2DFEA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-200)-c
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfeA01
1NKCA 3VA0A 4DFKA 2O4GA 4CEBA 2IOCA 3IS9A 3DRPA 3ZSOA 5KRTA 1ZBFA 3KK3A 4O55A 3TAEA 1JKHA 3RR8A 3RRHA 3SQ1A 3HP6A 1RCHA 4DF8A 1NKEA 1D8YA 3M8PA 3LANA 4CF0A 1TK8A 1RTHA 5FRNA 1TKTA 3DLEA 4FJNA 5J2NA 4L8RB 1N6QA 3M8SA 1U49A 1WSEA 4IDKA 1L3UA 3HVTA 1O1WA 2IC3A 3VQ9A 1S9EA 1QHTA 4I2QA 2FBYA 1WN7A 2PYLA 4H4MA 1VSMA 3AVAA 1HQUA 4Z4HA 1NK8A 1WLJA 1VK0A 2F96A 1T8EA 3TWHA 3HYFA 1GOAA 4DTUA 4M3RA 4Z4EA 1XC9A 1JLEA 3C94A 4DFPA 1JLAA 1WAJA 4YNQA 3AV9A 4FK4A 3EYZA 3QLHA 3OS2A 4BE2A 3S3MA 1VSLA 3AVMA 1NOZA 4JS5A 1VSJA 2X78A 4QOZB 4LH5A 3M8QA 3OYEA 3LPTA 4AHUA 1JL2A 1C1CA 1WSIA 3O4NA 3OS0A 3KD1E 3KIOA 1S6PA 4DQRA 1BI4B 3L2QA 4B9MA 2HHQA 4OPJA 2O4IA 1NJWA 1RBRA 4FJLA 1NOYA 1S9GA 1JLGA 4EZ9A 3AA3A 3NH2A 4DSKA 4FJ7A 3NBPA 3F73A 2Z1JA 3KKSA 2X6SA 4E7HA 4DTRA 3ZT0A 1IG9A 1BCMA 3OYIA 5HRNA 4IG0A 1WNSA 4DTSA 3AO2A 4CEEA 1TAQA 2P51A 1I3AA 5I42A 4YFUA 3AVIA 4UQGA 4NCBA 2B5JA 3SCXA 3CG7A 1FKOA 1CZBA 1LWEA 1VSDA 2GUIA 4HVJA 3EY1A 3QEIA 1SKRA 4FK2A 4Q5VA 4BWJA 1T05A 1RDCA 3ZSYA 4E7JA 3ITHA 4CGIA 1ZBIA 2R7YA 4LSLA 1RBUA 2FBVA 4PUOA 3VQAA 1VRUA 4BE0A 3CFPA 1BHLA 3G0ZA 1RTIA 3V1RA 4CJRA 3ZSVA 3HPGA 3K5LA 4DU4A 3LDSA 3U6FA 3O3FA 3TI0A 3AVNA 4DU3A 1BCOA 1HYVA 1RTJA 1ZYQA 4O4GA 1ASUA 1QSYA 4ZHRA 4CHZA 1RT7A 2BE2A 3QETA 4FJMA 3HJFA 3E01A 3FFIA 4CE9A 3VQDA 1IH7A 4CJ4A 4CJPA 3V1QA 4LH4A 1ZBLA 4OKKA 4AH9A 1J9AA 3ZT1A 5HP1A 4KB1A 4KHUA 1MU2A 4CESA 3PO4A 4B9VA 1BL3A 1EETA 5CZ2A 2HHSA 4FLTA 1KVCA 4HHTA 3CM6A 4B9LA 4RG8A 3QEXA 2I5JA 3OYJA 4DSLA 3C95A 3ZSRA 4ZTJA 4CEDA 3HPHA 4FJ8A 1RDBA 4DG1A 3VQ7A 4FLWA 3K5MA 4BWMA 1G15A 3RMDA 3OYAA 4G1QA 3IRXA 1Z25A 3NE6A 4F2RA 3OYGA 1RDAA 2YNHA 4I7FA 2E6LA 5HLFA 4TSXA 4DQPA 2QXFA 3DYAA 3TAPA 1HPZA 2YV0X 1S1WA 2F8TA 4CHOA 4CJVA 3OYLA 1TL1A 3DLKA 4I9LA 3K5NA 2Q3SA 3KJVA 1TKDA 5JS1A 4FLVA 1Y97A 1BIZA 2OPPA 3NF6A 2WOMA 3SI6A 1T7PA 2LSNA 3KKRA 3OJUA 3SUPA 5J2MA 3SUQA 3K58A 4FW1A 3TAFA 4DSJA 1SKWA 3OVNA 3OJSA 2EX3A 1BISA 2QKKA 