3PUFA

Crystal structure of human rnase h2 complex
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
299
structure length
270
Chain Sequence
MDLSELERDNTGRCRLSSPVPAVCRKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLPRLADLEALKVADSKTLLESERERLFAKMEDTDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTATGLIQYALDQGVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQSFPGIEVTVKAKADALYPVVSAASICAKVARDQAVKKWQFVEKLQTDYGSGYPNDPKTKAWLKEHVEPVFGFPQFVRFSWRTAQTILEKEAEDVIWEDSSHRYFLERGLESATSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structural and biochemical characterization of human RNase H2 complex reveals the molecular basis for substrate recognition and Aicardi-Goutieres syndrome defects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 77
structure length 270
sequence length 299
chains with identical sequence D, G, J, M, P
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3pufA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3pufA01
5C42A 3OJUA 1DTQA 1WNSA 2B6AA 2LSNA 3MECA 4CJEA 3K5NA 4RW6A 3MXIA 4DSKA 4FJMA 3AO4A 2O4IA 4IG3A 1IKVA 3AVJA 2G8HA 3K57A 4EP5A 4KHSA 1N5YA 3ULDA 3DRPA 3L8BA 2G8FA 1VSMA 4KTQA 3AVFA 2W42A 4HTUA 3TWHA 1BCMA 2HHTA 4DQIA 3A2FA 5HP1A 4DLEA 4DSLA 4FJNA 4DU4A 4FLTA 2HHXA 2RKIA 3RR7A 3HP9A 3HT3A 4XIUA 4LD0A 1N6QA 3QEXA 4DFMA 3NAEA 2Y1JA 3DYAA 3AA3A 4HCBA 3NFAA 2JLEA 3AVIA 1S5JA 3THVA 3AA4A 3VA3A 1LWEA 3TAPA 4OPKA 3PO4A 4N41A 4DTUA 3TR8A 4ZTJA 1L5UA 4FJIA 3NF6A 1C0MA 1C6VA 1LWFA 2D0BA 2RPIA 3O3GA 5DMRA 4FLVA 4B9TA 3NBPA 3K5MA 2FBYA 4M3TA 2IC3A 4ELVA 3V9XA 4KHUA 1DLOA 4FXDA 1JXBA 1L3TA 1BI4B 1LAVA 2VG7A 1U04A 3G0ZA 1JLGA 1XHZA 4CEQA 4W5RA 1TGOA 4CJVA 1X9WA 4BACA 3IG1A 3SUOA 3TAQA 1J5OA 4O44A 1C1BA 2FBTA 1J9AA 3KLEA 1CZ9A 2XHBA 4HCCA 4ID1A 3QEIA 3RRHA 2HW3A 1NJYA 4O5BA 4BDYA 4E7KA 4Z4EA 1L3SA 1D9DA 4J2DA 2ETJA 4GVMA 4KB0A 1LW0A 2P5GA 1JL1A 4GMJB 3OYJA 1RTHA 1BQNA 3CM6A 3IRXA 4DTJA 3QIPA 1T05A 2HHVA 3RMDA 3VQAA 4Z4FA 3AVLA 2HHQA 3QNNA 2Z1JA 3P5JA 3HO1A 4TSXA 4H4MA 3TAGA 3RMAA 3VQCA 3OYDA 