3S3O | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	368
structure length	368
Chain Sequence	LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKHSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__512853725690276__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__512853725690276__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3S3O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__512853725690276__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"512853725690276","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3S3O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__512853725690276__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d2090a7869e5a0f7fc93d76/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d2090a7869e5a0f7fc93d76/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d2090a7869e5a0f7fc93d76/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d2090a7869e5a0f7fc93d76/pdb.gz): 1452 ms

reading 368 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

368 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:367});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Recombination/inhibitor/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	Structural and Functional Analyses of the Second-Generation Integrase Strand Transfer Inhibitor Dolutegravir (S/GSK1349572). pubmed doi rcsb
molecule keywords	PFV integrase
total genus	107
structure length	368
sequence length	368
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2011-05-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	3s3oA04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	3s3oA01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	3s3oA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3s3oA03

4CJTA 4OLAA 5FROA 3C6UA 2OYQA 1SV5A 2XK0A 1LW0A 3NH1A 1NK7A 3LX7A 3IRXA 3FC3A 4CEFA 1L3TA 3ME9A 4CFBA 3DLKA 3HSTB 4OLBA 3WNGA 4RW4A 2OA8A 1JL1A 4CEBA 3V1QA 1L5UA 3V4IA 3QO9A 4JRQA 3VQAA 3QIOA 2KZMA 2LSNA 2B8AA 2RI2A 4FJJA 3KLFA 3OYIA 3LP3A 3VQBA 2EQUA 3QIPA 3LP0A 4DQRA 1XHZA 3ZEHA 3S3OA 4KO0A 1KRPA 2Q3SA 4A4HA 1S9EA 4C8LA 1SUQA 3K5MA 1GOCA 3IG1A 1RBSA 4FK2A 4FZZA 3A2FA 2XO7A 3HL8A 4NZGA 3SJJA 1W9HA 1REVA 1TL1A 5KTQA 2RHXA 2VG6A 3AVNA 3NE6A 5JS1A 4BDZA 1FKPA 2IGIA 3LAKA 3QERA 1HYZA 3KLGA 3RRGA 4OJRA 3NBPA 1NKEA 1U48A 1ASVA 2ZD1A 4DQPA 3K59A 