4U7BA

Crystal structure of a pre-cleavage mos1 transpososome
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
342
Chain Sequence
FVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYQKRQHRVIFLHANAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural role of the flanking DNA in mariner transposon excision.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (25-MER)
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 98
structure length 342
sequence length 342
chains with identical sequence B, G
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 4u7bA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4u7bA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4u7bA03
2DQLA 1J5YA 2EK5A 4A0YA 3QAHA 5ILUA 1R7JA 1QNTA 4BHPA 1SD5A 4FX0A 3COAC 3F8FA 3GFJA 1IN7A 1WRJA 2W25A 1USTA 1AOYA 2NYXA 3BJ6A 2QQ9A 4CGZA 2Y75A 4G7ZF 3SXYA 2DTRA 4G94A 3BP8A 4YG2F 3FM3A 2KIFA 2DQRA 3FHZA 5BOXA 4BNCA 4EQQA 4KN4X 5LGNA 1Z9CA 1F9NA 2IA0A 2HKXA 2DPDA 1FT9A 2H6BA 2ZKZA 3CDHA 1FBQA 1AWCA 2IRFG 2EWNA 5CVRA 3E5XA 3J7AO 3J81K 3M9AA 3CUQB 2PEXA 5HLGA 2YX4A 2B0LA 3RKXA 4ESBA 1XB4A 3KEOA 2PLYA 2QYOA 4LG0A 2ADUA 5K5RA 2JSCA 1ZG3A 3RYRA 4A5NA 1YFHA 1TTYA 3KCCA 2GXGA 3BJOA 4I09A 1STZA 2F2EA 4CYDA 1WKMA 3HTSB 3WTZA 5HDNA 2V1UA 5CVIA 1CF7B 2FU4A 4N9HA 1ZGJA 2QUFA 3M8EA 1XDSA 1IAWA 1UHWA 5D5WB 4M9XA 2XRNA 3GEZA 3L09A 4LG0B 1B4AA 3TOBA 4EM0B 1BI3A 1IXRC 1IRFA 3I4PA 1QZZA 2YU3A 3N4MA 1SFXA 1DDNA 1MJBA 4ZZLA 5LHIA 2GQQA 5EEHA 3EQLF 1FC3A 2IVMA 2ZBKA 2HR3A 3HSFA 4BHCA 4B8XA 4Y15A 3KP7A 4QWQA 1SFEA 1TNTA 5E1XA 5L3BA 4XLNF 1R5HA 3K9JA 2XASA 3FF5A 3WTTC 5AONA 1DPRA 1IRGA 3GFIA 3LQQA 4L18B 2Z99A 3F8MA 4OMYA 3VFZA 4RGXA 3R60A 1RUNA 3TOAA 3LWFA 1R1UA 4UVAA 4UUVA 1W7PA 4CICA 3HRUA 1T0FA 4UVBA 2IA1A 2L01A 5J8FA 3BZ6A 5DV5A 1TW2A 1UFMA 3F3XA 4KMFA 3NEUA 2ESHA 1TQMA 2A61A 2HEOA 2KKOA 3LA7A 2FBHA 4IVNA 1SAXA 1F4KA 2K86A 5H20A 1W4MA 5TRDA 5FFXA 2P6SA 