2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
3MEDA 4CEDA 2P5OA 1NJWA 4CHNA 2R7YA 2GUIA 3KKRA 3L3VA 3HYFA 1RDCA 3B6OA 2ZE2A 1NK0A 4ELUA 2RN2A 3O3FA 4K8ZA 4B9VA 1YTUA 4ELTA 1S1WA 4ZTJA 2RF2A 4B9MA 3OVNA 2YNGA 4FJ8A 2EHGA 4DQSA 1RT4A 4DF8A 4CGFA 1WSFA 5HRNA 3K2PA 3SUQA 4KFBA 3EZ5A 1WSEA 4LH4A 3OYIA 3HJFA 3G10A 2X6SA 4GW6A 5FROA 4WE1A 4O44A 4CF1A 4BWJA 4FZYA 1LWCA 3AO2A 4IFVA 1QSLA 1CZ9A 1YTAA 1C0UA 4FM0A 3VQCA 4JRPA 3MXJA 1S1VA 1C1CA 2GBZA 1RNHA 1SV5A 4CEBA 3KLFA 3K5MA 1JKHA 4E89A 1NK5A 3CG7A 2KZZA 1QHTA 4KHQA 3HVRA 3KK1A 2JLEA 4LD0A 4N76A 4CHQA 1SL0A 2ATQA 1N5YA 1WNSA 1NJZA 4HCBA 5SWMA 4M3YA 3QIPA 5D3GA 4FJ9A 2G8FA 4FZXC 3EY1A 1T03A 1FKPA 4HVJA 5HROA 5J2MA 3HPGA 4FM1A 1WSGA 2GV9A 2FBVA 3ZSXA 3TABA 4DWIA 3NGZA 4YNQA 1U48A 1WSJA 4R5PA 1D8YA 5J2PA 1JLFA 4KTWA 3NGIA 2BE2A 1ASVA 3AVLA 2X6NA 3QO9A 4ID5A 4LSNA 3OJSA 4OGEA 4EZ6A 4KB0A 4I7FA 3KLEA 4PY5A 1IO2A 1TKTA 4FVMA 1BHLA 4CECA 1S5JA 3KK3A 1S9GA 2G8KA 1UWBA 3SZ2A 4DSEA 1BIZA 3V81A 2Y1IA 4CJEA 2HNZA 1QTMA 5KTQA 4CJQA 4E7LA 1XWLA 5J1EA 1TKDA 5HBMA 3QEWA 5C42A 1SL1A 2B4JA 4DSKA 1SKWA 3KD1E 3C6UA 1JLGA 1LWFA 3TAMA 3ZT3A 3V9ZA 4M3RA 3TARA 1IH7A 1XC9A 2OZMA 2KTQA 4CGHA 2HHWA 2A1RA 2Z1JA 3O4QA 1YT3A 4KHNA 1NK9A 3QETA 4TSXA 3RRHA 4F2SA 3S3NA 2F8TA 3O4NA 3VQ6A 4H4OA 1BISA 3AVHA 4AHRA 4CJLA 3CQ8A 4QAGA 1IKVA 4CJSA 2W42A 4KHUA 4H4MA 4AHTA 3V9SA 3ZSQA 4BDZA 3HP6A 4DTMA 3QINA 1XHXA 4ZHRA 4KV8A 3NF6A 2IS3A 2XO7A 3CM6A 4KRFA 2XY6A 2XY7A 3LP0A 1CLQA 2YKNA 2F96A 4E19A 3HXMA 4CJPA 2HHVA 1GOAA 1IKYA 3DMJA 2VG5A 4FLVA 4C8MA 4LH5A 2Q3SA 4Y1CA 4FJXA 2OPQA 3FFIA 3NBPA 1TL3A 5KRSA 3T3FA 4NYNA 1NJXA 5SZTA 2QKBA 3I0SA 3QNNA 1LAWA 1F21A 4HCCA 3OYCA 3M8PA 4W5OA 3DYAA 1RT3A 1IKXA 4IG0A 4RW4A 5JS2A 3M8RA 3RMDA 1KFSA 1D9FA 3ZT4A 3HK2A 1BI4B 4DU4A 2P51A 1I39A 3QEXA 3HM9A 3ZSVA 1G15A 1T7PA 4HUGA 5KI6A 1HRHA 1RBSA 4CJTA 3I0RA 1RT7A 3U3YA 3LZIA 1QS4A 2X78A 1ZBFA 4DSFA 4E7KA 4O0IA 1L3UA 4M3UA 1X9SA 4FJJA 3K5LA 2KFZA 3DRSA 3LWMA 4KKOA 1VSJA 4DTUA 3VA0A 1EETA 1VRUA 3CYMA 4AHVA 4DS5A 4AH9A 4ZTFA 3VQ9A 1NK7A 