3P5JA

The structure of the human rnase h2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
292
structure length
262
Chain Sequence
NTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVATLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDSPHRYFQERGLEAASSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structure of the Human RNase H2 Complex Defines Key Interaction Interfaces Relevant to Enzyme Function and Human Disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/replication
source organism Mus musculus
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
total genus 79
structure length 262
sequence length 292
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3p5jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p5jA01
3PO5A 4DWIA 1TKDA 4OGEA 3P83D 1VSMA 3ZSXA 4DTXA 1RTDA 2VG6A 4DTMA 4HTUA 3LDSA 3MXMA 4CIGA 4DQSA 3ZSRA 1QTMA 4CJ3A 3QESA 1NK9A 1KFSA 2VWJA 3KD5E 4O4GA 1HMVA 4ID1A 1SL2A 4OVLA 2JLEA 1HQEA 1TKXA 5CZ2A 3OYKA 2VG5A 3V6DA 4ELVA 4E89A 4UQGA 2XY5A 4I9LA 4RW8A 3VQCA 2OPRA 3A2FA 4DFKA 1IG9A 4OLBA 2G8IA 1JLGA 4FJMA 3HSTB 3SI6A 4GMJB 2ZQBA 2XRIA 1FXXA 3AVFA 1FKPA 5KI6A 3EY1A 3HVRA 5HLFA 1NK0A 2QKKA 2PYJA 3D45A 3RR8A 3HT3A 1HYVA 1RT1A 3QNOA 5HRSA 3KJVA 4DSIA 5KGXA 3OYLA 4CEDA 4ELTA 1J5OA 3DYAA 4CCHA 2P5OA 3HL8A 1BISA 1ASUA 2FC0A 3H08A 4MFBA 1J54A 4DSFA 4E3SA 3TARA 2ETJA 1EX4A 4HUEA 1KSPA 4QAGA 3CQ8A 4O0JA 3VQ5A 1GOBA 3RWUA 3O4NA 3O3HA 2HVHA 2YV0X 1LWCA 2IC3A 3RMAA 2F8TA 1HYSA 4FM1A 1EP4A 2E4LA 4CK3A 4CJQA 3PX0A 4B8AB 4HUFA 4WE1A 3ZT1A 3VQBA 3HJFA 1O1WA 3CM6A 3LAKA 4HCCA 3CFRA 1A5VA 4BWJA 4EP5A 3SPZA 2DFFA 1QHTA 4CIFA 1JLQA 4DF4A 2A1SA 1SKRA 3B6PA 1VSFA 1JLBA 3LP2A 4RW9A 4N5SA 4PUOA 4CEOA 4BDPA 3MEGA 1ZBIA 3IRXA 3SUQA 3NGZA 2Y1IA 1N5YA 4CHOA 3SJJA 1RT4A 3ZT2A 3MAQA 3SCXA 1U47A 1S5JA 