5HOOA

Crystal structure of the mos1 strand transfer complex
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
343
structure length
335
Chain Sequence
SFVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A bend, flip and trap mechanism for transposon integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mariner Mos1 transposase
molecule tags Dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 94
structure length 335
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2016-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 5hooA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5hooA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hooA03
2RDPA 1I1GA 3OV8A 3T8RA 1MKMA 1Y0UA 5FGMA 3BZ6A 2XV4S 1ZG5A 3PFIA 2QQBA 1T6SA 3KEOA 3QU3A 4FT8A 5HLIA 3M8FA 1PP7U 1SFXA 3DPTA 3E6BA 3I5UA 2FU4A 3WE2A 1YS7A 5DCFA 3MZYA 1H9TA 2DK8A 1FBSA 4M9XA 1PUEE 4O3MA 5A2QK 2MH2A 2VC1A 1U5TA 1FLIA 3TO9A 4UNOA 2BEOA 5LBQA 1MDMB 2KKOA 2FMLA 5HDGA 2O61A 5D4SA 2E7WA 1S3JA 2JZYA 5LGTA 2ZO4A 3TGNA 1KA8A 1LDDA 4IVNA 3FMRA 2Q8KA 1S7AA 3TDZC 4BHBA 2GWRA 2GAUA 3HRMA 4G7ZF 3QAHA 2RV8A 3BDDA 2QENA 5K5RA 4UHTA 1E17A 5D8LB 5E17F 3BROA 3ISPA 3ZMVA 2MLKA 2KRFA 3JW4A 3WTYC 3F21A 2DPUA 4LMYA 1KU7A 4LFUA 1XB4A 5FFZA 1W5TA 2RNJA 2IJLA 4O6JA 2UXXA 3K0LA 5TRDA 3Q9VA 5HS9A 3FXQA 3CUQB 1DDNA 2COMA 2FBIA 1BC7C 3JTHA 2EFOA 4FX4A 2BGCA 4HYEA 4UVAA 1IN7A 3U2RA 2ZNZA 5BS6A 2MA3A 5ICFA 1YG2A 2W57A 4GXOA 2NYXA 1LB2A 1BI1A 2EFPA 3LA3A 3J80Z 2FA5A 1HBXG 4G6DA 4CICA 3VEPA 2EFNA 1B6AA 1RUOA 3E6DA 2W85A 3RDIA 2OBPA 4NB5A 3IRRA 4HX4A 5DD8A 2Y75A 3DEUA 1KU3A 4LLGF 3SZPA 2DBBA 4GO1A 4IHSA 4YFKF 4YG2F 4BXUA 3E5XA 4RGRA 5E18F 3FMQA 2XKPA 4I7HA 3BY6A 3GF2A 2WC2A 4KMUX 1DPUA 2M5WA 2VE9A 3Q5FA 5JVTA 3KP4A 3JAMK 3GFMA 2HKOA 3ZQ7A 1WI9A 1CF7B 2ZFWA 3R6SA 1IXRC 3ERED 3P9IA 3F6OA 4A5MA 3FM3A 1FBUA 2HEOA 1FZPB 1W7PA 4U7BA 2NS0A 1FYKA 4BYYA 2YU3A 1LDJA 3DXJF 3WGGA 