2DFHA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-212)-c
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 74
structure length 221
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfhA01
5FDLA 1C6VA 1LWEA 5C25A 4ID5A 4W5TA 1CZ9A 1HYZA 3LP1A 4DQQA 2IGIA 4HHTA 4QCLA 3U3YA 2B4JA 1Y97A 3DOKA 4OPJA 5HLFA 3AVKA 3V1OA 4DF8A 3RMDA 4FLTA 1LAVA 4RW9A 2YNFA 3LPUA 3KK3A 4DQRA 3V6DA 2Y1JA 4PQUA 3EYZA 4OPKA 3KKSA 1DLOA 4CF1A 4KO0A 2OPRA 5FROA 4CJ3A 4H4MA 3QLHA 1F21A 4FJ8A 1C1AA 3K5LA 1QTMA 4E1NA 2HHSA 4HUEA 3TAMA 4CE9A 1VSLA 4CHOA 5HROA 4PY5A 4E89A 4HTUA 2W42A 4OKEA 4B08A 2ATQA 1CXUA 3C6TA 3I0SA 1UOCA 2DFFA 2ZE2A 1L5UA 4HVJA 1L3SA 1ZBIA 1UAXA 3MXMA 3PO5A 1YTUA 1S1WA 4IFYA 1TV6A 2E4LA 3WNGA 4B8CA 3S9HA 4CJFA 2HNZA 1SL1A 2HMIA 3TABA 3SZ2A 3V9SA 5T7BA 1BGXT 3T3FA 4BE1A 2G8FA 2YKMA 3T19A 3CYMA 3KLHA 3KD5E 3V4IA 1J5OA 4CECA 2FBXA 3V9WA 3DRRA 3MEDA 4W5NA 1RT5A 2Q3SA 5KI6A 4JS5A 5KTQA 3NGZA 3L2QA 1A5WA 3K5NA 5HRRA 2B5JA 3AVIA 4KKOA 3JYTA 2G8VA 1S1VA 1NKBA 3SNNA 2E6MA 4FLYA 4C8KA 3AVAA 3KLEA 1TK5A 4LH5A 4BDPA 4CGFA 3AVCA 4IDKA 1C0TA 2X74A 4CHNA 2VG6A 4FLVA 3RMCA 1TL1A 1UA1A 1JLBA 3MECA 1U49A 3AVGA 4DSLA 4ZHRA 1NJXA 1FKPA 2BANA 2E6LA 3AVLA 2F96A 4DU3A 1Q9YA 4G1QA 1KSPA 4NCAA 3OYLA 4KRFA 4GW6A 4N76A 2YHBA 4C8OA 3TAPA 2VWKA 3NH0A 4B3OA 1HNIA 3ALYA 3QERA 4CIFA 4KHQA 3LWLA 1TVRA 3SQ4A 3NFAA 3OYKA 4F2RA 4JLHA 4FLXA 3ZSRA 3SPYA 1ASUA 4B9TA 2XY8A 4W5RA 1JLAA 1S1TA 5SWMA 3AVHA 1RNHA 3LANA 4CEEA 3OYGA 4DS4A 4FZXC 4KHWA 2RPIA 4DG1A 4CHYA 2ETJA 3NF7A 4CK2A 2OPQA 3KLFA 4DFMA 3HK2A 4IG0A 5CYQA 3NBPA 2QKKA 1IKYA 4FK2A 3T1AA 4Z0UA 3H08A 4ICLA 5C42A 2KQ2A 4BE2A 1QSSA 3TARA 3K5MA 1XI1A 1MU2A 3ITHA 4OLBA 1RDCA 3LAMA 2HB5A 4C8NA 3RR7A 4J2DA 3OS2A 1IG9A 3K5OA 1U04A 2I5JA 1S5JA 2X78A 2QXFA 2PYLA 1TKXA 4CEFA 4FJ7A 3DRPA 1X9WA 4CHPA 3DLHA 5DK5A 1CLQA 1A5XA 2D0CA 4RW4A 4MFBA 3P83D 4DTSA 1RTIA 1WAJA 2HNYA 4CK1A 3M8SA 3SQ1A 4CCHA 4DQPA 4I2PA 3OYAA 3OYDA 1RT6A 3F73A 5KRTA 4DFPA 4J2BA 4M3ZA 3MXJA 4O5BA 3ZCMA 1WSHA 3VQPA 4CGJA 3VQ9A 4OVLA 4CEAA 2FBYA 4NYNA 4KTZA 4M45A 5HRPA 4ELTA 3LWMA 2YHAA 