2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
4M3XA 1YT3A 3CFOA 4N56A 1KFDA 3HM9A 4FLVA 3S9HA 1W9HA 1KCFA 3KKRA 1RCHA 3MEEA 4M45A 3JYTA 1TAUA 4KHSA 3OYFA 4M3RA 2AJQA 3NH1A 4CFBA 5SWMA 4AHRA 3BGRA 3K58A 4DQSA 1S1VA 3VQ4A 1RBSA 4KTZA 3VQ8A 5C42A 4JS4A 3SZ2A 4E1MA 4CEDA 3V1OA 4DSLA 4E1NA 2DY4A 4BDPA 4IG3A 4N47A 3HXMA 1T05A 4HUFA 3AVJA 4AHUA 1RDBA 4M3UA 1ITGA 2OZMA 4RG8A 4DTRA 1MU2A 1F21A 5EU7A 1KTQA 5K14A 3D45A 1RDAA 1VSIA 3QEVA 1LWFA 4TSXA 4W5QA 1C1CA 3HPHA 3P1GA 3T1AA 3KLEA 4KV8A 3L2WA 1D9FA 3OYGA 5J2NA 1RDCA 1YTAA 1JLAA 3BDPA 3OY9A 1WSFA 4DU1A 3AO1A 1LV5A 3PY8A 2O4IA 2DFEA 3RMBA 3AVKA 1L3VA 3LALA 4FJMA 2RN2A 4W5TA 1HQUA 4ICLA 3O4NA 4CEZA 2G8IA 4FJIA 1JL2A 1RT3A 4BWJA 2IS3A 2VWJA 5I42A 4DSIA 1VSJA 4FK0A 3TI0A 3RR8A 1WSGA 1SKRA 4B8CA 2E6LA 2ATQA 3M8PA 4DLGA 3IAYA 1ZYQA 3PX0A 3K5LA 4C8MA 3SUQA 2D0BA 3L2VA 4QAGA 4CF8A 1O1WA 4CFAA 4CFDA 1I3AA 4DSFA 4KHUA 4PWDA 3A2FA 1HJRA 3E01A 4CEOA 3AO2A 4RW7A 2HHTA 1YTUA 2YHAA 4B9SA 2HHVA 3TARA 3KLIA 2BE2A 4Z4EA 1RT2A 4Z4HA 1JLEA 1J54A 1JLFA 1RBVA 1VSMA 3OS0A 3OYDA 4FLWA 2YKMA 4JRQA 1XI1A 1T7PA 3AO5A 4O0IA 3SCXA 2P5GA 4KRFA 3HVRA 3HPGA 1WLJA 2OPRA 5SZTA 1NKBA 3ZSQA 5J2PA 2ZQBA 3V9UA 3CG7A 4MQ3A 1RTJA 4CHZA 2JLEA 3PX4A 1Y97A 2B4JA 4IFVA 4CJKA 5HRNA 2B6AA 5E41A 3L2RA 4ELUA 4Z4GA 3TR8A 3DLHA 2PZSA 3TAQA 1FXXA 1G15A 2DFFA 3AA3A 4DTPA 2IC3A 3EY1A 2WONA 1JLQA 1S5JA 2X78A 3QIOA 3V9XA 1NK9A 4F8RA 1RBRA 3SPYA 4N5SA 5KRSA 4ZHRA 4M42A 3MXMA 4OJRA 4HUGA 4R5PA 1GOCA 4DFMA 4CK1A 3V9WA 4NYNA 4ELVA 4IFYA 2HHSA 4OKEA 2B5JA 1HMVA 2HNDA 4FM1A 4KTQA 4UQGA 5HRSA 4DSEA 4F3OA 3LWMA 4O5BA 1TAQA 3ZT2A 3L2UA 4W5OA 5J2MA 3C94A 3K2PA 4H4MA 4B9UA 4RW9A 2YNFA 4OKKA 3ZT1A 5CYMA 4DU4A 1D5AA 1X9SA 5CZ1A 4CEQA 2G8WA 2RKIA 4FZXC 1WSEA 2VG5A 3RR7A 2P5OA 1RT6A 2YKNA 1ASUA 4FJXA 3JSMA 3SQ4A 3RRGA 2Y1JA 1Q9XA 2OA8A 1QQCA 3K5NA 4J2DA 3KLHA 4OKJA 3O4QA 3P5JA 2VWKA 3B6OA 2XO7A 3DOLA 3G10A 3KKSA 4FJHA 2HVHA 4CIFA 3AO4A 3FFIA 3HVTA 3SYZA 1DLOA 2QKKA 5FRNA 4HHTA 4DQPA 4O4GA 4IG0A 3T19A 4BE0A 1NK6A 3LP1A 2WOMA 4FJ8A 1CZBA 1KLNA 