3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus type 2
molecule keywords Integrase
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
3NH0A 2X74A 4PQUA 5I42A 1T7PA 4MQ3A 3OS2A 1WAJA 3NCIA 3CQ8A 3RR7A 3P5JA 4Y1CA 3ZSQA 1U45A 4FJMA 3K57A 2QK9A 2HHTA 3TABA 1SL0A 2HB5A 2IAJA 1Y97A 1HYZA 2E4LA 4KHQA 1JLCA 2F96A 2R7YA 5FROA 1L3TA 3TAEA 1D8YA 4BWJA 3AVNA 3AVGA 2D5RA 2PYLA 4DU1A 3LWMA 4OPJA 4LH5A 5I3UA 4GMJB 3VN5A 4E7HA 2QKKA 1NKBA 3OYEA 4FJKA 3JSMA 4F2RA 3HK2A 3QO9A 1Q8IA 1HNVA 4Y1DA 1RT6A 5KRTA 3PX0A 3LZJA 4DFMA 1ZBIA 4CF9A 4M42A 4KREA 4AHVA 4W5NA 3OVNA 4E19A 3NAEA 3S3NA 4B9MA 4CJRA 5J2NA 1VSMA 2Z1GA 1FXXA 2G8UA 4B9LA 4C8LA 2KQ2A 1LAWA 3DI6A 2A1SA 4Z4HA 4O0IA 1FK9A 1HNIA 2B4JA 1QE1A 1BQMA 1VSEA 2P51A 2IOCA 3VQAA 3KJVA 4FLYA 3KLFA 3QERA 2HHQA 5E41A 4FLUA 4C8OA 1ASVA 4CK2A 1NK6A 4UQGA 4KI6A 2YV0X 1JLQA 5JS2A 1SL1A 4DSJA 4FLVA 2HVHA 4KHYA 3OS1A 4CEAA 1SV5A 1JXEA 4FJXA 1IKWA 1RILA 4B9NA 4AHUA 1BIZA 1KONA 1D5AA 1JLEA 3H08A 3MEGA 4CEBA 4DSFA 2B6AA 3T3FA 3AVMA 3RMDA 1D9DA 3TANA 3SQ2A 4M3ZA 2HHVA 4FJJA 2D0AA 4CEDA 4DTUA 4OJRA 4DSEA 3ZSYA 4DU3A 1A5VA 3TI0A 2Q3SA 3OYKA 1BISA 3NGYA 1HYVA 4BDPA 1G15A 4BE0A 4B8AB 3FFIA 3DLRA 4GW6A 3ZCMA 1TK0A 4CHOA 4N76A 2YNHA 2DY4A 4DTNA 4M41A 1BCMA 1B9DA 2OZSA 3ZSOA 1SKWA 4J2EA 5J2MA 1TAQA 1T05A 3MAQA 4PUOA 3NH1A 1SUQA 1NJYA 4O0JA 4JRPA 4CHYA 1HJRA 1WJEA 4KHSA 3LP0A 1RTDA 1FKOA 1W0HA 2FBTA 3KD1E 3BDPA 3NHGA 4KTQA 4KI4A 4EZ6A 4FK4A 2OA8A 5SWMA 4FJ5A 4CGDA 3PX4A 3DRRA 2G8WA 4B3OA 3VQPA 3RRGA 4F3OA 1RBTA 3OYNA 3S3OA 3B6OA 4JRQA 2YKMA 4DFKA 2Z1JA 3SUOA 2ZD1A 4CIEA 3OYIA 3C94A 4CHPA 3ZT3A 3SQ4A 3SJJA 1NOYA 4CF2A 5HRNA 4OKKA 1EKEA 3OYLA 1VSIA 3O4NA 