3KIOA

Mouse rnase h2 complex
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
258
structure length
256
Chain Sequence
MDLSELERDNTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVADTLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
publication title The structure of the mammalian RNase H2 complex provides insight into RNA:DNA hybrid processing to prevent immune dysfunction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
total genus 70
structure length 256
sequence length 258
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3kioA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kioA01
1SL0A 2G8WA 4CF0A 3HSTB 3VA3A 4O4GA 1NJZA 4KPYA 3HP9A 1Q9XA 3QESA 4JS5A 3KK2A 1EKEA 2FC0A 1BI4B 3NCIA 1ASVA 4TSXA 1EETA 1ZBHA 4H8KA 4W5NA 1DTQA 1CXUA 3B6OA 4FW2A 1UWBA 4DTXA 4EZ6A 1L3VA 4OGEA 1FKPA 4RW6A 4B8CA 2GBZA 3I0SA 3TABA 2Z1GA 3L8BA 3NF6A 3OYBA 1RDDA 3K5MA 1TAUA 4KREA 3QINA 2EX3A 4MQ3A 4E0DA 4F8RA 3KK3A 5I3UA 3DRSA 3WNHA 3AA4A 4CGDA 4J2BA 1RBTA 1HPZA 1B92A 2VG5A 3O4QA 1B9DA 4CFCA 3KLHA 3SYZA 4FJLA 4KHNA 2PZSA 1CLQA 5J2PA 2BGGA 4CJEA 3AVJA 3QLHA 3DLBA 2OPQA 4KFBA 3ZT4A 4KTZA 3F73A 4DTNA 1MU2A 3DLHA 1VSHA 3ZT2A 3TI0A 1K6YA 3AVMA 3SQ4A 3TAQA 2A1SA 1X9WA 3LP0A 1WSFA 3AVAA 4KHWA 1C1CA 2X78A 1RNHA 3NGZA 4CIEA 3LWMA 5HRSA 1QSSA 2OYQA 3HPHA 3OS2A 3OYMA 3OYHA 5KTQA 3O4NA 3V1OA 2ZQBA 5C42A 1JKHA 4R5PA 3RMAA 3WNGA 1XHZA 1HMVA 4ID5A 4BWJA 3ISNC 2KFZA 2D5RA 3AO5A 3L2VA 4KHUA 4CJVA 1C6VA 5JS2A 3C94A 3RMDA 3V9XA 3PX0A 4JLHA 3PO5A 2YKMA 2RPIA 3AVFA 4BE2A 1SL1A 4FCYA 3V4IA 1NK4A 2XHBA 4DS5A 5CYQA 1T8EA 1QTMA 2QK9A 1TK8A 1RBUA 2WONA 4LY7A 3AA5X 3CG7A 2O4IA 3G0ZA 1IO2A 3VQQA 1SKWA 4O55A 4B9VA 4GMJB 1S1VA 4E7KA 2HMIA 5HROA 3SI6A 4CIGA 1DTTA 4I9QA 1JXBA 3NHGA 4CJPA 2XY5A 3RRGA 1CZBA 4LH4A 1SKSA 