3HOSA

Crystal structure of the mariner mos1 paired end complex with mg
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular architecture of the Mos1 paired-end complex: the structural basis of DNA transposition in a eukaryote
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transposable element mariner, complete cds
molecule tags Transferase, dna binding protein/dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 84
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3hosA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hosA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hosA03
1WKMA 1U5TA 2YX4A 2AS5F 4ESFA 1BIAA 2MH9A 2K4BA 2XROA 4ASNA 5E8IA 3W6KB 4CHUA 3GZ6A 3T8TA 1ZARA 4EGZA 4KIGA 3HOTA 3FZVA 3HRTA 3V8LA 2H09A 2XAFA 3WTTC 4CDGA 4L0ZB 1F9NA 4M74A 3VB2A 2F5EA 1YG2A 4PDKA 4ON0A 3GLXA 4BXUA 2QVOA 4OOIA 4QWQA 3WU1B 2PN6A 2WC2A 3C3WA 3I0TA 1HKTA 2XAJA 4LJZF 2VBXA 3JTGA 4RAZA 4EV0A 1J59A 3EDPA 3I59A 3ZMUA 4RAYA 3E6CC 4L9TA 1MD0A 1BC7C 2GAUA 2OZUA 2UXNA 3GEZA 5J6XA 1QNTA 1QZYA 1LJ9A 2NRAC 4G94A 3ZMTA 5D4RA 4DNCA 1KYWA 3R60A 2QWWA 1IN7A 1D8JA 2EJRA 3C1DA 1Z6RA 1KA8A 1AWCA 2H6BA 2Z5UA 4U7BA 1P4XA 2K7LA 3TQNA 1KGSA 4A12A 5FB2A 1IN8A 1J5YA 3C7JA 4CXFA 3DPLC 4A2UA 1XMAA 2KIFA 2ETHA 4HX8A 5DV5A 1WQ2A 2V1DA 1MJBA 4NB5A 3EYIA 5D5WB 3FHZA 1IUYA 4N9HA 1KU3A 2D1VA 5LRRA 1G3YA 3U9GA 4UVAA 4A6DA 1ZLJA 1K78B 1O3TA 4KIBA 4HYEA 3BP8A 1WWXA 4MHGA 4P9FA 3RYRA 2EA4A 1KYZA 1R22A 2CGPA 4LLLA 4IJAA 3FX3A 1B9NA 4H0EA 2LKPA 3RIRA 1QPMA 2XRNA 2MLKA 1FPQA 4XSXF 4L9VA 3I5UA 3V7CA 2ZMEB 3N97A 4HDVA 3H3ZA 4RGXA 4EVIA 2RDPA 4IPAA 5BS6A 1ZHFA 2YPRA 1BIBA 3RI4A 1RNLA 1Z05A 4MTDA 4CO8A 3TDZC 3IRQA 2HGCA 3R61A 2VOOA 3ERED 4PGHA 1SFUA 3SQNA 1FY7A 1L0OC 1S6LA 1R1VA 3L09A 5TRDA 5J8CA 4MQ9F 1DP7P 2IA0A 4Q47A 2NS0A 3K69A 2FNPA 2VC1A 1B59A 1F1ZA 4PGGA 2GXGA 2EA2A 2ZO4A 3Q5FA 5LHIA 3BPVA 2F5CA 2VODA 4B8XA 4KNYA 2O03A 1XD7A 