5HOOA

Crystal structure of the mos1 strand transfer complex
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
343
structure length
335
Chain Sequence
SFVPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A bend, flip and trap mechanism for transposon integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mariner Mos1 transposase
molecule tags Dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 94
structure length 335
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2016-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 5hooA02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5hooA01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hooA03
1FBQA 1RUNA 4EMSA 3EDPA 4FX4A 5IT9Z 3GFLA 4KIBA 4XBFA 1GXQA 4PZJA 1I1SA 5AIQA 3N4MA 3ZMDA 2VBZA 1Y0UA 4RB3C 4I09A 4LLLA 3DPTA 3L09A 1W5SA 4A6EA 1KU7A 1W4MA 3CUOA 1CF7A 2A69F 3ZN0A 2DTRA 2L4AA 5E17F 2UXXA 6PAXA 1K7AA 4R8HA 1ZG3A 3M8EA 4PGGA 3F22A 4ENJA 1IW7F 4CYDA 2DT5A 3TO7A 4O5VA 2MBFA 1P6RA 4HF1A 1QO0D 4MTEA 4ESBA 2V6CA 4HF0A 1PUEE 2ZMEB 2K02A 3IRRA 5LHGA 1BI1A 4A5NA 2CFXA 2QQAA 2R3SA 3KLOA 1SD7A 2G7UA 2F5DA 2IP2A 2HTSA 4L5IA 4CZZA 1F5TA 1MZBA 1LEBA 3WTVC 1XSVA 3G3ZA 3RKXA 3PQKA 1F1ZA 3RDIA 3SXYA 3ZMTA 3QRFF 4N9IA 3WODF 2WWYA 2M30A 4K2EA 1J5YA 1LEAA 3ECHA 2IA1A 3EUHA 5HDNA 1H9GA 1Z9CA 4AIKA 1ZLKA 5HS8A 2DO7A 3KCCA 1FYLA 3TO9A 1FYMA 3ZMSA 4O3MA 1P4XA 2K27A 3HRUA 4P9UA 2VONA 1ZREA 1T6SA 4ZYGA 2QBYA 3IC7A 1TW2A 1LJ9A 2UZKA 1A04A 5LBQA 5ILSA 4KN7X 4U0WA 4KUMA 4KT5C 1TBXA 4KA4A 3RI4A 1LDJA 3V4GA 3ZMUA 3ABUA 5FLXZ 2FEZA 3RTRA 3EYIA 2VT3A 5BOXA 3TOAA 4U7BA 2PG4A 1W7PB 4L9TA 3GX4X 4G7HF 2XV4S 3FF5A 4R79A 4M9ZA 3VEPA 3O3KA 2XUBA 4XSXF 1G6NA 1XB4A 4WCGA 5A2QK 5K1YA 3ULQB 3K0LA 5TRDA 5D5WB 2PEXA 3J81K 3KE2A 2XIGA 1FBUA 4LB5A 4A2UA 1KYWA 1R5GA 5J8FA 4H0EA 4YFNF 3C3WA 5D5XB 2YU3A 4Y13A 3ZQ7A 5F1RA 2O3FA 3FMSA 2E1CA 2PQ8A 3O6BB 2H6BA 1V4RA 3BOQA 3I5UA 4M72A 2K7LA 