1B9FA 1LW2A 4HVJA 4ELTA 1RDAA 4FJ8A 3VQ7A 3LP1A 5CZ2A 5EU7A 4GW6A 1NKBA 4B9TA 2YV0X 3AVBA 3HT3A 4W5OA 2Z1HA 4KV8A 4Z4CA 3K57A 3S9HA 3SQ0A 4Z4FA 5FROA 4C8LA 4DQRA 1KTQA 4DTRA 2OZMA 3TAFA 4N76A 4FK2A 4PWDA 4FLWA 1Z26A 4OPKA 1RT2A 3OS1A 1X9SA 1IKYA 3TR8A 3TWHA 5J2NA 5J2MA 2DY4A 1TL1A 3OJSA 4BWMA 3ZSXA 1VSIA 1ZBUA 2D0BA 2KW4A 4BACA 4AHTA 2BDPA 5CZ1A 2Z1IA 3AVKA 4LSLA 1XHXA 3VQBA 5CYMA 1C1BA 4F3OA 1HNIA 4Z4IA 2ETJA 3DLGA 4OKKA 3OJUA 1U49A 3DLKA 2VG7A 4O0JA 2NUBA 4H4OA 4RW9A 4EZ9A 1TAQA 1X1PA 3ZSRA 3SCXA 3RRHA 4B8AB 1ASUA 4ZTFA 2HNDA 3NF7A 1S5JA 4KHQA 2F8TA 3LDSA 1NK0A 1L3SA 3VQ9A 3SUPA 1FK9A 4DMNA 1RT5A 2QKKA 5J1EA 1HQUA 3L3UA 3QO9A 3HJFA 1S9EA 2DTUA 3T1AA 2Y1IA 4AH9A 1I3AA 2XRIA 4B9LA 1CXQA 3OY9A 1WSIA 2EHGA 3HP6A 3LPUA 2RF2A 2R7YA 1Z25A 1EP4A 1F21A 5DK5A 4CF2A 1VRUA 4MFBA 1BCMA 3K5LA 3D0PA 4BDZA 3B6PA 4OVLA 4CF1A 4BE1A 5E41A 4G1QA 1HYVA 4XIUA 3OYFA 4ZTJA 2GUIA 1RTDA 2QKBA 3KIOA 3PY8A 4YNQA 4KAZA 4FJ7A 4M3RA 1GOCA 3L2UA 3JYTA 4CGGA 1TGOA 3KKSA 3ZSWA 1C1AA 4Q5VA 3TAPA 2IGIA 2P1JA 4CIFA 4CECA 4CFDA 1D5AA 3AA2A 5HRRA 1BGXT 1VSDA 1U04A 4DU1A 3OYDA 3TAEA 4CESA 1TK0A 3P1GA 4DU3A 1RILA 3PO4A 5HLFA 4M3XA 3EYZA 4DFMA 5I42A 4CGIA 3RR7A 4ELUA 4F3TA 3DOLA 3M8QA 4CK2A 2X74A 3NF9A 3NGYA 3DLRA 4KI4A 1HYSA 4W5TA 1SL2A 1KVAA 1S9GA 2E6LA 3H08A 4OJRA 3QEWA 1Y97A 2IAJA 2KTQA 4E3SA 3V6DA 3VQPA 2YHAA 3ULDA 4L8RB 2HNZA 4DSFA 5FRNA 3VQAA 4O44A 4AHUA 1NK6A 1TL3A 1JLEA 4IFYA 1JXEA 1RCHA 2Z1JA 4W5RA 1QSLA 4KB0A 3HO1A 1RBVA 3S3NA 1J53A 4CEFA 4FZXC 3PX6A 3NE6A 4BDPA 4DTMA 1LAWA 3K59A 4AHSA 1NK8A 3VN5A 3G10A 4AHRA 3HYFA 2Q3SA 4Z0UA 4NYFA 4DLGA 4KTWA 1T05A 4CHQA 1FKOA 2F96A 1NKEA 1A5WA 3BDPA 3PUFA 2X6SA 4GVMA 1BCOA 3PV8A 3RWUA 2HVHA 1VSFA 3AVIA 2G8HA 1HNVA 4DSKA 1DLOA 4CEAA 3QERA 5SWMA 4KO0A 3HL8A 4NCGA 4CJWA 4CJ4A 2VWJA 3PX4A 