4A0ZA 2VBZA 2L02A 2P5KA 1RZ4A 3GX4X 2L4MA 3KLOA 3P9KA 1WSUA 2WWYA 4YFNF 3H3ZA 3DP7A 3V8LA 1LB2A 1HXDA 3ZP5A 2NAZA 1P4WA 2EV6A 2MH9A 4G8XA 1KGSA 2HTSA 4RGSA 1BI0A 1IXCA 3HOSA 2F5EA 3FMRA 1S7OA 5IT9Z 4TV7A 2VC0A 2HGCA 1W5SA 1LEBA 1LJ9A 1GHCA 2IP2A 2O03A 5L3FA 3GF2A 1FWZA 2F5DA 2P6TA 4R79A 4YIIA 1P92A 2VC1A 2QLZA 1IN5A 1FY7A 1JXSA 4M9ZA 2EV5A 4HX4A 4I2OA 2Y0MA 5ICGA 4L9TA 4L0YB 4HF2A 3MZHA 1YW9A 3R0JA 4FT8A 3WTUC 1QBJA 4A2UA 1KU3A 2O0YA 4R1HA 4PGHA 4EJOA 4EM2A 4ENMA 5CVUA 3ZQ7A 1B9MA 5F64A 3WTVC 1W5TA 2XV4S 1YLFA 4HV5A 3M1EA 3I59A 2JZYA 4PDKA 2XKPA 2ZFWA 1P2FA 2FQ3A 1SD4A 3HTUA 2O8XA 5LRRA 3JW4A 4HQEA 2HOEA 4A0XA 3CUQC 4IHSA 3IKVA 3PQKA 4EMSA 4A12A 3LA3A 5D8KB 5LEJA 2OAZA 1O3TA 2WTEA 4HV6A 2ISZA 4BXUA 2M8EA 3O6BB 4XBFA 1XD7A 4WXCA 1ON2A 4HLXA 3E6CC 1O57A 2PJPA 1FBSA 5E8IA 2E7WA 4U0WA 3C1DA 3QU6A 1HKQA 4M74A 2ZMEA 1QO0D 2RQPA 3PQJA 1Q1HA 1S3JA 2XHKA 3U1DA 3C3WA 1USSA 2DLLA 2IT0A 4EJVA 4ZZDA 4G7OF 2F5CA 2FNAA 1L0OC 3PFIA 1S29A 2E1NA 4I02A 3CLOA 4FX4A 2XAJA 1B1BA 3WGGA 3OV8A 5DUKA 3WODF 4WXDA 1J2XA 4LFUA 2H27A 1E17A 4BYYA 4BH9A 5IT3A 4U0VA 1Z05A 2BYVE 3NRVA 3F2KA 3U2RA 3ULQB 2O6GE 2FE3A 3I71A 3SFZA 2DFIA 4OIQF 3TKYA 1OMIA 2CG4A 3WTYC 2CQKA 4CXFA 4RB3C 2M1BA 1B59A 4L5IA 1RI7A 5DCMA 1IZ1A 3ML6A 3GYHX 3G3ZA 3ABTA 4RB1A 3GWZA 4RAYA 3G73A 2L4AA 4GYGA 2HKOA 4LLNA 5DUIA 2DW4A 4MEYF 4L9VA 1TW3A 1MD0A 3FM5A 5DCMB 3W6KB 2L3DA 2O61A 1QQIA 2A5YB 5KK1A 1HSTA 4D0PA 4ESJA 3JTGA 4NHJA 3TDZC 4ZH4F 5DD4A 3F8NA 2HDCA 5JVTA 2UXXA 3E3VA 1WI9A 2J5PA 2RKHA 3QP5A 2W57A 2EFOA 2V1XA 3BWGA 1S8NA 1XSVA 1U5TB 1UB9A 2R7FA 1YG2A 1LDKB 1G3TA 2FF4A 2HYFA 1XN7A 4WX9A 4G7HF 2IJLA 4ASNA 2OZ6A 1MJAA 2P5VA 2MLKA 3K1MA 3GLXA 2XUBA 4I0BA 2QQBA 5ED4A 2OD5A 1LDDA 4CZZA 1J59A 1XMKA 2GA1A 1WWXA 4IJAA 4BHBA 1HW2A 2MLGA 4A6EA 1LEAA 2FXAA 3GZ6A 2MH2A 2XAHA 1U2WA 1RUOA 1J9IA 2P5LC 4P9FA 2XIGA 2Q0OA 4HDVA 3ABUA 1ZARA 2GA2A 1I6XA 1BI2A 3DF8A 4HQMA 1KU2A 3LFKA 4I0AA 1K78B 