1KRPA 1CZBA 3RR8A 4FZZA 4E7JA 3U3GA 1C6VA 3VQQA 3G0ZA 4DTRA 3WNFA 4FJLA 1BCMA 3HP9A 3NE6A 4OKKA 2HB5A 1TKXA 3IRXA 4PA1A 1BCOA 4BWMA 2FBTA 1EX4A 4DFMA 4M42A 3VQEA 1X1PA 3TAPA 4CEOA 2RPIA 3IAYA 3PX6A 1A5XA 1RT1A 4CHZA 1KCFA 3SQ1A 4J2EA 3JSMA 2DFFA 4DU1A 3TAFA 1LAVA 4BE1A 1T8EA 3LAKA 4KREA 4B8CA 4I2QA 3OYDA 3DOLA 3VQPA 2LSNA 5C24A 4O5BA 4HUEA 4FK2A 4GVMA 3OS2A 3VA3A 1NKEA 2VWJA 2PYJA 4FM2A 3OJUA 3L2RA 4B3OA 4FW1A 3IG1A 4NCAA 3HO1A 1KFDA 3B6PA 3MAQA 4W5NA 1W0HA 3OYNA 4Z4FA 4UQGA 4FLYA 3ZSRA 1A5WA 4CHYA 4JS4A 4CEZA 3AVKA 4J2AA 2DTUA 4KAZA 1Z26A 3PUFA 1JLCA 2IC3A 1B9FA 4CK1A 1J54A 4BE2A 4FJNA 3P83D 4FXDA 4RW8A 2O4GA 2QXFA 4DQRA 4DTPA 1T05A 2IGIA 3K57A 2Z1GA 3HL8A 3CFRA 3SPZA 4CEFA 1U47A 4F2RA 1JLAA 3HVTA 3OYFA 4B08A 3KKSA 3DLHA 3ZSWA 3AO1A 3I8DA 1L5UA 3SCXA 2OZSA 4O4GA 4CJ4A 1IG9A 3PY8A 4DSJA 4C8LA 4DSIA 2HHSA 1REVA 3KLIA 3K58A 1B92A 4Q5VA 3SQ0A 4N41A 4ICLA 4CEAA 4FLXA 2G8IA 4DLEA 4IFYA 1RT2A 4OVLA 2DFHA 3PO4A 2OYQA 4F3TA 1BGXT 2VWKA 3RMCA 3ZSYA 4CK3A 1QSSA 1BI4A 4FCYA 4JLHA 1WSIA 4DQQA 5HLFA 3MEEA 1A5VA 3L2WA 2D0CA 3HT3A 4CJ3A 3V9UA 4M3ZA 3OYKA 1RBTA 4FYDA 4RG8A 4FJ5A 1TK8A 3KD5E 5K14A 4B9NA 4E3SA 3V1QA 1U04A 4C8NA 2EX3A 1Y97A 3KLHA 5FRMA 3P5JA 3OYJA 1HMVA 3V4IA 2KQ2A 2BANA 4KHSA 1FK9A 2HVHA 1RTIA 4MQ3A 5KRTA 3AVMA 1L3SA 4O55A 5CYMA 3LAMA 3O3GA 4F3OA 4CFAA 1HYZA 4XIUA 3WNHA 3OYLA 3K59A 3M8QA 1WLJA 2YHAA 3AVFA 1NOYA 2FBXA 4RW7A 4M3XA 1XI1A 2HHUA 1VSHA 4CERA 4Z4HA 1RDAA 3L8BA 1RTHA 3QNOA 5J2QA 3CM5A 3HPHA 2G8UA 3C95A 3VQ7A 4MFBA 3RTVA 2PZSA 4DF4A 4CJUA 4FJHA 2E4LA 1RILA 1W9HA 1D5AA 4OGCA 4W5QA 4KHYA 4KO0A 3AVNA 1ZYQA 4GMJB 1SKRA 2XY5A 1GOBA 3NH2A 3DOKA 4E1NA 3LANA 1VK0A 3LP2A 2HNDA 4N56A 1J9AA 4CESA 3DLRA 1X9MA 3M8SA 1VSDA 3C6TA 4CF9A 3ISNC 1JXEA 3OY9A 3OYMA 3OYHA 1JLQA 4DFJA 1KLMA 1Z25A 1Q9XA 1CXUA 2OA8A 3S3MA 4DSLA 2BGGA 2PY5A 3NGYA 4C8OA 4M3WA 3LDSA 4CGJA 1VSMA 1TGOA 3A2FA 2B5JA 4DQIA 4JS5A 3NHGA 2ZQBA 4CFDA 1KTQA 3SQ4A 4CGDA 1RT5A 2B6AA 4CFCA 2D0BA 4YFUA 4DTXA 3OYBA 4QCLA 4CK2A 4FJ7A 3QEIA 3LALA 4M41A 1RDBA 3NH1A 5C25A 3ZT0A 