2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
4E7JA 3VQDA 3L3UA 4W5OA 2QKBA 1J9AA 3MAQA 3SZ2A 4CGDA 1RNHA 4CFAA 3OYFA 3HT3A 4HTUA 4CF8A 3MEDA 4FCYA 4DLEA 4CJWA 4CEZA 5CYQA 1GOBA 1VSJA 3LPTA 4O5BA 2P1JA 3TAGA 1RBUA 1TKZA 4FJJA 4FZYA 2FC0A 2KZMA 2XY7A 1HRHA 4OLAA 4YFUA 4CEEA 3LAKA 3IS9A 4OJRA 3ZSXA 4PY5A 3RR8A 4CIFA 1HQEA 3VA3A 3I0SA 1Z26A 2X6NA 3DLHA 2JGUA 3HK2A 1ZBLA 1IKVA 4FW2A 3L2QA 4FLUA 3I8DA 1BISA 2E6LA 4C8NA 3V1QA 3LWLA 3TARA 3THVA 3VQ8A 3K57A 4RW9A 4AILC 1FKOA 4CK3A 3LANA 4DU1A 3AVLA 3V9ZA 4UQGA 3C95A 4F3OA 4CJUA 3CFRA 3OVNA 4CEQA 3RMDA 1BGXT 4PQUA 3NF7A 1JXEA 1KFDA 4O4GA 4OKJA 1X9SA 4KKOA 1LAVA 4CGFA 4JRQA 4O0JA 2XRIA 1FK9A 3V81A 4QAGA 3IRXA 1SKWA 1ZBUA 3KLIA 4FLYA 3NGYA 1NOZA 2X78A 3OYDA 1L3TA 3BDPA 3SJJA 2F96A 3U3YA 2PYLA 1U04A 1HQUA 1WSHA 4OGCA 1S1TA 1NK0A 2HHWA 1VRUA 4M3YA 3VN5A 3AO5A 3ZSYA 4DQPA 3NFAA 4DQSA 4CFBA 3M8PA 4E7HA 3O4NA 2HB5A 3JSMA 2AJQA 2OZSA 1EKEA 1EETA 4DMNA 5DK5A 1WSEA 3CG7A 4ELUA 4KHSA 1UOCA 1KLMA 1NOYA 2G8VA 3NBPA 4LSNA 2BANA 5KTQA 4N41A 1ZBHA 3RRHA 4PWDA 1ITGA 3SQ4A 1T8EA 3NF8A 4KB1A 3SI6A 4FZZA 3RWUA 4CGJA 1RTDA 1T7PA 3LDSA 5K14A 2ITGA 1VSLA 3OS1A 3HXMA 5J2PA 3SUOA 2W42A 4FW1A 1KLNA 1CLQA 3OYGA 1NJYA 4Q5VA 5FRNA 1ASUA 3SV3A 1WSGA 4KB0A 4KTQA 1DTTA 4CF1A 2P5OA 1VSKA 5KRSA 3F73A 4F4KA 4CHNA 4Z4FA 2G8KA 4M3TA 2D0BA 1A5XA 4DSIA 3KK3A 4KI6A 3QINA 1JLEA 2QXFA 1QSSA 4ZHRA 4I9QA 4BWJA 4EZ9A 3S3MA 3AVIA 4BACA 3OJUA 3NGIA 5HP1A 1TAUA 4Z4CA 4RW4A 1T05A 1JLQA 2P5GA 2G8WA 4ELTA 2F8SA 2D0CA 4N5SA 2XY5A 4CIGA 4AH9A 4FLVA 1C1AA 2D0AA 4DS5A 4I7FA 3L3VA 1EX4A 4F2RA 3HP9A 3TAMA 1QE1A 3OY9A 3V9XA 4M3XA 3MXJA 1W0HA 4ID5A 1NJWA 1KRPA 2XY6A 4E0DA 1S6QA 4H8KA 3V9WA 1BL3A 1U49A 1LWFA 2KW4A 3QIOA 1RDCA 3WNEA 3L2WA 3NAEA 1S1UA 1XI1A 4N76A 1RT5A 1QQCA 2BDPA 1B9FA 2DFHA 3PUFA 1J54A 1KVBA 3V6DA 1BIUA 3V1OA 3OYBA 3HPGA 2VWJA 1HYVA 2VG7A 3V9UA 3PX4A 4B9UA 1TVRA 2YHAA 1TK5A 1WLJA 3MECA 4BE2A 3AVNA 3EY1A 4KRFA 2GUIA 1JKHA 4DS4A 4IBNA 3QIPA 4J2DA 3E01A 3TAQA 3CFPA 1JL2A 1RT7A 3O3GA 2Y1JA 2OPRA 5EU7A 3LZJA 1XHXA 3MEGA 