4FCYA

Crystal structure of the bacteriophage mu transpososome
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
507
structure length
443
Chain Sequence
DREALWSKWDNASDSQRRLAEKWLPAVQAADEMLNQGISTKTAFATVAGHYQVSASTLRDKYYQVQKFAKPDWAAALVSEFDEDAWQFLIADYLRPEKPAFRKCYERLELAAREHGWSIPSRATAFRRIQQLDEAMVVACREGEHALMEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNLALMLAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECLREYRRRQKQLKSATKAAIKAQKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Mu transpososome structure sheds light on DDE recombinase evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transposase
molecule tags Dna binding protein/dna
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 118
structure length 443
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09039 HTH_Tnp_Mu_2 Mu DNA binding, I gamma subdomain
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4fcyA02
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4fcyA01
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 4fcyA04
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fcyA03
4KHQA 1TK5A 1U78A 1TL3A 5IYDJ 3KKRA 2DMNA 3WNHA 4W1UA 5J1YA 3DI6A 3SYZA 4JS4A 4XRSG 4FZYA 5EG0A 4DTXA 2EZKA 1JL1A 2HOSA 3U6FA 1X9WA 1Z26A 5CZ1A 5JS2A 2NVQJ 3OS2A 1FXXA 3KKSA 4I7FA 5FKKA 4DSKA 4JYKA 1T03A 3KD1E 1TGOA 1C1BA 3ASMA 2YS9A 1GT0C 3QIPA 1HQEA 1YRNA 3OYGA 4BDZA 4HNVA 3ZQHA 1AHDP 1J9AA 2BE2A 1GV2A 4K8XA 3VQBA 4Z4GA 3HOVJ 3FIWA 3S9HA 3LDSA 4QOZB 3AO5A 3JRBA 1JLEA 3V9XA 4QIWN 2Z1HA 2E2IJ 1H8AC 3A2FA 1ASVA 4M3EA 4Z4IA 2IEKA 2YHAA 3SQ4A 4FJ5A 3DRRA 1O4XA 1TV6A 4BACA 4N47A 3DLEA 4DQRA 3JRHA 2KT0A 3HOUJ 3KIOA 2CUEA 2PYJA 4DSIA 2LP0A 4CEBA 4QCLA 1HNVA 2B5JA 3OYMA 2KW4A 2XGDA 1I50J 3OYFA 3QEVA 3C6TA 2W42A 4LOCA 1MNMC 3RMDA 3AVJA 4ELTA 4DFMA 4ABZA 3AVFA 4M3YA 4DFPA 1U4BA 4FYDA 1IKWA 1ZR2A 4DQQA 3CFOA 4IFVA 3RQIA 1S6PA 3QESA 4NCBA 3ITHA 3ZQCA 3NF9A 2CJJA 2PZSA 4FJGA 4FCYA 2O8KA 3SJMA 2OYQA 4HCBA 3C6UA 3S3OA 2HW3A 3Q0UA 4JX4A 1QRYA 1REVA 1VK0A 1U8BA 3NDKA 4Z0UA 3OOUA 2FQ4A 2DFEA 3S3MA 1BI4A 