3BP8A

Crystal structure of mlc/eiib complex
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
396
structure length
381
Chain Sequence
DQIKQTNAGAVYRLIDQLGPVSRIDLSRLAQLAPASITKIVREMLEAHLVQELEVGLVVETEAWHYLSLRISRGEIFLALRDLSSKLVVEESQELALKDDSPLLDRIISHIDQFFIRHQKKLERLTSIAITLPGIIDTENGIVHRMPFYEDVKEMPLGEALEQHTGVPVYIQHDISAWTMAEALFGASRGARDVIQVVIDHNVGAGVITDGHLLHAGSSSLVEIGHTQVDPYGKRCYCGNHGCLETIASVDSILELAQLRLNQSMHGQPLTVDSLCQAALRGDLLAKDIITGVGAHVGRILAIMVNLFNPQKILIGSPLSKAADILFPVISDSIRQQALPAYSQHISVESTQFSNQGTMAGAALVKDAMYNGSLLIRLLQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analyses of Mlc-IIBGlc interaction and a plausible molecular mechanism of Mlc inactivation by membrane sequestration
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Escherichia coli
molecule keywords Putative NAGC-like transcriptional regulator
total genus 103
structure length 381
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3bp8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3bp8A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3bp8A03
2IIRA 5BQTA 3T5XA 3FMQA 1V4TA 3EDPA 4LGWA 3IUCA 2A3SA 4KIBA 4Y0WA 2D0PA 3DPTA 3TPQA 2RDPA 4M6YA 4CXFA 2VYPA 2XHKA 5KK1A 4BRHA 1B59A 4Y13A 1SQKA 3ZETA 3DXKB 1RDWX 2FOKA 1TNSA 1I6XA 2KJCA 5AQKA 5ICCA 2CW0F 1XMKA 3V8JA 2I7PA 3N4MA 1CZAN 4HYEA 3WGGA 1Y0UA 2GWKA 2NZTA 2EFWA 3SLCA 5K1YA 3GZ6A 3QMLA 4MEYF 4LG0A 3M6GA 4BVOA 3BF3A 1BI2A 1WUAA 1JCFA 3QFPA 2DW4A 4LMYA 1YG2A 3WXIA 3V4GA 4BROA 2QENA 2QM3A 2YSRA 3U2RA 2K4JA 2HEOA 3ZMSA 2DLLA 2FLOA 3C0BA 5BPDA 3R0JA 4A62A 2Z33A 2P8TA 3CTAA 1O3QA 5HS9A 3F22A 5E26A 1Z6TA 1ESVA 2F2EA 1BC7C 1GLBG 2PEXA 1YYVA 4G6DA 1GLDG 1C0FA 3VEXA 3ZEUB 2Q2EA 3GWZA 3LDQA 5BOXA 3EYIA 4I6MB 3U9DA 2P9SA 3ML6A 3COAC 2KIMA 5LY3A 2P9UA 3CO6C 2K7LA 1D3YA 4BRNA 3BPVA 1S29A 1XUPO 2R7DA 1WI9A 5HS7A 1H1VA 2GWRA 4BRFA 1T39A 4A0YA 3CLOA 5K5OA 4K42A 2CFXA 3ZN1A 1TUYA 1LOTB 2QW9A 4WF2A 1QZ6A 1O3TA 4RB0A 2P5LC 3VF2A 2L01A 3A5MC 4UV8A 2XAQA 4KIFA 1HKSA 1T6CA 1E4GT 2ZBKA 4O6JA 2HYGD 3ULQB 1QGPA 1ATNA 3FM3A 5FFZA 3UKUB 2IVOA 5BPIA 2P9NB 2EFQA 2W57A 2OZUA 3QOPA 2IVMA 3SZTA 3K0LA 2Q8KA 1K78B 