3HO1A 1RT1A 4E7LA 3OS2A 3NDKA 1C0MA 3SUNA 2A1RA 1S1TA 1NKEA 4C8LA 2NUBA 3LP0A 3QLHA 4FVMA 3ZSOA 4CHNA 3QNNA 5JS2A 1ZBIA 4B3OA 4CCHA 3LAKA 4CHYA 1S1WA 4DTJA 4HVJA 4I9LA 1K6YA 4KKOA 3VQ9A 3OYIA 1HNIA 1GOBA 1UA0A 1TKZA 3QERA 3VA0A 4CF2A 1UWBA 1RTHA 1SUQA 1TV6A 2OPPA 3AVFA 1KVCA 2D5RA 3F9KA 3LANA 4XIUA 1WNSA 3L3VA 3NGYA 4KI4A 3AVGA 4E7HA 1NK4A 1CXQA 3ITHA 1HRHA 3HP6A 4CJFA 1QSYA 3UIQA 3SQ2A 1X1PA 3KD1E 2I5JA 1IKVA 4LSNA 5KTQA 1KVAA 2KW4A 4M3TA 5CZ2A 4FK2A 3VQ6A 3K5OA 3F73A 1BQNA 4E89A 1VSHA 1NK0A 1BI4A 1X9MA 4CJRA 4CJ5A 4ID5A 4FJ7A 1BHLA 3O3FA 3NE6A 1TKXA 4RW6A 4CGFA 3DRPA 1KRPA 4AHCA 3QETA 1A5WA 3ZSYA 3AVHA 3M8RA 4EP5A 4KPYA 4KTWA 1LWCA 3I0RA 1WSJA 3VQQA 3L8BA 1TGOA 3LAMA 4FLTA 3TAFA 3ZSRA 2G8HA 4QCLA 2A1SA 4RW8A 2VG6A 1LAWA 2Z1GA 4NCBA 1RT5A 3VQ7A 4FM2A 3AVNA 4OGEA 3OYAA 3S3OA 3S3NA 2HB5A 3QINA 3PUFA 3LZJA 4E0DA 4EZ6A 1QE1A 4F2SA 5KGXA 3OJUA 4O44A 1SKSA 3PO4A 4FJ5A 3VQ5A 2IOCA 1HQEA 5HRRA 2KZZA 4Q0BA 3MXIA 1L3SA 4OPKA 1L3TA 3NF9A 1IO2A 4FJJA 3NGIA 3K57A 3CFRA 4CIGA 1ASWA 1J53A 4HUEA 3V1RA 5FDLA 1NJXA 1FKPA 4C8NA 3IS9A 2EX3A 4BE2A 3QESA 4FK4A 4CEAA 1L5UA 3AA5X 3QIPA 3HT3A 4DTXA 4PQUA 2YHBA 4J2EA 2HHWA 4H4OA 4FCYA 1NJYA 1JXBA 3OVNA 5KGWA 4E19A 4OVLA 4PA1A 2KZMA 4BDZA 1DTQA 3U6FA 1S1UA 2QXFA 2DFHA 1YVUA 3H08A 3SJJA 4WE1A 1J5OA 1R0AA 2EHGA 3B6PA 4FLUA 4PUOA 4DFPA 1QSLA 1XWLA 1BCOA 4O0JA 2GV9A 3AA4A 3VQDA 1TK0A 1BI4B 1BIZA 1UAXA 3KJVA 2KFZA 4Z0UA 4KFBA 4KAZA 3QEXA 2E4LA 4CJWA 2ZD1A 1L3UA 3KLGA 1B9FA 4FJNA 2F8TA 4FYDA 3AVMA 1QTMA 5I3UA 3NGZA 1Q9YA 3HYFA 4CE9A 2D0CA 1TL1A 2P51A 3PV8A 3NAEA 3V9ZA 2Q3SA 4OLBA 5J2QA 3SPZA 1T8EA 2G8KA 4KHWA 4YNQA 4B9MA 4F4KA 1KVBA 1SL1A 3THVA 2PY5A 2X6SA 5HP1A 4CJEA 3HPOA 2OPSA 1XC9A 1U4BA 2BANA 3LP2A 4H8KA 2OYQA 3TAMA 1VSKA 1WAJA 1ZBFA 2Z1HA 4HCBA 3V1QA 3V9SA 4FXDA 3OYKA 1NKCA 1QS4A 1FK9A 1HYZA 1RT7A 4E7KA 3NF8A 3WNGA 1NJWA 3I0SA 4E7IA 3OYCA 4ZTJA 3O3HA 3NCIA 4ELTA 3AVAA 1JLBA 2ZE2A 4JRPA 1JL1A 1XHXA 4DQQA 5FRMA 2HHXA 4CESA 5C24A 3VA3A 3NHGA 4O55A 2XY6A 5HROA 1TL3A 4AHSA 1ASVA 4CFCA 4EP4A 4B9TA 3ISNC 