3P5JA

The structure of the human rnase h2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
292
structure length
262
Chain Sequence
NTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVATLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDSPHRYFQERGLEAASSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structure of the Human RNase H2 Complex Defines Key Interaction Interfaces Relevant to Enzyme Function and Human Disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase/replication
source organism Mus musculus
total genus 79
structure length 262
sequence length 292
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3p5jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p5jA01
4HCBA 4CGFA 1NJZA 3RTVA 1BCMA 2YKNA 4CJLA 3VQAA 3MEDA 1FK9A 1LW2A 3B6OA 1JLEA 4OPJA 3OYIA 4BACA 3QEXA 3S3OA 3HPHA 3QLHA 1NK0A 4OLBA 2KQ2A 3EY1A 3KK3A 5KGWA 1Z26A 3LP0A 3CFRA 5EU7A 4RW8A 4NCGA 3V9SA 4HUGA 3AVIA 4AHRA 3QNOA 4F4KA 4B08A 5KRSA 3SUQA 1SKRA 1S9GA 3KK1A 1HRHA 4O4GA 5T7BA 3LP1A 4CEOA 4DFMA 4N5SA 4IFVA 3QEVA 3KD1E 3ASMA 3ZSWA 2HB5A 5J1EA 3KTQA 4EZ6A 2VWKA 4DFJA 3DLGA 3VQ6A 2YHAA 4FCYA 4CF8A 4F2SA 4ID1A 4AILC 1UAXA 4N76A 4CJUA 1N5YA 2OPPA 3V9WA 4CK2A 4I9QA 4I2PA 4DTJA 3AVJA 4DTXA 1ZBHA 3NF9A 3M8RA 4DQRA 2HNYA 4RG8A 4E7HA 2G8HA 3RR8A 4CJTA 1BI4B 3DRPA 1BL3A 4Y1DA 2IOCA 1TGOA 1WSEA 3OYNA 4DTMA 3QEIA 2B6AA 3P83D 3ZSXA 3TAGA 4LH4A 2IAJA 1KLMA 3NF7A 1ZBUA 3OYCA 3OYKA 1NJWA 1TL1A 3V1QA 3VQ4A 3SPYA 2E4LA 3AO4A 4N41A 4EP4A 4CGDA 5J2MA 2FC0A 2VG7A 3TI0A 2Z1GA 4PA1A 4FK2A 1JKHA 2OYQA 4EZ9A 4Z4FA 1KSPA 1CXUA 3HSTB 3TWHA 4M3YA 4LY7A 3I0RA 4LSNA 4OGEA 3DLRA 4FJHA 4CJ4A 4E3SA 3L2UA 1EXQA 3S9HA 4O44A 3JYTA 1NK5A 2KZZA 4CJ3A 3I0SA 3QNNA 3C6TA 3WNHA 3OS1A 2BE2A 4DS5A 3RRHA 3QEWA 3SCXA 