3OYLA

Crystal structure of the pfv s217h mutant intasome bound to magnesium and the insti mk2048
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSHGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (9-17)S3 (44-47)EMPTYTII1 (21-24)S1 (30-33)TI1 (25-28)S2 (36-41)TIV1 (32-35)3H1 (51-53)AH3 (69-78)TIV2 (82-85)AH4 (85-94)S14 (361-365)TIV6 (327-330)AH11 (288-301)S4 (108-109)TI'2 (136-139)TII2 (120-123)3H3 (214-217)TVIII2 (158-161)AH8 (218-235)S5 (124-130)TII3 (235-238)TI3 (147-150)TIV3 (135-138)S6 (141-147)AH9 (246-255)3H4 (243-245)S7 (153-158)TI4 (148-151)S8 (181-184)TIV4 (210-213)S11 (321-325)S9 (205-208)O1 (239-241)TI5 (258-261)TI6 (259-262)AH10 (265-270)O2 (274-276)TII4 (276-279)TI7 (281-284)S10 (314-315)TIV5 (311-314)TII5 (318-321)TII6 (331-334)S13 (351-355)S12 (341-348)TIV8 (356-359)TI2 (41-44)AH2 (54-64)AH5 (97-102)TVIII3 (179-182)3H2 (188-190)AH7 (193-201)TI8 (283-286)TIV7 (346-349)AH6 (163-175)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination,viral protein/dna
source organism Human spumaretrovirus
publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV integrase
total genus 111
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oylA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oylA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oylA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oylA03
1FK9A 1YTAA 4FJXA 1G5VA 4XIUA 1NK0A 3CFPA 3SUPA 4YNQA 4CGHA 1S1XA 3SPZA 2FC0A 3HJFA 4FLVA 3ASKA 4CESA 1UWBA 4KTZA 3DI6A 3ZSRA 2P0KA 4N76A 1I3AA 3OYBA 4KREA 3NF6A 5KTQA 3Q1JA 1RBUA 4M41A 1BCMA 3NF7A 3KUFA 1JLCA 3RMDA 1H3ZA 2HHSA 4CJPA 4UC4A 1RT3A 4OGEA 4KO0A 4PL6A 3ZSVA 2YNFA 3AO3A 3LP1A 4QQDA 1WSHA 1LWCA 3O4QA 3H08A 3JSMA 3VQBA 5J26A 1NK9A 3MECA 1J5OA 1JLBA 2X6NA 4QW2A 4CF9A 2HW3A 1QSLA 1RTHA 3MEVA 2W42A 4CFCA 4DTJA 2D5RA 3K5OA 2X78A 4DU3A 3TAFA 3M9QA 1JL1A 4QVZA 2HQEA 3LX7A 4RW4A 1SL1A 1S1UA 3KLIA 1NJWA 5FRNA 3DLGA 4ID5A 4BD3A 4FCYA 3LLRA 