4R79A

Mos1 transposase paired-end complex with left transposon end
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for the Inverted Repeat Preferences of mariner Transposases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/dna
source organism Drosophila mauritiana
molecule keywords left Inverted repeat NTS
total genus 97
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 4r79A02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4r79A01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4r79A03
2DTRA 2HKOA 1MGTA 4ZH4F 4L9TA 1HKTA 1I6XA 1SFEA 1Z91A 3WGGA 2PLYA 1J0RA 5TJJA 2QVOA 3BOQA 5D5UB 3F23A 4BYYA 5ICFA 1KU7A 3GYHX 4UV8A 3JAMZ 5DCFA 4G6DA 5CYVA 5K1YA 2QBYA 5DCMB 2DPDA 1REPC 2FU4A 2EA2A 3BY6A 4HAMA 4OU0A 2L3DA 3LWFA 4QLCU 2EV0A 1J75A 2ZKZA 2HEOA 3KETA 3ABTA 1R1VA 1JHFA 1T98A 1QZYA 5F64A 4S04A 3I64A 1OKRA 3KZZA 3WTVC 4ZYHA 3K0LA 5L3EA 3N97A 4I2OA 2KIUA 1XGOA 3MZHA 4LLGF 3W6JB 1HKQA 1TNTA 2ZFWA 4AD9A 4WK8F 4D0PA 2VE9A 4CZZA 4KN7X 5HLGA 4U0YA 2ZMEB 2ELHA 4A0ZA 4IHSA 3FMSA 5D8LB 2UZKA 2A07F 2FNPA 3EYIA 2HKXA 4PGHA 3GFLA 1SFUA 3F8FA 1S7AA 3IKVA 3DPLC 1Z1DA 2O0YA 4RGUA 3TOBA 3BP8A 3R6SA 3DQVC 3R60A 3B73A 1SD7A 3QU6A 2XAJA 4R79A 2L01A 3OV8A 4HX8A 3KLOA 1R23A 1Z9CA 3BZ6A 1RI7A 4EJUA 1K78A 3RTRA 3H92A 1PP8F 3GFJA 4M6YA 1C0WA 2VONA 5E17F 1JXSA 4JQFA 1H0MA 1QBJA 4HQEA 2MD5A 4LFUA 5JFRA 3W6KB 2EK5A 1HW1A 1RNLA 2HTJA 1RUNA 1FZPB 3TO9A 1BI1A 4GXOA 1XDSA 2HR3A 3C7JA 4UUVA 3PFIA 1KYZA 1G6NA 1ZG1A 4AVPA 1T2KA 3ABUA 1FLIA 3MEXA 3LQRA 4DQ2A 2QBYB 5D6FA 2FBHA 1HSTA 1O7LA 4IVNA 4KUMA 1FX7A 3E6MA 1ON2A 1S7OA 2ZNYA 3O6BB 4CXFA 2AXLA 1YQAA 1SD5A 3JTGA 4HOBA 5CVVA 1WI9A 2ADUA 3CO7C 3V8KA 3ZMTA 2MH2A 2RQPA 3Q9SA 3IRRA 3J7AO 4YG2F 2HWVA 5HOOA 2RVCA 3P7NA 2VC0A 3KEOA 2XKOA 2G7HA 1LDDA 4BXUA 2L02A 1ZARA 3KP7A 4U0VA 3R0JA 5AIQA 1O7FA 1B9NA 1IXCA 4P5OA 2GZWA 1ZG3A 2VBZA 2FNAA 2VOOA 2EJRA 2FXAA 