1BIUA 2F8TA 2ZQBA 3SUPA 2GV9A 4ELUA 1Q8IA 4PUOA 1I3AA 1FKOA 5SZTA 1U4BA 1KVBA 5J2NA 4L8RB 1S5JA 1TVRA 3UIQA 1X1PA 1L3UA 1KFDA 4KTZA 1NK6A 3IRXA 4RW9A 4C8MA 4CHZA 3SYZA 3EYZA 3AVBA 4FM2A 1X9WA 3G0ZA 4DSJA 3CFPA 4FJJA 4CF9A 4BE1A 1VRUA 5C42A 3SV3A 1QE1A 4W5TA 1JLFA 1JLCA 2RKIA 3V9XA 2OPSA 4M3UA 1EKEA 1TL3A 4AHVA 4JS5A 1Y97A 1NJXA 2YKMA 2DFEA 3KKSA 1RT1A 3HO1A 1C1AA 1D5AA 4CE9A 3DOLA 1KRPA 2ZE2A 3DRSA 1IG9A 4K8ZA 3AA3A 4GMJB 3CYMA 1C0TA 4OKEA 4BWJA 4CJVA 4DMNA 2ATQA 1VSIA 3NAEA 3HJFA 1HNVA 4O5BA 4E0DA 3V1RA 3VA3A 3HVRA 1Z25A 3AA5X 4M3WA 3L2QA 4CJRA 4J2EA 3RMCA 4F3TA 5HRPA 4E7KA 1NK8A 2OPQA 1BIZA 4E1MA 1HJRA 5CY4A 3K57A 3MECA 4RW7A 3QEPA 5I3UA 1ZBLA 1Q9YA 4FJNA 3OYAA 4JRPA 3NGIA 2HHQA 1EETA 4KHNA 1DLOA 4OKKA 4Q5VA 3O3GA 1WAFA 4FJIA 3VQBA 3LP2A 1C0MA 3MXIA 1XHXA 2EHGA 3OYGA 4B9VA 4K8XA 3TAEA 1S1TA 5HP1A 4FJKA 4KV8A 1JLAA 4DSEA 3O4NA 4H8KA 4DTPA 3OS2A 3LP3A 4QOZB 1D9FA 1HMVA 2IDOA 5I42A 3HXMA 2XO7A 3ZSOA 1WSHA 4C8KA 2WONA 2XY6A 4DQSA 1EX4A 1RT2A 2G8UA 4DTOA 1IKVA 4LSLA 3DM2A 4IKFA 3FFIA 4HUFA 1VSFA 3HT3A 4BDYA 3NH0A 1RBSA 4CJEA 1JLBA 2XY5A 4FW1A 4R5PA 3VQEA 4KHYA 3JSMA 4BE0A 1VSEA 5E41A 1N6QA 2ITGA 3IG1A 3AVHA 1XHZA 3PUFA 4F8RA 1XWLA 3L2VA 1RBVA 2BGGA 1RNHA 3T19A 1NOYA 4E19A 1NOZA 5FRNA 4KO0A 1RDBA 4FJ9A 4CEEA 2X74A 4QCLA 1ASUA 3AO1A 4CHQA 2D0CA 4E7LA 1SL1A 3RR7A 4KI6A 2A1SA 5FROA 1VSJA 4M41A 3ZSRA 4DG1A 4HUEA 1WSFA 4NYFA 1TKZA 1VRTA 4FM1A 1W0HA 4J2AA 4CIGA 4QAGA 5SWMA 4OVLA 3ZT3A 1HNIA 1R0AA 1KVCA 4KRFA 5C25A 2XHBA 1BQNA 2HW3A 2E6LA 4RW4A 1NKEA 4CGIA 3M8PA 5KGXA 3OYDA 3OY9A 1RTHA 1UWBA 2NUBA 3B6PA 4CF0A 4CHOA 5DK5A 1REVA 3E01A 1ZBFA 4DU3A 3S3MA 3V9ZA 1NJYA 3SZ2A 2OZMA 4ELTA 4EP5A 4KHWA 4F2RA 3OYJA 4CHYA 2JGUA 3TAQA 5HRRA 4Y1CA 4FJ5A 4DTSA 2P5GA 2O4IA 2YNHA 3DLEA 4NCBA 