3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus type 2
molecule keywords Integrase
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
1GOAA 3K5MA 4CEZA 3ZSOA 4DSKA 3PV8A 4KTQA 4B9LA 3IG1A 1RT3A 4QAGA 5JS2A 3OYDA 3TAGA 1EXQA 2P5GA 1WAJA 2Z1IA 4CIEA 4FJIA 3ZSZA 3ZT2A 1NK7A 3SJJA 1DLOA 2B6AA 1RBTA 3RRHA 3THVA 5HRSA 1QSYA 4EZ6A 4H4MA 2KFZA 4CHPA 3LAKA 3AO3A 4B9SA 4O4GA 1R0AA 4DF4A 4NYNA 3AVJA 3OJUA 3S9HA 4B9TA 2RF2A 3S3OA 3SUOA 3DLHA 3LZIA 3B6OA 2FBVA 1EETA 4GVMA 1C6VA 2GUIA 4CJKA 3V9UA 3VQBA 2F96A 4E7KA 4DF8A 5I3UA 3DLBA 3RWUA 4E89A 5T7BA 4I9LA 1BCMA 4DSJA 1JLGA 1RDCA 1BI4A 4BE2A 3AVAA 2DFHA 3HXMA 5FROA 1UOCA 3V9XA 3OJSA 4CJQA 4CJRA 3OYNA 1Z25A 3LP3A 3NFAA 4W5OA 4AHTA 2YHAA 4DU1A 4M41A 4CCHA 3V9SA 3KKRA 1QQCA 1RTDA 1J5OA 2O4IA 5C24A 1K6YA 4DG1A 1JL2A 1TKTA 1VSDA 2YNHA 1NK8A 2JLEA 5KRSA 1LWFA 2E6LA 3K57A 4Z4HA 1NJZA 4KPYA 2B4JA 1WSFA 3T3FA 4J2AA 4B9MA 1WSGA 1Q9YA 1LW0A 1UA1A 4CHZA 5J2PA 4J2DA 4B9NA 1JLAA 4FZXC 1EP4A 1T8EA 3MAQA 3OS2A 4KB1A 3KK2A 2PZSA 1HPZA 3L2WA 1D8YA 1D5AA 5HP1A 4FZZA 4FJ8A 4DTNA 1NK0A 2Q3SA 1RBUA 1UA0A 4OLAA 1BCOA 1WJEA 1SUQA 1NJYA 4FK4A 4LSNA 3OYIA 1WJCA 3DM2A 2KW4A 4HUFA 2IGIA 3CFRA 4JS5A 3VQ9A 3OYJA 1I39A 3U3GA 3AVBA 2D5RA 3SUPA 1VSJA 3QNNA 1QSSA 4CJWA 3RR8A 1VK0A 1JL1A 1C0UA 3AA3A 4BWJA 4B8AB 3QIPA 4N47A 1CZBA 2P5OA 2F8TA 4B3OA 4F3QA 1S1VA 3V1OA 4CEDA 1VSHA 3DOKA 3NF8A 2OPPA 2Y1JA 1NK4A 1HYVA 5KRTA 2XY8A 3SI6A 1RDAA 5HRRA 3MEGA 2DFFA 4ELUA 1KLMA 4BDYA 1SL2A 4MQ3A 2ATQA 2XY7A 4OKJA 4I7FA 4FJJA 1REVA 2Z1JA 4H8KA 3NE6A 4KHNA 1RTJA 2HNDA 3NCIA 1C0TA 2Z1HA 3VA0A 1BL3A 4Z4GA 3G10A 4KTZA 4LY7A 4OGCA 1RT5A 3JSMA 3AA5X 4CESA 1C1BA 2OA8A 1VRUA 2BANA 