5HOOA

Crystal structure of the mos1 strand transfer complex
Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
343
structure length
335
Chain Sequence
SFVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (74-83)EMPTYTVIII1 (84-87)AH5 (89-96)AH7 (126-145)S6 (269-270)AH12 (319-339)AH9 (257-266)S1 (152-161)TVIII2 (161-164)TIV2 (185-188)AH10 (282-295)TII1 (173-176)S3 (190-198)S4 (202-208)AH8 (216-234)TII2 (209-212)S5 (245-248)TI2 (251-254)O1 (249-251)TI3 (252-255)TI4 (253-256)3H2 (278-280)AH11 (303-316)TIV4 (274-277)S7 (298-299)AH3 (43-55)TI1 (37-40)AH6 (100-109)TIV1 (70-73)TIV3 (198-201)TIV5 (295-298)AH1 (8-21)AH2 (25-36)3H1 (149-151)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Dna
source organism Drosophila mauritiana
publication title A bend, flip and trap mechanism for transposon integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mariner Mos1 transposase
total genus 94
structure length 335
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2016-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 5hooA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5hooA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hooA03
2KIFA 2H09A 4ESBA 1T38A 1FOKA 2K02A 1KA8A 3MZHA 1BOAA 3I58A 2LF8A 2HS5A 1Y0UA 5E20A 5K1YA 4M9XA 5D6FA 1XD7A 1XMAA 1TQPA 1IN5A 2BEOA 3I0TA 4ASNA 5HS7A 3WTXC 3RKXA 1BIBA 4TV7A 2M1BA 3GFLA 1BC8C 4I02A 4G6QA 2EA4A 1LNWA 2M30A 3GUDA 3WTYC 2Q2EA 3F22A 2NS0A 3B02A 4L9TA 2PJPA 5AONA 4KT5C 1WWXA 2XAHA 4U0VA 4RGSA 2V9VA 3BROA 3Q9SA 2D2WA 2P5VA 3MQ0A 5FLXK 4KDPA 1LDDA 1EV7A 1KQ8A 3BJAA 2COMA 5FFZA 3LA7A 1D3YA 3QPTA 3LAJA 4GGGA 5HLIA 1FWZA 2ETHA 5ICFA 1ZH5A 2K86A 3J81K 1QBJA 2VC0A 1FLIA 2IVMA 2EB7A 4JQFA 4LMYA 1I1GA 5DV5A 3E6CC 1X3UA 4G9YA 4ZH4F 1J75A 