3KIOA

Mouse rnase h2 complex
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
258
structure length
256
Chain Sequence
MDLSELERDNTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVADTLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of the mammalian RNase H2 complex provides insight into RNA:DNA hybrid processing to prevent immune dysfunction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 70
structure length 256
sequence length 258
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3kioA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kioA01
1RBSA 4CCHA 5D3GA 1TK0A 2XY5A 4CGFA 4Z4IA 3A2FA 3PX6A 1LWCA 1RCHA 3LDSA 4CEOA 1VSMA 3ZSRA 2PYLA 1BCMA 4CHQA 1TAQA 2YNGA 3NDKA 2HW3A 3AA3A 3C6UA 3V9WA 4MFBA 5CYQA 4FLTA 3TANA 4RW9A 1NKBA 2D0BA 2O4GA 3QEIA 1D5AA 5HRSA 4DTUA 3SUNA 1U45A 3P1GA 4KI4A 4Y1DA 3AA5X 3MEDA 5FROA 4FM0A 2DFHA 2KZZA 1IKWA 4FJ5A 2HNZA 4XIUA 2BE2A 3THVA 1NK7A 4IBNA 1JLAA 1B9DA 2BANA 4CJQA 1C0TA 5KGWA 3ZSYA 3HYFA 2VWKA 4CE9A 4CGDA 2ATQA 4CGIA 4CIFA 4UQGA 3MXMA 3S3MA 1NK8A 3CFRA 1C1CA 3EYZA 5EU7A 4JRPA 4OLBA 4N56A 4M3ZA 1JXBA 1X9MA 3VQ5A 4IG0A 4RW8A 1IO2A 5DK5A 1FXXA 3NAEA 4DTPA 4OLAA 3LPUA 1RBUA 2E4LA 4B8AB 3PUFA 1WSHA 2XHBA 1L3VA 3CM5A 3V6DA 3JSMA 5HRPA 3OYLA 3KK1A 3ULDA 1U49A 5J2PA 2KW4A 1J54A 5HLFA 4FM2A 4W5OA 4LD0A 3TR8A 3KLIA 3AVGA 4KV8A 4CJKA 3DRPA 4FLWA 5J2QA 4E1NA 4OKKA 4DFKA 1RILA 2YKMA 3DLGA 4IFVA 4DG1A 4DMNA 2ETJA 3O3GA 4HUEA 4CHZA 3OYKA 3LZJA 2XRIA 3HPHA 1Y97A 4CECA 3L2VA 3U3YA 3VN5A 4J2AA 4FJ9A 1L3SA 4IDKA 4CHYA 4KO0A 3EZ5A 3V4IA 3DYAA 4BACA 4CJ5A 1BI4B 2ZQBA 4RW7A 2HHUA 3WNHA 4GMJB 3OYBA 1D9FA 1VSLA 2G8UA 2G8KA 2VG7A 1RT1A 4CGHA 3SJJA 3QEPA 4F2RA 1S9GA 4DSFA 1U48A 4DFJA 4R5PA 3AO1A 1FKOA 1Q9YA 1CXQA 3DOLA 4DQQA 3K5LA 4DS5A 4KHWA 3AVCA 4Z4EA 