4I7HA 4NQWA 3TQNA 1ZLJA 2RV8A 4LJZF 1R1TA 2W84A 2EFNA 2QWWA 2RN7A 2LDUA 2M87A 3EQLF 2ACJA 2O6GE 4LK0F 3GF2A 1BC7C 1S8NA 1H9TA 4ZZDA 2FSWA 5H20A 4ESFA 5ILUA 5JHUA 3H3UA 1EV7A 2L01A 2Q8KA 4M6XA 4HQEA 1HSJA 4M9SA 1BM9A 2EV6A 1YQAA 3ECOA 3CO6C 4OMYA 2JRTA 5FFXA 1GVJA 2CWEA 1RI7A 4OIRF 2QLZA 3KLNA 1T38A 1HQCA 4AIJA 1J2XA 4CGZA 4Q5SF 3MWMA 1FP1D 1K6OA 5EEHA 4D0PA 3JAMK 1RNLA 5ICGA 1B59A 2JPCA 3DQVC 4A12A 1ZH5A 2QYOA 3FWEA 1SD5A 2VE9A 1R00A 1ULYA 3D5LA 4G8XA 3TO6A 4LD5A 4RGSA 2D45A 1FC3A 1G3SA 1SFXA 1ON2A 1XDSA 1RUOA 3ML6A 1REPC 4BYYA 4KMFA 1S6LA 1FYKA 2RKHA 2DPDA 1U3EM 2DU9A 1QQIA 3BJ6A 3E6BA 2Z33A 1XCBA 2XAJA 2OBPA 1HW1A 2XVCA 2M5WA 2VBWA 2EB7A 3WE3A 3BP8A 2DQLA 2RNJA 4CO8A 1S3JA 3U2RA 2EWNA 4HV6A 1YW7A 2H6CA 1USTA 1S7OA 3BDDA 3DPLC 1PDNC 2HYFA 2MLGA 2VBYA 2ZO4A 3SHFA 4N9HA 2W57A 3KZYA 2EK5A 3FXQA 2LSOA 4YFKF 2F5CA 1LDDA 5JFRA 4TV7A 5H6QA 3P7NA 1L0OC 4MEXF 1WWXA 4HX7A 1TW3A 3GFIA 1HW2A 2GAUA 1B9MA 3RKWA 3JTGA 4QLCU 1O7LA 1XD7A 4OOIA 2YPRA 4A0XA 1OR7A 2DW4A 2HFHA 3IRQA 1O7FA 2HOEA 1USSA 4LMYA 3V7SA 3J80Z 4EJTA 2JPBA 4KDPA 1ZYRF 2HS5A 3KEQA 4L0YB 2WC2A 1FOKA 4IPAA 4UV8A 3I0TA 4AVPA 2GZWA 4A5MA 4EGZA 2PMUA 5DUIA 4RGXA 2LKPA 3F72A 1DP7P 2L02A 3K9KA 2FNAA 4ZH4F 4P5OA 2HQNA 2ZKZA 1OKRA 2HDCA 2P6TA 2F2EA 2DQRA 3GEZA 3WTTC 2VOPA 2DFIA 3BPXA 4HDVA 3U1DA 3VOEA 2H27A 3C7JA 1O57A 2Q2EA 2PBIA 4L18B 3HTUA 5ICFA 1SAXA 5BS6A 1D3YA 2GA1A 5LEJA 1G4DA 2XASA 1FX7A 1TQMA 5CVIA 3COAC 4BHPA 2P5VA 3NRVA 1QPMA 1OYWA 4I01A 2W25A 2IA0A 2P6SA 3ROUA 4JQFA 3RPUA 2EV5A 1FNNA 2DLLA 3MFKA 2DAOA 3W6KB 4U7DA 4MDBA 5L3GA 3HRMA 3QPTA 4O6JA 2GXBA 3CUQC 4YIIA 1SD6A 3K9TA 3F8FA 3S2WA 1WQ2A 5LEKA 4WF2A 1MGTA 1QZYA 3K2ZA 3GLXA 2OD5A 3E5XA 1YIOA 4XLNF 3HSFA 1K78B 1XN7A 4XSZF 4WXHA 5LHHA 3CUQB 5DCMA 3ZN1A 4KIFA 4QWQA 2GQQA 4MQ9F 3WTSC 3I59A 3QU3A 4Y15A 4BNCA 3CO7C 1U5TC 1U2WA 3I4PA 4HOBA 3M7GA 1ZRFA 4G6QA 2A07F 2G9WA 4L9VA 4IF4A 1IUYA 1S29A 4HX8A 1L3LA 5E8GA 