4KRTA

X-ray structure of endolysin from clostridium perfringens phage phism101
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
HHHHHMQSRNNNNLKGIDVSNWKGNINFESVKNDGVEVVYIKATEGNYFKDKYAKQNYEGAKEQGLSVGFYHFFRANKGAKDQANFFIDYLNEIGAVNYDCKLALDIETTEGVGVRDLTSMCIEFLEEVKRLTGKEVVVYTYTSFANNNLDSRLGNYPVWIAHYGVNTPGANNIWSSWVGFQYSENGSVAGVNGGCDMNEFTEEIFIDSSNFNLDNATTKNVSTKLNIRAKGTTNSKIIGSIPAGETFKIKWVDEDYLGWYYVEYNGVVGYVNADYVEKLQMATTYNVSTFLNVREEGSLNSRIVDKINSGDIFRIDWVDSDFIGWYRITTKNGKVGFVNAEFVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of a novel endolysin encoded by episomal phage phiSM101 of Clostridium perfringens
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium phage phism101
molecule keywords Autolytic lysozyme
total genus 97
structure length 347
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF08239 SH3_3 Bacterial SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4krtA03
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4krtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4krtA01
1FOBA 2VX7A 3JV3A 1HL9A 4FLQA 1XCWA 5IHNA 2DIEA 4FLSA 2WZIA 5FWBA 5EBAA 2PZ1A 1CBGA 3SIMA 4D6JA 4CC3A 4AEEA 4AZ7A 4F8XA 5LA0A 2DVJA 3SURA 3QWYA 3AS1A 4OJYA 4JJBA 3PE0A 3VIOA 2WPGA 2CETA 2VZSA 1ITXA 3ZR5A 4X0VA 1E70M 2OYKA 2J4GA 3VGEA 4P7QA 1K9FA 2G3JA 2Z1SA 3PZIA 4HOZA 2X0YA 1CXLA 1UHVA 1JZ7A 4FK9A 1MW2A 2ZX5A 3ARQA 2VZOA 1EGZA 2VR4A 3CBWA 1E4IA 2GFTA 1DP0A 1WDRA 3H0IA 1SFSA 1E1FA 1UKPA 1RI9A 4FLRA 4PMDA 5HPOA 3BLPX 4W84A 2WZEA 2C0TA 2VNCA 3ECQA 2I0NA 1QHZA 4DM2A 1W9XA 1XC6A 1V3IA 2CEQA 3U7BA 1BYCA 2FG0A 3T08A 1NYGA 1OBAA 2WK2A 2KRSA 1EDTA 1UJ0A 2CPUA 3AZTA 4B3LA 3MO4A 4NRRA 2VMFA 3ZSSA 4AIOA 2DMOA 3U23A 1Y0MA 2RN8A 5I79A 2CBIA 4AD3A 3A4AA 2JEQA 1KFZA 5E0CA 1ZBWA 1TG0A 4IIOA 5A6AA 1F4HA 3VD5A 2WCAA 2BVYA 2YL9A 2ZIDA 3AS0A 1X2QA 1R86A 1TCMA 1W3LA 3VGDA 2RNAA 1V3KA 3ARVA 1UD2A 4CC7A 1WZMA 5GQBA 4UQBA 3BGAA 1UWIA 4A3HA 1JZ3A 3GXMA 3RMEA 1HJDA 1NM7A 1XSJA 3AXXA 3FHQA 3SCVA 1HP5A 2NT1A 5I78A 3BLKA 3ARTA 3AJ7A 1UR4A 1SEMA 4W89A 1IO6A 2OLHA 1EO5A 2L0AA 2EBNA 4AIEA 2M0YA 4AXNA 2DSWA 1W1FA 1BGAA 3VRYA 