3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
molecule keywords Integrase
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
2PYLA 4CEEA 1KTQA 1BCOA 1UAXA 3NFAA 5I42A 1B92A 4BACA 1NJYA 3V1OA 4DQSA 3QEVA 3KD1E 4FJLA 4CEDA 2KQ2A 2YHAA 3FFIA 4CJPA 3V9ZA 3F73A 2G8FA 4B8CA 1IKYA 4CFAA 1HQUA 3OYDA 4C8LA 4M3YA 3OY9A 3KJVA 4TSXA 4CGHA 3ZSXA 3VN5A 5DK5A 4DTPA 1BL3A 4HUEA 2HHQA 4F3TA 2IOCA 3DOLA 4DSFA 1L3UA 4Q0BA 3ZT4A 2BANA 1SL1A 3DLGA 5J2PA 1BIUA 4OVLA 4RW9A 3K5OA 3VQQA 3WNHA 4CERA 3PX4A 1U04A 4Z4CA 3DLHA 1YT3A 4EZ9A 4O4GA 1JXBA 1SKSA 3RWUA 4R5PA 3VQEA 2HNZA 4FJMA 4KHSA 3TARA 2VG5A 1RBTA 4FZXC 4OKEA 5FDLA 3VQ5A 1EETA 1JLEA 2HHXA 4J2BA 1O1WA 1B9DA 1HNIA 4FK4A 4OPJA 4PA1A 3PX6A 3DLRA 3OYNA 4O0IA 1TL3A 1Z25A 5J2NA 3KLFA 2P51A 3V81A 2FBXA 1T8EA 3TAGA 1RTJA 3OYLA 3HPGA 4J2AA 1ASVA 3L2UA 3JYTA 3AVCA 3AVFA 4CJEA 2IS3A 4E3SA 3PO4A 1BQNA 1HPZA 1NK8A 3ZSVA 2VWJA 3RMDA 4DG1A 4LH4A 1U45A 2OPQA 1HQEA 1LWFA 1VSMA 3V1RA 2PYJA 2OA8A 4FLYA 4N76A 4KHUA 2FBYA 3K57A 3SNNA 4CFCA 2XY6A 4CJFA 1LAVA 3KKSA 3ZT0A 4AHRA 3RRHA 3TAPA 1HNVA 4W5RA 3QETA 1FKPA 2XY8A 1WAJA 4N5SA 4CGFA 3NGYA 3EY1A 3AVGA 5KTQA 2YNIA 1BGXT 3TR8A 2QK9A 4CGIA 1D5AA 3AO4A 3AVMA 1D9DA 2FC0A 4LH5A 1HRHA 4AILC 2F8TA 2ZQBA 1Q9YA 4B9LA 1SUQA 4FLUA 4C8OA 4KFBA 3QEWA 1LAWA 1S6PA 3SYZA 1WSGA 3MEGA 3VQPA 1NJWA 3K5NA 4M3WA 3LANA 1VSKA 3CFRA 3T1AA 2KZZA 2WONA 3S3MA 2HHSA 5FROA 4CFBA 4Z4HA 1RT3A 1N5YA 3ZT2A 5KRTA 3O3HA 3ZSWA 4UQGA 4FJHA 1ITGA 1WJCA 3WNFA 4ID1A 3NGZA 1IKWA 5HRSA 1QE1A 4DMNA 3ZT1A 1ZBHA 1C0TA 3VQBA 3NF7A 4XIUA 4DU4A 4KI4A 1WJDA 1RCHA 1BI4A 1J5OA 1NK6A 4FLTA 2E6MA 4B08A 4LY7A 4CHYA 3HVRA 3K58A 4JS5A 4KHYA 4ICLA 4QCLA 4CHPA 1VSFA 1RTHA 2HB5A 3LZJA 1IG9A 4DLGA 1VSLA 3AVIA 3ZCMA 1NKCA 1BCMA 1JXEA 3CYMA 1CXQA 2B5JA 4C8MA 4JS4A 4DU1A 4KRFA 4OGCA 3KLGA 1S6QA 1B9FA 4KKOA 3RMCA 1ASWA 4DQRA 5CYMA 1Q9XA 3SQ0A 5HLFA 3VQ8A 1TKTA 