3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
molecule keywords Integrase
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
4FLVA 1XWLA 2ETJA 3NH2A 1L3VA 1N6QA 4EP5A 4M3ZA 3AVLA 1J5OA 3OY9A 4H8KA 3OYDA 3KIOA 1KLMA 1BI4A 2W42A 4J2DA 3HSTB 4FW1A 1VSFA 2E4LA 4LSLA 3NE6A 1ZBHA 1D8YA 4W5NA 4CJUA 4Z4FA 1I39A 1CXUA 4DQSA 4KRFA 1Z25A 4DTRA 2OPSA 2XO7A 3CM6A 1UAXA 4CJKA 3TAEA 2G8WA 4B9NA 4HTUA 2VG5A 1T05A 1KCFA 3BGRA 1RT5A 3NGIA 3NGZA 3VN5A 3AVFA 3I0SA 3ZT4A 3QEWA 3S3NA 4N56A 3BDPA 3CFRA 4OLAA 3M8RA 4DSFA 4FJ9A 4Z4GA 3K58A 2DTUA 1JLFA 3QERA 3U3GA 4DSEA 1SKSA 3JYTA 1L3UA 2IAJA 3ZT1A 4FLZA 3HVTA 1KTQA 2RN2A 3AA3A 3TAMA 1W9HA 3QIPA 1F21A 3QNOA 1ITGA 1EKEA 2Z1HA 3K5LA 4OVLA 3RMBA 4FJ7A 3JSMA 4PUOA 3V81A 4KI4A 1UA0A 4M42A 1HQEA 4KREA 1HNVA 2HNYA 1BHLA 3LP3A 4CJSA 4CJLA 2YKNA 3VQ7A 5KRSA 1TV6A 4ELUA 2D5RA 1NKCA 2A1SA 1O1WA 4BACA 1A5XA 1TK0A 1JLGA 4C8MA 4CK1A 2ITGA 5CYMA 4PQUA 4Y1DA 1A5WA 2ZQBA 3AA5X 3H08A 4RW9A 4JRQA 1ASWA 4NYNA 3LAMA 3DRPA 4I9LA 3EYZA 1JL2A 3V9ZA 3UIQA 4CE9A 3SI6A 4E1MA 1GOCA 1XI1A 1QQCA 1L3TA 1HPZA 4B9VA 3S3OA 5JS1A 4Q5VA 1WJEA 2YHAA 3AVKA 4M3YA 1GOBA 4KAZA 3HP6A 5HROA 2G8UA 1QSYA 2BDPA 4HUGA 1TAUA 4CEBA 1JLBA 4CFDA 2NUBA 2D0BA 4E7KA 4DF8A 3ITHA 4FM0A 2Z1IA 3ASMA 1VRUA 4DG1A 1RT2A 1KVBA 3MAQA 2OA8A 4KHNA 2PYLA 2KFZA 4DU4A 3T3FA 4CJ4A 2FBVA 1TKZA 3D45A 1W0HA 4FM2A 1NJZA 2HHWA 3O4QA 2F96A 3VQ6A 4FK2A 3NFAA 1C1BA 4E19A 4CHPA 4FVMA 3OYEA 2XHBA 1YTAA 2Z1GA 4DFKA 1SL0A 4HCCA 3HPGA 5I3UA 3KLIA 3OYJA 3V1QA 2HMIA 3AVGA 2OPRA 4E3SA 1QSSA 1FKPA 3QLHA 4MQ3A 4M45A 3K5NA 3AVIA 4OKJA 1IH7A 3AO1A 1LFPA 3LWLA 3RR8A 3ZSOA 1X9MA 3P5JA 3MXJA 4DF4A 1RTIA 1L3SA 1NK7A 3L2RA 