The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
255
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sequence length |
750
|
structure length |
750
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Chain Sequence |
GSHMLFDFENDQVPSNIHFLNARASIETYTGINGEPSKGLKLAMQSKQHSYTGLAIVPEQPWDWSEFTSASLYFDIVSVGDHSTQFYLDVTDQNGAVFTRSIDIPVGKMQSYYAKLSGHDLEVPDSGDVNDLNLASGLRSNPPTWTSDDRQFVWMWGVKNLDLSGIAKISLSVQSAMHDKTVIIDNIRIQPNPPQDENFLVGLVDEFGQNAKVDYKGKIHSLEELHAARDVELAELDGKPMPSRSKFGGWLAGPKLKATGYFRTEKINGKWMLVDPEGYPYFATGLDIIRLSNSSTMTGYDYDQATVAQRSADDVTPEDSKGLMAVSEKSFATRHLASPTRAAMFNWLPDYDHPLANHYNYRRSAHSGPLKRGEAYSFYSANLERKYGETYPGSYLDKWREVTVDRMLNWGFTSLGNWTDPAYYDNNRIPFFANGWVIGDFKTVSSGADFWGAMPDVFDPEFKVRAMETARVVSEEIKNSPWCVGVFIDNQKSFGRPDSDKAQYGIPIHTLGRPSEGVPTRQAFSKLLKAKYKTIAALNNAWGLKLSSWAEFDLGVDVKALPVTDTLRADYSMLLSAYADQYFKVVHGAVEHYMPNHLYLGARFPDWGMPMEVVKAAAKYADVVSYNSYKEGLPKQKWAFLAELDKPSIIGEFHIGAMDHGSYHPGLIHAASQADRGEMYKDYMQSVIDNPYFVGAHWFQYMDSPLTGRAYDGENYNVGFVDVTDTPYQEMVDAAKEVNAKIYTERLGSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Substrate Recognition and Hydrolysis by a Family 50 Exo-Beta-Agarase Aga50D from the Marine Bacterium Saccharophagus Degradans
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Saccharophagus degradans
|
molecule keywords |
B-AGARASE
|
total genus |
255
|
structure length |
750
|
sequence length |
750
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature |
ec
3.2.1.81: Beta-agarase. |
pdb deposition date | 2013-05-29 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02449 | Glyco_hydro_42 | Beta-galactosidase |
A | PF17992 | Agarase_CBM | Agarase CBM like domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Galactose-binding lectin | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | TIM Barrel | Glycosidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U5Y A; 1TFV A; 4H8U A; 2B31 A; 3WH6 A; 3N18 A; 1XSJ A; 4B3K A; 1E6X M; 8A3H A; 2WMJ A; 3N9K A; 2D3N A; 5TD4 A; 3ALG A; 1CXL A; 3ARO A; 3BAX A; 3L4X A; 4PMO A; 4UTF A; 1P6W A; 2WB5 A; 1LLO A; 4GO8 A; 4D6D A; 4LQ1 A; 1CNV A; 3PZV A; 3F5K A; 2J4G A; 3A4W A; 4PTV A; 4PSR A; 1VJZ A; 3BSG A; 1UR2 A; 3TP4 A; 2W92 A; 3AOF A; 5GPR A; 3W28 A; 5I79 A; 4P7N A; 1E6S M; 3WEO A; 2J8G A; 3QHN A; 4HZ6 