4LD0A 1B9DA 2ATQA 3DRPA 1L5UA 5DK5A 4F3OA 1R0AA 2HHVA 3ISNC 4KHQA 3DRSA 4CJ4A 3V1RA 3HP9A 4GVMA 1SV5A 3M8PA 2Z1JA 2AJQA 3TAGA 3AO2A 3K57A 4CK1A 2HMIA 4DSKA 4K8ZA 1I3AA 1S1XA 2X6NA 4CGIA 4KB1A 2FBTA 4QOZB 1VSIA 2D0AA 4I7FA 3SNNA 4CF0A 1IKXA 3AVCA 3K5OA 4OGCA 5SZTA 4FLXA 1HJRA 3PUFA 3DM2A 2QKBA 4FJLA 5CYQA 3FFIA 1C0MA 3IG1A 4FJHA 5C42A 3AO5A 4CERA 4CK2A 4F4KA 4OPKA 1FKOA 1A5XA 3AV9A 1D8YA 2PY5A 3TAFA 3HYFA 3AVJA 4KTQA 4CEZA 3LPTA 2X78A 4I9QA 1GOCA 3NGYA 4IDKA 2G8UA 3KIOA 3V1QA 1WSHA 4N56A 3M8SA 2X74A 1NK6A 4KAZA 3VQ8A 4O55A 4O5BA 2KW4A 1RT2A 3IAYA 3NFAA 3HPOA 4LH4A 3AA5X 4FJGA 3OY9A 1VSEA 3F73A 4J2DA 3RRHA 4M3ZA 1BL3A 1WSGA 3LPUA 2IAJA 3ZSOA 3HK2A 2YNGA 2EX3A 5C24A 3SV3A 2OA8A 2KZZA 1NOYA 1KLMA 2D0BA 1FK9A 2I5JA 2Z1HA 3AVIA 1LAVA 4FJIA 3WNFA 4DQIA 4FCYA 2OYQA 4KB0A 3QO9A 3T3FA 4FJ7A 2HHSA 3SV4A 4O0IA 3ZSWA 5KRSA 1HYZA 2P51A 4FK2A 1WSIA 4CEAA 5I42A 1RCHA 3MXIA 3C6UA 1S6PA 3G10A 4FZZA 2DY4A 5CYMA 3LWMA 2HNZA 4AHUA 1XHXA 1BI4A 2GV9A 4H4OA 4OKJA 1RBSA 3TAPA 4ZTFA 1ZBLA 4B9MA 4AHCA 3QIPA 5FROA 3OYMA 4FJ5A 1T8EA 4JS5A 4BE0A 3I8DA 2FBVA 4DTUA 4EZ6A 1IKVA 3ITHA 1RT5A 3VQAA 4Z4CA 4FJ9A 3AVBA 3LP3A 4IFVA 3ZSVA 3HPHA 1IKYA 1RBRA 4CJWA 1RDAA 2XHBA 4CJSA 3K5NA 2ZD1A 4BWMA 1NKBA 4CJPA 1YVUA 4PY5A 4NYNA 5HP1A 3UIQA 1VRTA 1F21A 4Z0UA 3V9SA 1LWFA 1X9MA 2F8SA 2HHUA 1SL1A 4Q5VA 1Q9XA 1L3UA 4NCGA 2E6MA 3V9WA 2XY8A 1RBTA 3PV8A 3ZT0A 4PA1A 1VSHA 1NJYA 1U4BA 1XI1A 1GOAA 4BACA 2EHGA 1W9HA 1NK8A 1N6QA 3KLFA 1QE1A 4IG3A 1L3VA 3VA3A 4CHZA 4FLTA 2Y1JA 1KCFA 1SKWA 3AVKA 3G0ZA 4CECA 2G8FA 4OPJA 4ELUA 4KHUA 4PWDA 2JGUA 5HROA 2RPIA 1NKCA 1LAWA 4F3TA 3ZCMA 3NCIA 2PZSA 1EETA 1S9GA 3K58A 3TWHA 2B4JA 4Z4HA 1BIZA 2Z1IA 4E1NA 2DFEA 1XWLA 4FJJA 3VQQA 4N41A 4KFBA 1U04A 4E1MA 3V9ZA 1DLOA 3U3YA 1D9FA 4CJ5A 3VQ9A 4DFPA 4DFJA 1IKWA 1LW2A 3NF6A 1T7PA 1JL1A 4JS4A 