2A6HF 2YPRA 5H20A 1FYKA 1T2KA 2RDPA 3Q5FA 3LA2A 3ABUA 5BMZA 3FMSA 5AIQA 2XHKA 3P9KA 2STWA 2XGXA 3GWZA 1FZPB 5ERIA 4KNYA 2FBIA 4CZZA 4E70A 1KYZA 3EYIA 4G6DA 4A0XA 1HW5A 3MFKA 2FRHA 1S3JA 2GXGA 4P96A 3V7RA 1EH8A 3TO7A 3IRRA 4M74A 1R1TA 1DDNA 2OU2A 3BP8A 2DW4A 1HW1A 3M8EA 3KP7A 5HDGA 4I0AA 3ML6A 2DO7A 5D5UB 4F7ZA 2OZUA 3BWGA 4IRIA 2J5PA 5AIPA 3TO6A 1R58A 5FO5A 5K5RA 2KKOA 4EM1A 2ZO4A 5DDGA 4CXFA 1ZGJA 1TQMA 3T8RA 1SD6A 3ABTA 3WTUC 2JRTA 1HKTA 4YIFA 4MQVA 1DP7P 2W84A 4WX9A 3V4GA 4L5IA 4O3MA 4ZYDA 2ZMEB 2XIGA 2O6GE 3VB2A 1U2WA 3V7CA 1GXQA 2F5DA 6PAXA 2M87A 2A61A 3TQNA 2PFBA 4LLNA 1DPUA 4IPAA 4DQ2A 3E3VA 3DFGA 1B6AA 1YIOA 5CVVA 5HDNA 2FSWA 4L9NA 2IPQX 3RDIA 4U88A 5DCMB 3HTSB 3TOBA 5HLHA 1BI1A 2ZXJA 4R79A 1ZAOA 3BZ6A 1JHHA 1IN7A 5EEHA 2MA3A 4L18B 5HVQC 1BJAA 2Z99A 2UXNA 1W5TA 2AS5F 3QU3A 5ILVA 3KP5A 4AIHA 2QVOA 3CUQB 3V8KA 4LD5A 4H0EA 5JI6A 5DUKA 2F5FA 2CYYA 3QP5A 4XRFA 3HHHA 4EQQA 5JFRA 4LFUA 2FNAA 3J7AO 1YLFA 3JW4A 5ED4A 3GLXA 2R7DA 4LK1F 2PQ8A 5E1XA 2IJLA 2QQBA 1CF7A 1G3SA 4EVIA 1YS6A 4IRGA 2ZKZA 2VOOA 1Z6RA 4FX0A 3BJ6A 1O3TA 1VTNC 3KCCA 4KICA 1FP2A 2P8TA 4I0BA 4UVAA 4JBAA 3K0LA 1T39A 4LB6B 1JGSA 2HTSA 2YSRA 3AAFA 1HKSA 1ZRFA 3L7WA 2JZYA 4A5NA 2CWEA 3SHFA 4U0YA 2P7CB 4ESJA 1XN7A 1IN4A 4R1HA 4L5JA 1G4DA 3I59A 3PFIA 3HSFA 4EMSA 1QNTA 3K2ZA 4PCQA 1IN6A 2B0LA 4GYGA 1XSDA 1I5ZA 5ICCA 3L9FA 4KA4A 3BDDA 4HA8A 2OQRA 4MGRA 2GZWA 3J80Z 3QPHA 2HYFA 3CLOA 1KQ9A 1Z91A 4LLLA 5A2QK 1W7PB 1W4MA 3GW2A 1EH6A 2UZKA 1KU3A 2BV6A 3WTVC 2G7UA 4G7OF 1F9NA 1J5YA 3FWEA 4EM2A 1Z6TA 2L4MA 1FBUA 1LDKB 4QLCU 4IHTA 1I6XA 2FNPA 4ON0A 1SD5A 4CGZA 2VOPA 1MDMA 1W5SA 1YW7A 1HQCA 4U7DA 3R61A 3SQNA 2X0LA 2WWYA 4MEYF 4OINF 3KLNA 3HIFA 1H0MA 2DAOA 1LVAA 3F6OA 4ZYHA 2QYOA 5L3GA 2IT0A 2RN7A 2BGCA 4ENJA 4HF1A 2BBYA 2HTJA 