The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
192
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sequence length |
628
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structure length |
628
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Chain Sequence |
EYKVLFKPDQKEVAISENTNLMEALNLAGINIKTVCGGAGTCGKCLVRVVDGQKRVESYGKLKQEEIAQGYVLACQTYPESDLIIEIPFDSRLTQHQIVTDDEKASGVMNELDLAEEDELDPLFKEVSLELPVPTLDDPRDDLSRLTATFSRQENGNLIVEYEQLKDLPQILRNENFSVTVGVSDYLGLNKALYIKSGSASQRVFGLAIDIGTTTVVVQLVDLVSGKVLGTKGNYNKQAAFGDDVISRIIYVDENPDGAEKLRKAVLSTINELIFQLCKEHGVEKKEIMAAVVAGNTTMTHLFLEIDPRYIRLEPYTPAALFIPPVPATEAKIEMNPKGFVYIMPNVASYVGGDITSGVLYTGLANSDEITLFIDIGTNGEMVLGNKDWLVTCACSAGPAFEGSGIKHGMRAMQGAIERVSISEAGLKVKYQTVGGIPPVGICGSGLIDLLANLKRAGIIDRSGKIDRTVNKERIREGEDGLEFVLAWANESGNNKDIVITEADIQNLIRAKAAIFAGVRTMLAMVDLPLEAIDRVIIAGGFGKYLNIKDAITIGLLPDIDINKFSYVGNSSLKGARKALLSRKACAEVKEIARKMTYLELSVGTTFMDEFVSASFIPHTDLHLFPSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Redox-Dependent Complex Formation by an ATP-Dependent Activator of the Corrinoid/Iron-Sulfur Protein.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Iron-sulfur-binding protein
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source organism |
Carboxydothermus hydrogenoformans
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molecule keywords |
IRON-SULFUR CLUSTER BINDING PROTEIN
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total genus |
192
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structure length |
628
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sequence length |
628
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chains with identical sequence |
Y
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-08-30 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
X | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
X | PF14574 | RACo_C_ter | C-terminal domain of RACo the ASKHA domain |
X | PF17650 | RACo_linker | RACo linker region |
