3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
2PYJA 4BWJA 1BHLA 3VQBA 4YFUA 1NKEA 1S6PA 3V9ZA 4DTRA 3AO4A 3QEWA 4DQRA 4Z0UA 4HUEA 4OPKA 3QNOA 1U47A 4FJIA 2OYQA 4QAGA 2GUIA 4PA1A 2O4GA 1TKXA 5KRSA 4BDZA 5HP1A 1TK5A 3OYCA 1DTQA 4FJXA 4PQUA 1ZBUA 3LANA 3MEDA 4OKKA 3AVIA 3U6FA 3O4NA 1SL0A 3DLHA 1JLAA 3NE6A 3HL8A 4DQIA 3AO5A 1RT1A 1IKYA 3SUPA 1KVCA 3OYNA 4DU4A 1NK4A 4FZYA 1NJYA 3AVLA 4PUOA 5CZ1A 3OYMA 2RN2A 4KAZA 4DSEA 2HHSA 1RT2A 1BL3A 1FKOA 3KKSA 4DTOA 2HW3A 4LSLA 1S1WA 1CXQA 2F8SA 4F3TA 1CLQA 4OGCA 2G8IA 3OYHA 4O44A 1VSFA 4DFPA 1T8EA 2HMIA 4KKOA 1JLGA 4GVMA 4RW9A 2Z1HA 4CJFA 4M3XA 4KHYA 3MEGA 3MXIA 3MAQA 3LP2A 4Z4IA 1KONA 1T03A 4O0IA 4CEZA 3ZCMA 4N56A 3K57A 1X9MA 4G1QA 3VQ8A 4CF2A 3A2FA 4AHCA 3S3OA 1CXUA 3QETA 3NCIA 4CJSA 3KK3A 4IG3A 4CFDA 1O1WA 4AILC 3E01A 1XHZA 1TKTA 4DTSA 4GW6A 5DK5A 3O3HA 4CJVA 3QEPA 2EHGA 1L3UA 5JS1A 4FJ5A 1WJBA 3VA0A 1N6QA 5KTQA 1WJEA 1WN7A 1ASVA 4MQ3A 5CYMA 3HXMA 3D0PA 4E7JA 1XHXA 1UOCA 4CEOA 3SV4A 2HNDA 4DFKA 1WJDA 2GBZA 2OA8A 1TKZA 4CJ3A 4Q5VA 3HM9A 4CF0A 2Y1IA 4QCLA 4K8ZA 1LWFA 3DRPA 2VWJA 1E0EA 1RBRA 4J2AA 2B6AA 3TABA 3KLEA 1HNIA 3CFRA 2HHVA 4Y1CA 1A5XA 4F2RA 4DQSA 3L2QA 4B9NA 4O4GA 4C8KA 3KD5E 3ZSOA 1VSEA 3V4IA 1JLQA 4CJWA 3NAEA 4KPYA 4O55A 4DMNA 3ZT1A 4B9LA 1BI4B 1BGXT 4FJLA 3PUFA 4Y1DA 4BE2A 3I0SA 1EP4A 1C0MA 3THVA 1W9HA 3PX4A 3T19A 1NJWA 2X74A 1JLCA 1U4BA 1A5VA 1S9GA 3CG7A 1HRHA 4OKEA 3QIPA 4CF8A 5SWMA 3QESA 1HYVA 3SNNA 4CIEA 1TL3A 1HYSA 1KSPA 1WSJA 2HNYA 4DU1A 3L3VA 3K5MA 3C94A 3WNFA 4OLAA 2P51A 3VQCA 1Y97A 4FK2A 1B9DA 3M8QA 1WSGA 3OYJA 2QKBA 3MEEA 3ZT3A 1NKBA 1RDBA 3LP1A 3P1GA 4FW2A 4H4OA 1D8YA 3I0RA 5C42A 2IAJA 