3SUNA 4B9SA 2DFFA 4HTUA 2E4LA 1KCFA 4JRPA 1SV5A 1RT4A 4FJNA 2HHUA 4CEOA 1HYZA 2D0CA 3QIPA 3DLEA 3KLEA 4DQSA 1BHLA 1LWFA 3CYMA 2FBTA 1KFSA 1VSEA 2YNGA 3V1QA 3A2FA 3CQ8A 1RBRA 2W42A 3LWLA 1VSLA 1U47A 3M8SA 3QETA 4IFVA 4CF8A 1S6PA 4FM2A 1RTHA 3NH0A 4CERA 3RR8A 1JL2A 1KVBA 3AO4A 5KRSA 4OLBA 1WN7A 4K8XA 4DSEA 2P5GA 4FJ5A 1QHTA 4C8KA 4IG0A 3ZT1A 2KZZA 4M41A 4KHSA 4CHPA 4F4KA 4B9UA 3NGIA 3RMBA 3THVA 5D3GA 4FJGA 1IKWA 3MECA 4BE0A 1KFDA 4B3OA 1W9HA 2KZMA 1SKRA 4DQIA 3C6UA 3IS9A 1YVUA 4CJKA 4OGCA 3L2WA 1ZBIA 5JS1A 2X6NA 3E01A 3MXJA 4RW7A 3TAMA 1REVA 3V9UA 3EZ5A 2VWKA 4DFKA 3SUOA 4I7FA 3M8RA 4M42A 2IC3A 3DM2A 4FLTA 2FBYA 5J2QA 4CJTA 1JLGA 4FZZA 1KLMA 1R0AA 2G8IA 3T19A 5C25A 3OYJA 3UIQA 2HHSA 1NKCA 1QQCA 1HJRA 4CJQA 4J2EA 1TKXA 1NOZA 4Y1CA 1JLCA 3JSMA 1BIUA 3AVNA 4NCAA 2O4GA 4DLEA 1NK7A 1IKVA 4FLXA 4ICLA 3D45A 1GOBA 3ZSZA 1LV5A 4FJXA 1XWLA 3MEEA 4FJJA 3OS0A 3AV9A 4FJ9A 2B6AA 2HB5A 1UA1A 4CEQA 1T03A 3IRXA 2PYLA 4KKOA 3VQ5A 3SV4A 3V81A 4CJ3A 3VQ4A 4CHNA 4CFAA 3DOKA 1EX4A 2XY7A 3ZSYA 2DFEA 3HK2A 4CEDA 4DTJA 3QEXA 3K2PA 1RT7A 1TKZA 1WSEA 1S1TA 1YTAA 3S3OA 5SZTA 2IOCA 3I0RA 5KGXA 4QAGA 1C0MA 2FBVA 4CJ5A 2P51A 1ZBLA 1XC9A 4DWIA 4OKEA 1NJXA 4FJIA 1BL3A 3SPYA 2Y1JA 4E7JA 3MXIA 4LD0A 4N41A 2PY5A 4FJKA 4CHOA 1D8YA 1D9FA 4DTUA 1VSKA 5T7BA 4C8OA 4YFUA 4QCLA 1RT3A 1TVRA 3RTVA 3KTQA 1A5XA 1HRHA 4OPJA 3NH2A 4DQPA 1J9AA 3VQDA 3L3VA 3O3FA 4DTPA 4FLVA 5FDLA 4JS4A 2JLEA 4RW4A 1BQMA 3ZSVA 4E7LA 4B9NA 2OZSA 4HUGA 2HHQA 1ASWA 1CZ9A 4PY5A 4CF9A 4CEEA 1GOAA 1TKDA 1WSJA 1C0TA 3QNNA 4IKFA 1JLFA 4LH5A 3EY1A 4O5BA 4CEZA 4CHYA 4CK1A 1RTIA 4CFBA 3KD5E 1D9DA 1U45A 2G8KA 2HHWA 1L3UA 1BI4A 3CM6A 4DFPA 4AILC 3NH1A 3LP3A 3VQ8A 3HPOA 1WSGA 5C24A 4OLAA 4M45A 4J2AA 3AA3A 3HXMA 3S3MA 4HCCA 1EXQA 3ZSQA 4DU4A 3OYKA 2FBXA 3L2RA 1WSHA 1NJYA 