2DFHA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-212)-c
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 74
structure length 221
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfhA01
4ICLA 1FXXA 3BDPA 4FLXA 2X6SA 4F8RA 1HQUA 2OPSA 4J2DA 4PWDA 5J2NA 1W9HA 3DLKA 2QKBA 4M3RA 4KHUA 2P5OA 4FJ5A 4LSLA 3L2WA 1UWBA 3OYAA 3SQ2A 2YHBA 3MXIA 4Q0BA 3B6PA 1X1PA 1Y97A 1L3UA 4CEZA 1TAQA 3TAFA 2P5GA 4M3UA 4DTPA 4I2QA 3QESA 1XHXA 2VWJA 3SI6A 4FM2A 4LH5A 4C8LA 4Z4IA 2EHGA 4IFVA 3HM9A 1ZBIA 1KFSA 1TL3A 5KGWA 5E41A 2D0BA 3ZSXA 2YV0X 2W42A 3QEWA 1TVRA 2BE2A 2HMIA 2HB5A 4CJRA 4JLHA 1HNVA 1NJXA 1SL0A 1TK5A 4C8NA 4KV8A 3HYFA 3L3VA 1BGXT 2EX3A 4IKFA 3TABA 3LZJA 3OJSA 4FJ7A 2F96A 3DYAA 1U48A 4NYNA 3AVIA 1S9GA 1WSFA 1NK0A 3I8DA 4JS5A 4F4KA 1A5VA 2KFZA 4CGIA 4OGCA 3TI0A 2I5JA 2YKMA 3CFOA 3P83D 4CFBA 4E19A 1CLQA 1QS4A 1IG9A 4FLVA 4ELVA 3CYMA 2D5RA 4OJRA 4N47A 5KRSA 3VQPA 4J2EA 4Z4HA 4M45A 1NJZA 1WSEA 2P51A 1RBTA 3NH2A 3PO4A 3RMCA 4OPJA 4BE0A 1KTQA 2E6LA 3HP6A 2X74A 4DS4A 3VQDA 4BACA 3TAEA 1WAFA 1EP4A 1BI4B 1IKXA 1C1AA 2P1JA 3SPYA 1VSDA 1NKCA 2HHQA 4B08A 3TR8A 3RMAA 3VQQA 5I3UA 4M42A 3OYGA 4FK0A 1YTAA 3G0ZA 3OYBA 3ASMA 4B8CA 3SYZA 5SZTA 3QEXA 1WLJA 4CGGA 4CEFA 4CHZA 4AHCA 1RTDA 4CGJA 3KLHA 2KFNA 4E1MA 4CHPA 4FM0A 4FZZA 1BCMA 2RPIA 4FZXC 3WNEA 3VQCA 4IFYA 2XY5A 3QNOA 1KVCA 2YHAA 3H08A 1LWEA 1UOCA 3DLBA 4CJWA 2JLEA 4FVMA 4OKEA 2RN2A 1Q9YA 3AVCA 3DLEA 5DMRA 3EY1A 1WSJA 4DSFA 1YVUA 3HL8A 4EP4A 3V9UA 1TKXA 4M3TA 1QE1A 3DI6A 1RCHA 3OJUA 3RR7A 1GOCA 4JRQA 4FJ8A 3C95A 3HK2A 4XIUA 4B9UA 1KCFA 3SNNA 1NK5A 3S3NA 1VSKA 4R5PA 1HYZA 3MEGA 4LY7A 4FLWA 1N5YA 2E6MA 3MEDA 4KTWA 2G8VA 3HSTB 4OKJA 3SUNA 3K5MA 4E7JA 4FYDA 3LDSA 4I2PA 2B4JA 3NHGA 5I42A 3L2VA 4DSIA 1RTHA 3LP2A 1RBUA 2X78A 1S6QA 5CY4A 5FRNA 3DRRA 3AVNA 1NOYA 3NGZA 3MECA 4DU1A 3VQEA 2PY5A 2KZMA 1IKVA 1TV6A 1DTQA 2QKKA 1C1BA 4Y1DA 5HRRA 1L5UA 