3P5JA

The structure of the human rnase h2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
292
structure length
262
Chain Sequence
NTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVATLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDSPHRYFQERGLEAASSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structure of the Human RNase H2 Complex Defines Key Interaction Interfaces Relevant to Enzyme Function and Human Disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase/replication
source organism Mus musculus
total genus 79
structure length 262
sequence length 292
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3p5jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p5jA01
1GOAA 3TABA 5KGXA 3SI6A 2BE2A 3V9UA 1X9MA 4B08A 2IC3A 4ZTJA 5CYMA 3K5NA 4FK0A 3SZ2A 1L3UA 3DYAA 4KO0A 3MAQA 4ZTFA 3SUOA 1O1WA 1XHZA 3F73A 3AA3A 1JXBA 3O3HA 2Y1IA 3M8QA 3NE6A 3SCXA 3ZSRA 1UAXA 4HUFA 3NHGA 1JLBA 4QAGA 1FXXA 1NK6A 4CGGA 3EY1A 1VSLA 3ZCMA 3QINA 3VQ9A 3TANA 4IG0A 4HCCA 2G8UA 4W5NA 3QEVA 2IOCA 3AVBA 4W5QA 1S9EA 4FM1A 4H4OA 4PWDA 4M3YA 1S1UA 4EP5A 4M3XA 4KREA 4BE2A 3DRPA 2RPIA 1QHTA 5CYQA 2DFEA 3QERA 2BGGA 3VQQA 3VA3A 2XO7A 4YNQA 3V9XA 1NJYA 4KRFA 2F8TA 4ELTA 2OA8A 4KV8A 4O5BA 1KTQA 2A1RA 1EXQA 1RCHA 4B9VA 4FJNA 2KFNA 3HL8A 1L3SA 1S5JA 2X74A 5HP1A 3HSTB 3QEPA 3AO2A 1VSHA 1CZBA 3ZT0A 4R5PA 4IG3A 1GOBA 3ZSQA 3SUQA 4F3OA 4F8RA 3L3UA 3O3GA 4DTMA 3PX4A 5J2MA 2DTUA 5J2NA 1NKBA 2E6MA 1TKXA 4KKOA 2F96A 3WNHA 4AHCA 4E7JA 4DF4A 1SKRA 3O3FA 4O0IA 4CEOA 3NAEA 3K5LA 3D45A 2LSNA 3AO3A 4CEZA 3S3OA 4FJHA 1ZYQA 2YNHA 4DSIA 1S1VA 3B6OA 1HNIA 1Z26A 4IDKA 3MXMA 3OS0A 1QSYA 1VSMA 3RWUA 4W5RA 4BDYA 5JS1A 1RTDA 3WNEA 1ASUA 3P83D 4RG8A 2E6LA 4CGHA 1J54A 4N5SA 1RBUA 3NGIA 4DSLA 1KVAA 1RTIA 