3HOSA

Crystal structure of the mariner mos1 paired end complex with mg
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase, dna binding protein/dna
source organism Drosophila mauritiana
publication title Molecular architecture of the Mos1 paired-end complex: the structural basis of DNA transposition in a eukaryote
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transposable element mariner, complete cds
total genus 84
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3hosA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hosA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hosA03
2V1UA 4KIBA 4FX0A 5FLXZ 5E1ZB 5E20A 1YLFA 2O03A 4CDGA 1FPQA 3HOTA 1Z7UA 4P9FA 3KZYA 3Q9VA 1O3SA 3DXJF 1XMKA 1PDNC 1R5GA 3JAMZ 4LGWA 3N4MA 4JK1X 2BEOA 4MTDA 5HS8A 2AXLA 2D1VA 5E17F 3V7RA 4G6QA 1LJ9A 4EVIA 2RGVA 4XLNF 1H9TA 3MQ0A 2P5VA 3ZMSA 1W7PA 5CJ9A 3K0LA 2O61A 2FF4A 4U0WA 2VXZA 3TKYA 1NHAA 2OZ6A 2LF7A 4UV8A 2F5FA 2VONA 3ML6A 4EM0B 4N9HA 5IT9Z 4M9ZA 4HX8A 4A0YA 1L3LA 1EH8A 4LB6B 4S05A 4YFNF 5H6RA 2R3SA 1H0MA 3SQNA 3C18A 3U2RA 3U1DA 3DPLC 2OQGA 2RNJA 4ZZDA 3ZPLA 3KP6A 1LNWA 1O7FA 4UVAA 1PP7U 4KIGA 3RDIA 3ZN0A 1UFMA 2W85A 4L18B 2E7XA 5BQTA 2FBHA 1G3WA 1Q1HA 1SMTA 3U9GA 2PJPA 3LA3A 3PFIA 2P6TA 4EGYA 3OOPA 4HV6A 4RS8A 4ZYEA 2XIGA 3KETA 2ESHA 2EV6A 1YS7A 1WSUA 1RI7A 4LLLA 3V8JA 3BJOA 2YSRA 5HOOA 5DD4A 1UHMA 3IC7A 3NRVA 3C3WA 1S8NA 3H92A 1OPCA 4UNOA 2Y48A 3K2ZA 2F5EA 3CTAA 3E5UA 3F6VA 2V9VA 1ZGJA 4AWXB 3N97A 4UV9A 2FRHA 3ECHA 1R22A 2H6CA 2C6YA 4FHTA 1RUOA 3F72A 1PUEE 1FP2A 4HZFA 2A69F 3RKYA 1OYIA 2XUBA 2PQ8A 3D5LA 1ZHFA 1QPMA 2K7LA 1S7AA 5CYVA 4Q48A 3QU3A 5DEQA 3QRFF 5FD5A 4KICA 3ELKA 1CF7B 1B1BA 2P8TA 3JSPA 1HKQA 2LDUA 4PGHA 1O3RA 3E5QA 2A5YB 2JT1A 1B6AA 3ZMVA 1UHWA 2G7HA 4BHCA 2G9WA 2GA1A 1GVJA 2IT0A 4A6DA 2CYYA 4G7HF 2K86A 1IXRC 3LAPA 1BI3A 3V7CA 3RKXA 5K5RA 3WU1B 3GW2A 3WG9A 2DFIA 1JHHA 3ZMTA 2BGCA 4PDKA 