2DFEA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-200)-c
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfeA01
4L8RB 3AVNA 4W5RA 3DI6A 1NJZA 2ITGA 3CQ8A 4K8ZA 1RDAA 4CFBA 4FJXA 2PY5A 3ZSYA 4JRQA 3RMCA 3OYKA 3DLGA 3IAYA 3QIOA 3QERA 1RTHA 4OKEA 2O4IA 2QK9A 2FBYA 2FBTA 1IKYA 1TKZA 4DTXA 1TK5A 1C6VA 1S5JA 4IFVA 1HNVA 5J2NA 4DF8A 3EZ5A 4KFBA 2QKBA 4UQGA 1Y97A 2Z1HA 4PQUA 2Y1IA 4KHUA 4CJ5A 5JS1A 4CHNA 1EKEA 4KB0A 4OLAA 3QETA 4FK4A 3HM9A 4RW8A 3KLEA 4CF1A 3ASMA 2KFNA 1TKXA 4JRPA 1J9AA 3O3FA 3F73A 5FRNA 3OS1A 5KRSA 1U48A 4KTQA 2NUBA 3VQEA 2KZZA 2I5JA 1B9FA 4DQPA 4DSLA 4O0JA 1RNHA 3PX4A 4DFMA 3QEVA 1ZBFA 3L2VA 5T7BA 4E7KA 1QSLA 4ID1A 5J1EA 1QE1A 4HUGA 2X6SA 3LANA 3AVJA 3RRHA 4M3YA 4AHCA 4DFKA 2OPPA 2RF2A 3THVA 3ZSRA 4FLXA 4CEAA 3L3VA 4KHYA 1KFDA 1RBTA 3KTQA 4CK2A 1LWFA 4G1QA 1X9WA 2D0BA 3NH2A 3UIQA 5HRSA 1A5XA 3HXMA 1YTAA 2KW4A 4CGDA 1SL1A 5KTQA 3ZSOA 2XO7A 4DFJA 2HB5A 3L3UA 4CHOA 4FJIA 2A1RA 4LY7A 1RTIA 1KVBA 2XRIA 4DSKA 3HPGA 4CJWA 3WNEA 4O5BA 2F8SA 3S3OA 4CJTA 4CGGA 3PX0A 3NHGA 3NGIA 4FJMA 2YKMA 4AHTA 4IKFA 3NF9A 2XHBA 4FLTA 4OVLA 4Q0BA 2E4LA 4CF9A 5EU7A 1HYSA 4CEQA 1MU2A 3HVRA 4M41A 3JSMA 1N5YA 5KGXA 4B8AB 3OS2A 1NJWA 4LH5A 3VQDA 4RW6A 1BQMA 3I8DA 4KRFA 2EHGA 4BDYA 2DFEA 1TL3A 3U3GA 3L2RA 4LSLA 4CERA 1TL1A 1JXEA 3O4QA 4H4OA 4BWJA 3NF7A 3AO4A 4CF2A 3OYBA 3L2UA 3CFRA 3TAFA 1TVRA 3SUQA 4CHPA 1WLJA 3OYJA 3OYAA 1JL2A 5J2MA 2XY5A 1D9DA 1XWLA 3JYTA 3RR8A 1S1XA 1WAFA 2KTQA 3C6UA 4NCBA 1LW0A 2LSNA 3DRSA 3O3HA 4FLWA 3U6FA 1NK9A 5FRMA 2HHQA 4M3WA 1BIZA 3VQ6A 3I0RA 1HJRA 4KV8A 4N5SA 1NK8A 4KO0A 3KKRA 5DMRA 3NH0A 1VK0A 2IGIA 3AO1A 3QINA 1A5VA 3HVTA 3LAKA 3PY8A 4HCBA 2DFFA 3MAQA 4E1NA 3AV9A 1U04A 3M8PA 3VQAA 3HP9A 1KRPA 4C8OA 5HBMA 4CEBA 4FW1A 4OPJA 3LZJA 2G8KA 4MQ3A 3ZCMA 4FZYA 2G8IA 4Z4IA 3AA3A 4CK3A 1RT5A 4Z4EA 1W0HA 4DMNA 1RTDA 2VG7A 3AO2A 2F96A 1GOCA 2X6NA 3KLHA 1FK9A 4FLVA 1SKRA 2IS3A 1ZBUA 3LALA 4ELVA 1UA1A 2IC3A 3DOKA 4FJLA 4J2BA 2HHWA 3OYEA 3TWHA 1IG9A 4Z4FA 3S9HA 4DWIA 1UOCA 4DU1A 3VN5A 3ULDA 4BACA 4LD0A 3S3MA 3SUOA 1RT7A 4CEZA 5HRPA 