3OYEA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti compound2
Total Genus 106

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (9-17)S3 (44-47)EMPTYTII1 (21-24)S1 (30-33)TI1 (25-28)S2 (36-41)TIV1 (32-35)3H1 (51-53)AH3 (69-78)TIV2 (82-85)AH4 (85-94)S14 (361-365)TIV7 (327-330)AH11 (288-301)S4 (108-109)TI'2 (136-139)TII2 (120-123)3H3 (214-217)TVIII2 (158-161)AH8 (218-235)S5 (124-130)TII3 (235-238)TIV3 (135-138)TIV4 (147-150)S6 (141-147)TIV5 (210-213)AH9 (246-255)3H4 (243-245)S7 (153-158)TI3 (148-151)S8 (181-184)S9 (205-208)O1 (239-241)TI4 (258-261)AH10 (265-270)O2 (274-276)TII4 (276-279)TI6 (281-284)S10 (314-315)TIV6 (311-314)TII5 (318-321)TII6 (331-334)S13 (351-355)S12 (337-348)TIV9 (356-359)TI2 (41-44)AH2 (54-64)AH5 (97-102)AH6 (163-175)TVIII3 (179-182)3H2 (188-190)AH7 (193-201)TI5 (259-262)TI7 (283-286)S11 (321-326)TIV8 (346-349)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination,viral protein/dna
source organism Human spumaretrovirus
publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV integrase
total genus 106
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oyeA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oyeA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oyeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oyeA03
4FJ7A 3MXMA 3KLHA 1KFSA 1FKPA 2LVMA 4L8RB 4OKEA 3V9ZA 1JLBA 1QSSA 4R5PA 2Z1GA 4JS5A 4UQGA 1JLAA 3MAQA 2MWPA 2ATQA 3ZCMA 4DU1A 3S3OA 3PUFA 2G8UA 2KTQA 1O1WA 4Z4IA 4E7HA 1YTAA 1NK4A 3ASKA 4CEZA 3K5MA 1RCHA 3AVLA 2VWKA 1S1XA 4C5IA 4FJ9A 2EX3A 4E3SA 5D3GA 1HYSA 5KE2A 3NH2A 3LZIA 1I39A 4ELVA 1NKBA 5C42A 4LD0A 1C1CA 3QESA 2M1HA 2PQWA 2BANA 1HQEA 5KRTA 4FLVA 2D0BA 3SNNA 2HVHA 3O3HA 2YKMA 3DB3A 3QIPA 1JLQA 4BDZA 1VSKA 3RMCA 3P8DA 3VQ8A 3ZT0A 3I0RA 3FEOA 3WNFA 2Z1IA 1RT1A 3S6WA 1L3SA 2OZMA 3AO3A 4E89A 3E9GA 1U48A 1N5YA 2EQMA 3ULDA 1IG9A 1IKVA 2RHZA 4K8ZA 4CE9A 1LAVA 2D9TA 4KKOA 3ZSWA 1JLEA 3MXJA 1JLFA 4J2BA 4FM2A 1WN7A 1RBUA 4RW9A 4CF2A 1FXXA 5HLFA 1NK8A 3P1GA 3OS1A 3DRSA 3HM9A 4PLLA 