3SCXA 2XO7A 4HVJA 4DFJA 4DSLA 2G8VA 1ZBFA 1TL3A 1JLGA 3U3GA 4CEQA 4FM0A 3V9WA 2Z1IA 3QNNA 3D45A 1KSPA 3L2VA 5KGXA 4CJTA 1XWLA 3SPYA 1QQCA 1TKXA 2KFNA 4M3XA 4Z0UA 4E7KA 4I9LA 4FVMA 3ZT0A 4H4OA 2HHUA 1WNSA 4F3QA 4NCGA 3HVTA 3T19A 5C42A 2GV9A 1VSJA 5C24A 5J2PA 1RTIA 3PUFA 1UOCA 2XY5A 2F8SA 5J1EA 3NDKA 1VRTA 1ITGA 4B8CA 2YNFA 3OYGA 5SZTA 1X1PA 4CGIA 4JS5A 4J2BA 4FM1A 5CY4A 2KW4A 3AVHA 4OGEA 3V1QA 3JYTA 1C0TA 5HBMA 4YNQA 3PY8A 4IDKA 1TKZA 2D0CA 1BHLA 2DFHA 5KGWA 1RBVA 4HCCA 1KCFA 2HHWA 1S6QA 3P1GA 1U48A 1T03A 3OYDA 3K5OA 1YVUA 1S1VA 2X6NA 4RW6A 4DTMA 4W5OA 4FW1A 4FLXA 4FJHA 3O4QA 4R5PA 4DQRA 3KKRA 1BCOA 2RPIA 4C8MA 5KI6A 4AHRA 3QEWA 2ZQBA 1TL1A 3ZT4A 3TARA 1IKVA 4GVMA 1DTTA 2KZMA 3V6DA 3NE6A 3SQ1A 3C6TA 3HP9A 3SQ0A 3VQDA 2XRIA 1WSFA 1WJBA 3KK3A 3QNOA 2XY8A 4HCBA 2O4IA 1WN7A 1VSHA 4FLWA 3AA5X 4J2AA 3RRHA 1JXBA 1WJCA 3F9KA 3AVFA 4CE9A 1KVBA 1BI4B 1TKTA 3RR8A 5HRRA 3AA2A 4LSNA 1TV6A 1LW0A 4HUFA 4OLBA 3U6FA 4FJLA 1BQNA 2W42A 3QEPA 2RF2A 1SL2A 3SPZA 4FK0A 4FJNA 3AA3A 2YHBA 4CF8A 4TSXA 3TAGA 2ZE2A 4DFPA 4YFUA 4FLTA 1TK8A 2HVIA 1S1TA 4OGCA 1I3AA 3OYCA 3DOLA 1D9FA 1WJDA 3QLHA 1XI1A 2A1RA 4QCLA 1UAXA 2VG6A 4KO0A 1QSSA 4FM2A 4B08A 4E0DA 3ZSVA 4DS4A 3QEXA 3AVIA 1YT3A 1YTUA 2RN2A 4E7IA 1ZBHA 3DLBA 4CF0A 3OYHA 3NGIA 4BE2A 3AO1A 3I0RA 3O3HA 3K5LA 5HLFA 5HRPA 4NYFA 4IKFA 4OKJA 3LALA 4ID5A 3NH2A 3VQ6A 1C1BA 1RDAA 4ZHRA 5K14A 5DK5A 1T8EA 4FYDA 4DS5A 4ELVA 1NKEA 1J53A 1TKDA 4BDZA 2KFZA 3RMBA 3VQBA 3THVA 4ZTFA 3RMCA 2YNIA 3M8PA 4E3SA 2NUBA 1GOAA 4DTSA 3HM9A 2OYQA 2YHAA 4CJ5A 1A5WA 4CFBA 3HYFA 1JLFA 4BWMA 1BIUA 1QS4A 4CJVA 1RDBA 4W5RA 2BANA 3SUNA 1VK0A 3OY9A 1B92A 1RTJA 3M8SA 4DSKA 3AVAA 5DMRA 