2DFHA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-212)-c
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 74
structure length 221
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfhA01
4E89A 1LV5A 4BE0A 2Q3SA 4LH4A 1HRHA 3TAEA 3IS9A 4I2QA 2KW4A 4CJEA 1RDBA 1S1XA 4CJTA 2WONA 3S3MA 3MEGA 4FW1A 1NJWA 4LY7A 1IG9A 4CGIA 5T7BA 1J54A 4CEAA 2HHTA 3V4IA 3DOKA 1XWLA 4I9LA 3C6TA 4CJFA 2XY7A 1KFSA 4H4OA 2EHGA 1LW2A 2W42A 5KGXA 4ELVA 2BGGA 5J2PA 4E1NA 1GOAA 3AVKA 3SUNA 4EZ6A 2G8IA 1BQMA 4B8AB 4AH9A 4YFUA 3HT3A 4CIGA 3RTVA 4OKEA 4DSJA 4CF8A 1VSHA 2E6LA 2HB5A 4KV8A 2HNDA 2YKNA 3C95A 3QLHA 3WNFA 3ZSYA 3AA4A 4J2DA 4KHWA 2KQ2A 2G8UA 4IFYA 3D0PA 4F8RA 1CXQA 4FJGA 1O1WA 4NCBA 2HVHA 1TV6A 5DMRA 3OYIA 4M3ZA 1B9FA 3O4NA 1JLBA 4FJXA 4FLTA 1BI4A 2D5RA 4FYDA 3BGRA 4TSXA 4CJ3A 1DTQA 3AVHA 3QESA 3HVTA 4PWDA 4M3WA 1VSMA 1RBUA 3HPOA 4FJMA 1RDAA 4CJKA 5J1EA 3S3OA 1QSSA 3LZJA 5SWMA 3HO1A 5CYQA 3O4QA 1GOCA 2HNZA 2R7YA 1B9DA 1B92A 3TAMA 4HTUA 1JLQA 4DQSA 4O4GA 4CEOA 5HLFA 3K5NA 1NK9A 1HYZA 4CF0A 4DQIA 3TANA 4CECA 2QK9A 4CFCA 4Z4CA 4KFBA 2OA8A 4KRFA 1TAUA 4G1QA 5JS1A 2RF2A 3IRXA 4FLUA 2OZSA 1WSIA 5FROA 3AVLA 3MECA 4ZHRA 3RMDA 4OVLA 1GOBA 3CFRA 1BIUA 3VQ8A 4ELTA 2O4GA 3ZSOA 3VQ5A 4HVJA 4BE2A 4QOZB 3NGZA 5HRSA 1T05A 3SUQA 1VK0A 3VQDA 3E01A 1BI4B 5KRSA 1IO2A 4KKOA 3TABA 1C6VA 1UA0A 1JLGA 1HJRA 4O55A 2Z1HA 4NYNA 1KCFA 4FW2A 1REVA 1U04A 5KI6A 4OLAA 4K8XA 2HMIA 4R5PA 4DFMA 1XHXA 2ZE2A 4XIUA 4FVMA 4O5BA 3KKSA 1U48A 3AA2A 3AO2A 4E19A 4CEDA 1EXQA 1C1CA 1EKEA 3B6OA 1RBSA 4CIEA 4AHCA 4IBNA 3CM6A 2FBTA 2DFHA 4RW8A 2ZD1A 1TVRA 1RDCA 4CGJA 3NDKA 1NOYA 3ZT0A 1YTAA 3M8RA 4F4KA 4FLWA 3RR8A 3QNNA 1BCOA 3L2UA 4CJVA 5J2MA 4CK3A 4NCGA 4ICLA 5CY4A 1J9AA 1JL1A 3SUPA 4MQ3A 3P1GA 4IDKA 4Z4HA 3EY1A 1KVBA 3AO3A 3KLEA 2P5GA 3DLGA 1NK0A 1Z25A 3ASMA 1QSYA 2RN2A 4FJIA 2IDOA 3AVCA 1ASUA 2OPPA 4FLVA 1SL1A 3PV8A 5KGWA 3VQEA 4FK4A 4W5NA 3HJFA 2X74A 1I3AA 3WNGA 4BWJA 5HRPA 1NK8A 3PO4A 1WSEA 1TK0A 4DTSA 1DLOA 4DTPA 3S9HA 4FLZA 4CJLA 4FM1A 4GW6A 4C8LA 2A1SA 4KAZA 3IG1A 3M8QA 2KZMA 3OYJA 4CIFA 3AA3A 5KTQA 1IKYA 3H08A 