4K8ZA 1RT1A 1JLBA 4JRQA 3M8PA 3VQ6A 4CJRA 1QSYA 3OYEA 3TARA 2KFNA 4FXDA 1S6QA 3V1RA 1S1UA 3NFAA 3C6TA 4NCBA 5HP1A 3CFPA 3SQ2A 2OPRA 1LAVA 3AO1A 3K5NA 3AVHA 3HPGA 2G8FA 4CJUA 4CJFA 2XY6A 5FRMA 3MEGA 1T7PA 4WE1A 4O0IA 4CGJA 3SNNA 3LAMA 1U48A 2B5JA 3V9SA 3K5OA 3LPTA 3P83D 2HW3A 2HHVA 4Y1DA 2HHXA 4NYNA 4LSNA 3OVNA 1L5UA 1KLNA 3CFOA 3F9KA 1KSPA 4KI6A 3DI6A 3C95A 4M3UA 2YNHA 2ZE2A 4CJSA 4B08A 2IDOA 3ZT3A 5CY4A 4AHVA 4KB1A 3VQCA 2RKIA 4CK3A 4N5SA 4FJHA 4W5QA 4C8NA 4H4MA 4I2PA 3SZ2A 3P5JA 3OYCA 1VSMA 1UA0A 4FZYA 1N5YA 3DRRA 1JLQA 3QIOA 2XY8A 3U3YA 1BIZA 1RDCA 3AO2A 1YTUA 2I5JA 4CJLA 1SUQA 1JL1A 4CGHA 1KVCA 4FJMA 4DFJA 4N56A 4UQGA 2P5OA 3HVTA 1WNSA 1RBSA 1VK0A 1NJWA 1TV6A 3SUQA 4E7IA 4DTSA 2DFHA 4CGFA 4BDYA 2PYJA 5KI6A 4M3ZA 3OYLA 4FLUA 1J5OA 4ELVA 4PQUA 4IG3A 3NBPA 4EP5A 1G15A 3HVRA 4N47A 3ASMA 3ZCMA 4DTOA 2F8SA 3AO3A 4E19A 2OPPA 3LALA 2WOMA 1BQNA 1X9MA 2ZD1A 4HUFA 4M3YA 2VG6A 3FFIA 3OYGA 5HRNA 4DF8A 3U6FA 2RN2A 4C8MA 4DS4A 3MXMA 2HVIA 3QNOA 3KKRA 1QE1A 2HNYA 4AHCA 3LP2A 4J2DA 1BISA 1IG9A 3ZSOA 1A5VA 4IBNA 4IDKA 2HHTA 2E6MA 3KK1A 5HBMA 3KD1E 2KQ2A 3ALYA 3V9WA 2ITGA 1S1XA 4F2SA 3KLGA 1VRTA 1RDBA 3SJJA 4Z4HA 3I8DA 3LANA 4PA1A 3WNEA 2G8VA 1ITGA 3OYIA 1ZBFA 2OPSA 2YHBA 3AVCA 4E89A 4DQQA 1TK5A 4FK0A 3DMJA 3NF8A 4B9MA 1JLAA 2G8UA 1VSJA 3T3FA 1NOYA 3QEVA 4M3WA 4KTQA 3WNFA 2YNFA 3TAGA 2BANA 1U4BA 3AVGA 3OYAA 2IS3A 3TANA 5HRPA 4CE9A 1HQEA 1C0UA 4RW8A 4Q0BA 4DSIA 4KRFA 4PUOA 2JGUA 3LZIA 1L3TA 3IAYA 4HUEA 3QEPA 4DF4A 5K14A 1XI1A 2OA8A 2GV9A 1WAFA 3AVLA 3NAEA 4I9LA 4OKJA 3HM9A 1N6QA 3K58A 1I39A 4M3TA 2BE2A 1TKTA 5KGWA 4ZHRA 5DMRA 1UAXA 2ATQA 4E1MA 1Q9YA 1ZYQA 1IH7A 1RTJA 1YT3A 4ID1A 4EP4A 4HCBA 3DRPA 3KLIA 3ZT0A 1LWCA 2XO7A 1J54A 1UOCA 1W0HA 4FM0A 1S1WA 3KJVA 4DSJA 4FK4A 1WLJA 2LSNA 2YKNA 3ITHA 4FYDA 1WAJA 3VQEA 