The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
173
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sequence length |
628
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structure length |
616
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Chain Sequence |
QPDPIAADILRKEPEQETFVRLNVPLEVPTSDEVEAYKCLQECLELRKRYVFQETVAPWEKEEPFAHYPQGKSDHCFEMQDGVVHVFANKDAKEDLFPVADATAFFTDLHHVLKVIAAGNIRTLCHRRLVLLEQKFNLHLMLNADKEFLAQKSAPHRDFYNVRKVDTHVHHSACMNQKHLLRFIKSKLRKEPDEVVIFRDGTYLTLREVFESLDLTGYDLNVDLLDVHADKSTFHRFDKFNLKYNPCGQSRLREIFLKQDNLIQGRFLGEITKQVFSDLEASKYQMAEYRISIYGRKMSEWDQLASWIVNNDLYSENVVWLIQLPRLYNIYKDMGIVTSFQNILDNIFIPLFEATVDPDSHPQLHVFLKQVVGFDLVDDESKPERRPTKHMPTPAQWTNAFNPAFSYYVYYCYANLYVLNKLRESKGMTTITLRPHSGEAGDIDHLAATFLTCHSIAHGINLRKSPVLQYLYYLAQIGLAMSPLSNNSLFLDYHRNPFPVFFLRGLNVSLSTDDPLQIHLTKEPLVEEYSIAASVWKLSACDLCEIARNSVYQSGFSHALKSHWIGKDYYKRGPDGNDIHKTNVPHIRVEFRDTIWKEEMQQVYLGKAVISDEVVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Membrane association, mechanism of action, and structure of Arabidopsis embryonic factor 1 (FAC1).
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Arabidopsis thaliana
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molecule keywords |
AMP deaminase
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total genus |
173
|
structure length |
616
|
sequence length |
628
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ec nomenclature |
ec
3.5.4.6: AMP deaminase. |
pdb deposition date | 2005-06-25 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00962 | A_deaminase | Adenosine/AMP deaminase |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | TIM Barrel | Metal-dependent hydrolases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WZ0 E; 2A3L A; 4GY7 A; 3TN3 A; 3MSR A; 3S2L A; 3EWD A; 3MPG A; 4LAM A; 2OOD A; 3FDG A; 4GY1 A; 2QVN A; 3IRS A; 5AKQ A; 2WJF A; 1J6P A; 3FEQ A; 1FWI C; 1HZY A; 3NQB A; 4PE8 A; 2GZX A; 2E1W A; 2HBV A; 2IMR A; 4GYF A; 4LCQ A; 3SO7 A; 1RA0 A; 2VHL A; 3CS2 A; 2KAU C; 1V4Y A; 2WM1 A; 4HK5 A; 4MUP A; 4LCR A; 4V1Y A; 2D2G A; 4UB9 A; 3DUG A; 4L9X A; 3S4T A; 2PLM A; 4CQC A; 4C6P A; 4WHB A; 4DZI A; 1R9X A; 2Z00 A; 4XD6 A; 1GKP A; 4GX9 A; 