3LP0A 3ZT2A 3KKRA 1NK7A 4E7IA 4HCCA 2OPRA 4FJ8A 3T19A 4DTNA 4AHUA 4CF9A 3DRRA 1BCMA 4JLHA 3TR8A 4IKFA 1RTIA 3AVIA 4OPJA 4CGHA 1RTJA 4DU3A 4OPKA 4FK0A 1SKWA 3K58A 3K59A 1Y97A 1S6PA 4DSKA 3WNEA 2P1JA 3LALA 4O0JA 3K5OA 3DLKA 1U49A 1VRTA 3VQ4A 4DS5A 2OYQA 2X78A 4CGGA 4C8KA 3KLFA 2QKBA 1RBVA 1XHZA 4E1MA 2YNGA 4I7FA 4HUGA 3SV3A 1BHLA 3OYFA 1D9FA 3NF8A 5KRTA 2XY5A 5HROA 4E0DA 1BISA 3TWHA 4CE9A 3DLEA 3KD1E 4DWIA 1A5VA 3QIOA 4Y1CA 2IC3A 4CGDA 4B9VA 1VSFA 1JL2A 4KI6A 1Z26A 1LWCA 3K5LA 1C0MA 3P5JA 3NFAA 4DTJA 1HYSA 2YNHA 3L2RA 1RTDA 3SPYA 4DTMA 4PUOA 3V1QA 2PY5A 1S1VA 4JRQA 3SZ2A 1ASWA 1UA1A 2QKKA 2KTQA 4H8KA 4KTWA 3ITHA 1TKDA 1L3SA 2X6SA 4CERA 3QO9A 2YNFA 3AVMA 4I2PA 3NGIA 2KFNA 4PA1A 1X9WA 3SQ1A 3LP3A 4DLGA 1X9SA 3TAPA 3OYCA 4Y1DA 1NKCA 3SNNA 3LWLA 4LSLA 4E7LA 3VA3A 3DLBA 3DI6A 1Q8IA 3DM2A 4DFPA 4CHYA 3VA0A 2AJQA 2DTUA 3G0ZA 1QQCA 4M45A 3SQ2A 1CZBA 1U4BA 4CJSA 1KSPA 3HPGA 4DG1A 3LP2A 3QETA 3K57A 4FZYA 1G15A 1NK4A 4RW9A 1Q9YA 5EU7A 1YT3A 4M41A 3QERA 1FKPA 1S9EA 4IFVA 1HQEA 4CFBA 4IG0A 3RR7A 3V1RA 4CHPA 4HUEA 4N47A 3V9WA 1BGXT 4DSFA 4ZTJA 4C8OA 4FZXC 2ZQBA 4BE1A 3PY8A 4ZTFA 1L3TA 3UIQA 2F8SA 3QEVA 1SKSA 2Z1JA 4RW6A 3K5MA 4CJUA 4M3XA 1QE1A 4FCYA 3VQ7A 3KLGA 2GBZA 1YTUA 3V9UA 4KHNA 4HUFA 4L8RB 3BDPA 1SV5A 2BDPA 3V81A 1JXEA 4Q5VA 4DU1A 1QTMA 4KHQA 2PZSA 3KIOA 3V6DA 1T8EA 1KLNA 4CHZA 5D3GA 2A1RA 3T1AA 3KTQA 1ZBFA 1IKXA 3V9SA 2JGUA 4CJWA 1RDDA 5CYMA 1BQNA 1RCHA 4FZZA 4DTUA 1ASVA 2YV0X 5HP1A 1C1AA 3LZIA 2FBXA 1RT2A 2G8KA 1KRPA 4OGEA 4CHQA 3ISNC 3L8BA 3V1OA 3IAYA 1JXBA 4OGCA 4DLEA 1I39A 1LWFA 2I5JA 3C94A 1EX4A 3OYKA 4DU4A 4GVMA 2Y1IA 4B9UA 3L3UA 4W5OA 3MXIA 4BDPA 2KZZA 1HQUA 3QEPA 4KTQA 3TAFA 1CXUA 1TAQA 1A5XA 4B9SA 3ZT3A 1TKTA 3LPTA 3HVRA 1QS4A 5I3UA 1NKBA 3ZT4A 5J2NA 4CEZA 1NKEA 1EP4A 3CYMA 1UWBA 4J2BA 1RT5A 3VQAA 3AVAA 3ZSVA 4FJKA 4M42A 1RT1A 2B6AA 2IOCA 2RKIA 2YNIA 3AO1A 1RT7A 2D0CA 5HBMA 3TAGA 3RMCA 1R0AA 3KD5E 2LSNA 1JLAA 3DLHA 3O3FA 2XY8A 1XI1A 3O3HA 3SV4A 3L2VA 1UOCA 4E7HA 3RRHA 4AHSA 5SZTA 4FXDA 1DTTA 3AV9A 4H4MA 2ETJA 1WAJA 3OS0A 4J2EA 1WSGA 3O3GA 5C25A 1X9MA 4DS4A 