4UVBA 2KKOA 3F8MA 2ZJ2A 1WRJA 4AIHA 1KQ9A 1U5TB 4MHGA 2R7DA 4HW0A 1EH6A 2HTJA 3I53A 2EA2A 1Z91A 5D5UB 4BAYA 4A0ZA 1ZHFA 4CHUA 1J59A 2CSOA 1LQ1A 3K1NA 1KYZA 1P4WA 3F6VA 3FMQA 5DDGA 2KJBA 3T8TA 3RIRA 2V79A 2CYYA 3BZ6A 1HSTA 3M9AA 2A6EF 3DP7A 1IZ1A 3FX3A 2YX4A 4M74A 2Y75A 2FMYA 1ZRCA 5DD8A 1YS6A 2ZNYA 2AS5F 2NYXA 4RAYA 4JK1X 2GIVA 2ZFWA 1XGOA 2OQRA 5HLIA 3ERED 5E18F 2JZYA 1EH7A 2EJRA 4CDGA 2OZ6A 3R61A 1VTNC 3L2CA 3V7CA 5LGUA 1KQ0A 3E5UA 1KGSA 2EFOA 1S7AA 3IKTA 1ZRDA 1BIAA 3NQOA 3QP6A 1XGMA 4IJAA 5ICEA 3GWZA 2G7HA 3QP5A 4EVIA 4P55A 3KP2A 1W5TA 2NNYA 2EFWA 3E6MA 4EJWA 1YFHA 4LG0B 3Q9VA 4RAZA 2EFQA 3HIFA 1D8KA 2LF7A 2V9VA 1XSDA 3MZYA 5E1ZB 3E3VA 3WU0A 1I1GA 1YW8A 2RGVA 5JVTA 4ENMA 2VE8A 3QOPA 4IRGA 3GO5A 2D1HA 3F8BA 5KK1A 3F8NA 2E1NA 2L54A 5L3BA 4L5JA 1UHWA 3FXRA 3LAPA 2UXNA 1ZARA 3R0JA 4IXAA 5D6FA 4AWXB 3C1DA 1YYVA 4HLYA 2STWA 4A6DA 4I0BA 1XDUA 3HSEA 2XHKA 4F7ZA 1KU2A 3QU6A 1WKMA 2CGPA 5D6EA 1FZPB 1R1VA 1Z6TA 3WTZA 5ILVA 2GWRA 3T0YA 4ETSA 2D1VA 1U6GA 2QENA 2WTEA 3P9KA 2JSCA 2CO5A 1SMYF 1MDMA 2C6YA 2NRAC 4IHSA 1UCRA 4ASNA 1J0RA 3R60A 1H0MA 5L3EA 2BEOA 3BJAA 1B4AA 1C0WA 1XSXA 4R1HA 5EEGA 5J6XA 3GUDA 3JSPA 1O3TA 2P5LC 5DCFA 2XROA 5DEQA 5DYMA 4HBLA 3K1MA 5A2QZ 3HSRA 2E7WA 2MC3A 2Z3YA 3J81Z 4HYEA 1B6AA 2VXZA 1QZZA 1ZG5A 1U8RA 2PFBA 4G7OF 1P92A 4UVAA 3BJOA 3F6OA 3GFJA 4MDAA 4ENNA 1T39A 3KP6A 4ESJA 1AWCA 1BOAA 4HA8A 2P4WA 1K78A 3KP4A 1XMAA 2HEOA 3WE2A 2STTA 3SZTA 1UFMA 4KMUX 1I5ZA 1Z7UA 2RC4A 2IW5A 4L9JA 5L3FA 2IRFG 4G9YA 1MKMA 2R7FA 1J7KA 5LLQA 1CF7B 4WK8F 1RIOH 1R5HA 2FQ3A 4PDKA 3RPQA 3BROA 4HDUA 2MLKA 3WTYC 2XRNA 3CLOA 2ZMEA 3MCZA 2ADUA 3ZPLA 3VODA 3TDUC 5D5VB 3BWGA 1ODDA 1ZGJA 4LLGF 4Q48A 1J75A 1V3FA 3KEOA 1FSEA 2NS0A 2IA2A 4BHBA 2BE5F 3EYYA 4I2OA 1BI0A 2DK5A 3GZ6A 1SFEA 3F21A 4RGRA 3U9GA 4PGHA 3T8RA 3CJNA 1MJ9A 3JAMZ 3RJPA 1FSHA 2FBKA 1YLFA 1MJAA 3IL2A 1FPQA 1R36A 2FNPA 1P2FA 1HKQA 5DUKA 2HKOA 2M45A 2DPUA 5AONA 1JXSA 