1P6B A; 3LU2 A; 2HPI A; 1RAK A; 3DC8 A; 4C5Z A; 1PSC A; 2FTY A; 1XWY A; 3GU9 A; 1FWF C; 4J35 A; 4G7E A; 4WGX A; 2I9U A; 4LEF A; 4XD3 A; 2YB1 A; 1FWD C; 1S3T C; 2Z26 A; 4F0S A; 4RDY A; 1FWB C; 1EJR C; 1M65 A; 4NP7 A; 2XIO A; 1M7J A; 3C86 A; 3LSB A; 4BY3 A; 3MDU A; 1NDV A; 1A5O C; 4IQJ A; 1YBQ B; 3BE7 A; 2PUZ A; 2P53 A; 2R1K A; 3S2N A; 4XD5 A; 3T8L A; 1PTA A; 2Q09 A; 4RDV A; 4HK6 A; 2QT3 A; 4DO7 A; 1IE7 C; 1PO9 A; 1A5L C; 1UIO A; 1FWH C; 4KF1 A; 3GTX A; 3QY6 A; 1NDW A; 4BKN A; 1EJX C; 2EG8 A; 2G3F A; 1A5K C; 4J5N A; 3RYS A; 1R9Y A; 4BJH A; 2PAJ A; 3CJP A; 3PAN A; 4GX8 A; 4LAN A; 3F2C A; 3TN4 A; 1UML A; 4ERG A; 3AU2 A; 3NUR A; 1RJQ A; 2YXO A; 4RDZ A; 2Z2B A; 4EP8 C; 3O7U A; 1ADD A; 3TN6 A; 4DZH A; 4QS6 A; 1I0B A; 4IFO A; 3QGK C; 1P1M A; 3UF9 A; 1QXL A; 4M51 A; 3ICJ A; 1EYW A; 1J5S A; 2ICS A; 3WYZ A; 2ANU A; 4QTG A; 3CAK A; 2R1N A; 4IFK B; 5G4H C; 3GUW A; 4LAO A; 3K5X A; 3MTW A; 3IAC A; 4RE0 A; 4LFY A; 1RJR A; 4C6J A; 3WML A; 3HM7 A; 3S2J A; 2P50 A; 2FFI A; 1A4L A; 3PNU A; 3IJ6 A; 1FWG C; 4EPD C; 5HME A; 1O12 A; 3E3H A; 4IFR A; 2DVT A; 2CZV A; 4EPK A; 3E38 A; 4I6K A; 1A4M A; 1XRF A; 3T1G A; 3N2C A; 5LXX A; 1R9Z A; 1O5R A; 3HPA A; 4XD4 A; 2HNH A; 4INF A; 3RN6 A; 2EG6 A; 4C6C A; 3MDW A; 4IGN A; 4R85 A; 4LH8 A; 1EJU C; 1YBQ A; 2Z27 A; 1FWJ C; 3B0X A; 3OJG A; 3URA A; 3OU8 A; 4AC7 C; 4KES A; 4ERI A; 4C6N A; 1RK6 A; 2EG7 A; 4JOM A; 4R88 A; 2R1P A; 3S2M A; 5CH9 A; 4DLF A; 3FDK A; 3LNP A; 1EJS C; 1W1I E; 4GY0 A; 1V7A A; 2ADA A; 2GWG A; 3OQE A; 4KEZ A; 4H01 A; 3G77 A; 2Z29 A; 3QY7 A; 1POJ A; 2OOF A; 3OOD A; 1E9Z B; 3K2G A; 4C6I A; 2QS8 A; 3PAO A; 4AQL A; 4CEU C; 4GC3 A; 2O4Q A; 1VFL A; 3A3W A; 3QGA C; 2AQV A; 2VM8 A; 4PCN A; 4F0L A; 1KRA C; 1FWC C; 1WXZ A; 2DVU A; 1XGE A; 3B0Y A; 3LGG A; 3A3X A; 3MKV A; 2OGJ A; 2I5G A; 5FSD C; 3AUO A; 3F4D A; 3JZE A; 4PCP A; 4ERA A; 1ONW A; 2Z2A A; 4NI8 A; 3GTH A; 4CEX C; 1DPM A; 2DVX A; 1E9Y B; 2AMX A; 3KM8 A; 3E2V A; 1QW7 A; 3T81 A; 4B3Z A; 1XRT A; 4CQB A; 3E0L A; 3UR5 A; 2PGF A; 4HK7 A; 1EJT C; 1FKX A; 2OQL A; 2R1M A; 4Z42 C; 4LAL A; 3ITC A; 1RA5 A; 1KCX A; 4C6D A; 2VC5 A; 3O0F A; 1V77 A; 2FVM A; 3PNZ A; 1I0D A; 4B92 A; 3EWC A; 2HPM A; 4CNT A; 4P5U A; 4IH3 A; 1ITQ A; 1POK A; 3UR2 