X | PF17651 | Raco_middle | RACo middle region |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVZ A; 3DWM A; 1L5P A; 5EE3 A; 3AE9 B; 1JAL A; 2WS3 B; 1JWB D; 3VRA B; 1T3Q A; 3KWL A; 2BS3 B; 5EE0 A; 3SFE B; 3WCQ A; 4IDI A; 3NVW A; 2W55 A; 3B2G A; 3P1M A; 3AEC B; 3VR8 B; 3ETR A; 3B9J A; 3P4P B; 2ACZ B; 1JW9 D; 1WRI A; 3CIR B; 1FO4 A; 1OQQ A; 2B76 B; 1L6V A; 3P4R B; 5C2T B; 1VDV A; 4N59 A; 1JQ4 A; 1QLB B; 4HRO A; 1OQR A; 1XLN A; 1E7P B; 1GPX A; 2HTM E; 3NS1 A; 1NI3 A; 5EE9 A; 5G5H A; 4YSZ B; 4US8 A; 1GAQ B; 2PKO A; 2K5P A; 1R7S A; 4C1N K; 1YQ4 B; 2Y5C A; 3AH7 A; 1N62 A; 1JWA D; 3AV8 A; 3LB8 C; 2K22 A; 2WP9 B; 1TYG B; 2L52 A; 3AEE B; 1E10 A; 1B9R A; 4YXD B; 1YJJ A; 3P63 A; 3RPF C; 1N63 A; 1E6E B; 5H8Y E; 3PO0 A; 4JWU C; 1ZP0 B; 1QOG A; 1FM0 D; 2BS4 B; 1SB3 C; 1V97 A; 2WDV B; 2JQR B; 2MJE A; 3AE2 B; 3LXF A; 4WQM A; 3HUI A; 1A70 A; 1RYJ A; 2MH7 A; 1PFD A; 2AX5 A; 3AED B; 3SR6 A; 1QF6 A; 1FRD A; 2WDQ B; 3AE4 B; 1VJK A; 1DGJ A; 4N58 A; 1RWS A; 1V8C A; 3NVY A; 1FIQ A; 5G5G A; 2FBW B; 4YTM B; 5C3J B; 1DOX A; 1N5W A; 1TJE A; 2WU5 B; 3NRZ A; 1TKG A; 5GXG B; 4C1N I; 2CU3 A; 1SF0 A; 1IUE A; 2DWQ A; 3L4P A; 4JX1 C; 2JX5 A; 4YSY B; 1WXQ A; 1QT9 A; 3SFD B; 4C7Z A; 1JRO A; 1N60 A; 2M19 A; 1PDX A; 4ZHO A; 3AEA B; 1AYF A; 1TKY A; 2PIA A; 2KAJ A; 4LTU A; 2M56 B; 1XLO A; 3ZYY X; 1WGK A; 3AN1 A; 5MPO A; 3AE7 B; 2PVO D; 1WYG A; 4C7Y A; 1CJE A; 1DOI A; 1ZOY B; 3AE3 B; 1VLB A; 3AEF B; 4C80 A; 3W9C B; 1YJI A; 2KMM A; 2WU2 B; 3AMZ A; 1FMA D; 2BT6 A; 2W3S A; 3NVV A; 3CWI A; 3P4S B; 4HRS A; 1KRH A; 5AUK A; 1N5X A; 1FRR A; 1L6U A; 2PVG C; 3B2F A; 3P4Q B; 1F0Z A; 2W54 A; 1ROE A; 1UWM A; 1ZXI A; 3AEG B; 1RM6 C; 2Q5W D; 3W5U B; 2G1E A; 2E3T A; 3ABV B; 2OHF A; 5EE1 A; 2H88 B; 1KF6 B; 1WWT A; 4US9 A; 2WQY B; 1FFU A; 2WDR B; 4JWS C; 3DWG C; 4ZOH C; 1OFF A; 2EKI A; 3BII D; 1XO3 A; 1SIJ A; 5H92 C; 1QOF A; 4A9A A; 2CJO A; 1YQ3 B; 3AE1 B; 1JRP A; 4ZHP A; 2BS2 B; 1J7A A; 3AB5 A; 4WWM A; 4YT0 B; 1FXA A; 1FXI A; 1XLQ A; 3AE6 B; 1NEK B; 2QIE B; 1RFK A; 3AE5 B; 1CZP A; 3AE8 B; 4ITK A; 2H89 B; 5AUI A; 2LEK A; 1E9M A; 3AM9 A; 4KX6 B; 1NVI D; 2L83 A; 2WLB A; 4P6V F; 1EWY C; 1E0Z A; 4YTP B; 