3B02A 3WTUC 3MQ0A 1TNSA 5K5QA 1R22A 4LFUA 2Y48A 3GW2A 4HAMA 4MTDA 4GYIA 2BGCA 4UHTA 2QBYB 1HXDA 1D8JA 1TQPA 1T98A 3C18A 3TKYA 1IF1A 4HLXA 1LDKB 1BI3A 4L0ZB 3DFGA 4G6DA 3DF8A 2OU2A 2FF4A 3Q9SA 5FD6A 3F3XA 1Q1HA 1IN8A 3IWZA 5FFZA 3ZP5A 1W7PA 4OIQF 3WGHA 4BHCA 2M1BA 3O2PE 2M8EA 4M6YA 2H09A 3P9IA 5LRRA 3V7RA 4WX9A 3K9JA 4B8XA 4RB2C 4U0YA 1FWZA 1B9NA 2EV0A 5CLSA 2TDXA 2COMA 1PP7U 4EM0B 2MH9A 2NNNA 5F64A 3KETA 2XAQA 5CVUA 4WWCA 1XGNA 2W24A 5BQTA 2O03A 5FGMA 2K4BA 2OA4A 4HF2A 1STZA 3QAHA 1YS7A 2WV0A 3W6JB 5IT9K 1YW9A 4OMZA 4UV9A 4RB1A 2J5PA 2JT1A 2A6HF 5JR3A 1ZAOA 1P4AA 2LF8A 1TLHB 3TGNA 3LA2A 3WU1B 1LB2A 4EM1A 3E6DA 3GXOA 1K79A 2QVOA 3WTXC 2HZTA 1BBYA 3F23A 3DV8A 4M73A 5HLGA 5HDKA 3HTSB 4KIGA 3GFMA 3MEXA 3RKYA 3V8JA 2K4JA 3OV8A 4EV0A 4Q47A 1O3SA 2A68F 1G3WA 4YFXF 3KFWX 4GYGA 2CG4A 2KRFA 3KP7A 3M8FA 1G3YA 3ISPA 3WTWC 3HHHA 2Y0MA 3CDHA 2RQPA 3ELKA 3LFKA 1FY7A 5LRSA 5CVRA 5BMZA 2BBYA 4EJVA 1BI2A 3IKVA 1MD0A 1YO5C 2VN2A 1TNTA 2QQBA 1SMTA 2X0LA 4OIPF 4Q4ZF 5FD5A 5FO5A 2FMLA 4EM2A 4MQVA 1WI9A 1XCVA 1IXCA 3MAJA 2BV6A 5E8IA 3DKWA 4FT8A 2ISZA 3J7AO 2VC0A 2FA5A 2EA4A 1E2XA 4OIOF 3FMRA 2VBXA 5FB2A 1FP2A 3HYIA 3PQJA 3F8CA 4CXFA 3HHGA 4HQMA 4NHJA 1QNTA 1OMIA 2FU4A 3I71A 3V8LA 3CTAA 4AD9A 2IJLA 3F2KA 2QM3A 4LK1F 5D4SA 2CW0F 5CVVA 4I98B 3B73A 2FXAA 2BYVE 1OPCA 1LVAA 5F6FA 5FLXK 4CICA 1KU3A 2FOKA 4RS8A 4I0AA 2IPQX 4NB5A 1I27A 3LQRA 3RYPA 3KP3A 1HKSA 1KQ8A 3WGIA 3M1EA 3E97A 4JBAA 2P7CB 1NHAA 2V1DA 3LA7A 1DPUA 3SZPA 1RZ4A 4HZFA 1XGSA 2F7TA 4KNYA 2OZUA 4L9NA 3E6CC 5CYVA 5KVRA 4S04A 3Q5FA 2OQGA 2P7VB 2EFPA 1HKTA 3L9FA 3AAFA 3H92A 4GGGA 1ON1A 3SFZA 1Z05A 4LLNA 4ON0A 1OYIA 1IRGA 2LNBA 3FHZA 3TOBA 1TTYA 1IXRC 2YX7A 1O3RA 5HDGA 1ZGAA 2ZNZA 1R1UA 1W7PD 4BH9A 4Y17A 3R4KA 2YR2A 5K5RA 5BPDA 2Q0OA 4DNCA 3ZMZA 2KJCA 2J5OA 3T5XA 1IXSB 3DEUA 5AIPA 3HUGA 3GVAA 1F4KA 4B09A 2A61A 5IT3A 1BN5A 2MH2A 3BPVA 4BQAA 2V1UA 1R7JA 3LAJA 2QQ9A 3PFIA 1HBXG 1I6XA 