4M41A 1NK9A 4DQIA 1L3VA 4FLVA 2OZMA 4DTSA 3S3OA 4CK3A 2FBVA 4CJQA 3DLKA 3OYAA 4BDPA 4KB0A 2D0CA 3RMBA 1WJFA 1JLGA 1QQCA 3VA3A 1SL2A 1C0MA 4ZTFA 4BDYA 4GVMA 3AA3A 4DSKA 1RBSA 2RPIA 2YHBA 4DTJA 1T7PA 2QKKA 4B9NA 3QEXA 1RT2A 1S1TA 4LSLA 1TV6A 5FRMA 3DRSA 3LAKA 3CG7A 2ETJA 4IKFA 3LPTA 4B9TA 1TL1A 4E7LA 1TK8A 3D0PA 3E01A 2D0AA 3NHGA 3EZ5A 3AVHA 4JRPA 4DTNA 4FJIA 2XRIA 5HROA 4QOZB 2HW3A 1HYVA 2OPSA 4MFBA 1JLQA 4LSNA 1NOYA 4IBNA 3HK2A 4FJXA 1W9HA 2D5RA 3THVA 4HCCA 3NDKA 1A5WA 3QESA 4H4MA 4PQUA 4CF2A 4Z4EA 4N47A 1XHXA 4I7FA 3LALA 5T7BA 1A5VA 1RDCA 5C24A 3O4QA 2GBZA 4CGDA 5KI6A 3KKRA 2YNFA 3D45A 1VRUA 1S1VA 5E41A 1Y97A 4DFPA 3OYEA 4FM0A 1VK0A 3B6OA 3PUFA 4FJNA 1WSIA 4EP4A 1LFPA 3OS1A 1LW0A 4ID5A 3ZSYA 3NH0A 3VQAA 4DF4A 3TAFA 1C0UA 1MU2A 2ZD1A 3C95A 4DTXA 1S1XA 2YNHA 1X9SA 1NJXA 4ELUA 4E0DA 3OS0A 4FLWA 3KLIA 2NUBA 3MECA 4Y1DA 3MEDA 4AHTA 1SV5A 4CEFA 3MXIA 4KV8A 4FCYA 1QSSA 3NH1A 3V4IA 3AO5A 4M3TA 4FLXA 1WLJA 3ALYA 2B4JA 4KTZA 3S9HA 3HP6A 4FJ9A 2BE2A 5HRNA 4CJRA 4KO0A 4FJ8A 4CIEA 5SZTA 1KCFA 1RT7A 3LPUA 4Y1CA 1SL0A 5KGWA 1XWLA 3C6TA 4OKJA 1L3TA 3ITHA 3QIPA 4ZTJA 3ZT3A 4IDKA 4CIGA 4FW2A 1GOBA 1X9WA 2G8IA 3NAEA 1WJEA 1K6YA 5CZ1A 3SCXA 1XC9A 1TKZA 1T03A 1RDBA 3HVTA 2XHBA 1X9MA 1TK5A 3DRRA 1QHTA 4C8NA 2B6AA 3DLEA 2GV9A 4E19A 3OJSA 4DSEA 2IC3A 1F21A 2KFZA 3DRPA 3LDSA 1FXXA 1DTQA 2HHVA 1VSJA 5J1EA 4F8RA 4DF8A 3V9SA 4CK1A 4HCBA 1RBUA 3AVLA 3QNNA 1A5XA 2G8UA 3AVNA 4DWIA 2X6SA 3AA2A 4NCGA 4W5TA 4RG8A 1VSEA 1IO2A 4FXDA 1Z26A 3NF9A 4CEQA 1KSPA 1N6QA 4F4KA 2KTQA 3MEEA 3K59A 3QO9A 4FZZA 4KB1A 4BWJA 1BISA 4J2EA 3U6FA 4OLAA 3V6DA 5KGXA 3CFOA 2YKNA 4E7JA 4DLEA 5C42A 1CXUA 4CEZA 1LWCA 3V9WA 3VQCA 3OVNA 2W42A 3CQ8A 2P5OA 2VG7A 3P1GA 4O44A 4CEAA 2YKMA 4AHSA 3DM2A 3RR8A 4HHTA 3RTVA 4CFDA 3U3YA 3OS2A 4CHZA 4E7KA 2PY5A 4PWDA 4CK2A 1ZBIA 1ZYQA 2GUIA 2E4LA 1WSFA 3G0ZA 5CY4A 4W5NA 3K5LA 1FKOA 1QS4A 