3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
4CERA 1LAWA 2OPQA 4DU3A 3PX0A 1RBSA 3S3OA 4K8ZA 3VQBA 2OZMA 4KHWA 2PYLA 4HUEA 3C6UA 4AILC 3TR8A 2HNDA 4FJGA 4CHOA 1QE1A 4CGDA 2G8VA 4LY7A 1RT1A 2DFEA 4E89A 5HROA 3QERA 1MU2A 2WOMA 1NJYA 3K5MA 3DLGA 3RRHA 1U45A 4KB0A 3QO9A 3SUNA 1QTMA 4OLBA 4RG8A 1RNHA 3KLIA 1VSDA 3AVLA 4G1QA 4IG0A 1XHXA 4O0IA 2Q3SA 4CJEA 2OPSA 5KGXA 3SNNA 4DFPA 1A5WA 4AHSA 4M3XA 3LZJA 4J2EA 2HNZA 4DS5A 1RDCA 4DQSA 2OZSA 1WSGA 3LALA 2G8KA 3DOKA 1VSJA 3MXJA 3NCIA 1KFSA 1SV5A 2B4JA 1JLCA 1CXQA 1TKZA 4B8AB 4CGHA 1C6VA 3AVCA 4CJUA 4DS4A 4J2AA 3QNOA 2EHGA 2O4IA 4J2DA 1S1VA 4KHQA 4AHCA 1N5YA 1D5AA 3TAMA 1GOBA 1HYVA 3MXMA 3MXIA 1RTDA 4Q5VA 4FM0A 3LDSA 4GVMA 4DSEA 2Y1JA 1KSPA 1A5VA 3AVHA 3HPHA 2B6AA 1NKEA 1RT7A 2ZD1A 4KTZA 4E7IA 1NJXA 1Q8IA 1HNIA 3OYLA 3B6PA 3TWHA 1Y97A 3L8BA 1ZBFA 2XY8A 2BANA 4O0JA 2P5GA 4DG1A 3TAFA 1FKPA 2KQ2A 4DTOA 3SUQA 4CJVA 5J2MA 4PUOA 1J53A 3HPGA 1JLEA 3HP6A 4ID1A 3RMAA 1C0UA 1L5UA 1CXUA 3WNGA 1YTUA 3VQAA 4B9VA 3ZSYA 4CHYA 4PY5A 1Q9XA 1J54A 3V1QA 4DFKA 4FW2A 2W42A 3SPYA 3NDKA 4CEDA 4KV8A 3O3FA 3TANA 1VSKA 1XWLA 1TK5A 4E0DA 4FJIA 1HQEA 4KO0A 4KTWA 1T05A 4ELTA 2HHSA 1S9EA 4DTRA 4Z4IA 4AHUA 3SQ4A 3H08A 3QEVA 3HJFA 1VSMA 1QSYA 4LH5A 3V9UA 3DLEA 3OYBA 1TAQA 4M3WA 1S6PA 1RBVA 4CF1A 4DU1A 4FJHA 4OGCA 4CEOA 3P1GA 3AVNA 4JLHA 4R5PA 1IKWA 4DTPA 1U4BA 4J2BA 4F3TA 4BE0A 1NKCA 1RT4A 2HNYA 3HVTA 5HRSA 5SZTA 4KRFA 4KHNA 3V1OA 4CGIA 3ZSRA 4W5RA 1NKBA 2YV0X 1RT6A 2D0BA 3NF9A 5HP1A 1NK9A 1KCFA 4LSNA 4W5NA 2VG7A 3WNFA 2HHWA 3K5OA 4YNQA 4OKKA 3OVNA 3AVIA 3ZSVA 1BGXT 4NCBA 3DLKA 3OYMA 3OY9A 3K5LA 4DTNA 3AVMA 4FJLA 3TAQA 4GMJB 2HB5A 2IAJA 1XHZA 3OS2A 1CLQA 3VQDA 3RTVA 4BWJA 4E1MA 4OJRA 3AA3A 1LWFA 3SQ0A 5JS2A 1EXQA 5HBMA 4B9UA 4FK2A 2DFFA 2Z1IA 1U04A 1C1AA 4DTMA 1WAFA 1BL3A 2F8SA 4F8RA 1S1XA 2IOCA 4M3RA 3BDPA 4B9MA 3QLHA 3SV4A 3VA0A 3TABA 1A5XA 3ZT4A 1QS4A 