4KV8A 5JS2A 3AVCA 4CFAA 3NGYA 4FM0A 2BDPA 4RW8A 3H08A 1VK0A 3L2VA 1BI4A 1VSIA 1RT1A 1KLNA 4OLBA 3C94A 1CZBA 2R7YA 3ZCMA 1BIZA 4CJ5A 2HHUA 2O4GA 3SUPA 1BL3A 3BGRA 3QESA 3VQ8A 1ZBUA 1NJXA 3OYAA 3LZJA 5FROA 2G8IA 3ITHA 1SKSA 4DF8A 5KRSA 3LWLA 3K58A 1CXUA 1HNVA 3QEVA 3V81A 4F3TA 1DTTA 4QAGA 4OKEA 4DQQA 4CJ3A 3ALYA 3O4QA 3DLRA 3T1AA 2KZMA 4AHUA 2X6SA 1TL1A 4LH5A 4B8AB 4DF4A 4CFBA 4B9VA 5FRNA 3S3NA 2GV9A 4EZ6A 1RCHA 4DQPA 4FJGA 1NKCA 2P51A 2EHGA 1VSLA 4CJKA 3DMJA 3ZSVA 4CHOA 3V4IA 3PX6A 4CGHA 5CYMA 2QK9A 4Z4HA 1S9EA 2YV0X 4DTXA 3L2WA 3DOKA 3DLHA 4HVJA 4M45A 1T7PA 1NJZA 4UQGA 1TK5A 4CJ4A 3BDPA 4CHNA 4CF9A 1ASUA 3LANA 5CYQA 3VQ9A 1LWCA 3KIOA 1O1WA 4IBNA 4M3RA 3F73A 4DSJA 3L3VA 3CFOA 3AO2A 3FFIA 4N76A 1UWBA 3LP1A 1TK0A 2A1SA 4QCLA 3PX0A 4E7LA 4I2PA 4LSLA 3JSMA 2KQ2A 1VRUA 4DS5A 3QINA 4JRQA 3V9SA 4FLYA 1SKRA 3PV8A 3AVAA 3L2RA 2E6MA 3DLKA 1SL1A 2OPRA 4CECA 2D0AA 2OPQA 4CHQA 4KB1A 1RT3A 4KHYA 4CJWA 4CEFA 1RBSA 1HMVA 3HYFA 2DFEA 3OYMA 3NH0A 1I3AA 3LPUA 4W5OA 3VQ6A 2YNFA 3MEDA 5E41A 3K5LA 2OYQA 3SPZA 1NOZA 2ATQA 4QOZB 2NUBA 4KTWA 1NK8A 1X9SA 3C95A 3O4NA 4ZHRA 4Z0UA 3OS1A 4DTRA 4Z4GA 2Z1HA 3DRRA 3K2PA 3ZT3A 4BE0A 3I8DA 3OYIA 4AHRA 2X6NA 1WSIA 4OGCA 1RNHA 3VQPA 3LZIA 2F96A 2XY6A 2VWJA 3SCXA 2VG5A 4DFKA 4FLZA 4E7IA 3MEEA 3ZSRA 1T8EA 3V6DA 4LY7A 2DFFA 5J2MA 4F3OA 3KK1A 4NYFA 2RF2A 3CFPA 4KI4A 3ASMA 3V1RA 5C25A 3OJSA 4CHPA 1UA0A 1U48A 1S6PA 4CFCA 3NF8A 4CK3A 2XY8A 5HRNA 1TV6A 3HXMA 3D0PA 4DTPA 1ZYQA 1VSKA 4CEZA 3RMBA 1KVAA 4E1MA 2HNDA 3VA0A 3HP6A 1RBTA 4J2AA 1KFDA 1KTQA 3M8QA 4W5NA 5KI6A 2WOMA 2OPPA 5J2NA 4LSNA 3PY8A 2OZSA 3HVRA 1BISA 3RR8A 1VRTA 4CEBA 4FJ7A 1C0UA 3AA5X 4FZYA 1EP4A 1FKPA 3LP0A 5J1EA 4Z4IA 4BDZA 3OYBA 2YNGA 1EKEA 1RT2A 2IOCA 5HROA 4CGGA 1YTAA 3DLBA 4FK2A 5KGWA 3OYNA 3HJFA 1I39A 3ZSZA 3P1GA 2G8VA 1JLEA 3AO3A 1B92A 3KK2A 3NH1A 1CLQA 3C6UA 3RWUA 1TKTA 4KFBA 3SZ2A 2VWKA 3EZ5A 1JL2A 4FJ8A 2YKMA 3KJVA 4ZTFA 4KTZA 4JLHA 1NKEA 4I2QA 3OYKA 2P5OA 1TK8A 4CGFA 3OY9A 4HHTA 1SL0A 3LPTA 1RT7A 5K14A 3NH2A 4FCYA 3QEWA 1NK7A 1KFSA 1HRHA 4O0IA 4ELUA 