4GXPA 4YHEA 1SMAA 4PUDA 3VIJA 4OUEA 2EW3A 5A8NA 2FO0A 3WBEA 3L4UA 4CC4B 1PX3A 2VCBA 4P8WA 2VWFA 2CBJA 2CSQA 1E6XM 1CEOA 1M8MA 1KXQA 5D9PA 2JW4A 5AYBA 1EQPA 4MNJA 1OOTA 3I5SA 1BU1A 4JL1A 1H1NA 2HSPA 2WB5A 2IXVA 1DEDA 1R8LA 2WVSA 3WD1A 1GVYA 1UD4A 3CGTA 1K0XA 1VEOA 2DSZA 4B16A 1LG1A 2VUYA 4AEFA 2WM0A 2GJXB 1UD6A 1BBZA 1KBKA 2X1IA 1PHTA 3VS0A 1ZSGA 1A47A 1UTIA 3H41A 3PVQA 4JHZA 4H8UA 4J9CA 1NLPC 1TFVA 2WYSA 1US2A 3W82A 3GXFA 3A3HA 1J0KA 3WEMA 1OSEA 4OMQA 3UERA 2NWMA 2ZUSA 1V02E 1K9AA 4IISA 1LL7A 1V6XA 4EAMA 3PTKA 1EA9C 1TG7A 1C8XA 1ZS2A 3ARWA 3WNPA 1E3ZA 1KXHA 3MSGA 3SCRA 2QHAA 2CYGA 3VIKA 2OJ2A 3ZL7C 1VEPA 4PUEA 3SUWA 1DTUA 4QLKA 3CHDA 1TMQA 2KT1A 1C8YA 4QCFA 3AQUA 2XFFA 1X27A 2BVDA 1UH3A 3AMKA 2YUPA 4HTYA 4J3VA 3WDIA 3BAXA 1UZ4A 4UOZA 2AK5A 3NSNA 2DJQA 1CGWA 2PWDA 2WMHA 1WIEA 1AVZC 1OD8A 2GK1B 1EO7A 2PF0A 2TAAA 1NOUA 1Q6FA 3MANA 4M82A 1GHRA 3CMGA 4CUCA 3T0DA 5GNXA 3GXDA 3PTMA 4AD4A 1GBRA 1B07A 2CHOA 3VGFA 1ZUUA 2FPEA 2YDLA 3J7HA 2PBGA 3VO0A 2DIJA 1UGVA 1QBAA 4W86A 4P8UA 2YBUA 2XUCA 1BG4A 1W6XA 2EQDA 1BHGA 1J0JA 3AICA 2ABLA 1UA3A 5BRPA 1C3FA 2WHMA 1GQLA 4JZ5A 3NGPA 3SCUA 3S6TA 5FW9A 3C0CA 3WDJA 2O9PA 2JT4A 1XRVA 3VIMA 1NM9A 2ZXAA 1WYXA 1NQ6A 5LYRA 4ACYA 1MQPA 3FW6A 1UR9A 1EOMA 3HMCA 3QGVA 2ZXBA 3FHAA 1J0YA 2VOTA 1WLPB 2G4FA 3VS3A 2KYMA 3VX0A 3MUY1 2DE0X 3I9QA 1QCFA 1B0IA 1SHFA 1NH6A 1FH8A 2WC7A 2ZXQA 1GJWA 1HJQA 3VS4A 1LWHA 3GH5A 1R87A 1MFUA 3OLDA 4W88A 1BG9A 1ODUA 2BXZA 4J9IA 4PMUA 3TONA 2ESCA 1FHLA 4D6IA 1OT1A 1WCGA 3GDBA 2K6DA 3T2PA 2DLPA 1D2KA 3BMWA 2ZXDA 3GZAA 1NEBA 2W10A 4EK7A 3UA6A 4PTWA 4UR9A 4AZHA 1WFWA 3WF3A 1WPCA 5M5DA 2KRNA 4C7GA 4H41A 3RM4A 3FN9A 4XX6A 3AI0A 2EXOA 2OWCA 2GTOA 3WDQA 4BF7A 4V27A 1M03A 2PNIA 3WMBA 4CU8A 3WUEA 4GO8A 2WMFA 2CREA 3VS1A 2A08A 2WNWA 3WFLA 1KSWA 1I1JA 2J05A 1MW0A 3S2CA 3UATA 3BH4A 2LX7A 1PBGA 4OKDA 5IXBA 4RTVA 2J75A 3LMYA 5ECAA 2FPFA 2Y4SA 1TA3B 4ZE4A 3G6LA 2CH4A 3M0RA 2HCKA 1UWTA 1ZLMA 2VX6A 3UR7A 1J10A 1E1EA 3W0KA 5A3HA 1WXTA 2KE9A 2CITA 2ESWA 4F9JA 3GH7A 3FNDA 1WI7A 4J9BA 4PMRA 1UH4A 3G6MA 4E6RA 5JBDA 1UD5A 5A6SA 1IT0A 3VU2A 1J11A 1GL5A 1GOQA 5CXPA 