3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
2ATQA 1BGXT 3BDPA 4BDYA 2YHBA 4AHSA 3CFPA 5C24A 2R7YA 3AVJA 4YFUA 4KHSA 1VSEA 4JLHA 3V4IA 3HO1A 2HW3A 2XO7A 1T05A 2DTUA 1LW2A 2QK9A 3VQQA 4E0DA 3TI0A 4CFDA 1IG9A 3LP2A 3QEVA 3MEDA 4RG8A 4CJ3A 1QE1A 3OS2A 4L8RB 4C8LA 1RTIA 2HB5A 3T3FA 4CCHA 4FJMA 1JLEA 3JYTA 4DSIA 4CJEA 3NF7A 3O3FA 1X9WA 2IAJA 3L2UA 3C94A 1ASWA 3NFAA 4CEAA 4FJJA 4E7IA 3LPUA 4O0IA 4JS4A 2XY5A 2RKIA 3LALA 1NJWA 3NGYA 3F73A 1ITGA 1ZBLA 4CFBA 1RT1A 2DFHA 3LZJA 1L3TA 1JKHA 1I3AA 2A1RA 4B9LA 3HPGA 2WONA 4CEBA 3RMAA 5CZ2A 1WAJA 3DI6A 4DTMA 3AA3A 4Q5VA 2XY7A 3CFRA 2EX3A 3ZT4A 1LWEA 3HVRA 3C6UA 3IG1A 3KD5E 4WE1A 2VWKA 4AHRA 1HYVA 3V81A 1SL2A 1EP4A 3VQ9A 3OJSA 1NK8A 3ZSWA 3SUQA 4N56A 1HNIA 3KJVA 4KO0A 3O3HA 3VQ8A 2QKKA 1RDDA 5KTQA 1KCFA 1JLQA 3SQ0A 3PX4A 1VRUA 4FLWA 3K5LA 1KFDA 3KTQA 5K14A 1QSSA 2Y1IA 1RTDA 4PY5A 4PA1A 3NHGA 4EZ9A 3SPZA 4CHYA 4DSKA 2PZSA 3NAEA 2WOMA 3L3UA 1U48A 1KFSA 4C8NA 3H08A 3LP0A 3AA2A 1UOCA 4CF0A 3AO3A 4Z4CA 3TAEA 4AHTA 4KPYA 1RNHA 4CHQA 4DS5A 1NOYA 3SNNA 1BI4B 2Z1JA 3LP3A 1UWBA 4O44A 4IG3A 4CGHA 4DTSA 4DLEA 3DLBA 3OYEA 2B5JA 4Z4FA 5HP1A 1IO2A 4DU4A 3V1OA 1Y97A 3DRSA 4HUGA 3ZSRA 2PYJA 1XHXA 2D0BA 4C8MA 4DTRA 4W5RA 4JRPA 4CHOA 4E1MA 2E6MA 4BDPA 4Y1CA 3OJUA 1JXEA 4KHYA 1KVBA 3DOLA 1KLNA 1VSMA 2GV9A 4CEQA 4CHNA 3QEXA 4G1QA 3ZSVA 3MAQA 1EX4A 4B9NA 3SUOA 4Y1DA 3I0RA 3K2PA 2O4GA 3ULDA 4ELVA 2Z1HA 4KB1A 4FJXA 4ZTFA 4LY7A 4DSJA 3TABA 3C95A 1QSYA 3O4QA 1NJXA 4Z4IA 1IKVA 2HNYA 1B9FA 2FBVA 3S3NA 5JS1A 4M3ZA 1JXBA 1GOBA 3HJFA 1ASVA 1TL3A 2X78A 3DMJA 3OYLA 3HXMA 4I9LA 2YNIA 3KIOA 4OLBA 4DMNA 2BDPA 1BISA 3C6TA 5T7BA 4R5PA 3OY9A 4FLVA 