1C1BA 4IKFA 3AO3A 3HL8A 2P51A 2BGGA 1QQCA 1NK8A 2WOMA 3M8RA 5D3GA 3AO1A 1S6QA 2G8WA 2XY5A 1T8EA 1LW2A 4AHUA 5J2MA 4N56A 4Z4GA 4Q0BA 2FBTA 3AA4A 3SUOA 1NK0A 2O4IA 2KZZA 4FYDA 3V1QA 4FJJA 4CF2A 4DSJA 2HHVA 3DMJA 3OYEA 1ITGA 4FJMA 1I39A 3HVTA 5JS2A 4CJTA 2RKIA 1B9DA 5SZTA 4QAGA 4O0JA 5J1EA 1TAQA 1KLMA 4ID1A 4OJRA 2ZQBA 2FC0A 4LSLA 1B92A 3NAEA 3D0PA 4K8XA 1JLFA 4WE1A 1B9FA 4Y1CA 1WAFA 4NCGA 2Z1HA 1L3TA 4FJKA 4AHTA 4DTPA 3TWHA 4M42A 1BI4B 3ZT4A 3DRSA 3PX6A 1BI4A 1ASVA 3HO1A 3OS1A 4CGDA 1KCFA 3QIPA 1VSJA 3HP9A 3ZSXA 1TGOA 3TAFA 3C6UA 4E7IA 4K8ZA 4CERA 4ZTFA 3NF8A 4FJGA 1WSIA 4CFAA 1BL3A 4AHRA 4CEOA 3L8BA 4H8KA 4F3TA 4DQIA 4DS5A 4DTJA 3K2PA 3QEXA 1U48A 1TKDA 4FZYA 4FJNA 1YTAA 4XIUA 1J9AA 1VRTA 1LAWA 3OJUA 1NK4A 4FJHA 1RT1A 4DMNA 4CF0A 2EHGA 3ZSZA 1LW0A 4O4GA 3K57A 3KKRA 2D0BA 3DOLA 1IH7A 4EP5A 3TI0A 1U4BA 1SL0A 4PUOA 4KHSA 1W9HA 2AJQA 3G0ZA 3NCIA 2QKBA 3OYFA 3OYHA 4E7KA 1WSFA 5I3UA 4FJ9A 3AO5A 4KTWA 4CEZA 3TANA 2YNIA 1TK8A 4KPYA 4KHUA 1ZBUA 3RMBA 4I7FA 3LPTA 4CEDA 1XHZA 3NGYA 3QNNA 2HW3A 4CJWA 1HQEA 3MXIA 2OZMA 1S6PA 1K6YA 1S1UA 3E01A 3DLGA 4PA1A 4DLEA 3BDPA 1BHLA 2ZD1A 4O55A 3DLRA 4CK3A 3VN5A 1JKHA 1RBTA 3AVBA 4CGGA 4HUFA 1VSHA 3QNOA 3QEVA 3V81A 4FJ5A 2YKNA 5CZ1A 2HHTA 3KIOA 3OJSA 1ZBHA 1BQNA 3M8QA 1HRHA 1U45A 3ZSWA 4KB1A 3K59A 2OPSA 2HVIA 3AVFA 1N6QA 4I9LA 3SUNA 4RW6A 3I0RA 3LZJA 3KK1A 1LWFA 1BISA 1IKVA 1VSIA 3AA2A 1WNSA 1GOAA 5K14A 3KJVA 2KW4A 1XWLA 3L2WA 4DTXA 1VK0A 4AILC 4CJUA 2DTUA 1REVA 2OA8A 3RTVA 3JSMA 3IG1A 1Z26A 4DQSA 1J53A 3VQAA 2X6SA 4CJRA 4DTNA 1Q9XA 1FXXA 3ZT3A 2G8HA 2KFZA 1NJYA 3QEIA 4LY7A 4RW7A 5J2NA 1N5YA 3SUPA 3CFRA 3CFOA 3O3GA 4FJLA 3AV9A 4CEBA 2GUIA 4OGEA 4Y1DA 2F8TA 4IBNA 1HYVA 3C95A 3ZSVA 4NCBA 1RTHA 2D0AA 4MQ3A 4DSEA 2PYJA 1EXQA 3ULDA 3L2RA 1RT4A 2VG5A 3O3FA 4HCBA 2PY5A 4AHVA 1C0MA 4CIGA 3LAKA 1BIUA 3KK2A 1JLQA 4F4KA 4Q5VA 2DY4A 3QESA 1RTDA 3VQCA 3QETA 3CM5A 3HXMA 3TR8A 3AVMA 4F8RA 3ZT1A 4RG8A 3LP0A 3MEEA 1JXBA 4M3RA 1NOZA 2JLEA 4OKJA 4JS4A 1U47A 4FK0A 4O44A 3EZ5A 3SJJA 4AHSA 1HMVA 1NJWA 2NUBA 3AA3A 4W5QA 1X1PA 1O1WA 1NK6A 2YV0X 4IFVA 4C8MA 