2QVOA 4KN7X 2HQNA 3ZMZA 3ABUA 3TQNA 1OPCA 5KVRA 1HW1A 2L4MA 3FHZA 4XLPF 1P2FA 1OYWA 2XAGA 2GXGA 2GA2A 3U9GA 1SD5A 1USTA 5E1ZB 4UXNA 4MTDA 5FB2A 4LD5A 2O03A 2YR2A 4CXFA 3ZN1A 3R0AA 5D8KB 1FWZA 4H0EA 4IHTA 2WWYA 3M1EA 5D5XB 3DFGA 3VODA 1ZARA 4OIOF 4JQFA 3ULQB 2DU9A 1TW3A 2KIFA 1ZGAA 2G9WA 4KA4A 1QNTA 3KLNA 5FD5A 1TQPA 5F1RA 3J81K 1YIOA 4A0XA 4GCVA 2L01A 2W24A 1R1TA 5A2QZ 1D3YA 2G7UA 3G3ZA 4O5VA 1MD0A 2VT2A 5L3BA 5IT3A 2E1CA 4Y17A 3V8JA 2H09A 4EV0A 4HW0A 4QLCU 1QO0D 2EK5A 1REPC 4NQWA 1K7AA 4UV9A 3FM5A 3IWFA 2HS5A 3O2PE 5LRRA 1CGPA 2P8TA 4Y13A 2STTA 5L3GA 3JSPA 1RNLA 1O3QA 2NNNA 2O0YA 2ZBKA 4CZZA 2AS5F 1H0MA 4PCQA 3WG9A 1V4RA 4EJUA 1LEAA 2F2EA 1XN7A 2D45A 2A69F 1TW2A 3I71A 6PAXA 1VTNC 2X4HA 2EV5A 4OMZA 1P4XA 1WKMA 1OYYA 3I59B 1ZAOA 4L0YB 2FNPA 1AOYA 3WU0A 2LKPA 3DF8A 2FQ3A 3WTVC 3GLXA 4K2EA 4OOIA 1I27A 1LDKB 2FBHA 4EJVA 1G3WA 3B73A 1BM9A 3CO6C 1Z91A 3I58A 4L9JA 1JHFA 3DP7A 2XAHA 5EEGA 4L9NA 1SD4A 2DLLA 3EYYA 4BQAA 3F8BA 3C3WA 4DQ2A 4L5JA 2AXLA 1TNSA 4ZH4F 1F9NA 4RB1A 2UWMA 3FXUA 3V7CA 3RYRA 2XASA 2VXZA 3R0JA 4CHUA 4G9YA 5LHGA 2ZJ2A 1Z9CA 3QRFF 1R23A 4EMSA 4KIGA 3MAJA 5E20A 3O3KA 4R8HA 2DQRA 1TTYA 2JRTA 1O57A 3F23A 3EUHA 2ZMEA 2G7HA 4KIBA 2DQLA 4JBAA 3QU6A 1B59A 1K78B 1GHCA 1R7JA 3JAMZ 5DUIA 5CVVA 3LA2A 4ZYDA 5H6RA 1QZZA 3KE2A 1JE8A 1W4MA 3E3VA 3RJPA 2DPDA 2EFWA 2O6GE 2K4JA 3T5XA 2HTSA 2MLGA 3GEZA 1X3UA 2NNYA 3NEUA 5BQTA 2ISYA 2FE3A 3WTSC 4HV5A 2XAJA 4WF2A 1U5TC 3ZN0A 3M8EA 4MTEA 1BBYA 4YFXF 4U0VA 1R36A 3M9AA 4ETSA 1H9GA 3F8CA 2CYYA 3ZP5A 3T0YA 4IRHA 4XSXF 4LJZF 3PQJA 1JHHA 1SD7A 2R7FA 2PMHA 3MFKA 4B09A 3O6BB 2ZNYA 4XSZF 4HDUA 4WX9A 3ZMUA 1ZH5A 1Z6RA 1R00A 1AWCA 5LHHA 1P4WA 2PFBA 3TO6A 3M7GA 3K9KA 3LFKA 3V4GA 2KJBA 5HS8A 1YLFA 3RYPA 2QWWA 1STZA 5LGUA 5F6FA 1ZG1A 3E6CC 3IWZA 3DV8A 4I01A 2VT3A 1QGPA 4XBFA 4EM0B 4G7OF 3SHFA 3CDHA 2VBWA 4IRIA 3QPTA 2CW0F 2QYOA 3J81Z 1BN5A 2KIUA 2ELHA 1ZRDA 5CLSA 2CG4A 1FOKA 2H6CA 4AIHA 