4DSIA 4DFKA 5FROA 4FCYA 1T7PA 1UWBA 4GW6A 4JS4A 3VQ7A 2HW3A 2FBVA 4O0IA 4CESA 4CIGA 1HYZA 3SQ4A 2QQRA 4IKFA 4FJXA 5DMRA 4M3RA 4DTRA 5CZ1A 4N4IA 3E9FA 2HNZA 3QBYA 3OYAA 4CEAA 1NK7A 1X9SA 3RMDA 4IUQA 4C8NA 4FLXA 1OYXA 2FBYA 1D9FA 5CIUA 1HYVA 2ZD1A 3AO1A 1KVAA 2B8AA 2KQ2A 2OZSA 2RI5A 3IAYA 1BL3A 4BE0A 2IOCA 3MP8A 3AVNA 3KIOA 3META 4FZZA 4FJKA 2PY5A 3SUPA 4OGCA 4OPJA 4FJMA 1XWLA 5KCOA 4CEDA 3VQDA 3V4IA 3OB9A 3QNOA 3VQ5A 4CF1A 3NGZA 4ID5A 2GFAA 4NYNA 2HHTA 3QEWA 1MU2A 2P0KA 2QKBA 3TAQA 1NK9A 2HB5A 3P83D 3TAEA 4I9QA 3RR8A 4BWJA 4A4GA 4Z4CA 4NCBA 4FJGA 1RTDA 1ZBLA 1Q9YA 3KLEA 5J1EA 2BGGA 4CEQA 3SCXA 3VQBA 4CFDA 2F8SA 5DK5A 4FU6A 3T3FA 4O55A 2IGIA 3QLHA 3O3FA 1BIZA 4F8RA 4B3OA 3TAGA 3LGLA 3V1OA 3KK1A 4RG8A 4C5EA 2QXFA 1NKEA 1JKHA 4Z4GA 4W5QA 5HRPA 4J2AA 2L3RA 1VSJA 3PNWC 4HUFA 3NDKA 2LRQA 4O4GA 3ISNC 4FJ5A 2W42A 1RT5A 2BKDN 1WNSA 4E1NA 1W9HA 1X9WA 1KLNA 3OYEA 1TAQA 1G15A 1LAWA 1DTTA 4KO0A 4BE2A 1NK5A 2RO0A 3FC3A 4B9WA 2B4JA 4B8AB 3V6DA 3MEUA 4Z4HA 4O0JA 1U49A 3KLGA 1YTUA 4EZ9A 4CERA 1J54A 4KTZA 3LZJA 4CJEA 4AILC 1NK6A 1QHTA 3UT1A 1C6VA 5J2PA 1NJXA 1B9FA 4A4HA 3LP2A 3F70A 4FJNA 3LP1A 4FZXC 2OPPA 4RW6A 5C0MA 4CF0A 5JS1A 2EQJA 5C6SA 4CGFA 1SL2A 4CHOA 3MEEA 4B9VA 1EXQA 1LV5A 2AJQA 3HYFA 3TI0A 2GV9A 2HVIA 4AHRA 1RDCA 3SI6A 3G0ZA 4C8MA 3DLKA 2PZSA 3OYLA 1QS4A 1J9AA 1RDAA 4NS5A 4K8XA 1CXUA 2IG0A 3RMBA 4DSFA 1RBVA 2VG6A 1IO2A 3WNGA 2P51A 4DFJA 3BDPA 1C1BA 1XHXA 2XDPA 3DM2A 3L2QA 4AH9A 2FBXA 3AVHA 1ITGA 1RT7A 2YKNA 5CYMA 3NBPA 2VG7A 4CK1A 3NTKA 4CJUA 1L3VA 2RN2A 1ZYQA 5KRSA 4PA1A 2KZMA 4M3TA 3B6OA 5KH6A 1ZBUA 3ZT3A 1B92A 3KD5E 3NF6A 3HSTB 4FJJA 4PLIA 4ELUA 1VSHA 3MP6A 4II1A 3WNEA 3AO5A 1EKEA 3RRGA 3ZT1A 3DLGA 4AHSA 3QEVA 3P8HA 4DF4A 4HCCA 3AA2A 3SV4A 3SQ1A 3QERA 1ZBHA 5KI6A 2XHBA 1S9EA 1BI4B 3OMCA 4CEBA 3OJSA 4CJPA 4HCBA 4DQPA 3EZ5A 5SZTA 2F5KA 1BISA 4KHQA 2P1JA 3H08A 3V9UA 3TR8A 4KHWA 2DIQA 4QQDA 4CJTA 3M8SA 1U04A 1SL1A 3LP3A 2G8VA 3SV3A 4KHYA 3FDRA 1KSPA 4DLEA 1KRPA 4Y1CA 5J26A 4E7IA 1EX4A 1RT6A 1GOAA 1UOCA 4H4MA 4F2SA 3LGFA 4CCHA 2QK9A 3LANA 5C25A 3MEDA 