3CQ8A 4ELUA 4LH4A 1S9EA 1I3AA 2JGUA 3VQ7A 1D5AA 3VQ8A 3VQEA 3HVRA 4BACA 1JLCA 4FM0A 1UA0A 3MAQA 1T03A 2B6AA 3DM2A 1NOYA 3KTQA 2OPPA 1RDAA 2RN2A 1HNVA 4DSIA 2P5OA 2P1JA 3CG7A 3G10A 3SPZA 4FJIA 1TAUA 3ZSOA 3OS0A 3BGRA 2XY6A 4N5SA 3OYIA 4JRQA 1X9MA 2LSNA 4B9SA 1HYSA 1Z25A 1RCHA 5HRNA 4FVMA 4CF9A 1JLGA 3L2VA 4FM1A 4CESA 4Z4EA 1VSKA 4GVMA 1SKSA 3PY8A 3CFPA 1SL2A 4GMJB 1BIZA 1EETA 1KVBA 3V9UA 4CFCA 2P5GA 1RDBA 3NE6A 1VRUA 1G15A 2HHUA 3KD1E 2IC3A 4EP4A 3IAYA 4DSKA 4M3WA 5CZ2A 2FBVA 4E7JA 4FCYA 1GOCA 5EU7A 4CJKA 5KGXA 4H4OA 4FZZA 1C1CA 4DF4A 1S1XA 5FRNA 3SI6A 3LZIA 2R7YA 4YNQA 3V9ZA 2EX3A 2OZSA 3ZT0A 1JXEA 3U6FA 3MEGA 1HQUA 4FXDA 4RW8A 4E0DA 4B8AB 2YNGA 3QO9A 1RDDA 2F8SA 4CFBA 4IG3A 1RBUA 1WSGA 1FKOA 4DU1A 2KTQA 5FRMA 4Z4CA 3AO2A 2HNDA 1RBRA 5JS1A 3PX0A 2BDPA 3NDKA 1D9DA 4OLAA 1VSDA 3IS9A 1T05A 4FW1A 1KVAA 2XRIA 3LP3A 1HJRA 4CGHA 1KFSA 4NYFA 2O4GA 3P5JA 3LDSA 4KV8A 1WSJA 3HPHA 4UQGA 2XY7A 3IRXA 5HRSA 1DTQA 5KRSA 1DTTA 3SCXA 1RTJA 1KTQA 3I8DA 2G8KA 1TL3A 1C0UA 3SV3A 4CJ5A 3VA0A 1ZBLA 3OYMA 4CJVA 4CJSA 1HPZA 4EZ6A 3L2UA 1ASWA 1J54A 4KHYA 3SV4A 1QHTA 4N41A 4CFDA 3SQ2A 3HPOA 2VWJA 4FLZA 4F3OA 4FJXA 2WONA 4FK4A 4AH9A 1KFDA 1LWCA 4CF8A 1RBVA 1RT7A 1S9GA 4I2QA 4DTOA 3S3NA 1CZBA 3OYNA 2Z1JA 5HP1A 4QOZB 3VQQA 1GOBA 4E19A 4E7HA 2Y1IA 3OY9A 3PUFA 3RMAA 1QSYA 3AO4A 4I9QA 4FLWA 3HPGA 4L8RB 1WN7A 4KB0A 1IO2A 1KVCA 3TAQA 3RRGA 3V9XA 1NK9A 3DLKA 4CIEA 1NJZA 4B9MA 3HP6A 4JRPA 3B6OA 1RT3A 3M8PA 3SUQA 2OYQA 1SUQA 1BCOA 1QS4A 4C8LA 3AA5X 3PO4A 1TKTA 5C24A 4E1MA 2X6NA 4DWIA 4J2AA 1L3UA 4BWJA 4KI6A 1QE1A 3F9KA 3O3HA 1FK9A 4DTUA 1SKWA 2BE2A 1NK5A 1D9FA 2KFNA 5E41A 4AHCA 2QK9A 3AVJA 5DMRA 4W5OA 2RF2A 2HVHA 1EKEA 4M3UA 2D5RA 4FM2A 4DTMA 4B9VA 4KAZA 3S3MA 3V1RA 3S3OA 2G8UA 3QINA 3LP2A 1L3VA 3HM9A 3DLEA 2HHXA 1TK0A 2IS3A 1RT2A 1D8YA 1UWBA 2YNHA 3LALA 3PX4A 3THVA 4LD0A 1LV5A 4Z4FA 4CEQA 3KLGA 2IDOA 5KGWA 3TAEA 1X9SA 1NKCA 3VA3A 2A1SA 4CHQA 3HT3A 1T7PA 3A2FA 3DI6A 4F2SA 1RBSA 3ISNC 3U3GA 3FFIA 3WNHA 4DTRA 3QEWA 1W0HA 3VQ4A 2PZSA 4CJEA 4HCCA 3HSTB 3K58A 4KHNA 1R0AA 3QEPA 1BCMA 3VQ5A 3NF9A 3WNEA 