A; 3AU6 A; 4E3T A; 4XAY A; 4WVX A; 3B40 A; 4H9V A; 2UZ9 A; 3GTI A; 3A4J A; 4D8L A; 4C6K A; 2RAG A; 2VC7 A; 2BGN E; 1K1D A; 3DCP A; 4C60 A; 3R0D A; 2ZC1 A; 2GWN A; 3NEH A; 1UBP C; 4UBP C; 3V7P A; 3GIQ A; 5HMF A; 1ITU A; 4XAG A; 2GOK A; 3GTF A; 3LA4 A; 4ICM A; 4LCS A; 1ONX A; 3UPM A; 3RHG A; 3GU2 A; 2QPX A; 2GSE A; 1GKR A; 3OVG A; 4GBD A; 5E5C A; 1EJV C; 3ISI X; 3GG7 A; 4DYK A; 2HBX A; 3IV8 A; 4DI8 A; 3E74 A; 4H9Z A; 4V1X A; 4H9U A; 1NDZ A; 3TNB A; 3F2B A; 4QRN A; 3TN5 A; 1V51 A; 4XAZ A; 5HMD A; 1YRR A; 4KQN A; 2FTW A; 4DI9 A; 4IG2 B; 1EJW C; 2HQA A; 4C6O A; 3LGD A; 4KEV A; 4B90 A; 1JGM A; 2OB3 A; 3LS9 A; 4KIR A; 4H9M A; 2WJE A; 3F2D A; 3UBP C; 2AQO A; 4PBE A; 3RCM A; 4C6Q A; 1YMY A; 2E25 A; 2VR2 A; 3GRI A; 1EZ2 A; 4H9X A; 4TQT A; 1PB0 A; 3GU1 A; 2Z7G A; 4H00 A; 1FWA C; 4QS5 A; 2R1L A; 3D6N A; 2YZ5 A; 1YNY A; 4GK8 A; 4H9T A; 1K70 A; 1WXY A; 3OOQ A; 1KRB C; 4ZST A; 4I6V A; 4IFK A; 4IGM A; 4OFC A; 3LSC A; 4IF2 A; 2Z24 A; 4CNU A; 4GOA A; 3F4C A; 4YIW A; 3EGJ A; 2BB0 A; 4C6F A; 1KRM A; 3IGH X; 4QSF A; 4RZB A; 1GKQ A; 4B91 A; 3ORW A; 4EPB C; 4DNM A; 3MJM A; 1V79 A; 2Z25 A; 4H9Y A; 1RJP A; 1P6C A; 5FSE C; 2PGR A; 4EPE C; 4CQD A; 3HTW A; 1M68 A; 4GXW A; 1EF2 A; 1YIX A; 2YB4 A; 1KRC C; 3PBM A; 4GZ7 A; 2FVK A; 2Y1H A; 3ID7 A; 3E0F A; 4LAK A; 1FKW A; 4XAF A; 2Q01 A; 1J6O A; 4G7E B; 4RDW A; 3MVT A; 4C6B A; 4C6E A; 4PBF A; 3URB A; 1ZZM A; 3LY0 A; 1UIP A; 2O4M A; 3IAR A; 4HJW A; 4KER A; 3QY8 A; 3MVI A; 3URQ A; 4C5Y A; 4IG2 A; 4ZSU A; 2VUN A; 1RK5 A; 1BF6 A; 2Z28 A; 5A6T C; 1FWE C; 4J2M A; 1A5M C; 2F6K A; 2W9M A; 4KET A; 3URN A; 1K6W A; 4C6L A; 2D2J A; 4R7W A; 4CNS A; 2D2H A; 3K4W A; 3SFW A; 1J79 A; 4NG3 A; 4KEU A; 4DIA A; 2Z4G A; 1NFG A; 1NDY A; 4HA0 A; 3IPW A; 2WJD A; 3GIP A; 4L6D A; 4C6M A; 2UBP C; 4F0R A; 4G2D A; 4C65 A; 4QRO A; 4DLM A; 1A5N C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RHG A; 4IM4 A; 3MSR A; 4M81 A; 2H90 A; 2ALD A; 4JDS A; 3EEZ A; 4DAF A; 4JR5 A; 4GY1 A; 3VGD A; 3HA1 A; 4LNC A; 2GQ3 A; 2QV5 A; 4OZO A; 1Y0E A; 1WAW A; 1KBL A; 5I3H A; 2VHL A; 1QAT A; 1DTN A; 2V6A A; 2ZPI B; 1UBS A; 5C6M A; 2Y62 A; 1TX0 A; 2WXD M; 2P3E A; 4TMB A; 1K8A U; 3MP1 A; 3X26 B; 4IMD A; 4XD6 A; 1E9I A; 1B2Y A; 4I8D A; 