1CXQA 2HNZA 3CM6A 1QSYA 3VQCA 1WJFA 3PX6A 3EY1A 1R0AA 3ZSWA 3DOKA 2IC3A 4FW2A 3HP6A 1WLJA 1ZBLA 3TAFA 4FJIA 4FJGA 4Z4CA 3ZSZA 1RBRA 3ZT2A 3LAKA 4CJQA 3DMJA 3LANA 3NFAA 1HYSA 2OPQA 3L3VA 3K5NA 4BACA 4QAGA 3ULDA 3HPOA 4RW4A 3V9XA 1KFDA 3L2QA 4DQSA 4Z4EA 1K6YA 4M3RA 2Z1HA 1XC9A 1L3UA 1MW7A 4DTRA 1X9MA 3ASMA 4DLEA 3QETA 2BDPA 1RT1A 1TGOA 1ZBUA 3KIOA 1S9EA 3C95A 4O5BA 4CFDA 3DLKA 3AO5A 1Q9XA 3SNNA 1NJXA 4FJ7A 1CZBA 2EHGA 4CGGA 1WSGA 5CYMA 4CK1A 4N5SA 3TR8A 2PYJA 1GOCA 2P5GA 3TAQA 3KD5E 1LWFA 2X6SA 4KFBA 4NCBA 3AA4A 3OYFA 4DF8A 3K5MA 3EYZA 2GBZA 3AVKA 3AO4A 4DTOA 3U3YA 1LAVA 2KZZA 1F21A 1KVCA 1Z25A 1WSHA 4N47A 4DQIA 4LH4A 3WNFA 5EU7A 4KB1A 1S9GA 1REVA 3CFRA 3UIQA 5HROA 4CERA 1U47A 4QOZB 1Z26A 1VRUA 4AHCA 2G8HA 1KFSA 3KLIA 1NKCA 4CEZA 4KB0A 3KTQA 1HMVA 1IKYA 3TAMA 4HUEA 4EP4A 2G8IA 1CLQA 1A5XA 1CXUA 2IS3A 4FCYA 3OS0A 1WAFA 3A2FA 1VSDA 1WJAA 3RTVA 1B9FA 3LPUA 1BGXT 4CGHA 3AVLA 2EX3A 4PY5A 3EZ5A 4Q5VA 4OVLA 1ASWA 1S1UA 3DLHA 3DYAA 4DU4A 4FZZA 3HJFA 5JS1A 3G10A 1VSFA 3NGZA 3D0PA 1WSEA 4O44A 4KPYA 4FZXC 3V9ZA 4CF1A 4HTUA 4CK3A 3I8DA 1SKRA 2ITGA 3SV3A 1HQUA 4M45A 1QHTA 4CJ4A 3L3UA 1NK9A 3BGRA 2XY7A 4I9QA 4E1MA 4DTJA 1S5JA 5CZ2A 3ITHA 1KLNA 3CFPA 5KTQA 3IAYA 1I39A 2HNYA 1J54A 3QIPA 4Z4IA 2HHXA 4IFYA 3KK2A 4E7JA 4KTWA 4I7FA 3P83D 1LV5A 3QINA 3VQ8A 1KVAA 2E6MA 2IGIA 1JL2A 1S1XA 2O4GA 3IS9A 3L2WA 3KK1A 5CZ1A 2B5JA 1VSKA 3RWUA 1RBSA 4F4KA 1BL3A 4ELUA 4CFAA 1C0MA 4DF4A 5HRSA 3VQ4A 3K58A 3SV4A 3OJSA 4OKEA 1HPZA 4BDYA 4DMNA 1S1WA 5T7BA 3OYMA 3CG7A 1VSLA 3MXJA 4KV8A 4CGJA 4PWDA 2HNDA 2AJQA 1XHZA 2FBXA 1TK5A 4F2SA 1TVRA 1EP4A 2YNGA 4M3UA 1RT5A 1GOBA 2YKNA 1JL1A 4K8ZA 4G1QA 1EXQA 4CJKA 4WE1A 