3GUDA 1ZN2A 2ZXJA 3HUGA 2OZUA 2PEXA 3NQOA 4OIRF 2D2WA 2IW5A 3IKVA 1HKSA 2LF8A 4A5NA 5CVUA 5HLGA 4HLYA 2XUBA 1USSA 2PI0A 2J5PA 4WCGA 4LG0B 1FP2A 1FY7A 4KN4X 4PZJA 5ICCA 4G7HF 3LAPA 1J9IA 3H3UA 3MQ0A 1R5GA 3DKWA 2ESNA 3GO5A 5DCMA 1T98A 2VODA 1PP8F 3N4MA 1XGSA 4UV8A 4ESFA 4EVIA 5L3CA 3I0TA 1D8JA 2XRNA 2V1UA 3MEXA 2DO7A 3RI4A 1ZRCA 5CVRA 4HAMA 4P96A 2P5KA 1XD7A 4IXAA 3V7RA 2Z99A 1ZG3A 4TV7A 3JTGA 3K2ZA 2V1DA 2XAQA 4ASNA 2VBYA 5FD6A 1IN5A 2DT5A 3HRUA 4XLNF 1G6NA 4HLXA 1HKTA 1KYWA 2ADUA 1L0OC 3IHUA 4ENKA 4HDVA 3C7JA 3GWZA 4P9FA 2Y0MA 2K86A 5EEHA 2IRFG 4KT5C 5LEKA 5D6FA 3FZVA 2MD5A 1XGNA 3BP8A 2OQRA 2L3DA 2V6CA 4CO8A 4AIJA 3KP2A 5F64A 4HV6A 1MZBA 1YYVA 2QBYB 1P92A 4AD9A 1R58A 1D8KA 4CYDA 4PDKA 3WE3A 4EQQA 3TDUC 3COAC 5FLXK 4GGGA 1MDMA 1XCVA 4HQEA 1XDSA 1EH8A 1JGSA 3KP3A 3K9JA 3LQQA 3E5QA 4N0BA 2VC0A 3WTWC 3KP7A 3TKYA 1ZHFA 2D1HA 3SZTA 2IT0A 4EM1A 4HF1A 1I6XA 1RI7A 3HIFA 4RAYA 4HF0A 1IN6A 2HYGD 3R61A 2WTEA 3BPVA 2LNBA 2K7LA 3GXOA 2XHKA 5DDGA 4MQVA 1R1VA 5DYMA 4EGZA 2BE5F 3KETA 4ZYGA 5HDNA 3MWMA 1HQCA 2EV0A 3CUQA 3VFZA 4CDGA 2PMUA 2ZKZA 2O8XA 1OR7A 1B4AA 2XROA 3G73A 3T8TA 2HR3A 2CFXA 4ZZDA 2E7XA 3N97A 2F5FA 4Q5SF 2QUFA 2IVMA 3FWEA 3EYIA 2XIGA 2HTJA 3V8LA 3T1BA 1P6RA 5LLQA 2CGPA 1KGSA 1U2WA 2GIVA 2IPQX 3QPHA 1TQIA 5ED4A 2X0LA 2QQAA 4A12A 2D1VA 4MNUA 1NHAA 5H6QA 3HSEA 4I0BA 3EETA 1LJ9A 2Q2EA 2QZ8A 1B1BA 2ESHA 3QP5A 3LWFA 2IA0A 2EB7A 2OU2A 2H27A 1XMKA 3EDPA 3BJAA 3E97A 1Z7UA 2Z9OA 2XVCA 5KK1A 4L18B 5CR4A 4N9IA 5CJ9A 1G4DA 2HZTA 1XMAA 3CUOA 5L3FA 2M30A 1CF7A 4RGXA 1FPQA 2H94A 4AVPA 3RKXA 4U0YA 5K1YA 1ONVA 3WGIA 5HLHA 4RS8A 3K1NA 3W6KB 2V9VA 1TNTA 1IXCA 4WXCA 5BOXA 1TBXA 3HOTA 1S7OA 2UXNA 2R7DA 2RVCA 1HXDA 4M73A 1J5YA 2HYFA 2H6BA 3RTRA 1UB9A 2HFHA 1PDNC 4R1HA 2F7TA 3GX4X 1ZYRF 4IJAA 4WXDA 1D5VA 4A6DA 5TJJA 4QWQA 1SMTA 1ZGJA 2HDCA 2O3FA 3F8FA 1A04A 4HX7A 1J7KA 4G8XA 1Z05A 2A6HF 2L4AA 1FP1D 3KCCA 4A0YA 3GFJA 1QBJA 2VOOA 1YW9A 