3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus type 2
molecule keywords Integrase
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
4CJQA 3ZT3A 4ZTFA 3LWMA 2OPQA 4W5OA 3O3GA 1C1CA 2XHBA 1W0HA 2O4IA 1TV6A 3I8DA 1RT3A 2GV9A 3NFAA 4E7IA 4FYDA 2IC3A 1CXUA 3T3FA 4F4KA 3SUPA 4DTRA 3KLEA 2YKMA 4CJUA 4DTOA 1GOCA 4L8RB 4WE1A 5HRNA 3RRHA 1WSHA 3QEPA 2IAJA 1SKRA 2XO7A 2BANA 1WN7A 3PX0A 2P5OA 1RTHA 1U47A 4ELUA 4CJEA 3HM9A 4OJRA 3V9UA 1JLCA 1UA0A 3OYLA 4LH5A 4CGGA 2D0AA 4I2PA 3LZJA 1EP4A 1LW0A 3M8SA 4DS5A 1LWEA 2FC0A 4K8XA 2DTUA 2A1SA 2KZMA 3OYEA 3I0RA 1TVRA 1VSKA 2X6SA 2FBYA 3C6UA 3V1OA 1KONA 1ITGA 2D0BA 4M3RA 4AHUA 4DU1A 1U49A 2XY8A 1ZYQA 4W5NA 3RMAA 4CFDA 3ZSWA 3V4IA 1L3SA 4Z4GA 4KREA 4FLXA 3ZT4A 1S9EA 2YNGA 4DTUA 3O4QA 1EETA 3IRXA 4DFKA 3ZSXA 1K6YA 1RBRA 5HRRA 1RTIA 4B9NA 4EP5A 2HB5A 1TK0A 1D9FA 5FRNA 1KVBA 5SWMA 1Z26A 4O0IA 1WSJA 1BI4A 4R5PA 4CEEA 4OPJA 3RTVA 3WNFA 2JLEA 1D8YA 1JL2A 3LWLA 3OYKA 4HCCA 4CEFA 4DSKA 4N56A 1NK4A 4FJIA 2HHQA 3WNGA 3OYIA 4BE1A 3TANA 1RT1A 1VSEA 3V9ZA 3VQ8A 4N47A 1X9SA 2YHAA 4Y1CA 2KZZA 4BE2A 1QSLA 3OVNA 3CM6A 1RDAA 3RR8A 1UAXA 4QCLA 3VQBA 4DSLA 1GOBA 3PY8A 1RBSA 3TAPA 1Y97A 4CEBA 1JLQA 1RTJA 4HCBA 3OYMA 3TI0A 1IKVA 1IO2A 3VQAA 3NHGA 2HVHA 1U4BA 4RW8A 1YVUA 4CIFA 4FCYA 5CYMA 2G8WA 2HHXA 4MFBA 3K5LA 3QEWA 3KD1E 2F8SA 4DWIA 2HNZA 1VSIA 4FLWA 4DF4A 3C6TA 4Z4IA 3ZSYA 5C25A 4IBNA 5T7BA 4OKKA 3SPYA 2VG7A 1DTTA 3D45A 4AILC 4CEOA 1MU2A 2P5GA 1RT5A 3BGRA 1IKXA 1IH7A 1DLOA 4OVLA 2KFZA 3K5MA 5KRSA 3HK2A 4J2AA 1U48A 1WAJA 2OPRA 3DRRA 4M45A 3L2RA 2F8TA 1RDBA 4CF2A 5J2MA 3RR7A 1EKEA 2E6LA 1L3TA 1FXXA 3AVLA 4FJHA 1X1PA 4E1MA 3EYZA 3BDPA 4E89A 1WJEA 3AV9A 