2BDPA 3C95A 3PUFA 3MAQA 5HRNA 4KHWA 5KI6A 3LGLA 4G1QA 3SD4A 1D8YA 4DSEA 1DLOA 4EP4A 4RW7A 4CCHA 3B6OA 5J39A 2K3YA 3S3OA 2RI2A 1J54A 1XI1A 4LY7A 1LAWA 1TKZA 2GFAA 3HXMA 3U6FA 3L3VA 4KB1A 3DLRA 3I8DA 4KKOA 3MP1A 3KLFA 4N47A 4FJLA 4PLIA 3ZEHA 3QJ6A 2RHXA 2QK9A 4CEEA 1MU2A 4CJQA 2E5QA 1UAXA 3DOLA 3DB4A 3OMGA 4CF2A 3SQ0A 3DRPA 2HVIA 4TSXA 1XWLA 1S9GA 3HP6A 4K8XA 4FJHA 4FW1A 1U47A 2PYLA 5HROA 5DMRA 5KE2A 2KFNA 5FROA 3OS2A 4NS5A 4J2AA 4CFAA 2XRIA 3DMJA 2RKIA 3V1OA 3FFIA 1VRUA 4CJEA 4DWIA 4I9LA 3ZSYA 2G8HA 4FJ9A 2FBVA 4DFMA 2BE2A 4K8ZA 1RBRA 4PWDA 4RW9A 4Z0UA 4M3UA 2YNGA 4JLHA 3DLKA 1N5YA 2O4XB 3CEYA 3PNWC 3HPOA 3V4IA 3OJSA 4JRQA 4RW6A 4OLBA 4OKEA 4CJ5A 4CEZA 4M3YA 3ZT4A 3QLHA 2HHTA 1ZBIA 1A5WA 4DSJA 1LW0A 1EX4A 3EY1A 1VSKA 2OZMA 1OYXA 4B9MA 3DB3A 3LWLA 2RHUA 1VSJA 3TR8A 4NCGA 3C6UA 4AILC 4C5IA 2YNHA 3AA5X 4CK2A 2X4YA 1HQUA 3I0RA 5KRSA 2GV9A 4N5SA 1LV5A 4M3ZA 4AHTA 4N4IA 3OQ5A 3SQ4A 3PMTA 3HP9A 4CHOA 1OZ3A 3VQ8A 3HM9A 2OPPA 4Z4FA 3VQQA 3PO5A 1BQNA 2VG6A 3NHGA 3IS9A 1IO2A 4M3RA 4DTPA 4CGJA 1JLAA 5HBMA 5E41A 3OJUA 1TK8A 2HNYA 2E6LA 1QSYA 2E6NA 4BE1A 1TV6A 2NLUA 4ZTJA 5KH6A 1RNHA 3L2WA 3NH0A 4E1MA 3B6PA 2P51A 2M16A 4FZZA 4QQ6A 4CIEA 1HYSA 2OZSA 2PYJA 1C0UA 3LZIA 2G8WA 3KD1E 5IN1A 2K3XA 2G3RA 4Q5WA 2Q3SA 1WJSA 2KTQA 1KVAA 4Z4CA 4EDUA 3K57A 1ZBHA 3KLHA 3EYZA 2XY7A 1FKOA 1RDBA 3FDRA 4BDYA 3RMAA 4OVAA 4C8NA 1GOCA 2D9TA 3RRGA 1UOCA 4LH4A 1LW2A 2LTOA 4HUFA 4KTQA 3MEAA 5HRRA 4FLUA 1U49A 4DQPA 3HO1A 3OB9A 4HCBA 4DTUA 1Z26A 2D0BA 5JS2A 1VSIA 3CM5A 3NF9A 2LDMA 1KVBA 3L8BA 3ZCMA 1KLNA 1RT2A 3KKSA 2B8AA 2RJDA 1RTDA 2BANA 5SWMA 2GFUA 1BISA 1Q9YA 2F8SA 3MXJA 3P83D 2HHWA 4PUOA 4QAGA 4W5RA 3NH1A 4E7HA 1IKWA 1DTTA 4GY5A 5SZTA 3HL8A 3LH0A 2KFZA 4FJ7A 3DLMA 3HSTB 4ELTA 3P1GA 4OLAA 1VRTA 3E9FA 3EZ5A 3SV3A 3LDSA 3LPTA 3NGZA 4DU4A 3DRSA 3ZT1A 1ASVA 1B9FA 3H6ZA 1B92A 2XHBA 1D9FA 5JS1A 4DFPA 4B8AB 1WJQA 2DFFA 2OA8A 5D6WA 3MXIA 2OPQA 2XK0A 1SKRA 4JS5A 1R0AA 1NKCA 1NOYA 2Z1IA 4DSKA 1TAQA 4B9XA 3ALYA 