4U7BA

Crystal structure of a pre-cleavage mos1 transpososome
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
342
Chain Sequence
FVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYQKRQHRVIFLHANAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural role of the flanking DNA in mariner transposon excision.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Drosophila mauritiana
molecule keywords DNA (25-MER)
total genus 98
structure length 342
sequence length 342
chains with identical sequence B, G
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 4u7bA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4u7bA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4u7bA03
1BIAA 4MGRA 2J5PA 2E1NA 2GQQA 3T1BA 4OOIA 1T98A 5BPDA 5HS9A 3T8RA 4BAYA 1FBQA 2DW4A 3KZYA 2P7VB 2Y48A 1DPUA 2HFHA 2R7FA 3CUQA 2XUBA 1K6OA 2DQLA 1QNTA 1B1BA 4M6YA 2DQRA 2NNNA 3ROUA 1W7PB 4HQEA 2VXZA 1BI2A 1H9GA 3O3KA 1ON1A 1ZHFA 4LK0F 2A5YB 3P9CA 2KIFA 2G7HA 2NRAC 1A04A 3I59B 2HYFA 2P4WA 4U7BA 3COAC 3GFJA 2VBYA 2V79A 1L0OC 3E5XA 4LB6B 4FT8A 3FHZA 2K4BA 1HKTA 1KYWA 2DK8A 3KEOA 1PUEE 4HA8A 2JTVA 4KMUX 1T2KA 1FYKA 3RYPA 2V6CA 4QWQA 1FYLA 5L3DA 2OAZA 1RUNA 2FEZA 4G8XA 2Q2EA 4XRFA 4EQQA 1B4AA 1IN7A 5LRRA 5LHGA 2A6EF 2FA5A 4UVCA 5D6FA 1Q1HA 2V1XA 2MD5A 5ILVA 1YTYA 4M9SA 4I02A 1LB2A 4IJAA 4WXHA 3QU6A 4PGHA 2PMUA 1WKMA 2YR2A 2RVCA 3RKXA 3BJAA 4IRIA 4HX4A 2LKPA 1KU2A 2P6TA 4YFNF 4ZZDA 4S05A 3M7GA 4I7HA 2VT2A 4WWCA 4HX8A 1H9TA 4HF2A 3CJNA 4L0ZB 1LJ9A 3ABTA 5ILSA 3I64A 5CYVA 2DI3A 2K02A 1HXDA 4EJTA 1ZLKA 5JHUA 3T5XA 1PP7U 1MGTA 1Z7UA 1K79A 1R36A 5IT9K 2GIVA 1IZ1A 1YS6A 3R4KA 5A2QZ 1JHFA 1ONVA 3R0JA 2W85A 1YW9A 4ZYGA 4UVBA 1IXSB 1MJAA 3FMRA 2ZO4A 5K5QA 2XAJA 4AVPA 1BBYA 2RN7A 4G6QA 5FO5A 1O7LA 1IN4A 4RGUA 2ZXJA 2R7DA 5AIPA 3QP6A 3LA3A 3RYRA 4OIPF 1FBSA 1P6RA 4S04A 2H94A 5JI6A 5TRDA 5K5OA 1R00A 5HDNA 4LMYA 5D4RA 2EA2A 2A69F 1YLFA 4EM2A 1QZYA 4LLLA 