3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus type 2
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
2JLEA 3LP3A 3OS2A 2WONA 3IG1A 2NUBA 3TAMA 4DQIA 4KREA 3PV8A 4NCGA 3VQ8A 2QK9A 3OYLA 2LSNA 3K59A 5J2MA 1EXQA 1VRUA 3QEVA 3S3NA 4FZXC 4B3OA 3HVTA 3CM5A 1LV5A 3MEEA 2PYJA 4W5TA 3NHGA 4KHUA 1KVAA 2HNDA 5HRPA 5SZTA 4B9UA 4CIFA 1W0HA 5J1EA 1L3UA 2DY4A 3KIOA 3V1OA 3TAPA 4Z4CA 4CCHA 3HM9A 3O4NA 1SV5A 3ZSRA 2ZE2A 1S6QA 2Z1GA 3ZSXA 4BDYA 4GW6A 3VQCA 4FLVA 4N41A 4KV8A 4CF8A 2Z1JA 2X78A 3OVNA 5CZ2A 1A5XA 4JS5A 4BE2A 3DLKA 3AVGA 4NYNA 4OJRA 4CEDA 5HP1A 5KGWA 1N6QA 4O0JA 3TABA 3MEGA 5KRSA 1QSYA 3TARA 1LW0A 4FYDA 2F96A 3AVFA 1ZBFA 3RMAA 1J5OA 3ZSZA 1L3VA 4J2EA 4B9VA 3EY1A 4CGFA 4KKOA 2BANA 1E0EA 4CHNA 4FLZA 3HL8A 3HP9A 4EZ6A 3QIOA 1TKTA 3VQ9A 5CY4A 3L2WA 1HQUA 2EX3A 1NJYA 1WJBA 1CXQA 1S9GA 3M8RA 4F8RA 4NCBA 1YTUA 2XHBA 3TR8A 4FLXA 1ZBIA 1U48A 5CYMA 2XY8A 3NF6A 3CFRA 1DTQA 4K8XA 4FVMA 3V9WA 4ZTJA 1N5YA 4O0IA 4JRQA 3V81A 1GOBA 3NH0A 3OJSA 3C94A 1VSEA 4CEBA 3LDSA 3VA3A 1NK6A 4CECA 1Y97A 3L2VA 4W5NA 4CESA 3NH1A 4DSLA 1WSIA 4ELTA 2G8IA 1WLJA 3SZ2A 5CZ1A 1UA0A 2Y1IA 3MEDA 1RTIA 3OS1A 4PY5A 3LP0A 3SQ2A 2VWJA 3ULDA 1D9FA 2AJQA 1VSMA 4B08A 3SNNA 1UWBA 2DFHA 2Q3SA 3SPYA 2PY5A 4FXDA 1T03A 3OY9A 4MFBA 5C24A 2PYLA 4G1QA 4W5QA 3K5NA 3RMCA 4OKEA 1JL2A 3KK1A 4IFVA 1LWEA 1ZYQA 4AHRA 4GVMA 4CIEA 3L8BA 2F8TA 3O4QA 1IG9A 3RWUA 5FRMA 2OA8A 1JXEA 3AO3A 1I3AA 2ETJA 4ID5A 1DLOA 3OYKA 4E3SA 4IKFA 2OPSA 3PX4A 2B5JA 2OPQA 4F4KA 1TL3A 1TV6A 3KK3A 1SUQA 3ITHA 1REVA 4HUGA 4FZZA 3L2UA 1SKWA 4M3XA 4JS4A 4FCYA 5HRRA 1S1XA 3I0SA 4FJ9A 2O4GA 1TKXA 4BWMA 1NK9A 4CJPA 5CYQA 4FJIA 2GBZA 4Z4FA 1WJFA 1JLAA 