4FLYA 1NK7A 1X9WA 2G8WA 4HCBA 3LZJA 3HPGA 3PY8A 3ULDA 4B9LA 4DSJA 1VSKA 4CHYA 1KLNA 4KHYA 4C8MA 3U3GA 4CGDA 5CZ1A 3TAMA 4W5TA 2O4GA 4BE1A 2IS3A 1HNVA 3WNHA 3OYFA 3NHGA 4CEQA 1HPZA 4DFMA 3OYAA 4CJKA 3LP1A 1CZBA 1UAXA 4DTRA 1U45A 2OZSA 1HQUA 1UA0A 3SPYA 3M8QA 4CEFA 3OJSA 4CF9A 4DLEA 3RMBA 4DSEA 3RRGA 1C0UA 2XY6A 3VQ6A 4KKOA 3EYZA 2WOMA 4B9SA 3OJUA 3THVA 1D9DA 1CXUA 2WONA 4LY7A 1EKEA 4DG1A 3L2VA 5T7BA 1TK0A 1WSJA 1BQMA 3OYHA 3SUOA 1KVCA 2NUBA 3SYZA 3NF7A 3TAQA 2HHTA 4CEBA 3AVHA 4KI4A 4R5PA 1G15A 3TAEA 2HHXA 3JSMA 1XC9A 2G8HA 4HVJA 1VRUA 1BQNA 4OLAA 3ALYA 3ZSYA 5J2NA 3WNEA 4Y1CA 1I39A 1NJXA 1WLJA 3TR8A 2GBZA 4CGJA 3OYJA 4HUGA 1ITGA 3KK1A 1Q8IA 1RT3A 4H4MA 3ASMA 1LWEA 1REVA 1TVRA 4EP4A 4B9UA 4N76A 1TKTA 4B9NA 2B6AA 1NJWA 4B08A 4KO0A 1WSFA 2RKIA 4RW7A 3OYBA 1DTQA 1YTAA 3V9UA 4FK4A 4M41A 3K2PA 4CGHA 3NH0A 1JLCA 1RBVA 3C95A 4XIUA 4AHTA 1SKSA 4AHVA 2KFNA 1UWBA 3NF9A 1B92A 1BGXT 4FVMA 3T1AA 4Z4EA 5CY4A 3O3GA 1JLEA 3V1OA 4DU3A 4M45A 4M3XA 4NCAA 4AH9A 3OS1A 5HBMA 4CESA 3ZT4A 2RF2A 2QK9A 1TV6A 1IO2A 1QSYA 1UA1A 1CXQA 2BE2A 4CHPA 3QIOA 5KTQA 3MEEA 4B9TA 2IOCA 4PQUA 4M3WA 3AVMA 3AA3A 1ASWA 1KFDA 4Z4IA 1S6QA 4MQ3A 4FJNA 4E7IA 1RBUA 4C8LA 4L8RB 2DFHA 1HRHA 1Y97A 4H8KA 3DLHA 4E0DA 1NK5A 4FYDA 1KTQA 4LSNA 1NK4A 1VSJA 3KLEA 4EZ9A 4Z4GA 2HNDA 4BDZA 5HRNA 4CFDA 3EZ5A 5HRRA 2YNIA 3AO4A 3DRRA 1JKHA 3F9KA 3K5LA 4JLHA 3I0RA 2OPSA 2YKNA 1S1UA 3TI0A 1BHLA 1RDDA 2VWKA 5SWMA 2HNYA 2B5JA 3NAEA 3O4QA 4FLWA 1W0HA 4CHQA 4E7JA 1LV5A 4F2RA 2GUIA 2OPPA 3L2WA 3KK3A 1HNIA 3AO1A 2R7YA 4BE2A 3P1GA 2VG7A 3VQ4A 1BCMA 4FJXA 4DTSA 4KHNA 1JXEA 2D5RA 1RNHA 3V81A 3KLHA 1U49A 1TAQA 4M3RA 4CJVA 1C1AA 3L3VA 1YTUA 5C25A 1DTTA 1NOZA 1TGOA 3U6FA 4CEEA 1K6YA 5D3GA 4KREA 3T19A 3DOLA 1JLAA 4IBNA 4O44A 2OZMA 4M42A 2YHBA 3NF8A 4W5OA 1C0TA 4IG0A 3L8BA 1TK8A 3OYGA 4FJ8A 