3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
4KREA 3SV4A 1ZBLA 4OGCA 1IG9A 4QAGA 3DLGA 4OLBA 2EX3A 3AO3A 4UQGA 4FLZA 1CLQA 1ASVA 3LP3A 3AV9A 4EP5A 3TAQA 1WJDA 3F9KA 1HQUA 4DF4A 4CF2A 1U4BA 1L3VA 4CJSA 4LSNA 3L3UA 4C8LA 3ZSWA 3LPTA 3SQ0A 3KK3A 4QOZB 4CHPA 4E7IA 4DSJA 2XY8A 4H4MA 3SPYA 4KV8A 4AHVA 2P51A 5HRSA 3K58A 1NK5A 1NJWA 4B08A 4E0DA 1S6PA 3UIQA 1WJFA 2FC0A 3SUQA 1C0MA 1S6QA 4CJTA 3VQQA 1S5JA 3ZT3A 4C8KA 4HUGA 1RBSA 4M41A 1RDDA 3VQ9A 1KFSA 3U3YA 2GV9A 2PYJA 1MW7A 1CXUA 4FJMA 4IKFA 1NK0A 3KK2A 2FBTA 1I3AA 4MFBA 2FBVA 1LW2A 3AVCA 3VQCA 3O4NA 4FJ8A 4M45A 4ZTFA 1O1WA 1NKCA 3NCIA 1B92A 4CK1A 4PQUA 2DFEA 5CY4A 3AVMA 3KKSA 4DTSA 4F3TA 3S3MA 4FJKA 2XRIA 2HVIA 3SUPA 1RBRA 1T03A 5FRNA 3LALA 1BQMA 2QXFA 4AHRA 4FJNA 2XO7A 4F4KA 1U45A 3KLHA 5HROA 3SI6A 5EU7A 1SUQA 4CERA 2YNHA 1UA0A 1TKDA 5CZ1A 4W5NA 4FK0A 1WSEA 3D45A 3AVGA 3ZT1A 5KGXA 2Y1IA 4Z4GA 2Z1GA 1VSDA 3IG1A 1KVCA 3G10A 1CZ9A 2YKNA 4CHZA 2HNZA 2OZMA 1KLMA 5DK5A 1ZBUA 3ZSRA 1RT3A 3JSMA 1NKEA 3MECA 4AHUA 1GOBA 1CXQA 3H08A 2QKKA 1FXXA 1WNSA 4BWMA 3QINA 3MXMA 2P5GA 2HNDA 4CGFA 3QEVA 2OPRA 3RMAA 3OYHA 2ETJA 1QTMA 3A2FA 4CEOA 2Z1JA 2HB5A 1JLBA 5HLFA 1EP4A 1HQEA 4M3XA 1B9FA 4CJPA 3IS9A 1MU2A 1J54A 3PUFA 4CIEA 1Q9XA 3AVBA 3VQEA 3LAMA 1NOYA 4B9TA 1BIZA 3CM5A 3V81A 4IFVA 4OJRA 2E4LA 4F2RA 3O3HA 1RDCA 1VSKA 1IKVA 2DY4A 2RKIA 1LWEA 4FW2A 1D9DA 2AJQA 1FKPA 4LD0A 4B9UA 4YFUA 4HUFA 4FM2A 2OA8A 2O4IA 1S1XA 1UOCA 2D0AA 4IFYA 1RDBA 3NGYA 3HM9A 1KTQA 3THVA 5K14A 4ID5A 1CZBA 3HVTA 3SNNA 4J2BA 4AH9A 4W5QA 2ATQA 2HHVA 3K59A 1W9HA 3ZT0A 1LWCA 4CEFA 3ASMA 3VQPA 1HRHA 3WNGA 4FVMA 3RMDA 2HMIA 1SKWA 5SWMA 3OY9A 4IBNA 3KLEA 