3PUFA

Crystal structure of human rnase h2 complex
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
299
structure length
270
Chain Sequence
MDLSELERDNTGRCRLSSPVPAVCRKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLPRLADLEALKVADSKTLLESERERLFAKMEDTDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTATGLIQYALDQGVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQSFPGIEVTVKAKADALYPVVSAASICAKVARDQAVKKWQFVEKLQTDYGSGYPNDPKTKAWLKEHVEPVFGFPQFVRFSWRTAQTILEKEAEDVIWEDSSHRYFLERGLESATSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structural and biochemical characterization of human RNase H2 complex reveals the molecular basis for substrate recognition and Aicardi-Goutieres syndrome defects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 77
structure length 270
sequence length 299
chains with identical sequence D, G, J, M, P
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3pufA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3pufA01
3TAQA 1NK5A 3SCXA 5I3UA 4FJGA 1RT3A 3C94A 3HPOA 3DRSA 4H4OA 1QE1A 3ASMA 4KTWA 4KV8A 3CM5A 2YHBA 4ID1A 3PX0A 1IH7A 1NK7A 1ASVA 1L3VA 3V9UA 3NF6A 5DK5A 3TAPA 3ZSXA 2PY5A 2YV0X 5HRSA 4YFUA 3ITHA 1NK4A 2XY8A 4LSLA 1IG9A 1IKXA 3JSMA 4JS5A 3LAMA 2OPPA 4FXDA 2QXFA 3B6PA 5HRRA 1VSLA 4HUGA 5CYQA 2B4JA 4OKJA 1S6PA 1UAXA 4O5BA 4DF8A 1HMVA 1UOCA 2I5JA 3K5NA 2YNGA 1GOCA 2BDPA 3ZSRA 3SV4A 3CYMA 3C6TA 3DRPA 3VQ7A 2HNZA 4CGJA 2G8FA 1NJXA 3RR8A 4CHNA 4J2BA 4DFJA 2VG7A 1J9AA 1FXXA 4JLHA 1S9EA 4IBNA 1L5UA 3PX6A 3L2QA 4IKFA 3T3FA 2F8SA 3OYAA 3SPZA 3NFAA 3V6DA 2DY4A 2VWKA 1WSFA 4HHTA 4FZXC 1B9DA 4RG8A 4M3WA 3K5OA 4F8RA 3SYZA 3IS9A 1RDDA 1WSJA 4E1NA 4HVJA 3M8RA 3I8DA 3LANA 4CF0A 4CJLA 3QLHA 3SZ2A 3AVAA 3ZSVA 3A2FA 5I42A 4DTPA 2XY6A 1U48A 1T05A 2HW3A 2B5JA 2HHTA 1N6QA 3PV8A 1RCHA 2HB5A 5FDLA 3ZSWA 3ZT3A 4OGEA 4FJXA 2HVHA 4CJKA 1RBVA 4KO0A 4FJ8A 2G8WA 4M3TA 1FKPA 1A5XA 3PUFA 1EXQA 4F3TA 4MQ3A 3TARA 3SUNA 2A1SA 4LH4A 3U3GA 1JLEA 3BGRA 4N76A 2P51A 4F2SA 1VSMA 4KTQA 1XHXA 1JLCA 3L2VA 4DU4A 