4CK2A 4RW7A 5FRMA 2HNYA 3SQ2A 4UQGA 4BDYA 3NF6A 4RG8A 4CIEA 4IKFA 1WJDA 5CY4A 3TAGA 2B6AA 4BDPA 2B4JA 4O55A 5KRTA 3THVA 4ID1A 4ELVA 4FJ9A 3DLGA 2NUBA 1HYZA 1CZBA 4RW6A 3ZSOA 1TK5A 1F21A 3VQEA 3DM2A 1SL2A 3PX4A 4DSIA 4KHNA 1HPZA 4CGDA 3CFRA 1NK9A 1TL3A 3WNEA 4Z4EA 5JS1A 4B8AB 1NJWA 1KVCA 4C8MA 4CJFA 4C8LA 1UOCA 1QS4A 1A5WA 4HVJA 3K5OA 3SI6A 1SV5A 5FDLA 4KO0A 1J9AA 4JRPA 2XY6A 1HJRA 4LSNA 4HUEA 4F3TA 3ZCMA 4FLTA 3K5NA 4MQ3A 3KLHA 1TK8A 1BCOA 1HYVA 4AHSA 1RT6A 1KLMA 5J2PA 4AHTA 1J53A 1S1WA 1MW7A 2FBXA 1RBTA 2ZE2A 4OGCA 3DMJA 3KD5E 4F3OA 4FJGA 4FLZA 4FM0A 3QETA 3VQDA 4LY7A 3HT3A 1NJYA 4G1QA 1SKWA 2F96A 1D9DA 2VG5A 4IFYA 4KB0A 1FK9A 1JLEA 3NH0A 3TAMA 2HHWA 4YNQA 1XI1A 4J2EA 4FJNA 3LP1A 3L2VA 3K58A 4ZTJA 1KRPA 4DQIA 3V9SA 2W42A 5J2NA 4CF1A 2Z1IA 3SQ4A 3B6OA 2GBZA 4FJXA 1KFSA 3O4NA 1VK0A 3RMCA 1T8EA 1KLNA 1SUQA 4NCAA 3ZT2A 3ASMA 1FKOA 4J2DA 4B8CA 2HMIA 4FZZA 3P83D 4CF9A 4DQQA 3VA3A 3AA5X 4CGIA 3AO1A 4KI4A 1KTQA 3OYFA 3PX6A 4KI6A 2GUIA 3U6FA 4OLBA 4FJ7A 3LP0A 1D5AA 1NOZA 1VSJA 1VRTA 3KKSA 4DTMA 4M42A 1WSEA 1RNHA 4CJPA 4CHOA 4JS5A 1IKYA 3MECA 2IOCA 4DTNA 2OA8A 1JL1A 1NKCA 4N76A 4CEDA 2G8VA 4FM2A 3ULDA 3PO4A 4DQPA 3QEIA 3LANA 4CHYA 2XY7A 3O3FA 4FJLA 4C8NA 3P1GA 5K14A 2HNDA 3D0PA 3UIQA 3ISNC 2X6NA 4LH4A 3K59A 1NK8A 1NKEA 4CJVA 4E3SA 4DSEA 3SNNA 3VQCA 1CLQA 3DLRA 4ID5A 4DU4A 1QSSA 1BGXT 4NYFA 4CFAA 4CGHA 4CJ4A 1L3VA 4KKOA 3DLEA 1YTAA 1UWBA 4PA1A 3SQ0A 3K57A 3TWHA 4H8KA 4AH9A 3HPHA 4M41A 3OYHA 3CFPA 3OYNA 4Z4FA 3M8RA 3RRGA 4H4OA 3AVAA 3K2PA 1B9DA 4E1NA 4CHQA 4N41A 3QIPA 4M3XA 3ZSQA 4KAZA 3S9HA 3LP3A 1TKTA 4CJWA 4DQSA 1LWCA 3AVMA 1WNSA 4ELTA 2D5RA 3EZ5A 4CCHA 4FJ8A 2YHBA 5KI6A 4B9VA 