1B9MA 2GZWA 1EH7A 2EWNA 4OINF 4FHTA 2P6TA 3FXRA 1UHWA 1FBQA 2P4WA 3IC7A 2QM3A 5J6XA 5CYVA 3AAFA 1HW5A 4EJTA 5AIPA 3L00A 3GVAA 1RIOH 1KU9A 2IP2A 2YSRA 1XGMA 2FOKA 3V8KA 5FLXZ 3KEQA 2P6SA 3HYIA 2DFIA 4I98B 1FYMA 1U5TB 3CTAA 1BI2A 2RN7A 5LHIA 3FX3A 2EJRA 5D5WB 1SFUA 4I0AA 2W25A 4MEXF 4D0PA 1FT9A 4ON0A 1QPMA 3BPXA 4M9ZA 2FBKA 5D6EA 1SAXA 2BBYA 4U88A 5J8CA 5LGNA 5L3DA 1BC8C 4MGRA 2WV0A 3ZMTA 4M74A 4F7ZA 1O3TA 5HDKA 2YX4A 3P7NA 2C6YA 2HQRA 2HWVA 3SXYA 4HOBA 1IUYA 3I59A 3BWGA 2M87A 1WSUA 3H92A 4Q48A 4KICA 3KLOA 1LNWA 3TO7A 3JSOA 1HW2A 2P7VB 4Z2YA 3S2WA 1LEBA 1XSVA 2Z33A 1SD6A 2HKXA 2F5DA 3HTSB 1C0WA 1I1SA 3ELKA 4ZYEA 1U8RA 2L02A 1YO5C 5H20A 3OOPA 2KJCA 4EJWA 1T38A 3MZHA 2PLYA 1O7LA 5K5OA 4A6EA 2CQKA 5CVIA 3KZZA 5JI6A 2GA1A 2HGCA 4LK1F 3ECHA 2Y48A 4BHPA 4EJOA 4P9UA 4HQMA 1ZREA 4P55A 1B9NA 3F2KA 5ERIA 1ODDA 4LLNA 3LAJA 1WQ2A 1KQ9A 1IF1A 3RPUA 1BOAA 2JSCA 3VOEA 4M72A 4UVCA 4FX0A 2VBZA 5LRSA 4ESJA 1BJAA 1T39A 1IAWA 2TDXA 2RQPA 5J8FA 2Z3YA 2EV6A 3E5UA 1K78A 3HSRA 5E1XA 4OMYA 3IL2A 3VB2A 3P9CA 1JXSA 1Z1DA 4YFNF 3QP6A 1L3LA 1R1UA 3KFWX 5ILUA 2FXAA 1T0FA 1HKQA 3IRQA 3WTXC 3U1DA 1UHMA 1IRFA 1S8NA 4Q4ZF 4ZYHA 2JPCA 2VOPA 2HOEA 3GZ6A 1BI0A 1FX7A 4MQ9F 4P5OA 2YPRA 2VN2A 1W7PB 4RGSA 3RKYA 2M45A 1YFHA 2B0LA 4PGHA 3CLOA 1XSDA 1YW8A 3HRSA 4ESBA 3ZMDA 2PN6A 3K1MA 1P4AA 1F4KA 1QQIA 2A6EF 4HF2A 2OZ6A 2FNAA 2CO5A 2OA4A 2YX7A 3C1DA 2EFQA 2A5YB 3W6JB 3K1PA 2XGXA 5D5VB 4AWXB 1OMIA 2A68F 2K27A 1GXPA 4BH9A 4U0WA 4L9VA 2DK5A 4IPAA 3I64A 4U7DA 1MGTA 5HVQC 4KUMA 2E1NA 1MJBA 4MHGA 3F22A 5E8GA 1GVJA 1I5ZA 2V1XA 3CUQC 3ROUA 3HHGA 1ON1A 3HTUA 3SFZA 5K5QA 5D4RA 4EM2A 4R79A 3CO7C 3HSFA 3REOA 1J2XA 4I2OA 1U3EM 4XRFA 2NRAC 1U6GA 2BYVE 1UCRA 3BJ6A 5JFRA 4GYIA 3ML6A 3PQKA 3K69A 4S04A 3WTZA 4GYGA 4LG0A 3RKWA 5ICGA 3MCZA 2J5OA 1ZRFA 5E1WA 5ICEA 3L9FA 2FF4A 1Q1HA 2PQ8A 2OD5A 3HRTA 1V3FA 1YS6A 2ISZA 1F1ZA 2DI3A 2M1BA 5JHUA 3BJOA 5FFXA 2DAOA 2OQGA 1IW7F 5IT9K 