2OPPA 5CY4A 4CF0A 4W5TA 3QETA 4C8KA 4K8ZA 3PO4A 2P5OA 3PX6A 4O0JA 4AH9A 4M3RA 2OZMA 2VG6A 1JLAA 5CZ1A 1IKWA 1RT7A 3DLHA 3PV8A 1LW2A 1NK0A 3K59A 4CIEA 2FC0A 4B3OA 3HK2A 4J2BA 1LAVA 1IG9A 4IBNA 3IAYA 4C8LA 1BI4B 3DRSA 3F9KA 3KLGA 4BDYA 4FLUA 4AHVA 4E7HA 1YVUA 3S3MA 3RR7A 1VSEA 1BQNA 5KRTA 2HHQA 3RMCA 2B6AA 3K5MA 1RBSA 1D5AA 3DLEA 3VA3A 4FJJA 2HHSA 4NYFA 2JGUA 1HMVA 2HVIA 4F3TA 4KI6A 1NJYA 1RNHA 3P1GA 4LSNA 4Z4CA 3QO9A 4G1QA 1RBTA 4CGDA 2E6LA 4W5QA 3KLFA 4CCHA 4DSIA 2P51A 2Z1JA 3KLEA 4CGIA 4DLGA 4E7JA 4DTPA 4DU1A 1U49A 1B92A 3QIOA 2YNFA 4FLWA 4MFBA 3SUQA 3CM5A 1VSMA 5CZ2A 4AHUA 1WAFA 1S9GA 1UOCA 4HUEA 4H4MA 3D0PA 3V9SA 3QESA 3SNNA 2QKKA 3K5OA 4CJRA 3V1OA 1VSJA 2VWJA 4DFJA 4N76A 4CJVA 1NK6A 2BGGA 3L2QA 2JLEA 1B9DA 3TARA 2XY7A 4FJLA 3DYAA 4GW6A 4CFBA 3RMDA 4CGHA 2GUIA 4I2PA 4EZ6A 4NCBA 1JKHA 3AVAA 1HQUA 3DOKA 2B5JA 4DTSA 3NF8A 3OS2A 5FRMA 4FM1A 5C42A 4FLYA 3ZSZA 1VSLA 4F3OA 2O4IA 5HRNA 1N5YA 3OYNA 1S1TA 5HP1A 2KQ2A 3VQQA 3OYGA 3RWUA 4CHOA 2Q3SA 1TKTA 4DTOA 3AVCA 1VSIA 1JLEA 4IG0A 1RTJA 3SZ2A 1VSHA 3ZSXA 4B9UA 4EZ9A 4B9TA 4O4GA 1KFDA 1RT1A 2OZSA 2FBYA 2YHBA 3I0RA 1S6QA 5J2PA 3SQ2A 3NF7A 3OVNA 3HVRA 3DMJA 3PUFA 1HRHA 4PY5A 4HVJA 4M3XA 2X74A 4FK0A 3B6PA 4OJRA 3V9UA 4K8XA 1REVA 4DQIA 4JLHA 3S9HA 1HYZA 1TAQA 1BQMA 5HBMA 4ZTFA 4RG8A 1TKXA 1Q8IA 1NKBA 4FJKA 1K6YA 4Z4IA 1XC9A 3KD5E 4E7IA 1CXQA 1LAWA 2GV9A 4KFBA 4XIUA 4I9QA 1Z26A 4LY7A 3SUOA 2FBTA 2PY5A 4C8OA 1CLQA 4KPYA 2BANA 1U47A 1IKXA 3LP2A 1S9EA 3IRXA 4N47A 3MEDA 5DK5A 1MU2A 1S1WA 1EP4A 1J53A 2ZD1A 5J1EA 4N41A 1DTTA 4QCLA 3TANA 3HJFA 4DTJA 4FJ8A 2HHXA 3LP1A 2PZSA 4M3TA 2IGIA 2YV0X 3HM9A 3QINA 2YNGA 3T1AA 1TK8A 1RBUA 1ZYQA 2VG7A 