3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
3RRHA 4DLEA 1SL1A 3OYLA 3CM6A 1WNSA 3A2FA 3TAMA 1T8EA 1L3UA 5HP1A 3VQBA 3V1OA 2P51A 3TI0A 3THVA 4DQPA 1EETA 1RTJA 3F73A 2HVIA 4Z4HA 3V9SA 4E3SA 4Z4EA 1GOCA 4ZTJA 3VQ5A 2HMIA 4BE1A 4CEFA 3S9HA 4I7FA 4CESA 4Q0BA 1HYZA 4CEZA 2VWJA 3NF8A 4H4MA 3CFPA 5J2NA 1FKPA 1T03A 5JS2A 3CFOA 1IKVA 4EZ9A 2PYJA 1SKSA 2ZD1A 2X6SA 2ZE2A 3PO4A 4KFBA 4CECA 2JGUA 3OYCA 3TAQA 1KCFA 4DFPA 1CXUA 1QHTA 2YNGA 3ITHA 4FM0A 3M8PA 4DF4A 3OYDA 3SUPA 4FZXC 5KRSA 4DFJA 1WAJA 3RRGA 3V9XA 3KLEA 1JLBA 3QINA 4B08A 3TABA 1NK5A 2FBVA 1BIUA 1VSFA 2P5OA 3L3VA 2HHQA 1LW0A 3QEIA 2G8WA 4IFYA 5CZ2A 2O4IA 2OPPA 4ID5A 4AH9A 1ZBHA 3OJSA 1A5XA 3HXMA 2HVHA 4DQSA 3OYAA 1VSJA 4HUFA 1WJDA 3TWHA 2YHBA 2YNHA 2ZQBA 2EHGA 1X9SA 2G8UA 4HCBA 1RBVA 3SUOA 2BGGA 3ZSYA 4ZTFA 1ZBIA 1IKXA 1RDCA 3PY8A 4KHWA 3V9ZA 4RW8A 4KHQA 4Z4GA 3LP0A 1BISA 4WE1A 5T7BA 3QETA 4DTPA 4C8LA 3MEDA 3UIQA 1ZBFA 3SYZA 5CZ1A 3PX4A 2Z1GA 3VQEA 3O3FA 4BDYA 3LPUA 1JLQA 1RTIA 3OYEA 3SPZA 5KTQA 1C0TA 3VA3A 5EU7A 1SKRA 1VSEA 3SQ1A 4K8XA 3KK1A 4DU1A 4BE0A 1BI4A 1JL2A 4IDKA 1TK0A 4R5PA 4KREA 2Z1JA 3VQ4A 1TL3A 4B9TA 2I5JA 4CF1A 1NKCA 4CJ3A 4M3XA 1IO2A 3KK2A 4BACA 1IKYA 1RNHA 2XY8A 4LH5A 3V6DA 1G15A 3ISNC 4EP5A 4DG1A 3LP1A 4F4KA 2YNIA 4N5SA 2X6NA 3P1GA 5SWMA 4DTOA 4CEQA 4CJPA 1TKXA 2G8KA 4KI6A 2HHTA 4JS4A 3D0PA 3ZSZA 1J53A 1VSHA 3QNNA 3AO3A 1EKEA 3FFIA 3T1AA 3NBPA 1KONA 1JKHA 3AO4A 3O3HA 2G8HA 1KRPA 4LD0A 2B4JA 2ITGA 1Y97A 3HPGA 3KLIA 1C0UA 1X1PA 2D0BA 3DLKA 3SUQA 3L2QA 4BE2A 3OS0A 1DTTA 4CF8A 4O55A 4OPKA 3L8BA 3PV8A 1JLCA 3DLEA 4FK2A 2Z1IA 3SI6A 4Y1DA 3MEEA 4E7JA 3AA2A 4DTJA 4B9MA 4FXDA 4QOZB 2HNYA 