2DFHA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-212)-c
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 74
structure length 221
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfhA01
5SZTA 3EZ5A 3ZCMA 3QEWA 4IFYA 3KLIA 3QNNA 3CG7A 1C1CA 4JRPA 3VQAA 3PX4A 1IKVA 3V9UA 1LW2A 4DF8A 3TABA 1KRPA 4FJ9A 3DOKA 1ZBUA 4CK2A 2RPIA 2PYLA 3RRHA 2FC0A 2RF2A 4C8KA 1RT6A 1VK0A 3ZSQA 4CHOA 1ZYQA 4C8LA 5DMRA 3I0SA 4Z4CA 1JKHA 3AO5A 3ZSOA 4AHUA 2B4JA 3OYHA 1BI4B 4DTOA 4K8ZA 5C24A 3JSMA 2P1JA 4AH9A 2FBYA 1J5OA 1ZBFA 3VQQA 3SUOA 1YTAA 4JRQA 4M45A 3FFIA 2E6MA 5KGWA 3DLBA 2X6SA 1RT5A 1UA1A 4CECA 3PY8A 1UAXA 3SJJA 2KZMA 4OVLA 2D5RA 3V1QA 4FJ8A 1JL2A 3SYZA 4ID1A 2KTQA 2JGUA 3HL8A 4EZ6A 3TR8A 4H4MA 3VQ6A 4CF0A 1VSHA 3NF9A 1L5UA 1EX4A 3SUQA 3S3OA 3V1OA 3QETA 5CYQA 1SKRA 2R7YA 1TGOA 3P5JA 3PUFA 3V9XA 4AILC 1NK0A 2NUBA 4PWDA 2KFZA 2GBZA 2BE2A 1KLMA 4W5TA 1Q9YA 3AVCA 3DLHA 1RT7A 4FVMA 4Z4EA 1I3AA 2PY5A 4B9SA 4FJGA 2ZE2A 1J53A 4IG3A 4KPYA 3HXMA 4BDYA 1T03A 3TAFA 3L2RA 4O4GA 3BGRA 2D0BA 1TKZA 3TARA 4DTNA 4OKKA 3RTVA 2HHTA 4FLXA 4NYFA 3M8RA 4DFMA 4CFAA 1EXQA 3I8DA 3PX0A 3DLEA 4DQRA 1RDCA 2E4LA 3DI6A 4CFCA 2VWKA 3HVRA 2GUIA 4R5PA 4DSEA 3A2FA 3QIOA 3RMBA 1QSLA 1Z25A 4IDKA 2LSNA 3TAQA 5J2MA 1VRUA 2GV9A 1A5XA 1RILA 3ZSVA 4DS5A 3O4NA 4E7LA 4DFKA 1NK8A 1RT3A 4FJMA 1ITGA 1UOCA 4N47A 2OPQA 2OPRA 4C8NA 3SQ1A 1J9AA 1XHZA 4DFPA 4CJQA 3C6UA 3IG1A 5CZ2A 2IC3A 2G8HA 3VQEA 4G1QA 1LWFA 5FDLA 3OYMA 1RBTA 4RW8A 4O0IA 3AVIA 3QIPA 1LV5A 4O44A 4N5SA 2YNIA 3LAKA 1FKOA 3AVFA 1X1PA 1TV6A 4H8KA 4DQIA 4AHRA 1T8EA 1RTDA 5CYMA 1JXEA 1JLGA 4ICLA 5HRSA 3CFPA 4NCGA 1L3SA 2P5OA 4W5NA 1IKWA 4FK0A 1JLCA 1FKPA 4Z4HA 4K8XA 2HHWA 3RR8A 4FXDA 1O1WA 5J2NA 1SL1A 4IFVA 4J2EA 1U4BA 1TAUA 3ZT2A 4LH4A 3HT3A 4HTUA 4HUFA 5C25A 3L2VA 3V9WA 1SKSA 2HVHA 3MXMA 1FK9A 3OYIA 4DSKA 3RMCA 3VA0A 3SI6A 3AA3A 1L3UA 5HBMA 4HCBA 4Z4GA 4LD0A 1RCHA 4M3UA 1WSGA 1VSDA 4Z4FA 1HPZA 1D9DA 3SUPA 4E7IA 3AA4A 1KVBA 2G8KA 2KZZA 3K5OA 4MQ3A 3S3MA 3O3HA 3OYKA 3AVNA 3NFAA 1F21A 4Y1DA 4I9LA 3KLGA 5C42A 1QE1A 1UA0A 3V6DA 4I7FA 4OLBA 4DSFA 3QEXA 3VQ7A 