1JXBA 1ASVA 3L2UA 3LDSA 4AILC 1C1AA 4W5OA 4E89A 3G0ZA 1UA1A 4CEOA 4B9SA 4FW2A 1RT3A 3TR8A 1MW7A 2R7YA 2WOMA 3NF9A 4FJHA 1YT3A 1WJBA 1LWEA 4CJWA 3HT3A 2HHUA 1SL1A 1U48A 2ZE2A 3NBPA 2KTQA 1RDBA 4FJIA 4PA1A 3MEGA 3L2VA 5KGXA 4PWDA 3SUNA 2DFEA 1KVAA 1QTMA 1RILA 1IO2A 1NK4A 2KZZA 1BL3A 1KSPA 1FKOA 3ZT2A 1Y97A 3SQ0A 4Z0UA 1KVCA 5J2NA 1WJFA 4CJ3A 4FYDA 5T7BA 4M3WA 4F3QA 3RRGA 1BISA 3I8DA 1DLOA 2XY6A 4LH5A 3VQDA 2KW4A 4QAGA 1A5VA 4OKKA 5EU7A 4RW8A 4CJ5A 4DLEA 3VQAA 1BCOA 5K14A 1RT4A 4TSXA 4HHTA 1JLQA 1HNIA 4GVMA 4CHNA 2YNIA 5HLFA 1JL1A 4B08A 1KFSA 3PO5A 3KJVA 4CGGA 2X78A 4ZHRA 4DU3A 4R5PA 4F2RA 3ZSYA 1ZBLA 4Y1CA 4ID5A 5SZTA 2E6MA 3AV9A 2HVHA 1RDDA 3LAKA 1B9FA 4N5SA 1VSKA 1R0AA 4CEZA 2A1RA 1WAJA 4GMJB 4DSJA 3MXMA 2DY4A 1IKYA 1TGOA 4O55A 1C0UA 1C1CA 1HJRA 5J2MA 4B8CA 2HHVA 3QEXA 4FXDA 3T19A 4DFMA 3TAQA 1DTQA 1VK0A 1NOYA 3TABA 1XHZA 2P5GA 1ASUA 1WNSA 1E0EA 4CEEA 1NOZA 1TK5A 2RF2A 2G8FA 5KTQA 4OGEA 5I42A 1RBRA 5C25A 1WJCA 2YKMA 2KFNA 2EHGA 3FFIA 2AJQA 3V1RA 3ISNC 4FZZA 4B8AB 4J2EA 4CJTA 4H4OA 1ZBIA 3HXMA 4NCAA 2IOCA 1L5UA 4LH4A 4HUFA 4KB0A 3WNFA 3KTQA 4KHQA 4L8RB 4OPJA 3KK3A 3C94A 1S5JA 3L8BA 1GOAA 5DMRA 1TVRA 3V9WA 2RPIA 1HYVA 4BE0A 3AVMA 4IFYA 3K2PA 5E41A 1U4BA 1X9SA 3ZSVA 1BGXT 1RT6A 3AO5A 4FJMA 1S1UA 1LWCA 3DLRA 3DM2A 3IG1A 1TKDA 3AVHA 3TWHA 3LANA 1J54A 1RDCA 1G15A 5J2QA 3O3FA 1JXEA 3OJUA 4KTWA 1WSFA 3AVNA 4CK3A 4FJNA 1Q9XA 1C0MA 3DLKA 3HL8A 1SKRA 5CYQA 4BDPA 4AHTA 1D9FA 4CF1A 2I5JA 4CHZA 3AA2A 4KV8A 3NAEA 1TL3A 3A2FA 4CGJA 3ULDA 3DLGA 1CZ9A 4RW7A 1RCHA 2QXFA 3QNNA 4FLXA 3TAGA 1BIUA 3KKRA 4CF9A 3EY1A 3PY8A 1EX4A 3OYLA 4CF8A 4RW4A 4BE2A 4AHSA 3TAPA 3QEIA 1WSHA 4I2QA 4IFVA 5KGWA 