3QO9A 4CGIA 1NK5A 3DLRA 1T03A 1UAXA 4KHYA 3MXMA 4M42A 3AVAA 4M3RA 1BCOA 3ZSOA 4HHTA 4KHUA 4H4OA 5KGWA 3ZT2A 1VSIA 3ZT1A 4FJ7A 3HO1A 4W5NA 3QLHA 4C8MA 1ASVA 3ZSZA 3L2VA 1R0AA 3LALA 4E7LA 5E41A 4I2QA 1JXBA 1RDAA 3PX6A 3OYNA 1WAJA 4I2PA 4CF9A 3NHGA 4HVJA 1RDDA 1IH7A 3T1AA 3VQ9A 2A1SA 2O4IA 3ITHA 1DLOA 4E7KA 1J53A 3DLGA 4CF0A 3AA4A 4B8AB 3QESA 1SUQA 5C24A 4B9NA 2PYJA 3OYIA 1X1PA 3B6OA 4CGGA 4DTRA 1GOCA 1BQNA 3OYKA 4R5PA 3TR8A 2YNHA 4DTXA 4DFPA 2Q3SA 3V1RA 4ZTFA 4QOZB 4Q0BA 3K5LA 3K59A 3AO1A 1JL1A 1W9HA 5HRSA 3PV8A 3AA3A 5J2MA 2WONA 4FM2A 1RDBA 3KLFA 3V4IA 4B9MA 1KTQA 1BQMA 2PY5A 1N5YA 4IDKA 3AA5X 3AA2A 4CJFA 1YTAA 3KKSA 1I39A 4AHCA 4CEFA 4DF4A 1I3AA 4JRPA 4JS4A 3BGRA 4KTWA 3KK1A 1U45A 4IG3A 3TAFA 3TAEA 5I42A 4KHNA 4DSKA 4AHSA 3ZSRA 4N56A 4W5RA 3HYFA 1NK8A 1RT6A 4CJSA 2KFZA 1NJXA 4NYNA 2Z1HA 3SQ0A 2PZSA 4KPYA 1C6VA 3K5MA 3D0PA 3RR7A 2YNFA 4FVMA 3KTQA 3AO4A 4CHQA 3O3HA 3K58A 1TK8A 1NKEA 3HVTA 4B9LA 2ZQBA 5CZ1A 3SYZA 3HJFA 3NE6A 1VSEA 4W5TA 1LWCA 3ZSQA 2YKNA 1JLBA 2OPPA 4LSLA 1VK0A 5FROA 1IO2A 2EX3A 4IG0A 1WAFA 3VQPA 3RTVA 3VQBA 4K8XA 4KREA 1RBVA 4CEBA 4OPKA 3VQ5A 4CJPA 3RMBA 3SPYA 3NF9A 3HM9A 4KAZA 5JS1A 3H08A 4DQIA 4CHYA 4DSFA 3LPUA 4B9TA 1CZ9A 3AVGA 5CZ2A 5SWMA 4HUEA 4BWMA 1LW0A 1RBTA 4OVLA 3O3FA 1SV5A 5D3GA 4LH4A 3ZCMA 4YNQA 4E7IA 4C8KA 4LY7A 4EP5A 1QTMA 5FDLA 1UA1A 1JLFA 4FJLA 1REVA 2RPIA 1BCMA 4LH5A 4O55A 4DU3A 2DFFA 1BI4B 3UIQA 2F8TA 3NH0A 1X9MA 4KI4A 3LP2A 4PUOA 1BIZA 3AVKA 4CK1A 4CFDA 2VG6A 1TAQA 3WNFA 1L5UA 1L3UA 2HNYA 3AVJA 4HUGA 3QERA 4JLHA 1NKBA 1NK9A 4J2AA 2HNDA 3WNGA 3U6FA 4F8RA 3L2UA 1SL0A 1YTUA 3V9SA 2QKKA 1S9GA 2YKMA 5SZTA 3RMCA 2XO7A 4CHOA 4FM1A 4M41A 2HHXA 1SL1A 4FLZA 1B9DA 3M8SA 4NCBA 4CJQA 4NCAA 3LZIA 2KZZA 1GOAA 1S1VA 3O4QA 1WSIA 4KHQA 5J2QA 3LWMA 3HPOA 3M8QA 4Z0UA 1VSDA 1B92A 1UA0A 3RRGA 4OLBA 2OPSA 2FBVA 3PY8A 3ZT0A 3C94A 1RBRA 4GW6A 2KQ2A 4DTSA 1XC9A 1K6YA 4KO0A 2XHBA 3DI6A 4KHWA 3ZT3A 4WE1A 3G0ZA 3LP3A 3MEEA 1HMVA 1ASWA 2YNIA 1NKCA 1D9FA 3KD5E 4IKFA 4FJKA 3SQ2A 4DU4A 1S6PA 3G10A 3HVRA 4DF8A 1ZYQA 1G15A 