1VSFA 4LH4A 4KPYA 2IDOA 4E1NA 2BDPA 1IH7A 4GW6A 3HPGA 3PX4A 4FJ9A 3TANA 2WONA 4KTZA 1XHZA 1RT2A 3K5OA 1KRPA 4GMJB 3HVRA 2WOMA 3ZSRA 1RNHA 2OPQA 1S1XA 2A1SA 2VG6A 3V9XA 3SZ2A 1JKHA 3SJJA 3RR8A 3M8RA 3KLIA 4CEEA 1YTUA 2IGIA 1ASWA 3ZT3A 3L2UA 3RRGA 1C1CA 4NCAA 1NKBA 2A1RA 4M3YA 2HHWA 2LSNA 3F73A 4CFCA 2Z1GA 4F2RA 3V9SA 4FLYA 4Z4FA 1REVA 4BDZA 3NE6A 2HHVA 1NOZA 1TKDA 3I0RA 3AO1A 3EYZA 4ID1A 1JLGA 1JLEA 1LV5A 2DTUA 4E7HA 3HVTA 1I3AA 2ETJA 3NGIA 3CQ8A 4ELTA 4O4GA 4B9NA 3VQBA 4IBNA 1CXQA 4BDYA 4E7LA 4E3SA 4FJIA 3AVMA 5J2QA 4DWIA 4HCCA 4BE1A 3ZSYA 3S3MA 1HQEA 3VQAA 3QETA 4M41A 4CJ4A 5KTQA 2B6AA 2Z1JA 4O0IA 4Q5VA 3SPZA 1VK0A 1QTMA 3IS9A 4C8MA 4NYFA 3OYEA 3K59A 3OYKA 4O5BA 3SQ0A 4BDPA 4KB0A 3AA5X 4K8XA 1JL2A 4CEQA 4M3WA 1X9SA 2D0AA 4CF8A 4RW8A 1S5JA 1RT3A 4N76A 1XC9A 4DTJA 3K2PA 4QAGA 3FFIA 1BI4A 2PYJA 4DLEA 4M3ZA 4Z0UA 3AVAA 1SKRA 4W5NA 1KFDA 4DQQA 2JGUA 1WNSA 4OGEA 4FK4A 3LANA 2QK9A 5KRTA 4DTNA 4CF2A 3OS0A 2FC0A 3O3GA 4KHSA 1UAXA 3AO5A 2KTQA 3AVBA 2HHSA 5C25A 3DOLA 3ZCMA 5KGXA 3NCIA 2XY6A 3KLEA 3K5LA 1U4BA 4B9TA 1RT6A 1JXBA 3PV8A 4H4MA 2VG5A 3OVNA 4OPKA 1BCOA 2IOCA 3AVJA 3LAMA 4O44A 3TARA 1YT3A 3T1AA 3E01A 4KFBA 4B3OA 1Z25A 1RT1A 5HRPA 3LZIA 4KHWA 3T19A 3PY8A 4KI4A 3AO3A 5C42A 2D0CA 4CJVA 4FLUA 4CE9A 1J54A 3HPHA 3NF6A 3ZSZA 4CJ3A 3OYHA 3JSMA 4CFAA 3DLHA 2BGGA 1IKYA 4DQPA 2VG7A 1VSJA 3HXMA 1TGOA 1NK4A 3QEPA 1L3TA 4DTOA 1RT5A 3O3HA 3KTQA 4FJNA 2DY4A 4ELUA 2OZSA 2HVHA 1DLOA 3KK2A 4FZYA 1BQNA 1D5AA 1VSIA 1VRUA 4RW7A 3V9WA 2PZSA 2ZD1A 5CYQA 3ULDA 4ZTFA 4DSLA 3OYJA 3VQ9A 1LWCA 3HT3A 4PQUA 1G15A 3DMJA 3ISNC 1IKWA 1L3VA 5JS1A 4B9VA 3OS1A 1BIZA 3RRHA 4CJEA 4FJHA 4IDKA 3C6TA 4C8OA 4JRPA 4W5QA 3U3GA 3ZSWA 1TKZA 3HJFA 4W5TA 3OY9A 3HP9A 3QLHA 3KK1A 5HP1A 3VA3A 3QNNA 3O4NA 3EZ5A 1KLNA 1TAUA 4F3OA 1SKSA 1KSPA 3OYCA 4RW4A 2HNZA 3AVGA 3L3UA 2G8HA 4G1QA 1ASVA 3M8QA 4CGHA 4DTXA 3WNFA 3KLFA 3ZT4A 3K58A 