3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
2HHTA 3WNGA 1TL3A 3V9ZA 4FZYA 3VN5A 3OYDA 3HM9A 1BI4A 1X9SA 3ZSRA 2OPSA 1QTMA 4F3QA 1TGOA 2ATQA 2RPIA 5CYQA 4DF4A 1SKSA 3OYCA 4FJ5A 4OKJA 1YTUA 4WE1A 1JLBA 4FLTA 2KQ2A 1J53A 3TI0A 1NKCA 3TABA 3ASMA 1JLAA 3NAEA 3C6TA 3KJVA 4CEDA 1U49A 3T19A 4DWIA 3U6FA 4J2EA 3QIOA 4H4OA 4KHYA 3AO3A 1KVAA 3QLHA 3K2PA 1QSYA 4BDPA 2HVHA 3HXMA 2OPQA 2YHBA 5J2NA 4AHVA 1TAQA 2YKMA 3M8PA 4KTZA 2PYLA 5D3GA 3OS1A 3TAGA 1NK0A 3SQ0A 4KB1A 3B6PA 1YVUA 2KFNA 5HRRA 3RRHA 1D5AA 3LWLA 2GV9A 1BISA 1IKWA 4HTUA 4YFUA 2O4GA 4BACA 4M41A 3CFOA 4Q0BA 4CGGA 4DLGA 3AVCA 1I39A 1S5JA 4W5QA 4DTJA 3M8RA 2XRIA 3OYJA 1NJWA 4Z4GA 3U3GA 3F73A 4Z0UA 1WSEA 3SUOA 4LSLA 1NKEA 3ZT1A 1RTHA 4Z4CA 2KZMA 4IG0A 2B6AA 1J54A 1NJXA 1G15A 4CCHA 4FK0A 2HVIA 4FLUA 4FJJA 3O3GA 1Y97A 2F96A 3VQ4A 3HSTB 1UAXA 4H4MA 5SZTA 3LAMA 4I2QA 3KD5E 4N41A 1LWCA 3K5OA 3KLFA 2FBTA 3VA0A 3VQPA 1U47A 1KTQA 3L3VA 4Q5VA 3NBPA 1TK8A 3F9KA 3CFPA 1RT3A 1C1BA 1WSFA 4CF1A 4QCLA 1S1VA 4DTSA 2FBXA 3DRPA 4B9LA 4B08A 4EZ6A 1YTAA 1FKOA 1KVBA 3AVNA 4LSNA 3QNOA 4ELVA 3RWUA 3ZSVA 4CJEA 4CHNA 5I42A 1LWEA 1RILA 2VG7A 4CJSA 1VSHA 5CY4A 2NUBA 4PWDA 1HPZA 2XY8A 4CJ4A 5C25A 1TK0A 2PYJA 4DSKA 1WJDA 2B5JA 3UIQA 3V9XA 4FK2A 3ULDA 4PUOA 4O44A 4ELUA 4RW4A 3AO4A 3NF8A 1TK5A 3SUPA 2IAJA 1LW2A 2QKKA 4FLVA 3RR8A 1DTQA 1ASWA 4CHZA 5HRPA 1IO2A 1BHLA 2YNIA 3TR8A 3G10A 2O4IA 4ELTA 2HHUA 4JRPA 4PA1A 1W0HA 3K5LA 3NF7A 3P5JA 4N5SA 2HHXA 4ID1A 4Z4HA 4AHRA 2W42A 1T05A 1ITGA 1HNVA 4I7FA 4W5OA 2G8HA 3RRGA 3EZ5A 3OYBA 3HPHA 4CF9A 3ZT4A 4PY5A 4FLZA 5EU7A 2QK9A 1HRHA 1Z26A 1KLMA 4FW1A 4I9QA 1S9EA 3AA5X 4CIEA 4CEQA 2HMIA 1E0EA 