4DTXA 4DFJA 1WJDA 2VWJA 3HO1A 2FC0A 4RW8A 1X1PA 3AVIA 1VSKA 4CF2A 5HRPA 4M42A 2HHQA 4OKKA 3VQCA 3AV9A 4CF8A 1LV5A 4AILC 1FKPA 4QCLA 4FVMA 3SPZA 1B92A 1NOZA 1QE1A 5KI6A 3LP0A 3QERA 1U48A 1SKWA 1KRPA 2QKBA 2DY4A 1VSEA 4NCBA 1SKSA 4YFUA 3K5NA 4E7HA 2KTQA 1J53A 2YKMA 2HNYA 3HVTA 4MFBA 4Z4CA 2X74A 3BGRA 2WOMA 3OVNA 1HMVA 3EZ5A 4E7JA 3QEIA 1U49A 4KHWA 1KONA 1U04A 2I5JA 1A5WA 3HSTB 3QESA 2G8KA 1G15A 3TI0A 2A1SA 3SPYA 4CK3A 3A2FA 3V81A 1TVRA 3CM6A 3I0RA 3NHGA 3TAEA 3QLHA 3T19A 1IO2A 4ZTFA 4DWIA 4FLZA 3D45A 3C6TA 1I3AA 4N5SA 3DRRA 3L2VA 3I0SA 3E01A 4XIUA 4DFKA 1FXXA 4CHOA 1HQUA 3L8BA 4PQUA 3C6UA 5FDLA 1CLQA 3AVGA 4ZHRA 3HVRA 3OYHA 1SV5A 4CEBA 4CJ4A 1TGOA 4CJPA 1CXQA 3CFPA 4KV8A 2D0AA 5DK5A 4RW4A 1S6QA 1TL1A 2WONA 1RNHA 1S1XA 3ZSRA 3JYTA 4N41A 2X6NA 4RW7A 3HM9A 1IKWA 1WLJA 3LWMA 4FLYA 5J2NA 3O4QA 3V6DA 3QNOA 3SCXA 2RPIA 2BDPA 1DTTA 2YNGA 4FM1A 4LH4A 1T03A 1SKRA 4CEOA 4R5PA 4CJLA 2HW3A 1TAQA 2E4LA 1XWLA 2O4GA 1QTMA 2IS3A 4I2PA 4CEAA 4CECA 4CGHA 4N56A 4L8RB 4KHYA 4Z4FA 4F3TA 4E19A 2HHTA 3VN5A 3V9WA 3V4IA 3NH2A 4DSEA 3M8RA 3U3YA 1CZ9A 3ZSWA 4DLEA 4N76A 3CFOA 3O4NA 3RMAA 1KLNA 4B9UA 4OVLA 3KLIA 2HHSA 1FKOA 4B8CA 4CEQA 3L3UA 3K2PA 1BQMA 3TAFA 4DTPA 4Q0BA 4BDZA 3BDPA 4BDPA 1MU2A 1B9FA 2X6SA 3OYMA 4FLTA 2XY6A 1EKEA 3PX0A 3VQ4A 4C8LA 1HQEA 3WNEA 4AHVA 4DS5A 3KD1E 1T05A 1Z26A 3P5JA 2D0BA 5C25A 4IKFA 3NGIA 4DTMA 3ZSYA 3T1AA 4G1QA 3VQPA 2FBYA 1WNSA 1RCHA 3QIOA 4W5RA 4FJLA 1S6PA 3ZT3A 4C8NA 3VQ6A 3KLGA 3TANA 1NK6A 4DMNA 1S1TA 3WNHA 4JRQA 2B5JA 4OKEA 1XHZA 1HRHA 3EYZA 2JGUA 4W5NA 3HPOA 1Q9XA 4FYDA 2GV9A 1LWEA 1LFPA 1RBRA 3VQDA 4CGFA 3QEWA 2G8VA 2XRIA 4EZ9A 4PA1A 5CYQA 3HPHA 3O3HA 3SYZA 4RG8A 