3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
1U48A 4CJKA 1LFPA 5J2MA 4JLHA 3LAKA 1JKHA 3OYKA 3QNOA 1JLFA 1HQEA 1LAWA 3HM9A 3K59A 2Z1HA 1UA0A 2OYQA 4F3TA 3KJVA 1VSKA 3L2WA 1WNSA 4KHSA 3ZSVA 3MXMA 4FXDA 1HJRA 1FXXA 3TWHA 1KTQA 1SUQA 3L2RA 4E7KA 4OPKA 3QEIA 2Z1GA 3AVJA 4FM2A 2PY5A 4OVLA 4Q5VA 1NK8A 4DQIA 3LPUA 4DMNA 3O3GA 1JLAA 5HRNA 3SV3A 3KD5E 4FJGA 4IG0A 4BWJA 1TAQA 4KHYA 3NHGA 4B9MA 1FKOA 3VQQA 5JS2A 1JXBA 3ZSXA 3T19A 5I42A 1S1VA 5KGXA 4DFKA 5J2NA 1RTDA 3OYBA 3OYIA 4Z4EA 4DQPA 4FK0A 4KHNA 1N6QA 2E6LA 2FBXA 3QETA 1ASVA 4M3TA 1TK0A 4ZTFA 4E7JA 4LH4A 3VA0A 4DLEA 3HSTB 4DTRA 3S3MA 1I3AA 4LH5A 2OPQA 3SYZA 4FJ5A 3OYJA 1ZBUA 4B9VA 1EXQA 4CCHA 4CESA 3ULDA 1DLOA 1WN7A 4RG8A 3KK3A 1SKRA 3DM2A 1C1CA 1B9DA 2GBZA 1RT4A 2HHWA 2VG6A 1MW7A 4LY7A 3PUFA 3HPHA 3NE6A 3LZJA 1NK9A 5C42A 3RRGA 2D0BA 1UOCA 2B4JA 3NGZA 1DTTA 4BE0A 3S3NA 1WSHA 1RDBA 1RDAA 3AVIA 2RPIA 4PY5A 3EYZA 3OJSA 4J2DA 2GUIA 4CK2A 1HNIA 4DTXA 4EZ6A 4CHZA 4HHTA 1L3SA 2QKKA 3O3HA 3TABA 3AVGA 1X9MA 1WJAA 4E0DA 4KPYA 3ZT1A 4C8KA 1CZBA 4FJKA 1KSPA 3V9WA 4PWDA 5E41A 1LV5A 4M42A 4CJLA 4O0IA 4CF2A 5CYQA 4IFVA 1RT7A 1VSMA 4CHOA 1LAVA 1NKBA 1JLCA 3ALYA 4E7HA 3S9HA 4B9NA 1BQNA 4W5TA 1U47A 4CIEA 4CJ5A 4OKEA 3U6FA 3HL8A 3VQ7A 1WAJA 2WONA 3ZSQA 4ZHRA 1F21A 4ICLA 2IC3A 1BGXT 3AVMA 4CHPA 1T7PA 1JLGA 5CZ2A 3DOLA 5SZTA 3L3VA 3LP3A 4UQGA 1QSYA 1D5AA 4KREA 2XY6A 4CJFA 4CJEA 1GOAA 4OPJA 4FLXA 4DQQA 4FK2A 1RT6A 4CK1A 4BE2A 1D8YA 4DWIA 1S6PA 1QSSA 4FJJA 2HHQA 3UIQA 1REVA 4QAGA 4CGFA 3MXIA 1KRPA 3C6UA 3SPYA 1VSFA 1JLQA 4LD0A 3DLGA 4GMJB 4CEFA 4BDZA 5HRRA 4E7LA 1NK7A 4IG3A 1Q9YA 3LAMA 4DF4A 2G8IA 3QIOA 4F8RA 1CLQA 4KB0A 