3OYJA

Crystal structure of the pfv s217q mutant intasome in complex with magnesium and the insti mk2048
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSQGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV integrase
molecule tags Recombination,viral protein/dna
source organism Human spumaretrovirus
total genus 105
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oyjA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oyjA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oyjA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oyjA03
2BDPA 3V1OA 4BDZA 3NCIA 2XY7A 1Q9YA 1VSKA 4PLIA 1K6YA 3TARA 3NE6A 3K57A 3EYZA 2XY5A 4KO0A 3TWHA 3CFRA 3MXMA 4M3TA 3K5LA 4QVZA 1WJQA 1WSEA 1RTIA 2XHBA 3HL8A 3TANA 4RW7A 1J54A 4FZXC 3FLGA 1TKTA 4G1QA 4IUVA 4DFKA 3G0ZA 4FJNA 4C5IA 1Z25A 4FJIA 3VQ9A 4EP5A 4FYDA 3ZSWA 4O0IA 5C24A 4IG0A 4KHWA 1DTTA 4CEDA 2D0CA 4FJGA 2B8AA 5KI6A 1TVRA 1RTHA 3S3NA 5KE2A 4KTWA 5KE3A 4DTUA 4F8RA 4CJ4A 1VSEA 4QCLA 1RILA 3AVCA 4DQRA 5J2PA 4DTXA 3LWMA 4HUFA 1ASWA 1RT2A 3O8VA 1N6QA 4B9TA 4FJ8A 4B9NA 3TI0A 3AVJA 4CGJA 5JS1A 2FHDA 2GUIA 3VQ5A 2P0KA 3OY9A 1EX4A 3VQCA 1KVBA 1RTJA 4CEAA 1JXEA 3OS0A 2KW4A 5HRSA 3CM6A 4FK4A 3C6TA 3TAEA 1TK5A 3V4IA 3PFSA 3AA4A 1JLAA 3LPTA 3ZT4A 4KREA 3OVNA 3O4QA 3OA6A 4BD3A 3VQAA 1C1CA 4CF0A 1FKPA 3CM5A 1ITGA 4N76A 1QS4A 3SPYA 3DLHA 3I0SA 4Q0BA 3KLFA 4CECA 2DFHA 4M42A 4CFBA 2YNHA 4DLEA 4I2QA 4FLUA 2OYQA 2A1SA 2PYJA 1WSJA 3HJFA 4I9LA 3K2PA 5KGXA 4CHYA 3M8RA 4W5QA 3NH2A 3T19A 1RDCA 3HP9A 3LALA 2XDPA 3MP1A 4AHTA 3VQEA 3S3MA 1U48A 3OYLA 2RF2A 3LANA 1ZYQA 4J2DA 1S9GA 3OYFA 4GMJB 3RR7A 1HYZA 4KHUA 1GOBA 1UOCA 2XRIA 1SKSA 3AVNA 3MEVA 4B9VA 3SV4A 5KCHA 2JTFA 3L2RA 3KKSA 2RHXA 1RBSA 1RDDA 3VA0A 3SUOA 3PUFA 4CGDA 4H4MA 2IS3A 2YKNA 5C25A 3C6UA 2E6LA 2L89A 3Q1JA 4E1MA 4AHUA 3QEPA 1A5VA 2RKIA 3KD1E 2RJDA 4H8KA 3NNQA 2Z1JA 2VG5A 5D3GA 3UT1A 4OPJA 3TR8A 2DFEA 4FLTA 4FLZA 2YNIA 1BQMA 1SKRA 1DLOA 5HROA 3V6DA 4FJ7A 3LPUA 3DYAA 3EY1A 1NJXA 3HPGA 3KK2A 4RG8A 4J2EA 3MXIA 