The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
185
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sequence length |
656
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structure length |
548
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Chain Sequence |
VKDPTLLRIKIVPVQPFIANSRKQLDLWASSHLLSMLMYKALEVIVDKFGPEHVIYPSLRDQPFFLKFYLGENIGDEILVANLPNKALAIVSGKEAEKIEEEIKKRIRDFLLQLYREAVDWAVENGVVKVDRSEKDSMLKEAYLKIVREYFTVSITWVSLAIYPLLVKILDSLGERKVTEEGWKCHVCGENLAIFGDMYDHDNLKSLWLDEEPLCPMCLIKRYYPVWIRSKTGQKIRFESVVDVALLYKNWRKIFDEKYGKDLVSKAREVSEDFVKDNMLVDSDLYYSSTWESGLDEEKVKEVVDFLNAAYKEIGNPPKYYAILVMDGDDMGTPQVHVAISQALANFSIREVRSVVKDEGLLIYAGGDDVLAILPVDKALEVAYKIRKEFGKSWKLSAGILIVHYKHPLYDALEKARDLLNNKAKNVPGKDTLAIGLLKRSGSYYISLVGWELIRVFYNSELRKKLLVGKRFIYHVLREVDTWPKVGIDEMLKFEVIRHIKEETKELREKIYGEIKDLLEHVRGNNEVEKVRGLFTFLKIITDAEVFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Cmr2 Subunit of the CRISPR-Cas RNA Silencing Complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cmr2dHD
|
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
185
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| structure length |
548
|
| sequence length |
656
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF12469 | DUF3692 | CRISPR-associated protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UNG C; 4DOZ A; 4UW2 A; 3W2V A; 4H4K C; 3UR3 C; 3W2W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UMQ A; 4D7M A; 5K9F A; 1IUJ A; 4L73 A; 5H9F J; 2L81 A; 2ADU A; 1QRY A; 2LQ8 A; 1QZZ A; 3H92 A; 1HA1 A; 4XPX A; 2EQR A; 3R6S A; 2CQC A; 4DV7 F; 1C1C B; 2HQA A; 4CS7 A; 2H54 B; 4CLS A; 5HLF B; 2ASJ A; 3U3B A; 2H51 B; 2RQQ A; 4M3E A; 3KHH A; 2AD9 A; 2H8W A; 4YB6 A; 3DTK A; 5KFJ A; 4F91 B; 5F1R A; 1LWC A; 4DL6 A; 1K78 B; 2XAF A; 4PJM A; 2ASD A; 1HXD A; 4QR0 A; 4C97 A; 3G4X A; 4BDY A; 3CJR A; 5GVQ A; 2BQR A; 3A8I A; 2PA3 A; 3AD8 C; 4B9N A; 2CG8 A; 1FKO B; 1ETK A; 2QBY A; 1RAG B; 4A5M A; 2QT7 A; 3H4B A; 3RR8 A; 1TWG J; 3O6B B; 2XAS A; 2OPP A; 2K9Q A; 2N8G A; 3ONQ A; 3NRH A; 1TWA J; 1UG0 A; 4ESF A; 2H8R A; 1JLC B; 1WSR A; 1WHU A; 3IWX A; 2IJF A; 4HYK