3LDSA 4KTZA 3QERA 4RW7A 3KK1A 4BE1A 3VQ9A 1YVUA 4KTQA 3QEPA 3CFRA 1VSEA 3SUPA 4C8LA 2GV9A 3ZSYA 2G8KA 4FJ9A 4M3YA 3V1RA 3KK2A 2EHGA 5CY4A 2Y1IA 3OJUA 3DRRA 1U49A 2F8SA 1NKEA 3RTVA 3CFOA 4OGEA 2QXFA 2PYJA 3VQDA 3OYAA 2OPRA 3QNNA 4Z4HA 3AVNA 3NF6A 4KAZA 2WOMA 3MEGA 2D0AA 4FLVA 3B6PA 3L2UA 4CJPA 3I0SA 1CZ9A 1NJYA 2Y1JA 2IDOA 4N76A 3V81A 4W5RA 2BGGA 3NF9A 3L2VA 3O3FA 3NH1A 1LWFA 4BACA 1JXEA 1RT5A 1XWLA 3AVFA 1BISA 3DMJA 1NOZA 2P51A 3K2PA 1IKVA 3CYMA 4ID1A 5CZ1A 4CJUA 4HTUA 2BE2A 4DS5A 4I9QA 2E6MA 2I5JA 3V9XA 1W0HA 1IO2A 1ASUA 3ZSZA 4CGDA 3V9ZA 3S3OA 4CEEA 4BDPA 4FJHA 1C1AA 4K8XA 4DU4A 2JGUA 5CYMA 3ZT2A 3OYGA 1KVCA 3E01A 4CHYA 2Z1JA 4RW9A 3JYTA 4F3QA 2PYLA 4QOZB 1NJZA 1Q9XA 1WLJA 1RCHA 2YKMA 1JLEA 3AA5X 3P5JA 4DTNA 3SV4A 4DSIA 5J2QA 4KI4A 4EZ9A 3QIPA 1VSDA 3HP6A 4FJXA 1TKZA 2HVIA 3VA3A 2KZZA 3NGIA 1SKSA 1RDCA 1WJFA 1TKDA 1UA1A 2F96A 2BDPA 4EP4A 3DYAA 3NH2A 3VN5A 3OYMA 3TARA 3RR8A 2ATQA 3VQAA 2KTQA 3AVKA 3OYEA 2XY8A 4CF8A 3EY1A 4B9SA 1J53A 3K5LA 2HVHA 1U04A 1SV5A 4FW2A 4I7FA 1S6QA 4CEBA 3D45A 1TVRA 5HROA 5FRMA 1QS4A 3ASMA 4Z4FA 4DSJA 1KONA 4CJ4A 3DOKA 5I3UA 3VQEA 4M3UA 1HYVA 1SL0A 1Q8IA 2YNFA 5D3GA 1SL1A 4KHWA 3CFPA 4FJ8A 4CF9A 1RBRA 4FLZA 1RT3A 3IAYA 4B9LA 1ZBHA 4M45A 1WAFA 4Y1CA 3VQ5A 2O4GA 1TV6A 4HUGA 1SKWA 1NK6A 1T03A 4DG1A 2XY5A 3OYHA 3QEXA 3NF7A 5C25A 1I39A 3O4NA 4CEZA 4H4MA 3AVAA 4KO0A 1KVAA 4AHTA 3OYNA 3NAEA 2DTUA 4OJRA 1IKXA 3IRXA 3WNHA 3NH0A 4F4KA 3SZ2A 2QKBA 3RMCA 5KRSA 3KKSA 1XHZA 3ZSRA 2D0CA 1G15A 1X1PA 1BI4A 3AV9A 3EZ5A 4J2AA 3VQBA 1TKXA 4DFJA 4C8MA 1EETA 4OGCA 4Y1DA 4DSKA 3KTQA 2DY4A 1WJEA 3AO4A 2XY7A 1WSJA 2ZE2A 2JLEA 3AA3A 2Q3SA 2YKNA 5DMRA 