3KD1E 1WJFA 3VQDA 1SKRA 5I3UA 2RF2A 3TAQA 2G8UA 3NF7A 4FZXC 1KTQA 1SKWA 1LAWA 2XY6A 1EX4A 2E4LA 2YV0X 3SUNA 2PYLA 4KB1A 3CM5A 3QIOA 1TV6A 2OPSA 4BACA 2VG6A 3AVJA 4IBNA 1TAQA 3SV3A 1D9FA 1J5OA 1TAUA 3RMDA 4ELVA 3ASMA 1CZBA 1RBSA 3D45A 4M41A 5E41A 1NOYA 1J9AA 1NK7A 4DSJA 4I7FA 4M45A 4CJTA 1ASUA 3VQQA 5HRPA 1F21A 4DG1A 5J1EA 4CGJA 3U3YA 3EY1A 5FRMA 2HHWA 3ZT4A 1IKWA 1TK8A 3NH2A 2YHAA 4FK4A 1NK8A 1REVA 4CJQA 4CE9A 4M42A 1NOZA 1IH7A 4DFMA 5FDLA 3CM6A 2Y1JA 2PY5A 4KB0A 4PWDA 4FLTA 1X9SA 4O5BA 4Z4FA 3TAFA 4BDPA 1W0HA 4HUFA 2YKMA 3LPUA 3OYEA 3SQ4A 5C25A 2O4IA 1RT5A 1ASWA 2YNIA 4KO0A 4B08A 4E7IA 4AHVA 1SL1A 3PY8A 4B3OA 3PX0A 2HHXA 5KGWA 1IO2A 1JL2A 3LAKA 2XY8A 4PY5A 1S1VA 4J2DA 4FYDA 1WSIA 2YNGA 4AHSA 1MU2A 1VSJA 3NDKA 4LSNA 3DLEA 2Q3SA 4DTPA 2KQ2A 2KZZA 4W5TA 4I2PA 4IDKA 3AVFA 2IOCA 4CGDA 4RG8A 1K6YA 3DLKA 4WE1A 4CJEA 4E7KA 4HCCA 2QXFA 3NF8A 2A1SA 4CJ4A 1X1PA 1NKCA 1RTJA 4JLHA 4JS4A 4CCHA 4HCBA 1S6QA 3V6DA 4NCBA 4CHQA 3TAEA 3IS9A 1VRTA 4Z4EA 1L3VA 4CECA 3CYMA 1GOAA 1RT3A 3O4QA 4ID5A 1QQCA 4KTWA 5HRSA 1SKSA 1LWEA 4RW4A 4BE1A 4FLWA 4CJPA 3WNGA 4DSLA 4FJNA 2XY5A 3HK2A 3VQ6A 1WSHA 3ULDA 4LH4A 5JS2A 5EU7A 3OYBA 4UQGA 2FBYA 3JYTA 4E7LA 3OYLA 3DOLA 3TI0A 1UWBA 4RW8A 3AVAA 2G8FA 5HRNA 3ZT2A 1RDCA 1Q9YA 3DRSA 3QERA 2FBVA 3TWHA 3RMCA 3NF6A 3WNEA 2HHTA 1TVRA 3QINA 3OYIA 2ITGA 4DLEA 3C6UA 3MXJA 1NJXA 1YT3A 2KW4A 2Z1IA 4FZZA 4NYFA 3IAYA 2BANA 4F3QA 3BGRA 3NGZA 4DFJA 4M3YA 4FM0A 3LWLA 2XY7A 1SL2A 2QKKA 1J54A 3OS2A 1XC9A 3AO1A 4C8LA 4OKJA 1KCFA 4KI4A 5J2QA 4M3WA 4KHNA 4H4MA 1LW2A 1JXBA 4Z4CA 4C8NA 3V1RA 1QHTA 4FLYA 1HQEA 1VSLA 1WSFA 3C95A 4DLGA 4E3SA 3S3MA 4CJLA 1S1XA 1UA0A 