1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
3OJUA 1FXXA 3MAQA 4C8KA 4BWMA 4CF9A 3T3FA 1JLCA 1JLAA 3DRRA 3I0SA 4OGCA 4OLBA 2IGIA 5CZ1A 4CHZA 3OYEA 3O3HA 4FJGA 4CF8A 4DTXA 1JLFA 1CLQA 4ZTJA 3OYJA 4LSLA 3RWUA 1S6PA 1ZBIA 2YV0X 3L2RA 3AA5X 4I9LA 1IKWA 4AHCA 4I7FA 1QSYA 2OPQA 3HL8A 3O4NA 1DTTA 4FW2A 1RT4A 3OYFA 2G8VA 4HUFA 3KD5E 1HQEA 4AHVA 3G10A 4BDZA 3QESA 1RDBA 1X9MA 4EP4A 1EX4A 4FJ9A 4E1NA 1VSIA 2FBYA 2KQ2A 4B3OA 1JKHA 3QEWA 3DLGA 2EHGA 1X9WA 1U4BA 4FJXA 4IFVA 4PQUA 1ZBHA 2HHUA 1J54A 3QEXA 3TAGA 3BGRA 3ZSZA 4CEDA 2YKNA 4Z4HA 5SZTA 3SQ4A 1ASUA 1BQNA 4FVMA 4H4MA 4CJSA 1UA0A 3HPHA 3HT3A 4BE1A 3S3MA 3AVMA 1I39A 1BHLA 4KO0A 1LV5A 1L3UA 4B9TA 4ELTA 3NGZA 2RKIA 2D0CA 1C1BA 2Y1IA 3SQ0A 1TK5A 4BWJA 4JS4A 4PY5A 3RTVA 3MECA 2OZSA 1D5AA 1QTMA 4KB0A 3ZSYA 3SQ1A 4KPYA 1RTJA 1TGOA 3U3GA 3HP6A 4C8LA 2G8IA 2IS3A 4DS5A 3OS2A 4CGIA 4J2AA 4YNQA 1GOBA 5DK5A 1C0TA 1EETA 4GW6A 3AVNA 3V1OA 1YVUA 2FBXA 3ZT2A 4CFBA 3OYBA 3M8RA 4FM0A 2HHTA 1EXQA 3HYFA 4CJVA 3PX6A 1QQCA 1RT3A 1Q9XA 1D9FA 1HNIA 4N47A 1XHZA 3DOKA 3PV8A 1WSGA 1ITGA 2RN2A 1CXQA 1JLBA 3OY9A 1KLNA 4KI6A 1KLMA 4E7KA 2OA8A 4C8OA 3DRPA 4FXDA 4YFUA 4IG3A 4FJ7A 3SQ2A 4CEZA 1S1XA 3TI0A 4HCBA 4E7IA 5D3GA 3T19A 4CGJA 3OS1A 2DFEA 4KHQA 3OJSA 3WNGA 4CHYA 1BISA 2GV9A 3C6UA 4DTRA 4CJWA 4E7JA 3PUFA 3KLFA 3CFOA 5C24A 4FJ5A 1O1WA 4I2QA 3VQ9A 3KK2A 3NH0A 1RBVA 2Z1GA 1A5WA 2YNFA 2O4IA 4DFMA 1REVA 4B9UA 5JS1A 3K5MA 1C6VA 1L3TA 4CEOA 3VA0A 2IDOA 3ZSXA 2WOMA 1BIUA 2E6MA 3O3FA 3HXMA 1C0MA 4FCYA 2G8KA 3I0RA 3HSTB 4DTJA 4HVJA 4AHUA 3V9XA 4DG1A 4AILC 4DQPA 5KGWA 4RW4A 4IFYA 4C8NA 3K59A 1JLEA 3LANA 1VRUA 2IC3A 3AA3A 3A2FA 3B6PA 4CEAA 5C25A 3ZT4A 1SKSA 4FLVA 2DTUA 3DM2A 4I2PA 4KTZA 3IRXA 3LZJA 1U48A 4CJUA 1IKYA 4FLXA 4N76A 2YNIA 3OYKA 2XHBA 3DLHA 2KTQA 4DU3A 1KTQA 1F21A 4FLTA 1B9FA 2E6LA 4W5NA 2HW3A 3LWMA 3DLEA 3OYLA 4M3ZA 4OLAA 3FFIA 3QIOA 2QXFA 3F73A 1A5VA 4PA1A 2OZMA 1VSJA 3SPYA 3NH2A 1X9SA 1Y97A 3KKRA 1LWEA 4O44A 3V1RA 4CEFA 2PZSA 3C6TA 2HNYA 2F8TA 4CECA 3AVLA 3QEIA 3TANA 4CERA 4DFPA 3K58A 1EP4A 4Y1DA 