A; 3VIM A; 3MO4 A; 2D0G A; 5F7U A; 1GOM A; 2XVG A; 2XHY A; 1WZM A; 4NZC A; 3ZJ7 A; 1ITC A; 1CGW A; 4B3L A; 1UH2 A; 4PUE A; 1J18 A; 1Q6D A; 2A3C A; 3OLG A; 1E56 A; 2CBV A; 3WIJ A; 4IM4 A; 5IFT A; 2UY5 A; 2D3L A; 2CHO A; 4C7D A; 1XCW A; 3FW6 A; 2PWF A; 1EDQ A; 1B31 A; 2FDM A; 5DT5 A; 4F8X A; 3SUU A; 1OIN A; 1GWK A; 1UWS A; 2YL8 A; 1R86 A; 1TUX A; 2VX7 A; 4AC1 X; 1VEN A; 3VIJ A; 1H2J A; 5DMY A; 4AWE A; 2VCB A; 4BQ4 A; 3UES A; 3WF3 A; 4ACZ B; 1JXJ A; 3KL5 A; 3W4R A; 3FXY A; 1OBA A; 5LA2 A; 2W66 A; 3CZE A; 2VZO A; 2FHF A; 2FHC A; 2JIE A; 2GK1 A; 3TTQ A; 1PPI A; 1CXF A; 3DYM A; 3CLW A; 2Q8X A; 2KR2 A; 1X1N A; 2QHA A; 2VI0 A; 5JIP A; 2CBU A; 3AIC A; 1JZ2 A; 2VZV A; 4HOW A; 4BQ5 A; 4UCF A; 1KQY A; 2WVT A; 4JFS A; 1MFU A; 1QW8 A; 1XH0 A; 3MV1 1; 3TTO A; 3VIK A; 2WBK A; 3NSX A; 3WBA A; 3WMB A; 3UT0 A; 1BYB A; 1WZL A; 1BFN A; 2ZXD A; 3BCF A; 3VIN A; 2WMI A; 1CTN A; 4KWU A; 4PMX A; 1V02 E; 1JGI A; 3CGT A; 3SCR A; 2WSK A; 3RM4 A; 3EDJ A; 3DYO A; 4AZB A; 5AYI A; 3VGD A; 4D6G A; 2XFY A; 5I3D A; 1XSI A; 1VBR A; 5ABH A; 1QI2 A; 4DUW A; 1J12 A; 2D22 A; 4UZS A; 4PUD A; 2YOC A; 2VUY A; 2VR4 A; 2VRQ A; 1CEN A; 3CUI A; 4MNK A; 5JBE A; 4BF7 A; 4LKE A; 4TVC A; 4WSK A; 1OKO A; 5LA0 A; 2WLZ A; 1B1Y A; 4EE9 A; 3F95 A; 1J0Y A; 4D6H A; 5A2A A; 4BQ2 A; 1E1F A; 2EJ1 A; 3PZM A; 2Y5E A; 3T2Q A; 3PZO A; 2D23 A; 2VJX A; 3F5L A; 1KBK A; 2E3Z A; 1WCU A; 1NWU A; 4TTU A; 4ATL A; 1BPL B; 1Q6F A; 1Q6E A; 1UR4 A; 1B3V A; 4J3V A; 1UR0 A; 3OZO A; 2WHL A; 3W38 A; 1Z32 X; 3U7B A; 3AMD A; 3SUV A; 3I3B A; 2A3E A; 3GH4 A; 2BXY A; 1WDS A; 4E8C A; 1UKQ A; 1Q6G A; 1NOF A; 4QP0 A; 2V3G A; 5CPQ A; 3WF1 A; 2DSZ A; 2EXO A; 4HOX A; 3M7S A; 2O9T A; 1J10 A; 2CKR A; 2J8F A; 2JF6 A; 1EH9 A; 1W9U A; 3AZS A; 1KGU A; 1V0K A; 4OOZ A; 2D24 A; 2XYL A; 4ACY A; 5BWF A; 3CO4 A; 4FLO A; 4AD5 A; 1JF6 A; 1UZ1 A; 1LWJ A; 1ISZ A; 1NOU A; 3VM7 A; 1KR1 A; 1F4A A; 3MU7 A; 3PZ9 A; 4NRR A; 1HN1 A; 4AMC A; 5M5D A; 3DEC A; 3VDC A; 2PWE A; 3CMG A; 3VTR A; 4GI6 A; 2WVS A; 4FMV A; 2D1Z A; 1K6A A; 4W5U A; 2X8R A; 1RD6 A; 3WD2 A; 3SCO A; 3ZST A; 2CBI A; 5CPS A; 2GFT A; 4DWS D; 5A2B A; 3K8M A; 3UR8 A; 3FHA A; 5A6S A; 1LL6 A; 2QMJ A; 3VIP A; 4MJ4 A; 4IIS A; 3WBE A; 2MAN A; 1BVN P; 2YLL A; 2G4F A; 3AHX A; 2PC8 A; 1S46 A; 1QHZ A; 4PRW A; 2V5C A; 4JCM