3DRSA 4FW2A 1RDAA 4CJFA 4E19A 1VSKA 2FBYA 3V4IA 4DQPA 4DQIA 1S1TA 2DY4A 1KONA 3H08A 1NK8A 2YNHA 4L8RB 3LAKA 1TVRA 2HB5A 3QEIA 2X74A 1BQMA 3I0RA 2IOCA 3CM5A 3CQ8A 1U45A 4FJ9A 1RDCA 4FJXA 1WSIA 4OVLA 2XY5A 4HCBA 1FXXA 3G0ZA 4CGDA 3OYIA 4JLHA 4E7IA 3PX4A 4FCYA 3SPZA 3WNFA 1D9DA 1WJFA 3AO2A 1JLQA 4CIGA 1CXUA 4Y1DA 1ZBUA 4FLXA 1RT1A 3AV9A 4E7HA 3LP1A 1VRTA 1EETA 3DLGA 3RMCA 1VSFA 4Y1CA 1X9MA 2HHVA 1RT6A 5E41A 4HUGA 2JLEA 3O4QA 4F4KA 2WONA 4LH5A 1GOCA 1NK6A 4NCBA 2HNDA 4CJLA 3SZ2A 3SNNA 3OS0A 4EZ9A 3AVMA 4RW9A 2X6SA 3CFRA 1BL3A 1QSSA 4KHWA 4DG1A 2HHQA 3HPGA 3SCXA 4KI4A 2Z1GA 1NK7A 1QQCA 4KTWA 4Z4FA 3KLIA 3NH2A 3SQ1A 5CZ1A 4FK4A 4OLBA 3EYZA 4CEBA 1Z25A 3OYKA 2XHBA 4OKEA 1NJZA 3AVHA 3LP2A 2VWKA 4W5TA 4OGCA 3ISNC 4FM1A 4CEEA 4CJUA 4C8KA 5SWMA 1VK0A 1ZBHA 4N56A 4DQSA 2OPRA 3MEDA 4O5BA 2F8SA 1HYVA 3HP9A 3CM6A 4DQQA 4CJKA 4FLYA 4O0IA 5KTQA 3OYLA 4CGFA 3QEPA 3O4NA 4DU4A 4IDKA 4FJ7A 3NF9A 2RKIA 1WJAA 4CHYA 1L3TA 3HVTA 1HJRA 3OYHA 1S6PA 4CIFA 2BDPA 1RTJA 4JS5A 3DOKA 1MW7A 1WAFA 2DFFA 3VQ7A 3V9UA 4F3OA 2G8IA 1D8YA 1WAJA 4FZZA 2A1RA 1NJYA 1ZBFA 2Z1JA 5KGWA 4RW6A 3K58A 3PO4A 3K5MA 4F2SA 1RBTA 3TAQA 1BGXT 4KTQA 4M3TA 1BIUA 4EP4A 4ZTJA 3OJSA 5FDLA 2AJQA 1A5WA 1C1CA 3VA3A 5C24A 4BWJA 3KLHA 1QS4A 4AILC 3KK1A 1T8EA 1J5OA 2QXFA 4H8KA 3ZSZA 3LP0A 2KFZA 4I2PA 2BANA 3KK2A 3ZSOA 3DLBA 3AVJA 5J2MA 1DTTA 4RG8A 4CEZA 3K5NA 1KSPA 4FJ8A 1NOZA 2BE2A 2HNZA 4KHUA 3M8QA 2IC3A 3AVLA 5HRSA 4FZXC 3HL8A 3VQDA 4DFMA 1SKRA 4CFBA 1U48A 1SL0A 3NH1A 4KHSA 3HYFA 1IKVA 1VSMA 2I5JA 3AA3A 4OJRA 3PO5A 3DLKA 2Q3SA 3AA2A 2VWJA 1NK4A 4F3TA 1LAWA 3RMAA 1SUQA 2E6MA 1DLOA 4LY7A 5KRTA 4CERA 1ZBLA 1HQUA 4KAZA 