3OYBA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti mk2048
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (8-17)S3 (44-47)EMPTYTII1 (21-24)S1 (30-33)TI1 (25-28)S2 (36-41)TIV1 (32-35)3H1 (51-53)AH3 (69-78)TIV2 (82-85)AH4 (85-94)S12 (361-365)TIV8 (327-330)TI'2 (136-139)TII2 (120-123)3H3 (214-217)TIV5 (158-161)AH8 (218-235)S4 (124-130)TII3 (235-238)TIV3 (135-138)TIV4 (147-150)S5 (141-147)TIV6 (210-213)AH9 (246-255)3H4 (243-245)S6 (153-158)TI3 (148-151)S7 (181-184)S8 (205-208)O1 (239-241)AH11 (288-301)TI4 (258-261)AH10 (265-270)O2 (274-276)TII4 (276-279)TI6 (281-284)TIV7 (311-314)TII5 (318-321)TII6 (331-334)S11 (351-355)S10 (337-348)TIV10 (356-359)TI2 (41-44)AH2 (54-64)AH5 (97-102)TVIII2 (179-182)3H2 (188-190)AH7 (193-201)TI5 (259-262)TI7 (283-286)S9 (321-326)TIV9 (346-349)AH6 (163-175)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination,viral protein/dna
source organism Human spumaretrovirus
publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV integrase
total genus 107
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oybA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oybA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oybA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oybA03
4CJPA 3SZ2A 4FLXA 3HPGA 1RI0A 4QOZB 2R57A 3O4NA 4CJWA 2RI3A 3HVRA 4A4HA 1OZ2A 1KLMA 4KREA 3PFSA 1XI1A 2HHQA 2GFAA 4LH4A 4HCBA 4F3TA 2HNDA 3LPUA 4E89A 2AJQA 1LWFA 3S3MA 2F8SA 1VSEA 4AHRA 2HQXA 4CCHA 3FDRA 5FRNA 2QKKA 4GMJB 4W5RA 1JLGA 3VQBA 3SJJA 4C8OA 2FBYA 1NK7A 4W5NA 5J2QA 5IN1A 2E4LA 2LRQA 2D0BA 3KIOA 4FW1A 4DU1A 2DTUA 3HK2A 5J26A 1VRUA 4M3UA 3LALA 3ZSRA 1A5XA 3C94A 3RRHA 1LWEA 2X4WA 4N5SA 3UIQA 1TK5A 3WNGA 3MECA 3QEVA 1ASVA 3E9GA 4IFVA 3AVFA 3RMAA 3LWMA 4N4HA 1JLEA 3MEAA 3LP1A 3NBPA 3LZIA 1T03A 4KO0A 1XHXA 3HO1A 2D5RA 4EDUA 1XNIA 3QIIA 3D45A 2HHTA 4YFUA 1WJSA 2HHVA 4FZZA 4BWMA 3ZCMA 1C0MA 4RW7A 4X34A 2ZD1A 4DSIA 1L3VA 4IURA 