1VSJA 4PWDA 2FBXA 3LAMA 2LCCA 4CJSA 4KTQA 2HVIA 2FBVA 4KHYA 3K5OA 5IN1A 3LP1A 3HO1A 1TAQA 4NCBA 4PUOA 4LSNA 4K8XA 3DM2A 2HQXA 4B9SA 2O4XA 1QQCA 3AVHA 2O4XB 1QSSA 1VSLA 1VSDA 2IDOA 1A5WA 4B9WA 2X35A 2IAJA 3OJUA 3AVLA 3MO8A 4M45A 4I7FA 3ZT0A 3SYZA 3VQ7A 4DU3A 5E41A 2D0AA 4X34A 5T7BA 5I42A 3VA3A 1WSGA 3HPOA 3ZT1A 4N4HA 3B6PA 4NCGA 2LDMA 1NK5A 2KFZA 3RRHA 4IURA 4EP4A 3OYEA 2G8UA 4DLGA 3HM9A 1W0HA 1N5YA 1CXQA 2HQEA 4FZZA 4DU4A 3VQDA 1OYXA 3NF7A 1RT7A 4Z4HA 1KFSA 4B9LA 1BI4B 4LH4A 4NS5A 1NK9A 4ZHRA 2AJQA 5CYQA 3E9FA 1T05A 2YHBA 4DSLA 2F8SA 3WNFA 1X9WA 1BIUA 4RW4A 4CGFA 3V1RA 3AA2A 3L3UA 3OMGA 4CIFA 4DMNA 4W5RA 1XI1A 3OYBA 1JLCA 1SKWA 3G10A 4DSFA 3T1AA 2XK0A 1NK6A 2HHXA 1C1BA 3THVA 2HHSA 3AVAA 2OPSA 1JL2A 4TSXA 1ASUA 4Y1CA 4QOZB 3RMDA 1L3TA 3RMAA 3L2WA 4M3YA 1T8EA 1EP4A 3L2QA 3OS2A 1UA0A 3AO3A 3OYJA 3BDLA 3P8DA 5J1EA 1L5UA 1L3UA 2GFUA 3V9XA 2YKMA 2X4WA 1QTMA 2BUDA 4MQ3A 2PZSA 1JLEA 1U04A 3OYCA 3K5NA 3AO1A 3GOXA 4IUUA 4O4GA 4ELUA 3F73A 4Z4IA 3TAPA 4FJHA 3M8PA 3PNWC 3DOLA 4NZGA 1BQNA 1NJYA 1KFDA 3K5MA 3QIIA 2DAQA 1QHTA 4JS4A 4K8ZA 3B6OA 2I5JA 3F9KA 1WAJA 1TKDA 5C6SA 1NKCA 4IG3A 1SL2A 2DY4A 3E01A 3CEYA 3VQ6A 3JSMA 3DLEA 5CIUA 3AVFA 3DMJA 1VSIA 1IO2A 4CEBA 2Z1HA 2OZSA 2A1RA 5J2NA 4FJKA 4DFPA 1JXBA 4HUEA 2KQ2A 4N4GA 1W9HA 3S6WA 3OQ5A 3HT3A 2HVHA 1TK0A 3VQQA 1CZBA 2R57A 4DQPA 5CZ2A 3U6FA 1LAVA 4CJEA 1C0MA 2X6SA 2R7YA 3QEVA 4FLXA 2M0OA 4IKFA 1WJSA 4PY5A 4CF8A 1NKBA 1SUQA 3ULDA 4ID5A 3AO4A 3EAEA 2GBZA 3SUPA 3MP6A 1REVA 2RI5A 3QLHA 4DTSA 3H6ZA 5KRSA 1LWEA 3SUNA 2F5KA 2MWOA 1LWCA 4CIEA 3NBPA 2IC3A 1C0UA 5CYMA 2F96A 2X4XA 5HBMA 1WLJA 1ZBLA 4CE9A 2E5QA 3C95A 2E6MA 3I8DA 2HHUA 2Q3SA 2YNGA 4OLAA 3CFOA 4CK1A 2GV9A 3PMTA 4BE0A 3DOKA 4FM0A 5HRRA 3PO4A 1TKXA 3KUFA 2OPQA 4AHCA 4BDYA 2WONA 4O0JA 4I9QA 3RMCA 4CCHA 4BE1A 3IRXA 3KK3A 3OYDA 4UC4A 1Q9XA 4W5NA 1EKEA 3HP6A 2IG0A 5KGWA 1HPZA 5KRTA 3T3FA 3OJSA 1KTQA 2KTQA 4C8KA 1TL3A 1JLBA 4OKKA 5KH6A 4CFDA 2YV0X 2O4IA 3LWLA 3IS9A 1NOZA 3HPHA 1S1XA 4II1A 1RT1A 1WSHA 3QO9A 1LV5A 