1IN7A 3N4MA 3R61A 1QQIA 3U1DA 3QU3A 2XIGA 1FOKA 2H94A 5HLIA 2R7FA 2VBWA 3LAJA 1HQCA 3FZVA 3BJOA 1ZYRF 3V7RA 1GHCA 2UXNA 4M9ZA 2M8EA 1R36A 3J81Z 4IXAA 2P7VB 2XAHA 5CVRA 5HS7A 2E7WA 5CLSA 1O3SA 2A68F 1K78B 2DQLA 2A3SA 3WGIA 1NHAA 5E8GA 1XCBA 2BGCA 2ZXJA 2FSWA 3K9JA 2GQQA 4AIKA 2O8XA 3SHFA 3DP7A 4HX7A 2RNJA 1ZH5A 3F3XA 5A2QK 3V8JA 3SFZA 1FP2A 4BHPA 2LSOA 1P4WA 3WU1B 1SFXA 3DV8A 1QO0D 3ML6A 2Z33A 3QP6A 4WCGA 3WE3A 2JPBA 4A5NA 3GXOA 5BS6A 4HZFA 2VE8A 2CW0F 2DU9A 4RAYA 1I27A 1UHMA 5LHHA 4WXHA 5HLHA 5JVTA 1U8RA 4HV5A 2L4MA 4ON0A 3QPHA 3ZPLA 1YFHA 2LDUA 3O3KA 1A04A 3G73A 1BOAA 1PP7U 3DFGA 3F8NA 4Y15A 1XGNA 1G3WA 2K86A 1XD7A 2XKPA 3FXRA 1FT9A 2D45A 1DPUA 3DF8A 4LGWA 3K9KA 2XHKA 3RPQA 3J81K 4XLNF 2JPCA 3RYRA 5CR4A 2J5OA 2XAQA 3MWMA 2JRTA 1FPQA 3TDZC 1BI3A 2ACJA 2QENA 1IZ1A 3D5LA 2Q8KA 4EJWA 1RZ4A 4U0WA 4EQQA 1IXSB 3LA2A 4OMYA 1BIAA 1MDMA 3GX4X 2O03A 2PN6A 5J8FA 3M8EA 2M5WA 3IKTA 3C1DA 5E20A 1ZRCA 1LDJA 4K2EA 1HKSA 4M6XA 4RB0A 1J2XA 3I53A 4L9NA 4G7ZF 5BPIA 2BE5F 6PAXA 1B6AA 4EM1A 1F1ZA 1FYKA 3MZYA 2V79A 4R1HA 2HGCA 5CVUA 5F1RA 1R5HA 3E97A 4Y17A 3M9AA 2Z99A 2JT1A 4LMYA 3H3ZA 3KE2A 4Z2YA 1K7AA 2DBBA 4HQMA 1EV7A 1PUEE 4KNYA 4BNCA 5IT3A 4Q5SF 1OYWA 5DV5A 4KICA 3P9KA 4BHCA 2IA1A 4Q48A 4UVCA 2IW5A 2HZTA 3HOTA 1BJAA 3ZN0A 1H9TA 3ZMVA 3KP2A 5H20A 1IN5A 2PFBA 1FYMA 2OBPA 4HYEA 2OA4A 1XCVA 3QOPA 4AIHA 4GGGA 5E1WA 5K5OA 3FMQA 3T1BA 2B0LA 1BC7C 2F5CA 2F5DA 2ESHA 4EJTA 4IRHA 1JE8A 2HTSA 1S3JA 4KIGA 2KRFA 2VBYA 4UXNA 3R4KA 3GZ6A 1T6SA 1BN5A 4RGRA 1W5TA 1FC3A 4Q47A 3TQNA 1BI2A 1TTYA 2E1NA 3T8RA 1SMYF 3ECHA 2IP2A 1U3EM 2P7CB 1ZRDA 2LNBA 5LLQA 2K27A 3PQJA 3ISPA 3K1NA 1YIOA 2XROA 4G7OF 4OIPF 2RC4A 4N9IA 1MJ9A 2HYGD 1IF1A 2RN7A 1LQ1A 1KYWA 2M30A 4G9YA 1MDMB 3ZMZA 3EUHA 3PQKA 3JW4A 4LG0A 4WF2A 1J7KA 3FM5A 5F6FA 4YFKF 4ENKA 3HIFA 2XRNA 1S6LA 2D1VA 2CQKA 3GO5A 1XSVA 1O57A 2K02A 4WWCA 4CO8A 1ONVA 4HX4A 3GW2A 4MGRA 