4OPJA 3VA0A 3T3FA 1TKDA 3L8BA 2HHVA 3NH2A 4BDPA 4QCLA 1D5AA 2Z1GA 2ZE2A 4J2EA 2E6MA 1C1CA 5DMRA 4E1MA 3OYAA 2BGGA 3DRPA 1IKXA 3OYJA 3SQ1A 4I9LA 5T7BA 4B08A 4CJEA 4W5QA 1HNIA 3HSTB 4CF2A 3CYMA 3ALYA 3TWHA 2X74A 1ZBFA 3DRRA 3K2PA 3EZ5A 4C8LA 3CFOA 1TGOA 1SKSA 3LP0A 3QEVA 3AO2A 4ELVA 2DFEA 3IG1A 4NCGA 4L8RB 1U48A 5HRPA 5I3UA 1QSLA 4FJXA 2HVIA 5KI6A 1RBSA 1Z25A 3AVBA 3VQQA 1KSPA 1JLAA 4F2SA 1NK7A 1TKTA 1WSFA 1NK4A 1KVAA 4HUFA 4E89A 5C42A 4IFVA 3NH1A 3OYEA 4AHRA 4DQQA 1DTQA 1S1WA 4LD0A 4DFKA 2E4LA 3OJSA 3DLBA 4CEOA 3KKRA 2BE2A 3CM6A 3NF6A 3ZSWA 4DTOA 4CFCA 1TL1A 3SUPA 1QSYA 3DLKA 4Y1DA 4O0IA 4Z4GA 3ASMA 2DY4A 1L3VA 4CJRA 3KLHA 4OGEA 2HMIA 2HVHA 2VG5A 1LAWA 3ZT4A 4E1NA 5FRMA 4DFMA 4AHVA 2B4JA 1VSMA 4NYFA 4BE0A 2R7YA 4FLTA 4GVMA 3S3NA 1RTJA 2LSNA 4CIEA 4B9VA 2YV0X 3S3OA 4FJ8A 3SPZA 1CZBA 1CXQA 3SUNA 1YT3A 2G8HA 2KFNA 2HW3A 2HHUA 2QK9A 1O1WA 4FJHA 1C0MA 2IDOA 1BI4A 3I0RA 3QNNA 4CEDA 3PO4A 1JLGA 2ETJA 3C6UA 4OKEA 1XWLA 1EXQA 3NCIA 4JS5A 1SKRA 3DMJA 1ZBIA 2YNGA 4K8ZA 2G8IA 5HRRA 1S1XA 5HROA 3HPHA 3SCXA 4AHUA 1LW2A 4DTPA 4FZXC 4KTZA 3VQAA 2Y1IA 1RT1A 3JYTA 2I5JA 1HNVA 3LP1A 1S9EA 3AV9A 1Q8IA 5CYMA 1U4BA 4FYDA 1Y97A 4BE1A 1L3SA 3AVCA 2FBYA 3OS2A 5KGXA 2ATQA 2G8FA 4CJ3A 4CHPA 3HP6A 1XHZA 2ZD1A 4CJKA 3EYZA 2WOMA 2IOCA 5CY4A 2IAJA 4OKKA 3T19A 1QHTA 1WN7A 5C25A 3QNOA 2GBZA 1BHLA 1LWEA 4CHZA 5HLFA 3K5OA 4FK2A 1RT2A 3TI0A 4C8OA 4B3OA 4B9SA 1LV5A 3IAYA 4CEAA 4CGHA 3RMAA 4CJ4A 4DTUA 1KFSA 2G8UA 4HCCA 4RG8A 3OS0A 3DOLA 2KTQA 1KVCA 3SUQA 1HYSA 4DWIA 4M3ZA 3VQEA 4Z4HA 3D45A 2VWKA 4AHTA 5KRTA 1C1BA 1SL2A 1N6QA 4BDZA 4KFBA 2OYQA 3KD1E 4FJ5A 1WSJA 4RW7A 1HYZA 1KCFA 3PX0A 4DSLA 2B6AA 1HPZA 1NK6A 4MQ3A 3M8RA 1CXUA 2IS3A 1FKPA 4DG1A 4N47A 3QEIA 1MU2A 3AVMA 4BDYA 2NUBA 1IKWA 3ULDA 1VRTA 2P51A 3QEWA 4DQRA 3QEPA 2EHGA 1D8YA 5JS2A 4E3SA 2D5RA 3DOKA 4CK2A 4CESA 3SNNA 1RTIA 4DTNA 3DRSA 4PA1A 2FBXA 5J1EA 2HNZA 1RILA 4CECA 2RF2A 3OYCA 1RT3A 1JLCA 1VSHA 3FFIA 4E19A 4FLXA 4CJLA 3P5JA 3QETA 4FLWA 1Q9YA 4CERA 5J2NA 1VSFA 3S9HA 3VQ7A 2HHTA 4Z4IA 2O4GA 4XIUA 3DYAA 