2DFE | Genus

Total Genus 69

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	69
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__12694954350965126__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__12694954350965126__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2DFE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__12694954350965126__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"12694954350965126","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2DFE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__12694954350965126__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermococcus kodakarensis
publication title	Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease HII
total genus	69
structure length	209
sequence length	209
ec nomenclature	ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date	2006-03-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01351	RNase_HII	Ribonuclease HII

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.460	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Ribonuclease hii. Domain 2	2dfeA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	2dfeA01

3A2FA 3V9UA 5J2PA 2Y1IA 4DTNA 2Y1JA 2DFEA 3OYHA 4NCBA 4CJ5A 4DFKA 1D8YA 3SV4A 3OYJA 4Q0BA 1QHTA 2X74A 3OYCA 4JRPA 3WNEA 2VG5A 4DTXA 1T03A 4IDKA 4CIFA 4FLXA 1WAJA 3PX4A 1WSIA 2G8KA 1LAWA 2HNYA 4CE9A 5HROA 2E4LA 3DYAA 1RTDA 3DLHA 4Y1DA 3P1GA 4M3RA 3HJFA 3OYKA 3LAKA 3HM9A 4CESA 5KTQA 1X9WA 4HUGA 4KKOA 2QKKA 3QIPA 4OKJA 1EX4A 4CHYA 3AO3A 1RNHA 3VQ7A 3ZT2A 4CEOA 4Z4CA 4I9QA 2IDOA 3HPGA 1BQNA 1KVAA 2QK9A 3CQ8A 1DTTA 3THVA 1HRHA 3TARA 4E0DA 3V9SA 5EU7A 4E89A 3IS9A 4AHVA 4FLYA 4ELTA 4DSJA 1C0UA 3V1RA 3QINA 3NGYA 1FKOA 2HHQA 2WOMA 1ASUA 3K2PA 3S3NA 1JL2A 3KLGA 4BDPA 3SCXA 4CJPA 4KHUA 1CZ9A 4FLUA 1NK6A 1JLGA 1TAQA 1T8EA 3DRRA 4CCHA 3TR8A 2RKIA 4CF2A 3K59A 2G8WA 4DSIA 1REVA 3LZIA 1WN7A 1Z26A 3MECA 1TAUA 3LDSA 1U45A 4CGFA 4B9LA 3IG1A 2F8SA 5JS1A 4J2BA 1SL2A 1D9DA 1ZBUA 5KGXA 3LP2A 3QIOA 1F21A 4LSNA 4C8NA 1RBUA 2HHXA 1BIZA 3L2QA 2HW3A 2F96A 3V81A 5FRMA 2OPSA 2Z1IA 1SKWA 3NHGA 2QKBA 2HVIA 4B9UA 3AVBA 4BWMA 4DTOA 3RR8A 4BDZA 1GOCA 2EHGA 2VG6A 3OYMA 5C42A 1X1PA 4FXDA 1VK0A 1KVBA 3K58A 4DLGA 1NKBA 4CJTA 4W5OA 4KPYA 2YV0X 4W5RA 3DLGA 4C8KA 4YFUA 5SZTA 4PY5A 1TKXA 4LD0A 4N56A 3MEDA 3VQ4A 3ULDA 1U4BA 