3WDQ A; 3OZY A; 2DYB A; 2FTP A; 4PB5 A; 4M78 A; 4PJO D; 3T42 A; 3ITT A; 3WJY A; 3TVA A; 3QQ0 A; 4LVF A; 4LPC A; 2VOM A; 4AYG A; 1TH7 A; 1C7T A; 1G3S A; 3ZLG A; 1U5J A; 2XH7 A; 2D3L A; 2WSF E; 1UUQ A; 4GQ0 A; 3V4B A; 5C7V A; 2CET A; 2WMK A; 1VQP T; 3I56 Q; 4ORM A; 1SRM A; 1TS9 A; 2E4H A; 2BZX A; 4M78 C; 2FLI A; 4PCF A; 2F2W A; 1VQN A; 4X3Z A; 5I06 A; 8ATC B; 4GHR A; 5FU6 B; 5AHN A; 4M0X A; 3A1P A; 2QGG A; 1OHL A; 2I17 A; 3JCM f; 2INF A; 2LLE A; 1ONR A; 1L6G A; 3QR0 A; 1TKK A; 3WF1 A; 3CB8 A; 2A5H A; 2WHK A; 3AU2 A; 5JH1 A; 2HCV A; 2OR2 A; 4RDZ A; 3N12 A; 2VFI A; 3O1N A; 3BL3 A; 3GVG A; 2VL4 A; 3WLN A; 3EA2 A; 1QVF S; 3KEH A; 1W5M A; 3Q45 A; 4Z2G A; 1I2P A; 1M6J A; 2LDM A; 1V3L A; 3UEQ A; 1ZA2 B; 1MDL A; 4LQ1 A; 1P1M A; 1AW5 A; 4GUJ A; 2WLZ A; 5HOS A; 1A0C A; 1TE6 A; 3MT1 A; 4PJN A; 4QXI A; 1NEB A; 4NL2 A; 1RJR A; 1NOU A; 1THF D; 4IP4 A; 1KCL A; 3VO0 A; 4AHO A; 4IMG A; 3WF2 A; 1V02 E; 4I9T A; 4KT0 E; 3M0S A; 1KTC A; 3R43 A; 2XYL A; 5HME A; 2K2V A; 2CIP A; 2PCE A; 2OX1 A; 1R8O B; 4JZ4 A; 1VLI A; 3AJX A; 3E38 A; 4Z2J A; 3ABZ A; 3T2O A; 4AD3 A; 2WLY A; 3O05 A; 5LJ5 g; 3H55 A; 4KH2 A; 3TYB A; 4UQ9 A; 3CCQ T; 4UFJ A; 3L2M A; 4S1F A; 4H8H A; 1DJI A; 1SW3 A; 3N11 A; 4F14 A; 1GEH A; 5I7G A; 2ZX6 A; 3VZY A; 4ORZ A; 2C0A A; 1ISY A; 4O50 A; 3H4X A; 1J2W A; 4DLF A; 3VOH A; 4A54 A; 4GGH A; 3EMZ A; 1QP2 A; 2WSC E; 3OQ5 A; 3EB3 A; 4WQ6 A; 4ENL A; 1JYV A; 1Q7Y U; 3OQE A; 3A21 A; 2F2V A; 1XSJ A; 3G77 A; 3X25 B; 3QY7 A; 2PWF A; 3PZM A; 3NNT A; 3TCS A; 3K4D A; 4AG2 C; 2PMQ A; 1ZQ5 A; 1Q6R A; 4PUE A; 2O4Q A; 1T0J A; 1EB3 A; 1RLP C; 5CPS A; 2X16 A; 3CL6 A; 1GBR A; 1SQ7 A; 2DVU A; 5M2F X; 3AYT A; 3LGG A; 1IEV A; 3CEU A; 2ZX7 A; 1EA0 A; 3W76 A; 1WNO A; 1HGW A; 1MGQ A; 2ZUT A; 2J06 A; 2VDG A; 4PCP A; 1KD1 R; 5AOU A; 3UJR A; 1M3B A; 1ICP A; 2G41 A; 3CQJ A; 3S5Y A; 2C0O A; 4MKN A; 3GH5 A; 1WLP B; 3EFO A; 3UZZ A; 2PD9 A; 3R0U A; 2PGF A; 2DRK A; 2CES A; 2HNI A; 1R3Q A; 1S72 Q; 3UA7 A; 4EWN D; 4L9Z A; 3VKK A; 2QCD A; 1V77 A; 3TKF A; 3EA1 A; 4R55 A; 3UZX A; 4O18 A; 3U7B A; 4A3U A; 2HPM A; 5C55 A; 1XV8 A; 4QDM A; 1X6B A; 3BGG A; 3WVE B; 1B30 A; 1SFL A; 4MLJ A; 2CT4 A; 2FZB A; 5I78 A; 1K03 A; 3DBP A; 3S1W A; 1VQ9 T; 3A64 A; 2GGG A; 2RPN A; 