1ATRA 1DPRA 2VOPA 2D4WA 4F7ZA 1HSTA 2CYYA 4MTDA 1CF7B 3I4PA 3GVAA 2LDUA 5FPDA 3ZMDA 1LDKB 3ZETB 5AQRA 1XGNA 4FSVA 3F8NA 3IRQA 4IHTA 2D1VA 5DDGA 3QU3A 3MDQA 2VXZA 2M87A 5AQHA 4ZYDA 3ID8A 2V7YA 3FXQA 2OAZA 1FP1D 2D1HA 3WG9A 1XGSA 3NQOA 4YFXF 2HDCA 3H3OB 4QS8A 5H6RA 2QWMA 1FNNA 2FF4A 1HQCA 2FQ3A 4UV9A 3TDZC 4M71A 5LGTA 2EFPA 5JMVA 3V7CA 2LKPA 4KN7X 3R61A 5BRDA 2XKOA 1XCVA 3HOSA 4BNCA 3QDKA 3CJ1A 5D5WB 3CO7C 4YFKF 4LLNA 4CBWA 3GXOA 4EJUA 4L9JA 4WQ4C 4H0PA 4KT5C 1S22A 3F6VA 1J9IA 2O8XA 1R1VA 4G94A 1I1SA 3FZLA 3FFKB 1T6SA 2ADUA 2MH9A 3L09A 1F9NA 5CVUA 4BRDA 2P9UB 4IWVA 1YAGA 2MD5A 2XAHA 3G3ZA 2EA2A 1NGCA 1U78A 3ULEB 2Z9OA 1KU7A 3JSOA 2COMA 5FO5A 1NHAA 1XSXA 1XD7A 2K27A 4N0BA 3BJ6A 3KLNA 2Y75A 1RUNA 4KA4A 3HSEA 3VGLA 5H20A 3BJAA 1T2KA 5FFXA 4LC9B 4B1WB 4FOEA 5HLIA 2O03A 2EV6A 3IL2A 2PI0A 4BGBA 3G73A 5L3EA 3BJOA 1KXPA 2E8AA 2AP1A 3JTHA 2Y0MA 1KU3A 4I09A 4EVIA 1T6DA 2P5KA 3BROA 4DQ8A 4RTFD 3FGUA 3F6OA 3E3VA 4HX8A 4UHTA 2YU3A 1R36A 2IVPA 5AFUH 5AQYA 2KIUA 2Q97A 4RAYA 1BBYA 2VONA 5HDKA 4OIPF 1B9MA 5AZIA 2YPRA 1QZYA 3HIFA 1WWXA 4LB6B 3SMSA 5ILSA 2YX7A 1J2XA 2QQAA 2XGXA 3TDUC 5BMZA 4ZYHA 1UFMA 3TO6A 2ZWHA 2FNAA 2AA4A 5D6EA 2A6EF 3E6CC 3M3ZA 4H0TB 1BJAA 3E5UA 1ZGJA 2ZKZA 4EM0B 2E7WA 1C0GA 3GZ5A 3TO7A 2FMLA 1IW7F 3L6QA 1TQPA 3DXMB 2KIFA 1G3TA 2GZWA 3IC7A 1R5HA 2XV4S 3ZN0A 1R00A 4UVBA 1K8KA 5DCFA 1P8ZA 3QICA 3EKSA 2F5EA 4CBXA 4I01A 2PJPA 1YUWA 2VODA 2GUPA 1NGGA 1NWKA 1ZC6A 3DKWA 4BQLA 1KAZA 1TQIA 2EJRA 4LD5A 3E97A 2DT5A 5LRSA 3KETA 2EV5A 5LRRA 4HV5A 3JXUA 4OINF 1F4KA 4CZIA 1FSEA 4CZZA 4HDUA 2GAUA 3GUDA 2VCPA 2NNYA 4BR7A 2RGVA 2W84A 5DYMA 2P7VB 2NLXA 3GLXA 3WGIA 1RGIA 4MQVA 4GGGA 2VT3A 3ZX3A 2ZMEA 3KP4A 1E17A 5HLGA 3HTVA 3QBXA 3BZ6A 3I59A 2M5WA 1G3SA 2ZNZA 2E2NA 2P9KB 2GQQA 1QQOA 3ABUA 3F9MA 2O61A 4FO0A 2R7FA 1LDDA 3DF8A 4B9QA 4RAZA 2CH6A 3E6MA 3J80Z 2QXLA 3P4IA 4A2AA 3CJ7A 2FBHA 4KICA 2L4MA 4WK8F 4A12A 1FT9A 1HSJA 2J5OA 1YXQA 2XAGA 4FWOA 3WTXC 3UE5A 4EJWA 1IXSB 3NEUA 1K7AA 2XAJA 2QWRA 1XN7A 1P4XA 4IF4A 3R9PA 4CGZA 1MWKA 1L3LA 3H3NO 4OOIA 5BPMA 4FPBA 1UCRA 5KQDA 1RFQA 3VEWA 3SJHA 2BYVE 1HW1A 4U0WA 4B09A 3C7JA 2F5FA 