3TAPA 3RTVA 4HHTA 2GUIA 3ZSOA 4Y1CA 3HVRA 2DFFA 1LWCA 3V4IA 5HBMA 2D0BA 4FK0A 3HPOA 3C94A 1HNIA 1IO2A 4TSXA 3OVNA 4GVMA 1RDCA 5J2QA 4FZXC 4FLWA 4KHWA 4CEZA 1RBVA 5CYQA 3CM5A 3CYMA 1IKWA 1JKHA 5C25A 1XHZA 4DMNA 4DQRA 1L3TA 4CHNA 1K6YA 3T1AA 1CXUA 2W42A 4LH4A 3KLHA 3VA0A 3ZT4A 4Z4HA 3V9WA 1UAXA 1UA0A 4CHZA 4FJHA 3K57A 2HHUA 1VSJA 1HNVA 1TKZA 4B9SA 3LANA 3L2RA 1B9DA 1IKVA 1J54A 4OVLA 1HJRA 4CEQA 4FJKA 4FK2A 4FJ9A 4EP4A 1RT1A 4AHUA 4KHYA 4CIEA 3KLFA 1TGOA 3CG7A 3RMCA 3KK1A 5CYMA 1A5VA 1JLAA 4IFVA 3G10A 1T7PA 4KAZA 3OYGA 4FM1A 4CJQA 3QEIA 2P51A 3QEWA 4BACA 3O4QA 4CGIA 2IAJA 1NK7A 5SWMA 2OZSA 3UIQA 4AILC 4FJNA 1BCOA 1VSDA 3O4NA 4I2QA 1HPZA 1DTQA 1S1UA 5HRPA 1J5OA 4L8RB 4B8CA 3TI0A 4CFDA 1BHLA 3HP9A 3P83D 4CGHA 3ALYA 2OA8A 3OYNA 3DRPA 1RT5A 2FBVA 4Z0UA 3ZSRA 4ZHRA 3S3OA 1L3VA 2G8IA 1B92A 4FZYA 1ASVA 3AVMA 2VWKA 3T19A 3SQ0A 1KLNA 2ATQA 2KZZA 1NOYA 4ICLA 3SUPA 1S9EA 5J2MA 1QS4A 2YNFA 4KTQA 3TAFA 2FBXA 3VQ8A 3TAGA 1ZBHA 4KRFA 1NJZA 1TKTA 4PWDA 4DTJA 3RMDA 1RT7A 4CJSA 3LP3A 1NJWA 4ID5A 3NDKA 2P5OA 3NFAA 1JLBA 3I0SA 5KGWA 4R5PA 3OS0A 1U47A 4BWJA 4CGDA 3SQ2A 2OZMA 1C1BA 3ZSYA 3L2VA 1CXQA 3U6FA 3ZSXA 4FJ5A 1BI4A 4HVJA 4F3TA 2G8FA 4E1MA 3KKRA 1NK4A 2P1JA 4FLTA 4B9MA 4BE0A 1RT3A 1ASWA 2OYQA 5HLFA 3ASMA 3D45A 4Z4EA 4F4KA 2IGIA 2X6SA 4FW2A 4KFBA 2HB5A 3OYDA 2G8VA 3KJVA 1WNSA 3PV8A 2PYLA 1LWEA 1J53A 1WSHA 3HL8A 4M3TA 3TAQA 1S1XA 3AV9A 4CF9A 4AHRA 5J1EA 4DQPA 1GOBA 1BL3A 3NBPA 1UWBA 2IC3A 4O44A 1ZBLA 3M8PA 1W0HA 4RG8A 1B9FA 1Q9YA 3V1QA 3ISNC 3QEVA 5FRNA 1I3AA 1KVCA 2YHAA 3HPHA 2RN2A 4JLHA 3OJSA 4BE1A 4OJRA 4CJKA 4OLBA 3OS2A 1EKEA 3MXIA 2OPRA 3OYAA 2HNZA 3VQBA 4BE2A 1U49A 1R0AA 4FJIA 3SQ1A 3V6DA 4ELVA 1UOCA 2YKNA 4DS4A 4W5NA 5HRNA 3M8RA 2FC0A 1S1TA 4CK3A 3AVIA 2ZE2A 1QSLA 5JS2A 4CJLA 4CEDA 3KD5E 3LP0A 5KRTA 4KHSA 3DLRA 4ZTJA 4NCGA 2VG7A 4AHTA 1RDAA 3OYBA 5J2NA 4KB0A 2KZMA 1S9GA 3EYZA 3VA3A 5CZ1A 5DMRA 4DSKA 3KK3A 4JRQA 4M42A 4UQGA 4H8KA 3LPUA 2ETJA 3NF8A 3ZT0A 4M41A 1VRUA 1C1AA 4N5SA 2BGGA 3MXJA 3OYLA 2XRIA 3CM6A 4RW6A 3LPTA 4CEBA 2P5GA 1WAFA 4H4MA 4N47A 4FJJA 1XWLA 4W5TA 4KI6A 4KTZA 4Z4GA 1TKDA 1TVRA 4DSLA 2B5JA 1EETA 2FBYA 3H08A 2XHBA 1VRTA 3KLIA 2YNHA 4DG1A 3AA5X 4FK4A 3LAMA 2KFNA 3KK2A 4EP5A 4M3YA 2IS3A 3L3VA 4IBNA 1CLQA 4DS5A 4AHSA 2RPIA 3PY8A 3MEGA 4G1QA 2IOCA 1XC9A 4E7IA 4DTUA 3I8DA 2ZQBA 1KFSA 3HYFA 3CFRA 1HYZA 4K8XA 4NYNA 2Z1JA 