1W0HA 4DTNA 3DLGA 2OYQA 3LWLA 1BL3A 1SKSA 3ZT2A 1L3VA 4LSLA 4Z4EA 4DSEA 4FJIA 1N6QA 3KLEA 2HNZA 4OKKA 1GOAA 4F4KA 4F2RA 3ITHA 4PUOA 3D45A 4QOZB 1HRHA 3LAMA 1LAVA 4NYNA 1KVAA 1NKBA 1UA0A 4N76A 2KZMA 4BE0A 3B6PA 3QERA 3NF9A 1SKWA 3VQDA 1QTMA 2G8UA 5I3UA 1S6QA 3NH0A 3TAFA 1L3SA 1CZ9A 2G8WA 4N47A 1KVCA 3K5MA 4JRQA 4BDZA 2X6SA 1C6VA 3NF6A 4CK1A 3RMDA 1D5AA 3S3MA 1U04A 1NJZA 1T03A 1A5WA 2JGUA 1ZYQA 4B9TA 3IRXA 3KK2A 4OKEA 3PO5A 3CQ8A 4ELUA 4CIGA 3VQ6A 4CJSA 4DFPA 3HVTA 1NK9A 4ZTJA 1NKCA 1REVA 4K8ZA 1RT5A 1A5XA 3AO4A 3D0PA 4FJ9A 3L2WA 1ZBFA 1VSDA 2XY8A 3AVLA 3DRRA 4M3TA 1RT4A 1HJRA 4FM2A 4UQGA 3VQ7A 4CECA 3DOKA 2NUBA 4B9SA 4DSLA 4FJ8A 1BQNA 4O0JA 4FVMA 1RBSA 3AV9A 1QHTA 4IFVA 4FLTA 1TKDA 2IDOA 1Q8IA 4CJLA 2B6AA 2YV0X 1TK0A 1VSKA 3U3YA 1NJYA 1SL0A 3DLHA 4I9QA 3ZSYA 2BGGA 2F96A 4RW4A 5KI6A 2ETJA 1B92A 1RBTA 3QIOA 3WNEA 4OPKA 4FZXC 2QKBA 2IC3A 3EZ5A 3AVGA 4IFYA 1I39A 3AVKA 3DLRA 4HHTA 1RILA 4FW2A 4FLUA 2OA8A 3RR8A 3B6OA 4DG1A 1UAXA 3MXMA 1Q9XA 1WJFA 5HRNA 4M3XA 4RW6A 4CIEA 1ASUA 5HRSA 4LD0A 2Y1JA 4CF1A 2HHWA 1EXQA 4MQ3A 3M8PA 1G15A 3KLHA 4E7JA 4E7KA 2Z1IA 4EP5A 3SUPA 2HVIA 3TAGA 4M42A 3OYAA 4CEZA 3HT3A 4FJLA 4FZZA 4DU3A 3A2FA 3PV8A 1WLJA 5EU7A 2YHAA 5HRRA 3SCXA 3HP9A 4PQUA 3HSTB 3RRHA 5FRNA 3NGIA 3L8BA 1KONA 3NCIA 3QNOA 4N41A 3OS1A 4FXDA 2OPPA 2RF2A 4FYDA 1LWCA 3DRPA 1JLFA 3RTVA 3SQ2A 3P1GA 4C8KA 4OLAA 3T1AA 1HYSA 3SYZA 4KRFA 3TARA 1J53A 1R0AA 1U4BA 1VSLA 3SPYA 4J2BA 2G8HA 2HHQA 2BANA 4GVMA 1WNSA 3CFOA 4CF2A 1WJAA 3QEWA 4CEEA 3OVNA 5HLFA 3NGZA 4B9UA 1YT3A 3FFIA 3KLGA 3SI6A 1J9AA 4F8RA 4HCBA 4FLZA 3U6FA 4B3OA 2HHSA 5SZTA 1IKXA 4ID5A 4KTQA 2KQ2A 1IH7A 3ZT1A 1BHLA 