2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
1BL3A 4E1MA 3IRXA 4YNQA 1BI4B 1WSGA 4PA1A 4NYNA 3QERA 2WOMA 4JRPA 2FBYA 3HPGA 4Z4CA 2GV9A 3DRSA 1IO2A 4CJQA 4KHSA 1TL1A 4E7JA 3WNFA 4DTOA 1KSPA 4C8OA 2KQ2A 4IDKA 3LAKA 1NKCA 4EZ9A 1HJRA 3KTQA 4M3XA 1TAUA 3OYEA 1CXQA 3HL8A 4BDPA 3L3UA 3IS9A 3RMDA 3L8BA 2G8WA 1EXQA 1BGXT 2VWKA 5KRSA 3SJJA 2PYJA 3VN5A 4CFCA 2LSNA 4NCAA 5J2QA 2FBVA 3TAGA 1L5UA 2YKMA 4DTJA 4OKKA 1TAQA 3K58A 1KVCA 3IG1A 4CHNA 4DS4A 3PV8A 2IAJA 4KB0A 4FJLA 3HO1A 1RDBA 3SZ2A 1L3TA 4Q0BA 2NUBA 3LP1A 4CFAA 3V4IA 1TKZA 4O0IA 4GVMA 5KRTA 1T03A 3RWUA 4K8XA 3HK2A 2F8SA 3VQQA 3OYAA 2HVIA 4DSKA 1HRHA 1S9GA 3U6FA 5HRPA 4W5NA 4DTPA 4JS5A 3V1QA 5HROA 2Z1JA 4B9LA 1LW0A 3V9SA 1NOZA 1ZBIA 1X9WA 5CYMA 2GBZA 5HLFA 2XRIA 3U3GA 4DU3A 3RMBA 1VK0A 3QEPA 1D8YA 1REVA 1J53A 4B9MA 1S9EA 3LP3A 4IKFA 2ZE2A 4CJSA 1JLEA 4OPKA 1C0MA 1RILA 3NDKA 4CFBA 1RCHA 3QETA 4AHSA 1DLOA 1KFDA 1HNVA 1JXBA 3V9UA 1CZBA 2A1SA 4DLGA 3K2PA 3ZT4A 3AO4A 4CF1A 4CJPA 3V9WA 2PY5A 4C8KA 1L3VA 3SPZA 3AVIA 3D0PA 1BHLA 1LAVA 5J2NA 2OYQA 1U48A 2HMIA 3K5OA 4Z4HA 4B8CA 4DSEA 3OYLA 5I3UA 3HT3A 3QEVA 2P51A 3LALA 4DLEA 1RTIA 2HHXA 3LDSA 1C1BA 3C6UA 2PYLA 1BQNA 4IFYA 4ICLA 1Q9YA 1B92A 1BI4A 3D45A 4JS4A 4FK4A 4YFUA 1NK0A 3OS0A 3CFRA 2G8VA 3CM6A 4ZTJA 4FZZA 4NCBA 1S1VA 3A2FA 1RT7A 4CF8A 2HHWA 5DMRA 1HPZA 1X9MA 4CEQA 4HUFA 4FXDA 3L2RA 2O4IA 1ZBHA 4F3OA 3NGYA 2YNFA 4J2BA 1FKOA 1WAFA 2YNIA 3OVNA 4H8KA 1TK5A 3KD5E 2WONA 1JLBA 4FJ8A 4CJ5A 1D5AA 3CG7A 4AHTA 3OYMA 2VG6A 1DTQA 4AHUA 1WSJA 3I0RA 2BANA 1TKTA 3NF6A 4Y1DA 4KHQA 4Z4IA 4LH5A 2KFNA 4FJGA 4HUGA 2IS3A 3ZSVA 4J2AA 1J5OA 3KK2A 1B9DA 1JLFA 3ZT1A 4CGIA 4E89A 4DWIA 2JLEA 2FBXA 2Z1HA 2Y1IA 4FZYA 4OGEA 4CFDA 4BWMA 3KJVA 4KKOA 3VQDA 3B6OA 2FBTA 1C0TA 1BIZA 3AA3A 1DTTA 3SNNA 5FRNA 4EZ6A 3O4NA 3KK1A 3VQEA 4BE0A 4LD0A 3PUFA 3MXMA 1TKDA 1YTUA 4M42A 1QSYA 4N5SA 3WNGA 4W5RA 2G8UA 5CYQA 2XO7A 1IKWA 1A5VA 3LAMA 3UIQA 4Z4GA 1VSIA 2B6AA 3VQ9A 1RTJA 3V81A 1F21A 1Y97A 3VQ7A 1QS4A 2OZMA 4RW9A 4M3RA 4QAGA 4FJIA 1LWCA 3ASMA 3SPYA 4O4GA 4CEEA 1W0HA 