2DFEA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-200)-c
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfeA01
1IO2A 1QHTA 3OYAA 1HQUA 1KVAA 4DTJA 1X9SA 3SV3A 1JKHA 2DY4A 1Q8IA 4DSEA 3HK2A 3SNNA 4CK3A 1XC9A 1TK8A 4CESA 4LH5A 5HRPA 2F8SA 4IKFA 4BE2A 1Q9YA 3RRHA 3OS2A 3WNHA 3NHGA 4CFAA 2VG5A 3AVKA 5J2NA 1EXQA 4O5BA 4Z0UA 4OVLA 1HPZA 4CEQA 3OJSA 3KLGA 3KLFA 4M3TA 1WSGA 4CJTA 4CJKA 4F2RA 4DSFA 1VSKA 4F8RA 2GUIA 1L5UA 3SUNA 1RDDA 3HPGA 4DFJA 3ZSVA 2HVIA 4FJXA 3AA2A 3V1QA 4B9SA 2KZMA 3V1OA 2RPIA 1RTIA 4FJKA 5JS2A 4F3TA 1BIZA 1JXBA 3AVCA 1TV6A 4E7IA 2O4GA 1T05A 1IKYA 1FK9A 3I0SA 1IKWA 4CF9A 2BGGA 4CJ3A 4CGDA 3TAFA 3B6PA 4M3RA 3LP1A 1EP4A 1DTTA 2KQ2A 4J2EA 5C25A 1JLBA 5J2MA 3S9HA 1NK9A 2PY5A 2HHXA 1NJYA 2QKBA 4QOZB 3NF8A 4AH9A 4B9TA 1KFDA 3AO5A 2KW4A 4CFBA 1J54A 1NKCA 4IFVA 1UOCA 3K5MA 3TAEA 1KVBA 1G15A 2D0BA 3L8BA 3E01A 4B8AB 3CFPA 2R7YA 4H4OA 4DSIA 3HXMA 3TAPA 3HL8A 4RW6A 2B4JA 2OPSA 4M45A 3NF6A 1A5XA 4CEAA 4DS5A 3AA5X 2ITGA 3RR7A 3F9KA 1ZBLA 4N76A 1RILA 4CJEA 3PY8A 4FK0A 2RN2A 3WNGA 4CF0A 2ETJA 3TR8A 4CGJA 4KKOA 3F73A 4EP4A 3LWLA 1SUQA 1WSIA 2YNHA 3NF9A 4DQPA 2OA8A 1BQNA 3QO9A 5SZTA 4Z4GA 3LPUA 3JSMA 3S3NA 3VQ8A 4FZYA 1JL2A 5HBMA 4K8XA 1WN7A 3ISNC 2XY6A 1S1VA 1CXUA 5DMRA 4ICLA 1L3UA 4OKJA 4DQRA 3KIOA 3AVIA 1VSFA 4E19A 4G1QA 1O1WA 1T03A 2DFHA 1A5VA 4IBNA 2KTQA 2HVHA 1FXXA 5CYMA 2OYQA 2HNDA 3HP6A 1KRPA 2PZSA 4B8CA 4CJPA 2HB5A 2O4IA 4F3OA 2FBYA 4NCAA 2XY5A 1HQEA 1IH7A 1NJXA 1HNIA 3UIQA 1YTAA 3A2FA 4I2PA 4Z4HA 4FLUA 1XI1A 4FZXC 3VQBA 4R5PA 3ZT1A 4KO0A 4CK2A 1RDAA 1C0UA 2ZQBA 3AA3A 5E41A 4KREA 2IGIA 1SL2A 3IAYA 4CJLA 3PV8A 3NDKA 4FLYA 1RTJA 1ITGA 4CGHA 1TKXA 3V6DA 1L3TA 4C8KA 3NFAA 4FJLA 4PA1A 4N47A 1N5YA 3LDSA 4J2AA 1D5AA 1S6QA 1S1UA 2YNGA 2YHAA 3CYMA 4CIGA 3NBPA 3V9WA 1L3SA 4EZ6A 2HHUA 2KFZA 1VSEA 4LY7A 3AO4A 4CJVA 2IS3A 4FJ7A 3V9XA 1RCHA 2P1JA 1RT5A 2X74A 4CJ4A 3OYCA 4HTUA 1KSPA 4FXDA 4WE1A 3EZ5A 1RBVA 3QLHA 3DLBA 4AHSA 4DLGA 3BGRA 4KHUA 4RW7A 5FRMA 3DI6A 2IDOA 2W42A 2D0CA 3T3FA 1S9GA 3OYDA 4ELUA 4B3OA 4Q5VA 1SKWA 3OYFA 3P83D 4LD0A 