1CZBA 4CJFA 3O3HA 1NJWA 3LP0A 3AO3A 3SV4A 1D9DA 4KHSA 3VQ4A 3SPYA 1TL1A 2ATQA 2F8SA 2HNZA 3OYFA 4ICLA 2HNDA 3SUPA 3SCXA 2OPQA 1S1XA 1LWFA 1QS4A 3M8QA 4J2AA 2XRIA 1WLJA 1KLNA 3SYZA 1NK5A 3V6DA 1XHXA 4DSLA 4F2SA 4DSKA 4ELVA 2DFHA 1SV5A 1UWBA 2IS3A 4UQGA 3NCIA 4DQQA 3SJJA 3VQPA 3ZCMA 1T7PA 4AHRA 3F73A 3VQEA 3IS9A 2G8HA 3VQ8A 4OKEA 3ZSQA 4O44A 2F8TA 4IG3A 4LD0A 3MEEA 4OGCA 5JS2A 4I7FA 4KHYA 4KHUA 2G8VA 3CG7A 1QE1A 2IDOA 2PYJA 1ZBFA 2Y1IA 1NK9A 3L3UA 2LSNA 3DRRA 1T8EA 2G8IA 3O3GA 3QEVA 3SQ4A 4FJXA 3LALA 1NJXA 3ZSRA 4CK2A 4E1NA 4CEFA 1C6VA 4AHCA 2YNHA 4ID1A 4CEQA 2VWKA 3VQ9A 3OS0A 3OYMA 3LWMA 3ALYA 3NDKA 4CEAA 3TI0A 4CHYA 1T03A 3WNEA 1S6PA 5HRRA 3AO4A 4CERA 3WNHA 3CFOA 2G8KA 4ELTA 3ZSWA 4FZYA 3NHGA 4YNQA 4WE1A 3OS1A 1IKVA 5FDLA 4CECA 3KD1E 2D0AA 1X9WA 3AVJA 4E7LA 4B9MA 1RTDA 3AVBA 2BE2A 3CFPA 3OYAA 1RDAA 5C24A 3ZT0A 4FLTA 3C6UA 3PX0A 4O5BA 3HP9A 1QSLA 3DLBA 1C0TA 4DTMA 4OLBA 4DTUA 3V4IA 1WSIA 1SUQA 3OYBA 4E0DA 5HRSA 3K57A 3LPUA 3SQ1A 5FRNA 4KTZA 4CESA 2XY8A 4Z4HA 1FK9A 4HCBA 3LPTA 5KI6A 4DWIA 4CF2A 4ZTJA 2OYQA 1QHTA 3AO2A 2EX3A 3KK2A 1HYSA 3WNGA 1RTHA 5FROA 4BWMA 4Z4EA 3RRHA 4DS5A 2B4JA 1SL2A 1J9AA 1WJDA 3C95A 3ZT3A 4CFCA 3PX4A 3HO1A 1WJAA 3C6TA 2D0CA 4KB1A 1JLCA 4B9LA 2X6NA 1WSGA 4BWJA 4CJEA 4CIFA 3RTVA 1Q9YA 2DFFA 4NCGA 1FXXA 4CJPA 5D3GA 2HHTA 2O4GA 1KRPA 4JS5A 3B6OA 4OPKA 3OYKA 4JS4A 3SV3A 4DTXA 3KKSA 3CYMA 3MECA 5SWMA 3L2WA 2XY5A 1VSDA 2P1JA 4BDZA 3LZJA 3HPOA 4DFPA 1S1VA 3KK1A 4W5RA 4YFUA 4DQPA 3V9XA 4QOZB 3M8PA 3NGYA 1NKEA 1RBVA 4M3UA 1WSEA 3OYHA 3VQCA 3LZIA 3U3YA 1LW0A 3RMAA 1SKWA 4F4KA 2WONA 5HRPA 1NK8A 4CJQA 1YTUA 2RKIA 4Q0BA 4CIGA 1EXQA 2Y1JA 3CQ8A 1LV5A 3P83D 