDCA 3RMCA 1RBVA 2FBVA 3LWMA 1L3SA 2W42A 3DYAA 1XHZA 1TL1A 3THVA 4DTPA 4BWMA 4DTOA 3V9XA 3OYMA 4W5RA 4FM1A 3K5NA 4CJWA 4YFUA 4BDZA 1NK4A 3TANA 2ATQA 3VQCA 2VWJA 4RG8A 4B08A 3HJFA 1TK0A 3DLGA 2B5JA 2HNZA 3SQ4A 4OPKA 1NKBA 4OLAA 2IAJA 4DFMA 4CECA 1RNHA 1BCMA 1KLMA 1KLNA 2KTQA 1W0HA 2YNFA 1VSLA 4PWDA 2XRIA 5CYQA 1RBTA 3I0RA 3WNFA 3K5OA 1D9DA 4KV8A 3ZCMA 1SL0A 4CGGA 3ISNC 1LV5A 5HLFA 1HQEA 4DTJA 3RRHA 1Q9YA 4FJ9A 3ALYA 3NF7A 1REVA 1SKRA 4DQSA 4FZZA 3QEWA 4E7HA 3ZSZA 1U4BA 4CHZA 4BE1A 4C8OA 3IRXA 1ZBLA 3KD1E 1FKPA 1UAXA 4DFPA 2VG6A 1HRHA 2HVHA 2HW3A 1BI4A 3VQPA 4DTSA 1GOBA 1HNIA 3SPYA 1FKOA 1VSIA 1S1WA 5CZ2A 3ZT3A 4AHUA 3CM6A 3V9UA 4RW4A 5HRPA 2XO7A 1SV5A 4CHYA 4E7LA 4AILC 1NKCA 1KRPA 1S6PA 4F3QA 4J2AA 2HNYA 1RCHA 2OZSA 4LD0A 4CIEA 2R7YA 2GBZA 4CK3A 4Z4GA 3QINA 4M3RA 1D8YA 4CGHA 4B9MA 3CG7A 4GW6A 4G1QA 4CERA 5FRMA 2D0BA 3VQDA 3RTVA 2OYQA 4B8CA 1L3VA 1VRTA 5HP1A 1L3UA 3MXMA 2DFHA 1ZBIA 1K6YA 1RILA 3DMJA 4CGFA 1RT3A 4UQGA 4W5TA 3I8DA 3MXIA 4CJ4A 4ZHRA 1S9GA 2Y1JA 4FZXC 4FK0A 4HUFA 1KCFA 4M3WA 4JRPA 1QQCA 2VG7A 4KB0A 3IG1A 3AO5A 4LY7A 4CIGA 3OYDA 3PO4A 4Y1CA 3QEVA 3NCIA 1EXQA 2LSNA 4DQIA 3K2PA 3NGZA 3PUFA 4CEFA 5E41A 2OA8A 1QSLA 3G10A 4N47A 4C8LA 3LANA 3V9WA 4CIFA 2RF2A 1HYSA 1ITGA 3QERA 3OYEA 1EP4A 3I0SA 1I39A 4H4MA 2D5RA 3VQ8A 4CJTA 1S1VA 5KGWA 3DLRA 3DRPA 3MXJA 3QESA 3TAFA 4L8RB 2DY4A 1SKSA 3CFOA 2BANA 3LWLA 4DSFA 1C1CA 3KJVA 2I5JA 4WE1A 1NOYA 3KTQA 2X74A 2IOCA 4HHTA 1NK5A 3LP3A 1NK7A 3AO3A 4ELTA 4CHPA 4J2BA 4EP5A 1VSDA 4FJXA 1WSGA 4KTQA 4CEZA 1XC9A 1LWFA 3AVLA 2IC3A 4AHSA 3B6OA 3AV9A 4OKKA 4FJ5A 3DRRA 5C42A 1X1PA 1WJFA 2Q3SA 3HXMA 3OYFA 5J1EA 1NJYA 1A5WA 2A1RA 1WAJA 4FJKA 1CZBA 2G8KA 1HNVA 2PYJA 2KZZA 3V81A 1WAFA 4F2RA 1TV6A 1KVAA 1QHTA 4OKEA 4AHVA 1RTIA 4LH4A 2FBTA 5HROA 5J2QA 5D3GA 1VSJA 4N56A 2RN2A 3DI6A 4IG3A 4CJKA 2X6SA 5T7BA 3K59A 1C0TA 3LAKA 1JLGA 3SUNA 1WSEA 2EHGA 3MECA 3AO1A 5HRRA 4FM2A 3NF9A 1DTQA 1Z25A 3U3GA 