A; 1G5A A; 4IUG A; 2FHB A; 3AS0 A; 2XII A; 1HKJ A; 2YDR A; 1JG9 A; 1A47 A; 4PMQ A; 4GIA A; 4UOJ A; 2XVK A; 4URI A; 5HOS A; 1EXP A; 1GJU A; 4HP5 A; 1C7S A; 1OT2 A; 2G8Z A; 4XV0 A; 4BS0 A; 1WDQ A; 2Y8V A; 1ZBV A; 5I23 A; 1UA7 A; 1MQP A; 4PSP A; 4LPC A; 2WHK A; 4W86 A; 1BF2 A; 1CLV A; 2ZUV A; 2CET A; 2HVM A; 3AXH A; 4QFU A; 2WZH A; 1VFF A; 2ZUT A; 3N1A A; 1W9P A; 2VMF A; 3ZMR A; 4W7U A; 4D71 A; 1QNQ A; 1ESW A; 1G01 A; 2C0H A; 4TVD A; 2A3B A; 1PX4 A; 2J25 A; 2EO7 A; 3MMW A; 5HNN A; 4TX6 A; 2WKL A; 2DDX A; 1HNY A; 1KBB A; 1EQC A; 4UFH A; 1OGB A; 1EDT A; 1Y7V A; 1UWR A; 5IFP A; 3POH A; 4W87 A; 1ITX A; 5D8W A; 4W7W A; 1G1Y A; 4W8B A; 5BCA A; 3WDH A; 1GON A; 4PMY A; 2VX6 A; 2VR5 A; 4GI9 A; 1XSK A; 1V3L A; 3NDZ A; 4ZFM A; 4H7V A; 1Q6C A; 4N42 A; 2WC7 A; 3POC A; 4GZJ A; 4YW6 A; 2VQT A; 1C92 A; 1XV8 A; 2VUR A; 1W1T A; 4CKQ A; 4FK9 A; 2OWC A; 1J11 A; 2DH2 A; 3EDD A; 5I2U A; 1W8T A; 3SCU A; 3HU7 A; 4AZ5 A; 1WB0 A; 1FA2 A; 1D3C A; 2O9P A; 3VDB A; 4S3K A; 3QGV A; 4AZG A; 1NP0 A; 3ART A; 4FLQ A; 4J3U A; 3VD3 A; 3DC0 A; 5FL1 A; 2Q1F A; 3ZOA A; 2PBG A; 1C8X A; 1E4I A; 2BVD A; 3AIE A; 3IAP A; 2XSA A; 4AW7 A; 4H2C A; 3ZT7 A; 3WNK A; 4CCD A; 2FH8 A; 4AZ7 A; 3AS1 A; 1TA3 B; 2E8Y A; 4MDP A; 3F4V A; 3FHQ A; 3WUE A; 2LRP A; 4LKD A; 2NT0 A; 3GXI A; 5BXP A; 1QNP A; 3G6L A; 1PIF A; 3VMO A; 2J7E A; 4P8X A; 1WZX A; 1C8Q A; 1KGW A; 3RPM A; 3GNR A; 1UOJ A; 3ZM8 A; 1V6W A; 5CJ5 A; 4Z2G A; 1HX0 A; 4JKL A; 3VIH A; 1UD8 A; 4HZ8 A; 1H0G A; 3WQV A; 7CGT A; 3EDE A; 2AOS A; 3AJ7 A; 3BC9 A; 3CUG A; 4X0N A; 1NH6 A; 3ZR5 A; 4HPG A; 3CHD A; 1V0N A; 1VEO A; 1W2V A; 3SUR A; 4CN6 A; 4TUF A; 1GQJ A; 3BCD A; 4CU7 A; 1WZA A; 1B30 A; 1PAM A; 1W3L A; 3MUI A; 3L4V A; 2ZX6 A; 5EFD A; 4CGT A; 2CXG A; 3N15 A; 1BYD A; 2WMF A; 4KGL A; 4U2Y A; 1EHA A; 3PBG A; 2TAA A; 2VRJ A; 2XVP A; 4BZY A; 4BA0 A; 1UUQ A; 5D4Y A; 1CBG A; 3AFB A; 3VDH A; 4A3H A; 4JL2 A; 1N82 A; 3VGG A; 1KR0 A; 4F9D A; 3VVG A; 3ARZ A; 4JIE A; 2BXZ A; 3OIH A; 3OB8 A; 1SMD A; 2OLH A; 1LQ0 A; 4PMD A; 5KZ6 A; 4CUC A; 3AYS A; 4WLC A; 4NRS A; 2JAL A; 4E4P A; 1ZB5 A; 3BMV A; 1E73 M; 4NI3 A; 2AAA A; 4DM1 A; 1UR9 A; 5A2C A; 2RGM A; 5A8M A; 4QLL A; 1HL9 A; 1KB3 A; 4W84 A; 6TAA A; 3E1F 1; 4HME A; 2V3D A; 4A6S A; 5C8B B; 4M82 A; 2X09 A; 4LYQ A; 3GYC A; 3QOM A; 4AY1 A; 