4CERA 4CFDA 3NE6A 1NJWA 4CJPA 1TKDA 1RTHA 3OS2A 5C42A 3V81A 2JLEA 3F73A 1F21A 4BWJA 3SUPA 1SV5A 3ZSQA 4F4KA 2O4IA 1W9HA 4DTNA 1NKCA 4W5QA 4H4MA 5JS1A 4DQPA 1SL2A 4KAZA 1NKEA 3TAFA 2LSNA 2WONA 3T19A 1LWFA 3DI6A 3O4NA 3ASMA 4JLHA 4DSJA 3DRRA 4NCAA 3ISNC 1EETA 4CJSA 4I9QA 1DTQA 1KLMA 2RF2A 1SL0A 4FZZA 4FK4A 1RDAA 4Y1CA 3VQPA 4E19A 1KFSA 4CF2A 4PY5A 3LP3A 4KTZA 3MXJA 1WSIA 4O5BA 2OYQA 4ZTJA 1Q9XA 1RT4A 1S1WA 2EHGA 2AJQA 3FFIA 3WNFA 5KRSA 4B9TA 3HPOA 2YHBA 1RNHA 3LAMA 1ZBUA 2FBYA 4M45A 4AHCA 4FLVA 2F96A 3RMBA 3NF9A 3QEVA 3AO5A 4CJ3A 2ZE2A 1Z25A 4DF8A 3SNNA 4E0DA 2NUBA 3VA3A 3AVNA 2HHTA 1RBRA 3NGIA 3U6FA 2XY8A 2BDPA 1S9EA 3I8DA 1HNVA 3SQ0A 2IC3A 1J9AA 4O4GA 4ELUA 4WE1A 2X6SA 4F3TA 1RT7A 2B5JA 5JS2A 4CJRA 5KTQA 1QSLA 4K8XA 4FK0A 2RKIA 4CHOA 3CYMA 3P83D 3QEWA 4KTQA 1KCFA 1DLOA 1JLFA 2QXFA 1NK4A 1TKZA 3NF8A 2EX3A 3SQ4A 4DTOA 1O1WA 5HRRA 1A5XA 3ZCMA 4LY7A 1RDBA 2Z1IA 4DSIA 2KQ2A 3NH1A 4FLXA 1A5VA 3CM6A 1IG9A 3LALA 4H8KA 4PWDA 1HRHA 3SUOA 3LZIA 4B9NA 3T3FA 1S1TA 3OVNA 1XHXA 2E6LA 3QIOA 4EP5A 3AVIA 5KRTA 4LSNA 1YVUA 3SCXA 3P5JA 2RPIA 3K5OA 4B9VA 2HHQA 1UA0A 3ITHA 3NGZA 4DQRA 3S3NA 3TAGA 1QSYA 4CGGA 4OKEA 1CZ9A 3KJVA 2YKNA 1BI4A 1JLCA 3TI0A 4DTSA 4BDYA 1WAFA 3LP2A 1VSIA 3IRXA 4CEEA 3OYIA 3NH2A 2Z1GA 3AA2A 4OPKA 3I0SA 1KVAA 4OJRA 3ALYA 4KRFA 3OY9A 4CEZA 1UWBA 1RBVA 3CQ8A 4GVMA 1TK8A 4CJVA 3DRSA 3G10A 1ZBIA 3AVLA 3VQDA 1SL1A 3V1RA 1N5YA 4Z0UA 4B9LA 1REVA 1NK0A 4AHUA 2G8WA 1W0HA 4GW6A 1VSHA 1S1UA 3KIOA 2IGIA 1YT3A 3DLEA 4Z4HA 1TKTA 3MAQA 1J53A 2ZD1A 4BDZA 1HQEA 2G8VA 3RR8A 4C8OA 4O55A 4RW4A 4E3SA 4B9UA 4PQUA 3L2QA 1JLQA 1HNIA 5T7BA 4FJMA 1UA1A 4M3WA 1KSPA 2KFNA 1B92A 3NCIA 2PY5A 4KB0A 3K5MA 3M8RA 2Y1JA 1MU2A 4LH4A 4O44A 3TAPA 1T05A 4CESA 1NJYA 1RDCA 4ID5A 2QKBA 3TABA 2GBZA 3G0ZA 3OYMA 4J2EA 4Z4GA 