3OYHA 1KONA 3V1RA 4DG1A 3IAYA 1X9SA 1GOCA 4I2QA 1T8EA 1Q8IA 3B6PA 4O0JA 1I3AA 3K5MA 4DSJA 1TKTA 4K8XA 1TGOA 3QNNA 3NAEA 4OGEA 1F21A 5CYMA 4DMNA 1VSHA 2ITGA 1NK9A 4KHUA 4OPJA 4JLHA 4DFKA 2XY6A 2HHVA 4B9VA 1KTQA 4AHCA 4DQRA 3ZSVA 4CEDA 4DTUA 3OJSA 1U48A 4FW2A 4FLWA 2HHTA 1SKWA 4F3OA 4I9QA 3T3FA 1D9FA 1EETA 3L2VA 1RT4A 3KLFA 3OYIA 2NUBA 2XY8A 3NF6A 3TARA 1N5YA 2P51A 4RW7A 2G8UA 4DSLA 2GV9A 3ZT1A 5KRSA 4AHTA 2G8VA 4NYFA 4FVMA 2G8FA 3KK1A 4DS4A 5J2PA 3NH2A 4IG0A 1IKYA 4KAZA 1DLOA 3F73A 3L2RA 4DTRA 3TAQA 5KI6A 3VQ5A 4J2DA 3AVIA 4Y1DA 1HJRA 3OYJA 1BI4B 3NE6A 4E7KA 3UIQA 4DTNA 4J2EA 4NCAA 4CHNA 1S9EA 3G0ZA 3SI6A 4E0DA 2FC0A 3ZT2A 1RBSA 3O3HA 3OYKA 3QEPA 4HVJA 4PY5A 2JLEA 1ASWA 4MQ3A 4FLYA 1FXXA 3NGIA 3QEIA 3OYCA 4KHWA 3O4QA 4OLBA 3LPTA 4CHOA 4Z4EA 2AJQA 1JLFA 4B8AB 4KPYA 1QTMA 3HPHA 1BGXT 2BE2A 2XY5A 2HMIA 3HSTB 2YNHA 2X6NA 2F8TA 2FBXA 4NCBA 2F8SA 4CJ3A 4C8KA 1U45A 1ZBHA 3DOKA 3BGRA 2P5GA 2VG5A 2ZD1A 3L2UA 3V1OA 2RKIA 4AH9A 3OYLA 3KK2A 3JSMA 3PX4A 1ZBUA 3JYTA 1IKWA 1RDAA 2IGIA 3AVKA 4DU3A 1E0EA 2G8WA 1IKVA 4KKOA 1T7PA 4OGCA 3F9KA 2Z1IA 3OYNA 1A5XA 2XY7A 4HTUA 2HHWA 3PX6A 3TAPA 3OS1A 1TL3A 4JS4A 1C1AA 4PUOA 4B3OA 2DFFA 4M3ZA 1YTAA 3WNGA 3AVNA 5DMRA 3HP9A 3EY1A 1S1TA 1RT5A 3ZSWA 4CCHA 4CEQA 4I2PA 3SQ0A 1R0AA 4BE2A 4Z4HA 3QIPA 1JLCA 4CGDA 1VSFA 1FK9A 1LW2A 1WJAA 4CJEA 3ASMA 3RR8A 1VSMA 1VK0A 3RWUA 3TABA 4DSKA 4FXDA 3DLKA 2HHQA 5I42A 1CXUA 3TAEA 3PO5A 4CJQA 1LAWA 3SQ1A 1XWLA 4ICLA 3AVJA 3QLHA 4O44A 2KQ2A 3AVBA 2Z1HA 3C94A 4CF9A 3TWHA 3HL8A 1UWBA 5SWMA 4DU4A 4F8RA 3AA4A 3M8SA 2HHSA 3HK2A 4HUGA 3V4IA 4HCCA 4XIUA 4CFAA 4QOZB 1J9AA 2JGUA 2D0CA 4Z0UA 4DLGA 3SQ2A 1DTTA 2QK9A 4E7JA 4CF0A 3SCXA 1XI1A 1Q9XA 4IFYA 1BQNA 4I9LA 1ZYQA 3P1GA 1C6VA 2P1JA 2HNDA 1J5OA 3M8QA 2HHXA 4DFJA 4CJLA 1NJWA 2OPRA 3AA2A 1BQMA 3C6TA 3DRSA 1NKEA 4F4KA 1SL2A 2ZE2A 3LDSA 4FJJA 4YNQA 4DTXA 3WNEA 2PY5A 3ULDA 4OVLA 4C8NA 1JLEA 2O4GA 2RPIA 3QEXA 1YT3A 3EZ5A 5J2NA 