4HUEA 4DS4A 5I42A 4KI6A 4FCYA 2PYLA 4DSLA 1TAUA 4AHRA 1L3SA 4KHSA 3OYBA 3QEXA 3PY8A 3KLEA 1RILA 3SQ0A 1S1WA 4FJKA 2IAJA 3VQ8A 2BE2A 4CJ3A 2HMIA 1YTUA 1HYZA 3TAMA 1L3VA 1ZBLA 2RN2A 2E6MA 2Z1GA 2XO7A 1Q8IA 1WSJA 4JLHA 2NUBA 4OJRA 3ZT4A 4FLVA 3NF9A 2DFEA 1WAFA 3B6PA 3KLHA 3HL8A 4KTWA 3QEPA 3NGYA 2HHUA 4B9VA 3AO1A 4B08A 1C0MA 3SQ4A 1NKEA 1N6QA 2PY5A 3HP9A 1SL0A 2OZMA 4DU4A 3HK2A 4CJVA 1TK8A 4O55A 4IFVA 1BIUA 1RT1A 4BWMA 3V1QA 4BACA 3SV4A 1N5YA 1QSLA 1YTAA 1TKXA 1QHTA 4O0JA 4F2SA 4F8RA 4PUOA 1XHXA 4C8KA 4CJ5A 1LW2A 4UQGA 2ZQBA 1JLQA 2XHBA 3VQ7A 3LDSA 3DLRA 4M3XA 5SWMA 4CF0A 3SUNA 1RDDA 1VRTA 1HNVA 1WSHA 4AH9A 2Y1IA 4KB0A 3NF7A 1U47A 4Y1CA 3DLEA 3DLGA 4ID1A 4FZYA 4M3ZA 1S9EA 1KVCA 4GW6A 1IKXA 5SZTA 3O3FA 5KTQA 3SUQA 4F4KA 4ELTA 5HROA 4CGGA 4HTUA 3PO5A 4QOZB 5HLFA 1L3UA 2QKKA 3VQ5A 4CFCA 3EY1A 1X9WA 3DOLA 4EP5A 3D0PA 1S9GA 1CXUA 1KFSA 3RMBA 2YV0X 1LAVA 2IC3A 1MW7A 2RKIA 2HHXA 4M3TA 4DTJA 3MXMA 1BISA 3WNFA 5KGXA 1NK9A 4CFAA 4FLUA 3LZJA 3UIQA 2EX3A 1D9DA 3SQ2A 4LD0A 1U4BA 1NJXA 4KRFA 3AVFA 1X9MA 3QETA 1X9SA 1T7PA 1RTHA 1WJBA 3TAQA 2HHVA 3AVNA 3I8DA 4RW6A 3ULDA 1IG9A 2KZZA 1JLBA 1RT2A 1FK9A 3ZSXA 3HPGA 3KK3A 3K5LA 4AHCA 4E7LA 1BQNA 4CIGA 5FRNA 1HNIA 4WE1A 4IFYA 1J54A 3TR8A 2ZE2A 3K59A 1HYSA 3KIOA 1WJAA 3SNNA 1NJWA 3DRSA 4CEFA 3SQ1A 3MEDA 4ID5A 1KFDA 4DTUA 4KO0A 3S3MA 3NDKA 2IDOA 5CZ2A 3TAPA 1KCFA 2G8UA 3MXIA 3HT3A 3KLFA 2DTUA 3DYAA 3AVCA 4DQIA 3S3NA 3LP1A 3ZSQA 4JS4A 4CIFA 3PX6A 3RRGA 3O3GA 4KI4A 4FJ9A 3LPTA 1S5JA 4FXDA 4HCCA 1JLCA 4CJTA 1WJFA 1A5XA 4KFBA 3CG7A 4E1MA 3HP6A 4BE0A 3VQQA 1GOCA 4M45A 3DRPA 1NKCA 4M3WA 1TKDA 4EP4A 4CE9A 4CERA 4DSIA 4DTRA 1EX4A 1KSPA 5CZ1A 3QO9A 4Q5VA 