3F8CA 3CUQA 4RB0A 1T6SA 3JTHA 1O3QA 2YR2A 5LGTA 4KIBA 1Z1DA 3MWMA 4B09A 1FYKA 2CO5A 3H92A 4Y13A 2GZWA 3TO7A 5BQTA 4I98B 4A6DA 4ENKA 1XDUA 3W6JB 1X3UA 3WU0A 2MD5A 3DFGA 1R00A 2LNBA 1CF7A 2RGVA 4HOBA 2CYYA 3KP2A 3LA2A 4XSXF 3C18A 4M6XA 4HX7A 3J80Z 2V1DA 4LMYA 3MFKA 2OQRA 1P4AA 1BBYA 3RDIA 1NHAA 1ZAOA 2K02A 2VODA 3HRMA 2UWMA 2E7XA 2L54A 2FBKA 5FGMA 2VONA 1QGPA 2NRAC 1YS7A 3DXJF 4HF0A 3CO7C 1TBXA 2DO7A 2Q2EA 2G7HA 2VBWA 2LF8A 1K79A 2VE8A 2XVCA 1ZHFA 1OPCA 3EYIA 4N9IA 3J81Z 3WTXC 3WU1B 4LD5A 2H09A 4AD9A 2PG4A 3CJNA 2PN6A 2ACJA 5ICEA 4IXAA 4K2EA 1I5ZA 4GO1A 4Y17A 2AS5F 3KZYA 4HZFA 1G3SA 3E6MA 2O3FA 3F6VA 3QOPA 3C7JA 3V7CA 2Z33A 3R0AA 1T2KA 4H0EA 2NS0A 5FO5A 2V6CA 5HDGA 5LBQA 1IN8A 5FB2A 2KIMA 2PFBA 2PMHA 5HOOA 4MGRA 3HIFA 1D8JA 2DU9A 4MDAA 1SMTA 3KP4A 5KVRA 3E5UA 4EJWA 2A6EF 4UHTA 5L3DA 2OA4A 5EEGA 4LLGF 3I54A 3P9CA 1I27A 4IF4A 1MGTA 2WC2A 1V3FA 1BC8C 3SZTA 2G7UA 4MTEA 3MQ0A 4NQWA 3V8JA 2XAFA 3WE2A 3BDDA 3SZPA 3BOQA 1ZG5A 4DQ2A 4ON0A 3L00A 4HW0A 3M7GA 3FXQA 3KEQA 2IA2A 5D4SA 3MAJA 2M45A 4NB5A 2VBYA 1D3YA 4UV9A 4BAYA 4PCQA 2UXNA 2Z5UA 3F6OA 3I64A 4HAMA 2OU2A 1MZBA 3Q9SA 1IN4A 1B9NA 3DQVC 1JE8A 2BBYA 2QBYA 5IT9K 5D5VB 4IHTA 5E8GA 5CLSA 4ESFA 4L9NA 4M72A 3Q9VA 2HS5A 1IN6A 1REPC 1MJ9A 1ZREA 2V9VA 1Y0UA 2W84A 4RS8A 1ZLKA 1TNSA 2XGXA 3B02A 3IKTA 3K69A 2CW0F 1LQ1A 5JHUA 1KYWA 1R23A 3JAMZ 3RKWA 4JBAA 1BJAA 2QBYB 3U9GA 3RIRA 1D5VA 3HYIA 4XRFA 4LB6B 1OYWA 1U5TC 3ZMDA 2TDXA 1SD7A 3CO6C 2QVOA 5TJJA 3WGIA 1I1GA 2ESNA 2GIVA 4U0YA 2D45A 3ZN0A 5L3EA 5BS6A 2GXBA 4RGRA 2BE5F 3K1NA 1H9GA 2CSOA 3F8BA 1UCRA 4GYIA 3ZMUA 3FMSA 1QPMA 2EFNA 5ILVA 4XLPF 2DK8A 4OINF 2RNJA 5E20A 3S2WA 4FHTA 3SQNA 2WV0A 2NNYA 3E6DA 2KIUA 1ULYA 4KA4A 1R5GA 3E6BA 2STWA 1R22A 1IW7F 3HSRA 1O3SA 2VT2A 4ENNA 1XGNA 4G9YA 3FZVA 2EV0A 1KYZA 2STTA 1ZRCA 5L3CA 5HLHA 1VTNC 4ETSA 5D8LB 3WTWC 3DPTA 3GXOA 1XGMA 2OZUA 1YYVA 1O7LA 4EGZA 1MDMB 5E18F 2CWEA 1SFUA 2BGCA 3QRFF 5BPDA 5CR4A 