1LWCA 3TAGA 4PA1A 3RR7A 3RRGA 4B9SA 3WNHA 3AVAA 2PYLA 3AA3A 5FROA 3ZSXA 4M45A 1BIUA 3L3VA 4CJPA 1JLAA 1NJZA 4CGIA 5CZ1A 4FLZA 2DTUA 4CESA 4FLXA 5I3UA 1BL3A 3ZSRA 1U47A 1O1WA 1WSJA 4H8KA 1MW7A 1WLJA 5KGXA 5C24A 2X78A 1C1BA 2OZMA 5CY4A 5HRSA 3T19A 3CYMA 3S3MA 2ZQBA 2E4LA 1J53A 3QO9A 4KI4A 5J2MA 4M42A 3M8RA 2G8IA 4H4OA 4CFCA 4F2SA 4DLEA 2YNGA 1RBUA 3TAMA 1CLQA 2QKKA 1JL2A 3H08A 2B6AA 2QKBA 1BCOA 4B9LA 1WSIA 4Z4FA 4Q0BA 3P83D 4Z4CA 3MEGA 5C25A 3O3FA 4Z4IA 1KVCA 1XHXA 3SUQA 2E6MA 2FBYA 3P5JA 4EP4A 2HVIA 4E7IA 1RT1A 2DFEA 4M41A 4FLUA 4O4GA 3OYAA 2VWKA 1YVUA 4KTZA 3IS9A 5FRNA 1TVRA 1ASVA 1RT2A 1BIZA 2EX3A 4FW1A 1U49A 4HUEA 3EYZA 3ZSYA 5HRNA 1U04A 3HM9A 2OPSA 3MEEA 4BWJA 4E1MA 1X9WA 4KFBA 4FJMA 1VSEA 1C0UA 4KI6A 3AVMA 4FZYA 4KTWA 3NGYA 3KLHA 1RTJA 1TK5A 1JKHA 3C95A 3TI0A 1UOCA 3SUOA 5EU7A 4Q5VA 3VQBA 1CXQA 3DOLA 4CJFA 3NH1A 3HVRA 1N6QA 4W5QA 1HYZA 1KSPA 4LH5A 4AHRA 4ID5A 1SL1A 4FJNA 1JXBA 1RDDA 2YKMA 3D0PA 4DTMA 3LALA 4M3UA 1TAQA 3SPZA 1NJXA 3V9ZA 1S6QA 3LP0A 3SUPA 3RMDA 4DWIA 4F3TA 1A5VA 1GOAA 4LSLA 1TKZA 3ITHA 4RW6A 4DSEA 3LPUA 5DK5A 3OYGA 3PV8A 1WJBA 4KHSA 3K5LA 4PQUA 5KRTA 2G8HA 3VA0A 4ID1A 1LW0A 4N5SA 3O4NA 4KHNA 1X9MA 3L2WA 1B92A 2B4JA 2GUIA 4C8MA 3KKRA 1B9DA 4CEEA 3OYBA 3NFAA 3AA5X 3CFRA 3T1AA 4BE0A 1TKXA 3HO1A 4KRFA 2KFZA 3K57A 1RTHA 4FJGA 3SYZA 1WJEA 1IH7A 1LAVA 2D0AA 4GMJB 2YKNA 3OS2A 1RT7A 3HVTA 3CM5A 2P5OA 3AVHA 3ZSQA 1EX4A 3SV3A 1TK8A 2YHAA 2F96A 2A1SA 1QE1A 1NK0A 5K14A 4IDKA 3AO2A 3MEDA 1RBRA 1NK6A 3HYFA 4E3SA 3O3GA 1QSYA 2BDPA 4FJ7A 1J54A 4QAGA 4B9NA 1HQUA 1IG9A 3HT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FCYA 4Y17A 3DLAA 3MCZA 5HNFA 3GFJA 3CCSI 2D5VA 3DPLC 4MO7A 4BC5A 4EFHA 5DUKA 3RPUA 1W7PB 2LH9A 2IXSA 3V7RA 2CFOA 3DM2A 4XLCA 1HMVA 1EV7A 5HOOA 5ILUA 2XVCA 5C15A 1PJRA 4AYBA 3W3DA 1MNEA 3HSRA 1JLQA 3AVCA 2O8EA 4CGJA 1CQTA 2IBDA 2YHBA 1WN7A 3E01A 2OTJN 2WY8Q 2CUEA 4FLTA 4QLCU 5FDLA 3L7WA 4WFNL 3LM9A 