3KLEA 4HUGA 4K8ZA 4E1MA 3TAQA 3MXMA 2G8WA 1BIUA 1RT4A 4EP4A 4F3TA 2XHBA 1NJZA 1IKXA 3B6PA 4NYFA 4CFDA 3AO3A 3QIPA 4CECA 3SQ2A 3K57A 3NFAA 3HK2A 4EZ6A 4FXDA 3VN5A 3QO9A 1BGXT 3OYNA 3RTVA 5J2QA 4E7LA 2ITGA 1HYZA 3AA4A 1C0MA 1RTDA 2G8UA 4CFBA 4KHQA 3O3GA 2PYJA 1ITGA 1TL3A 1ASWA 2KFNA 4F2SA 3CM5A 2HVIA 1TKZA 1LAVA 2Z1HA 3VQQA 3ZCMA 3CQ8A 3THVA 4DQSA 4CHYA 1BQNA 4GVMA 3HM9A 3TR8A 4N5SA 4FK0A 2IAJA 4HUFA 3HPOA 3L8BA 4DF4A 1Q9XA 4BE1A 3SJJA 4RW6A 4KTQA 3MECA 4B8AB 4KFBA 3V9WA 2JLEA 4CK1A 1CZ9A 5HROA 4E1NA 1VSKA 3K5OA 1T03A 1D5AA 1QSLA 4ID1A 4DTOA 4B9SA 2DY4A 1A5WA 3NDKA 3HL8A 4ZTFA 1TV6A 3K2PA 2RKIA 2VG5A 3NGYA 3K59A 1ZBUA 4OPKA 1RBVA 1NK7A 3B6OA 1A5VA 1WSGA 4KTWA 5HRRA 5J1EA 4E7KA 4FJGA 4BDYA 1TKXA 4NYNA 4M3UA 5JS2A 4OGCA 2HNZA 3QNNA 4E7IA 3OYKA 3I0RA 4CHPA 3QEVA 2HHWA 4CK3A 4FM0A 4FM2A 2E4LA 3PY8A 1FKPA 4ELUA 4ID5A 1BI4A 1D9FA 4OVLA 3T1AA 3V9UA 4KHWA 4AHSA 3P83D 3NAEA 1VSIA 4FCYA 2OYQA 4KPYA 1HYSA 3NF8A 3SYZA 1U45A 1KTQA 2A1RA 2HVHA 2IS3A 3I0SA 3EZ5A 1KSPA 5SWMA 2OPSA 3ASMA 4FJJA 2IGIA 4CF8A 3LP1A 1RBSA 4GMJB 1CXQA 4KV8A 1HRHA 3VA3A 3QNOA 3DLBA 2DFEA 3D45A 2Y1IA 4KHNA 4KRFA 4QAGA 5I3UA 3SNNA 3L2WA 3PV8A 3HVRA 5FROA 1FK9A 4HCCA 4KI4A 1IKYA 4KHSA 3ZT2A 4DSEA 4DSIA 4CHNA 4KI6A 4CIGA 1VSEA 4ICLA 3L2VA 1KLMA 4FLUA 1NK5A 1LW2A 1FXXA 4OKEA 4H8KA 4B08A 4DTNA 1JXEA 3HSTB 3MXJA 1TVRA 3L3VA 4CJ5A 2Y1JA 2XRIA 4KAZA 1IO2A 3CYMA 4FZYA 4HUEA 5CYMA 4AILC 3QEPA 4AHRA 1NJYA 3MXIA 4IBNA 4M3XA 1D9DA 4CJEA 1LW0A 5EU7A 3SUOA 3OYFA 1F21A 2Z1IA 5CZ1A 1W0HA 4GW6A 4CIFA 3QEWA 1TGOA 2YKMA 4CJTA 1TK0A 1S6QA 4E19A 1TK5A 1QSSA 1SL1A 3DM2A 4RW8A 3WNGA 4M3ZA 4Z4IA 4DQIA 1EX4A 1SKSA 1WSJA 1RNHA 4OGEA 3NCIA 4FZZA 2DTUA 2HHTA 5CYQA 4CJLA 3L2UA 4CFCA 3PX6A 1QS4A 1L3VA 4KKOA 1J53A 1R0AA 3LWMA 4WE1A 1NK4A 2A1SA 2IDOA 3KLHA 3VQBA 1ZBHA 5SZTA 3AVBA 5D3GA 3ZSZA 2DFHA 1EP4A 4CHQA 1S1XA 4DU1A 2F8SA 4W5TA 1C0TA 3DOLA 3IG1A 3TAMA 5DK5A 3VQPA 4N56A 1NKBA 2HHVA 1WSHA 3NGZA 2AJQA 4B3OA 4FZXC 3RMBA 4N41A 1C6VA 4I2PA 2X74A 2G8KA 4IG3A 3AVJA 3DLRA 4CGDA 3A2FA 2BGGA 3VQ5A 2Z1GA 3OYMA 1NJXA 1SL2A 