3SUOA 3AVGA 3TI0A 1BI4A 4FLWA 4PA1A 4B08A 3QEXA 3K2PA 4B9NA 4PWDA 1LWCA 3CG7A 1ZBLA 1UA0A 4I9LA 1TKXA 3PY8A 4HUFA 3PX6A 3CFOA 1LV5A 4KHUA 1RTHA 3OYIA 3AO1A 3HVRA 4FLXA 4DSFA 1NJWA 4RW4A 2BDPA 4K8XA 3ZT0A 4FJKA 1K6YA 3HP9A 3LP3A 3NGYA 1GOAA 3ZSOA 2VWJA 4FM2A 3V9SA 4CF9A 4ELVA 4JRPA 3ZSWA 4CJQA 1RT5A 3DI6A 3QETA 4N41A 2FBVA 4Z4GA 1RDDA 2NUBA 4F2SA 3MAQA 3ZT2A 3AA5X 3AO4A 4M45A 3HK2A 1JL2A 3EYZA 3KLHA 3OJUA 4CEQA 3KK1A 2KZZA 1FKOA 4AH9A 1HQUA 2YKNA 4B3OA 3HL8A 3T3FA 4DTSA 3VQEA 2ZE2A 2D0CA 4FM1A 3T19A 3U6FA 1NK0A 2GBZA 3IG1A 4CFBA 4E19A 4C8KA 3T1AA 1VSHA 2AJQA 4FW1A 4Z4CA 4F4KA 1RBUA 2HHXA 1JXBA 3RMCA 3EY1A 5C42A 4B9LA 4KB1A 2ATQA 3ISNC 4QAGA 4E7HA 3VN5A 3SQ1A 5I42A 2G8HA 1TV6A 5HRPA 2B5JA 4OVLA 3JSMA 4HTUA 1VRTA 1KONA 3OJSA 1C1CA 4BDZA 2E6LA 3LAMA 4H4OA 4EZ9A 4UQGA 3L3VA 1EKEA 1KVCA 1WSHA 2RN2A 4CJPA 2PZSA 2BE2A 3LPUA 5FDLA 3VQ4A 1J5OA 4F3QA 4LH4A 3WNHA 3LWMA 4Y1CA 3KTQA 4M42A 1YVUA 1DTQA 2IS3A 1RILA 4AHTA 1SL0A 1JKHA 3RWUA 2BGGA 3SPZA 4BDPA 4C8LA 1QSSA 2YHAA 2KFZA 4DFJA 3VQ5A 4CJ3A 4E7KA 1N6QA 4ICLA 4Z4EA 1Z26A 5FRMA 2HVHA 4L8RB 3AVKA 4H4MA 5JS1A 5J1EA 4F3OA 4FLVA 4CHNA 1KLMA 5CYQA 1HPZA 4CGFA 3OYCA 2P1JA 3V6DA 4MQ3A 3D0PA 1LWEA 4EP5A 3LAKA 1D9FA 3ZCMA 4KHYA 1L3VA 3ZT1A 4ID5A 4TSXA 2DY4A 4YFUA 5C24A 2HVIA 1X9MA 1C0TA 4E1NA 3KLEA 4KPYA 5J2NA 2A1RA 4F2RA 4DTJA 1QQCA 1X9SA 1SL2A 1SKWA 1BQNA 4RW9A 2HHQA 3K5NA 3DLBA 4DF8A 1WSEA 3AO2A 3NH2A 4CCHA 1VK0A 1NOZA 3DRRA 5I3UA 3IRXA 4CE9A 4FXDA 5HRRA 1QHTA 1IH7A 4LD0A 3M8SA 1YTAA 4FVMA 3K57A 3KK3A 2OA8A 3QINA 4KKOA 4KHSA 3DLHA 4FJ7A 3NF6A 3M8QA 3OYGA 3V9ZA 1I39A 4AHRA 4GW6A 4KTQA 3ITHA 4FK0A 4KI4A 2KZMA 1LAVA 2Z1GA 4FJ9A 1RTJA 3VQ9A 3V81A 3TARA 4EZ6A 3TAEA 1IO2A 2X6SA 3A2FA 4DSKA 5E41A 4BDYA 4JS4A 1JL1A 4DQIA 1NK8A 3OYNA 3PO5A 3ZSQA 3HYFA 3PUFA 4CEEA 4MFBA 4Z4HA 4FLYA 3I0SA 3BGRA 4FJMA 1DTTA 1FK9A 2WONA 3LANA 2FBTA 2QXFA 4FLTA 1XI1A 2KFNA 