3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
1GOBA 1LW2A 3WNFA 3V6DA 2PYJA 4KTQA 4CF9A 2DY4A 2RN2A 2E6MA 3S3NA 3VQCA 3CG7A 4FW1A 1J53A 3VQ7A 3PX4A 3HJFA 4AHTA 4FJXA 4CK3A 3S3MA 1JLBA 2D0AA 1ZBFA 3DLGA 3TAFA 1K6YA 3TR8A 4Q5VA 3K58A 4PWDA 5DK5A 4CGHA 2P5GA 1BIZA 4LH4A 5CY4A 1RBRA 3FFIA 5JS1A 2DFHA 3KK2A 3O4QA 1WSJA 1XHXA 3HP6A 3VQ6A 4CJUA 4OPKA 1L3VA 3AVCA 3IRXA 1QSSA 3O3FA 5C24A 4DTJA 2YNGA 3LP2A 4CFCA 3K2PA 4RW6A 1IH7A 3NH2A 1IKVA 3OYJA 3CQ8A 2Z1GA 4KB1A 1L3TA 3VQ4A 2YKNA 1B92A 3KJVA 3DRSA 1VSIA 3K5MA 2HHVA 3D45A 3SUNA 4M3UA 1BCOA 2VWJA 4DFJA 1SL0A 3PUFA 2PY5A 1HYZA 4KAZA 3PX6A 4FK4A 3L8BA 4ID5A 3DM2A 4H4MA 2BGGA 3NF7A 2HVIA 1S1XA 3NE6A 4CHNA 4DS4A 4K8ZA 4CGGA 4FJMA 1T03A 1TK0A 2KTQA 2OPPA 2QKBA 1KLMA 2OZSA 2ZD1A 3DRPA 3AVNA 4UQGA 2XRIA 1SL2A 1WJEA 1RDCA 4BE1A 3OJSA 1Q9YA 4DSJA 4M3YA 3K57A 4OKKA 3LP1A 1JLAA 4KTWA 4DFKA 3S3OA 5CYQA 4KI4A 3F73A 1S9EA 4O5BA 3L2RA 4CHYA 4W5QA 1WSEA 4CHZA 4KKOA 2YNIA 4I2PA 4IBNA 3OYMA 4F3TA 1UAXA 1S6PA 1YTUA 4EZ9A 4DWIA 5CYMA 4WE1A 4CJWA 3MEDA 3V9XA 2Y1JA 4F2SA 2X78A 3TARA 2G8HA 1WAFA 2YNHA 4RW4A 4CJ4A 5SWMA 1SKWA 2HB5A 3AVLA 1N6QA 1KRPA 3ZT2A 3U6FA 4B8AB 1JL2A 5KI6A 1JKHA 1RCHA 3AV9A 3V1OA 2E4LA 2DFEA 4IFVA 4CIEA 2G8KA 4C8LA 2YHBA 4J2AA 3NFAA 3HK2A 1RTHA 4AHVA 3SUQA 1LV5A 2ITGA 3OYGA 4DF4A 1RBVA 4OLAA 2Z1JA 1YVUA 1ZBHA 1LWCA 3MXMA 5FDLA 4CEZA 2QXFA 4AILC 1HNVA 3HPHA 4E7HA 1RDBA 3M8QA 4Z4FA 3U3YA 4KO0A 4FK0A 4DSEA 1X9MA 4Z4GA 2D5RA 1UOCA 4CEBA 1HRHA 3HL8A 4ELTA 4DQQA 4RG8A 1G15A 3VA3A 1D9DA 1GOAA 3L2WA 5C25A 4FLWA 1WNSA 3CM6A 3WNGA 4AHRA 4DTXA 4ZHRA 1QTMA 3PO4A 1ASUA 1RT1A 1VRTA 1QSLA 3AVBA 4HUGA 1X1PA 3HYFA 3OS2A 