2GQQA 2D1VA 2HQRA 1RIOH 3EQLF 2D1HA 2X4HA 4Y17A 2YX4A 3MWMA 1FSHA 1TW2A 5DCFA 1LJ9A 5K5OA 5D6EA 3F2KA 1J59A 4O5VA 4HZFA 1IRGA 1OYWA 1TBXA 1R5HA 2VT3A 4O6JA 5LEJA 2DQLA 2PG4A 1QGPA 2M8EA 1XGNA 2GWRA 1ULYA 3GZ6A 1QO0D 2HFHA 3IKTA 2ACJA 5J8CA 3BJOA 4FT8A 3N97A 4MHGA 3KEQA 5BQTA 4IRHA 1LQ1A 4RB3C 1SMTA 1XCVA 3H3UA 3CO7C 2VONA 3F72A 1S6LA 2V79A 1I1SA 2EFWA 3MZYA 4YFKF 2J5OA 1ZLKA 2IA0A 4Q4ZF 5CR4A 4CDGA 1D5VA 5L3DA 1GVJA 4L9JA 2TDXA 1R1VA 2XAQA 3KFWX 3GYHX 3TKYA 2DK8A 5IT9Z 1O57A 3O3KA 1KGSA 2Q0OA 3DPLC 4XSXF 4D0PA 1USTA 2L3DA 2NYXA 5DD4A 2Q8KA 2P6SA 3KZZA 1CGPA 3GFJA 4EV0A 2FE3A 4ZZDA 4BHCA 4ETSA 3ZMUA 2DLLA 2PMUA 3WE2A 3WU0A 2VXZA 4IVNA 1ON1A 4DNCA 1XDUA 4BH9A 2CW0F 2ZNYA 2R3SA 3JTHA 4BHBA 2P4WA 3BPVA 2FQ3A 3FXUA 2KJCA 2GIVA 4HV5A 2RQPA 1V4RA 2A5YB 2DPDA 3OV8A 4HX8A 2ISZA 4HV6A 1O7FA 3DKWA 2HWVA 2ZFWA 1IRFA 5KK1A 3E6BA 2QWWA 5D5VB 1WI9A 5CVJA 5FGMA 3WTSC 1IXRC 2IA1A 4M6XA 4MDBA 2QZ8A 3F3XA 4WK8F 3JAMZ 4WXHA 3KETA 5LHGA 4KIBA 1DPRA 1FP1D 4LG0B 3MEXA 1YFHA 3IRQA 4IXAA 4WF2A 3I64A 2A3SA 3F21A 3DQVC 2HKXA 1H9GA 2CQKA 3WTWC 1R7JA 1D8JA 5DD8A 2E7WA 3WGGA 4HLXA 4KIFA 1U78A 1ZARA 1K79A 1UFMA 5DCMA 4YG2F 1K7AA 1B9NA 4EGZA 3JSOA 4KN4X 2ELHA 3ERED 4EJVA 2VC1A 3HHGA 3C1DA 2FEZA 3GEZA 4MEXF 3CTAA 5E17F 4WCGA 4EGYA 1P2FA 5D5WB 4ZZLA 3QRFF 2F7TA 2K7LA 5CYVA 1R22A 5LRSA 3MCZA 2A69F 4G8XA 2EV5A 3K1MA 4ENMA 1ODDA 4UV8A 1FC3A 5HS8A 5D5XB 1BI3A 3LAPA 3IL2A 1XGMA 3T5XA 3F8NA 1OYIA 2Y0MA 3I4PA 3KP2A 1G6NA 2FA5A 3S2WA 1YG2A 2W24A 2VN2A 4AWXB 4EJWA 3VOEA 3I5UA 2XAJA 2DK5A 3SFZA 3SXYA 2WV0A 1ZREA 3FXQA 4JK1X 4RB0A 4IF4A 3H3ZA 3ZMSA 3KE2A 4EJTA 2RC4A 4RGUA 3ZMDA 3GX4X 3IC7A 2VBWA 5HOOA 4HW0A 5BOXA 1OR7A 2Z5UA 2JPBA 4WXCA 3H92A 3QOPA 4N9IA 1ZG5A 3VFZA 4ZYGA 3JSPA 3FMRA 2FF4A 2EJRA 1R1UA 4P5OA 1BC7C 2NNYA 4Q5SF 