4M3ZA 3AA5X 3P5JA 3O3FA 1JLQA 3JSMA 3AA4A 5FRMA 3VQBA 3ZCMA 1B9FA 3E01A 3KLIA 2HHSA 4Y1CA 1N5YA 2DFEA 3H08A 1KLNA 4ELUA 3HP9A 3ISNC 3DOLA 1Z26A 3MEEA 1SL0A 3CQ8A 3M8PA 2G8HA 4QCLA 3KIOA 4CJ4A 3OYGA 1L3UA 3NH1A 3PX4A 3QESA 1VRTA 3NBPA 4PY5A 3OYHA 3SQ2A 2DY4A 4C8MA 5DK5A 1HNIA 3ZT3A 3FFIA 2P1JA 3TI0A 3EYZA 4ELVA 4MFBA 4F2RA 4FK0A 1ASWA 4DSJA 1RDDA 5FROA 5HP1A 3V9ZA 4CCHA 3PO5A 1R0AA 1LWEA 3SQ1A 1BISA 3G10A 3MEGA 4KFBA 3OYKA 4Q5VA 4H4MA 3C6TA 3ULDA 3NF8A 2Y1JA 1EP4A 4FW2A 3QIPA 4FVMA 3OYCA 3TARA 2RF2A 2GUIA 1NK7A 4B3OA 4CJUA 1EETA 4BWJA 3S3OA 1RBVA 3PX0A 2BDPA 4JRQA 3AVNA 3LPUA 4M41A 1RBTA 4CEAA 4CECA 3KLEA 3DLHA 4CHPA 3KLFA 4BE2A 1WSFA 1TL3A 3HYFA 4LY7A 3OYDA 2ITGA 4BE1A 1NK9A 4CHQA 4FJXA 4Z4FA 3VQCA 4FYDA 4KTWA 3M8SA 2HNZA 1UA1A 3ZSQA 1QSSA 4KHWA 2Q3SA 3QIOA 3HP6A 5J2MA 4F4KA 4HCCA 4KPYA 1IKXA 3MECA 4FM2A 3SUPA 1W9HA 4MQ3A 4TSXA 3OS1A 4BACA 1YVUA 3OJUA 4AILC 4CGFA 4DSFA 4KHUA 4CEOA 2RN2A 3TAQA 1QTMA 4HCBA 1FK9A 4KB1A 2D0AA 4WE1A 3L2QA 1ASUA 4DS5A 3PX6A 2QKKA 1JLAA 4FJ7A 2G8IA 1CLQA 4CHYA 1NJXA 1NK4A 2KW4A 1S5JA 3AVJA 4EP5A 4GW6A 1VSFA 2IC3A 3NGZA 2DFHA 2OPQA 3AVAA 3BGRA 3DLGA 1TVRA 3NAEA 4CEFA 2X74A 1KLMA 3K5NA 5JS1A 3ZSYA 4B08A 3HXMA 1HYVA 1X1PA 1NOYA 5KTQA 4OKEA 4L8RB 4OKJA 3SQ4A 4RW7A 5JS2A 1C1AA 4K8ZA 1YT3A 4FCYA 4DTSA 3RTVA 1NK6A 4J2EA 4OLAA 2BE2A 4N56A 5C42A 3I0SA 2KFZA 1JLCA 3B6PA 4CESA 3LZIA 1X9SA 5E41A 4W5QA 3KLHA 3NHGA 4FJ9A 2ZD1A 3SCXA 3AVFA 1XHXA 1S1XA 3TAEA 1Q9XA 1T7PA 5CZ1A 4FW1A 1KTQA 1UA0A 1RBUA 2HHUA 5HRRA 4OVLA 3CFPA 1RT5A 4CEBA 4DFMA 4E0DA 4F3TA 3K59A 4CJKA 4Z4EA 2QXFA 4EP4A 2D0BA 3NH0A 3SI6A 1HMVA 3NGIA 4FLVA 3M8RA 3TABA 3SUQA 4KAZA 1JL1A 3AVHA 5FDLA 4IG3A 1VSJA 2YKNA 1IH7A 1Z25A 3I8DA 3S3MA 1WSEA 4I7FA 3NE6A 2O4GA 1RT6A 5KGWA 1KCFA 1RBRA 3O3HA 3SV4A 1RT2A 2Z1IA 4KO0A 4DTRA 4HUEA 4XIUA 3ZT0A 4B9SA 1BCOA 1JL2A 2EX3A 3LWMA 2XY6A 3L3VA 1NKEA 1WAJA 1JKHA 1GOCA 3NH2A 4E19A 1C0UA 3KKRA 4F2SA 3DRRA 1VSLA 4LSNA 2KZZA 1U04A 2E4LA 1HYSA 4CJWA 4PQUA 4DTMA 3VQAA 3EY1A 4E7IA 2IDOA 3SV3A 4FLWA 2ZQBA 4FJNA 3RR7A 5J2PA 