1B9FA 1ASWA 1GOBA 1LAWA 3MXIA 3KK2A 5K14A 4DSEA 2OZMA 3VQ8A 3OYFA 4MQ3A 3MEGA 3WNEA 3ZT4A 4HUGA 4AILC 2FBTA 3L2RA 1T03A 4HUFA 4G1QA 2IDOA 3KD5E 3SUQA 5J1EA 1IH7A 4Q0BA 1TGOA 4CEDA 3C6TA 4TSXA 4ICLA 3K57A 3HXMA 4N5SA 3RMCA 1SKWA 4B3OA 2E6MA 3LP1A 2X6NA 3S9HA 1JLEA 4KHYA 2ITGA 3BDPA 1ASUA 4M42A 3QERA 3RWUA 4E1MA 1YTUA 5FDLA 3K2PA 4M3XA 1KVCA 2OPQA 3HPGA 3KLHA 2OPPA 1NJZA 4DQSA 5HP1A 1D9DA 3C95A 3OJUA 3HJFA 3AVAA 4AHRA 3MEEA 4CJLA 1JL1A 2IS3A 3V9XA 1UOCA 3NF7A 4FJLA 3VQ7A 1ZBFA 4B08A 1A5WA 2RN2A 3SPZA 3SQ1A 4CJ4A 5I3UA 1BQMA 1VSEA 4C8LA 3NBPA 5CZ2A 3DOKA 3LWLA 1L5UA 1TV6A 3SZ2A 4BWMA 1C1AA 3PV8A 1QQCA 3DMJA 3O4QA 1CXUA 3VA0A 1S5JA 2HHVA 2OA8A 2D5RA 4IKFA 4KPYA 1C1BA 1G15A 3QETA 4FLYA 1NOZA 4I9LA 3TAEA 3VQEA 4FCYA 4KREA 4HCCA 4AHTA 2YNIA 3IS9A 4FK2A 5J2NA 3KLGA 3AO2A 5I42A 4FJNA 3TARA 1LAVA 3TWHA 3AVHA 3VQBA 4CEAA 2DY4A 1HYVA 1CLQA 3QLHA 4N76A 3LANA 3HL8A 5CYMA 5KI6A 1GOAA 4CHPA 4L8RB 4PA1A 4OPJA 2Y1IA 4KKOA 1FK9A 2VG6A 1YTAA 1HPZA 4LH5A 5HBMA 4HTUA 4DTRA 3NHGA 1BGXT 1ITGA 4DF4A 2G8HA 3OYCA 1KVBA 3U3GA 3OYDA 3V9SA 3KTQA 3OYJA 2HVIA 1RTDA 2F8TA 3L2UA 3V9UA 3AVBA 1RT2A 4QAGA 2P51A 4C8MA 4CEQA 2OPSA 1QS4A 4CK1A 4E7LA 4KHQA 4B8CA 4JS4A 2PYJA 3CFOA 1TL1A 1HYSA 2Q3SA 3C94A 5HROA 2R7YA 2DTUA 3DLHA 4DTXA 1NK6A 1C6VA 5SZTA 4DWIA 4E7JA 1D8YA 1RT6A 2IOCA 1BCOA 4FVMA 5SWMA 2WOMA 3QESA 1HJRA 3O3FA 1J5OA 1C0UA 1RBTA 3AVFA 3OS0A 2D0CA 4ELTA 3VQCA 3OYEA 3V9ZA 5CZ1A 1L3TA 1S1XA 3LPTA 3HM9A 1KTQA 4CJTA 1EKEA 4EZ6A 3B6PA 2GUIA 3D0PA 3PO5A 3PO4A 2FBVA 1VSDA 2IAJA 2A1RA 4K8ZA 4C8KA 3WNGA 3BGRA 4W5RA 4N41A 3VQ4A 3E01A 1S6PA 1S1VA 1VSFA 4DSKA 1EX4A 2B6AA 3HO1A 4C8NA 4E89A 4FJHA 4I7FA 1BIZA 4DLEA 1I39A 3V1QA 3K58A 3ZSXA 3OYHA 2P5OA 1BL3A 4M3YA 3PX4A 3ZSWA 4F3OA 4KFBA 3L3VA 4ELVA 4EZ9A 3SV3A 4OGEA 4E7KA 4DTMA 