4EZ9A 4WE1A 4FK2A 3CFPA 1L3VA 1EETA 1HNIA 2G8WA 2FC0A 4O44A 2ATQA 4RW4A 1S1TA 4AHVA 3PX6A 1RBTA 1D8YA 1SUQA 3A2FA 4DSIA 3RWUA 3G10A 4CF2A 1HMVA 2E4LA 3NF9A 4DFKA 1FXXA 2YHBA 4CF1A 3RMBA 2G8VA 3RRGA 4Z0UA 4CEBA 4EP4A 3LANA 3VQCA 1ZBLA 2Z1GA 1IKWA 1WAFA 3AVFA 3K2PA 3ZSQA 3NH1A 1RNHA 4DMNA 3OS1A 2VWKA 3MEDA 4LSNA 4DQQA 5DK5A 1VSEA 1J5OA 3OVNA 3OJSA 1VSJA 3S3NA 4OLBA 2HHSA 2P51A 1QSLA 3ZSZA 3NHGA 4F3OA 4CESA 3OY9A 3PX0A 2HHQA 4B9TA 3QNOA 3THVA 2FBYA 1U47A 1ZBHA 4K8ZA 2B5JA 3OYDA 4DTRA 3HP6A 3KJVA 1JKHA 4AHTA 3SQ0A 1SL2A 1KVAA 2OPQA 3VQPA 4B8CA 4HCBA 3DRSA 1W9HA 3MXMA 4F2SA 1TGOA 2HHWA 3M8PA 5FRNA 4Z4GA 1CLQA 1WSFA 1S1UA 4CEQA 4ID1A 4CJRA 4CHOA 1ITGA 5HRNA 1T7PA 2G8HA 3EZ5A 3MAQA 1TKZA 5HRRA 3OYLA 4DF8A 4FJHA 3EYZA 3HL8A 3QEWA 1HYVA 4B08A 3DYAA 3KLIA 3OYBA 4FLYA 3NAEA 3OYMA 4OKJA 1JLCA 1VSDA 4CK1A 4F3TA 1U45A 2KFZA 4CJQA 4CJ5A 3SYZA 4N41A 3AA5X 2YKMA 3F73A 1UAXA 3LAKA 1LAVA 1TL1A 1WN7A 3DMJA 3U3GA 2XY6A 3OS2A 4PQUA 2E6MA 2GUIA 4FJ5A 1RT6A 2RPIA 3OJUA 1NJYA 4I9QA 3VQ6A 3OYNA 4JRPA 4DTXA 4E3SA 4FJ9A 1NK5A 2JLEA 1XC9A 4B3OA 4CFAA 1RT4A 3SI6A 3LP1A 2IGIA 3JSMA 2OZMA 3OYAA 4GMJB 4LD0A 1NK6A 4F2RA 3MXJA 1IH7A 4CK2A 3I0SA 5FDLA 4CJ4A 5JS2A 4DSLA 4KREA 3LPUA 1X1PA 4C8MA 5C42A 2VG6A 1J53A 3I8DA 3TARA 2P5OA 3ZSXA 3AVBA 4N76A 3LDSA 4AILC 1VSKA 3KLHA 3HM9A 4IG3A 3QINA 2ITGA 1S1WA 1S6QA 1A5WA 1IKVA 1MU2A 1S5JA 1WNSA 2FBVA 3CG7A 4ID5A 5C24A 3ZCMA 4JS5A 3JYTA 4KB0A 4PY5A 3KK1A 2O4IA 2XO7A 3CM5A 4FJLA 1RILA 3V9ZA 3TAQA 4KTZA 1D9DA 4BWMA 3HSTB 1VSLA 2PYLA 1RT3A 3WNHA 3P83D 4W5QA 4KPYA 2VG5A 4DQRA 2HVIA 4N56A 4FM0A 2F96A 1N6QA 2PYJA 3V9XA 4E7JA 2OPSA 3HPHA 4BDZA 4Z4FA 4J2AA 1LAWA 2HHVA 2WOMA 3D45A 5K14A 4KI4A 3VQBA 5J2QA 1F21A 2BANA 3NF7A 1WSHA 3HP9A 1TK8A 2HNYA 3ULDA 1S9GA 1JLEA 4HHTA 2HHXA 3SPZA 3HK2A 2DFEA 3ALYA 3I0RA 1RBRA 4CGFA 3U3YA 3F9KA 1KVCA 3DRPA 1WLJA 4NYFA 4OKKA 3NH0A 3HXMA 2QXFA 3SQ4A 3TI0A 1FKOA 3AVGA 1KLMA 2IAJA 2DFFA 1HNVA 2Z1IA 4CFDA 5E41A 3M8SA 1NJXA 1N5YA 1C1BA 2YHAA 4C8NA 3SUOA 3QEIA 4JS4A 1LW0A 1ZYQA 1FK9A 4CCHA 1BL3A 1TL3A 3KK2A 4B9NA 3VQQA 1L3UA 4W5RA 1NOZA 