1KLNA 1GOBA 4GMJB 3KTQA 3I8DA 2G8WA 1RT6A 2ZQBA 5K14A 4B9SA 3OYAA 3SPZA 4IG0A 3V81A 1GOCA 4K8XA 4CK2A 4RW6A 4JRPA 2P1JA 1HNVA 3TAGA 4W5QA 1QTMA 1D5AA 3H08A 4FLZA 4CEAA 2KTQA 3OJSA 4CF1A 2ZE2A 4CIGA 4KREA 5J2NA 3K58A 3U3GA 2VWKA 4E7HA 1VSMA 4FJ9A 1YTAA 4Z4GA 2YNHA 1IKVA 1SV5A 1LFPA 2VG5A 4KV8A 4RW7A 1NK5A 1HYZA 4M3TA 2HVHA 3DLGA 1RTIA 3HSTB 3AO3A 3LP0A 4CK1A 4DQPA 3RR7A 2Z1GA 4DTMA 1MW7A 5KI6A 4CJ5A 1I39A 1RCHA 1BI4A 1RBVA 4KTQA 5FRNA 2JGUA 3T3FA 1B9FA 1FK9A 4NYNA 4EP4A 4ELUA 5FROA 2D0CA 3L3UA 5I42A 5HBMA 2Z1JA 3PO5A 2OPQA 3EYZA 3O3GA 3M8RA 4LD0A 1R0AA 4YNQA 1NK6A 3LZIA 4J2EA 2NUBA 4CEFA 1I3AA 2IS3A 3LDSA 2A1RA 5D3GA 5DMRA 1LW0A 4BE0A 1WAFA 3AA4A 4DWIA 3SJJA 1BQNA 4FJKA 1WJCA 2KFZA 2DY4A 4CGFA 1Q8IA 5CZ2A 1YTUA 3P83D 3HPOA 4M3ZA 3MXMA 4FJJA 2YHBA 4ZTJA 2I5JA 4FVMA 3K5OA 4CEDA 5HROA 4B9VA 2EX3A 4E89A 3SUOA 4CHOA 4DTXA 3TAPA 3TARA 1VSHA 3OY9A 1JL1A 2X78A 1EKEA 4E1MA 5C24A 4FW1A 4OVLA 1Z26A 4F8RA 1RT7A 1ZBFA 3HYFA 1S1TA 2P5GA 2HNZA 2PZSA 4CJRA 4AHTA 1BCOA 2DFHA 4XIUA 4HTUA 2WONA 4CGHA 4CESA 5KRTA 2W42A 2HVIA 1QSYA 3ITHA 3VQ9A 3KKRA 1TGOA 3NF9A 3HO1A 1KFDA 3OS1A 3ZSXA 1HJRA 3M8SA 3CQ8A 3PX6A 2BDPA 4N76A 3KLHA 1B92A 3PV8A 3OVNA 4R5PA 4LH5A 3HP9A 1G15A 3SYZA 5T7BA 3BDPA 4E0DA 3B6PA 1XWLA 3NGIA 1IG9A 4KFBA 4CFAA 2ATQA 3KJVA 4DQQA 2E6LA 2RKIA 3ZT0A 3IG1A 4FM2A 4KHQA 1KVBA 3VQ4A 3OYFA 1IKXA 3AVMA 3NHGA 4FLVA 4I9QA 1EETA 4KTZA 4FLUA 1D9DA 4DSIA 3G10A 3OS0A 1LAVA 4C8OA 4CGGA 2FBXA 3TANA 1ZBHA 4DU3A 3RMBA 1BQMA 2F96A 1DLOA 1HPZA 1VK0A 3KLIA 1RTDA 4FJMA 4FJ8A 4LY7A 4B8AB 3VA3A 3ZSVA 1TK0A 1ZBLA 3VQAA 4Z4HA 3QEVA 4AHUA 1A5WA 2FBTA 4FK0A 4O0JA 3CFOA 3KLFA 3S3NA 4CHYA 