3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
4DU3A 5CYQA 5KI6A 1RTIA 1YTAA 1MU2A 3S3MA 2IDOA 1WSFA 4FZZA 4FK4A 1BGXT 3HJFA 1TAQA 4HCBA 1ZBHA 2XO7A 4K8XA 4H8KA 1QTMA 1TK0A 1DTQA 3M8SA 3V81A 3NCIA 4KHWA 1RT3A 4CEOA 4CIGA 5DMRA 3AV9A 4ELUA 3OYAA 3O4NA 4I2QA 3AA5X 1LV5A 2PZSA 4J2DA 3ALYA 1BIUA 2D5RA 2HNDA 3M8RA 2VG7A 4AHRA 4DQPA 3HK2A 4W5TA 4IG3A 1E0EA 3A2FA 3QETA 3ZT0A 4CFCA 4M3ZA 3PUFA 3DM2A 3AO4A 2JLEA 3OYHA 5FDLA 4BDYA 5KGXA 4KRFA 4FLUA 3KTQA 1JLEA 2KQ2A 4CJ4A 4IG0A 5HROA 4B9UA 2IC3A 2DFFA 3RMCA 5D3GA 3AO3A 2LSNA 3HVRA 2Z1GA 4DF8A 4B8CA 4FJKA 4CEFA 3B6OA 1I3AA 3U6FA 4L8RB 3IRXA 3AO5A 4HCCA 3V6DA 4IBNA 2QK9A 3OYIA 4FJHA 1ITGA 1T03A 3I0RA 4ELVA 1D8YA 4AHCA 3L2UA 2YHBA 1EETA 1B92A 2OPPA 1BI4B 1IH7A 1GOBA 1Z25A 4CJEA 1XI1A 5CZ2A 1L3SA 3QNOA 3C6TA 4EP4A 2VWJA 4E7JA 2Z1HA 4DSEA 1RBRA 1W0HA 5I42A 4LSLA 3TAMA 1TKDA 4KI6A 1KONA 3I0SA 3LP3A 2DFEA 4EZ6A 1RILA 4Z4HA 4DS5A 1ZBIA 1SKWA 3TAPA 1RT7A 2VWKA 4RW4A 3OYEA 3WNHA 3U3YA 4CJTA 3JSMA 2WONA 1NJZA 1IKYA 3E01A 3PX0A 4FXDA 3D0PA 4DS4A 4KHYA 1WSIA 3VQCA 4CE9A 4LY7A 3TAFA 5HP1A 1NK0A 2G8VA 2Y1JA 4F2SA 3P1GA 3AA4A 3DLKA 5KGWA 3HYFA 4B9MA 1C1CA 3L3UA 1RDDA 4C8KA 1D5AA 4LH5A 4CK1A 4E89A 1B9DA 3SCXA 4M41A 4CJQA 3MXMA 4DSFA 1Z26A 2X78A 3PX4A 2OZMA 1B9FA 3VQBA 4KHQA 4CHOA 4DMNA 3VQEA 5C24A 4F3OA 4DFJA 1JLAA 4OKEA 4B9TA 1FK9A 4Y1DA 3QESA 4N76A 4CF1A 1G15A 2ATQA 4RG8A 5T7BA 1KSPA 4DSJA 3QNNA 2YKNA 1UA0A 3OYLA 3QEVA 2G8HA 5HRPA 1KVCA 3HVTA 2E4LA 5SWMA 4FCYA 4DTSA 3JYTA 4FJLA 4KTZA 1T7PA 3QERA 2YNGA 4EZ9A 3S9HA 3G10A 1WSJA 2R7YA 4Q5VA 4FLYA 5J2NA 3LDSA 4FLTA 4FLVA 1N6QA 3QIPA 1HYZA 4IDKA 3TAEA 2G8WA 4N41A 3OYMA 4DQRA 4O0IA 4KI4A 1WAFA 3DLGA 