2DFEA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-200)-c
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfeA01
4O0JA 1RTHA 3IRXA 3S9HA 3JYTA 3NDKA 1TK8A 1N5YA 3DLGA 4FK0A 3RRGA 4FJKA 3OYIA 1BIZA 1UA1A 3AVNA 2Z1JA 4XIUA 3NGIA 3CFPA 1EXQA 1LW0A 4O4GA 3TI0A 4ID5A 4CGDA 1B9FA 3NH1A 4H4MA 1JKHA 1RT7A 3HPGA 4IFYA 2OPPA 4CECA 1C0UA 4B9NA 1KFSA 3V1QA 3AVLA 3MXIA 1LAVA 4IDKA 3ZT4A 4FM1A 3OYKA 4FJXA 2G8IA 3HPHA 4KKOA 4LSNA 5CY4A 1DTTA 4OGCA 1FK9A 1TVRA 5J2QA 4HHTA 1U45A 1NJYA 1NJZA 4DQPA 4W5RA 4CK3A 1ZBHA 4FJ9A 2YV0X 4DFPA 1NK5A 4E1MA 4CIGA 4R5PA 4AHTA 4CGGA 4CHQA 3NF6A 1Z26A 4ICLA 1HMVA 3DRRA 4DTJA 1JLAA 3HL8A 4Y1CA 3CQ8A 1U47A 4FYDA 2KFNA 1S1UA 2GBZA 2GV9A 4E7KA 1VRTA 1QSYA 1GOBA 4DQIA 3RWUA 1RT2A 4DQQA 3SQ2A 1VSDA 4Z4EA 3M8QA 1UA0A 1NK6A 4BE2A 4MFBA 4FM0A 3F9KA 1B92A 4CJVA 2FBYA 2Q3SA 3WNEA 2OPRA 3HVTA 1WSGA 4MQ3A 3VQ8A 4DS5A 4KHWA 4KREA 3SPYA 4O0IA 1ITGA 1QSSA 1NOZA 4KV8A 1FKPA 4JS4A 5HLFA 1J9AA 5K14A 4FJ7A 4F8RA 4DTRA 3PX0A 3HP6A 2I5JA 3MECA 4BE1A 1Q9YA 1YVUA 4OLBA 1RT3A 4BACA 3VQ9A 4ELTA 4OGEA 4KO0A 3DM2A 3QNOA 3OVNA 3DI6A 3TARA 5EU7A 4FJMA 5CZ2A 4JRQA 1CXQA 1X9MA 1ASVA 4AHSA 3OYDA 4KHSA 3L2RA 4LSLA 1C1AA 4QOZB 3VQCA 3QEXA 4ELVA 3QETA 2G8WA 1WSIA 3QIPA 3OS0A 3NGZA 3HYFA 1X9WA 2EHGA 1TAUA 1I3AA 3AO4A 1RT5A 3HT3A 4RW9A 2NUBA 4F2SA 1WSFA 3QEWA 5JS1A 3L2VA 4FJHA 4FJ5A 4M3TA 4F3TA 1SL2A 2XY8A 1VSIA 2XY5A 4FLZA 2OYQA 4C8KA 2Z1IA 3V4IA 1TKXA 1XC9A 2W42A 4BDZA 4FJJA 2VWJA 3TR8A 3NFAA 4M42A 1RDDA 3A2FA 4EZ9A 3D45A 1ZBLA 2FBVA 4DU1A 1SL1A 1LWEA 3B6OA 3U3YA 1RT6A 3V1RA 1NK8A 1BGXT 1NJXA 4CHZA 2HMIA 4DSFA 1S6PA 3HO1A 1J53A 3KTQA 2XY6A 2DFFA 4CEAA 4KHQA 1CZBA 4NYNA 3OYCA 1A5VA 2HHQA 1JL2A 1RNHA 4NCGA 1X1PA 4CJ3A 1WSJA 4AHUA 3RTVA 1WAFA 1NOYA 4I9QA 2KZMA 3CYMA 4NYFA 3K59A 4FLWA 1KSPA 3PY8A 3QEIA 3VQ5A 1UWBA 2RPIA 1KFDA 3TAMA 3KK1A 4PQUA 3FFIA 1D9DA 3B6PA 