4ZTJA 3QIOA 4LSNA 4BDZA 4KI4A 1XHXA 5CYMA 4M3XA 5J2PA 3AVNA 1NK7A 3O4NA 1XC9A 2GV9A 2ITGA 2XHBA 4CJLA 3SYZA 1QSLA 1SV5A 3CM6A 4TSXA 5J2QA 3RR8A 3OVNA 4CHZA 3VQ6A 2VG7A 5HBMA 4HUGA 1WSEA 3D45A 4EZ9A 4DFKA 3L3UA 4CGIA 3L3VA 3RWUA 2G8IA 2Z1GA 3NGIA 3ZSYA 3ASMA 4OKKA 1YVUA 1JL2A 3OYCA 3EY1A 3SQ0A 3NF6A 3KLIA 2DFHA 2IOCA 4Z4HA 1JLEA 2KZMA 1A5VA 1ZBFA 1KLNA 3C94A 2Z1IA 3ZSQA 3NH2A 4M3TA 3HJFA 1VSEA 3TAGA 4N47A 3DYAA 3ZT2A 3OYJA 4B9UA 1TKZA 4Z4IA 3HYFA 1KRPA 2HHQA 4FW2A 1CXQA 2XO7A 3NHGA 4BDYA 2IAJA 5I42A 4KTQA 4FLUA 3DLBA 4J2EA 4E3SA 1NKEA 1YT3A 1EX4A 4PWDA 1Q8IA 4M41A 4BWMA 1IKXA 2GBZA 1VSFA 3UIQA 4KREA 3NH1A 4E7LA 3B6PA 4KFBA 4R5PA 4CJQA 4YFUA 1WLJA 4CJPA 1SKRA 3P1GA 2A1RA 1IKWA 4DSFA 1ZYQA 1BQMA 3RRHA 1JL1A 1VSMA 1RILA 3O4QA 4DU4A 3PV8A 4DLGA 4B9NA 2HHWA 3VQBA 4CJ4A 1EP4A 3OYBA 4B9LA 4O0IA 4BE0A 4M3YA 4OGCA 5CY4A 3VQDA 3WNFA 4DFJA 4ELVA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUA 3JRHA 4CYDA 1QZ5A 4FVUA 2P8TA 5TKYA 1JUPA 4OPJA 3RMDA 2YNFA 3LPUA 4NUBA 2CUZA 2CW0F 4CA0A 4XOTA 3QLHA 1OQYA 2JUCA 4EM0B 4HTUA 2MBFA 4I09A 3EKUA 1TBXA 1X9JA 3V9WA 2GXBA 1AKHA 1PDNC 4JS5A 1P9QC 1QRYA 3QMLA 3ZMZA 2JVGA 3AVIA 3N97A 1FP2A 3KLEA 2LBFA 2VPRA 3CF2A 2PFUA 3RSEA 3V8JA 2YHBA 4B3OA 1VQ7I 3QERA 3F8CA 5ICCA 2UZKA 3ZXSA 3FXJA 3KYLA 3UKRB 1RNHA 3CMMA 2AQFA 4FQGA 4RAZA 1YTYA 4I6MB 4NXNK 4XLCA 3JTGA 1S5JA 2QWNA 2PLYA 4CCHA 4DFPA 4M3ZA 3I0TA 3S1RJ 2BHZA 2R7XA 1YLFA 4ELTA 2VT2A 3R60A 3SDGA 1YW7A 5HS8A 3BP8A 4AM7A 1RDUA 3HZJA 3OYEA 1DQUA 4NB4A 1O7LA 5JS2A 2RKIA 2ZQBA 4Y1CA 3GZNB 5E3OA 4BC4A 4H0OA 2NVYJ 3HO1A 1Y39A 3TAFA 5EEGA 5E18F 3VMFB 4ZDPA 1BL3A 1MW7A 2KJBA 1GXQA 4F3TA 3R6SA 3P31A 3MD2A 1VRTA 4M7YA 3KZBA 1N8RO 4DV6K 4XQFA 2VQLA 2BHYA 3TI0A 1VQKN 1OMIA 2DJNA 2L9RA 1XHZA 4MGRA 2ZJQF 3M3ZA 2LY2A 5ICEA 2P5LC 2M30A 3VB2A 3MAJA 2OZ6A 2VJ5A 3L2WA 4DTXA 4HTLA 2P5KA 4DR4K 3EDPA 2HF3A 5AQKA 4O8UA 5DCMB 2K3PA 1EXQA 2DMQA 3IV5A 3KYDB 4UUSA 3F0CA 4LF5K 2VXZA 1RTDA 4DBQA 3TOAA 4H0TB 1HUXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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