3MP6A 3QEIA 1X1PA 2G8UA 2X6SA 4KRFA 3OYHA 1UA1A 2ZQBA 1BIZA 1HQEA 2BKDN 2X74A 4FLYA 5K14A 1TAUA 4CJFA 1WSFA 1IH7A 1S1VA 3HVTA 2ZD1A 3VQPA 4DQIA 1SUQA 2D0CA 1YTUA 1NJZA 3SV4A 1Q8IA 1JXEA 2A1SA 1VK0A 1NK6A 4KPYA 1RTJA 1HYZA 1LWEA 3RR8A 4DFJA 5CY4A 3V1RA 4N41A 1WAFA 4H4MA 3TWHA 3UT1A 3NDKA 4JRPA 4PLLA 4B9WA 2MWOA 2E6MA 1NKEA 4AHVA 3QEWA 4FJJA 4CF8A 3QESA 3EAEA 3L2RA 4YFUA 5M9OA 1BI4A 3BDLA 1QS4A 3CFOA 2XY6A 1L3TA 5FRMA 1X9WA 4CF0A 4OPKA 3OVNA 4R5PA 4FLTA 3JYTA 3OY9A 4W5QA 3FLGA 3OYFA 4KHSA 2DFHA 3QEPA 2OPSA 4IFVA 1L5UA 3DM2A 3SUOA 4FLWA 1L3VA 1WSGA 1U48A 5J2MA 1NK8A 2XDPA 4E3SA 4HCCA 1YT3A 2YV0X 2BGGA 2L89A 3P8HA 4BE2A 1W9HA 2RJCA 1L3UA 3KTQA 4FK2A 2RI5A 3ZT3A 3O8VA 4FZYA 2G8KA 4DS4A 1ZYQA 2X4XA 2NUBA 3KK3A 2EHGA 4FK0A 2IAJA 2DFEA 3NFAA 5J2QA 3DLEA 1RILA 3LP2A 1W0HA 4CE9A 4NCBA 2A1RA 1QTMA 5HP1A 2YRVA 3PMIA 4B9TA 3MEEA 3ITHA 2R7YA 1N6QA 5KRTA 3AVKA 1LWFA 2VG7A 5HLFA 1S5JA 3AVAA 1CZBA 2KZMA 4X34A 2L8DA 5KGWA 3PX4A 3MP8A 2EQKA 4CHNA 1U04A 4GVMA 1RBVA 1WGSA 4DQRA 3ZSZA 3O4NA 1SL0A 3OYCA 3SUQA 1K6YA 1T03A 1RT1A 3V9UA 4FJKA 1BI4B 4I2PA 4DG1A 1C0TA 2B4JA 4O0IA 2F5KA 3QNNA 4OPJA 3P5JA 1J53A 3NNQA 3QBYA 4CEOA 3RRHA 4MQ3A 3VQCA 4DSIA 4CFBA 2Z1GA 2RHIA 4CK1A 4CHYA 3ULDA 1J9AA 5CZ1A 1HMVA 4Y1CA 4DMNA 3TABA 1C1CA 3QEXA 3T1AA 3KKRA 3OYGA 5IAYA 2E4LA 3H8ZA 1CXQA 1TL3A 4HTUA 3NTKA 3S3NA 1S9EA 3ZT2A 4Z4HA 3PX0A 1KVCA 2DTUA 1D9DA 1SKWA 1XC9A 3QKJA 4JS4A 2KQ2A 4BACA 1MHNA 2RHYA 1JLFA 3V9SA 2ETJA 4B9NA 2GUIA 4DF8A 4DFKA 1D5AA 5D6XA 2YKMA 4BWJA 4AHCA 1O1WA 2ZE2A 4FM2A 4FK4A 3L2VA 3VQ6A 3ZSOA 3UIQA 3ZT0A 4IG0A 3E01A 3MEUA 1HJRA 1QSSA 3SZ2A 3OYLA 3L2QA 4ICLA 4F2RA 4CJWA 4RG2A 4IDKA 3QETA 2RF2A 2FBXA 2DY4A 3AVIA 2G8FA 2AJQA 4LSNA 2JGUA 3UWNA 3MEWA 3GOXA 2IOCA 4FZXC 4O55A 3KLGA 3AVLA 4W5OA 1RTIA 3VN5A 1XNIA 2DIQA 3DYAA 5C24A 3KK2A 3AVCA 3DOKA 3M8PA 1L3SA 1RCHA 1BL3A 1WN7A 3M8QA 3RTVA 4IFYA 3TAGA 4KHQA 1RDDA 4FW2A 5FDLA 3VQ7A 4UQGA 1U4BA 3ME9A 4RW8A 3PFSA 3THVA 1S1TA 4M42A 1UA0A 4DLGA 3U3YA 