1NOYA 1VSKA 3HYFA 3LZJA 4FJKA 4FZZA 2QKBA 2XY7A 1TKZA 4OJRA 4FJ5A 4BDPA 3OVNA 4HTUA 4FJ8A 4O5BA 3NHGA 4Q5VA 3LZIA 3MECA 4W5QA 3HPHA 4KKOA 4F3QA 1Z26A 2G8FA 3WNEA 1N6QA 4J2AA 4O4GA 3V9WA 2Z1HA 2F96A 1RTDA 3L3UA 3EY1A 4E1NA 1WJEA 3OYFA 4NCGA 1NOZA 5J2PA 2HHUA 1VK0A 4JRPA 4I9LA 4AHTA 4HHTA 2D0AA 3VQQA 1S1VA 1HJRA 2ETJA 2RF2A 4K8ZA 3C6TA 1TV6A 4CJTA 2O4GA 1GOAA 4DS5A 4NCBA 4CFDA 3KLFA 4KB0A 3QEPA 1KSPA 1VSMA 3HK2A 2GBZA 1S9EA 4CGIA 3K59A 4KHNA 3OYKA 3NDKA 4B9UA 1B9FA 1NJWA 1C0MA 1RT6A 1LAVA 3WNHA 1T05A 1RBRA 3ASMA 1FK9A 4B8AB 4O0IA 3ZT1A 3TANA 3EYZA 4DTNA 1NKBA 4M3UA 2Y1JA 3QNOA 1RCHA 1NK0A 1U4BA 4W5NA 1W9HA 4CF0A 4QAGA 3KK3A 1TAUA 1HRHA 4PUOA 1UOCA 4RW4A 5CYMA 3PX6A 1WSGA 4LY7A 4CK3A 4M3YA 4CJSA 4FLVA 4FM2A 4BWJA 2XHBA 2D0CA 1C1BA 3IAYA 4W5OA 5C24A 3O3GA 5J1EA 1NJZA 2PZSA 1WSHA 4W5RA 2HW3A 3MXJA 1X9MA 3NH1A 1HNVA 1W0HA 1WSEA 2OPSA 4B9LA 3AVBA 3HL8A 5HBMA 4CGDA 4FM1A 1TL1A 4IKFA 1IG9A 4F3TA 1VSIA 1UWBA 1EX4A 4M42A 2FBTA 4C8NA 4CIFA 4Z4IA 4EP4A 1I3AA 4E7IA 1KFSA 1YVUA 3LP2A 4HUEA 4RG8A 3DYAA 4B9VA 3KD5E 3IS9A 1MW7A 4DTRA 4CFBA 1HYVA 4OGEA 3CQ8A 1BGXT 4IG0A 4IBNA 4O44A 3BDPA 1LFPA 1I39A 1HPZA 4Z0UA 3VQ6A 3ZT0A 4OLAA 3AO1A 4N47A 1BIZA 2DFEA 4FJMA 3TAFA 4DQIA 4FZYA 1JXBA 2IGIA 4CEBA 1ITGA 2HNDA 2WOMA 2X78A 3IRXA 4DTUA 4C8MA 4KHSA 4GMJB 3ZSQA 1BL3A 1D8YA 3ZCMA 1WAFA 4M3WA 3C94A 4CJQA 1BQMA 2Q3SA 2HHVA 3QERA 1GOBA 1S9GA 1SV5A 4M3RA 2VWKA 2HNZA 4MFBA 3SNNA 4CERA 3RMCA 4DTSA 5DK5A 4KRFA 4CJ5A 3T3FA 1XI1A 3VQ8A 4DMNA 3HJFA 1EP4A 2GUIA 3AA4A 4UQGA 3G10A 1RT1A 4L8RB 2G8IA 4C8OA 1C6VA 3SJJA 1KLMA 3DOLA 4F3OA 2IDOA 5KGWA 2R7YA 2DY4A 4OKJA 2A1RA 4Z4CA 4FJNA 3HP6A 4KO0A 