4BNCA 1J59A 1S29A 1Z6TA 4MEYF 4EGYA 1BIAA 3HHHA 2A61A 3NRVA 4LK0F 3ABTA 2PG4A 3ZMSA 1MJ9A 2GQQA 2L54A 4WXHA 1FYLA 2CWEA 5BPIA 3WGHA 4RB2C 3F6VA 4RB3C 1QZYA 2EA2A 1E2XA 2ZCWA 3BOQA 1S6LA 4M71A 3FF5A 2LDUA 3CJNA 3F8MA 4DNCA 1EV7A 2A3SA 3KZYA 4MDAA 1IXSB 4CGZA 1K79A 4KYWA 3EQLF 2RGVA 3P9KA 4KDPA 2W84A 3WU1B 3RIRA 3F8NA 5DUKA 1KYZA 3C18A 1EH6A 1R22A 3DQVC 2QBYA 2M8EA 2QQ9A 2JT1A 2OAZA 2MC3A 4WWCA 1K6OA 4L9TA 1IRGA 5AONA 2F5EA 4M9SA 4M6XA 4KNYA 3ZPLA 1OYIA 1J75A 2ZMEB 1O3SA 1RUNA 4ZZLA 4HZFA 2RKHA 1GXQA 4UUVA 2FEZA 1SFEA 1WRJA 1IN4A 2K02A 1T2KA 5ILSA 4NHJA 3B02A 4L0ZB 5JR3A 3KP5A 4B8XA 5E8IA 5DEQA 4JK1X 3D0SA 3Q9SA 4IRGA 2NAZA 1HSJA 3RPQA 5CVJA 4M6YA 4N9HA 4ENNA 1FC3A 2LF7A 1J0RA 2JPBA 2VBXA 1FSEA 5D5UB 5FO5A 4YIIA 4YIFA 1W5SA 4RAZA 2ETHA 4OU0A 4KIFA 2R3SA 2GXBA 2V79A 1ON2A 2F5CA 4RB0A 2Q0OA 4Y15A 3V7SA 1IZ1A 3L09A 1FNNA 1LVAA 1O3RA 5AIQA 4RGUA 4A2UA 2EA4A 2ACJA 3LSTA 2FSWA 2DTRA 4LB5A 2MBFA 3J80K 1W7PD 4HBLA 1KU2A 3K9TA 2UZKA 4A0ZA 4AIKA 3R60A 3GYHX 2MH9A 4MDBA 1XCBA 1UFMA 3HOSA 1RZ4A 3WTTC 1IN8A 5LEJA 3WTUC 1G3YA 1O7FA 4BAYA 2A07F 3LA7A 4HX8A 2DW4A 2Z5UA 4L5IA 1LQ1A 1DP7P 2CSOA 3GFLA 1YQAA 1BI3A 3SQNA 2FRHA 2BV6A 1G3SA 3TOAA 2IA2A 4HA8A 4UVBA 5DV5A 5BPDA 4IF4A 4I09A 4LLLA 3I53A 4E70A 5HOOA 3R4KA 4LGWA 1TQMA 3LQRA 3E6MA 4S05A 2P5VA 4G6QA 3FMSA 1TLHB 3ECOA 4Q47A 1BIBA 2KIMA 3TOBA 2VONA 2XAFA 3L2CA 3GZ5A 4PGGA 4G94A 5HS7A 1ZLKA 1DUXC 1F5TA 3IKTA 1WWXA 4OIQF 2RC4A 3GFIA 5IT9Z 2VE8A 3QOPA 2JTVA 1KQ0A 1DPRA 1R5HA 5DCMB 4OIPF 2FMYA 5ILVA 2QLZA 2XKOA 1OKRA 4WK8F 1KQ8A 5DD4A 4ENJA 3DPLC 3H3ZA 3L7WA 4BHCA 1FSHA 4KMFA 3I54A 3F72A 1ZLJA 1G3TA 1MJAA 3I4PA 2P7CB 1YTYA 3GW2A 1XGOA 1XSXA 1YW7A 2LSOA 3J7AO 2K4BA 3D5LA 1ULYA 4LB6B 1U78A 3KP6A 4I02A 2PBIA 4ENMA 5BMZA 5L3EA 2IA1A 3F3XA 1HSTA 1SMYF 3WODF 4KFCA 2STWA 2P5LC 2PJPA 1XDUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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