4ZYEA 3HHHA 3IL2A 1D8KA 4HF1A 4EM1A 2ETHA 4YIFA 2HTJA 2Z9OA 3F23A 2XAQA 1FPQA 2Q8KA 5H6QA 2A68F 5D5UB 4RGUA 1HSJA 5K5QA 4M9SA 2DBBA 2FMLA 1T39A 3RPQA 3EDPA 4F7ZA 1EV7A 1ZH5A 2P8TA 5LLQA 5A2QZ 1YO5C 3BROA 4MQ9F 1EH7A 1FZPB 2A69F 3LQRA 3ELKA 2HYGD 1ONVA 3GFLA 3L2CA 2FRHA 4ENJA 5F1RA 2DAOA 3TGNA 5FLXK 2W24A 3N97A 4WXHA 4GCVA 3RJPA 3VB2A 5HDKA 4KN7X 5H6RA 4L5JA 1SD6A 4HA8A 2R3SA 4Q48A 4OIRF 3K9KA 5K1YA 3ISPA 4IPAA 2E1CA 4P5OA 2KJBA 4OIPF 5BMZA 4CDGA 3REOA 4HDUA 3V7SA 2FNPA 5AIQA 4KMUX 3VOEA 2EA2A 5D6FA 3M8FA 4HYEA 2Y48A 3K0LA 5DYMA 1XMAA 3EYYA 1OR7A 1BIBA 2COMA 1U5TA 3WG9A 5E1ZB 2XKOA 3VEPA 3QU3A 1FSEA 3HHGA 2JTVA 4QLCU 4MDBA 3K9TA 2JRTA 3R61A 4KIFA 4P55A 2A07F 4M73A 5CVVA 1KA8A 3GO5A 2JPCA 3R6SA 1IF1A 1HKSA 2HZTA 4PZJA 4UXNA 5J6XA 4UNOA 1E2XA 1FX7A 3E97A 2CFXA 2EB7A 1IUYA 2XROA 4Z2YA 5ERIA 3D5LA 4KT5C 1UHMA 4O6JA 1PP7U 2GWRA 1K78A 5HS9A 1FNNA 1FLIA 4P9UA 1EH8A 4WK8F 1Z7UA 2MA3A 4U88A 2Z3YA 4PGGA 1KU9A 3FX3A 4KICA 3RI4A 1YTYA 1KQ8A 5HS7A 1LVAA 4LLLA 1OKRA 3HOTA 4N0BA 4HX8A 3T8TA 2ZNZA 1R36A 1P6RA 4CO8A 4AIJA 3QPHA 3J80K 1XGSA 3HSEA 4RB2C 1U6GA 1OYIA 2ZNYA 4ZYDA 3WGHA 3CTAA 2AXLA 3AAFA 3GFMA 3L7WA 2QM3A 4RAZA 2DK5A 3ROUA 1J7KA 4O3MA 1ZYRF 3HUGA 4KYWA 4EJUA 5ICCA 3I0TA 1G3YA 1F5TA 4Q5SF 4L9JA 2LF7A 3KFWX 3BY6A 1LDJA 5K5OA 2EJRA 2UZKA 2ISYA 3MCZA 1Z91A 2G9WA 2ZCWA 1ZLJA 4S05A 2GAUA 2RVCA 3O3KA 5L3GA 2IW5A 2VN2A 4KFCA 1L3LA 1HW5A 3VODA 1FP2A 2JT1A 4HBLA 2LSOA 5FD5A 2NNNA 3DKWA 4EGYA 4LK1F 1G4DA 4KNYA 2W85A 1ZGAA 1S7AA 3IHUA 3RYPA 3NQOA 4O5VA 2PQ8A 2K4JA 1GXQA 1Z6RA 3B73A 5D5XB 1HBXG 3ECOA 2A3SA 4LGWA 2M30A 1GXPA 3IRQA 2VXZA 1ZRFA 2HQRA 3KZZA 3DEUA 2BEOA 4OOIA 3RTRA 3ZMVA 3OOPA 2D1HA 3FWEA 4OU0A 1ODDA 1ZG1A 1DUXC 2P7CB 4M71A 4Q4ZF 1YIOA 2ZO4A 1HQCA 4BQAA 1PDNC 3KP6A 3FMQA 1EH6A 4IRGA 2MBFA 1T38A 1OYYA 3T0YA 3ZMZA 5E17F 2EFWA 1TLHB 4EVIA 2QQAA 1H9TA 2P4WA 4Q47A 3V7RA 1W7PD 1XSDA 1P4XA 2PI0A 4LB5A 2DI3A 3IWFA 3KP3A 2FOKA 