4JRQA 2F8TA 4CIFA 3RR8A 3LAKA 4RW8A 2DFHA 3AO2A 4AHTA 4YFUA 2DTUA 3NF9A 1RDBA 3CM6A 1LFPA 3RMDA 1SKSA 3MECA 3ZT3A 4C8MA 5DK5A 4HVJA 4FJIA 1LAVA 3NDKA 1QSLA 3THVA 1NK8A 4FJ9A 3ZSOA 2Q3SA 3TANA 4KB1A 1KTQA 1L3TA 4M3YA 1WJCA 1TK8A 3LWMA 2ETJA 4C8NA 1LW2A 1KRPA 4AHSA 4W5NA 4O0JA 4HTUA 1QS4A 4FJGA 4CJPA 4G1QA 1IG9A 3O3FA 3S3NA 1TV6A 3SQ2A 4ELTA 2VG5A 5J2QA 3LZJA 4FZYA 3CFPA 4KAZA 1HQUA 1HNVA 3ZT2A 1XWLA 1YVUA 1BCOA 3NF7A 1SL1A 2HMIA 4KHNA 3RMAA 3AVNA 1VSEA 1X9MA 4B9NA 3M8QA 4DG1A 3L2RA 4E1NA 1SV5A 4I9LA 3ZSRA 3CG7A 1D9FA 3SUNA 2KW4A 2F96A 4O5BA 3VQPA 1RNHA 3V9SA 4FJ8A 1Y97A 4FK2A 3CFRA 3HL8A 3CQ8A 1WN7A 4NYNA 4BWMA 1Q9XA 4PQUA 1VSJA 2HHQA 3V9WA 1WJAA 4DF4A 1X1PA 3DOLA 3AVMA 4FYDA 1XHZA 1UOCA 2YHAA 4MFBA 3L2VA 3AA2A 4CJWA 3F73A 3SUOA 1S5JA 1ASUA 1HMVA 1DLOA 4B08A 1CZBA 4F3TA 3ZSXA 2Z1JA 4O4GA 4KTQA 1WJBA 3LP2A 4CK2A 2HHSA 3P83D 2FBXA 1KFDA 2HW3A 3PY8A 3K5MA 4OPKA 3NE6A 4Q0BA 1FXXA 4CECA 3L2WA 2DY4A 3MEGA 4CGJA 2X6SA 4DTPA 3KD5E 2QXFA 2BGGA 1EKEA 1RBUA 2RPIA 4KO0A 1BQMA 1VRUA 4W5QA 3AVJA 3K2PA 3OYJA 4BE1A 4F8RA 3CFOA 3VQ5A 5CYMA 3OYFA 2ITGA 3TI0A 1NK4A 1S9EA 4NYFA 3MXJA 1VSHA 1QQCA 2JGUA 3K5NA 1WAJA 1HYSA 4E3SA 4R5PA 4CGDA 1J9AA 4M3WA 4CEZA 4CERA 1C0TA 1JL1A 2RKIA 5J2PA 4DFMA 1U49A 4Z4IA 1BHLA 3NGZA 1NJXA 1QHTA 4GMJB 2YNIA 3O4QA 3QEXA 3I8DA 3L2QA 1Q8IA 3OJSA 4B3OA 3SNNA 2G8FA 2BDPA 4CEBA 2XHBA 5J2MA 4ZTFA 4C8OA 3DRSA 3DRRA 3HPHA 4FJNA 1W9HA 1A5XA 3ZT4A 4CHQA 4OPJA 3EY1A 1ZYQA 5FRNA 1CZ9A 4O44A 2FBTA 2Y1IA 3SQ4A 1RTJA 4KTWA 1RBTA 4B9VA 1S9GA 1U48A 1BIZA 2ZQBA 3LP0A 3VQ7A 3LPTA 3KLHA 4ZHRA 2F8SA 4RW9A 2P5GA 1VSIA 4EP5A 4ZTJA 3DMJA 3UIQA 4F2RA 4JRPA 4CJ5A 2WOMA 4OLAA 4RW7A 4E7LA 