1KRPA 1B92A 4RW8A 4CJFA 5J1EA 3DLEA 3RMAA 5CYMA 3NH0A 4AHRA 1BHLA 4CE9A 3KIOA 3QINA 3NGIA 2OZMA 4ELUA 1TV6A 3RMBA 2E4LA 3V9ZA 3S3MA 1RDBA 4DS4A 4I7FA 3TANA 2IDOA 4CF9A 3SJJA 1TKDA 3AO4A 3OYGA 4ZHRA 4F3OA 4KFBA 1Z26A 3VQ9A 4W5NA 3L3VA 4CGHA 4KI4A 3RMDA 4DF4A 2HHUA 3KLFA 4PUOA 4DLGA 4C8MA 3RRGA 3NF8A 4OVLA 3ULDA 4J2DA 4E7HA 1TAUA 4BDPA 3ZSYA 3P1GA 1T03A 4EZ6A 1UA1A 4NCGA 1VSIA 4Q0BA 3KD5E 4E1MA 5CZ2A 2HHWA 4CGDA 5J2PA 5JS1A 4CEBA 4DSEA 1IO2A 4DG1A 4KHYA 4RW4A 1LAWA 4C8NA 2RN2A 4DTMA 4FK4A 1LV5A 3AVNA 2OZSA 4B9SA 3KLEA 1W9HA 1J5OA 4KHSA 3SUOA 2FC0A 3V81A 1Q9YA 1QTMA 3LP3A 3SI6A 4F2RA 4E7KA 1ASUA 1SUQA 3MAQA 2KTQA 4OPKA 3TR8A 2EHGA 3OJUA 4QAGA 1RTHA 3VQQA 3THVA 4IFYA 1I39A 1BI4A 2Q3SA 2WOMA 3S3OA 4KPYA 2OPRA 1S1WA 4HTUA 3V4IA 4AH9A 4Z4FA 4FVMA 4RW9A 4EP4A 1HRHA 2AJQA 3OYEA 3RTVA 2QKKA 1LWCA 3DMJA 2HHSA 4L8RB 5CY4A 4CFBA 1KLMA 2Y1IA 1VSDA 5CZ1A 1CXUA 3QEVA 1TAQA 4CJRA 1NJYA 4W5RA 4FK2A 2HHXA 1LAVA 4CEAA 3M8QA 1VSJA 1WSGA 2R7YA 3QEPA 4Z4GA 3I0SA 3SUQA 2HHVA 4N5SA 1SKWA 1DLOA 4E7LA 3BDPA 2ZQBA 1RT4A 1HYVA 2RPIA 4FM1A 4CEZA 3O3FA 4FYDA 4W5TA 3L8BA 4FLWA 3VQ6A 4OKEA 5FROA 1X9SA 4E0DA 4OJRA 3K5MA 4DTXA 2QK9A 2Z1JA 4M3UA 2KZZA 3NE6A 1NJWA 3CFPA 4B9UA 2YNFA 1D5AA 2X6NA 1HJRA 5HBMA 3OJSA 3SNNA 1RDCA 1ZBLA 3S3NA 4OLBA 4E19A 3LWMA 3O3HA 3CM6A 3ZT1A 3HT3A 3AV9A 3H08A 4FJHA 2ITGA 3VN5A 1HYZA 4M3ZA 3QNNA 3QETA 1TKTA 3MEGA 3AVJA 1QS4A 2RF2A 1RTJA 4DSFA 3CQ8A 4Y1DA 3WNEA 2HVIA 3SV3A 4DU1A 1BCMA 1RILA 1JXEA 1RTDA 3TWHA 2P5OA 1KVCA 4W5OA 3PX4A 4DQIA 1Q8IA 1WSHA 4GMJB 4O55A 4CHYA 3OYMA 3CFRA 3WNFA 2E6LA 1VSKA 3HJFA 2G8VA 4DQSA 1BCOA 3EYZA 1RT1A 1GOAA 1CZBA 1X9MA 1JL2A 1WN7A 2BE2A 4DTRA 1BI4B 4DFPA 4O0IA 1UWBA 2JGUA 4CJ4A 1L3SA 1J53A 2GBZA 2Z1GA 4XIUA 4PA1A 4BDZA 4IG0A 3TAMA 1WSEA 4DQPA 3MEEA 2VG6A 4O44A 2YNHA 3K5LA 3DLHA 4CHOA 3AVCA 1RTIA 1S1UA 3LPUA 3L2RA 3OVNA 1GOBA 1Y97A 4AHCA 2KW4A 1S1VA 1LW0A 1TGOA 1FKOA 3VQEA 4CGIA 3L3UA 4H8KA 1MU2A 2YNIA 3QEXA 3MXJA 4M3YA 1A5WA 5EU7A 4FJNA 1EETA 1RT5A 2FBXA 1BGXT 1QQCA 3VQ5A 4EP5A 3O4NA 4Z4CA 3G10A 