1Z25A 4QCLA 3AO4A 5KI6A 1MU2A 3VQDA 3E01A 4CJWA 1JLFA 1U04A 3AA4A 2Z1HA 1BGXT 1U48A 5FROA 3S9HA 1NK0A 4F3OA 1QE1A 3NGIA 3K5NA 5I42A 4O0IA 2GBZA 3B6PA 5K14A 1SL0A 1L3UA 1X9SA 5CY4A 1HQEA 1RTJA 2A1SA 4M45A 4I9LA 1S1VA 3ZT3A 4FM0A 3V9ZA 4ZTFA 3P5JA 4FJXA 3L2UA 1BI4B 4DFMA 3LP1A 1C6VA 2KW4A 2NUBA 4CGGA 3NH1A 1D5AA 1LAVA 2BE2A 4CJEA 3DLKA 2O4GA 1XHXA 4HTUA 1N6QA 4DSEA 1NOZA 2D0AA 3QNNA 1RT2A 1WSEA 2WONA 4DF4A 2JGUA 4NYFA 3SUQA 4CF1A 3EY1A 3QNOA 1A5WA 1KSPA 4DQIA 1LW0A 2HHVA 2XY7A 4CERA 4E3SA 1S5JA 3QEXA 1SKSA 1S1WA 2HHSA 2EX3A 1YVUA 4FJ8A 1LW2A 1J9AA 4IFYA 4FLZA 3WNHA 4LSLA 4CF8A 3G0ZA 4XIUA 4RW9A 3C6UA 1KTQA 3AO5A 1LV5A 3BDPA 2VWJA 1BQMA 4BDYA 3AVLA 1A5XA 1BCMA 3KIOA 1S6QA 3WNGA 2JLEA 3AVHA 2XO7A 1KRPA 4F2SA 3NF7A 4DU4A 3NH2A 1SL1A 1Q9XA 3RR7A 1EP4A 1NKEA 5FDLA 3BGRA 4CJRA 4F8RA 4FYDA 3DRSA 4GMJB 4EZ9A 4DF8A 2HHWA 4KV8A 1YT3A 3D0PA 4FLVA 4C8MA 3HK2A 3ZSVA 3DOKA 3AVGA 1KLMA 1FK9A 4KREA 1YTAA 3I0RA 4I2PA 4CHQA 1ZYQA 3RWUA 4CJ3A 2ITGA 4DTPA 1NK8A 4HCCA 4KB1A 2LSNA 4FJMA 4CIGA 3V9XA 2O4IA 3AVCA 2OPQA 4HCBA 2G8HA 1TL1A 1NK9A 3DLBA 3DM2A 1HYVA 4YNQA 1WLJA 3PX6A 3VQEA 3SJJA 2PY5A 3IAYA 3B6OA 3SV3A 2XY8A 2DFHA 4C8OA 2RF2A 3DI6A 3DMJA 4I7FA 4O55A 4ELUA 4H4OA 1VSLA 5C24A 4CJFA 3NGZA 3K5MA 1UA1A 3ZSQA 3KLEA 3V1OA 3VQ9A 4W5QA 1RDDA 3VQPA 2YHBA 3OYFA 4FM2A 3HO1A 1JLEA 3SI6A 1NKCA 1IKYA 3M8SA 1LWFA 2X6NA 2BDPA 1IG9A 4M3XA 3DLEA 4Z4IA 4OLAA 5E41A 3U3YA 1NK5A 5HP1A 1ITGA 4DQQA 4FCYA 4CEFA 4IKFA 1WSFA 3L2WA 1JL1A 4E7HA 3VQAA 4B3OA 1QSYA 2F8TA 4WE1A 2R7YA 1X9MA 2PZSA 3C95A 5HRRA 4OKEA 4E19A 3LWMA 3JYTA 3EZ5A 1SKRA 4ID1A 3AA3A 3CFPA 2YKMA 3NH0A 4PUOA 1RTIA 4CHOA 4KTWA 4M3UA 3C6TA 3FFIA 3OJUA 3ZCMA 3AVNA 3JSMA 3K5OA 4CJ4A 4KHNA 5I3UA 1C1CA 4RW8A 4NCAA 4CK1A 1BISA 3VQ6A 4B8AB 1N5YA 2DY4A 4OGCA 1WSGA 3SPYA 2ZD1A 3AA2A 1KCFA 4DU1A 2E6MA 4B9VA 3RMAA 4RW7A 4FZZA 4JS4A 3SNNA 3KD1E 4J2AA 2PYJA 4KHQA 4CK2A 4N76A 4OGEA 3AVKA 1SUQA 1JLCA 3PO4A 4RW4A 4DSFA 5KRSA 1L3SA 2G8UA 3TAEA 4F2RA 3IRXA 4PA1A 2KTQA 1GOAA 1CZBA 2Z1GA 2YNGA 3QLHA 4OKKA 3WNFA 1FXXA 3HT3A 1D9FA 1S6PA 4CFAA 2OPPA 4MQ3A 4AHCA 1VSEA 1WSJA 3KKSA 1VSMA 3RMBA 3QEPA 1XI1A 1TK8A 4B9NA 1RT6A 3VN5A 2X78A 4J2EA 4IG0A 1RDBA 2I5JA 4OPJA 3L8BA 3SPZA 3NF6A 2HNDA 1RBRA 2BANA 3MEEA 4DTMA 4M3WA 3VQCA 4M3ZA 4Z4FA 4AH9A 3LALA 3SZ2A 4MFBA 3HP6A 1ZBIA 1T05A 3ITHA 4KI4A 3DOLA 4DQSA 3SQ4A 4JS5A 1I39A 4Q5VA 4OPKA 