3HVZ A; 4FXC A; 1QOB A; 1N61 A; 1KFY B; 1QOA A; 1XLP A; 1TKE A; 3AEB B; 3HRD D; 4N6E B; 3VRB B; 1FFV A; 2MJD A; 2QJL A; 1PUT A; 2W3R A; 2N0S B; 4USA A; 3VR9 B; 2CJN A; 3W5V B; 1J7B A; 1J7C A; 1NYR A; 1AWD A; 1I7H A; 2DBY A; 3FAH A; 1DOY A; 1ZUD 2; 4YTN B; 1NEN B; 2K9X A; 3EUB 2; 4YSX B; 2MJ3 A; 1NYQ A; 1L0V B; 3FC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV5 L; 2B63 G; 2ZT9 C; 4WIP A; 4JI2 L; 3KH0 A; 1STN A; 1PYB A; 3R2I A; 4IUP A; 1MHW C; 2UU9 L; 4DHY A; 4Q5V A; 3A8Y A; 2J4X A; 4PZ6 A; 1EY4 A; 3LNN A; 2IGD A; 3OG5 A; 3O13 A; 4K14 A; 2KCN A; 2PZW A; 3ND9 A; 2E2H H; 2WUS A; 4ILG B; 1EOT A; 5M1O A; 4JKC A; 1JCE A; 4DV0 Q; 1UBI A; 3S9W A; 5HRR A; 3CF5 A; 2AEH A; 3AFP A; 2E2N A; 3CCQ N; 3AMU A; 3EFU A; 3MMV A; 1VCI A; 1NI2 A; 4V0B A; 3AAQ A; 4KVG B; 4YSY B; 1RT4 A; 3ATV A; 3OYL A; 4KV8 A; 3EA6 A; 4EZK A; 1NE3 A; 2FSN A; 1YTU A; 3AE7 B; 3AAR A; 2E1Z A; 3S2H B; 5BMI A; 3Q3M C; 1LQB A; 5AUK A; 3O1B A; 4LK0 M; 4XIG S; 4LY7 A; 2FCS A; 1NBF C; 2EKI A; 5GAH C; 4OIK A; 1WSJ A; 1VQ8 N; 3SV3 A; 4K5W A; 1IXR A; 4OX9 K; 2A6E D; 4YDU A; 4OJR A; 4M63 C; 1XMO K; 2EMS A; 3TAR A; 3TP7 A; 3VEO A; 4EIA A; 3JSV A; 3OWF A; 4N6E B; 2DJF C; 3A55 A; 4IFD I; 4J6H A; 4DG1 A; 2MJ3 A; 1YIT N; 5AFW A; 4JV5 K; 1TY0 A; 4RM9 A; 4JI7 Q; 3KUP A; 1L3T A; 3WCQ A; 2IX0 A; 2QWO A; 3LAM A; 2WBN A; 2X38 A; 4KY5 A; 5K14 A; 2R7Z B; 3SMP A; 5FDL A; 1KTQ A; 1QLB B; 4A3L G; 4C3J B; 1IBK Q; 4IEI A; 1WBB A; 2A4Z A; 2EYJ A; 3C19 A; 2UUC Q; 2VZK B; 4NNJ B; 4CBV A; 2Q3S A; 5KPZ A; 2NS5 A; 3MFG A; 4KTW A; 3PLV A; 4B0M A; 1MSH A; 2G8I A; 1TS3 A; 5M3M B; 1RBT A; 3HOV H; 1MJD A; 4M3X A; 4NKL A; 3C7N B; 1OH7 A; 1HFN A; 4AH9 A; 1JCF A; 3V81 A; 4GN4 B; 2WB1 G; 3QWN A; 3VN5 A; 2JZ3 B; 3CMA A; 3HOY H; 3SPY A; 1A15 A; 4H5W A; 2K6D B; 3PTF C; 5M5X B; 3K5N A; 1RFQ A; 1FKO A; 4KV2 A; 2K5N A; 5IYB G; 2KDI A; 4DV2 Q; 4FK0 A; 3P31 A; 2LVQ A; 1Q12 A; 2CGJ A; 4WF9 L; 5AQU A; 3HM6 X; 3QQ8 B; 5C44 H; 4FLX A; 1KDB A; 1UEB A; 5CYU A; 5C0X G; 3GTQ H; 2N0S B; 1WNS A; 5BPM A; 3ZXV A; 3GP7 A; 3D0F A; 5TSS A; 2JE6 I; 4CZH A; 5C3E G; 1LOT B; 3LAK A; 4FP5 D; 