4ID5A 1GOCA 4CK2A 3SPYA 1T8EA 3K2PA 1CLQA 1SV5A 4DQQA 4EZ6A 1HPZA 2G8HA 5CY4A 4DLEA 2HNZA 3NF8A 3CFRA 4MQ3A 3NCIA 2ETJA 3NF6A 3QLHA 4CHOA 2FBXA 4KTZA 4HVJA 2FBYA 4M3ZA 4QCLA 2HMIA 3PUFA 5KI6A 3ZT2A 4M42A 5KRSA 4E7LA 1FK9A 1T03A 4DSFA 3OYMA 4JRQA 1VRTA 4KHWA 1QE1A 3ZSWA 2B5JA 3OYJA 4FLXA 2HB5A 2IGIA 1ZBHA 4FW2A 4CJFA 4W5TA 5J2QA 2Y1JA 1L5UA 4Q0BA 1HYSA 1NKEA 3DOLA 3V1QA 3LDSA 5E41A 4BDZA 4NCBA 4NCGA 3F9KA 4CJTA 1HRHA 2XRIA 4CHNA 1RTJA 3OYNA 3KJVA 4Z4IA 3CYMA 5K14A 3JYTA 3DM2A 2D5RA 4NCAA 4PA1A 4CHPA 2D0CA 2IDOA 3P5JA 3IG1A 1C1BA 4QOZB 3LPUA 3AVAA 4FJMA 2O4IA 4ZHRA 5D3GA 2VG5A 3SPZA 2RF2A 4JS5A 1NJZA 4FJXA 4L8RB 5FDLA 4E3SA 2HHQA 1ITGA 3CM6A 4KHNA 4I9LA 2NUBA 3SQ1A 2OPPA 4I2QA 3KD5E 3NBPA 4Z4EA 1DLOA 1A5VA 4E1MA 2WONA 4KHSA 4CJUA 3OYHA 4C8LA 4FZZA 3AVGA 4CJ3A 3OY9A 2XY8A 1C6VA 1F21A 2RKIA 3IS9A 4FW1A 3HPGA 4O4GA 3BGRA 1QSSA 2BDPA 1LWFA 1DTQA 3LP0A 4JRPA 1JLGA 2HVHA 4GW6A 1U04A 4YFUA 1IKYA 2YNGA 3DOKA 4FJLA 4KI6A 2ITGA 5T7BA 4FLVA 4CERA 2WOMA 1BISA 1KFDA 4DTRA 1I39A 3KKRA 1HYZA 4BE1A 3V9SA 4C8KA 2ZE2A 3ULDA 3LAKA 3V4IA 3RMDA 3AA4A 3PX6A 1XI1A 1T7PA 3DLBA 4FLTA 4I9QA 1RBSA 4E19A 1YTUA 1RDCA 3LP2A 4O44A 4K8XA 2D0AA 2YKMA 4AILC 3HXMA 1SUQA 3V9WA 3VQ6A 5HBMA 3K59A 4CK1A 3U3GA 3TARA 4DLGA 2D0BA 4E89A 4F3TA 1EETA 4CFBA 2Z1IA 4B9NA 3OYGA 1RBRA 3LALA 3K57A 4PY5A 3TAMA 4CJKA 2X6NA 5J1EA 4CE9A 1NKCA 3ZSZA 1VSEA 3QESA 4JLHA 1BI4A 5C24A 3CFPA 1T05A 1C0MA 3SYZA 3SJJA 2KW4A 4CJRA 1NK9A 4CIFA 4KHYA 3VQEA 3NF7A 3SNNA 3K5MA 4B8CA 3QNOA 3NFAA 1G15A 3I0SA 1XHXA 1LW0A 2Z1JA 4ELVA 4KHQA 1TAQA 1NK5A 5FROA 1TK5A 1BQMA 1TGOA 1J5OA 1IG9A 4CJ4A 3T3FA 3G10A 4Z4GA 4B9MA 3E01A 3OVNA 1IO2A 1NK8A 4FJ9A 2QK9A 4Z4CA 4E7HA 2OZMA 1BGXT 3HO1A 4LSLA 4B9SA 2HHVA 4B3OA 1VSFA 2RN2A 1C1AA 1VSJA 2OZSA 4KFBA 2PY5A 