4KAZA 1HQEA 4FK4A 1QSLA 2XRIA 3KKRA 3M8PA 4E19A 2G8KA 3T1AA 3E01A 3MXJA 4CESA 4FXDA 3HK2A 2OPSA 4CERA 3AO3A 3OYAA 2BDPA 4KHUA 3LP0A 4OLAA 2X6NA 1KTQA 4FLXA 3TAEA 2HVHA 1S1TA 1YT3A 4EZ6A 1RT4A 1BQNA 1KLMA 3L3UA 3OYFA 3NBPA 4M3YA 3OYLA 3LP1A 4C8LA 4DSLA 2HHVA 3SQ4A 1RBVA 4CGFA 5C25A 3SUNA 3P5JA 4FZYA 3QO9A 4N56A 1D9FA 1BQMA 2F8SA 3NAEA 1SV5A 2HNZA 3LAMA 1GOAA 4CJQA 1JLFA 4CJPA 4HVJA 3ULDA 1EKEA 4M3UA 3AVBA 5FDLA 4E89A 3O3GA 4CFCA 3NF7A 3TAGA 3KLGA 3QLHA 4H4OA 3DLEA 4DU4A 2Z1HA 5HROA 4CJRA 1REVA 3ZSVA 4AHRA 4J2BA 1S9GA 1EETA 2PYJA 1QE1A 3JSMA 4B3OA 1BCOA 4FW2A 4CE9A 1G15A 3TAQA 3ZSXA 1HYZA 4CJWA 4E1NA 1TGOA 1UOCA 3T19A 2DY4A 3NF9A 2XHBA 2F96A 1KVAA 1LAWA 3CM6A 3VN5A 1TKZA 2JLEA 4DQSA 4WE1A 4F2RA 1IKVA 1S5JA 5J1EA 1WNSA 3NH2A 3QESA 2A1RA 4FJLA 4IFVA 4KTQA 4CHYA 3TABA 1RT1A 2HNDA 3U6FA 4DG1A 4E0DA 4RG8A 4CHNA 1LW2A 3HSTB 1ZBFA 1NK0A 2VG7A 2E6LA 3DOLA 4CJUA 5HRSA 3V81A 4CF2A 1Q8IA 4DU3A 3OJUA 1ZBIA 2D0AA 1WLJA 3C94A 3EYZA 2YHBA 2QKBA 3MEDA 3CM5A 4FLUA 1NK4A 4EP5A 1T8EA 1RTIA 4CFAA 4HUEA 5FRMA 2AJQA 3EY1A 2DFHA 4O5BA 3SQ1A 4DMNA 3PV8A 1SL0A 4Z4GA 3KD1E 4CK1A 2HVIA 4LH4A 1X9SA 2HHWA 1TK5A 3THVA 2IDOA 4Y1DA 4K8XA 1TL1A 2P1JA 4ID1A 2OZMA 1JXBA 1C1CA 1JL1A 4PUOA 4G1QA 3KIOA 2HW3A 4CJ4A 4CJLA 5KRSA 1NKBA 1WN7A 2Z1GA 3C6UA 3ZSWA 1A5WA 1CXUA 3DYAA 1N6QA 3K5MA 3TWHA 2X74A 1KLNA 1SKRA 4DF8A 2O4IA 1KVCA 4CEDA 3S3NA 1KVBA 1JLQA 3DLBA 3KLFA 5CYQA 3ZSYA 4I2QA 4PA1A 3L2UA 2IOCA 3TAFA 3P1GA 2FBTA 4DFKA 3HXMA 3HPOA 3CFOA 4B8CA 4IG3A 2R7YA 4DSEA 1NK9A 1L5UA 3CFRA 3KLIA 1RDAA 3L2QA 4BWJA 1HRHA 1EP4A 1C0MA 4I9LA 4BDYA 4DTUA 3HM9A 1QQCA 2OA8A 1J5OA 3AVIA 5HRRA 1JLGA 4GW6A 4Q5VA 4ZHRA 3O4NA 1IH7A 4HCCA 1HQUA 4CEQA 3HP9A 2PYLA 4TSXA 3DMJA 2BANA 1T7PA 1W9HA 3LP2A 1XHXA 4LY7A 3SCXA 3AA3A 4FJNA 2KQ2A 3AV9A 4CIFA 3RMDA 1NK7A 5J2NA 4M3RA 1YTUA 1S9EA 1SKSA 1DTQA 1GOCA 1QS4A 3I0SA 3VQEA 