5HOOA

Crystal structure of the mos1 strand transfer complex
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
343
structure length
335
Chain Sequence
SFVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A bend, flip and trap mechanism for transposon integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mariner Mos1 transposase
molecule tags Dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 94
structure length 335
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2016-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 5hooA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5hooA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hooA03
2G7HA 2EV5A 4EV0A 5LRRA 1J0RA 1STZA 2EA4A 1XDSA 4MHGA 1USTA 2V1XA 3T0YA 3BPVA 5DV5A 2LDUA 3N4MA 4JBAA 1SFEA 2DPDA 2G7UA 4QWQA 5H6RA 3VB2A 1ULYA 3L2CA 2IRFG 1YW9A 3GW2A 1FZPB 3R61A 5LHGA 3DXJF 2EA2A 1WQ2A 1ZHFA 2JRTA 5D5VB 1W5TA 5LHIA 4IRIA 2HOEA 4YG2F 1XDUA 5DD4A 3E97A 4HLYA 1KYZA 5LLQA 1K79A 1IN6A 5CVUA 2CSOA 3I5UA 4U0VA 2EFPA 2L4AA 2M45A 2NS0A 3K2ZA 3QOPA 3FXQA 1BI0A 5D4SA 1HBXG 5HLGA 1ZH5A 2QBYB 2XIGA 5H20A 1IUYA 2BGCA 3TDUC 1OYYA 3HTUA 3U1DA 4RGRA 6PAXA 4UV9A 4O3MA 1LJ9A 3Q5FA 1J7KA 5KVRA 2V9VA 2DK8A 4ENJA 4N0BA 2MH9A 3F23A 2YSRA 4UVBA 2UWMA 1ZGAA 3NEUA 3C18A 3L00A 2R7FA 2A5YB 2ZCWA 3VFZA 3C3WA 4KUMA 2W24A 1TQMA 2M30A 5J8CA 2P6TA 2MD5A 4P5OA 1GXPA 2QZ8A 2XASA 1R1VA 1FNNA 4RAYA 1P6RA 2MH2A 5DCMB 2XVCA 4A0XA 4I09A 4KIBA 3BY6A 3JW4A 3OV8A 2VBYA 3WE3A 5L3CA 5BPDA 2IA0A 3RKWA 5L3GA 5BOXA 2ZMEA 2COMA 4G9YA 4MDAA 1O7FA 1HKQA 1IN7A 4LLNA 1QPMA 4O6JA 5TJJA 5DUIA 4KMUX 3HRMA 3ULQB 1ZYRF 2QQAA 4LG0B 3VEPA 2GWRA 5KK1A 1LDDA 3K9TA 5ILSA 4P96A 4GYIA 2BYVE 3O3KA 1H9TA 2DFIA 3SHFA 2Q2EA 2EWNA 2XKOA 5AIQA 3RKYA 2H6BA 2ZO4A 2TDXA 3T5XA 2DQLA 2LNBA 3W6JB 1YW8A 2HWVA 1SD4A 1B6AA 3I64A 1DUXC 2Y75A 5A2QK 3F8MA 1KQ0A 2CQKA 2XGXA 2XAQA 2UXNA 3QPTA 1ZGJA 2R7DA 4OOIA 5ILVA 1USSA 