2IAJA 3WNEA 4QCLA 1SL1A 4EZ9A 2VG5A 3OYLA 1JLQA 4W5TA 3P5JA 3EYZA 3KD1E 4B3OA 4KHYA 1YT3A 4DTOA 2IS3A 3NF9A 3G0ZA 4LY7A 1LFPA 2A1SA 1XI1A 2PY5A 3DI6A 5C42A 4KHUA 1G15A 4IDKA 4LH4A 1XHXA 3HPOA 1NK4A 5I3UA 3B6OA 1WJAA 1HYZA 3V9XA 4DU1A 1A5WA 2G8HA 3AVNA 3OYBA 1TKXA 3DRPA 3TWHA 1S9EA 4W5RA 4NCBA 4DFPA 2X74A 3VQ4A 2KQ2A 3PX4A 2OPSA 1D9FA 3WNHA 4E7JA 2F8SA 4OKKA 1TK5A 3NH0A 1Z25A 5FROA 1SV5A 3QEWA 4Z4IA 3C95A 3VQ8A 4DQPA 5D3GA 3V1RA 4PA1A 1DTTA 4LSLA 3OYNA 3M8RA 4FLYA 4M42A 4OPKA 1Q9YA 2RPIA 4GW6A 1S9GA 4M3UA 4KO0A 3U6FA 1VSMA 5I42A 1YVUA 3OYCA 1BI4A 1LAWA 1WJEA 4N47A 4CF0A 1R0AA 1LAVA 4OKEA 4I9QA 2HHUA 3MEDA 4CJQA 1GOCA 3SZ2A 4JS4A 3RRGA 4ICLA 2KTQA 1KFDA 2KFZA 5KI6A 4O55A 4J2AA 5J2PA 4I2PA 4CJ4A 4NCAA 1VSEA 4I9LA 4EZ6A 1TL3A 1RT5A 3DLRA 3DYAA 4XIUA 3OYMA 4DS4A 1C1CA 4M3TA 1WJBA 2ITGA 2WOMA 3SQ2A 3TAGA 2E6LA 4NCGA 1XWLA 1L3SA 1KVBA 1KVAA 1WSHA 3HPHA 5KRTA 3L2QA 3AO5A 4CJFA 5HRNA 1HJRA 4AILC 3NGZA 4CHOA 1ITGA 3LP2A 4RW9A 4CJWA 4YNQA 2HW3A 2HHTA 4NYNA 5J2QA 5JS1A 1RCHA 5T7BA 2OPQA 3P83D 3PO5A 3DRSA 3TAEA 3DLEA 2Z1HA 4E19A 3RRHA 3QEPA 2IGIA 4N56A 4DFMA 3PY8A 2IC3A 2Q3SA 1VSJA 4KHQA 4IG3A 4CFAA 3OYJA 4JLHA 2ZQBA 3V9UA 2YV0X 3ULDA 2YNFA 4OLAA 3T19A 3AVFA 3M8SA 4K8XA 1NKBA 4FLXA 1TAUA 1WJCA 4DLGA 3IRXA 4BWJA 3CQ8A 4PWDA 4Y1DA 4DQSA 2DFHA 4F8RA 4AHCA 4Z4HA 4O0JA 4FLTA 4CGGA 1KRPA 1X1PA 4CF1A 1SL2A 3QNNA 1D8YA 5J1EA 3LZIA 2XY6A 3SUNA 1QS4A 1BGXT 3MEGA 1W0HA 4FZYA 2X6SA 3NE6A 4PUOA 3TAMA 4ELVA 1L5UA 4Q0BA 1X9MA 3QNOA 3VQ6A 1S1WA 3QIPA 4PY5A 1RTDA 4E1MA 4M3RA 4CJ5A 3L2VA 3KIOA 3SV3A 4Q5VA 2BE2A 4DS5A 1JLEA 1JXEA 3O3FA 3VQBA 1L3TA 4L8RB 4RW8A 4Z0UA 1A5XA 3OVNA 4Z4EA 