4CHOA 3AVMA 3OYGA 3RMAA 1S1XA 4H8KA 4HUFA 1TAQA 2ZQBA 3DOKA 4DTSA 4DF4A 1VK0A 3SYZA 4JRPA 2IS3A 2QXFA 1NKCA 2HHSA 2WONA 3NCIA 3I0RA 4M45A 3MXMA 5E41A 3S3MA 4JS5A 1C1BA 2D0CA 4N5SA 4HUGA 5C42A 4B9MA 1NKEA 3F73A 3DLRA 4KFBA 5DK5A 4Z4FA 3OS2A 4NCBA 3U3GA 4B9VA 4N41A 3AA5X 2E4LA 5J2PA 2IGIA 4W5OA 4AHCA 5DMRA 4OVLA 1RILA 4FJGA 3MEEA 4HTUA 2YNIA 4DFMA 4AILC 3LANA 2HHXA 1RCHA 4M3ZA 4E7JA 3KK3A 2JGUA 3ZT2A 3LP3A 5HRNA 1VSEA 1VRUA 3OYMA 2GUIA 3AO2A 5HP1A 3ZSRA 3AA2A 3SNNA 5C24A 4Z4HA 4EP4A 3S3OA 1S6QA 4E7LA 4PY5A 3AVCA 2QKKA 3RR8A 1JLBA 4DTNA 3DRPA 1EX4A 1VSFA 3LPTA 5D3GA 3O3HA 2KFZA 4CGHA 3V9XA 4O55A 3SJJA 4OKEA 5KRTA 1TV6A 1VSMA 1JLEA 1SUQA 1I39A 4GMJB 2OZSA 4FJIA 1XHZA 4LD0A 3OYBA 3AVGA 4DWIA 1RBSA 4M41A 3AVHA 2HHUA 4DLEA 1WSHA 2Y1IA 3OYJA 3H08A 1A5XA 3LZIA 2YKMA 3AVJA 3SV3A 1Y97A 1D5AA 2HB5A 4DSJA 4FLTA 4FLVA 4JLHA 4J2DA 3V1OA 4YNQA 3BDPA 3C95A 4I7FA 2A1SA 4CJTA 1KCFA 2OPQA 3KLHA 3HJFA 3T3FA 1T03A 3RR7A 4C8OA 1U49A 1UAXA 2VG5A 1HNIA 4ZTJA 3C6TA 3PO5A 4M3WA 4F3OA 2D0BA 3RMCA 4ELUA 3WNFA 5CYMA 1HPZA 4BWMA 4N76A 2G8HA 2RF2A 1IG9A 3IS9A 1L3TA 4OPKA 1IKXA 1ASWA 3L8BA 1J54A 4FM2A 1S1WA 4KTWA 2XY7A 2DFEA 3ALYA 4RW7A 1U4BA 2YNFA 4CFBA 4Z0UA 3SV4A 4Z4CA 4IKFA 3WNGA 1BISA 4CEOA 2KZZA 3G10A 4CGIA 4CJEA 3MAQA 4KPYA 4E3SA 3ZT0A 1RDBA 3AVKA 3L3VA 3K58A 1FXXA 4CF9A 3V9ZA 1RTDA 1FKOA 1T05A 3VQDA 4FZZA 1TKDA 4O44A 3ZT3A 1VSHA 5JS2A 3VA3A 4KB1A 4PWDA 1VSKA 5FRNA 1VSLA 4DTOA 2ITGA 5CZ1A 3V9UA 4K8ZA 5KTQA 1RDCA 1XI1A 1W0HA 3K5LA 1TK0A 3IAYA 3WNHA 2VG6A 4KTZA 1CLQA 2D5RA 3K5OA 3D0PA 1LWCA 3LALA 3OS1A 4FLYA 4DS4A 3SPZA 4Q0BA 4HCBA 3O3FA 3VQ4A 1JLCA 4RW8A 4CF8A 3QNNA 3QEVA 4OKKA 1TKTA 4ZTFA 1L3VA 1L3UA 1KRPA 4J2AA 3P83D 4W5QA 3V9WA 1BIUA 4W5TA 5T7BA 3VA0A 4B08A 1S1VA 4IBNA 5KI6A 4YFUA 1HYVA 2FC0A 1NJWA 4CF1A 4CEZA 1IKYA 2E6MA 1QHTA 3NGYA 4LH5A 3TAPA 1BI4B 3G0ZA 4CK2A 4C8MA 4DQRA 