2F2EA 5AONA 3KZZA 3WTYC 3LQRA 1VTNC 2OZUA 2OBPA 3IWFA 1FPQA 3ABUA 3IKVA 1FBUA 2JPBA 4M73A 1FX7A 2KIUA 5K1YA 4AWXB 3BPXA 3GF2A 4EVIA 4WWCA 5IT9Z 2YU3A 2STTA 2RNJA 4YIFA 3WU0A 4HA8A 1FBQA 4XSXF 4AD9A 3DV8A 2D2WA 3QP5A 1S3JA 2P5LC 4G7OF 4P55A 4U0WA 4ESFA 1DPRA 1U8RA 1TLHB 1YW7A 3F72A 2V6CA 4EJWA 3WE2A 4I98B 2O8XA 4KYWA 5JR3A 2CFXA 1E2XA 3H3UA 3MAJA 2MLKA 3R6SA 4FX0A 3HUGA 4HAMA 4R79A 2QWWA 1SFXA 4L9JA 1QNTA 2JSCA 1ZAOA 3I58A 4N9HA 2ZMEB 5CVRA 1UCRA 4OU0A 3F3XA 1T38A 1DDNA 3TQNA 2OQRA 4RB1A 3EQLF 1O57A 2H94A 1Z9CA 1KGSA 1E17A 5EEGA 3LA3A 1HKTA 2VT3A 5J6XA 2VODA 5K5QA 4HQEA 3ZMSA 1QGPA 1YYVA 4IF4A 5FLXK 1G3SA 2JPCA 4Q5SF 3WU1B 3RJPA 4G6QA 3M9AA 2VOPA 5DEQA 5BQTA 1W5SA 1FT9A 1XCVA 4M74A 1XSDA 3HSEA 4KA4A 2KIFA 2H27A 2ZNZA 3K9JA 1FY7A 4BHBA 2K4JA 4WK8F 2G9WA 2XAFA 1FYLA 3M1EA 4AIJA 3GO5A 2GAUA 1U2WA 3RIRA 2EFOA 3MWMA 1U5TA 1PP7U 2ACJA 3N97A 3WODF 1I5ZA 1HW2A 1RZ4A 3K1NA 4NHJA 4ESJA 4LLLA 2FNAA 1B1BA 3E3VA 1TW3A 5HS7A 5E1XA 1D8KA 5H6QA 4A6EA 1Z6RA 4OIRF 2IVMA 3E5XA 2QENA 2WWYA 3EDPA 5HVQC 1DP7P 4LLGF 1QZZA 2CYYA 2RN7A 5BS6A 3KP7A 5HOOA 4B09A 1S7OA 3IRQA 1QQIA 1SMTA 1WI9A 2ESHA 1JGSA 3F6VA 4L0YB 4G94A 4PDKA 1D3YA 2VT2A 3DF8A 4LB6B 2Z99A 2Z9OA 3PQKA 5L3FA 2JT1A 1WWXA 3GLXA 3DFGA 2EV6A 4XRFA 3AAFA 1LVAA 2LKPA 2YPRA 3HSRA 1R58A 1XGNA 3M8FA 3I71A 3MZYA 3PQJA 3TO6A 3HRUA 4IPAA 1IRFA 4L5JA 2ISYA 3DPTA 3RDIA 2IJLA 4N9IA 3K1MA 5A2QZ 2QQ9A 4I0BA 2EB7A 2WC2A 4O5VA 5E18F 4HV6A 1AOYA 2XUBA 1QZYA 3T8TA 4F7ZA 2HEOA 1R7JA 5ED4A 3ZP5A 4EM1A 5IT3A 1YLFA 2Z5UA 1F5TA 1B4AA 3L9FA 3TO7A 2Q0OA 4ZYEA 4D0PA 1H0MA 4HX4A 2PN6A 3FXRA 3TKYA 4P9UA 2D45A 2O0YA 4K2EA 2Z3YA 2GXGA 3GWZA 5FD5A 5HLHA 2A6HF 3GVAA 2Y48A 2Q8KA 5BMZA 3GXOA 3Q9SA 3J7AO 3CUQB 1O3RA 2O61A 4U88A 4B8XA 3L7WA 4BNCA 2BE5F 1U5TB 4G7HF 3KZYA 4L9VA 1B9MA 2WV0A 4M9SA 4HF0A 3KETA 2FE3A 3E6CC 4ZYDA 3F6OA 4H0EA 2CO5A 3FMRA 3QU6A 1JHHA 4M9XA 2HFHA 1KYWA 3I54A 1B59A 1YS7A 2PI0A 3CTAA 2AS5F 