4FCYA

Crystal structure of the bacteriophage mu transpososome
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
507
structure length
443
Chain Sequence
DREALWSKWDNASDSQRRLAEKWLPAVQAADEMLNQGISTKTAFATVAGHYQVSASTLRDKYYQVQKFAKPDWAAALVSEFDEDAWQFLIADYLRPEKPAFRKCYERLELAAREHGWSIPSRATAFRRIQQLDEAMVVACREGEHALMEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNLALMLAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECLREYRRRQKQLKSATKAAIKAQKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Dna binding protein/dna
source organism Enterobacteria phage mu
publication title The Mu transpososome structure sheds light on DDE recombinase evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transposase
total genus 118
structure length 443
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09039 HTH_Tnp_Mu_2 Mu DNA binding, I gamma subdomain
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4fcyA02
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4fcyA01
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 4fcyA04
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fcyA03
4F3OA 5I3UA 1VNDA 4CHPA 1MH4A 4QIWN 3JRDA 2LLKA 1HYSA 2NOGA 1H8AC 3AA4A 1ORKA 5EF6A 5KGXA 3E01A 3THVA 3ISNC 2YHBA 2HW3A 1EETA 4DS5A 2LSNA 4M3XA 3QINA 1NKBA 2YNGA 3VN5A 3Q0UA 3QNOA 1T7PA 3RRGA 2COBA 1C0MA 4FYDA 5IPAA 2NVYJ 3T19A 3GTOJ 4ELUA 3O3GA 4Y7NJ 4CHNA 4FM1A 3S16J 1BISA 2Y9YA 4M41A 4O44A 4D5FA 2E2IJ 1MH3A 4V2GA 1HMVA 1C6VA 4KV8A 3MVPA 3K5NA 1WSIA 3QERA 2ID6A 1C0TA 3CYMA 4CJ3A 2YHAA 4KB0A 5C42A 1VSKA 4BE1A 2PYLA 2D0BA 3QEXA 1ZBFA 3ZSVA 5JLXA 3JRIA 2D5RA 4KHNA 4XIUA 1B9FA 3KIOA 1GOCA 1ETYA 2YKNA 1CLQA 1ENHA 1K83J 3NHGA 2A1SA 4RW4A 5J1EA 2E1OA 1JUSA 1Y1VJ 1U49A 2XO7A 3WHBA 3GTLJ 3NARA 2B4JA 4I6ZA 3AVNA 3UIQA 3TAMA 4CJKA 5FLVA 3LNQA 3D1NI 3AVHA 3QIPA 3KLGA 1XI1A 2JK3A 4A3FJ 