1RT6A 4B8CA 4F3OA 1G15A 4J2DA 2HHVA 1SKSA 3LPUA 2YNIA 5JS2A 4FJGA 3OVNA 4Q0BA 1CXQA 2PY5A 3P5JA 1WAJA 4CIEA 2Y1JA 2YHBA 1LWEA 4FLVA 1VK0A 1LAWA 4CGGA 1RT7A 4BE2A 1ITGA 4M3ZA 1SL2A 2ZD1A 3OYMA 4DSIA 3AVMA 4N47A 2D5RA 3S3NA 1HQEA 5J2QA 2F96A 3DYAA 3F9KA 3K5OA 4FLWA 4DLEA 1KFSA 1TK8A 3F73A 1IH7A 4OGCA 4OJRA 1BGXT 3OJUA 3ZT0A 1B9FA 3CG7A 3V81A 4KB0A 3ZSVA 4BDZA 2IS3A 2DY4A 4N56A 4Z4GA 1U48A 1QSSA 5HRSA 4CFBA 3EZ5A 3DI6A 4JS4A 3MXJA 3KLHA 3D45A 4DFPA 1CLQA 3LAKA 1J9AA 3NF8A 4KKOA 4W5QA 1VSDA 1TKTA 3ZT4A 4FK0A 1F21A 2DFFA 1RT3A 3KLGA 5KI6A 4ID5A 4BWMA 1LW0A 3HPOA 2GUIA 3PV8A 3HP9A 4CK1A 1A5XA 2HNZA 3K2PA 3AO2A 2Y1IA 5HLFA 4KHUA 1NK4A 3OS0A 3D0PA 4AH9A 1BQMA 1KCFA 4CEQA 3SQ1A 1RDCA 3ALYA 3TAMA 2P1JA 1J5OA 1T03A 3OYEA 2FBXA 3MEEA 2JLEA 4WE1A 4ZTJA 1KVAA 3WNEA 3DMJA 3L8BA 4AHUA 2PYLA 4CJQA 2OA8A 3L2RA 5KTQA 1IO2A 2Z1IA 4CFAA 3NH1A 3O4QA 2B5JA 3LAMA 4Z0UA 4YNQA 3PX4A 1S9EA 3U3GA 1J53A 5CZ2A 4HVJA 2HVHA 3VQ7A 3ZT1A 3CQ8A 4DTUA 2XY7A 2KFZA 1BHLA 1U45A 3VQCA 1W9HA 3DLHA 5FRMA 3K5MA 1K6YA 4DWIA 3LDSA 3WNFA 1XC9A 4XIUA 1B9DA 4MQ3A 3RRGA 2EX3A 1JXEA 1UOCA 5D3GA 4DSLA 1JL2A 3K5LA 4GW6A 2YV0X 1IKWA 4FLXA 1QSLA 4B9LA 3RWUA 4FYDA 4CK3A 3KIOA 1RTIA 4FW2A 4DLGA 3NBPA 2FBYA 2VWJA 4Z4HA 3VQPA 2G8FA 3KD5E 3IAYA 3MEGA 4FLUA 1ASVA 4CEBA 4M42A 2QXFA 2GBZA 2LSNA 4CFCA 5HRNA 3KLFA 3K59A 3I8DA 3MXMA 2VG6A 1NK7A 4KTWA 2VG5A 4CEZA 3QINA 4CJPA 4CEDA 4CECA 2XRIA 3AA4A 5C24A 4FLTA 1RT4A 3SQ0A 4CEFA 1YVUA 3T1AA 4W5RA 3M8SA 1DTTA 2YNFA 3AVKA 1ASWA 1WLJA 3ZSZA 4FLZA 4CHPA 4DTNA 3SI6A 1ZBIA 3AVNA 4JLHA 3NE6A 3QETA 1VSHA 2G8IA 4FJ7A 3L2WA 3V9UA 2D0AA 4FJXA 2KFNA 2D0BA 1IKXA 4MFBA 4E1NA 3OYHA 1O1WA 3NDKA 5J2PA 4W5NA 4CJSA 3TAFA 1L3SA 3C94A 2FBTA 4RW6A 2HMIA 4KREA 1BCOA 3OYFA 3QIPA 1BI4A 3OYLA 3AO3A 3OYBA 3SPZA 