3RMAA 1EXQA 3U3GA 1D9FA 3AO4A 4BACA 3ZT0A 4CEQA 2FBYA 3B6OA 3SPYA 1WJAA 3T1AA 3NF6A 3OYKA 1TK5A 4Y1CA 3DLKA 5E41A 2I5JA 1EKEA 3LWLA 1VSEA 1BHLA 1T05A 2G8UA 3AVIA 4J2BA 4KHQA 3QINA 3KKRA 4DTPA 1JLGA 1KVBA 4BE2A 4OLBA 4LSNA 1DLOA 4N76A 4KRFA 4E7KA 1KVCA 2E6LA 4JLHA 5KRTA 4E7IA 1NJYA 4FJLA 1TVRA 1JLEA 1RT3A 1RBUA 4CJSA 1NKBA 1HNIA 3VQBA 1C1CA 1LFPA 3OYNA 1IKXA 3DOKA 4B9SA 4HHTA 4B9LA 4C8OA 4O0IA 4FYDA 1S1WA 1JLCA 4CJFA 4FLUA 1JL1A 2LSNA 3VQPA 1Q8IA 3QEIA 5K14A 2Y1IA 4FJ5A 4Y1DA 3DRRA 1NK6A 3SNNA 4CJQA 3NH1A 1S9GA 4I2QA 2HMIA 5HRSA 4HUEA 3RRHA 3O3HA 3VQ5A 1NJXA 2KZMA 1R0AA 1QHTA 2FBTA 1GOCA 1TGOA 3DYAA 4E7LA 4F3OA 2G8IA 5I3UA 4OKEA 5T7BA 4AHSA 4PA1A 1RNHA 4LH5A 4M3ZA 1NKCA 2B4JA 3C94A 4CJKA 2AJQA 3SQ4A 4CIGA 1FK9A 2BANA 1BIUA 1U48A 4B9VA 1KSPA 1CLQA 1WSIA 1RTJA 4CF1A 1FXXA 3AO3A 2DTUA 4RW9A 1L3UA 1NOYA 1RT4A 1NK0A 3QNNA 4AHUA 3O4NA 4FJNA 2IDOA 1XWLA 4I9QA 1U04A 2Q3SA 3NH0A 3HP9A 3K5LA 3LAMA 1BQNA 3HSTB 1HQEA 1MW7A 4CJ3A 2VWKA 2BDPA 1CZBA 1S5JA 4XIUA 5KRSA 4DTRA 3LDSA 1ASVA 4DS5A 1WN7A 2B5JA 2WONA 3NHGA 4CFDA 4FZYA 3OYFA 1EX4A 1RDDA 4CFAA 3KIOA 3QLHA 2IS3A 3OY9A 4O4GA 4JS5A 2FC0A 4CGDA 4JS4A 4FLTA 4DTNA 1WSGA 3M8SA 3MEGA 1L5UA 3RR7A 2OZMA 4DSKA 3ISNC 4GMJB 4DTOA 1RBTA 4FM0A 4ELVA 4LSLA 3AA2A 4FJHA 1EETA 1IKWA 1Z25A 3QEVA 1ZBUA 4NCGA 4DLEA 4PY5A 4CEOA 3I0RA 2HHXA 4W5NA 4KREA 1JXBA 4O55A 4O44A 3VQ8A 3CFRA 3TANA 1NK5A 2HNYA 3PO5A 3CFPA 3OS1A 4DTMA 3KK1A 1N5YA 4CGIA 5J1EA 3L2VA 4FJJA 3QERA 1KCFA 1KONA 4B3OA 2O4IA 4FJIA 1TL1A 1TAQA 4I9LA 4CGJA 1VSLA 3M8RA 3QEXA 1Q9XA 3KLGA 3VQAA 2PZSA 3WNEA 4QAGA 1RT7A 4Q0BA 1BL3A 3HPOA 3SYZA 3PV8A 3RMBA 3SPZA 2XY5A 4MQ3A 2YKMA 