2N8GA 3NBPA 5EU7A 1QTMA 3S3NA 1OJLA 1QHTA 3F9KA 1HQUA 1KSPA 2D0CA 2GBYA 2NVQJ 1NKEA 4M3TA 3B6AA 1G15A 3Q0VA 5F0CA 2R93J 4IHWA 1D9DA 3LDSA 1DTTA 3TANA 2IAIA 4PY5A 5IOZA 3SPZA 3RTVA 3SV4A 1XC5A 3BTJA 4QOZB 1QVUA 1XG1A 4XICA 2K9NA 3V9UA 2DMUA 1CXQA 2Z1GA 1JXEA 3HOZJ 1WAFA 1EP4A 4DZJA 1ZKGA 3SJMA 1FXXA 3BR5A 3SI6A 1BGXT 4DG1A 1PUFA 3RQIA 3QEIA 2Q3SA 3ZQHA 3OYCA 3QESA 3ZQFA 2O4GA 2RAEA 2K9QA 4K8XA 2HHUA 4CJSA 3BDPA 4YNQA 3ZQLA 4BDYA 3IG1A 2AHQA 2E6LA 1XWLA 4FJ9A 3A01B 3OYFA 1PUFB 2F96A 3KTQA 1DU6A 2ECCA 3K7AJ 4AC0A 1DTQA 4I2PA 4LD0A 5HRPA 1KVCA 3NF8A 4KRFA 4AHRA 1H88C 3RMCA 2ITGA 2Y2ZA 1A5VA 4FCYA 1TKTA 3LP1A 1TWCJ 1JLQA 1RT6A 2XRIA 4W5QA 3ULDA 2HXOA 3HPOA 1LFUP 3NH1A 4A3BJ 2EZLA 5IOYA 4DTRA 3A2FA 2Z1JA 5F0HA 4DU4A 1WSHA 4LSNA 2D5VA 3ZSOA 4BY1J 4DFMA 3JRAA 1S1VA 1NK0A 4BE2A 3QETA 3QIOA 5FKNA 4W5TA 1A5JA 1JLBA 4EP5A 4BDPA 1KTQA 3QLHA 1Q9YA 3SPYA 3HYFA 1ETXA 3AVGA 2XGEA 5SZTA 5E3MA 4AILC 1RESA 4M3UA 4DSFA 2B5JA 3V9SA 1U04A 3P5JA 2YNFA 1JT6A 3SUNA 1SFOJ 4HCCA 4CESA 1BIZA 3CFPA 3OSFA 4A69C 2XB0X 1OFCX 2CQQA 1AKHA 3WNHA 4PA1A 5DK5A 3GBGA 1HF0A 4B08A 3MECA 2M9HA 1MBHA 1L3TA 4HVJA 4M3BA 3V4IA 1U8BA 3ZT4A 3OS2A 2MSYA 4CF0A 4DLGA 2F8SA 1NJYA 4A3CJ 2O4IA 4DF8A 2AJQA 2KDZA 5GP9A 1IKWA 1NK3P 3H0GJ 4JP0A 1MBJA 4E1NA 4KO0A 4MLOA 2DMQA 2DA6A 3G1OA 3OJUA 4DF4A 3FK7A 4KFBA 3CFRA 4FLVA 2X78A 2LVSA 2HHQA 1NKCA 4CGJA 3RMAA 4M3GA 5FJ8J 3M4OJ 2CRGA 3AO3A 5HLFA 3LWMA 4CJRA 3AVKA 3A03A 1WAJA 1Y97A 3FKIJ 2VPRA 2HQ5A 3ZSZA 3OS1A 2HVIA 2B6AA 1IG7A 4B3OA 1ZBIA 5C3EJ 3VQ7A 1LAVA 1W9HA 3DM2A 1CXUA 3FFIA 2G8KA 2FX0A 2PZSA 4N41A 3S15J 3VQ4A 1H89C 3RKQA 1ITYA 3SNNA 2R5ZA 4Z4CA 3M3YJ 2RKIA 1JKQC 1JKHA 3HK2A 4JYKA 1BCOA 4OLBA 3RMDA 2OPRA 4ICLA 4LH4A 4B9VA 4J2BA 1MU2A 4ZHRA 2IAJA 4CK1A 4KREA 2LP0A 3AA2A 1WSEA 3OYJA 1JLGA 1ETKA 1NK8A 3B6CA 2XPWA 1APLC 2X9DA 1IKVA 3RR8A 1X9MA 3H3VK 1I6HJ 4CHOA 