3HRSA 4TV7A 4AIKA 4HDVA 2HDCA 4UV8A 1P92A 4CGZA 2VBWA 3F8NA 2DK5A 2HYFA 2YX7A 2MC3A 2IA1A 1FC3A 2IA2A 2W85A 1PUEE 1RUOA 3P9KA 1XD7A 2X4HA 1FYKA 2ETHA 3LAJA 5FLXZ 2VBXA 4EGZA 2FBIA 3WTTC 5DD8A 4M72A 1NHAA 4OINF 3I0TA 3VODA 3T1BA 4LJZF 3B02A 2FU4A 4Q48A 1MDMB 3IKTA 2W84A 3GFIA 5JHUA 1XN7A 5CLSA 4QLCU 1G3WA 2Y0MA 4WF2A 1XSVA 4WXHA 1XGMA 2W25A 1XGSA 2PG4A 2MLGA 4CXFA 2FEZA 4R8HA 3CUOA 3LFKA 2PMHA 5D5UB 1P2FA 2QYOA 4GXOA 4IHTA 1BM9A 4ZYHA 1ZRDA 1PDNC 1UFMA 3BP8A 1C0WA 4U7DA 1R1UA 3F8BA 1HW5A 4OMZA 5F6FA 2EFNA 1T6SA 1BJAA 3ROUA 5JI6A 5EEHA 3GX4X 1JXSA 3CUQC 3C7JA 2ADUA 1IXRC 3EUHA 5E17F 2HQRA 1SFUA 5LBQA 4OMYA 1U5TC 1Z91A 1T39A 2K02A 2DTRA 1RNLA 2GA2A 2OAZA 3KFWX 3ZMVA 4RB2C 3G3ZA 1XGOA 2RGVA 1H9GA 3HHGA 1ZLKA 4U0YA 1BC7C 2V79A 3QRFF 4BAYA 2W57A 2FA5A 4ZH4F 3E5QA 3J81K 1ZREA 3WTUC 5BPIA 1L0OC 4I0AA 3O2PE 2MBFA 5E8GA 2CGPA 3ZMZA 4LB5A 2RVCA 4XSZF 1CGPA 4IRHA 4LD5A 3GEZA 1OYWA 1S7AA 2F5DA 4EQQA 1FLIA 4P9FA 2IT0A 1QO0D 3P9CA 3V7CA 5FD6A 1OR7A 2P6SA 2EJRA 4PGGA 2RC4A 3ECHA 4NQWA 3WTSC 3LQQA 1Z6TA 3D5LA 2FMLA 2DT5A 4I2OA 4EMSA 5L3BA 3L09A 2PMUA 2EV0A 3QAHA 4Y13A 1EH7A 1MD0A 2VC1A 4HDUA 2VOOA 1TW2A 3V8KA 5LRSA 3CO7C 1MZBA 5D5WB 3BOQA 1ON2A 1W7PA 5HDGA 3TO9A 1FP1D 5FO5A 4HQMA 1I1SA 4KFCA 1O3QA 3FZVA 1KU3A 2BV6A 3JSPA 3RI4A 1BI2A 1F1ZA 1TNSA 1ZN2A 1HSJA 3DPLC 2K4BA 3GZ5A 4HV5A 2F5EA 1D5VA 3K9KA 1I6XA 5HLIA 2JTVA 4AVPA 4UUVA 1CF7A 1JE8A 2PLYA 1T0FA 4L5IA 2FBKA 2D1HA 3ZMTA 3WG9A 3FHZA 4HZFA 1TTYA 3GFJA 1G4DA 3HSFA 1P4AA 1BI1A 2ZXJA 4PZJA 2O03A 2R3SA 4IRGA 1G3TA 4OIOF 2P4WA 3I59A 1LEBA 3HHHA 2ELHA 2NNYA 4UXNA 4CICA 4Q4ZF 2H6CA 1L3LA 3WTVC 1WRJA 2OZ6A 4CZZA 3BZ6A 1R23A 3ELKA 1FSHA 4KNYA 1XB4A 3G73A 4XBFA 2RDPA 4ETSA 1OKRA 1W7PD 2P7VB 2HKXA 2QUFA 1O3TA 3KCCA 2PJPA 1XMAA 4YIIA 4JQFA 2OU2A 1YS6A 3F22A 3FMQA 4WCGA 2HQNA 4L18B 1J2XA 3BDDA 1ODDA 2L01A 4BXUA 2IW5A 3LSTA 4JK1X 2E1NA 1WSUA 1K78A 5D8LB 3EYIA 2PQ8A 4DNCA 4YFKF 3S2WA 2P5VA 