3TWHA 3QETA 3SZ2A 3RMCA 4HCCA 1FKOA 2PYLA 3L2QA 4NYNA 3LPTA 3EYZA 3AA4A 3D0PA 4DQSA 5J2MA 3OJUA 3OYIA 3SUPA 5EU7A 2EHGA 2IC3A 1IKYA 5HP1A 3O3GA 5KGXA 3HVRA 4EP4A 3LANA 4E1MA 1JXEA 4CJEA 3ITHA 4CJRA 1WJDA 3OYDA 3THVA 4GVMA 4CK2A 3V1QA 3TAPA 3LP0A 1X9SA 3MXIA 3ZSOA 1BI4A 1RT5A 3DLRA 4DLGA 3TAQA 1ZBLA 2B6AA 1WJCA 5FRMA 1WJBA 4RW7A 3BGRA 5KTQA 2X74A 2F8SA 3A2FA 3DLEA 4M3RA 3SV4A 3TI0A 4OGEA 1B9FA 4CF0A 1TK8A 2P5OA 4DQPA 2YNFA 2IAJA 1ASWA 5DMRA 4DSFA 4BWJA 3NGZA 2G8VA 4B9MA 3T19A 3ZSXA 3VQEA 5JS2A 1L3SA 5FRNA 3OYBA 3ASMA 3QIOA 4KHNA 2F8TA 1J9AA 1RBSA 4O0JA 3EY1A 3HM9A 2NUBA 4FM2A 2KFZA 3ZSWA 2QK9A 1NKEA 2HHTA 4DSIA 1KTQA 1EP4A 4C8NA 4J2DA 2A1RA 4N56A 3ZSRA 4QOZB 4EP5A 3EZ5A 4CJPA 2XHBA 5J2NA 1JLQA 1O1WA 3V9UA 4KPYA 4IKFA 1C0UA 2YHAA 2OA8A 1Z26A 4F2RA 4R5PA 1RDAA 1B9DA 2EX3A 2YV0X 3AO5A 4FZXC 3HXMA 4KHWA 2W42A 4ZTFA 1TL3A 4K8XA 3S9HA 2ETJA 1LWFA 1UWBA 2WOMA 4DQRA 1YT3A 3NDKA 3UIQA 3K59A 4BDPA 2P51A 3V9WA 1WJFA 1U45A 4CEAA 1I3AA 1BISA 4FJKA 3NF8A 4Z4HA 4DTUA 3C6UA 3VN5A 1UA1A 4DG1A 1QE1A 1T7PA 3JSMA 4KI6A 2F96A 2IOCA 1JLFA 4FVMA 4BE0A 1TKTA 5HRNA 3AA3A 2O4GA 3HO1A 3DLBA 4BDYA 3ZSZA 3P1GA 2Z1IA 3SV3A 3IAYA 3KLEA 4PUOA 3BDPA 4CECA 3V1RA 4FCYA 2KQ2A 4FJ9A 3KLIA 1VSMA 4CE9A 4N5SA 4FLZA 4DF8A 4FXDA 1A5XA 1KFDA 4OPJA 1KLNA 2ATQA 3DLHA 2IGIA 4OGCA 2X6SA 4QCLA 5CZ1A 4CJTA 4H4OA 4HUFA 3ULDA 1NJZA 2RF2A 4IG3A 4GW6A 3IG1A 1LAWA 3SQ0A 2KFNA 3ALYA 2GUIA 2ZE2A 4IDKA 4FLXA 2G8WA 3E01A 4ZTJA 1Y97A 4KB0A 4M3WA 4F8RA 2HNDA 2FBXA 3JYTA 4LD0A 3P83D 2HHQA 3DOLA 3LAKA 4F3QA 1REVA 1NK8A 1C0TA 1CZ9A 1X9WA 2VG7A 3G0ZA 1WAJA 2OPQA 1RTIA 1WSHA 2JLEA 2VG5A 4CCHA 3LPUA 3KK3A 1HYVA 3LALA 