2GV9A 2WONA 4KV8A 1U47A 4RW6A 4ELTA 2DTUA 4CHNA 3OYJA 2B5JA 3H08A 1Q9YA 5HRRA 3OYHA 1TK5A 3WNGA 1QS4A 3I8DA 3SV4A 4FW2A 3LP3A 4DSEA 1IH7A 2IOCA 2OYQA 1CLQA 4I2PA 3SUNA 2P5GA 5KGXA 3QO9A 3PX0A 3V1RA 4ZHRA 4B3OA 1J54A 2P1JA 3K5LA 2VG5A 4I2QA 4CIEA 1LAWA 5KRTA 3AVFA 1ZBUA 3B6OA 4LSNA 3VQCA 4CHZA 4N56A 5J2QA 3QEVA 1HMVA 3KJVA 4PWDA 1RT5A 4MQ3A 1A5WA 4QCLA 1D5AA 1FXXA 1RT3A 1VSDA 3P83D 2BANA 3RWUA 3QEXA 1QSYA 2VG6A 4ELVA 4CHPA 3DM2A 3TAEA 4FK0A 4FLTA 5JS1A 5CYQA 3AA3A 3P5JA 4M41A 4O0JA 3NH2A 1Z25A 2YV0X 1WSFA 3I0SA 4DSLA 4HCCA 4DSKA 4DU3A 4OLBA 5FRNA 3G0ZA 3DOKA 1TKDA 1D9DA 2G8VA 1KFDA 1S1WA 1RTHA 4N41A 3L2WA 3NF9A 3L2VA 3ZSWA 3QEWA 2HHWA 3DI6A 2A1SA 3AVNA 4RW9A 4CGHA 2DFFA 1SKWA 3AVHA 2OZSA 2YNFA 2OPRA 3KLGA 4N76A 1RBUA 4LH4A 4E7LA 4B8CA 1NK4A 4F2SA 4CHYA 3M8RA 3AVMA 3F9KA 3O4NA 3KLHA 1J5OA 4FYDA 4E1MA 1U49A 1RBTA 1MU2A 1ASVA 1KVCA 3C95A 4YFUA 3LWLA 3VQPA 3RMDA 3DLHA 1S5JA 1S6QA 4CJUA 3VQAA 4G1QA 4FLUA 3RR7A 1WSJA 1Q9XA 4J2BA 4CEDA 3ZSXA 1U48A 2KFZA 1DTQA 1YTAA 5HRPA 4FK4A 2IS3A 3JYTA 4CJFA 4DLGA 4DWIA 1B92A 2E6LA 1LW2A 2YHAA 4FLWA 1ASWA 2RKIA 3DRSA 3K58A 1NJXA 4FJHA 4J2EA 2HHSA 2KFNA 4KPYA 2FC0A 4C8KA 4KHYA 4JLHA 1S1TA 1HNIA 1Q8IA 1S1XA 3HSTB 3O4QA 3RMAA 3U3YA 1VSLA 1RDAA 1XHXA 2FBYA 3PUFA 3V1QA 3OY9A 3MXIA 3E01A 1NK8A 3LWMA 4Z4FA 1JXEA 2OA8A 2EX3A 4HUGA 4CJEA 4CJLA 3NAEA 3DRRA 1L3SA 3SQ4A 4FW1A 4GVMA 4CEAA 4CFAA 4JS5A 1X9WA 3KTQA 1RILA 2IAJA 4M3ZA 5SZTA 4M3TA 3SQ0A 3AVCA 2PY5A 1BCMA 1J9AA 2JLEA 5E41A 1L3VA 1QSLA 1WN7A 1CZBA 1O1WA 3B6PA 1KVAA 3HVTA 3NGYA 1L5UA 2QKKA 1LWCA 2FBXA 4E7HA 4DSJA 4CHQA 4FJ9A 4CGGA 1REVA 1SUQA 3NE6A 3ZSRA 1T7PA 4FJGA 1BHLA 4NYNA 