4JRPA 3A2FA 3ZSRA 1TKXA 2EFIA 4YNQA 1S1TA 2FC0A 2XO7A 2QKKA 1XC9A 5J2MA 4Y1DA 1QSLA 3ZEHA 2IS3A 1WJQA 5FRNA 3OYHA 3OA6A 4KV8A 3OJUA 3OS0A 4PWDA 4Q5VA 4KHUA 4KREA 1HJRA 3F73A 1S1WA 2EKOA 1BCMA 2NUBA 1J53A 4EDUA 3VA0A 1ASWA 1DTQA 4IG3A 2YNIA 1B9DA 4CJFA 4E7JA 4N5SA 1JL1A 5T7BA 1WSFA 1D9DA 3LH0A 1MHNA 3AO2A 2FBTA 1KFDA 3QO9A 1NJWA 3B6PA 3NAEA 1F21A 1S9GA 3QKJA 4LSLA 3K59A 3OYDA 3QIIA 2I5JA 4DFMA 2HMIA 2XY7A 4RW8A 3M8PA 3MEVA 1HMVA 3AVGA 4M3XA 5KE3A 5FRMA 2P5GA 1K6YA 4FJIA 3AVIA 5KCHA 3TAFA 4HTUA 3NF9A 2LCCA 4M3ZA 1UA1A 2YNFA 4CHYA 2HHVA 4IDKA 2G8WA 4CFAA 2LTOA 2JZ2A 3IG1A 2G3RA 4KTQA 2X74A 3NTIA 1FKOA 4Z0UA 3VQPA 3AA4A 2XY6A 3VQ9A 4CJWA 4CGIA 3L42A 3TABA 4MQ3A 4ICLA 3KLFA 1SL0A 4KTWA 4DS5A 2B6AA 1HRHA 2HQEA 4A4FA 4CGJA 1XHZA 4KI6A 1WSGA 2YHAA 4CHZA 3D45A 2RPIA 1NJZA 4KB1A 2A1RA 3UWNA 1YVUA 1NOYA 5D6YA 4FXDA 2YNGA 2HHWA 4DTPA 2HHUA 3HVTA 3AVBA 4OGEA 2DAQA 4F3TA 3OYMA 1OI1A 1HQUA 3TARA 3HPOA 1IH7A 4I2QA 1S5JA 4CJKA 4FL6A 3HP9A 5JS2A 4FJLA 1ZBIA 1EP4A 5IN1A 4AHUA 4Z02A 3VA3A 4W5OA 3V81A 3TAMA 1NOZA 1JXBA 2HNDA 4Q0BA 4CEEA 3FLGA 4C8KA 2LDMA 2X4XA 2D5RA 4CGHA 3KKRA 4QOZB 4OJRA 4N4GA 1KVCA 3L2UA 4YFUA 4KB0A 3ZSXA 4I2PA 3Q1JA 4CJ5A 1A5VA 4M41A 2DFEA 1U4BA 4KHNA 3ZSZA 3HJFA 3GOXA 1CXQA 1YT3A 4DTXA 4NCAA 1JL2A 1RBTA 4HHTA 3U3GA 3L2RA 4FM0A 1WJSA 3WNHA 5FDLA 1RT3A 3RTVA 3NNQA 4IFVA 4FLYA 1VSFA 3SPYA 3G10A 4FK4A 3NCIA 2X6NA 1RILA 3AVJA 3AA3A 1SKRA 4C8LA 3LWMA 4WE1A 3HVRA 2F96A 4BDPA 3SZ2A 4ZTFA 1ASUA 4DTSA 2DFHA 3MEAA 4IUUA 1RTIA 2RJFA 3DRRA 3MEWA 4DTNA 3U3YA 5KTQA 1UAXA 1RT2A 1RDDA 2E4LA 2KFNA 2G8HA 2Y1IA 2XK0A 3HO1A 2KZZA 1BHLA 3CYMA 5CY4A 4FVMA 3OYKA 3H8ZA 2LSNA 1R0AA 3LALA 1X1PA 3DLMA 3CQ8A 5J2NA 1VK0A 2DTUA 3LLRA 4W5TA 5M9OA 4J2EA 3ZT2A 1WAFA 1KTQA 4DQIA 4KHSA 1SV5A 1G5VA 4IUPA 2O4XB 1EETA 3E01A 3HXMA 3HPGA 3SYZA 5C24A 4BDYA 3F9KA 3OYJA 4M45A 3KJVA 3OMGA 1SKWA 1IKXA 2RJEA 2YV0X 1OZ2A 3KUFA 3ALYA 1LWCA 3MP1A 4GY5A 1QE1A 2HQXA 4C5GA 1DLOA 4B9SA 2RF2A 1RI0A 1VSEA 3PX6A 2R57A 1I3AA 4N56A 2KW4A 5E41A 3C95A 3RWUA 3SQ2A 3LPTA 4B9LA 1C1AA 2K3XA 3CFPA 1LWEA 