3L2V | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0420507959823189__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0420507959823189__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3L2V/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0420507959823189__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0420507959823189","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3L2V/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0420507959823189__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d17f71793a465de6758cdf9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d17f71793a465de6758cdf9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d17f71793a465de6758cdf9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d17f71793a465de6758cdf9/pdb.gz): 640 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Recombination/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	97
structure length	365
sequence length	365
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2009-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	3l2vA04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	3l2vA01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	3l2vA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3l2vA03

4RW8A 4BE2A 1X9MA 3RWUA 4C5GA 3KLEA 3AA4A 1RT6A 2RJEA 3KKSA 1JLCA 4IFVA 3FEOA 2HVHA 3NGYA 1L3VA 4KTZA 1GOAA 4ID1A 3AVFA 4N41A 2G8WA 1VSDA 2OZMA 2X6SA 4N4HA 3LZJA 2QKKA 3V9XA 2PQWA 1YTUA 1RT2A 2O4GA 4CHZA 4FJ5A 4CFDA 2VWKA 1KRPA 1C6VA 3NH0A 3C6TA 1DLOA 3L8BA 1HPZA 2HNYA 3OS2A 3MEVA 4B8CA 3VA3A 3O4QA 1KVAA 2ITGA 1BI4A 2D9TA 4DSEA 1LWEA 4M41A 4NCGA 3RMBA 4DFPA 4QQGA 1LW0A 2RHUA 4JRQA 2FC0A 3V1QA 3OYKA 2HQXA 4DTSA 4MQ3A 5IN1A 2XY7A 1VSIA 2DAQA 2XHBA 3IG1A 1JLGA 2Z1GA 5HBMA 3FLGA 1RT7A 1S1XA 4EP4A 3ZT3A 3ZSRA 3L2VA 3S9HA 1RDAA 1IO2A 4DSKA 4RW7A 1ITGA 3UT1A 4AHUA 4HUEA 3SUQA 1IKXA 4ZHRA 4M3TA 1LV5A 4HHTA 4FCYA 4CFBA 3OMCA 4DTXA 3PV8A 4O4GA 2E5QA 4E1MA 3QINA 4WE1A 3MAQA 4FLUA 1QSYA 3LGLA 3MXMA 1NJWA 4E1NA 1IKYA 4OVAA 4R5PA 4DTRA 2W42A 3SD4A 3AO5A 3H8ZA 4CJWA 2KZZA 4CHQA 2G8KA 1XWLA 2R5MA 5C0MA 3SQ0A 3TAGA 4AHSA 3OYMA 1VSKA 4CEZA 4DTPA 2NUBA 3VQPA 3RR8A 4KTQA 1WSHA 