3TAQA 1ZYQA 4B9SA 1BQMA 3ULDA 1ZBLA 3HP9A 1GOAA 1SL1A 2D5RA 3QIPA 5FDLA 1WAFA 4DTNA 1NK6A 4CJTA 3KK1A 4CJLA 3O3GA 3RRHA 4J2DA 5CY4A 4CHPA 4W5OA 4FZXC 2QK9A 3K5NA 4OJRA 1S9EA 3NGIA 3LAKA 5HLFA 3NAEA 4FJNA 1D9DA 3C95A 2IOCA 3KK3A 3TAFA 1BI4B 3JSMA 3PY8A 3LP2A 3AVFA 4CJ5A 3SV4A 1EKEA 1QSLA 3CYMA 3U6FA 3NBPA 1JL1A 1QHTA 1S1UA 1TV6A 1TVRA 3VQ7A 4UQGA 2XRIA 3NH1A 4Z4FA 3KLHA 4N41A 1UA1A 3V6DA 1RTIA 1T03A 4OPJA 4CJEA 2HHSA 1KFDA 4F3OA 3P1GA 2XY7A 1RT1A 4DQQA 4DFKA 5K14A 3KD1E 4M3TA 4FM2A 2RF2A 4CK1A 3AO5A 3KLIA 3LWLA 4FW1A 1HMVA 1HJRA 1HYVA 4PUOA 1TKXA 5HRRA 2DFFA 2OPPA 2YHAA 3KJVA 1NK4A 2DY4A 3SYZA 2YKMA 3AVBA 3OYMA 4KFBA 1RDDA 5HBMA 5FROA 3LPTA 3SUPA 1NKBA 1L5UA 3OVNA 3ZSQA 2R7YA 2BGGA 4CESA 1LWFA 2GUIA 3DI6A 3CQ8A 3V81A 4DSJA 1S6QA 1RTHA 5I42A 2OPSA 1YTUA 1NOYA 3QEVA 1HNVA 3NF7A 2FC0A 1S1VA 2B5JA 4CEQA 2OYQA 4KHYA 2D0BA 3LZIA 1S9GA 1U47A 1NK5A 1HRHA 3L2WA 3LP3A 3ZSWA 3DYAA 3B6OA 4AHSA 1U49A 3VQAA 1KVBA 1N6QA 1CZBA 3QLHA 3NF9A 1HYSA 4AH9A 2P5OA 4KHUA 3QNNA 5T7BA 3S3NA 5CZ2A 1K6YA 2F96A 3DLBA 2G8UA 4CJRA 1UWBA 2ZE2A 1SUQA 4N56A 1XC9A 4BACA 3CG7A 2G8HA 3AVKA 4DLGA 2G8FA 4C8MA 4E7HA 3LALA 4GVMA 1JLGA 2YHBA 4RW8A 4DFJA 2HNDA 1KSPA 1TKZA 1D8YA 3ASMA 1NKCA 3TAMA 4FLYA 1SL0A 4K8ZA 3PX0A 5JS2A 4CE9A 1VSKA 2BANA 1A5XA 4CFDA 4EZ6A 2X78A 2X6SA 3TR8A 3L2VA 4Z0UA 4RW9A 3VQDA 5DMRA 2Q3SA 4B8CA 2F8SA 1BCOA 4LH4A 2BDPA 5HRPA 2X6NA 5J2NA 4CF1A 3ALYA 4KRFA 1ZBFA 4FLWA 5J2PA 3SJJA 3AO3A 4M41A 1XI1A 3AVHA 1HPZA 3VQ8A 4E1MA 4IKFA 1LW0A 4LH5A 4F8RA 3DRSA 3D45A 3NF8A 4W5QA 5CYMA 5FRMA 2OPRA 3OS0A 2HHQA 2HHXA 1CZ9A 5KRSA 3S9HA 4CHOA 4J2EA 3MEDA 3L8BA 3VQ4A 2XY5A 3T1AA 1TKTA 4JLHA 2KZMA 2YNHA 1Z26A 2Z1HA 4CJFA 3H08A 4F2RA 2QKBA 3AA4A 1RCHA 4Y1CA 3SUQA 4CK3A 4Z4EA 2G8WA 3KTQA 4OKKA 1VSEA 2YNGA 3QNOA 1WSFA 1YTAA 3RMDA 1BGXT 4FLZA 4ICLA 4CEBA 4IG0A 1WNSA 1S1WA 3AV9A 4HUEA 4DWIA 3ZT1A 3HO1A 4E89A 4RW7A 4AHRA 1QE1A 2PYJA 4DTMA 1S1TA 3ZSRA 2VG6A 4QCLA 1XWLA 3IG1A 2HVHA 1C0UA 4HCCA 1KCFA 3M8QA 1HYZA 1L3VA 2HHWA 2KZZA 4KV8A 4CF0A 4E7LA 3TARA 1JXEA 1DLOA 3MXIA 4DS4A 