1LE8A 3HOWJ 3AV9A 4F2RA 1GV5A 1POGA 1YRNA 3VPRA 5M5YJ 1Z26A 1J54A 4GFBA 4AHVA 3GTGJ 3U3YA 2E6MA 3MEDA 1A5XA 1MSEC 4NYNA 4CJEA 4L5EA 3EYZA 1U9NA 1UOCA 4O4GA 3I8DA 1IJWC 3AO2A 2EZHA 2PYJA 4CJ5A 2WB1N 4XK4A 1LE8B 2LR8A 1D8YA 3D0PA 2KZZA 1X9WA 2OPTA 1YRNB 3TW6A 1BCMA 3CM6A 3HB9A 2CU7A 3JRGA 1U9OA 1GT0C 3PV8A 1D5AA 1LWEA 1GDTA 2FBYA 2JMWA 4FLZA 4GMJB 2JJ7A 1JLAA 9ANTA 2XGCA 3KLHA 2GV9A 1C0UA 4JRPA 2X6SA 4DS4A 4RW7A 5DMRA 1RT3A 2W42A 3C95A 3PX4A 2FJ1A 3HPHA 2CJJA 1HOMA 3JRCA 5J1YA 3HOXJ 1VRTA 2HMIA 3C6UA 3DRRA 1X1PA 3DCFA 1S9EA 4KHQA 1ETOA 1YTAA 3ZQIA 1UG2A 1OCTC 2IGIA 2GLOA 2IC3A 4CGIA 4CJQA 3VQQA 1BL0A 4CEBA 5KGWA 4O55A 4DTSA 3TARA 3AA5X 2L0KA 4DLEA 3EY1A 5F04A 1BW6A 4B8CA 4FTHA 1SKSA 3JYTA 5EGOB 1TVRA 4B9SA 1WN7A 4A3GJ 4Z0UA 4J2AA 4GW6A 2ZE2A 4JLHA 5E3NA 1EKEA 3V9WA 4NDLA 4FJKA 2OF7A 1IKYA 3TAFA 1DLOA 2FBTA 1GV2A 1S1WA 4BDZA 4IG3A 1ZTRA 1WPKA 3I0RA 5K7FA 4CFDA 2G0EA 3L2UA 3LANA 1P7JA 4A3EJ 1CQTA 3BR0A 3HVRA 4CJLA 1VSLA 2KT0A 3OYIA 5HROA 2ZB9A 1D5YA 3I0SA 1S1UA 1GOBA 2EH3A 2EZKA 3C2BA 4FJNA 3U3GA 3LZJA 3DLBA 1ASWA 4AH9A 1L3SA 1VSJA 4W5OA 4DQIA 3TAGA 3D45A 3TR8A 1NK7A 1JTXA 2XPVA 3NGYA 1U78A 4OPJA 1RDAA 3ZT0A 4CHQA 4ELTA 1RILA 4Y1DA 2YU9J 1I39A 1QSLA 3L2WA 4E7KA 1NJWA 3GTJJ 2WV1A 3TP3A 3LWLA 3L2RA 1CZ9A 4DYCA 3MEEA 1NJZA 1FKOA 1HJRA 2DFHA 1HLVA 1U47A 4IHXA 1L3UA 3BG9A 3IV5A 1WSJA 1MSFC 4IG0A 4KI4A 3ZCMA 4B3AA 1OCPA 4DTJA 1LFBA 3MAQA 4E7HA 1IDYA 3WNEA 3O8GA 1P7IA 4BE0A 4KAZA 1AHDP 3S1MJ 1VSEA 3LP3A 3HT3A 2MGQA 3S2HJ 2XY7A 3G1MA 4CEFA 4DQQA 4E7JA 1J5OA 3FIWA 2DFEA 3NF6A 3QQAA 2IOCA 4CERA 1JL1A 3SUOA 1NOZA 1TL3A 4E7LA 4PQUA 1UA0A 1NK9A 1T33A 2WAQN 3NAUA 3HPGA 4FLWA 4DSLA 1NK5A 4ELVA 3AVCA 1X58A 4JRQA 5EZGA 5K14A 1YTUA 1I50J 2JA7J 2M8GX 3PUFA 4DTUA 4CHYA 1HNIA 2ELKA 3SDGA 1ZBLA 4O0IA 3NGIA 2LY9A 1KLMA 3DI6A 2HXIA 4IHYA 3JREA 4RG8A 3ZQCA 2OPQA 3HGGA 4DWIA 2VKVA 