4AHVA 1SUQA 3CG7A 3SV4A 3SQ4A 1A5WA 1S1VA 3ITHA 2OPQA 3LP2A 1Q8IA 4B9MA 2F8TA 1S1WA 3VQCA 2HHSA 1JLCA 4F4KA 2OPSA 2G8UA 3LAMA 2Z1IA 2XY6A 4JLHA 1ASVA 5KI6A 1T7PA 3PX6A 2Z1GA 2VWKA 3IG1A 4W5TA 4EP5A 4M3RA 2VWJA 4F3TA 1JLEA 2YHBA 3OYIA 4B9UA 5D3GA 1BHLA 3C95A 4CCHA 5E41A 4C8NA 1ZYQA 4C8KA 1O1WA 2KQ2A 4FZZA 2HHUA 4AHSA 4FJJA 4CEEA 4BDZA 1ZBLA 4NCGA 4DQRA 4FM0A 3QNOA 1TAUA 4IBNA 1I39A 3V1QA 2G8FA 1C0MA 2YKNA 4KHNA 3SCXA 1JL1A 2A1SA 3TAMA 3M8SA 4KTWA 1TK8A 3HL8A 3RMBA 4DQSA 2OZMA 1KLNA 4XIUA 1WN7A 1S9EA 4CEDA 1BL3A 1XHXA 3V9XA 1S9GA 4BDPA 4PY5A 4N47A 4HVJA 4FJ7A 4FJ9A 5J2PA 4O4GA 4HUEA 3HO1A 1UAXA 3HJFA 4ELTA 3WNFA 1SKSA 4CJQA 1QS4A 1TKTA 3IRXA 1S1TA 2P5GA 3T19A 1YTUA 4DTSA 3T1AA 4FK0A 3G0ZA 3P1GA 4I9LA 1U45A 4DFPA 3PO5A 4PWDA 1IO2A 3AA2A 3ZT4A 1VSIA 4CGFA 3OJUA 1UWBA 1BCOA 4Z4HA 1C0UA 1D8YA 3T3FA 3D0PA 2HHVA 2VG5A 4KREA 3OYDA 1KLMA 3NF8A 4GVMA 1SKWA 4DSEA 1L3UA 3KKSA 3VQ9A 1NK0A 3NBPA 4YNQA 2OA8A 1DTTA 1XC9A 1WSJA 1L3SA 3AVGA 3L8BA 4CJPA 1U4BA 5I3UA 4KB1A 4NYFA 3ZT1A 2GV9A 3VQBA 3SPYA 1RILA 1HPZA 4CJ3A 3SV3A 5HLFA 2G8VA 1I3AA 1J5OA 5CZ2A 4FJHA 4CJLA 1RBSA 3MXIA 1IH7A 3EY1A 4C8LA 3B6OA 3HT3A 4M3XA 4QCLA 1WSHA 4KI6A 1KVCA 1REVA 3KD1E 1CXUA 1EX4A 3AVKA 3ISNC 4DTOA 4IFYA 4KHWA 3DLRA 4M3TA 3O3GA 1KTQA 4CFAA 3L2QA 1BCMA 1SL0A 4DQQA 4FJ8A 3QEWA 4CJSA 1VSMA 3OYCA 4DTUA 3G10A 4CJRA 3OYLA 2D0CA 1JLAA 3HK2A 2P5OA 3SQ2A 1T8EA 2HNDA 3CM6A 1C1CA 3P83D 3QEPA 3B6PA 3V9ZA 1EP4A 1HYZA 2ETJA 1NJXA 3TR8A 4NCAA 4RW4A 2Z1JA 1IKVA 1WSGA 3AVCA 2W42A 1TV6A 3NE6A 2PYJA 2RKIA 2GBZA 3ZT3A 4M45A 1Z25A 5JS2A 4AHUA 4HCCA 1JLBA 1GOBA 3MECA 3K5NA 1DLOA 3F9KA 4E3SA 4DSIA 1RDBA 5CYQA 4H8KA 2KZMA 1YVUA 4R5PA 3OY9A 3TANA 3C94A 4KHQA 5HROA 3NFAA 3VA0A 2YV0X 3M8RA 2RPIA 2WOMA 1C1BA 4B9NA 4HTUA 4B9TA 4K8XA 3CFPA 1GOAA 4DTRA 3PO4A 4O44A 1SV5A 5CYMA 1Q9XA 4CIGA 4FM2A 1NKEA 3NH1A 2HMIA 3OYNA 1X9SA 5C24A 5SWMA 2JLEA 3V1RA 2FC0A 3PV8A 3VQ7A 4FJKA 4B3OA 4E7JA 2ZQBA 3VQPA 3I0SA 2B6AA 4M42A 4GW6A 3E01A 1EETA 3K5MA 3MXMA 1QTMA 3MEEA 4WE1A 3KD5E 5I42A 2HHXA 4DTPA 1D9FA 3TAPA 1RBRA 4I2QA 3OS0A 