5DMRA 3RMBA 4DU4A 1IKYA 1JL1A 1T05A 3H08A 2HVIA 2A1RA 3KLIA 4CF2A 2R7YA 3OJSA 5JS1A 4ELVA 4O0IA 1QTMA 2O4GA 2WOMA 2B4JA 5CYMA 3HYFA 1HYZA 1CZ9A 1S1UA 1SUQA 2Q3SA 4KB1A 1RT5A 3VA0A 3TANA 1UA1A 2RF2A 1YT3A 5HBMA 1DTQA 4DU1A 1WN7A 4G1QA 4CESA 4CHNA 4E7IA 3V6DA 1RILA 3VQQA 3SV4A 4DTRA 4O0JA 4B9SA 4CJKA 3A2FA 4FM0A 4FK4A 1RBTA 4DQQA 5CYQA 3VQ9A 3IS9A 3VN5A 4CJFA 2RPIA 3AO5A 4TSXA 4B8AB 1C1CA 3ZSQA 3NH2A 5KRTA 2XY8A 3G10A 1QSYA 1L3VA 1YTAA 4FLYA 4M3TA 2IC3A 3P1GA 3U3YA 4CJWA 2FBVA 3HVTA 1HYSA 2HHUA 1EP4A 3LANA 4I7FA 4FJMA 4HTUA 1X9MA 3LWLA 1TK5A 4IG3A 1KLNA 4JRQA 1JLQA 3LWMA 3TABA 1I39A 3SUOA 3PO4A 1RCHA 1NK9A 1RDDA 3AA2A 3DLKA 1TV6A 4Z4EA 2AJQA 1BISA 1WSGA 4NYNA 4OLAA 4W5OA 4IBNA 2BDPA 2QK9A 1TAUA 2IGIA 1S1VA 4CGHA 1C0UA 4M3RA 4Z4IA 1C6VA 4KTQA 3DRRA 3ISNC 4FZYA 3NGYA 3THVA 5FDLA 4AHCA 1CZBA 4IG0A 3C6UA 3LZIA 4BDPA 3SUNA 1VSLA 1TAQA 3HPGA 2Z1HA 1RDAA 3KJVA 1RTJA 1TK0A 1LAVA 1S1XA 4O55A 3ZSYA 4DQIA 4C8NA 3DLBA 3KK2A 4OKJA 5HROA 3PX6A 3CM6A 4DS4A 3L3VA 4OPKA 2KW4A 1VSMA 4B3OA 1J54A 2F8SA 1TKXA 3C95A 2HHWA 3LPTA 3T3FA 3NGZA 4B9NA 1LWCA 4KHSA 3WNGA 3TARA 1NKCA 4KHQA 1KTQA 4FVMA 3NCIA 3DOKA 2QKKA 3NF6A 1D8YA 4CGJA 3AVGA 5CZ1A 1WSIA 4YFUA 1T8EA 4C8LA 3NHGA 4M45A 1L3TA 4AHSA 4FJ8A 1FXXA 3M8QA 1HPZA 1VSKA 3K58A 3RMAA 1MU2A 1WNSA 1U49A 3KKRA 4B9MA 3BGRA 4B9TA 3VQ8A 1HQUA 2I5JA 1SKWA 1RTDA 1D9DA 3QIOA 3O3HA 1QQCA 2OZSA 2Z1JA 4DSKA 3PO5A 1QHTA 4CFDA 3O3FA 1LV5A 2HHSA 3K5NA 3ULDA 3RMDA 1X9SA 4DSFA 4ICLA 3AVCA 4KFBA 1S1WA 3SQ2A 1TKDA 4FZXC 2HHTA 1JXBA 1UA0A 3AVAA 3CFOA 4E89A 4CEAA 3SNNA 3VQ5A 4I9LA 2ETJA 3ZT2A 1Q9XA 4FZZA 1GOBA 4KAZA 1QS4A 4CIFA 2X6SA 1JLGA 4HCCA 2DTUA 3V4IA 3BDPA 4PQUA 3V1OA 4DFKA 3SQ4A 4FJLA 2DFHA 2P51A 1RBRA 2X78A 3CM5A 4H4MA 3HP6A 3U6FA 2G8VA 1U04A 4ZTFA 3PX0A 