2CO5A 1ZG5A 1RIOH 5DUKA 1QO0D 1BI0A 4WCGA 1IF1A 3BPVA 5HLGA 5CLSA 4PCQA 3DKWA 4P5OA 1XN7A 2EWNA 2H6BA 4ESFA 1HSJA 4ESBA 4AIHA 3JAMK 4HV6A 1XCBA 3SHFA 3U2RA 1PP8F 5E8GA 2JPCA 4LD5A 4O6JA 2M87A 2KJBA 4U88A 2FU4A 2WC2A 4O5VA 2XAGA 4OU0A 3IC7A 2BE5F 4YIIA 4RGSA 4LLNA 3HHGA 3MEXA 1LQ1A 5AONA 3TGNA 3RTRA 1RI7A 3GW2A 5JFRA 1XMAA 1RNLA 2P5LC 2ESHA 2DLLA 2XIGA 5DCMB 5LBQA 3NQOA 4LJZF 3H3UA 2HWVA 1F1ZA 4EVIA 4MEXF 1H0MA 1U3EM 4WX9A 1T38A 1R7JA 4L0YB 3P9IA 3GX4X 4ZH4F 2FNAA 1UFMA 3L7WA 3FM3A 3BJOA 4CGZA 2VBWA 4EGYA 1CF7A 4N9HA 3U9GA 4EV0A 4L9TA 3E5QA 3CLOA 3EUHA 2XV4S 5L3CA 1NHAA 5LGNA 3RKWA 2BV6A 3PFIA 2ZFWA 3GWZA 3R61A 5BS6A 3SXYA 3K1MA 4MDBA 1R1UA 4CXFA 3BY6A 2CQKA 1KGSA 1WRJA 4G6DA 1MZBA 1I5ZA 4HLYA 3Q9SA 4IXAA 5L3FA 4I98B 1Z05A 2HKOA 1BJAA 3EDPA 5BOXA 2KJCA 2CGPA 1ODDA 3DFGA 2GXBA 5E20A 2FOKA 2A6HF 4BHCA 2ELHA 3V4GA 1W7PA 2FQ3A 1G4DA 1STZA 5E8IA 2P7CB 3GLXA 4LG0B 1B9MA 2V9VA 3J80K 3I59A 3WE3A 1PDNC 2MC3A 2XAHA 4I09A 2FMLA 1E2XA 2XAFA 4KIBA 5HS7A 1L3LA 1SFUA 2LF7A 1OR7A 5FGMA 1R22A 2XAQA 2D45A 4ENJA 3O2PE 2P6SA 4Q48A 4G7OF 1MDMB 2EV5A 2DFIA 3RI4A 3HSEA 2LDUA 1IUYA 3E3VA 4YG2F 3N4MA 3IKTA 4B8XA 1U5TC 2IA1A 5F6FA 1J9IA 4Y15A 3WTXC 4BHBA 2VE8A 4KN4X 1IRFA 3WTUC 1J5YA 1KQ9A 2F5DA 2Q0OA 3J81K 2FF4A 1FSEA 4UV9A 1SMYF 3H3ZA 4MQVA 1S7AA 4M6XA 2ISYA 1XGSA 3ZMZA 1JGSA 3C1DA 4I0BA 1IN5A 2L01A 4M9ZA 5D4SA 3V7SA 3WU0A 4CICA 2EFQA 3HRMA 1MJ9A 5ILUA 2CG4A 5IT9Z 1U6GA 3KE2A 1G3YA 4YFKF 1W4MA 2XVCA 4NHJA 3K0LA 1TNTA 3CTAA 3DV8A 5CVVA 3EETA 5DEQA 2HQRA 1WWXA 2CWEA 2L54A 1USSA 3K9JA 2HS5A 3CDHA 4MTEA 2DAOA 1WI9A 2EV0A 2XKPA 1R23A 4PDKA 2QYOA 3O6BB 4P96A 2IVMA 1SFEA 3E6BA 4RGRA 3JSPA 2K7LA 3V8JA 2FBKA 3F8CA 4L5IA 2K86A 1O3RA 4PZJA 4HYEA 4HQMA 3V7RA 3C3WA 2R3SA 4A2UA 2EJRA 3ZMTA 2GA2A 1S8NA 3IL2A 1U2WA 1D8JA 3LFKA 4Y17A 5FFZA 5CVJA 3FXUA 4HOBA 1FSHA 3T0YA 2ETHA 4AWXB 1HSTA 2Z99A 4HDVA 4N0BA 4UV8A 3N97A 2M1BA 2FRHA 2EA4A 2FNPA 4HBLA 1B59A 3U1DA 