4FJLA 4K8ZA 1YTUA 4QAGA 1HMVA 4CJUA 4CECA 4E7LA 3SUNA 1L5UA 3PO5A 2B6AA 1C0MA 3AVJA 3PUFA 1IH7A 4EZ6A 1KFDA 4B9TA 3O3HA 1IKXA 1FKPA 4FVMA 3LWLA 3RRHA 1TV6A 4DWIA 5HRSA 4LY7A 4PQUA 1JLQA 1RBSA 3M8QA 3F73A 2KFZA 4O4GA 4DFJA 2FBTA 3OS1A 3OYIA 4E7JA 3T3FA 2QXFA 2KQ2A 1TK0A 3TWHA 4DU3A 5T7BA 3S3MA 1QQCA 2D0CA 2YNIA 3SYZA 1ZBFA 3ZSZA 2XY5A 3QESA 3AVAA 1RT4A 1VSIA 3AO1A 1SV5A 4GW6A 1BIUA 4O5BA 4HUFA 4DTSA 3SUOA 1VSFA 4FJGA 3TANA 3TABA 4FJ7A 4N41A 1Y97A 3AO2A 2AJQA 5CZ2A 3L3UA 2HVHA 1EXQA 1JXBA 4E1NA 2A1RA 3HVTA 3MAQA 1DLOA 1JXEA 4O0JA 1RILA 1VSKA 1O1WA 3HSTB 3HXMA 3NE6A 4E7KA 4DFPA 3MXMA 3VQQA 2B4JA 4CFCA 1RTHA 3F9KA 1RBTA 2GV9A 3TAMA 4QOZB 2DTUA 2HMIA 2E6LA 3RRGA 4LH5A 1QSSA 3U3GA 2HHTA 3QO9A 4CGJA 1TK5A 3O3FA 1NJYA 4B08A 3NAEA 3ZSWA 5DK5A 1QTMA 1TL3A 2D5RA 4CFBA 3OY9A 3VQ5A 1NJXA 1HYSA 1RCHA 3PX0A 3ZT1A 3O3GA 4CJVA 3NCIA 3LZJA 2XY6A 3KTQA 1HQUA 5D3GA 3QERA 4IG3A 2Q3SA 1C0TA 4FW1A 3K5LA 3CFOA 1Q8IA 1VSHA 4CF0A 4HUEA 1W9HA 3QETA 4KO0A 4DLEA 4DTRA 4C8LA 4CEEA 4CHPA 3OYEA 4J2DA 3AVFA 4CEAA 1G15A 3NF9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WGG A;  3K4K A;  3ZXS A;  2AP1 A;  1VQ9 N;  2J4R A;  4FLX A;  1JTX A;  3W2A A;  4NC6 A;  3H1V X;  3JRA A;  4OKJ A;  4CA0 A;  2LR8 A;  3PIO F;  4I9Q A;  3A03 A;  5M1N A;  4AHV A;  5IYB J;  5AJ3 K;  1BR2 A;  1TAU A;  4OAZ A;  3E9L A;  4EAT A;  4J2B A;  2M8E A;  3FM3 A;  2KZV A;  3L2Q A;  4C1N I;  4K2E A;  2QLZ A;  1X1P A;  2LLK A;  2MD5 A;  4DLG A;  3VEZ A;  5C10 A;  4CW7 B;  1GLJ O;  2YJF A;  5CQG A;  1DPU A;  1IF1 A;  4BRO A;  1F4K A;  2NRZ A;  3FM5 A;  3CYM A;  2JRT A;  4CHN A;  3S8P A;  4LH4 A;  5JVG F;  3U9D A;  3V8L A;  5A2Q Z;  3RDI A;  1IKV A;  4FK2 A;  4A2B A;  2A5X A;  3O08 A;  3C1D A;  1T7P A;  1NGF A;  3CO6 C;  1ERD A;  4CGI A;  4Y15 A;  4Y0W A;  4AIL C;  4ZYE A;  4J00 A;  3MX5 A;  4YFN F;  3HG9 A;  4II2 A;  2Y30 A;  1PUF B;  1NJZ A;  1YUW A;  1Q82 O;  4MEX F;  1RT7 A;  1TYQ B;  4IOC L;  3F21 A;  3K9J A;  3NFA A;  2CQQ A;  1TNS A;  1YHQ I;  3VDX A;  3CQX A;  4KUM A;  5AQO A;  1NK4 A;  3I59 B;  1RT3 A;  3A4C A;  3OYD A;  2G8V A;  1LWE A;  1C0F A;  2YHW A;  2V7F A;  1NH3 A;  4O44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2DFEA

Total Genus

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Chain Sequence

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