1BBYA 1YW8A 2D45A 2YR2A 3BY6A 5L3FA 1ZRCA 3GFMA 2QBYB 4N0BA 3TOAA 4G7ZF 3P7NA 2RNJA 4B09A 5E18F 3KP6A 3CUOA 5E8GA 4L0ZB 1IW7F 3QAHA 2G7HA 1O7LA 4UXNA 1U5TB 3E97A 4HQMA 4ENNA 1W7PA 4Z2YA 4RB2C 3W6JB 1B1BA 4LJZF 3M1EA 5FLXZ 3E5UA 1P4WA 3FF5A 4GO1A 4NB5A 3FZVA 4HBLA 4KIGA 4L9VA 2KIUA 5DYMA 1RZ4A 5CVUA 4P9UA 1FBQA 5H6QA 2FU4A 4HQEA 3J81Z 3HOTA 4MTDA 3ZN1A 2G9WA 4P9FA 3WGIA 2RKHA 4PDKA 1LB2A 4BHPA 4HX7A 4RS8A 4HDUA 3R4KA 4OIRF 1QQIA 1SFUA 2ESHA 4FHTA 4R8HA 4HX4A 2DT5A 2DPUA 2RV8A 3Q9VA 1HSJA 2QUFA 2H27A 3E5QA 1I27A 2MD5A 1RI7A 5DEQA 2CGPA 2K27A 1QZYA 2IP2A 4S05A 1QZZA 3GVAA 1QPMA 3W6KB 4KMFA 1RNLA 1SMYF 2R7FA 1OKRA 1RUNA 1JE8A 1WRJA 1BI0A 2CG4A 1HW2A 1Z05A 5L3EA 2JTVA 3O2PE 4MNUA 4RB1A 2EV0A 1WQ2A 1BI2A 1REPC 3RYPA 5CJ9A 3WTZA 5CLSA 1IZ1A 2DTRA 2NAZA 5K5QA 3ULQB 2ISYA 1BN5A 3KLOA 3GFIA 1W7PD 3I54A 1TNSA 4GXOA 2QENA 2HZTA 3SZPA 4LB5A 3TO9A 1HSTA 3HUGA 2DQRA 5LGNA 1UHMA 4Q48A 3ZMVA 5TJJA 2QLZA 4UUVA 3D0SA 1SD7A 1JXSA 5D4RA 4EJUA 4A5MA 4CYDA 1SD4A 4KFCA 2W57A 4HAMA 5L3BA 2EFQA 4HLYA 2CO5A 4HYEA 3COAC 3DXJF 3K69A 4EJOA 1RUOA 4BYYA 3U1DA 3K9JA 2VBXA 1R23A 2OD5A 3CJNA 4UNOA 2JPCA 5JR3A 2KIMA 5TRDA 1KYWA 3V8LA 2GXBA 5LHHA 2A07F 1FX7A 4AVPA 3IKVA 4YFNF 4KMUX 1O3QA 4OIOF 3LA3A 4KN7X 3ROUA 1KU2A 4XLNF 3G73A 1LEBA 1O3RA 5BPIA 4GCVA 3F23A 4A6DA 4HDVA 1J7KA 4RGXA 2LF7A 4IJAA 2A68F 5E8IA 2XRNA 2IRFG 4LLGF 2W25A 1CF7B 1FPQA 2GAUA 3PQKA 1FSEA 5JVTA 4OMYA 2ZNZA 4EM0B 2EFNA 1T98A 1B4AA 1E2XA 3MAJA 2VE9A 2XROA 1AOYA 5E1WA 4ZYEA 3DPTA 3GXOA 1SAXA 3R6SA 3R0JA 2YX7A 1SFXA 4LG0A 1T6SA 2L4AA 3NQOA 3R60A 1LEAA 2H94A 2NNNA 2GA2A 2VT2A 5CVIA 4A0ZA 3NRVA 3DF8A 1T0FA 1B9MA 3ECHA 3I59B 2HEOA 2STTA 1J9IA 3TGNA 5HLGA 5LGTA 3V8JA 1P4XA 3CDHA 1K78B 1L0OC 1S8NA 3F8CA 1XSVA 4GYIA 4A0YA 3SZTA 2FMLA 4KYWA 1XGOA 4XLPF 