3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus type 2
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
1A5XA 4DSFA 1VSKA 2DFEA 3KIOA 4KREA 1SKRA 1L5UA 1FKOA 1RILA 2W42A 3L2UA 1VSDA 3F73A 1B9FA 1BQMA 2F8TA 3CFOA 1KONA 4CECA 4CJ4A 4CIFA 5FRNA 3DRRA 4Y1DA 1JXEA 2O4GA 3LAKA 4FVMA 4OGEA 2QKKA 4KTQA 4CF1A 4M3TA 3ASMA 1J5OA 4Z0UA 3L2RA 4JRQA 5D3GA 4N47A 3MXJA 4DTNA 4J2EA 3VN5A 4B9UA 2HHWA 3DLBA 4FLWA 2XHBA 4NCAA 1VSEA 3U6FA 4KV8A 4F3QA 1LAVA 3RRHA 4EZ6A 4AHSA 1JL2A 1LWFA 4KKOA 1HYSA 4KPYA 3HO1A 4RW6A 3V81A 2P5GA 3DRPA 4CIEA 3KK3A 3KK2A 3CFPA 1IKXA 2Z1HA 4BDZA 4LSNA 1U4BA 3NF6A 4YNQA 3V9WA 4HCCA 2FC0A 4FJKA 2QXFA 4CEAA 1KVCA 2E6LA 3NH1A 1JKHA 4DTPA 1LV5A 2G8FA 2HHSA 4LD0A 2OPRA 4CF0A 1ITGA 1RDCA 3ITHA 4CJFA 1T05A 3A2FA 1TK0A 3ZT2A 1NJXA 1ZBIA 1VSIA 4O0JA 1WJCA 2OPPA 4FLVA 4FZYA 4QCLA 2G8WA 3VQPA 4FLTA 4DQSA 1NOYA 1Q9YA 3M8SA 1ASVA 3QINA 1IKVA 3SUOA 3QNOA 4F3TA 4KB0A 1RBSA 1S9EA 2KW4A 1WSJA 4AH9A 2Y1IA 4FXDA 4BWMA 4OPKA 4M3XA 4HUGA 4CJSA 3DMJA 3SPYA 1TKTA 3SPZA 4FJ9A 4M45A 2F8SA 4CK2A 2D0CA 4CJKA 2VWKA 1L3SA 1RTDA 3CFRA 4FJGA 3KLFA 5HRNA 1NKEA 4I9LA 1WJBA 5HBMA 1TKDA 5JS1A 1DTQA 1X9WA 4DQIA 1Y97A 3QERA 1SUQA 1NK9A 1J54A 1B92A 4N76A 2BANA 3THVA 1C0UA 3MEEA 4CCHA 1JXBA 4FJIA 1REVA 4FM2A 3VQ7A 4IKFA 4HCBA 3S3NA 4I9QA 4JRPA 4DSLA 2HHXA 1JLAA 4M3RA 1KCFA 2XY6A 4OKEA 4Z4CA 4I2PA 4JS5A 4DQRA 1U48A 3RR7A 3M8QA 4KHQA 4CJ5A 4O0IA 1EX4A 4EZ9A 1ASWA 3RR8A 1QTMA 3IS9A 3K2PA 3SJJA 4FK0A 4NCBA 1UOCA 4FJNA 2HW3A 1CZ9A 4Z4FA 1QHTA 4CHQA 4CGHA 1TL1A 3VQEA 3EY1A 4KO0A 4RW9A 1BQNA 4KTZA 3PX6A 3KLIA 1VSMA 2GBZA 3SZ2A 3OYGA 1B9DA 1VSHA 3V9SA 5J2MA 5J2PA 3OYNA 1XHZA 2Z1GA 3LDSA 1D8YA 