1Y97A 4CJLA 2FHDA 2BUDA 2VG5A 3SQ2A 1KRPA 3AVGA 3NBPA 2EQJA 4CGDA 2HQXA 4E19A 3LP0A 2VWJA 3OS0A 1ASWA 3NH2A 3RWUA 4OKJA 3K5LA 4DF4A 4ZHRA 4OVLA 4B9SA 2QQSA 3HPGA 4E7LA 1ASUA 1KFDA 4RG8A 4CGFA 4B8CA 1EP4A 3SQ1A 3LWMA 1HPZA 1SL2A 4ID1A 4F4KA 4OGCA 2WACA 4HUGA 4KHYA 2HHVA 2RHZA 3QNOA 2LVMA 2F96A 1SKSA 3WNHA 3K2PA 4DSFA 5I42A 1ZBFA 2VWKA 2P1JA 1S6PA 1X9MA 3S6WA 4M3TA 5CIUA 2QKKA 1S6QA 4PA1A 2G8VA 4EP5A 1IKYA 4I2QA 3SCXA 3U3GA 2OPRA 3VQEA 4CGGA 2RO0A 4LSLA 3WNGA 1CZ9A 2FBYA 1QHTA 4CEFA 2RJEA 4BE0A 1TKXA 3HVRA 4L59A 3SNNA 3AA4A 2QQRA 4DTSA 4C8OA 2EQMA 1FKPA 4CJKA 3HT3A 3P8DA 2PQWA 1WAJA 1JLGA 3SJJA 4Q0BA 2Z1HA 3AO2A 3VA3A 5EU7A 1OZ2A 1TKDA 4ZTFA 1JLEA 4IUPA 4I9QA 3OYDA 1Z25A 3AVNA 1NJXA 2F8TA 4GW6A 5C25A 3DRRA 1BGXT 4FM0A 2JLEA 4C8MA 3TARA 4FJMA 3TAQA 4AHRA 3META 3KK1A 2HNZA 4CK3A 2B6AA 2IGIA 1OI1A 4O0JA 4LD6A 2DAQA 3T3FA 1NJYA 3BGRA 1CXUA 2XY5A 3T19A 4C5GA 1SSFA 1HNIA 1FXXA 2XY8A 4KB0A 1HYVA 3QIIA 4O4GA 3DLBA 1IKVA 2IC3A 1RT6A 3VA0A 3LANA 3MEGA 3F9KA 2JZ2A 3V81A 3AO4A 3QINA 1S1WA 4CGIA 2O4IA 3MO8A 1JXBA 3AO1A 4IURA 4H4OA 1RBTA 4CJSA 1ZBLA 4CFDA 3TANA 3NGIA 2G8IA 3S9HA 4PY5A 5KCHA 2Z1JA 4CRIA 3OYAA 1TL1A 2HHUA 4B9LA 3C6TA 4CECA 3VQ9A 3V9ZA 1C1BA 1RBSA 4DTRA 4CHZA 3QEVA 3AA3A 1SV5A 4CJ3A 4AHUA 5J2PA 4B9UA 4E7KA 4A4GA 2IS3A 3C94A 1WNSA 4CJVA 3HK2A 4FJNA 3S3MA 2EX3A 3C4SA 4IUUA 2XO7A 1VSDA 4KAZA 2PZSA 2RJFA 4IUTA 3IAYA 2RN2A 3V9WA 4O5BA 4L8RB 4IKFA 2GF7A 4A4FA 2O4XA 1VSLA 1GOAA 1KSPA 4IG3A 3FEOA 4A4HA 4BDZA 1A5XA 3ZSWA 2HMIA 3ASMA 2HHQA 1CLQA 4AHSA 2VYTA 1NOZA 2O4GA 3L3UA 1Q9XA 3SI6A 3AV9A 1EETA 3RMBA 1KCFA 3OYNA 4E7IA 3OYIA 2YHBA 4II1A 3WNFA 4QOZB 3AVJA 4F3TA 1GOBA 1VSFA 3SUNA 1WSIA 3ZSXA 3PY8A 5C42A 5KGXA 4KFBA 1TK5A 4FLZA 4C8LA 4FLXA 4WE1A 3SYZA 3OS1A 5T7BA 2B5JA 2HHXA 2BIVA 1EKEA 3LP3A 4Y1DA 3BDPA 2LCCA 2RPIA 3D0PA 4FYDA 4EZ6A 4CJRA 3NE6A 4I7FA 3NAEA 4A4EA 3AA2A 2Y1IA 4DQSA 4NZGA 3VQAA 1X9SA 2WOMA 2M0OA 2MWPA 5C6SA 3NF8A 2OYQA 5DK5A 2EKOA 3RMCA 2P5GA 2IDOA 4W5NA 4LD0A 