3F6VA 3WGHA 1Z1DA 3DEUA 2MH9A 4AIJA 2L54A 3HRSA 4A2UA 2Z3YA 1ZYRF 4UVBA 4BXUA 1S7OA 1FNNA 1BIAA 2M45A 3ISPA 3VODA 1MDMB 4FX4A 1HXDA 2WC2A 2XAGA 3K9TA 1P4AA 1TQIA 3RTRA 2W85A 1MJ9A 1MD0A 2OQGA 1ON2A 3LWFA 3N4MA 2JT1A 5A2QZ 4I2OA 2OAZA 3EYYA 2QQAA 3ZQ7A 2EK5A 1KU7A 3M9AA 3M8FA 3D5LA 2LSOA 2VBZA 4NHJA 2K4JA 1MZBA 1G3TA 2FMYA 2MLGA 3HSRA 3P9CA 2C6YA 3ZMTA 1AWCA 4CO8A 5F6FA 1UCRA 2P7VB 1YTYA 2PBIA 5H6RA 4LK0F 2IA2A 3K1PA 5LGUA 5EEGA 2FBHA 5FD5A 2L02A 2ZMEA 3EETA 3HRUA 2QQ9A 3ZN0A 4AIKA 5FD6A 4G94A 2EV6A 3HOSA 4KUMA 1B59A 2LKPA 1GHCA 2QBYA 1STZA 2ADUA 1G3WA 3C3WA 1U8RA 4OU0A 3VEPA 4PGHA 4I09A 2Y48A 4HF2A 2VBYA 2ZJ2A 3B73A 1U5TA 2O03A 1EH7A 2UWMA 1SFEA 5E1ZB 3DV8A 1TLHB 1XB4A 2AXLA 3O6BB 2HDCA 4PZJA 2ZBKA 2LNBA 5DUIA 1C0WA 3RYRA 2WTEA 4CICA 2DU9A 3ZPLA 3BPXA 4XSZF 3IWZA 2P5KA 4MTEA 4HOBA 4AD9A 3FM5A 1ZGAA 3CUQA 1KU9A 2O3FA 1K6OA 3T1BA 3KEOA 1MJAA 3QU6A 2F5EA 2CSOA 3GF2A 2L01A 1P6RA 1YS7A 2PI0A 1PUEE 3REOA 2K4BA 2FOKA 1IN8A 2DI3A 4M71A 2E1CA 5D8KB 1LDJA 3I71A 4RAYA 2Z33A 3FHZA 1MKMA 2HR3A 2V1XA 4M6YA 3JTGA 5D4SA 2CFXA 2VE8A 5J6XA 3WTTC 2PMHA 2MBFA 3KP4A 1F1ZA 3GZ5A 5F64A 4G7HF 2ZCWA 3J80K 3RKWA 3DP7A 2XKOA 1YO5C 2EFPA 5ILUA 1DUXC 2FBKA 4UHTA 5IT3A 1UB9A 1MGTA 5BS6A 2RVCA 1R5GA 3RPUA 1Z7UA 1XMKA 4UVCA 4Y13A 1USSA 3QP6A 3TDUC 1A04A 2KJBA 3F8FA 3KP3A 1IXSB 3WE3A 3ZMZA 1OYYA 1IF1A 1HKQA 3RKYA 4L0YB 5ICEA 2JSCA 5L3CA 2HQNA 1TNTA 2F2EA 3BOQA 3L00A 3RPQA 2Y75A 3U9GA 3L2CA 1FYLA 2ESNA 1WSUA 3G3ZA 4CHUA 4RAZA 1ZG3A 2OA4A 3T8TA 5LRRA 4WXDA 1FBSA 2HOEA 2PN6A 5BPDA 3OOPA 2H6CA 1F4KA 4U7BA 1F5TA 1ZRDA 2GA1A 3FMQA 2BYVE 5CVRA 2OZ6A 4S04A 2E7XA 5JHUA 3T0YA 3HTUA 3K1NA 1PP8F 1R00A 3U2RA 1IAWA 2LDUA 1OMIA 2V1UA 1ZN2A 3EDPA 3E5XA 4BQAA 4OIPF 2PLYA 2O0YA 1ZG1A 1U5TC 3GO5A 5ICGA 4QWQA 2M5WA 1BM9A 1HBXG 2O61A 