1VSKA 4HUEA 4FW2A 4NCBA 1WLJA 2YNFA 2ZD1A 3KLIA 2PYLA 3AVLA 5KTQA 3KKRA 1ZBLA 3V1QA 1L5UA 5JS1A 1U04A 2XRIA 1BCMA 4PY5A 3O3GA 2IOCA 3KIOA 3AVCA 4DQSA 3DOKA 3KLEA 4JLHA 1VK0A 3PV8A 1S1WA 2P51A 3RR7A 3WNEA 3SZ2A 4E0DA 4J2EA 2O4GA 4KV8A 1WJEA 2AJQA 3VQ4A 1KFSA 3OJUA 3DLEA 3OYDA 3AVIA 3AVAA 4ID5A 3LWLA 1ZBUA 1EX4A 1KVAA 2YNHA 3V4IA 2HVIA 4CCHA 4Z4GA 4DWIA 1BI4A 4DSLA 1RTHA 3S3OA 1U4BA 1ASVA 4AHVA 4H4OA 2D0BA 1JLFA 2A1SA 3V9ZA 3SUQA 4N47A 4J2AA 3D45A 1C0MA 3B6PA 4FW1A 3VN5A 1K6YA 4I2PA 1VSMA 4CHYA 4DTNA 2IAJA 3ZSZA 1X9WA 1EP4A 1WJDA 4DTUA 4FK0A 1KCFA 1QE1A 1VSFA 1BL3A 3DLHA 1NJWA 1JLBA 1RT5A 1S6PA 1TGOA 5J1EA 1NKBA 1J5OA 1QSYA 4F4KA 4N5SA 3OS1A 3HP6A 3NF8A 1TAUA 3KLFA 3EYZA 2HNYA 4QCLA 1IKVA 1HNIA 2OPSA 1J54A 1CXUA 3KD1E 4FJMA 4Z0UA 3FFIA 4O55A 1ASWA 3SV3A 2OYQA 4DTXA 4FJ7A 4AH9A 4QOZB 4F3QA 2KFZA 4DSIA 3HXMA 4FJJA 4CGGA 2EHGA 1RT6A 3QLHA 4KFBA 4TSXA 4CGFA 3EZ5A 4M42A 3KLGA 4Y1CA 4CESA 4CF2A 1VRTA 4Z4FA 4E7IA 3SUPA 2RN2A 5KRSA 3TAGA 2GUIA 3F9KA 3AVBA 4KKOA 1U47A 3QEWA 1FKOA 4LD0A 1J53A 4Z4CA 3SQ0A 4BDPA 4NCGA 3OYKA 3WNFA 4KHUA 1IKWA 4CEEA 3RRHA 5FRMA 2RF2A 3DRPA 4CGIA 2E6LA 4RW6A 3K57A 3OYCA 4BE0A 1SL0A 3VA0A 1R0AA 1TKXA 2ZE2A 3PO5A 4CIEA 5HBMA 3K59A 1NK5A 1BISA 1RCHA 1RDAA 2QKKA 4FZXC 3OYNA 4I7FA 1NK7A 3DLBA 1EXQA 1S1TA 3NHGA 1REVA 4DFPA 1S6QA 4M45A 1NK6A 4PUOA 4C8LA 2XY8A 2W42A 3K5LA 3TAQA 1ZBFA 4DSKA 4IKFA 3T1AA 3U3GA 1SKRA 4E19A 4LSNA 3MXIA 2P1JA 1RBSA 3NGYA 4GW6A 4CFDA 3OYBA 3TARA 3VQAA 1CLQA 3VQ9A 1UAXA 4WE1A 4CJRA 1TKTA 4MQ3A 4DU4A 4CJ3A 1UWBA 1YTUA 2BANA 4CF8A 1WSEA 4JS4A 2YV0X 4DTJA 2XY6A 2P5OA 3NFAA 4CJSA 4E7HA 3ZCMA 1JKHA 3ITHA 3TABA 4HUFA 3ISNC 3KKSA 1IKXA 2B5JA 4M3XA 