A; 3BJO A; 4EZ9 A; 1JGG A; 1R4T A; 1ICE B; 3I4H X; 2EIK C; 2CPF A; 5D4S A; 2JX0 A; 1YVF A; 4OZ3 A; 3HDD A; 1HBM A; 1RQ0 A; 1IKW B; 1FYM A; 2CPD A; 5EGO A; 3FUY A; 1XZQ A; 4PR6 A; 5KT5 A; 2X85 A; 2YKN A; 2YWG A; 2C3P A; 1TL7 B; 2OTJ I; 4KH1 B; 4FE7 A; 2ZOG A; 4K4X A; 4CCK A; 1EP4 A; 1ZET A; 4EJT A; 3AOB A; 3PIO F; 1C02 A; 3K7D A; 2HRU A; 1N34 J; 3H98 A; 2DJI A; 2WON B; 4JEA A; 3DPL C; 4XPW A; 2DTJ A; 4WF2 A; 1HMV A; 1ZHX A; 2DIV A; 3PW2 A; 4BNC A; 2TDX A; 1E3H A; 1K47 A; 3GVA A; 3GU0 A; 3GYG A; 2DCU B; 4ELU A; 2OP5 A; 3CCZ A; 4CGZ A; 2HQN A; 4OYB A; 1M1E B; 4NTA A; 4JTA B; 2YKZ A; 2AIR B; 2BE5 F; 2DT9 A; 3WX4 A; 2KKO A; 3U9G A; 3S27 A; 2I8E A; 4I01 A; 2ZC2 A; 5DYM A; 1WWX A; 5E5N A; 2KM8 C; 1JNR B; 3JS9 A; 4EBD A; 1IUF A; 3FAJ A; 4MNU A; 2IXP A; 1X19 A; 3VGV A; 3BS9 A; 1ZTT A; 2MKY A; 3T1Y F; 3GTQ J; 4EKW A; 4RNF A; 3W7B A; 3LPE A; 4HV6 A; 3IAM 9; 1XK8 A; 2UVW A; 1IQZ A; 4Y2A A; 2Y69 H; 5E79 C; 1O51 A; 2DNK A; 2WBM A; 1L3L A; 5L1L A; 3M30 A; 3ZRG A; 2YUS A; 2DPD A; 4D9J A; 2IJN A; 3GM2 A; 4IRU A; 1RRJ A; 4F92 B; 2XL4 A; 2DPJ A; 2XXA B; 3QU6 A; 3K8W A; 4LSZ B; 4EVI A; 1WJB A; 3PM9 A; 5AT1 B; 2VJJ A; 2DGW A; 2HWT A; 3KLI B; 2HHV A; 1IBM J; 3R9L A; 1X4F A; 7FDR A; 1S10 A; 2ZH1 A; 3CUQ A; 3WTU C; 5FZT A; 3PO2 J; 1M5K C; 2OV7 A; 5F9L A; 2VKE A; 1WJC A; 1LKZ A; 1MG7 A; 2W8L A; 4QWQ A; 3M8W A; 1VMA A; 2A5Y B; 1RET A; 1U78 A; 2BMB A; 4OLO A; 5CYM B; 4NOH A; 2M30 A; 2ME6 A; 2M7A A; 3GTO J; 4DRJ B; 1BQX A; 4IOA Q; 2OIH A; 1Y1V J; 2B9X A; 1KQG B; 2ZJQ Q; 2J6U A; 1HQU B; 1OQ6 A; 4ZN3 A; 4KSE B; 4GFB A; 3NXZ A; 4JK1 X; 2ZFU A; 3BTC A; 2RDD A; 4HT7 A; 1VF9 A; 5LJ3 Y; 4WFZ A; 2W4B A; 1Z1Z A; 2ZBR A; 1RP5 A; 1XMQ F; 2G0I A; 2L48 A; 4LF6 J; 4H4M B; 2UUI A; 2MKC A; 3EGN A; 3TAM A; 4Z2X A; 3IC1 A; 3RIP A; 1XGO A; 2H7O A; 3CCS I; 3K1I A; 2QQ9 A; 2XCA A; 3QTH A; 1KGS A; 1OPZ A; 1GX5 A; 1YAR O; 1N4L A; 3CMA I; 2CQ0 A; 2LXF A; 3HD1 A; 2HVZ A; 4NXN F; 1FSE A; 2HNZ A; 2YNG A; 3IMQ J; 2ZEJ A; 2LP4 A; 3EHM A; 3MPW A; 2HWH A; 3HVA A; 2YQ3 A; 5BS6 A; 3U1N A; 1VLO A; 1X4E A; 2BA9 A; 2VN2 A; 4M3F A; 3Q22 A; 4USU A; 2ZXI A; 3LTO A; 1FFH A; 3M2U B; 4KQZ A; 