1RDAA 2YHBA 3TARA 3I0RA 3KKRA 2E6LA 3KLGA 1BQMA 4NYNA 3V9WA 4FYDA 1BIUA 2Q3SA 1REVA 4HUFA 5JS1A 1TL3A 3MXJA 1YVUA 4FLXA 1XHXA 3M8RA 4DSIA 4G1QA 4WE1A 4CESA 1RBVA 1U45A 4K8XA 4O4GA 4E19A 5SWMA 1IKXA 1Q9YA 3HM9A 2XRIA 1S1TA 1KSPA 4I7FA 4M3XA 5CZ1A 4CIFA 3CQ8A 2ZD1A 1J53A 3LAMA 1FK9A 4Z4CA 1EX4A 3SNNA 4KI6A 4H4OA 3CG7A 1GOBA 3VQEA 2E4LA 4N47A 3TAMA 2Y1IA 3MXMA 2B4JA 2DTUA 3DLGA 1HYVA 4DTMA 5EU7A 1S1UA 1Q8IA 4DWIA 2FBXA 1WSFA 3TAEA 4AH9A 3KLFA 3L2UA 1NOYA 1D5AA 3U3YA 4KO0A 2Z1GA 1Y97A 5HBMA 4EZ9A 4F2RA 4PY5A 4CJFA 4DTNA 4HUEA 4KPYA 1B9DA 4M41A 1EXQA 2AJQA 3SV4A 1UOCA 4CJLA 1C1AA 3AVNA 2PYJA 1SUQA 1ASVA 3SUNA 4H8KA 4CK1A 2OA8A 2HNYA 2BGGA 4FK0A 3L3UA 1ITGA 1HJRA 3KKSA 4C8NA 1RDDA 4KKOA 4RW9A 1C1CA 3AVHA 4CIEA 3HSTB 1RDBA 2KFZA 1RTIA 4DSFA 1T03A 4CF0A 1RT5A 4KRFA 1WSEA 2PZSA 1NK4A 3WNHA 1G15A 4FJ5A 3HPHA 4DU3A 3SJJA 1LV5A 3KTQA 3B6OA 3WNEA 3OYGA 3DLEA 3B6PA 4F2SA 2FBVA 4B3OA 1RTJA 1FKOA 4DTOA 1HQEA 4OJRA 3QEPA 1QHTA 1ZBFA 4MFBA 3WNGA 3V1OA 2D5RA 2ITGA 2IS3A 3JYTA 2D0CA 4NCGA 4EP4A 3AVBA 1L3UA 4L8RB 4NCAA 4KHNA 1QE1A 4CE9A 4FW2A 4F8RA 4PUOA 4CF8A 4PQUA 3DRSA 1ZBLA 4AHTA 2XY7A 4Q0BA 4BE1A 1WSGA 4DMNA 5SZTA 1HYZA 4OVLA 4O55A 3TAFA 4LH4A 3S9HA 4C8MA 4CGDA 3QO9A 1RBUA 1VSEA 1W0HA 4KREA 2BE2A 1C0TA 3KLHA 3ISNC 1SKWA 4J2EA 4FJ9A 3C6TA 1TKDA 3I0SA 3SQ0A 1QQCA 4OKJA 4B9UA 4BWJA 3PX4A 4C8OA 3VQ4A 3OYEA 3PO5A 4KHWA 2HVHA 1SL2A 5D3GA 4OPJA 3SI6A 1VSJA 3T19A 3NCIA 1JXEA 5KGXA 3LDSA 4J2BA 1X9MA 4N56A 3MAQA 4N5SA 4DSEA 3QERA 2I5JA 4DS4A 4F4KA 3RRGA 1UAXA 4CK2A 3VQBA 5T7BA 4M42A 1Z26A 1Z25A 3DM2A 2ZE2A 4IFVA 4CEDA 1K6YA 4DG1A 2X78A 4JS4A 1QSYA 4NCBA 3KK3A 4AHCA 3SQ1A 5I3UA 2OZMA 3HK2A 5KRTA 4DQRA 3G10A 3AVKA 4AHSA 4FM2A 1HNIA 1TAQA 5J2PA 4IG0A 2FC0A 1NK6A 1X1PA 4E7JA 1NJWA 3V9UA 3QETA 2EX3A 3CYMA 2KW4A 4FVMA 4FW1A 3SYZA 4B9MA 3LWMA 3UIQA 3WNFA 3V9ZA 3KD1E 1CXQA 2IDOA 4W5QA 1W9HA 5FDLA 3QNOA 4YNQA 2DFHA 4DFJA 2OPSA 4IDKA 1GOCA 1ASWA 2F8SA 5KTQA 1KVCA 3OYFA 1IG9A 3HVTA 3MEGA 4BE2A 1KVBA 1VSFA 5HRSA 3RTVA 1EETA 4OKKA 4CIGA 4YFUA 4DFPA 4JS5A 3U6FA 4KHQA 