3ELKA 2H94A 2CO5A 4YFKF 3FXQA 1VTNC 3KP5A 2ESHA 5K1YA 4GYGA 2DW4A 3TO7A 2COMA 4UNOA 3BJOA 5E20A 3WTWC 1P92A 5FD5A 4M73A 1I5ZA 3ZN0A 1Y0UA 2OAZA 5E1ZB 2H6CA 2M45A 2LNBA 1HBXG 2E1CA 4ENMA 1O7LA 3QP6A 1J7KA 4AVPA 4IF4A 1MKMA 2FE3A 1JHHA 2J5OA 4WXCA 4F7ZA 2FQ3A 2ZNYA 3ZP5A 3F8MA 2XAHA 2DPDA 1T38A 4LMYA 2IPQX 1MJAA 2D1HA 3I53A 1I1SA 2JT1A 1HW1A 3HHGA 1FYKA 2GQQA 1W7PB 3QRFF 4YFNF 3ABUA 4G6QA 5D6EA 1LEAA 1G4DA 5F1RA 1OYIA 3P7NA 3DV8A 5H6RA 4AD9A 1R7JA 2KKOA 2RN7A 3RJPA 4XSZF 3VOEA 4UXNA 1OR7A 3B02A 3HIFA 1P2FA 2A61A 1BI3A 3KP3A 5LBQA 3GFLA 2AXLA 2DT5A 2KJBA 1EV7A 2QBYB 1HKQA 1BBYA 1IF1A 1IRGA 3BY6A 5CYVA 1MDMA 2HQNA 1I6XA 3GWZA 2L4MA 3HSFA 2GA2A 3TOAA 3ZN1A 1YW7A 1UFMA 1UCRA 3HRUA 1XCBA 2ISYA 2HYGD 1EH7A 2A69F 1G6NA 5IT9Z 2FRHA 2FOKA 1O3SA 2A6HF 1Z6TA 1ONVA 1QGPA 1F4KA 5K5OA 5D4SA 2V9VA 4E70A 2ZKZA 1S7AA 2HQRA 2ZCWA 1R5GA 1BI0A 2UZKA 1V4RA 4QLCU 4WXDA 4PZJA 4A0YA 2R3SA 2Z9OA 5A2QZ 4L5IA 5H6QA 1O7FA 3FMSA 4RGUA 3VEPA 4OINF 2L54A 1U2WA 2BGCA 2QYOA 5AONA 3HYIA 1BC8C 3CTAA 4MEXF 2NAZA 4FX4A 2GIVA 4G6DA 1Z1DA 2EFNA 3LQQA 5CVVA 5KVRA 1ULYA 2L3DA 3BJ6A 1R00A 5HS7A 1BJAA 2HOEA 3CUQB 1GXPA 4EJWA 3SZPA 1B6AA 4HOBA 2WWYA 2Z33A 2P4WA 4S05A 4MDBA 3QAHA 2ACJA 3LA2A 2QQ9A 2D2WA 2VN2A 3PFIA 1IXCA 2MBFA 3KEQA 4OIOF 1PDNC 1RI7A 4RS8A 5CVIA 4LB5A 4MQVA 4O5VA 4DQ2A 3QU3A 1TW3A 4LB6B 3CDHA 2RGVA 3WE2A 5IT9K 1XMKA 3CUOA 1SAXA 1DDNA 3FF5A 4NQWA 5ICFA 5LHHA 2HKOA 1KU2A 3W6JB 3MWMA 1ZRDA 3IWFA 1OPCA 2FSWA 3DQVC 4I01A 5DEQA 2PFBA 1ZLKA 4BHBA 3NQOA 1FSEA 3IKVA 4L9JA 4EM2A 3SHFA 2DAOA 3E6DA 5A2QK 1CF7A 1FYLA 3LWFA 5L3GA 2PJPA 1XGOA 5EEGA 3V7SA 3GYHX 4AIJA 4LG0A 1JE8A 3HRMA 1B1BA 2XAGA 3V7RA 3K9TA 4OIRF 2K02A 3QOPA 1GHCA 3QPTA 4LK0F 5LRSA 2P6SA 1UHWA 3GX4X 5FFXA 3WE3A 3KEOA 3TDUC 2LDUA 4B09A 4WF2A 2FEZA 1IN4A 4I2OA 2ESNA 3LQRA 3EUHA 1IXRC 3P9IA 3AAFA 5E18F 2UWMA 3F21A 4I98B 3WTUC 1BOAA 3L2CA 1U5TB 2STWA 5L3FA 2PBIA 2Z3YA 1UHMA 