3HOSA

Crystal structure of the mariner mos1 paired end complex with mg
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular architecture of the Mos1 paired-end complex: the structural basis of DNA transposition in a eukaryote
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, dna binding protein/dna
source organism Drosophila mauritiana
molecule keywords Transposable element mariner, complete cds
total genus 84
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3hosA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hosA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hosA03
2OQRA 2ZMEB 4P9FA 5LRSA 4S05A 3KP6A 2XAQA 4M9SA 3WTXC 2STTA 1V3FA 3HUGA 3U1DA 5L3FA 3E5QA 3HOSA 4EGYA 2QZ8A 4PCQA 1BI2A 3M7GA 4KNYA 2FBIA 2GZWA 4KIFA 2A5YB 5BOXA 4EJUA 3DV8A 5L3CA 3E3VA 1ZN2A 1LB2A 4HYEA 3V4GA 5ICFA 5E1XA 4PGGA 1DP7P 4HDUA 2ZMEA 5J8CA 4O5VA 1PUEE 2H6CA 2XAHA 3BZ6A 1G3YA 3L9FA 3C3WA 4I01A 5L3BA 2V79A 1LEBA 3J80K 3EQLF 3QAHA 1W4MA 1W7PD 3HHHA 2YU3A 3EUHA 2QQ9A 4KICA 2BGCA 1FYLA 3RYPA 1S3JA 4WXHA 3V7RA 2A61A 5JFRA 1ON1A 3GW2A 4HV5A 3MFKA 1YG2A 4XSXF 5BPIA 2RDPA 4LK0F 3TO7A 1F4KA 4YFKF 2YX4A 3CUQA 2GWRA 3CDHA 4RGXA 2IA1A 3LAJA 2GIVA 2Y0MA 2E7WA 3LA2A 5ERIA 4UVAA 4HF2A 1T2KA 3GO5A 1GVJA 4MGRA 1JHFA 2CWEA 3GFJA 3GZ6A 5ILVA 4GYGA 3RKWA 3BJAA 3R6SA 3EYYA 3SFZA 4R79A 3KP3A 4A0YA 2HOEA 4RB1A 1YTYA 3F6OA 3QP6A 4A2UA 2BEOA 3LSTA 4Q4ZF 1BBYA 2OAZA 1O3SA 1G6NA 2YR2A 2YSRA 4HOBA 4IHSA 4RGRA 2L4MA 5IT9K 1ZHFA 3WTSC 3JTGA 4HX8A 4FX0A 2P4WA 3IKVA 1ZYRF 4L9TA 4QLCU 1ZARA 2RKHA 3F8MA 2EV6A 2VONA 5FFXA 4JQFA 3FZVA 4IVNA 4BNCA 1P4WA 4G7ZF 1T39A 4EJOA 4FHTA 2Z33A 1BOAA 5D5WB 4L0ZB 2M5WA 3VEPA 3TQNA 1O3TA 4EV0A 1HW2A 3WTVC 3IRRA 1R7JA 4UUVA 2DW4A 3QPTA 5JI6A 3NRVA 2IW5A 4ESFA 2A07F 1LDJA 1W5SA 1ZG5A 4IRGA 2O8XA 1HQCA 2IT0A 5AIPA 2KJCA 2X4HA 2JPBA 1O57A 3JTHA 3N97A 2KIFA 1BIAA 1Z1DA 4L0YB 3FMRA 4P5OA 4G94A 2DPUA 2V6CA 