2QQSA 5SWMA 4R5PA 4B3OA 4XIUA 2FC0A 2RN2A 4M41A 1H3ZA 1KRPA 3OYKA 3KJVA 4JRPA 4NYNA 4QAGA 1DTQA 4RW9A 4CJKA 3HVTA 4C8NA 4CHOA 3KKRA 3DLMA 5DK5A 3L2UA 1HQUA 1UAXA 1CLQA 3MAQA 3QESA 3UWNA 5K14A 3QEIA 2DIGA 4A4HA 5FROA 2L3RA 3HXMA 4C8OA 4AILC 4E0DA 1X9SA 1U45A 3QJ6A 1I3AA 2Z1IA 3S3OA 4CGGA 4LD0A 4HCBA 3AVIA 4LSLA 1KCFA 3V9ZA 3ZSYA 1ZBIA 2HNZA 2EHGA 2XY6A 4CJ5A 1SSFA 1UWBA 4BDPA 1HYSA 4BWMA 2K3XA 3KTQA 1EETA 4OLBA 1OI1A 4DF4A 3V9SA 4CJPA 1HNIA 1YTUA 4BWJA 5FRMA 2YNFA 4KFBA 1S6QA 4KTZA 3LP3A 2DFFA 3RRGA 2DTUA 2D5RA 4CIGA 3NHGA 3OB9A 3MEAA 1D9DA 1RDAA 3ITHA 3HK2A 1RDBA 1BCMA 3PX6A 3ASMA 4DSIA 2JZ2A 5HRNA 4CESA 2X78A 1OZ3A 5FRNA 4M3RA 1QSYA 2LSNA 3H08A 2BGGA 3O3GA 2P51A 4CEQA 3F70A 1TV6A 3LZIA 5CZ1A 1NOYA 3DLRA 4C5EA 3PV8A 4HTUA 3WNHA 4HCZA 3L42A 4CJUA 3AO2A 1D5AA 5KCOA 2G3RA 3MEWA 3MP8A 2Z1GA 2P5OA 2LRQA 2RHZA 2HHWA 3DI6A 3KD5E 2LVMA 1KLMA 1JLQA 1RT4A 3NDKA 1XHZA 1UA1A 2X6NA 2KZZA 1ZBUA 3ALYA 1BGXT 4DU1A 3WNEA 5FDLA 4CF1A 4FZYA 2X4YA 2G8KA 4A4FA 3CYMA 1RBRA 4HVJA 1IKWA 4AHRA 1IG9A 3NTKA 3SZ2A 1NK7A 4FJ5A 4KHQA 4AHVA 4HUGA 3V9WA 4Q5WA 4CJQA 4OKEA 1HYVA 1NK4A 4Z4CA 5HP1A 1RI0A 4DTOA 1U49A 4KHSA 3ZCMA 4Y1DA 4M3WA 1RT5A 3DRRA 3FDRA 3LZJA 2HMIA 3IAYA 1S9EA 4F3OA 2G8HA 5HRPA 4KV8A 4E7JA 4PQUA 3OYAA 4DS4A 4DQIA 5CY4A 1TK8A 4FW2A 1VSMA 4DSEA 3LAKA 3PX4A 3UIQA 3OYGA 4CHNA 3MEUA 1RBUA 1S1UA 1KVAA 4LD6A 3ASKA 3ZEHA 2FBTA 3EZ5A 1SL1A 4W5OA 2HHQA 1BHLA 3MEEA 3SQ2A 1CXUA 4IFYA 4NCAA 3NTIA 2BIVA 3PY8A 3ZSQA 2PYLA 4IDKA 3QKJA 4FK0A 5J39A 4W5TA 4A4EA 3AVMA 2F8TA 3FC3A 4FXDA 3SJJA 4CJVA 4IUQA 1WJRA 4NYFA 2DIQA 5J2MA 1BCOA 1WSIA 4AHSA 4AH9A 3DLBA 3AV9A 2B5JA 1MHNA 4OGCA 2JGUA 4OVLA 1X9MA 3LP2A 1KLNA 4DSJA 3M8SA 1JL1A 3SI6A 2WACA 5D6WA 2NLUA 4DTMA 4B8CA 5I3UA 4JS5A 3MEGA 4DSKA 4FJXA 4ELTA 1L3VA 2ETJA 1IKXA 3MXJA 4F2SA 1KVCA 4Z4FA 3DB4A 3PO5A 4KAZA 3VQBA 2YHAA 4B8AB 1XNIA 2VWJA 4KHNA 1RBVA 1ZBHA 1YT3A 2LTOA 5IAYA 4EDUA 2BKDN 1JKHA 3LLRA 2KFNA 3SUQA 3DLKA 3NGZA 1WN7A 3SCXA 4GVMA 4M3XA 2ZQBA 4HCCA 2QK9A 4C8MA 4CGHA 4E7LA 