3VQ8A 4B9MA 3LPUA 1S1WA 2O4IA 3SZ2A 3AVMA 3ULDA 4E19A 3AVLA 2G8UA 3KLFA 3QERA 2XO7A 4FJKA 4PA1A 3TI0A 1S5JA 4OPKA 3RMDA 5JS1A 3IAYA 3SQ2A 4ZTJA 3PX6A 3NH0A 1GOBA 1K6YA 3SV3A 1NK7A 4CHYA 4FJXA 4FW1A 3KLEA 4CF2A 1KCFA 4JS5A 1WLJA 4M42A 1WSHA 1VSIA 3SQ4A 3OJSA 5E41A 1S1UA 2KW4A 2PYJA 1C1BA 4CEEA 4EP5A 2VG5A 2YNFA 3ZSRA 3EYZA 4B9NA 3NGYA 2HHXA 3AO1A 4KAZA 4KV8A 3OJUA 1X9WA 1TL3A 2Q3SA 3VQCA 4RG8A 4N56A 3OYNA 3KIOA 4JLHA 3NAEA 4BWJA 1RNHA 4CK1A 5HRNA 4FJLA 3QINA 2WOMA 1J54A 3DLKA 4KI4A 4L8RB 2HHQA 3THVA 3NF6A 3QEVA 3VA3A 4FLZA 1LWCA 1SUQA 1C0TA 4I2PA 2XY5A 3O3GA 2IOCA 3C6TA 3I0RA 3L2WA 2Y1JA 1SV5A 3K2PA 3WNHA 4M3XA 4KB0A 1IO2A 1WSIA 1Y97A 5HRRA 3D0PA 2B6AA 4CJSA 3AO3A 3VQ4A 4F3OA 2X74A 5D3GA 4CJTA 1FXXA 2FBXA 3KK3A 3ZT4A 1NJWA 2RN2A 1S6QA 3QLHA 4CFDA 3OS1A 3K57A 4CIFA 4N76A 4KHWA 1NKBA 2YNHA 2D0CA 1TK8A 4XIUA 3DRPA 1JLFA 3DM2A 1BIZA 1WAJA 4BE2A 4Z0UA 4E1MA 4E7KA 2OZMA 1LWEA 4E7JA 2W42A 2QK9A 4FLYA 4B9TA 1GOCA 1S6PA 3HJFA 1TVRA 4KRFA 4HCCA 1NJYA 2IGIA 1WSJA 1IKYA 4GW6A 3WNFA 1A5WA 3U3GA 3T3FA 1QTMA 2XRIA 1RTIA 2BANA 3DRRA 5J2QA 3PO4A 1U47A 5KI6A 2EHGA 3EY1A 1TK5A 4CF8A 4IG0A 3ZSZA 3QO9A 3AO4A 1SL2A 1RBUA 2OPPA 4PY5A 3MEGA 4KO0A 3ASMA 4RW7A 1QS4A 2HNDA 4I9QA 2DY4A 4CIGA 4CJKA 3VQDA 3L3VA 4Q5VA 3K58A 4E7HA 1N6QA 3KTQA 1C1AA 4YNQA 1NK5A 2G8VA 4FJHA 3HYFA 5HRPA 3L3UA 1NK6A 3ZSWA 4F8RA 4BDZA 3AVBA 3LALA 2FBTA 4CGDA 3HPHA 4B9UA 4DMNA 4FJJA 1T05A 1ASWA 4BDPA 4E0DA 4KI6A 4LY7A 5HROA 1HYZA 4E89A 1RT4A 4I2QA 3DOLA 4KHUA 1VSLA 1HMVA 3SNNA 1RBSA 3HPOA 4KTZA 1U49A 1BL3A 3OYAA 3OYBA 3AVJA 2Y1IA 1X9SA 3TWHA 3UIQA 4DTRA 3HP6A 3NGIA 3TAMA 4DS4A 2AJQA 1NJZA 3AVHA 4CEOA 2QXFA 4DG1A 1BQNA 3BDPA 2F8TA 4J2AA 3OYJA 3JYTA 4O5BA 1U04A 4CEFA 3F9KA 2YV0X 1S1XA 1KFSA 1WAFA 4CFBA 3LWLA 3KLHA 1BIUA 4BE1A 1KLNA 3CQ8A 2EX3A 4CGGA 3ALYA 4FK4A 4CCHA 4KHNA 5FRNA 2XY7A 3T19A 2HHVA 3C94A 1VRTA 3RWUA 2RKIA 4N41A 5KTQA 4FLTA 4ELUA 4CHNA 5SWMA 3LZJA 4MFBA 1G15A 3ITHA 2DFHA 1W0HA 4CJVA 2IS3A 3K5MA 1VSMA 1TL1A 3T1AA 1HNVA 1RBRA 1UWBA 5J2PA 4B8CA 3NDKA 2E6LA 3AA2A 3QEIA 2A1RA 4AHTA 3KKSA 3V1RA 5KGXA 1ASVA 