3LPTA 1CZ9A 4I2QA 3TAGA 1U45A 2Z1IA 1KSPA 4KHQA 1ZBHA 3DLKA 3NH1A 1WLJA 3F73A 4CJTA 3KLHA 2KFNA 1VSFA 1QSYA 4FJ5A 4ZTJA 4ELTA 2QKBA 2BGGA 4DSJA 3ZSQA 3ZT4A 4Y1CA 3OYJA 1U49A 3WNHA 4CF2A 2OYQA 3U6FA 4FJJA 2W42A 3VQDA 3C95A 3RWUA 1LWEA 2G8HA 3VA3A 1C1CA 4OGCA 4AHVA 4F4KA 5FRNA 4LY7A 3OYKA 4KHNA 3KLIA 2E6MA 4AHTA 4FM2A 4KB1A 2GV9A 3HVTA 3SQ4A 3LP1A 2DTUA 3KD1E 4JRPA 1NKBA 3DRRA 3AVLA 1XI1A 3EY1A 4CK2A 1RBSA 2JLEA 1SKRA 3PO5A 1XC9A 3ZT0A 4JRQA 3QESA 1RT6A 3DLBA 2XO7A 1DTTA 4C8LA 5DMRA 3WNGA 1TKXA 2IS3A 4CK1A 1F21A 1NOZA 1RT2A 3LAKA 1WAFA 5SWMA 1EP4A 3S9HA 2FBYA 3HSTB 4CJQA 4FJ7A 1S1TA 2VG5A 2P5GA 4B9VA 4CFDA 2OPSA 4M41A 1BQMA 4BDYA 3NF7A 3RR7A 2D5RA 2A1RA 3M8SA 1NKCA 1VSEA 4RW6A 3T1AA 4M3XA 3OYCA 4AILC 1C6VA 3DM2A 1NK9A 4FJKA 4O4GA 4CESA 1U4BA 1ZYQA 3NAEA 2X6SA 3AVIA 4E3SA 3MXMA 3V9SA 4CJVA 2G8IA 4O0JA 3V9WA 4M45A 4UQGA 2PYLA 1J54A 4I9LA 1RDAA 3F9KA 3DOLA 4CFCA 1TL3A 3DYAA 4J2EA 3K2PA 3RRHA 4FK0A 1HPZA 4WE1A 3ZSOA 4H4MA 5HROA 1JLBA 4G1QA 3KKSA 3LP2A 5HRPA 3MXIA 2KZMA 2B6AA 1HNVA 4KTZA 4CEEA 1NK6A 4KHUA 3C6UA 4CIEA 2YKNA 5C24A 4DTOA 2D0CA 1EKEA 4FZYA 4BE1A 1BQNA 4BE2A 1TK0A 5D3GA 1NK8A 2HHQA 4DTJA 3L2UA 3QEWA 1YT3A 3V9XA 1JLAA 3AVMA 3V1QA 3SUPA 4DSLA 1JXBA 4RW7A 2YHAA 2F8TA 4CEFA 4ID5A 4E7JA 2XRIA 4FW1A 4LH5A 4OKKA 1B9FA 5C42A 1SL0A 4KAZA 4PQUA 1KVAA 3QNOA 4TSXA 1HQEA 4CIFA 1S1XA 1JL1A 1L3TA 3K59A 4B9NA 3EZ5A 4FM0A 3P5JA 4NYFA 2PZSA 4PWDA 4NCBA 4BWMA 1XWLA 1K6YA 4DLEA 3AVKA 5T7BA 3AO5A 3AVBA 3LZIA 3D45A 1W0HA 3VQ4A 3LZJA 4FJ9A 1HYSA 2G8UA 3DI6A 3DLRA 1FK9A 1QHTA 4CCHA 4ELVA 1KTQA 4W5QA 3OYNA 3AO1A 1LWFA 1ASWA 4FLXA 2DFEA 4E89A 3OYLA 3HXMA 3NCIA 5J2NA 4B3OA 3KK3A 3U3YA 4B9LA 4KHWA 2IAJA 1BIZA 1KVBA 4FJMA 1D9FA 4KRFA 4DTNA 4B9MA 4CJSA 5J2QA 4C8OA 2ETJA 1CXQA 4IDKA 2D0BA 1D9DA 4DWIA 1JLGA 2DFFA 4R5PA 4FLUA 1QSLA 3AVFA 4AHUA 1T8EA 2DFHA 1VSHA 3ZSZA 2HNYA 3B6OA 3QIOA 4B8CA 4Z4IA 1TKZA 1Z25A 2Z1HA 1SL2A 4Q5VA 4IFVA 3ZCMA 1JKHA 1JLQA 3NF9A 4LSNA 4MFBA 4J2AA 4ICLA 5KTQA 1IKYA 1L3UA 5C25A 2YKMA 3LALA 4BE0A 1WSIA 3NGZA 1X9WA 4DTUA 