4ELTA 1U49A 1L3VA 2XY5A 4KHYA 3CM5A 2DFHA 4NCAA 4DG1A 1A5WA 2X6NA 1HYSA 2HW3A 4W5NA 1VSEA 1TGOA 4FK0A 1RTHA 1HRHA 4W5TA 3ULDA 4B9NA 4Z4FA 2E4LA 2B4JA 2YNIA 4FM1A 4B9UA 4AHSA 3LLRA 5SWMA 2HHXA 1X9SA 4GY5A 3SV4A 4J2AA 4HUFA 4CEZA 1IKXA 1KLNA 3EY1A 4N47A 2X4YA 1EXQA 4HCBA 3KK1A 4DU3A 5KE2A 2PYJA 4CJFA 2IC3A 2QQSA 1S6QA 4HHTA 2Y1JA 4KTWA 3CYMA 3O3GA 4B08A 1TKTA 2FHDA 1HMVA 3MAQA 2RJEA 3QETA 5J1EA 1OZ2A 4IUQA 3OS0A 3LGFA 2R58A 3QEVA 5D6WA 3PX6A 4IUPA 2O4IA 1N6QA 1UA0A 5HBMA 3WNHA 1IKWA 1Q9YA 4B9LA 3OYHA 4CJVA 5JS2A 4E7LA 4DTSA 4IUVA 3RMDA 1QHTA 3QJ6A 1RT7A 3VQCA 2KTQA 2HHSA 1WNSA 4Q0BA 4O44A 1RT3A 2XY8A 4JRPA 5J2MA 4DTRA 3C94A 2DIGA 3OMCA 1JLGA 2M0OA 3ZSVA 3PUFA 3MXIA 3JYTA 3V9ZA 3AVIA 4CESA 3SZ2A 1T8EA 1X9WA 4CJSA 3PY8A 2HNDA 1NJWA 4CJLA 1T05A 3AVFA 1VSFA 4E3SA 2RHYA 2IDOA 4I2QA 4LH4A 4FJ5A 4J2DA 1LV5A 1JLFA 4CHPA 4QOZB 1SSFA 1TKXA 2HHWA 4M3RA 4E89A 4CJKA 4O55A 3KTQA 4IUUA 2GFAA 4L59A 3SUOA 4BE2A 1NJZA 4FLTA 1YT3A 3MXMA 3OY9A 1NJYA 2QKKA 4KV8A 1D8YA 3DLBA 4PWDA 1Q8IA 2D0AA 1ZYQA 3NF9A 1SL2A 3EZ5A 2RKIA 1GOBA 4N41A 4BWMA 3AO3A 3C4SA 3AVBA 3LZJA 4FJNA 3OYCA 4CJ3A 4BWJA 1FXXA 3M8PA 3BGRA 1YTUA 2L8DA 3NAEA 3L3UA 2HQEA 4OGCA 4OKKA 1RBVA 3VA3A 3SUNA 3KD5E 4DLGA 3DYAA 2JTFA 3OYGA 4DU4A 3HJFA 4B9VA 3OYBA 3CQ8A 5D6XA 4FJ9A 2WOMA 3MEDA 1BCOA 4AILC 1IKVA 5C24A 1GOAA 1RT1A 3RMCA 3LANA 2WONA 1X9MA 1BI4A 4KKOA 3VA0A 1KHCA 3RMBA 1MHNA 3V9SA 3NGYA 1WSIA 1QQCA 1SKRA 4FJMA 4Y1CA 3O4QA 2DAQA 1WJRA 3LP1A 1C1BA 3OQ5A 4I9QA 3O3HA 3BDLA 2Z1JA 4E1NA 5CZ2A 3CFPA 4N4IA 3AA4A 2XHBA 4FLXA 2CKKA 4KFBA 2LTOA 3OMGA 1S5JA 2D9TA 3C95A 2LDMA 1KVAA 3LYIA 2D0CA 3KJVA 4F8RA 2PYLA 4KTZA 5HLFA 4EDUA 2DIQA 4M3XA 3NNQA 1BIZA 4HCCA 4KI6A 4IFYA 4CJQA 1VSLA 4BDYA 1KVBA 3ZSWA 2LRQA 3HPHA 4F4KA 2OPPA 4CK2A 2RN2A 1CXUA 4AHUA 1ZBFA 2MWOA 4PL6A 3SQ1A 3PNWC 4NCBA 2G8FA 1RDAA 3IAYA 2FBXA 2PY5A 4QQ6A 3LDSA 4DTPA 1RI0A 1EX4A 2M16A 3LWLA 3M8RA 1WAFA 3DLEA 1WSJA 4MFBA 1IH7A 3L2VA 1VSIA 4OVLA 4NYFA 3KIOA 3KLEA 3MO8A 1IO2A 5I42A 2QK9A 4ID5A 2G8WA 4CEEA 1S9GA 4UC4A 1S1UA 4PUOA 5E41A 2RHUA 4EP4A 5C25A 1CXQA 4ID1A 4EZ6A 1S1XA 2FBYA 4B3OA 4DQSA 4QW2A 1BQMA 1LWFA 4BD3A 2P51A 2GV9A 4DFJA 1HQUA 4B9WA 4O4GA 4PQUA 4CHQA 1VRTA 4C8OA 2KW4A 1KFDA 3VQ7A 4E0DA 1RBTA 3OJSA 2W42A 4B9SA 5J26A 4DTUA 4A4GA 3P8DA 4IKFA 3L2QA 1C0TA 3PO4A 3PX4A 2O4XB 4DF8A 2VWJA 4KI4A 1YTAA 3NH0A 1BI4B 3KKRA 4C5IA 4AH9A 4DTOA 3V9UA 3DRRA 2L3RA 2MWPA 4A4EA 