4O5BA 3VQ6A 3ZT1A 3QNOA 1SL0A 3I0SA 1SKSA 1HNVA 3HVTA 3G0ZA 4KHSA 3OS0A 4M3ZA 3A2FA 1YTUA 2P1JA 4DS4A 1JLBA 3SV4A 1NK5A 4CJKA 3MEEA 2RKIA 3L8BA 5HP1A 3SJJA 1L5UA 3L2UA 4AHCA 3P5JA 3NH2A 3QERA 3U3YA 4DFPA 3M8QA 1XWLA 5FROA 1TKZA 5KTQA 3KTQA 4XIUA 3OYJA 1TGOA 1Q9XA 4M3UA 1NOYA 3MXJA 1A5XA 1TAQA 3CM5A 4FW2A 1XC9A 4FLVA 2I5JA 2ZQBA 4F3QA 2DFEA 3ALYA 3CYMA 4CEZA 3WNHA 1BQMA 3U3GA 2EX3A 1EXQA 2YV0X 3C94A 4BWMA 3TR8A 1HNIA 3KK3A 4JS4A 4Y1DA 4Z4HA 1Q9YA 2QXFA 2PZSA 2IDOA 2B5JA 4DSJA 1S9GA 4KV8A 3EY1A 4KHYA 3C95A 2FBTA 1LFPA 1NK7A 5I42A 4C8OA 5SZTA 4M3WA 3LAMA 1C1AA 1BIZA 1S1VA 1CZ9A 3G10A 4E7KA 1WLJA 3KIOA 2OZSA 1T7PA 2QKKA 4RW9A 5JS2A 1BQNA 3L2WA 4E0DA 4CEQA 1B92A 1BI4B 4FK2A 1HRHA 3HPGA 1C0TA 3KK2A 3AVNA 1ASWA 3NDKA 4DFJA 4EP4A 1Z25A 1NJXA 1NKBA 1RT2A 1IG9A 3TAQA 1S1UA 4PQUA 3VQ5A 5CZ1A 3AO3A 4CJTA 2Z1GA 3TAFA 4Z4CA 4CJ3A 1ASUA 2Z1JA 3AVFA 3CFOA 1JXEA 1HMVA 4DLGA 2G8UA 4FJJA 1REVA 4I2QA 4CHPA 3NAEA 3L3UA 1LAWA 3LZIA 1JLFA 3JSMA 1I3AA 3V81A 3HO1A 3KK1A 2DY4A 1TKDA 4KPYA 1VSLA 1L3UA 2G8FA 3PO5A 4CECA 1A5VA 1RBUA 3L3VA 1WJBA 5KGWA 3VN5A 3RMBA 3MXIA 3PUFA 3S3OA 1X9MA 4KHWA 4AHVA 1G15A 1C0UA 1QE1A 3M8PA 2XY5A 2OZMA 3T19A 4FLUA 4RW4A 4KRFA 4KB1A 1WAFA 2RF2A 3VQPA 4JLHA 1ZBHA 4GMJB 2FBVA 4CESA 4FW1A 4CK1A 1GOAA 2XRIA 1UA1A 4IFVA 4OKEA 5DMRA 1JKHA 3TAEA 3NF7A 2PYLA 4DLEA 2HHUA 4I7FA 1WJAA 1ZBUA 2BE2A 1NJZA 1WJFA 1ZBLA 1JLAA 4FJMA 1Q8IA 4CF8A 5HBMA 4IDKA 4DTJA 4TSXA 3HJFA 1TAUA 4O0JA 3NF9A 3VQ7A 4W5QA 2DFFA 3DRSA 4E19A 2LSNA 4EZ6A 4NCBA 1NK6A 3MEGA 4CJRA 2EHGA 3AO5A 4DU3A 5CYQA 3QESA 4PUOA 1LAVA 4CHZA 2E4LA 2VG6A 1J54A 1QQCA 1RDCA 4AHRA 2AJQA 1ASVA 3FFIA 2Z1HA 3S3NA 2QKBA 2KTQA 1EX4A 