2LSOA 4P9UA 5CLSA 2V6CA 4E70A 2BE5F 1R58A 1IN4A 1XDUA 2NAZA 4G6DA 2IW5A 3IKVA 3HSEA 3WTTC 3M7GA 3CLOA 3T5XA 5D5WB 4MNUA 1UCRA 1W7PB 3RKWA 4G8XA 4CZZA 4L9NA 5BOXA 1BN5A 2OD5A 3LA2A 1BC8C 1DP7P 5D4RA 3NEUA 2ISZA 1AOYA 4NQWA 2BV6A 1X3UA 3FXUA 4EV0A 2KIUA 1I27A 2PMUA 2WC2A 1Z6RA 3EQLF 3BDDA 4I02A 1R1VA 2XRNA 2JPBA 3RI4A 3COAC 2PFBA 3MWMA 1P2FA 2XAQA 2P7CB 1XDSA 1DPRA 2GWRA 3IL2A 5CVVA 3ROUA 2XKPA 2Z33A 3R0JA 3TOBA 3ISPA 1B9MA 3WODF 1ZRCA 1HW1A 2RN7A 1T6SA 3HTSB 2GXBA 2EFOA 4PZJA 1J9IA 1J75A 1T98A 4R79A 2EV0A 4AIKA 2O8XA 1U5TC 2O3FA 4OIOF 1BI2A 1A04A 3F21A 3F2KA 3G3ZA 2IJLA 5ILVA 4I0BA 2K02A 2HYGD 3S2WA 3WGHA 1IXCA 1XGOA 1B4AA 1WWXA 1UB9A 3WTUC 1BI0A 3DKWA 1F1ZA 1T39A 4G7OF 2P6SA 3H3UA 3LQRA 3QPTA 2XVCA 3E5XA 3WE3A 4WXHA 1P4AA 2QM3A 1XGNA 2NYXA 2HFHA 2GQQA 2L54A 1T2KA 1I5ZA 5J8FA 1K7AA 2KRFA 1YTYA 2WWYA 4OMZA 4PCQA 4KUMA 3GF2A 3L09A 5CR4A 4OINF 4HYEA 4A2UA 2CW0F 3C1DA 1F9NA 1S6LA 2PEXA 1FBSA 2CWEA 5FGMA 2FNPA 4MDBA 3LSTA 5F6FA 5LHHA 1OR7A 1SD5A 4BQAA 2XV4S 3GUDA 3W6KB 3Q5FA 5LHIA 1ZLJA 2MA3A 1Z05A 3JTHA 2HDCA 2MH2A 3J7AO 3FHZA 2W57A 5L3CA 3BP8A 2ZKZA 5HS7A 2PI0A 5CVJA 5ERIA 1TW2A 2GXGA 2YX4A 4HF2A 4ZYGA 4XSXF 5D5XB 2Z3YA 3J81K 2NS0A 3JAMK 2FA5A 3P9KA 2ETHA 3D0SA 3DFGA 4KT5C 2DO7A 2AS5F 5DCMB 3I64A 3GX4X 2L4MA 4K2EA 1MDMA 3R60A 4OIPF 4Y15A 3KZZA 3JW4A 4MEXF 3WTSC 1P6RA 3DP7A 5F64A 2J5OA 1ZARA 3CUQB 3IWZA 3IWFA 2ESNA 2ELHA 5AIQA 4HF1A 2Z9OA 4AIJA 2A3SA 1FBUA 2GIVA 1G6NA 3QOPA 2V79A 1O3TA 2A07F 4IRHA 1U6GA 3FMQA 2M30A 2JRTA 4WK8F 4JBAA 5LLQA 1DPUA 1TTYA 3RTRA 3F8CA 3L2CA 1IN6A 4TV7A 5LGTA 5BS6A 3GFMA 3J81Z 1FX7A 2UWMA 3WTWC 4KN4X 3SZPA 1KA8A 3L9FA 1FP1D 1QNTA 4XRFA 3V8LA 4G7ZF 4O3MA 1KQ8A 4ZH4F 2YR2A 1RIOH 2QWWA 4HDVA 1ZLKA 4D0PA 1BM9A 3MFKA 3MEXA 4BHPA 2X0LA 2HKXA 4IVNA 2W84A 3F8BA 4EJTA 1REPC 1I6XA 3IRRA 4MQ9F 2M8EA 1G3YA 3ZMUA 1SMYF 4I2OA 4RAYA 4UUVA 3GLXA 5ICFA 4RB1A 1QO0D 1XCBA 1S3JA 3HRMA 2VC1A 3ABUA 