2HHXA 4LD0A 4H4OA 1A5VA 4IFYA 4LH5A 4NCAA 4I2QA 3PY8A 4KI4A 2YNGA 3TAPA 4CF1A 4IDKA 4CJ5A 1ZYQA 2PZSA 2KTQA 2KZMA 3NFAA 3ZCMA 4E7JA 1SV5A 1FKPA 2PYJA 3ITHA 4DQPA 3TR8A 4Z4CA 1YTUA 4DF4A 2W42A 2QKBA 2HNDA 3HL8A 1GOAA 2RN2A 4GVMA 2G8KA 5K14A 4CERA 1RBUA 1S6PA 2G8WA 3LZJA 4UQGA 4KPYA 4DF8A 4J2BA 4FXDA 4ZHRA 3SJJA 4PWDA 3QO9A 4AHTA 1T7PA 4B9UA 3AVFA 3AVLA 4M3XA 2P5OA 3AV9A 3VQDA 1HYVA 2BANA 1C1BA 4C8OA 3L3UA 3QESA 1SL0A 1LWFA 2OPRA 1GOCA 4HHTA 3QERA 1S6QA 3HK2A 1NKBA 1L5UA 3MAQA 1U47A 4PY5A 2E6MA 3LALA 4CCHA 1XI1A 3KLEA 1WSJA 2X6NA 3HM9A 1A5WA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M5YJ 2DJIA 4G6TB 2KRFA 3U1KA 3VQAA 2IVOA 4OLBA 1Y0UA 1IV6A 5KGWA 1Z26A 3T1HK 1ONVA 2WY8Q 5AONA 2MSYA 2HB5A 3CCUI 2Y75A 4BR0A 2ELKA 2KHMA 5LHIA 4S04A 5F1JA 3AVJA 1P6RA 2HEOA 3S15J 3SMSA 2FSWA 3DRPA 1RETA 2KISA 3F6VA 3QEIA 4CZGA 1KLMA 3VDXA 1FY7A 2Y31A 1CZAN 1IG8A 2VWBA 2FC0A 4M3YA 2EZHA 4MIMA 3S41A 4LOCA 2QUFA 1EXQA 1TUUA 4B47A 4CJ3A 3OL4A 3QNNA 4YIRX 1R7JA 3RCOA 4AVZA 3G25A 2M2EA 4ANJA 5F6FA 3CCJN 4OIOF 3PIOF 2DMQA 2AHQA 3FDYA 2X85A 3CPWM 1C1AA 3H9JA 3DOLA 3AA3A 2DK5A 2XKPA 4K41A 3VA3A 4ILJA 3HVRA 1YJ9N 4HNUA 1VQPI 3QB0A 5FD6A 2R7RA 3TSQA 4P55A 1XGSA 2M8GX 1D4XA 2E2IJ 2EHGA 4B9VA 4M3BA 1R1UA 5EEHA 1JLAA 4M3GA 2WONA 1JE8A 4DTOA 3Q7BA 1YXQA 3AVHA 3PUFA 1BR2A 3T19A 3VERA 1OCTC 2NVYJ 2A41A 1KQSM 4IQ4A 1R4NB 4MNUA 2W00A 1VQ4I 3UNGC 5M5WJ 3FHNA 1HA8A 3ZX2A 3IH4A 1R0AA 1BC7C 4RW4A 3THWB 4QIWN 1UWBA 5IPAA 3HTUA 2HNHA 2X48A 2HFHA 3GVAA 1FOWA 4J2DA 4XLEA 4YOWA 1RT7A 1U2WA 1SS6A 2HXOA 2W85A 4DSIA 2KJCA 4IOCF 5JFRA 2KIUA 1J09A 3T5XA 2KQRA 2YCHA 3ZT0A 2Q0OA 4JKAA 3WU2C 4Z4GA 4IZ9A 2ZBKA 4D5CA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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