5I3UA 1LWEA 3AVGA 3SNNA 4FK4A 1BQMA 3NF9A 1S1UA 2G8HA 4OKEA 1X9WA 4CF2A 3L2QA 4NYFA 3RRGA 3SUPA 3T1AA 1S9EA 3L2UA 3THVA 1N6QA 1DTTA 1JL2A 4LSLA 4CIEA 3OYAA 4CJWA 4KPYA 2RKIA 3CFPA 2KFNA 4DTJA 2E6LA 1Q8IA 4IDKA 4FLWA 1LW0A 4DMNA 4W5TA 4BE0A 4DTNA 3TAEA 1YVUA 3AVJA 4I2PA 4KI4A 2KZMA 4CHPA 3TWHA 3K5OA 4J2DA 4O0JA 3MXMA 2AJQA 3RR7A 1FKOA 3HSTB 4FLUA 3VQDA 3UIQA 1NK6A 3V1OA 4M45A 4AHSA 3SJJA 1UOCA 1VSEA 1WAFA 4DG1A 4OLAA 1ZBHA 1I3AA 1NKCA 4N47A 1RBRA 1ZBIA 2YNHA 3NCIA 1ZBLA 3KTQA 2DY4A 1JL1A 4RW6A 3ASMA 1SUQA 3RMBA 4DS4A 2OPRA 2WONA 2X74A 2YNIA 3ZSZA 2D0AA 3ALYA 4B8AB 3V6DA 3SUNA 2IAJA 3VQBA 1O1WA 4Z4EA 2HHTA 3KIOA 4K8XA 5T7BA 3SV4A 1C0MA 1EXQA 3AA5X 3AO5A 4Y1DA 5DK5A 3KK2A 5HRPA 2XHBA 4HTUA 4I9LA 5CZ1A 4DTOA 1RTJA 4J2BA 4M3TA 1UA0A 4FJGA 4KTZA 5HRSA 3SPYA 4F4KA 3ITHA 3QLHA 4E1MA 4DLGA 1RCHA 3NAEA 1WN7A 5KGXA 5E41A 3QIOA 4CEQA 3LZJA 2E6MA 4CJKA 1U45A 4E7IA 1IKWA 2YV0X 3NFAA 1S1XA 3DRRA 3NDKA 3V9XA 1BQNA 3NH0A 1FXXA 4CJFA 1RBVA 3OYGA 2P5GA 1KSPA 3BDPA 5FRNA 3O3HA 2A1SA 3LWLA 4BDYA 3LPUA 2HHQA 4CIGA 3IS9A 4CJVA 1LV5A 1K6YA 3OYEA 1XHZA 3BGRA 3F73A 4E0DA 2DFEA 5FDLA 3ZT2A 3QESA 3D0PA 1NOZA 2XY8A 4QOZB 3TANA 3MXIA 4NCGA 1S6QA 3PX4A 4B9UA 3MEGA 3LP3A 1HQEA 5HRRA 3AA3A 4CJRA 4ID1A 4HHTA 1RTDA 1VSFA 3DI6A 5CY4A 4L8RB 2O4IA 2YKMA 2ITGA 1U49A 3AO4A 1MU2A 2WOMA 1NK4A 4IBNA 4OKJA 1UA1A 3DLBA 1DLOA 1U4BA 2HNYA 2P1JA 2HMIA 3SV3A 3JYTA 1HQUA 4ELVA 4KI6A 4DFKA 4DFPA 1KVCA 3KJVA 1C1BA 4IKFA 4C8KA 3RWUA 4NCBA 3QEPA 3SI6A 3TAQA 4DU3A 2OPPA 3RMAA 2PYLA 1TKZA 3ULDA 1LW2A 4CGIA 1C1AA 1RDDA 1NK8A 4B9LA 1HYSA 3S3OA 2F8SA 1HYVA 4KB1A 1DTQA 4W5RA 3PO5A 4FK0A 1JLBA 3V9WA 1D9DA 3TI0A 1S1TA 2IOCA 2BDPA 1JLEA 5CZ2A 3ZSOA 4E7HA 1NKBA 1S6PA 3OS0A 3AO3A 2YNFA 2HVIA 1VRTA 2HW3A 4Z4GA 1SKSA 2OPSA 2ZD1A 4FJKA 3P1GA 3VQ5A 4KHWA 3PV8A 2Z1IA 4B9TA 3HPOA 3LP1A 4PUOA 1ASUA 3QERA 5CYQA 1J53A 3L2VA 3VQAA 4CJ5A 1L3TA 4IG3A 2ETJA 1TAQA 3H08A 2Y1JA 1JXBA 3AVBA 3EYZA 2VG6A 4AHUA 1BIUA 1L3VA 4G1QA 1BL3A 1KVAA 2IDOA 3QEVA 3AV9A 1KVBA 5HP1A 4JRQA 4OPJA 2HHXA 4PQUA 4KTQA 2NUBA 