3HOSA

Crystal structure of the mariner mos1 paired end complex with mg
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular architecture of the Mos1 paired-end complex: the structural basis of DNA transposition in a eukaryote
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, dna binding protein/dna
source organism Drosophila mauritiana
molecule keywords Transposable element mariner, complete cds
total genus 84
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3hosA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hosA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hosA03
4U7BA 4XLPF 1FPQA 3FM3A 3BY6A 3P7NA 1ZG1A 2CO5A 4U7DA 5K1YA 3T0YA 4D0PA 5LBQA 1I27A 2L02A 1O3TA 3HIFA 4MTDA 2ZXJA 2FNPA 1U5TB 5TJJA 2M30A 5D5XB 2W57A 2DU9A 2P6TA 3HRSA 2L3DA 2FNAA 2VONA 1HKQA 4MHGA 3IRQA 2VXZA 2XUBA 4OMZA 2ADUA 1SD4A 2ESNA 1XDSA 1U3EM 1FSHA 1JHFA 3MAJA 2HQNA 4P9UA 4NHJA 1KU3A 3WTUC 1W5SA 2P5LC 1ZAOA 2ZO4A 4G7ZF 4A5MA 3GWZA 1YO5C 1R1VA 2L4MA 1QGPA 5AIQA 4B8XA 1U8RA 2LSOA 4ESBA 4GGGA 3HHHA 1IZ1A 4O6JA 1RI7A 3N97A 2VE8A 2BV6A 2NAZA 4EJVA 3FM5A 1P4AA 1R5HA 3T8RA 2Y48A 1FP2A 2FF4A 4WWCA 4OIPF 2RKHA 1T38A 1EH8A 5ICEA 4KIGA 3HSRA 2TDXA 2ELHA 3V7SA 5AONA 4ASNA 3TO9A 5HDNA 4L5IA 3VFZA 3COAC 6PAXA 1HW5A 5D6FA 4KNYA 3WTSC 2NS0A 2O8XA 2K02A 1HW2A 2RQPA 5DCFA 2Z33A 1TNSA 5E1WA 1ZHFA 2F7TA 5L3BA 4BHCA 2XIGA 3BJAA 2RVCA 1QNTA 3D0SA 4I7HA 4HQMA 5E20A 2ZJ2A 5EEHA 4ENJA 3ISPA 2EV5A 3RPUA 2G9WA 2VOPA 1U5TA 1R7JA 2PMUA 3HSFA 5J6XA 1BIBA 5JHUA 2FOKA 5DV5A 4EV0A 4AIKA 1RUOA 4M9XA 3BPVA 1JGSA 4ESJA 3FMQA 5E8IA 1HBXG 2HTJA 4EGZA 2BBYA 1WI9A 2O6GE 3IWZA 3F72A 2FA5A 1Z1DA 5BPDA 2QWWA 1MKMA 3FWEA 3OOPA 4A5NA 4HQEA 1T0FA 2A6HF 1XMKA 5ICCA 2RGVA 1YW8A 4G6DA 5IT9K 4RAZA 3QU6A 1PP7U 2CSOA 2QENA 3SFZA 5A2QZ 3WGIA 3WE3A 2OD5A 3GZ5A 1NHAA 4XSXF 2A68F 2P7CB 4KIBA 3HTUA 3ZMDA 3KP7A 4HA8A 2L4AA 2A5YB 1MD0A 1Y0UA 2DK8A 4LD5A 1GVJA 