4B9UA 4TSXA 4DSKA 3K5NA 2E6MA 3ALYA 2OZSA 3AVGA 5J2MA 1XI1A 1BIZA 1EXQA 1S9EA 1QSLA 2DTUA 2IGIA 3PO4A 3AVBA 4EZ9A 1C1AA 2KZMA 1L5UA 2GV9A 3ISNC 3VN5A 4B9MA 3AVCA 4OGEA 4CFBA 2OZMA 1WNSA 4H8KA 1U48A 1U49A 4FCYA 3V1OA 4J2BA 1C1BA 3SPYA 3ZSQA 4OPJA 3RRHA 5HLFA 4OLBA 4E19A 4N5SA 2KFNA 4IFVA 1RT4A 1RBTA 3L2VA 4W5RA 3SUQA 2JLEA 3RTVA 3VQ5A 4CF9A 1N5YA 3RR8A 1RNHA 2ZD1A 2HHUA 5SZTA 3ZSWA 3C6TA 3T1AA 4MFBA 4I9LA 4KHWA 3HJFA 4M3RA 4BDYA 1JLBA 3P5JA 3KIOA 2B4JA 1KRPA 2XO7A 2AJQA 3M8PA 2P5OA 3NBPA 3L2UA 4ZTFA 1L3TA 3RMAA 4CJKA 4QOZB 2HHQA 2QK9A 1NK0A 3MECA 2OPRA 4W5NA 3V9UA 2BE2A 1C1CA 2HB5A 3FFIA 3SCXA 4IKFA 5CYQA 2D0BA 4AH9A 3RRGA 1WJAA 2D5RA 3ZSZA 3DOKA 3AO2A 3LPTA 1JLEA 4CK3A 1DTTA 3HPHA 1T05A 3V1QA 3OYKA 5J2PA 1KFSA 1KVAA 1CZ9A 3HVTA 1UAXA 1TL1A 1WSEA 3DI6A 3K5LA 3AVHA 4I2QA 4KHSA 1S1UA 3ZSYA 1UA1A 3DRRA 3OJUA 2IDOA 3LALA 4N47A 4CEEA 1TKDA 3VQPA 3K59A 2R7YA 3DM2A 1NJZA 3B6OA 3AA5X 3LAMA 4AHRA 3KLGA 4JS5A 4F3OA 4FJHA 1RBUA 4DTNA 4IFYA 2WOMA 4CIFA 1QS4A 4CJUA 1C0TA 1RDAA 4CHNA 3KK2A 1ZBIA 2VG7A 4FJGA 4W5OA 1ZYQA 4F4KA 1NK9A 1RILA 3DLRA 4KHUA 1WLJA 1RTHA 5CY4A 3O3FA 3S9HA 1SUQA 2IC3A 3K2PA 3V9SA 4F2SA 2F8TA 4CEQA 2LSNA 2XHBA 1C6VA 1JKHA 2YKNA 3NH0A 1L3SA 3LWMA 3AA3A 4JRQA 4FXDA 3SI6A 3F73A 1U04A 3RWUA 3V9XA 3HT3A 2G8KA 4ID1A 1JLFA 2G8VA 4L8RB 3SQ2A 1VRUA 3IRXA 4DSFA 2X6SA 5KGXA 4KRFA 4ELTA 3HVRA 3SZ2A 3NFAA 1VSKA 3DMJA 3OYGA 1C0UA 4DS5A 1LV5A 3L8BA 4B9TA 4N41A 3AVKA 2X6NA 3KK1A 3G0ZA 2XRIA 4DF8A 3HPGA 4KI6A 2OPPA 1HQUA 3TR8A 4HVJA 1VSDA 4FLXA 3L2RA 3SQ1A 1BIUA 2D0AA 1ITGA 3LP3A 4BWMA 3LZJA 1BCMA 3SQ0A 1QSSA 3AA2A 1QE1A 3DYAA 3L2WA 2B5JA 4ZHRA 1Q9XA 1Z25A 1S5JA 