3L2QA 1U4BA 2W42A 2HHQA 1FKOA 3AO2A 3NFAA 4OKJA 5T7BA 1SL0A 3TAQA 4DU3A 4B9NA 5J2NA 4O4GA 1WJAA 3WNFA 3ZSOA 4CFAA 4E89A 3LWLA 1EKEA 3WNEA 4DTMA 1RBSA 3PX6A 3SCXA 3AVJA 4FJHA 2BDPA 4Q5VA 1BGXT 4M3YA 1C1CA 1GOCA 2IOCA 4CK3A 2PZSA 3C6TA 3G0ZA 4FK0A 3RR8A 1Z25A 3NF7A 4LH5A 4I9LA 3QNNA 4QCLA 1HMVA 2OPPA 2FBTA 2IDOA 2IAJA 1SL1A 1FKPA 2XY6A 3C6UA 5FROA 1T8EA 3O3FA 4I2PA 3CG7A 4KFBA 4DFJA 1Q8IA 3V9SA 3S3OA 2VG7A 5HLFA 3OJUA 4CFDA 4F3OA 4PUOA 2FBVA 4M3ZA 2Z1IA 3F73A 1D9DA 4KTZA 4AHVA 3LP2A 4FLYA 3HT3A 2HW3A 4R5PA 5KRTA 4B9LA 1IKVA 1RILA 2P1JA 4E7LA 4DTJA 4KHSA 3NE6A 4BDZA 3P5JA 4ELVA 4E7JA 4I2QA 3TAGA 4PWDA 3THVA 3VA0A 1RDAA 3O3HA 4CK2A 4CHZA 3V9UA 1XI1A 1KONA 1ZBUA 3I0RA 3ZT4A 4YNQA 3I8DA 3SV4A 2EHGA 2OYQA 4KB0A 4M3WA 1HYSA 4CK1A 4J2DA 3SUOA 4F3QA 4W5RA 4CF9A 1TK5A 3AVIA 5HROA 1RT4A 3AA3A 4DTXA 3M8SA 4DQRA 2X6NA 3LAKA 1UOCA 3DM2A 4B9SA 2KFZA 3RMDA 4DFKA 1L3SA 3NGZA 1YTAA 3E01A 2B6AA 3M8PA 3BGRA 4CGIA 2XO7A 4JRPA 3SQ0A 3PUFA 1BIZA 3DLGA 3ZSQA 3K58A 2IGIA 4YFUA 1QSSA 4L8RB 4H4OA 4FW1A 1EETA 4Q0BA 3ZT2A 4DG1A 3NAEA 4DQPA 5D3GA 3F9KA 2VG6A 5J2QA 3TI0A 3VN5A 2YHBA 4JLHA 4FLUA 1XC9A 3M8QA 2R7YA 4Z4IA 4Z4EA 5K14A 4CFBA 3OYDA 3SYZA 4CGHA 3HXMA 3WNGA 1FK9A 4CF0A 1S6PA 2XRIA 3VQ5A 4B9TA 4FJ8A 4IBNA 4E1NA 1ZBLA 4XIUA 2KQ2A 4KHYA 3OYCA 1S1UA 1UA1A 3KLEA 1C0TA 2E6MA 3PX0A 5KGXA 1NKCA 3OYAA 1MU2A 4OLBA 3SJJA 3NF8A 2G8HA 4Y1CA 2Z1HA 3KLIA 3SQ4A 1RDCA 3LALA 3QLHA 4ICLA 3DLRA 1HNVA 2HVHA 2QXFA 3NH2A 1D5AA 1NK4A 4OPKA 1ZBHA 1S5JA 1VSDA 3NF9A 4CFCA 3D0PA 3DOKA 2G8VA 4PQUA 4CIGA 3AO5A 3LP1A 3HVRA 5HBMA 2OPRA 2HHUA 3QEPA 1L5UA 4DLGA 1A5WA 1NK5A 2X74A 4CHQA 3OYBA 3AVKA 1CLQA 3ZSVA 4IFYA 3A2FA 