4P96A 1SD7A 2F5CA 4M6YA 2OZ6A 3QPTA 4LB6B 5ED4A 2WWYA 1KGSA 4UVBA 5LRRA 4WCGA 4NQWA 1CGPA 1HQCA 1T6SA 5BOXA 1O3QA 3V4GA 3HTSB 1YLFA 4S04A 4KFCA 2E1CA 4KICA 4MTEA 3GVAA 4A0XA 4U0VA 4FX4A 3KP6A 1USSA 2LF7A 4L0YB 1F9NA 4HZFA 2HZTA 1IN6A 5K5RA 1RIOH 1FLIA 4G94A 4CXFA 3V8JA 1BI1A 2VBWA 4G7OF 3KCCA 2IA1A 4S05A 3ABUA 3TDUC 3KP5A 3CDHA 2DO7A 3QU3A 1P2FA 2VBXA 1R5GA 4YG2F 2FEZA 2XKPA 1HXDA 2X4HA 4RS8A 3R0AA 4WXCA 3K1MA 1AWCA 1DP7P 1ZRDA 5CVJA 2GA1A 3U2RA 1EV7A 3DEUA 4A6DA 4I02A 5TRDA 1HSJA 1FT9A 3M7GA 3BP8A 5HLHA 3I5UA 1UB9A 1TQMA 4Q48A 4CYDA 3I53A 2QBYB 2IA2A 3TGNA 3LFKA 1BI2A 1XGMA 4UHTA 5JR3A 2FQ3A 5FD5A 4N0BA 1BJAA 2STTA 2R7FA 3SZTA 3F8CA 3I58A 2Z3YA 3HRMA 1CF7A 3FXRA 1SAXA 1SFEA 4OOIA 2PFBA 1XB4A 3IKTA 1QBJA 1YYVA 1YW9A 3K9KA 4ESFA 3RYRA 2VT3A 4CGZA 3JW4A 2J5PA 5FO5A 4FT8A 5EEGA 5DEQA 2MBFA 2JZYA 5H20A 3CUQA 4HAMA 2JTVA 1WQ2A 1S29A 1SD5A 4N9HA 2E7WA 3O2PE 4WX9A 2QYOA 2JT1A 2L01A 2MC3A 2JPBA 3NEUA 2V79A 3CTAA 5DDGA 1O3SA 1YG2A 3GFIA 4UV8A 1GHCA 5E1XA 2Y0MA 1G6NA 3DPLC 4I0BA 1OR7A 1W5TA 3LA7A 3F8FA 4R1HA 2HDCA 3LQRA 3MQ0A 1R1TA 2VBYA 2HKOA 2V9VA 4BXUA 5LEJA 1UHWA 2PI0A 2EFQA 3GFJA 4YFNF 3F22A 3MWMA 5JVTA 1J5YA 1ZG3A 1RZ4A 1P4XA 1QPMA 2VOOA 2VC1A 2UXXA 4WF2A 3WTYC 5HS7A 2P5KA 2Z99A 1QQIA 2YSRA 4I2OA 4A0YA 4EVIA 2QBYA 2EB7A 5JI6A 4B09A 1FZPB 2DTRA 2QM3A 1MDMB 2NNNA 3FXUA 4LB5A 3KP4A 2IP2A 3CJNA 2OQRA 1BOAA 2CWEA 2VODA 3K2ZA 5A2QK 4EJOA 2GZWA 2BGCA 1G3YA 1DPUA 4XSZF 3WTZA 1GXPA 3RKYA 3M1EA 4OMYA 3ZMZA 2RV8A 1LJ9A 2P8TA 1XSVA 2KKOA 2MA3A 2FU4A 1Z91A 1MJBA 1UHMA 2XRNA 3E5XA 1W4MA 3E3VA 3B02A 1XGOA 4MDBA 2XAQA 3BROA 2F5FA 3E97A 5DD8A 4M72A 5CYVA 5CJ9A 4OIQF 2ZFWA 4RB1A 4U0WA 3WGGA 2D45A 2H6BA 3WG9A 3JSPA 5D4RA 3QP6A 4A0ZA 2DT5A 2HTSA 2M45A 1H9TA 2XVCA 3K69A 2DFIA 3GUDA 3GF2A 1J75A 1XCBA 4KMUX 3T8TA 5J8CA 1ZLJA 4HDVA 1C0WA 1I6XA 1TTYA 2KJBA 4HX4A 2J5OA 4UVAA 1JE8A 3FMRA 3ZMTA 3L09A 2RDPA 4G6QA 3HOTA 3HUGA 