1R0AA 5JS2A 2NUBA 2ZD1A 3NGYA 2IOCA 3OYFA 1A5VA 3CG7A 4FLYA 3PY8A 3CFOA 1X1PA 4HCBA 3AO2A 1BIUA 1TK5A 4FW2A 2KQ2A 1SL1A 1NKEA 2X74A 4NYNA 3V1OA 3O4QA 4HUFA 1REVA 3AA5X 3TAEA 4N56A 3TABA 1C1AA 4DSKA 1HNIA 4QOZB 4CK3A 1SV5A 5E41A 4I9QA 1U04A 2XHBA 4NCAA 3KLGA 4DTSA 3QERA 3AO3A 4BACA 5KRTA 4PY5A 4Z4HA 3V1RA 3VQ8A 1S5JA 2D0AA 3VQPA 4CF8A 1IKVA 3AA3A 3KK2A 2BANA 3LP0A 4CJWA 2IC3A 1C0MA 3LDSA 2KFZA 1VRTA 3HVRA 4FLZA 1RBRA 3HP9A 3JYTA 5K14A 3ISNC 1TVRA 2XY7A 1XHZA 2GUIA 1KCFA 4CFAA 3SQ2A 3M8PA 3MECA 5J2MA 3QO9A 3E01A 3AVGA 1HQUA 4FLVA 3KK1A 3OS1A 3VQBA 4KB0A 4CHQA 1UA0A 1JLFA 1YVUA 3FFIA 3HL8A 3HPHA 4LD0A 4N47A 4HCCA 3HK2A 2ZE2A 1ITGA 3IRXA 2FBVA 4IG3A 4CGGA 3QIPA 5KRSA 3NH2A 3ZT2A 3TAFA 5KI6A 4CJUA 2PYJA 4CJPA 4E7IA 1IKWA 1TK8A 3HO1A 3IAYA 3OS2A 3HPGA 4CHZA 4DQRA 3HM9A 5FRMA 1LW2A 2P1JA 3AA4A 2FBTA 4B9TA 1ZBUA 4GW6A 4CGFA 1BISA 1VK0A 1N5YA 2VWJA 3K57A 3AVHA 4HUEA 4DFMA 3IG1A 4Z0UA 5HLFA 1TL1A 3OY9A 4KREA 3KKRA 4B8AB 3D0PA 4K8ZA 3ALYA 4CF1A 3KTQA 3TI0A 3VQAA 1RBTA 1I3AA 2EX3A 2X78A 1U47A 2Y1JA 2HNDA 4DU3A 5SZTA 4EZ9A 3L2WA 1S6QA 1QSSA 4K8XA 4ZTFA 4B08A 3HP6A 1CLQA 1C0TA 3OYBA 3PO4A 2OA8A 5KGWA 3RMCA 2RKIA 1Q9XA 2O4IA 4C8KA 4OLAA 3G0ZA 1ZBFA 3I0RA 3OYIA 4DS5A 3OYHA 3NBPA 3T19A 4AHSA 4FJIA 3OS0A 1WNSA 4YNQA 1BL3A 2G8KA 3KJVA 4CHPA 4FCYA 2O4GA 4N41A 3SQ1A 3NHGA 3QEIA 4KI6A 4CEOA 3VQCA 1RBUA 3HYFA 4FLTA 4GVMA 4DQQA 1D8YA 4CEQA 1KFSA 3UIQA 3OYDA 4FJLA 1YTAA 3P83D 4CJEA 2WONA 4DMNA 4FZZA 4BWJA 2HMIA 2F96A 4OPJA 3K58A 1DTQA 3DLGA 1O1WA 4DFKA 2ATQA 1S9GA 1EX4A 4JS4A 1G15A 2XY5A 1NJZA 4CERA 1C0UA 2OPQA 3NDKA 4QCLA 1ZBIA 5HRNA 3SQ0A 1T7PA 1RT7A 1RNHA 1C1BA 3AA2A 1SKSA 1NOYA 3MEDA 4CJ3A 4I2PA 4M42A 4Z4EA 4CEDA 3LWLA 1KLNA 2IGIA 3O3GA 2LSNA 5HP1A 3DOKA 4CJ5A 5KGXA 1WAJA 4CECA 1KFDA 3VA0A 1NK0A 4DSIA 1YTUA 3SPYA 4KKOA 1VRUA 4M3RA 4CIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I98B 3FZHA 1NK7A 3ZMVA 1YYVA 2EB7A 1NK4A 4KN7X 2STWA 3UNGC 2B7EA 3SFZA 4JD2A 2VBZA 3DRPA 4PDKA 1NJXA 4CHNA 4J2BA 3I55I 5AQGA 3P9CA 2AA4A 4CZKA 4HHTA 3SYZA 