3FM5A 4HLXA 2CG4A 4BH9A 4O6JA 4A5NA 3ZMDA 2EFPA 1HXDA 4I7HA 3F23A 5K1YA 5AIPA 3QP5A 1S29A 3FXQA 1XB4A 3K9JA 4MGRA 2ZFWA 4KMUX 3ECOA 3T8TA 3WTYC 2VOOA 1ZH5A 4OMYA 3MCZA 4RGRA 3E6CC 1R23A 4LMYA 2DAOA 4O5VA 4WXCA 5ICEA 1BIAA 5JHUA 3SZTA 5FD6A 2EA4A 2ZMEB 3BPVA 4CO8A 1KU9A 1F4KA 2MD5A 2OQRA 2HZTA 4HQMA 2XROA 3HRUA 1D5VA 1U8RA 4GCVA 3FMSA 4UXNA 2KJBA 4WF2A 3EYIA 2IA2A 2PMHA 2PG4A 2ZNZA 3F3XA 2MLGA 4WWCA 5LGNA 3RPQA 2B0LA 3CDHA 5A2QZ 2VBZA 2QENA 1BC7C 3LFKA 4M74A 4U88A 1MDMB 4IF4A 2K27A 1J7KA 4HLYA 5CVUA 1H9GA 3F8MA 4KN7X 1P92A 1FBQA 1JHFA 3E6MA 3LA7A 3KLOA 3WTXC 2P7VB 1R1TA 2JTVA 4EJVA 2VC0A 4YFKF 3QU6A 4CGZA 4M72A 1U78A 3I0TA 3EETA 4Z2YA 1TW3A 4I98B 3WTZA 2DK5A 4HOBA 5KVRA 2RVCA 1FYKA 1FZPB 1XGSA 2D2WA 2GZWA 5HVQC 5K5OA 4WCGA 4OOIA 2EA2A 2VBXA 1SFUA 2KIMA 2A6HF 5DDGA 3T8RA 3TDZC 2ZCWA 3K1PA 1FLIA 1T0FA 2RDPA 4HX7A 1G4DA 4I0AA 4M6XA 3EUHA 4P55A 4LB5A 1QBJA 4YIFA 3KP4A 1IW7F 5LRRA 4ZZLA 1ZREA 4EM2A 1C0WA 2F5CA 3G73A 4ZYHA 5F1RA 1FT9A 3WGIA 5FFZA 1USSA 2H27A 1OKRA 4BXUA 5DD8A 3RIRA 3V7SA 1FYLA 2STWA 5KK1A 5DCMA 5TRDA 2HEOA 3KLNA 2LNBA 1MJBA 5LBQA 1WRJA 2QBYA 4M6YA 3LWFA 1OYWA 3O3KA 4A0XA 1LEBA 2F7TA 3TDUC 4MQVA 3VODA 4KDPA 1ZN2A 5EEGA 1TNTA 4A12A 3Q9SA 1IUYA 3MZYA 4R1HA 3IKTA 3GFIA 3CUQA 2RQPA 2LF8A 2NNYA 4B8XA 4KMFA 2EJRA 2VBWA 3M8FA 2DU9A 1FWZA 4IPAA 2FNAA 3M8EA 3I5UA 3TGNA 1QZZA 2QLZA 1FOKA 3E6BA 2DK8A 1XCVA 3KP3A 2XAGA 2P5KA 1GHCA 4BAYA 4HQEA 3WE2A 2IA0A 1YW8A 3PQJA 1D8KA 5ILSA 3I71A 2YU3A 4HDUA 2IRFG 1LDJA 1ODDA 1K78B 1R5HA 2TDXA 1W4MA 2VE8A 1BIBA 3W6JB 1O7LA 4EJUA 3RPUA 4UHTA 3KEQA 1F5TA 4EGZA 5FFXA 2J5PA 3E97A 4L9JA 2E1CA 4EMSA 3TO6A 2CGPA 2QYOA 1R00A 4WX9A 1K79A 1ON1A 2FMLA 3VB2A 3JSOA 1Z6TA 2FE3A 2DQRA 4OU0A 1R36A 5E8GA 2MBFA 1ONVA 4XBFA 2EK5A 1J0RA 3R4KA 1IRFA 5TJJA 2EB7A 4U0YA 1YIOA 2BYVE 5HDNA 3CJNA 4L0YB 4Y13A 1O3QA 3P7NA 3E3VA 3I59B 1ZG3A 1IAWA 5D5UB 3RJPA 4ENNA 1U2WA 3FZVA 2R7FA 3KP7A 