4L8RB 4DLEA 1NJWA 2ITGA 4CFCA 1SKWA 3G0ZA 4O55A 1RT2A 4B9LA 2X74A 4H8KA 2P51A 4KTWA 4FLUA 1U04A 2HB5A 3AO1A 4N5SA 3CFPA 4BE0A 4DSKA 2AJQA 4O0JA 1RTDA 1RDCA 2EX3A 1RDAA 1ZBUA 2FBTA 1ASVA 2PYLA 3HK2A 1I3AA 3ISNC 1N5YA 3EYZA 3SUOA 1RBUA 4DQIA 1Q8IA 3NF6A 3WNHA 3WNFA 3ZT3A 2P5GA 1VRTA 4DTOA 4CCHA 3V1QA 5FRNA 3EY1A 3KIOA 3I8DA 4R5PA 1T8EA 1LAVA 1QS4A 1JXBA 4M45A 3QEPA 3QINA 5HRSA 3TWHA 2BE2A 1R0AA 3CM5A 1KFSA 3IAYA 1TL3A 1YT3A 3NGYA 3OYHA 4FK4A 2Z1IA 2JGUA 3JYTA 3VQPA 1G15A 3F9KA 2VG5A 1NOZA 1IKXA 3LAMA 3SUNA 1U45A 1LAWA 3IS9A 1UAXA 1VSMA 4DQSA 4K8XA 3ZCMA 4WE1A 3L2QA 2B6AA 1WAJA 4CHQA 1IH7A 1VSLA 3ZSOA 4OVLA 3OYAA 3EZ5A 3TABA 4O4GA 1FKOA 5KRTA 3HPOA 4CIFA 5CYQA 1TAUA 4CEEA 4MQ3A 5KI6A 3D0PA 3MXMA 4KI4A 4IDKA 1JLQA 3KLEA 3V9ZA 3SPZA 4NYFA 2JLEA 3CFRA 4FZYA 4BDPA 3NFAA 4CIEA 3AA2A 3S3OA 3AVAA 4HHTA 3VA3A 4Q0BA 4KKOA 4CF2A 2LSNA 2GBZA 3RMBA 3AO2A 4CK2A 2HVIA 4QOZB 5EU7A 3UIQA 1J9AA 4I9QA 1KVCA 1LWCA 3AVCA 4JRQA 5KGXA 4MFBA 4CJQA 3VQCA 3L2UA 3K2PA 3HVRA 4M3WA 4B9MA 4KHSA 1C1AA 4ZTFA 3MEGA 2DFHA 4F2SA 4FJKA 1RBTA 3LP0A 2B4JA 2I5JA 1SKRA 3HM9A 3PO5A 4LY7A 4LD0A 4CHNA 4NCAA 1B9DA 1KVAA 2ZD1A 4KTQA 5I3UA 1NJYA 3M8PA 4G1QA 1TK8A 4DQRA 4KHNA 3QO9A 4CGDA 4DSFA 5J2MA 3SZ2A 3THVA 3VQQA 3PX4A 3RRGA 4J2BA 1VSDA 1BL3A 4CGFA 3P83D 4CJKA 5E41A 4TSXA 4FJ8A 2Z1JA 3LDSA 4KREA 4DF8A 2ATQA 2Y1JA 3RR7A 1BIZA 1NK0A 3AVGA 1J5OA 5J2QA 3ITHA 4W5RA 3M8SA 5HP1A 1NJZA 4F3TA 2KFNA 4M42A 4E3SA 2KFZA 3BDPA 1WSIA 2ETJA 3OYGA 1RT5A 2O4GA 2WONA 2PY5A 1X1PA 1UOCA 3K5OA 1NKEA 5HROA 3VN5A 4FM1A 1NK9A 4FJLA 1GOCA 4DU4A 1HQUA 2ZQBA 3ZT0A 1C1CA 5KTQA 1RILA 5SWMA 3AVIA 3OYDA 3V9WA 1T7PA 4RG8A 4QAGA 4EP5A 3LPUA 1W0HA 4XIUA 4HTUA 4DSLA 4E19A 3V9SA 4ID1A 4OKJA 3NDKA 1T05A 2HHVA 4KAZA 3L3VA 1QSSA 4FK0A 3HPGA 4JRPA 1IKVA 1J53A 2NUBA 3QETA 4W5TA 4Q5VA 3TAEA 4FJIA 3VQ6A 1KRPA 1FK9A 1SL2A 4NCBA 2FBVA 2XY6A 4B08A 1TKDA 4Z4IA 1VSFA 2A1SA 4Z4GA 3OYIA 1MU2A 3NE6A 2VG7A 4M3YA 3SV3A 4FJJA 4NYNA 4O0IA 4HUGA 4BDYA 4DU1A 3DMJA 4CFAA 2HNZA 4M3UA 4CGHA 2VWJA 4CJ3A 4RW6A 4FJHA 3LP1A 4OPKA 3K5LA 