1WLJA 1EXQA 1LV5A 3JYTA 1ZBHA 1TAUA 3ZT3A 5C25A 4JS5A 5FRNA 1DTTA 4IG3A 3ZT0A 3AO3A 1RT5A 1HMVA 4BE2A 4KHSA 3KKSA 2HB5A 3AV9A 3ZT2A 1S6QA 2HHWA 2DFEA 3M8PA 4ZTFA 4I2PA 3KK3A 4KI6A 3UIQA 4KB1A 3CG7A 2G8FA 1HQUA 4M3RA 4CFBA 4CIEA 3RMAA 1XHZA 3ZSZA 3I0RA 4N47A 3T1AA 3IAYA 1FKPA 2VWJA 1JL2A 1VRUA 5HRNA 4ID1A 4W5TA 2VG5A 1QHTA 1JLBA 3OS1A 2G8IA 4FLUA 2F8SA 2P5GA 2HHSA 3QINA 4DSLA 1WN7A 4BE1A 1T8EA 1WNSA 2YNHA 3VQQA 3L2WA 1JLGA 3PY8A 3VQAA 3DLBA 1TVRA 1XWLA 3SPYA 4FZXC 2HVHA 4HHTA 3AVMA 4FM1A 3H08A 3QO9A 1X9SA 1NK9A 1QSSA 4QOZB 2OZSA 4FJGA 4FJIA 4AH9A 1WSJA 3VQ9A 3M8QA 4M3TA 1IKVA 2I5JA 2GV9A 4HVJA 3HT3A 4CF9A 3RRHA 4CK3A 4FW1A 3RMDA 1BQNA 2W42A 2YNFA 3L8BA 4BDPA 2OPRA 3O3HA 3HVTA 4DLGA 1NK5A 2X78A 1Q8IA 4KTWA 1U04A 3QIPA 4M41A 4OGCA 4O0IA 4EP4A 1VK0A 3AVKA 3DM2A 4DU4A 4CF0A 3MECA 5KGXA 2KZMA 3SYZA 1I3AA 3V1OA 4CJEA 2X74A 1WSFA 1RT3A 4CJUA 4J2BA 4B9SA 3OYAA 1ZBLA 3AA4A 4FZYA 4Q5VA 4OVLA 1SUQA 1L3UA 2A1SA 1TL3A 4IFYA 4BE0A 1QTMA 4KHNA 1U47A 1NOYA 1KLNA 4I2QA 2HHXA 4M3UA 1KFDA 1T7PA 4CIGA 1LWEA 3LP0A 4YNQA 2FC0A 4DS4A 1GOCA 3OJSA 1SKRA 5CY4A 4CHNA 4B9MA 4FJ8A 4LSLA 3QNOA 5FRMA 3HP6A 1QE1A 2Z1HA 3M8SA 4DU1A 5J2MA 4FJKA 1ZYQA 4FW2A 1X9WA 3B6OA 4E7IA 1BISA 3S3OA 2DFFA 2D0AA 4KHUA 2B4JA 1N6QA 3ZT1A 3OYGA 1IKYA 1LW0A 4F8RA 2XY7A 4E7HA 4DFPA 4ZHRA 3NF6A 2KTQA 3SQ2A 4DU3A 3VQ6A 1U4BA 3L3UA 1BHLA 2HMIA 1NJXA 2KFZA 3LWMA 2Z1JA 4Z4FA 1UAXA 3AVJA 3HK2A 3ZSVA 4NCGA 3RR7A 4FYDA 4O0JA 3KKRA 4YFUA 2XY6A 3RRGA 4W5NA 4CFCA 2P1JA 3SI6A 4F2SA 4J2DA 4CJWA 2JGUA 3D45A 4AHVA 4RG8A 4CGJA 1TKXA 3IG1A 5E41A 3OYNA 4NYNA 4OKJA 3RTVA 1X1PA 4NCBA 3SV4A 4QCLA 1XC9A 3NH0A 3CFPA 4PUOA 3LAKA 1VRTA 3QNNA 3HSTB 1TK5A 2QK9A 4CFAA 1RDDA 4FXDA 4HCBA 1VSKA 4Z4CA 1WSEA 2QKKA 3NGYA 5C24A 4CEBA 4CF1A 1XI1A 1KRPA 3HVRA 4CK2A 1LW2A 