3E6DA 1REPC 2HDCA 3BJ6A 4IF4A 1BJAA 4P55A 2EFPA 3LQQA 5D6EA 1LEAA 3H92A 5ILSA 4PZJA 4OIRF 4XLPF 1HXDA 2HZTA 2XV4S 3PQJA 4HW0A 5BPDA 2DLLA 4B8XA 2Z99A 3QU3A 1O7FA 1YYVA 3F2KA 3ROUA 1F1ZA 3IRQA 4KT5C 3IWZA 5J6XA 3GLXA 4IJAA 2VE8A 1KU9A 1MGTA 2Z5UA 1R36A 2ISYA 1Z91A 4HV6A 5LHGA 2UWMA 1Z6RA 1R1VA 2FMYA 4I09A 1ZRFA 1YIOA 1S6LA 2XROA 3K2ZA 3SQNA 2O03A 5HLHA 1XGOA 1SD7A 4A6EA 2KKOA 1IXRC 4ZZDA 2M87A 3L2CA 4FT8A 1D5VA 2VODA 1SD5A 2W57A 1HKTA 3JAMK 1B1BA 4XSZF 1KA8A 3ZMTA 2A6HF 3GX4X 2ADUA 1W7PB 2XGXA 2FBKA 2K86A 1TQMA 1ZG3A 1KQ0A 4I0AA 4ENNA 1O3QA 4CHUA 4OIOF 5LHHA 1ZAOA 1XMAA 2NAZA 4BXUA 1XDUA 2IPQX 3QP5A 4GYIA 4L9VA 4HAMA 4LK1F 3FM3A 3DP7A 4NQWA 1R22A 3HHGA 3BDDA 3BWGA 4U0VA 5HS7A 2XVCA 2HEOA 1FY7A 5HDNA 1FP1D 2VE9A 3HSRA 1LJ9A 2DO7A 4A0XA 3H3UA 3ZMZA 4EM1A 5HVQC 1K6OA 3MAJA 5FB2A 1X3UA 3EETA 3T5XA 2HKOA 2RVCA 4I0BA 4M9ZA 1T38A 1JXSA 2K02A 4DNCA 4RS8A 4FX4A 4A5NA 3SZTA 5BQTA 3KEQA 3CJNA 2LKPA 3WTUC 2LDUA 3M9AA 1Z9CA 4WXCA 3HSEA 3JSPA 2H6BA 1UFMA 2O0YA 2Z3YA 2V1DA 2F5EA 2F5FA 4AIHA 1TLHB 2G9WA 2EA2A 1XGSA 4M6XA 3I59B 3FXUA 3KEOA 2DFIA 5TRDA 4BAYA 1YLFA 2PG4A 3V7CA 3TGNA 4I7HA 4M71A 1KGSA 3KZYA 5E20A 2HS5A 3HRMA 4Q47A 2MH2A 1U6GA 1PDNC 2QBYB 2A68F 2ESNA 2EA4A 1QZYA 3M8EA 1ZLKA 3RYRA 1WWXA 3E6MA 1FBQA 2K27A 4UVBA 3HIFA 3ZPLA 4L9JA 2WTEA 1T6SA 2ZO4A 2MLKA 1IXSB 4KIBA 3ZMSA 2DT5A 1FP2A 2CQKA 5AONA 1YFHA 2D45A 3HSFA 1TQIA 5DDGA 4MEXF 3R0AA 1P2FA 5LBQA 4LJZF 1LQ1A 3KP2A 3G3ZA 3ISPA 1I1GA 2QBYA 3I0TA 2QVOA 1BN5A 4WK8F 2XAJA 4RB2C 2JZYA 4P9UA 4HLYA 5E8IA 2KRFA 2L54A 5J8FA 5FD6A 1SFEA 2ZCWA 4G7OF 1FYKA 5F6FA 3I54A 3GWZA 5HLGA 3LWFA 4B09A 5CVVA 2JT1A 4XLNF 5FLXZ 5DCFA 2D1VA 4I2OA 2GA1A 3DXJF 1LNWA 1QQIA 1QZZA 2DK8A 2YX7A 1MDMB 6PAXA 1JHHA 2PEXA 5HS8A 2L3DA 2EWNA 4I98B 2FQ3A 1R23A 4LB6B 3TDZC 5HDKA 3LA3A 3WGHA 1CF7B 1G4DA 5L3EA 2NRAC 5LLQA 2OU2A 3KP4A 1IRFA 3F6VA 3TOAA 3IHUA 2VT3A 5BS6A 1USTA 2X0LA 4ENJA 2EFNA 