3VA0A 1RT6A 3G10A 4Z4CA 1S1UA 3T3FA 4FJ8A 3KLFA 1VSKA 4E89A 4KV8A 4KTZA 2R7YA 4DFMA 1SUQA 2FBVA 4DSLA 3RWUA 4W5TA 4FK2A 2VG6A 1NJWA 1CXUA 1MU2A 4FW2A 4CEEA 3AO2A 1DTQA 1QS4A 3OYHA 3MAQA 3LZIA 3SQ2A 1U47A 4M3XA 4PQUA 3AVKA 1QQCA 3NAEA 1J5OA 4CFBA 1HMVA 1F21A 1VRUA 1T8EA 4FM1A 1RTDA 4FJGA 1XHZA 4M41A 3L3UA 2XY7A 4E19A 1BGXT 3ZT1A 4CJLA 1S1TA 4YFUA 2RKIA 1I39A 3V9SA 4DMNA 4OJRA 3OYEA 1WLJA 3SI6A 4KFBA 3IS9A 2Z1HA 5FROA 4W5RA 3SQ1A 4ICLA 4HVJA 3P5JA 1HJRA 3B6PA 2ZQBA 3QEPA 3L2UA 1C1AA 2KW4A 2HVHA 1SKSA 1RILA 3RR8A 3ZT4A 3F9KA 4C8MA 3K5NA 2DFFA 3H08A 4C8KA 4CGFA 3V81A 1UA0A 4G1QA 5HBMA 3AVMA 1A5VA 1TKZA 3KLHA 5D3GA 4OKJA 4JRPA 1W9HA 3TAMA 1TV6A 1E0EA 3AVAA 4AHCA 3RTVA 2HHSA 3TAGA 1RT2A 3OYAA 4CERA 4YNQA 4J2EA 3MEEA 1XC9A 3DI6A 4E1NA 4M42A 4KHUA 3KTQA 4JRQA 3QEWA 2HW3A 3NCIA 2JGUA 4B9TA 4L8RB 4BDZA 3AVGA 2OPSA 3HVTA 3ZSQA 4AH9A 1ITGA 4FJ7A 2D0BA 3AO1A 4DU4A 4CK1A 1KFSA 5C42A 1SV5A 1D8YA 4M3TA 1S6QA 4CF8A 4FLVA 4LY7A 1DTTA 4DQIA 3AVHA 3AVJA 3NGYA 4IG0A 1IG9A 1TKXA 4W5OA 2G8FA 2D0CA 4CJVA 1TKDA 4MFBA 4DTSA 1ZYQA 2XY6A 3HPGA 5HROA 3NBPA 4H8KA 1U4BA 4Z4EA 3M8PA 1C6VA 3V9ZA 4NCAA 2BE2A 1VSJA 3ZT3A 4CHPA 2XY8A 3DMJA 4IFYA 4NCBA 3MXJA 2RPIA 5CZ2A 3KD5E 3OS0A 1C1BA 4DFPA 1WSFA 4E7JA 3V4IA 1VSFA 3C6TA 1LW0A 4BWMA 3RMDA 2KZZA 4CJ5A 3K5OA 3SJJA 1SL1A 3SUOA 1HQUA 1S1VA 3OVNA 2A1SA 3OYCA 5KGWA 1TAUA 4CF2A 3PX0A 3ZSVA 3AVFA 4EZ6A 4CHOA 1HPZA 4CESA 3SCXA 3ZSYA 4E0DA 3LWMA 4B9UA 1QSYA 3L3VA 3TAEA 4B9NA 4ID1A 1VK0A 1IO2A 3CM5A 4M45A 1NK4A 4B8CA 1SKRA 4KHYA 2GBZA 3VQQA 4CIFA 3LZJA 1LWEA 3CYMA 4I7FA 4KHSA 2OPRA 4DU1A 3VQDA 4N41A 1KVAA 4B08A 1NK9A 2HHUA 1C0MA 4CHQA 3NGIA 1LAVA 