1X2NA 4FM2A 2DTZA 2XB5A 1CQTA 4M41A 2G0EA 4CK1A 4OLBA 1NJYA 4EEFG 3OYEA 1EP4A 4Y7NJ 5KGXA 3ZQLA 4CHZA 4FE7A 2HXIA 4O55A 2K9SA 2XHBA 5HP1A 1RBVA 4GW6A 2RF2A 1D9DA 4B8CA 1KLNA 1TWGJ 4C8OA 2O4IA 2QK9A 1X58A 4EP4A 2IGIA 2DMTA 3HOZJ 4CFBA 1BQNA 5EGOB 5F04A 3H08A 1NK8A 9ANTA 2VG5A 3NAEA 4YNQA 3DOKA 3JRAA 3JRDA 2NS7A 3LALA 2ITGA 1CLQA 1XC5A 1WH7A 2Y9YA 4KKOA 3HL8A 3MXJA 1AKHB 4DTRA 3LSGA 4B9UA 1GV5A 2WOMA 3ZQIA 2LK2A 3AA4A 4C3HJ 3UKGA 4W5QA 4KV8A 3A01A 3OS1A 1NKBA 3D45A 1HJRA 1X2MA 1ZK8A 1CZ9A 1JKQC 4B8AB 1YTUA 2WB1N 1BIZA 4M3WA 2HYJA 1ZTRA 4FTHA 2XY8A 4AILC 2TCTA 3QO9A 1RT5A 3P5JA 2E1OA 3S17J 3W6VA 1U9OA 3HO1A 4O0JA 4CF1A 4FLVA 2WV1A 2XY7A 2GM4A 1RBTA 3RMAA 5IYBJ 1S1XA 2HNZA 3JR9A 1XG1A 3G1OA 1IGNA 2DA7A 3BGRA 1TK8A 4CJSA 3VQPA 1NK5A 4M3GA 1SL1A 3FKIJ 2VWJA 4DU4A 2CUFA 1IG9A 2BANA 3S15J 5I42A 2OPQA 4OGCA 4CJVA 4O4GA 1ORKA 4E89A 1I39A 3GTJJ 4MO7A 2Y2ZA 1QHTA 1RT4A 3QIOA 3LOCA 3ZSVA 4CHPA 4DYRA 5EZGA 1BISA 5HROA 2DMQA 1JTXA 1OCPA 2R5ZB 3MAQA 5IPAA 3S1RJ 5C24A 4CHOA 3AA3A 1POGA 2OZMA 2LVSA 2DA6A 3OYLA 4KHYA 3DYAA 4F3TA 3O4NA 2HQ5A 1K61A 3E01A 3RKQA 4B9TA 2FBVA 2HOAA 1JLAA 1RT7A 2KDZA 2HNDA 3AVAA 4DFKA 3B6OA 2XPUA 1NK6A 1IH7A 3S1QJ 3PO3J 1VSKA 2L9RA 3T3FA 3HGGA 1JJ8C 1IO2A 1RT3A 2O9LA 2IDOA 3LWLA 4W97A 3SFIA 1GUUA 1NOZA 4CHQA 4MFEA 1MBKA 3C95A 4DF8A 2HHVA 1MBJA 3ZT1A 3S3NA 1X1PA 2VG7A 2R5YA 3AA5X 4KI4A 4RW4A 5F0CA 2X48A 3U3YA 3OJUA 3ZOBA 3OYHA 1BGXT 1Z0XA 1NK7A 1KCFA 3VQEA 5KRTA 1QSLA 4XICA 4A3IJ 1HMVA 3VA0A 3SPZA 3HPOA 4E19A 5F27A 1E3OC 1UHSA 3BTCA 3VQCA 4JRPA 3L3VA 3FISA 4A3JJ 5BNGA 2KZMA 4BE1A 1A5WA 2E19A 1TVRA 5FRMA 1GOBA 3DOLA 3IH4A 5FROA 2X9DA 1TKTA 1X9MA 4BXXJ 3PX0A 1U9NA 1HDPA 3TAFA 4E7IA 1SKSA 4M3BA 4L8RB 4CEZA 3VQAA 1KVAA 3TAQA 4DW6A 4Q0BA 3HOXJ 3EYZA 4FLTA 3GTGJ 2XY6A 2G8UA 4C2MJ 4DU3A 4E3SA 1OCTC 2K9NA 1RT1A 3OYJA 4MIMA 2WAQN 3BR2A 1RPWA 1KSPA 2E2HJ 3AVHA 5JS1A 1H88C 3RZDJ 1JLBA 4E7HA 3S1NJ 2HI3A 3LP1A 2MG4A 1RDAA 3A02A 5I3UA 1QTMA 1UG2A 3PY8A 4M3FA 1HYVA 3VQ4A 1ZBIA 4CEFA 4R5PA 1Q9YA 1JUPA 4Z4CA 1QPIA 1G2HA 4DSEA 3CMYA 4DQPA 1J54A 3HB9A 3G1LA 1BA5A 3VQ9A 