1EH7A 2TDXA 4OMZA 1RI7A 3MZHA 4M73A 3T0YA 5BMZA 4HF0A 4KUMA 5K5OA 1IN7A 1Z6TA 1OMIA 2HR3A 1GHCA 1P4XA 3I53A 1MDMA 4K2EA 1O3RA 1Z05A 3I58A 1FLIA 3DPLC 1FSHA 4IPAA 5LGUA 2NYXA 1GXQA 4EQQA 3WG9A 2IP2A 3GFIA 1CF7A 2L4AA 3V8KA 3ECOA 1F9NA 2JSCA 1V4RA 2DPDA 4HX7A 3GEZA 1U2WA 3MWMA 1U3EM 2DK5A 1XB4A 4O6JA 3ZMUA 2XKOA 5HOOA 3BPXA 1U8RA 5HS9A 5D8KB 2VBZA 3EDPA 2P8TA 4N0BA 2HWVA 1KU3A 1TBXA 2PFBA 3ELKA 4HX4A 2PLYA 4HDVA 3AAFA 5FO5A 1BI1A 3ULQB 2XKPA 2Q8KA 2VBXA 2IVMA 1T0FA 3J81Z 2EV0A 3JW4A 5D5XB 1XMKA 4LFUA 1S29A 3ECHA 2IA2A 3F22A 5JR3A 3QRFF 1K78B 4D0PA 3WE2A 1FBSA 3NEUA 1XGMA 1L0OC 4OU0A 1WSUA 3K9JA 2OBPA 2BBYA 2CYYA 5LGNA 5CVJA 4N9HA 2FF4A 3GFMA 3ZP5A 2Q2EA 1L3LA 5H6RA 4LGWA 2HKXA 4ZYEA 4A12A 3OOPA 4WCGA 2B0LA 4ON0A 1A04A 1CGPA 3RKXA 3VOEA 2DTRA 2P5KA 3BP8A 5LHIA 4LLLA 1K78A 1MD0A 2VXZA 1IN6A 2XASA 4U7BA 2M30A 1ZRDA 4DQ2A 3RDIA 1UHMA 1R5GA 2OD5A 1QNTA 1OYWA 1KYWA 2DI3A 3TOBA 1P6RA 1B59A 3FWEA 4LG0B 2MA3A 4Y17A 2CG4A 2XRNA 3V8JA 3ML6A 3C18A 1YW8A 4YIFA 3F8CA 2RNJA 2ZBKA 5CR4A 3HRSA 2QUFA 3E6BA 1HBXG 3K1PA 2NNNA 4IHTA 4RAZA 5D8LB 4EJTA 5ICCA 4YFXF 1J59A 5L3DA 2FEZA 2E7XA 4AIJA 3BJOA 2HTSA 1YS7A 2V1XA 2J5PA 2MBFA 3MEXA 1YS6A 5K5QA 2D1HA 3WGIA 4RB0A 3RI4A 2KIMA 3SXYA 2Y75A 1TNTA 5LGTA 1HW1A 3FHZA 5A2QZ 1PP7U 4LG0A 4HQEA 3CUQC 5LRRA 3LFKA 3ZQ7A 4ESJA 2F5DA 1E17A 3KCCA 2RC4A 3WTTC 2ESHA 2HTJA 1D8KA 1P92A 3T1BA 4P96A 5D4RA 2EB7A 2FE3A 4A0ZA 3GF2A 3O6BB 1KQ9A 2QENA 2OA4A 4KN4X 4S04A 2QQBA 1J7KA 2RN7A 3SHFA 3C1DA 3TO9A 3KLOA 4CO8A 1IUYA 4L18B 1IXCA 4NB5A 4LD5A 2VC0A 5EEHA 4TV7A 1ODDA 2FSWA 1QO0D 3KETA 1USSA 1D3YA 1EV7A 3QOPA 1MJ9A 5KK1A 4AIKA 1IN5A 1RUOA 1DUXC 2QM3A 1VTNC 2ELHA 2CFXA 4ETSA 4UXNA 3I4PA 1BI3A 2UZKA 1J5YA 4BYYA 1FPQA 3F8NA 4WWCA 4H0EA 2A6EF 2VOPA 4ZH4F 1W7PA 1EH8A 2ISZA 4IRIA 2PJPA 3MCZA 2STWA 1UB9A 3B73A 4R8HA 1NHAA 5DCMB 4MDAA 3BOQA 3D5LA 1I27A 5HLIA 4GGGA 3MZYA 3K1NA 3K9TA 2C6YA 2H94A 1B4AA 1B6AA 