3ZT2A 1VSLA 1EETA 4JLHA 1IKXA 1HJRA 3K5OA 2XRIA 4HUEA 1SKRA 1CZBA 3OYNA 1VK0A 4KV8A 1S6PA 5HRRA 4F2SA 2OZSA 4FJGA 1U49A 4W5QA 4B9MA 4NYFA 3JYTA 2XY7A 2X6NA 4CJQA 3VA3A 2FBTA 4HCCA 4FJNA 3C94A 1U04A 2DTUA 3MEDA 4M42A 4OGCA 2HW3A 4PUOA 3PX4A 4KPYA 3CQ8A 2YKNA 5DK5A 1BL3A 4CJFA 1KVCA 3OYJA 3NH0A 1BGXT 1TAQA 3AVLA 4J2BA 5EU7A 3KK1A 4DU1A 2G8IA 1RBSA 1U48A 3K5LA 1XWLA 3VQ7A 4MQ3A 4NYNA 1VSHA 1L3VA 5J1EA 2F8TA 1HRHA 4DTRA 3D45A 1RBRA 3QEWA 3OS1A 4PY5A 3IRXA 3O3HA 3QERA 5KGWA 3M8SA 1A5WA 3K5NA 3G10A 1EX4A 4CEEA 4CF1A 5HROA 1TKZA 3DMJA 4FVMA 4ID5A 3V1RA 4J2DA 4FK4A 1U45A 1SL0A 3SZ2A 2Z1IA 4DF8A 3K57A 3MEEA 3DOLA 3DLHA 3MXMA 1R0AA 3CM6A 3OYLA 3TI0A 4KHNA 3AVBA 3LAMA 5KTQA 1LW0A 4YNQA 1C1CA 2A1SA 4DMNA 3OVNA 1DLOA 4C8LA 4FJIA 3HJFA 4N41A 3RMDA 1TGOA 4FLXA 4M3WA 4KB1A 1KLMA 3LP3A 4AHRA 1C1AA 1JLGA 5HLFA 3KK2A 4RW9A 4LH4A 1ZBUA 4CHZA 1RTDA 2XO7A 2PYJA 2VWJA 4DSKA 3NGYA 1VRTA 3SQ4A 3OYIA 2Y1JA 1C6VA 4O4GA 4FJHA 2FBVA 1B9DA 1LAVA 5KI6A 4DQQA 4I9QA 4FK2A 3OYGA 4DF4A 4NCGA 2BDPA 3QESA 4KAZA 3TABA 5SWMA 4B08A 1QTMA 1JLEA 5C42A 2VG7A 1ZBIA 3V4IA 1Y97A 3ZCMA 4Z4EA 2QKKA 3DM2A 3RMCA 4KFBA 4DS4A 4BE0A 4BDYA 4C8NA 4FW2A 4KI4A 4FCYA 4OKEA 3AO1A 3VQQA 2BANA 4M3YA 4DLEA 3CM5A 4E1MA 4DQIA 1EKEA 4FW1A 3QINA 2HHVA 1BIUA 2IOCA 3LWMA 3CFRA 3SQ2A 3ITHA 4CJUA 2E6LA 3PO4A 3LAKA 4DTXA 3OYEA 1Z25A 2I5JA 4CHNA 4N5SA 3NH2A 3SPYA 4KTQA 2YHBA 4DG1A 2ZE2A 5I42A 4B9VA 1RDCA 2JLEA 3SUQA 4JRQA 1WAJA 1ZYQA 1VSJA 4CIFA 3VQ4A 4E7KA 3EY1A 4AILC 4JRPA 3QEIA 1MU2A 1F21A 3NH1A 1X9MA 4DSLA 4CJWA 1QSSA 1CZ9A 1FKOA 4CEDA 3L2WA 1TKDA 3QEXA 3LALA 4M3UA 1GOCA 2OPPA 3VQDA 3HVRA 2Z1GA 3OJUA 1RT7A 1BQMA 1UA1A 2YKMA 3LP0A 3TAMA 3QEVA 4KB0A 3DRPA 4CEBA 2B6AA 1BCOA 3CG7A 4Y1CA 2GBZA 2WONA 1BISA 4H8KA 3QNNA 2JGUA 2IC3A 3QIOA 3HYFA 3OYBA 4DWIA 4F4KA 1BHLA 3AO3A 4IDKA 3HVTA 4ID1A 1LW2A 1QSYA 1TVRA 3VQEA 3TWHA 3RR8A 5C24A 3MXIA 1I3AA 2Q3SA 5CZ2A 4FM0A 2HMIA 1WAFA 4CECA 3I0RA 4FM2A 4CK1A 4RW8A 1ZBHA 3DLKA 1RT2A 3ZSQA 4CF2A 3AVHA 4W5TA 3DYAA 4E7LA 2WOMA 4DFKA 3QEPA 4W5RA 1NKBA 1CLQA 3L3UA 4CJSA 3HPOA 3HPHA 