1KA8A 1G6NA 4BREA 1NGBA 3RPQA 2FSKA 3FXUA 1KAYA 2FF6A 2NNNA 5AZIB 2I7NA 1EQYA 3SZPA 4LLGF 2HQRA 1B9NA 2ASPA 3CDHA 3FXRA 4IXAA 1QQMA 2ZNYA 4RB3C 2L3DA 5BREA 5AR0A 1DEJA 4BRLA 5ILVA 3DP7A 4BRQA 4FX4A 1O57A 4HBLA 4OMYA 3IFRA 3IHUA 4IRHA 4PL7A 4ZZLA 4G7OF 3MQ0A 1JXSA 2A40A 2QLZA 1J5YA 2L02A 2VBZA 1BIAA 1RNLA 4K2EA 4EM1A 3D2EA 4WXHA 1K8KB 2OU2A 2H94A 4RGSA 3WGHA 2QUFA 3H1VX 4AIJA 2FEZA 2H6CA 2NRHA 4CD3A 4FL9A 3MN9A 5F2RA 1ODDA 2XVCA 3IWFA 2DBBA 1P6RA 5FPMA 4HQEA 3V7SA 1R58A 1U8RA 1NGHA 1FC3A 3CJAA 1PP8F 3ABTA 5AQTA 2J4RA 4R79A 4I6MA 5AQFA 2A6HF 3I54A 5EEHA 2JPBA 2YHYA 4Q47A 1NGIA 4WQ5C 4CZLA 5FD6A 1BDGA 2HTJA 2ZMEB 2FXAA 3ECHA 4OU0A 1VTNC 4HLYA 3I59B 4HLXA 1HX1A 1XGMA 3BEXA 2MBFA 4FWQA 4BC3A 5F0XA 2B0LA 1TYQA 2CGJA 2CG4A 1WKMA 2PG4A 2V6CA 3RYRA 1SMTA 2MC3A 2STWA 3LFKA 3QU6A 5KQ8A 3HRMA 3O1WA 4BR4A 5DEQA 5ED4A 4CD1A 5E1WA 4CZKA 1LDJA 1LQ1A 1B1BA 2F9TA 3VGKA 4EAHD 1MWMA 5E1XA 3K1PA 4Y17A 1MJ9A 2XIGA 4Q48A 3VERA 2QYOA 1KQ8A 4XLNF 4A5MA 1V4RA 2QWOA 4DHYA 1OYIA 5A2QZ 4G9YA 5JFRA 1ON2A 5FGMA 1Q1HA 4NB4A 5FD5A 2FXUA 2MLGA 3KP6A 4BHCA 5TRDA 3KZYA 3TOBA 1CF7A 3B02A 3DPLC 2D0OA 4BRGA 2E88A 1ZLJA 5ICFA 4YIIA 2W40A 3WXKA 2XASA 1KGSA 3VOVA 3DFGA 4FWRA 5EOYA 4IRGA 2NRAC 4QLCU 3ERED 4BRPA 4BXUA 4PZJA 4PCQA 1RUOA 3WU0A 2HMPA 3BUZB 4B1ZA 2A07F 4XBFA 3WQTA 5DD4A 5AFUA 1JE8A 4EV0A 2GA1A 3TU5A 5JVTA 5A2QK 4ASNA 5HVQC 4KNYA 5F64A 3M9AA 2QZ8A 5E20A 4BRKA 1Z05A 3RKYA 5ADXH 4I98B 2NS0A 3D2EB 2QWPA 3ROUA 4MHGA 4B1XB 3E5XA 2V79A 5D8LB 5AIQA 5J6XA 2H27A 5IT3A 4BG9A 2A68F 1ZRDA 1K6OA 4CYDA 2YI1A 4QWQA 2Q1NA 2OA4A 2KJBA 1HJOA 3QB0A 1OYWA 4N9HA 4LFUA 4JN4A 5BPNA 2F5CA 4ENJA 5F1RA 3PQKA 2VT2A 1KQ9A 4XSXF 3L0QA 2FBKA 3UB5A 3FZFA 3REOA 4Q4ZF 5JR3A 2ZFWA 5D5XB 2E2OA 1T98A 2WWYA 3HTUA 3L7WA 1HKTA 3CUQC 3VB2A 4A0ZA 4MO4A 3O6WA 3WUHA 3GG4A 4P96A 4ISFA 3ULEA 3T8RA 3W6KB 1TYQB 3TQNA 4HX7A 2GEMA 5ILUA 4EIAA 2FSWA 1MGTA 2DPDA 4K25A 5LGNA 5JHUA 1UB9A 2RQPA 1ZG3A 1ONVA 4H0OA 4EHUA 2HTSA 5DD8A 1HKGA 1Q18A 3B8AX 2H6BA 3O4WA 1GXQA 3MWMA 2HKOA 1DPUA 3Q9VA 3EKUA 2GWJA 4YDUC 1XB4A 5CVJA 2QWQA 2QWLA 3VEZA 4ENMA 2CH5A 5E18F 4CBUA 3K1NA 1MDUB 4JHDA 1FPQA 