3L3UA 3V9XA 3SZ2A 1RBRA 2VWKA 1RDDA 5HRRA 4W5OA 1KLMA 4OKKA 4M45A 1HMVA 2Z1HA 4M3RA 4O55A 3OJUA 3RR7A 3MAQA 3OYKA 1T05A 1LV5A 4B9VA 2Q3SA 1NJZA 3SI6A 3SJJA 1SKRA 1TK0A 3HJFA 3G10A 2JLEA 1JLAA 1CZ9A 5JS2A 3NE6A 5HBMA 4OJRA 2G8WA 4PY5A 2E6LA 4FK2A 3AV9A 3HO1A 1SKWA 4B9MA 1XHZA 4GMJB 4CHQA 3T19A 4DSIA 3OYCA 4MQ3A 4HUGA 4CHNA 4F3QA 4AH9A 3OYIA 4FM2A 2HHUA 1J54A 3MXMA 5C25A 1IKXA 1W0HA 4K8ZA 4HTUA 4IFYA 3K5MA 4E1NA 1KRPA 1U48A 1C1BA 1IH7A 4CF9A 3PX0A 1TKDA 1BI4B 1KFDA 1CZBA 4YFUA 4E7IA 2DY4A 4DTMA 1RBVA 5JS1A 2RN2A 3VQDA 4I9QA 3M8RA 2O4IA 3DOKA 3QIOA 4CJUA 5CYQA 1D8YA 4B9SA 3IAYA 4OLBA 3CM5A 3HPHA 1J53A 2LSNA 3BDPA 2R7YA 3V9UA 3VA0A 5HRPA 3LP0A 1TAQA 1QSYA 4RW4A 1FK9A 3AVAA 4IG0A 4CJVA 4Z4IA 2P5GA 3AO1A 3TWHA 1WN7A 4ELTA 1REVA 3S3NA 1RTIA 3HYFA 1WAFA 4W5QA 1KONA 4BE1A 4FJ5A 4CJTA 4C8KA 1S1WA 1TGOA 1UA1A 2BDPA 2G8KA 3VQ7A 4DSLA 4M3XA 4DTOA 1JL1A 3L3VA 3OYGA 4E1MA 3L2WA 3HT3A 4QAGA 3KIOA 1S1UA 2HHTA 1WJBA 1WSEA 1I39A 4RW6A 3L2QA 2X6NA 4JLHA 4CGGA 3HPOA 4KHNA 2IGIA 1NK4A 4DU3A 3SPYA 4DTUA 3ZSOA 2ZE2A 4WE1A 2I5JA 2FBTA 4OPKA 3K2PA 4FLZA 4DFJA 1RTDA 2EHGA 4CJ4A 4KI6A 3I0RA 4M42A 1EKEA 4KTQA 3P83D 3HXMA 1VSIA 2F8SA 4FW1A 4RW8A 2G8VA 3KK2A 3O4NA 4AHCA 4L8RB 1S9EA 5J2QA 4HVJA 4CJ3A 4N41A 3HP9A 4OGEA 3ASMA 4Z4GA 3A2FA 2YNGA 4NYFA 1JKHA 3PV8A 2D0BA 1BQMA 4YNQA 1IKVA 4IG3A 4CEOA 2F96A 3KK1A 3OYBA 2OZSA 4FYDA 1KVCA 2DTUA 3AO2A 3TAMA 4FVMA 3HL8A 3NH2A 4DTRA 3ZSRA 4FM1A 1RNHA 1KVAA 4B8AB 1RT4A 1CLQA 1U47A 5D3GA 3M8SA 3LWMA 3L8BA 1E0EA 5HP1A 3WNGA 1XI1A 1UWBA 3TABA 2RKIA 1U49A 4DSJA 2A1SA 1VSDA 3UIQA 3B6PA 3PO5A 1I3AA 3AA4A 2DFEA 3SUOA 3IRXA 3MXJA 4O5BA 3QEIA 3WNEA 1LWEA 4KTWA 3AVKA 3NF8A 1EP4A 1GOAA 4I2PA 3OYFA 1QTMA 1KFSA 1TVRA 4FJ7A 4O0JA 4Z4FA 4KREA 1TAUA 1HJRA 3QINA 1YVUA 3ULDA 2HNYA 2KZMA 3VQ4A 2JGUA 1HYSA 2VG6A 3NBPA 5DMRA 2KFNA 3I8DA 1G15A 4B9UA 1GOCA 3SQ4A 1EXQA 3F9KA 1RT1A 2QXFA 