3OLD A; 2DH3 A; 1FH8 A; 2XIB A; 3VNZ A; 1EGZ A; 4LYR A; 5D9P A; 4AYS A; 3L4U A; 1OIF A; 3CIV A; 3BSH A; 4CD5 A; 4U33 A; 1CPU A; 1GWM A; 3AZR A; 1GW1 A; 3T2O A; 2DT0 A; 4HA3 A; 3W26 A; 1LWH A; 2A3H A; 4FLR A; 5EMY A; 2VZU A; 1BG9 A; 4AEF A; 3ZYF A; 1CGY A; 4EK7 A; 4TVU A; 1HIZ A; 3EMC A; 4P7L A; 3CPU A; 3S6T A; 4WK9 A; 1CXK A; 2J7H A; 3BLP X; 1BVZ A; 3S2C A; 4N0R A; 2YIH A; 3AMC A; 1OGS A; 3CH9 A; 3ARW A; 3WNN A; 4MNJ A; 3AHV A; 4D6E A; 1C91 A; 5FKY A; 1KFW A; 9CGT A; 2J79 A; 3PN8 A; 3WD0 A; 2Z1S A; 3G6M A; 3BMW A; 3T0B A; 5A6B A; 1C7T A; 3AIR A; 3VD7 A; 4AEE A; 1X6L A; 1US3 A; 3ZT6 A; 1BYC A; 1TA3 A; 1J0I A; 3BAY A; 4JFU A; 3AIW A; 3EDF A; 5E9A A; 1ZU8 A; 1EHN A; 1JFX A; 1CGX A; 4CN4 A; 1DWJ M; 5E70 A; 8CGT A; 1D2K A; 2OSY A; 3OZP A; 2XM1 A; 3BH4 A; 1DTU A; 3WKZ A; 1TG7 A; 1BAG A; 1K9E A; 1XH1 A; 4PMV A; 2XWE A; 4CD4 A; 1E0X A; 2DIE A; 2EQD A; 1M04 A; 1GJW A; 4UQB A; 1MQR A; 1OD0 A; 1FFQ A; 1UKT A; 3DHU A; 1K9T A; 5CSU A; 5GNY A; 1GOR A; 2ZXA A; 1AQ0 A; 1R85 A; 2O14 A; 2YLA A; 3SUS A; 1JYN A; 4UFI A; 2K46 A; 3RME A; 4JHO A; 2F2H A; 3WNP A; 2WZE A; 5BRP A; 3THC A; 2W62 A; 4YHE A; 3UR7 A; 4XZW A; 1VAH A; 4MNL A; 2ZX8 A; 1RH9 A; 2OWX A; 1EQP A; 3BXW A; 1HF6 A; 1C93 A; 1BGA A; 2BNJ A; 2PBO A; 4W93 A; 3CUF A; 1UR1 A; 2ZXB A; 3BAI A; 2WZI A; 3WDP P; 5ECU A; 4KGJ A; 5I5R A; 5BRO A; 1B2Y A; 4LKF A; 1WMX A; 3WL0 A; 5ABG A; 3AXX A; 6A3H A; 1BYA A; 1IT0 A; 1NQ6 A; 2WC4 A; 3U5U A; 3AS3 A; 1E6R A; 3CTT A; 2JFE X; 4PCS A; 4HA4 A; 3SUT A; 2BY2 A; 2YBT A; 3FAX A; 2XFF A; 1JNE A; 4BQ3 A; 3VGB A; 1CEO A; 4MAD A; 3AML A; 3WMS A; 1UOK A; 1GPF A; 4AIU A; 4CCC A; 3PTM A; 3BAK A; 1CDG A; 3O2L A; 3L4W A; 1OCQ A; 3BAJ A; 1W9V A; 2VVS A; 4AD1 A; 3OLI A; 3NIY A; 3ZYH A; 2ZUM A; 5IHR A; 4RE2 A; 1ISY A; 4M56 A; 1US2 A; 2WKG A; 3RO8 A; 2D0H A; 4ML4 A; 1GCY A; 2RGL A; 2NT1 A; 5DT7 A; 3UG5 A; 2V5D A; 4F9J A; 1IZJ A; 4B9Y A; 2WK2 A; 5I77 A; 2WMG A; 5CQ1 A; 5FD0 A; 2J47 A; 1JD7 A; 3UET A; 1U2Y A; 3RIK A; 1FHD A; 2BV9 A; 1CXE A; 1R7A A; 3WMC A; 2CER A; 1YQ2 A; 3KL0 A; 3WQ8 A; 1W9F A; 3GTN A; 4B15 A; 1JD9 A; 1HVX A; 1LF1 A; 3K46 A; 4ZEP A; 1VEM A; 3LPG A; 3BLK A; 3U7V A; 1UD4 A; 2WXD M; 3D3A A; 4P8U A; 2WHM A; 1KXT A; 2JWP A; 2BHY A; 1CYG A; 1GOQ A; 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