2B4JA 4B9SA 1BQNA 4OGCA 3VQQA 4E1MA 1RT2A 4OKKA 4DFKA 4PWDA 1HRHA 5KRTA 4B9LA 1RT4A 1HQEA 3RMBA 1A5WA 2HHWA 4CJUA 5C25A 3HPOA 4M3TA 2HHTA 3OS2A 1C1BA 1Q9YA 3OYGA 2GBZA 4CF0A 4CFBA 4HUGA 3QO9A 1LWEA 2D0AA 4QAGA 2OPQA 3MEEA 4CJKA 4FVMA 2XY7A 1NOYA 3AA3A 4XIUA 3PX6A 5HRRA 1LW0A 3ZSWA 2FBVA 1NJYA 4DTRA 4ICLA 2OZSA 1WJFA 2I5JA 1RTDA 4H4MA 4KREA 3HO1A 1JLQA 2A1RA 2HHUA 2NUBA 1DTTA 4CJVA 4FLXA 3H08A 4K8ZA 1WSGA 3QEPA 3DYAA 4OVLA 4FM2A 4J2BA 4HHTA 1JLCA 3QINA 2BE2A 1C0UA 2X6NA 4FM0A 1KLNA 2QKBA 1LWFA 3P5JA 3SPZA 1XC9A 2KTQA 4IFYA 4BE2A 2OA8A 2HNZA 4CK3A 3L3VA 3KJVA 1NK9A 1A5VA 4DLGA 2B6AA 3LANA 3TWHA 1IO2A 2Z1IA 2G8KA 1TL3A 3LP1A 1XHXA 1WSHA 3KK2A 1RT1A 1YT3A 1GOAA 1FKPA 2GV9A 2FBYA 3HP9A 4GVMA 3HT3A 3PO4A 5I3UA 2KZMA 1TVRA 3WNGA 3K58A 4CFAA 1X9SA 3DLRA 3SJJA 4CHNA 4OLBA 2PYJA 1I39A 1JXEA 3NF6A 4N56A 5K14A 4DTMA 2D0CA 3AVGA 3C94A 3ZSQA 1HYVA 4FLZA 1T8EA 1SL2A 5EU7A 3OY9A 5SZTA 5HRNA 3LZIA 3QIOA 4B8AB 1QSSA 4M3UA 1D9DA 3BGRA 4FJXA 1S1XA 3V1RA 4AHUA 4FM1A 1CXQA 4CEDA 1TKZA 4FJ5A 2HHVA 5E41A 4YNQA 2KFNA 2G8UA 4KB0A 3TR8A 5HRSA 1NKEA 5C42A 4LH4A 3LAMA 1UA1A 3ASMA 4M3RA 3VQDA 3NH2A 4CHZA 3NH1A 3V9UA 5CZ1A 1L3UA 4OJRA 3AVKA 4ID1A 3VQ6A 2HVHA 3ULDA 3VA3A 4BWJA 1JXBA 3QEIA 1LWCA 5HLFA 2IGIA 3SQ1A 3BDPA 3HPGA 4CJLA 2YKMA 3ZSYA 3VQ8A 5FROA 3IS9A 4CJFA 3V9XA 1N5YA 1LAWA 3MAQA 3AVHA 3HM9A 1HPZA 4OGEA 3KK1A 2EX3A 2OPRA 3IG1A 4BDZA 2PY5A 2KZZA 1KLMA 3K5OA 4W5RA 3OVNA 3SV4A 3RWUA 3HSTB 4W5OA 1JLGA 4DQIA 3NGIA 1VSLA 4CEAA 3LPUA 1O1WA 4UQGA 4DLEA 1GOCA 4I9QA 4KPYA 4DQQA 1TK5A 3G0ZA 4DTOA 4DU1A 3AO1A 4NCAA 3CYMA 1NOZA 1TL1A 3SYZA 2E6MA 4CGHA 3SPYA 3T3FA 3NH0A 2FC0A 3SI6A 1C6VA 5CY4A 1JL2A 1RDCA 5JS2A 