3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
molecule keywords Integrase
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
1UWBA 4ICLA 3V1OA 2P5GA 4OKJA 3IAYA 3RWUA 4CHOA 3VQ8A 4Q5VA 2X6SA 3S3OA 1TK8A 4FJ5A 3BDPA 4CK3A 1U04A 1TGOA 3FFIA 1UAXA 2FBXA 4KV8A 3ZSWA 1IKXA 3KK2A 3ZT3A 2YKNA 1RDAA 1O1WA 2ITGA 3TWHA 4KTQA 2D0CA 1Q8IA 5JS1A 4O0JA 4FLUA 1NK8A 4B9UA 1VSMA 3VQAA 1A5XA 1ZBUA 1X9WA 4TSXA 4CF2A 1S6PA 3O3FA 3EZ5A 3LZIA 3AO3A 1E0EA 1RBUA 2GBZA 3KK3A 1QSSA 3QO9A 3L2QA 5SZTA 1SKSA 3V1RA 1XWLA 3DYAA 3E01A 2WOMA 4KTWA 4NCAA 2E4LA 3NF8A 1NK7A 4KPYA 3M8PA 5HRRA 2HVIA 2DFHA 4ZHRA 1IH7A 3VQCA 4GW6A 3PX6A 1U45A 4OLBA 1KRPA 1TKDA 4CHZA 1ZBHA 2B4JA 1CLQA 1L5UA 3T3FA 3B6PA 1KVCA 2VWJA 1FKPA 2QK9A 2XY7A 1VK0A 3S3NA 1WN7A 4FJGA 1LWFA 5KRTA 1T03A 2B5JA 1S9GA 2G8UA 4FK2A 4KHWA 4I9LA 4DTPA 5HBMA 4AHCA 4CEAA 3WNEA 4CF1A 1IKWA 3LP0A 3V9WA 4KHSA 4DTNA 4DFJA 1CXQA 3P83D 1WSHA 1RILA 5KI6A 3C95A 1LV5A 4FJ9A 1RDCA 2ATQA 4DQSA 1NOZA 3RMBA 1WJCA 3ZT0A 3RRGA 3ITHA 2A1RA 2BE2A 2RPIA 1BIZA 4FZXC 3HP6A 1EXQA 1ZBFA 4IG0A 4PUOA 3MAQA 4M3RA 5T7BA 4CGHA 2IC3A 4RW6A 5CYMA 4FLYA 4F3OA 3DLGA 4N41A 3ZCMA 3MECA 4BE0A 4B9TA 2G8HA 1GOAA 2HHVA 2XO7A 3HJFA 4CFAA 2G8FA 3VA3A 1BL3A 1L3UA 5K14A 2G8KA 4CJ4A 4DF8A 2HHWA 3V9XA 2OA8A 1S1WA 1NK6A 3TAGA 4FJ7A 4G1QA 3JSMA 1HYVA 2VG6A 4HTUA 4CEEA 3DOLA 2E6MA 4BDPA 4OKEA 2B6AA 3QNNA 4CF9A 3PX4A 4FXDA 1RDDA 4JRQA 3SUQA 4O5BA 3UIQA 1T05A 3CYMA 3I8DA 3OYCA 3AVNA 4MFBA 2EHGA 3AVMA 4CGIA 4R5PA 3QETA 1RNHA 2BANA 2BDPA 4FJHA 1RBVA 4FK0A 1SV5A 2D0AA 3NH2A 3KD1E 4CCHA 2YHBA 4CEZA 3OYNA 3OS2A 4CFCA 3AVLA 5J2PA 3LP1A 3QEIA 3CFRA 3K5NA 3LAMA 4B9MA 3K5MA 3QEVA 1C0MA 3KLEA 