4RW6A 3VA0A 4FCYA 2X6SA 3U6FA 4DS4A 3OYCA 3DOLA 4CHQA 3THVA 3O4NA 1BCMA 3QEPA 3VQBA 4JRPA 2IC3A 4M41A 1KONA 3E01A 1U45A 4C8NA 2FBXA 4O0IA 3EZ5A 3DI6A 4F8RA 2QKBA 1EETA 3L3VA 2KZMA 3VQ5A 4KTQA 3HPHA 4IDKA 2QK9A 1X1PA 4DMNA 3OYIA 3MXIA 4KHWA 1VRTA 1I3AA 1WSJA 3M8SA 4FJ5A 3HYFA 3AA4A 3G10A 3KLHA 3NH0A 4FZXC 1ZBUA 1BIZA 3NF6A 4CGFA 3OJSA 4IKFA 3SPZA 4FJGA 1U04A 4BE1A 4DQRA 3NH1A 2HB5A 2HW3A 4DTNA 4KO0A 2GBZA 4CFAA 4EP4A 1WN7A 4FK4A 4KKOA 3TAFA 4CEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH2A 1J5OA 3OY9A 2DMPA 4LLGF 4P96A 1DU0A 5EOYA 4CJKA 4HQEA 3K7AJ 1T05A 4BR5A 3DCFA 2M8EA 2XROA 3HC7A 4Z4GA 2W85A 2X48A 3GDQA 2R7DA 1AU7A 2JVHA 2E5NA 4JI6K 1YVNA 3I53A 5DD8A 4PUOA 1BHLA 5KRSA 4BQLA 1TV6A 1TK0A 1XCVA 4C8MA 1V3FA 2F4VK 1A5WA 3AA5X 4EATA 1ZGWA 5K5OA 4CE9A 4B3XA 1GOCA 4MEXF 4B9VA 1F4KA 4M3YA 3WU1B 1GV2A 5HROA 5ILUA 4XMYA 2OBPA 3I4MJ 1W7PD 5EVZA 5LEKA 1PP8F 3DF8A 3AAPA 3CP2A 4HQMA 4C1NI 1SQKA 2DK5A 1WJ5A 4FHTA 3UKUA 1X2NA 3JRFA 2CSOA 4H0OA 3QETA 4MNUA 3TPQA 5JVGL 4M3RA 2VG6A 3UNGC 1NJIO 1B72B 1OR7A 4RM2A 4B1ZA 1HLUA 2ZMEC 1KU2A 2M9HA 3K5MA 2XAQA 3JRAA 3DLEA 1IN5A 3HOTA 2HTJA 4F3TA 4FWMA 3KE2A 5HS7A 2P5KA 4OIRF 3R8EA 9ANTA 3HYIA 2PLYA 2G9WA 3M6GA 4DU1A 4P55A 3J7ZO 2QKKA 2LKXA 1ZRCA 4DFJA 2DA1A 1NMNA 1NK6A 3K0LA 2IA0A 5FRMA 5E84A 2XAHA 3UR3C 3H0GJ 3ZX2A 3TQNA 4G6TB 3C7JA 3T1BA 4AF1A 1Z67A 3QFUA 4BXFA 2QWRA 1N34K 3FZLA 1QVFM 4HVJA 1H9GA 2X74A 2FJ1A 5AQVA 1RUOA 3L00A 4RG8A 1WPKA 1WQ2A 2J5OA 5TRDA 2ITMA 1U47A 2R5ZB 3HHHA 4XLCA 4N41A 3I4NJ 4HF2A 4AM6A 3T69A 2CV1A 2Y30A 3KP2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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