4J9O A; 3FK6 A; 4LG3 A; 1L3S A; 4UQG A; 5JVG F; 3NKD A; 3B8H A; 3Q8S B; 1I6X A; 4WE1 B; 1DLO B; 4CSW A; 5EUH A; 3TRG A; 1KTM A; 3IC7 A; 1RT2 A; 5KT4 A; 3HL2 A; 4CSA C; 1VLS A; 2KL8 A; 1IV8 A; 3WU2 C; 3OR1 C; 4OX9 F; 1H3D A; 2QL7 B; 2PC6 A; 4Y6I A; 4EEY A; 3GYX B; 3HOW J; 3NS7 B; 2Q2E A; 3SXM A; 3RW6 A; 1T6I A; 4LRB A; 1E6V A; 1MMD A; 3KLH B; 3MAH A; 1J0R A; 5E1X A; 2YNH A; 3ZQI A; 2NPI A; 3BQY A; 3ZPL A; 1DU0 A; 2F6C A; 2XLE A; 1R4N B; 3NYJ A; 4KMU X; 5HAT A; 5HJX A; 1CJV B; 3GFX A; 3M8P B; 3MOJ B; 1JRA A; 4F02 A; 2VJ5 A; 1V6H A; 4IH5 A; 4K50 A; 2OTJ S; 2C6Y A; 4YDX A; 3H5A A; 4WYL A; 4BGD A; 4BJ1 A; 2J46 A; 3BO4 A; 3PIO Q; 2JA5 J; 1Y0N A; 2IA2 A; 3CSK A; 1Y7P A; 2Z30 B; 4I02 A; 2JRM A; 5I3U A; 5CLS A; 3A03 A; 4A0Y A; 1SUQ B; 3S32 A; 3D6M B; 3AG4 C; 4NBQ A; 2WK4 A; 3HPO A; 4B9U A; 1JXE A; 2XTJ P; 2XSJ C; 4X62 J; 4GYG A; 5AIP A; 4DJB A; 5B1A H; 3EDQ B; 3A01 B; 1T9U A; 1CBK A; 3N5F A; 2YQ0 A; 3OOP A; 2DGV A; 3K4M A; 1R36 A; 5CI9 A; 4LIU A; 1FTC A; 4YB7 A; 2Y3Y A; 2H5J B; 3V6D A; 4C7O B; 2R2S A; 2HTS A; 4X66 F; 4I98 B; 2BC5 A; 1UKU A; 4ZCI A; 3LUT B; 4NLU A; 3K1M A; 4Y13 A; 2OPT A; 4B3X A; 2B9W A; 2X4H A; 5E1Z B; 4WK1 A; 3ABM C; 5BQI A; 3AFH A; 1MMN A; 5JLI A; 3IGV A; 2FD5 A; 2LKS A; 4BEH A; 3SDE B; 1HD0 A; 3NWS A; 5RUB A; 2F5E A; 2NVT J; 1F2G A; 2YWE A; 4CP5 A; 2BHZ A; 3P45 B; 2YKM A; 2L9W A; 1BC8 C; 1TL3 A; 3A4C A; 2LYV A; 1S9G A; 1CGM E; 2XGD A; 4WKR A; 2LLZ A; 4LJM A; 1P7J A; 3FRZ A; 2GLO A; 3DDI A; 3EM1 A; 4NLG A; 4ES2 A; 2WZF A; 4MKY A; 4MYT A; 1W1W E; 3OY9 A; 2EIJ C; 4AE4 B; 4HAC A; 1KS2 A; 2AXT C; 4V19 K; 4X1E A; 1V3F A; 3HHD A; 4JI2 F; 2PF4 E; 4J30 B; 1W2B R; 2DR7 A; 2MQP A; 2OC6 A; 3KLE A; 3B78 A; 1R00 A; 3MEE B; 2AQF A; 2CDR B; 3W2V B; 2XAQ A; 2IEK A; 3M8S A; 1QM9 A; 1PYO B; 3GV8 B; 1ZHZ A; 1RK8 A; 3O8G A; 3MUT P; 5L3C A; 3D5M A; 1JHH A; 3GII A; 4NRU A; 2Y3B A; 4TY8 A; 2WZ1 A; 2V69 A; 4OD5 A; 4DR4 J; 3V6H A; 4XQ1 A; 3KKB A; 4DF4 A; 1F43 A; 4UST A; 2WCX A; 3DKW A; 3THT A; 3WG7 C; 2RVC A; 4WK8 F; 3TP0 A; 2WAD A; 3NMI A; 3CC4 I; 1LE8 B; 3CMA S; 4N47 A; 1FC3 A; 3VSL A; 2X0L A; 1ITY A; 4IVN A; 4CZZ A; 4E0H A; 1BJA A; 2BL2 