4AH9A 4CJKA 4IG0A 3OYNA 1RBRA 4W5NA 3ZCMA 4CJ5A 3PO4A 1U48A 4DLGA 4DTMA 3TANA 2KW4A 3DLKA 1BHLA 5FROA 2WOMA 2G8FA 3DRSA 3OYEA 3SI6A 1YTAA 3AVFA 2PZSA 4KI6A 2EX3A 1DLOA 2P51A 4BE0A 3SUOA 2ZD1A 4CGJA 3LWMA 3VQ6A 1WSEA 3PX4A 5HBMA 3BGRA 4KRFA 3ISNC 5KGXA 2BGGA 3K2PA 3VQPA 4DSIA 3CG7A 4OJRA 4KHNA 3EZ5A 5SWMA 3LPUA 1IKWA 4DFJA 3RRHA 1RBTA 3OJSA 3QEPA 3KK2A 3L2WA 4RW4A 5I3UA 2YHAA 4FK2A 3QIOA 2IC3A 2LSNA 2ETJA 3ZSQA 3QERA 3PX6A 4CCHA 1TL3A 3ZT1A 2HHTA 1BCMA 2YKNA 2QK9A 1B9DA 3NE6A 4QCLA 2PY5A 4UQGA 4QAGA 3HVRA 2B5JA 4FW1A 3SQ0A 1WAJA 3NF8A 1XWLA 4GVMA 3AO1A 3DLHA 3SUPA 3LDSA 3SZ2A 1QTMA 1ASUA 2HNYA 3I8DA 4B9UA 4KHYA 2P5OA 1CZ9A 2B6AA 4CHPA 1ZYQA 4J2EA 4L8RB 2KTQA 2BE2A 4DSKA 4M3XA 3ASMA 3M8SA 4BDPA 3LZJA 1RBUA 2IAJA 3ZSZA 4CEBA 3MEGA 1MU2A 2DTUA 2YNHA 4CEFA 3KLEA 1U04A 1C0TA 4FCYA 4DTXA 4N47A 4RW6A 3AA4A 4B9TA 2Y1JA 3QINA 1JXEA 3LWLA 2RKIA 4B9LA 4FZXC 4CJSA 4CFDA 5SZTA 3PUFA 1ZBUA 4CJFA 4E7IA 3KD5E 3VQAA 5I42A 1VSJA 1BI4A 4OKJA 4KB0A 3O4QA 4AHVA 1SKWA 2YNGA 1IO2A 3IG1A 5KGWA 3SUQA 1BL3A 3ITHA 3NHGA 3K57A 1RTJA 1HJRA 1L3SA 4B9SA 4OPJA 1Z25A 4C8NA 3VQBA 4CF0A 1LV5A 4E7HA 3V6DA 2X6SA 5J2MA 2O4GA 1O1WA 3NH0A 1D8YA 2G8VA 2P5GA 4Z4IA 2G8UA 3KKSA 2XO7A 3VQ7A 4KI4A 3K5NA 1LWFA 3M8RA 4DTPA 3LAKA 1C6VA 1Q9XA 4B8AB 3ZSOA 2F8TA 1HNVA 1R0AA 2FBXA 4NCAA 3KJVA 3OYHA 4CIEA 3VQQA 5HRPA 4F4KA 3AO5A 3UIQA 2B4JA 2ATQA 2VWKA 3AVAA 2ZE2A 1HYSA 3OY9A 1K6YA 4CEEA 2X78A 2RN2A 1F21A 4I2PA 3V9SA 4FJ8A 3RMBA 4FVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QQAA 2A5YB 4H4KC 5ICEA 3NH1A 5FKKA 1Y0UA 3GFLA 4IDKA 4S05A 4FWSA 2KT0A 5D8LB 3FM5A 2O8CA 5F0XA 3DRRA 5F2RA 3P38A 4WQ4A 1QSYA 3O9SA 4OINF 3F6VA 4LITA 3QYFA 3ZMDA 1MBHA 4JI8K 2F5DA 2VBYA 3QFUA 1UG2A 3HG9A 4JS4A 1IRGA 1DPRA 2XROA 4ELTA 1NJIO 2R5ZA 2CO5A 1BL0A 5E8GA 2EHGA 1R1TA 4FJHA 2ZO4A 5DM7L 1SL2A 5GTIC 4XLCA 2QA4I 1TQMA 