1O7LA 4DQ2A 4MEYF 2H27A 3ZPLA 4ON0A 5D8LB 3VB2A 1XGNA 3ECOA 2W24A 1ZARA 2W25A 2NRAC 4KMFA 3CO6C 3VOEA 1XCVA 2Q8KA 4FHTA 5D5VB 1LNWA 3KFWX 3IC7A 1HW1A 2BEOA 4BHPA 1EH7A 3MZYA 4ZH4F 2X0LA 4EGYA 3BJ6A 4MNUA 2DLLA 1E17A 4TV7A 5FGMA 1IUYA 2HS5A 2QZ8A 3TO7A 1B9MA 2QVOA 1QO0D 4IRIA 5K5QA 1KYWA 1KQ0A 2EFOA 4E70A 4BH9A 2DPDA 3JTGA 2V1DA 3TKYA 1ON2A 2L54A 2DK5A 2UZKA 2A3SA 3KEOA 4ZYHA 1KU7A 3V7RA 5CVVA 4IJAA 3JTHA 3SXYA 2PG4A 1LB2A 2XGXA 1SFUA 2XAFA 3N4MA 1D8KA 2QQBA 2K86A 3WU1B 4RB3C 3SZPA 1ON1A 3J81Z 3E5QA 2DI3A 2FXAA 3C3WA 2DW4A 4HLYA 1Q1HA 2FBIA 2AS5F 5L3FA 2ETHA 3CLOA 5CVUA 1ZRCA 3F8NA 4F7ZA 3C18A 2EA2A 1QZYA 2HGCA 3C1DA 1XD7A 2ZMEB 1KQ9A 1UCRA 4O3MA 4I0AA 1BC7C 4GXOA 2V1XA 5D4SA 4EM2A 3ZN0A 5L3GA 4JK1X 2P4WA 3LSTA 3DFGA 3WGHA 1WWXA 5DCMB 1REPC 1YFHA 2D1HA 1TBXA 2XV4S 1ZH5A 4BAYA 1IRGA 3JSOA 1LDJA 1K78B 1I1SA 2JSCA 1USTA 2EA4A 2PLYA 1IAWA 4O5VA 5LHHA 3RPQA 1O3RA 1F5TA 1FYKA 4ENKA 4GO1A 2JPCA 5E1ZB 3GO5A 4IHSA 4MQ9F 3ROUA 2KIUA 4KYWA 3WE2A 2EFPA 1SMTA 2ISYA 5LEKA 1SMYF 1STZA 3M8FA 4IRGA 2COMA 3SHFA 2IPQX 1J0RA 1Z6TA 2A07F 1LVAA 2O03A 2WC2A 2QQ9A 3KZYA 1S7OA 1OYYA 2MH2A 2PBIA 4H0EA 2VT2A 1FBUA 4AWXB 1J59A 5BQTA 1PUEE 4CHUA 5KK1A 1G4DA 5HDGA 3L00A 2LKPA 2XHKA 1IN8A 1K6OA 1FSEA 3QP5A 1R22A 5F64A 1FY7A 5L3DA 2ZBKA 4PGHA 4LG0B 2KIFA 2H09A 3D5LA 4LLLA 1HKSA 4HX8A 3EYYA 5BPIA 1ODDA 2FBKA 1FYLA 3BDDA 4UUVA 1TW3A 4HLXA 2ZMEA 5HVQC 4PGGA 1IXSB 4KN4X 2PMHA 1XSDA 2MD5A 3LAJA 2DQRA 1D3YA 1S3JA 3Q5FA 3REOA 5ERIA 2K4JA 2G7HA 3I59B 2K4BA 4M73A 3RYPA 4BNCA 4BHBA 1WSUA 3RTRA 2CYYA 4PDKA 5HDKA 2HYFA 3BPXA 3LAPA 1YS7A 1FP1D 3PQKA 1K79A 5HOOA 1R58A 3IHUA 4M9SA 4IXAA 3KETA 2ZNYA 2FMYA 2FSWA 1T98A 2STWA 1IW7F 3L2CA 1G3WA 3ULQB 3FMSA 4IF4A 2CFXA 4LFUA 5HS8A 3Q9SA 4Q5SF 4EJUA 1S8NA 1FYMA 5FB2A 1R36A 2RNJA 3QAHA 3WTXC 2CGPA 2D2WA 3F2KA 3P9IA 4HBLA 5HS9A 5F6FA 4AIHA 4KN7X 3ERED 3JAMZ 2RN7A 5E8GA 4CO8A 5FD6A 4I09A 4PCQA 5HLIA 1MGTA 