3F9KA 4DQIA 1BIUA 3KD1E 1Z26A 3QEXA 2FBXA 3AO4A 3HP9A 3K59A 4FJ7A 4FJJA 4H4OA 1R0AA 2HNYA 2HNDA 4FJXA 1RTIA 3TAMA 1SKSA 3DLRA 4FLZA 3NFAA 1WSGA 1K6YA 3PX0A 5DMRA 3TAQA 1VSJA 3K5NA 1C0MA 4CEFA 4CJFA 4AHSA 1JXEA 4DFMA 1WAJA 3ZSOA 4JRQA 1RTJA 1EP4A 1ASVA 2YHAA 3KLFA 3KLEA 1IKXA 2XO7A 3DLKA 3EY1A 1HYZA 2PZSA 4NYFA 1JKHA 4RW6A 1CZBA 4DTJA 2YV0X 4CF8A 2BGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N36K 1ZLKA 4Z4IA 2PYLA 2Z5UA 3RVCA 3C6UA 3V9WA 3CUQA 1E3OC 5DUKA 4W97A 4NC6A 3CMYA 3THVA 4FWSA 5TKYA 2H8RA 4BG8A 4CYCB 5JHFA 2DPUA 2Y2ZA 2XHBA 2ZM6K 1RC9A 2VOOA 3KLIA 4KV8A 1RILA 1EO1A 4AUXA 4CHZA 3LZJA 4WCEL 2DK8A 3BTIA 3PIPF 3K6GA 1KD1O 1R00A 4DR1K 1S9GA 3AO1A 4LK0F 3VWBA 4BR4A 5K5RA 4JLHA 4DV7K 2EQRA 5ICEA 1HNZK 3OR2C 2ZO4A 1SL0A 4FE4A 3VQPA 1YI2N 4GVEA 5F27A 4LITA 3FFIA 2XSDC 2K9QA 1VQ8I 1A31A 2MLKA 3ULQB 4Y4RA 4HPQA 3I59A 1U9OA 3GOIA 2VKEA 1GLFO 1DP3A 2P9NA 3TO7A 3W6JB 4ENJA 1ZGJA 3JR9A 4XLAA 1T0FA 1QA6A 1XHXA 3QIOA 5KRTA 2RPIA 3ITHA 4IO8A 4WQ5C 2Z1DA 4C1NI 3OYIA 3IRXA 5KPTA 3O6BB 1KVAA 4GVMA 1XB4A 4YOUA 1ZBIA 3AVLA 3TSPA 3W2VA 3ENBA 2HPMA 3M1FA 1VQ6I 4NXMK 5EXWA 3CDIA 2DTZA 4JN4A 4BC4A 4HV5A 2E2NA 4PKIA 3MEXA 4L5EA 3ZT4A 5EZHA 4HUFA 5ERIA 3FZKA 4ICLA 4N5SA 2JT1A 1JLEA 3SEZA 3UR3C 1V55H 5LL6Z 4NUBA 4XICA 3MN7A 3WQTA 1FIAA 3KETA 3HJFA 2PJPA 1KAYA 4DB3A 4IFEA 3TOBA 4A3DJ 1S7EA 1L5UA 3N4PA 1VF9A 2WB1A 3O4QA 3KE2A 2CWEA 4IKFA 2VT3A 4H5WA 3KPHA 3VQEA 1BI0A 2B63J 1XGMA 1IXCA 3R0JA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IG1 A;  5E41 A;  3OYN A;  4NYN A;  4OKJ A;  3RTV A;  1X1P A;  4NCB A;  3SV4 A;  4QCL A;  1XC9 A;  3NH0 A;  3CFP A;  4PUO A;  3LAK A;  1VRT A;  3QNN A;  3HST B;  1TK5 A;  2QK9 A;  4CFA A;  1RDD A;  4FXD A;  4HCB A;  1VSK A;  4Z4C A;  1WSE A;  2QKK A;  3NGY A;  