1S9GA 4DTRA 3L3UA 4IBNA 4C8NA 2G8VA 4GVMA 5CZ1A 3IAYA 2F96A 4E19A 4PA1A 3QIPA 3CQ8A 2HNDA 4FW1A 2QK9A 2HNZA 1WJDA 5HROA 1HQEA 4KHYA 3B6OA 2FBYA 3VQBA 4OJRA 4CK3A 5SWMA 4E1NA 1C6VA 2OZSA 2FBXA 1KLMA 1NK6A 4Q0BA 3KKRA 4DG1A 1C1CA 4Z4IA 3AVCA 3IRXA 1HNIA 2OPSA 4KRFA 1JLFA 5J2QA 4JS4A 3S9HA 3QEXA 4B9LA 1RT1A 2YNFA 1NKBA 2YNIA 3HK2A 3LP3A 3AO5A 4FM0A 5DK5A 2HVHA 3NBPA 1JL1A 3S3MA 3TAPA 3HP9A 3AV9A 3SQ0A 4CHYA 1VK0A 5C24A 4DTXA 3OYEA 1NJYA 1WAJA 3QO9A 1R0AA 2QKBA 3P5JA 1RT6A 5CYMA 4DWIA 1BISA 1SKSA 5T7BA 5J1EA 3VQ5A 4KTWA 2PYLA 2DTUA 3G0ZA 2RF2A 4E7KA 3HT3A 4O44A 1S1VA 4RW8A 2DY4A 4KFBA 3UIQA 4FJ8A 3VA3A 4Z4GA 1WNSA 3TWHA 3OYHA 4OKJA 2KTQA 4O4GA 1RTJA 1U45A 1RDAA 3PUFA 2YHAA 5CY4A 4CK1A 3SYZA 1XI1A 4AHUA 1YT3A 1TAQA 4CHPA 1D5AA 1SKWA 1QSSA 2X6SA 1VRUA 3DLHA 3MEGA 3OVNA 4C8MA 1D9FA 3NF7A 3E01A 2KFZA 2BDPA 1RBTA 1LW0A 3AVAA 4PY5A 4CEBA 1VSFA 2OZMA 3CYMA 1Q8IA 3SI6A 2G8UA 4DMNA 3NHGA 3HVTA 3IG1A 4C8OA 4FJHA 2HMIA 2D0AA 3DLRA 3OYAA 1BL3A 1CZBA 3VQ4A 4DFKA 4CGJA 1CXUA 4CJ3A 1SV5A 3SUQA 4DSJA 1EXQA 3NH2A 3NGYA 1BCOA 3D45A 1ZBHA 4KB1A 3WNEA 2OPQA 3QESA 2A1RA 1KTQA 1ZBFA 1D9DA 4M3WA 1BI4B 5C42A 3TAGA 1KSPA 1LAWA 3OY9A 1SL2A 3C95A 3OYBA 4B9VA 3V1RA 3ZSOA 4DU1A 4BDPA 4M3YA 5KRTA 3OJUA 4FW2A 4M42A 1RDBA 1WSGA 5HRSA 3MAQA 5J2NA 2PZSA 1WJAA 3OS1A 4DSEA 1XC9A 1YTUA 4DTSA 1RTIA 2Z1JA 3DLKA 4HUEA 3AA5X 2HNYA 3ZSWA 3L2VA 3K5NA 2NUBA 1S1WA 3M8PA 4FJJA 2G8KA 3H08A 4CJQA 3L8BA 1SL0A 3DM2A 1S6QA 1TAUA 3NF8A 1RTHA 3LPUA 4IDKA 1N5YA 3PV8A 1NOZA 4M3UA 5KI6A 1KRPA 2WONA 3DOLA 3V1OA 3VQ6A 4CEFA 1G15A 1Q9XA 4F3OA 4FJ5A 3EZ5A 3ZSZA 4ZTJA 1LWEA 3O4QA 3PY8A 1C0MA 1GOCA 4H4MA 1QSLA 4FLYA 2YNGA 4W5NA 