3WN6A 2J7DA 3CZJA 3CUHA 1ZUYA 4AZGA 2ZX9A 1BYBA 4J9DA 1ISYA 3MSDA 1SPKA 3TTSA 5CJ5A 2D8JA 4F79A 3L4XA 2O88A 4RTXA 3K8KA 3R6NA 2NSXA 2EPNA 2LMJA 1KBBA 1B3WA 2VRQA 2DRKA 2RQTA 2Y5EA 2J7CA 4DWSA 1QW8A 1ZB5A 4MJ4A 4K68A 3VTRA 1TUCA 1V3LA 1GCQC 3VD7A 5A2BA 5D9MA 1G94A 2D8HA 2PWEA 2AZVA 1QI5A 1JD7A 3GTNA 3WH8A 3M6DA 3I3DA 1MW3A 4F16A 3WELA 2W92A 2KR3A 2EYYA 1B9ZA 5FD0A 3A47A 3SCOA 5CGTA 1UWQA 2VRKA 4AYSA 1OPKA 4KRUA 1MXGA 2PI6A 1JL8A 2JIEA 2DRMA 4DEYA 4LUDA 1H4PA 4EE9A 3DYMA 4WKHA 5D8ZA 1E6NA 2J47A 1JQQA 1EQCA 1H0GA 1VBRA 1CNVA 4M56A 4PTXA 3M07A 4A3YA 1HX0A 3EHQA 1YWOA 3IJ8A 1EOKA 2EPMX 3A4WA 2OAWA 1E0VA 2YOCA 1JF6A 1V6WA 2V3GA 1PIFA 1QI2A 5IHIA 1NYFA 4DUXA 5ABFA 1X6GA 1JZ2A 1SSHA 1HKJA 1H49A 3QR3A 1I1WA 4C7DA 3UA7A 5A6BA 2CCRA 3II1A 2V3EA 3ARZA 2JM8A 1GHSA 2LCSA 4Z2GA 3N9KA 3WF4A 4WIWA 2BVTA 3AIEA 3TA9A 1E4NA 1V3JA 4HU8A 2WMJA 3NDZA 4GPNA 2ZE0A 1UOKA 1MV0B 1ISVA 2F2XA 3K8LA 1AWJA 2EYZA 4OMPA 4LE9A 3QHNA 4ML4A 2GTJA 2XFRA 4OMLA 2EGCA 1CTNA 1JI2A 2RQUA 3VIIA 4HZ7A 1KB3A 3M0TA 2UY2A 1G9HA 1Z9ZA 4ACZA 1J18A 5ECUA 5M17A 4B9YA 2BV9A 2G41A 5A8QA 3SCQA 3QHOA 3WH7A 3CHCA 2PWFA 1LLOA 1JZ6A 1EFNA 2GDUA 3VMOA 2J7EA 1ITCA 1GPFA 4W85A 4PBGA 3W6LA 1MUZA 3E1F1 2LNHB 5JIPA 1B31A 1X69A 2YJQA 3GBEA 1OCQA 2XFYA 1DWHM 5CG0A 3QWXX 2XG9A 2UY4A 2MCNA 3SCPA 2YA1A 5CGMA 1PZ3A 1AMYA 3TTQA 3VVGA 1VRXA 3M0UA 3OLGA 3NIYA 4KRTA 4QP0A 1HF6A 2XM1A 3EG0A 1UECA 4UFMA 5AC5A 3O9NA 1A3HA 1E43A 2BHYA 3AYRA 1C7TA 3WQ4A 2V38A 4HCKA 5KEZA 1UDLA 2UWFA 1QKXA 3ZJ6A 2WXDM 1E6QM 4HPGA 5AYIA 1XGZA 2CXGA 3KEHA 2XTKA 4L4PA 4JZ3A 4GQQA 2OWXA 1UUEA 4PYSA 3WD4A 4ZXOA 3PHAA 2WMIB 1JXMA 4GINA 5IH2A 1CWYA 4UFJA 4M80A 6TAAA 3F5LA 1Y7VA 3WF2A 4Q7NA 1RUWA 5IHKA 1ISXA 1H3GA 1QW9A 3EBVA 3NYDA 1K76A 4LNPA 1SHGA 3ZT6A 3AIVA 1M04A 1M7XA 4GO9A 2CUBA 3BCFA 2IUZA 2WWDA 2DBMA 1QVBA 5FCZA 3BCDA 2KROA 2X8RA 3CO4A 4HMCA 1N5ZA 3TVTA 1K6AA 4Z2JA 4Z2HA 1U5SA 2FDMA 2EVRA 2GGRA 1US3A 1WDQA 4PMZA 2JE8A 2VZTA 1OGGA 1VJZA 3WNNA 1KCKA 3UG3A 2PTKA 7TAAA 4P7RA 4JJCA 5BXSA 1HVXA 2LZ6B 1WE5A 1CGVA 3ALFA 5F7UA 1BYDA 2D3LA 3VGGA 1XD1A 2FPDA 1CGXA 4CD6A 5A2CA 1BK2A 1N82A 2J8FA 