4FLZA 3RMBA 3NDKA 1LWCA 2VG7A 5J2PA 3HPOA 1SL2A 2HNYA 3P1GA 1HMVA 4I2PA 3RMCA 5SZTA 1NK7A 1C1CA 4PQUA 4DFKA 4DTNA 1BIZA 4XIUA 1SKSA 1S6PA 2YNIA 3AVIA 3AV9A 4CJEA 1X9WA 3HYFA 4CFDA 3VQDA 3L2QA 3OS2A 3LPTA 3ZT1A 1TV6A 4KPYA 1YT3A 1U48A 2QKKA 4AHRA 4F4KA 5HRSA 2VG6A 1NOYA 1C0UA 1U47A 3KTQA 3PO4A 4DSKA 1C0TA 3THVA 4KB1A 4FM0A 4DQSA 4CJLA 1IH7A 2GUIA 3NH2A 4FK4A 1B9DA 1ASVA 4FXDA 3SQ2A 3KLEA 3C6TA 3NF9A 3O4QA 4RW6A 2XY7A 2PZSA 4M45A 4CJWA 1L3VA 1HNVA 2JLEA 3ZSOA 4M3UA 4E0DA 3VQBA 4B9LA 4HUGA 2G8IA 4C8NA 4OLAA 3M8PA 3C95A 4CEBA 4FVMA 4NYFA 4HCBA 1VRUA 1W9HA 1SKWA 3G0ZA 4OGEA 3LWMA 1TKDA 2W42A 3ZSVA 3OYEA 2GV9A 1RT6A 4CF2A 1XWLA 3OYBA 4DU4A 4FZXC 2KQ2A 3MEDA 2O4GA 4GVMA 4KI4A 4DSEA 4FJ5A 2G8VA 4LD0A 2PYJA 3DI6A 3OYLA 2HHWA 1B92A 2HHTA 3LANA 1EKEA 2YNFA 4CGJA 4RW4A 1ZBUA 3QEXA 2A1SA 3C94A 4AHSA 1TAUA 3M8SA 3PX0A 4C8OA 4NYNA 2X78A 1LWEA 3BDPA 4B9TA 2KTQA 3IRXA 4J2AA 3AVLA 3S3MA 1JLAA 3MECA 5CZ2A 4BWMA 4M3WA 4DFJA 3OYIA 1RDBA 3U3YA 3AA2A 3CFOA 4CJSA 2KFZA 1WSFA 4DTSA 2FBTA 2DFHA 2HNDA 1R0AA 4CJQA 4CESA 1YVUA 3U6FA 3EYZA 2FC0A 1KLMA 5HRPA 1IKWA 5C25A 1D9DA 2OPSA 2XHBA 1KFSA 3IAYA 4FJ8A 3DMJA 3L2WA 2BANA 5SWMA 3V1RA 4CEDA 1UOCA 4F2SA 3AVKA 2B4JA 1Q9YA 4FJJA 1KVCA 4DTUA 3M8RA 2EHGA 3MEGA 4FCYA 4GMJB 4OVLA 3AVJA 3VQ4A 1U4BA 4N41A 1JL2A 2IS3A 4H8KA 4FLUA 2F8SA 1J9AA 1BIUA 3DRRA 3NGYA 2X6SA 1BCOA 2EX3A 1HQEA 1KRPA 4HTUA 4DS4A 1S1XA 4ID1A 2Z1HA 1NK0A 3JSMA 3K58A 4FJGA 1NJWA 1TKTA 3DLGA 4J2BA 4FK2A 3TI0A 3KK3A 3S3NA 4MFBA 4Z0UA 1K6YA 1WSIA 1WN7A 4HHTA 1SL0A 2Z1GA 4IFYA 1WSEA 4LH4A 4PUOA 1S9GA 3QNNA 3MEEA 3KIOA 3NH0A 1BI4B 4CIGA 4CF1A 3QETA 3V81A 4CEAA 3AO5A 3OYCA 4DTPA 5C42A 1XC9A 4CCHA 4DQRA 3VQ5A 4CK3A 3AVCA 2B6AA 4LH5A 4Q5VA 4LSNA 1A5WA 4DFMA 4J2EA 3S9HA 3KKSA 4OKKA 1WSJA 1UA1A 