1G3WA 2JSCA 1KQ0A 1YIOA 1G3TA 1KA8A 2W24A 4NB5A 4UNOA 4LGWA 4IF4A 1IAWA 2QUFA 3RIRA 2Z5UA 3SZTA 2Y75A 2MA3A 2GAUA 2Y0MA 4ON0A 2F5CA 3TDZC 3RJPA 1G6NA 1S6LA 4O3MA 4G7ZF 2CW0F 3R0AA 2JPBA 1Z91A 3L00A 2P5VA 3FMSA 4BYYA 2MLKA 4KIFA 2HYGD 3RPUA 3K69A 3S2WA 1YQAA 4ESJA 2O03A 3H92A 5DCMA 4UUVA 3MQ0A 2RDPA 2MH2A 1J0RA 2EB7A 2K27A 3B02A 2QBYB 3KP3A 1W5TA 2EFWA 3HYIA 1YS7A 5ICFA 2DTRA 4D0PA 2XROA 1XSDA 5LEKA 3LAJA 4G9YA 5HS8A 4LFUA 1ZGJA 3WTTC 3C7JA 2ZMEA 2NNYA 4Q5SF 4L9JA 2QVOA 3E6CC 2ZNYA 4RGXA 3HTSB 2BEOA 3ML6A 3FWEA 5DD4A 3QP5A 1ZG3A 3ELKA 1ULYA 4BQAA 1E17A 2VT3A 4KA4A 3F8BA 4UVAA 1YG2A 1HW5A 3GZ5A 1Z6TA 1Z1DA 1RZ4A 2X0LA 2JT1A 1REPC 2VBZA 5H20A 4RS8A 3QU3A 2IRFG 3KP2A 1ZRCA 3MAJA 2O0YA 4CYDA 3TO6A 3V7CA 2HZTA 4IHTA 1I1SA 2KIUA 3F3XA 1UCRA 3ZMSA 2PG4A 4HF0A 2G7UA 1DDNA 4R1HA 2OA4A 3T8TA 4M74A 3F8FA 2XRNA 3REOA 5HVQC 1LVAA 1K78B 2CSOA 1EH8A 1XDSA 3JSOA 1I27A 4NQWA 4LG0A 1IRGA 4KICA 5H6RA 1MJBA 2HQNA 3QOPA 4G94A 3IRRA 1FC3A 5D8LB 3D5LA 2ESNA 2D2WA 1UB9A 4DNCA 1OYWA 4RB1A 2DK5A 2STTA 1MDMA 2HDCA 4MDAA 3ISPA 4OMYA 2IJLA 1ZRDA 2M8EA 3HOTA 1FT9A 2OBPA 4L9NA 5L3BA 4IPAA 2AS5F 1OPCA 5CJ9A 3CUQC 3W6JB 3NEUA 4EM0B 1JXSA 3J7AO 3GEZA 4G7HF 3PQJA 2PJPA 3WODF 3VODA 5EEGA 5DUIA 5JR3A 3J81Z 3QAHA 2XASA 3GF2A 2PBIA 3TKYA 2E1CA 3HSRA 2L4MA 4I2OA 4IHSA 1P2FA 1KU9A 2BGCA 1IXCA 4ASNA 3P7NA 2L4AA 4A0XA 1O3SA 2ZCWA 2DPDA 1O3TA 3M1EA 4A6DA 2HTSA 5KK1A 3L09A 4WF2A 3G3ZA 5FLXK 4DQ2A 5F1RA 1QPMA 3IWZA 1K7AA 1LDDA 3WTSC 1D8KA 3FXQA 4ZYHA 3QPHA 3FMQA 3GUDA 3LA2A 1DP7P 3C18A 4M9XA 3M8EA 2BYVE 1TQPA 1Z9CA 2L3DA 4GO1A 1TTYA 3GO5A 4LLGF 1TBXA 4XSXF 3IHUA 1HQCA 1ZGAA 2G9WA 1U8RA 3RKYA 4EJVA 3F72A 3TQNA 1FOKA 2O6GE 5LHHA 2QWWA 4U7DA 3DPLC 2LF8A 3PQKA 2VC1A 2JZYA 3L2CA 1GXQA 3OOPA 2NYXA 1QZZA 3VOEA 1AOYA 1XMKA 3SQNA 4F7ZA 5A2QK 2GWRA 1FWZA 4YFXF 4ENNA 3K1PA 2HEOA 3BOQA 5J6XA 2ACJA 3JTHA 1HKQA 4EJOA 3F21A 5LHIA 2QLZA 2F2EA 4OIQF 3ZQ7A 5DDGA 1TQMA 2VE9A 2O61A 