4FVMA 2DFHA 4CJKA 3NH0A 3TR8A 3VA0A 1QSSA 3LAKA 4EZ6A 4KHUA 1QE1A 4H4OA 1XWLA 3K57A 4B9NA 4ELUA 4FJLA 3V9UA 1TKTA 3KKRA 3AVKA 2XY5A 1NK6A 1IKWA 4E89A 1QTMA 1KLNA 2KZZA 3OYIA 1B9DA 3AV9A 5I3UA 5I42A 4RW7A 2XO7A 4OPJA 1RT2A 1LWFA 2QXFA 4B9SA 4I9QA 3KKSA 3HT3A 1RT7A 1WLJA 1U45A 1C1AA 3ZSVA 1F21A 3L2RA 4NCAA 4DSIA 1U04A 4IFVA 3LAMA 4YNQA 4DSFA 2VG7A 3ALYA 3M8QA 3OS1A 3QLHA 3TAPA 4CCHA 3NFAA 3CYMA 4FJIA 3KIOA 1XHZA 1JL1A 3LANA 3C6UA 3S3MA 3KD1E 4FJJA 2X74A 4KTWA 4KTQA 1BI4B 3ZT4A 3K5NA 4CJRA 3HPOA 2KW4A 1E0EA 4DFKA 1JLFA 1NK7A 1ZBLA 1CZ9A 2Y1IA 1HQUA 3VQDA 1C1CA 4ID1A 4DQRA 4DF8A 4F2RA 4W5TA 3QIPA 3SPYA 5HROA 1BCOA 1EXQA 3ULDA 4DU4A 4CJWA 4CGFA 4CF2A 1LV5A 4CEEA 4IG3A 4PA1A 3OYMA 4OGCA 3MAQA 3LDSA 1XC9A 1SL2A 1NJYA 1YTUA 3AVAA 1A5VA 3HP9A 3V81A 2OZMA 3EZ5A 1TGOA 2OPQA 1TK8A 4CK2A 4AHCA 4FLZA 4F8RA 3D45A 4KAZA 5FDLA 3ZT3A 3CG7A 3SZ2A 1QQCA 4DQQA 4DTXA 4ICLA 4AHSA 3OJUA 1R0AA 3NF7A 4OVLA 2RN2A 3AVGA 3ZT2A 1BQNA 3VQ7A 1FKOA 4KTZA 4OKKA 4CF9A 3PO5A 2KTQA 1VRUA 3WNFA 5K14A 4CEOA 3DRPA 2BDPA 1UAXA 4CE9A 4J2DA 4CIGA 4E19A 4DS4A 3OYBA 4FCYA 3CFRA 4KB1A 2XY6A 4JRQA 2RPIA 3M8SA 5HLFA 2ATQA 1NKEA 4OKEA 3BGRA 4CJ4A 2E4LA 1RBSA 5J2MA 4FLXA 4CGJA 3JSMA 3MEGA 2F8SA 4E0DA 4CFCA 5HRSA 3HM9A 4TSXA 4HVJA 3AVIA 1WJCA 4CK1A 3OYGA 3U6FA 3LALA 1KTQA 4AHRA 1WJAA 3I0RA 1RDDA 3IG1A 1S6PA 1TVRA 2AJQA 1LWEA 1JLAA 4BDZA 2BE2A 1DLOA 1NK9A 5FRMA 1JLGA 1S1UA 2KQ2A 3AVLA 2PYLA 3T19A 1D9FA 5KI6A 1UA0A 1JLEA 4FJXA 3VQ9A 2B6AA 3ZSOA 1HYSA 3RR8A 1L3TA 4AHVA 4Y1CA 3S3OA 4E7KA 3MXMA 4KI4A 1VRTA 4PY5A 1KVBA 5HRNA 3VN5A 3NCIA 4AILC 2F8TA 1RDBA 2XRIA 2YKMA 3RMBA 3V4IA 3LPTA 3HO1A 2HHXA 5CY4A 4DFMA 