1SKRA 2TRTA 3NAEA 1WI3A 4A3MJ 1T8EA 3A02A 1MBFA 3JR9A 1EF4A 3CMYA 1RNHA 4BBRJ 4H8KA 3LPTA 4C3JJ 1JLFA 3BGRA 3TAPA 5C4JJ 4M3YA 3BG5A 4C3IJ 3IH4A 2DA3A 1LW2A 3ZT1A 3IAYA 4DTOA 2M34A 2X74A 3DOKA 2W48A 1QPIA 4CECA 1K6YA 3OYLA 3B6OA 2KW4A 3OYAA 1SL1A 1BA5A 3ITHA 3AVAA 1B72B 1EXQA 5DTDA 3JRBA 4A93J 3NDKA 5EDNA 3AVLA 3K2AA 4UUTA 3G10A 4FLTA 2JA8J 2Z1IA 1JJ6C 1U45A 3A01A 4OGEA 4RW8A 3NE6A 1JT0A 2EQRA 2DA2A 3L2QA 2ME0A 3NH2A 3SUQA 3AVMA 2ID3A 3HM9A 1B8IA 2XRLA 5CYMA 4DYQA 5M5WJ 1RDBA 1YVUA 4C8LA 5KRSA 3OYMA 4W97A 1C1AA 4JX5A 4C2MJ 4CGHA 5HBMA 4CIFA 2DY4A 3BQZA 2YNHA 1NK2P 1RDDA 3I4NJ 1LWCA 3CM5A 5I42A 4RW9A 4Z4EA 3HP9A 3EZ5A 4EP4A 1RDCA 3T1AA 3HDDA 4IDKA 2E19A 3HGYA 1B8IB 4J19A 2QK9A 1RTHA 1X9SA 3RZDJ 3BR3A 1WSFA 3CDLA 3SFIA 1B92A 1TK0A 3ZSWA 2L7FP 1QVTA 1T05A 3QNNA 4J2EA 3PM1A 4Z4GA 4DSEA 2WOMA 3DRSA 1B9DA 4NCBA 1ZQ3P 3IS9A 5FRMA 4B9NA 2QKBA 2ECBA 3DLEA 4H4MA 4KHYA 3OYDA 1IRZA 4CEZA 1X2MA 4CJVA 2VWKA 1BJZA 4N56A 1JLEA 5CYQA 4M3WA 2KZMA 4MFEA 4QTRA 1R9TJ 1RBUA 3HSTB 3O8HA 4FJ7A 4WE1A 4RDUA 4KPYA 4Y52J 5BNGA 3GTQJ 3NGZA 4KHWA 2MG4A 4MO7A 4KHSA 1DU0A 1VK0A 1KLNA 3SQ1A 4CCHA 4BKXA 1XC9A 2IDOA 1YT3A 3HXMA 1UMQA 3M8PA 1BQMA 3VQEA 1MBEA 2GM4A 3SV3A 1W0TA 5IP7J 1FKPA 3KK3A 1JXBA 3UKGA 4E89A 5D3GA 5J2MA 2RN2A 2HNZA 3BR2A 4DFKA 3L1PA 5FKKA 1SANA 3KLFA 1IDZA 1Z0XA 3O4QA 2OA8A 4I7FA 2EX3A 3JRFA 4CEDA 2OPPA 5IYDJ 2L7ZA 3MXJA 1C1CA 2LK2A 1A5WA 1WH7A 2P51A 3DLKA 1ZGWA 2Z1HA 4KTWA 2EHGA 4NCAA 3LOCA 1XHZA 3LSGA 1RBSA 1S1XA 4E1MA 2DFFA 2QXFA 4DTXA 2K9SA 1HDPA 1KFSA 2KTQA 3LP0A 3KKSA 1N5YA 2KFNA 4YFUA 3SQ2A 2VUMJ 3K2PA 3VQDA 4FLXA 2DA5A 2L9RA 4FVMA 3KLIA 4KI6A 3CG7A 1FTTA 1SUQA 3P1GA 3TAEA 4CJ4A 1L3VA 3LSRA 3KK2A 2KQ2A 3HEFA 3GTPJ 2YV0X 1MBKA 3OY9A 2PY5A 2PMZN 4HCBA 4OJRA 1VSIA 4NYFA 3F0CA 1VFCA 4N76A 4CJPA 2KFZA 2R7YA 4AHUA 4C3HJ 1RETA 3ASMA 2HNYA 1X2NA 2HHVA 4CHZA 1QE1A 