1HQUA 3KJVA 3LP3A 3QNOA 3K5LA 4CHZA 1WN7A 5DK5A 3IS9A 3OY9A 1D5AA 4HHTA 3TAPA 1RDBA 4LSNA 3AVKA 4CJPA 1XI1A 3V9ZA 1IG9A 2VG7A 3AO2A 3CFOA 4DU1A 1KTQA 3SQ0A 2DFFA 1RTHA 3HSTB 4HUEA 1CLQA 1LAVA 2Z1IA 3HVTA 4OPJA 2VWJA 3SUNA 1BGXT 4CEBA 4CIEA 3NH2A 1B92A 3O3FA 4CJ3A 3NCIA 4NCAA 1WSEA 1S9GA 3P83D 4B08A 4FJNA 4QOZB 4F2RA 4FK2A 3KKRA 4CJ4A 1BISA 1U48A 4CK3A 4J2DA 5EU7A 4FCYA 1RDDA 3LANA 1HQEA 3VQPA 2XY6A 3V9SA 1VSKA 1D8YA 1LW0A 4F3TA 4CJUA 1HJRA 1ZBHA 1U45A 2ETJA 1W9HA 4OGCA 5KRSA 2IDOA 2DFEA 3OS0A 4FZZA 1HYVA 3CYMA 1NK9A 1HYSA 3U6FA 2OA8A 2X78A 3OYLA 4DWIA 2OPSA 2G8FA 1KVAA 1TKDA 1RBVA 4CJWA 3RMAA 1WNSA 2Z1GA 3KK2A 1VSFA 2D0AA 1RDAA 1TKXA 1WSFA 2ATQA 3E01A 1BCMA 5CZ1A 1QQCA 1TKTA 4DQQA 4BWMA 4BACA 3H08A 4B9VA 3KD5E 4DTMA 4CGJA 2VG6A 4CHQA 4E1NA 4E3SA 4CGHA 3AA5X 3MECA 2Z1HA 3L2UA 5I3UA 2WONA 4CERA 3DRSA 4DTPA 3D45A 4FM2A 2X6NA 4CEZA 4DU4A 2OZSA 4KTQA 4OLAA 1KSPA 1EP4A 4AHCA 1JLBA 1BHLA 3CFRA 3SPYA 4LH5A 1SKWA 4KHQA 4CEDA 3M8PA 2P51A 4PUOA 3MAQA 4DTXA 4DSJA 4QCLA 2IAJA 4RW4A 3G0ZA 1L3VA 1KFDA 4Q0BA 1N5YA 4HUGA 3HO1A 3KK1A 4CEAA 3B6OA 2HW3A 1KVCA 3ISNC 2KFNA 2HHUA 1XWLA 4FZXC 4IKFA 4KB1A 4B9LA 3S9HA 2O4GA 4FM0A 1ZBIA 3LWMA 3L2QA 4OGEA 1HNIA 3LPTA 1IKXA 4DQPA 4ELTA 2FBVA 5T7BA 3NGZA 4UQGA 4W5QA 3F73A 3AVAA 4H4OA 1RTJA 3WNEA 5J1EA 4M3YA 4RW9A 3ZSXA 3OYFA 2I5JA 1EETA 2YHAA 1JL1A 1I39A 3HPGA 1LAWA 4FJIA 3AV9A 2F8SA 4M3TA 5I42A 3NBPA 4CE9A 4CEQA 5KRTA 3LZIA 4C8OA 1REVA 3WNGA 3NF8A 3VQBA 3OS2A 2HMIA 3G10A 3KD1E 4M3ZA 1IH7A 3NF7A 1TAQA 3DLRA 1A5VA 1NOZA 3DYAA 4O0JA 1JLEA 1C0MA 1JLQA 4GMJB 4FLUA 1SL0A 3O4QA 3MEEA 4DTJA 1Z26A 1Q9XA 4CJ5A 4DLGA 1TK0A 4KREA 2BGGA 4KKOA 4JS4A 3OYDA 4DF4A 2YKMA 1NOYA 3S3NA 1X9MA 3LP1A 4KTWA 3IRXA 3L8BA 1QSYA 1CZBA 4ELVA 4DSLA 1JXBA 3RR7A 2HNZA 2ZQBA 4CJLA 1ASUA 1S1TA 3P1GA 2YKNA 1EKEA 4CESA 4EP4A 3SCXA 1XC9A 2G8WA 2DTUA 1BQMA 1XHXA 1T7PA 3DMJA 4F2SA 3ZT0A 3ZT3A 1S9EA 4M3WA 3ZT1A 2F96A 1NKEA 4W5RA 3TAEA 4YFUA 3OYGA 1BI4A 3LP0A 4M41A 4O55A 4ZTFA 4B3OA 3V81A 2QKKA 2HHSA 1VSEA 3PO5A 3QESA 2XHBA 4Y1CA 3LDSA 3U3YA 4GVMA 4EZ9A 4CF1A 4HVJA 4NYNA 4OKJA 