2BE2A 1S6PA 3DLEA 3L2VA 1TK8A 3IAYA 3KD1E 4FJ7A 4NCAA 3AO1A 3PUFA 1J54A 3AO5A 1TAQA 3HM9A 3U3GA 3K5NA 3MXIA 3MECA 1XC9A 1FK9A 3I0SA 3WNFA 3LWMA 4DTUA 5HROA 1TK5A 3UIQA 3VQ4A 3OYFA 5KGWA 4BE1A 3NBPA 5CYQA 4M41A 4HCCA 3M8SA 3ZT3A 1KTQA 3DYAA 3QIPA 4I2PA 1Z25A 1S9GA 4AHCA 3QESA 1XI1A 4CFAA 1NK7A 5J2NA 2I5JA 1RBUA 2YKMA 5JS2A 1RT7A 1WN7A 2YNFA 1C1AA 1WSHA 3CYMA 1VSJA 4CERA 2ZQBA 1D9FA 1LWFA 4OGEA 2P5OA 1QQCA 2GBZA 4DTXA 1RT6A 4E1NA 1FKPA 5J1EA 1S1UA 4CGDA 2D0CA 4RW8A 3L2QA 1B9DA 4OPJA 3V9XA 4C8OA 4DLGA 1ZBUA 4RW9A 4CJUA 4CEOA 4FJ5A 1NK4A 1CZBA 3G0ZA 3S9HA 1JLGA 2DFFA 5FDLA 1L5UA 3RR7A 4BWMA 1NK5A 4Q0BA 2YKNA 1S1TA 1XWLA 3NDKA 4DFJA 1TL1A 3T19A 4MFBA 2HVHA 2XY6A 3M8QA 4O55A 4CEDA 4E89A 2KFZA 4DU1A 1HQUA 4FLXA 4HVJA 4CJ5A 1KSPA 1F21A 5E41A 5HBMA 1HYZA 5CY4A 3AVHA 5KRTA 2KFNA 4QCLA 4B8AB 3DM2A 2VG7A 1JLCA 4AH9A 4CIFA 2G8IA 4EZ6A 2IGIA 4FW1A 4NYFA 3VQ5A 1FKOA 3JSMA 2F8SA 1J5OA 4QAGA 3SQ1A 2JLEA 2KW4A 4H4MA 1HQEA 4CJKA 2F8TA 1WSIA 3TANA 3AA4A 3LAKA 3ASMA 4KTWA 4LSNA 5KGXA 4ID1A 4CEFA 1EKEA 1KLMA 4XIUA 4W5OA 4E7LA 4DF8A 1LV5A 4AILC 3MEEA 3O4NA 4DQRA 4KHUA 1TKTA 3V9WA 4DFMA 1S1XA 1RT3A 4YNQA 3QNNA 3ZSOA 4BACA 2LSNA 3PO4A 3PY8A 3MEGA 3KKSA 4NCGA 4E3SA 4CJPA 4FK2A 3K5OA 4KB0A 4KHWA 4DS4A 3V1RA 1RDCA 1C1CA 4IG0A 1YVUA 3AVMA 3EYZA 3ZSZA 4M3YA 2VWJA 1X1PA 1JLAA 1C1BA 3TAQA 4F3TA 1KRPA 3M8RA 4GW6A 1CLQA 1JLBA 3K58A 1K6YA 4DQQA 2ITGA 4OKJA 3NH1A 1RTHA 1VSFA 4DTOA 2FC0A 2Q3SA 1C0TA 2RN2A 4TSXA 1VK0A 5CYMA 3TR8A 4CJFA 3K57A 4F3OA 3KLIA 4IKFA 4ZHRA 4DSFA 2VG6A 4IDKA 1QS4A 3OYHA 4Z4GA 1BI4A 4DWIA 1T8EA 1MU2A 1X9SA 4JS5A 1BIUA 3ZSQA 3QEPA 2DFEA 5C25A 5J2QA 1SKRA 2QXFA 1N5YA 