3MCZA 2FBHA 2HZTA 4L0ZB 3ZN0A 4LGWA 4CYDA 2XKPA 3GYHX 2OQGA 2K86A 1ZRFA 2ZJ2A 3OOPA 4A6DA 4ENNA 4MTEA 3ISPA 1YO5C 5HS8A 2RQPA 1TQPA 4KT5C 1BC8C 3T8RA 5AIPA 1Y0UA 4EM2A 4FT8A 1P4XA 1FBSA 2HTSA 1BN5A 5ERIA 5LHHA 1MGTA 2A3SA 1LNWA 1LDKB 5K5OA 2O3FA 1RI7A 2K7LA 3KEOA 1XSXA 3JTGA 2A69F 3BJOA 2Z33A 5FB2A 2VC0A 1S6LA 5HDKA 3VOEA 4RGUA 1BBYA 3ZN1A 2DU9A 3WGHA 2XRNA 4FHTA 2X0LA 1P4WA 2VE9A 2DBBA 3J81Z 2QBYA 1ZLJA 4RGSA 2D1VA 1ZG1A 4EM0B 3E6BA 4E70A 1HKSA 5D5XB 3RYRA 5HS9A 2L4MA 3V7RA 4KICA 3D0SA 3CJNA 5ICEA 1EH6A 4M71A 5DYMA 3H92A 3QP6A 3FM3A 2DAOA 2UXXA 3I4PA 5TRDA 2YX4A 1LQ1A 3BROA 3KEQA 4M6XA 3K69A 3HOTA 3E5UA 1TBXA 1R5HA 5LGTA 3CLOA 1S8NA 3V7SA 1EV7A 4MEYF 2XAJA 5JFRA 2L54A 3RPUA 3HOSA 1Q1HA 5CJ9A 3J80K 1BIAA 5DCMA 4LK1F 4A5MA 2V1UA 3H3ZA 4XLNF 5DDGA 4Q47A 1RIOH 3W6KB 1JHFA 4HOBA 3SFZA 2P5KA 3TOBA 2A07F 3ABTA 4RGXA 4GGGA 4PCQA 3IWZA 3U2RA 3MFKA 1SD5A 1TNTA 5FFXA 2VBZA 5DUKA 4LG0A 4S04A 5ILUA 1IN4A 3KP2A 2A6EF 5FFZA 1R5GA 5CVIA 1ZG3A 1R1TA 1UB9A 1S29A 2F5FA 2P8TA 3V8LA 3HRTA 4U7BA 3NRVA 4AIHA 4WXCA 2GA1A 1J5YA 3IHUA 3COAC 3RKXA 2RV8A 1SD7A 4MQ9F 5FGMA 5L3EA 1G3YA 1GHCA 3K1PA 4R1HA 1O3SA 5CVJA 4GO1A 3R60A 3R0AA 4KIGA 1KA8A 4HLXA 1FOKA 5ICFA 3DP7A 2HKOA 1FP2A 2NYXA 3RTRA 4KIFA 1LDJA 1MJAA 1G6NA 3LAPA 2STWA 4IJAA 1Z1DA 2M1BA 2EFQA 1W4MA 1BI3A 1ON1A 1EH8A 2EFWA 3IL2A 2M87A 2UZKA 1T2KA 5L3DA 2J5PA 3FX3A 3FMSA 3WTZA 3LA7A 4LK0F 1IXSB 3F8CA 4RB0A 2QM3A 3I53A 4UVAA 5CR4A 2VE8A 1Z7UA 4LFUA 4CDGA 2ZFWA 4A0ZA 2EK5A 1HXDA 1LEAA 3MQ0A 4NB5A 3JSOA 4Y15A 4RB3C 2NRAC 1OYIA 1R22A 4IHSA 2B0LA 1SMYF 2XROA 5E20A 4KN4X 4CO8A 4CHUA 1YFHA 1RUNA 1O7LA 3REOA 4BQAA 2XV4S 3P7NA 1IXCA 4RAZA 1D8JA 1F4KA 1LB2A 1FYMA 1UHMA 3FM5A 2QQBA 1J59A 5D8KB 1OMIA 4WX9A 2FF4A 2E1CA 1U3EM 4GCVA 5ICCA 4EJUA 2GXBA 3GZ6A 2LF8A 4EJVA 1KQ9A 4ZZLA 1T98A 3KE2A 2DQRA 4A5NA 2DO7A 1UHWA 2JZYA 3KLOA 4ZZDA 2PFBA 1QBJA 4HX7A 1X3UA 3JTHA 2NNNA 4UVCA 3GFMA 3ZMDA 3K0LA 2HR3A 