1Q8IA 1EX4A 1WJAA 1WSJA 4BWMA 4E89A 4PUOA 3LP1A 2Z1IA 4BDZA 3SUNA 2X74A 3VQ9A 4Q5VA 1C6VA 3OYJA 3P5JA 3QERA 4F3OA 1X1PA 3H08A 4M3UA 2Y1JA 2XY7A 4GW6A 3ZSZA 5CZ2A 3L2RA 3BGRA 4KAZA 2A1RA 4LD0A 2ATQA 3IS9A 1JL2A 4CE9A 4AHUA 5I3UA 4BE2A 3VQ6A 4DQQA 1ZBUA 3M8QA 3NF6A 2PZSA 3L2VA 4K8XA 4EP5A 4DS4A 3CFPA 1KVBA 4CF0A 4CIFA 5FRNA 2OYQA 3EYZA 4CJKA 3TAQA 4E7HA 3CM6A 3QLHA 1DLOA 1NOZA 1S9GA 1WSHA 3U3GA 4CF8A 3AVJA 4J2DA 1RT6A 4KHQA 4RW7A 3M8PA 4NYNA 1RILA 3DYAA 1YTAA 4AHVA 3OYHA 4HUFA 2EX3A 2DFHA 3OYMA 3SV3A 3KK3A 4FJKA 1UA0A 4IFVA 2HVHA 4F2RA 3AO3A 3TI0A 1KLNA 1S5JA 4DS5A 1NK5A 3PY8A 3LP2A 1BHLA 4N56A 4CCHA 4FJJA 2ITGA 4CEBA 4CECA 3T3FA 4CJWA 1VRTA 2X78A 3SV4A 3SQ1A 4BE0A 4KHWA 4Z0UA 4DFKA 2P1JA 2G8HA 1NKEA 3TANA 4CJ5A 3RMAA 1RT5A 1ZBLA 1D9FA 2YV0X 1DTTA 1NK0A 1U4BA 3V1QA 3LWLA 3DI6A 3KTQA 2Z1GA 2XO7A 1ZBFA 3C94A 1J9AA 2RF2A 3C6UA 3LP3A 4FK0A 3LZIA 3DMJA 3RRGA 4NCBA 3AVBA 1JLBA 3HSTB 4I2QA 4CGJA 3SUPA 1L5UA 1BIZA 4KPYA 2QKBA 3LAMA 3KLHA 2OPRA 5EU7A 3DLBA 3QNOA 2HHWA 4H4OA 3O3GA 2Z1JA 2BGGA 4G1QA 3SPZA 3I0SA 3ZSQA 1R0AA 1NKBA 1TKXA 1WNSA 4CESA 4I9LA 2IDOA 1C1AA 1C1CA 1UOCA 1QSLA 3AA5X 4H8KA 1HYZA 2IAJA 3TAEA 1RDAA 5KRSA 4DQPA 2HNDA 4ZHRA 3KLEA 3O3FA 2AJQA 1JLCA 4FZYA 3NGIA 2WOMA 3QEPA 2OPPA 4FJGA 4CJLA 3SUQA 3NCIA 2HVIA 5SWMA 1L3SA 3SQ2A 3JSMA 1JLFA 4CF1A 1YTUA 3HM9A 4CHOA 1ASUA 4JRQA 4DFMA 2Y1IA 4ELVA 1MW7A 4CJSA 4M3ZA 4B3OA 2O4GA 4NCAA 5K14A 3ISNC 1NK7A 2DFFA 2XY5A 4F2SA 5J2MA 2HMIA 4EZ6A 2KW4A 1LW2A 3KD5E 1VSHA 3IG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GFMA 3QEVA 3ID6A 3FZFA 2L9NA 2HKXA 3DBLB 3IWFA 3E9OA 1MDMB 3VN5A 5DK5A 4DTPA 3RPQA 5H1SQ 2WBNA 2JA2A 3F0CA 2BANA 4FHTA 1RR8C 1SZ2A 1RDWX 3DLHA 4JX6A 3U9ZA 5EJCA 5KAFC 3KEYA 1E3HA 4XKVA 3ZX2A 3GG4A 4JKBA 4E1JA 4O0IA 1AWCA 2A6TA 2K27A 2L7ZA 4LF9K 2DI3A 3ZMTA 3PQJA 1RZ4A 1QQOA 4EHTA 1OR7A 4F93B 1XMQK 5L3BA 1ENHA 