5I42A 1LV5A 3KK1A 1KSPA 2OYQA 2P51A 3CG7A 3FFIA 1I3AA 1A5XA 2YV0X 3H08A 3L3VA 4RW9A 3SQ4A 4ELUA 4M3RA 5JS2A 3QEIA 4EZ9A 4M3TA 1B9FA 1BHLA 4Y1DA 3RRGA 3DRSA 3TAGA 4AHTA 3L2VA 4TSXA 1WSHA 4ICLA 4WE1A 3SUNA 3DLRA 1SL1A 1HJRA 3VQ8A 3K5OA 2ZD1A 3ZSYA 1WAJA 1CZ9A 3CQ8A 3RMAA 2P5OA 1JKHA 3C6UA 1JXEA 4N47A 4CEFA 4CJVA 4E1NA 3HP9A 3UIQA 3RTVA 3HK2A 3V1OA 4CEQA 2AJQA 1ZBFA 4AHUA 1NOZA 1D8YA 4RW7A 1RT7A 1QQCA 4IFVA 4CFCA 2I5JA 3L2RA 1BQNA 1EX4A 1TL3A 4B8AB 4CHYA 4CFAA 4CF8A 4CF0A 1QSLA 5HRRA 3T19A 1IKXA 3OS1A 3TAPA 3HP6A 3AO4A 3AVMA 1JLCA 3SV3A 2YKNA 1RNHA 3MXIA 3ALYA 4EP4A 3AO1A 3QEWA 4KAZA 1JLEA 1RBVA 1FKOA 2KZMA 1ZBLA 3O4NA 1Q9XA 4J2DA 3VN5A 5HRNA 4F2RA 1MU2A 2ATQA 4OKJA 3L2UA 1REVA 4DU3A 4G1QA 1QS4A 2YHAA 1RT2A 4DG1A 4N76A 4KHUA 3LP3A 3KD1E 1TK0A 4CHQA 4FYDA 4Y1CA 4O55A 5HLFA 5FRNA 1NK4A 3OYFA 3L8BA 1L3TA 2Q3SA 3I8DA 3HPHA 1W0HA 2VWKA 3QIPA 1RT5A 4DMNA 4DFPA 2YHBA 2HHSA 1N6QA 4KTWA 1CXQA 3TAQA 2VWJA 1TL1A 4BDPA 2HW3A 4DWIA 3LZIA 4OLBA 1RBTA 4DU1A 4FM2A 2P1JA 3RRHA 3LAMA 3TR8A 1S6QA 1JL1A 3OYDA 5I3UA 1X1PA 1RT1A 4CHZA 1D9FA 4B9UA 4O0JA 2G8WA 3RR8A 4AH9A 4OJRA 3PO5A 5DK5A 3OJUA 2GBZA 4FJKA 1LAWA 4CGFA 4K8ZA 2OPRA 3QO9A 3KK2A 4FZYA 3LP1A 2P5GA 3QIOA 3LZJA 1KVBA 1VSKA 1S1WA 4E7IA 1Y97A 1WAFA 4IBNA 4BWJA 3VQ7A 3T1AA 4CIEA 2XY5A 2DFFA 3HJFA 3ASMA 3HVTA 3MXJA 3HM9A 4KB0A 3B6PA 3AVHA 2G8KA 4FJIA 4LY7A 4AHVA 1KLNA 2HVIA 4FLWA 4OGCA 1HYVA 4CECA 1RDAA 1X9SA 4CEEA 3VA0A 1Z25A 3OJSA 1U45A 4CGIA 1KCFA 1WNSA 4Z4HA 1RT3A 3HVRA 1HQUA 3OYAA 2IAJA 3A2FA 3PV8A 3KLFA 1JLFA 4CF9A 3TAEA 4DSJA 5KGWA 4H4MA 5CZ1A 4DTJA 4CJ5A 4Z4FA 2DY4A 1JLQA 1VK0A 1LW2A 3KLHA 1J53A 1U49A 1CXUA 1RILA 3DLEA 3NH1A 1RTHA 1D5AA 2E4LA 3AVFA 1BCMA 1EP4A 3TWHA 4BACA 2R7YA 1YTAA 5FRMA 1UWBA 4CGDA 1VSDA 4IKFA 1FKPA 4DQPA 2ZQBA 