4BE2A 3A2FA 4E1MA 4F2RA 4IG3A 3TABA 4FM1A 4DTJA 3LP3A 1QQCA 3C6TA 4KPYA 2X74A 3ZSZA 3LDSA 3U3YA 3NGZA 4IDKA 4FJ5A 1QHTA 4BE1A 2ATQA 1D5AA 1TKDA 2Q3SA 2HVIA 4KI4A 1W9HA 3WNGA 2B4JA 2P51A 3K59A 2YNIA 2G8WA 4ELUA 1T03A 1NK6A 1IKXA 1WSEA 1BGXT 3CFOA 2WONA 4Q5VA 1LWCA 3NCIA 1VSKA 1RBVA 3VA3A 1N6QA 2QKKA 2AJQA 3RTVA 1WAJA 3AA4A 4E89A 1FXXA 2B5JA 3AVHA 3TAQA 4FZXC 2BE2A 3V1OA 3BGRA 1BQNA 4FYDA 2VG6A 3CYMA 4N76A 4QOZB 2R7YA 3OVNA 4RW7A 4PUOA 1RDCA 4NYNA 1EXQA 5FDLA 4LSNA 4J2AA 1S6QA 3M8QA 3LWLA 4W5QA 5J2QA 1NK7A 1VRTA 4KHSA 4F3OA 1TK0A 4IG0A 3CM5A 1HYVA 4E19A 4B8CA 4QAGA 4C8MA 1Z26A 3AO3A 4DLGA 4ZTJA 2YHAA 1LV5A 5KGWA 3SYZA 1T05A 3TAGA 1NOYA 1XHZA 3RR7A 3V9UA 3LP0A 3V6DA 1F21A 5HRNA 1NJYA 1CZBA 3KJVA 4KAZA 1RT3A 1LAVA 2BANA 5HRRA 4CESA 4CGIA 1VRUA 3DLHA 3AO5A 1C0TA 4KTZA 3V9SA 1WSFA 3RMDA 2D5RA 2ZE2A 4CF0A 4EZ9A 1YT3A 3HSTB 1B9DA 1SL2A 3NAEA 3OYMA 3OJSA 1L3TA 2DY4A 1RDDA 2ZD1A 4OKKA 4I7FA 3LP1A 3QEIA 2XY7A 4TSXA 3EYZA 1TAQA 4W5OA 4RW9A 4ZTFA 2PZSA 5C25A 4AILC 3SUNA 1C1AA 3S3NA 3O4NA 4CGHA 4CK1A 3AVFA 5KRTA 1RT1A 4ID5A 1KSPA 4FLUA 2IDOA 4KKOA 4DU3A 3AVMA 1JLFA 3ZSQA 3OYFA 3AA5X 3DM2A 3DOLA 3MEGA 3DLKA 1LW2A 2PYLA 3HP6A 3SI6A 4DQIA 2E6MA 4E7IA 4B9SA 4N41A 1NOZA 4HHTA 3AVAA 3P5JA 4Z0UA 4N56A 3L2WA 4I9QA 4O55A 3RWUA 3AVBA 5DK5A 3K5OA 4DG1A 3LWMA 1ITGA 1VSHA 1VSLA 4FVMA 4CGJA 4JS5A 1BI4B 4Y1DA 4RG8A 4CFCA 3OYHA 1CLQA 4CEFA 4M3ZA 1J53A 4EP4A 3V4IA 1U47A 4FW2A 5SZTA 3TARA 4FCYA 1J54A 1CXQA 1HQUA 5CY4A 4CJ4A 1LWEA 3TAEA 4DTNA 5FROA 4J2DA 4AH9A 2G8HA 4CJEA 1KCFA 1DTQA 1G15A 3KLGA 3NGYA 4DSFA 2OZSA 2E6LA 1FKOA 4FLZA 1U49A 3QESA 2DFHA 4F8RA 1JLGA 3FFIA 3SUPA 2IOCA 4OKJA 3VQ8A 1LAWA 3K5LA 3VQ4A 3V81A 1ZBHA 4BWMA 4Y1CA 4FJGA 4FXDA 4DLEA 3QEXA 2OYQA 2KFZA 4ZHRA 1L3VA 3PUFA 2HNYA 3K2PA 4CHQA 4DS5A 4B9LA 2EX3A 1X9MA 4DSJA 4FJNA 2FBXA 1KFSA 3H08A 4E0DA 1TGOA 3KLFA 2IAJA 2YNHA 3IS9A 3WNHA 3K57A 3SQ0A 2O4GA 3OYGA 1NK5A 3QIPA 4M3UA 3LPTA 1JLQA 2HNZA 3KK1A 4CE9A 1NKBA 4CIEA 4EZ6A 4CHZA 1ASUA 1RCHA 4I2PA 3ZSXA 2JGUA 3SPZA 4E7HA 4OGEA 3LPUA 3DRPA 1BISA 1ASWA 3K58A 4CECA 