3HT3A 3KKSA 3QIPA 3NF9A 4CEFA 3CFOA 3MECA 4TSXA 4ELUA 2XO7A 2GV9A 5J2PA 1J54A 3VQ9A 1HYSA 3RRGA 3TABA 1BQMA 1VSDA 3WNHA 1FKPA 4FLYA 4E3SA 4HCBA 1A5WA 1NK7A 1NOZA 3C95A 3LP3A 3ZCMA 3PY8A 4OVLA 4Z0UA 4CEDA 5J2QA 3AA5X 5HRRA 1CXQA 2OYQA 4RW8A 3KD1E 3OYLA 4NYFA 4HTUA 4F4KA 5HRPA 5I42A 4N47A 1U49A 4Z4IA 1XI1A 3QNOA 1ZBIA 1YTAA 4DU3A 2HHWA 3I8DA 1BI4B 1W0HA 2HNZA 1VSHA 3QESA 1D5AA 4FZZA 2P1JA 3I0SA 5SZTA 5HLFA 1BCMA 2X6NA 2QKKA 3QO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GOBA 2K3FA 1T56A 4IJAA 4KTQA 5DYMA 1BA0A 2ZF5O 3LSTA 5L3EA 2P9SA 5DEQA 3QB0A 4AHTA 2VYPA 4DW6A 3ZN1A 2W84A 1ETXA 4WQ4C 3O4QA 3EETA 2XB0X 2E2HJ 4RW6A 2BY2A 1VQ7N 4OOIA 2KT0A 3LA3A 1VQ6N 2HU9A 4M3UA 2HFHA 3V7SA 1YHQI 3PSFA 3PX6A 3KK7A 1MA9B 3CC4I 2CUZA 4CXFA 2LD5A 1FIPA 3I55N 1WZ2A 1ZC6A 2W6KA 3LDQA 3UKGA 3RI4A 2YJEA 3CP8A 3J81K 4O5VA 4OKKA 1YYVA 5CYQA 1S9EA 4JD2A 3BG6A 5C44J 1R5GA 5CPRB 2F4IA 5L3FA 1J6ZA 1WB9A 1P4XA 4OPHA 1NGFA 4I99C 2CGJA 2DOAA 4UVCA 5M3MJ 4DYQA 3R8EA 1KA8A 4IHYA 1X1CA 1TYQA 2WTEA 3O1BA 1U5TB 2Q31A 4HV5A 3KFWX 4HAMA 3CCMN 2R7DA 4H5RA 1K8AO 1X1AA 1IDZA 1QSLA 4B1UB 3HYFA 4RM2A 4XN0A 3T1AA 3DLKA 3SAHA 4KFCA 3IRQA 5M1PA 2X9DA 2JJ7A 3FXRA 3V7CA 4JLHA 5D5XB 4H0VB 1JLEA 2NLXA 1JT6A 3A5MC 3GFMA 1C1CA 1BJZA 2P9IA 4IPAA 4CD3A 3B6AA 3OBYA 4FJ5A 3K4KA 3SNNA 2KKZA 2KZMA 5TJJA 3DYAA 3O9TA 3BEXA 3UB5A 3AAPA 3VTHA 2B4JA 4LIVA 3J7AP 3PUBA 2R5ZB 3J7YJ 3WHBA 2DTUA 1NOYA 2O8BB 3WTUC 4CJ3A 3ZETB 4HX4A 1IGNA 1OISA 3NRVA 2VPRA 1MGTA 2B7EA 3AA2A 2LP0A 1ZBUA 4GV3A 3I0RA 3K1MA 4KN4X 1K61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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