3HYFA 3RTVA 4GVMA 5C24A 4C8NA 4W5OA 3TAPA 4FJHA 2BGGA 3HO1A 2D0BA 1U48A 3WNFA 4DSEA 1FKOA 3AA3A 5HRRA 2HHWA 4HHTA 4HTUA 2OPPA 3ZSOA 3KLGA 4E7LA 1T8EA 4KTWA 5HBMA 3TI0A 4E1NA 3CG7A 4ELUA 4FJ9A 1TVRA 1K6YA 1RTIA 1N5YA 3HP6A 4I2QA 3MEEA 1RT1A 4KKOA 4KFBA 2BDPA 4KI4A 4KAZA 1VRTA 3RMBA 4KTQA 4CHYA 2DFFA 4DWIA 4LH5A 4DSKA 4F3QA 1QSSA 2EHGA 2X78A 4CECA 4FJJA 1HMVA 1HYSA 1BIUA 1EXQA 4H4OA 3L2WA 3NF7A 1WSFA 5HP1A 3S3OA 4OGEA 1WAJA 5E41A 2R7YA 2JLEA 4ELTA 2YNGA 3HVRA 3QESA 3LZJA 1U04A 1NK6A 1WLJA 3E01A 1RBTA 1HNVA 5CYMA 3OYIA 4OKJA 3QEIA 3NDKA 3QIOA 4ZHRA 3ZSZA 3NAEA 1TKTA 1IKWA 1EKEA 4DG1A 3K5OA 1VRUA 1F21A 3CM6A 3I0SA 3KKRA 3ZSVA 3HL8A 1HNIA 3KLIA 2HNYA 4CJVA 2KZMA 4G1QA 4CEQA 3V6DA 4IG0A 3LPUA 3TAFA 1JLGA 1KONA 3CFOA 3LDSA 3O3GA 4DFKA 1UAXA 3ZSYA 1LW0A 3NH1A 2IDOA 3DMJA 2RF2A 1T7PA 1REVA 4CEAA 3AVKA 4CCHA 4O5BA 4DTJA 1SL0A 1RT4A 4CHQA 2GUIA 2I5JA 2FBXA 3SPZA 3VQ5A 3OS2A 4JS5A 4HUEA 3SCXA 1NK9A 3AO2A 1XHZA 3BGRA 2Y1JA 4KHNA 4M3ZA 1J53A 3S9HA 2G8KA 4CGIA 1I39A 2F96A 1T05A 1L3UA 1NOZA 1RT2A 4CFBA 1Y97A 3JYTA 2FBYA 4JRQA 3T3FA 2PZSA 4GMJB 4KB0A 4DQQA 3ISNC 4BDZA 4FJ5A 1RTHA 1RILA 4DTPA 3PX6A 3KLFA 2NUBA 1SKSA 2G8UA 3DOLA 5FDLA 3TR8A 2HHSA 4WE1A 2VG7A 2D5RA 3V1OA 3NBPA 4K8ZA 3C6TA 1DTQA 3CYMA 4BDYA 3SUOA 2WONA 4I7FA 2JGUA 4DSIA 1WSGA 3VQDA 4N5SA 2XY7A 1ZBHA 3ZT4A 4E89A 3OJUA 4BE2A 1RNHA 3OYDA 1X9WA 2G8IA 3I8DA 3IAYA 1RTJA 4CEDA 3VA3A 4M3YA 1TKZA 3RR7A 1HYVA 2B6AA 1IKYA 2HHQA 4MQ3A 1X9SA 4O0IA 3K5LA 3V4IA 3ZCMA 1JLCA 1YTAA 2LSNA 1HPZA 5CZ2A 3OYAA 4CEEA 4CJEA 4FCYA 2IOCA 4FLVA 1LWFA 1Q8IA 3FFIA 3QETA 4DSFA 4RW7A 1RT7A 4CIGA 3AVLA 1BCOA 4FJIA 1QHTA 3NF6A 1S1UA 1U49A 