5LHGA 1XGSA 3TKYA 5LEKA 1UCRA 2D1HA 1WQ2A 4HLXA 3GFMA 2VXZA 1UB9A 3AAFA 3V4GA 2KKOA 4HA8A 2OZ6A 4G8XA 4IRIA 5E8IA 1K6OA 1KU3A 1JGSA 2IT0A 4Q4ZF 2X0LA 2QUFA 1XB4A 4ESFA 3MCZA 2YPRA 4P9FA 2CFXA 4I01A 1KA8A 3ZMDA 2DPUA 4JBAA 4U7DA 3BDDA 1B9MA 2BV6A 4FX0A 3P9CA 2R3SA 1R00A 3VB2A 2V1DA 5D5XB 2A6HF 4FHTA 3JAMK 1B1BA 2MLKA 1WRJA 5ICCA 3VFZA 3F8BA 2H09A 2ZCWA 5E18F 1W7PA 3BJAA 4JK1X 4QWQA 2FEZA 4G6QA 2KIMA 5EEHA 3V8LA 1HW2A 3HTUA 4EM0B 3WTZA 1LJ9A 1TQMA 2NS0A 4A6DA 3VEPA 4AWXB 2DQRA 5FD5A 1SD6A 2VC1A 4RGSA 5L3CA 1KGSA 4ENMA 2K7LA 2P6TA 3LQQA 1G3SA 5JHUA 2LKPA 3HUGA 3SZPA 5J6XA 4KIFA 3U9GA 2NNYA 3WTTC 2EFOA 1KQ8A 3JTHA 2YX4A 4ESBA 4LK0F 4L9VA 4M9SA 2RV8A 5ERIA 2KIFA 5IT9Z 1Z7UA 3BPVA 2EWNA 1WSUA 3KFWX 2OQGA 1D3YA 1MJBA 3O2PE 1FBSA 2P6SA 2D2WA 2V6CA 4GYGA 4LG0B 1R58A 1YW8A 2W25A 2VT2A 3ECOA 3Q5FA 3WU0A 4BHBA 3WG9A 2NYXA 2EV5A 3BPXA 3BJ6A 3V7CA 2G7UA 3F8CA 4M9XA 2F7TA 1KQ9A 4MEXF 1ZN2A 3KP6A 4A0YA 1TW2A 4EGYA 1WKMA 2OQRA 2Y0MA 1EH7A 5L3FA 1KU9A 3I54A 3REOA 1I1GA 1P92A 2LF8A 4IRGA 4PDKA 2STWA 1G3TA 1XGMA 4L18B 4KA4A 4IJAA 4EVIA 1U5TC 2JTVA 3FM3A 1E2XA 1R7JA 2PEXA 4TV7A 1YLFA 3HSRA 5DEQA 1J59A 3CTAA 5TRDA 4BAYA 1HSJA 3P9IA 5DDGA 2Q0OA 1BI0A 4I7HA 3K2ZA 4B8XA 1B59A 5JR3A 3ROUA 2C6YA 3RKXA 5D8KB 4LB6B 1W7PB 5IT9K 2K4JA 2MA3A 1DPRA 1I5ZA 5H6QA 4MDBA 3CUOA 5K5RA 3KP3A 1V4RA 3NRVA 1QGPA 2OAZA 3I59A 2CWEA 1BM9A 2EV6A 4GO1A 3GWZA 4OIQF 2J5PA 4KMFA 1BIBA 2PMHA 5K5QA 2H6CA 3KZYA 2K4BA 2STTA 3COAC 2W24A 1WWXA 4G94A 2VOPA 4KN4X 4M73A 4ENJA 4CGZA 3CO6C 3RI4A 4MEYF 1B4AA 1ZRFA 3HRMA 1TQPA 4OIRF 4MTEA 2Z3YA 2W84A 4IPAA 3HRSA 4IF4A 2XAFA 2H6BA 3F21A 3FWEA 5HDNA 1D5VA 1P4AA 2RGVA 2VT3A 3M1EA 1RUOA 3C3WA 3KCCA 2IPQX 3FF5A 1ZAOA 2DI3A 2GWRA 3ERED 5LGNA 4HV6A 5DUKA 4H0EA 4A2UA 5JI6A 2GXBA 1G3YA 1TLHB 2DO7A 4HLYA 2XGXA 5BQTA 2FOKA 2X4HA 4UVBA 1HBXG 3HSEA 3LAPA 4M74A 2KJBA 1YO5C 3TGNA 4HW0A 1XMKA 4UV9A 1AWCA 