3VQ4A 1ASWA 4Z4IA 1RT6A 1HNVA 1QQCA 3AA4A 3OS1A 4AILC 1VSIA 3V1RA 3L3UA 1UAXA 4OLBA 1HJRA 2KW4A 4DTSA 4FJMA 4FJIA 2VG7A 4B9SA 1VSKA 5I42A 2QKKA 1R0AA 3AVCA 1QE1A 4LY7A 1J5OA 3TAGA 4Q0BA 3AVIA 1TV6A 4CCHA 3U6FA 4FLZA 1GOCA 4CE9A 4RW9A 1HPZA 1VSLA 4CIFA 2YHBA 3K5NA 1RBUA 3DRPA 4Z0UA 3NF7A 3MECA 1EKEA 1TVRA 1CXQA 3AA2A 3D45A 3T19A 3S9HA 4EZ9A 1ITGA 4PWDA 1ZBUA 1TL1A 4N5SA 1TK5A 2JGUA 3SUOA 4DQPA 3WNGA 2FBYA 3C94A 3DLEA 4OPKA 3CFOA 5J2NA 2QK9A 4FW2A 2Z1HA 1C0TA 4H8KA 1QSYA 4F8RA 4BACA 3TR8A 1WSHA 1B9DA 5EU7A 3WNEA 4CF0A 4EP4A 4Z4CA 4BDPA 1TAUA 1TK0A 4FLTA 2I5JA 3ZT1A 4I9QA 3F9KA 5KGWA 3VN5A 2D5RA 4CF8A 1SL2A 1Q9YA 1KLNA 1NJYA 3NF8A 3KLGA 4HUFA 3DLGA 2XRIA 4OJRA 1EP4A 3ZCMA 4CGGA 4CHOA 3E01A 2G8VA 3AVAA 5DMRA 3LPTA 1HNIA 5JS1A 2G8WA 4AHCA 3DM2A 3VQ8A 4EP5A 4CFBA 3PX0A 3SYZA 3DLKA 2FC0A 3SQ2A 4CEEA 1WAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JR3A 2GUIA 1TZLA 3KKRA 2EV0A 2ZE2A 4FOEA 3CIPA 1FMVA 3QYFA 3GTKJ 4H5WA 2YNGA 1MDMA 2E1NA 1WZ2A 5CVJA 3J81O 4LH4A 1HX1A 1UZCA 1IXCA 1KA8A 2E1ZA 2X9DA 1NK5A 3H45C 2HXOA 1SL0A 1VQ8I 5SWMA 4M3YA 4FJ9A 2JJ7A 4CZCA 1YJ9I 3K9JA 4FM1A 4DYQA 2EIJH 2IT0A 4JKEA 1NG6A 5J2PA 2L01A 2W57A 3NGIA 4E70A 4BY9C 5AQXA 4OGEA 2E2QA 4LB5A 5M1PA 2Y75A 1BR2A 2HTJA 4GYGA 3S3NA 2E1CA 4R8HA 2W7NA 4BS9A 1Z7UA 4P9UA 1M1EB 3WGHA 2YKNA 4KIGA 2XPWA 2QQAA 3RSEA 5AQKA 3GTQJ 3M8PA 3ELKA 3MAJA 3FK6A 3LDOA 3GVAA 1SFXA 2DMPA 2VE8A 3QEXA 3PSIA 4G94A 3D2EA 4WYBA 4BROA 4E7KA 4O0IA 4YDUC 4FJJA 3ULQB 4PFPA 4BRDA 4AH9A 4FZZA 3MWMA 3GDQA 4LLGF 5BN9A 4FWQA 3HP9A 2OTJI 4PA1A 3KP6A 3PFIA 4CEOA 3IAYA 4CYDA 3PX6A 2D2WA 3WTYC 1MSEC 5FKKA 3FK7A 3LSMA 2QF7A 1IUFA 2LF7A 2E2IJ 3OYNA 2BV6A 3KP5A 2ESHA 3ZSRA 1Z26A 4RW8A 3K57A 1OCZH 3ZPLA 1T2KA 3DLHA 2LR8A 3VGKA 2E36A 3PNYA 3PO4A 1SMTA 3WT0A 2P5LC 2WB1A 5K5OA 3O9RA 2L54A 5ICCA 5FRMA 3OBWA 2W24A 3O1BA 1U8BA 4PKGA 4F3OA 5CYMA 4L5IA 1ZGWA 5JFRA 4JKDA 4Z4HA 3LAPA 4A3LJ 2Y30A 1RTHA 2JPCA 2A40A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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