4FJKA 3LPTA 3HL8A 3OJUA 2IGIA 3AVJA 3HP9A 4KHQA 3AVHA 2OPSA 3SZ2A 3V1QA 3OYCA 3TARA 2BDPA 4GVMA 1NK0A 1LW2A 4OPKA 4FM1A 2QK9A 2PY5A 4CFBA 3QINA 4IG3A 1X9WA 4OKJA 3ZSRA 1ZBIA 1O1WA 2D0CA 3NBPA 1C6VA 2IS3A 2HHVA 3ZT0A 1JLGA 3L2QA 2X74A 4HUFA 4EZ9A 2VWKA 2X78A 1HQUA 3KKRA 4HTUA 4ZHRA 4DSFA 5CZ2A 3V6DA 1JXBA 2HHSA 1RCHA 1YT3A 3IAYA 4FLYA 2E6MA 3NF8A 5D3GA 1SL1A 4KTQA 3JYTA 2G8HA 3LP2A 4FK4A 3AO4A 3PV8A 3F73A 1N6QA 5I3UA 2G8KA 2OPPA 3OJSA 5E41A 4HHTA 3AVBA 4I9LA 4FVMA 3T1AA 3NGZA 4F2SA 2RPIA 1KVAA 3OYDA 1IKWA 4ICLA 3SV3A 4DTSA 3AA4A 3SUNA 4KTZA 4BWJA 2BGGA 1BCMA 3ITHA 4CEAA 4DF8A 1FKPA 3OYGA 3QLHA 3NGYA 4BE0A 2YKNA 4B9MA 1VSFA 3HPOA 2HVIA 1DTQA 5HRPA 4Q0BA 4CE9A 1S1XA 1WSIA 3AVIA 3MXMA 4W5TA 5HROA 3QNNA 1LWFA 4LSLA 4DTPA 3NGIA 1VSDA 4CGFA 4CJ5A 3NE6A 5C42A 1N5YA 4E7HA 4FK0A 4F8RA 2ATQA 4CFCA 3KLFA 1BL3A 4KFBA 4O4GA 3TABA 4B9LA 3HP6A 4FZXC 2KFNA 3OY9A 3SCXA 3LALA 4KTWA 1WJCA 1RBVA 1C1BA 3OS1A 1RTDA 4M3TA 2HW3A 3AVKA 3LPUA 4FJ5A 2OYQA 3QO9A 1CXQA 1I39A 5J2QA 1VSMA 2YNHA 4OGEA 1KSPA 4J2BA 3O3HA 3IS9A 1QHTA 3AA2A 5HRSA 1C0MA 4N5SA 1S6PA 1TKXA 1XHZA 2P51A 2O4GA 3VQ9A 1T03A 3RWUA 2PYJA 4O44A 4E7JA 4B9UA 4CGJA 1RT7A 4DQRA 2WOMA 4I9QA 4C8KA 4CK3A 1E0EA 2KW4A 4DG1A 3E01A 3LDSA 1VRUA 4GW6A 3HSTB 1S6QA 4BDZA 2Y1JA 3SUQA 4W5RA 1TL1A 1RILA 3B6PA 1B9FA 4Z0UA 3QEXA 3SQ1A 1U45A 2G8IA 2JGUA 3H08A 2ETJA 1XHXA 2YNFA 2ITGA 3KLGA 1S5JA 2YNIA 3VQ4A 3NCIA 5KGXA 1R0AA 4B3OA 3SUOA 4HUGA 2WONA 3OYBA 4CF0A 3HVRA 3DLBA 3AVGA 1BISA 4FXDA 2RN2A 4BACA 2KQ2A 3QIOA 4NCGA 4PWDA 4H4MA 4OLAA 4PY5A 4IG0A 4Q5VA 1WSGA 3ZSZA 3V9WA 3SPZA 3ZSVA 2Y1IA 5EU7A 1T05A 1VSHA 1QSYA 5J1EA 1QTMA 2ZD1A 3OYAA 3V9XA 4K8ZA 1WSFA 