1ZBFA 2WACA 2E5QA 3ULDA 4E1MA 4B9VA 4NCGA 3S6WA 3KLHA 1UA0A 1JL1A 2LVMA 2BIVA 3HT3A 4EZ6A 3OY9A 1BCOA 1WSFA 1FKOA 1KVCA 3OYMA 1L3UA 2FBTA 4CJLA 3DB4A 3NGYA 4DG1A 3CFRA 2DFEA 4FLUA 3AVHA 4OGEA 2YNIA 4CFBA 3NE6A 5CYMA 3OYGA 1Z26A 1GOBA 1NJXA 1JLBA 4FK0A 4CGHA 4FJKA 1RBTA 4E3SA 4C5IA 3HSTB 2G8VA 2EKOA 3LPTA 4Z4IA 3RMDA 5KGWA 3OYHA 1LV5A 3QKJA 3LLRA 1Y97A 2LTOA 4CHZA 2R7YA 4BDYA 1UWBA 4CERA 1S5JA 3V9XA 3OYIA 1CXQA 3NCIA 3RMCA 4PY5A 4IUTA 5CY4A 4A4EA 1X9MA 4E7HA 3I0RA 4FK2A 1RT5A 2RJFA 3AA2A 4N56A 2YRVA 5HBMA 2RHUA 3NH1A 3PX6A 2JZ2A 5KRTA 3C4SA 1HRHA 4M3XA 3LP3A 1SL0A 1BL3A 1NKBA 4AHCA 4I9LA 2HHSA 4KHQA 4HCCA 4CFCA 1TKXA 4GW6A 3OYAA 2YKMA 3AVKA 1VSIA 1LW2A 2BGGA 3OYCA 3SD4A 4CEOA 3D0PA 4FVMA 4DSFA 1HQUA 3F9KA 3V6DA 3AVMA 3CYMA 3MEEA 2YHBA 1KCFA 4FLZA 1CXUA 2EQUA 4F3OA 1RDBA 1JXBA 3HYFA 4CFAA 4BWJA 2HHXA 4Z4CA 3TABA 2GUIA 4RW6A 4CHOA 4DFMA 1TKTA 4OGCA 1BCMA 4KAZA 4ID1A 4E7JA 4CESA 1YT3A 5C24A 2BDPA 3VQQA 2IDOA 3C6TA 2NLUA 3ITHA 1KVAA 3K5LA 1OYXA 3QIOA 3VQPA 3NTIA 3T1AA 2MWOA 2X78A 3O3GA 3P5JA 1RT2A 1ITGA 2GBZA 2KQ2A 2ETJA 2EQKA 3NF9A 4DTSA 4DS4A 1C6VA 1B9FA 3IG1A 1CLQA 2P1JA 4FLTA 2P5OA 1BGXT 1C0UA 1EXQA 2QKBA 3SUNA 4FZXC 3AA4A 3AO3A 3H08A 1VK0A 2KFNA 5C42A 1VRTA 1WN7A 2QQSA 4KHUA 1D5AA 4KV8A 4DLGA 1TAQA 1RTJA 3TAMA 4FJMA 1S1UA 1C0TA 3VQ8A 4Z4HA 4II1A 1ZYQA 4BACA 4CHYA 5J2NA 4CF9A 3QEWA 3FEOA 5KH6A 1KFSA 4HUGA 4N41A 1IO2A 1RBSA 1RILA 4OKEA 1KLNA 3OS0A 3RTVA 1YVUA 1IKWA 2XHBA 3OMGA 3ZSYA 4J2BA 4NCBA 4FJ8A 3CFPA 2A1SA 2X6SA 1YTUA 1NK8A 2Z1GA 2RKIA 4DFKA 3SUPA 2HVIA 1EP4A 3V9UA 4O4GA 4CGFA 3VQDA 1ZBLA 2KFZA 1HNVA 3P83D 3AO1A 4DU3A 3DOKA 3NAEA 2JGUA 4B9WA 4EZ9A 2F8TA 1VSLA 3SUQA 4F4KA 1XC9A 2XDPA 2GFUA 4IKFA 2IS3A 2ZQBA 1WSGA 2XO7A 1K6YA 4DF8A 3NF6A 3MXMA 1OZ3A 3C6UA 3L42A 4QW2A 3K2PA 3V1QA 1N5YA 5HRRA 2YNFA 4QQ6A 3AVBA 3KLEA 5HRNA 3PUFA 1IG9A 2D0AA 1UOCA 4IUQA 2DAQA 2HW3A 4H8KA 3FFIA 3T19A 4Y1CA 1UAXA 4PWDA 4KI6A 4M42A 2KZMA 1G5VA 3M9QA 1TL3A 3OYLA 