1Q8IA 2YNIA 3SPZA 1NK9A 4F2RA 3CM5A 1IKXA 3V9ZA 3SV3A 1RT6A 4CEBA 3O3GA 3LAKA 4CCHA 3LZJA 3SQ1A 3U3GA 4E7HA 2QXFA 4RG8A 3MAQA 4FLYA 4Z4EA 2A1RA 3QEIA 1O1WA 4DG1A 3VA0A 3IG1A 5KRTA 3CFRA 3RMCA 4KHYA 4QOZB 4DSLA 2D0AA 3MEDA 4FM1A 1LWEA 3O3HA 1LW0A 3KLFA 2AJQA 3OYNA 4HHTA 3BGRA 1NK5A 1FXXA 4CHZA 3NDKA 1QS4A 4FLZA 1KRPA 3DYAA 4FW1A 2B4JA 4I2QA 4Z4GA 4FVMA 4E1NA 3L2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ESHA 1NJZA 4XRFA 4I0AA 3ASOH 2CW8A 5LGTA 2RN7A 3AY9A 4H5NA 3OL3A 5AQVA 1K83J 4DQ2A 1HPZA 4KHNA 4B1YB 3SYZA 4XKBA 4A69C 1TWFJ 1ZREA 4IHWA 2W00A 2VBZA 1MU2A 1SMYF 3VEOA 1P92A 5GPAA 2H27A 3SZGA 2OYQA 1N25A 3HOSA 5KTQA 3O4NA 1NGDA 1OLTA 3DWLA 3DEWA 5DS9A 4PFOA 4CZZA 4A0ZA 3V4IA 1IG8A 1QTMA 4DYCA 3RSEA 5DUKA 3UKGA 5FLXZ 5DYMA 1TC3C 3V8JA 2CQKA 2P7VB 5DD8A 5LRRA 3LP1A 5EU7A 4B9TA 4M6YA 3R0AA 4N0BA 5GAGJ 5JHUA 1X9SA 3QDKA 1TL1A 2DT7B 5CE3A 4IJAA 2UZKA 4DV2K 5CYMA 1F1ZA 1Q7YO 4GXOA 1JHHA 4GO1A 3K70C 3UE5A 3VETA 4AYBN 4G7ZF 1HQUA 1R58A 3IRRA 2Y1IA 1B8IA 5DK5A 4BDZA 2PBIA 1R49A 3KIOA 5MLCQ 3DXKB 4KIBA 2P1JA 3F5TA 2L3DA 5K7FA 1JJ8C 4F55A 1FIPA 3W2VA 3DLRA 1AWCA 4WFAL 3QEWA 3A0IX 2F4OB 2IGNA 3WTWC 3VQAA 1TL3A 2NRXA 5ICEA 2W25A 2NS7A 2JQ7A 1X1BA 4Z0UA 3J7ZO 1A5WA 4HWIA 3SLCA 5AQWA 1QHGA 2YCHA 4CJ4A 1XDSA 4LF6K 5C4JJ 1KCFA 2X51A 4WXCA 4IFEA 1HYZA 4PJLA 2WB1A 2YNGA 2COMA 4AIKA 3K6GA 3MECA 2MW8A 4DR4K 2KZMA 5ADXA 1ETYA 4OGCA 3CC4I 5EEAA 3E01A 1UHMA 1A6QA 2I7PA 4FZZA 2HHSA 1IRGA 3J80O 1JLCA 3JSMA 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 1TKT A;  5KGW A;  4ZHR A;  5DMR A;  1UAX A;  2ATQ A;  4E1M A;  1Q9Y A;  1ZYQ A;  1IH7 A;  1RTJ A;  1YT3 A;  4ID1 A;  4EP4 A;  4HCB A;  3DRP A;  3KLI A;  3ZT0 A;  1LWC A;  2XO7 A;  1J54 A;  1UOC A;  1W0H A;  4FM0 A;  1S1W A;  3KJV A;  4DSJ A;  4FK4 A;  