4DTSA 1Q8IA 4RW9A 3TARA 1NK2P 2DFHA 4GVMA 4IDKA 4MFDA 4HUGA 5GPCA 3IH2A 3L8BA 4CGGA 3HYFA 3AA2A 1BCOA 3PV8A 2JA6J 1RTDA 4ZHRA 1ZBHA 1EF4A 1VSHA 4CE9A 2AJQA 3PO2J 1WSEA 1TWAJ 3VQDA 1JLFA 4A3LJ 1W9HA 2P5GA 3TAMA 1XHXA 1LFBA 2JWTA 5F08A 3K2PA 3I8DA 3QERA 4DSJA 1XC9A 1SKRA 3ISNC 3QPSA 1PUFB 1GOCA 2DA4A 1BW5A 1IV6A 2ME6A 3HT3A 4DSFA 3JYTA 3QPLA 2OPPA 4CIFA 3MEGA 1UWBA 3BG3A 3AV9A 2XRLA 3ZSXA 1EKEA 3ZQFA 3PX4A 4HUFA 3MVPA 1ETWA 5GPAA 3RTVA 4H8KA 4BDPA 2E4LA 4RDUA 2OF7A 1WN7A 3VQ7A 1B72B 2W48A 2XB0X 1VSFA 1W0HA 3DRSA 4DTPA 2DA1A 4KPYA 4FJ8A 2FD5A 1JGGA 2RKIA 3OS0A 3SNNA 3TI0A 4DU1A 3CQZJ 2DN0A 2X6NA 3LAKA 3HK2A 4PQUA 3KK1A 2ZE2A 2EHGA 2Y1JA 3JRCA 2DA2A 3HGYA 3LP2A 1ASWA 4GMJB 4C3IJ 2KFZA 4L5EA 2OPSA 3ZQGA 5DK5A 1VSMA 3NCIA 4CJEA 3O8GA 4DYCA 3K7AJ 1J5OA 4CJWA 4JX6A 3ZCMA 2QKBA 1OJLA 4DLEA 3OYIA 2JA5J 1TWFJ 5E3MA 5FJ8J 1RESA 4FJXA 1UMQA 3O3FA 3NF6A 5M3MJ 2Y31A 2ZQBA 5CZ2A 4A3MJ 2IAJA 3BR1A 3FK7A 1BHLA 4KHWA 3CM5A 4CYCB 4D7NA 1TC3C 2XRIA 2DJNA 4CJQA 3L2WA 2G8IA 2XY5A 3MN2A 5D3GA 3NARA 3AVGA 1B8IB 3WHBA 2DFFA 2Y1IA 4I9QA 3AVCA 1BJZA 3LP3A 2VKVA 2JK3A 3T19A 3BR3A 2E2JJ 2HHXA 4F4KA 4CJKA 4HCCA 2Y0SN 4CEAA 4DS5A 4AHUA 4FZZA 4OGEA 2HOTA 3CCYA 1VFCA 3V9SA 3VA3A 3QEPA 1LW2A 3CM6A 2FJ1A 4E7JA 3OYAA 3SCXA 4FLZA 3DLHA 1WSHA 3SQ2A 1NJWA 1QVUA 1ETXA 3F9KA 2E6MA 2WONA 3AVMA 3ZSQA 4AHVA 4V2GA 5J2NA 2XPWA 1D9FA 4AHCA 4W5TA 2DA5A 3MKLA 2L7MP 5C4JJ 3QEIA 4DTUA 3NH1A 2FBTA 5J2MA 1HYSA 2EZLA 2I5JA 3BR0A 4CFDA 3B6PA 1ZQ3P 4E1MA 4CEEA 1EX4A 4IHVA 1Q1VA 3HPHA 4AHRA 3Q0WA 1HRHA 1RT2A 3THVA 3BDPA 4W5RA 1LAWA 5EYRA 3LSPA 3PO5A 2LD5A 2JLEA 2DMUA 4XRMA 3ALYA 3SUQA 1XWLA 3KLIA 5HLFA 1ETQA 4DLGA 4OKKA 1LAVA 2X78A 1XI1A 3KK3A 3CDLA 3QINA 3Q3SA 2HHWA 2MW8A 1RR7A 2KTQA 1JUMA 3TABA 2D0AA 1WH5A 4OVLA 2TRTA 2EQRA 1ZR4A 3QQAA 3HDDA 4ZTFA 1BCMA 5J1UA 3NHGA 1WSJA 3KLHA 4V2FA 2OPRA 1ZGWA 3IRXA 4FLUA 4W5OA 3S2HJ 4FJHA 3I0RA 1D8YA 1R0AA 3L2QA 1KFSA 2F96A 3TP3A 3DCFA 4FJ9A 2I10A 2G8WA 1T56A 1HDDC 2HNYA 3GTLJ 4QAGA 4X6AJ 3BQYA 1ETKA 4B4CA 4KTQA 4KHUA 4A3KJ 3L2VA 4UUSB 4PY5A 5J1EA 3GTKJ 4BWJA 3V1QA 5M5XJ 4B9VA 