4E7KA 4AILC 1F21A 1S1UA 1RBVA 3C95A 1KVBA 3ZSVA 3O3HA 1WNSA 1S1VA 1MW7A 2G8IA 4FLWA 1U45A 4CEQA 1VSDA 4KHSA 3AVFA 4BACA 4PA1A 2HHXA 3CM5A 1HJRA 3V1OA 4JS5A 4IFVA 3IAYA 3C6UA 1NKCA 3ZT1A 2X74A 3OS0A 2XY5A 4Z4EA 3MEDA 1SUQA 4CHPA 2O4IA 3RTVA 3NBPA 4OKJA 2HB5A 1L3VA 3RRGA 2VG6A 3M8PA 3LALA 1C1AA 4CF9A 3NAEA 3T19A 1T05A 3KK3A 3DI6A 2IS3A 3L8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJIO 3G1MA 5KI6A 4C30A 1NM1A 1YITI 3M5RA 2Y9ZA 2GIVA 1QTMA 3M8SA 2HU9A 1XSDA 2F9TA 3AA5X 2PZSA 1LPQA 4FE4A 5CHIA 2EJRA 1IF1A 1EWRA 4HZFA 1S7OA 2O8EA 4NNJA 1CGPA 4RS8A 4FLUA 3E66A 4A6DA 5H6QA 2DA2A 1W5TA 3HSEA 4B8CA 4CUGA 1G3YA 1X19A 2OF7A 5FB2A 1ZLKA 3WXKA 4CCOA 1D8YA 1X3UA 3SFIA 4B8XA 1RBRA 1OCCH 5FJ8J 3PO2J 1Z6RA 1QHAA 4DS5A 2OTLI 2ZWHA 1GLJO 3RKWA 4B1XB 3E01A 2LF7A 1Z0XA 4CE9A 5CE3A 2Y1JA 1HQCA 3DLKA 1IW7F 2W24A 3MN6A 1RESA 4UUSA 5AQVA 3VEWA 3HUGA 4PFPA 3BJAA 5F04A 3V4GA 2RNJA 3QESA 3IMXA 4DR3K 4AUXA 2HYGD 2BVMA 4IPAA 3KP7A 2JRMA 1BIAA 2CGPA 5F1JA 3LDSA 3OYMA 1WAFA 3DLGA 4NXMK 3KEQA 1FEXA 1XB4A 5JFRA 3MECA 3KHYA 1JT6A 4KMUX 4O0JA 2GWRA 3CCQI 3LM2A 3GW2A 4CZHA 4UV9A 4Q48A 3M8QA 3TEDA 4XKVA 4O5BA 1RNHA 1Y97A 1YS7A 3CQ8A 4MQ9F 3KZBA 4HG2A 3W2WA 4WX9A 2O8DA 1X1PA 4FYDA 2ZBKA 3LP2A 2ZM6K 2JA5J 2JPBA 2KRFA 4M3GA 2C6YA 4BE1A 3ZETB 3A2KA 2HYJA 4A59A 3LA3A 3VSKA 4MFEA 4Z2YA 1HYSA 5AQZA 4Q4ZF 2K27A 4DFMA 5IPAA 3ENHA 5E18F 3OJSA 1MWMA 4BRKA 3HPHA 2P9SA 3EUKL 1S9GA 1IRFA 2D1KA 1U48A 5CVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2P4W A;  3OS0 A;  3MED A;  4CHP A;  2RKH A;  4BRL A;  3S32 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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