3KP4A 2CW0F 5LEKA 4MTDA 3IC7A 4HYEA 3ZMUA 3GUDA 2L3DA 3MEXA 3M7GA 3SZPA 1K7AA 2GZWA 4ASNA 2A61A 3PFIA 3SZTA 1IZ1A 3JAMZ 1J75A 4G7ZF 1F9NA 1K6OA 3FXUA 4MNUA 3EETA 4MGRA 3BJ6A 4I01A 2FNPA 1KQ8A 4IVNA 1IAWA 2LF7A 3LA2A 4ON0A 4BHCA 5F64A 2FQ3A 3J80Z 1IN5A 2ZBKA 3TGNA 1XMKA 1V3FA 5LEJA 1XCBA 2AXLA 3EYYA 4FX4A 1YQAA 4HF1A 3V4GA 1MJ9A 2CG4A 2LSOA 1U6GA 2F7TA 4I02A 4UHTA 4ENKA 4OIPF 2C6YA 3R0JA 1MKMA 4ZYGA 1BIBA 2GIVA 1WKMA 1B9NA 3B73A 5JVTA 2QLZA 3KP6A 4PGHA 4A12A 2HGCA 4M9ZA 1OPCA 4XLPF 1REPC 1KU9A 3O6BB 5D4RA 3KP5A 1HW1A 4L9TA 2VONA 2OA4A 2FOKA 3NQOA 2K27A 3GFLA 1KU2A 5ICGA 3HTSB 2DW4A 1IN8A 3BWGA 2HTJA 3RPQA 3RYPA 3WTXC 4G8XA 1GXQA 1I27A 4YFNF 3CO6C 3C1DA 4MQVA 3SQNA 4A0YA 3QPHA 5F1RA 1YTYA 1IW7F 4OIQF 4I7HA 2FSWA 1KU7A 3SXYA 5E1WA 4S05A 2A68F 5K5RA 2VXZA 2GQQA 3CDHA 4L9NA 2MA3A 2J5OA 1YG2A 4KMFA 3LWFA 3ERED 2XAHA 5LGUA 2L02A 2KJCA 1AWCA 1MJBA 2PBIA 2KIMA 5HDNA 1BOAA 3F2KA 5LGNA 3QU3A 3IRRA 1IRGA 2FXAA 4RS8A 3CUQA 4ENMA 2YR2A 3Q9VA 4HW0A 2FRHA 3DEUA 1TQIA 2F5CA 2ISZA 2XAGA 1YIOA 2IP2A 2PEXA 2HYGD 2H09A 4BH9A 1R00A 1W7PB 2KJBA 3TOAA 3E6DA 1R36A 2CWEA 2KKOA 4Z2YA 1ZARA 2OD5A 2BEOA 2DPUA 2WTEA 1ZG5A 1PP8F 1V4RA 2IPQX 3U9GA 1ZRCA 1A04A 4G6DA 1CF7B 1HQCA 3WTWC 4HX8A 1FSEA 4MDBA 2ESNA 2VN2A 3ML6A 5J8FA 1SAXA 3BJAA 3P9IA 4Y17A 5E8IA 4LMYA 1GVJA 2XHKA 3ZQ7A 4DQ2A 3R4KA 4IXAA 4EJOA 5D6EA 5CVVA 3DKWA 2ZKZA 4KDPA 1HSTA 4ESBA 3I59B 3JAMK 2M5WA 4WXDA 3WGGA 3V8JA 3HIFA 1MDMA 2ZNYA 2HS5A 3M8EA 4UNOA 4HF2A 3F8FA 3FF5A 4M6YA 4EJTA 5E1ZB 3FWEA 5IT9K 1Z05A 2KRFA 2BBYA 1DPUA 3ZPLA 2RKHA 3E6MA 2DI3A 1IF1A 5CYVA 1ONVA 2E7XA 4MEXF 3KP3A 2DLLA 3DQVC 3KLNA 1J9IA 3WGIA 2M8EA 1U78A 1I1GA 2FMYA 3HYIA 2QVOA 2V1DA 2E7WA 4BHPA 3TDZC 1K78B 1SD6A 4BYYA 4A2UA 4EGYA 2P7CB 2NAZA 4GYGA 1FWZA 3F21A 4HBLA 4KN7X 3MZHA 2O6GE 5DCFA 3ECOA 5D6FA 4YFXF
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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