5D5VB 4KDPA 5ED4A 1BBYA 1F9NA 1YG2A 3R0AA 3E5XA 5LRRA 5FFZA 3NQOA 2E1CA 1U6GA 2DAOA 2O61A 5AIPA 1FSHA 2XUBA 4BQAA 3IWFA 4UNOA 1YW7A 3WTWC 4OIOF 2A61A 4I09A 3KLNA 1Y0UA 2E7XA 2IVMA 5E1ZB 1EH6A 2W85A 3LSTA 4FT8A 1Z6TA 5CVJA 4PZJA 4BH9A 1P6RA 5CVIA 1J5YA 2WC2A 1IRGA 3RJPA 4XSZF 4U7BA 3E6BA 1T0FA 1YS6A 3BROA 3M7GA 3F6OA 1IRFA 4LB5A 3GFIA 3IL2A 4HF0A 3F6VA 4FX4A 2FF4A 3I59B 2CGPA 4CHUA 4O3MA 1O3TA 2Z5UA 4MQVA 4XLPF 3GUDA 1LEAA 4EV0A 1IW7F 1W7PD 3LA7A 4ZZDA 1F5TA 3Q9VA 4ZYGA 3TO7A 3WTSC 3HYIA 4ZYDA 4L5IA 4R8HA 2P5LC 3JSOA 4KT5C 5D6EA 4EJVA 2F2EA 1O3RA 3E5UA 4G7HF 5LRSA 5J8CA 4HF1A 2QQ9A 2HDCA 1ZHFA 5AONA 3OOPA 3EQLF 4RGXA 5BPDA 1FSEA 2EB7A 3HHGA 4LJZF 2O6GE 3B02A 4ETSA 4A12A 4ZYEA 3HOSA 2P5KA 4NHJA 4LLNA 1SAXA 5ILUA 1T38A 4F7ZA 1X3UA 1R1TA 4EGZA 1TW3A 2LF7A 2HOEA 2YU3A 1ZG5A 2BEOA 3HSFA 4L5JA 2RDPA 2V1XA 2BBYA 2VN2A 3KEQA 3V7SA 3I4PA 5LGUA 3IRQA 1ZGAA 1LVAA 2A5YB 4A5MA 1L0OC 2P5VA 2XAGA 5H6RA 1SD4A 3DEUA 3RDIA 1ON1A 3NEUA 4OMZA 4WXCA 2GAUA 2EFQA 5HVQC 2RKHA 1L3LA 1Z6RA 3IWZA 2IJLA 3F22A 2BYVE 2M87A 3HTSB 5KVRA 2FRHA 2NRAC 2GA1A 2F5EA 1OPCA 1QPMA 3FXUA 1XDUA 1P2FA 5FFXA 3L09A 4L9JA 4MTDA 4ASNA 1U5TA 4PCQA 4OOIA 2PBIA 2A69F 3KP5A 1TBXA 2TDXA 2O3FA 2ZNZA 5EEGA 1MJAA 1W4MA 1S8NA 5BOXA 1IN6A 2YR2A 4RB2C 1ZREA 4RAZA 2HYFA 1HW5A 4N0BA 5KK1A 1CF7A 3LFKA 1V3FA 2QQAA 4P9UA 3L9FA 1LDKB 2OU2A 3CUQA 1PDNC 2KJCA 2P8TA 2DLLA 4RB1A 3RIRA 4YFXF 3G3ZA 4M71A 1R1UA 1YS7A 2JZYA 1O3QA 1D8KA 3GVAA 4UVAA 2FMYA 2QYOA 3E6CC 2IA2A 5HS9A 3I71A 2CSOA 5D5WB 4HBLA 4EM2A 1UHWA 1R5GA 3QP5A 3GLXA 1ODDA 2EFWA 3E6DA 2Z9OA 1GVJA 2JSCA 4AIJA 1XSXA 1G4DA 4KIBA 2P4WA 4I02A 3K69A 3F2KA 2NNNA 1GXQA 4GCVA 4O5VA 3S2WA 3QRFF 3M8FA 3MFKA 2QZ8A 2GIVA 3K1MA 5ICEA 2QM3A 2HQRA 1USTA 3F8MA 3FHZA 2CO5A 1FBUA 1STZA 1K79A 5ILVA 1ULYA 3WTYC 5ICGA 1FNNA 4WXDA 1OR7A 2A6EF 4HDVA 1S29A 4KMUX 2ETHA 2OD5A 4A0XA 4EMSA 1IN4A 4MNUA 5DUIA 3MQ0A 5DD4A 