4B9MA 4Z0UA 1WSHA 1VSIA 4BE1A 3L2RA 1R0AA 3V1QA 4RW7A 4TSXA 3MXJA 3U3YA 3SPZA 1HYVA 1Q9XA 1NK7A 1HNIA 3EZ5A 3VQQA 2KZMA 4FM0A 1SKSA 1C0MA 2YNHA 4FW2A 3DI6A 4O44A 1RT7A 3SUPA 4RW6A 1KLMA 4CERA 4ZHRA 1BCOA 3CFPA 5FRNA 3LANA 3OYGA 4KI4A 3PY8A 3LPUA 4Y1DA 3P83D 4FM2A 1JL1A 1JKHA 1SL2A 1RBTA 2YNIA 3C95A 1K6YA 3D45A 4DWIA 1C1AA 4RW8A 5KI6A 1EX4A 4AHCA 4E7KA 1T7PA 4OGCA 1BI4B 1JLGA 4BACA 1BCMA 4FJKA 4C8MA 3VQBA 1L3TA 1BHLA 1UAXA 4CF2A 3RTVA 3K2PA 3AA4A 3CQ8A 2I5JA 4AHUA 1J9AA 1S1WA 5FDLA 4F3TA 4QOZB 3ZSWA 3KLFA 3RRGA 3QINA 1MW7A 3OYJA 1TK0A 3AO1A 4OGEA 4CJLA 4HUEA 2OZSA 4FJNA 4Z4GA 3AVNA 3LPTA 4CHOA 4HHTA 4FJLA 3ASMA 3OYFA 3KJVA 1CZ9A 1ASVA 1XWLA 5SWMA 1JLBA 4LD0A 2JGUA 3MECA 2FC0A 4BWJA 4CEOA 3DRRA 3QNOA 2WOMA 1RNHA 1VRTA 2O4IA 1ASUA 4B8CA 2G8UA 3K5LA 4KTWA 4CEZA 1WN7A 3NDKA 1U47A 4KPYA 1NOZA 1BL3A 3OYNA 1VSKA 4HUFA 3V6DA 1S1VA 4ZTFA 2D0CA 4DQSA 1RBVA 4CJVA 4FJGA 2HNZA 4DF4A 1NKEA 1RTDA 3MXMA 4OVLA 5JS1A 1LWCA 1KLNA 2FBXA 4DFPA 2QKKA 3B6PA 2BGGA 3DLBA 3VQDA 3AVHA 3HK2A 1O1WA 1ITGA 1EP4A 4M42A 1IKXA 1HJRA 3OYIA 2VG5A 3EYZA 3AV9A 2XY7A 3JYTA 2G8WA 3DLEA 1KFSA 2G8KA 1LFPA 3H08A 4IG3A 1RDDA 4M3TA 4CJ4A 4N47A 3PO5A 1JLCA 5C25A 3RMBA 3CYMA 4KTQA 3HPHA 1C1BA 1TL1A 3T1AA 3VQEA 1B9DA 4E7HA 2Y1JA 1WJCA 1SKRA 1VSJA 4GMJB 4DLEA 2D5RA 3K5OA 1KSPA 3UIQA 1KVBA 2A1SA 3MAQA 1WSFA 3IS9A 1QSLA 4F2SA 4CF1A 4FK2A 4OKKA 4IG0A 3U6FA 2HHWA 4NYFA 4E19A 4K8ZA 4H8KA 3SUNA 2GV9A 1NK0A 2E6LA 4KRFA 2P5OA 4DFMA 4AHTA 4KB1A 3AVBA 4C8LA 4DU4A 4DSFA 1WAJA 1Z26A 3G10A 5E41A 4E0DA 4PA1A 1JLQA 4E1MA 1TAUA 4RW9A 1BIUA 1IKWA 1QHTA 2FBYA 4KHQA 4KAZA 1CXUA 3HPOA 3T19A 1VSFA 3KKSA 4LY7A 4M41A 5HRNA 3TWHA 4DQQA 