1SKSA 3SV4A 4JS5A 1C1CA 4F2SA 2JLEA 4N47A 1D9DA 4AILC 3VQ4A 2K3XA 4CEBA 2OYQA 1XHZA 3HJFA 4QQDA 4BE1A 4IBNA 3QESA 2Z1IA 1QQCA 1Z25A 3TAEA 3I8DA 4DTJA 3ZEHA 1OI1A 3DRSA 3LAKA 4RG8A 4J2AA 3KTQA 2L89A 1W9HA 3QBYA 4C8NA 4CJ5A 3K5MA 1I3AA 4C8KA 3QEIA 5J2PA 3CFOA 3KKRA 5CZ2A 2R58A 1BI4A 1J5OA 3V4IA 5D3GA 4DQIA 1VSJA 4ELUA 1KVBA 1UA1A 3LWLA 4ZTJA 3BDPA 4C8MA 2OZSA 4CEEA 1KSPA 5C25A 4B9XA 2EQMA 2ZE2A 3TR8A 4KPYA 5HRSA 3PX0A 4B9SA 1S1VA 3U3GA 4B8AB 1TK0A 4DQQA 3VA0A 1TAUA 4L59A 3LZJA 3MXJA 4KB1A 1HQEA 1L3SA 4CIGA 3DLHA 3NGZA 2A1RA 2X35A 4RW4A 3MEVA 1QHTA 3META 1U48A 1BQNA 2IGIA 2HHWA 1HNIA 4CRIA 3MAQA 1B9DA 2RHYA 3RR7A 4I7FA 2I5JA 4B3OA 3UWNA 2WOMA 1TGOA 4ELVA 3ZT4A 2B4JA 4N4IA 1D9FA 4FM0A 1HMVA 1KFDA 3PV8A 2QXFA 1BIUA 4Q5WA 4Z02A 1R0AA 4NYNA 4NS5A 1RT4A 1FXXA 5KGXA 3V9WA 1WAJA 2FBXA 4B8CA 4FZYA 3SCXA 3NFAA 2VG7A 3HP6A 3K5NA 4R5PA 3AA3A 1I39A 2E6NA 4H4OA 4OVLA 2X6NA 2YHAA 2PYLA 3OYNA 4FJJA 4C8LA 2G8FA 4RW9A 4NYFA 4FU6A 4CJVA 4M3WA 3OB9A 3L2UA 3RR8A 4M3YA 1J53A 4IFYA 3P8HA 4AHVA 4JRPA 1N27A 1O1WA 4L8RB 3DMJA 1S1WA 1BI4B 4FJ7A 3K58A 4CECA 1WGSA 4B9NA 4FLWA 5E41A 3DRPA 3O3HA 4DTMA 2OA8A 4KFBA 4DSLA 4CEAA 1S1TA 3OJUA 1FKPA 4LSLA 4Z0UA 4CJQA 3OYBA 4M3ZA 2KW4A 1TVRA 4J2EA 2M16A 3CM6A 4C5HA 3S3NA 4UQGA 1QS4A 1RTHA 3K57A 1WLJA 3PX4A 1S1XA 4PQUA 4PLLA 3KLFA 3QNNA 4AH9A 4OPKA 1H3ZA 1U04A 2OZMA 3EZ5A 3TAGA 1N6QA 5D6YA 4YNQA 3CG7A 3VN5A 1WJRA 1RBUA 4G1QA 1CZBA 2Z1JA 1LAVA 3LGFA 4FLYA 4W5OA 3DYAA 4BE2A 4KI4A 4KHYA 1IKVA 4OKKA 4TSXA 3QLHA 3NF8A 5JS2A 3UT1A 3CQ8A 1HJRA 5D6XA 4CJEA 4JS4A 1EX4A 4DSEA 2FC0A 2Y1JA 2RJEA 2YNGA 3HVTA 1RTDA 3T3FA 1J54A 2Y1IA 4FJXA 4FW2A 1ASWA 5DMRA 2MWPA 4O0JA 3L2WA 3VQ7A 2F5KA 2DFFA 3MO8A 3O4QA 3SUOA 4O55A 1WSHA 3HXMA 4N76A 3L3VA 4LY7A 4CK2A 2CKKA 5KE2A 4CGDA 3EAEA 4CHNA 3TANA 4B9LA 2EHGA 4MFBA 4CEDA 2VWKA 4E7KA 3AVAA 4HCZA 3ZSOA 1TKZA 3QERA 4B9MA 1U47A 4CIEA 1JLCA 2B5JA 3OYKA 3QNOA 3NDKA 2FBVA 3LDSA 2YNHA 3ZSQA 4IG0A 4BDPA 3KD1E 1QSYA 