1IKYA 2E4LA 5D3GA 4DF4A 2G8FA 4FM0A 1WJBA 1TVRA 4B08A 3V9ZA 4DQPA 3OS0A 2P5GA 1TKXA 3OYGA 2W42A 4AHVA 1WJCA 3F9KA 4FCYA 1TAUA 5DK5A 2YNGA 2P1JA 3LZIA 4FLYA 4KAZA 1TV6A 4DFKA 3EY1A 1C0MA 3HP6A 1LFPA 5J2PA 1DTQA 5C42A 4OVLA 3P83D 2X6NA 3WNHA 3AVCA 1UA1A 1RBVA 3TWHA 1RCHA 1MW7A 3HK2A 3SV3A 3HYFA 1XHZA 4OJRA 3OYIA 3SQ4A 1NOZA 4CJQA 4KFBA 4CJ4A 3OYBA 1D8YA 3O3GA 4KI4A 2XHBA 1VRTA 3ISNC 3L3VA 4KTZA 2XRIA 4J2DA 1NK6A 1VSIA 4KV8A 2HHUA 2DY4A 4CFCA 3HPOA 5I42A 3AVBA 3VQBA 3AA5X 4DTPA 1YTAA 3VN5A 2HNDA 1U45A 4CHZA 4J2EA 4J2AA 3THVA 2FBXA 4W5NA 4CHPA 4KI6A 4B8CA 1C0UA 4CJVA 3QO9A 1LW0A 2ZD1A 3AVIA 1CXUA 3PX6A 3SUNA 1WSGA 2OPRA 1JL2A 3AVAA 1WAFA 1Z26A 4KHNA 4B9VA 1TGOA 2FBTA 4BE2A 4Z0UA 3S3OA 1O1WA 4GMJB 4CJWA 3QETA 4F2SA 1ZBHA 4PWDA 3VA3A 3AVFA 1BQMA 3TAMA 3ZCMA 4HUFA 3OYKA 3G10A 4I7FA 3I8DA 4CGGA 3KKRA 3QLHA 5J2MA 4ELTA 4K8XA 4DQSA 4I2QA 1WSEA 4CGJA 2PY5A 4FJHA 2GUIA 1S1VA 5DMRA 1IKWA 3ZT0A 4HTUA 4FJKA 4KKOA 1WSJA 4W5QA 2A1SA 1Q9YA 3V9SA 3QINA 2FBYA 1NK0A 3P5JA 4B9MA 1YTUA 4M45A 2ZE2A 1X9MA 4E7HA 3AO2A 5SWMA 3NH2A 3VQCA 5FRMA 1DTTA 2D5RA 3SJJA 5CZ1A 5HRPA 1DLOA 3VA0A 3WNGA 1TKZA 1NKEA 3RMBA 4NCBA 2KTQA 1E0EA 2Z1GA 4H4OA 2RPIA 1S1WA 1U49A 4CE9A 4W5TA 1WJEA 3VQEA 3LPTA 3VQPA 4O4GA 3SZ2A 2G8KA 1BIZA 1RT2A 4CJTA 3RWUA 1HNVA 1S9EA 4E19A 2OZMA 2O4IA 3QEIA 4KREA 3V6DA 4FZYA 4CK2A 1HPZA 3MXJA 4ICLA 2KZZA 3OYJA 1CXQA 3RRGA 1RDAA 2PYLA 1ZBIA 2E6LA 4CGFA 4FJNA 2G8VA 3KK3A 4Z4HA 4OGCA 4CK3A 4M3UA 3SV4A 2HHTA 2X74A 5KRSA 4CF8A 4M3RA 4HUEA 1A5VA 2HHXA 3IS9A 1S5JA 3CM5A 3TAPA 2YNHA 2HMIA 3PX0A 3AVNA 1L3UA 1LAWA 3ALYA 3HL8A 1U47A 1SV5A 4DQIA 1WSFA 3LP1A 4CGIA 4KHQA 1T7PA 2D0AA 