4C5HA 3AVBA 3D0PA 2FBYA 4FLYA 5D6YA 4DTRA 1QE1A 1X1PA 1MU2A 3BDPA 3V81A 2EFIA 3V9UA 1C6VA 2GF7A 4CRIA 2VG7A 1Q8IA 4QW2A 1Y97A 2RPIA 3P1GA 4DS5A 3NH0A 3RTVA 3TAQA 1NK8A 3OMCA 3VQ8A 4DTJA 3QIOA 1J53A 1RT6A 1BIZA 4ZTFA 1KSPA 4FLVA 5D6XA 2RHYA 3KIOA 4OJRA 3ZSZA 4CFAA 1BISA 4CERA 4FM1A 2BANA 2ITGA 1LWFA 3P5JA 1YVUA 2K3YA 1SV5A 4CK3A 2YRVA 4E7KA 3AO5A 3QNNA 4RW6A 4DFMA 3KK1A 4FCYA 1GOCA 5JS2A 1ZBFA 4CHPA 3BGRA 4MFBA 1FKOA 3KLHA 3TAFA 1TGOA 3HYFA 4BE2A 2P5GA 2MWPA 4E89A 2EKOA 4CJFA 1CZ9A 3NAEA 4OVAA 4F4KA 4N47A 1HNVA 1I39A 2PY5A 3NH1A 4DWIA 3LGLA 3MEDA 3C4SA 4FLWA 3DRSA 3OYHA 4KRFA 1F21A 1Z26A 3U3GA 2EQMA 1RNHA 1S1WA 4DTPA 1XWLA 3AVKA 5M9OA 3OYIA 1VSHA 3ZT3A 3P83D 4CEZA 3LP0A 4YNQA 4CFCA 4UQGA 2NUBA 4CF9A 3PX0A 4FK2A 2VYTA 1SL0A 3SQ1A 3C94A 1WGSA 1JLGA 2G8VA 1WSFA 4CEFA 5C42A 2HNDA 4GW6A 4CF2A 3E9GA 2IGIA 4DG1A 4QQDA 1WNSA 5J2QA 4CJRA 4O5BA 3WNGA 2RJEA 1WAFA 2EQJA 1KHCA 4Q5VA 2EX3A 5EU7A 3NGYA 1FK9A 3RWUA 4ELVA 4Z4EA 2GFAA 4PL6A 3KLEA 1S1VA 1TL1A 3OYNA 2EQKA 3M8QA 1RCHA 3DRPA 3O3HA 1C0TA 1J5OA 4ZTJA 4DFJA 3A2FA 4N41A 3FEOA 5J26A 3VQ4A 4KB0A 3L3VA 4QQ6A 4KI4A 2RI2A 4RW8A 2E4LA 4CJ3A 3LX7A 4J2AA 2R5AA 2QKBA 4DQQA 3TAMA 3QEWA 4E7HA 4KB1A 3CFPA 1R0AA 1NJWA 4OPKA 4IUPA 2Y1JA 2JLEA 4FJJA 2M16A 1GOAA 4CHQA 1T7PA 3HSTB 4KI6A 2O4GA 1S5JA 1HQEA 4JLHA 3RR8A 1NKEA 1G15A 3RMBA 3ZSRA 4PLLA 3NF9A 3H8ZA 5C0MA 2E6NA 2KZMA 1VK0A 4CEOA 3CG7A 4LH5A 3O3FA 3U3YA 3QERA 2Y1IA 2OZMA 4B9XA 4E3SA 3VN5A 3K59A 3L2VA 5HLFA 3DB3A 3SPZA 2R5MA 1IH7A 3ME9A 4M3UA 2HW3A 3NFAA 1TKZA 1XC9A 4YFUA 4N5SA 4J2BA 4HHTA 4FJ9A 4WE1A 5KTQA 3LDSA 1FXXA 1ASVA 2VG6A 3QINA 4CGIA 1D9FA 4C8LA 3JYTA 4QQGA 3CQ8A 4L59A 2EQUA 4FL6A 4DF8A 4PA1A 3ZSVA 3HVRA 3LGFA 4E7IA 4FW1A 1XHXA 3TAGA 4B08A 1HJRA 1J9AA 2G8IA 4E1NA 2WOMA 1LW2A 4O55A 1VRTA 1HRHA 1VRUA 4Z0UA 1G5VA 2BE2A 4I2PA 4Z4GA 4JRQA 4KPYA 3KLIA 2P1JA 3NF8A 2HNYA 1S1TA 4RG2A 4DQSA 2QQRA 4IBNA 2ZD1A 3QBYA 4BACA 4E19A 4CEEA 4F3TA 3QNOA 4O44A 3TABA 1RT3A 2RJFA 1HMVA 1QSLA 2OA8A 3M9QA 4FJLA 4KKOA 1B92A 