3E6MA 2PLYA 2Z9OA 3LSTA 2KKOA 5DV5A 5E1WA 5AIQA 2PFBA 1B9NA 1U5TB 1OYIA 3HUGA 1ZLJA 2P5KA 3EQLF 2ZJ2A 2BBYA 3I5UA 2XHKA 4OMZA 2DBBA 1XB4A 2GXGA 1JE8A 2FBIA 1I6XA 1T6SA 3ERED 1ZH5A 2B0LA 3ZP5A 4KFCA 3WTVC 5EEHA 3BZ6A 5ERIA 3KLNA 3M8FA 1USTA 4P9UA 1J2XA 1D5VA 5FB2A 3KZZA 5LGUA 2W25A 1B6AA 3F8MA 1FZPB 4QLCU 1SD5A 4P55A 1T39A 5L3GA 1BIBA 4GCVA 3BDDA 4ZYDA 3GXOA 3LQQA 2QZ8A 2LNBA 2DPUA 1R5GA 1R1TA 4OIRF 2IT0A 5ICEA 4BHPA 4KT5C 2P8TA 1V3FA 5LEJA 4A0ZA 2UWMA 4AD9A 3KP7A 5BPIA 1T0FA 4EMSA 4I01A 2OU2A 1KU7A 3KP5A 1TLHB 1GVJA 2D1VA 2O3FA 4HV5A 2NAZA 1LNWA 2PI0A 2VBXA 3KP6A 1P4XA 2STWA 3KCCA 3HOSA 1HW1A 1XGMA 4P9FA 3WU1B 4Q4ZF 2RNJA 4U0WA 2QM3A 4AIJA 4A5NA 1CF7B 2FMYA 4FHTA 5J8FA 1QBJA 4H0EA 1OYYA 2XGXA 1S29A 3Q9VA 2HR3A 5IT3A 2FE3A 3CO7C 4JK1X 3SZPA 3TDUC 1ZG1A 3R60A 4M71A 1YW8A 4EGZA 1LEAA 4BH9A 4KNYA 1BC7C 4GXOA 5HDGA 5FD6A 1SD7A 4E70A 3ECOA 1K78A 1FX7A 4MHGA 2IPQX 2E7XA 1FPQA 1YFHA 3K1NA 3QPTA 5J8CA 2DU9A 4IRGA 4FX4A 3GFMA 3JAMZ 4HX7A 2CYYA 1FNNA 3WGIA 1XCVA 2QQBA 3HSFA 2MH9A 2PEXA 3Q5FA 1XGNA 3I53A 5DD8A 2ISZA 1QQIA 1MKMA 3F6VA 1KYZA 2QQ9A 4RB2C 1HKSA 3VEPA 5K1YA 4XBFA 1XDUA 4L9VA 3BPXA 3VB2A 3M9AA 4IVNA 4PGGA 1TW3A 2RV8A 2PN6A 5D5UB 3AAFA 1J7KA 3K2ZA 3V8KA 4HZFA 4GGGA 2ZKZA 3HRTA 4FX0A 5LLQA 3HHHA 1EH7A 3EYYA 2A61A 2FSWA 2Q8KA 2H27A 1LDJA 2ZBKA 5HOOA 3DEUA 2PMHA 4ETSA 5FLXZ 2OZ6A 3ABUA 3ECHA 2F5EA 2UXXA 5BQTA 1QGPA 2YU3A 3NRVA 2WV0A 4MQ9F 3FF5A 5E1XA 3I54A 1S7OA 3WE2A 2ZNZA 1SD4A 1UHMA 4ENKA 1WQ2A 5D5WB 1XSVA 2YX7A 1DUXC 3LWFA 1HBXG 4KN7X 2EFNA 3K9TA 1BI3A 1SD6A 3V8LA 3WGHA 2GZWA 1VTNC 1ZREA 1J59A 1ON2A 3IKVA 3IWFA 3EYIA 3OV8A 3WGGA 4ENMA 1AWCA 3WTYC 2VODA 2RKHA 3VFZA 2QQAA 5H6QA 2UZKA 2DT5A 2J5OA 4L18B 2OD5A 4BXUA 4M73A 4A6EA 3TO7A 4KUMA 4KMFA 2RC4A 4N9IA 2M5WA 4HDUA 2A07F 3RDIA 2A68F 1CGPA 3GVAA 5DCFA 3F8NA 1JHHA 5DYMA 1P4AA 4LB5A 4CO8A 3I0TA 5K5RA 3J80Z 2E7WA 3HIFA 4EJWA 2C6YA 3CUQB 4TV7A 2F7TA 4CZZA 1DPRA 5LRSA 