3CM5A 1UA1A 1U4BA 1DLOA 1IG9A 3LP1A 3S3MA 2G8FA 4B9UA 2FBYA 1HQEA 1JLBA 1U49A 1C6VA 2P5OA 3LWLA 2JLEA 5D3GA 1RT2A 3AO3A 3O3FA 4B9SA 2FBVA 4Q0BA 1KRPA 1NK8A 1RCHA 2RKIA 1LFPA 3SZ2A 4AILC 4OPKA 1EX4A 5C25A 1JKHA 4H4MA 2GUIA 3HPGA 3B6PA 1IKXA 4KTZA 2BE2A 1SKSA 4FLZA 4CIFA 3HXMA 3LAMA 1ZYQA 4ELTA 4CJ3A 3CFOA 1O1WA 2ATQA 3LP2A 3M8QA 3NF6A 1NK7A 1CZ9A 2WOMA 4FJ8A 2JGUA 4M3TA 2IDOA 4ZTJA 4C8KA 4M3YA 4CHQA 4N41A 2Y1JA 4AH9A 1LW2A 4LY7A 1Q9YA 1RT4A 1DTQA 4KAZA 4CJUA 4IG0A 1L3SA 4L8RB 4KHNA 5FRMA 4BE1A 2PZSA 2VWKA 3AVCA 3LPTA 1S6PA 4LSLA 1QTMA 3G0ZA 5FRNA 2OPSA 4CCHA 2OPRA 4H8KA 4MFBA 4CEOA 3NBPA 4HUGA 3NF8A 4Z4FA 4FJ9A 4E89A 1BI4A 1RT7A 3ISNC 1X9WA 2HHSA 1IH7A 2D0BA 3MECA 1NJZA 4RG8A 2VG7A 3DLEA 4DQPA 1UA0A 3KLEA 3K2PA 4IFVA 1NK0A 4Z4GA 4LD0A 2BGGA 4DLGA 3AO2A 1E0EA 3KLHA 4O55A 5J2QA 2Y1IA 3VQQA 4E1NA 4CFCA 3HL8A 1EETA 4RW7A 5FDLA 3HO1A 3HVRA 4CGFA 2OPPA 3MXMA 2X78A 4CJFA 3C6UA 1X9SA 3TAPA 3V1RA 4M3WA 4KRFA 3T1AA 3MEDA 4FK2A 2E6LA 2F8TA 4EZ9A 4AHSA 4CJSA 2PY5A 4F3TA 3SI6A 1N5YA 1FKPA 4RW8A 1MU2A 4XIUA 4K8XA 4CJWA 3SUPA 4KHWA 2I5JA 5CYQA 4E7LA 1NK4A 3E01A 4ID1A 3LZIA 4JLHA 1KLMA 1W9HA 4AHTA 2HW3A 4CESA 2DFEA 3DM2A 4PA1A 4CHNA 3S9HA 3LP3A 4O4GA 3IRXA 4CJLA 3L2UA 2VWJA 3VQ5A 3HPHA 4ICLA 4DTPA 1ASUA 3MEEA 1N6QA 3VQ7A 1RNHA 3CYMA 3VQ9A 3RMAA 2LSNA 1NJWA 3TWHA 3PO4A 3OJUA 4CEEA 4NYNA 1TAUA 4I2PA 5HP1A 3QIOA 4DQQA 1C0UA 3SYZA 1IO2A 1C1AA 1L5UA 3WNEA 4EP5A 1RTHA 3HSTB 2FC0A 4CJEA 3I0SA 3V1OA 4CEFA 3SUQA 4F8RA 3L2RA 1QSLA 4FXDA 2QXFA 4FZYA 1L3VA 2XY6A 4I2QA 1WSIA 3KKSA 3ZT1A 4W5TA 3O3GA 3DRSA 3V9UA 3KLGA 5KRSA 1YTAA 4J2DA 3L8BA 3NF7A 3DLGA 1NOZA 3OYJA 4CHZA 2HMIA 3QEVA 1LWCA 4CJPA 3DRPA 4C8NA 