3QIPA 4YNQA 3B6PA 1NJZA 3PUFA 3L2WA 3L3VA 2BE2A 1K6YA 3AO5A 4RG8A 3ZSWA 1HPZA 1VRUA 4M3RA 3OYHA 4M3TA 4Z4IA 1W0HA 2HHUA 2XRIA 4KO0A 3NH2A 1T03A 1SL0A 4RW7A 3VN5A 4ELUA 3OYEA 3AO4A 3C6UA 4FLXA 4CEEA 2NUBA 4OJRA 1SKRA 4M3YA 2HW3A 3T3FA 4FM2A 5I42A 2XHBA 2D0BA 3CQ8A 2VG7A 4W5TA 3DOLA 1VSIA 2IS3A 4CJPA 4BDYA 4DSEA 4QCLA 1CZ9A 1KFDA 3OYGA 3NBPA 4AHRA 1D5AA 3SCXA 4KHYA 1C0TA 3QEXA 3L2QA 3RMAA 3NE6A 4B9LA 2VWJA 4FJJA 4KHSA 2D0AA 4LH5A 4NCAA 4O0IA 4N5SA 4B9MA 1TK5A 1BIZA 3PX4A 3DLRA 3NF6A 3AVNA 3MEEA 3AVJA 4UQGA 3CFOA 3ZSRA 4DQPA 1C0UA 1ZBUA 3HYFA 1L5UA 4DFJA 4DF4A 1JLFA 1Q9XA 4DTOA 4FJ7A 2B4JA 3NGYA 3ZT1A 2Y1JA 4M3UA 4FJNA 1YVUA 1ZBIA 3PO5A 3U6FA 4KHUA 4QAGA 4CEFA 2EX3A 5CZ2A 4CHNA 2X6NA 3VQ9A 4BACA 1TKXA 4MFBA 1KTQA 2DY4A 3LWMA 3KK3A 4E7KA 2G8FA 4EP5A 2GV9A 3FFIA 3LAMA 3NCIA 4Z4EA 1RTHA 5CZ1A 1WSJA 4KB1A 2F8TA 1LWEA 5FRMA 4Q0BA 3SJJA 1QHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MFKA 4RLFA 4LY7A 3ZPLA 2I10A 5HODA 3GLXA 4DV4K 3QPTA 4A59A 4YOVA 4H4OA 5D5WB 2AS5F 1T6SA 1HJOA 2WAQA 2GIVA 1QA6A 3EYYA 3HGGA 3NARA 4JAXA 5AQSA 2PLYA 4UUSB 4EJOA 3H5AA 2HVSA 3DAWA 3V7CA 1B9FA 3MKYB 2E88A 4FLTA 1VTNC 5FLXK 3AVHA 1RBUA 2XHKA 2FSKA 2W84A 3IFRA 2EZHA 1QSSA 3AG2H 3BROA 3CCJN 4H0TB 3TANA 5AQIA 3OW2M 3SXYA 2GBYA 2F9WA 1CGPA 2AP1A 4KH6A 2D45A 5B1AH 1MJ9A 1VK0A 1YFHA 1UA0A 2O8CB 1OPCA 5BN8A 1ON2A 2R7RA 2ZXIA 2HMIA 1IN8A 2WTEA 4MQVA 2KIMA 1Z7UA 2R7QA 2P7VB 2ZJRL 3E1YA 1T08B 4LGWA 2FEZA 4RW8A 2F7TA 5KPTA 2VKVA 2NVXJ 1NLVA 3WGHA 3I9V2 3K70D 2MBFA 1Y1VJ 2IW5A 1FYMA 3VWBA 4C1NK 2QEXI 3PV8A 3F23A 2X74A 4GDFA 4FWPA 1H9TA 1R7JA 3OIQA 3ATUA 4HCCA 1NK7A 2OPRA 2LOOA 3THWB 3LA7A 2L3DA 2COMA 3K59A 2X1DA 4C23A 2G7HA 1ERDA 2WADA 2FNPA 4B4CA 1K78A 3W0LA 5F27A 4IJAA 2PMZA 1BISA 2L0KA 4LLNA 2DMUA 2GM4A 1Z91A 2IC3A 2QKLB 4II3A 4XKBA 4H8KA 4KTWA 1PP8F 1TNSA 2YX7A 1D8KA 2YNFA 3GTMJ 3LP3A 1OYIA 1Y8RB 2YX6A 1YIOA 3FZLA 1TQPA 3IWFA 3VTIA 1KSPA 4CJSA 3SZGA 3MN7A 2Z33A 1LOTB 1HW5A 4ZYAA 4WXCA 4EATA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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