3AVGA 3LP0A 3P83D 4KTZA 4CHOA 3MXJA 1NK8A 3AVCA 3NFAA 4E1NA 4DQRA 1XWLA 1I39A 4DF4A 2JGUA 5I42A 4B9TA 4JLHA 2B5JA 1S1WA 2RKIA 3OJSA 4PWDA 1TV6A 1CZ9A 1ZBUA 2VG7A 3ZSOA 4QOZB 3THVA 2E6LA 1C1CA 4DFPA 1ZYQA 4LSLA 1YTAA 1NJYA 2P5GA 1CXUA 3CM5A 3SUOA 1HQEA 1RNHA 4GMJB 3HJFA 4CK1A 2HHTA 1WN7A 2BGGA 3TR8A 3OY9A 3VA0A 2G8KA 3QNNA 5C25A 2XY5A 3O4QA 1C6VA 5CY4A 3RRGA 1IKVA 4CGGA 3HSTB 4KTQA 1WNSA 3QO9A 3V1RA 2OPRA 4FLXA 3TAFA 2R7YA 3QINA 4W5TA 1BQMA 4KRFA 1XI1A 3DLEA 4DU4A 3QLHA 1JLGA 3OYJA 2YHBA 1QHTA 1UOCA 1VSMA 2VG5A 1KFSA 3DM2A 1WSHA 3ZSXA 4CGDA 3TAPA 4DQPA 3HPOA 3S9HA 4I2QA 1U45A 1HQUA 3AA2A 4CJEA 4CIGA 3HM9A 3KK3A 4H4OA 5J1EA 1A5WA 5KI6A 1EKEA 2X6NA 3ZSRA 4Z0UA 4F8RA 4DFKA 1VSHA 2YNGA 4CGJA 2P5OA 1RDCA 1VRUA 2D0CA 1FKPA 1U49A 2E6MA 2PZSA 1D9FA 1QSLA 1JXEA 3SYZA 4CF2A 4FJJA 4PUOA 1D9DA 1SKRA 4O55A 2YV0X 2KZMA 3DYAA 4ZTFA 1LWFA 1U4BA 2OZSA 3LZJA 2KTQA 2HHQA 1UWBA 3LP2A 1NJWA 3MAQA 4DU1A 3L2UA 4FM0A 3AO1A 3BDPA 1ITGA 4RG8A 3RRHA 4CIEA 1RT3A 3O3GA 1S1UA 1SL1A 3RMAA 5D3GA 4OJRA 1T8EA 2HW3A 5KGXA 4G1QA 1U47A 1VSKA 4CF0A 4CGHA 3AVBA 4R5PA 1TK8A 3PO4A 4CK2A 3JYTA 3ZSWA 3K5MA 5C24A 1ZBFA 2G8FA 3AO5A 2IGIA 4HVJA 1KRPA 4IBNA 4DMNA 4OLBA 1MU2A 1I3AA 3DMJA 3VQ8A 4AHVA 4BDZA 2FC0A 2RPIA 3DRPA 3DLKA 4KI6A 4W5OA 4DQQA 1N6QA 3TANA 1WLJA 3QEXA 4KV8A 5T7BA 4FJKA 1LAWA 1S6PA 4FM1A 1ASVA 3KLGA 4DFJA 4IG0A 4HTUA 4B9UA 1EX4A 1QE1A 4DF8A 4DTXA 2X6SA 2XY7A 4J2DA 3HVRA 1J9AA 5CZ2A 5HRNA 1LV5A 3VQPA 4CF9A 4RW4A 3L2VA 2A1RA 3DLRA 4KREA 4E7LA 4N47A 3OYFA 2F96A 1BCMA 5HRSA 3DLBA 3U3YA 3PY8A 2AJQA 1LW2A 1FXXA 4NCGA 1NK5A 1RBSA 1T05A 1VSDA 4KHYA 3ITHA 3NF9A 4O44A 5K14A 1RTDA 4ELTA 3LWLA 4FJ5A 1SUQA 4M45A 1TGOA 3LPTA 4B9NA 3S3NA 1NKBA 4M3WA 1HYZA 1TKXA 3NCIA 3QEIA 1SKWA 3HPHA 1O1WA 2ETJA 2YHAA 2VWJA 4E7HA 3KKSA 5EU7A 3TAMA 2OPPA 3QNOA 3WNEA 3IAYA 2F8TA 1RDAA 3RMCA 2DFFA 3VQ4A 2OA8A 3OYIA 2HB5A 1BIUA 1G15A 4DQIA 2XY8A 3V6DA 4CK3A 2I5JA 2DTUA 4IFVA 3AVLA 2Z1GA 4RW6A 4CE9A 3AV9A 3T19A 3C94A 1XC9A 1Q8IA 3F73A 3F9KA 1UAXA 3M8QA 4FLZA 3P1GA 4FLTA 4B9VA 1KVAA 1A5XA 