1GXQA 2MD5A 4GYIA 3NEUA 2P5VA 1YW8A 5JFRA 4I02A 2EFPA 2Q2EA 3EQLF 1XSXA 3E6MA 3RPUA 4RB3C 1YIOA 1J9IA 5JI6A 2DQRA 1FBUA 3GZ5A 5BQTA 3GUDA 1D5VA 1KQ8A 5IT3A 2WV0A 3PQKA 2VC0A 2H27A 3RKYA 1RZ4A 2CFXA 3MFKA 2A3SA 2Y75A 1P6RA 3C18A 2OA4A 4D0PA 2O0YA 1ZGAA 4XLPF 1MZBA 1Z7UA 2XGXA 4GCVA 3I59B 2VONA 3F8FA 1MGTA 4CGZA 1QQIA 3DEUA 2HYFA 1SD6A 2P7CB 5CVRA 3ZMVA 3KETA 3KP2A 5DCFA 2Y0MA 2PMUA 3L7WA 1ZN2A 1YQAA 1ZH5A 5L3BA 1SD5A 3L9FA 3OV8A 4LD5A 5AIQA 2HTJA 4RB1A 2F2EA 2P7VB 1LDKB 1SMTA 2DK5A 2MC3A 2Z99A 2P5KA 2A68F 1HSJA 2JRTA 5EEHA 5ED4A 1XSDA 2XUBA 4MNUA 5FGMA 4YIFA 3F72A 1OMIA 1FP2A 2OQGA 3TOBA 1IRFA 4HF2A 4M71A 2TDXA 1XGNA 4BNCA 4EMSA 1I1GA 5HS8A 2VXZA 1Z91A 4KA4A 1S7OA 1R58A 4FX0A 2RNJA 4MEYF 3KP7A 2BBYA 2FBHA 2MH2A 5E1XA 1FYMA 5DD4A 4WK8F 2R7FA 1ZAOA 4IXAA 3KCCA 1O57A 2JPCA 3JSPA 3K9JA 3BOQA 1U8RA 3D5LA 4FHTA 3WU0A 3QP5A 4ZYEA 1WI9A 2FU4A 4KMUX 4A5NA 2JSCA 3V8KA 4AIHA 1FBQA 5JVTA 2CWEA 3M8FA 4UV8A 1L3LA 3DPTA 1TQMA 4U7DA 1H9GA 3ECOA 3REOA 5DCMA 3SXYA 4Q48A 1FT9A 1FBSA 3ML6A 4XLNF 3MEXA 1JXSA 1HW5A 2IT0A 5LEKA 2X4HA 1K7AA 3FMQA 4WCGA 4G7OF 4IVNA 2O61A 3BZ6A 4HQMA 1LB2A 5ILUA 1QO0D 4U0YA 4KUMA 4I0AA 3T1BA 1W4MA 2DO7A 3LA7A 3FXUA 4YIIA 4ETSA 2VE8A 4S04A 1XGSA 2RQPA 3BDDA 4MDAA 1JGSA 4AIKA 2L01A 5ILSA 4N0BA 2BV6A 4I0BA 1SD7A 3F2KA 1TW2A 1OKRA 1T2KA 4U0WA 2UXXA 2EV6A 1TBXA 4UUVA 3TO9A 4EJTA 3ABTA 1BN5A 4I7HA 3IKTA 1XB4A 1SFXA 3JAMZ 1H9TA 5HLHA 4UVBA 3H92A 1OYYA 5D6FA 2FNAA 1TQPA 1IN6A 3ZMSA 3R0AA 2NNYA 2FBKA 4IHTA 3CO6C 1BI2A 1R23A 2YSRA 4A6EA 1ZG5A 5DYMA 1BI1A 4A0XA 4IRGA 4TV7A 4K2EA 4UV9A 4CYDA 2GA1A 4P5OA 4IRHA 3IL2A 1ZG3A 1HQCA 4PCQA 1QZZA 4L0YB 2ZFWA 1IN5A 4BQAA 4L5JA 2ZBKA 3FM3A 1IXSB 4KFCA 2RKHA 3ZQ7A 2ZJ2A 4GGGA 3DFGA 2EFWA 3GF2A 3F23A 5LHGA 4JQFA 1U3EM 1MDMB 4ZH4F 2Q0OA 4OMYA 3JAMK 2L4AA 4HF0A 2KRFA 1J0RA 3P9CA 6PAXA 1FX7A 5KK1A 4EM1A 2VT2A 5HDNA 2HTSA 2IP2A 2PMHA 4RB0A 2G9WA 4XBFA 2EFOA 1CGPA 5DUIA 