2FXAA 3RIRA 3HRMA 1WKMA 1OPCA 4MQ9F 3F8BA 2NRAC 3KZYA 2XKPA 5LEKA 4U0WA 3HYIA 4UV9A 1GXPA 2YU3A 3HSEA 1O3SA 3CUQC 5IT9K 3C7JA 1MJBA 3IHUA 2MLKA 1KQ0A 1J0RA 3PQJA 1Z9CA 5FB2A 3I53A 4MDAA 1YW9A 4A12A 3E6MA 1S29A 5LHIA 4PGGA 3RJPA 4N9HA 2V1DA 2Z9OA 2UXXA 1J2XA 5LBQA 1PDNC 2QM3A 1XGSA 3ZP5A 1K78A 1FYMA 3E6DA 3NEUA 4OOIA 2DBBA 4YIIA 1YYVA 1ZHFA 3WODF 4A6EA 1U6GA 1G3YA 3LQRA 1V3FA 1H9TA 3FXRA 3V7SA 1R36A 3RI4A 3F8MA 5FFXA 2HYGD 4M9ZA 2P6TA 1XDSA 2V6CA 1U3EM 4K2EA 2OBPA 3ELKA 1Q1HA 1E17A 2VODA 3IWFA 1D8KA 2EFOA 4M72A 2P5LC 2IW5A 4RGRA 3JAMK 3CO6C 4P55A 4Y15A 2HGCA 2XAFA 1XCBA 2F5CA 1NHAA 2E1NA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KIF A;  5B1A H;  1T08 B;  4DU3 A;  2OTL I;  5FKM A;  1QRY A;  3SUN A;  2LF8 A;  4GVM A;  1RBT A;  1BCM A;  4FJ7 A;  1E3H A;  2RE2 A;  4O8K A;  4IWV A;  1XMA A;  2BEO A;  1ZR2 A;  1WAF A;  4BBR J;  3DYA A;  3ASO H;  3RQ4 A;  5IWA K;  1D9F A;  5IYC J;  3DKX A;  3ISN C;  1BIB A;  4CES A;  5GPC A;  3GFL A;  4GNI A;  4N41 A;  5AQV A;  4Z4F A;  3CQ8 A;  4B1R A;  4HWI A;  2M30 A;  1NM1 A;  3LSH A;  4DBQ A;  1Y1V J;  5M5Y J;  3VGM A;  3T7Z A;  2PJP A;  1WWX A;  1TZL A;  5GAH J;  2DMQ A;  4JN4 A;  5FLX K;  2YNF A;  1KRP A;  2E1M C;  2COM A;  3HOW J;  1T03 A;  2D0O A;  3F9M A;  4FWK A;  5ICF A;  1K8A O;  3K5N A;  3ITH A;  2NRZ A;  2CQ7 A;  3FXL A;  1R59 O;  3HOV J;  4IQJ A;  3H5A A;  1I1G A;  4GKJ K;  2KL4 A;  3E6C C;  1TGO A;  4ZH4 F;  1J75 A;  1NKE A;  2A6H F;  2NVY J;  4M41 A;  2YPR A;  2W42 A;  2LK2 A;  4FW2 A;  4CJ3 A;  3QOE A;  1VQ8 N;  4FOE A;  2XRL A;  1VQL I;  1FYK A;  3EE8 A;  5ELZ A;  4KIS A;  2RDP A;  3DM2 A;  2F6C A;  3NE6 A;  1C0G A;  2QWQ A;  4CVN E;  5BMZ A;  2QWL A;  3FMS A;  4AM6 A; 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