3CQ8A 1U45A 4IDKA 5JS1A 1HYZA 4JRQA 3PO4A 2Z1IA 3AVBA 4AILC 1TGOA 4CK3A 4HCCA 4AHCA 1JLBA 3MEEA 4C8OA 4FW1A 2VG5A 1TK8A 3SQ2A 4J2EA 1S9EA 4CFAA 3WNGA 4CFCA 4DSLA 4GW6A 4CJTA 3U3YA 3DLKA 1X9WA 3TANA 1RBTA 4DLGA 1L3UA 1BIUA 3ZT0A 4NYFA 3DLEA 2OPSA 4BDYA 3AVCA 4FJMA 4R5PA 1K6YA 1BI4B 1WSFA 4CGIA 3K58A 1L3VA 1LWEA 5DK5A 3NCIA 4NCBA 3VQPA 2KW4A 3G10A 1WJDA 5FRNA 1RT2A 2KQ2A 3KKRA 4B8AB 4H4OA 3M8RA 4DU3A 3SNNA 4DTOA 1VRUA 3HK2A 1BL3A 4CJVA 2EX3A 3NGYA 2P5GA 4DTJA 4FLTA 3RMAA 1J9AA 4O55A 3ITHA 5J2PA 3QO9A 1SL2A 1B9FA 1KFDA 3LZIA 3SQ4A 5J1EA 3AVLA 2DFHA 3DLHA 3OS2A 3LP1A 4I2QA 4M3XA 4CEDA 3L8BA 3MEDA 2FBVA 1VSHA 4DQRA 3M8SA 3F73A 4E19A 3TAGA 4ZTJA 4OLBA 1IKWA 3AO1A 2HHSA 4CEQA 1BCMA 1S1UA 1S1WA 3C94A 1RNHA 1VSJA 2IOCA 4MFBA 1KFSA 3PV8A 3MAQA 1XC9A 1TAUA 4W5QA 2YNGA 1LW0A 4KRFA 2HNZA 1YTAA 3D0PA 3BDPA 3TAPA 2RN2A 3TI0A 4L8RB 4CJWA 4PA1A 3SUOA 3QINA 3T1AA 1GOBA 4E1NA 1U4BA 3AA2A 3RMBA 2YNHA 4F2RA 2ETJA 2ZD1A 3OY9A 2HB5A 3KLIA 1JL1A 1WJBA 3LPTA 4K8ZA 3QESA 3V4IA 3FFIA 2O4IA 3I8DA 4RW8A 1X9SA 1RILA 3OS0A 2G8HA 3SUQA 4PQUA 1CXQA 2OZSA 4M3WA 1YTUA 3HPOA 4G1QA 3LANA 4JS4A 1KVBA 1WSGA 4FLUA 2G8UA 3AO2A 3M8PA 1A5VA 4CGJA 1TKTA 5T7BA 2DFFA 4DSEA 1J5OA 3RWUA 4FJ7A 3QLHA 4RW6A 1ZYQA 4JS5A 3H08A 1HYSA 1T05A 4AHSA 4CGGA 3M8QA 2KZMA 5SWMA 2ZQBA 4M41A 4DTPA 3LALA 4N56A 1XI1A 2HHTA 2P5OA 1BHLA 2XRIA 4ELTA 4CECA 1QHTA 1EP4A 1TK5A 4E1MA 3O4QA 1XHXA 4Z4CA 3KLGA 3QEVA 1BQMA 4MQ3A 4B3OA 3ZT3A 3IS9A 4FCYA 2YV0X 4I9LA 4AHVA 3P83D 3SQ0A 2G8FA 5FDLA 4M3RA 2HHVA 1KCFA 2FBTA 3RMDA 4FJIA 3AVHA 1N5YA 1LW2A 2KFZA 3ZSOA 4OLAA 3KLEA 1L3TA 3AA4A 5KRTA 4RW4A 5KTQA 3L2QA 4DFMA 2HNDA 4GVMA 3HJFA 