3A2FA 4B47A 2CUFA 1JKPC 4L3QA 4G9YA 1MH3A 4B44A 1RFQA 2XY6A 2E2PA 1RNHA 3KLOA 3CTAA 1IZ1A 2OZUA 3B6PA 4D7MA 3J7YJ 3E01A 3BR3A 3F0CA 2WTEA 2X6NA 2A41A 3HBTA 2GIZA 3G1MA 1AKHA 1JLFA 2W1OA 3HGGA 3KP4A 3TAGA 4DU4A 5GIPA 1ZGJA 3IAM2 2V52B 4CE9A 5TKWA 3NH2A 3I3LA 2P9KA 2D2WA 2GOMA 1ZBFA 2VG7A 3P31A 2NNNA 1CZAN 4KIGA 4M3EA 3LQRA 3ZQFA 2UXNA 1LE8A 5B3SH 4H0YB 1YIOA 1CQTA 4IG3A 1L5UA 3H9GA 3PSFA 1W4MA 3TO6A 2GWRA 4HA8A 2OA8A 1BOBA 2HFHA 4HW0A 1A04A 2E34A 2LSOA 4XKBA 4HCCA 1YHQN 5C15A 3HP9A 2E36A 3DXMA 5AFUH 2KQ2A 2FNPA 3D7EO 2NS7A 4CHOA 1XNRK 1VQPI 4YDUA 2HNHA 1SFKA 3NCIA 3LA2A 2MD5A 2HSTA 3C65A 1IUYA 3ZQIA 2CV1A 4OVLA 3HTUA 2PN6A 5C24A 4X65K 4E7LA 3ZQCA 4IEIA 4KA4A 3V9XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QQA A;  2A5Y B;  4H4K C;  5ICE A;  3NH1 A;  5FKK A;  1Y0U A;  3GFL A;  4IDK A;  4S05 A;  4FWS A;  2KT0 A;  5D8L B;  3FM5 A;  2O8C A;  5F0X A;  3DRR A;  5F2R A;  3P38 A;  4WQ4 A;  1QSY A;  3O9S A;  4OIN F;  3F6V A;  4LIT A;  3QYF A;  3ZMD A;  1MBH A;  4JI8 K;  2F5D A;  2VBY A;  3QFU A;  1UG2 A;  3HG9 A;  4JS4 A;  1IRG A;  1DPR A;  2XRO A;  4ELT A;  1NJI O;  2R5Z A;  2CO5 A;  1BL0 A;  5E8G A;  2EHG A;  1R1T A;  4FJH A;  2ZO4 A;  5DM7 L;  1SL2 A;  5GTI C;  4XLC A;  2QA4 I;  1TQM A;  3A2F A;  4B47 A;  2CUF A;  1JKP C;  4L3Q A;  4G9Y A;  1MH3 A;  4B44 A;  1RFQ A;  2XY6 A;  2E2P A;  1RNH A;  3KLO A;  3CTA A;  1IZ1 A;  2OZU A;  3B6P A;  4D7M A;  3J7Y J;  3E01 A;  3BR3 A;  3F0C A;  2WTE A;  2X6N A;  2A41 A;  3HBT A;  2GIZ A;  3G1M A;  1AKH A;  1JLF A;  2W1O A;  3HGG A;  3KP4 A;  3TAG A;  4DU4 A;  5GIP A;  1ZGJ A;  3IAM 2;  2V52 B;  4CE9 A;  5TKW A;  3NH2 A;  3I3L A;  2P9K A;  2D2W A;  2GOM A;  1ZBF A;  2VG7 A;  3P31 A;  2NNN A;  1CZA N;  4KIG A;  4M3E A;  3LQR A;  3ZQF A;  2UXN A;  1LE8 A;  5B3S H; 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