5C24 A;  4CEB A;  4CF1 A;  1XI1 A;  1KRP A;  3HVR A;  4CK2 A;  1LW2 A;  3F9K A;  4DQI A;  1BIU A;  3KD1 E;  1Z26 A;  3QEX A;  2FBX A;  3AO4 A;  3HP9 A;  3K59 A;  4FJ7 A;  4FJJ A;  4H4O A;  1R0A A;  2HNY A;  2HND A;  4FJX A;  1RTI A;  3TAM A;  1SKS A;  3DLR A;  4FLZ A;  3NFA A;  1WSG A;  1K6Y A;  3PX0 A;  5DMR A;  3TAQ A;  1VSJ A;  3K5N A;  1C0M A;  4CEF A;  4CJF A;  4AHS A;  1JXE A;  4DFM A;  1WAJ A;  3ZSO A;  4JRQ A;  1RTJ A;  1EP4 A;  1ASV A;  2YHA A;  3KLF A;  3KLE A;  1IKX A;  2XO7 A;  3DLK A;  3EY1 A;  1HYZ A;  2PZS A;  4NYF A;  1JKH A;  4RW6 A;  1CZB A;  4DTJ A;  2YV0 X;  4CF8 A;  2BGG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1N36 K;  1ZLK A;  4Z4I A;  2PYL A;  2Z5U A;  3RVC A;  3C6U A;  3V9W A;  3CUQ A;  1E3O C;  5DUK A;  4W97 A;  4NC6 A;  3CMY A;  3THV A;  4FWS A;  5TKY A;  2H8R A;  4BG8 A;  4CYC B;  5JHF A;  2DPU A;  2Y2Z A;  2XHB A;  2ZM6 K;  1RC9 A;  2VOO A;  3KLI A;  4KV8 A;  1RIL A;  1EO1 A;  4AUX A;  4CHZ A;  3LZJ A;  4WCE L;  2DK8 A;  3BTI A;  3PIP F;  3K6G A;  1KD1 O;  1R00 A;  4DR1 K;  1S9G A;  3AO1 A;  4LK0 F;  3VWB A;  4BR4 A;  5K5R A;  4JLH A;  4DV7 K;  2EQR A;  5ICE A;  1HNZ K;  3OR2 C;  2ZO4 A;  1SL0 A;  4FE4 A;  3VQP A;  1YI2 N;  4GVE A;  5F27 A;  4LIT A;  3FFI A;  2XSD C;  2K9Q A;  1VQ8 I;  1A31 A;  2MLK A;  3ULQ B;  4Y4R A;  4HPQ A;  3I59 A;  1U9O A;  3GOI A;  2VKE A;  1GLF O;  1DP3 A;  2P9N A;  3TO7 A;  3W6J B;  4ENJ A;  1ZGJ A;  3JR9 A;  4XLA A;  1T0F A;  1QA6 A;  1XHX A;  3QIO A;  5KRT A;  2RPI A;  3ITH A;  4IO8 A;  4WQ5 C;  2Z1D A;  4C1N I;  3OYI A;  3IRX A;  5KPT A;  3O6B B;  1KVA A;  4GVM A;  1XB4 A;  4YOU A;  1ZBI A;  3AVL A;  3TSP A;  3W2V A;  3ENB A;  2HPM A;  3M1F A;  1VQ6 I;  4NXM K; 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