2WC9A 5M5XJ 3D2FB 4A3GJ 2RQPA 2B5JA 5IT9K 1IZ1A 2HB5A 1IRXA 5HS8A 2M8GX 1SAXA 3L00A 2MYSA 5AQQA 1ON1A 1XG1A 1KA8A 4BQLA 3NGIA 1T39A 1GHCA 1KYZA 3Q9SA 3WGGA 2CU7A 4KI4A 3I55N 3NF8A 4J2DA 2O8XA 2AHQA 1ZKGA 3G73A 5LRRA 2WV1A 3EYYA 4FWPA 3TO9A 3VTHA 4RW4A 4C8NA 1Y0UA 3ONQA 4JOMA 1H88C 1I39A 2WOMA 2E2HJ 4I6ZA 3VGMA 4CFBA 5CZ1A 4W5RA 3LA7A 2COBA 2VUMJ 1DLOA 1SFOJ 2Y69H 1YITI 3IH2A 1B1BA 1JCEA 1SVMA 4RA2A 2KZZA 5E20A 5KQDA 1FY7A 2KRFA 4OLBA 2P5KA 2DOAA 2D45A 1U6ZA 3EO3A 2ITGA 3VN5A 4RB1A 3AVJA 2XASA 4DU1A 3T69A 4BGBA 2F6CA 2VI6A 1UG2A 3J81K 2LBFB 4ZYGA 1UWBA 4PA1A 1Z3YA 2OV7A 3TKYA 3GBTA 3AVCA 2M9HA 1YITN 4H8KA 5BNGA 4M3YA 4LFBK 1X3UA 5C4XJ 4S04A 2Z1IA 1ZBHA 1J9IA 1IW7F 3ESWB 3J7ZI 2BGGA 4F3QA 2NOJB 2VC1A 1IUFA 2ZNYA 3ZGKA 2FMLA 1MNEA 3JSPA 4JHDA 2XO7A 5HVQC 2EV0A 1F21A 4BEHB 1MBJA 1B9MA 1LCUA 3S15J 4MO4A 1ZQ3P 1VSEA 3OYCA 1JHFA 2QQ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I98 B;  3FZH A;  1NK7 A;  3ZMV A;  1YYV A;  2EB7 A;  1NK4 A;  4KN7 X;  2STW A;  3UNG C;  2B7E A;  3SFZ A;  4JD2 A;  2VBZ A;  3DRP A;  4PDK A;  1NJX A;  4CHN A;  4J2B A;  3I55 I;  5AQG A;  3P9C A;  2AA4 A;  4CZK A;  4HHT A;  3SYZ A;  2WC9 A;  5M5X J;  3D2F B;  4A3G J;  2RQP A;  2B5J A;  5IT9 K;  1IZ1 A;  2HB5 A;  1IRX A;  5HS8 A;  2M8G X;  1SAX A;  3L00 A;  2MYS A;  5AQQ A;  1ON1 A;  1XG1 A;  1KA8 A;  4BQL A;  3NGI A;  1T39 A;  1GHC A;  1KYZ A;  3Q9S A;  3WGG A;  2CU7 A;  4KI4 A;  3I55 N;  3NF8 A;  4J2D A;  2O8X A;  2AHQ A;  1ZKG A;  3G73 A;  5LRR A;  2WV1 A;  3EYY A;  4FWP A;  3TO9 A;  3VTH A;  4RW4 A;  4C8N A;  1Y0U A;  3ONQ A;  4JOM A;  1H88 C;  1I39 A;  2WOM A;  2E2H J;  4I6Z A;  3VGM A;  4CFB A;  5CZ1 A;  4W5R A;  3LA7 A;  2COB A;  2VUM J;  1DLO A;  1SFO J;  2Y69 H;  1YIT I;  3IH2 A;  1B1B A;  1JCE A;  1SVM A;  4RA2 A;  2KZZ A;  5E20 A;  5KQD A;  1FY7 A;  2KRF A;  4OLB A;  2P5K A;  2DOA A;  2D45 A;  1U6Z A;  3EO3 A;  2ITG A;  3VN5 A;  4RB1 A;  3AVJ A;  2XAS A;  4DU1 A;  3T69 A;  4BGB A; 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