3IWFA 2XKOA 1MJBA 2P5KA 3QPHA 2HGCA 3VFZA 2HKXA 3R6SA 3GZ5A 4XLPF 4XRFA 2PJPA 1GHCA 3WGGA 2MD5A 1HW5A 4EGYA 4ZZLA 2P8TA 1FT9A 2OAZA 3G73A 3RYRA 2FBIA 2Z99A 3P9CA 4KYWA 2K86A 1R58A 2XAHA 3HRSA 1IN4A 2KIMA 3LQQA 2AXLA 3LSTA 5HS9A 5LGTA 4GCVA 4PCQA 1SFUA 4GO1A 2GXGA 4KFCA 2XAFA 1IRFA 5TJJA 3K69A 1DUXC 4ZYDA 2JTVA 4IRIA 3MZHA 2IVMA 2YSRA 3CUQA 3JSOA 4ZYEA 2L4MA 4KN4X 1BIBA 1SD4A 2DI3A 1IN6A 2H94A 5DCMB 1YTYA 4OINF 3I59B 4HX4A 3I58A 1T0FA 2XAGA 4EJOA 4RGUA 1GXPA 5DV5A 2IT0A 3V8KA 2ELHA 2MA3A 4MEYF 1DPRA 5ICCA 3BY6A 1QBJA 4LB6B 2ZXJA 1ZG1A 1IN5A 3H3ZA 3KZZA 4P96A 2PN6A 1JHHA 5DD4A 3SQNA 1OYYA 2DK8A 2ETHA 5BPIA 4UUVA 2UWMA 4EJUA 2ESHA 2FRHA 1U5TA 1WSUA 4RB0A 4Z2YA 3FM3A 4N0BA 3TDZC 3JTHA 4UNOA 2XGXA 3K1PA 4YG2F 5ERIA 4I02A 4ZYHA 1G3TA 1BJAA 3VB2A 2A5YB 4A0YA 3I64A 2B0LA 1AOYA 1PP8F 4BXUA 2ESNA 1UHMA 2HYGD 5LHIA 2RDPA 3NEUA 1KA8A 3REOA 2QUFA 3J80K 3KP5A 2GA2A 3FZVA 4GXOA 4MGRA 1TQIA 4WXDA 1R23A 2NAZA 2O0YA 4KICA 1XMKA 5ED4A 1O3QA 4IVNA 1EH8A 4LGWA 1FLIA 2D2WA 2O8XA 4IRHA 5E20A 5HOOA 5LGNA 2VC1A 4FX0A 1J9IA 2F5FA 2DBBA 3LA3A 2PI0A 3R0AA 2VODA 1D5VA 4P9FA 5D8LB 4EQQA 2QZ8A 4ENKA 2L3DA 4LG0A 1X3UA 4DQ2A 1CGPA 2PLYA 1IN7A 1ONVA 5CVJA 4UXNA 4U0VA 1JE8A 5HS7A 1IAWA 5HLHA 4E70A 3ABTA 2O61A 4OU0A 5L3CA 3GYHX 5L3DA 4IHTA 5JI6A 2HQRA 2FBHA 5D8KB 1Z1DA 4YIFA 2ISYA 4FHTA 3L7WA 5CR4A 2Z9OA 3DXJF 1U78A 4U88A 3EETA 2FE3A 2HR3A 2HWVA 4UVCA 3ZMVA 2V1XA 2X4HA 3I54A 2CQKA 4G7ZF 2KIUA 1UB9A 1JHFA 1Z6RA 2XKPA 1LNWA 3WG9A 3E5QA 2VT2A 5CJ9A 4WXCA 1MDMB 1T2KA 5J8CA 2E7XA 3FXUA 5HVQC 1JGSA 3HOTA 1YG2A 5E1XA 5D4RA 1E17A 1ZN2A 2ZCWA 1F9NA 2F5EA 1QGPA 4M9XA 3T1BA 1KU9A 2A3SA 4M71A 3JW4A 3LWFA 1BC8C 2VOOA 3L00A 3N97A 3HRTA 4G94A 3FM5A 4S05A 3IHUA 4MNUA 2PMHA 3OOPA 2Z5UA 5K5OA 5H6RA 3HOSA 1FBSA 3D0SA 2ZBKA 2RVCA 1DDNA 1B1BA 2KIFA 5E1WA 2W85A 4HV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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