1TGOA 1W0HA 3O4QA 3CQ8A 4FJJA 4FZZA 3MEGA 3TAPA 3VA3A 1IG9A 4N56A 1TL3A 1GOCA 4QCLA 2IC3A 1X9WA 4IBNA 3CFPA 4CF0A 2O4GA 4FLZA 2QKKA 3WNEA 4PQUA 1JLQA 2P51A 5KGWA 3VQQA 3LP1A 1UA1A 2FBYA 4Y1DA 5C25A 4CIGA 3K58A 4C8OA 2ZQBA 4OPJA 1SUQA 3V9WA 1WNSA 2R7YA 4CFDA 3OYKA 1HJRA 3V4IA 3NFAA 4AHVA 1Q9YA 2EX3A 3AA2A 1RBTA 2A1SA 1B9DA 1QSLA 3KD5E 4CF8A 1U49A 1ASVA 4IFYA 3QEPA 3L2VA 2HW3A 1REVA 2ETJA 5CYMA 2PYJA 1WLJA 1S9GA 1C1BA 2IDOA 2GV9A 1WJAA 5T7BA 3AVJA 1TKTA 4KFBA 4CF2A 4E7LA 4I2PA 3ASMA 1UWBA 3C95A 3AVFA 4JS5A 1NK5A 4KAZA 4IFVA 3C94A 3QESA 3IAYA 1CZ9A 4CEZA 2VG5A 3VQPA 4FZXC 2VWKA 3KD1E 1U48A 2D0AA 1BI4B 3PV8A 3DRPA 1BIUA 3V1RA 3TAGA 5K14A 3F9KA 1NOYA 1RTIA 2LSNA 1WSFA 1CZBA 2XRIA 4FJ5A 1VSEA 2HHUA 5HRNA 1B9FA 4O55A 4CJLA 3OYEA 4I9QA 3RMBA 4RW7A 3PO4A 3DOLA 4N76A 1SKSA 3O3HA 4E7JA 1TK0A 4CFCA 3P5JA 3NE6A 4NCGA 4QOZB 3K59A 2G8IA 3S3NA 1XC9A 3SCXA 1KVAA 4CJ5A 3SYZA 2XY7A 3RRGA 4DWIA 4CJKA 1L3UA 1LFPA 3SZ2A 2YNFA 4M3UA 3O4NA 1JLAA 3M8RA 4M3ZA 1E0EA 4W5QA 1TKDA 4FZYA 2Z1JA 5HLFA 5CZ1A 3DLRA 3OYHA 3LZIA 1JLGA 1WJDA 3CM6A 3P83D 2PY5A 4N5SA 3QEWA 3L3UA 2GUIA 3NAEA 1BISA 2F8TA 2F96A 3VQ8A 1D9DA 3CFRA 3ZSZA 3JYTA 3VQCA 3AVBA 4DU4A 1VSIA 1EX4A 3SI6A 3S3MA 2YNIA 3RR8A 3MECA 1S1WA 4IKFA 1VSLA 1HRHA 4OKEA 4CK2A 1TL1A 4FJXA 5CY4A 4N47A 5D3GA 4B9SA 3QNNA 3NGZA 2E6MA 2Z1HA 1S1TA 3CM5A 3UIQA 3MEDA 3IS9A 1SL1A 4B8CA 1ASUA 4CHPA 4NYFA 5EU7A 4DFMA 2VG6A 3RMDA 4CJWA 3AO3A 5SWMA 2RF2A 4ZTFA 1F21A 4DLEA 1D8YA 5KI6A 4HCBA 4RW8A 2KTQA 4H8KA 4DLGA 1MW7A 1LW0A 1L3TA 1KLNA 1EETA 1WAJA 3KJVA 5DMRA 2X6NA 1T7PA 2YKMA 3LP2A 2G8FA 3RR7A 3V9XA 1WSIA 1WSJA 1T8EA 4NYNA 4CIEA 4Z4FA 4O5BA 4OLAA 4I7FA 1RDBA 3CYMA 1NK6A 3U3YA 1KVBA 2X78A 1TVRA 1C0MA 4CJ4A 4ZHRA 4CK3A 2HHVA 1UOCA 4BE2A 1NK7A 3NF8A 4DSLA 3I8DA 2OPPA 3ALYA 4WE1A 3NHGA 4BACA 4CJTA 1RT3A 3QIPA 5DK5A 3THVA 1ZBUA 4Q0BA 4KI6A 3HM9A 1FXXA 3KK2A 4RW6A 4DQRA 