3WNEA 3AO4A 4GMJB 2XY8A 4DTSA 1NJXA 1BCMA 1XHXA 2HMIA 3V4IA 1NK7A 2RPIA 4DTPA 3MEEA 3QERA 4AHTA 3NCIA 1TK0A 4CGGA 4DTUA 4ZHRA 1WSHA 4B9NA 3U3YA 4B9VA 1TL1A 1RT6A 1CXUA 3KKSA 2W42A 4FZZA 3HJFA 4FYDA 4M3XA 4OKEA 1RBSA 1IG9A 1WLJA 1RNHA 3RMCA 3KLGA 1ASWA 1VK0A 3ZSVA 3HVTA 4CIGA 3L3UA 3PO4A 2VWKA 3CM6A 3VQ5A 3VQBA 1L3SA 4Z4CA 1WSEA 1Z25A 4ELVA 2IAJA 3C94A 3K57A 4CJPA 4EZ9A 4M3RA 1RT7A 1RBRA 1WSJA 2A1RA 3E01A 3OYNA 4CJ4A 1JL2A 4ID5A 4ELUA 3RMAA 1IO2A 3DLRA 2E4LA 4JS5A 4OGEA 4O5BA 1VSHA 4DMNA 4NCGA 2KW4A 3DLKA 3SNNA 4KB1A 3OYCA 3V9UA 4IBNA 3MXJA 5C42A 3SI6A 3NHGA 1NK8A 4DSIA 1FKPA 4H4OA 2P1JA 3O4QA 4B8AB 3AVJA 3DOLA 2D0AA 1WN7A 1W9HA 2XO7A 3RR8A 1B92A 4DSEA 5HRNA 5J1EA 4DF4A 3TAPA 4FJMA 4KHWA 4PWDA 1DTQA 4FK2A 1LW2A 1BI4A 1S5JA 4E0DA 1Q9YA 3SCXA 4F4KA 4BE2A 3P5JA 2QKKA 1SV5A 1TAQA 3VQEA 4LSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ABKH 4EMSA 3PSIA 5C4XJ 5AR0A 5HNHA 4KMUX 3FF5A 2O61A 3K4NA 4EEFG 2R7DA 2P9NA 5EGOA 4HUFA 1CF7B 2EZHA 2O03A 3K2AA 1XGNA 4FJXA 1U4BA 1ACIA 1X3UA 1ASUA 1W5TA 3NEUA 1L3UA 1I39A 3QP5A 1O4XA 4IO8A 3RTVA 1Q82O 1RC9A 2HWVA 1GOBA 1NJWA 2HGCA 2W25A 4CJVA 1E4FT 4Z6YA 3PV8A 1ZLJA 3OY9A 3DRPA 4FXDA 3SBGA 5EF6A 2V6CA 2Z5UA 1VQON 5GAGP 2WTEA 3ONQA 3I55N 1VFCA 2HPIA 4G94A 5B5EC 5JS1A 4EM2A 1LKXA 2ME0A 3O2PE 2Y0MA 2DMPA 1SKSA 3RTRA 3WEEB 5KCMA 5LHGA 1KTQA 1GLAG 3TW6A 2JWKA 1LEBA 1X1DA 2DA7A 3TL4X 4ZC3A 3MN5A 2P9SA 2XPVA 3Q3SA 5FDLA 5J4VA 4C1NI 3NGIA 3LFUA 4RGRA 5JVHL 4KIBA 3D2EA 4A2BA 2JJ7A 1JUPA 4N41A 3HOUJ 2PJRA 2LBFA 3AG1H 4KYWA 1WGXA 2P9NB 5EGOB 5FB2A 9ANTA 2KIUA 4KFBA 5EX5A 4I0BA 2W57A 3OVNA 3V81A 1YTUA 4XH4A 1MMAA 3H5AA 2OYQA 1HYSA 3E9OA 1P92A 4LFAK 1MMDA 3K0SA 4UB6C 2MYSA 2R7VA 2NOJB 2G8UA 2FLOA 1SQKA 1NGIA 3HI0A 2X51A 2AQEA 2DMNA 1OKRA 5BN9A 4FLYA 1UELB 3HUGA 2KP6A 5JS2A 4AD9A 3NARA 4M41A 3VQ8A 1GLEG 5IYCJ 3RSEA 3PIPF 3E9PA 4XBFA 2GOXB 2WB1N 2XSJC 1QZ5A 2OCCH 3QNOA 2L7FP 2ZKZA 3HEFA 1XGSA 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 1WLJ A;  1RNH A;  3RMC A;  3KLG A;  1ASW A;  1VK0 A;  3ZSV