3MFKA 2GA1A 3DF8A 3TOAA 3F2KA 2QENA 2COMA 2D1HA 4XLNF 4GYIA 4XLPF 5F64A 1U5TA 2ADUA 1SFXA 3W6KB 1FYMA 1D3YA 2LSOA 2IW5A 2X4HA 3FX3A 1F9NA 1EV7A 1KU3A 1C0WA 3ZN1A 1FBUA 2FXAA 4MNUA 5CVUA 2YSRA 3WTWC 2UXNA 5LGTA 2EV6A 2WTEA 1ZN2A 3MCZA 3DPTA 4A5MA 2OQGA 3MWMA 6PAXA 4I0AA 3CO6C 4IRHA 1FY7A 3KFWX 3ZN0A 5D8KB 1UHWA 4L5JA 1EH6A 3F22A 1OMIA 2M30A 3TO9A 5FD5A 5ICGA 4R79A 2MBFA 1ZYRF 3HRUA 4CDGA 3KEQA 2YX4A 3LQRA 2JRTA 1LEBA 3BP8A 3MZYA 1YO5C 1IW7F 5CR4A 5TJJA 1Y0UA 3KLOA 5E1ZB 3ZMUA 2V1UA 1TNSA 4A0YA 2EFPA 3WTZA 5L3EA 5CVRA 1YYVA 2NS0A 1ZARA 2V1DA 1XGOA 2HKXA 5BMZA 3FXRA 4HW0A 1XD7A 2PQ8A 2FBHA 2Z3YA 2VOPA 3ZMVA 2AXLA 4OIOF 1R58A 1P92A 2ZMEB 1BN5A 2YPRA 4EJUA 5HLHA 4K2EA 3JW4A 3FM5A 2WWYA 1IXRC 3HTUA 1TQIA 2W57A 1HW2A 2Z33A 1FP2A 4B09A 1FLIA 3K9KA 2IP2A 2KIMA 5ICCA 4JQFA 1OKRA 1MD0A 3DXJF 2RGVA 2VOOA 3GYHX 3ZMDA 3P9KA 4MTDA 1F4KA 2IA2A 3I4PA 1R5HA 3DP7A 4UXNA 4WK8F 3E6DA 1V4RA 1R1VA 4U0YA 2HOEA 3F6OA 4RB3C 3RPQA 1F5TA 2L02A 1X3UA 2IA0A 3TOBA 1Z6RA 1SMTA 3HRSA 3GZ6A 2H09A 3ULQB 1BM9A 4ZZLA 2VC0A 4A12A 3L9FA 3BWGA 1O7FA 4MEYF 1TW2A 3D0SA 3F23A 5HDKA 3QRFF 4HF1A 1O57A 5ED4A 5JVTA 1G3SA 2HTJA 4OINF 2TDXA 2M45A 4AIKA 2VONA 4CHUA 1ZRFA 3IRQA 1W7PD 3LA7A 5D5VB 4R8HA 2O8XA 4U0VA 1U78A 4M72A 5KVRA 3LAPA 5E17F 3GFLA 1IN6A 4KYWA 3ZPLA 3JTGA 4Y13A 4WXDA 5D6EA 3DQVC 1LDKB 1FP1D 3BROA 3KP4A 2KRFA 2A3SA 2H6CA 3BJ6A 1XSXA 3KETA 2EK5A 4GYGA 2QBYA 2EFOA 3GFIA 3E5UA 5CVIA 3I58A 4WXCA 3WG9A 2XKOA 1S3JA 5D5XB 1GXPA 2DO7A 1KQ8A 3B73A 5FFXA 1YW7A 1ZAOA 3E97A 2RQPA 2W84A 4RAYA 4EM1A 4XSZF 4UHTA 4Q47A 4Z2YA 1O3QA 1J75A 4KIGA 3R6SA 2VN2A 4KDPA 4LK1F 3FZVA 3MZHA 4HAMA 3G73A 2K4JA 1WSUA 4YIFA 4BNCA 1BOAA 4JBAA 1P4WA 4ZYEA 1BC8C 4RAZA 3CUOA 1W5SA 5E18F 5HLIA 1I1GA 1SAXA 2F5FA 2MLGA 4RB0A 2HGCA 3I71A 1RUOA 1IN8A 2CFXA 2OZUA 2OQRA 1BI1A 4HLXA 3SFZA 1GHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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