3L8BA 3KJVA 3ZSXA 3OYDA 3LX7A 4QQGA 2GV9A 3ASMA 5CYQA 3SQ4A 5C6SA 4DFJA 2QQRA 3ME9A 5HROA 4KRFA 1GOCA 1DTTA 4H4MA 3CM5A 1VSFA 4CF8A 1SL1A 2OPSA 3OS1A 4B9UA 3M8RA 3NF7A 4DTPA 3L2RA 4QCLA 2BANA 1SUQA 4Q5VA 4RW8A 5DK5A 4PL6A 5M9OA 2G3RA 3QO9A 3VA3A 2R5MA 4EP5A 4BE0A 2PQWA 3QIPA 4HVJA 3HM9A 3DLRA 1NK5A 1HYVA 3V1OA 1JXEA 3JSMA 4OPJA 4F8RA 2GF7A 4QAGA 4CEFA 1REVA 4MQ3A 5KRSA 3V1RA 1KTQA 2O4XA 2L3RA 1S6QA 1ASUA 4AHTA 1RT7A 3O3FA 3OMCA 4PA1A 1NK9A 1NK4A 4EP4A 1U4BA 1NJYA 4AHSA 1HPZA 2G8IA 1TK8A 3SV3A 1NK6A 1DLOA 3MXIA 3CEYA 4CJFA 1QSLA 3QINA 5J1EA 3LAMA 4HTUA 2B6AA 4KTQA 1Q9YA 4CJTA 1WJQA 4KTWA 2E6MA 2W42A 1RT6A 3KK1A 2P0KA 5KI6A 2G8UA 1IKYA 1SKRA 3M8SA 4CK3A 2YV0X 3THVA 2KZZA 3FLGA 4LD0A 2EFIA 2BUDA 4KKOA 2HMIA 3ZT2A 1J9AA 4DWIA 4PLIA 4Z4GA 3H8ZA 3QJ6A 4HUFA 3LP2A 3SQ2A 3WNEA 2XY8A 3NH2A 1YTAA 3TAFA 4F2RA 3OYJA 1LW0A 4CHPA 4FM1A 5KTQA 4M45A 4OKJA 1JKHA 3ISNC 3ZSVA 2K3YA 3AA5X 3AO5A 2G8HA 1VSHA 3MEDA 4AHUA 5K14A 1X9WA 5SZTA 3V9ZA 3L2QA 4CF1A 4DTNA 3NTKA 1W0HA 2HQEA 4ZTFA 1XWLA 3ZSWA 4IUVA 2EQJA 3I0SA 4IG3A 3ALYA 3QEPA 3B6PA 2D0CA 2RHXA 2RJCA 4O44A 4CIFA 4LSNA 1NJZA 3K5OA 1KRPA 5EU7A 2O4XB 4DTUA 4ELTA 4CEQA 2BE2A 2RHZA 4DTXA 3HPHA 1JL2A 1A5WA 1Q8IA 3AVCA 1LAWA 3OS2A 1G15A 4DTOA 4DLEA 1B92A 1MHNA 3SQ1A 4IUUA 1S9GA 3K59A 3PNWC 3SYZA 4M3RA 4FYDA 4B9TA 3S3OA 2XK0A 3VQ9A 3AVIA 3AVGA 2F96A 2O4IA 3QETA 2JTFA 1SKWA 4DTRA 4FJGA 2Q3SA 1RDCA 2ITGA 3KLIA 1DTQA 4CHQA 1WSIA 1T7PA 3G10A 5HP1A 1GOAA 3VQCA 4I9QA 3KD5E 4FJHA 3LYIA 4Y1DA 1ZBIA 1T05A 2QK9A 4DMNA 2G8WA 4ZHRA 4CJUA 4DSJA 4DQSA 3LP0A 3SQ0A 3MP6A 3OVNA 2DIQA 2IC3A 2OPRA 3U6FA 3PY8A 3A2FA 3BGRA 4LH5A 4Z4EA 3V9SA 1NOZA 4NCAA 4RG2A 1SL2A 3SI6A 2FHDA 1BIZA 3IAYA 4N4GA 4WE1A 4LD6A 3O8VA 4DF4A 2X74A 3SNNA 3TAPA 2M0OA 1QE1A 4FL6A 3AO4A 1L5UA 4ICLA 4DFPA 2RI5A 3KK3A 4CEZA 1F21A 2L8DA 1TV6A 2P51A 3NHGA 3P8DA 4DQPA 1MU2A 1Q9XA 3DLGA 4FCYA 1X9SA 4E0DA 3VQAA 4A4FA 4FLVA 4GVMA 1RT1A 4K8XA 2M1HA 1IKXA 3TAQA 1T8EA 3B6OA 3TARA 