4F3QA 4M3WA 1RBRA 3BGRA 3VQAA 3NF8A 4EP4A 4DTJA 1RTJA 3OYCA 4LH5A 2OPQA 1HMVA 1SUQA 1BCMA 4AHUA 3NE6A 1SL1A 3RMCA 3E01A 4RW7A 4H8KA 4CESA 5FROA 1EETA 1W9HA 1GOCA 2B4JA 3OYDA 4FM1A 3CM6A 3LDSA 3OYMA 3CG7A 1QSLA 1VSHA 4FK0A 4IBNA 3L2RA 1JL1A 3KLFA 2IOCA 1WJDA 2VG5A 4CF9A 3OYNA 3KK1A 2OPSA 3LANA 2AJQA 4FK4A 2EHGA 1BCOA 3K59A 2OZSA 4LH4A 1RDBA 2P51A 4BWJA 1D9DA 3V9UA 2HHVA 4N5SA 1FXXA 4CJRA 4FJGA 3ZSXA 3HPHA 4O5BA 3V1QA 3DLKA 2IS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UHMA 4YFKF 3HRGA 4Y0WA 1JGGA 4B48A 3D0SA 4B3XA 4RG8A 4GY2B 3JYTA 3EN9A 1ZQ3P 1ASWA 3KZYA 3RZOJ 1R1TA 5KQ8A 2V9KA 3DLAA 2P6SA 5FLXK 4M9ZA 3SYTA 3C2BA 3KFWX 1IG7A 1VRUA 4XKVA 2WB1N 1PYVA 4HX8A 2Y1IA 3K4NA 4PY5A 4DB3A 1DGRM 3IFRA 3LP0A 2EFQA 3TAEA 3FHNA 1RNHA 4EAHD 4B1RA 2A5WA 4HW0A 3O9QA 1G59A 2NRZA 3FXQA 1VQ4N 5TISC 4W5RA 5E84A 4YEJA 4YY3K 1YJWI 1PUEE 3O3KA 3BY5A 2FRHA 4DSJA 1YITN 1HLUA 3PQKA 3HXMA 4I9LA 4YELA 5M5WJ 4A6EA 2A5YB 3CLQA 3ZT2A 1GV5A 3IP4B 3S17J 2JVHA 1F4KA 1P4AA 3M1FA 1E3MA 4DR2K 2VBWA 3H6EA 2HPMA 5LRSA 3GWZA 1V4RA 3K5MA 5GAEP 1C6VA 3K1NA 4JX5A 4U0WA 4JKDA 4EHTA 4YOVA 1LFUP 1UHWA 2PQ8A 1REVA 4MO4A 3BZ6A 2K9LA 3CCUN 4XH5A 3HHHA 4FVMA 4IRHA 3ZSYA 1T3VA 4RLQA 2QA4I 2CH6A 4FLUA 2KRHA 2QTDA 3LOCA 4XMYA 1USTA 3WE3A 2KZGA 2IGOA 3L8BA 3SK3A 5DUIA 3C18A 3TARA 4FWOA 2V7YA 1MSEC 4B3OA 3RPUA 2FQ4A 1TZLA 1JT6A 1IZ1A 1CGPA 2P9PB 3M8SA 3E5UA 3CCYA 1FBSA 2LR8A 2I5JA 1NGAA 4BRIA 3FXMA 1MZBA 4CGDA 4K0KK 3CUQA 2DFFA 1KAYA 3GTLJ 2NRXA 2OBPA 4WF2A 2L01A 2LY1A 2IGIA 3VQ5A 1WSUA 1VQNN 1NG9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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