4N56A 4FLYA 1VSIA 3VQCA 1TK8A 3RR7A 1DTTA 4JS4A 4FJ7A 3VQAA 4CJPA 3SQ0A 3WNGA 1N5YA 3VQPA 1TVRA 2QXFA 2JGUA 4W5OA 5KTQA 3SV4A 2HHUA 3ISNC 4OKEA 3D0PA 3SUPA 3AA5X 1Q8IA 4DF8A 3TAFA 2OPQA 4HUEA 4DS5A 3PY8A 4OPKA 2QKBA 1QTMA 3NGZA 2HHXA 2G8FA 3AVNA 4UQGA 3I0RA 4DTOA 1NJXA 2PYLA 1IKVA 5DMRA 3EZ5A 4E7KA 4C8MA 1WLJA 3ZT4A 3DLHA 4KTQA 4BE0A 4OPJA 3KLGA 4DQIA 3DLKA 1BL3A 3WNFA 3LWLA 1TKZA 1WSGA 3ZSXA 1UA0A 1ZBIA 3HT3A 1RDDA 1RT4A 4RW8A 3ITHA 4I7FA 5EU7A 1LAVA 4DTXA 1ASWA 3KLIA 3V9ZA 3CM5A 1S1TA 4M41A 3ZT3A 5HROA 2KZZA 2FBVA 3OYKA 3V6DA 5KRTA 2XY6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5JA 1D0YA 3RTRA 3TDUC 2IC3A 3SZ2A 2BHYA 4KO0A 4IRGA 3M8QA 1KU7A 1T95A 2GQQA 3VDXA 3QWLA 4FL9A 3IWFA 2FD5A 2VXZA 3QOEA 3BR2A 3TSQA 3KZZA 3PX4A 3DEUA 4BY9C 3CUQC 5TISC 4BS9A 3S2HJ 3MXMA 4RAZA 3ZQCA 4IRHA 4XH5A 3NVKA 4W5RA 2Z99A 1J54A 3RPQA 3SPYA 3NMUA 2HNZA 1O13A 3HGGA 4CHOA 4M3EA 5FB2A 4HVJA 2Q2EB 5BRFA 4U0YA 4M3GA 3Q0UA 3JRCA 2E2IJ 2RAEA 4PA1A 4A3DJ 4FJMA 3BPVA 5GADJ 1ZG3A 2DA7A 4E3SA 2OPPA 1W5SA 2LVSA 1SFOJ 3G6EN 2VJIA 3D2FA 1VQ8I 1R1TA 3OW2M 1HYZA 2DDAA 3SFZA 5FPNA 2Y9YA 1RBSA 1YTUA 2Q31A 4CZMA 3CF2A 3K4KA 2YX4A 1WUAA 4CK1A 5M1QA 4NLBA 2HR3A 3AAFA 3OWTA 2P0WA 2Z33A 4U7BA 1ESVA 3SJJA 4KNYA 1QZ5A 3QNOA 2Z1JA 3CJ7A 2E8AA 3ZOBA 1TK5A 2OU2A 1ZYRF 4BC2A 2ZXIA 2CGJA 5ADXH 2HXIA 3I56I 3KYLA 3WXKA 3WT0A 3FDYA 1V4SA 2VC0A 3U9DA 1RNLA 1VQ4N 3CTAA 5FD5A 3HPOA 2WB1A 4A2BA 4LF4K 3LPTA 4KPYA 5F2RA 5HRSA 4DSKA 2QQ9A 4DQSA 4PL8A 1SS6A 2W84A 2PZSA 1FP1D 2OCCH 4C3IJ 1TKDA 3ASNH 1YG2A 4FZXC 3H36A 1YW9A 2YHYA 3HYIA 2E2NA 1ZBUA 2GBYA 1TAUA 4MTEA 1X3WB 4PSXA 3ECHA 4RTFD 2V6EA 5FJ8J 4BGBA 3EQLF 1HKCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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