4CZFA 3GE1A 3QFUA 3F23A 4HA8A 5TKYA 3MCPA 3V7RA 5AQMA 2OBPA 5BN8A 4CHUA 2R3SA 4RGXA 1I27A 3GL1A 3WTYC 1H0MA 3WODF 4HZFA 3KLOA 4RGUA 1DGKN 1XCBA 4EMSA 2PMHA 1QHAA 3CETA 3LM9A 4L9NA 4S04A 5J8FA 5FLXZ 2QWNA 4CDGA 3P9CA 1STZA 3O80A 4XH4A 4XRFA 4GY2B 1XDUA 5AQLA 4NO7A 1P2FA 1SD4A 3ZMVA 1NMDA 2QQ9A 4GYGA 3DXMA 3VPZA 4U88A 1MZBA 3BOQA 1HPMA 3I33A 2ZCWA 5EXWA 1Z9CA 3EN9A 1ZN2A 3LDOA 1IRFA 3U1DA 3KCCA 1QBJA 2ZF5O 1HKCA 4L9VA 3CQYA 4J8FA 3ELKA 4DB3A 1YVNA 1IG8A 3ENHA 5LBQA 1REPC 4ENKA 2FRHA 3ATVA 1Z6RA 5DUIA 2HZTA 1V3FA 3FX3A 4M9XA 1W5SA 3HTSB 5AQNA 3RKWA 3R0AA 4BC2A 2D45A 3GBTA 5FLXK 2DTRA 4FWMA 4YG2F 2PBDA 1WRJA 4IJAA 5B8HA 3F8CA 4JQFA 5DV5A 1P4AA 1DUXC 2FMYA 4EGZA 4M6XA 2P9KA 2LF8A 4G8XA 4O3MA 4ETSA 1YQAA 1ZRFA 4RS8A 1J0RA 2GIVA 4AM6A 4WQ4A 3VENA 4GCVA 4FWSA 1QPMA 3WE2A 2VE8A 2IA2A 2E1YA 2JTVA 1HW2A 3HHHA 3ZMZA 3E6DA 5AQPA 2CO5A 5BR9A 2O6GE 3O1BA 2DQLA 1I1GA 1S8NA 2IPQX 4IJNA 1KAXA 3SMPA 3LL3A 1R22A 2A42A 1FYLA 3RJPA 4O5VA 3R6SA 1NGFA 5LHHA 1ZYRF 3DQVC 2ISYA 2HYFA 3KEOA 4RB1A 4C23A 3R8EA 4CZJA 2G7UA 3C3WA 1TBXA 5LLQA 1L0OC 3JSPA 2EK5A 1HKQA 1KYZA 3F8FA 3UKRA 3S2WA 3EYYA 4GYIA 1EV7A 3H45C 5JI6A 4A2BA 1SD7A 3KP5A 1TW3A 3WXLA 6PAXA 4BRIA 4JHDB 3FM5A 4XEIA 1TNTA 4GXOA 2P9LB 1LEBA 1Z7UA 5LJVA 2X4HA 1X3UA 4HF1A 4KFCA 2Q0RA 2DFIA 1ZARA 4ISEA 1GXPA 3HBTA 3D7EO 3QAHA 3DWLA 3FZMA 3N97A 1YFHA 4CO8A 2FSJA 3C18A 3RDIA 2DPUA 1NGDA 2CGKA 1OKRA 4YIFA 1O3SA 3AAFA 3C7NA 1T38A 1CGPA 4EFHA 5EVZA 5EEGA 3GW2A 4LK1F 4R8HA 3ZMTA 3HYIA 2GXBA 5EY4A 3M8FA 1QQIA 1QQNA 3HRUA 4GNIA 2ASMA 1FLIA 4WWCA 2P6SA 5CVVA 1YIOA 2IRFG 5BRFA 2F9WA 1WOQA 3HRTA 3H46O 1JCGA 4CZMA 4JAXA 1IF1A 1SD6A 1QO0D 1U5TC 4MQ9F 3BY6A 5AONA 4BH9A 1EH7A 2V51B 4JK1X 4Z94A 2FSNA 3WTVC 5K5RA 4A6DA 4XH1A 3MN7A 3GF2A 4B1YB 2Y48A 2OANA 2ITMA 1D8KA 3I58A 3P9IA 5ADXA 3DXJF 5CVRA 1HBXG 2FA5A 3T0YA 1D4XA 1G4DA 4BVPA 3K2ZA 2RNJA 4A61A 1USSA 2VBWA 3DAWA 1IN6A 4P9UA 1OKJA 3J8AA 1AWCA 3T8TA 4R1HA 2YHXA 4FT8A 3GOIA 1J6ZA 3A5LC 1F5TA 1R23A 1X3NA 4N9IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IIR A;  5BQT A;  3T5X A;  3FMQ A;  1V4T A;  3EDP A;  4LGW A;  3IUC A;  2A3S A;  