1TUXA 1WP6A 1CSKA 5C70A 1ODZA 4QLLA 2Y8VA 4LQ1A 4MJ2A 1E4MM 3VGHA 2EKHA 5A6KA 1RD6A 2CSIA 4OOZA 1UR2A 4TUFA 5GPRA 2YLLA 2V1RA 4B9ZA 3VMPA 3NHNA 2D22A 4D1JA 2IXUA 3ZQ9A 2ROTA 3WD3A 3VS5A 1ZBCA 2CT3A 2HISA 2JALA 4JKKA 1YHTA 2OYLA 1M27C 2OSWA 3WSUA 2WW5A 1R7AA 1CXHA 3WH5A 1H41A 1V3MA 4LX4A 3UESA 4KGJA 2O92A 5HPCA 2ZUMA 3POHA 5A6MA 2A3EA 3ZT7A 3NCOA 2DBKA 3CQTA 5FL0A 4RTUA 3VD9A 4R27A 4CGTA 1E73M 3BAIA 4PMNA 2DYBA 1CXFA 4W7UA 3ZIZA 1PX8A 4W8LA 3THDA 4JZ4A 2K3BA 3TTYA 2ED0A 1GQJA 1E0XA 1QI0A 2PWGA 1QPKA 2WAGA 4HZ8A 5ABGA 3SCWA 1NP2A 1W1TA 1ZJAA 4AD5A 2KRMA 3GNPA 3ZT5A 2VJXA 1NG2A 3CHEA 5IFTA 2C8NA 2J77A 1M30A 1XV8A 2KT8A 4AC1X 4IPNB 3T0AA 1HJVA 1W32A 1E7OA 1X43A 2XVNA 3K46A 2FRWA 1RLQC 3GNRA 4MDOA 1BTCA 3KFVA 1CZ1A 1EDQA 4JCLA 2OYMA 2BZ8A 4JCMA 2VX4A 5A8OA 4D71A 4Z88A 2GJRA 1JI1A 3WD2A 2JS2A 3OB8A 4E2OA 1OEBA 1MYRA 1YP5A 3W81A 3RPMA 4TTUA 3BAKA 5E09A 1E6HA 2RMOA 4GBQA 3N12A 3EDDA 2E5KA 1JU5C 3BMVA 1S1NA 2DT0A 4DUWA 3FAXA 5BXTA 1YNZA 2VZVA 1E6ZA 1H5VA 2W63A 3ARXA 3LPOA 1B1YA 3AXHA 4ESRA 4J3TA 5GNZA 3EG1A 2DSKA 2UY5A 4CCCA 1AWWA 4Q22A 4U2YA 2VL4A 2A28A 1PWTA 1JXKA 4MNKA 2KXCA 1XYFA 4JFUA 1UFFA 1JDDA 1AOJA 3DECA 3SUUA 3FXYA 2E0PA 2FH8A 1GOIA 2ZUNA 3PZMA 1OWQA 1HJWA 1TR1A 2WC3A 4D6GA 2MANA 1WX6A 1GW1A 4QT7A 3PN8A 3PTQA 4DEXA 1JG9A 2L2PA 4HA4A 4TVDA 4DWSB 2VURA 3VM7A 1QWEA 5A6LA 3MUZ1 2WBGA 1KXVA 4IUGA 3WH6A 3WFZA 2K79A 4LPCA 1OGSA 2FH6A 4UOQA 5AC4A 1EIBA 3W25A 2YDRA 2DM1A 1NP0A 1UHCA 4ZE5A 1G5AA 1T3LA 1TZ7A 2YA2A 4UFLA 2XHYA 3WENA 2DH2A 3IAPA 1LL4A 3WMSA 3UETA 4E8DA 4CVUA 2KYBA 2LJ0A 4D8DA 2WMIA 1VFFA 3OGVA 5LA1A 4AG2C 2DX1A 2DF6A 4J3XA 4HMDA 3AHYA 2YDQA 5I22A 3CZEA 3CIVA 3VILA 4A4AA 2XVPA 3WEZA 4AFUC 3MMWA 3MV11 1CENA 1CKBA 2DT3A 3WMCA 1FMKA 1ZU8A 1OV3A 1S46A 1UKTA 4QDMA 5I2UA 4AG1C 1PKTA 4WK9A 1HP4A 4LYPA 5ABFB 3PZGA 1WNOA 1UKQA 2EPOA 4WSJA 2BXYA 5BYWA 2WVTA 1E9LA 1QNPA 2K7AA 1W2PA 4OMNA 4Z2LA 2D20A 1WZAA 1RLPC 1ISWA 4BS0A 2WSKA 2W67A 1PNJA 1UKOA 2AMGA 3W24A 1W1YA 4KMQA 4MNMA 2W61A 4URIA 1SYTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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