3SEB A; 3S3O A; 2B29 A; 4OL7 A; 1CHP D; 1N36 Q; 2A5X A; 2PI2 E; 4A93 B; 3MN6 A; 1V2Y A; 3ZGZ A; 2Z1G A; 3D4D A; 4A3K H; 5GRO A; 5D7G A; 3HST B; 4I6M A; 4CJ2 C; 3TN2 A; 3HEJ A; 4K7W A; 1CKO A; 5CMD A; 5IT9 O; 5IOC A; 2MO1 A; 4EP5 A; 1IO2 A; 5CY4 A; 1IHZ A; 2UUB Q; 1NJI C; 1UAX A; 3P63 A; 4ISF A; 2YX6 A; 3TAN A; 4JWU C; 1Q7Y O; 4JW0 A; 1UGJ A; 4B3O A; 1TY2 A; 3LDN A; 1JJG A; 4N58 A; 3D8G A; 1V1P B; 1J9A A; 3K0X A; 5JEA H; 3SZ2 A; 3Q7B A; 5J1Z A; 4F3T A; 1PRT D; 3IMX A; 4JKG B; 4MSQ B; 1LAC A; 3L0W B; 2D3A A; 4ANX A; 4DV6 Q; 2HHH L; 2JXM B; 2ATW A; 5JMV A; 3UI3 A; 4ICU A; 1E22 A; 4KB0 A; 1O7L A; 4OPH A; 2ZF5 O; 3ZNG C; 3I4L A; 4CF1 A; 4LJP B; 4YWM A; 4P74 A; 1IKV A; 1GUS A; 4LNO A; 2PYJ A; 3W1S A; 3PX6 A; 1RTH A; 2MFI A; 3SDL C; 1REV A; 4R4O A; 2K1B A; 4H0X B; 5EBC A; 2ENB A; 2I1K A; 2CKZ B; 1CZP A; 4HJ7 A; 3DLB A; 1ZYR D; 4NXM Q; 4YHH Q; 1NMF A; 1QOB A; 3LX0 A; 3VR5 A; 2DBY A; 3THX B; 2EY6 A; 3HOX H; 1DXM A; 4JAX A; 2A40 A; 3CJ9 A; 5IP9 H; 4JI0 L; 3RMH A; 1VQN N; 4CEO A; 2V1C C; 3OIP A; 2E20 A; 3PUY A; 1PFS A; 4DCH A; 1BXT A; 1CZA N; 1RDB A; 3MXP A; 5B8H A; 4QB4 A; 4ZRJ A; 4WFN L; 2O8C A; 5EJW A; 4WJQ A; 2NVT B; 1TVX A; 4OO1 I; 1QOG A; 3M3Y B; 5C4J B; 3AVL A; 4KIK B; 1ESR A; 4B1Y B; 2KMC A; 4RNA A; 2P9I A; 4JLC A; 1HQM C; 5FR3 A; 4HEA 1; 4MGK E; 2IAJ A; 2KN5 A; 3WUH A; 4BRI A; 3I2Z A; 3CC2 A; 4AM7 A; 2HHU A; 1HMV A; 3VQ6 A; 3W9C B; 3ZTD A; 2DX5 B; 2O6V D; 2KVM A; 5IWA L; 4DQ8 A; 2K1F A; 2OTJ A; 4CEE A; 2Q36 A; 4OGE A; 2I07 B; 2GBM A; 2JEB I; 2A5H A; 4A2B A; 2QWL A; 1W9H A; 1VQ6 N; 1U2V B; 4S0R A; 2L76 A; 2HVH A; 3A5L C; 1VQO A; 5AFU H; 3DHQ A; 3HRD D; 1Z26 A; 5GIO A; 2B8F A; 2CGL A; 1K3B C; 4JL9 A; 2PI2 A; 2CH5 A; 4B3R Q; 4O0I A; 1E1T A; 1BDG A; 3PO3 B; 4IOC L; 1K28 A; 4B3S K; 1GLE G; 1B7Y B; 4YOW A; 3QIA A; 3I72 A; 4B9N A; 1HZ6 A; 4JEP A; 2K05 A; 1E3M A; 1GUW A; 3IAM 1; 3UDX A; 4RGM A; 4NAW A; 2EQS A; 2IGG A; 1YQ4 B; 1ASW A; 2AA4 A; 3RLF A; 5D3G A; 3UDI A; 3PSF A; 4A6Q A; 1WSF A; 2D1K A; 3AEE B; 4BBR B; 3QO9 A; 1N9W A; 2OQ0 A; 2PY5 A; 3VEY A; 1I50 H; 4WH4 A; 3T1H K; 2UXC Q; 5D6J B; 2ASO