2OA4A 3M1EA 4DQ2A 1DUXC 2M5WA 5FO5A 3BY6A 2L01A 4GXOA 2IP2A 5D5VB 4L9VA 1Y0UA 2ZMEA 3REOA 4S04A 1FSHA 2FEZA 3CO6C 1D8JA 1HKSA 1ZG5A 4H0EA 4PGGA 3M9AA 3GZ6A 5BPIA 1E17A 3SXYA 4I01A 3FM3A 3DEUA 3I4PA 1IN8A 4A6EA 4L5JA 2ZO4A 4R8HA 1SD7A 4ETSA 4ESFA 1Z9CA 1USTA 4NHJA 1DDNA 4EJWA 1GXPA 4QLCU 2DT5A 3KFWX 1U5TB 2QQAA 4WXDA 2HKOA 1RUNA 3HYIA 2IVMA 2XGXA 3BOQA 4ESBA 1ZRDA 5IT3A 5D6FA 4Y17A 1B9NA 1FSEA 2L02A 5HLGA 5HLHA 3F8FA 2QBYB 4XSZF 5E1WA 3VOEA 3MAJA 3K9TA 4BNCA 2V1XA 4N9IA 1SD6A 2ZXJA 4ENKA 1W7PD 2F5DA 3GEZA 4JQFA 2FMYA 2YX7A 3L00A 1TQPA 5ED4A 1RNLA 4M73A 1IF1A 2YPRA 2VT2A 1QGPA 2VODA 5ICGA 3JTGA 5H20A 5H6QA 2UXNA 3KEOA 1WKMA 2QQ9A 5E8IA 5L3BA 2HQNA 2OBPA 2FSWA 3LAJA 2FOKA 1J5YA 3AAFA 1SFXA 3QP6A 4L5IA 1JXSA 3VFZA 3TOAA 5E18F 4EQQA 1D3YA 5LEJA 3HUGA 3SHFA 2Y0MA 4CXFA 4BYYA 1WI9A 5LGUA 2H09A 1G3SA 1XD7A 1LB2A 1YYVA 1MZBA 1ZG1A 3EYYA 2COMA 2Z5UA 3T0YA 1P4XA 3QAHA 2JSCA 3FX3A 1FC3A 2A61A 3K9KA 3GWZA 4XLPF 2IPQX 1JGSA 1QQIA 2Q8KA 1HSTA 4ON0A 3GYHX 3DPTA 3BPXA 2NNNA 2A6EF 3DF8A 2CO5A 2L3DA 2JZYA 1Z1DA 2G7UA 3QPHA 2LKPA 3TO9A 2HOEA 2MH9A 2HGCA 3F6OA 4LLNA 2XASA 3BWGA 2KKOA 3T1BA 1OYYA 2FU4A 2EFQA 4F7ZA 5A2QK 1KU2A 1BBYA 2Z99A 4GO1A 2HWVA 2R7DA 3HIFA 4OIRF 2GAUA 3V4GA 1FY7A 4M9XA 4RGXA 1TNSA 5JFRA 3SFZA 2NRAC 1Z91A 2H94A 2A68F 1YG2A 4LK0F 4GYIA 4IHSA 3FXRA 1S7OA 3ERED 2FXAA 2HTSA 3I58A 4G94A 1BOAA 5HDKA 1G3TA 1K78A 2W24A 1FNNA 5E1XA 2JPCA 5J8CA 1HKTA 3HRSA 1VTNC 1U3EM 1KQ0A 2HS5A 5D4SA 3HSRA 2VT3A 3GVAA 1LVAA 2Q0OA 2PBIA 4IJAA 4I09A 3KP5A 5CVRA 4AIHA 4NB5A 6PAXA 3VEPA 4HBLA 2PLYA 1J2XA 1CGPA 4UVBA 1MKMA 2RKHA 3L7WA 4Q5SF 1LDDA 1YQAA 1IZ1A 3RYRA 1KU3A 3OV8A 4UVCA 2CSOA 5ILUA 2VOPA 2H6BA 1TQIA 3HRTA 3O2PE 5L3DA 3ULQB 5ICCA 2HR3A 4ENMA 1LEAA 3TO7A 5L3EA 1EV7A 2HTJA 4M9SA 3I59A 4RB2C 1SFEA 2FBIA 2STTA 5L3GA 1YS6A 3KE2A 2QZ8A 4KYWA 2KJCA 1XGMA 1OMIA 2OU2A 4IHTA 2WV0A 3BJ6A 3RYPA 1WQ2A 1I1GA 2M1BA 2FQ3A 2WTEA 1R7JA 