3EYZA 3VQ6A 5HLFA 3VQ5A 4I2PA 2P5GA 3AVLA 2YKNA 3MP1A 3M8PA 3OA6A 3KK2A 3AV9A 1WSEA 3MP8A 5FRMA 3HL8A 5D6WA 4FJIA 4B08A 1U49A 3E01A 4IUPA 1JLFA 3GOXA 3KLGA 2IG0A 3AVNA 4E19A 1X1PA 4M3TA 4CJSA 4ID5A 1C1AA 3E9FA 3NGIA 4QVZA 5I42A 4E7LA 1VSDA 2RHIA 3H6ZA 5J2MA 5KE3A 1RTIA 3EY1A 4KB0A 3HP9A 3RMBA 1WAFA 4CE9A 3OJSA 4C5GA 3ASKA 5FDLA 5SWMA 1TL1A 3SPYA 4KHSA 3NTHA 1EKEA 4FJNA 1RT3A 3M8QA 3DRRA 4M41A 4OJRA 5T7BA 2G8KA 3BDLA 4CGJA 2B8AA 3NNQA 3DM2A 1IH7A 2HB5A 1RNHA 3AO2A 2D9TA 4FJLA 1HYZA 4JLHA 2RN2A 3JYTA 4OLBA 4BDZA 4W5QA 5J39A 2R5AA 1JLAA 3NH0A 3Q1JA 1RDDA 4XIUA 2X4XA 4CGIA 3TI0A 1D8YA 5IAYA 2NUBA 2BKDN 4HHTA 1S6PA 2EX3A 3DLEA 1JLQA 4E1NA 1NJWA 5HRPA 3PO4A 5JS1A 1RBVA 1VSKA 5I3UA 3DB3A 3WNHA 4FXDA 4DS5A 2RI2A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGN A;  2CP5 A;  2IVO A;  3NGP A;  1SVL A;  4M3G A;  2JSC A;  2OU2 A;  3EET A;  1KLM A;  2ECB A;  1RAF B;  2HHQ A;  3MZH A;  4HCB A;  5IXF A;  3SFM A;  1W0T A;  4N0A A;  3LPU A;  1NNE A;  5J6X A;  4L0Z B;  1LWF A;  2R0Q C;  2WWY A;  4LB6 B;  5FRN A;  5FLX Z;  2LP5 A;  3BLY A;  4GMJ B;  4EW4 A;  1QCN A;  3MD2 A;  1QVF S;  3SJJ A;  2YUQ A;  3UA6 A;  4CHU A;  3FHN A;  1ZBX A;  1UHC A;  1WRJ A;  3FX3 A;  3VEN A;  5GAO m;  2KLA A;  3RTR A;  4H0Y B;  5IN1 A;  5CR2 A;  3CC4 Q;  4H0T B;  3JCM b;  1B6A A;  1GDT A;  2LRQ A;  3ROU A;  2ZPF B;  1YAG A;  2D0B A;  3QYE A;  1P7M A;  4WX9 A;  3QP5 A;  3GXO A;  1W1F A;  4RMO A;  4BGD A;  3F8N A;  4X1E A;  2VE9 A;  4NLB A;  1YHQ A;  4DR1 K;  5CQG A;  1VRU A;  2D6F A;  4KJZ A;  2OBP A;  2QSF X;  4BY9 C;  4FIB A;  1XD7 A;  3LWI A;  1N9R A;  2WUS A;  4HSB A;  1M2V B;  1A5X A;  2EIM H;  2DRK A;  3CPW A;  2JTE A;  1LWE A;  1SFO J;  4N5S A;  4PL8 A;  2FJ1 A;  3CQX A;  4M78 B;  3I4N J;  3MAJ A;  4WXC A;  3CLO A;  1HQC A;  3QEV A;  2YG8 A;  4PJ0 C;  3F6V A;  4K41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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