1H92 A; 3VIF A; 3CQH A; 3PBW A; 5G1T A; 4K38 A; 3Q2D A; 5K7J A; 4GRS A; 4AZH A; 3W1N A; 2NWS A; 3MO7 A; 3DCP A; 4JFT A; 1ZU8 A; 1W70 A; 2WSY A; 3H8A A; 2E3Z A; 3WMS A; 1WZL A; 1VP5 A; 1FMK A; 2C15 A; 1TFV A; 2GOK A; 3KUM A; 1VAH A; 3LCG A; 3G1J A; 4XG1 A; 4ATD A; 4GQG A; 2PRM A; 4V33 A; 2PLC A; 3TXV A; 2VTF A; 1ML1 A; 1QBB A; 4HJF A; 1OCN A; 2JAL A; 2DL7 A; 2QUL A; 3AHZ A; 5DRC A; 2RN8 A; 1UWU A; 1XBZ A; 2HJP A; 2POZ A; 4Q3M A; 1Z44 A; 4L56 A; 2A7Y A; 2PWV A; 4AD5 A; 5GAN d; 2V8Z A; 9CGT A; 3IV8 A; 3CHC A; 4I7W A; 3T2P A; 3O6C A; 2E6F A; 2PWD A; 4YVV A; 1UCW A; 2E6Y A; 2ZRZ A; 3CZ8 A; 3AZR A; 2KDS A; 2VOT A; 2ZQ0 A; 4DI9 A; 3QYS A; 2J7I A; 4JS4 A; 2R5M A; 1HL8 A; 3ONC A; 5KYN A; 3LCI A; 1X1N A; 2QDH A; 1AK5 A; 3RMS A; 1OQK A; 4HT9 A; 3MW7 A; 4H9M A; 1D1C A; 4H2C A; 3HBL A; 2NZL A; 4F7U B; 2J7E A; 5GAM f; 1K8Z A; 2D8H A; 1V6V A; 3PTD A; 1VQ9 Q; 3I4E A; 2CH4 A; 1WOB A; 4OB2 B; 4PMO A; 2YZ5 A; 2EYY A; 3AYR A; 1M04 A; 1FXX A; 3OOQ A; 1K9E A; 3M53 A; 2QZR A; 4FOU A; 5JQ9 A; 2BFG A; 1HQT A; 3SJ3 A; 3EHQ A; 3T0D A; 3G1X A; 2DJQ A; 4YIW A; 5LIY X; 1DWJ M; 2W67 A; 4MNM A; 4WIW A; 4EPB C; 4EAN A; 1W3T A; 2QTX A; 1R87 A; 3GK0 A; 5HK4 A; 1CGW A; 1UGQ B; 2HE5 A; 1V76 A; 4C0F A; 3CNY A; 4H9Y A; 1ZBV A; 4MGG A; 3G6M A; 3VFL A; 2X3X D; 5J26 A; 1PX8 A; 1UR3 M; 2ACU A; 3GQY A; 4Q8T A; 4HCH A; 3OBY A; 3PVF A; 3DEN A; 3GDK A; 1GEQ A; 3AIC A; 2QGF B; 4IIM A; 3GWQ A; 1FH8 A; 1ZLM A; 2PTX A; 1NPR A; 2CUD A; 4JQ1 A; 1JZ3 A; 4RXG A; 3CT2 A; 2XDB A; 3CCJ T; 4PJO G; 3OIX A; 1GVF A; 1WIE A; 2BOD X; 1YFN A; 1Z7A A; 3C0Q A; 1EOM A; 2ZYF A; 3W7O A; 1Y7X A; 2CSQ A; 4OT7 A; 2W92 A; 2DE0 X; 4M3P A; 4DBS A; 1ZAL A; 2Y8U A; 3QEZ A; 3MVI A; 5AHF A; 6XIM A; 2WB5 A; 5E93 A; 1O75 A; 1X6U A; 3MKD A; 3NTY A; 2W9M A; 4PFM A; 3B4U A; 4J83 A; 4HA4 A; 2E5B A; 4KGV B; 4X22 A; 2JF6 A; 3BLP X; 3RBB B; 3OYK A; 1IR2 A; 1WXU A; 1DQU A; 2AGT A; 1KGW A; 1WBJ A; 2DT1 A; 1HXD A; 4PFZ A; 2J7D A; 1ZEN A; 3W7E A; 3F70 A; 3TC6 A; 2ZE0 A; 4ZTY A; 4C65 A; 1X98 A; 5IHR A; 4NYY A; 1CXH A; 3TN3 A; 4K7Y A; 1KQS P; 4J9C A; 3SCP A; 2FHB A; 2W66 A; 3FDG A; 4REQ A; 2DXB A; 1VB9 A; 4L1X A; 3ECQ A; 1HZY A; 1ZB5 A; 5DM7 R; 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