3LALA 4O0JA 3M8SA 2P1JA 4B8CA 2IGIA 2RN2A 4CJTA 1IO2A 1IKYA 3NGZA 1TKXA 1U49A 1B9FA 2PYLA 1RT6A 1JLCA 3ZT0A 1GOAA 1QSSA 3SPYA 2BANA 2Z1IA 4AILC 3HPOA 1UA1A 3VQDA 4Q5VA 1WN7A 4OGEA 3VQ7A 1S1VA 3AVGA 3NF9A 3QLHA 1JLAA 4KAZA 1J54A 1NK5A 4FJHA 4DQSA 3SV3A 3OS0A 3SUQA 3DI6A 1D9FA 3NHGA 3AO1A 3NF7A 3ZSOA 3KD5E 4RW4A 3VN5A 2HHWA 4CFDA 2QXFA 3P83D 1NKBA 1HYSA 4BDPA 3ZT2A 3LP2A 2B5JA 1VSDA 4E7HA 1YTUA 2YNIA 1WLJA 5HRPA 3ZSYA 3TABA 4RG8A 3EY1A 4CGJA 4CEAA 2YHAA 3VQQA 4I9LA 2G8WA 1XI1A 5HLFA 3L2QA 1LW2A 1BGXT 2HB5A 3AV9A 4Y1CA 3IS9A 3F9KA 4CJPA 3K59A 4PA1A 4CCHA 5CY4A 3O3FA 4FLWA 4MQ3A 2GUIA 4BWMA 2HNZA 4ICLA 4DU1A 2GBZA 3PUFA 1JLBA 1BCOA 1TKZA 3EYZA 1MU2A 1RT4A 3NGIA 1S1XA 5I42A 1R0AA 1XC9A 2JGUA 1QTMA 4IKFA 1BHLA 1WSJA 1QS4A 3CM5A 3IAYA 4M3UA 3O3HA 1RBRA 2IAJA 1D8YA 1JLFA 4CGIA 5HRRA 2KTQA 4CHYA 5DK5A 2YKNA 1A5XA 3ZT1A 4DLGA 2PY5A 1IKWA 3LP3A 1U47A 4FJJA 4M3WA 1YT3A 1KCFA 3ZSWA 1WAJA 3T3FA 2HVIA 2YNHA 3D45A 3OYLA 3E01A 4M3ZA 1ZBHA 4ID5A 2KFNA 4FLUA 3DOLA 1IH7A 4B9NA 3S3MA 3AVMA 2QKBA 1ZBIA 4OLAA 1QSLA 1SV5A 3LAKA 5CZ2A 1TVRA 1XWLA 3QIOA 3U3GA 3ZSQA 1S6QA 4E1NA 3NDKA 1JLQA 3M8PA 3KLIA 4B9SA 3NE6A 4DTSA 4C8KA 4FJXA 4RW7A 1NK0A 2G8KA 4CJUA 1A5VA 1A5WA 2ZQBA 3OYHA 3OVNA 1KRPA 4FK4A 3AA2A 4CF1A 1VSHA 4CJRA 1JKHA 1KLMA 1RILA 4W5TA 2WONA 4E0DA 4M3YA 1U4BA 1WSHA 2HMIA 1S9GA 2F8TA 3ZSXA 3SQ4A 1F21A 4FZZA 5J2QA 4CF2A 3OS2A 4FJKA 3K5OA 2HHSA 3HPGA 1S1WA 2XY5A 2G8UA 4FM1A 2X74A 4E89A 1RDCA 1WAFA 3V1QA 4CEEA 1HQUA 3CFRA 5FRMA 5C24A 3TANA 1FXXA 4Y1DA 3HL8A 3VQ5A 4B08A 1Q9XA 4I9QA 3ZT4A 3RMCA 3OYCA 2QKKA 2KZZA 4B9LA 4JRPA 4CEOA 4ELTA 4K8ZA 4FJLA 2XO7A 4HUGA 4AHVA 3TI0A 4PWDA 2A1RA 1LAWA 3AO5A 1RTDA 4GW6A 4CJSA 1NK9A 4CERA 3S3OA 4CHZA 4IFYA 4E3SA 1L3VA 1HPZA 2VG6A 1TAUA 3SQ2A 4FZXC 2DY4A 4C8LA 4R5PA 4CJQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MNUA 4FWKA 3O9UA 2MW8A 1YW8A 4DU4A 3D1NI 1XSVA 2CGLA 4XR6A 3AA3A 1J75A 5K5RA 3DKXA 2R7VA 4DR1K 4OPKA 4DTUA 1L5UA 2D0BA 3ROUA 2LREA 3BPXA 2FBYA 4KHUA 1M1KO 4BACA 2QWPA 3OIOA 3EEQA 1WH5A 4HCCA 3EUHC 