3ZSQA 4OLBA 1U47A 1SL2A 4CGFA 3PX6A 4CERA 4KI6A 3V81A 3NBPA 3LP3A 3V1OA 4ZTJA 2F8SA 4WE1A 4DTUA 4FK2A 5DK5A 2XY8A 3MAQA 4PY5A 1S1TA 2ATQA 3NF7A 3SV3A 4RW9A 3RMDA 1EKEA 1IO2A 3AVLA 3AVKA 1NK9A 2RKIA 1U04A 2Z1HA 1CXUA 3O4QA 1S9EA 4CK2A 3ITHA 3KJVA 4BE2A 1TL1A 3THVA 1D8YA 1ZBUA 5T7BA 1Z26A 3SUPA 4FW1A 1A5XA 5K14A 4CHYA 2PYLA 3OYNA 4J2AA 4HUEA 3MEEA 5CZ2A 3AA4A 1XI1A 4DSKA 4CJUA 1RDAA 5JS2A 4YFUA 4CJQA 2FBTA 4AHRA 4FXDA 5D3GA 3NFAA 4KRFA 2G8FA 4DF8A 3AO4A 1Q8IA 4GVMA 4DFJA 1WN7A 1KLMA 3CFRA 3V1QA 5J1EA 1LW2A 1W0HA 1RDDA 2HNDA 4PA1A 4CJPA 4DG1A 5HRNA 2Q3SA 1KVBA 3G10A 3QERA 3RMBA 4B9SA 4DQIA 1HRHA 4HTUA 4LD0A 4FJKA 2QXFA 1ITGA 1D9FA 3KKSA 1SUQA 2FBXA 1RBRA 2YNFA 4OVLA 1EX4A 4CEBA 4DU4A 4DF4A 1VSHA 2IC3A 1RTJA 2E4LA 1T03A 5KI6A 2HW3A 1ZBFA 3LALA 2G8UA 1C0UA 1T8EA 5CZ1A 1BQMA 1BHLA 2BANA 2YNHA 3OYFA 2OYQA 2HVIA 3RWUA 2OPPA 3HO1A 2IAJA 4FJXA 2HHTA 4IG3A 1RILA 4CJKA 4L8RB 4KTQA 4FM1A 1I39A 4RG8A 5HRSA 1ZYQA 1NK7A 4KHYA 1QQCA 1WSHA 1C6VA 4YNQA 4UQGA 1SV5A 3QIPA 3QO9A 1WSIA 2Y1IA 1CZ9A 3AA3A 1GOAA 4KHNA 1NJYA 1O1WA 2XO7A 4CK3A 4FW2A 4LSNA 2B5JA 3WNGA 1K6YA 4E89A 1TK0A 3ZT2A 4I9LA 4DSEA 4Y1CA 1B9FA 3KD1E 3C6UA 3OYMA 3NAEA 1L3SA 4NCGA 1HMVA 1BIUA 4DTMA 1RT7A 4CJFA 1RT4A 3C94A 3P1GA 4CFDA 1NKEA 4CJ5A 4EZ9A 3DM2A 1T7PA 1MU2A 1X9MA 2HHXA 1X9WA 3CG7A 3VQ4A 4JS4A 1HPZA 1RDCA 4CF1A 4FJGA 1S1UA 3MXMA 5FDLA 4FJLA 1S1WA 1D9DA 4CK1A 3L8BA 1LW0A 3TAQA 1DTTA 1VRTA 1RTIA 4W5RA 1EETA 3QIOA 4AHUA 5HBMA 2KZZA 3RTVA 5FROA 4FLZA 4AHTA 3KK3A 4H8KA 2FBYA 3O3FA 3U6FA 4RW6A 4HUGA 3L2QA 3K57A 3SQ1A 4E0DA 3M8PA 5HLFA 3DLGA 1ZBHA 3VQ6A 5FRMA 4AH9A 4HVJA 2ZQBA 3QINA 3DOKA 5CYMA 5EU7A 2OPRA 3CM5A 2Z1IA 4Z4CA 3D0PA 1QSSA 4I9QA 1S6PA 4H4OA 3PUFA 2YNIA 3IRXA 4E7KA 3ZT0A 4CEOA 1KVAA 2HNYA 2NUBA 3VQ8A 4OKKA 3VA0A 3QEIA 3DRPA 2Y1JA 4QOZB 1S1VA 3OYDA 3SUQA 4CJLA 5J2PA 1EXQA 3LP1A 1LAWA 4KKOA 4CJTA 4HUFA 1NK8A 1RBSA 4CHNA 