A; 4URK A; 4AHR A; 1HNZ K; 4HED A; 1QS4 A; 3MCP A; 5K5P A; 3L4P A; 2VQF L; 4A3C H; 2E2J H; 2G8F A; 2CQA A; 2L05 A; 5GAD C; 3TJP A; 1HCZ A; 3SI6 A; 1EYA A; 3LWM A; 4CK3 A; 1W6K A; 1QVF A; 3J81 j; 1KM7 A; 3M7G A; 4YCU A; 3ULP A; 3IL8 A; 4CJ5 A; 4LF7 Q; 1Y97 A; 5FLX L; 4ZOH C; 2YLM A; 4YNQ A; 1LTA D; 2XBB C; 3V6C B; 3O65 B; 2WB1 E; 1VQK N; 2LWP A; 4H13 C; 2JWK A; 3VQD A; 4DXF A; 3CJB A; 1HUX A; 4Y7N B; 5IYC H; 2TMP A; 3RSE A; 2EDG A; 1YJN N; 1U4P A; 4PUO A; 3O9U A; 1PH7 A; 3N30 A; 4B3M Q; 3R9P A; 5JAV A; 2K9X A; 5COR A; 1YXQ A; 1NGH A; 3T4A C; 3KWV A; 3SDZ A; 1L5P A; 1E2V A; 1TWG B; 4H8K A; 3NHG A; 3GDE A; 2PQA B; 2VGM A; 2B76 B; 5IIF A; 3IHP C; 5CHI A; 1E7P B; 3I4N B; 4EFH A; 3CC4 A; 1SLJ A; 2B63 H; 1D9D A; 2EIF A; 3HKS A; 2Q0U A; 3W5O A; 5A2Q E; 4FCY A; 4ME3 A; 4DV1 Q; 1PTO H; 1RFA A; 1F21 A; 2NZO A; 4KY7 A; 1XQS C; 3Q14 C; 1R4N I; 1STG A; 4YL8 A; 3MEE A; 4IN3 A; 2ZNV B; 2GN5 A; 2JY6 A; 1FRR A; 2NTT A; 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2N1W A; 4BWG B; 3S14 H; 1DD2 A; 3DRR A; 3QIJ A; 3Q23 A; 1ILP A; 2OPR A; 3QML A; 1PA6 A; 3VR8 B; 3S2D H; 1NKE A; 5C0X H; 3BP8 A; 5HRP A; 1TZ1 A; 1K9M O; 1C9F A; 2Y5C A; 5KNC A; 5BRD A; 5C3E H; 2MBH A; 2C35 B; 1MSG A; 3BIN A; 3HPO A; 3CJ1 A; 2B8G A; 2I46 A; 1XQQ A; 3L2V A; 3TR8 A; 3PIP 3; 2IT1 A; 1V97 A; 5HGQ A; 1GKH A; 1S1T A; 2HUG A; 1RYJ A; 1IGC A; 5HI1 A; 2KJX A; 4CZJ A; 4GW6 A; 4JHD A; 1WR1 A; 3RNC C; 3CST A; 1NNE A; 2N9E B; 1BA0 A; 1OXV A; 1Q1O A; 3KF8 A; 3I57 A; 2JRH A; 3SAF A; 3U7Z A; 1SYB A; 5EVZ A; 4BRF A; 5FLX c; 2Q1N A; 2YEP F; 4X64 L; 4DU1 A; 3FP9 A; 3BK2 A; 1NGD A; 5LLI A; 1BU6 O; 5BR9 A; 5JH5 C; 5CR4 A; 4MEM A; 1SZ2 A; 3H46 O; 2B2T C; 1E7U A; 1MG8 A; 4CGH A; 3NY5 A; 1XPU A; 3LPU A; 4CJR A; 3LL3 A; 4YTP B; 3MX5 A; 2C7H A; 1TKT A; 3K5O A; 2GEL A; 5EU7 A; 5G3L D; 3HTV A; 2OOB B; 1EY9 A; 3TDQ A; 5K36 G; 2N78 A; 5KEE A; 3TPQ A; 2F8T A; 2F0F A; 1J5E K; 1SE4 A; 4K7U A; 2QHO A; 3RR5 A; 3N52 A; 5C3W A; 2NVY H; 3VTH A; 1EQV A; 4UHV A; 5G5H A; 1YOV B; 3LZJ A; 2RHQ B; 4A3J B; 4KFB A; 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