3AO1A 1XWLA 4CFAA 3I8DA 4LH4A 4PWDA 1ASUA 1NKCA 4FJXA 2KZZA 1WJEA 4NYNA 4H8KA 5DMRA 2Z1IA 4DSKA 1FKPA 3HVRA 3V9UA 4OKKA 3LWLA 3OYIA 3TAQA 4QOZB 3DLGA 3O3GA 4AHRA 3RMDA 2GUIA 3V1QA 4AHCA 4B9MA 2XRIA 3T3FA 4FJLA 4W5TA 1J53A 4F2SA 2ITGA 3ULDA 2GV9A 3CM6A 3JSMA 4DQQA 3AVHA 3DI6A 4I7FA 4OGCA 3G10A 3PX4A 3NFAA 4M3ZA 2I5JA 2RKIA 2D5RA 1RT7A 3TAEA 1U04A 5KRSA 2XY5A 3KJVA 2IAJA 1UA1A 1EETA 2YV0X 3CM5A 5FDLA 3ZT0A 4DQPA 4FJ7A 4CF9A 4CFDA 4CHZA 3QEIA 1RT4A 3FFIA 3P83D 4O5BA 3ZSQA 5KGXA 3JYTA 1QS4A 3NDKA 3LP0A 1RDDA 3HM9A 2ZD1A 4DS4A 3VQ9A 2OA8A 3ISNC 3QLHA 3VQ8A 3SNNA 4CGGA 1NK8A 4B08A 1BCMA 1EP4A 3HPGA 3ZSYA 2VG5A 3AO2A 4WE1A 2HHQA 4PQUA 3C94A 1WSHA 3DYAA 3ZSRA 3LP2A 3OJSA 1UWBA 3LAMA 5K14A 4KI6A 4B9TA 1BIUA 3HPOA 4KI4A 4CEDA 1BI4A 4BE0A 3AVNA 2G8IA 3LP1A 4E7HA 3PO5A 3AO3A 1T7PA 3NH0A 3ZSXA 4H4OA 3KK1A 4ELTA 4E3SA 1QSYA 1RNHA 4M41A 3LZJA 2IC3A 1CLQA 3OS0A 4DTJA 4CGIA 3TAMA 2ZE2A 1QQCA 4ID1A 3K57A 4ELUA 3AO4A 3OYMA 3OYDA 1E0EA 1BIZA 4DF4A 4LY7A 4O55A 4G1QA 1TV6A 4K8XA 4Z4HA 2XY8A 1BGXT 1WSEA 3WNGA 4KHSA 3LANA 3OYCA 3AVFA 2E6MA 4LSLA 3OYKA 2HHUA 4ICLA 3ZT4A 2ATQA 1T03A 4CHNA 1IG9A 3O4NA 4HUFA 2JLEA 4CF8A 1VSLA 2XY7A 4KHUA 3RMCA 3C6TA 4BE2A 4KAZA 4FJMA 1F21A 5KTQA 1YTAA 2B4JA 3B6PA 1ZBLA 4FCYA 1FXXA 5SZTA 1UAXA 1RBUA 3HP6A 1NJWA 3SCXA 4IFVA 1U49A 4OLBA 4KHWA 1TL3A 4CJWA 3K5LA 5E41A 4OVLA 3NGIA 4DFPA 4YFUA 4ELVA 2PYJA 4RG8A 4DU4A 4BWJA 1HMVA 3WNHA 1U47A 2O4IA 1IO2A 3KLEA 2IGIA 2KFNA 2X78A 3SQ4A 3T19A 3RMAA 1WSIA 3QNNA 4F4KA 4OLAA 1UA0A 1X9MA 3O3HA 4HVJA 1KFDA 3AVLA 1QE1A 4N5SA 4TSXA 2R7YA 3VA0A 1WJFA 3OYFA 2YKMA 3AA4A 3NF9A 1CXQA 4FLUA 3HSTB 3V6DA 4ZHRA 4GMJB 1S1TA 2BE2A 4E7IA 