4JQFA 4L9TA 5CLSA 4EM0B 1YW7A 2EFWA 3HRUA 3IKVA 2NYXA 4UVCA 3O6BB 5FFZA 3TO6A 4RGUA 4L5JA 3ABTA 3DV8A 1TQPA 3EYIA 4LMYA 1L3LA 1U6GA 2HWVA 4L9VA 5J8FA 3SQNA 2Q2EA 3OV8A 4CICA 3ZN1A 1XMAA 3J81K 2Q0OA 1KU9A 4ETSA 2K7LA 2IA0A 1LQ1A 3VEPA 1BI3A 3GZ6A 2F5EA 3ECHA 2Z5UA 4A12A 1G3TA 5D6EA 1H9GA 4UV9A 3I4PA 4MGRA 3DXJF 1IXCA 2OU2A 3C7JA 2EV0A 3GYHX 4HOBA 3HOSA 3J7AO 3RIRA 1FNNA 2OQGA 1KA8A 5D8KB 2FRHA 2G7UA 5AIPA 1XSXA 1IN5A 2EK5A 1HKTA 4OU0A 3K9JA 3WTWC 4WXDA 1OYWA 3E5UA 1L0OC 1ZLKA 2XAHA 3HHGA 2XAJA 3FHZA 1FOKA 2OAZA 3T1BA 1ZRFA 2W84A 3PFIA 3ELKA 3KE2A 5BMZA 3WTVC 3GLXA 4ZYEA 3BJOA 5BS6A 2DBBA 1WKMA 3NQOA 2AXLA 4AIJA 4G9YA 3F6OA 3P9CA 1W7PB 1DDNA 4QWQA 2P5VA 2GAUA 2MLGA 1SFXA 2LNBA 2VN2A 5CVIA 1RUNA 3R4KA 2H6CA 1BBYA 2QQAA 1IRFA 4ENNA 4Z2YA 2FBHA 4L0ZB 2MH9A 2YX4A 2H94A 2KRFA 2KJCA 4GYIA 4RAYA 5D5WB 1QZZA 5DD4A 4EMSA 4RGSA 2HKXA 4HF0A 3EQLF 2ZCWA 3E6MA 3RJPA 4ZYGA 2D1VA 1Z9CA 1J9IA 3FZVA 3FXQA 5H6QA 1F4KA 1S6LA 3H92A 4P55A 5D5UB 5LGTA 3LA2A 4L9JA 1I1GA 2UWMA 3KP3A 4G7HF 1LDKB 4L9NA 3GX4X 3NRVA 2WTEA 3FF5A 2EJRA 5LRSA 4HF2A 1F1ZA 5ILVA 3HSEA 1MJ9A 1TNTA 3GFMA 1O57A 3WU0A 5ILUA 1TLHB 2YX7A 2KIMA 1GXQA 5LHIA 4ZYDA 3R60A 2GQQA 2CQKA 3ZQ7A 1B9NA 1XN7A 4RB0A 3DPTA 1UFMA 2W85A 1J7KA 2EV6A 2K27A 4M71A 4CDGA 3KZZA 4R8HA 1LDDA 2UXNA 2XASA 4YFKF 2ESHA 4GCVA 3L7WA 1MDMA 4KIFA 2FMLA 3H3ZA 2IJLA 3BOQA 3GXOA 2M8EA 1PDNC 1P92A 3MEXA 5IT3A 4MQVA 2HQRA 2M87A 3AAFA 2OZUA 4I98B 3I64A 5LGNA 1X3UA 4IHTA 1J2XA 1BI0A 5KVRA 1W7PA 3WTTC 2WV0A 1ZGAA 3E6DA 4EQQA 4LJZF 4HDUA 2HOEA 4RB2C 2OBPA 4GYGA 3DF8A 1HSTA 3V8LA 1YIOA 4Y13A 4NB5A 4M9ZA 1XDUA 3WODF 3J80Z 4M6XA 4A2UA 4YIIA 4DNCA 4K2EA 3DP7A 3H3UA 2C6YA 3JAMK 2GXBA 3GW2A 1LEBA 2IT0A 5DUKA 2M1BA 4LLGF 4UNOA 4AD9A 1U2WA 3MFKA 2ACJA 2PN6A 3L9FA 4M74A 1H0MA 4L18B 4Y15A 3LWFA 4ZZLA 3KLOA 3EUHA 1BN5A 1IF1A 4ZZDA 3K9TA 2QUFA 5K5OA 3G3ZA 1D5VA 4EM1A 3KLNA 1IN4A 1MJAA 2P7VB 1OMIA 2PJPA 1AOYA 