3D0SA 1C0WA 1I1SA 2W24A 3J81K 1SFXA 3I71A 3RIRA 4BQAA 4O3MA 1ULYA 2J5OA 1U5TC 5CVUA 2R7FA 3WTZA 3P9KA 3CUOA 1OYIA 3HTUA 1S7OA 5IT9Z 5FGMA 2O61A 3K1MA 1XCVA 1J2XA 1GXPA 1QBJA 4OINF 1MKMA 3ABTA 1I6XA 2QWWA 1TQPA 2FU4A 1BC7C 5TJJA 2CO5A 2M1BA 2ZXJA 2DQLA 2Z9OA 3W6KB 4GO1A 3I5UA 4CZZA 1YO5C 3KP7A 2PMUA 3KFWX 3GXOA 4ENKA 2RQPA 3I59A 1E2XA 1MJAA 1K7AA 4UV8A 4EMSA 4OIQF 2PBIA 1ZRCA 3C7JA 3IL2A 2H09A 2EFWA 2P6SA 4G9YA 2HQNA 3R61A 3R60A 3OV8A 4LLNA 4AVPA 4EGZA 4CDGA 1WI9A 2DQRA 1YW9A 3F3XA 5F64A 5E8GA 4IRHA 1LVAA 4F7ZA 2LSOA 3DPTA 4UHTA 4WX9A 1MJBA 1FX7A 3RPQA 2HQRA 2FMLA 1UCRA 1XD7A 2LF7A 2FNPA 3U9GA 3E6CC 2QQAA 2A3SA 5K1YA 3M1EA 2VN2A 5A2QK 4OOIA 4EJVA 1FOKA 4M6YA 4LMYA 1HW5A 3T8RA 5JVTA 2FBHA 2NS0A 4AD9A 4GXOA 4UVCA 2G7UA 3CO7C 5DEQA 4N9IA 2YPRA 5ICGA 4WF2A 4KFCA 4U7DA 1XGNA 2ETHA 1ZH5A 1F5TA 3KZZA 2FRHA 4IXAA 2M45A 3P9CA 1IN8A 1RNLA 2RV8A 2VC1A 2F7TA 3JAMZ 3O3KA 2HGCA 4KYWA 5CJ9A 2HFHA 3WODF 4U0WA 1WKMA 4BHCA 2ZFWA 3CUQB 2R7DA 3PFIA 4MNUA 3RJPA 5E1ZB 4ENMA 2AS5F 1UHWA 3L09A 2P6TA 5E17F 2ACJA 1DPUA 4ZZLA 1XSVA 3K9KA 1P4AA 2ZNYA 2LF8A 2WV0A 4Q48A 1XN7A 1FC3A 3GVAA 1FT9A 2F2EA 1KU7A 2COMA 1AWCA 3M8FA 4G6DA 1OPCA 3CO6C 4LLGF 3Q9SA 1S8NA 1OR7A 3EYIA 2H27A 1KYZA 3Q9VA 3RTRA 3HRUA 3GUDA 1HSJA 1TW3A 4E70A 1ZGJA 3VODA 3F21A 1I5ZA 3K0LA 1QPMA 4MEYF 4HF1A 1SMTA 4HZFA 2V9VA 1TNSA 1S7AA 2XAFA 3F8FA 4XRFA 3DQVC 4M9XA 4L5IA 4KMUX 5D6FA 4CICA 3F8BA 5D5VB 2EK5A 4Y15A 1BI0A 3P9IA 2V1UA 4G8XA 1BC8C 3U2RA 1R5HA 2R3SA 3J7AO 2A69F 3E5XA 1LDDA 4G6QA 1XDSA 2GXGA 1HKQA 1D8JA 3FXQA 1TTYA 5E18F 1FZPB 1FNNA 2CW0F 3DEUA 4MTDA 2NNYA 2EFQA 1FSEA 3E5UA 4A5MA 3KE2A 2VBWA 2WC2A 2JPCA 3LA7A 2PI0A 2XUBA 4A6DA 2XIGA 2GA2A 3K69A 5JHUA 5IT3A 5CYVA 1AOYA 1R00A 4U88A 4L5JA 1U5TB 3WGGA 2OQGA 1ZG1A 3P7NA 3L7WA 4LB5A 4U0YA 2VOOA 2CSOA 1OKRA 1MZBA 3V7SA 1U78A 4ZYGA 2O3FA 3CLOA 4ASNA 5K5RA 1FBUA 4YIIA 2JTVA 2IA0A 1DDNA 1KU2A 3SZPA 4MHGA 3BPVA 2W84A 