A; 5BUO A; 1PJ5 A; 1Y3J A; 2AHO B; 1OKK D; 4RR5 A; 1TTH B; 4Q44 A; 4OYZ A; 4L3K A; 1N54 B; 2VH3 A; 4M94 A; 3SYT A; 4JYA J; 3EPI A; 2W2N P; 4FYD A; 2CQN A; 2GO9 A; 2Z5U A; 1BE4 A; 3OV8 A; 3M9N B; 4J7T A; 2VPX B; 5E20 A; 3QGH A; 4PDK A; 2HRY A; 4AM3 A; 4KYZ A; 3ERE D; 3D7S B; 3DRY A; 3W66 A; 2MYS A; 5JRA A; 4MW3 A; 2Y9H A; 3I58 A; 1DBD A; 4A8S A; 2QM3 A; 2MQL A; 2ESN A; 2MD0 A; 2W2M P; 4OI6 A; 1PP8 F; 3DDN A; 2YU9 J; 1FBQ A; 1HKT A; 1VIX A; 5KVR A; 4JUR I; 3SBM A; 1FJG J; 1B59 A; 3BEH A; 5BYR A; 3C6U A; 4UF4 A; 5D15 A; 3LGH A; 4NY3 A; 5L0G A; 2R03 A; 2DOD A; 2VKR A; 3GEE A; 2O0Y A; 1S8N A; 5KAK A; 3BBF A; 3HK2 A; 3H5U A; 2AVK A; 4A3B J; 1RB0 A; 2HGL A; 1HYS A; 4BWJ A; 3B0V C; 5KFO A; 4A0Z A; 2B0L A; 5IV4 A; 3EUK L; 2W9B A; 1NPR A; 3JTH A; 5HQL A; 3BZC A; 4CCO A; 1EJ9 A; 3OYA A; 1VQP S; 2XM3 A; 1X2M A; 1O3S A; 3ZZZ A; 5M2U A; 5B3I A; 2EIK H; 3RKQ A; 1HMO A; 1HNX F; 3LS1 A; 2ZBK A; 3Q9S A; 2HOA A; 4OZN A; 2QRR A; 4HSR A; 4YK5 A; 1P9Q C; 2G13 A; 3DU6 A; 4X64 F; 3HJC A; 1URR A; 4FX5 A; 5H6Q A; 5HMY A; 3NS5 A; 1QTN B; 3A8E A; 3CDH A; 3H9G A; 2D5R B; 2KIS A; 4RGU A; 4E7S A; 1JKR C; 2MST A; 3GYH X; 4LDR A; 2QF7 A; 2DDA A; 1DUR A; 2CPJ A; 3LP2 A; 3LOU A; 4TXS A; 4FS2 A; 1B3T A; 3TOQ A; 5M2R A; 4O44 B; 2OD5 A; 1HBU B; 4ZS6 A; 3N4W A; 2Q9C A; 2OML A; 3CEX A; 2SXL A; 3QZ7 A; 1KU9 A; 2MLZ A; 3NLC A; 2QUF A; 2W9C B; 4JW1 A; 4LIR A; 1UWB A; 3N79 A; 1GM5 A; 4USJ C; 2DEI A; 3E9V A; 1Q8L A; 3QQA A; 2DPI A; 3R6G B; 3CCE I; 3PQJ A; 5ILS A; 3SJM A; 1BC7 C; 1GHC A; 2K9N A; 2VT2 A; 4DYR A; 5I42 B; 5DM7 Q; 2BZT A; 4RGX A; 1WTB A; 4M9S A; 2XQC A; 3OTC A; 3W8H A; 2EKY A; 2ISZ A; 4ED0 A; 3ZG1 A; 3T3F A; 3PXG a; 1WF0 A; 5KFU A; 4DQR A; 1SC3 B; 4KFB A; 4UZC A; 2J6S A; 4WXH A; 2K9L A; 4U96 A; 5LT5 A; 4TY9 A; 2Y75 A; 1RAA B; 4MTD A; 1CUL A; 4BWM A; 3NMR A; 3BR5 A; 1JKH A; 2MQ8 A; 1BR4 A; 1BY9 A; 3CIZ A; 2E34 A; 3JYY A; 4DG1 A; 4I1T A; 2JL9 A; 1JJ4 A; 2GAU A; 1BD6 A; 2HMI B; 2YBV A; 4LR9 A; 3ADA C; 4KPC A; 4MTP A; 1UP1 A; 1TC3 C; 4C2M A; 4ZDL A; 4P52 A; 3DOL B; 1O5J A; 1PJR A; 2BY0 A; 3K70 C; 4RUH A; 3C2G A; 3K70 D; 3C3W A; 1ZU5 A; 2CJQ A; 2QVO A; 1GS9 A; 