4L0YB 4RS8A 2Q2EA 5D4RA 1T39A 3ZP5A 1MD0A 3T8TA 1ZLJA 2DW4A 1XMAA 2ISZA 5A2QZ 1MKMA 4MHGA 1P4XA 4CICA 1U5TB 4LLLA 2HQNA 3QPTA 4KFCA 3I5UA 4B09A 4I0AA 1YYVA 1YTYA 1MZBA 1FYLA 3ELKA 1LNWA 3QAHA 2L54A 2QQBA 2DK8A 2FBIA 3CJNA 3WODF 2PG4A 5FB2A 3RYPA 1W5SA 3EYYA 1J9IA 5L3GA 2YSRA 4U88A 3EDPA 3F72A 2COMA 4DNCA 1CF7B 1R22A 2Y75A 1Z05A 1IUYA 1DUXC 3BWGA 5FGMA 1TNSA 3CUQB 3DPTA 3DXJF 1U78A 3CLOA 2UWMA 2XVCA 1FWZA 2Y48A 2FMLA 2M45A 5LHIA 2PJPA 3HRTA 2ISYA 4YFNF 3C18A 5FO5A 4IHTA 4ZZLA 2CG4A 3RPUA 3IHUA 1KU2A 3CUQC 3WTUC 5E1XA 2DK5A 3FMRA 2FBKA 2YX7A 3GEZA 1AOYA 4I0BA 1E17A 3LA3A 1GXPA 1Q1HA 2QLZA 2AS5F 2EFNA 1VTNC 3GZ5A 2IRFG 4EJOA 5DD8A 1ZGJA 3E3VA 2MC3A 3WE2A 3I58A 2MLGA 2HS5A 2FQ3A 2MBFA 1DP7P 4NB5A 3TDUC 5DYMA 4CDGA 1FY7A 1CGPA 4HDUA 3I0TA 2PQ8A 1ZLKA 3HRUA 1H9GA 3ZN1A 2PI0A 3RKWA 3SZTA 5LEJA 5L3BA 3WTXC 2M1BA 2W57A 2EA4A 5FLXZ 1HXDA 3FX3A 2GXGA 2EFPA 2PMUA 1IXRC 5HDKA 2QWWA 3L2CA 2FA5A 3J80Z 4LD5A 1F4KA 2DFIA 4A6EA 3D0SA 4UHTA 2GA2A 3T0YA 3GF2A 1USSA 3K9TA 4HF2A 4MDAA 4GYIA 4PGGA 3RKYA 2V1UA 2L4AA 4ESJA 5LGTA 1LEBA 3T5XA 1XSDA 3ZMUA 1OYYA 1EH8A 1DDNA 2UXXA 1UFMA 3H3UA 4KYWA 2OZUA 5CJ9A 3L7WA 3SQNA 5D4SA 5LBQA 4N9HA 2F5FA 5DCMA 2H27A 3VOEA 3WGHA 3E5QA 3HHHA 3TO6A 3VODA 1KQ0A 1IAWA 1QZZA 2V9VA 2WWYA 1XN7A 4RB3C 3CDHA 3L00A 1U2WA 5FD6A 1JHHA 4ENNA 5ILSA 4P96A 4WX9A 4L0ZB 2NAZA 4I98B 3ZMSA 2WV0A 4OINF 2ESNA 2ZJ2A 4NQWA 3DKWA 3K1PA 2XASA 4YIFA 2FE3A 1OMIA 3U2RA 2XV4S 5FLXK 2DT5A 4S05A 3SXYA 2ZBKA 3ULQB 2ZMEA 2CYYA 1QNTA 3IC7A 2R7DA 5BMZA 4XRFA 3J80K 4XSXF 1RIOH 4LK1F 3TOAA 5HDGA 2IA0A 5L3DA 3EETA 4M72A 1SMTA 3ZQ7A 4CYDA 4Y13A 1FP1D 3MAJA 3FXQA 2MH9A 1FBQA 4MQ9F 1D8JA 4E70A 1OYIA 4XBFA 1I1SA 2WTEA 4O6JA 1YW9A 2VBXA 2VODA 3JSPA 1IN8A 2G9WA 1BC8C 2ZO4A 3KP4A 4YIIA 4P55A 5HS8A 1TQIA 1LB2A 2HFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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