4PY5A 1HMVA 1KVAA 1VRTA 1YTAA 3VQ4A 4HCBA 1GOBA 1TAUA 2VWJA 3TAGA 3PX4A 5KI6A 2HNDA 1J54A 1KLNA 3QIOA 4CJSA 3KK2A 4FJXA 4LD0A 2KQ2A 2RN2A 3WNFA 2GBZA 4K8XA 1XHZA 1X1PA 1DTQA 1B92A 2JGUA 4CF9A 4EP5A 3TANA 1XI1A 3DI6A 2ETJA 1RT1A 1NK0A 2FBTA 4MFBA 1NK9A 3MAQA 5C25A 1YT3A 3MEGA 4Q0BA 2QK9A 3P5JA 3P1GA 1LWFA 3DMJA 3HXMA 3LPUA 3H08A 3JSMA 4CEOA 2G8IA 4XIUA 3BGRA 3V4IA 1U47A 1L3TA 1DLOA 3CFOA 4CGFA 1C1AA 1JLQA 3VQ8A 4Z4CA 4FLXA 2XY8A 5C42A 4FJKA 3KTQA 2D0BA 2WONA 3S3OA 2P5OA 1UAXA 1L5UA 1GOCA 2HHXA 1Q9YA 2D0AA 3DLHA 2KFZA 4R5PA 4QCLA 4CFAA 3AVCA 3JYTA 4M45A 4AHCA 4Z0UA 4C8LA 3BDPA 1SUQA 3U3YA 3HT3A 1I39A 3O4QA 3OYCA 3QERA 3ZSWA 4DQQA 1CLQA 4JRQA 4DS4A 4DMNA 1UOCA 1UA1A 3AVFA 4DS5A 4J2BA 2B4JA 1HNIA 4CK2A 4IFVA 4KHYA 5CY4A 4B9NA 4KREA 4B9UA 3NF7A 1UWBA 2OPQA 3LALA 3LP2A 3RMAA 5FDLA 3WNEA 2KW4A 1KRPA 3C6UA 4CJWA 4FM1A 3RWUA 2GV9A 4W5RA 2VG6A 4FJIA 1HNVA 1K6YA 4CIEA 2G8VA 3LZIA 3DOKA 1WAFA 1QE1A 4BDPA 2HB5A 4O0IA 3AVGA 4CEAA 1VSHA 3KLIA 3AA2A 4ELTA 4DTXA 4PWDA 4CF1A 4C8KA 2G8HA 2PY5A 3ZSXA 3PUFA 3HP9A 4B9TA 5KGWA 4E0DA 4Z4GA 2ZQBA 3MEDA 2YNGA 2ZE2A 3V9XA 4H4OA 2OA8A 4J2DA 3CFRA 1X9SA 3I8DA 3ALYA 2EHGA 4DFMA 1Z26A 1U4BA 2VG7A 2W42A 4J2EA 2NUBA 3AVLA 3SQ0A 1IKVA 3QINA 1C1BA 3NH1A 1RT5A 3U3GA 2G8FA 4O44A 4FW2A 4E3SA 1KCFA 4C8NA 4CEFA 3MEEA 4FLZA 3S3NA 4F4KA 3DRRA 2YHAA 4LY7A 1LV5A 4W5NA 3LAMA 1KFDA 3AO4A 4O5BA 3ZSQA 4KO0A 4CJQA 3SUNA 3OYBA 5HRSA 1HQEA 4W5OA 5FRMA 2YNIA 4DTMA 2P1JA 4DTPA 4PQUA 1JXBA 2YKNA 2ZD1A 3AVKA 4CGHA 1X9WA 4CGGA 3VQCA 3AA5X 3AVHA 3TARA 4M42A 1S1TA 2RPIA 4FJ5A 1KVBA 1JL1A 1BQMA 4Y1CA 1REVA 1UA0A 2PZSA 3NF9A 2HHUA 3V81A 1Q8IA 4Y1DA 1XHXA 1U48A 2OPRA 4JS4A 4CEQA 4CEZA 4DLEA 3PO5A 4FLYA 1JLFA 4CJUA 3DLGA 3NHGA 3TABA 3OYDA 2BDPA 2RF2A 3LP3A 4F8RA 2KZMA 2FC0A 1RT3A 3LWLA 4CERA 1NK6A 4I9QA 5E41A 4IFYA 4MQ3A 1B9FA 3M8RA 3S9HA 1SV5A 3AO5A 1LAWA 4AHTA 1SL0A 4IKFA 4M41A 4C8MA 4LSNA 2XY7A 3ZT3A 5J2PA 2KTQA 1RT2A 1XWLA 4DFJA 4DWIA 3ZT4A 1RDDA 1IKWA 2X6NA 3QESA 1ASVA 3F9KA 5C24A 3SPZA 4ELVA 3KK1A 4KB0A 1U04A 1EXQA 2ATQA 2HNYA 3C6TA 3NGIA 3T3FA 3IAYA 