A;  3HVT A;  4CIG A;  3L3U A;  3PO4 A;  2VWK A;  3CM6 A;  3VQ5 A;  3VQB A;  1L3S A;  4Z4C A;  1WSE A;  1Z25 A;  4ELV A;  2IAJ A;  3C94 A;  3K57 A;  4CJP A;  4EZ9 A;  4M3R A;  1RT7 A;  1RBR A;  1WSJ A;  2A1R A;  3E01 A;  3OYN A;  4CJ4 A;  1JL2 A;  4ID5 A;  4ELU A;  3RMA A;  1IO2 A;  3DLR A;  2E4L A;  4JS5 A;  4OGE A;  4O5B A;  1VSH A;  4DMN A;  4NCG A;  2KW4 A;  3DLK A;  3SNN A;  4KB1 A;  3OYC A;  3V9U A;  4IBN A;  3MXJ A;  5C42 A;  3SI6 A;  3NHG A;  1NK8 A;  4DSI A;  1FKP A;  4H4O A;  2P1J A;  3O4Q A;  4B8A B;  3AVJ A;  3DOL A;  2D0A A;  1WN7 A;  1W9H A;  2XO7 A;  3RR8 A;  1B92 A;  4DSE A;  5HRN A;  5J1E A;  4DF4 A;  3TAP A;  4FJM A;  4KHW A;  4PWD A;  1DTQ A;  4FK2 A;  1LW2 A;  1BI4 A;  1S5J A;  4E0D A;  1Q9Y A;  3SCX A;  4F4K A;  4BE2 A;  3P5J A;  2QKK A;  1SV5 A;  1TAQ A;  3VQE A;  4LSN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ABK H;  4EMS A;  3PSI A;  5C4X J;  5AR0 A;  5HNH A;  4KMU X;  3FF5 A;  2O61 A;  3K4N A;  4EEF G;  2R7D A;  2P9N A;  5EGO A;  4HUF A;  1CF7 B;  2EZH A;  2O03 A;  3K2A A;  1XGN A;  4FJX A;  1U4B A;  1ACI A;  1X3U A;  1ASU A;  1W5T A;  3NEU A;  1L3U A;  1I39 A;  3QP5 A;  1O4X A;  4IO8 A;  3RTV A;  1Q82 O;  1RC9 A;  2HWV A;  1GOB A;  1NJW A;  2HGC A;  2W25 A;  4CJV A;  1E4F T;  4Z6Y A;  3PV8 A;  1ZLJ A;  3OY9 A;  3DRP A;  4FXD A;  3SBG A;  5EF6 A;  2V6C A;  2Z5U A;  1VQO N;  5GAG P;  2WTE A;  3ONQ A;  3I55 N;  1VFC A;  2HPI A;  4G94 A;  5B5E C;  5JS1 A;  4EM2 A;  1LKX A;  2ME0 A;  3O2P E;  2Y0M A;  2DMP A;  1SKS A;  3RTR A;  3WEE B;  5KCM A;  5LHG A;  1KTQ A;  1GLA G;  3TW6 A;  2JWK A;  1LEB A;  1X1D A;  2DA7 A;  3TL4 X;  4ZC3 A;  3MN5 A;  2P9S A;  2XPV A;  3Q3S A;  5FDL A;  5J4V A;  4C1N I;  3NGI A;  3LFU A;  4RGR A;  5JVH L;  4KIB A;  3D2E A;  4A2B A;  2JJ7 A;  1JUP A;  4N41 A;  3HOU J;  2PJR A;  2LBF A;  3AG1 H;  4KYW A;  1WGX A;  2P9N B;  5EGO B;  5FB2 A;  9ANT A;  2KIU A;  4KFB A;  5EX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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