1JLAA 1SKRA 1BQNA 1RBUA 2D0CA 3HXMA 2Z1IA 4CJUA 2GBZA 4FLWA 2OYQA 3KD5E 1BISA 2G8VA 1DLOA 1JL1A 4F2SA 1JXBA 1QE1A 3VN5A 4NYFA 3NGIA 4JRPA 1QSYA 3B6PA 3AO4A 3TARA 2PYLA 1WSJA 4OPJA 3VQAA 2VWKA 4ID1A 4DTXA 3T1AA 2VG6A 3CFRA 4B9LA 4OVLA 3BDPA 4N76A 1WN7A 3AVHA 2B5JA 1NK8A 2YHBA 3HSTB 4F3OA 3CFPA 1ZYQA 3OYKA 3M8QA 1GOAA 1KCFA 5CYQA 5C25A 4HCCA 3L2UA 2XY5A 3K5MA 4FZXC 4KHWA 3OJSA 4BDPA 3LWMA 3RMCA 5SZTA 3AVAA 4B8CA 4TSXA 3AO1A 3V1QA 3K5NA 3AA5X 4KB1A 4J2EA 1RBVA 3OS0A 4CFDA 4FJ7A 4KRFA 2ZE2A 1C0TA 4DQRA 2OZSA 3MXJA 3V9ZA 1J9AA 3MAQA 4CGJA 2HVHA 3V9SA 2YHAA 3TANA 4DTNA 4B9NA 1NK7A 3HT3A 2O4GA 1RDAA 3AA2A 4DU4A 1Z26A 3KK1A 4RW6A 1TK8A 2F8TA 3SYZA 4CK3A 4KHSA 5JS2A 1S1VA 4CK2A 3V9WA 1BL3A 4FK4A 4E7KA 4BE1A 4FJXA 2VWJA 4CJRA 1ASWA 2XHBA 3QO9A 4DTMA 1EX4A 1ASUA 4RG8A 4KTZA 4DMNA 4O4GA 1BHLA 4FXDA 4FM1A 2YNIA 4DTUA 4CFCA 3F73A 2B4JA 4FW1A 1FK9A 4B8AB 4FYDA 3I0RA 4CEZA 2X6NA 3DRRA 4FLUA 4CF8A 3NH2A 3C94A 3OYEA 1TAQA 1IH7A 4E3SA 1IO2A 2E6MA 3TABA 2HHXA 2KFNA 3K2PA 1E0EA 3QEXA 1B9DA 1C0UA 1RT6A 1S1TA 2BANA 3VQ7A 1WSIA 5DMRA 1VSFA 1D5AA 3OYFA 4DLEA 3DLBA 1JL2A 4CGDA 3O4QA 3LP0A 4DTRA 4FJLA 5FRMA 1EETA 3VA0A 2G8WA 3DM2A 4HVJA 5KGWA 3HP9A 3QLHA 4ZTJA 2QK9A 4CF9A 1KSPA 3ZT2A 4AHSA 1TGOA 4CEBA 1J5OA 3ZSQA 3K57A 3MXIA 4FK2A 4RW4A 3D0PA 3P1GA 3OYGA 3L3VA 1QSLA 4B9VA 1C6VA 3NF8A 4AHTA 5KTQA 4CHNA 4E7HA 3SQ4A 3SQ1A 1LV5A 4CJKA 1JKHA 4DF8A 1IKXA 3AA4A 1YTUA 3DLHA 1N6QA 3PV8A 3PO4A 3AVIA 4BE0A 2W42A 2A1RA 1NJYA 3S3NA 3M8PA 1UA1A 1VK0A 1BI4B 3LP1A 4DU3A 4CE9A 1NJZA 1UWBA 1WAFA 3PX0A 4M3WA 3L8BA 2P1JA 5KRSA 4DSLA 1ZBIA 4CJLA 1NJXA 3OS1A 3KTQA 3SJJA 4CIFA 2G8FA 4Z4CA 3LANA 4O44A 