3R0AA 2ZBKA 2BBYA 1KYWA 3IHUA 1TBXA 1SD4A 2DPUA 1XMAA 2RC4A 1XSVA 1TQMA 5L3FA 1IN7A 4EM1A 1FYMA 2UZKA 4KNYA 1ZAOA 1XN7A 4LFUA 3DV8A 5JVTA 1BI1A 3FF5A 2K4BA 5K5QA 4IRIA 4EJOA 3ZMZA 2OAZA 4ENJA 5BPDA 2ZJ2A 2EWNA 1U5TA 3GFLA 4YFXF 3C7JA 2EFWA 1SAXA 1LQ1A 4N0BA 1XSDA 3O6BB 3KCCA 4HV5A 1ULYA 4U0VA 1QZYA 3HSFA 4LK1F 2ZNYA 2W25A 2VBYA 5LEKA 2HYFA 4LG0A 4ESJA 3K1NA 4MTEA 4L0ZB 3ABTA 1ZGAA 1I1SA 1YFHA 1HW2A 1ZRFA 1V3FA 2D1HA 3BZ6A 4L9TA 1YW9A 3CUOA 3DQVC 1MGTA 3ZN1A 3P9IA 3BROA 1IXSB 5EEHA 1TLHB 4IXAA 1IRGA 4DNCA 4MHGA 1EH7A 2DLLA 1PP8F 1IN5A 3K1MA 3CO7C 1RZ4A 2Q2EA 1AWCA 5DYMA 1B59A 2FBKA 5DUIA 2CQKA 4M71A 3E6DA 4RB0A 3NQOA 5AONA 2F2EA 1HSJA 4Q4ZF 4GYGA 4ASNA 5DUKA 4P96A 4KA4A 2E7WA 2K4JA 2XAJA 4A5MA 1HW5A 5HLIA 5D6EA 4MEYF 2OZUA 4HAMA 2MC3A 4CHUA 1STZA 4IRGA 4CICA 2L4AA 4HA8A 4HW0A 4B09A 3BJAA 1HQCA 5BMZA 4G9YA 5HDGA 4U7DA 5CVIA 4KIFA 3GXOA 4P5OA 1HBXG 2Y75A 2P4WA 5JI6A 4KFCA 2X4HA 5LHGA 1KQ9A 1KU7A 4A0ZA 2DTRA 5FB2A 2ACJA 4MDAA 3GZ5A 4OIQF 3KP2A 1YO5C 3CUQC 1XSXA 4HF0A 1P4WA 2E1NA 5D8KB 2DQLA 2DPDA 4GGGA 1ON2A 3FWEA 2QVOA 3GO5A 1BJAA 2P5LC 4U7BA 2MLKA 3F22A 4RGSA 3B73A 1KGSA 3PQKA 4CYDA 4LD5A 2IA1A 1EH6A 2M87A 4RB3C 3K69A 4ZYDA 4RAZA 2UXXA 4HX4A 3B02A 2KIFA 2ADUA 3WGGA 3J80K 1MJ9A 4BHBA 3HHHA 5DCFA 4QWQA 3WU0A 1LDKB 1O57A 3F8NA 3ZP5A 2D45A 5DV5A 3WTVC 3I53A 3MZHA 2HQRA 3P9CA 2EFNA 1T38A 3IRQA 4RGUA 3H3ZA 5FLXK 3GFJA 3HHGA 5HS9A 2XAFA 1J59A 5J6XA 1KYZA 3EDPA 2DBBA 2O6GE 1K6OA 2GA2A 4YG2F 2ISYA 4AD9A 4LG0B 2XAHA 1GXQA 3TQNA 1JE8A 3HOSA 3V8KA 5LRSA 2V1DA 1W5TA 2O0YA 3ZQ7A 3FMRA 5JR3A 2CFXA 1CF7A 3LQQA 2XKOA 3R61A 2VE9A 2QQBA 1L0OC 1MD0A 1R1UA 1E2XA 3I54A 1MJAA 1YW7A 5IT9K 4LJZF 1V4RA 4LLGF 3J80Z 3R6SA 2DW4A 2RV8A 4FT8A 2DI3A 4Q47A 3HTUA 4YIIA 2EV5A 2M45A 2PN6A 4FX4A 5D8LB 2VN2A 2QUFA 1W5SA 4AVPA 1ZYRF 2XHKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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