3C95A 4CEAA 1ZBFA 4DSFA 4DTSA 2AJQA 3TAEA 3CM5A 1KLMA 1NOYA 4CHNA 1VK0A 1UAXA 1LWCA 3OVNA 2IAJA 4CEOA 3LWMA 1Z26A 1GOCA 4O5BA 3PX4A 1NK0A 1S5JA 4AHUA 4FLYA 4YFUA 3AO3A 3ISNC 1L5UA 4KB1A 1TL1A 4HUEA 1QTMA 4CIFA 1IH7A 3K57A 1C1BA 3F9KA 2VWKA 1NKCA 2B5JA 3PX6A 3WNEA 1S1XA 2IGIA 3SI6A 3HPGA 2LSNA 3NFAA 4ELVA 4N5SA 1D9FA 2F8TA 2FBYA 4NCGA 3ZT4A 2BANA 3MXJA 3HVTA 1S9GA 1VSLA 3DRPA 4E7IA 3SCXA 4PUOA 5FROA 4CFBA 3OYDA 4CF1A 4F2SA 3DLRA 2E4LA 1T8EA 4ID5A 3KLHA 3V9UA 3THVA 2G8WA 4O44A 1D9DA 1ITGA 4QCLA 4HVJA 3TAMA 4W5NA 1RBVA 1CXUA 1Z25A 4AH9A 3RRHA 1NK4A 4NCAA 2HMIA 2OA8A 4N41A 1ASWA 1HRHA 5K14A 2HHXA 3NBPA 2HNYA 4TSXA 4CHQA 4LSNA 3G0ZA 4Z0UA 4B8CA 3KIOA 1HQUA 4CE9A 3PX0A 3DRSA 4B9UA 1QSLA 4IKFA 3A2FA 1E0EA 3P1GA 2PZSA 1J54A 4CJ3A 3I0RA 4H8KA 4B08A 3OYCA 2X6NA 4C8NA 1S1TA 4FZZA 3VQ8A 1VRTA 4O0JA 4EP5A 4FM1A 2ITGA 1MU2A 4IBNA 4Q0BA 4CJRA 4DTUA 2A1RA 3K5OA 2X78A 3LP2A 4DU1A 1EKEA 3VQ6A 2HW3A 1ZBLA 1Y97A 2P1JA 4KKOA 3LWLA 4I2PA 3KLFA 4OKKA 1HPZA 4CIGA 3QEWA 3MECA 2D5RA 1O1WA 4CGHA 4CJQA 3JSMA 4Z4GA 4FLWA 4KFBA 1WJCA 1B92A 1BIZA 3V1QA 3HVRA 3K5MA 3CM6A 3K5NA 4DS4A 2A1SA 3VQ4A 3C6TA 4FZXC 1C0MA 4M3ZA 4CERA 1C0TA 4FJLA 4KHQA 2KFNA 3U3GA 2FC0A 3DLBA 4F3OA 3HO1A 1JL2A 1RTJA 3SPZA 5C24A 3TAFA 1RTIA 2NUBA 4HUFA 3OS1A 3V6DA 3PY8A 3LP0A 2XO7A 1RTHA 1RDDA 1WSIA 1UWBA 3BGRA 2VG7A 2R7YA 1DTQA 4BWMA 4N47A 3V1OA 3WNFA 3HXMA 1W9HA 4YNQA 3L3UA 2B6AA 2HHUA 3T3FA 4KTWA 1R0AA 2RKIA 3TAQA 1A5XA 3NF8A 4J2BA 4Z4IA 1EX4A 2RF2A 2IS3A 2VWJA 3DI6A 3TR8A 3PO5A 3OYLA 2X6SA 3OYFA 3CG7A 4FZYA 4KI6A 1FK9A 4E3SA 1C6VA 2OPPA 1HNVA 1HMVA 4OKJA 4KHUA 1IKYA 2G8VA 4KV8A 3HT3A 1RBUA 1NJXA 5HBMA 3IG1A 