4KN7X 4M9XA 5HOOA 4HV6A 1BM9A 1S8NA 2CQKA 2DLLA 3T5XA 3CO7C 2JZYA 3LSTA 2CW0F 4U0VA 3GFJA 2RVCA 4O3MA 2BYVE 3M8EA 4EQQA 1F5TA 3VFZA 4LFUA 3K0LA 2XVCA 2ADUA 3KZYA 3R0JA 3ZMDA 2EK5A 4KN4X 3WTZA 1E17A 3L00A 2IW5A 3FMRA 5LGNA 3IHUA 5E8GA 5F64A 2HFHA 1USSA 3OOPA 1ZREA 3NRVA 4R1HA 5H20A 1USTA 2WTEA 4I09A 3WGGA 3HHHA 4M6YA 3SFZA 2HS5A 4HF1A 5TJJA 2VT3A 4KT5C 3GO5A 2OU2A 4ZYDA 3ZPLA 4WWCA 4Y15A 4HX4A 1WRJA 2LSOA 2RV8A 1P4AA 4XRFA 3O6BB 3E5QA 2OZ6A 4HBLA 3BJAA 2ZXJA 1SMYF 3HUGA 1TLHB 3DP7A 3ZMZA 3LFKA 5D8LB 1XCVA 3RKWA 4HDUA 1Q1HA 2DI3A 3TGNA 1FC3A 3V4GA 2HDCA 2XV4S 1CF7B 4L9NA 4KDPA 3I58A 3WGHA 3WTVC 3QU6A 3ULQB 1G3WA 1K79A 4OU0A 4LG0B 3EYYA 4Y17A 3F3XA 5DDGA 1YYVA 5CJ9A 2XHKA 3G73A 5BOXA 3JW4A 2PQ8A 2HEOA 3QPHA 2CSOA 4EJUA 2FF4A 1J75A 2V1UA 4Q4ZF 3S2WA 2V1XA 3U1DA 3HTUA 1HW2A 1AOYA 1NHAA 1XSVA 1XDUA 3I71A 5LEJA 5BPIA 2ISZA 5FD6A 3COAC 4HLYA 3LAPA 3GW2A 2PG4A 1LDDA 3DXJF 3SZTA 4ZZDA 4KIFA 1FWZA 2O3FA 4GO1A 1FOKA 1YTYA 2D45A 1HXDA 4A0ZA 4JK1X 2ZNZA 1S3JA 1TTYA 1PP8F 2VBWA 4LLGF 1XGMA 2DU9A 2VBYA 2OD5A 3B73A 1Z9CA 1FSHA 2YU3A 1GVJA 3PQJA 1S29A 1XN7A 1IAWA 2W85A 4P9UA 5LLQA 1J2XA 4YFXF 5DUKA 1IZ1A 5L3EA 2QUFA 2V79A 1ON1A 3MZHA 4ENKA 5ICEA 2A5YB 3T0YA 3GVAA 4HZFA 2QQAA 4CICA 2DQLA 2P5LC 4HLXA 1T0FA 3J7AO 4ESBA 4M72A 2MA3A 3HOSA 4HX7A 1LNWA 4RGSA 3BWGA 1TQIA 2HR3A 2KJCA 5D8KB 2OQRA 2DPUA 2HZTA 1T98A 4P55A 4G7ZF 4EJVA 2GZWA 1QBJA 5D5VB 2XAQA 3MQ0A 3KFWX 2PEXA 3VODA 1YS7A 4P96A 2IA1A 3LA3A 2P6TA 1ZRCA 2NNNA 1OYWA 4G8XA 2YR2A 4GXOA 1IW7F 5ICCA 1V3FA 3HSRA 5CLSA 2EFQA 2G7UA 2IA2A 2FBIA 2F7TA 2MLGA 3I4PA 3JTHA 2R7DA 4UHTA 4KMFA 3E5XA 3J80Z 1ZGJA 2M8EA 1SD4A 3F8BA 4G7HF 4A5MA 3JSOA 3ROUA 1KQ0A 5J8FA 1ODDA 5BMZA 2K4JA 3HRSA 3R4KA 2QLZA 3I54A 4HV5A 1TNSA 5HDKA 1KU7A 3J81Z 1K78A 4Z2YA 4BHPA 1P4WA 3EETA 3IRRA 1W5TA 1STZA 1DPRA 3O2PE 1FNNA 1YO5C 2PI0A 3CLOA 2V6CA 5DCMB 3KZZA 4R79A 1D3YA 1U6GA 4G9YA 2P8TA 3FXRA 4RB2C 5CVUA 