5IYBJ 1WCMJ 3CCYA 4Q5VA 1TWFJ 3CQZJ 4M3RA 3SJJA 2JGUA 4R5PA 1G2HA 1C1BA 1XHXA 4O5BA 2P5OA 1VI0A 4MFBA 2TCTA 3S1NJ 3DEWA 3DMJA 2LTPA 5C25A 4JX4A 1BI4A 2G8FA 2YUSA 1VSHA 1RKTA 3NCIA 3AO5A 4AUXA 3LSPA 1TK5A 3AO1A 4F3TA 5E3LA 1D9FA 2HI3A 2HYJA 4OLAA 1KVBA 3AVJA 3C94A 5T7BA 2P1JA 1W0HA 4HUFA 1BI4B 1BIUA 3HOYJ 1RCHA 1J53A 3NF7A 4IBNA 3VQCA 4FJGA 3LAMA 1ETVA 2BDPA 1JKOC 1NK6A 4UQGA 2DMTA 1NJXA 3OYGA 1HRHA 4O0JA 5JS1A 5J2NA 2XHBA 1JUPA 1QSSA 2Y1JA 4LSLA 5EGOA 4OPKA 3KK1A 1S5JA 3OYNA 2ATQA 1ZBHA 2E2HJ 5E41A 3QEVA 2XB5A 1NTCA 5HRRA 5SWMA 3PO2J 3OOUA 5GPAA 3WNFA 1TWAJ 4OKEA 4W5NA 1I3QJ 2D0AA 3FISA 3LAKA 2XY8A 2HHWA 4HUEA 4M45A 4I9LA 1TKXA 4EZ9A 2XY6A 1Z25A 3OYKA 3K5LA 1W0UA 3HL8A 3VA3A 2L7MP 3O3FA 2HDDA 5M3MJ 1REVA 2G8IA 1WH5A 4AYBN 2XGDA 2MW8A 4ZTJA 5J2QA 4PWDA 2VG6A 5GPCA 1UAXA 2JA5J 4D7NA 4DSKA 3S2DJ 4CJFA 3PY8A 3OYBA 2IBDA 2NVXJ 4X6AJ 4FK2A 4XRMA 3K5OA 3JSMA 2P81A 3S17J 3DYAA 5FKMA 1MBGA 5E3OA 5HRSA 3S3OA 3PO5A 4DQPA 2X6OA 1ETQA 4M3FA 1ZYQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UHS A;  2M2E A;  3GTM J;  5IYC J;  1RT1 A;  1EX4 A;  4FK0 A;  4MQ3 A;  4F4K A;  3WHC A;  2O7O A;  1ZBU A;  4Z4I A;  1BHL A;  2NS7 A;  2VKE A;  4MFD A;  1J9A A;  5FKL A;  1K61 A;  5FKO A;  2GUI A;  4DU3 A;  4IFV A;  4FIS A;  4FXD A;  1RBT A;  3IRX A;  2I10 A;  4TSX A;  2CQX A;  1FTZ A;  1VSF A;  4HHT A;  4IKF A;  2R7Z J;  2M0C A;  4CJU A;  4L8R B;  3VQA A;  1E3O C;  3SUP A;  4DTN A;  1IH7 A;  4C8O A;  5IP9 J;  1Q1V A;  3NH0 A;  2I5J A;  5CZ1 A;  4FW2 A;  5IP6 A;  4NCG A;  4FZZ A;  4D5C A;  1FEX A;  3Q0W A;  1S6Q A;  1WNS A;  5K7H A;  3PO4 A;  4B1R A;  4ID1 A;  2GBZ A;  3CFO A;  5F27 A;  2VG7 A;  1JTY A;  4RBO A;  3SQ0 A;  4D7M A;  1TV6 A;  1FK9 A;  4DFJ A;  1SL0 A;  1ZK8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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