3MQ0A 1W5TA 2AXLA 1ON2A 4UV9A 5DUKA 2KJBA 1Z7UA 2O6GE 3FF5A 1YW7A 3DF8A 5KVRA 3FMSA 1R1TA 2MD5A 3CTAA 1R58A 3HYIA 5CVIA 1OYYA 4YFNF 1J75A 3GYHX 1XSXA 4WXDA 3IWFA 3QPHA 1U5TA 3ABUA 4KMFA 1J0RA 2HYFA 5ILUA 2W25A 4CYDA 5FLXK 2L01A 2FXAA 1Y0UA 2JRTA 4RAYA 2FNAA 2BE5F 3WTWC 2DAOA 3BY6A 5HDGA 3T8TA 4JK1X 5L3GA 2UXXA 3FX3A 3WE3A 3KLNA 5AIQA 3W6JB 4M72A 1IAWA 3F72A 3LQRA 1PP8F 2WWYA 4HA8A 5H6QA 5ED4A 5EEGA 1RUNA 3NQOA 5F1RA 3H3ZA 5LEKA 1SD4A 5CLSA 3N4MA 4M74A 1DPRA 3RPUA 1K79A 4HBLA 5FFZA 3KP5A 4PDKA 5ICEA 2OZ6A 5DD8A 4QWQA 2K4BA 2W85A 2QYOA 3V8LA 3GFLA 5D4SA 4BH9A 3J80Z 3TO6A 3F23A 1RIOH 1JGSA 3FM5A 1G3TA 2PMHA 4I02A 3REOA 1R1UA 4AWXB 4CGZA 2D2WA 2MLGA 3TDUC 5DYMA 2M8EA 2E1CA 1SD6A 1BIBA 4EM2A 3HOTA 1HSTA 5CVRA 3R0JA 2FA5A 3IC7A 4XBFA 4NHJA 4RB3C 2P5LC 1ZLJA 1ZREA 4EJWA 2IJLA 3O2PE 3WU0A 1SMYF 1QGPA 1H9GA 3PQKA 1WQ2A 4HQMA 4KA4A 3HTSB 2UXNA 3B02A 4PGHA 4MQVA 1IZ1A 3ZN0A 1TW2A 4UNOA 1LDKB 1WRJA 5H20A 1ONVA 3JSOA 3ZMDA 2FOKA 3GZ5A 4KDPA 3I64A 4EM0B 1BM9A 3WU1B 1Q1HA 2LNBA 2HYGD 3FMQA 3HRTA 3RKYA 2IRFG 1T98A 4ZYHA 1J9IA 2ZNZA 1RZ4A 2RGVA 4JBAA 5DCMA 1EH6A 1B9MA 2P7CB 5D5UB 2F5CA 2K7LA 1G3WA 1H9TA 1FWZA 2G7HA 2EFOA 1IRGA 3VB2A 1YQAA 3ZN1A 4YG2F 1IW7F 4CXFA 5DUIA 4KN7X 3QU6A 3VFZA 4OMYA 2GQQA 5LEJA 3L00A 3COAC 4GCVA 2PN6A 1STZA 4ESBA 4R1HA 3WTYC 2XHKA 2BYVE 3ZMVA 4Z2YA 4EVIA 3IKTA 5DD4A 1XCBA 2K4JA 4BHPA 4MTEA 4Y13A 2BV6A 3DKWA 3FXRA 2GAUA 3LAPA 3G73A 4MQ9F 1SFUA 3S2WA 3ERED 2P7VB 3R4KA 1SAXA 2Q0OA 3DFGA 1H0MA 4G7HF 3E97A 4OIPF 1B9NA 2VBYA 4KIGA 4BHBA 2EJRA 2MC3A 1HKSA 3BROA 2DU9A 2DBBA 1IN4A 1O7LA 1FYMA 1G3SA 1ZGAA 2Y48A 1XSDA 1IF1A 2VT2A 5E1WA 1KQ8A 2ZJ2A 2OZUA 4HLXA 2KIUA 4Q5SF 2E1NA 3Q5FA 2CGPA 2EV5A 2QLZA 4RGUA 2GXBA 5DV5A 1JE8A 4L9NA 4RGSA 2L02A 2P5VA 3TKYA 2XAGA 2ZKZA 2PQ8A 4ZYDA 2MH9A 5FD5A 4MDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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