1FK9A 2CQQA 1NKEA 4D5CA 1JJ6C 3ZSOA 1WLJA 5F0HA 4DF4A 3M8PA 4RG8A 2IAIA 3LPTA 3KD5E 2Z1JA 4M3RA 4BY7J 3HSTB 2MSYA 1LE8A 5EG0B 4BBSJ 3QNNA 4JLHA 4M3ZA 4HHTA 1UAXA 1WGXA 4LSLA 3HXMA 4CJ3A 1IDZA 3DRPA 4NYNA 3C2BA 2JJ7A 5HRRA 5J1RA 3QEWA 2XGCA 3V1OA 3EY1A 2IS3A 4J2BA 2R93J 1NJZA 2BDPA 3QEXA 3SUNA 3LNQA 1RTHA 3K59A 1QE1A 2YHBA 3ZT4A 1YRNB 1EXQA 1S6QA 1P7JA 1YVUA 4FK0A 2OA8A 5SWMA 3CYMA 3G10A 3TR8A 3KLFA 1S1WA 4E1NA 4I2QA 4OPJA 1TWHJ 1RDDA 4G1QA 4AHTA 1NJXA 4IG3A 3GTQJ 1JLGA 1RDBA 1YT3A 4FLXA 1RTJA 4TSXA 2PYLA 3HM9A 1BQMA 1RT6A 4JRQA 4IHXA 1QVTA 5F0FA 4I6ZA 5KTQA 5CY4A 3SZ2A 4KB0A 3DLRA 3HP9A 1D5YA 4F3OA 2P5OA 1JT6A 4QSHA 5KGWA 3HKZN 4CJLA 2L7FP 4CGIA 4JS5A 1ITYA 4A3DJ 1ETOA 4CIGA 1JKHA 1RDCA 4FJKA 4B3OA 1C1AA 4Y52J 1GOAA 4B08A 4M3XA 2JA8J 3OY9A 4CFAA 5IP7J 1VSEA 3SDGA 1QS4A 4M3UA 2QCOA 3RRGA 2H1KA 1Y1VJ 3I4MJ 1ZBLA 3QNOA 1TKDA 4CGFA 1KVCA 1NK0A 2XO7A 4DS4A 2EH3A 4C8MA 5M3FJ 4J2AA 4CJ5A 4Z4HA 1U04A 1JT0A 5IYCJ 3RR7A 4DQSA 1DTQA 2ETJA 2VG6A 2HMIA 4BE0A 3TAPA 5GP9A 5C4XJ 2LR8A 1MU2A 5DMRA 3CFRA 1C0MA 5SZTA 3D1NI 1HF0A 4B1RA 2ZB9A 4CGHA 2ECCA 1ZBFA 1BI4B 4M3TA 3DEWA 1JTYA 5DS9A 3SUPA 3WNEA 1JXEA 2NOGA 5KRSA 3VQQA 3TP0A 3TAEA 3TAGA 3M4OJ 2YKNA 3JREA 2COBA 4YFUA 2CQXA 3L2RA 1WI3A 1RBRA 4FXDA 4NCAA 2KQ2A 1N5YA 1WSGA 1L3TA 4I76A 4CEQA 2M8GX 5K7FA 1VRTA 4M3DA 4OKJA 1UOCA 1NK3P 3FFIA 1FIPA 3TW6A 4QTRA 2A1RA 4DQIA 2HVHA 1Y97A 2D5VA 3BTIA 1FKPA 1DU0A 4AH9A 4F2SA 4UQGA 4J19A 1TKXA 2JGUA 3MEEA 3SQ0A 5CYQA 2PY5A 5FKMA 2FBYA 2F8SA 4BY1J 1ZKGA 4EP5A 4S0HB 4ZTJA 3OSFA 4FZXC 1U45A 5HBMA 3M8SA 1WCMJ 1MBEA 3AVIA 1VSIA 3LZIA 4N5SA 1MBGA 3M8RA 4O5BA 4AUXA 3RRHA 5FLMJ 1GVDA 2X6OA 2LKXA 3A01B 1SV5A 3PX6A 1MSEC 5FDLA 4IBNA 2HXOA 2K40A 1KRPA 4BDYA 4FJLA 4KHNA 2VI6A 4DTJA 1EETA 1T33A 4Y1DA 4O0IA 1ZYQA 1JLQA 4RW8A 3NBPA 1YTAA 4FW1A 2Y9ZA 1T8EA 3OYDA 5M5WJ 1A6IA 5EGOA 2O7OA 4A93J 2GBYA 1WAFA 3MECA 2B63J 1L3SA 1VSJA 2OZSA 1MH4A 4D5FA 1W0TA 2Z1IA 2JA7J 1N6QA 4CHNA 3JRFA 2L0KA 2EZHA 1F21A 4A3EJ 3TWHA 4ID1A 1HLVA 1JKOC 4A69C 3PUFA 3MXIA 4ELVA 5T7BA 2P81A 3KTQA 3HBLA 3SQ1A 2LTPA 1AKHA 1A5JA 5FKLA 