2E6MA 3HT3A 4CGGA 4PQUA 1XHZA 1ASVA 1FKPA 1RTHA 3ULDA 4OLBA 3TAQA 3OYKA 3KJVA 3KD1E 4BE1A 4AHCA 3AVFA 2D5RA 4AHTA 5HRNA 4E7HA 1U4BA 3RWUA 1TKTA 5I3UA 1Q9XA 3OY9A 4E7JA 4DTSA 3PX6A 1C0TA 3SUOA 1WLJA 1ASUA 1KTQA 1VSDA 4W5NA 3C6TA 5KGXA 3OS0A 1TL1A 1TK5A 2HNYA 3B6OA 1LAWA 1DTQA 5J2PA 4OPKA 4FZZA 5FROA 3FFIA 1T7PA 1JXEA 4KI6A 1BI4A 5FDLA 4O0IA 3S3MA 4ZHRA 3O3FA 3SQ1A 1QE1A 4DSJA 4HUFA 5CYQA 1U47A 4HCBA 2D0AA 1CXQA 2Z1JA 3HP9A 3T1AA 4AHUA 3MXJA 2QXFA 4DU4A 3VQCA 4FM1A 4C8MA 1HMVA 3DOKA 4Z4CA 4E89A 3MEGA 4DTUA 4DU3A 3HSTB 1NK8A 3TARA 1TK0A 4ELVA 4OKKA 4FJJA 5FRNA 4M3ZA 1VSMA 1WNSA 3ZT0A 4CE9A 2F96A 3U3GA 4B9LA 4RW4A 1NOZA 3ZSXA 3K59A 4K8ZA 4FYDA 1VRUA 3K2PA 3LZIA 3THVA 4FJ5A 1HYVA 3EYZA 4KHWA 4BWJA 1QS4A 3SCXA 2HNZA 3NGIA 4DTPA 3S3OA 3T19A 1UWBA 1NK7A 3MAQA 1NOYA 1RDBA 1NK6A 2DFEA 2RF2A 2HHWA 2GV9A 1GOAA 1HYSA 1VSIA 3OYHA 1JLCA 1RT4A 2OPRA 3AVMA 2XY8A 4RG8A 1QQCA 2OPQA 3ZSYA 4YFUA 3VQ9A 3RMAA 1LWEA 4CJRA 1BCMA 4CGFA 1WSFA 1T8EA 3PX0A 1QSLA 2G8VA 1S1TA 4ELTA 3KLHA 1BI4B 4DTMA 4EZ9A 4KRFA 1B92A 1YVUA 1NKEA 3WNEA 3LP2A 4UQGA 1NK0A 2X6SA 4E0DA 1WSJA 1RBUA 4CEOA 1ZBFA 2XHBA 3NAEA 3RRGA 2LSNA 4IFYA 1REVA 4FLZA 2AJQA 4HVJA 4HUGA 2G8HA 4FJ8A 1D9FA 1KLNA 3V9UA 1K6YA 1I39A 4ZTJA 1SL1A 3KKRA 5J2QA 3SUPA 3AVAA 1RT3A 4B9NA 3KLIA 3VQ5A 3WNFA 3RTVA 3VA0A 1RNHA 4OJRA 4CEFA 3G0ZA 3VN5A 1NJZA 3O4QA 2YNIA 2P51A 3SJJA 1D9DA 1WSEA 1RT6A 4ZTFA 4Y1DA 2ZD1A 4BDZA 3DLGA 1KFSA 4TSXA 2DFFA 1GOBA 1W0HA 4JS4A 3TAGA 3V81A 3LZJA 3ALYA 3M8QA 4NCBA 3M8RA 2PYLA 4O55A 3ZSOA 3AVGA 3L2RA 3O3GA 3ZT4A 4GVMA 4CHOA 3KKSA 3SYZA 3AO2A 1C0MA 1HNVA 1S9EA 4L8RB 2ATQA 1J53A 4IG3A 3HM9A 3P1GA 3LPTA 1C1BA 4AHVA 5HRSA 2VWKA 2IAJA 3QIPA 2YNFA 3H08A 4GW6A 4Z4FA 2HHTA 5JS1A 3QNOA 3IS9A 3NGZA 3C6UA 2Y1IA 4N56A 5HP1A 4BDPA 3KD5E 1S5JA 1S1XA 2Z1HA 4M41A 1J9AA 4FLWA 3SQ0A 1X9WA 3PUFA 1JL1A 2NUBA 1JLQA 4CF8A 3LANA 4LSLA 3AA4A 3AVNA 1JLFA 4H4MA 4CFCA 4CHQA 4JS5A 4HHTA 3QETA 3AVJA 4XIUA 3DRSA 3L2UA 1YTUA 3M8PA 4LSNA 1NK4A 4DQSA 2P5GA 3DLEA 3NCIA 3C95A 4M3XA 2EX3A 3KK3A 3NE6A 4E1NA 4BACA 2B5JA 2FBXA 3KLEA 