4ID5A 2EX3A 4PUOA 1IKYA 3U3GA 4DFMA 4CEQA 1A5WA 4B8CA 3ZT1A 2HVIA 1NK0A 1HRHA 3VQQA 4AHTA 4B9SA 4E89A 4FZXC 1HQUA 3OYJA 2EHGA 2B6AA 4GW6A 1KLNA 4FK4A 3LZIA 1S1XA 2VG6A 4LH5A 3AA3A 3VQCA 2D0BA 3HL8A 4CGDA 1T8EA 1LW2A 1VRTA 3M8RA 3L2WA 1ZYQA 1JLQA 2B5JA 1YVUA 4CEZA 4DF8A 1JLGA 4B3OA 3KLGA 3HPHA 3AVIA 5CZ2A 3LWMA 3V9ZA 2BGGA 1W9HA 3NAEA 4QAGA 4FLXA 1I39A 1MW7A 1Z26A 1Z25A 2IDOA 3ALYA 4CEEA 1KFSA 1IKWA 3ZCMA 1WN7A 2IS3A 2YNHA 3L3VA 4NCGA 1WSFA 3T1AA 4Z4EA 4W5RA 4DU3A 1NK5A 1RBVA 3K58A 2HB5A 2P5OA 2WOMA 3TAFA 4C8KA 4F8RA 1LWCA 4BACA 3SUNA 1RT3A 3QEWA 3S3OA 1TKZA 1NJZA 5I3UA 1TK5A 1KVAA 3D0PA 4DSIA 1C0TA 3C6UA 3L2QA 4CJTA 2JGUA 4E1MA 4FM1A 5HP1A 5C25A 1NK7A 2VWJA 5HRPA 1LFPA 3HYFA 4DLEA 4BDYA 1L3UA 4DTOA 3PX0A 1S1UA 3SQ2A 3MEDA 4K8ZA 3SV4A 3VQAA 3WNFA 2VG7A 1JLBA 2YHBA 2Y1JA 4FLZA 4NYFA 3U3YA 3QEPA 3P1GA 2AJQA 3NCIA 1RCHA 4B9NA 4AHVA 1X1PA 3I0SA 4N56A 1S6PA 1TKXA 3AA2A 1A5VA 1KVBA 4IG3A 4JLHA 3KD5E 1C1BA 4CFBA 1WAFA 4UQGA 2RPIA 1HNVA 4I2QA 5KGWA 4EP4A 3EYZA 2ETJA 3MECA 3TI0A 4N41A 2RN2A 1BHLA 1TVRA 2YKNA 4IG0A 4RW7A 4XIUA 1IH7A 4ZTFA 4E7LA 4CGFA 4W5OA 1C1AA 4CJUA 2XO7A 3DRSA 3OS2A 3ZT3A 3MXMA 1XHXA 3ZSVA 4FYDA 1L3VA 2A1SA 3K5OA 3RTVA 1EKEA 4MQ3A 4CESA 3AVKA 1JLEA 3AVJA 3LALA 1S5JA 4CEOA 2OYQA 5FRMA 5FROA 3MXIA 1SL1A 1TK8A 3BGRA 4F2RA 3RWUA 1DTTA 4CIGA 3PO4A 4Q5VA 1NK4A 1K6YA 4R5PA 3V4IA 3TARA 2DFFA 4W5QA 4CFCA 3V9XA 1J9AA 4Y1CA 4CJLA 3O3FA 3NE6A 4RW4A 3OYLA 4B8AB 4IFYA 2LSNA 3QETA 4C8LA 2HHTA 1FK9A 3CG7A 4DTMA 3AVMA 1L3TA 3VQDA 4FZZA 2KQ2A 3TANA 1WLJA 4J2BA 3SUPA 3QEVA 1N6QA 1HPZA 1JLCA 2Q3SA 3DLEA 5JS2A 4BE1A 4DTUA 1I3AA 4HTUA 1TGOA 3SQ1A 5HLFA 3I0RA 3RMBA 4CERA 3LPTA 