1VSIA 1GOAA 3NCIA 4HHTA 4F8RA 5HBMA 4CJRA 4E7LA 1Q9XA 2D0BA 3TAMA 1JLCA 4KO0A 3C95A 1D9FA 2D0CA 4C8LA 3L8BA 3NF6A 1XI1A 3VQ5A 1T7PA 1S9GA 4M3YA 3ZSXA 1LFPA 3ZSQA 4FM2A 2VG5A 4LH4A 4B9VA 3TARA 4W5RA 4CEOA 3K57A 3T1AA 3S3OA 1WSJA 3DM2A 1EKEA 1S1XA 4DF8A 2Y1IA 1UA1A 3OY9A 3RR7A 2IDOA 4RW7A 3O3HA 1WJEA 1C0MA 3OJUA 4DSIA 4ID5A 4DSEA 1L5UA 1IKYA 3HT3A 1RBVA 4C8OA 3KKSA 3QESA 3LPTA 4F2RA 4FXDA 1A5VA 2LSNA 3OS2A 3LWMA 3S3NA 1KVCA 3BDPA 1YT3A 2KW4A 3VQ6A 4CK2A 3SI6A 4CK1A 3DLRA 1LAVA 1EX4A 1X9WA 5FROA 1WJBA 2E4LA 4MFBA 4CESA 4M45A 4CJQA 5T7BA 1C6VA 3I8DA 3TAPA 3NH0A 3QIPA 1L3UA 3DRRA 3S3MA 1RT4A 3BGRA 4CF0A 3HPOA 4CHOA 2R7YA 2X78A 3S9HA 3V9SA 2YKNA 3HK2A 4QAGA 2D0AA 2XY6A 3QNNA 1UA0A 4E89A 1VSLA 2P5OA 4IFYA 4OGEA 1WLJA 4ZTFA 1RT7A 2GBZA 3NDKA 3MECA 1NOYA 3JYTA 4DTPA 4DTMA 4K8XA 5JS1A 3KLEA 1KRPA 4CJPA 1GOBA 1JKHA 4DMNA 4XIUA 3QETA 1EP4A 4BE2A 3ZT0A 1REVA 3JSMA 4BDYA 2OA8A 4BE0A 4FJLA 4CF2A 1TKZA 4RW8A 4HVJA 4YNQA 4HUFA 3VQ9A 4HCCA 1RNHA 2G8WA 5CYMA 3QEVA 4CJTA 3SJJA 2G8UA 4DSLA 4JRQA 4DTNA 3QO9A 1MU2A 3KIOA 3AVIA 3PUFA 4IFVA 3RMBA 2ZD1A 4B9TA 4FJIA 3HJFA 4CECA 2OPPA 3L2QA 5FRMA 4UQGA 5HLFA 1R0AA 2OZMA 1TKTA 1XWLA 3IG1A 3VQQA 1TL1A 2B4JA 1QHTA 3WNEA 4CJWA 4N76A 2Z1IA 4MQ3A 4LD0A 4G1QA 4DFJA 3QERA 1WNSA 4CGIA 4M42A 3U3YA 4KI6A 2DFHA 3SV3A 1KCFA 4FLWA 1RDDA 3ZSYA 4CFDA 4DTXA 4BE1A 3L3UA 2VG6A 3NGIA 3C94A 1CLQA 1ASVA 1O1WA 1B9DA 3VQAA 3SV4A 3LDSA 2HNYA 3V1OA 2OYQA 3MEEA 1I3AA 3AVKA 3LPUA 3T3FA 4FVMA 3CYMA 3LP3A 4AHTA 4NCGA 3MXIA 4NCAA 4KREA 1HQEA 3VQCA 5KRSA 4CFAA 2E6LA 4OPKA 3LZIA 1JXEA 4KKOA 1QSLA 2PZSA 3IRXA 4J2DA 4Z4IA 1SL1A 1VSJA 1FK9A 5FRNA 4M3ZA 4B9SA 3OVNA 