3HM5A 3ZT3A 2R92J 4Q5VA 1HOMA 4CF8A 4C8NA 2DA3A 3V6DA 4FJMA 4W5NA 3G1MA 1P7IA 3K2AA 4Z4FA 2EBIA 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 1ITG A;  1H89 C;  4LH4 A;  3NGI A;  4FJN A;  4CK3 A;  4BBR J;  3CFP A;  3K5M A;  4M45 A;  4CHY A;  4B3A A;  3UIQ A;  4CCH A;  2AO9 A;  3VQ8 A;  4OLA A;  1FJL A;  3RMB A;  5IP9 J;  3TED A;  4CES A;  3AVB A;  2BGG A;  4K8Z A;  3TW7 A;  3LZJ A;  4HTU A;  1XHZ A;  3AO1 A;  4B9M A;  5E3L A;  2QXF A;  3EZ5 A;  4CK2 A;  4B9N A;  3K57 A;  4XID A;  1VSL A;  4PA1 A;  5FLV A;  2X6S A;  2HHQ A;  2VWK A;  2G8K A;  1LE8 B;  3HPG A;  2HHS A;  4FJJ A;  1K6Y A;  2Z1G A;  1HCR A;  4E0D A;  1JL2 A;  2ATQ A;  3BT9 A;  2B4J A;  1T05 A;  4FLW A;  1S9E A;  4LH5 A;  1NTC A;  2B6A A;  3SJJ A;  1X9S A;  2Y30 A;  3NF8 A;  1CXU A;  3I0S A;  3S1M J;  4FK2 A;  1W0U A;  4LD0 A;  4UUS A;  1NKC A;  4FJI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4M7A G;  2PMZ A;  2LP0 A;  3GFL A;  4QCL A;  2B5J A;  3OYM A;  5CCA A;  1UEL B;  2XGD A;  4P96 A;  5D7U A;  1JU5 C;  3C6T A;  4C0D B;  2ICW G;  4ELT A;  4DFM A;  1WSU A;  4M3Y A;  3ZMZ A;  1IKW A;  5J39 A;  1FOK A;  2KZG A;  3DJC A;  3NF9 A;  4I02 A;  1K1Z A;  3RUX A;  4FJG A;  2DX1 A;  3O3K A;  2HQE A;  3SJM A;  3R60 A;  2DRK A;  3S3O A;  3C6U A;  4WXD A;  1QVG S;  3Q0U A;  1SSH A;  1WHL A;  1U8B A;  2HVR A;  3NDK A;  4Z0U A;  1X2Q A;  1ZBS A;  2FQ4 A;  3S3M A;  2OZU A;  1R77 A;  5I11 A;  4FM2 A;  3ZMT A;  2XB5 A;  1BIB A;  2DTI A;  2G0E A;  4L0Z B;  1GXI E;  3JCM f;  1V4T A;  5KGX A;  3F8N A;  1SHF A;  2XHB A;  2F4I A;  4O55 A;  3ME9 A;  3ECO A;  2RF2 A;  2F2W A;  2A36 A;  2QYZ A;  2NRT A;  4C8O A;  5ICF A;  3CMA I;  4EP4 A;  2O8X A;  4Z6Y A;  4OMN A;  3ULE A;  1CF7 B;  2RQV A;  1W2B P;  3QPT A;  4LIV A;  1VQ6 I;  9ANT A;  3VYH B;  4AFU C;  3CCL I;  5IAY A;  3IHU A;  2ZJR F;  4YNQ A;  4L5J A;  3G73 A;  3G6E N;  4KH0 B;  4N0A C;  1QGP A;  4YOT A;  1YHQ N;  2EFI A;  1KQS P;  1YTY A;  4KUM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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