1ZBLA 3KTQA 4CIFA 2QKBA 3KKRA 1RTIA 4O44A 4FM0A 2GV9A 3AVJA 3HVRA 5CYQA 3DMJA 4CGFA 4FM1A 1JLCA 1JLQA 4DTXA 3KJVA 3V81A 3RMCA 3ZSOA 1TKTA 3QEXA 1RTHA 3U3YA 2F8TA 2X6NA 4C8MA 3ZSYA 1XC9A 1IG9A 4EZ9A 5HRPA 1A5VA 1U49A 5J2QA 3PUFA 4DSEA 3V4IA 4FJJA 4WE1A 4N5SA 3OJSA 3DLKA 3DLHA 1CZBA 2P5OA 2F8SA 1KVBA 3NE6A 1JKHA 2QXFA 4CESA 1NKEA 2AJQA 4KFBA 1Z26A 1KTQA 2KZZA 1D8YA 3G10A 4BACA 4B9NA 1FXXA 2DFFA 1KFDA 2WONA 4RW4A 2PYLA 1DTQA 2Q3SA 3DI6A 3DRSA 3SQ2A 3PV8A 3AVBA 1TL1A 4CK1A 1XI1A 1JL1A 1NJWA 1ITGA 1DLOA 3MEEA 4FW1A 1C0TA 3NGZA 4DTRA 4Q0BA 1C6VA 3VQ6A 2VG7A 4FVMA 4F3TA 4CJEA 4CHQA 1BI4B 4LSNA 3SUOA 1UA1A 4Z4EA 3AA2A 1QTMA 1JLBA 4IG3A 3OYKA 3EY1A 4BWMA 4CFDA 1C1AA 3MXJA 3HM9A 2VWKA 3L2VA 2P1JA 1LAWA 1TKZA 1S1UA 3EYZA 4OGCA 2Z1IA 1G15A 3NGYA 4CEOA 1SKWA 3F9KA 1QHTA 3PX0A 3SV4A 2G8WA 3SQ0A 4NCGA 4FJKA 4AHRA 4Z4FA 4JS5A 1BCMA 1WSIA 4PY5A 2OPRA 1HQUA 3ISNC 4K8ZA 3QERA 4AHUA 1JL2A 1EX4A 3HP9A 4LD0A 4AILC 1WSGA 2IGIA 3TARA 3A2FA 1J53A 4DF4A 1Z25A 4QOZB 3SZ2A 4DQPA 4AH9A 4PQUA 3SUPA 4CIGA 4DQQA 3S9HA 3QESA 3K59A 4CJFA 4Z0UA 1HNIA 1WNSA 4E7IA 1QSYA 3OY9A 3RR7A 2KTQA 3VQQA 2PZSA 1YTUA 1JLEA 3QEWA 4CGGA 2Y1JA 3HPOA 4EP5A 5CY4A 1JLAA 1FKOA 1SKRA 3HK2A 4BDYA 3CG7A 1B9DA 3QLHA 4O0IA 5HRSA 3LWLA 3M8SA 3HXMA 1WJEA 3HPGA 3ALYA 1TK0A 4RW8A 4KREA 4L8RB 1U4BA 4J2DA 3OYLA 4HCCA 4M3TA 3TAQA 2BGGA 1BCOA 3OYIA 4DU3A 4AHSA 3ZSQA 1KLNA 2OPSA 4JRPA 4KRFA 1WAFA 3VQDA 1WSFA 3M8RA 1NK5A 1RT4A 3KKSA 3K57A 4ELTA 3LDSA 1YVUA 1IKYA 2DTUA 3VQPA 2VG5A 3IRXA 3LPTA 4DTUA 3LWMA 3P1GA 4H4MA 4OJRA 3C6TA 4CJUA 4E1MA 2DFEA 3L3VA 4RW7A 3OYHA 5J2MA 1HNVA 5I42A 1XHZA 4KB1A 4Z4CA 3V9ZA 4N47A 2HNZA 2OPPA 1W9HA 3VN5A 4HUFA 