2X6NA 1C0MA 4K8ZA 1RDBA 3ALYA 1QSYA 3LPTA 4NCBA 4DFMA 3ZT1A 3SUOA 1JLBA 1J5OA 4KREA 2GUIA 4CEAA 2O4GA 3NF9A 4J2BA 3VN5A 4CESA 4W5OA 3IAYA 3WNHA 4OLAA 1B92A 1J9AA 1JLCA 3SV4A 4CHQA 1ASUA 1VSEA 3NF8A 4CECA 1VSLA 2YNGA 3LWLA 4DS5A 5HROA 3HPOA 1TKTA 2OA8A 5SWMA 3NDKA 2FBVA 3B6OA 3UIQA 3V6DA 4N56A 4DSJA 2F8TA 1Q9XA 4KB1A 4CIGA 4DQSA 2GV9A 3MXJA 2OZMA 3TWHA 3M8SA 2XRIA 3TAGA 3AO2A 4CGDA 5C24A 3QEVA 4I7FA 4O0JA 1T05A 3DRSA 4CCHA 4QCLA 3K5NA 3TAMA 4EP5A 1HNIA 2VWKA 3OYIA 3V9ZA 4DQRA 3VQ7A 3S3OA 4KAZA 3DLRA 2DFEA 3ZSVA 3LWMA 4ZHRA 4FJJA 1QSLA 4HHTA 4B9MA 4EZ6A 4CF0A 1JL1A 3SCXA 2G8KA 4CEDA 1JXEA 3NGYA 1C0TA 3D45A 1UA1A 2AJQA 2DFFA 3KIOA 3LP0A 2ZE2A 1ZBLA 3OYLA 1BL3A 3ZSOA 3CFPA 1SL1A 3PO5A 2ITGA 4DLGA 4DTRA 3V4IA 2IS3A 3S9HA 1JLFA 4F2SA 4IG0A 4M3XA 3BGRA 1LWFA 1HYVA 4DFPA 3AV9A 4O55A 1BISA 2YKNA 3LAKA 1NK6A 1SKWA 1J53A 2XY7A 3NH0A 4ID5A 4BWMA 1QHTA 3KLGA 2G8IA 1GOBA 1WAJA 4FCYA 4DFKA 3TAPA 3L2RA 4DU3A 1UA0A 4KHQA 4PUOA 1VSMA 3T3FA 3PX0A 2O4IA 4Z4GA 4AHVA 2XHBA 4B8AB 4TSXA 4C8KA 4N41A 4KO0A 3SQ4A 1FKPA 3JYTA 4N5SA 2KQ2A 4DMNA 5J2MA 4Z4EA 3LPUA 1U45A 2DFHA 1FKOA 1HJRA 3KKRA 3V1RA 4CJSA 3KD5E 1RBVA 4MFBA 3F9KA 1A5WA 1WSGA 4FLTA 3AVFA 4E7IA 4AILC 3I0SA 1F21A 1XWLA 3AVHA 4AHSA 4CIEA 3U3YA 2RF2A 1NJWA 2GBZA 1JLAA 3AA2A 3IG1A 4F3TA 4MQ3A 3A2FA 2HHUA 4CF9A 1TK8A 3P5JA 3OS2A 4CIFA 4DTSA 4FJMA 1HYSA 2G8WA 1LAVA 3NH1A 1FK9A 1N6QA 1JLQA 2KW4A 3VQ5A 1B9DA 4CHOA 4BWJA 2R7YA 1CZBA 1R0AA 1U49A 4HCBA 3CM6A 4B9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2DA 4PWDA 3AG4H 1V5GA 4H5RA 1X1PA 4I0BA 4M3UA 2H8WA 2PFBA 3L0QA 4C8LA 5HDKA 2IS4A 2YV0X 2HMIA 1UG2A 4JLHA 4OOIA 5HLGA 3KWGA 2WADA 1NK0A 1U2WA 4C3HJ 1JUMA 2CGJA 2DBBA 1OH7A 3WTUC 2R5ZA 1F5TA 1DU0A 4UUSA 1WSEA 1HX1A 2P51A 3CPWM 1QQIA 5LHHA 3HP6A 4DNCA 3TAEA 2UYTA 1OJLA 3CLOA 2O8EB 1D8JA 1QA6A 3D5SC 1LUJB 1ULYA 3OYBA 2Q1ZB 4IRHA 4JEPA 3O9UA 3O8GA 