3AVFA 4LH5A 3OYJA 1VSMA 2ATQA 4CHPA 3HPHA 4ELUA 2QKBA 4DU1A 1WSJA 3E9GA 1IG9A 4HUEA 5C0MA 2YKNA 3PX6A 3AVHA 3VQ4A 3QIOA 1ITGA 5KE3A 1A5VA 2EQUA 1WSEA 1KFSA 3LAMA 2FBTA 3V6DA 2QXFA 4M3WA 3G10A 4KI4A 4QCLA 1QQCA 4FU6A 2Y1JA 1F21A 4NCAA 3MEDA 1TGOA 4C8KA 2RI3A 1T05A 4FJ8A 1C0MA 1RI0A 3K58A 4DSLA 3AO5A 3L42A 4H8KA 4DTXA 3OA6A 4N4HA 5CZ2A 4Q5VA 3O3GA 1BHLA 4N56A 3CM6A 4FJIA 5CYQA 1RDAA 1WJRA 2L3RA 1RT5A 3O3FA 4C5EA 1RT4A 2P5OA 1XHXA 3AVMA 4MFBA 1NK7A 1KTQA 4CJUA 5D3GA 3TAMA 3LZJA 4QQGA 3F70A 4FL6A 4KV8A 4Z02A 1U45A 3D45A 3F73A 5HRPA 3V9XA 1KLMA 3HYFA 3NCIA 3VQ5A 1ZBUA 4FJGA 4CF1A 4M45A 3K5MA 2R58A 5KCOA 2WONA 4NYFA 3CQ8A 5J2NA 4AH9A 3TI0A 1T7PA 3K5NA 1NKBA 1RT7A 2LSNA 1LAVA 5D6YA 1KHCA 3L2UA 4M3XA 3QIPA 2IG0A 4CERA 2ITGA 3LAKA 2KW4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1MUZ A;  4MEY F;  3QZ5 B;  4PJO F;  2E2O A;  2DM1 A;  3M8E A;  3RIR A;  3RQ4 A;  1NK0 A;  2CW0 F;  3BE3 A;  3CFP A;  1NK2 P;  1SKU B;  4CGH A;  3SPZ A;  1V29 B;  4NL3 A;  2EJG A;  3HJF A;  2F6C A;  5LRR A;  1R1U A;  1UWB A;  2IA0 A;  3DI6 A;  2E1M B;  2P0K A;  3EHQ A;  2QBY B;  8AT1 B;  3F8F A;  5GAG J;  3CF5 L;  2CGJ A;  1J7K A;  1ZA1 B;  3THY B;  5IT3 A;  2A5X A;  1WJB A;  1N8R U;  1G3Y A;  4M3E A;  3D7E O;  2CUB A;  5BS6 A;  5EDN A;  3QYG B;  2XD0 A;  1H3Z A;  1G99 A;  4DIQ A;  4AYB N;  2PFB A;  4CJP A;  3KEY A;  2KZV A;  3FM5 A;  4UC4 A;  1JKR C;  1KEA A;  4OGE A;  1VQK Q;  1GLA G;  2HGC A;  2LLK A;  1NG2 A;  4IQJ A;  3DEE A;  3P31 A;  2K4Y A;  1V54 H;  2D5V A;  2B9S A;  3O4Q A;  3KP2 A;  3H08 A;  2H8H A;  4M3D A;  5J26 A;  3E5U A;  5ELZ A;  2EV5 A;  1RR8 C;  4BY1 J;  3QDR B;  4KUD K;  2NYS A;  4QW2 A;  5IYC J;  3LH5 A;  2ECB A;  1R4M B;  5EX5 A;  1B72 B;  3A4C A;  1TSF A;  1QSL A;  3BDD A;  3MEV A;  2R5Y B;  4Z6Y A;  2VQL A;  2YX7 A;  2DOE A;  3NVM A;  5EEG A;  2W42 A;  4DTJ A;  2WAQ N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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