1REVA 1XHZA 4OLAA 4DSKA 4NCGA 2BGGA 3L2QA 3MEGA 4GW6A 1S9EA 3LWLA 4LH4A 4CGGA 1LAVA 4DU3A 3VQCA 3WNFA 4B8AB 4FM0A 2IDOA 4CGJA 2HMIA 4CHOA 3M8QA 4Z4CA 4CK3A 1BGXT 2X6NA 2IAJA 3C6TA 3ZCMA 3OYJA 3HK2A 3G0ZA 1RBUA 1B9DA 1SL0A 4DLEA 1LWEA 4KHYA 4CJQA 3ZT4A 3CFPA 3DLEA 5CY4A 4DF4A 3K5MA 1KSPA 4CF1A 3MAQA 1Z25A 5HRPA 2FBYA 4B08A 3CQ8A 2P1JA 1NK8A 3DRRA 1JLCA 3OS1A 1LW2A 3SI6A 1EXQA 2VG7A 3LDSA 3IG1A 2OPQA 4I7FA 1WN7A 3SV3A 2RPIA 3OJSA 4J2AA 2Z1JA 4EZ9A 4FJ9A 1BIUA 2ITGA 4CJ4A 4DTSA 4DTNA 2PYLA 3SQ1A 1CLQA 4BACA 1U48A 1HNVA 4CGIA 2W42A 3V6DA 2BDPA 1X9WA 3EYZA 4Y1DA 4LD0A 3ZSWA 4CHPA 3KLFA 4DQRA 2PYJA 4C8OA 4KB0A 3ZSXA 3AVIA 4CJUA 4FLZA 1ZBUA 1C6VA 3ALYA 4DS4A 3ZSZA 4KHQA 1BCMA 2YNIA 4E3SA 3DMJA 4CF0A 4CJ3A 4CJPA 3RMDA 2XY8A 2OZSA 2FC0A 3DLRA 4AILC 4M3ZA 1ZBLA 2JGUA 4Y1CA 3WNHA 1U45A 4FZZA 2Y1IA 4F3TA 2HHQA 1SV5A 1IKYA 1RDDA 3IRXA 3ULDA 2XY5A 2KFNA 5KRTA 4CK2A 3HSTB 3U3YA 1VSFA 2DTUA 3ZT0A 3ZT3A 1JLGA 3NH0A 3HL8A 2FBXA 1WSHA 1BL3A 2YNGA 1N6QA 2F8SA 1DTTA 1IH7A 5KI6A 3OYEA 4ZTFA 4HCCA 2E6MA 4M3YA 1WAFA 3U3GA 5DMRA 5FROA 4GVMA 4LSLA 1NOZA 2KTQA 4KO0A 3AA2A 3DLGA 1T03A 1EKEA 3DYAA 4FJGA 3OYHA 3V81A 4CEEA 4FW1A 4DS5A 3LP3A 4M41A 3AV9A 2XY7A 1VRTA 4NYFA 3MXJA 4OGCA 4L8RB 3KD5E 3TAPA 4B9NA 1UOCA 2YNHA 1JKHA 4FW2A 4CEFA 2O4GA 1S6QA 4W5RA 4K8ZA 1FKOA 4F2RA 3EZ5A 3QEWA 4Z4FA 1CXUA 3KK1A 2D0AA 2GBZA 3LZIA 2HNYA 4MFBA 3DRSA 4B9LA 3DOKA 2KQ2A 5T7BA 4LH5A 1RTIA 3SUPA 2X74A 1BQMA 4CERA 3L3UA 3NBPA 3KIOA 1TK8A 1HYSA 4CJSA 4K8XA 4BWMA 4HTUA 2HNZA 1LW0A 4RW4A 4Z4IA 4PY5A 3PO5A 4FJLA 3KTQA 4N41A 1RNHA 4IDKA 3NFAA 2HW3A 1C1BA 4BDYA 4E7JA 1W0HA 3QNOA 4DQIA 4FZYA 5C25A 2GUIA 3DLBA 4DSJA 4KB1A 1RTDA 4DTOA 3CYMA 5D3GA 4BE1A 3AVBA 1SKWA 3ZSVA 3QEIA 1U49A 1Q8IA 1TK5A 4I2QA 1QHTA 4I2PA 1EX4A 2XHBA 1VSDA 4AHTA 3QEPA 3DI6A 3C95A 3OYBA 3NF7A 3OYMA 1SL2A 1N5YA 3P83D 1S1XA 1C1AA 1VRUA 3RMAA 1VSLA 3WNEA 3AO3A 2QK9A 1IKWA 4QOZB 1NK7A 4KHNA 4CJLA 1UA1A 3K59A 3OYLA 3TANA 3KK3A 4ID1A 3SQ0A 4YFUA 3KK2A 2G8VA 2FBVA 2RF2A 1TKTA 3VN5A 3NF6A 3TAEA 4CJVA 4Q5VA 3ASMA 3NH2A 