3V9SA 3TABA 4Z4IA 1HYSA 3BGRA 2O4GA 2A1SA 4AHVA 1VSDA 1HRHA 3HYFA 3K58A 4KHQA 4W5QA 2HMIA 1N6QA 5HP1A 4CHPA 1QS4A 4CJQA 2HW3A 1L3TA 2Z1GA 1S6QA 4ID5A 2FBVA 4CECA 3ZT2A 4W5RA 3VQ5A 3AVCA 2OPQA 3HVTA 4LY7A 4DTMA 1MU2A 3ZSRA 2HNDA 3HPHA 1VRTA 4H4OA 1X9SA 5FROA 4DTJA 1LWCA 4DFMA 1L3SA 4KHUA 4FW2A 4KHNA 4F2SA 1Q9YA 4DTOA 4LH4A 4QAGA 3OVNA 4E7KA 3SQ4A 1L3VA 4JS4A 1TKXA 4KTZA 3TR8A 2HHTA 4JLHA 2XY6A 1YTAA 4I2QA 4ZTFA 2XY5A 1NK4A 4E0DA 4FYDA 1YT3A 4IDKA 1WJBA 4FM2A 3D45A 1DTTA 4FLXA 3MEDA 1REVA 4CIEA 1K6YA 1N5YA 3PY8A 3KLGA 3C94A 3AVAA 4DQIA 1VSKA 3AO2A 4F4KA 4CJTA 3OS0A 3VQ9A 2KQ2A 1RT1A 4C8NA 4CJSA 1NOYA 4CJVA 2PY5A 4E7LA 4DSLA 1I3AA 4NCBA 1NK9A 5CZ2A 4E3SA 2XRIA 2D0BA 3QNOA 2O4IA 1QQCA 4GVMA 1WSJA 3P5JA 3KLHA 1NKBA 4B8AB 4FLZA 3PO4A 4Z4GA 4FJ8A 4CHYA 3L8BA 3LP2A 3F73A 3OYAA 3L2RA 5HRNA 2HB5A 1RBTA 1VSLA 3KLIA 3LAKA 1IKVA 4K8XA 4HCBA 3AO4A 3NF9A 3U3GA 4CJ5A 3ZT4A 1CZ9A 4FLVA 1C1BA 1R0AA 2OZMA 1B9FA 3AVGA 4PA1A 4Y1CA 1T7PA 5KGWA 4OPJA 4N76A 4FZYA 1KSPA 1X9MA 3C6UA 3NBPA 3NH1A 1KFSA 3TANA 4ELUA 4OVLA 3AA4A 1F21A 2HNYA 3DLBA 1KONA 1NJYA 1T8EA 1C0UA 2JLEA 4OGEA 3VQ4A 3NGIA 4HHTA 3RRHA 4DSKA 1RT7A 4ZTJA 3OYFA 3U6FA 5DK5A 5JS2A 3OJUA 3TAFA 2OYQA 1WSEA 1TK5A 3QIOA 1SUQA 3CFPA 4W5NA 2F96A 4B9LA 4CJLA 2HHSA 1VSIA 4CGDA 1JLGA 4E1NA 3NF6A 4I7FA 1VSEA 1VSJA 3ULDA 1BGXT 1NKCA 5I3UA 3AA5X 2G8VA 4J2EA 3HO1A 4F3QA 4LSLA 2EX3A 4CJKA 4DTSA 1VSHA 1EP4A 4CHNA 3L3UA 4DMNA 3O4QA 5EU7A 1RT3A 2ZD1A 1B92A 4MQ3A 3K5LA 4GMJB 2HVHA 3ZSZA 3OYGA 3AV9A 4E89A 1IO2A 3NHGA 4W5TA 2YNHA 3THVA 4CJRA 1NK0A 5FRNA 1Y97A 3LANA 4CEFA 2KFZA 1GOBA 5C24A 3DRPA 4DSFA 3SJJA 4C8KA 2HHXA 4DG1A 4KI6A 2ETJA 2YKMA 4CK2A 