3RR7A 1U04A 1ASWA 4CJFA 5KTQA 2RPIA 4FK4A 3QERA 1NJZA 1WSGA 4DTNA 1HQEA 1J54A 4H4MA 3HO1A 1B9FA 4HVJA 1XHXA 2ZD1A 3ISNC 1X1PA 2DTUA 4DTRA 4CJUA 3KLGA 1WSJA 3WNHA 1X9SA 4LH4A 2VWKA 4CGJA 2HHSA 2RF2A 3KLHA 1X9WA 2D0BA 2YNGA 1VSLA 2YNFA 3JSMA 4HCCA 1RT6A 5I3UA 4EP4A 1WNSA 4O5BA 4CE9A 2QKBA 1J53A 1RCHA 3V4IA 3S3MA 1KVCA 4UQGA 1RT2A 4DF8A 1GOAA 4FM1A 4CJKA 3AA5X 3QESA 2IC3A 3O3GA 3V9ZA 1LW2A 4CGDA 1VK0A 1WJEA 1S9EA 4CEFA 1D8YA 3PO4A 1IH7A 4EZ9A 4FJJA 2F8SA 4KI6A 1WAFA 2HB5A 4NCAA 3K57A 4J2BA 4CJQA 2RN2A 4Z4HA 4FJXA 1KCFA 3ZSYA 4AHSA 1VSHA 4N56A 3BDPA 2HHXA 1RBUA 2D0AA 3ALYA 3U3GA 3ZCMA 1DTTA 3LZIA 4HTUA 3CFOA 3V9XA 2HMIA 3IAYA 4FJ5A 5C42A 1CZBA 4OPJA 3TAFA 1LWFA 1S1TA 3V1RA 2G8FA 3ZT1A 3QEWA 4W5OA 1LAVA 3VQ4A 3B6OA 3AA2A 4CEAA 1TVRA 4DS5A 3TAEA 3MXIA 2KTQA 3HYFA 4RW4A 3QEXA 4KO0A 1G15A 4I7FA 3CM6A 3KD5E 2KZZA 2ATQA 1TGOA 3HSTB 3RRHA 4DSEA 1F21A 4FLWA 3QIPA 1RDBA 1QS4A 1JLEA 2KW4A 4DMNA 3AVCA 2P5GA 1TAQA 1BQMA 2HHTA 1U45A 4E7IA 3HPGA 4M3RA 1HRHA 4J2AA 1RT1A 1QTMA 4N5SA 4FLTA 1YVUA 4AH9A 4BE0A 2A1RA 4WE1A 1BI4A 3QEIA 1JXBA 4DSJA 2YKMA 1WSEA 4CJRA 1Q9YA 3KK2A 1C6VA 1YT3A 4C8NA 4M45A 1LAWA 2RKIA 1FXXA 2E4LA 4DTUA 3QETA 3TANA 4FZYA 4FJMA 3QO9A 3L3VA 1A5VA 5DK5A 2HHVA 1RTHA 3AVMA 3AVAA 3L3UA 3OYHA 5DMRA 4CEQA 1NKBA 1IKYA 4CEEA 3OS0A 1QE1A 1XHZA 4ELUA 4M3UA 1B92A 4CHYA 2BE2A 3DLHA 4C8OA 1T05A 1BISA 1TKDA 4OLAA 3VQAA 2XY5A 1KFDA 3DOLA 4BDPA 3IRXA 1WJDA 3NGYA 2DFEA 2YKNA 3K5MA 4ID1A 4DTOA 1NJXA 4DSKA 3ZT0A 3AO4A 2GUIA 3FFIA 3T3FA 4MQ3A 3NGIA 1NOYA 2HVIA 2KFNA 2X6SA 4I9QA 3OYMA 3S9HA 1QQCA 4LSNA 2IS3A 2DFFA 4HCBA 4B8AB 3HJFA 4FJ7A 4CJ3A 1I39A 4IDKA 4O55A 4QAGA 1TKZA 4CJ5A 2YHAA 