4M3WA 3RRHA 2G8FA 4B9VA 4N76A 1IKXA 1KLMA 1RILA 2FBTA 4FLYA 4DTMA 1A5VA 2YV0X 3T3FA 4G1QA 4CHQA 4DTUA 4NCAA 1C0TA 3TAGA 1VK0A 4IBNA 1Z26A 3RMCA 3AVCA 1NJZA 1WSIA 4FJKA 2IGIA 4CGHA 1KFSA 1S6PA 3VQAA 5JS1A 3O3GA 1EETA 1VSEA 4CEBA 3LPTA 3VQBA 2G8UA 4CECA 2Z1IA 1QSSA 1S9GA 3LPUA 4DG1A 3TABA 1RBTA 1BISA 4FLXA 2XRIA 3RTVA 1I39A 3CM6A 4JS5A 4IKFA 1D9DA 4JLHA 3AVLA 3C6UA 3VQPA 1U47A 3DLKA 1D8YA 1U04A 3MEDA 5DK5A 3VQEA 3MECA 4CGDA 2HHUA 4GMJB 1CZ9A 3DM2A 1B92A 1HYVA 1J9AA 2HVIA 1EP4A 1ZBHA 1GOAA 4OPJA 3RWUA 3OYNA 4KREA 3M8SA 2R7YA 2LSNA 2F96A 4KI6A 3HJFA 1NK5A 4W5NA 1C0UA 3SNNA 3S3MA 3HP9A 1HPZA 5CYQA 1TKDA 2QKBA 3CM5A 1TVRA 4DWIA 4C8KA 1JXEA 1NOYA 3SUOA 3V4IA 4CJTA 4J2BA 4DF8A 1RT4A 4CF9A 4DFJA 4LY7A 3D0PA 4AH9A 3TWHA 4CIEA 2ETJA 5HBMA 5J1EA 4I9QA 5HLFA 1A5XA 4DMNA 3PX6A 3I8DA 3SV4A 4DFKA 4AHVA 1IG9A 3QO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YT3A 2WAQA 3HSCA 2JT1A 2HQ5A 3UB5A 3PQJA 3GBTA 4DTRA 1SFEA 3S16J 3HTVA 2WTEA 4BXUA 2JUGA 1HJOA 3CJ9A 3KLEA 2QWLA 1GLJO 4LC9B 2HOEA 5HDKA 3AVKA 5K1YA 2NRHA 4O8KA 4FK0A 2V9PA 1TLHB 3M8EA 4LF4K 3I64A 4GVEA 5EG0B 2R5ZA 2JTVA 4KHUA 2FU4A 4CEOA 4MLOA 3OS0A 3GLLA 1WBDA 3HPGA 1SC7A 1SD7A 3BZCA 2FXUA 2DT5A 2GIVA 1XTAA 3CJQB 1XGOA 1G15A 1U0JA 4XH4A 2OPTA 1GOCA 2VJIA 3GWZA 4Q47A 5J2MA 3QICA 1OH7A 2Q97A 2IRFG 2YNFA 3BY5A 4CEQA 1DP3A 1HBXG 3Q7CA 3HM8A 2E34A 5H2FC 2E35A 4CIFA 2TDXA 2M4KA 1JHFA 4IDHA 4FVUA 3BEXA 2NXNB 1RT1A 4QSHA 3I4MJ 3CCMN 1OPCA 4HVJA 2F4VK 4XRSA 3ZN1A 4KICA 4DW6A 2O8FA 1NK4A 1CXQA 2LY2A 2ZNZA 4M3TA 1WJDA 1UZCA 3CCLI 1X9MA 4ID5A 3O3FA 4BROA 4CGFA 3WXIA 1VZ0A 2G8HA 3VGKA 4MDAA 1H0MA 2HB5A 4EZ6A 4FWMA 3RDIA 5BR8K 1X1DA 3GZ5A 1ASWA 4HUEA 1FKPA 2NZTA 1NJYA 4ISGA 2O8FB 3OVNA 4GXOA 4PA1A 1EV7A 1QO0D 4NHJA 1IW7F 3KJVA 1T6SA 5IYDJ 4KFBA 4KAZA 4IO8A 4GO1A 4QLCU 3BR5A 1QTMA 4V19S 5JVTA 4BRCA 3ID8A 2NS7A 4B9MA 1BI2A 3AG2H 2DMTA 5DM6F 1S72N 2KIUA 1VSKA 4HCBA 1RNLA 5D6FA 1FK9A 1AKHA 2HXIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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