4CJ3A 3ZT2A 1IG9A 1XHZA 4C8LA 4CJLA 4C8NA 4FK2A 4DTUA 3DOKA 1ZBLA 1RT1A 2X78A 1S6QA 1QQCA 4CJRA 3MEDA 3ZSZA 3ALYA 3V9XA 5SZTA 4M3YA 1VSEA 1TK0A 4AHRA 1SV5A 4LH4A 4I9LA 2W42A 2HVHA 3RR8A 2QK9A 4OPJA 4FLYA 4I9QA 4M3UA 4E3SA 4I2PA 4BDYA 1SL2A 1GOAA 1SKSA 4HHTA 2YNHA 4AH9A 4ZHRA 4DTNA 3T3FA 3G0ZA 1WSIA 3VA3A 2IOCA 3HVTA 3VQ5A 2B4JA 5HBMA 3DI6A 4CEDA 4ID1A 3K5LA 2XHBA 4UQGA 2HNDA 3SUNA 1S1TA 4ID5A 4NYFA 4DG1A 3AVKA 3C95A 3AVMA 3OS2A 2HHVA 4N76A 2D5RA 4CERA 1KVBA 2ATQA 4KHNA 4O0JA 4AHCA 3VQ6A 1IKYA 4FLUA 4FJMA 4M3TA 1GOBA 1RTHA 3AO3A 4CEZA 1J54A 4DQSA 4DSLA 3KD1E 4FJHA 2QKBA 1RT4A 5SWMA 1K6YA 4B8AB 4CHZA 3SQ0A 4OGCA 4FZXC 4E7KA 4O5BA 3CYMA 4CJFA 2OPSA 3K57A 4RW8A 4CJTA 4CIFA 3T1AA 2HNYA 3QEWA 3OYBA 4DSIA 3CFOA 3TWHA 3V1OA 3MXIA 4N41A 3AO2A 3NF7A 1L3SA 2EHGA 3LANA 4CJVA 3WNHA 3EZ5A 3L2WA 1NJZA 4KI4A 3OYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFAK 2VUMJ 3CCQN 4F92B 4CCOA 2GV9A 3IWZA 1PP8F 3K1NA 2KQ2A 1MNDA 3E9PA 2IBDA 4M3XA 5LGUA 3SJJA 4LIUA 3CF2A 2JTVA 3CD6N 3BTIA 4KB0A 2IAJA 2IT0A 4GVMA 3HK2A 3NVKA 4JI5K 1E0EA 2IGMA 5AQJA 2UXCK 2F9TA 3AG2H 5LY3A 4A3EJ 1RETA 5EZGA 3ISPA 1MMSA 3LP3A 3O9RA 1RCHA 1IBKK 2JSCA 4AHSA 5GAEJ 1YF5L 2UWMA 2ID3A 2E19A 3K2PA 1HNXK 4JI7K 4A3BJ 2EFNA 2O8EB 1WJCA 2WTUA 2DPNA 1RTIA 1SMTA 3AG4H 4JS4A 1QRYA 2BEOA 1K4TA 3CM6A 2VCPA 2HHWA 3CMYA 5DMRA 5IP9J 1JLBA 3OYMA 2PAVA 1H89C 2Q36A 5ICCA 1VQ7I 1DEJA 2H1KA 2MGQA 3AGKA 3OIPA 1ZR4A 1OMIA 3T8RA 4OGEA 4BWMA 2YJEA 3Q9VA 3O4NA 4ZYEA 3WNGA 2CMPA 2IRFG 2HZTA 2DPUA 4HX8A 2VOOA 1FIAA 1JUMA 1OVQA 3O1WA 3KYCB 3GFJA 5HDNA 3QESA 4LK1F 4C8MA 3FFIA 2P1JA 4DSJA 5FROA 3V9ZA 4ITVA 3PO5A 2IVNA 3QMLA 3J8AA 3OR1C 2X85A 4ZDLA 1KQ8A 4FJXA 3OYDA 3T69A 1I94K 2CUFA 3M8SA 3QIOA 3ZLJA 4FM2A 2K40A 1W9HA 5F64A 4HX4A 2H27A 1JLAA 3KP4A 3FZFA 1S5JA 1HR0K 3AVAA 4A5NA 3HKZA 3QRFF 4CEFA 2A68F 5H6RA 1KLMA 4AIKA 4HF0A 2HBLA 3E6DA 1DUXC 3PO2J 4DTSA 3I0SA 2A69F 4DV4K 3ZQQA 3C7NA 4BRNA 1EWRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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