1ZBHA 3MECA 3VQEA 4FLUA 3RMDA 5J2MA 3S3OA 2BGGA 2ZE2A 1ZBUA 3AVNA 2A1RA 2P1JA 2RN2A 3AO3A 1RT6A 4K8XA 3L3UA 4DQQA 1D5AA 2ITGA 3C6TA 3SQ0A 4B3OA 4RG8A 2KQ2A 3NGIA 1JXBA 1MU2A 3L2RA 4G1QA 3KTQA 4CF2A 4ZHRA 3TABA 5DMRA 1VSDA 4FZYA 3NH1A 3CFOA 3SQ2A 5J2PA 4M3TA 1C1CA 3VN5A 4IKFA 4C8KA 4F2SA 1RTIA 4AHRA 1XHZA 3HXMA 5HRPA 5J1EA 4NYFA 2KZMA 3PX6A 4CFAA 4OKEA 3I0SA 3MEDA 5JS1A 2LSNA 3DLKA 4ICLA 4ZTJA 1QSLA 2XY7A 2G8KA 3RR7A 4M3UA 2O4IA 1BI4B 5JS2A 3ZT3A 1WN7A 4FJKA 1Z25A 3JYTA 1BIUA 1TL3A 4GW6A 2OPQA 4F8RA 3HP6A 1JLFA 2PYLA 5FDLA 3DI6A 4E7LA 4DMNA 4I2QA 1U48A 4FM0A 4I2PA 4DSLA 4YNQA 1SL0A 4DTOA 1B9FA 1TK5A 2Z1GA 3LWLA 5I3UA 4W5QA 2F96A 4DU4A 3S9HA 1VK0A 1C1BA 4DU1A 3AVLA 3LP0A 4Q0BA 4CFCA 1EXQA 1VSLA 1QSSA 3QINA 3QLHA 4E19A 4DQPA 3KD1E 4FK0A 3KLGA 4RW6A 3K59A 1KVAA 1YT3A 2HHQA 1RILA 3V4IA 1NJZA 4CE9A 3S3MA 2DTUA 4DTNA 3VQDA 3KKRA 3QEWA 3SUNA 2P5GA 3AA2A 4J2AA 3QEXA 4KTWA 3OS2A 4KHSA 1CLQA 2E6LA 3KKSA 2XO7A 4DLGA 4LH5A 4FXDA 4BDYA 1S9EA 1TKZA 3MXJA 1C6VA 4KHWA 4KTZA 4KPYA 3NE6A 4CJEA 1J53A 3LALA 3VQPA 1ZBFA 4AHSA 4ID5A 3BGRA 1WAJA 4KV8A 1RT7A 1L3TA 3SUPA 2IDOA 3AVAA 3OYCA 4FW1A 1NKEA 5KRTA 3LANA 1L3SA 3NBPA 3WNGA 4FLVA 5FRNA 1RDBA 4NCBA 4CGGA 3S3NA 3RMCA 1TL1A 2KTQA 3C94A 4CJFA 4QCLA 4J2BA 2IGIA 3OYNA 3HVTA 3OYDA 5FRMA 2D0CA 3V9XA 3M8RA 1X9SA 4FZXC 2X6SA 1T05A 3DLBA 3QEPA 2YHAA 2YKMA 3QETA 4JRPA 3CM5A 1KRPA 2HHWA 1RTJA 3TANA 1KVBA 1WNSA 2YNFA 3OS0A 3SQ4A 3QERA 4E7HA 4FLZA 4OKKA 3SZ2A 4LSLA 1IH7A 3IS9A 4TSXA 1QQCA 1ASVA 3KLIA 1A5WA 3B6OA 3DLGA 2HB5A 5E41A 3L2QA 4CIEA 1T03A 5EU7A 4J2EA 4W5NA 3DMJA 1Q9YA 3OYEA 3E01A 4AILC 3HM9A 3NDKA 3CYMA 4JRQA 4B8CA 4CJTA 3SQ1A 4IFYA 1RTHA 2YNHA 4KI6A 2W42A 4E7KA 4CGFA 1TAUA 3PX4A 3DOKA 1WSEA 2BDPA 4W5RA 4CJLA 2HVIA 4OJRA 2HW3A 1UOCA 3HO1A 4CFBA 3DLRA 1LW0A 4Y1DA 4DS5A 2G8VA 2KFZA 1CZ9A 