4DSEA 3SJJA 1J5OA 3VQ6A 3K5OA 1VSMA 4FW1A 1WSEA 3QEPA 3HK2A 1A5XA 1TKDA 4CJRA 4KPYA 2R5AA 4IUTA 3S9HA 4HUEA 4FK0A 4N41A 4LH5A 4DTOA 3NTHA 3ZSOA 2EHGA 1S6PA 3PV8A 4KAZA 3L3VA 4CECA 3L2WA 3ZSQA 1WSJA 1TK8A 4FJHA 5EU7A 1U45A 2D0CA 2DIGA 1TGOA 2GFUA 2X78A 4DG1A 4DU3A 3M8QA 1RBRA 4Q5WA 3DLBA 1VSDA 2HNYA 4KRFA 2P5OA 2YRVA 2G8KA 3PY8A 5K14A 3LDSA 2OPRA 5I3UA 3I8DA 3AVAA 4CHNA 4CJQA 4EZ6A 3SUOA 1WLJA 3QEXA 1RTHA 2IAJA 4A4EA 4FLUA 5HRNA 3OYBA 2G8FA 4OKJA 4E7KA 2O4IA 3AV9A 4FLWA 3PMTA 2OPQA 4AHVA 4W5NA 2E6NA 1RBSA 4BWMA 3JSMA 1Z25A 1XI1A 4DSKA 1HNIA 3KK2A 1VRTA 4CIEA 1SUQA 3V1RA 2IDOA 3C6UA 1Z26A 1BIUA 2KFZA 3OYGA 4QQGA 4IG0A 4FJ8A 2ETJA 4UC4A 3O4QA 4G1QA 4IUVA 4CJVA 4E19A 1BQNA 2DFFA 4OPKA 3CM6A 3T1AA 1TKTA 2Z1HA 2M16A 5CZ2A 2WACA 2K3YA 3QEIA 1TV6A 2GBZA 4FLTA 2IC3A 3PO5A 3JYTA 4CGGA 3LYIA 4DTMA 3NF8A 1VRUA 3OYIA 2R7YA 4FM1A 4TSXA 1TL3A 1QSYA 4PL6A 2E5QA 1LW2A 3QETA 5KGXA 2ITGA 1LWFA 2QQSA 1D5AA 3DOKA 2L8DA 2F8TA 2EQUA 3BGRA 1S1VA 4B9TA 3LX7A 2DY4A 1T03A 1N27A 3QJ6A 1FK9A 4FK2A 2RHIA 2X4WA 2BUDA 4CRIA 4B9MA 4DQRA 2RKIA 4FLZA 2PYJA 4OLBA 1N6QA 3ZT4A 1QQCA 3LPUA 5D6WA 1TAUA 2OYQA 2X35A 4GMJB 1QTMA 3DOLA 4DQSA 1GOBA 4CF8A 2XRIA 2X4YA 4GVMA 1S6QA 1JLGA 3SUQA 2VYTA 3SPZA 1VSIA 3AA5X 3ZSVA 2FHDA 3CG7A 3EAEA 4H8KA 4M3UA 2R58A 3K2PA 3H6ZA 2A1SA 1WSIA 1WJRA 3NGYA 3HT3A 3LP0A 3DLHA 3FFIA 4PQUA 5IAYA 3PX4A 2XY8A 1C0UA 1TL1A 1BI4A 3PO4A 3EYZA 3QNNA 3DB4A 3AVMA 4OLAA 3RRHA 3VQEA 3DLEA 3EY1A 4ZTJA 5CYQA 2RJCA 1WSHA 3L2VA 2X6SA 3CFRA 2JGUA 2WOMA 3NH0A 3KD1E 3OYCA 1C0MA 4CEFA 3DMJA 1NJYA 4QW2A 3RMAA 3C4SA 4DFPA 4CJ3A 2BDPA 3CFOA 2HHXA 1X9MA 4QAGA 3M8RA 2YHBA 4DQQA 4LSNA 3QIOA 4F3OA 3MO8A 3AO4A 3VQ4A 3K5NA 4BACA 4DTUA 3V9XA 4B9UA 2G8IA 1KHCA 4KFBA 4JRQA 1IKWA 1OZ3A 1D8YA 5HP1A 3MECA 3ME9A 3VQCA 3OYFA 4RW7A 4H4OA 4IFYA 3CM5A 2O4GA 1ASVA 3VQQA 4Z4EA 4B9NA 3O8VA 4AHCA 2L89A 4OVAA 2E6LA 1WAJA 3KK3A 2CKKA 1BCOA 4ZHRA 2HHSA 3BDLA 1CLQA 4MFBA 4QCLA 3DYAA 4QQ6A 5KGWA 1TVRA 1RTJA 4ID1A 1LW0A 3D0PA 1BGXT 2RHUA 1KLMA 2JTFA 3OQ5A 4N47A 4F4KA 3IS9A 1CZ9A 3DLRA 2ZQBA 3SUNA 