4FU6A 4A4GA 4LY7A 3MECA 1L3SA 1D8YA 3ZSOA 3QETA 1BL3A 3SD4A 3NF6A 1BI4A 3AA5X 1T03A 2HHVA 4N56A 2QKKA 1YTAA 2CKKA 1C1AA 4FVMA 1NJZA 1LW0A 2X74A 4N4IA 4CJLA 2D9TA 3LYIA 2XY8A 4L8RB 3D45A 2ATQA 3O4NA 2RHIA 3I0RA 2G8WA 1RBTA 3FFIA 3V1QA 2D0BA 1U47A 1VSFA 4EZ9A 4Z02A 2IOCA 3SQ0A 4CHZA 3L8BA 3PMIA 3DLGA 4CK2A 3META 2XO7A 4M3ZA 1IKYA 2B4JA 2QXFA 3SNNA 4F2RA 1B9DA 3LH0A 3SV3A 3ISNC 3K58A 3P8HA 1TAUA 2W42A 2M1HA 4GY5A 1B9FA 3OS1A 2L8DA 1O1WA 2OPRA 2PQWA 3S9HA 1LAWA 3ZSXA 3AA3A 4C5GA 4B9UA 1N27A 1OZ2A 1RTDA 1IKVA 4FM2A 1S6PA 4FJMA 4H4OA 4IFVA 3ZT2A 1NK0A 2OPPA 2VWKA 4B9MA 2RJCA 4ICLA 5DMRA 2G8FA 3NTHA 1A5XA 2HHTA 3VQPA 4IUTA 3AVGA 3IG1A 3QIPA 4OKJA 4CJTA 4EZ6A 2ZE2A 4DTNA 4ID1A 3NGIA 1EXQA 3KLGA 2RO0A 4OGEA 3SQ4A 2R58A 1U4BA 4CJWA 3QEXA 3OYMA 2RI3A 2HB5A 2RHUA 2B6AA 5SZTA 1JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CR2A 4IJNA 1ONVA 1G2HA 4MNUA 3BEXA 2DZCA 2BDPA 2GTDA 4BDZA 2DJNA 4HYEA 2QQAA 4CCJA 2FSNA 2Q0UA 4LF8K 5J1UA 5CKEA 2QA4Q 1PYVA 3NE6A 1WVRA 2K9QA 3DXKA 4A3DJ 1E3OC 1QVFM 3DXKB 3MXMA 4M3TA 3VS7A 1QVGA 3Q0UA 2JMAA 1WSEA 1RTIA 2XHBA 3HL8A 3EUHA 1UB9A 1T3SA 4RW7A 4CC3A 1PDNC 1TKTA 4G1QA 3MK6A 1NBWA 2R7WA 1O75A 1UTIA 2DLLA 1PD1A 4FJNA 4FJIA 3VOEA 3VQ9A 4FYDA 4FHTA 5KQ8A 4WXDA 4IDHA 1YN8A 2FZCB 1DTTA 2D0CA 1OU8A 1YRNA 1TVRA 3B8AX 1YRNB 1RTHA 3S3NA 4LMYA 5KE2A 3F23A 1GLLO 4CC4B 2F69A 4KTWA 3H3VK 2IGMA 2PUOB 4HCKA 3LSMA 2J05A 2PMZA 4RAGA 3VEVA 4DQRA 1D4XA 4D1QA 1WRJA 4RM3A 2PTKA 1MBJA 5EDNA 2RK1A 4XH4A 4ZN1A 4C92D 4IX7A 3O8VA 1IZ6A 2M0MA 1UELB 3TI0A 2D1XA 3OOUA 2VBXA 4J9CA 1VQ8Q 2P0KA 3OY9A 4G7OF 3WGIA 2XSJC 2NUPA 3ERMA 2I10A 1BK2A 4OB2B 2NUPB 2KT8A 4BU2A 1JXEA 1TXQA 2KW4A 2D2WA 4M75A 1NM7A 4YFKF 1K78B 3V4IA 3AA4A 4LIUA 1YWOA 3CPWS 3LPTA 3S14J 2P81A 2X9HA 1S72N 4C3JJ 2DK5A 2E41A 1C1CA 2CQQA 4DQ8A 5C3EJ 1PRLC 1XQSC 5FWCA 3CM5A 4AQYK 1ITGA 1BWFO 5AQPA 3I0SA 5ERIA 1Y6IA 4K2EA 3V8LA 2DFHA 1RUNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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