4HHTA 3QESA 3V4IA 1HRHA 1J5OA 4DWIA 4DSIA 4NCAA 3OYAA 4KKOA 3WNGA 3AVJA 1NK5A 4JS4A 4OLAA 3M8RA 4DTXA 3WNHA 2ETJA 1C1CA 1KTQA 3AVBA 1RDDA 3PV8A 4KHUA 3V81A 1J9AA 3AV9A 1JLAA 2VG5A 2G8KA 3PO5A 1RDCA 2P1JA 3HT3A 3LDSA 2OZMA 3VQEA 1LWEA 3QEIA 4N56A 4IBNA 4CECA 3V9SA 3ZSXA 4B9TA 1RBUA 2WONA 3K59A 2QKBA 1UWBA 4CIGA 1RT3A 3ZSRA 3ALYA 3VA0A 3IG1A 3MXIA 1WSJA 4B9VA 3F73A 2KTQA 4DG1A 3VA3A 4W5QA 1U04A 3NF9A 1XHXA 3OYBA 4IG3A 2XHBA 4RW9A 2DTUA 2DFFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KFWX 4IQJA 2QK9A 4DZPA 1RDWX 3G71I 5D5VB 1TL8A 1OCCH 1JJ6C 3TEDA 4BRNA 1SD5A 2CMPA 3CCQN 2A42A 3OYEA 3TO7A 1XMQK 2WY8Q 3KZBA 3HK2A 2ZJRL 4BEHA 3GF2A 4YOVA 4QIWN 4AHVA 5GAEP 3MN6A 4A59A 4HYEA 3GO5A 4NLCA 1E3MA 1VSEA 2A6TA 3KLFA 3QERA 3FM5A 2DA5A 1FIAA 3BR1A 3S2DJ 1U5TB 1OH6A 2HVHA 5IYCJ 2Q31A 5KK1A 5LY3A 4FJXA 1JLEA 2HEOA 2NVUB 3K70D 3GZ6A 4OJRA 1OFCX 1FSHA 4B8AB 4IVNA 4Y3OA 2R7WA 3BUZB 4H5NA 4BYYA 1QZZA 3JAMK 2HYJA 1R23A 3G2BA 5AQWA 2OZ6A 2FBTA 2ZF5O 3B6OA 3VETA 2Z1JA 3W6VA 3BY6A 3SDBA 3FZMA 4HQEA 3QYFA 2A5XA 1Z6TA 2LLKA 3FHZA 5KGXA 1QQCA 3M7GA 3PQJA 5M1PA 1ETYA 2DQRA 3EZWA 3GBGA 3VOEA 1P7IA 3ZP5A 4CD1A 4IHTA 4J01A 4F3QA 1BWFO 1UOCA 5BPLA 3C65A 5J1EA 1ITGA 5HLIA 3S16J 4OGEA 4YNQA 2D0CA 3OYDA 3ZOBA 3MN9A 2O0YA 2CW7A 3JREA 1VQNN 1GLCG 2KZMA 3ZETA 3HP9A 4NBQA 5E17F 4FISA 3HTSB 5CE3A 4CE9A 4HAMA 4XNFA 1SL2A 1XC5A 1JHHA 3CJ9A 3BR6A 5M3FJ 5D6FA 3DOLA 2A1RA 2BUPA 4J8FA 4DBRA 2ZJPL 1YT3A 1QQMA 3U8XA 2KDOA 3FZVA 2V51B 2DPUA 1BIAA 3E5XA 3DP7A 3H6EA 3RMBA 3VQBA 3T7ZA 3DPUA 2NUBA 4DTSA 5E26A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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