4OLP A; 2OSQ A; 3AJ2 A; 2M0C A; 4LF1 A; 1UW9 A; 2DYA A; 3WC0 A; 1O3Q A; 3NNH A; 4TU9 A; 1I4Z A; 1DAR A; 1T5O A; 4U8V A; 4C8O A; 3OFE A; 3OMY A; 3CC4 S; 4Q48 A; 4Z9I A; 4XR6 A; 5U47 A; 2M8G X; 1OCT C; 4G6T B; 4YT4 A; 4OHW A; 2K02 A; 1EB0 A; 5KG6 A; 2XZD B; 2YNI A; 3W9I A; 1FTT A; 3C62 A; 3H5S A; 4P2S A; 1YJ9 I; 2DJN A; 1RCX B; 3FM3 A; 1Z7L A; 3L09 A; 1G4U S; 1KD1 T; 4WX9 A; 3KK2 A; 4UUS A; 4I0A A; 3U8P A; 5F8L A; 2KT0 A; 3G73 A; 3G82 B; 4U5D E; 1YOV B; 5GTI C; 2VQE F; 3ZQF A; 1WHX A; 3CJ5 A; 2VL8 A; 1D0Z A; 2YU3 A; 2RN7 A; 1Q16 B; 2MC3 A; 3ZXW A; 2DHX A; 2BBY A; 1GUU A; 2CQP A; 4C9Y A; 1YJG A; 4DZD A; 2GBY A; 3GIJ A; 1TZ0 A; 1HNZ J; 4O0I A; 4UXN A; 1UHS A; 4ID8 A; 4FPI A; 1WOR A; 4USI A; 4ULV A; 2Q00 A; 1ZK8 A; 4B6I A; 4PFP A; 2UV8 G; 4FDF A; 2P81 A; 1ZM2 A; 4HEA J; 4J7C A; 2HAI A; 2BOL A; 5L3B A; 3MED A; 2JHE A; 1MJ9 A; 3DYA A; 1FAP B; 1VQO I; 3Q8V A; 3B4D A; 6FD1 A; 2OEJ A; 1RAB B; 2CVI A; 3NYM A; 1NSK L; 2IRY A; 1VBZ A; 3NGT A; 3DE8 A; 3RAM A; 5JJB A; 2NS8 A; 3JSR A; 1ETX A; 2R8H A; 1TBX A; 1SVL A; 5FDL B; 1ZZP A; 4XEK A; 4WU3 A; 2KRF A; 4QJV A; 2BKN A; 4ZYH A; 3P8B B; 4C3K A; 5F0C A; 2CZ9 A; 4G1Q B; 2AYB A; 3GXO A; 3UI3 A; 2FML A; 1QVT A; 2YVK A; 1TQI A; 4HA8 A; 4O4G A; 2P5L C; 3P9C A; 4PXE A; 3N6M A; 1REP C; 3F41 A; 3TO9 A; 4QWC A; 2IT0 A; 4DW6 A; 4MIA A; 5JLX A; 2C2O B; 3U1K A; 4BHB A; 2CNN B; 3GBG A; 4E7H A; 3CD6 I; 3RDI A; 1WAS A; 3TDZ C; 1IZM A; 3IQ6 A; 2FQ3 A; 2XG8 A; 1VIS A; 2DHH A; 3CE8 A; 1GEH A; 4YEL A; 1QLE C; 3UGP A; 1R71 A; 2OAZ A; 4NMX A; 4BS2 A; 1QY7 A; 4NWB A; 4QPX A; 3CF5 F; 2DMU A; 1U0S A; 2HW3 A; 2AQE A; 4JI5 F; 5HLH A; 5BQT A; 3L3C A; 2OFH X; 4P55 A; 3T41 A; 5H6R A; 1U02 A; 3EGD B; 4GMK A; 5BNG A; 4RW7 B; 1JUP A; 3AG4 H; 4CO0 A; 5M3M J; 5ETT A; 3CCE S; 5IT9 Z; 2Z2M A; 2ZE2 B; 1ZQ3 P; 5L0H A; 2M87 A; 2DRD A; 3QWP A; 5IT9 K; 3WZ0 A; 1OY9 A; 1RTI A; 2LC2 A; 2VOD A; 1QHH D; 2C3M A; 1RR7 A; 1KVI A; 3CJQ A; 4XTK A; 1WC5 A; 4FQG A; 3SV3 A; 2DO0 A; 4DHV A; 1D1U A; 4RM3 A; 3K66 A; 5HDK A; 3HTS B; 1HD1 A; 3M7G A; 2FZK B; 1WJA A; 2CUY A; 5CCL A; 4B44 A; 2C2K B; 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