3C6TA 3F9KA 3LAMA 3ZSVA 2IC3A 2RN2A 3K5NA 4J2BA 3AVFA 4EP4A 3KJVA 4CE9A 3VQ4A 1RTHA 2Z1JA 3NDKA 2HHQA 1YVUA 2RKIA 1TL3A 1F21A 3ISNC 1A5VA 3QEXA 3KLEA 3KK2A 1WNSA 1D9DA 4DSJA 3AO3A 4CCHA 1NJZA 2HHSA 4O44A 1C0UA 1TK0A 2OPQA 4DSEA 4FK4A 4FJGA 3U3GA 4Z4EA 3CQ8A 2OZMA 4G1QA 4RW6A 4IFYA 5HBMA 4KV8A 1RT4A 4DTJA 4M45A 3OYLA 1FXXA 4DLGA 4EZ6A 4CJTA 4M3WA 1Q9XA 3AVHA 1IKYA 4ID1A 4Y1CA 4FJ9A 1TKXA 4CJVA 4FXDA 1U47A 4ZTJA 1TV6A 4FK0A 2XY8A 4GMJB 3OYMA 1HJRA 2X6SA 3CM5A 5HRNA 2GV9A 3A2FA 4FM0A 4DFJA 1IG9A 4M3UA 1S5JA 2B5JA 2JLEA 2YHBA 3TABA 4B8CA 4TSXA 4F3TA 4MFBA 3KIOA 4FJMA 3TANA 3MXIA 1UWBA 2DTUA 3P83D 3OYHA 2OA8A 3NGZA 1EP4A 3VQ6A 4DTMA 4CJ5A 4ICLA 4RW8A 2IGIA 3DM2A 1A5WA 3TAPA 1RCHA 3B6PA 4HCBA 4H4MA 3L2RA 3VQCA 2FBTA 4FJNA 1C0TA 3DLEA 3P1GA 3WNHA 3KLGA 3PO5A 3HL8A 3SV4A 1QS4A 1X9WA 2Z1IA 4FJIA 1J5OA 2A1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XF5A 2R92J 2OCCH 3HT3A 4HTUA 2KKZA 3JAMO 2MYSA 5FPNA 2ECBA 1RBUA 4OLAA 1NBWA 3VEOA 4FISA 2CG4A 4H5TA 3HSEA 1R1VA 1XGSA 4AILC 3HOYJ 4EQQA 2EFWA 1BR1A 4O4GA 4RM3A 2HYFA 3IRXA 3BTJA 4NQWB 1BIBA 4IHXA 5F1JA 3R0AA 3JSPA 3RYPA 4DQPA 1DP7P 1KYZA 2WV1A 1EETA 3CG7A 3RPUD 1S29A 4KITB 2P6SA 4N41A 3LWFA 2IS2A 3BG6A 4CGZA 1GHCA 2JA5J 2N8GA 1NJYA 2QWOA 1KAYA 1Z67A 2MSYA 3A0HC 1BC7C 4BWJA 2Q1ZB 1GLJO 4M74A 2J5OA 3NGIA 4Z4CA 4K41A 2D0CA 2AQFA 3QP6A 4F9OA 4F2RA 3TAMA 2YPRA 1S6QA 2IJLA 3T0YA 1QQCA 3PX4A 1X3NA 1X58A 3AVNA 4JK1X 3CFPA 5I9EB 2ID6A 4GYIA 1TWCJ 3A8YA 3ZSOA 4W5NA 1TNTA 2G0EA 5HDGA 1UG2A 1ASVA 1PUFA 1GVDA 5E41A 4I2QA 3KYLA 4WXCA 5E1XA 3V8LA 1J53A 4XH4A 3ERMA 3H0GJ 3EEQA 2FSWA 2O8XA 3E66A 5ILSA 2VGMA 3T5XA 4AM3A 1ZK8A 3U8XA 1NM1A 1WJFA 5J2MA 1I27A 4XR6A 1T44A 3HRSA 3COAC 1NGGA 5E3MA 1VQ6I 5LHGA 4KPYA 3FISA 3HRUA 4RA2A 4FVMA 4JHDA 4FQGA 3O2PE 3ZSQA 2YKNA 3VQPA 1HA8A 3M8EA 4BY1J 3CC2N 4WQ4A 4DSFA 3AL0B 4BROA 4PJNA 4M63C 1A35A 3O3FA 3WHCA 1KC8O 3TKYA 4E7IA 1JLFA 5J4VA 1MDMB 3O08A 3I54A 3E5UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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