1RT5A 2IAJA 2RKIA 4ELVA 3JYTA 3SQ1A 3LP3A 4C8LA 4I9QA 2LSNA 4NYFA 3LZJA 2YNFA 1NJZA 1TV6A 1D5AA 1TVRA 3WNGA 4DFKA 3VQ7A 3RR8A 4CEDA 1BIUA 4M41A 2Z1HA 3SPYA 4Z4HA 2IOCA 4FCYA 1J9AA 1JLFA 3VQEA 3DLEA 3TAMA 1LAVA 4AHTA 1S1VA 1S1XA 4YFUA 3RTVA 4FJIA 3SCXA 2ZE2A 1C1CA 1BHLA 3DM2A 1W0HA 3CQ8A 1HMVA 4M3UA 1D9DA 4XIUA 1BISA 4B8CA 5DMRA 4FLTA 1D9FA 1S9EA 1KVAA 1HYZA 2KW4A 1SL1A 4HUGA 1VSFA 2JGUA 3O3HA 1WJFA 4E7JA 1HJRA 4KAZA 2W42A 2DY4A 4PWDA 4LH5A 4CJ3A 4DLEA 1TAUA 1Q9XA 1A5WA 4NYNA 1I39A 3MXMA 5D3GA 2YHAA 1CXUA 2X78A 3AVFA 3OYMA 1LFPA 1TL3A 4DSIA 1BQMA 2FBTA 4IKFA 5J1EA 1KLMA 3SPZA 2YNGA 4M42A 1XHXA 3O3GA 4FJXA 5C25A 1RT6A 2RN2A 2NUBA 4KKOA 3VQBA 1VRUA 1LW0A 1WLJA 3NF7A 3AVIA 3HL8A 4CJPA 4N56A 2R7YA 1RTDA 2KFNA 2HHUA 4B9SA 3NDKA 3B6OA 4CE9A 4FJMA 1ZBIA 4EP4A 3AO5A 4B3OA 3SI6A 5FDLA 3T19A 3KIOA 5KGXA 3H08A 2HHQA 3TI0A 3DOKA 1JXBA 3NH0A 3SUNA 4BWJA 2YNIA 4B9VA 2P51A 2FC0A 4M45A 1J5OA 3L2UA 1JXEA 2IDOA 3QINA 3ZT1A 3T1AA 3RMDA 4FJNA 3OS1A 3I0RA 4UQGA 5SWMA 1J54A 3SNNA 3O4NA 4F8RA 4HVJA 4OPKA 3OYDA 2FBYA 3KK1A 1FK9A 1UOCA 4O55A 4BDZA 1X1PA 4FJLA 4OLAA 3K5OA 4M3YA 2KZMA 3HSTB 1HPZA 3I0SA 3LPUA 1KCFA 4M3WA 2RF2A 4DU1A 2Z1JA 2QKKA 1HQEA 3SV3A 1ZYQA 3QEPA 2ZQBA 1RBSA 4DSJA 5E41A 4DLGA 1ASVA 2IS3A 4DU4A 1QSLA 4J2BA 1MW7A 3OYBA 1RTJA 1QE1A 4YNQA 2E6LA 1S1TA 3LALA 5C42A 3AA3A 1SL0A 5J2NA 3D0PA 1BQNA 1RBRA 3M8QA 4FLWA 3V6DA 4FZZA 4HUEA 3TAEA 2OZSA 1BI4A 4H8KA 1NJXA 1EKEA 1TAQA 2XY8A 3AVHA 3QIPA 3MEGA 1U48A 4DQRA 3ZSXA 4IFYA 2GUIA 3V1QA 4RG8A 3ASMA 4B08A 4O4GA 3IG1A 4CF0A 4CFBA 3MXIA 3SYZA 5HLFA 4EZ6A 4KHYA 3KD5E 4E7HA 4CF8A 3KLFA 1S5JA 4M3ZA 3TAPA 3CM5A 2PYJA 3PO5A 3HT3A 1ASUA 4KO0A 1WJDA 