1S1UA 4PA1A 4CF8A 3RMAA 2HHTA 1FKPA 4W5NA 1IKWA 4HUFA 1ZBIA 4AHRA 4DU4A 4OJRA 5CZ1A 4J2EA 4DF4A 1S6PA 1XI1A 3AVIA 4OGCA 1QSYA 4FK2A 3ZT0A 1B92A 4FLYA 3VQ5A 3KLIA 2HW3A 1VSFA 2YNGA 2FBVA 2QXFA 3ZSVA 3SZ2A 4ICLA 5C42A 1R0AA 4Z4CA 3MXJA 4GMJB 2YNFA 1JXBA 3HYFA 5K14A 4B08A 3DMJA 3ALYA 4BE0A 1NKCA 3LZIA 1VSDA 3KK2A 4OLBA 1QSSA 2HVHA 1RBUA 3ZSWA 4Z4GA 1VSEA 4CJFA 4CFDA 1NK4A 3VQQA 2BGGA 4CIFA 3QO9A 3D45A 3MEDA 2BDPA 1HQEA 3SJJA 1BI4A 3DYAA 3KIOA 1L5UA 4H4MA 4E7LA 3HPHA 1RTJA 4LH4A 3NDKA 3DRRA 4CHYA 1RT4A 3QLHA 3DLEA 4JS4A 3KK3A 1HRHA 1KVAA 1WSIA 1CZ9A 2GUIA 4CJVA 3NF6A 4OPKA 3V9WA 1K6YA 1HMVA 5HP1A 1X1PA 3TI0A 4DTMA 2P1JA 2XY8A 1HNIA 2Y1JA 3HPOA 3QNNA 1Q9YA 1RT2A 4CJUA 3SNNA 3DLBA 3ZT2A 3SQ1A 4CJKA 4B9VA 4CEOA 4O0IA 2D0AA 3AVLA 2OPRA 1BIUA 4F2SA 1VSJA 1WNSA 2RN2A 4YFUA 3BDPA 4MFBA 1RT6A 4DS4A 3RRGA 2DTUA 1JKHA 1UA0A 2X78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVNA 1G3TA 4EV0A 1Y1WJ 4BQQA 3ZQGA 3ZSYA 5FFXA 5J1RA 3DLGA 4FQGA 4K0KK 4LJZF 3QIOA 1ZRCA 3A01B 2E1YA 3ID6A 1C6VA 2IPQX 5J47A 4M63C 4OLAA 1YVNA 1H89C 2E1MB 3P39A 1BDGA 1JKQC 2KIQA 2WY8Q 2XV4S 5CQEA 1YX3A 3TSPA 2BE5F 4M3YA 2EV5A 4DFKA 3THVA 5F27A 2GXBA 4CJTA 4Z94A 2KDZA 2KRHA 5C2FA 1GVJA 5EU7A 1FNNA 1MU2A 3OS2A 2M7BA 1GV2A 3CFRA 1ZG5A 3SUQA 3OYBA 3GXOA 1JL2A 3EUKL 3ZMZA 3JYTA 1WH5A 1W97L 4YIRX 2F5FA 2IGIA 2FE3A 3PY8A 1KAZA 1Y6IA 2KKZA 1EJ9A 4BNCA 2M0CA 1VF9A 1F43A 4M9SA 3MQ0A 2KPMA 5M3MJ 3CO7C 4H03B 2QKLB 1S7OA 1Q86O 4HQMA 1IG9A 5ILSA 1J7KA 2OU2A 2OJED 4EHUA 2EV0A 2D1VA 1JLCA 5C15A 4HF0A 2AXLA 3LAMA 4XL9A 4W5TA 5IY5H 3T5XA 1KXPA 4V19K 4BVPA 5FD5A 2OA4A 4GVEA 4BDPA 5D4SA 3B02A 4A57A 4IHTA 4A69C 1YJ9N 5DYMA 2BH1A 3GTKJ 1MBGA 1FOYA 3CC4N 2ZJQF 2IW5A 3TEDA 2CGJA 3V7SA 3FMRA 1RUNA 3VQ9A 2XF7A 3VODA 3VOVA 3AVGA 1LE8A 4JBAA 4BHCA 3EYYA 2Q2EA 4CJLA 1IH7A 4AM7A 3W6JB 4QCLA 3RQIA 3BR0A 1XPXA 3ZETB 5TKWA 2HNDA 5E8IA 2I10A 2QF7A 1FYKA 3VENA 1O3QA 3VF2A 3SJMA 5JS2A 2VE8A 1ETYA 4DSIA 4XSXF 3NFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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