4ITVA 3VQAA 4DSIA 1XX5A 5AQGA 4CF8A 5CVRA 2NZTA 2YV0X 2AXTC 2O7OA 1HR0K 4JRQA 2YX7A 3HC7A 1VQ6N 3CCQI 1JTXA 4CHQA 3AAPA 4N41A 4FWLA 3KKSA 4CZMA 1Z1DA 1U8BA 4H5NA 2E20A 2AQFA 4DTPA 4DTOA 1G59A 5DYMA 3CCVI 3BTCA 1XS9A 2O5RA 2IAJA 3BPVA 1SZ2A 3I0RA 1SL0A 1CZAN 1X3ZB 2XV4S 4FE4A 1FYMA 3WTSC 4DQSA 1DP7P 1XSDA 4HLYA 3SFZA 3A01A 3HBLA 3F9MA 1HNIA 2WAQA 4XQFA 4CHYA 5AQYA 2GAUA 3BJ6A 4GVEA 4F55A 4M3RA 3V8JA 4BYYA 1OCZH 2QCOA 3M8JA 3OYDA 4ILHA 1HOMA 5GAHP 1LVKA 3K2PA 1R5HA 3KWGA 3ULQB 5HDKA 3RJPA 1VQMN 1BWFO 5K7HA 3I0SA 3HOVJ 2JJ7A 3HOSA 4U87A 2FE3A 5GAGJ 4M3BA 3IUOA 5IT9O 2NS0A 4HW0A 3QOEA 3W2WA 2X74A 4G7HF 2DCEA 2XGXA 2XAGA 4J2BA 1FP2A 1IN7A 1FP1D 3WXLA 4A12A 3B6OA 3G71N 3H5NA 4IF4A 4LF8K 1NJYA 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1J0RA 1P2FA 4B1ZA 3MFKA 2E1YA 1XC3A 3CJQB 1IGNA 1G3WA 2D0AA 3OS2A 1SFOJ 3K4CA 3FXRA 5GP9A 3V7SA 4XN3A 3BR0A 5K14A 1QQIA 4EJWA 5F2RA 3ENOA 1A36A 1OFCX 1B8IA 1E17A 2ADUA 2HKOA 3X2QH 1RT6A 1ZGJA 1OKRA 1D5YA 2OPQA 1RUOA 4UHTA 1IO2A 2DO7A 3FZFA 3M5RA 2ZCWA 2GLOA 1UA0A 4AWXB 3Q7BA 3ZQLA 5EEHA 3O8MA 4IRHA 3PUBA 2M0CA 3GL1A 4FJ8A 1Y97A 2H6BA 3FXOA 3LZIA 4XBFA 3C2BA 2Z16A 1WSFA 3ULEA 5DCFA 4RGUA 4PHTX 1NGEA 3E9OA 1XMQK 2BV6A 2D45A 3VQEA 2JPCA 3CCRN 4BRFA 1U8RA 2RREA 1N33K 3T8TA 4EZ9A 3RYPA 2XROA 2MBFA 4B9TA 3OTOK 4UVBA 2BGGA 4JN4A 2YJEA 1C0WA 4CYCB 4LB5A 3PIPL 1OCPA 4BDZA 3CCUI 1NK4A 2HNZA 3GVAA 4HQEA 1K73O 4J01A 4RGRA 1D9DA 1HPMA 4C1NK 3CPEA 2IVMA 3LA7A 1JKQC 3CJ7A 2XAUA 3SPYA 1J5EK 3WXMB 3V9UA 2QKLB 3ID6A 4Y15A 4OO1J 4BG9A 1U5TB 2L5QA 4CK3A 2BY3A 3PSFA 3QINA 2MG4A 5BNGA 4CERA 2QQBA 2DOEA 3BEXA 2E1CA 1ZBIA 3DMJA 2UUBK 5ED4A 1FTZA 4XONA 1QHHD 2P8TA 1D0XA 3CJRB 4G6TB 4BRNA 2CV2A 3ZXSA 4YG2F 2M30A 1F43A 3SHFA 4DR2K 4BHCA 3TAFA 2KJBA 2IOCA 5FLXO 2WC9A 2KRHA 2H8RA 4XSXF 1Z7UA 1OQYA 2DA4A 2NXNB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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