4DU3A 3B6PA 4DTSA 3DLGA 4FYDA 1B9DA 3K59A 4KHYA 4FLVA 3VQ9A 4BE0A 3NH1A 1D9FA 4IBNA 3VN5A 3VQ5A 4FLWA 3TAGA 4W5OA 1RT2A 4OJRA 3OVNA 1S1VA 4NCBA 4DQSA 2ITGA 5JS2A 2BDPA 1NJXA 3SV4A 1DLOA 4LSLA 3CM5A 4FM1A 3CM6A 3NE6A 2A1SA 2G8IA 3HP9A 1CXUA 4CGFA 1C0UA 1NK4A 5HLFA 1RT1A 2PZSA 3MXJA 1B9FA 2YHBA 4AHSA 4Z4IA 4ID5A 4C8MA 2HVIA 2XY8A 1QHTA 4CJEA 2HB5A 4PQUA 1L3TA 4CHPA 4KFBA 4CGIA 5K14A 3TANA 4M3RA 3MXIA 3LP2A 2OYQA 4WE1A 4CJFA 1C6VA 5FRMA 3K5NA 2B5JA 4OKEA 4TSXA 3RRGA 1YVUA 1YTUA 1GOAA 1VSJA 4B8AB 1BCOA 4DSIA 4DTUA 3PV8A 1R0AA 1Q8IA 4FW2A 3HM9A 3NHGA 4CF9A 2KQ2A 1QSSA 3OYEA 3SPZA 5CY4A 4J2BA 4FJ7A 2JLEA 2Z1JA 4QAGA 1CXQA 3ZSYA 4AHVA 3V4IA 1CZ9A 4DLEA 1DTTA 1ZBLA 2QKBA 1HRHA 2ZD1A 4FZYA 3LAMA 1NKCA 3HK2A 2HNYA 2P5GA 3MEDA 4F4KA 4CJRA 5HP1A 1YT3A 3C95A 3OYCA 4DFJA 3M8SA 4RW6A 4ZHRA 1JLAA 4KHSA 5FROA 3M8QA 4FJ5A 1DTQA 2YNGA 3AVGA 3QEPA 1MU2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HS8A 2HEOA 1ZBUA 3CIPA 3QP5A 1W36D 2ADUA 2UXXA 3OWTA 2P9PA 4OX9K 5M5WJ 2HBLA 1J5OA 1N78A 3I33A 1NM1A 3CCJN 3OL4A 1U5TB 3TR8A 2BEOA 3ZQCA 2P9IB 2XAQA 4U88A 1IUFA 4KIFA 2KPMA 4AIHA 4HNUA 3M5RA 4PCQA 3PX0A 3ZQFA 3I8DA 3BR5A 3TAQA 1JGSA 1RILA 4E7LA 1N33K 1S6LA 4BRAA 4L9NA 3H9QA 4DV2K 4RW8A 1VQ9N 3GTKJ 1TV6A 4RGSA 1JXEA 3GFJA 3DEUA 4ENKA 1U4BA 4LH4A 3P39A 3V9WA 2HVHA 1L3UA 3GFIA 3N05A 4IQJA 2D0PA 1T08B 1OH7A 3KX2A 4I9LA 1NGGA 2HU9A 4FOIA 5ICEA 3CPEA 3KLFA 1T6DA 1NG9A 3BC8A 4CEEA 3HUGA 2VG5A 1HSJA 4RG8A 1RUNA 4IWVA 1YI2I 2Z9OA 4ZYAA 1XGNA 4DZPA 1V54H 4M3GA 5J4VA 3FWEA 3CMAI 2IOCA 3TBIA 5HNHA 1IO2A 2B6AA 1PP8F 2L7FP 1ACIA 2CU7A 3WU1B 3ULQB 1NKBA 4B44A 2V26A 1LWEA 4AVZA 3V7RA 2L7KA 2VQEK 2O5RA 5M1KA 1XMKA 3GUDA 1ZHFA 4QSHA 2HNHA 2LY9A 3U1DA 1YIJI 3L3VA 3KTQA 4FL9A 4YNQA 1OCRH 3MCPA 4HA8A 4BDZA 2QWOA 4M71A 4BXXJ 2F4OB 1Q7YO 4FX0A 4KI6A 4A3MJ 3D5SC 5K5OA 4IF4A 1X3WB 3IRQA 2Z5UA 3ZMZA 2OZUA 2W25A 4FOEA 4LF5K 3PQJA 1MSFC 4X64K 1YVNA 4MDBA 4BG9A 1ZKGA 3BQZA 1HKSA 1UWBA 5E1WA 5JHFA 1UHWA 4IL6C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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