1R23A 1B1BA 1T2KA 3GFLA 3P9KA 3V8KA 4HV6A 1DPRA 2O3FA 3F23A 4MEXF 2EWNA 2PQ8A 2MLKA 4KT5C 1Z7UA 3E6CC 2B0LA 1I5ZA 1YQAA 1B6AA 5FFXA 4OIRF 2YPRA 3K1NA 3VODA 5FLXZ 1R1UA 2HEOA 4YFXF 3ML6A 1XGSA 3KP2A 3F21A 1CF7B 2DQLA 2R7DA 2FE3A 1A04A 1ULYA 4N9IA 5F1RA 3LA3A 1E2XA 2CG4A 1ZREA 1U5TC 4PZJA 3R61A 2F2EA 2VE9A 1T39A 1IXRC 1G3SA 1O7FA 2GIVA 3LQQA 3E6BA 2QLZA 3EETA 3QPHA 1JHHA 3CUQB 1D8JA 2BE5F 4WXHA 2YR2A 5LHGA 3K0LA 1Z05A 1W7PD 2JRTA 2Z9OA 1P4WA 1FC3A 2OA4A 2HR3A 4XRFA 1WRJA 4U0YA 3DQVC 3ZP5A 1ZGJA 3K1PA 4HF1A 1SD6A 3M8EA 1S7AA 4EJTA 5LLQA 4G8XA 4EJWA 1YTYA 1EH6A 1YS6A 4QLCU 1ZN2A 3ZMVA 3W6KB 3F8BA 4XBFA 1JXSA 3MZHA 3I0TA 5LGUA 4IRHA 2GA2A 2IVMA 3ZMSA 1FBQA 5ICGA 3IRRA 5DCMA 2O61A 3I71A 1FX7A 2F5DA 2IRFG 4R79A 3I54A 4IPAA 4Q4ZF 1K78A 4RGRA 4ENMA 1K7AA 5ILSA 3O3KA 3HYIA 2GWRA 5DYMA 3T5XA 3TOBA 2A69F 5E17F 4AVPA 1OPCA 1VTNC 5CVRA 1ZYRF 3W6JB 1TQIA 4BYYA 3BWGA 5ICFA 5E18F 4P5OA 1OKRA 1OYIA 1LEAA 4OIOF 2LF8A 4HV5A 2EFNA 1KYZA 1IN7A 2VBZA 4LGWA 1U78A 4KUMA 1DUXC 2V1UA 3S2WA 2LDUA 2RC4A 3GEZA 3F3XA 3Q9VA 1V4RA 1B4AA 2M5WA 5H6RA 3F8MA 1MZBA 2HYGD 3B73A 1B59A 3F6VA 3ZMUA 4LG0A 2E7XA 4LK1F 4FX0A 3FX3A 1V3FA 5L3CA 4A6EA 5JFRA 1RNLA 2O0YA 2XKOA 4OINF 1R00A 4Y17A 2ZKZA 4YIFA 3RKWA 1PP8F 4RGXA 4LLNA 3J80K 2E1NA 1TW2A 2IW5A 3TQNA 3RKXA 3TDZC 2A61A 2NNYA 4HYEA 5CR4A 5IT9Z 4JBAA 3HRTA 4WK8F 4BQAA 1FWZA 2PEXA 3CO7C 2Y75A 3BZ6A 2VC0A 1ONVA 1KQ8A 3I59A 5DUIA 3U9GA 2XAGA 4HX7A 2BYVE 3G73A 3QOPA 3V7CA 4LK0F 4HW0A 2ISZA 3QRFF 3TOAA 1BM9A 2P6SA 4IVNA 1P6RA 4CZZA 2A6EF 3CUOA 3CUQC 3M9AA 2R3SA 2ZNZA 1ZG5A 2CW0F 1FBSA 2DPUA 3IWFA 3MCZA 2HFHA 4XLNF 3R6SA 1Z6RA 3RI4A 3DKWA 4U88A 2DAOA 3R0JA 4Q47A 4UXNA 3U1DA 5HLGA 5FLXK 4MDAA 1KU2A 3RDIA 4KA4A 2YU3A 2XROA 3IL2A 4P9FA 5L3EA 3KEQA 3PQJA 1BC8C 2GXGA 1BIAA 2V6CA 4KDPA 4I01A 3EDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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