2ITGA 3KTQA 2OZMA 3SV3A 4CJSA 4LSLA 3SI6A 3SUQA 3LWMA 4DTSA 2P51A 4CHPA 4CJWA 1RTJA 3P1GA 5J2PA 3VQ7A 4KHWA 3AVLA 3VQ6A 4CJTA 3KKRA 3LZJA 1NJWA 4DSIA 4AILC 3LAMA 4DTPA 1NK8A 4CJEA 3HP6A 2ZQBA 1BQNA 1C0UA 3DYAA 5EU7A 3NBPA 3VQPA 1IO2A 3KD1E 5JS2A 3OYEA 5HRSA 1RT3A 4KHNA 4F2RA 4DU1A 4CGGA 1X9MA 1HPZA 3DRPA 1TK8A 5I42A 1RBRA 4EP5A 3NCIA 1JLFA 3DRSA 1U49A 1KRPA 1KTQA 4C8KA 2B4JA 3ZT3A 1W9HA 3DMJA 4DS4A 1HYZA 4RG8A 3SQ1A 4N76A 2YV0X 2HNYA 1RT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CV1A 4EM0B 3OYLA 2LSNA 3KIOA 1YJ9I 5FPDA 4ZH4F 3TMOA 1XUPO 3IDHA 1BUPA 3TARA 2HDWA 1TWCJ 4I6MB 2G7UA 1VQ6I 3ECOA 4EZ6A 5GAGJ 1WJBA 3K4KA 3MX2A 2ZJRF 5CYMA 2XY8A 4FVUA 4FVMA 4G7HF 2E60A 1RPWA 2D0PA 3OL3A 4A0XA 2DDBA 5AQJA 1XN7A 2ZJQL 3OS1A 2B0LA 2AJQA 4LF9K 3F0CA 4A12A 5TISC 4W5QA 1YQAA 1JL2A 3E0JB 5LL6Z 5ILVA 2LH9A 5EZHA 1Q81O 1HR0K 2V26A 3CTAA 2NOJB 5IY5H 2QWPA 2VQLA 4DIQA 2QA4I 3O9SA 5J2NA 4XLAA 2F8TA 3AVJA 1B72B 3R3LA 1W2BM 3FHNA 3LWFA 3NF7A 4FWNA 4RB2C 5AQHA 4GO1A 2W85A 3HRMA 1QA6A 2KHOA 1QGPA 1REPC 4FLYA 2M7AA 2ICWG 1YJNI 4MDAA 4UB8C 1RUOA 1S7OA 2QQ9A 4BGAA 1NK3P 1Q86O 3WEEB 4HX7A 4PJLA 3VESA 1X1CA 3MMVA 2CV2A 4FWOA 4CGHA 5FGMA 2KP6A 3LDPA 4ESJA 1LJ9A 3OYAA 1MU2A 4HNTA 4M7YA 4GNIA 4CHUA 4HNUA 4JOMA 2QSFX 1VFCA 2KIUA 2CQNA 1NK5A 2V6CA 2MBFA 2OUMA 3CJ7A 4M3FA 4BE1A 1UMQA 3MXJA 1S3JA 1KLMA 3NRVA 3OHRA 3S8PA 5ERIA 2HYJA 1HCRA 3WTUC 2VBYA 2P5LC 4FJKA 3M1CA 4D7NA 2AXLA 1QVTA 1MA9B 2EBIA 2OZSA 2R5YB 1X2NA 2HHHK 5F2RA 1LOTB 3S2DJ 3MEXA 2CS3A 2JMWA 4CEOA 3H46O 2FA5A 1U47A 1LVAA 1NGBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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