4KIB A;  4Y0W A;  2D0P A;  3DPT A;  3TPQ A;  2RDP A;  4M6Y A;  4CXF A;  2VYP A;  2XHK A;  5KK1 A;  4BRH A;  1B59 A;  4Y13 A;  1SQK A;  3ZET A;  3DXK B;  1RDW X;  2FOK A;  1TNS A;  1I6X A;  2KJC A;  5AQK A;  5ICC A;  2CW0 F;  1XMK A;  3V8J A;  2I7P A;  3N4M A;  1CZA N;  4HYE A;  3WGG A;  1Y0U A;  2GWK A;  2NZT A;  2EFW A;  3SLC A;  5K1Y A;  3GZ6 A;  3QML A;  4MEY F;  4LG0 A;  3M6G A;  4BVO A;  3BF3 A;  1BI2 A;  1WUA A;  1JCF A;  3QFP A;  2DW4 A;  4LMY A;  1YG2 A;  3WXI A;  3V4G A;  4BRO A;  2QEN A;  2QM3 A;  2YSR A;  3U2R A;  2K4J A;  2HEO A;  3ZMS A;  2DLL A;  2FLO A;  3C0B A;  5BPD A;  3R0J A;  4A62 A;  2Z33 A;  2P8T A;  3CTA A;  1O3Q A;  5HS9 A;  3F22 A;  5E26 A;  1Z6T A;  1ESV A;  2F2E A;  1BC7 C;  1GLB G;  2PEX A;  1YYV A;  4G6D A;  1GLD G;  1C0F A;  3VEX A;  3ZEU B;  2Q2E A;  3GWZ A;  3LDQ A;  5BOX A;  3EYI A;  4I6M B;  3U9D A;  2P9S A;  3ML6 A;  3COA C;  2KIM A;  5LY3 A;  2P9U A;  3CO6 C;  2K7L A;  1D3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2IIR A;  5BQT A;  3CC4 N;  3T5X A;  3FMQ A;  1V4T A;  2ZJQ L;  3EDP A;  4LGW A;  3IUC A;  1N8R O;  2A3S A;  4KIB A;  4Y0W A;  2D0P A;  3DPT A;  3TPQ A;  2RDP A;  4M6Y A;  4CXF A;  2VYP A;  2XHK A;  5KK1 A;  4BRH A;  1B59 A;  4Y13 A;  1SQK A;  3ZET A;  3DXK B;  1RDW X;  2FOK A;  1TNS A;  1I6X A;  2KJC A;  2RHK A;  5AQK A;  5ICC A;  2CW0 F;  1XMK A;  3V8J A;  2I7P A;  3N4M A;  1CZA N;  4HYE A;  3WGG A;  2NRV A;  1Y0U A;  2GWK A;  2NZT A;  4YOT A;  2EFW A;  3SLC A;  3CCS N;  1M1K O;  5K1Y A;  3GZ6 A;  3QML A;  4MEY F;  3TSP A;  4LG0 A;  3M6G A;  4BVO A;  3BF3 A;  1BI2 A;  1WUA A;  1JCF A;  3QFP A;  2DW4 A;  4LMY A;  3K9J A;  1YG2 A;  3WXI A;  3V4G A;  4BRO A;  2QEN A;  2QM3 A;  2YSR A;  3U2R A;  4IOA L;  2K4J A;  2HEO A;  3ZMS A;  2DLL A;  2FLO A;  3C0B A;  1YJN N;  2KLA A;  5BPD A;  3R0J A;  4A62 A;  2Z33 A;  2P8T A;  3CTA A;  1O3Q A;  5HS9 A;  3F22 A;  5E26 A;  1Z6T A;  4OO1 J;  1ESV A;  2F2E A;  1BC7 C;  1GLB G;  1YJW N;  2PEX A;  1YYV A;  5HL7 L;  4G6D A;  1GLD G;  1C0F A;  3VEX A;  3ZEU B; 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