3KTQA 1SSFA 4O5BA 3K57A 4B08A 4LH4A 4L59A 5D6XA 4DMNA 1U47A 4CGDA 2EQKA 1HPZA 1S1UA 1TKZA 3OYNA 4IURA 4E0DA 4DF8A 2RI3A 4NYFA 4HUGA 2JLEA 4W5RA 4AHTA 3KKSA 3DI6A 3NF7A 3ZSYA 2XY5A 4CHQA 4CEOA 2Z1JA 3PMIA 5J2QA 3UIQA 4B8CA 4NCGA 2R5MA 2WONA 1Q8IA 4FYDA 1NK0A 2RJDA 4E1MA 3O3GA 3DRPA 3HL8A 3K58A 4CFBA 3V9SA 3L8BA 1NKCA 1L3TA 4FZYA 4M3WA 1REVA 3SQ0A 4BE1A 3P5JA 3LAKA 3LAMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YIR X;  1KFS A;  3F8N A;  1FKP A;  2LVM A;  5E84 A;  3O9U A;  2ETH A;  3V9Z A;  3IWF A;  2BTT A;  4PZJ A;  2QWW A;  2XGX A;  2QA4 N;  1J5Y A;  4H5V A;  4R5P A;  1U78 A;  3CO7 C;  4UQG A;  4B3R K;  5AQQ A;  4EHT A;  2MWP A;  4OP0 A;  3DKX A;  1BI2 A;  2ATQ A;  2DER A;  3ZCM A;  5AQJ A;  4DU1 A;  4A2A A;  5LHG A;  5FW9 A;  3JW4 A;  1NWK A;  3KFV A;  1X27 A;  3K5M A;  4JI0 K;  3P9K A;  1Q81 C;  5IOZ A;  2DL8 A;  3ZGK A;  2H8H A;  1ETK A;  2L7M P;  4C5I A;  1RUW A;  1N34 K;  3ULE B;  4LGW A;  3N0U A;  4F7U F;  1HYS A;  2OF7 A;  3LZI A;  4EJT A;  3KZB A;  4CZL A;  2OTL Q;  1ZA2 B;  4ILJ A;  1YJW N;  3M58 A;  4MQ9 F;  3VUB A;  2IGK A;  3CCQ A;  3DXJ F;  5LLQ A;  2PQW A;  1X1C A;  2BAN A;  1YIJ A;  1VQK T;  1X75 C;  1SFU A;  2V7Z A;  1WIE A;  2Y31 A;  1U1T A;  5AQM A;  5FJ8 J;  5DV5 A;  4H5T A;  2KIF A;  3KP7 A;  2UZK A;  1ZGA A;  2EYW A;  4DUY K;  2BY1 A;  4DNC A;  2J6O A;  1ZG3 A;  1KXP A;  3I0R A;  5L3G A;  5TKY A;  2FJ1 A;  1ZSZ A;  1QZ5 A;  1VQP I;  1RT1 A;  2YX4 A;  2YUQ A;  3IC7 A;  3HOX J; 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 1YOV B;  2Q3S A;  1TK5 A;  3ZMU A;  4JOM A;  5E8G A;  4KIB A;  2DL3 A;  1HDD C;  4QVC A;  4I9L A;  3ASM A;  1Q9X A;  2Z5U A;  4MO7 A;  2VPL A;  4B9X A;  1SFX A;  1P7J A;  1IN5 A;  2R4G A;  4I7F A;  3NGI A;  2XAF A;  2O4X A;  3R6N A;  3C94 A;  3AVK A;  4DTJ A;  2ZJR L;  4A3G J;  4NZG A;  3I5U A;  1MV0 B;  4WXH A;  4CFC A;  4ZYE A;  1OU8 A;  1XC3 A;  2DZC A;  3PLA A;  2ZJP F;  4KT5 C; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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