5DD8A 3QNOA 2UU9K 2BW3A 1KU2A 3GFIA 3PUBA 3WTYC 2BUPA 3HRSA 1RCHA 2FQ3A 1KCFA 3S3NA 4LY7A 4AF1A 2FU4A 2VJIA 3K5MA 4DKWA 3LDSA 1IKVA 2L9NA 5FFXA 3UKRA 2EFPA 2STTA 3TANA 4EGYA 2XV4S 3THXB 3ERMA 1IXSB 3KYDB 3I8BA 4IRIA 4HNVA 2ZJQL 4NQWB 2P9SB 5K7HA 1YG2A 1OCTC 3NGIA 1SD4A 4R8HA 3VQBA 3P7NA 2AO9A 4M3GA 3AVMA 1S9HA 5AIPA 2A41A 3AA5X 4CEQA 3K2PA 1R00A 2QK9A 1OR7C 4L5JA 4XQFA 1MSFC 1ZK8A 3AVJA 4DOZA 2ZC2A 2XGEA 3OWTA 4HTLA 3TSPA 2P7VB 3J7AO 3K69A 5E84A 2DY4A 4YY3K 4JP0A 4XLEA 4Y0WA 5L3EA 2XRNA 3OS1A 1BIZA 4JRPA 1BW6A 1YLFA 3QB0A 2E1MC 2CS3A 4R1HA 2JQ7A 2LY9A 1K73O 3U9DA 2X6OA 2HNZA 1HDPA 2PG4A 2IVOA 4CGFA 4KN7X 2CGPA 3H92A 2GTDA 1SMYF 4GFBA 3ENHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J2D A;  4PWD A;  3AG4 H;  1V5G A;  4H5R A;  1X1P A;  4I0B A;  4M3U A;  2H8W A;  2PFB A;  3L0Q A;  4C8L A;  5HDK A;  2IS4 A;  2YV0 X;  2HMI A;  1UG2 A;  4JLH A;  4OOI A;  5HLG A;  3KWG A;  2WAD A;  1NK0 A;  1U2W A;  4C3H J;  1JUM A;  2CGJ A;  2DBB A;  1OH7 A;  3WTU C;  2R5Z A;  1F5T A;  1DU0 A;  4UUS A;  1WSE A;  1HX1 A;  2P51 A;  3CPW M;  1QQI A;  5LHH A;  3HP6 A;  4DNC A;  3TAE A;  2UYT A;  1OJL A;  3CLO A;  2O8E B;  1D8J A;  1QA6 A;  3D5S C;  1LUJ B;  1ULY A;  3OYB A;  2Q1Z B;  4IRH A;  4JEP A;  3O9U A;  3O8G A;  5DD8 A;  3QNO A;  2UU9 K;  2BW3 A;  1KU2 A;  3GFI A;  3PUB A;  3WTY C;  2BUP A;  3HRS A;  1RCH A;  2FQ3 A;  1KCF A;  3S3N A;  4LY7 A;  4AF1 A;  2FU4 A;  2VJI A;  3K5M A;  4DKW A;  3LDS A;  1IKV A;  2L9N A;  5FFX A;  3UKR A;  2EFP A;  2STT A;  3TAN A;  4EGY A;  2XV4 S;  3THX B;  3ERM A;  1IXS B;  3KYD B;  3I8B A;  4IRI A;  4HNV A;  2ZJQ L;  4NQW B;  2P9S B;  5K7H A;  1YG2 A;  1OCT C;  3NGI A;  1SD4 A;  4R8H A;  3VQB A;  3P7N A;  2AO9 A;  4M3G A;  3AVM A;  1S9H A;  5AIP A;  2A41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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