4IBNA 3NGZA 4GW6A 1ZBIA 3SYZA 3L2RA 1WSGA 3TWHA 3NGYA 3V81A 1B9FA 3B6OA 1W9HA 2ZE2A 3PX0A 4CHQA 1SKWA 4J2AA 2HHWA 3O3FA 4FJGA 5HP1A 3TAEA 4CGHA 4FYDA 2KZZA 4KV8A 2PY5A 2IS3A 3D45A 1LWFA 3AVFA 3V1QA 2FBVA 3SPYA 3NFAA 4M3RA 1X1PA 1BIZA 2WOMA 3LANA 4O4GA 1VSEA 4CF8A 1N5YA 2G8VA 4FJHA 2G8KA 3SQ2A 1XC9A 4DS5A 1JXBA 2ETJA 1T03A 5KGXA 3MXMA 3DOLA 1RDBA 4DU1A 1KLNA 4CFCA 4CJ3A 1RT2A 4KHNA 3TAFA 2FC0A 4KPYA 2XO7A 1S1WA 2YNGA 1BCMA 4E7KA 4DTRA 4KFBA 5DMRA 3ZT2A 1CZ9A 1SL2A 3DLHA 4KHQA 1B92A 4NYNA 4DQRA 1RBUA 1WJCA 3OYAA 5HRNA 4ICLA 1UWBA 1VSDA 1RBSA 3DI6A 1ASUA 4DSFA 3SQ4A 1QE1A 1IG9A 3QINA 3V9WA 1L3VA 5JS2A 1C1AA 1NKBA 1JLEA 1ZYQA 4B9MA 3AVAA 1CZBA 3KK3A 4N47A 1RTIA 3MXJA 4B9NA 4M3WA 2IGIA 2ITGA 2P1JA 2HHSA 3OYNA 4M3XA 4AH9A 1S1UA 4J2BA 3KTQA 4DFPA 3PX6A 4JS4A 4E0DA 1CXQA 3EY1A 2XY7A 3AVBA 3ALYA 4CJ5A 2KTQA 4GMJB 1SV5A 3SUNA 4C8MA 1BI4B 1XHZA 1VRUA 1WN7A 3P1GA 3TANA 3FFIA 4KRFA 2ZQBA 1C0TA 1TAUA 1FKPA 1Q8IA 3KKRA 4CE9A 4CGJA 2GUIA 1KFSA 4M3UA 3KLGA 1TKDA 3AO1A 1TKXA 1HNIA 3SUQA 3HP6A 1UOCA 1RT5A 4B8AB 4CEFA 2JGUA 4QOZB 4CK3A 1EXQA 4I9LA 1Q9YA 3OYEA 5C42A 2A1SA 4PQUA 3VQBA 3VQEA 4E1MA 4OKKA 3HVRA 5J2PA 3V6DA 3HO1A 2EHGA 4E7JA 3OYMA 1RTDA 2P51A 3ITHA 1F21A 3VQ8A 1LW0A 3PV8A 1HYSA 3L2VA 3WNHA 1K6YA 1U04A 3QEWA 4IKFA 2RN2A 1XHXA 3LALA 1JLFA 2RF2A 4Z4EA 2QKBA 4TSXA 2P5GA 4O55A 1L3SA 3ZT3A 4AHCA 4B3OA 1BQNA 3I0SA 1U4BA 1HYZA 3DYAA 3OYFA 5I3UA 4E3SA 4ZHRA 4DTUA 3ZCMA 4FJKA 3CG7A 5DK5A 3L2WA 3RTVA 4O0JA 2G8FA 4CEAA 4HUEA 5J1EA 3K59A 3KD1E 3DLEA 4GVMA 4KB0A 4K8ZA 3M8SA 5KI6A 4FJNA 4BDZA 2YV0X 1NK9A 4AHSA 1C0UA 4C8NA 4DSJA 4R5PA 3AO5A 2YNFA 1BCOA 1IH7A 2YHAA 3MEGA 3ZSWA 