4CHOA 4OPJA 5EU7A 3HJFA 2FBVA 1HJRA 3TR8A 2P51A 4CJPA 1GOBA 1O1WA 1W0HA 3TABA 4J2AA 3DOKA 3KTQA 3BDPA 4L8RB 2DFHA 2ZQBA 2P1JA 4MFBA 4CJRA 5I42A 2KZMA 4AILC 5HRRA 1RBRA 4E7JA 3F9KA 4DS5A 3KLHA 2X74A 3QIOA 4CJVA 3HXMA 3AVBA 4FK2A 3SV3A 2PY5A 2HHVA 4E0DA 3KKSA 5CYQA 4KHNA 1HYZA 1X9SA 3NGZA 3AVGA 3KD1E 2E4LA 1GOAA 4CE9A 4HHTA 1MU2A 1VSJA 1RT5A 3K59A 1DLOA 1ZBUA 4CF2A 2X6NA 4DLGA 4DFJA 2IOCA 1HYVA 4CJEA 3RRGA 4EP5A 4J2DA 3K5MA 2G8HA 1RT2A 2FBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JP0A 1BIBA 1SKRA 1MJAA 4C30A 4XLEA 3A01B 1DUXC 2MFZA 3WU0A 1J5OA 4Z0UA 4JRQA 1NG9A 4PL8A 4N47A 1FP1D 4G7HF 2OPTA 4AHSA 1FYMA 2EV0A 4LB6B 3ATUA 4H03B 5LEKA 3THYA 2JK3A 1NH3A 3NH1A 4J19A 2HHSA 1TUUA 5CVUA 5IOYA 2O8XA 1EH7A 2FSWA 2X48A 2FSJA 4DQSA 1T6DA 1ITYA 3RKXA 4KHPK 1STZA 3DMJA 1TKTA 2X1CA 4WFNL 1UG0A 2F8SA 1W0TA 3CFRA 1Q82O 4I9LA 3CUQA 3LL7A 2G0EA 1J54A 2A61A 1C0UA 4HCBA 3RQ4A 2EINH 4JD2B 4I2PA 4JI5K 3M7GA 3K2PA 1UOCA 1YFHA 2QSGX 3S8PA 1Z3XA 1D8YA 4DTRA 3R61A 1ZR4A 1O7LA 3H3UA 2BW3A 1X1CA 4Q0BA 3D2FB 4IPAA 3C2HA 4PDKA 2R5YB 5DK5A 4LG0A 3O08A 3WTYC 1WAJA 3QO9A 4K42A 1O3RA 1X2MA 3MCZA 2CU7A 4Z4GA 2DA3A 4WK8F 3ID6A 2QQBA 3TO7A 3MCPA 2NLXA 3IH3A 4M3EA 3MEGA 3BPXA 1NGJA 3HVTA 2XHKA 3VYRB 2V7YA 1KYWA 2D0AA 2CQNA 1SAZA 3LM2A 3NH2A 2LNBA 2KMUA 3HSEA 2R7VA 1YW9A 4OMZA 3ZSOA 2E8AA 5KRTA 1IN5A 3MAQA 2UUZA 2Z1JA 2VKVA 3TMOA 4CJQA 3L8BA 2LF7A 1XPXA 4IDHA 2A68F 2O0YA 3CO7C 4XMYA 1MMAA 3CJRB 4JN4A 4PWDA 4BVPA 2HBMA 2KZZA 1V54H 3T1YK 4FWKA 1DU0A 2W4SA 1R49A 3S1NJ 3DFGA 2EQRA 4J2AA 2HBJA 3WXKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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