3AO2A 4JRQA 3QEVA 2R7YA 3DLKA 1KCFA 3RMDA 1LV5A 1J5OA 3DLHA 3NH1A 3DOKA 3S3MA 4NYNA 1BHLA 4LD0A 4QAGA 4B9TA 3V1RA 3DRPA 4CERA 4M3YA 5DK5A 2VWJA 4B08A 4YFUA 3MAQA 4CIGA 3F9KA 4QOZB 1RDDA 3LAKA 1W9HA 3AA3A 4B9SA 3KJVA 4KHUA 3IG1A 4E7LA 3HXMA 1RT4A 3DOLA 1S1TA 3DI6A 3AVCA 3KLIA 4CJLA 2Q3SA 3CQ8A 3SYZA 4F2RA 4FZYA 3CG7A 5HLFA 1HYSA 4DMNA 4DFMA 4CJSA 1U04A 3MEDA 2A1RA 5C24A 3HYFA 3VA0A 1KFDA 2DFHA 2HHTA 3OS2A 1ZBFA 3DYAA 1HQEA 1BIUA 4CHNA 4DTXA 3VQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F8NA 4IHWA 4UVAA 5K1YA 4DTOA 1GOCA 2VYPA 3V42A 4WYBA 4I0BA 2L7FP 1YE9A 5E8GA 4HDVA 2X6SA 3C6UA 1W5TA 4DYQA 3J7AO 3ULEA 1B1BA 3RKQA 1LEBA 4LLGF 1EO1A 1XGMA 4RM3A 2H27A 2VQFK 3AG2H 4P9UA 2E71A 4CEFA 3ZMUA 3PJRA 3U8XA 3CM6A 3THXA 2Z5UA 1GOBA 4XKBA 2HPIA 4CBWA 3AGKA 1IO2A 3VQAA 2L7MP 3IUOA 4X64K 3GW2A 4Z4IA 2DPNA 2EILH 1QQNA 3BGRA 4KN7X 4I01A 4N4NB 2EA4A 5J2MA 1OYWA 2OTLN 4BRIA 2UUBK 1S72N 2VXZA 2VJJA 2B4JA 1VTNC 1CZBA 4RW6A 1TK5A 4DSIA 2DJIA 3TSUA 1UOCA 4HVJA 4NXNK 3W2VA 4FLTA 1W1WE 3J81K 4B43A 5HODA 2F5EA 2NS8A 4CZIA 1JXSA 3C18A 1FZPB 4IQJA 4LB5A 1P92A 3ZT2A 3I59B 2LNBA 4K2EA 3PQKA 4BY1J 2CFOA 4M72A 3CCRI 1D5AA 4OLBA 1VRTA 5KNLA 1WSEA 4CHOA 1IKYA 1JL1A 3WGIA 3ECOA 3D1NI 4JKGA 1WH7A 1PUFA 1NK8A 5DM6L 3QQAA 4DYCA 1JUSA 3M8RA 3VGMA 3BR6A 4H4OA 3TPQA 3AKZA 3TSQA 1TC3C 3RPQA 1TWCJ 3H36A 3EZ5A 2YHBA 3RYRA 3I0SA 4A93J 5B8HA 2WC9A 2LY2A 2DA6A 1O3SA 4XLNF 3BDDA 1X1DA 3GFJA 2ZQBA 4IEEA 2E88A 4ISEA 5LHHA 4Y1DA 4DV0K 3DU6A 1TW3A 3OV8A 1LVKA 2JMWA 4BJTA 2ZMEC 3MD2A 4U0VA 2VKDA 1VAZA 1QA6A 2PYJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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