4IG3A 4CHPA 2Y1JA 3IAYA 2BGGA 2F8TA 1A5XA 2X6NA 4DTOA 3RMDA 2OZSA 2DTUA 3P83D 3AA4A 4NYFA 2EX3A 5J2QA 4FM0A 3DMJA 3D0PA 1KFDA 3A2FA 1JL1A 3THVA 1HMVA 4B8CA 1N6QA 3V1RA 2D5RA 4DLEA 3E01A 3NHGA 1TV6A 1J9AA 1S6QA 2DFEA 4W5NA 3IS9A 4BWMA 2Z1HA 1NK5A 3L2UA 4DFKA 3LZJA 3OYGA 5HROA 3AVGA 1RBRA 1RCHA 1WSHA 3MAQA 1JL2A 1LV5A 1JLGA 4DS4A 4OLAA 4CJVA 1IKXA 4OPJA 3QEXA 4B9UA 5K14A 4E1NA 3PY8A 5CZ2A 4FJMA 3NE6A 4DU3A 2HW3A 4AHUA 3C6UA 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HQRA 1G3WA 2RPIA 1YTUA 5KNLA 2JRTA 2HBJA 3GTLJ 1S7EA 5JLHA 3N4MA 4PKHA 4OO1J 2Z99A 1C0GA 4CEDA 3H3ZA 2M87A 3ZX0A 3AO3A 1BO5O 1QSYA 4AM6A 4NXNK 3RZDJ 4AHVA 2OUMA 3CCLI 1LPQA 2F2EA 4RM3A 2L2OA 1T33A 2GQQA 4O6JA 1Y56A 5AQSA 3VQ4A 1T0FA 1GT0C 1MNEA 3BROA 1YI2N 3NAUA 2ZF5O 3K1MA 1RT3A 1GXQA 4R8HA 4XR6A 1S1VA 1YTAA 2CMPA 4X65K 1ZG5A 1RILA 2EB7A 1VQKI 4JI0K 4AQYK 3JREA 5M3FJ 1K78A 2CQ7A 3NF8A 4IRIA 3L7WA 2WA0A 1IXSB 1S3XA 2DAOA 5JVGF 4AHRA 2QCOA 3E9PA 3VGMA 3T8TA 3O9SA 1E4FT 1W36D 5M5WJ 2DXIA 3V4IA 1VSKA 4DQIA 3FFKB 2LDUA 2ACJA 3GTGJ 3ABMH 2F5EA 3R0AA 1RDCA 1KQ0A 2Y2ZA 1CXUA 1JUMA 4FASD 3WT0A 4BR2A 5C2FA 4JKBA 4BC2A 4LH5A 3W2AA 1RDUA 3MKZA 2A05A 2CUEA 2X6SA 1W4MA 3KLIA 3ATVA 2D0PA 3EYZA 3OYKA 3KP4A 1MBHA 3THXA 3HEFA 4CSWA 1HYVA 3CPWM 2VKHA 3H6EA 3QEPA 1LEBA 1VZ0A 1B72A 4CHYA 1R1UA 3F22A 1D8YA 3L1PA 3S14J 1SFKA 2TRTA 1FC3A 4V19K 1S8NA 5E84A 3LDNA 4BWJA 1HBXG 3BTLA 1B9MA 2EZKA 1W7PD 3K4BA 2K7LA 1DTTA 2IT0A 4KHUA 2IC3A 2KLAA 2VQGA 3NH1A 1IXRC 2GWRA 2PFUA 1ZBLA 4C3HJ 2P9LA 5FLXZ 4CJRA 4NUBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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