2YHBA 4DTMA 2OZMA 2W42A 3NDKA 4FYDA 4FJNA 3ZSWA 3KD1E 3VQCA 4XIUA 4DFPA 4IFYA 5KGWA 2X74A 4FVMA 4CJSA 2QK9A 1QQCA 2YNIA 3ZCMA 1TL3A 4FM0A 3SUNA 5HP1A 1RBSA 3V9SA 4AHRA 3B6OA 4E89A 4B9TA 2YHAA 3AO5A 4CF0A 4W5OA 1C0UA 5HLFA 1QE1A 1IG9A 1NK5A 1KLNA 1WSEA 4WE1A 4FK4A 3RR7A 4ELUA 3SJJA 3HYFA 1FKPA 1VSIA 4CFDA 1RT1A 2DFEA 4LSLA 3SQ1A 1A5WA 3HP9A 5EU7A 1ZBIA 4O4GA 4HCBA 2XHBA 4DQSA 1NJWA 1YT3A 5HRSA 4DF8A 5KI6A 4JRPA 4NYNA 1BCOA 5HRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAGA 4AM3A 3MN2A 3LAKA 3K6GA 3THWB 2VL8A 1WNSA 1BOTO 4BQAA 1YS7A 1HBXG 3O3GA 3C7JA 4M71A 1BIBA 2QCOA 2P9SA 1ETWA 5I42A 5DM6F 4NLBA 3UE5A 4E7JA 2FUG2 3W2VA 1MBKA 2R7SA 4MIMA 3L0QA 2P0WA 1B72B 3F72A 2EWNA 3FHNA 3NGZA 3KWIA 3AVIA 1XC5A 3J7AO 2GUIA 4EZ6A 4CHZA 4XONA 3EE9A 4JKEA 4L0ZB 1WVRA 4PKIA 4KPYA 4IF4A 1UZCA 2NRWA 3LWFA 3ESWB 4RM2A 3S9HA 3GL1A 1DUXC 3ULQB 1X3NA 2IC3A 3FF5A 3GLLA 6PAXA 3CZ6A 2P9PA 3D2FB 1WQ2A 2K85A 4L9JA 1Q9YA 3N4MA 3E97A 1CLQA 2WBMA 3L9FA 1HW2A 1SVOA 3FWEA 4I98B 2MH2A 2A5XA 4E1JA 3F6OA 1U49A 2V9PA 4AD9A 3CFOA 2R5YA 2CGKA 4DR5K 3ZQLA 3L2UA 2IDOA 2TDXA 2DMQA 3NF9A 4EATA 4BACA 1D8KA 1FTZA 4KHSA 3NQOA 4DS5A 2Q8KA 2V6EA 2E6MA 1IUFA 3V9ZA 3TBIA 2JGUA 3DPTA 3N05A 2NRRA 1HSTA 2PYLA 4F7ZA 3AA5X 4A2AA 1EO1A 4DTNA 2BVMA 3CCMN 2Q0RA 3AGRA 3VA3A 3A0HC 2BVLA 2BDPA 3CXCM 4I7FA 1KYZA 3M4OJ 1KONA 5HL7L 1SL0A 2MGQA 4JI2K 4IHTA 2GEMA 5BRDA 4HUGA 3WQUA 5C25A 3AVAA 5BR8K 2LY9A 2ZMEC 2PX9A 2JVHA 3GF2A 2Q36A 3ZMVA 3RPUD 1WSJA 5F0CA 2HXIA 3Q3SA 1W5SA 1HYZA 3O1WA 1MSFC 3LSIA 5AR0A 1POGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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