3DRPA 4AHTA 1JL2A 1TAQA 4FLVA 4OKJA 2EFIA 3QNNA 4PLIA 4CJEA 4HTUA 1C1CA 3VQ5A 1NK9A 4PY5A 2YNGA 1C0UA 2YKMA 1OZ3A 4NCGA 2RF2A 2KQ2A 2A1SA 4CECA 2P5OA 1F21A 2RHZA 1NOZA 1VSDA 3H8ZA 1XWLA 4E19A 2BGGA 4CK3A 4HUGA 3NFAA 2A1RA 3SPYA 2ZQBA 2HNYA 3TI0A 4FZXC 4R5PA 3OYMA 1ITGA 3I8DA 1L3UA 2VG7A 1SKSA 1WGSA 3T1AA 1G15A 4UQGA 4N4GA 3QINA 4ICLA 1J54A 3QEXA 5HRPA 1S1VA 2E6NA 3AA5X 5CZ1A 3SPZA 2HNZA 4DMNA 4OGEA 1L3SA 1LAWA 2B5JA 1EP4A 3ZT0A 2FBTA 3MEAA 1CZBA 4H4MA 3MECA 4E7IA 4CK1A 2RPIA 1N27A 2WACA 5D6YA 4NYNA 3OA6A 4FJGA 2X4WA 2YNFA 4K8ZA 2BANA 1OI1A 3CEYA 3NF6A 1I39A 3NGIA 2P1JA 1VRUA 2HVHA 2HVIA 1RDCA 3SD4A 4M3TA 2G8VA 2F5KA 3F70A 4LSNA 1QE1A 4C8NA 1TK5A 2L89A 1NJXA 2Z1HA 3LWMA 2HHQA 4RG8A 4DQQA 4CFCA 1QTMA 1U45A 1SKWA 4FJLA 4QAGA 4A4FA 3AVAA 4M3WA 2X6SA 1BL3A 2P5GA 5KCHA 1RDBA 2FBVA 1IKYA 3SQ2A 1B9FA 3MXJA 4CGJA 4OVAA 1HQEA 3ZSZA 4C5HA 2EQJA 4KB1A 4E7KA 3M9QA 1RTIA 4DSLA 2RJDA 3L3VA 4Z0UA 2BDPA 3U6FA 3OYAA 4FXDA 3U3GA 3KK2A 2R57A 4KHWA 4CIGA 2JZ2A 1BIUA 3MP6A 3NCIA 3OS2A 3T19A 4PA1A 3S3MA 3K57A 1T7PA 5KH6A 4Z4HA 1ZBLA 1JLCA 1RDDA 3NTKA 4M45A 3SQ0A 4FCYA 2GF7A 2OZMA 1C6VA 4CEDA 2K3YA 4CIFA 4DSJA 3ZT3A 4QQGA 1D9FA 4ZTJA 3RR7A 5KCOA 2YV0X 1U47A 2P0KA 4CEOA 1ZBUA 5KGXA 4JS5A 3TAFA 2EQKA 1R0AA 1WN7A 3TAPA 4OPKA 1J9AA 4KHQA 4M42A 2QQRA 2BE2A 2M1HA 3MP8A 1N5YA 1TV6A 3O4NA 3EYZA 4N4HA 3TAGA 2IOCA 1RBUA 4IBNA 4FLUA 3V1RA 4DSEA 4FLWA 3SI6A 3NH2A 2HHUA 3LPTA 4M3UA 3ZT4A 4DTXA 3DLGA 2GFUA 3LAMA 4LSLA 2VG5A 3CFRA 2O4XA 4FYDA 3DRSA 5I3UA 1FK9A 4E7JA 4CEQA 5EU7A 3FFIA 4DSKA 4HCZA 3PMIA 4I9LA 4CF1A 3WNEA 4E7HA 2YRVA 3P1GA 5FRMA 2E5QA 3AVLA 1TKDA 1VSKA 1RILA 2OPQA 3AA3A 2R7YA 3GOXA 4QQDA 4JLHA 3WNFA 2G3RA 3L42A 4N76A 1C0MA 2ITGA 4QCLA 5DK5A 2OPSA 3K2PA 2OZSA 1KLMA 1HNIA 4DSFA 4CERA 3TARA 1WAJA 4FJ8A 3DI6A 3AA2A 1WJQA 1K6YA 4IFVA 2DTUA 1JLAA 1LW2A 4E1MA 1CZ9A 1Z26A 4FM2A 3SNNA 4CF2A 3LP2A 4CF9A 4RW7A 3OYDA 3OVNA 2EHGA 3OYJA 2K3XA 1O1WA 2F8TA 1QSYA 3RTVA 1XI1A 2G8UA 1DLOA 1BHLA 4CF0A 3P83D 2D0BA 2X35A 3TABA 4YNQA 4W5QA 5IAYA 3KD1E 4Z4CA 2RO0A 1Z25A 1I3AA 3U3YA 1WLJA 1SL1A 4BDPA 4FLYA 1QSLA 2G8KA 1WSHA 1RBRA 3RWUA 2RJFA 2E6LA 1D5AA 1RCHA 5KI6A 4OPJA 5FRNA 3QEIA 3OYLA 3AVKA 1JLBA 3AO2A 3BDPA 4CJWA 3B6PA 1JXBA 1HPZA 2R5AA 4ZHRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S3OA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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