1WLJ A;  2LSN A;  2YKN A;  3ITH A;  4FYD A;  1WAJ A;  3VQE A;  1Q8I A;  2YNI A;  3SPZ A;  1NK9 A;  4F2R A;  3CM5 A;  1IKX A;  3V9Z A;  3SV3 A;  1RT6 A;  4CEB A;  3O3G A;  3LAK A;  4CCH A;  3LZJ A;  3SQ1 A;  3U3G A;  4E7H A;  2QXF A;  4RG8 A;  3MAQ A;  4FLY A;  4Z4E A;  2A1R A;  3QEI A;  1O1W A;  4DG1 A;  3VA0 A;  3IG1 A;  5KRT A;  3CFR A;  3RMC A;  4KHY A;  4QOZ B;  4DSL A;  2D0A A;  3MED A;  4FM1 A;  1LWE A;  3O3H A;  1LW0 A;  3KLF A;  2AJQ A;  3OYN A;  4HHT A;  3BGR A;  1NK5 A;  1FXX A;  4CHZ A;  3NDK A;  1QS4 A;  4FLZ A;  1KRP A;  3DYA A;  4FW1 A;  2B4J A;  4I2Q A;  4Z4G A;  4FVM A;  4E1N A;  3L2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ESH A;  1NJZ A;  4XRF A;  4I0A A;  3ASO H;  2CW8 A;  5LGT A;  2RN7 A;  3AY9 A;  4H5N A;  3OL3 A;  5AQV A;  1K83 J;  4DQ2 A;  1HPZ A;  4KHN A;  4B1Y B;  3SYZ A;  4XKB A;  4A69 C;  1TWF J;  1ZRE A;  4IHW A;  2W00 A;  2VBZ A;  1MU2 A;  1SMY F;  3VEO A;  1P92 A;  5GPA A;  2H27 A;  3SZG A;  2OYQ A;  1N25 A;  3HOS A;  5KTQ A;  3O4N A;  1NGD A;  1OLT A;  3DWL A;  3DEW A;  5DS9 A;  4PFO A;  4CZZ A;  4A0Z A;  3V4I A;  1IG8 A;  1QTM A;  4DYC A;  3RSE A;  5DUK A;  3UKG A;  5FLX Z;  5DYM A;  1TC3 C;  3V8J A;  2CQK A;  2P7V B;  5DD8 A;  5LRR A;  3LP1 A;  5EU7 A;  4B9T A;  4M6Y A;  3R0A A;  4N0B A;  5GAG J;  5JHU A;  1X9S A;  3QDK A;  1TL1 A;  2DT7 B;  5CE3 A;  4IJA A;  2UZK A;  4DV2 K;  5CYM A;  1F1Z A;  1Q7Y O;  4GXO A;  1JHH A;  4GO1 A;  3K70 C;  3UE5 A;  3VET A;  4AYB N;  4G7Z F;  1HQU A;  1R58 A;  3IRR A;  2Y1I A;  1B8I A;  5DK5 A;  4BDZ A;  2PBI A;  1R49 A;  3KIO A;  5MLC Q;  3DXK B;  4KIB A;  2P1J A;  3F5T A;  2L3D A;  5K7F A;  1JJ8 C;  4F55 A;  1FIP A;  3W2V A;  3DLR A;  1AWC A;  4WFA L;  3QEW A; 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