1FXXA 4ICLA 4DF4A 2G8HA 4CHZA 4OJRA 4HHTA 3AV9A 3JSMA 3QO9A 3AVNA 3NH1A 4DS4A 4EZ6A 2RPIA 1JXEA 4CHPA 4HUGA 1U45A 3F9KA 3EZ5A 4Q0BA 1J53A 1KLMA 4FM1A 3CFPA 2YNFA 1X9WA 4NCAA 4DTUA 3DLBA 3UIQA 3HP6A 2DFFA 3NGYA 2DFEA 3QEXA 4CFCA 4C8MA 2BGGA 1WAJA 4B8CA 4CERA 3QNNA 4CEBA 1LWCA 2ETJA 3ZSRA 1HMVA 4EP5A 3VQEA 2FC0A 3QLHA 4E1NA 4NCGA 3TAMA 3OYDA 3QEIA 4DTJA 4CGIA 3VQ7A 4FJ7A 1RDDA 1BISA 1VSIA 5HRRA 3V9WA 3WNHA 1T7PA 4M3UA 1YVUA 1FKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZZLA 4Z0UA 1T6CA 2RQPA 4Y7NJ 2VKVA 4QAGA 2LYCA 5E3OA 5HP1A 2V9PA 2DTRA 5H6QA 2GIZA 2O8FB 1SL0A 1QGPA 2JWKA 3N97A 3F21A 3OYNA 2IBDA 5HDNA 4AM3A 2KKOA 3OYHA 3ZX2A 5FKKA 4F7ZA 4A3MJ 3TP3A 4DUYK 3PIOF 4BR7A 4IG3A 1XGOA 2D45A 1L3UA 5JS1A 3D0PA 3GFLA 2R4GA 2FBHA 3GTQJ 4L18B 5D5UB 4RDUA 5IT3A 2HOSA 2PLYA 4BGAA 2OCEA 3TW7A 3PO2J 3IP4B 1OLTA 4ISFA 2BY2A 4JK9A 2ZFWA 4B9LA 1EP4A 1S8NA 1B8IA 1I3QJ 2HNYA 3RCOA 4CZLA 2Y75A 3EKUA 3OYJA 3LM2A 1NKBA 4OOIA 4XBFA 4YIIA 5LMUK 1X2MA 3CM5A 2Z9OA 2HI3A 4RLQA 4ZZDA 5E1ZB 3HXLA 2HVQA 1X9SA 3BOQA 4ANJA 2UU9K 1XGNA 1RT5A 4KO0A 5H2FC 4XH5A 1JL2A 3LAKA 2Z99A 1S1VA 1U8RA 3QMLA 1MU2A 5DM6L 2PFBA 1WOQA 3QAHA 2PFUA 4WE1A 2P9LB 1YLFA 3RYRA 2UUBK 3EL2A 1L3VA 5HRSA 1LNWA 4UUSB 4BHBA 2JA2A 2FBYA 5F0CA 4V19S 3WG9A 3QPLA 3ZN1A 3DXKB 1QVFM 3C6UA 5K7HA 2QKKA 5AQPA 3I9V2 3H3OB 1JXBA 1X19A 3M3ZA 4PZJA 4N0BA 5D5WB 4GO1A 3HRGA 2QCOA 2Q2RA 3OJSA 3DLAA 2VOOA 3P7NA 4LFUA 1JHHA 3L7WA 3FFKB 2LMDA 3S2WA 1VQ6N 3LFKA 4L9TA 4NYNA 1ZG5A 2B63J 1FIPA 2FSJA 3O3GA 3KFWX 3M8RA 4BE0A 3A4CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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