3CG7A 4M3YA 1RDCA 4CJUA 5KGWA 1X1PA 3KK2A 3OVNA 2Q3SA 5K14A 3VA0A 4RW4A 1J9AA 3LZIA 2FBXA 3DLEA 3LAMA 4CJRA 3K5MA 3BDPA 3ZSZA 1S1VA 4CF8A 1S1TA 4CHNA 4CF1A 3CFPA 1QS4A 4YFUA 4DTJA 4FW2A 4HHTA 4KRFA 1Z26A 1WAFA 3RTVA 4B9VA 4DTPA 3QEIA 3QNNA 1ZYQA 3PO4A 3O3FA 3VQ7A 1JL2A 3D0PA 4DQRA 2FBYA 5J2QA 3QEVA 4C8OA 3OYIA 1S1WA 3AA4A 4C8NA 1BCOA 4DF8A 3ZSQA 2QXFA 4DS4A 3AVGA 2BANA 3L2UA 4N47A 4FM2A 4Z4FA 1SUQA 3NH2A 3P5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P9KA 4CIGA 4DR5K 4A3LJ 4ENJA 2DPDA 4A5NA 2M0CA 2VBYA 3V6DA 4ELVA 4EM1A 4M3FA 2OPRA 2Q0UA 4EV0A 4AU7A 1LFPA 2VPRA 2IGNA 2QKKA 4A2BA 1YO5C 5L3EA 3O9RA 3ZEUA 2K40A 1MGTA 4DSFA 3JRHA 3CQ8A 4O0JA 4AIDA 1IRZA 1QQNA 4B43A 2LFBA 1OCPA 2NS0A 4BWJA 3H3VK 5FLXZ 4A3FJ 3GZ6A 5D6EA 3G1OA 1GV5A 1QZZA 3O5BA 1EWRA 1B4AA 2BVLA 3R0JA 2PJRA 2X6NA 4CGIA 1V3FA 1B72B 5K7ZA 4OGCA 4NUBA 4JI1K 4FLXA 3O1WA 1FIAA 3S2HJ 5KPZA 4K0KK 2PFUA 4I9QA 4LF6K 3KIOA 4LFCK 3TOAA 2HZTA 3I3LA 4PJLA 4M3ZA 2IAJA 2W00A 4EMSA 3OHRA 2PAVA 4XN3A 2I5JA 5F64A 3ECHA 1YITN 3GTOJ 1BI3A 3FLCO 1UZCA 5GINA 1RDAA 1SL1A 3PNVA 2OZUA 1QA6A 5D6FA 3E5QA 4LG0B 3HRUA 1W7PD 2IRFG 4IHTA 4KISA 5BREA 4D7NA 4RWTA 1TWCJ 4CJ5A 3LAPA 2PMZA 3HPGA 4B9LA 1SAZA 4LF5K 1KLNA 1V55H 1MD0A 2W82A 3K1NA 3LDLA 4BR7A 4OPHA 3H45C 5M5YJ 4YIIA 2VBWA 2A5XA 4DV7K 1FX7A 1O7FA 3O8HA 2DA1A 4MO5A 4IO9L 4A61A 3DWLE 3HKZA 5HS7A 2HKOA 2NNYA 2L5QA 3F22A 4EP4A 4B9NA 1NJWA 3BC8A 1RBVA 2D0OA 1KU2A 4MFDA 1YW8A 5KPRA 2CGJA 4BQAA 3BR1A 3J80O 2W6KA 4AF1A 2A41A 5FLMJ 4B1YB 5M1KA 1RBUA 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 4IFY A;  1RTH A;  2YNH A;  4KI6 A;  2W42 A;  4E7K A;  4CGF A;  1TAU A;  3PX4 A;  3DOK A;  1WSE A;  2BDP A;  4W5R A;  4CJL A;  2HVI A;  4OJR A;  2HW3 A;  1UOC A;  3HO1 A;  4CFB A;  3DLR A;  1LW0 A;  4Y1D A;  4DS5 A;  2G8V A;  2KFZ A;  1CZ9 A;  3CG7 A;  4M3Y A;  1RDC A;  4CJU A;  5KGW A;  1X1P A;  3KK2 A;  3OVN A;  2Q3S A;  5K14 A;  3VA0 A;  4RW4 A;  1J9A A;  3LZI A;  2FBX A;  3DLE A;  3LAM A;  4CJR A;  3K5M A;  3BDP A;  3ZSZ A;  1S1V A;  4CF8 A;  1S1T A;  4CHN A;  4CF1 A;  3CFP A;  1QS4 A;  4YFU A;  4DTJ A;  4FW2 A;  4HHT A;  4KRF A;  1Z26 A;  1WAF A;  3RTV A;  4B9V A;  4DTP A;  3QEI A;  3QNN A;  1ZYQ A;  3PO4 A;  3O3F A;  3VQ7 A;  1JL2 A;  3D0P A;  4DQR A;  2FBY A;  5J2Q A;  3QEV A;  4C8O A;  3OYI A;  1S1W A;  3AA4 A;  4C8N A;  1BCO A;  4DF8 A;  3ZSQ A;  2QXF A;  4DS4 A;  3AVG A;  2BAN A;  3L2U A;  4N47 A;  4FM2 A;  4Z4F A;  1SUQ A;  3NH2 A;  3P5J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3P9K A;  4CIG A;  4DR5 K;  4A3L J;  4ENJ A;  2DPD A;  4A5N A;  2M0C A;  2VBY A;  3V6D A;  4ELV A;  4EM1 A;  4M3F A;  2OPR A;  2Q0U A;  4EV0 A;  4AU7 A;  1LFP A;  2VPR A;  2IGN A;  2QKK A;  4A2B A;  1YO5 C;  5L3E A;  3O9R A;  3ZEU A;  2K40 A;  1MGT A;  4DSF A;  3JRH A;  3CQ8 A;  4O0J A;  4AID A;  1IRZ A;  1QQN A;  4B43 A;  2LFB A;  1OCP A;  2NS0 A;  4BWJ A;  3H3V K;  5FLX Z;  4A3F J;  3GZ6 A;  5D6E A;  3G1O A;  1GV5 A;  1QZZ A;  3O5B A;  1EWR A;  1B4A A;  2BVL A;  3R0J A;  2PJR A;  2X6N A;  4CGI A;  1V3F A;  1B72 B;  5K7Z A;  4OGC A;  4NUB A;  4JI1 K;  4FLX A;  3O1W A;  1FIA A;  3S2H J;  5KPZ A;  4K0K K;  2PFU A;  4I9Q A;  4LF6 K;  3KIO A;  4LFC K;  3TOA A;  2HZT A;  3I3L A;  4PJL A;  4M3Z A;  2IAJ A;  2W00 A;  4EMS A;  3OHR A;  2PAV A;  4XN3 A;  2I5J A;  5F64 A;  3ECH A;  1YIT N;  3GTO J;  1BI3 A;  3FLC O;  1UZC A;  5GIN A;  1RDA A;  1SL1 A;  3PNV A;  2OZU A;  1QA6 A;  5D6F A;  3E5Q A;  4LG0 B;  3HRU A;  1W7P D;  2IRF G;  4IHT A;  4KIS A;  5BRE A;  4D7N A;  4RWT A;  1TWC J;  4CJ5 A;  3LAP A; 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