3VQDA 1RT1A 3TABA 3LP3A 2YKNA 3ASMA 1DTTA 2A1RA 4OJRA 3QEVA 4MFBA 4DWIA 3V81A 3O3HA 4CJRA 1JLAA 4GW6A 2FBTA 1KLMA 1VSFA 1BQNA 3LWMA 4CGIA 3SV3A 3ULDA 4OKKA 4IKFA 2LTOA 3SJJA 3NF6A 3BDLA 3SCXA 3AA3A 4CJVA 1HNVA 2IG0A 2LDMA 2OPSA 2Y1JA 4N5SA 2OPPA 5CIUA 1VSEA 3DLGA 2G8UA 4I2PA 4FW1A 2HHUA 4M3RA 1S5JA 3P8HA 3V1RA 4E7IA 3GOXA 4DU1A 3TAMA 2B6AA 1RDBA 4CF9A 1HJRA 3NHGA 3CFRA 3ZSXA 1WN7A 4FK4A 1HNIA 4B08A 1I3AA 3AVIA 2BE2A 3QETA 3HPGA 4IUTA 3SUOA 2FBYA 3NAEA 3HXMA 2DFEA 4K8ZA 1XI1A 5J2MA 4HUGA 4A4FA 1VSJA 5T7BA 4DTNA 4FM2A 4E7KA 1Y97A 3A2FA 2JGUA 3JYTA 1QSLA 1KCFA 4PL6A 4C8KA 5K14A 4Z4CA 3OYGA 5KCHA 3U6FA 3KTQA 4LD0A 1RBRA 2EX3A 1S1TA 1YT3A 2BKDN 3NTHA 4EDUA 3DLRA 3HPHA 4CECA 3IAYA 2R57A 1ASUA 1RBVA 3HVTA 2XK0A 4OPJA 4KB0A 3IS9A 3E01A 4E19A 1CLQA 1LWFA 4O55A 2MWOA 4RW4A 2Z1JA 4CESA 1T05A 2R58A 4CGFA 4AHRA 3ZEHA 3AVKA 3VQAA 1XNIA 4W5TA 2DFHA 4E7JA 1HYSA 2G8VA 1G5VA 1YTAA 5C42A 2Z1IA 1TK0A 1J53A 4CEOA 4FLWA 1ZBIA 1HYVA 2ZE2A 4ELVA 3VN5A 5HRPA 4Z4FA 1UAXA 3EAEA 1JLFA 2DIGA 4KHSA 1QQCA 1Z25A 1TL3A 2EQKA 3DRSA 4CHOA 4OVLA 4FLZA 5JS1A 4PLIA 1JLBA 2KTQA 4GY5A 2FHDA 5IAYA 1EXQA 5HRSA 3NGZA 1Q9XA 3NF7A 1NK4A 4CIEA 4ID5A 5HRNA 3H08A 3LP2A 3DYAA 4B3OA 2RKIA 3LAMA 3AVGA 5J26A 3QBYA 1SSFA 3OB9A 3C6UA 1Z26A 4PQUA 4PWDA 3OYEA 2HHVA 2RJCA 1XC9A 2R5AA 3SNNA 5J1EA 3MXIA 4M3ZA 3L2WA 5J2NA 2IOCA 1NKEA 4PY5A 1OYXA 1R0AA 2OA8A 4KFBA 3AO4A 3SI6A 3RMAA 4FK0A 3T19A 2ETJA 3DM2A 3G10A 3HO1A 3M8QA 3VQ9A 2O4IA 4OLBA 5FRNA 4Y1DA 3RR7A 1NK0A 1B9FA 4FJJA 2O4XA 2OYQA 3RMCA 2B5JA 3V9WA 1T03A 4M42A 5FRMA 2IS3A 4G1QA 2RI3A 3HK2A 3NFAA 3LGFA 2WOMA 4E3SA 1KVCA 4KPYA 4FZZA 3F73A 4CJLA 4FM1A 1NKBA 1CZ9A 4CEFA 3AA5X 3K5OA 3LANA 1S1WA 1RTJA 3TI0A 4E7HA 2R7YA 3V9SA 3WNFA 4FJ9A 3T3FA 2HHXA 3OYJA 4IUPA 3QIOA 3RRGA 5HRRA 3O3FA 1MHNA 1BCOA 3ZSWA 3ZSYA 2DIQA 4N4GA 1NOZA 1Q8IA 1YVUA 3VA0A 1TGOA 3ZSVA 4KHYA 3QEXA 4F2RA 1ZYQA 2HQEA 2RHYA 1QHTA 4AH9A 3KD1E 4C8MA 4C5IA 1SKSA 3E9FA 3NE6A 3D0PA 4Z02A 1X9WA 1BI4B 4Z4EA 2BGGA 4DG1A 1C0UA 4K8XA 2E6NA 5SWMA 3NCIA 4BWMA 2G3RA 4CK2A 4IUUA 1SL2A 3PFSA 2RJFA 4B9LA 1J5OA 2BUDA 2VG7A 2HNZA 1F21A 2B8AA 3AO2A 4KHNA 5M9OA 1WSEA 1ASVA 3L2UA 3PX0A 1TKZA 1X9SA 3HL8A 4KHWA 4CRIA 5C6SA 3B6PA 4CK3A 1L3UA 4W5OA 2RPIA 4ZTFA 1RBSA 2OZSA 1WSIA 1KLNA 4JS5A 3LX7A 2RN2A 2BIVA 4DFMA 3DLEA 2YRVA 3K5NA 4F3TA 1WSGA 4A4HA 3VQEA 4A4GA 3OA6A 4O0JA 1LWCA 2KW4A 3HM9A 3PO4A 2OPRA 4I9LA 3MP6A 4OLAA 1K6YA 3KLGA 3SQ4A 2G8IA 4NCBA 1BQMA 4CJPA 4N4IA 3THVA 4HTUA 2YNGA 4DTMA 1QTMA 1WGSA 2X4WA 3QLHA 4QQ6A 4J2DA 4FJKA 4CEDA 4CF8A 2XDPA 2XY5A 3WNGA 4QQDA 1RTHA 2QQSA 2GUIA 3PX6A 1QS4A 5D6XA 2RO0A 4CJ4A 3DB4A 3RRHA 3S3NA 2Z1HA 2VWJA 4OKJA 1B92A 4IBNA 2BDPA 4CJQA 1ZBFA 1IH7A 2HMIA 5FROA 4DSIA 2X6NA 5D6YA 5J2QA 4CGJA 3PO5A 4DFJA 3AO3A 4E0DA 2E6MA 4DQQA 3TR8A 1TK5A 3QKJA 2CKKA 1D8YA 1BGXT 3UWNA 3KK3A 2X78A 4C5HA 4ICLA 1SKWA 4BDPA 3AVAA 4CEAA 3SYZA 1N5YA 1WAFA 2F96A 4Z4GA 5HROA 4CJSA 1TV6A 4Y1CA 4FJIA 4FXDA 2GV9A 1B9DA 4DLGA 1RTIA 3NDKA 3F9KA 3PMTA 4M3UA 3UIQA 4M3XA 3LPUA 1J9AA 3AO1A 1WNSA 1NK9A 3TWHA 4LSLA 1UA0A 1H3ZA 3LYIA 3ALYA 1FKPA 1BIUA 1G15A 1A5XA 3SZ2A 1D9DA 3DRPA 1RDDA 1NJYA 4DF8A 3NNQA 1FXXA 2HW3A 3QJ6A 3C94A 3CFOA 4F8RA 3NTIA 4W5QA 4FZXC 2IC3A 2RHXA 2VYTA 1RBUA 3HYFA 3L3UA 3M8RA 3L42A 1EX4A 3I8DA 4CEQA 4N56A 1KFSA 1SV5A 2OPQA 2HB5A 2YHAA 4F3OA 1RI0A 3OQ5A 1GOBA 3K5LA 1VSLA 2XY6A 1QE1A 4CJTA 3WNHA 3QO9A 2L3RA 4CFAA 1EP4A 1TKDA 2K3YA 3FC3A 4Q5WA 4KAZA 1RT4A 4FM0A 4JLHA 4BE1A 2EQJA 2RHZA 3B6OA 1BIZA 3D45A 2DFFA 4OPKA 3ITHA 3KD5E 4FLTA 4IDKA 2DY4A 1ZBUA 4C8LA 1WJQA 1DTQA 1U45A 3OJUA 3NGIA 2RHIA 4O5BA 5KRTA 3CM6A 3MEDA 4HUFA 3SQ2A 1C0MA 1VRUA 5KE3A 4M45A 3LAKA 3EZ5A 2P0KA 5CYQA 5KE2A 5CY4A 1U04A 4BACA 4DU4A 4UQGA 3ASKA 4CF0A 1VSMA 3KLHA 1HQUA 4HCZA 4KRFA 2RI5A 4B9WA 4Z0UA 1VSHA 2XY8A 3MEEA 2X74A 1KTQA 5JS2A 4H4MA 3OJSA 4Z4IA 3DI6A 1QSSA 3OY9A 3ME9A 2HVIA 3ISNC 3ZT2A 2GFUA 1TVRA 4LD6A 1SL1A 2L89A 4CEEA 2E4LA 4CFCA 1KVBA 2EKOA 4CF1A 3META 1S6PA 1EETA 3OYFA 2LRQA 4CJ3A 4GMJB 3AV9A 3HSTB 1JL2A 2QKBA 1U48A 4RG8A 2RF2A 4O0IA 3KUFA 3M8SA 3S3MA 4BE0A 3DOLA 2MWPA 3PNWC 1S1UA 3MEUA 4I2QA 2L8DA 3PMIA 1T8EA 4L8RB 1LAVA 4II1A 1S9EA 1RT3A 2HHWA 3K59A 3AVJA 1W0HA 2KZMA 1WSJA 4AHTA 2A1SA 1SL0A 3PUFA 4FLXA 2LVMA 2G8HA 2XO7A 3AA2A 4CJKA 1U47A 3AVBA 4FJXA 2O4XB 3BGRA 3OYHA 3AVNA 1ZBHA 4FJ7A 3MEWA 4PUOA 4EZ9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3L2VA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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