4LF8K 3CM6A 3C2GA 1BI1A 1HDDC 2QTDA 3T1BA 1VQ7I 3RQIA 2NVQJ 2R7YA 2OU2A 3MZYA 1H88C 2FE3A 2E2OA 1ATRA 3CMMA 3CD6N 1QQNA 4XQFA 4A3CJ 5FROA 2KRHA 2O3FA 2F5FA 5E79C 1ZKGA 4RM2A 4OIPF 4AHUA 2EJRA 5AZJB 4Z94A 4LD5A 2IW5A 4CHOA 2DW4A 5FFZA 5LEKA 2KP6A 2W00A 1DP3A 4W97A 1MDMA 2OD5A 3GTMJ 2IRFG 3TQNA 4XLNF 3C3WA 1TK0A 4M7XA 2E6MA 3S41A 4C30A 4HX8A 4BYYA 3HYFA 2ETHA 4I99C 2DA7A 4G7HF 3BC8A 2ATQA 2MBFA 1ETYA 3W6VA 5B1BH 2PMZA 2EWNA 3I9V2 1GDTA 1U2VA 4GKJK 4I09A 1IZ1A 3CESA 1VQ8N 4DTPA 1TV6A 1OCCH 4Y33A 3UB5A 3BR6A 4I6MB 1KVAA 3VA0A 2WOMA 4LSNA 2OZSA 1NG7A 1ZR2A 1VQLI 4M3GA 5D6EA 3RPQA 1PVEA 3F8BA 1JKPC 4CGGA 2JA6J 5KGWA 2XAJA 2CU7A 1W5SA 3NH1A 4F3QA 3TMOA 5LJVA 3GTGJ 1X1CA 2DJNA 2FA5A 5CPRB 3KJVA 4KIBA 2CUEA 1N33K 3VFZA 3QYEA 1KGSA 4C2UA 3HDDA 1XHXA 4PL8A 2VT2A 4K8XA 1BI3A 3DCFA 3HM9A 4KN7X 1KD1O 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MNU A;  4FWK A;  3O9U A;  2MW8 A;  1YW8 A;  4DU4 A;  3D1N I;  1XSV A;  2CGL A;  4XR6 A;  3AA3 A;  1J75 A;  5K5R A;  3DKX A;  2R7V A;  4DR1 K;  4OPK A;  4DTU A;  1L5U A;  2D0B A;  3ROU A;  2LRE A;  3BPX A;  2FBY A;  4KHU A;  1M1K O;  4BAC A;  2QWP A;  3OIO A;  3EEQ A;  1WH5 A;  4HCC A;  3EUH C;  4LF8 K;  3CM6 A;  3C2G A;  1BI1 A;  1HDD C;  2QTD A;  3T1B A;  1VQ7 I;  3RQI A;  2NVQ J;  2R7Y A;  2OU2 A;  3MZY A;  1H88 C;  2FE3 A;  2E2O A;  1ATR A;  3CMM A;  3CD6 N;  1QQN A;  4XQF A;  4A3C J;  5FRO A;  2KRH A;  2O3F A;  2F5F A;  5E79 C;  1ZKG A;  4RM2 A;  4OIP F;  4AHU A;  2EJR A;  5AZJ B;  4Z94 A;  4LD5 A;  2IW5 A;  4CHO A;  2DW4 A;  5FFZ A;  5LEK A;  2KP6 A;  2W00 A;  1DP3 A;  4W97 A;  1MDM A;  2OD5 A;  3GTM J;  2IRF G;  3TQN A;  4XLN F;  3C3W A;  1TK0 A;  4M7X A;  2E6M A;  3S41 A;  4C30 A;  4HX8 A;  4BYY A;  3HYF A;  2ETH A;  4I99 C;  2DA7 A;  4G7H F;  3BC8 A;  2ATQ A;  2MBF A;  1ETY A;  3W6V A;  5B1B H;  2PMZ A;  2EWN A;  3I9V 2;  1GDT A;  1U2V A;  4GKJ K;  4I09 A;  1IZ1 A;  3CES A;  1VQ8 N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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