1RBTA 4EP5A 4DFMA 3ZSWA 1IG9A 3DRRA 2A1RA 4I7FA 4KTZA 4CCHA 3V9SA 1UA0A 2RKIA 4Z4IA 2OZMA 3OYMA 1RT1A 1Z26A 3RMBA 4KHQA 2HHQA 4FJ9A 1YT3A 1UAXA 1W9HA 4BWMA 3HO1A 2KZZA 3I8DA 2G8WA 5KRTA 5CZ1A 4GMJB 3KTQA 1TL3A 4KTWA 4Q0BA 1B9FA 5T7BA 1WSHA 5K14A 4I2QA 3MECA 4E3SA 4OLAA 1NK5A 3V9ZA 1NJWA 3VQPA 4CHYA 4FLTA 2E4LA 3ASMA 4MFBA 4CERA 4O0JA 3D0PA 1LWFA 1LWCA 4C8OA 1TAUA 5D3GA 4OGEA 2VG6A 2YV0X 3SI6A 3ZT3A 3BDPA 1ASWA 1HYZA 3L2VA 2X78A 3CFOA 3K58A 1SV5A 3DLRA 3SV4A 4DFPA 5CY4A 5KRSA 1X1PA 2BE2A 3PO5A 3IG1A 2G8KA 1IKVA 3P5JA 2FC0A 3ZSRA 2G8FA 4CJ5A 4CFDA 4DTNA 2G8UA 4CGIA 4CHPA 4I9LA 1LV5A 4O44A 3VQAA 4CEZA 4W5OA 1SKSA 3U6FA 4QAGA 3L3VA 3VQ6A 3TANA 3NF7A 4CIEA 3AV9A 4DTOA 3U3YA 2HHSA 2KFNA 2EHGA 4KHYA 1XHXA 4IG0A 4OPJA 3L2QA 4FJMA 4PWDA 3SPZA 4B9UA 3O4NA 3ZSZA 1J5OA 1JLAA 1D8YA 4QCLA 4FLVA 2P5OA 2QK9A 4KHSA 1KCFA 1S1WA 1N6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 2B9SA 5BPLA 3HOXJ 4NB5A 2DA3A 3M8FA 1T0FC 4G9YA 1QBJA 4M6XA 5GTIC 2YHYA 4F8RA 3DU5A 4S0HB 3H3ZA 1USTA 2O8EA 5TKYA 1HKSA 1IBKK 2XC7A 2OTJN 3LP1A 3PUBA 4D7MA 1YIJI 2RC4A 4KIFA 2IA2A 4YIRX 2R7FA 2DPDA 1UOCA 2R7YA 4DUYK 3I9V2 3TAPA 4B3TK 2E34A 2GIVA 4RM3A 1SUQA 1MDMA 4M6VA 3CCRI 1MH4A 2R7ZJ 2X6XA 4JI5K 3EYYA 2XY6A 3ISNC 2KZVA 3BTCA 4FWQA 4FOIA 1T03A 2DFHA 4JX5A 1IJJA 3CCSN 4OAYA 2CH5A 3VQBA 2LNBA 4U0VA 1XB4A 4JK9A 1SL2A 5FKLA 1D5AA 4WF9L 4CJVA 1J6ZA 2A69F 2DW4A 3I4PA 2UUAK 4X64K 4JI3K 4BC3A 2QSHX 3CMEN 4Q5VA 3HGYA 3W6KB 3OYNA 2O7OA 1IN4A 3HEFA 3C94A 1DPUA 4DR5K 1ZHFA 3NH0A 3F8CA 1U48A 3PL8A 4NYNA 2G0EA 2GA1A 1W7PD 5JLFA 5AQQA 3H92A 3U2RA 4CCKA 4CF1A 1TKZA 2L7KA 2ZXHA 1W0TA 1KQ8A 2TCTA 2GA2A 4F3QA 5FLVA 4H0XB 1KLMA 4AIKA 2VWJA 1DPRA 3OR1C 1PUFA 2FSNA 1PVEA 5K7ZA 3QESA 1R59O 5JFRA 1P6RA 3QRFF 3V4IA 4B1RA 5BPNA 3AO1A 4OAZA 4G6DA 1WRJA 4M7YA 1SD6A 2LY2A 1D0ZA 3A0BC 4LF5K 5I42A 3ASNH 4OINF 3THWA 1JJ2M 2VL8A 1IDZA 2P6SA 2DQLA 2CQNA 3TAMA 4XSZF 3LDQA 5E1XA 4MNUA 2IC3A 2GQQA 4BBRJ 4H0EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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