4BWMA 4PQUA 4NYFA 1WSIA 3S3NA 5FROA 1WJFA 2E6MA 3SCXA 4FJ7A 3NGZA 5C42A 1TAQA 1ASUA 3RTVA 2KZMA 3SQ2A 2HB5A 2QK9A 3TARA 3NF6A 1SL0A 2YKNA 5C25A 1CXQA 1K6YA 1RT4A 3QESA 4CHOA 3OYNA 4GW6A 4CJVA 2W42A 4H8KA 5D3GA 4FLYA 3K5MA 5DMRA 2IC3A 3AO5A 4AHUA 4M45A 3AVJA 2LSNA 3AO2A 3L2UA 3CM5A 3SV3A 3AA5X 1UA1A 3K2PA 1HQEA 3DLRA 4XIUA 3DLGA 3OS2A 3HVRA 1N5YA 2D5RA 3NGIA 1WJBA 3DMJA 3QIOA 1ZYQA 4DTMA 1YT3A 4LSLA 3TAGA 3DLBA 3U3GA 3K5OA 2NUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QTRA 4ZYEA 2XAUA 3E5XA 2P51A 3THVA 1YITI 3F73A 3IWFA 3NF8A 2KP6A 3G71N 3DEEA 4KITB 1BI2A 4XLHA 3OYCA 2YNGA 4BRIA 2X6WA 3U8XA 3AARA 2Y31A 1WAJA 4FHTA 4XBFA 3IH3A 4U7DA 5C2FA 3HRSA 1YI2I 1VSJA 3GLXA 2EHGA 4WK8F 3CJ9A 4Q4ZF 4DTPA 1X3WB 5CZ1A 3PX4A 2Z1GA 4IJNA 3K9KA 4EV0A 3VA3A 1OPCA 1R5GA 2ADUA 4IDKA 4RDUA 4B9TA 4J8FA 4JKBA 3VF2A 4XRFA 3BLYA 1IRGA 4PGGA 4IO8A 2QWOA 1G3YA 2LSOA 1VSHA 1FPQA 3R0AA 5EOYA 2G8HA 1T56A 4C2TA 3OL3A 3CJAA 3K2ZA 3PV8A 1JKQC 2M4KA 5BPDA 4PSWA 3HOTA 3TSQA 2DMQA 4FZZA 4PJ0C 4FWNA 4IZ9A 4HF1A 3AG3H 2LNBA 2DPNA 2JT1A 1NOZA 4RM3A 5AQIA 2EFPA 4AHTA 3L9FA 2ISZA 1LE8B 2RF2A 4CFDA 1X1DA 3QEPA 5IOZA 1BR4A 3B6CA 3L1PA 1T05A 3WQTA 2VGMA 1IDYA 3BPVA 2O8BA 3KK3A 4YIIA 4PUOA 4NXMK 2HYFA 4Y0WA 1I50J 1NJZA 2XRLA 5HLHA 4G9ZA 2XKOA 2X4HA 2X6OA 1HUXA 3BT9A 3FXRA 2VUMJ 3JAMK 2XAJA 1YAGA 1I1SA 2ZF5O 2CO5A 4Z0UA 2DA1A 2DTZA 5F0FA 1J5EK 4C8MA 1U3EM 2X9DA 3ZCMA 4FPAA 1GOBA 1SV5A 4IWVA 3MD2A 4CJ5A 4D9JA 2VYPA 4F3OA 2WY7Q 5F0CA 1K4SA 4MTDA 3HTSB 1R71A 2QWWA 3WNGA 3LP3A 2F4OB 3VOVA 4BRGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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