2FSWA 2YPRA 4CHUA 3KE2A 1O3RA 5ICFA 1BC7C 3JAMK 1YS6A 4IRIA 5F6FA 2D1VA 2K4BA 5DD8A 5E1WA 4L0ZB 1W7PB 4G6DA 4M6YA 4AIKA 3BPVA 4AWXB 3TQNA 3CUOA 2OQGA 2HQNA 3LAPA 1XCBA 1KQ9A 3BJAA 1BI1A 1FP1D 4U7BA 5JR3A 3RKYA 3QPTA 6PAXA 3T1BA 4I7HA 5CJ9A 5DCFA 2X4HA 1C0WA 2VOOA 3WE3A 2R7DA 1K7AA 1J0RA 3F22A 5JFRA 1JGSA 2MC3A 3ECHA 1O7FA 2KJCA 3I53A 2ELHA 3O2PE 2V79A 4ZYGA 4U7DA 3TO9A 5HLIA 2EFQA 5CYVA 5FD6A 2D2WA 1YW8A 5HVQC 2JPBA 3FXRA 5D6EA 2EA4A 1PUEE 3JSPA 3MEXA 3HRTA 1ON1A 5CVJA 3ZPLA 4E70A 2FMYA 3T5XA 4MNUA 2QWWA 1TQPA 1XCVA 1MDMA 2FA5A 1DP7P 4AVPA 1FYLA 1R1TA 3ZMSA 3SHFA 3GUDA 4GXOA 4EV0A 3V4GA 1S6LA 1R1VA 2YX7A 3GVAA 1U78A 1CGPA 2A6HF 1JHHA 2LKPA 3KP5A 3V8KA 4HLYA 2DPUA 2CGPA 1BN5A 2C6YA 1YW7A 1GVJA 4R8HA 4LJZF 5LGUA 5DDGA 5LRSA 2EFPA 2HFHA 1JHFA 1DPUA 3I5UA 2M5WA 5A2QK 2F7TA 3T8RA 4KUMA 4G6QA 4XSZF 3K2ZA 4WWCA 1H0MA 1LNWA 1J75A 2J5OA 2KRFA 2DT5A 3I59B 2VT3A 1V4RA 5DEQA 3DV8A 2FEZA 1R58A 3D0SA 5AIPA 1FOKA 3P9IA 1RIOH 3ERED 4MHGA 4MEXF 2M87A 1U8RA 4MQVA 1U3EM 4P96A 1SMYF 3KETA 1IXSB 1HW1A 2RN7A 1BM9A 4MTDA 2RC4A 1QZYA 1FSHA 4OMZA 2QENA 5FFZA 3BPXA 2IPQX 3RPUA 4JK1X 2X0LA 2HWVA 3L9FA 3TDUC 1Z6TA 2ZXJA 3MZYA 3R4KA 3Q5FA 2VE9A 1ZN2A 2FBIA 2H6CA 4GGGA 1BOAA 1KQ0A 3P7NA 2ZMEB 3FXUA 4A5MA 4S04A 1PP8F 1WQ2A 3GZ5A 4OIOF 3JSOA 3F21A 1G3WA 2K7LA 3IWZA 2P7VB 3H3UA 3LSTA 5LHHA 3HRSA 2H94A 3DPLC 3IRRA 1FYMA 5LHGA 4KIGA 5FLXZ 3LAJA 3EUHA 2PMUA 4I01A 1ZRDA 5LEKA 2YSRA 2PBIA 3IC7A 1A04A 3ZMTA 4YFKF 1F1ZA 3I58A 1HKTA 5HS8A 2RDPA 4ZYHA 5D4RA 5J8CA 2VBXA 1KU7A 4LK0F 4KDPA 2K27A 5JI6A 2F5FA 1FBUA 2VOPA 4UVCA 3TO6A 1RNLA 1XGOA 3EETA 1YQAA 3E5QA 3F72A 2QZ8A 4YFXF 2RV8A 3KLNA 3QP6A 1T98A 4IRHA 4WCGA 1BIAA 2ZJ2A 1MKMA 4UV8A 1XSXA 4DNCA 3WTSC 1TQIA 4EJTA 2OBPA 3K1PA 2BV6A 4WF2A 1K6OA 3ZN1A 1B6AA 1G6NA 2XAGA 4JQFA 5BPIA 5ILSA 4AIHA 1I1SA 2LDUA 3GW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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