1ZBIA 3ASMA 3DI6A 2OYQA 2ETJA 4FW1A 3AA4A 1QS4A 2P51A 4KREA 2VG7A 3KTQA 4RW9A 3RMCA 1ASUA 2KZMA 3ITHA 4E7IA 3TARA 3AO2A 4LH5A 4Y1DA 3H08A 1RT4A 1GOBA 3ALYA 4DFPA 4KAZA 3OYAA 2QXFA 4CF9A 1F21A 1YVUA 4CGDA 3P83D 4FW2A 4OPJA 3MEEA 4FM2A 3U6FA 1L5UA 3ZSVA 2XY5A 2G8HA 4FJ7A 3DMJA 4IBNA 1RBSA 4DTSA 4K8ZA 3HJFA 1RT7A 1UWBA 3OYLA 4FK0A 2FBTA 2GBZA 1IKVA 4NYFA 4DQQA 5JS1A 3TABA 4IG3A 1WSIA 4OGEA 4NCAA 2OZSA 2YNFA 1YT3A 2HHWA 3MXJA 3OYEA 3M8PA 3F73A 4FLWA 4IG0A 5J1EA 3KKSA 4M3RA 4HHTA 1W9HA 5CYMA 3C94A 1L3TA 4F3OA 4TSXA 1J9AA 3LALA 2IOCA 3V1RA 3NAEA 2BGGA 3OS0A 2G8WA 1RTIA 3QEVA 3LP2A 1TKZA 1E0EA 1JLEA 3AVLA 5K14A 4FJMA 3KD5E 4I9QA 2YHBA 3PO4A 3LPUA 2G8IA 2YNIA 3AVMA 3OYKA 1TK0A 2VWKA 4LSLA 3SZ2A 1TK5A 5E41A 4CK1A 4DLGA 4DTOA 1D9FA 4PWDA 4AHUA 1O1WA 2R7YA 1UAXA 3AO4A 4FM0A 5D3GA 4FJGA 1C1CA 5CY4A 4AHSA 4CHQA 1JXEA 2PYJA 2ITGA 1WSEA 1ITGA 2ZD1A 4CK2A 4OLBA 1ZYQA 3NH1A 1NK5A 5J2QA 2QK9A 3VQEA 4FJ5A 2VG6A 3ISNC 3SV3A 2OPSA 3AO5A 3G0ZA 4KKOA 3VA3A 4DQSA 4FJNA 1U45A 2OPRA 4E1NA 1JXBA 1RDBA 5KGWA 4CFDA 3L2RA 1NKBA 1Y97A 2X78A 3KJVA 3KK1A 3ZT0A 5DMRA 3NBPA 3F9KA 4CHNA 4BE1A 4Z4EA 4PY5A 4M3YA 1HJRA 4YNQA 1BI4B 3LAMA 2YKNA 4ICLA 4O44A 3AVKA 1TV6A 3QINA 3OYFA 3MECA 3RR7A 1VSIA 4JRPA 2G8FA 1KVBA 1IH7A 2OPQA 4KHUA 1VSFA 3OYCA 3CYMA 1KVAA 3RTVA 4DU3A 1LAWA 3K5OA 3WNGA 4HCBA 5FRMA 3ZCMA 3IAYA 1JKHA 3C95A 2HB5A 2D0CA 1ZBHA 4K8XA 3IS9A 4FJXA 1IKYA 2LSNA 2HVHA 2VG5A 5J2MA 1SL1A 4FK2A 4DSFA 4DFMA 3RMDA 2P1JA 3L3VA 4O5BA 3V9ZA 4O0IA 3M8SA 3P1GA 3L2UA 3K58A 4CJEA 2W42A 4C8OA 3NF6A 4CGIA 1LWCA 4CJUA 4KHQA 1TL3A 3OYGA 1B9DA 3DLKA 1ASWA 5HRNA 3LWLA 4CGJA 1JLFA 4HVJA 4CJSA 4E0DA 1BHLA 1NOYA 4FJHA 1ASVA 