1D9DA 2ZJQL 4XLNF 1T3VA 5FB2A 5M1OA 3QEWA 1LAWA 2JA8J 1GLBG 1ZELA 1LDJA 2ASPA 3CFRA 1RKWA 4CZJA 1QA6A 3ZN1A 4ID1A 3SAHA 1RCHA 1RC9A 4HNTA 1KU2A 4ZYAA 1BCMA 1N25A 1R71A 1HLVA 3EQLF 3BJOA 5JR3A 2RVCA 3OYAA 4F55A 2VKDA 4QS9A 2EFNA 3H3ZA 4B9NA 2NVUB 3CG7A 1DUXC 4E7LA 4KMFA 1TT5B 5E8GA 3TOBA 4B4CA 4MFBA 2JA6J 2E20A 2HOAA 2VLAA 3DLLL 3LSIA 5L3EA 1EO1A 5KI6A 2PMHA 2IGMA 4GYIA 5I9EB 1T39A 4OO1J 5AQLA 3NVKA 2DDAA 2XAUA 4NNJA 2W82A 4Y1DA 2F5EA 4MO7A 1WLJA 3O9UA 3FXQA 2RKHA 5JMVA 2ZMEA 1KQSM 1MNDA 1KCFA 3ERED 1T08B 4L9VA 2BXZA 2ZCWA 5AIQA 1X9WA 1BR4A 2IGKA 4FPAA 2HZTA 1WSUA 3PQKA 2DJIA 1XC9A 1YI2I 2QZ8A 4M3GA 3H46O 3QP5A 4FE7A 2B6AA 4DSEA 3QYBA 1FJGK 5BPNA 3V9SA 1K61A 2BY1A 5JHUA 2P81A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3V1O A;  3QEV A;  4HRI A;  2L9N A;  3V9Z A;  4CFA A;  4M3Y A;  3OY9 A;  4CGH A;  3VN5 A;  5DK5 A;  4DTP A;  1BL3 A;  2HHQ A;  2JA2 A;  2BAN A;  5J2P A;  3VQQ A;  4Z4C A;  3DTE A;  3DLH A;  2KZV A;  4EZ9 A;  1SKS A;  3KEY A;  4F52 A;  4XKV A;  5FDL A;  1EET A;  1IRX A;  4PA1 A;  4O0I A;  3V81 A;  2P51 A;  2A6T A;  2FBX A;  4KIS A;  4ITV A;  3L2U A;  3AVC A;  1HPZ A;  3RMD A;  4LH4 A;  1HQE A;  2CS3 A;  1Y56 A;  3QET A;  4F93 B;  1WAJ A;  3LMM A;  4CGI A;  4KIT B;  1D9D A;  4FLU A;  4C8O A;  3QEW A;  1LAW A;  1WSG A;  1ZEL A;  3HOT A;  3CFR A;  2WB1 A;  1N5Y A;  3ZT2 A;  4FJH A;  3WNF A;  4ID1 A;  3ZT1 A;  4XIU A;  1RCH A;  4HNT A;  2E6M A;  4LY7 A;  4CHY A;  4BGD A;  4QCL A;  4ZYA A;  3LL7 A;  2F5V A;  3ZCM A;  1BCM A;  4C8M A;  4P1W A;  3DKX A;  1Q9X A;  4XLH A;  3SQ0 A;  5HLF A;  4FLV A;  2OZM A;  3S3O A;  3OYA A;  4F55 A;  3RTR A;  2VKD A;  4C2U A;  1JLG A;  1C0M A;  4DSK A;  1RBS A;  4NUB A;  4B9N A;  3CP8 A;  3CG7 A;  4E7L A;  2D0A A;  1Z3X A;  3EZ5 A;  4FJI A;  2OV7 A;  5HRO A;  2HW3 A; 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