1R36A 2ZMEA 4BYYA 5JR3A 4ZYHA 4U88A 1RIOH 4WX9A 2EV5A 3WTYC 5DD8A 5BPDA 4CZZA 2QM3A 2PLYA 3LAJA 2Q8KA 1HSTA 1EH8A 3MCZA 3K9KA 1EH6A 2B0LA 5E1WA 3M1EA 3J80K 1PUEE 4AWXB 2NYXA 4YG2F 2XKPA 1YLFA 4ZZLA 5L3DA 2X0LA 4RGRA 2DTRA 5D5UB 5ERIA 1T6SA 1KU9A 4EJOA 3M7GA 3DF8A 3FWEA 4M9SA 3G3ZA 4WXHA 2K86A 4EGYA 3J81K 4ENNA 2ELHA 2E1NA 2HWVA 2O8XA 5L3CA 1FZPB 2W57A 2BE5F 2FMLA 2K27A 5JHUA 3DKWA 3I64A 4MTEA 2A6EF 4KYWA 2LF8A 1RUNA 4FT8A 4O6JA 1H0MA 3TO6A 2GWRA 3M9AA 4UVCA 3F6VA 2XKOA 2W24A 5K5RA 2FMYA 1DUXC 2EB7A 2YX7A 4EM0B 5AIPA 4BH9A 4M6XA 2DK8A 1LQ1A 4JBAA 4NHJA 2F5DA 4L18B 1W7PA 3K2ZA 5FO5A 1LDJA 5CR4A 5HDGA 1TNTA 3WG9A 1WSUA 1HKSA 1LVAA 3MAJA 2QQBA 1UB9A 3E5UA 5CVJA 5HS9A 2STTA 2QENA 2FA5A 2JTVA 1DPUA 2DFIA 2FXAA 4BHCA 1X3UA 1MJ9A 4HA8A 1PP7U 3WODF 3Q9SA 5HLGA 5FLXZ 1JHFA 3Q9VA 3GFIA 1C0WA 4HAMA 2Y48A 4KICA 2EWNA 2RC4A 2QBYA 3WGIA 3O3KA 4ZYGA 4IHSA 2BEOA 4OIQF 2L02A 5ILVA 1KQ9A 2W84A 2VBZA 2KIMA 3HSEA 1YW9A 2DBBA 1LEBA 1R1TA 3R6SA 1RUOA 1R1UA 3T8RA 1W7PD 1E2XA 3K1NA 3U2RA 3P9KA 2KIUA 3RTRA 2M5WA 3KE2A 3F22A 1FLIA 1D8KA 1ZG1A 5LGTA 3GXOA 1YS6A 1O3QA 4N9IA 1W5SA 2XASA 3RDIA 4HQEA 2W25A 3WTSC 3N4MA 1ON2A 2C6YA 1O3RA 1G3SA 3H3UA 4ENJA 3HTSB 5D5XB 1K6OA 3F8NA 4ESJA 1B4AA 3IWZA 3KLNA 2E7WA 2CYYA 4MGRA 2XIGA 3CUQC 5FLXK 1XDSA 2QZ8A 3KP6A 2E7XA 1FP1D 2M1BA 5HLIA 3WTXC 3CUQA 4HW0A 4OMZA 4BAYA 5LGUA 2J5PA 4M9ZA 2CG4A 3K1MA 3FM5A 3BPXA 1G3TA 2VOPA 3RYPA 4R8HA 3KP4A 4Y13A 1I27A 2O6GE 1REPC 2M30A 3E6BA 1ZRFA 3ISPA 3D0SA 3ECHA 2EV0A 5HVQC 1A04A 2A07F 3F6OA 3RPQA 4Q5SF 4LGWA 3RKXA 5F6FA 2F5FA 3GFMA 2IVMA 3IC7A 5K5QA 2HKXA 1B9MA 1U78A 2GXBA 3K1PA 5ICGA 3MZYA 1ZYRF 4OIPF 2LF7A 2VE9A 1YFHA 3E97A 2JPBA 2G7HA 1R5HA 4LLNA 3E3VA 3V8JA 3F8CA 1T39A 5FFZA 3BROA 2IRFG 4IRIA 2OBPA 2M87A 3CJNA 2IJLA 5E17F 3KLOA 1U5TC 3TKYA 4LK1F 1SFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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