3VQAA 4Z4IA 4DQRA 3OS1A 4J2BA 1ZBFA 4NCGA 3FFIA 3AVHA 4W5QA 2FBXA 3PUFA 4F2RA 1XI1A 4H4OA 1RBVA 4J2EA 1S1UA 2KFNA 4OPKA 3CM5A 3NH0A 4CF1A 4CFBA 4CJFA 4CHYA 3ZT1A 4ZTJA 1VSMA 4C8MA 1BIZA 4IDKA 1VSLA 2F8SA 5C42A 4W5TA 3NGZA 1KTQA 4HUGA 1C1AA 2EHGA 4CEEA 2HNZA 4I2QA 4Z0UA 3OY9A 1ZBUA 3AA2A 3CQ8A 3PX4A 2A1RA 4ELVA 2KQ2A 3HYFA 3TWHA 4M3UA 2HVIA 4GMJB 5EU7A 1RT6A 4DQPA 1XC9A 1DTQA 1W0HA 3L2QA 1WN7A 5HBMA 4E3SA 2AJQA 1A5VA 4FLXA 3IRXA 3LANA 3M8QA 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LC2A 4B9LA 3LL3A 1YW8A 5HLGA 3LL7A 4DYQA 2KFZA 1U78A 2KMUA 2OTJN 3LSTA 3KZBA 4BEHB 1MMSA 2MH2A 4M6VA 4CJKA 1OCPA 2F96A 5CVRA 3CC4I 4I9LA 1BI4A 1X1AA 4W5OA 4CO8A 4DU1A 1YJ9I 1R22A 1J5OA 3H5RA 3EYYA 3V4GA 3F0CA 3E9PA 1TNSA 1JKRC 2IIRA 3E97A 5HP1A 4OX9K 3SYTA 1ENHA 1ODDA 3DM2A 4JK7A 4JN4A 2CRGA 1DEJA 2P8TA 1VSHA 4D7MA 1NK4A 4G94A 3I58A 3LFUA 3MMYB 2HNDA 4Y3OA 1IG7A 2F5EA 2M30A 4XLEA 2VJJA 2ICWG 1RDWX 1P4WA 3ZCOA 1NOZA 1KRPA 5KI6A 3A5LC 4BEHA 3V7CA 4BH9A 3JRAA 2JSPA 2F4IA 4CZFA 4ITVA 4B4CA 4O6JA 2K02A 1BG3A 2ADUA 3C6UA 2DOAA 2UZKA 2AS5F 3O1WA 4RW4A 4O5FA 1IKWA 3LWMA 5J2NA 1NG9A 3R60A 2HW3A 3FK6A 1TAQA 1QTMA 4CEAA 2HXIA 1ZRDA 2VWBA 3HRTA 3MWTA 3DV8A 2HF3A 2E36A 3K2PA 4KIGA 3DJCA 2E34A 2NVTJ 4BY1J 3CMYA 4DS5A 4DTMA 3W6JB 3ASOH 1ACIA 1ZELA 3CJBA 2P6SA 1S1TA 1OFCX 3WNHA 2P9SA 2ZXHA 3VEVA 2KISA 3K0LA 5B8HA 2PYLA 4B3MK 4H0TB 2HMIA 3G2BA 4JKDA 5F04A 2E6MA 3K70C 1X3MA 4JLHA 4G6DA 3HL8A 3F8MA 1D1AA 2GBYA 3W0LA 4DQ2A 1KQSM 1LW2A 5J47A 4YRVA 3L9FA 4M3XA 1S3XA 2NNWA 5ILSA 1G99A 5ELZA 3B6CA 3CCRI 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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