2YV0X 3DRRA 4I2PA 2X74A 4E19A 4BE2A 4DFPA 3S3MA 1U47A 1SL2A 4IFVA 3OYJA 5FRMA 4FK4A 4CJWA 2Y1IA 1EETA 4CEQA 1ASWA 3NAEA 4C8OA 3G0ZA 3ZSVA 1LW2A 1RT2A 4DS4A 4OKKA 3NFAA 3WNHA 3VA0A 1UA0A 1GOCA 3K2PA 4CGJA 2I5JA 3DLRA 4BE1A 5CZ1A 3NCIA 5HROA 4F2RA 1RCHA 4J2AA 3OYEA 4KI4A 3AO1A 3L2WA 2G8IA 3IS9A 4M3XA 4KB0A 3CFOA 4RW9A 3AVKA 4ID1A 5KTQA 4DS5A 4CEBA 3V9UA 4QCLA 1LWEA 3CM6A 2D5RA 1RDBA 5KRSA 4IBNA 1WJAA 4W5OA 4CERA 2XHBA 3RMAA 1WAJA 3WNFA 4DWIA 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CD3A 4CK3A 1ZREA 3DXKB 2VWBA 2ZWHA 3D5RC 1OCPA 3TWHA 2IA0A 1Q8IA 3L7WA 2FJ1A 2IS2A 1S5LC 3CMEN 1YJWI 3QO9A 3LA7A 2KKZA 3MDQA 3DYAA 4MGRA 4ZHRA 3PFIA 3E9PA 3O9QA 1R59O 3IP4B 3M6GA 1IKWA 3ZOBA 3BLYA 3AG2H 3ABMH 1WSHA 3HRUA 3F8BA 4PCQA 3RRGA 1TUYA 3ONQA 3T7ZA 3RJPA 1LNWA 2GLOA 5EXWA 4IG0A 2LP0A 5LLQA 1J7KA 5J47A 2P9UB 3EPZA 3VA3A 4FWKA 4UNOA 3TU5A 2AXLA 2DAOA 3KK7A 1QQMA 3ZQHA 4LC9B 2PBDA 1VQ8I 2ID6A 1RPWA 4CEZA 1Z67A 4OIQF 2NS0A 1C0MA 2HNHA 1JLQA 3MZ8A 1N77A 3ZSOA 3AAPA 2QKLB 3Q0UA 2R93J 3GF2A 1QPIA 4RLFA 2QEXI 2W40A 1MDUB 2BHZA 4KFBA 2ZSHB 4D0PA 4OMZA 2R5ZB 1MZBA 4HYEA 4IG3A 2F4VK 1ZGWA 2QW9A 1LDJA 2Q2EA 3EYZA 4OGCA 2VOOA 4CEOA 1LJ9A 3PX0A 2L02A 5AQRA 4JI0K 2L54A 4CYDA 2OPRA 1HQUA 5LHGA 1EX4A 2CFXA 3SZ2A 5JLXA 1QSYA 2AHQA 3CCEI 4NB4A 2PZSA 3KHYA 4RGXA 2ZC2A 1K8KA 4QS9A 5HRSA 4DJAA 1GLBG 4L8RB 2CO5A 3LM2A 2F2EA 5GADP 1YIOA 2DTUA 1B8IB 2VG5A 3LWMA 4XLFA 3JAMO 2OPPA 3ATVA 4AM3A 2CW0F 3C18A 2V6EA 4JI4K 4UHTA 1JKRC 4G12A 1Z6TA 3IH2A 1CZAN 5EEHA 2VONA 3SZTA 2Y69H 3P9IA 3OVNA 3KEQA 4YOVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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