4FM0A 1C1AA 3L2RA 5J2NA 1TL1A 3AVJA 4CGHA 2KW4A 1VSIA 5HRPA 3LWLA 2YKMA 4R5PA 4B9SA 3RR8A 4DQIA 3ZSXA 4Z4FA 4C8MA 2KZZA 2DTUA 1JLFA 3QERA 3EY1A 4Y1CA 1XC9A 3KJVA 1VSHA 1C1BA 4C8OA 4KPYA 1QQCA 3ITHA 3DOKA 4EP4A 3HK2A 1A5VA 1TV6A 4J2DA 2ZD1A 3LAKA 4N41A 4H8KA 1KLNA 1BCMA 3C6UA 4CJ3A 3HPGA 4FJGA 3HJFA 1VSLA 3ALYA 3DLKA 4BACA 5J2MA 4KI6A 4CESA 2RN2A 2P5OA 3EZ5A 3U3GA 1TK0A 4HCBA 2QKBA 4DFJA 1ZBFA 1U47A 4FZZA 3NHGA 4B9MA 3NFAA 3RWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W25A 3GUDA 1G2HA 1CLQA 4UQGA 2EV0A 3I59A 3ZQCA 1B72B 2D5VA 1L3VA 5TISC 5BN9A 3A4CA 2PMZA 4XR6A 1OISA 1NK5A 3BLYA 4C8KA 4NUBA 4IKFA 1VQ8N 4HOBA 4AC0A 2NRWA 4CK1A 2LF8A 5GTHC 3OIOA 3OOPA 4AHRA 4QS7A 3S93A 5HROA 3EO3A 3EN9A 3V4GA 3BTIA 3AVGA 2FNAA 2CH5A 4BNCA 4KIBA 4GKJK 2A6EF 3CPWM 2ZJRF 4JX4A 5ICGA 3A2FA 1ZRFA 1FBQA 1B9FA 4CIEA 1Q9XA 1RDCA 5J8FA 4RM2A 4M73A 1LWEA 2HOSA 1VQKI 4CJ7A 2E5LK 3PIPF 2M8EA 3KP5A 1CZBA 2DAOA 2FA5A 4B8XA 3PQJA 3RKXA 4GRIA 2M0MA 2IS1A 3OY9A 4W5TA 1ZN2A 4KHUA 1WKMA 2Y48A 5GAEP 2X74A 4YOXA 4JD2B 2X48A 2WTEA 4PA1A 2MA3A 4LSLA 4BRCA 1VQKN 3GLLA 4X65K 1W97L 1RESA 1N77A 2KTQA 5KI6A 4RGUA 4I2PA 1U6ZA 4O6JA 3DYAA 5F0FA 2MBFA 1QQIA 1KVAA 1WSHA 3LSGA 3AO5A 2VI6A 3RTRA 4NYNA 3I64A 3P83D 2O0YA 4FPBA 4E19A 1ZG5A 2O9LA 2Q3SA 1G8XA 3ABLH 4OLAA 1TLHB 3AVFA 3U4LA 4X64K 5JLXA 3BG9A 2E1OA 1HQCA 2LK2A 4DQSA 4BR0A 4O0JA 3HDDA 1QS4A 4FZYA 2L7MP 2FD5A 1NLVA 2BE2A 5JMVA 5GAGJ 1LE8A 9ANTA 3FZHA 3CF2A 2M45A 2Z2SB 5IP6A 2MW8A 5IWAK 2W41A 1BM9A 3CCQI 3HP6A 4KAZA 4DYCA 3RMBA 4DR5K 4ZYGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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