3MEEA 4EP4A 3SQ2A 1UAXA 2ITGA 5FRNA 4FYDA 1HYZA 2OPRA 4C8MA 5KRTA 3G10A 1IKXA 1RT2A 4OKJA 4W5TA 3NH0A 3EZ5A 3PX4A 2JLEA 3NGIA 4FK4A 1O1WA 4ELUA 1WN7A 1ZBHA 3KKSA 1ITGA 1T03A 1IKYA 4CEBA 1ZYQA 5FROA 1WJEA 4C8NA 1KTQA 4XIUA 3DRSA 3ULDA 3L2UA 1R0AA 2YNGA 4M3YA 4HHTA 4E3SA 2HHTA 3DMJA 1KRPA 4CGJA 4CJSA 2KW4A 4BE1A 4BWMA 3G0ZA 2OYQA 3OS0A 1ZBIA 1JLFA 3E01A 3NH1A 2FBXA 1G15A 1BCOA 1HYSA 1S6QA 3KIOA 4CECA 3HO1A 1NK4A 1WJBA 3SV3A 3HXMA 2XY6A 1HMVA 1BIZA 3DM2A 3KKRA 3OYFA 1NJZA 1DLOA 3ZSXA 3LWLA 2HMIA 1JXEA 1U47A 3DYAA 5CZ2A 1RCHA 1SKRA 3AA4A 1BCMA 1BQMA 1BHLA 2YHBA 4JRQA 4FJ8A 4LSLA 3NBPA 3U3GA 2JGUA 4CEAA 3O3GA 4CK1A 3KLGA 4DTUA 3F73A 1S1UA 2DFHA 4HUGA 4DSIA 4M3TA 1TAUA 1WJFA 2I5JA 4CJFA 5J2QA 4FJNA 4DQQA 1RBRA 4HVJA 3OS1A 4CHZA 4CFAA 1Z25A 3L2WA 2XHBA 1VSFA 1YT3A 2E4LA 4FLUA 1X1PA 4Z0UA 4CHQA 3SUPA 3S9HA 1TK8A 3HSTB 4CIFA 3OYJA 2FC0A 3L2QA 4O4GA 2XO7A 2D5RA 2P5OA 1EP4A 1B92A 1HNVA 4DMNA 4KREA 1ASWA 3B6OA 3AV9A 4HCCA 2X74A 2QKBA 4DSJA 1WJCA 3LP0A 3D45A 4OGEA 1L3SA 3FFIA 2IGIA 3VQ7A 2G8UA 3NF7A 4ZTJA 3QEIA 3QIOA 4FCYA 1IKVA 3HPOA 3LPTA 4IG3A 2G8WA 4O44A 3L2RA 1RDAA 2Y1IA 4CGGA 4B9TA 3VQ6A 4CEFA 3KLFA 2DTUA 5J2PA 2RKIA 3OYAA 3HT3A 5KRSA 5KTQA 1S5JA 2XY5A 3OYDA 2RPIA 4I2QA 4CJRA 3SJJA 1J9AA 3I0RA 3ZT3A 3AVAA 4NCAA 4DF4A 4M41A 1LW2A 3C6TA 4CESA 4DQPA 1W9HA 1VRUA 3M8PA 1I3AA 1JLBA 1KFDA 4W5OA 2QK9A 4IDKA 4DTXA 4OPKA 2YNHA 3AO5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XSZF 4MLOA 4FO0A 4CHOA 4NC7A 4IL6C 1R4NB 1USTA 2WY8Q 2A5WA 1X3NA 3H3NO 3V8KA 3SNNA 4DFPA 1RDCA 5KHDA 2ZMEC 1PVEA 2CUEA 4CGHA 2O4IA 2EHGA 3J7YP 3TAMA 1RTDA 3AVHA 4YOVA 4BRPA 2OD5A 1JCFA 1OYWA 3G3ZA 3ZQGA 1VQLN 3FHNA 3HB9A 3ZSYA 1U9NA 2G9WA 4ZYAA 4IRIA 5HOOA 3H5NA 2DMNA 3ASOH 5DUKA 2NXNB 4Z4IA 3I3LA 1HR0K 3V9UA 1H9TA 4XLFA 4CEOA 3OTOK 4DTPA 2ZC2A 2HYGD 1RT4A 2FRHA 3Q5FA 5E1WA 3CJNA 3VETA 4Q5SF 5IT9K 1NK9A 3AVIA 