3V9ZA 3VQEA 3T19A 4OLAA 3SPYA 3ISNC 3L2RA 4CJFA 2DFFA 2OZSA 2E6MA 4BACA 2XY6A 3PX0A 4RW4A 4RW9A 1KFSA 2QKBA 4BDZA 1W9HA 3LAKA 3KD5E 3SZ2A 1C0UA 5KRSA 4DLGA 4N47A 1VSFA 3OYHA 3G10A 2KZZA 3SQ4A 3RRGA 2B6AA 4HTUA 2BANA 2HMIA 3AO1A 3VQ6A 3UIQA 2VWKA 4N76A 4FJ9A 1HJRA 4Z4FA 4FYDA 4CJKA 4CF2A 3NH0A 2YHBA 2D5RA 4OJRA 1QTMA 3D0PA 1WSFA 2OZMA 4AHVA 5DMRA 5KGXA 4JRPA 4CCHA 4CGJA 3LZJA 3V1OA 2P5GA 4M3TA 4E89A 3ULDA 1L3SA 4DSFA 3V6DA 3WNHA 2HW3A 1B9DA 5HRPA 4OLBA 4NCGA 4M3WA 1DTTA 3SV4A 1N5YA 1S1VA 3OY9A 2YNFA 3O3HA 2FBXA 4FJHA 4NCAA 1EKEA 1A5XA 3KLFA 3RR7A 1S5JA 5HBMA 4O0JA 5K14A 4KTZA 1J5OA 2XO7A 3L3UA 1RT6A 4OKJA 4CJ3A 3HO1A 1CXUA 1RBTA 1YTUA 4W5QA 3OS1A 4J2AA 4FVMA 4JLHA 1QQCA 3SV3A 4C8OA 4B8CA 1JLBA 3V9SA 4F3OA 1RILA 4DTJA 3DRSA 1JLCA 1LWCA 1S1UA 2D0CA 3LP0A 5T7BA 2XY5A 3RMCA 1X9MA 3KLGA 4PA1A 4RW7A 5KTQA 1YVUA 4M3YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O4GA 4CEBA 3ZSOA 4AC0A 2AS5F 3HOYJ 3RRHA 2VUMJ 3M5RA 2QEXI 4HWIA 3DXJF 4ISFA 3M8SA 2JK3A 1GLLO 3D2EA 2DJIA 3AVAA 1NK8A 3CERA 5AONA 1LOTB 4NQWA 4DFPA 1NG7A 2XF6A 2ME6A 2VQEK 1ZARA 3W2WA 3C2BA 2QSHX 4H5RA 3NAUA 3OS0A 3TO6A 1LE8B 2DOFA 4G7ZF 3NH2A 3UKRA 3AG1H 3BP8A 3HKZN 2P51A 2L7ZA 4FK2A 3ROUA 3CJQB 3KLOA 1YJ9I 3CFPA 5LLQA 3EE8A 2NVUB 4JI3K 4CHZA 2ID6A 4BY7J 3NEUA 4G7HF 4YDUA 2RN7A 1U2WA 4HDUA 1T08B 5IT9K 5AQMA 3QEXA 2I5JA 3BZ6A 3ZSRA 2JSPA 4HV5A 4MLHA 2GOMA 1ITYA 1R9TJ 4Y13A 3OYLA 4JKFA 1AU7A 2ECCA 1VQPI 3QPTA 3KJVA 4JI8K 4KISA 2F4MB 3KKRA 3OJUA 3J7YJ 2R7QA 5FLXO 4G94A 3I0TA 4K8ZA 2CUZA 5DM6L 3BEXA 5E3NA 2WB1N 4FXDA 1RTDA 1T0FC 2BY1A 3I55I 3CO7C 2KLOA 4N5SA 1VAZA 2L9VA 3O1WA 4CXFA 2DAOA 4CZCA 4D1QA 3VYSB 4Y17A 4ZTFA 1F1ZA 3H0GJ 3V7SA 4LF5K 3LA7A 4E7KA 3IP4B 1O3QA 4E7IA 3SZTA 4WQ4C 3SDGA 5F6FA 3NF8A 2A1RA 2IGIA 4JI7K 1WBDA 1CXQA 1GLAG 4YOWA 3PV8A 3HVRA 3T7ZA 4DV1K 5L3EA 5AQNA 4AM6A 2Q31A 3I4MJ 3BCAA 4LF8K 4HUEA 1U8BA 4M3XA 3BJ6A 1PUFA 1F21A 3DBLB 1TK5A 2XAFA 3U9GA 1K9MO 2QUFA 3BPVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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