3SZGA 4XRFA 5F08A 2VGMA 3HRMA 1DGRM 2F4OB 2EA2A 2A61A 3HHHA 4FK2A 1WOQA 2F8SA 4H0XB 1J0RA 1X2NA 2STWA 3CG7A 1TKXA 3G6EN 2VBYA 1RTHA 4IF4A 4JP0A 4KUMA 3R9PA 4DSFA 4N41A 4HSTA 2VBXA 1IZ1A 4FWPA 3AL0C 2P9SA 5IT9O 3T1AA 3CC7N 2DN0A 4ILHA 4FX0A 1ZH5A 1OYYA 4Y3OA 5EG0A 2E1NA 2KZGA 3CCJI 4CJPA 5JFRA 5FDLA 4F3QA 4LH4A 2HYFA 3F22A 2PLYA 5LRSA 1DDNA 3H9GA 3DFGA 5J1EA 4ETSA 5BS6A 3BZCA 1ETKA 4MHGA 1OCPA 2DW4A 3ZCMA 1R49A 2EPFA 2L7ZA 3LSJA 1RGIA 4IWVA 3DLBA 4XBFA 4DUYK 5L3FA 3KK3A 1SMYF 2NOJB 3JAMK 2CV0A 3ITHA 4PSWA 1MWMA 3NWTA 2OBPA 3HGGA 1JL1A 4Y7NJ 3JTHA 3HYFA 4JNEA 2STTA 3FISA 3QPSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KRS A;  3CC2 I;  5ERI A;  1K8K B;  2LOO A;  4OPK A;  5F1X A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4CER A;  3AL0 B;  4AIL C;  4MLO A;  2HND A;  4FJG A;  4CHO A;  1QE1 A;  4NC7 A;  2WOM A;  4KB0 A;  5HNH A;  2KP6 A;  1MMA A;  2WY8 Q;  4OLB A;  3KLI A;  4G1Q A;  2M3A A;  1VSD A;  2A5W A;  3AVL A;  3SNN A;  4XLA A;  4DFP A;  3LZJ A;  1SFK A;  1RDC A;  5KHD A;  2OZS A;  1WSG A;  3LAL A;  3NCI A;  1N77 A;  2B4J A;  4CGH A;  4CJU A;  4DS4 A;  2O4I A;  2EHG A;  2VQG A;  3TAM A;  1GOB A;  3MXM A;  1RTD A;  2Y1J A;  2WAD A;  3AVH A;  4KTZ A;  1Q8I A;  2ZSH B;  1ZBF A;  2QKL B;  4QPQ A;  4DG1 A;  1FKP A;  5J2M A;  3HP6 A;  1C0U A;  2LBF A;  4B43 A;  3FHN A;  3VQA A;  4B9V A;  3ZSY A;  1MMG A;  4ZYA A;  4E0D A;  5HOO A;  1VSK A;  4KO0 A;  4ELT A;  3H5N A;  4Z4I A;  4AHU A;  3I3L A;  4LH5 A;  3V9U A;  3OYB A;  4XLF A;  4CEO A;  4DTP A;  2Q1Z B;  4ZDP A;  3EUA A;  1RT4 A;  3QYE A;  4KRF A;  2R7U A;  1NK9 A;  4W5N A;  3AVI A;  3OYM A;  3SZG A;  3TAQ A;  5LD2 C;  2IAJ A;  3VQD A;  3SDB A;  1DGR M;  1LWF A;  4FK2 A;  2DFF A;  3VYR B;  1U04 A;  2F8S A;  1S1X A;  4B9M A;  2M0M A;  3SV4 A;  3V42 A;  4OAY A; 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